バイオインフォマティクスを教えて下さい 6

1 名前：みなしごEST 投稿日：2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

669 名前：名無しゲノムのクローンさんﾒｪﾙ：sage 投稿日：03/06/23 22:38
（前略）
それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。

関連スレは>>2以降

2 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 07:57

バイオインフォマティクスを教えてください
http://cheese.2ch.net/life/kako/989/989027255.html

バイオインフォマティクスを教えてください Part-2
http://cheese.2ch.net/life/kako/1002/10024/1002423501.html

バイオインフォマティクスを教えてください 3
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1016679213/

バイオインフォマティクスを教えてください 4
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/

バイオインフォマティクスを教えてください 5
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1038233814/l50

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50
（隔離スレ・システムバイオロジーの話はここで）

バイオインフォマティシャンになるには
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1034136443/l50

e-cell
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/990412981/l50
（シミュレーション板）

3 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 07:59

バイオインフォマティクス各論-物理・化学的情報-
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1059907347/l50

4 ：_：03/08/06 08:06

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

5 ：原理主義者：03/08/06 09:33

新スレ登場オメ

ここらで過去スレ・隔離スレについて俺なりにまとめて提案したい。

（１）俺はバイオインフォマティクスとは狭義の配列情報解析・立体構造
情報解析などゲノム後の配列情報にまつわる話題のみに限定すべきだと
思っている。この意見は、特に情報関係者からあまり支持されていない。
（２）しかし、それでは狭義のバイオインフォ以外の話題として、最大
の（あるいは狭義のバイオインフォより活発な議論がおこる）トピック
であるシミュレーション系、E-Cell系の話題については、隔離しようという
動きが顕著である。
（３）配列情報解析、シミュレーション系「以外の」話題に関しては
そもそも書き込みが少ないか皆無。DNAチップの処理ソフト開発？
ハァ？ってかんじ。

ということで、隔離スレや各論スレもあることだし、ここは
配列情報解析にまつわる話題と、それを利用する側Wet屋との
情報交換ないし叩き合いの場にするのがよいと思うんだが、どうよ？

6 ：_：03/08/06 09:34

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

7 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 19:08

>>5
それはどうだろう、と思っていたら

バイオインフォマティクス各論-物理・化学的情報-
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1059907347/l50

にしっかり根回ししてたのねｗ
そこまでするのならいいかもね。タンパク質の立体構造の分類なんかの話題が
出たらどっちだろう（物理・化学的でもあり、配列とも関連性がある）、
という微妙な領域もあるにはあるけど。

ただ、ここまで交通整理して、そして>>1が前スレ669を引用しても、やっぱり
荒れる日が来るのだろうなあ。

8 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 22:50

「各論」スレと隔離スレの棲み分けが怪しくなってきたな。
次は「各論」スレが荒れるのだろうか、と思ってみたが、知識のないやつが気軽に来て
荒らしていくのは「教えてください」スレなんだよな。
やっぱスレのタイトルが悪いよ。

9 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 00:22

SFCのT研のエースは北朝鮮の工作員でつか？

県会議員事務所のガラス戸壊した疑い、慶応大生を逮捕　神奈川

藤沢＊＊署は９日、神奈川県藤沢市、慶応大学二年生、
荒川和晴容疑者（20）を器物損壊の疑いで現行犯逮捕した。
調べによると、荒川容疑者は同日午前２時４０分ごろ、
藤沢市＊＊町の神奈川県会議員、＊＊＊＊さん（＊＊）＝自民党、
の事務所出入り口のガラス戸（時価８万８０００円相当）を足で
けって壊した疑い。＊＊議員は北朝鮮（朝鮮民主主義人民共和国）
による拉致疑惑を追及する活動を開始して以来、いやがらせの電話
などを受けていたという。

荒川容疑者は「在日朝鮮人の人権と日本の民主主義を守るためだ」
などと話し、容疑を認めているという。＊＊議員は、荒川容疑者と
面識はなく、
「どうしてこんなことをされるのか。理解に苦しむ行為だ」
と話している。

１９９９年１２月１０日付朝日新聞
（ソース http://mytown.asahi.com/kanagawa/news02.asp?kiji=2289）

10 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 00:52

>>9
ソースが古いが……。

言動から考えると破瓜型統合失調症だな。

11 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 01:46

同姓同名ではなくて、同一人物？
http://ebi.2ch.net/sisou/kako/1005/10054/1005482999.html

12 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 02:24

>>5
ECell関係者とおもわれ。
予算の額とは裏腹にシミュレーションの市場は小さい。

13 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 07:44

>>9-12
E-cell関係の雑談がしたいのなら隔離スレに異動。

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

14 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 13:59

ここすっかり寂れたね。

15 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 15:41

専門的なスレなんて、生物板ではこんなもん。
今までが異常。
荒しを呼び込んでまで盛り上げるのには反対だし。

ま、各論スレに人をとられたせいもあるが。

16 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:27

だーな

17 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:31

つーか、類似スレおおすぎ。
そんなに研究者人口いねえだろ。
この分野のヤシラはデスクワークが多いのか？

18 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:43

ある程度内容を把握してからコメントするというスタイルが
各論スレで果たされてしまったので、以前のようなノリは
ちと難しいかな、と。

19 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:50

>>17
毎日PCに向かってるよほかに向かうものがないくらい

20 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:52

研究者人口。。。。増えてるんじゃないか。
国が予算ばらまいているようだし。

21 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 17:54

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22 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 20:28

>20
「研究者」の定義によるんですけど。SEをふくめるなら確実に増えてる。

23 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 23:16

35 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 02:10
>あと、シミュレーション・アルゴリズムとシミュレーターソフトウエアとは次元の
>異なる話で、例えばGillespieアルゴリズムが使えるGepasiとか、
>S-System、GMAアルゴリズムが使えるPLUSでどんなモデルを作ろうとモデラの
>自由なわけで、シミュレーション・ソフトウエアがモデリングの方法論を
>決めているというよりは、シミュレーション・アルゴリズムがモデリングの
>方法論を決めているんじゃないですか？
>
>だからecellの方法論がおかしいという議論より、
>このシミュレーション・アルゴリズムの方法論がおかしいという議論の方が重要だと思う。

なんか読み取りにくい文章だな。
だかーらー、現行の ECell が採用しているアルゴリズムは主にキングアルト
マンの方法で、これは定常状態近似と空間的な一様性の仮定を使っている。
そこから「生体ではありえない！」「細胞まるごとに適用するのはどうか？」
という批判がでてきたわけだろ。
キングアルトマンの方法は適用さえまちがえなければ有用。 ECell がそれ
を実装してもいい。
だが、そこから出てきたデータを安易に実際の細胞でもおこっていると主張
するのは「おかしい」。（君の言葉を使えばだが）
そういうことだろ。

24 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 23:17

↑で勝負決まっちゃった感じがするんですけど‥‥。

25 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 23:27

いーせる　といっただけで拒否反応しめしちゃう古いタイプの「生物屋」

　と

上っ面なでただけのシミュＤＱＮ

今までこんなヤシラばっかだったのか（一部のぞいて）‥‥。
教養なさすぎるぞ

　日　本　の　ア　カ　デ　ミ　ズ　ム

26 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 23:41

>>23
現在の E-cell がどういう方法論を採用していようとそれは構わないが、
「理想の E-cell」（E-cell 2ch版？）がどういう方法論を採用すべきか、
それぞれの方法論にどういう長所と短所があるのか、を議論することの
ほうが大事だと思うけどなあ。現行の E-cell 批判だけに終わってしまう
のではつまらない。

27 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/08 23:50

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28 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 00:20

真面目に話している人もいるところで恐縮だが、E-cellの話題はスレ違い。
E-cell関連で2つもスレがあるので、わざわざ「教えて下さい」スレでやる必要は
ないのではないかと。

24-25は内容的にはたぶん隔離スレ向きだと思う。
学術的な話よりも罵り合いがやりたいみたいなので。

23は「各論」スレからのコピペ。たぶん24の仕業。書き込んだ本人が「各論」スレで相手にされずコピペ？
「各論」スレは前向きな議論（批評→展望）が好まれているので、批評のみの
書き込みが嫌われたせいかもしれない。

26は「各論」スレに行けばお望みのものが見られる。

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

バイオインフォマティクス各論-物理・化学的情報-
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1059907347/l50

というか、なんですぐにE-cellの話になるのだろう。「教えて下さい」スレで。
E-cellの話をする人が多くて隔離スレができて、それに飽き足らずに学術的な話を
したい人が「各論」スレを立てたので、それらの資源を活用して下され。

29 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 00:25

>>26
つまらない、ねえ。
単に貴方が「長所と短所」を解説してもらいたがっているようにしか
みえないなあ。

30 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 00:32

>>29
>>28を読め

31 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 00:35

>>29
単に、というかよく知っている人に解説してもらいたいのは事実です。
もちろん私なりの意見はあるけど。
長所と短所を箇条書きで列挙するというよりは、個々のケースでの
使い分けかな。

>>28 の言うとおりスレ違いらしいので、これ以上は適切なスレで。

32 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 01:06

他のスレでよい発言があったら紹介してもらうのは別にかまわんが‥‥。

33 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 07:46

>>32
Ecellの話はもういいじゃん。スレ多いし。

34 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 11:38

各論スレも途中まではよかったんだが、なんか知ったか君がまじった
ようでアレレ‥‥。

平衡状態と定常状態の発言なんてなんかおかしかったぞ。

35 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 11:54

研究室でもいるんだよな、こーゆーヤツ。
流行のいっけん小難しげに見える知識を披露するんだけれど
聞いているとどうもあやしい。未消化な知識たれながしてる
だけじゃねーかって疑念が湧いてくる。
オイラは実験メインなので詳しいことはわからんが、こーゆ
ーヤツが意味のあるプログラムを書けるかというとそうでも
ないみたいだ。

なんかキモいんだよなあ。

36 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 12:46

> オイラは実験メインなので詳しいことはわからんが、

なにそれって感じ。貴方それでもサイエンテイスト？

37 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 12:51

以前、どっかのスレでドライ屋の提案をウェット屋がなかなか
のってくれない、みたいなのがあったけど、なーんかツボはず
してんだよねえ。

38 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 12:56

んで誰からも相手されなくなっていく。　ぶ

39 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 12:58

祭りの予感。
台風でどこもいけねーしヒマだ。
やるならやるべし！

40 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 13:07

>>37
つぼ外してるって思い込んでるだけで、
実は理解できてないんじゃねーの？＞ウェット屋

41 ：３６：03/08/09 13:15

詳しいことはわからない＝能力がない　わけではない。
実験データの解析ソフトは自作してるよ。

それで、たまにバイオインフォマティクスかぶれの学部学生が
きたりするんだけど‥‥‥
全然ダメ。
能書きばっか。ソースも満足に読めない。ファイル操作も満足に
できなかったりする。

42 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 13:42

まあ、学部学生なんだったら、突き放すだけじゃなくて
せっかくの興味を生かす方向にちゃんと教えてあげればいいんじゃないの

43 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 13:56

まだ４２はわかってないみたいなんだなあ‥。

44 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 14:08

ここがネタスレだということに、、、ってか？

45 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 14:10

>>41 それは、ソフトウェア会社でもかなり似た状況かも・・・

ホントに優れたプログラマって少ない。
アルゴリズム作れるレベルなんて皆無に近いが、アルゴリズムを実装できるのさえ希少。
大抵はどっかのソースをコピペするのみ。改良さえしない。
まあ、そんなものなんだろうなあ

46 ：35=41：03/08/09 14:42

まちがって３６とか書いちまった。ごめんよー。

まあ４５の言うとおりなんだろうな。

47 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 15:59

それは個人の問題であって、過度に一般化すべきではないと思うが。

48 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 20:09

そうでもないぞ。

49 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 21:59

gene ontologyどうよ。
某メーリングリストで話題のｗ

50 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 23:52

>>40
その通り、理解できてないんだよ、ウェット屋。
でもさ。
クライアントはウェット屋なんだから

ち　ゃ　ん　と　理　解　で　き　る　よ　う　に　説　明　し　ろ

（さもなければ誰にも使ってもらえない自己満足オナニーウェアに
なっちまうだろ）ｗ
なくてもかまわない技術を売り込みに行くんだったら
営業努力をもうちょっとしろってかんじ？

51 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 00:00

ていうかそもそもマジメに理解したいとおもっている
ウェット屋自体が圧倒的少数なんだよね。
それよりもさ、フナコシとかトヨボーとかの試薬屋
のカタログみて最新キットの説明書でもよく読んでさ、
ありきたりの材料を最新キットで処理して実験するだ
けで、十分IF高い論文に雑誌出せるんだもん。
そういう現実が一方にはある。
ゲノム情報とかって騒いでいるのも、ごく一部のゲノ
ムの人たちと本業が弱い後発新規参入組製薬系だけじ
ゃん。

52 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 00:01

だからそれよりも、CASP5で上位入賞めざせよ。
わかりやすい結果をだして、アピールすることが
大切だろ？

53 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 00:08

CASP5ってなあに？

54 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 01:42

>>51
あんたがそう思ってるうちに時代は流れてるよ。
5年後、いや3年後に、泣きべそかかずに済んでることを祈るよ。

55 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 07:04

みんな>>1を読め。そして前スレ>>669を読め。
Wet対Dryの話なんて飽き飽きだ。

CASPはタンパク質の構造予測コンテスト。
しかし個人的にはCASPにそれほどの意義があるとは思わないが。無意味ではないにせよ。

56 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/10 13:32

>>34 理解できないからって、こんなところでコソコソと・・（プ

57 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/11 11:33

>>55
モチベーションがないと盛り上がらないからでしょ?＜キャスプ

58 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/11 11:41

コンピュータやって結局そういう人種なんだよ。
真理探究したいというよりは、他人との競争に勝ちたい、
そのために人より優れた技術を持ちたい、そういうひとたちなんだ。

生物やの中にも競争好きは多いけど、彼等はむしろ宝くじ派。
他人と同じ技術でいかに当たりを引くかがキモ。
当然数打てばあたる確率が高まるから、数を撃とうとしない奴の気持ちがわからない。

一方、まったりと真理探究したいグループもいる。
彼等は技術そのものにも興味はあるが、自分が理解できないものは受け入れない。
だから、理解できるように噛み砕いて説明してくれない情報やは
いまいち好きになれない。

こういう人々がうまく折り合わないのは当然。

こんな感じだと思いますが、どうよ？

仲良くやってゆくためには、こういうプロファイリングをして
お互いの特性を理解することも大切なのではないかと。

59 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/11 22:03

>>58
そうまとめちゃうあたりにも問題があるかと。
○○県の県民性は…みたいなもんで、情報屋はこうだ、生物屋はこうだ、というほど
明確に線引きがあるわけじゃないと思う。
お互いの特性というよりは、個人個人を見極めて対応しないとね。

個人的な感覚としては、人に教えるのが好きか嫌いか、人から教わるのが好きか嫌いか、
という部分が共同研究の成否に大きくかかわっているように思う。特に教わるほう。
情報屋と生物屋のどっちがそれが得意だ、ということは感じないよ（強いて言えば
両方とも苦手ではないかな。プライドが高いせいなのか）。

60 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/12 00:20

>>59
特性と言ってまずければ、文化と言えばいいですかね?
傾向はうまく言い表してるでしょ?

61 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/12 20:24

文化を通りこして出身学部の問題かもね
生物に興味がないのに生物情報なんて扱えないでしょ。
対象に興味もなければ、インセンティブもない人間が
その世界で大成できないのは、もう必然。
計算機そのものと計算にしか興味がない人間がつくる
プログラムの典型が「ベンチマ－クソフトウェア」だ
よね。

62 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/12 20:34

つまらん煽りあいはもういいよ・・・

63 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/12 20:36

>>61
「情報に興味がないのに生物情報なんて扱えない、技術に興味を持てない人間が
大成できないのは必然」も認めるのなら、その意見にも意味があると思うが。

というかさ、だからそういう「対立の構図」で見るのをやめろって。相手の欠点
ばっかりあげつらう（そして自分の欠点に目をつぶる）のをやめて、仲良くやろうや。
そんな完全な人間なんていないんだからさ。俺やきみも含めて。

64 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 00:54

おまえら班会議の準備は進んでますか？
今年はどんな対決が生まれるのか楽しみです。
＃いつぞやの某ひげとN郷せんせ、とかね

65 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:05

「対立」ですらない。これは「煽り」ではなくて「叩き」
なぜなら、生物「情報」という用語自体、コンピュータ屋
がいいだしたこと。バイオインフォマティクスってなんで
すか？生物情報学なんて本当に必要な学問なのですか？
教えてください！

66 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:07

>>65
>>1読め。頼むから。
そして二度と出てくるな。

67 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:13

>65
きみはホモロジーサーチ使用禁止。
ゲノム配列も使っちゃだめ。
つーか、GenBankもPubMedも利用禁止。

68 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:19

>>65
part1から5まで約5000レスに渡ってやってきたことをもう一度説明しろと？

こういう奴はたぶん>>67にも難癖を付ける。そんなことまで予想できるくらい
既出なんだよ。

69 ：傍観者：03/08/13 01:26

>>65　バイオインフォマティクスってなんですか？
ry ry ry ry ry ry

生物情報学なんて本当に必要な学問なのですか？
　↓
あった方が良い。
別にオレ（生物屋かな）がその構築で苦労する気は無い。
やりたい香具師がいるんだから勝手にやってくれば良い。
いいのができたら使ってやるよ。
適当に情報は提供するから。
って態度でも give & takeで十分OK。
実際の現場でも情報屋と仲良い訳ではないが、悪くも無い。
住んでる世界が違うから、玉に虎ぶっても大事に至ったこと無いのだが。
むしろ同じ世界の方がウザイ香具師多く感じてしまう。

70 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:29

＞むしろ同じ世界の方がウザイ香具師多く感じてしまう。

そういう人のが多そうですね。

71 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:33

>>69
そういうくらいでいいんじゃない？
別に相手を蔑むわけでもなく、変に相手を立てて「共同研究！」と気負うでもなく。

72 ：傍観者：03/08/13 01:40

現実的にはね、、、
情報に興味がないのに生物情報なんて扱えない
　⇒　ウソ。面倒だから詳しい香具師に教えてもらうので大概問題ない。
　　　オレにとって生物情報は所謂final anserで無いので。ツールであり情報のone of them。
技術に興味を持てない人間が
　⇒　生物情報科学が全ての技術では無く、かつ全ての技術に興味持つのも不可能。
大成できないのは必然
　⇒　大成できる香具師って？大成って言葉を相対的に考えると数千人に一人ぐらいかな。
　　　ここにいる香具師で大成するのって皆無ということだよね。

ってことで逆も真かもね。
実際、遺伝子情報なんて所詮AGCTでしかない。
構造解析なんて生物情報殆ど無くても（ゼロはマズイかもしれんが）困らんとオレですら思うわ。
だって逆に構造解析屋の理論分からんでも答えが分かれば実験に反映させてうまくすれば結果でる。
ナマジ中途半端な生物知識あると既成概念に縛られる危険性もあるだろし。

73 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 01:58

>>72
>>63は「>>61を認めろというのなら」という前提での話なので、>>61も>>63も
どちらも成立しない、という意味なら了解だ（「逆も真かもね」以降の文章はそういう意味、だよな？）。
というか、俺自身が別に>>61も>>63の前半も信じてない。俺じゃなくて>>61に
言ってくれよな、とちょっと苦情を言いたい（ｗ
いや、>>61に言ってるのか？読解力が足りなくてｽﾏｿ。

74 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 02:00

おっと、俺は63ね。ついでに71でもあるが。

75 ：72：03/08/13 02:16

あっｽﾏﾝ。
誤解されるかなと思ったけど、良く読んでもらうと分かるから良いか、
と思っちゃったよ（藁
とりあえず手近にあったんで参照にさせてもらっちゃった。
基本的には71と同じ意見だけど61はそうじゃ無さそうなので否定すると面倒かなと（ｒｙ
ゴメン、いい加減な性格なんで生物屋向き、なんて書くと煽りになるかな。
いや～今、正にマイクロアレイやっててバイオインフォマティクス頭痛いッス。
誰でも良いから、オレにクラスタリング後の答えだけ頂戴。
PCA、ANOVA、LOWESS、etc.　ワカンネェよ、ば～か（煽り？）
って気分。

76 ：72：03/08/13 02:25

ちなみにマイクロアレイのデータ解析もバイオインフォマティクスだよね？
あんまり話題になってないの？
情報屋には小さい、狭い領域にしか過ぎないのかな？
オレは分野外なので統計学とバイオインフォマティクスが今頭の中でこんがらがってます。
どこまでが統計学で、バイオインフォマティクスなんだろ？　仕切りあり？

77 ：61：03/08/13 02:31

>>72
はまったな。
「クラスタリング」なんてやってもマイクロアレイの実験の
再現性＆S/Nまで考えたら、そこそこの実験数じゃ結果は
でないよ。俺たちのやってるチップデータの解釈のやりかたは
(1)有意なシグナルがでているとおもわれるところをまず
目で複数ピックアップして
(2)そのシグナルを出す遺伝子が何か調べて(3)共通の意味をまず考えるべし
それから、いくつかのアルゴリズムやパラメータの重みを
変えたクラスタリングを複数回試して、
(4)もっともrobustな結果を与えるもので(3)の意味にあてはまる
結果を返す方法がアタリ。
理屈は簡単で見つけたいのは離散的な現象ではなくて「意味」なのだ
から、「意味」を知らない物に解読はできない。
強いていうならLOWESSはとっつきにくい。

78 ：72：03/08/13 08:45

>>77
詳しくは分からんけど、今まで多分同じようにやってきた。
特に、”見つけたいのは「意味」”というのは同意見。
むしろ私も類似のことを他人に言ってきた。
再現性＆S/N は確かに問題で統計的意味は？だけど、これはオレの能力不足か。
情報屋がオレから見ると良くも悪くも無味乾燥な数値データと遺伝子リストを作成する。
強調するが、バカにしているんでは無い、そのスタンスを尽き進めることの意義も否定していない。
ただオレも目的は生物学的意味なので異なる方針を取ってきた。
つまり、オレ実験　⇒　結果　⇒　生物屋としてオレ＋α、情報屋に提供　⇒　各々別個に解析
みたくやってきた。
だけどある程度オレが情報屋の理論（重要なとこだけでも）マスターしないと両方のメリット生かした答え
が出せない時期かなと。

79 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 10:36

>>77が書いている程度の「生物学的意味」さえ知らない情報屋、というのは
あまりいないように思うが。

たぶん知識や技能の有無ではなく、単に目的の違いだと思う。
生物学的意味を求めることと技術を開発すること、どっちが上等（あるいは正統）、
という考え方が間違ってると思う。
>>77は決して無能ではないようなのだが、やはり「自分と異なる＝敵」という思い込みが
あるのではないか。

ちなみにこの議論も超既出なので、ほどほどにしたい。

80 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 11:25

>>76
統計学とバイオインフォの仕切りは特に意識しなくてもいいと思う。
けど、まあクラスタリングよりは統計解析のほうが優先事項じゃないかなと。
きれいごとをいえば、統計的有意性が出る程度には繰り返し実験をすべきだと思う。
じゃないと捏造になっちゃうしね。ま、きれい事だけどさ。
最新のNatureの記事にそんなのがあったような気がするけど。

81 ：61：03/08/13 13:32

>>79
それがいっぱいいるからこまっているわけですよ。
78も指摘しているが「無味乾燥な数値デ－タ」を量産したあげく、
コンテクストを無視した間違った統計の使い方から「デ－タマイニ
ング」されると、現実には害悪になることもあるわけです。
特に企業の場合ですね。
だから、超既出なんだけれど、くり返し言いたいわけです。
この板を読んでいる大学院生とかかけだしのバイオインフォマティ
シャンの皆さん。もし共同研究者から「あの人は生物の知識がない」
「生物のセンスが悪い」とか直接又は陰口で言われたら、真摯に
反省して猛勉強してくださいよ、お願いだから。

でもこう書くと必ず「抵抗勢力」が技術の重要性とかなんとか
わけわからん議論を繰りかえすわけです。
なぜ「生物の研究には生物学のセンスが必須である」という自明の
ことにそんなに反論がくるのか俺には全く理解できない。

82 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 14:08

>>81
だから「生物の研究」ばかりを強調するからだろうと。
状況によっては生物学を第一義にしない場面もある、ということを認めるべきではないかな。
分子生物学者が普段の研究の際に化学的真理の追求を第一義にしないように。
（分子生物学者の語る「分子」が噴飯物だ、という煽りは化学板で稀に発生する）

その意味では、自分と違うものを受け入れられない、「抵抗勢力」あるいは「守旧派」
は、情報学や新規技術を軽視するきみもそうではないかな。そもそも「抵抗勢力」は
改革を受け入れられない、古くからある「キットとマニュアル」から離れられない
人のことを指すものだと思っていたが。
だいたい、対等な二者の間で対立（例えば陰口を言いあうとか）があると思うのなら、
それは間違いなく両方とも悪いんだよ。どっちかが「抵抗勢力」じゃなくてね。
>>61以降ずっと我田引水的なことだけを語り続けているのを見ると、余計にそう思う。

生物学的な技能の重要性は当然否定しないが、それがあたかも世界を規定する
かのように考えるのは、あまりにも自己中心的な世界観ではないかな。
「分子生物学」で重要なのは「生物」、「情報生物学」で重要なのも「生物」、
「生物物理」で重要なのも「生物」と生物学者が考えるのは不自然ではないが、
それを他者にまで押し付けてどうする。他者には他者の研究がある。

という議論もさんざん既出。いい加減過去スレを読めと。

余談だが、「間違った統計の使い方」をするのはむしろきみのような生物屋では。
コンテクストばかりを強調しているのを見ると。
コンテクストを意識しすぎて「捏造」に到達するパターンか（大多数の生物研究者は
そうじゃないことも強調するが）。
情報屋でありながら「間違った統計の使い方」をするのなら、それは生物の知識が
ないからじゃなくて、情報屋として無能なだけ。

83 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 14:21

長文の上に繰り返しで申し訳ないが、「生物の勉強なんかしなくていい」と言ってる
わけじゃないぞ（そう読めたらｽﾏｿ。誤解だ）。
ただ「情報屋が生物を理解しなければならないのと同じくらいには、
生物屋も他分野を理解しなければならない」といいたいだけ。

このスレに出てくる一部の生物屋が、情報屋には生物を勉強しろ勉強しろというわりに
生物屋は情報学も物理も化学も数学も勉強しなくていい、みたいな自分勝手な主張に
流れることがあるのでね。
ま、>>81がそう主張したいわけじゃないのなら失敬。

84 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/13 22:04

だからさ、お前らもういいじゃん。
いつまでやってんの？
part6始まってからE-CELLとウェット対ドライの話しかしてねえじゃねえか。
何回やってると思ってんだ。61は論外だが82-83だって同罪。

85 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 00:21

ウェット屋からドライ家に告ぐ

君らは重箱の角を執拗につつく様に計算機でシコシコとデータ改竄し
我々にその結果を上梓しなさい

はっきり言う

ドライ家は一体何を解明しようとして働いているのだ？
ウェット屋は君らを新手のテクニシャンとしてしか認知できない
どうしてその成果に生物学的見知が含まれるというのか

往々にして結論を下す判断(根拠)が甘いと痛感する

86 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 00:55

そのうち実験しだすヤツもでてくるような気がするが。。。。

87 ：sage：03/08/14 01:34

おまえら最近読んだ面白いとおもった論文はなんですか？

88 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 01:48

最近PubMedでヒットした古い文献が山積みで、
新しく面白いのを読んでる暇が無くなった。
これも情報の弊害？　
　注）　↑　は情報屋のこと言ってんじゃないので煽られんなよ。

89 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 03:40

>>85
> 往々にして結論を下す判断(根拠)が甘いと痛感する

それは自分らのフレームワーク以外で判断されたものに対する理解が浅いだけでは？

一言でいえる事柄でも、裏に何重もの暗黙の仮定や事実の上になりたっている。
しかし、共通了解になっているのでわざわざ明示することはしない。
こんなことはどんな学問にもいえることでしょ？生物学も然り。

たとえば統計学のようにデータのみからある事象を説明しようとする立場なら、
生物学的知見ってむしろバイアスになる可能性すらある。こういう立場の相手に、
「統計屋は生物学を理解していない、軽視している」ってのは筋違いな話。

だが、自分の分野ではない学問への理解や共通了解を身に付けるのは、すごく大変なわけ。
だから異分野間のコラボレーションや、異分野の考え方に疑問を抱いた場合は
遠慮なく議論するっていう環境が重要になってくる。

90 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 09:07

>>89
同意！
統計屋を納得できるデータ出せばいいことだし、納得させられなきゃ議論する義務あり。

あと61や85に質問（同一？）。
君ら自身ではなく生物屋一般についてだが、
よく論文などでコンテクストを無視した間違った統計の使い方を悪用（？）して
おいおい、これは無意味だろうって数値に検定で有意だから、
って図恥ずかしげも無く出してる生物屋見たこと無い？
ああいうのは双方から小馬鹿にされるべきなのかな？

91 ：61：03/08/14 10:39

>>90
「統計屋を納得できるデータ出せばいいことだし」
そのへんが大勘違いだってなんどもいってるんだけど。
デ－タっていうのは、統計屋のために出すわけでもなければ
統計屋の納得するデ－タがいつでもでるわけでもない
特に生物系のデ－タでは!
出ないデ－タは出ない。わかってちょ＾＾
これだから現場を知らないバ－チャルなやつらは嫌われる
と言うのだ・・・w
「自然科学をやる資格がない」ととられてもしかた
ない発言であるし、そういう発言がウェット屋を
煽るんだってば。いい加減に学んでおくれ。

コンテクストを無視した間違った統計の悪用に関しては
「そういう論文にだまされるやつらは小馬鹿にして放置」
が基本。ただし会社だと、決定権を持ってる文バカが
だまされて、チ－ムやプロジェクト全体に害悪が及ぶことも
ある。だから、生物屋だろうが情報屋だろうが文バカだろう
が、ともかく知識のない香具師、コンテクストの読めない
香具師は、足もとをすくえるチャンスがあったら徹底的に
攻撃して、身近からはとおざけておくのが生き残りの基本。
当然ウェット屋同士の競争は熾烈だよ。

92 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 10:51

あ、81は別人だよ－
俺はドライ屋の一部に「技術の開発にのみ興味があり」
「なにかを解明したいわけではない」という人びとがいる
ことは理解しているし、その人たちの技術屋魂も一部
理解できるよ。

93 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 10:59

>>82
いや82さんはわかってるみたいだから特に言うべきことでもないんだが
ひょっとして気付いてないかも知れないから言うけれども
「ここは生物版です」
生物板は、生命科学等の学術的な話題の場です。
生命科学からかけはなれた情報や物理数学の議論は
よそでやってくださっていただけるとうれしいですね
荒しととられてもしょうがないですよ。

まあ82さんにはきっと「生物学のセンス」というのが
どういうものかまったくわからないから臆面もなくそう
いうことが書けるのでしょう。いいわけのように
＜「生物の勉強なんかしなくていい」と言ってるわけじゃないぞ＞
なんて書いてますけど、教科書や論文だけで生物の勉強ができると
思ってる時点で、もうアウトですよ。情報板へお帰りください。

82さん、あなたは生化学なりクロ－ニングなりを一度でも自分の手で
やったことがありますか?そしてせめてIF2以上(ぎりぎりJB class
2chではクソ雑誌とけなされている)に論文を通したことがありますか?
「活きた生物学の勉強」というのはそういうことではありませんか?

94 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 11:22

別に計算機を駆使して生物現象を追っても構わないが
そういう人はこういうことに注意を払うべきである

(1)未に解明されていない生物現象は統計処理で見えるとは言いきれない
ペアノ公理系(ノイマン型だっけ？)で稼働する計算機とは原理が異なる生物現象が存在する
いくら有意な統計結果でも対象の変数と実際の要素とが一致する場合がまれである
つまり厳密にシミュレートしてもやはり理想化に留まる
ウェットでも仮説の採り方如何でそうなる可能性は大きいのだが
直接実験動物に関与する分だけ「正しい現象を追っているか否か」に「途中で」気づくのだ

(2)全体を俯瞰する結果に「例外」が含まれない
細胞の挙動からすると度外視せざるを得ない結果が「統計的有意さ」だけで取り込まれる
(ry

他にも手法に依存した結果解釈の相違点はあるが結局
どちらも一方のみの一辺倒で現象を解明できる時期ではなくなった
互いに補完し合うのが多角的視点の確保という点で必要なのかも

95 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 13:09

>>93
読んでて疲れたが、82は生物屋だって。
何？　生物学を礼賛しないやつはみんな情報屋だと思ってたわけ？

例えば生化学を語る以上化学は理解してるんだよな？　企業にいるんだったらわかる
だろうけど、化学をわかってない生物屋ってのは生物をわかってない情報屋以上に
バカにされてるんだよ。他人に言うくらいなんだから、自分はちゃんと改めろよ。

他分野への敬意がないやつがどうして学際スレに出てくるのかな。
生物板だから生物だけ語ってればいい、と思うんなら、自分が来なきゃいいじゃん。
わざわざ既出の議論をしに得意気にバイオインフォスレになんか出てくるなよ。
トリップまで付けて。

で、少なくとも、統計に対する姿勢は改めたほうがいいよ。むしろ自然科学の本質が
わかってないのはきみのほうでは。再現性が担保されてないことを自慢してどうする。
「出ないデータは出ない」って。きみこそ自然科学をやる資格がない。
きみのいうところの「活きた生物学の勉強」のレベルはそれ？　キットとマニュアル
で活きた生物学？
例えば>>94が指摘している事例は「統計解析を使用する際に注意が必要な例」であって
「統計解析が不要である例」じゃないよ。

96 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 14:21

>>93 疲れるって愚痴をたれるくらいなら読まなきゃいいのに
こっからしたは無視していいよ

別に生物学を礼讃しないから情報屋だとはおもってないよ
ウェットをやったことのない奴が、偉そうに統計とか語って欲しくないわけ。

ウェットの人間が現場で再現性を担保するために努力してるか、あるいは
担保できないデ－タからいかに有意なコンテキストを作成するために
技を磨くか、現場知らないあたまでっかち君には一生わからないだろうな。
というか、きっちり再現するとわかってるんだったら統計なんていらないだろw
一例だけで全て語れることが担保されてるわけだから（爆笑
あんた統計学についても、な～んもわかってなかったりして(ぷ

キットキットとばかにするが、そういう自分はちゃんとキットが使えるんだろうな?
という質問だよ。そこまでばかにしてるんだったら、やったことのない奴は
厨房とさげすまれても仕方がないな。

あんたがいったい何をめざしているのかわからない。
煽られて脊髄反射で書き込んだのかもしれない。夏厨にありがち。

97 ：そういう技術屋は：03/08/14 14:25

>>92
プロジェクトで実需ｽｼﾞと組まないとだめだろ？
全体を見渡せるプロジェクトデザイナー(リーダー)の存在さえあれば、
手先となっている下々は視界の狭い競馬ウマでもかまわないが、
リーダーがダメならどこへ行っちゃうかわからない。
いまのプロジェクトリーダーはどうなのかな？

98 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:32

>>58-97
まわる～まぁわるぅ～よ、議論はまわる～
自画自賛、あおり叩き繰りかえぇぇし～
今日は終わった議論さえも、
生まれ変わって蒸し返すよ～ｗ

99 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:33

> というか、きっちり再現するとわかってるんだったら統計なんていらないだろw

あなたホンモノですね。それだったらそれこそ生物学もいらないよね。

> 煽られて脊髄反射で書き込んだのかもしれない。夏厨にありがち。

どう見ても>>96がそう見えるぞ。
いちいち煽り口調で書くの止めてくんないかな。すごく不快だよ？

100 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:40

>>99
>>98

101 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:43

>>96
だから他者のみを言及するなって。
きみの書いていることは、そのまま情報屋をバカにする生物屋にも当てはまるんだ。
あと、「再現性」の意味を間違えてる。それから俺はウェット屋だってば。

たしかに>>93は煽りだったかもしれんので謝るが、その我田引水をやめて欲しいんだ。
きみが「いったい何をめざして」バイオインフォスレに来てるのかがわからない。
「今まで誰も語っていないようだが、バイオインフォとやらに物申す！」という
気持ちで来ているのなら、今まで誰もが語っていることだからやめて欲しい。

正直、俺は>>96がそれほど無能だとは思っていない。書き込みに取るべきところも
それなりにある（俺と煽りあいをしているときを除けば）。
ただ、他所様のスレに顔を出す以上は自己愛をある程度は封じて欲しいのだ。
相手の欠点を指摘したければ、自分の欠点とも向き合って欲しい。「相手さえ改めて
くれれば良くなるのに」という態度では、いつまでたっても仕事が進まないのではないか。

102 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:46

うわ！
長文書いてるうちにレスがいっぱい。

というわけで、煽ったのは確かに悪かったと思うので、この辺にしようよ。
「既出の議論が無意味だ」ということがわからないほどの人間ではないと思っている。

103 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:49

ﾏﾀｰﾘ(　´∀｀)

104 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 14:51

たびたびｽﾏｿ。

> たしかに>>93は煽りだったかもしれんので謝るが
は、>>95は煽りだったかもしれんので…の間違い。
あと、97-100までは俺じゃないぞ。

105 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 14:51

不快だったのは悪かった。
だがあなたも他人をバカにする口調をあらためて、質問に
答えてください、ぜひ。ついでにコテハンかトリップつけてね。

百歩ゆずって、結局、「学際領域のバイオインフォマティクス」
を志向してる人がいるとします。
(しかも生物学にぜんぜん興味もないし、そもそも生物学に
はキットバイオロジ－も含めて「生物学的センスが必要だ」
ということには想像すら及ばない、特定の生物現象に
興味もなければウェットとの密な交流も必要ないという立場)

99さんはそういう立場を擁護したいんですよね?
そういう人たちは、いったい何を目指してるんですか?
そしてそれはこの後、さらに学問として発展する見通しが
あってやってるんですか?

これも類する問いに対する答えが何度となく発せられ、
過去スレでも明確に答えられていなかった。
ウェット系擁護の、バイオイフォマティクスに懐疑的な人たちは
みな、この問いの答えが知りたい。

106 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 15:05

こらこら。

> (しかも生物学にぜんぜん興味もないし、そもそも生物学に
> はキットバイオロジ－も含めて「生物学的センスが必要だ」
> ということには想像すら及ばない、特定の生物現象に
> 興味もなければウェットとの密な交流も必要ないという立場)

その口調はやめなさいって。

俺の立場はそういう人たちを擁護しているのではなく、
「生物屋が想像しているほどには、そんな人はいない」という立場。全くいないわけ
じゃないだろうけど、明らかにごく少数派だろう。

どう考えても>>98に怒られそうな議論になるが、生物屋はどうしても「生物第一！」
みたいな姿勢じゃない人を批判したがる（いや、俺だってそうじゃないとは言わん）。
で、そういう人のことを「生物学にぜんぜん興味がない」のだと錯覚するのだと思う。
落ち着いて話しあって見ようや。そしたら、もしかしたら
「まあ興味の第一が生物じゃないかもしれないけど、生物学にもそれなりに興味がある」
ことがわかるかもしれない。

で、この手の話は
> 過去スレでも明確に答えられていなかった。
過去スレでも明確に議論されてるんだ。>>98ｺﾞﾒｿ。

107 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 15:15

糞ｽﾚﾏﾝｾｰ

108 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:07

>>106
キミはいい人だなあ。しかし、落ち着いて話せば話すほど

「見掛けだけでしか生物に興味を持ってない」

ことがわかるだけだよ。重要性を理解しないならＢｌａｓｔをつかうなとか、
マイクロアレイのクラスタリングもバイオインフォマティクスだから、
つかうなとかっていう

ただの煽り

は、まったくのナンセンスだが、はっきり言って生物やから情報やへ
アプローチする必然性が少ないのも事実。だって、製品になったものを
潤沢な予算で買ってくればいいだけのことだもの。製品が出来るプロセスなんて
後日談でプロジェクトＸのストーリーとして放送されたのをみて感動すれば十分。

ま、お互いそういった相手とどうやって折り合いをつけるかを考え
どういう関係になれば互いを尊重できるのかを考える次のステップじゃないかな。
輪廻転生の

壊れたレコード議論

は、そろそろやめようよ。

109 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:11

ま、はっきり言って分子生物やの多くは

研究対象に愛情を持ってるわけじゃない

要するに手っ取り早く既存の道具を組み合わせて

名前を上げたい連中

がほとんどだ。だから、理解できない技術を持っている奴が、
自分に有用でない間は

敵対心むき出し

になってしまうのも致し方ないのだよ。

110 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:30

>>108
「アプローチする必然性が少ない」なんてことを書いている人が、落ち着いて
話しあってるとはとても思えないが…。
頭っから「こいつらは他所者だ」と思って話しているんじゃない？
> 「見掛けだけでしか生物に興味を持ってない」
こんなこと、そう簡単に見破れるとは思えないよ。

きみはたぶん61とは別人だね。同一人物だとしたら頭に血が上ってるか。
「製品になったものを」というエサを待つ雛鳥みたいな体質（自らの欠点）を
あからさまに見せるような真似からは、少なくとも61のクレバーさは感じられない。
「煽り」だと思う前に、重要性を真面目に理解しようとしない自分を省みてくれ、
とまた同じことを書かなきゃならんのか。

> そういった相手とどうやって折り合いをつけるかを考え
> どういう関係になれば互いを尊重できるのかを考える
ここだけまともだが、これだってさんざん既出の議論だよ。
「壊れたレコード議論は、そろそろやめよう」には賛成なんだが、それがなぜ
こういう書き込みにつながるのかがわからん。

>>109も煽るな。
くだらない煽りあい（文字間にスペースを入れるような）をやってるから>>107みたいな
こと書かれるんだよ。

111 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:41

>>all
あのね　本来は方法論と手法とは不可分だったのね
アイデアを創出し仮説をたて　その検証が「実現可能かどうか」を現行の技術で判断する

いまはその技術が独立していて
開発者からは「ry」
ユーザからは「ry」

双方の言い分は食い違いというよりかはむしろどちらも本来の意義からは無意味なのね
そこのところをここの人らは理解できていない

112 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:47

せっかく仲裁に出てきてくれたのに悪いが、「そこのところをここの人らは理解できていない」
と言われると、どうしても>>1に引用されている前スレの669を思い出す。

つまりそれも既出です。

いやいや、>>111に反対するわけじゃないよ。逆に言えば、そんなことさえも既出
だというのに、まだ議論してるんです。この人たちは。ｵﾚﾓﾅｰ

113 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 17:57

自作自演ですか？

114 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 18:02

>>113

>>111 ≠ >>112

>>111 より

115 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 18:08

>>113

というか、どこを見て自作自演だと？
俺はむしろ>>111に「反論しないんだったら難癖付けるなｺﾞﾙｧ」と言われると思ってたくらいなんだが。

>>112より

116 ：111 ：03/08/14 18:40

>>115=112

研究してる時は信じられない程度に煽られてますので
2ch上で煽りを受けても言うほど影響を受けませんから
お構いなく

117 ：90：03/08/14 19:19

>91
遅くてゴメンよ。今更だけど君は勘違いしてる。
オレはコテコテの生物屋、ウェット大好き研究者なんでけど。
統計屋を納得できるデータ出せばいいこと　⇒　これは自己の戒めでもある。　
90を読んで、それだけでドライな香具師と思う方が見識が狭いのかもよ。
喧嘩や煽りは本意ではないのだけど、客観的にね。
現場を良く知ってるし、統計屋の納得するデ－タがいつでもでるわけでもないのも承知。
だからこそオレは生物屋としてのレベルアップも兼ねて彼らの意見も無視すべきではないと思う。
レベルアップにはならんケースもあるだろうが、それも承知で。
一部に無能な統計屋・情報屋がいるとしてもそれで全てを否定するのはいかがかと。
統計屋って監査みたいなもんだと思う。
はっきり言ってウザイ時もあるし、監査項目なんてクリアしなくても生物学的意義に変わりが無いケースの方が殆ど。
だけど、企業では論文書けばいいだけ（←ちょっと言い過ぎ）の大学とは違う。
大学では一回の実験でもgoodならとっとと論文競争せんといかん（極論ですが）が、企業はスタンスが異なる。
報告書、特に外部発表なんかではミスは致命的になりかねん。
統計屋は煩いかもしれないけど、監査に対応する義務と同様、彼らも説得する義務は全く無いと思えない。
監査でも監査員は実験手法に加えて、再現性や統計的有意性も重要視すること多くない？
例えば論文でも投稿してレフリーが統計学的優位性にクレームつけたら、同じコメントするのかな？

118 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 19:31

>>117
少し伺いたい
企業では基礎研究(完全に純粋なサイエンスの意)できるとお思ですか？

企業＝バイオインフォ＝お手軽なシミュレート≠地道なタンパク取り扱い
な認識をお持ちだとおそらくあなたには統計屋など不必要だし
そういうウェット屋が多いとバイオインフォが根付かない

時系列でみてドライ屋は新参者だからウェット屋が受け入れないと
そもそもの学問として成立しまい

119 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 19:46

　　　　　　　／:::::::::::::::::::::::人:::::::::::::::::::::::::＼
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　　　　|:::::|　　　　　　　　　　　　　　　　　　|:::::::|　　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
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　　　　|::::::::::| ＼＿＿＿＿＿＿＿／ |::::::::::::::::|

120 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 19:46

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121 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 20:05

>>118
そのレスはちょっと見当違いでは？
少なくとも>>117に聞くことじゃないな。

122 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 20:06

>>118
117ではないが、そういう話ではないんじゃないかな。
という以前に、シミュレーションの話はしてないと思う。このスレではなぜか
バイオインフォというとすぐにシミュレーションの話になるわけだが、企業で
バイオインフォといえばむしろシミュレーションは出てこないのでは。
117は結局「統計」の普通の使い方を語っているだけだと思うが。

最後の文章は煽りのつもりならやめてくれ。煽りじゃないのならなおさら。議論をループさせるな。

123 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 20:06

>>121
ｹｺｰﾝ

124 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 20:36

まあ俺はわりと >>106さんの説明で6ー7割近くは納得がいった。
ただ「この手の議論は過去スレでさんざんなされてきた」が
それでもループするのは、バイオインフォを煽る側と擁護する側の
現状認識の違いなんだとおもうけどね。

あと >>109 さんの意見にはまさしく同意。
最新式のキットと既存の技術を組み合わせて
「てっとりばやく名をあげる」ことが至上命令。
だが、これは現在の大学への科研費やCOEの予算獲得競争の
ものすごい弊害でもあるわけで、直近５か年の高IF論文の成果
だけで、予算配分や学部学科研究室の存続がきまるというのが
昨今の生物系学部の実情なわけである。

そういう人びとから見ると「何に役立つか明確な見通しはないけ
れども、純粋に技術の改良だけしていれば飯が食える」世界の人
は、とてもうらやましいのですよ。嫉妬ですけどね。

125 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 20:50

>>117
「統計屋を納得させるデータをだせばよいこと」って
本当かなあ。
本質的に、ウェットで実験してる人が実験条件として
把握していないパラメーターが実は他にあって、その
せいで、その未完成な条件では「再現性があるほうが嘘」
「統計をとる事自体が罠」なんてことはないか?
試しにNature Cell Scienceに出されている実験を追試しても
追試できなくて、学会であったときに担当者に聞いたら
「実はあとからもっと重要なパラメータが」なんて話は
日常茶飯事だろ?

126 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/14 21:01

>>118
俺の知ってる企業では、薬理毒性臨床開発あたりに
「統計処理」のエクスパートが多数いるが、彼等は
バイオインフォとは呼ばれていません。
前臨床、創薬基盤などに分類される分野には、ドラッグ
デザインみたいなことをするエセバイオインフォ屋が
一時期たくさんいましたが、いつまでも薬が出ないので
少しずつ転職をせまられ、いまは小数派らしいです。
そのかわりゲノム創薬とかいうことで、配列情報やチッ
プ情報を取り扱う人たちが鳴り物入りで登場したあげく
センスの悪さをいきなり露呈して、現場と摩擦をおこして
るなんてことが・・・

いや、みんな知り合いからの伝聞情報ですよ。
俺は無関係ですよ。

127 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/14 21:53

だから違うんだよね、バイオインフォマティクス(スレタイ)の解釈の仕方が。
「差」があるかないかさえを検出可能なら
差が「どの程度あるか」なんて統計は別に必要ないんだよ。
情報の定量は全くの無意味。情報の定性にだけ有意味。
情報の羅列で実物の細胞から得れるモノ以上の何かがでてくることは皆無だ。
これを否定する者は超常現象とやらの自然科学に反する原理を無条件に信条としているに違いない。

128 ：117：03/08/14 23:40

>>118
121や122が言ってるように何で俺に？間違い？一瞬あせってしまった（藁
一応オレ的に返答しておくと
企業では基礎研究・・・やりたい（本音）、難しい（現状）
　ただしうまく頭を使えば可能、あとそれなりの覚悟が必要。
　オレは比較的、近い仕事についてきたよ。

後半に関してはまず一言、オレ個人はドライ屋を受け入れてるし、感謝もしてるよ。
ただオレの進みたい進路とは異なるので自分が汗をかくのは限界あり。
専門家が協力してくれるのがいいんだけど。
　↑　多くがこういうスタンスです。
　よって企業ではバイオインフォが根付きにくいのも現実かも。

129 ：117：03/08/14 23:59

＞＞125（61）
例がおかしくない（逆）？
今までは　生物屋の生物的に意義あるデータ⇒統計屋が理解できない
だよね？
上の例って、
　生物屋の結果・データが悪い⇒統計（屋）により強引に有意
だよね。
多分そういうデータを有意って論文に書いてんのは生物屋が多いわけだし、結局その例では悪いのは生物屋であって情報屋では無いのでは？
「統計をとる事自体が罠」を多分、知ってて論文投稿している生物屋もいるよね。
オレは「統計で納得できるデータなら良い」とは書いてないよ。
逆で「統計上で納得できないデータは慎重に」って意見ですが。
いや、もちろんそう旨く逝かないのも知ってるし。
その場合は統計屋や監査と口頭で議論して説得させる、そういう能力も企業では必要。
もちろんデータに自信あって、大きな間違いが無いって仮定のもとですが。

130 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 00:05

>>126
一般的にドラッグデザイン系の仕事はバイオインフォとは違うという認識が
強いと思う。それこそ臨床統計をバイオインフォと呼ばないのと同じ感じ。
そもそもドラッグデザインは情報屋じゃなくて化学屋の仕事として扱われている
会社がほとんどで（合成屋からの配置転換が多かった）、やってる人も、その
出身分野もバイオインフォとは違うんじゃないかな。コンピュータを使ってる分野は
全部一緒、という目で見る人も未だにいるみたいではあるけど。

「薬が出なかった」というほど歴史のある分野でもないので（煽っているわけでも
かばっているわけでもない）「たくさんいたのが減らされた」というよりは、
新奇なものとして扱われてたのが注目されなくなった、という程度か。
注目されてた時代よりはむしろ今のほうがドラッグデザイン的には期待ができるかな。

>>125の統計については俺もちょっと疑問符が。
その例は確かに>>129の言うように、生物屋が悪い例になってしまってるのでは。

ということで、
> センスの悪さをいきなり露呈して
ま、それはお互い様だと思って歩み寄りましょう、とまた既出なことを書いてみるﾃｽﾄ

131 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 00:42

センスの悪さをどうこう言うのなら、「生物屋」という言葉も
もう少し考えてみなければならないと思う。分子生物学ばかり
専門でやっている奴らは、驚くほど動物が扱えない。全然解っ
ていない。企業のように、専門で扱ってくれる業者に委託でき
ればいいのだろうけど、そうでない所ではその辺からうまく
行っていないようだ。

132 ：117：03/08/15 01:01

生物（屋）=　分子生物（屋）=　遺伝子屋
みたいなノリだからね。
動物扱えなくなるんだよね。
かく言う俺も実は・・・
Tg & KOマウスは作れるけど解析が・・・
（スレ違い）

133 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 01:24

>>131
いや、企業のほうがむしろ深刻なとこもある。
全部委託、ってわけにはいかないからね。

って、明らかにスレ違いだＹＯ！
製薬会社関係のスレでそんな話題が出てたな。

134 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 01:32

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135 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 03:02

使い捨て？

136 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 03:09

そうかもね。

137 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 03:12

これからバイオインフォマィクスやろうと思ってる学部生とかはどうなるんだろｗ

138 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 03:12

SEと似たものがあるね。

139 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 10:04

126,130-131
弱い者（a）たちが夕暮れ（b）～さらに弱い者（c）をたたく～
見えない自由（d）がほしくて～見えない銃（e）を撃ち捲る～
本当のことを聞かせておくれよ～

a分生や　bポストゲノム　cバイオインフォや　dプロジェクト予算　e手っ取り早いテーマ

140 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 10:38

>>139
なにかをパクって平気な奴は一生他人の尻を追ってなさい
そして「重大な成果をあげた」と錯覚して最後に後悔しなさい

141 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 11:06

本当のことをかかれて気に障ったのか？ｗ

142 ：98=108=109=139：03/08/15 11:20

>>106
>で、この手の話は
>> 過去スレでも明確に答えられていなかった。
>過去スレでも明確に議論されてるんだ。>>98ｺﾞﾒｿ。

たくさん議論されてるけど、収束してないんだよね～

>>127
キミもサイエンティストの端くれだと思っているなら、一度はきちんと統計を
勉強しなくちゃダメだぞ。

>「差」があるかないかさえを検出可能なら
>差が「どの程度あるか」なんて統計は別に必要ないんだよ。

差があるかどうかはどうすればわかるんだろうね?
その差が実験誤差に由来しないという根拠は？
統計の教科書の一番最初に説明があるはずだから、勉強してくれ。
意見を述べるのはそれからだ。

>情報の定量は全くの無意味。情報の定性にだけ有意味。

定性的議論しか出来ない奴には政治家が向いてるよ。

>情報の羅列で実物の細胞から得れるモノ以上の何かがでてくることは皆無だ。

まあ、そうだね。でも情報なしで何かが出来るのか、君は?
論理学もやり直したら～？

>これを否定する者は超常現象とやらの自然科学に反する原理を無条件に信条としているに違いない。

はぁ？

143 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 13:16

>>142
>>127はたぶん「苦言」だから、相手しちゃダメ。
相変わらずシミュレーションの意味を勘違いしているようだし。

144 ：127：03/08/15 14:11

あのねぇ
>差があるかどうかはどうすればわかるんだろうね?
>その差が実験誤差に由来しないという根拠は？
こういう発想自体が無意味だと言ってるわけね
>相変わらずシミュレーションの意味を勘違いしている
もそうだがバイオインフォは単なる抽象概念の模索で
しかもその構築の出発点は「実際の細胞から明かとされた事実のみ」なんだよ
当然そこにウェット屋でも未解明の現象が残っており
そのことが考慮なされていない(問題があるのかないのかさえ気づいていない)
そのような思考実験から出た結果に定量など意味がないと言ってる訳ね
だいたい細胞の挙動を「まるごと一遍に把握できない」から還元論的に問題に対処しているのに
統合姿勢のバイオインフォでは定性して「まぁ仮説の候補として使えるうかな」
定量など「部分仮定からの結果は(ry」

俺は統計学も論理学も学部レベルだが一応かじっているが
生物現象にそれらを適用しても必ずしも適合する方法論ではないということだ

145 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/15 14:12

>>139
おおあたり! ビンゴ! うまい。

146 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 14:17

>>140
窮極の２択だね
誰かの尻をおっかけてても、とりあえず食うこと生き残ることを
めざすか、食えなくて野たれ死んでもいいから、孤高を保つために
曠野を行くか。

だがあえて皮肉をいえば、「最近バイオインフォという学問が
人気らしいから」という理由でこの分野を選んだ学部生、大学院生
に、「孤高を目指せ」というのは無理な話だろうし。だとしたら
簡単キットでウェットやってる連中と意識レベル一緒だし。

147 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 14:21

>>144
やっぱりわかってなかった・・・。

148 ：61 ◆NPNMilunpA ：03/08/15 14:25

>>142
> >>106
>で、この手の話は
>> 過去スレでも明確に答えられていなかった。
>過去スレでも明確に議論されてるんだ。>>98ｺﾞﾒｿ。

たくさん議論されてるけど、収束してないんだよね～

ということで、学部生やこれから大学院うけようとしてる
人たちに、今バイオインフォやってる人たちの思ってる「見通し」
を語ってあげてくださいよ。

俺のウェット屋からみた見通しは「いままでのウェット屋からの
批判は、バイオインフォの当事者が、特定の生命現象にさらに深く
興味を持ち、しかも実際のデータが出る過程に存在する各実験系の
かかえる微細な諸問題にまで踏みこむことで、大幅に改善解決される
であろう。また、一部のバイオインフォ的手法の意義を認めない
抵抗勢力ウェット屋には、よりわかりやすい説明と啓蒙活動を行い
積極的に有用性をアピールし続ける必要があるのではないか?」

だけど。

149 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 14:35

しかしなあ、こんな議論を収束するまでやるのは不可能だろ。
>>148も今までに何度も何度も語られてきたことだし、それでも苦言みたいなやつは
理解してこなかった。
>>61は最初からある程度理解した上で議論に参加していたが、苦言レベルのやつに
一から統計だのシミュレーションだのを教えるのがこのスレの主旨にあっているとは思えん。
このスレで既出の議論を蒸し返すのはほとんどが苦言レベルのやつで、収束させようと
するのは徒労ではないか。

150 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 15:01

>>144
> しかもその構築の出発点は「実際の細胞から明かとされた事実のみ」なんだよ

あなたの言う事実って単なる観測ってことでしょ。
その「観測」が必ず起こるものなのか、たまたま生じたものなのか、
どうしたら検証できるんですか？

あなたの文章を読む限りでは、例えば、
車に轢かれた人を見た→人は車に轢かれる→すべての人間は車に轢かれる
っていう論理展開をしかねないように見えるんだ。そしてあなたは、
この現象を生物学的事実ってしまうと思うんだよ。

統計については全くもって誤解されているようだし、
一度モノホンの統計屋とディスカッションすることをお勧めする。
ちなみに僕はニセモノです。

151 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 15:32

>>150
だから相手すんなって。
また頓狂なこと書いてくるのが目に見えてるんだから。

152 ：山崎渉：03/08/15 17:52

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

153 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 21:31

あげてみる

154 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/15 23:22

>>148
>>142
>ということで、学部生やこれから大学院うけようとしてる
>人たちに、今バイオインフォやってる人たちの思ってる「見通し」
>を語ってあげてくださいよ。

私からここで言うことは特にありませんよ。
英語で書かれた解説はたくさんあるようなので、探してみてくださいな。
そのうち日本語の総説を書くつもりではいるけど・・・掲載してくれる雑誌があるかな。

>>149
>しかしなあ、こんな議論を収束するまでやるのは不可能だろ。

まあ、一通りの答えを出しておけばよいということで。
理解力のない人を納得させる答えは出せなくても、
常識ある人にはわかる答えは出せるかも。

>>150
>その「観測」が必ず起こるものなのか、たまたま生じたものなのか、
>どうしたら検証できるんですか？

この人は学部学生なんでしょう。しかも生物統計とかの単位を取ってこなかったような。
将来、論文を書くときに大幅に苦労するでしょうから、ほっといていいですよ。

155 ：私は生物屋です。：03/08/16 00:03

話が収束しない、というのはホントかもね、仕方ないと思うけど。
で、ちょっと聞きたいんだが。
収束しない原因のひとつにここまでの話は一般論だよね。
それが重要なのは理解できますが、ちょっと具体的なお話も聞ける範囲で聞いてみたい。
例えば、生物屋が情報屋、統計屋から実際に被ったデメリット。
こんなケースでこんな馬鹿からこんなこと言われたとか。
煽りじゃないけど61なんかこれまでのレスを見てると、具体的かつ個人的恨みがあるように感じてしまう、
勘違いだったら許して欲しいが、61以外でも何かある？
具体例は言いにくいケースも多いと思うけど言える範囲で。
それだと話もcase by caseで収束するような（かな？）

156 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 00:19

>>155
うーん、収束は無理じゃない？
確かにそれは既出の議論じゃないけど、なんかただの煽りあいに終始しそう。
「こんなバカなことされたよ」「それはあんたの方がバカ」みたいな争いを、
他の板やスレで良く見るんだよね…。

「こんなバカなことを…」という論調ではなく、「こんなこと言われたけど、
意味がわからなかった」くらいのソフトさなら（それほどは）荒れないだろうけど、
>>155のいう「デメリット」とはちょっと違うな。

正直、「ウェット屋対ドライ屋」の話題自体を終了させたいという気持ちもある。

157 ：155：03/08/16 01:33

そういえばここのスレタイって
バイオインフォマティクス　⇒　教　え　て　下　さ　い　!
だったよね。
すっかり忘れてたｗ

158 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 01:57

>>157
>バイオインフォマティクス　⇒　教　え　て　下　さ　い　!
>だったよね。
御名答

まずは >>154 が教えろや
>>154
>理解力のない人を納得させる答えは出せなくても、
>常識ある人にはわかる答えは出せるかも。
つまりコイツ(>>154)は良く理解してないから
他人を納得させれるような答えが導出できないのだと

>そのうち日本語の総説を書くつもりではいるけど・・・掲載してくれる雑誌があるかな。
私がココで聴いてあげるからその草稿を晒せ
既に英文で総論が存在する時点で日本語で総説だす価値があるのかどうか評定してやる

159 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 02:31

>>158
個人攻撃以上の内容のないカキコは止めてくれ

160 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 03:01

>>159
158=144でしょ。苦言かどうかはともかく放置。

「教えて下さい」はpart 1でのタイトルなので、part 6になってまでタイトルに厳密に
忠実な議論をすべきかどうかは疑問。それこそ144レベルの話をまたやるのは馬鹿げてる。
どうせ理解できないのに。

161 ：155：03/08/16 04:24

>>160
同意だよ。
オレが言ったのは
（情報屋に）バイオインフォマティクスを教えて下さい!　がスタートで、
決して煽りやバイオインフォマティクスの完全否定の場では無いと思ったから。
160の言うように時が立ったのだから内容少しズレのを許せば、
バイオインフォマティクスの利点、欠点を客観的に議論するのも良いかと思う。
ただし欠点の議論はバイオインフォマティクスの完全否定では無い。
欠点の議論は利点を認めた上で成り立つ。
完全否定するのなら敢えてこの場に居なくても、と個人的には思うのだが。
part 1のスレタイは正にその象徴でもあるのかなと思ったのさ。

162 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/17 19:04

もう煽り合いは終わり？

163 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/17 23:48

>>162
煽りあいが見たかったらニュー速でも逝けやヴォケ

とか？

164 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 01:29

分子生物学今までありがとう
これからはバイオインフォの時代です。
資金を得るために情報に興味も知識もないひとがバイオインフォ屋を名乗る
のはやめて下さい。R研の◯◯とか、、、、

165 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 02:38

？？？
某○？
オカ○？

166 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 02:40

みなさん
（１）普段使っているアプリケーションはなんですか？
（１．１）普段使っているライブラリはなんですか？
（２）普段使っているアルゴリズムはなんですか？

回答例
（１）blastall, formatdb, hmmpfam, ssearch, bget, clusterとか
（１．１）Bioperl, biopython, bioruby, BioLispとか
（２）クイックソート、ニードルマン・ブンシュ・セラーズ、
スミス・ウオーターマン、クレイン・金久、とか

167 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 02:56

anotationにしてもなんで
人がつけたもの＞機械でやったもの
というように頭からきめられるのかねえ？現場をしらないからそんなことが
いえるんじゃないのか。そりゃちゃんと知識の有る人間がちきんとした方法
でつけたanotationならいいけど、annotatorの実情なんてそんなもんじゃ
ないのはみんな知るところだろ。

168 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 09:37

＞biopython, bioruby, BioLisp
この辺使ってる人って見たことないけど、何に使ってるの?

＞クイックソート、ニードルマン・ブンシュ・セラーズ、
＞スミス・ウオーターマン、クレイン・金久、

これは？？？とくに最後が・・・（苦笑

169 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 13:35

正直、bioinformaticsを”まとも”にやっているのは、鶴岡だけだな。
あとは、少人数が小さくまとまって細々オナニーをしているだけ。
いくら偉そうに語っても、所詮はマイナー集団。

170 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 16:52

>>167人がつけたannotationの方が良いに決まってるじゃん。
もちろん相対的にね。
数千個のレベルでannotationしたことないやつに、
何か言って欲しくないねぇ。
機械のやったものは伝言ゲームでもう悲惨。
それをまに受けて作ったKEGGもかなり悲惨。

171 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 17:47

>>169
KOで洗脳されてしまいましたか？

172 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 18:36

KOでKOされたのでは?

173 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 19:20

煽りに弱い人多いなあ。

そして>>167と>>170は目くそ鼻くそだと思う今日この頃。
学問・理系で印象批判かよ。
というか、注目されたくて自作自演してんじゃねえのか藻前ら。論調がそっくりなんだが。

174 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 19:25

2chだから誰も真面目にやってないって。
ムキになんなよ。

175 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 19:31

>>174
ｵﾏｴﾓﾅｰ

176 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 19:47

>>173
印象批判にしか見えないのは、
annotationやったことない証拠。
100個でもやったことあればうなずけるはず。
いや、200個はやらないとダメかな。
ということで、あんたは運個だね。

177 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 20:11

既にここまでの流れが運個！

178 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 21:18

>>176
173 名前：名無しゲノムのクローンさんﾒｪﾙ：sage 投稿日：03/08/18 19:20
煽りに弱い人多いなあ。

179 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 21:34

162 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/17 19:04 もう煽り合いは終わり？
ヤッパ、煽り合いしたいだけなのさｗ

180 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 21:47

>>176は>>167だか>>170だかわからんが、人がやったのではダメだと思う理由
（あるいは機械がやったのではダメだと思う理由）を述べてはどうか。
両方とも「現場」とか「したことある」とか個人的な経験を振りかざしているだけで、
論理的になぜダメなのかを語っていない。「annotatorの実情」とか「伝言ゲーム」
とかじゃなしに、その理由。経験的にと言いたいのであれば、その経験が
それほど一般化できるものなのかどうかある程度具体的に述べてはどうだろう。
（どのくらいの種類の「機械」を使ってみたのか、何人くらいのチームでやったのか、
何種類くらいの生物種を扱ったのか、など）
「みんな知るところ」「決まってるじゃん」と似たような内容のないことしか
言ってないあたりが確かにそっくりだ。

もう「○○はダメだ」と言い捨てるやつには飽きたよ。
よっぽど為になることを書く自信がないのなら、単発の否定意見を書かないで欲しい
ものだが。それこそ>>179説を支持しそうだが、正直煽り合いも飽きた。

181 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 21:59

俺も煽りあいには飽きたが、自分からおもしろい情報提供しないで
偉そうな>>180もウザイと思う。旧帝大系に多い評論家タイプかも、
と考えると更にむかつく。

182 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 22:07

この業界、就職どう？

183 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/18 22:18

>>182
このくだらない流れから脱するためにその話題を語っても良いが、このスレだと
どうせ荒れるのが目に見えているので、本来の就職スレ

バイオインフォマティシャンになるには
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1034136443/l50

をのぞいてみては。最近書き込みがないが。

184 ：千恵子：03/08/19 00:01

http://life.fam.cx/a012/

185 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 00:56

パイオツ淫行マテシャン

186 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 09:52

要するに、

ここで書き込んでる奴は落ちこぼれ

というだけじゃないのー？

187 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 10:01

鶴岡だしな

188 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 10:12

「なぜダメなのか」は自分で考えなよ。
こんなとことでメシのタネを教える気はない。
「みんな知るところ」「決まってるじゃん」という人がいるんだから、
研究者なら、その線で動いてみたらどう?
で、違う結論にたどり着いたら、
ベターな方法とか開発して、ペーパーでも書いてよ。
こんなところでヒントをもらえたんだから、
それだけでももうけもの。
まさか答えが欲しいんじゃないだろうね。

189 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 11:12

188
よくあるパターンの逃げ方だ。
逃げるときさえ独創性が発揮できないのか。

190 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 11:20

よくあるパターンの遠吠えだ。
やっぱり答えが欲しいのかなぁ?

191 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 11:25

本音を書いて叩かれると傷つくからな
それくらいだったら他人が煽りあっているのを
みてるほうがマシってことだろ。

最初にボタンをかけ違っちゃった香具師らは、それ以降
いくら努力しても、正解には絶対にたどりつかない。
だが最初のボタンは大抵ボスがかけるので、自力では今更
どうにもならない。

192 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 13:58

どんどん糞スレの王道へと向かっているな。

193 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 15:06

他に話題がないくらいだったら就職の話題でもしようよ。

バイオインフォマティクスを専攻した学部生、大学院生、それと
専門学生の今後の就職見通しについてどうでしょうか?
・大手製薬
・大手以外製薬、他業種新規算入組
・バイオインフォマティクス専業大手
・同ベンチャー
・コンピュータ会社
・バイオ機器メーカー

ほかになんかある?

194 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 15:41

SE 塾講師

195 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 15:57

>>193
アカポスはナシですか？

196 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 21:43

お気に入り集 ☆
http://beauty.h.fc2.com/

197 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 00:54

みなさん班会議の準備はいかがですか？
って、今日の朝からジャン。

198 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 01:56

バイオインフォマティクスの仕事としてるプログラマいるか？
ざっと、よんだところ、そのようなプログラマがぜんぜん登場してない。

他に、業務アプリプログラマから、バイオインフォマティクスの
プログラマになったやついるか？
苦労があったら教えてくれ。

199 ：_：03/08/20 02:02

http://homepage.mac.com/yamazaki8

200 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 02:07

プログラマがバイオインフォやってる間は何の成果も出せないでしょう
分子生物屋がバイオインフォやってる間も何の成果も出せないでしょう

勿論
分子生物屋とプログラマの合いの子ではバイオインフォになり得ません

結論：バイオインフォは学問ではなく趣味の一つです
　　　かつての分子生物学以前の生物学が博物学的であったように…

201 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 03:15

>200
学問、特に自然科学などは本来趣味以上のもんでは無いと思うのだが。

現在の分子生物学以降の生物学が
かつての分子生物学以前の博物学的（？）な生物学に比較して
学問として健全だろうか？

分子生物学を否定しているのでは無い、得た物は大きかったけど、
博物学的で趣味でしかなかった時代にしか出来なかったこともあるような気がしないか？

202 ：201：03/08/20 03:16

スマン。
上はスレ違いなのでスルーしてくれ。
要するに、
バイオインフォは学問ではなく趣味だというのなら羨ましくも思うと言う事だ。

203 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 05:49

バイオインフォの有用性自体に疑問をもったり、叩いたりしたい人のために
「バイオインフォマティクスは本当に必要か？」みたいなスレを別個に立てたほうがよくないか？

204 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 08:02

>>203
まあ、既出の議論だけを繰り返すスレになること間違いなしだが、そういう
あからさまな「隔離スレ」はちょっと嫌だな、と思ったりもする。
バイオインフォマティクス系スレの乱立と、特定の学問分野を「必要・不要」と叫ぶ
下品さの両方にうんざりしているせいもある。

というわけで個人的には反対。

205 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 08:11

最近、分子生物学試薬系・研究機器系のメーカーが
あいついでバイオインフォのソフト販売との提携や
業務受注をはじめてるよね。そういうところって就
職どうよ？

206 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/20 14:32

班会議に出てるﾔﾂが書き込まなくなったらつまらんな

207 ：_：03/08/20 14:32

http://homepage.mac.com/yamazaki8

208 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/21 15:03

誰？

209 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/21 21:45

バイオインフォマティクスプログラミングコンテストの審査結果が遂に発表
http://contest.genome.ad.jp/result/

210 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 07:56

追い風だね

211 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 09:26

それぞれの分野での応募総数がすくないよね。
募集期間短すぎない？出来レース？出題問題の事前漏洩？
テレビ東京のTVチャンピオンでバイオインフォ王決定戦
とかやらないかなｗ

212 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 10:37

出題者応募？

213 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 13:06

こんなモンでは？
しかし、受賞者が少ないね。重複してるし。

214 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 13:23

ツール使ってるだけでバイオインフォマティクスと思ってる人にはこのコンテストには応募すら無理だからなｗ

215 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 13:29

乳勝者のｺﾒﾝﾄですた

216 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 16:36

本当に意味のあるコンテストにするんだったら
「ツール使ってるだけでバイオインフォマティクスと思ってる人」
たちから募った一般参加の審査員にしなきゃだめってことさw
さもなきゃ出題者応募うちわ表彰のオナ兄コンテストになちゃう
いくらなんでも、税金でオナ兄はまずいっしょ

217 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 17:49

>>216
あの～、「プログラミング」コンテストなんですが。

218 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 21:23

審査基準がなんだかなあ

219 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 21:24

T木くん、とうとう天下盗った

つもりだなw

220 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 21:32

T木なんて名前の入賞者いたっけ？

221 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 23:28

>>218

そうそう！日本のBIOINFOのメッカである鶴岡の人間の受賞者が一人も
いないなんてどう考えてもおかしい。
マイナーなとこの生徒に権威付けさせて鶴岡を陥れようとしている
算段だろう。
旧帝大のやつらのやることは明治以来汚い。
科学者というよりは官僚的な、政治的なことに長けている。
これだから日本からどんどん若い優秀なやつらが逃げていくのだ。

222 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 23:41

そもそもこの応募者の数では…とも思うが。

>>221
メッカだから受賞できるという発想が権威的じゃない？
マイナーなとこでも実力がある人間がいたってことでしょ。

223 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 23:47

逃げて外国で受け入れられるような逸材はいないから安心城

224 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/22 23:58

誰か応募者と入賞者の所属別分布図つくってくれ

225 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 00:20

>>219
もしかして審査の人のことを言っている？

226 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 01:40

>>222
ネタにマジレスｶｺﾜﾙｲ

227 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 18:56

>>221
鶴岡なんてその程度なのだよ。
プロジェクトとしての価値や、
先導者の能力は認めるが、
その他大勢は十人並み。

228 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 19:00

バイオインフォ人工の充実度が良くわかるコンテストでした。
T木ｸﾝが天下を取れるわけだね。

229 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 19:45

T木ﾀﾝは人格者ですよ？

230 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/23 23:53

彼の代表的な仕事ってなに？あるいは政治的手腕を端的に現す仕事は？

231 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 12:28

そんなことより微妙なデータベースサイトがいくつもある状況をなんとかして欲しい

232 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 12:33

【芸能】雨上がり決死隊がホークスに抗議！「表現の自由の侵害」
http://tv3.2ch.net/test/read.cgi/geinin/1060061213/600
　フジテレビのバラエティー番組「ワンナイ」でダイエーホークスの王貞治監督を侮辱したコントを放送し、王監督およびダイエー球団から抗議と謝罪
を求められていた件について２３日夜、雨上がり決死隊の宮迫博之さんが初めて公式に会見した。
　宮迫さんは会見で、「王監督が怒ってしまわれるのは当然です。しかし、我々芸人は常にリスクを背負いながら笑いをとっていかなければならない。

それを承知の上でやっているんです。これくらいのコントで過敏に反応されると、これから非常にやりにくくなる。だからこれからも笑いの方針を変え
るつもりはない。」と、間接的に抗議した。
　先日の「ワンナイ」でフジテレビの須田アナウンサーが謝罪して間もないこの発言は再び物議をかもしそうだ。

233 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 12:42

>>193
就職に関して。

製薬関係だと、パソコンに詳しいウェット屋がインフォを勉強してカバーしてるよ。
まぁ、一から勉強だし、お仕事も二束のわらじになるのでキツイ。

はっきり言ってしまうと、
今のところ、製薬メーカーにおいて大学でバイオインフォやってたヤツの出る幕はない。

234 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 13:19

>>233
前半と後半が矛盾してるよね。
いや、233を責めてるんじゃなくて、製薬企業の姿勢を責めてるんだが。
（233の書いているようなことは実際にある。というかものすごくよくある）

どこも人が足りないせいではあるんだけどね。
それこそ「パソコンに詳しい」というだけで、バイオインフォくらいならまだしも
（多少は関連している分野だから）、知的財産関係とか臨床統計とか、どう考えても
適材適所とは思えない部署に送り込まれるウェット屋も多い。
逆に言えば「パソコンに詳しい」程度の人間さえ製薬企業には不足しているという
ことなので、将来的にも「出る幕はない」と言えるかどうかはわからない。

235 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 13:58

>>234
就職すれば配属部署で１０年くらい仕事続けるのはザラなので
さすがのシロウトも１０年実務をこなせば大学出たての修士には負けないかも、笑
でもやぱ基礎があるかどうかが大事になる部分は多いですね。
統計とかはやっぱそんな感じする。けど知財は実務経験でどうにかなるかな。
国内メーカーとかすぐに解雇しないで社員を有効利用するとこうなるということかも

出る幕はあると思うけど、そんな人ばかりだとちと困るって感じでは？

236 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 21:15

>234
> 逆に言えば「パソコンに詳しい」程度の人間さえ製薬企業には不足しているという
> ことなので、将来的にも「出る幕はない」と言えるかどうかはわからない。
そうそう、現場では、生物学をカバーし、なおかつパソコンに詳しい人材は不足気味。
（そんなに人数は必要ないんだけど）
そんなわけで、ウェット実験からバイオインフォ、
さらにはネットワーク管理までやらされていたり。
特に後者については、専門のヤツを雇えよ！と思うんだけど・・・。

237 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 22:18

>236
君、もしかして・・・

238 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 08:40

パソコンに詳しい人材が不足してるのは、全ての分野においてです。
パソコンを齧ったことのあるひとばっかりで、ホントに使える奴は
ホントに足りない。

239 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 12:48

・・・つっか、その手のネタには「なるには」スレがあるんだが・・・藁

240 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 12:53

>>238
その場合の詳しい、はルーターが設置できるとか、
ちゃんとWindows updateができるとかそういうレベル・・・じゃないよね。
どの辺り？

・・・みなさんウイルスは大丈夫でしたか。

241 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 16:14

>>240
そのレベルでも十分足りないが、上に行けばいくほど足りない。
しかも要求する側はどのレベルが必要かさっぱりわかってない。

242 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 16:57

ところで
狸研のバイオインフォグループの行方はどうなったん？
外部評価されたつう噂を聞いたぞ

243 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 18:37

無事だよ。代任適者いないんだもん。

244 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 18:41

T木先生はどう？

245 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 18:47

利権にはM尾さんというドラッグデザインの専門家が
控えているから・・・ってことなのかなきっと

しかしあれだけ思いっきりポストゲノムやっている
利権が「配列情報解析」の重要性をその程度としか
認知してないなんて、この学問の将来性はまっくら
だな。

246 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 18:48

だそくだがsystemsなんとかはお呼びじゃないらすぃ

247 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 18:59

バイオインフォのメッカは無視ですか？

248 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:04

>>240
せめて、UNIXが自在に使えないとな。
プログラム言語を何か一つ覚えていれば、なおよろしい。

っつーか、大学時代にプログラムの授業やるだろ？

249 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:24

VBやJAVAじゃだめだろ

250 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:25

>>248
いや、240のレベルだってそれほどいるわけではない。

流れ的になんとなくスキル自慢な話につながりそうなので先回りしておくと、
素人の多い会社ではスキル自慢が一番嫌われる。そして低評価。
研究者の場合、その分野では素人であるにもかかわらずプライドが高い、という人が
多いからだと思うが。

251 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:28

ごめん、完全にかぶっちゃったが、249を攻撃しているわけではないよ。
ただ、そういうのを推し進めて「VBで何ができるんだよ（藁」みたいになるとダメ、ってことだ。

252 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:54

実際にはVB＆EXCELを使いこなせれば、製薬会社的には
トップレベル（？）のPC遣いの部類になれるんだけどね。
VBでEXCELのマクロ書くだけで20万円くらいの料金を
外部に払ってたぞ。

253 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:58

その金をおいらにください。
でも内部でそういうのが出来る香具師は>>250のいうように嫌われるんだろうな。

254 ：>242：03/08/25 20:12

うわさでは
K長屋の代わりにT木が兼任で入ると聞いたぞ

255 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 20:52

マジですか？ついに彼の時代が来ますた。

256 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 05:40

>>248
プログラミング言語ひとつ覚えてればって・・・自分に合わせて基準を下げてないか?
ひとつの言語が「まともに」使える人って、他の言語でもヘイキで使いこなすよ。
ひとつの言語しか使えない人って、やっぱりそれなりの能力しかない。

>>250
まさにそのとおり！

>>252
外注は高いんだよ。20万なら安いほうさ。
もともと人材がいないんだし、たまに作るVBやEXCELのスクリプトのために
年収1千万の人を常駐させるわけにもいかないだろ？

>>254
K長屋さんは切られちゃったの?
T木さんも研究能力があるのかというと、まったくそういうわけじゃなく、
単に特定Cのサブリーダーになっただけのことでそ？
何でそんなに評価されてんのかなあ。ウラで操ってる奴がいるのか？
K大K研のK氏とか？ｗ

257 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 10:47

>>240
configが書けるのと、Windows updateしかできないのでは、
かなりの差があるように思いまつ。
･･･そゆことを言ってるのではないでつね。ｽﾏｿ。

258 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 13:51

Windows updateしかできなくても、薬を作るのに必要な生物学的
センスがあるなら、どうにか居場所はあるのが製薬会社でし・

259 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 16:28

センスがあるならね。

260 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 18:03

>>258
「どうにか」に萎える

261 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 19:06

>>258
そういう人がいること自体は全く問題ないし、決して卑屈になる必要もないわけだが、
ほとんどみんながそういう人になっちゃうと問題なわけで。

理想的にはコンピュータスキルも生物センスも最高レベルな人ばっかりだったら
いうことなしなんだが、そうじゃない以上「コンピュータの専門家」も雇ってくれよ、
と叫びたくなることもしばしば。

262 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/26 22:56

>>261
そりゃそうなんだけど「本当のコンピュータの専門家」
たとえばリナス・トーバルズみたいなのを雇っちゃっても
製薬会社じゃ居場所ないからさ。
要するに本社の基盤回線やIT整備みたいなので外注で
常駐しているSEが、金高いだけでホントに糞なせいで、
経営陣自体が「コンピュータの専門家にはこれ以上ビタ一文も
使いたくない」って思ってるフシがある。
どうせしわよせくうのは現場だけどな

263 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/27 10:15

>>262
そらアンタ、経営陣や決済責任者がITに疎いなら、
せめて外注を選別できるくらいのスキルがある社員を雇わないと。
こんなご時世ですから、そんなもん、いくらでも転がってますがな。

264 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/27 10:58

いや、問題なのは、経営者が中途半端に値切ろうとするからいかんのよ。
希望する中で最高技術をもったヒトの給与が1000だとすると、
中くらいでいいから500くらいで済ませたいのが経営者の考え方。
ところが、給与半分にすると技術レベルは1/4程度に落ちてしまう。
バカな経営者は底から類推して倍出しても期待の半分くらいしか出来ないと思ってしまう。
ためしにリナストーバルス雇ってみたら、かなりいい仕事すると思うよ。
ただし、彼の興味に適わなければ半分の力も出ない。
力のあるひとは、会社の方針に従わせてはダメで、
彼の希望が会社の方針と一致するように方針のほうをもっていく必要がある。

265 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/27 12:54

>>264
ＭＳの研究所から一人引っこ抜いてこればいいな。（ｗ

266 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/27 23:17

>>265
あっぷるの研究所から一人引っこ抜いてくるのとどっちがマシかな？

267 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/28 00:02

>>266
ネタ話とはいえ、どっちかといえば林檎の方がいいんでねーの？
Apple/Genentech BLASTとかつくってるし・・・

268 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/28 14:16

移植したのと作ったのを混同するのはどうかと。

269 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/28 15:05

>>268
単なる移植じゃないよ。もともとBLASTはあらゆるプラットフォームで動かせるし。

270 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/29 02:40

W尾
暇があるんやったら毒論書けや

271 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/29 05:36

>>269
チューンナップだろうと似たようなものかと。
特殊な業は使ってないし。

272 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/29 23:27

>>242
バイオインフォの評価はどうなの？

273 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/30 18:57

継続ですま

274 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/30 19:46

>>254の情報はマジ？

275 ：専攻医院：03/08/30 20:21

只のうわさだよ

276 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/31 02:10

Jim Kent はMSにいたらしい。

277 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/31 02:13

みなさん、GIWの投稿準備はいかがですか？

278 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/31 07:34

急遽期限延期になったのは縁台少なかったから？去年まで発表してたひとはどうなったんだろ？

279 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/31 21:24

>>273 >>275
ｋ長屋本人か？
必死やな

280 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/31 23:03

百個くらいの遺伝子間の相互作用を図にしてくれと教授に言われている。
酵母とか大腸菌でよく図になっている、
遺伝子を○であらわして、
相互作用している遺伝子同士を線で結んでるやつ。
そういう図を作るためのソフトか何か知っている人いますか？

281 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/01 00:16

>>280
イラストレーター。

282 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/01 01:44

>>281
ありがとうございます。
本当にイラストレーターでできますか？
でもそれだけのために96000円は高いなー
教授買ってくれるかなあ。

283 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/01 01:47

>>280
GraphViz

284 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/01 02:46

>>282
研究室に少なくとも1台はイラストレータ入ってるパソコンあるだろ。
ネタ？

285 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/01 11:38

>>254の噂は漏れも聞いているけど（Ｔ大すじ）
実際はどうなのよ
内部情報きぼん

286 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/02 11:24

ﾊﾟﾜｰﾎﾟｲﾝﾄで十分でしょ

287 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/03 16:19

pptではﾑﾘ

288 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/03 19:27

なんで？使いやすいよ。イラストレータと大差ないじゃん。

289 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/03 20:08

長瀬愛ちゃんがセーラー服姿で乱れまくり！ルーズソックスが妙に似合います。
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290 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 09:15

高城さんでもいいんだが、あのひと何か仕事してる？
利権が欲しがる理由がちょっとわからない

291 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 09:24

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292 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 09:29

>>288
それは大差ないツール群しか使ってないから。
でも、できるならパワーポイントでいいと思う。

293 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 10:21

「イラストレータはここが使いやすい」てのを教えてください。
そりゃ、イラストレータのほうが多機能なのは確かだけど、
ネットワーク図描く上でそれほど違う機能がなんなのか、
とても興味があります。

294 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 14:16

教えてもらえないんですか？そうですか…
思わせ振りなこと言って、実は自分も分からないなんてｵﾁじゃないですか？

295 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 15:18

↓コイツで勘弁してよ！！
http://www.geocities.jp/ishigaki1998/allking1998.htm

296 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/04 21:14

>>290
では他に誰が？

297 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/06 03:59

B君。若いけど。
あ、奴も仕事してないか。

298 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/06 10:11

「ジオンに兵なし」というより「GSCに人材なし」か？

299 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/06 12:18

>>296
N井くんなんていいんじゃない？仕事ちゃんとしてるし、

300 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/06 14:01

>>299
自作自演だぁ。

301 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/06 14:44

ちがうよ。
彼はこんなとこ見ないだろ！？

302 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/07 01:35

>>296
ゲノムっていう線なら森下さんがいいね

303 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/08 00:42

えー？
まじでいってるの？

304 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/11 22:37

で、ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽを教えてください｡

305 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/12 17:50

GOのis_a関係とpart_of関係はどう違うの？
ｽﾏｿ生物屋じゃないもんで・・・・・　

306 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/14 19:47

あっちの盛り上がりに比べて、随分盛り下がってるなあ。

is_aとpart_ofは語の通りと思うが？

307 ：305：03/09/14 22:06

ありがとう　>306
ほいじゃis_aはequalだと考えてもいいの？
それでも親子になってるのはナゼ？　

・・・逝った方がいい？

308 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/15 03:22

フランスパンはパンである.

玄関は家の一部である。

309 ：305：03/09/15 09:22

おおー　開眼！！　ありがとうでした　>308

310 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/15 23:03

人間の理解力って面白いな。
定義聞いてもわからないのに実例なら一発なんだから。

311 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 02:59

なんか物理・化学的各論のサイトのほうがおもしろくなってて、
こっちはいきなりすたれたね～。

本流の配列情報解析の話題がないからかな～

312 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 06:15

結局E-cellネタが一番盛り上がるってことか。
香ばしいのが混じってていじり甲斐あるしな。

313 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 07:21

ただ、正直E-cellネタは飽きたんだよね。
なんであんなにみんなで盛り上がるかね。
こんなこと書いていてこっちのスレでもE-cellの話になったら嫌だな。やめてくれよ。

314 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 07:38

まあ、E-cellネタは叩いても結局何も出てこないからねー。
厨房が頭の中にある理想を熱く語るばかりで、具体的なものが何も出てこない。
まあ、それはそれでいいじゃないか。将来トロンと同じようになるかもしらんし。

315 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 08:02

>>314
> まあ、E-cellネタは叩いても結局何も出てこないからねー。

いやいや、叩くとﾊﾞｶが出てくるよ(w

316 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 08:25

馬鹿の壁とはよくいったものだ。

317 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/16 11:24

まったくだ自分が馬鹿だと気付いてないやつが一番笑える

318 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/20 12:57

↑
気付いてないバカはけーん

319 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/27 04:14

↑
気付いてないバカはけーん

320 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/27 08:28

だから別スレ逝けって

321 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/27 10:31

あきらめろ

322 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/29 01:49

そろそろGIWのポスター投稿の締切が近付いてきました。
みなさん準備は進んでいますか？

323 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/29 13:19

なんで？

324 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/05 23:00

マターリスレになったというより、さびれたな、完全に。
・・・やっぱりみんな、e-Cell等々に興味がいってるのかねえ。

325 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/05 23:12

最近E-cellとトポロジーネタが一番笑えるよね。
勘違いな人を正確な知識をもってないひとが煽るもんだから
もう、収集がつかない。

こちらではまたーりと配列解析とかエボリューショナリ
ートレーシングの話とかしましょうよ。

326 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/06 01:39

E-cellの話はなくなったよね。

327 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/08 16:50

ここでperlのコーディング聞いてもいい？

328 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/08 19:08

漏れ的には構わないが、さて、誰がレスするのやら。

329 ：↑：03/10/08 19:26

答えるよ。早く書き込め

330 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/10 19:44

バクテリアのgenbankファイルから遺伝子間領域
を抜き取るスクリプト教えて

331 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/10 19:49

>>330
それぐらい自作しろ

332 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/10 23:15

ここに詳しく書いておきました。
http://www.geocities.jp/fghi6789/

333 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/11 01:12

GenBank.pmでも使ってみれば？

334 ：328：03/10/12 18:03

>>332
全然違う・・・だめじゃん。
##漏れも教えてほしいっす。

335 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/13 07:51

バイオパールで簡単に出来そうだが…

遺伝子間だとちょっとムズいかも。
翻訳領域間ならこんなかんじ

1フィーチャーキーのcds読み取り
2配列読み取り
3出力

メモリさえ十分ならとても簡単です

336 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/15 00:34

age

337 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/15 14:43

CAP3使ってる人いる？

Max length of fragments exceeds 30000

って出て止まっちゃうんだけど、そんな長いsequenceは入ってないんだよねぇ。
配列数は300ちょいでmulti fasta形式になってる。
何万もあるやつはこんなことにならないんだけど。

338 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/15 16:00

multifastaは受け付けません
バラバラにしていっこづつ食わせてくださ

339 ：337：03/10/15 16:56

>338　ありがとうございます。
いえ、今まで問題なく食ってくれてました。しかも何万個も入ってる数百MBのやつ。
今回だけﾁｨとも啼いてくれないのです。
なんで？？？

340 ：337：03/10/15 17:24

ｱﾋｬ　自己解決しますた。
一つだけ全然違う名前で全sequenceをつなげたやつが入っちゃってた（200000bpくらいになってた）。
ﾄﾞｱﾌｫ。　たいへん失礼いたしました。

341 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/16 11:21

そりゃドアふぉだわ。

342 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/17 00:46

↑
煽りに失敗したミジメなやつ　こいつの人生一生こんな感じか？

343 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/31 00:53

age

344 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/31 14:40

sage

345 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/02 18:50

最近、この業界どうですか？

346 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/02 19:09

絶好調です

347 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/03 21:20

根拠が知りたい。>>346

348 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/27 08:33

こっちをageとけ。

349 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/27 18:59

先行き微妙

350 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/28 00:05

根拠が知りたい。>>349

351 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/30 14:25

バイオインフォに必要な、遺伝子関連の本のお勧めはありますか？
昔の学部時代の教科書「分子生物学の基礎」では全然駄目っぽいのですが。
よろ＞ALL

352 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/02 01:59

TAブラウンの「ゲノム」第二版なんてどうよ？

353 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/14 17:23

／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
| 会場から記念カキコですか？
＼
　￣￣￣|／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　∧＿∧　　　　　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　（○з○）　∧ ∧ ＜つか，明日からだったよゴルァ
　（　　⊃ ）　 (ﾟДﾟ；)　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
￣￣￣￣￣（つ＿つ＿＿
￣￣￣日∇￣＼| GIW03 |＼
　　　　　￣　　　=======

354 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/14 23:21

セルだセル。あとはせいぜいジーンズN（N=最新）ｴｯｾﾝｼｬﾙゃゲノムで茶あ濁してる奴ぁ（略

355 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/23 13:23

皆様どうもです。
ほ、本スレがまったりしてる・・・(W
>>352
ゲノムは検討中です。入手しやすいし。
>>354
セルで足りますか？ゲノミクスに近い部分は足りないだろうと思って
質問したのですが。
ゲノムとジーンズで、そんなに差があるとは知らなかったです。
どれくらい違うのか教えていただけると幸いです。

356 ：あぼーん：あぼーん

あぼーん

357 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 00:13

最近の話題は？

358 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 00:27

ゲノムの複雑な反応解明へ、治療に応用…文科省計画
がんの発症など、遺伝子やたんぱく質が複雑に影響し合って体内で
進む反応の全体像を解明しようという大規模計画に、文部科学省が
新年度から取り組むことになった。
産学官の力を結集し、生命の根幹や病気にかかわる反応など、重要
な課題を絞り込んで研究を推進。製薬につながる特許の量産も目指す。
昨年４月に人間の全遺伝情報（ヒトゲノム）の解読が完了し、病気
の原因とみられる遺伝子も相次いで発見されているが、簡単に治療
には結びつかないのが実情。遺伝子を元に作られたたんぱく質が、
別の物質と結合したり、他の遺伝子に作用して新たな体内物質を生
成するなど、複雑な過程を経て、病気につながるためとみられる。
文科省の新計画「ゲノムネットワーク研究」は、この複雑な反応の
ネットワークを、最初の遺伝子の働きから最終的な現象に至るまで、
全体にわたって解明するのが狙い。〈１〉がんなどの病気につなが
る遺伝子〈２〉体内時計など特定の機能にかかわる反応――などを
研究対象に、２００４年度はまず３０億円を投入、５年計画で推進する。
こうした研究で、病気の直接の引き金となる体内反応などが明らか
になれば、遠因となった遺伝子の働きを止めるより、副作用の少な
い治療法に結びつく。

359 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 13:48

３０億ってすくないよね。

360 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 19:55

＞＞３５９
そうなの？？

361 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 20:01

気持ちはわかるが、基礎研究としての学問の質を考えることも大事。

362 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/12 22:57

で、誰がいくら使って何やるの?

363 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/17 02:00

BioPerlの日本語のドキュメントってあるのでしょうか。

364 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/17 22:33

>>363
オラ入りーの「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」
に少し解説が載っていた。
他は知らんね。

365 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/28 11:10

BlastとMagaBlastは何が違うんでしょうか？

366 ：なんじゃこら：04/01/28 20:05

Maga　ちがいます。

367 ：なんじゃこら：04/01/28 20:10

>>342
　>>342

368 ：365：04/01/29 09:19

死にたいっス。
MegaBlastですた。

これ、tgiclにくっついて持って来れるんだけど、blastall みたいにコマンドラインで使えるのかな？
なんかカスタマイズしてあるようなこと書いてあるんだけど、それはどうでもよくて
tgiclのclusteringでコケる理由が知りたいのです。

369 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/03 13:02

公開データベースの遺伝情報からエクソン領域を
リストアップする方法が知りたいっす。
↓でやれるなら誰にでもできますよね？
ttp://www.maze.co.jp/works/bio/assest.html

370 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/05 10:45

>369　なんかプログラム言語使える？

371 ：なんじゃこら：04/02/05 17:49

しこしこ手抜きしたらいいんじゃないの

つか、AssESTってすごいネーミングだな。決穴ESTって・・・

372 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 00:13

>>369
↓が出来ても、お前には無理。W

373 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 14:34

>>370
perlなら使えます。使い物になるでしょうか？

374 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 14:37

>>371
>しこしこ手抜きしたらいいんじゃないの

手抜きの方法でいいんで教えてもらえないかと。
あとはこっちでプログラム組みますんで。

>>372
やっぱ１０万円とか払うべきですかねｗ

375 ：なんじゃこら：04/02/06 14:49

>>374
手抜きって、手を抜くことじゃなくて、手で抜くことのつもりだったんだけど。ｗ

なんか、会話が妖しいな。目で追って抜き出したらよいでしょうの意。
めんどくせえ？　じゃ、DBの仕様書読めばいいじゃん。
仕様書よりQBEの方がわかりやすいと思うんだけど。

376 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 15:12

>>375
即レスｻﾝｸｽ。
手で抜くってのは、自動じゃなくて手動ってことだべ？
うんにゃ、めんどくさくないべ。たとえば

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide

あたりからエクソン領域を「目で追って抜き出す」にはどうしらいいべ？
exonで検索してもうまくいかんざき。

377 ：ヒス豚：04/02/06 19:07

今年もやるらしいね
http://contest.genome.ad.jp/2004/

378 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 21:28

だれか応募するの？

379 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/07 12:43

>>378
出すよ
PowerMac G5欲しいから

380 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/09 11:57

>>376　
UniGeneあたりを引っ張ってきて自作Perlにかませれば。
ほんでゲノム上の位置はそこから戻ればいいんじゃないの。
知らんけど。

381 ：ヒス豚：04/02/09 15:47

>>376
BioPerl使えば簡単にできます。
詳しくは
perldoc Bio::DB::GenBank
perldoc Bio::Seq
にて。

382 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/13 14:40

生物の方に質問です。

あるデータベース（Mouse Genome Informaticsでも何でもいいけど、Web上に公開されえいるもの）
へのクエリ送信をきっかけに、関連情報をGOとかPubMedなんかを自動的に巡回して
ピックアップ、HTMLの形でアウトプットしたのちローカルのデータベースに放り込む
ようなアプリを、ラッピングエージェントとかプラン記述言語、んでもってTomcat
とかのツールを組み合わせて書いてみようと思っています（計算機の授業で）。

そういった場合、こういう入力に対してこんな出力があれば便利だなあ、
というようなアイデア何かありますか？要するに、生物学の人が、こうすれば楽できるのに、
というツールを練習で作ってみようと思うんですが。

383 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/14 03:46

　静岡大イノベーション共同研究センター（浜松市城北）の藤本正之教授と徳島大の馬場
嘉信教授らのグループが、光追記録ディスク（ＣＤ―Ｒ）によるＤＮＡ（遺伝子）解析装置の
開発に世界で初めて成功し、十二日に同大で記者発表した。ＣＤ―Ｒ一枚でＤＮＡの検出、
解析、データ記録を一手に行うシステム。実用化されれば、ディスクドライブを接続した
パソコンで手軽に解析が行えるようになるという。
　ディスクの外周部には半透明樹脂ポリカーボネイト製の「ＤＮＡ解析領域」があり、内周部
には三センチ幅の「記録層」がある。「解析領域」には複数の穴と非常に細かい溝が並び、
ＤＮＡの検体を溝に流し、電圧を通してＤＮＡやタンパク質を分子量別に仕分けする「電気
泳動分離」を行う。分離後、レーザーで発光させたＤＮＡの構成分子を読み取ってデータ化
し、「記録層」に保存する。

　従来は高価なマイクロチップを特殊な解析装置にかけて電気泳動分離を行い、市販の
ＣＤ―Ｒに記録していた。一連の作業を一枚のディスクに集約し、統一規格のドライブで読み
込めるようになれば、五百万円前後かかる解析の経費が数万円単位で収まる見込み。

　データの読み込みにはＣＣＤカメラを内蔵し、電圧を高める処理を施したディスクドライブが
必要で、藤本教授らのグループは大手電機メーカーと提携して二、三年以内に開発する
考え。家電レベルで市販されれば、バイオテクノロジーの一般化が加速しそうだ。

　藤本教授は、「食の安全が叫ばれる中、食品流通関係者が注目するのでは」と話し、ＤＮＡ
検査による食肉や農作物の生産履歴管理、畜産の感染症分析など幅広い分野への応用
に期待を込める。
http://www.shizushin.com/area21/area21_2004021312.html

◆◆◆新規スレッド作成依頼スレ★135◆◆◆
http://news5.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1075807877/895
より

384 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/14 07:34

>>382
比較的短くて、候補多数でリジェクトされるようなペプチドもしくは
核酸配列に対してリン酸化酵素、転写因子等（詳しければ詳しいほど
使いやすい）のフィルターをかけて候補を全表示するシステム。

ある疑機能ドメイン（未知配列）を持ちうる機能既知の遺伝子を
スクリーニングしたいと思うことが良くありまして、、、、

ちょっとPubMed使用とずれてるけど、可能？

385 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/14 07:44

>>382
候補配列でLXXEXXWP等のようにあいまい入力できるとなお可

386 ：382：04/02/16 12:50

>>384
レスどうも。
ただ、それだと、メインはフィルタリングの部分になりますよね？
今やってるのはマルチエージェントとウェブ上の情報統合についてという
部分がメインになるんで、少しテーマがずれてしまうかも・・・
感じとしては
こんなのとか
http://www.cis.udel.edu/~decker/pubs/biomas-ijcis02.pdf
こんなの
http://www.ecs.soton.ac.uk/~mml/papers/nettab02-b.pdf

をイメージしてもらうとわかりやすいかも。
インフォメーションインテグレーションの題材として、バイオ分野は
ものすごく面白いと思うんですが、自分のように生物のど素人だと、
実際のユーザーのニーズというのがいまいち想像し難くて、悩ましいところです…

387 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/18 05:43

みなさんに質問ですが、大企業のMRと中小の研究（バイオインフォ）ではどちらを選びますか？

388 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/18 08:19

そんなの自分の適性によるに決まってるだろうが、ゴルァ。

ヒントは
MRの相手は理学系の人間には信じられないくらい自己主張の
強い医者や、大病院の中で魑魅魍魎と化している薬剤師。

そのかわり、大手製薬会社の役員は、ほぼ6割はMR出身か
MR経験者だから、出世したら比較にならないくらいの高給取り
になれる。
適性がなければどんどんやめていく。離職率・転職率がもっとも
高いのもMRだし・・・。

389 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/29 11:56

sage

390 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/07 16:20

質問（既出だったらゴメソ）：

　遺伝子名 -> ゲノム上の物理位置（bp on NCBI Build 34）

といったぐあいにバッチ処理するプログラムを書きたいんですが、
どーもNCBIのページを読んでもよくわからない....
XMLの形式で結果を得られれば、あとは加工が楽なんですが..

どなたか、読むべきページへのポインタか、こういった質問をすべき
しかるべき場所があったらおしえてくださいまし。

ちなみに、個人的な趣味で Ruby つかってたりします。

391 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/26 21:24

最近、bioinformatics-jpって急に盛り上がったり、下がったりだな。
ちょっと前に、あふぉな企業の人が高額なセミナーの紹介をMLで流して、
これまたあふぉな学生が頭の悪い発言をして。
あそこで自社の宣伝をするのもどうかと思うし、殆どが研究者なのだから
当人の予想外の返答がくるのは予想できるし、それでキレるのもどうかと思うし。
どっちもどっちだったが。
あれで、祭りが始まるかと思ったら終わってしまったなー。

392 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/27 00:01

>>391
良くも悪くも内輪のメーリングリストに近いから、そう極端に荒れることは
ないんじゃないの？
知り合いには甘く他所者には冷たく、みたいなところが見えなくはないし。
まあ、そんなのメーリングリストでは当たり前だが。

393 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/28 15:19

> bioinformatics-jp
さいきんつまんない．

394 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/28 15:48

SystemBioは最近どうよ

395 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/28 15:49

>>386
血レスですが、生物学者は遺伝子を取ったはいいがどう解析したらいいかお手上げ
ということがよくあります。そのときに道しるべになるような情報が手早く得られるような
ソフトが渇望されているんです。
自分は情報のど素人なものですから、そこら辺は専門家と意見交換しながら
改善できればいいんですけど。なんせまだ学生ですから。。。。

396 ：名無しゲノムのクローンさん：04/03/29 17:29

>395
むしろ、そのような生物学者は淘汰される方が望ましい。
よって、そんな便利なものつくらないでよい。

397 ：386：04/03/29 20:35

おまえには頼んでねえよバーッキャロー

398 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/03 14:53

YABi 見たか？？

399 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/03 21:44

>>398
April Foolのネタとして送ったのだろうが、
内容にセンスもなく、寒い。

400 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/04 22:18

>>398
その後のフォローも無いままほったらかしだね、あれって。

401 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/05 16:00

データまだかなー
　ﾏﾁｸﾀﾋﾞﾚﾀｰ
　　ﾏﾁｸﾀﾋﾞﾚﾀｰ

402 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/11 03:52

>>400
最近 ML も動き無いね．あんな感じでやられるとかなり印象悪．
首謀者はもっとちゃんとした人かと思っていたけど，印象悪．
首謀者は J○Bi が嫌いでその嫌がらせ？

403 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/11 14:52

>>402
優秀な人だし精力的な人だとは思ってたけど、ちゃんとした人という
印象はない、かな。
「情報 vs 生物」の構図から抜けられない典型みたいなところもあるし、
「いちげんさん」に厳しい雰囲気を作ってる張本人だしね。
J○Biが嫌いかどうかはわからないけど、情報系の人がトップやトップに
近い位置にいる学会だからあまり好きではないのかもね。

404 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/11 21:46

>>402 >>403
どの分野にもいる典型的なアカデミアの勘違いさんだね。
いつまでたっても、学生気分が抜けてない。

優秀な人で精力的な人だとは思うが、個人的には、いろんな技術を
知ってて情報収集に長けているだけのような気がする。たまに
視野が偏ってるという印象はあるし、それは誰でもあるからいいのだが、
でも彼から「本当の頭の良さ」というのは感じられない。そういうこと
がアカデミアに本来求められているのに、単なる技術屋に終始
している。そしてそういう人が音頭をとっているから、MLの全体の
カラーもそうなってしまって、内輪の寄り合いの性格が強くなって
きてるよね。

405 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/12 00:09

403だけど、いやあ、勘違いさんだとまでは思いたくない、というのが
本音かな。情報収集や発信に長けているだけでもアドバンテージには
なると思うんだよ。頭も決して悪くないと思う。
一皮むければとは思うんだよね。その意味で「学生気分が抜けていない」
というのは的確な指摘かもしれない。

403ではきつい書き方をしたけど、期待はしている。個人的には視野の偏りが
なくなるだけでもずいぶん違うのになあ、と思うよ。

406 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/13 21:56

>>405
そうかなぁ。アドバンテージといっても、やれば誰だって出来る
(実際にはやらないけど)ってのは、アドバンテージではない
ような気がする。彼ならではの誰にも出来ないような武器ってのが、
見えてこないんだよね。頭の出来がよくても、それをちゃんと
使ってなければ、良いとはいえないんじゃないか？
自分が出会った頭のいい人と比べると、「凄み」が全くないんだよ。
いや、ただ自分が彼の仕事を知らないだけかもしれないけど。

407 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/13 22:14

つまりね、いろんな技術知ってて、情報発信するだけじゃ、
研究者として中途半端なのよ。それは単なる勉強好きなだけ。
自分で研究ネタを見つけて、徹底的に掘り起こして、自分で
論理的に理屈をつけて、ディープに語れるような所が、
彼からは見えなくってね。
まぁ、自分がそういう部分を知らないだけかもしれないが。

408 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/13 23:19

きついなあ。
漏れは「政治家」型の研究者の存在を認めている（というよりも
積極的に必要だと思っている）ほうなので、「やれば誰だってできるけど
誰もやっていない」とか「情報発信するだけ」というのも一つのあり方
だと思うんだよね。確かにそれしかやっていないとなると2chあたりでは
叩かれやすいけど、結局そういう人も必要なのではないかと。

彼の問題は、「政治家」型の研究者でありながら視野が偏ってること
にあるんじゃないか、と思っているわけで。繰り返しになるので
それ以上は述べないけど。

ところで、一応sageといたほうがいいんじゃないかな。
それほど激烈な話題ではないしバイオインフォの話題でもあるけど、
一応の配慮として。

409 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/14 00:01

「政治家」型は、もっと年取ってから、派閥を気にしだしたときでも
いいんじゃないの？若いうちに成果をあげないと、将来
「政治家」にさえなれないよ。知名度は抜群にあるから、なれる
のかもしれないけど。

410 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/14 00:35

漏れホームページ持ってて（バイオとか関係なし、Hit数7桁）、2chで自分のHPの話題を見つけるだけで
心臓バクバクなっちゃうんだけど、こんな事かかれたら精神的にきついんじゃないかなと思ふ。

411 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/14 01:13

>>137
まさにこれからこっちの世界に入ろうかなと思っている学生です。

バイオインフォマティクスってのは、
「情報分野からのバイオへのアプローチ」
「生物学の要求に対して、情報学がインフラ（？）を提供する」
という認識でいいですか？
以下は認識が正しいと仮定して・・・
ざっとスレ見ると、解析・シミュレートが主みたいですが、
OBIGridは、グリッド技術のバイオ分野へのアプローチですよね。
また、データベースへのアクセスなどを目的としたWebサービスも
アプローチになりますよね。

これらもバイオインフォマティクスの分野と言えるのでしょうか？
学際だからと言われればハイ終了なんですが、
こっちの世界に入るために、ある程度研究計画が無いとだめな身分でして、
やりたいこともWebサービスなど、「解析」よりは少しバイオ分野から離れたところ
（特にデータが何のデータであるのか知る必要が無いレベル）
に興味があるんですが。Webサービスはこの分野から除外ですか？

412 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/14 20:42

>>410
>>402-409あたりに書いてあることが図星なら、精神的にきついだろうが、
それにもまして反省しないといけないんじゃないのかな。
仮にも、お金もらって研究しているんだから。
もし、そうでないなら、全然分かってないやつがいるんだと、思えばいい
わけで。
確かに、本人のいないところでの噂話はよくないけどね。
ただこれは、公共の場であるMLで、ああいうことを流したことに
端を発しているが、漏れもあれは正直気分良くないな。

413 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 00:45

>>412

まあ、本人にしてみればバイオインフォに貢献するのと同じくらいに
自己顕示欲を満たせることにMLがあることの重要さがありそうだし。
だからこそああいうメールが平気で流せる。やっていることが
分からないくらいに周りが見えていないんだね。

414 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 01:54

俺様が立ち上げたメーリングリストだ。
ガタガタ言うなら脱会しろ。
と、言われそうだね。
そろそろ、御本人が意見を書き込むでしょう。

415 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 02:30

ご本人、カモーン！

416 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 02:38

ところで、御本人はここに現れたことってあるの？

417 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 17:36

なんどもある。
しかも実名で。
正直、今は出てこないほうがいい。自己弁護も反省もいらないし。

418 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/16 22:08

>>414
あの人はそんな性格なの？

419 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/17 17:34

上にある批判を見て興味深いのは，多くの人が彼には多かれ少なかれ
期待をしているということ．
もし彼がここを見ているのであれば，彼はそのことを良く考えて，
自分の行った軽率な行動がどのような批判を受けているか，
真摯に受け止めるべきである．

420 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/18 00:31

彼は一応、日本のバイオインフォを代表する一人だしね。
そういう人である以上、世界に先駆けたそれなりの仕事をしてもらいたいと思うわけで。
それに金久研や理研など、ちゃんとしたラボでいろいろな経験をつんできている訳だし。

421 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/18 00:37

ところで、某遺伝研の某先生が、データベースを公開しますっていう発表が
あったけど
ttp://www.asahi.com/science/update/0415/003.html
いったいどこから取ってこれるの？
遺伝研にもJ○○○Cにも、アナウンスがないんだけど。

422 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/18 01:57

>>420
ちゃんとしたラボ？？？
微妙。

423 ：：04/04/21 00:15

424 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/21 14:00

これのことか？　>>421

ttp://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/top.html

425 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/21 19:51

これと全く同じだ。
ttp://www.jbirc.aist.go.jp/hinv/index.jsp
ミラーなのか？更新が起こったらどうなるんだ？

426 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/22 15:25

ふむ。ﾐﾗｰじゃね？　　内部のヒト情報ｷﾎﾞﾝ

427 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/25 09:41

428 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/25 14:00

http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/

これはなに？

429 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/13 21:09

大分下がったので、そろそろあげ。
誰かネタふってくれ。おいらはないのだ。

430 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/15 00:59

wormbaseに>>384や>>385で言われている機能が付くと
結構便利なんですかねぇ。>生物屋な方々

少し前にwormbaseのソースいじくって、とある転写因子
の位置が分かるようにしたのですが,,,だれも使ってくれなかったり,,,

#実験やってたけどあきらめてソフトの世界に戻った
#へっぽこプログラマな漏れ...

431 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/16 23:24

この本ってどうですか？
講談社
タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス
著者：藤博幸著

432 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 17:01

テキストマイニングの話を見るたび思うのだが、、、

平易な単語と文法で縛った、paper用の文法というのがあってもいいと思う。

433 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 20:48

そんなん、実験屋さんがまもってくれる訳ないて。

434 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 21:39

>431
藤先生って、パッと見がすごいデブ系のヲタだよね。

435 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 22:31

人間が自然環境を破壊すること自体は進化の過程ではありません。自然環境を破壊するような人間になったことは進化の過程で起こったことです。

436 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 22:40

>>430 それじゃ特定されちゃいますよ

437 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/21 22:41

はい？？

438 ：430：04/05/23 01:14

>>436
特定されまへんがな。
もうバイオとは無縁なんで。

439 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/25 01:12

>>434
藤先生の悪口をいうな～～　（`Δ'）ムキ～～～ッ!

440 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/30 04:55

激しく既出だと思うが、そもそもバイオinfoの目的は何ですか？
漏れは「膨大な実験データに埋もれた意味を解釈できるようにする」だと思うのですが・・・。
激しく初心者なんでこんな質問しても生温かい目で見守ってください。

441 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/30 12:55

>>440
その解釈で大体あってるんじゃないのかな。漏れもそう詳しくは無いですが。
ただ、「膨大な実験データ」だけではなく、「今そこにある少量の実験データ」
ってこともあるし、一般的に「解釈できるようにする」といっても、100％意味が
わかりますってことは殆ど無くって、解釈するための情報を提供したり、
(例えば)８割の確率でこうなんじゃないって思ったことを提示したり、そういうのが
多いような気がします。

442 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/30 13:39

配列情報解析。これに尽きるのでは。

443 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/30 18:14

正直配列情報解析以外のbioinfoは胡散臭い

444 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 13:23

素人なんですが、配列情報解析で予測ではなくて、何が分かることがあるのですか？
例えば異種間のタンパク質の配列が整列できたからといって、オルソログとの予測は出来ますが、分かることは何ですか？
また、未知のタンパク質のある部分の配列が既知の機能の配列に似ているからと行って、機能が似ている予測は出来ますが、分かることは何か有りますか？

445 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 13:24

アラインメント、違うプログラムを使うと違う結果になる。
どうすればいい？

446 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 13:38

>>444
自分はwetの研究者だが、分かることは思いっきりあるだろう。
つかblastないとクローニングできん。
444が自分でホモログ探すんなら別だが、俺ら凡人はblast使わないと
膨大なESTデーターベースを探しきれないし、取った遺伝子が何の
ホモログかも分からん。逆に言えばバイオインフォ使うことで、
ある配列がどういう遺伝子の一部であるか、何のホモログか、やらが
分かる。これはとても重要。

447 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 14:08

>>446
ええ、Bioinfoの重要性は理解できますよ。否定してません。
でも、あなたが書いている「わかる」は結局「予測できる」でしょ。
Blastでホモログと予測して、実験で確かめますが、Blastだけでは分かりません。
それとも、Blastでリストアップされれば必ずホモログなんですか？

448 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 14:18

分かるの意味に誤解があるような。
そもそもある配列を元にして上流下流を釣るような場合は「わかる」んだが。

blastでホモログ釣ってもそりゃ実験しなきゃ分からんが、その場合だって
ウエスタンやれば分かるってもんでもないし、潰せば分かるってもんでもない。
結局いろんな方向から実験して、総合的に結論しなきゃわからん。配列解析は
その一部だと思うがな。

それとも俺が誤解してたかな？
君の言う「分からない」は、質問ではなく自説の主張だったのか？
よく「私にはわかりません」という言い方で「それは意味がないだろう」という
主張をされる方がいるのだが。
もしそうなら降りるんで、今後スルーしてくれ。
そういう姑息な議論のやり方は嫌いなんだ。

449 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 14:23

>>447
予測できるっていうのはすごいことなんだよ。
それ抜きでできるんならやってごらん。

450 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 16:12

>>447
例えば自分が決定したゲノムの配列について比較ゲノム解析を行うと、
多生物種のどの部分に対応しているか、進化の過程で重複や欠失、
挿入等がどの領域に起こったかが分かる。
これらもあなたが言う「予測できる」ってことになるのかい？
それと、449が言うように、予測できることはかなり重要なことです。
ちなみに自分はwetもdryも両方してます。

451 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/01 21:56

>>447
447は「予測できる」ことに不満があるみたいだな。
バイオインフォだけで生物の現象を完全に理解できると
考えるほうがおかしい。そんなことあり得ないって。
生体のシミュレーションとかやってる人いるけど、現実離れ
してて役に立たないし、Wetな人からも興味持たれてないし。

バイオインフォは、現実的には、実験結果の意味を抽出したり、
Wetな研究を支援していくためもものなんじゃないの？

452 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/02 00:07

ウエット・ドライ、現代生物学の車の両輪のはず...自分の立場
正当化するために相手を見下そうとするのやめれ...でも無理だ
ねえ........

453 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/02 00:41

まあ両輪と言うほどdryの仕事は多くないからな。。。
Wetの仕事を支えるessentialであることは間違いないが。
車で言えばミラーみたいなもんじゃないかと思ってるが、どうだ？
無しでも運転は一応「可能」だが、まともには走らない罠。

454 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/02 00:54

>>451
シミュレーションの人にしても、本質的には「Wetな研究の支援」の枠内だよ。
その技術が成熟していないという意見は完全に正しいが、シミュレーションは
Wetを無視している、という意味に取れそうなので（もちろん451にそんな意図は
なかったとは思うけど）。

>>452や>>453の意見で本当は議論は終わりなんだが、バイオインフォスレは
1から6までずっとこの繰り返しだったからなあ。
>>1に引用されている前スレ（前々スレ？）の>>669が全てを物語っている。

455 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/04 10:20

>>453
ﾐﾗｰ上等。皆さんどんどんﾄﾞﾗｲに仕事ふってください。
思いついたことは何でも仰ってください。頭で思いつくようなことは大抵かなえてみせます。
お待ちしてます

456 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/28 19:39

ついに保守が必要なスレになってしまったかsage。

457 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/28 21:07

すっかりさみしくなったな。

458 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 00:25

社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム（JBIC、東京都中央区、会長　平田　正）は、わが国初の「バイオインフォマティクス技術者認定制度」を創設し、第1回の認定試験を10月に実施します。

459 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 00:27

>>453
トップレーサーは走るときミラーなんて見てないから・・・・
初心者の街乗りには必須だが。

460 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 00:28

具体的には、（１）バイオインフォマティクス技能に関する客観的指標として、（２）就職・雇用、関連サービスの提供・調達の際に役立つ技術レベルの目安として、バイオ産業界に広く活用される新たな枠組みとなるものです。

※１．　「平成14年度創業・起業促進型人材育成システム開発等事業（バイオ人材育成システム開発事業）」の詳細については、経済産業省のホームページをご参照ください。
JBICは本事業に参画し、BTとITの融合分野（バイオインフォマティクス）のスキルスタンダード案・カリキュラム案の策定およびそれらの実証試験としてのモデル研修を下記バイオベンチャー企業３社のご協力を得て実施いたしました。
・バイオインフォデザイン・ジャパン（株）　（滋賀県びわ町 )
・（株）国際バイオインフォマティクス研究所　（東京都品川区）
・（株）マホレックス　（東京都中央区）

461 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 08:17

>>459
たとえ話をかぶせていくのは気が引けるが、トップレーサーだってレース以外では
ミラーを見ているわけで。
サーキットという特殊なフィールド以外では、ミラーはミラーとして機能するのでは。
ま、1ヶ月前の話題だし、あまり白熱する前に終わりましょう。

462 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 10:44

>>461
例え話をかぶせてるのにさらにかぶせるのは気が引けるが、
F1ですらミラーは必需品なり。レースでもミラー当たり前に見てるぞ。
ミラーの大きさまでレギュレーションで決められてるし。
必須の安全装備だからね。

こないだミラー見てなかったバリが佐藤琢磨と絡んだし、
ミラー見てなかったマッサも琢磨と絡んだし。
ミラー無いと追い越し時に危なすぎ。

463 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/29 19:18

>>458 >>460
あやしい臭いがプンプンだね。
誰か受ける人いるんだろうか？内輪で盛り上がるパターンっぽい。

464 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/01 03:18

祝！
創薬インフォマティクス研究会発足あげ

465 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 16:40

バイオインフォマティシャンになるには、どうしたらいいの？
　当方、大学（生物系）卒業後４年、製薬畑で飯食ってきたけど、
ずっと、バイオインフォ系の大学院に進んで、この分野の勉強を
したいと思ってきました。
お薦めの研究室とかあったら、教えてください。

466 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 18:07

＞バイオインフォマティシャン

なにそれ？（大爆笑

467 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 18:30

笑いたい気持ちは分かるが、もちつけ。
>>465は本気なんだろうから。

468 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 18:34

お勧めは慶応

469 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 18:40

バイオインフォマティシャンって、テクニシャン（cian）と同じ響きだなあ。
研究者だったら、サイエンティストとかバイオロジスト（ist)じゃないと。

学問に付随しないわけだから、所詮は技官ってことだよね。

470 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/03 20:32

理論物理のポスドクくずれですが、生活ができる最低ラインの
賃金でかまわないので、置いてもらえるとこないでしょうか？

ＵＮＩＸプログラミングできます
分子生物学の勉強独学しています

471 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 20:33

ＳＥなら腐るほど求人あるだろ＞最低ライン

472 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 20:44

ポスドク崩れの年齢だとSEも狭き門なんじゃないの?

473 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/03 21:02

学問畑しか居場所がないです３５歳です
バイトで学費をまかなえるなら海外でもいいです
これ読んでます
http://bookweb.kinokuniya.co.jp/guest/cgi-bin/wshosea.cgi?W-NIPS=997232849X
今月中には読み終わります

474 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 21:11

MBOCでいいじゃん。

475 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 21:41

バイオインフォマティシストという言葉もあるぞ。
というか、それが本来では？
遺伝学者はジェネティシャンじゃなくてジェネティシスト。

476 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 22:24

学問畑しか居場所がないなどと決め付けないことだ。
コンビニバイトは検討したか？
欝になるのは勝手だが、足掻くのがまだ足らない。

477 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 22:42

理論物理ってすごいプライド高そうだな。

478 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/03 23:18

>>476
ぼくは科学者になりたいんです
フリーターになる話なら最初からよその板で訊きます

>>477
プライドに見合った業績を残せる事を望んでいます
それはそうと、今までは理論物理こそ最高の知的活動の場だと思っていましたが
>>473の本を読んで認識を改めました

479 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 23:39

この人はたぶん、プライドが高すぎるから鬱になったんだろうな。
プライドを捨てない限り、鬱は直らないんじゃないかな。
分生はじめるなら、初心者なんだから。
理論物理のほうで崩れた時点で、捨てても良かったんじゃないの？

480 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 23:47

というかアカポスにつけるなら分野はなんだっていいのか

481 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/03 23:48

>>479
プライドを　矜持　と理解しています

482 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/03 23:50

>>480
関心があるものを選んでいます

483 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/03 23:51

よーしわかった。　ではGROMACSちゅうソフト用の原子座標、結合情報から
potential　energy計算するcのソースコードと,
configuration biased Monte Carloのコード書いてupしてみてくれ。
そうしたらまじで就職さがしを手伝ってあげられる。

484 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 00:22

>>483
http://www.gromacs.org/

これは、極めるに値するだけのシェアがあるのですか？
どこの研究室でも受け入れてもらえますか？

モチベーションを理解する必要があるので来月まで待ってください

485 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 01:50

>>484
GROMACSが何をするソフトウェアかわかればいいのだが。
これは厳密にはバイオインフォマティクスではないけどね。
ただ、理論物理くずれの人だったらバイオインフォよりはこっちのほうがマシかも。
変なプライドさえ捨てれば。

486 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 02:23

>>485
たんぱく質の形の決定ですかね？
酵素の研究と関係ありますね

ざっとチュートリアル見たら基本的にニュートン力学ですね
数式や原理のほうの理解はちょろいと思います

これで学術関係の仕事がもらえるなら、やります

487 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 02:29

なぜプライドが問題に？

488 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 02:30

>たんぱく質の形の決定ですかね？
>酵素の研究と関係ありますね

面白い奴だ。ゆっくりしてってくれ。

489 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 02:45

ちがうんですか？
まだ勉強が進んでないので・・・

490 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 07:09

理論物理って、どんな研究をされていたんですか?
たとえば分子軌道法などをやっている人なら、下手にアカデミックにいるよりも
製薬業界に転身したほうが潤沢な資金で研究できるかと思うんですが。

491 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 08:01

超弦理論です
数学がらみはなんでもござれですが
一般社会の認識は薄いようで・・・

492 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 08:24

おはよう鬱猫。
あなたはネタじゃなかったら非常に興味深い人ですね。
理論物理屋さんですか。

生物学といっても、いわゆるゲノムサイエンス以外にも色々ありますよね。
例えば脳科学なんかでは情報処理原理の理論物理的アプローチは面白そうです。
また、生物の形はどのような原理に基づいて決定されているのか、物理学の
視点から取り掛かるのも面白そうです。

流行に乗っかるんじゃなくて、自分の学問を切り拓いてみたらいかがですか？

493 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 08:36

自分の今の関心、早めに生活費をもらえそうか、年齢など
考えてきめました

目移りするより、確実にものにできるものが必要なように思います

494 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 08:43

そうですか。
誰かの下で働くのを苦にしないというのであれば、それも一つの
道でしょうね。頑張ってください。

ちなみに、理論の人は塾講師のバイトで食いつなぐ人が多いと聞きましたが、
あなたはそうしないのですか？

495 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/04 08:53

>>494
理想の椅子は数が少ないというのが身に染みてますので
それに、異分野から移る事になるので、人の下につくのは
むしろ希望に近いです

バイトは・・・もう少ししたら考えます

496 ：465：04/07/04 11:10

慶応ですか。
一番アクティブで、大規模にやってるのは慶応みたいですけど、
他のところはどうなんでしょうか？

497 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 11:12

まあ今日は天気もいいし外に散歩に行って鯉>>495

498 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 11:40

【研究人生】大学院卒ﾌﾘｰﾀｰ【ｱｶﾎﾟｽ絶望】
http://life6.2ch.net/test/read.cgi/hikky/1088394079/l50

499 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 12:29

>>486
一発でニュートン力学だと理解したところはさすがだと思うよ。
本気でとりかかる（本当は理論物理がやりたいのに仕方なくやるんだ、みたいな
気持ちを捨てる）ことができれば、意外にものになるかもね。
たぶん、バイオインフォよりはこっち系（分子動力学法とか分子軌道法とか）のほうが
いいんじゃないかな。ただし今のところ製薬企業に分子軌道法の需要はほとんどないと思う。

ただきみのこれまでの書き方からすると、どうも「仕方なくやるんだ」を捨てられない
ような気がするんだよね。「俺はもっとすごいのに」みたいな気持ちを共同研究者の前で
出してたら、たぶん挫折する。そういう意味でプライドが問題になるかと。

500 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 13:06

＞製薬企業に分子軌道法の需要はほとんどないと思う。

何が根拠だｗｗｗ

501 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 13:17

理論物理君はアカポス希望のようだから製薬は関係ないんじゃん？

502 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 14:06

うーん、今から学位とって、とか考えてるのならすこし遅かった
かも。MD(目地刈るどくたじゃないよ)は既にミニバブル突入した
印象なので、数年後どうなってるか心許ない。

503 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 15:27

>>499
>一発でニュートン力学だと理解したところはさすがだと思うよ。
ttp://www.gromacs.org/のしょっぱなに書いてあるのに、何が流石なんでしょ?

504 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 15:49

>>500
ああ、言葉足りなかったな。ｽﾏｿ。
分子軌道法が使われていないという意味ではなく、そこから入ってきた人を採用する
ことはあまりない、という意味。実際、分子軌道法（や密度汎関数法）で生体高分子を
扱う試みは、まだ不十分なものばかりなわけで。

>>503
もちろんニュートン力学だとわかるだけなら当たり前のことだが、「数式や原理の
ほうの理解はちょろいと思います」と言っている以上、それをどう使っているかも
わかったのだろう、ってことで。ま、それは漏れの勝手な推測なわけだが。

505 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 16:32

>>502
バブルって意味では、生物系を考えている時点でそうだからなあ。
物理なら、材料開発方面のほうが良かったんじゃないかとも思うけど、あっちも
バブルといえばバブルか。

506 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 19:02

>>504
ちょろいっていうのはプライドに基づいているだけだろ

507 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 20:23

>>506
だとするとまさにプライドが問題になりそうなパターンだな。

508 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/04 20:27

共同研究者の前で分野自体を軽んじた発言とかしそうだｗ

509 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/05 01:00

理研の北浦先生の門戸を叩くのはどうか？

510 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/05 20:26

こんにちは

>>499
今までやろうとしていた事をすてることになるので、その辺の未整理の気持ちが
出てしまうのかもしれません。

ちょろい、というのは、見慣れた数式が現れた安心感があったのと、それを見て即座に
難しいだの分からないだのと言うのは、やる気がない人間のする事だと思ったからです。
生意気だと受け取られますか・・・

>>509
理研のホームページでは見つけられなかったのですが、どのような研究をなさっているのでしょう？
探せないのは組織の構造が把握できていないせいなんですが・・・

いま、http://bookweb.kinokuniya.co.jp/guest/cgi-bin/wshosea.cgi?W-NIPS=997232849X
を読んでいるのですが、つぎに生化学関係を読めばいいかなということ以外、ロードマップを描けずにいます。
実験のほうが全く経験できない点でもどうすべきか困っています。

半年以内に月１０万もらえることを目標にしています。
あと、できれば海外のしかるべき大学でこの分野の学位をとりたいです。

アドバイスをお願いできませんか？

511 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 00:42

>>509　産総研の間違いじゃないの?

512 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 01:16

とりあえず病気を治しましょう

513 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/06 02:09

>>512
うつねこ

514 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 08:18

2030ってのはなんですか？宇宙の旅？

515 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/06 20:57

age

516 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 22:26

産総研の北浦先生だってさ＞515

517 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/06 22:49

この方でしょうか？
http://unit.aist.go.jp/rics/kitaura/kitaura.html

門戸をたたくと言うのは、具体的にどういう・・・？

とりあえずぼくの解釈では、量子化学やシミュレーションの本を一冊づつ読んでから
相談にのっていただきたいとお願いの手紙をだす、ということになると思います

たんぱく質の折りたたまれ方の重要性を知って興味が出てきたのですが、
そういう、モチベーションをはっきり持つべきでしょうかね？

518 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 22:51

たんぱく質の折れたたまれ方の研究は一流ですか？という質問が次にでそうだな。

519 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 23:11

そういや、今何やってるんだ？
今やってる仕事にムリヤリこじつけて生体分子を研究して、徐々に転身を図る、という手は使えないの？
何の実績もないところからスタートとなると、大学院生からやる必要があるのではないかな。

520 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 23:27

なぜ大学院に入る必要があるのか？
小学校や中学校からやり直す必要はないのか？
その必要はないのに、大学院はもう一度やらなきゃいけないのは、なぜ？

しかも、やりなおすって何をやり直すの？
洗脳をやりなおすのか？（W

別の分野をやってきて、これから生物をやるというなら、
それは、生物”しか”やってこなかった人間とは、違う
見識をもっていて当然。それが、有効なのかどうかは、
本人のパーソナリティとか仕事のテーマや運に左右される
けど、概ね今の業界が根元的に欲しているのは、そういう人間
だと言えると思うが、、、、

521 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/06 23:30

520の言いたいことはわからんでもないが鬱猫氏はそれに該当しないと思われ

522 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 00:06

なにかいい教科書の紹介ってないでしょうか?
生物系の学生ですが、何からはじめていいものなのかもわかりません。

523 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 00:13

講談社
タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス
著者：藤博幸著

524 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 00:36

やり直す必要があるのは、生物しかやってこなかった人間だろうが！！

525 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/07 02:20

>>518
数値計算ではまだそこまでできないのではありませんか？

研究のための研究にしないためにじぶんなりのモチベーションを
持つべきかなと思っただけです

>>519
量子カオス関係をやって、場の量子論、超弦理論と進みました
次々と専門を変えざるをえなかったので業績はいまいちかと・・・

量子力学関係シミュレーション、数値計算の経験があるので、
そこから広げていこうかと思っています

526 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 08:09

>>524
なぜそんなに熱いのかわからないが、鬱猫氏の能力がどうこうという問題ではなく
（というか、こんな書き込みだけで能力までわからん）、一般的に生物分野での
業績がない人を生物分野で雇用する人はいないから、ってだけ。あっても時給いくらの
仕事だし。たとえ能力があろうとも。
大学院に通って論文を書いていけば、今よりは雇用される可能性が増える。それだけのことだ。
教育のためではなく、業績のために大学院に行けってこと。
まあそう熱くなるな。

>>525
量子をやっていたのは良かったかもしれない。超弦理論だけよりは。
ただ、専門を次々と変えているのはちょっと嫌な予感がするな。

527 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/07 09:28

>>526
修士のときについた教官が異常者でした
こういう研究をやっている、と言われて決めた研究室でしたが完全に嘘
まともな指導はしてもらえず、おまけに２年目の半ばから海外研修だとかで
いなくなってしまいました

しょうがないので博士では素粒子系の教官と量子力学の基礎問題の
研究をはじめたのですが、何本か論文を出してネタ切れ
どうしようもなくなって素粒子系の研究をはじめたのですが
こちらも３年目の半ばから海外へ行ってしまいました

なんとかよその研究室に入りこんで、超弦の研究をとがんばったのですが
うまくいかずに今にいたっています

素粒子の研究に入るとき、「これが独力で読めたら、相談に応じるよ」と１冊の本を教えられました
要するに「（素粒子出身じゃない君は）読めないでしょ？だから無理、あきらめな」ということだったのですが、
半月たらずで全ての式のフォローまで完全にやって認めてもらいました（完全独力、質問禁止でした）

まえに「ちょろい」という言葉を使って不評をかいましたが、あれには、このときの
「まけるもんか、絶対読みきれるんだ！」と必死になったきもちが少し混じっています

さすがに紆余曲折があったぶん業績はぱっとしませんが、熱意と潜在能力は
十分に評価してもらえると思います

528 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/07 09:35

>>526
年齢がことしで３６です
お金もありません

海外でもかまわないので、学費を稼ぎながら通えるところがあったら教えてください
そしてその後、研究生活にはいれそうなところ

なんでもいいとはいいませんが、テーマは広く考えています

529 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 11:08

物理の中の人は生物学に大きな貢献をしてきたよ。特に物理学で名をな
したひとは必ず生物に関して一言言いたくなるようだ(e.g. シュレジン
ガー、ファイン万)。物理のベースがあって生物を指向する人は歓迎さ
れるべきだね。ただ問題は、最近そういう人がやたら多いことかもな...シュレ、ファインマンと違って、物理で食い詰めたから、物理よりチョロい生物にでも...という雰囲気をありありと醸し出してる人もいるし。俺の偏見からいうと特にMDに多いタイプだね。スジは悪くないと
思うんだわ、ちゃんと参入分野に最低限の敬意を払えるのなら。まあ、
がんがって下さい。

530 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 11:26

自分がバカにしてる分野に参入してまでアカポスゲットしたいものなのかな？

531 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/07 19:22

>>529
この板で「MD」というとまぎらわしいぞｗ

>>530
まあ、ある程度の敬意を持っている人が参入してくるのは歓迎なんだけどね。むしろ
望ましいくらいで。
鬱猫氏がそうであることを祈る。

532 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/08 08:53

>>528
日本の生物系シミュレーションで量子化学関連の計算に対して
いま一番理解があるのは（学問的にすぐれているかどうか、は
別にして、その重要性に対して理解があるのは）K浦先生だと思うよ。
京都大学の寄附講座に、無給でもいいから一年間籍を置かせてもらって
勉強するのはどうでつか？

蛋白質の折れ畳まれかたのほうのシミュレーションは、いまや
実験屋と組むのが主流になってしまったので、コンピューテーション
だけでは生き残るのは厳しいと思います。

533 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/08 19:17

>>532
というか、K先生はもともとが量子化学の人で、むしろそっちから生物に入ってきたのでは。

534 ：465：04/07/08 20:15

465です。いろんな研究室のページとかを、見て回っているのですが、
ttp://bioinfo.tmd.ac.jp/top/
って、どうでしょうか？
この分野内での評判とかを聞きたいのですが。

535 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/10 20:55

こんにちは

>>529
MD、医学系からはいってきた人のことですか？
僕は口から出る言葉がうかつなので気をつけます。

>>532
>>533
研究業績リストを見ると分子生物学関係は薄いですね・・・
僕自身はコンピュータだけなどと最初から枠を作りたくはないので実験にも関わりたいのですが、
物理屋が生物系の勉強をしたいといって押しかけて、取り合ってもらえるでしょうか？
とりあえず、分子生物学の概論、分子軌道法、生化学、タンパク質関係の本を読んで
夏の終わりころにコンタクトを試みようと思います。

京都大学の寄附講座についてですが、入学金、授業料は必要でしょうか？
どういう位置付けの所属になるか分かりませんが、生活費については
通常はどういうことになるのでしょう？

おしえてください
おねがいします

536 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/10 21:09

>>535
ＭＤ（医学博士）ではなくてMolecular Dynamics屋さんのことだよん。

537 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/10 21:17

>>生活費については通常はどういうことになるのでしょう？

通常は自分で払うことになるのでは・・・・？
通常なんか気にしてたらやってけないでしょ？
そろそろ自分でどういう戦略にするか考えたほうがいいのでは？
１．(たとえば割りのいいバイトなど紹介してもらい)
自分で稼ぎつつ学ぶ場を見つけて分野を転向する
２．(実力も実績もないがこれから学ぶという熱意をかってもらって)
現時点で何らかの形で雇ってもらう
どう考えても２は非現実的だとおもいます。

538 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/10 21:25

>>537
京都での同じような人たちのバイト状況、現実的にかけもちが可能かどうかなど、
いろいろうかがいたかったので。金額も含めて。

539 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/10 21:43

＞とりあえず、分子生物学の概論、分子軌道法、生化学、タンパク質関係の本を読んで
＞夏の終わりころにコンタクトを試みようと思います。

は、戦略になりませんか？

540 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/10 23:25

大雑把杉

541 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/10 23:50

>>540
話を聞いてもらえる最低限の知識のつもりです
（選択を間違えていなければ）

金銭のことは、出してくれないならもちろんバイトになりますが、
そもそも時間的に可能かどうかの問題もあります
貯金はゼロです

542 ：ドシロウト：04/07/11 01:39

DNAの端っこはどうなってるのでしょうか？
具体的に５’と３’の炭素には何が付いてるのでしょうか？
たいていの本には５’の炭素にはリン酸、３’の炭素にはOHが付いて終わって
るように書かれていますが、本当の所はどうなのでしょうか？

なかなかそれについて言及しているものがなく、いまいちはっきりしません。
どなたか詳しい方教えてください。

543 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/11 01:57

>>542
スレ違いにもほどがある。

544 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 17:18

>>541
チョキン０はきつくないかあ？バイト程度のお金を、あなたの様
な立場の人間に出す手だてを持ってるProf.は今時いっぱいいると
思うんだわ(エラト、ネドなど、人を雇える研究資金は多い)。で
も、Ｄ無し、その分野での経験なしだとそれで生活成り立つほど
だせるとはおもえん。また、あなたの条件で生活費かせげるほど
のバイト時間を許容するともおもえんなあ...最低１年は基本的
人権ぎりぎりの生活を維持できるお金(８０まそ位か？)の蓄えを
しといた方が良いのでは？

545 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/11 18:43

>>544
現状が基本的人権をしたまわっています
フリーターでお金がたまらないのは実証ずみです
博士は物理で量子関係でとっています

546 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 18:57

>>545
うーん、これまで出した論文が、ちょっとでもこれからやろうとしていることと
かぶっていればいいのだが…。そうじゃないとすると、最初の数年はきついかも。
給料やバイトのことはもちろんボスによって違うとは思うので、相談次第だけど。
つれなくされても仕方ないと割り切る度胸が必要だな。

547 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 19:11

ダイ＠コムってどうでしょう？
製品はかなりいいみたいですが。

548 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/11 19:13

ちゃんと見てもらえるなら半年せずに目を見張らせる成長を約束できます
（長年完全放置で冷遇されたので、これ以上はそういうのは遠慮したいです）

理想は10万以上
研究会のお手伝いもします

549 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 19:14

素人に金払ってちゃんと面倒をみろ？
何様のつもりなんでしょうね。

550 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/11 19:20

>>549
マッサラな素人でもないですし
自分なりに基礎知識もみにつけていくつもりです

551 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/11 21:19

ほんとに言うとおりの人なら、おもしろそうなので、ポスドクでとってもいいんだけどな。。。
といっても僕の方が若いから、そのへんを気にしなければ、、ですが。。

とはいえ、２ｃｈで見たからうちに来ない？っていうのは恥ずかしくて僕はできないので、
気になる人とかにポスドクやとってよん、とかメールを出してみることを
お勧めします。

552 ：鬱猫2030 ◆utuPOcVnl. ：04/07/11 21:40

>>551
ありがとうございます
年齢についてはこだわりはありません
むしろ、なぜ、こだわる組織、個人が多いのかと思っています

>>539をひととおり定着させてからトライしたいと思います
秋ごろになります

これで安心して勉強できます
もう他になにもありません・・・

♯おおまかな研究内容などヒントとしていただきたいのですが・・・

553 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/11 22:34

>>548
他分野とはいえ一応博士持ってるんだから、放置プレイは嫌だってのは言わないほうが
いいかも。甘えているように取られるよ。研究がうまくいくように手助けして下さい、
みたいに。
>>551みたいな若手のところに移るのならなおさらだ。

そもそも、他分野の博士ってだけでマイナスの先入観を持たれることのほうが多いわけで。
放置プレイ上等、そうじゃなかったら儲け物、くらいの思い切りがなければ、他分野に
移ろうとは思わないほうがいい。きついこと書いてｽﾏｿ。

554 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/11 22:46

物理やさんだと、シミュレーションとか統計処理とかはまぁお手のものでしょうから、
あとは情報科学の基礎を叩き込みさえすれば、結構この分野では珍しい人材
になれると思うんですよね。
生物わかっている人も物理わかっている人もこの分野、わりと多いけど、
まともに情報系のことがわかっている人って、意外に少ないので。
プログラム書けるだけ、では情報とはいわないし。

生物については、最先端を追っかける方が、基礎をじっくりするよりも重要な
気がします。いきなり、Natureとか過去1年分さーっと読むとかの方がいいかも
しれません。というのは僕の意見ですが。
そこでわからないことが出てきたら、逐次調べればそれなりに基礎もつきますし。

555 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 02:36

つーか、生物系の大学院に逝って、論文かけば、業績とし
みとめて貰えて仕事が見つかるってストーリー自体に信憑性
があるのか？あんまり無責任なことを言わない方がいいぞ。

能力のある人間。自分で能力があると思っている人間（低レベルな
嫌みではなくて、生活してれば他の人間と比べて自分の能力がどーか
なんてわかるでしょ？）ほど、そんなルートは選択すんな。

556 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 02:40

頭のいい物理屋さんから生物なんてちょろいに決まってるじゃん

557 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 02:45

物理屋のまま生物やればいいよ。
生物の研究室なんてはいったら、精神の健康を保てなくなるよ。

558 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 02:51

＞物理生物わかっている人も物理わかっている人もこの分野、わりと多いけど、
この人いってること滅茶苦茶。

＞まともに情報系のことがわかっている人って、意外に少ないので。
＞プログラム書けるだけ、では情報とはいわないし。

情報分ってる人間？いっぱいいるよ。
情報わかってなければ、プログラムかけないし、そんなプログラム人に
みせんなよ。

＞いきなり、Natureとか過去1年分さーっと読むとかの方がいいかも
＞しれません。というのは僕の意見ですが。
＞そこでわからないことが出てきたら、逐次調べればそれなりに基礎もつきますし。

それで失敗してる部屋がどれだけあるか？nature に出てる仕事は、いきなり
ぽんとnatureに投稿されたものではない。

559 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 06:14

>>552
だがともかくどこの大学の研究室を狙うにしても
一般入試枠での修士試験は受験だけはすべきだとおもう
そこで、4回生から上がってくる学生よりも
極端に下の成績しかとれなかったら、ボスは給料または
わりのいいバイトを鬱氏に「だけ」まわすということに
公正さを欠いてしまうから、躊躇されてしまうことも
あるでしょう？（同期の学生に不公平感が蓄積したら
ラボ運営そのものが崩壊するからね）
鬱氏の言い分は「やる気だけを担保に自分だけを特別扱いしろ」
という非常に自己中心的な主張と取られかねない、危険な
ものです。物理専攻の方って皆さんそうなんですか？

560 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 06:41

生物専攻の人には無い経験と知識を蓄えていて、プラスやる気充分なわけだから
別に大学院の試験は必要ないんじゃないのかな。

561 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 06:50

必要はないかもしれないけど、基礎知識に関して4回生以
下だったら問題大杉、というか先行き蔵杉

562 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 08:10

>>559
ボスが真面目に面接すればその辺は一発でばれると思うので、修士の試験までやる
必要はないと思う。ただ、鬱猫氏は生命科学だって定職に就くのは難しい、という
ことをちゃんとわかっているのだろうか、という不安はある。
生命科学が好きで移ってくるんならいいが、定職がありそうだから、では、ほぼ100%
裏切られるぞ。
生物を選んでも結局職がなかったとき（その可能性のほうが高い）、また「俺は優秀
なんだけど周りが悪くて」とか言うんじゃなかろうかと。

563 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 08:12

それから、
> 物理専攻の方って皆さんそうなんですか？
は、くだらない煽りあいの元になるのでやめたほうがいいと思う。
そんなわけないことくらい分かってるだろうと。

564 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 23:24

だってムカツくんだもん。生物はちょろいなんてムカつくようなこ
と書かれて黙っていられなかった　スマソ

565 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 23:28

図星指されたからって落ち着け

566 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 23:30

物理屋はむかつく。生物がちょろい、なんて
口先だけで、数式こねくりまわしてわかったふうな
口きいても、結局なにも生産的なことはできない。
そんな物理屋はすごくむかつく。　ムキーーーー

567 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/12 23:35

>>566
その数式がちょろい（気がする）と言っているのでは？

568 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 00:23

ともかくむかつく。ムキーーーー

569 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 11:07

>>566 ヴツリ専攻工作員、ご苦労。

570 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 22:11

>>560
でもバイオインフォマティクスの大御所が生物の知識なんてほとんどいらないって言ってたよ

571 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 22:30

>>570
いらないんじゃないの？
バイオインフォマティクスが関わっているのは生物学のごく一部
だから。
ゲノムの部分だけ理解で来てれば良いんじゃない？

572 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 23:05

というか、鬱猫氏の関わろうとしている分野はいわゆるバイオインフォマティクスじゃないし。

573 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/13 23:43

生物のことをバカにするbioinformaticianにもむかつく。ムキーー

574 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 01:04

>>571
そういうと、皮肉にもバイオインフォこそが”分子生物学”の
王道という感があるな。（W

575 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 01:24

>>574
あながち皮肉でもないんじゃないか？
バイオインフォが分子生物学と表裏一体なのは確かだし。
ゲノム情報処理は分子生物学の発展抜きには語れないし、
逆もまたしかりでしょ。

576 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 01:43

情報屋や物理屋が生物に入ってきてもその逆はないｗｗ

577 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 01:58

それだけ生物が魅力的って事だろｗｗｗ

578 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 02:15

違う。それだけ生物屋は応用きかねーっつうことだ。
生物屋は物理や情報に「入っていかない」んじゃなくて「入っていけない」
んだYO!
基本的に純粋な生物屋って頭文系な香具師おおいよね。数学できんし。

579 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 02:39

煽りに何マジレスしてるんだか。
しかもマジレス風の煽りだし。

あほらし。

580 ：生物・情報・物理：04/07/14 06:21

要は。。。
全部できればいいんだよ。　オレのように！

581 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 06:57

国語ができないあなたは出世できません。

582 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 07:35

583 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 07:39

”分子生物学”は生物学の一部かもしれないけど、、、

実験的手法は”分子生物学”の一手法にすぎない。

手法にこだわり、目的を見失うのは、おタク。

584 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 07:42

バイオインフォなんか、需要ないだろ。
みんな口だけ達者。

585 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 07:56

話がそれてる。

結局鬱猫氏はどこにいったんだ。ちょっと厳しいこと言われて逃走したのか。

586 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 08:26

>>585
別に毎日書きこむ必要は・・・
荒れてるし

587 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 23:15

電気泳動テクしかできない年収６００万PDなんて、全然需要ないよ。
今の政権がこけたら即、路頭にまよう他ねえな。

588 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 23:22

>>578
大学で生物学んだ人間の中にも、生っ粋の理系人間は結構いるよ。
ただ、そういう人間は文バカ生物連中と一緒にされたくないから、
「生物出身」という経歴を表にださないだけ。気持ちは大いにわかる。

　層化学会の人間は、日本人みんな層化になればいいと思ってるが、
層化以外の人間はそんなことは全然思ってない。層化の人間は、そういう
人間をつかまえて、負け惜しみというんだろうが、、、
　ここまで言えば、どんな文バカ生物研究者でも自分の愚かしさが分かる
でしょ？だれもあなたのことなんて、うらやましくないんですよ。

589 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 00:28

>>586
そういう君こそが鬱猫だ！

と根拠もなく指摘してみるテスト

590 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 02:23

>>588
君が研究者じゃないことはよくわかる。

591 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 02:47

そんな正論ばっかり言ってて、日本で生物系研究者に
なれるわけない。

592 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 06:08

だから落ちこぼれて、２ｃｈで毒はいてるんだろ

593 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 07:52

よくそれだけ煽りに反応する気になれるな、きみたち。
いい加減放置しとけよ。

594 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 08:46

文バカかどうかはわからないけれども、生物学の面白さは
storyの面白さだから、物理とか数学とか化学の論文の
書き方とはまったくスタイルが違うよね。
「理論的に予測されている現象を実証した」だけじゃ
論文が通らない学問分野っていうのは、すごいｗｗ

595 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 23:06

SF作家の原稿料は税金から出してちゃダメでしょ。

596 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 23:20

おもしろおかしくあることないこと書き散らかせば、
金になるんだから、それでいいいんだよ。文系理系
とかではなく、お笑い芸人に近い。聞いてる人間も
出鱈目なのはわかってる。

597 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/15 23:35

役人とかはでたらめじゃなく本気で信じてるだろ

598 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 00:26

煽りにマジレスするやつは煽り、と言われそうだがスレ違い。

生物を理系と呼ぶか
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1049623930/l50

にでも行け。専門分野スレをスレ違いで荒らすな。

599 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 01:11

>生物学の面白さはstoryの面白さだから、物理とか
数学とか化学の論文の書き方とはまったくスタイルが違う

同じことがinformatics とbioinformaticsの間にもいえると思う。
両者はまったく違うような気がする。

600 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 10:57

>>「理論的に予測されている現象を実証した」だけじゃ
論文が通らない学問分野っていうのは、すごいｗｗ

っていうかよ、生物で厳密な理論から予想されたことなんてあるのか？
その理論っつうもんがまずないだろうよ。
ディラックが陽電子の存在を理論的に予想したのとはわけが違うだろ。

だから自分で理論が立てられて、しかもそれを実証できたら、それはそれで
大変な功績だと思うで。

601 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 11:36

生物は直感が重要だからな。
理詰めでやるには限界がある。
やってみて初めて分かることもあるし。

って、なんでもそうだなｗ

602 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 23:08

おまえらＰＳＢは書き終わったか？

603 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/16 23:13

ＩＳＭＢいく人っている？

604 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/17 08:21

俺はいかない。

605 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/17 17:34

JBICの資格商法の話題はあまりないのですね。

606 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/17 22:11

生物屋は夢があっていいねｗ

607 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 01:46

生物学は楽しい。神秘に満ち満ちている。理論科学にはない楽しさがある。

608 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 02:11

いつまでもそのメルヘン心を忘れないでくださいw

理論科学にはない楽しさって、趣味ジャンそれ。
少なくとも人のために科学をやるなら嫌いなことも多少はあるわけで。

609 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 07:09

ヒラ研究員の現実逃避　と

教授のお手盛り　は

生物の名物

610 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 07:56

科学はそもそも子供心さながらの好奇心から発生したのですよ。
趣味といわれるが、起源は貴族の娯楽、音楽家と同じです。

無理やり高尚なものと位置づける必要はないでしょう。そうやって
お高くとまってるから、文官に煙たがられるんだよ。

611 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 08:24

いや、それよりも理論やってる人の重箱の隅をつつくような
自己撞着を見てると、彼らに科学的センスについて説いても
無駄だと思わせる何かがある

612 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 08:33

どちらにせよ、他の分野をけなしている人間に科学を説く資格はないと思うが。
608しかり、611しかり。
しかもスレ違いだし。

613 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 12:32

> 少なくとも人のために科学をやるなら嫌いなことも多少はあるわけで。

科学を人のためにやるなんて考える時点で、認識が間違ってる。
自分の好奇心を満たすためにやるからこそ、人のためにも役に立つ。
最初から役に立とうと思ったら、コつまらない小粒研究しかできない。

>>612
その通りだね。
ところで、バイオインフォマティクスの人は、なにがおもしろいと
思ってやっているのだろう？　データベース作ったり、インターフェース
作ってそれを売りにしてる人とか、教育事業に入れ込んでる人とか、
あまり楽しそうに見えないんだが、、、
ま、人ごとだな。流してくれ。

614 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 15:21

手法を作る楽しさとか教育の楽しさなんかは、結構どの分野でも共通だと思うよ。
ま、確かに地味だけどね。その辺は人それぞれか。

615 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/22 23:31

実験手法とコンピュータと数学を否定して、後に何が残る？
結局、人並みレベルでできることが何ひとつないから、

マイナーなモデル生物に固執するオタクになってしまうか、
カネとコネにものを言わせる山師になるかっていう異端に
成り果ててしまうのではないか？

616 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 00:36

しまうのではないか？

617 ：これが現実と思える私がヘンなのか？：04/07/23 00:39

結局、人並みレベルでできることが何ひとつないから、
カネとコネにものを言わせる山師になるかっていう異端に
成り果ててしまうのではないか？

618 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 00:41

誰とは言わないが、KとかTとかTとかKとか・・・
自分では何一つしてない人ほど偉いような気がするのは…

619 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 07:50

医学も生物も情報科学も物理も化学も
全部できる人になろう

620 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 07:52

なんでも知ってるが、自分では何も出来ない人間になる

621 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 12:42

（オレのことか・・・）

622 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/23 23:48

（オレもだ）

623 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 13:03

あのさ、生物系の人を文系みたいに数学、物理系ができないって言うじゃない？
でもね、文系の人でも頭きれる人は、理数のセンスあるよ。
興味がたまたま法律やら経済だったってだけさ。
理系でも国語力ある人、ない人がいるのと同様だよ。

624 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 13:07

生物の人は文系以下ってことですか

625 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 14:53

専門分野が○○だからいいとか悪いとかではなく、単に個人差だ、ってことだろ。
と煽りにマジレスするテスト

626 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 17:05

文系・理系という分け方ではなく、前後のコンテクストに
敏感でないとやっていけないか、それともそうでないか、の
違いだとおもうけど。
文系のうち史学とか考古学とか哲学の一部はコンテクストに
敏感でなければ学者として一流になれない。
生物学もコンテクストが重要。

627 ：起原切れ助手：04/07/24 17:41

>>626
要は膨大な知識を体系化できることが重要ってことが言いたいのですか？
数物系はコンパクトな数式に表すことができ、体系化できる単純な系を対象としている（極論だが）。
一方、生物系はそうは行かないから、言葉や概念のままで体系化しないといけないのでしょう。
でも、体系化するのに使うセンスは生物系も数物系も同じだと思う。

少なくとも俺のまわりの生物系で仕事できない人（できる人は違うけど）は、
情報を集めてもそれが断片化されたままであり、脳みそをつかって統合し体系化することが
苦手という共通点があるように思う。
そのタイプの多くは数学、物理化学を苦手としている、あるいはそのような教科を避けて通ってきている。
おそらく、生物系の場合はその手のタイプでも淘汰されるのに時間がかかるんだと思う。

628 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 21:09

多いね。たしかにそうゆう人たち。
アンチ理論派、とでも言っておこうか。

結局のところ彼らのほとんどはデータを数字の羅列としか見られない
のだろうな。見てても統計処理は言われたとおりのことで、コンピュータ任せだし。

数学・物理苦手だから三流と、端から決める気はないが。理論的なモデルが組めない人
は研究者に向かないということだけは事実。私は、627氏のいう「体系化」というのは
図や式で書けるようなモデルを作ることだと思っている。

629 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 22:10

仕事ができる人は地図思考

630 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 22:25

ontologyやってるヒトへの非難、スポイルが強すぎるってのが
この業界のどーかしてるとこ。何十年も前に、作って流布した一
つのtermで飯食ってるやつの既得権益への固執は異常。そういう
のは、学会で評価するのではなくて流行語大賞で満足しとけ。（w

631 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 22:27

既得権益への固執こそ人間の本質

生物やっててそんなことも分からないのか？

632 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/24 22:40

>>630
誰のことをいってるんだｗ

633 ：６２６：04/07/25 02:58

>>627
>>628
いや、確かに数物系思考もある程度は必要なんだけれども
俺は生物学で成功するために本当に必要なのはそういった
「数物的な体系化」ではないと思うんですよ。
数学系・物理系の知識の体系化が得意な人でも、関連学会
などでの「場の空気」を読むのは下手な人がいますよね。
生物でよい論文を書こうと思ったら、ある程度他人の論文を
うまいこと引用して、背後のコンテキストを参照しつつ、新し
い概念を提出して、時宜にあった実験手法で証明しなければ
ならない、みたいな。

図や式でかけない新しいモデルをつくることが重要なんだけど、
そのモデルを発表するタイミングが下手だと、やっぱり黙殺され
てしまうという悲しき現実がありますよ。

634 ：６２６：04/07/25 03:00

でもってその差がNatureに採用されるか蹴られてBBRCになるか
あるいはCellになるかJBCにしか載らないかの違いなんだと
思うのです

635 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 03:02

そうそう。
北野武が映画作るってなったら、頼まれもしないのに、
同じ題名の歌を作って売り出すとかさあ。。。。

636 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 03:25

>>633
どうかなあ。分野によって必要とされる能力が極端に異なる、という考え方は
あまり現実的ではないような気がする。
生物にしたって、真に独創的な仕事は場の空気うんぬんとはそれほど関係ないところ
にあると思うし。
逆に、数学や物理だったら場の空気は関係ない、というわけでもないしね。
生物と数物が違うのは確かだろうけど、生物屋・数物屋双方が思っているほど大きな
違いではないんじゃないかと。

637 ：633：04/07/25 14:43

>>636
いや、その「真に独創的な仕事」っていうのは例外中の例外なので、
その議論をもってして一般化はしないほうがよいのではないかと。

生物学的に「一流」といわれている雑誌に採用されている
一流ラボの論文のほとんどは、そういう意味で「真に独創的な仕事」
ではないのかもしれないけれども、それでも一流をキープする
ことはむずかしいし、そういう一流ラボからしか真に独創的な仕事は
生まれてこないわけで。。。
じゃあどういう論文がCNSに採用されるのか？
時流に対して早過ぎても遅すぎてもいけないのが生物学だと思う。
数学・物理・化学は早すぎる分にはいくら早過ぎても悪いことがないから。
そこに暗黙のルールみたいなものができてしまっているせいで
学問として「科学的じゃない」のかもしれないけど、それでもルールを
学ばなければゲームに参加できないからね。

638 ：起原切れ助手：04/07/25 14:50

生物系の場合、間違いであることが証明されるのに時間がかかることが多い印象がある。
だから、サイエンティストとしての能力よりも場の雰囲気を読み、うまく溶けこむ政治屋としての
能力が要求される割り合いが、物理、化学系よりも多いかも知れない。
ただ、サイエンスとして真理を追求するセンスは生物も数物系も同じだと思う。
もうこれ以上はスレに合わないからやめないかい？

639 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 14:51

起原切れ助手もＩＦ厨なの？

640 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 15:54

＞ontologyやってるヒトへの非難、スポイルが強すぎるってのが
＞この業界のどーかしてるとこ。何十年も前に、作って流布した一

オントロジーって、超優遇されてると思うが？
その優遇に対して内容が伴わないから責められてるんだろ？
オントロジーが悪いとは思わないが、言葉を理解してない人が携わっているから
あまり役立たない、わけのわからないものになってる側面も強いし。

641 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 18:41

＞サイエンティストとしての能力よりも場の雰囲気を読み、うまく溶けこむ政治屋としての
＞能力が要求される割り合いが、物理、化学系よりも多いかも知れない。
＞ただ、サイエンスとして真理を追求するセンスは生物も数物系も同じだと思う。

バイオインフォが主流になれば、この部分は数物系と一緒にならざるを
得んぞ。そうなれば、今既得権益をむさぼってる人間は、バイオインフォ
の抵抗勢力となるのは必然。だけど、そんな奴等も分子生物の黎明期には
同じことしてたんだけどね。

＞もうこれ以上はスレに合わないからやめないかい？

スレに合わないということはないと思う。
避けて通れない、とても重要な話だと思うが、、、

＞オントロジーが悪いとは思わないが、言葉を理解してない人が携わっているから
＞あまり役立たない、わけのわからないものになってる側面も強いし。

じゃあ、そもそもなんでそんな仕事をしようという人間が出てきたのか？
ってのをまず理解しなけりゃいけないのでは？ルールをしらなけりゃ、ゲーム
に参加できない以上、ルールを整備して周知徹底するのは重要。生物の場合
ルールっていうのは、一つにはtermであって、その整理のために　ontology
というのが必要だということ。言葉というのは、それを作出した人間が好き勝手
にその場その場で都合に合わせて定義を変えていいものではない。それが、
できなくなりそうだから、ontologyに異議をとなえる人間が多い。

642 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 20:25

>>641
>バイオインフォが主流になれば
でもって主流になるためには、
バイオインフォ主導型・システムバイオロジー主導型
のよい研究がコンスタントにCNSに載るようになって
「政治的に」認知されなければならないんだと思うンだよね

643 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 20:29

でも「場の空気を読む」ための有効なアルゴリズムは開発され
ていないから、バイオインフォはなかなか主流になれないと
思うんだよね。たとえばテキストマイニングの手法でそういうのを
きちんと示したらすごいと思うよね。

たとえば内分泌かく乱物質をキーワードにして
欧米の学会筋、日本の学会筋、日本の官公庁、日本の消費者団体
がどこの時点でガセネタだと築いたかを、統計的に割り出すとかさ

644 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 22:55

寝言だな。オナニーは脳内でやっとくれ。

645 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 23:13

明らかにスレ違いだよ。
情報系の文化は数物系よりも生物系のほうに近い（お互いに認めたがらないが）ので、
ここで議論されているような「数物系の人」は、そもそもこのスレにあまり参加していない。
まさかとは思うが、コンピュータ使ったり計算したりすることを「＝理論」とか「＝数物」
だと思っているわけではあるまいな。むしろ物理学的な「理論」からの距離でいえば、
実験生物学よりもバイオインフォのほうが遠いよ。

646 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 23:33

いや、つまりバイオインフォの人にも空気読めない人大杉
ってことだろ。しかも「生物屋の空気なんて読んでも糞」とか
って思ってるからしょうがないよなってことだろ

647 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 23:53

空気読むとか、読まないとか。それは学問で見につくもんじゃなくて、ある程度
才能だろ。あと小さいころに育った家庭環境とかさ。
「空気読むのなんて糞」と自覚がある場合はまだ軽症なほうで、「場の空気」
とか「雰囲気」といった概念を持ち合わせてるからいいほうだよ。
本当に危険なのは小さいころにそういう概念を持たずに育ってきた人。そういう
人はそもそも「場の空気」とか、そういう概念がない。
そういう人は学問だけじゃなく、普通の仕事も満足にできないだろうから、
生物屋だからどうとか、そういう次元を超えてる気がする。

まぁ、そういう人に限って頭はすごく優秀なだけにな、惜しまれる罠。

648 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 23:54

「そういう」多いな漏れ。

649 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 00:14

場の空気とかいう奴に限って、能力ないんですよね。
自分の能力がないから、捏造してもばれないと思ってる。
糞ですね。

650 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 00:16

お前は、”場の空気”でリストラされても文句言うなよ。

651 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 00:21

ontologyで成果上げろって、具体的にどういう成果のこといってんの？
ontologyが理解できてない証拠なんでは？ontologyで捏造の状況証拠を
あげたとしても、そいつが「ontologyなんて糞」って思ってたら、そんな
裁定に従うわけないよね。

652 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 00:40

空気読む＝媚びへつらう

653 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 00:56

>>650
大概のリストラは「空気の読めない奴」から行われていくんだぞ。
ひょっとして知らなかった？

654 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 01:03

空気を読んで、なおかつ媚びへつらわない、という戦略もあるわけ。

655 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 01:08

配列を比較するのにいっぱいソフトがある。どれを使えばいいのか、、、
修士一年ですがまだよくわかってないです。
用途別にメジャーなもの教えてもらえませんか？

656 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 01:12

blast
fasta
clustalx
t-coffee
くらいじゃだめ？

657 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 01:40

>>653
それが”場の空気”でリストラだろ？
陶片追放って言葉知ってる？

658 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 01:51

６５６さん、ええだめです。もっともっとでごじゃる。

659 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 02:26

場の空気が大事っていう妄想がはいってる時点で、
媚びへつらってるし、病気はいってるんですが、、、

660 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 07:57

空気読む読まないを語るのなら、ここはスレ違いだって。
バイオインフォなんて完全に「空気を読む」世界の人たちの集合体だろ。
バイオインフォの人たちが生物系の空気を読んでない、という考え方自体が妄想。
よっぽど配列比較のソフトウェアについて語ったほうがマシだ。SAGAとか。

661 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 08:15

>>完全に「空気を読む」世界の人たちの集合体だろ
・・・はい？　( °д °)
あの大御所連中やそこのグループリーダー連を含めて
完全に空気を読む人たちの集合体とおっしゃる？

662 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 10:21

>>641
>ルールっていうのは、一つにはtermであって、その整理のために　ontology
>というのが必要だということ。言葉というのは、それを作出した人間が好き勝手
>にその場その場で都合に合わせて定義を変えていいものではない。それが、
>できなくなりそうだから、ontologyに異議をとなえる人間が多い。

意味不明なんだけど。定義を自由に変えられなくなるのが嫌で
オントロジーに反対してるっていってるのか？だとしたら認識がおかしい。

>>651
誰に対する質問？　内容が意味不明。
それに、だれも成果を上げろといってないと思うが…
ただ、オントロジーは、WikiPediaみたいなカタチで実現するのが最良だと思う。
たくさん予算分捕ってやるものじゃなかろう。

663 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 11:05

大した業績がないのに大御所になっているとすれば、まさにそれこそ空気を読んだ結果としか考えられないわけだが。

664 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 11:11

具体的な人物が思い浮かんでしまうんだが、、、、

ちなみにだれ？

665 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 12:11

オントロジー、大御所・・・

666 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 12:32

日本でやってるのかおんとろじー？
外国でやってるのを騒ぎ立ててるだけじゃないの？

667 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/26 23:29

ontologyやってるやつに「空気嫁」ってネタか？
空気よまないところに、ontologyの存在価値があると
思うが、違うか？大御所の仕事の評価に手心を加える
というのをしないと、あなたは生物の仕事人として、
認めないということですか？

668 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 00:02

>>663
大御所はそれでよいんだが、そういう批判すらもはや
常識と化しているよね。その大御所の下にいる人たちは
まったく空気読めてないってことだよね
（だってお先まっくらじゃん）
それともマゾなのか

669 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 00:18

　空　気　嫁　と　か　い　っ　て　る　香　具　師　は　糞

670 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 00:26

>>668
それはバイオインフォマティクスに限ったことではないのでは。
そういう人はどこにでもいる。むしろ、その辺が生物と情報が類似している証拠かもしれない。
というか、それは空気を読む読まないとはあまり関係ないのでは。

どうも、スレ違いの話を無理に延命しようとしているだけのような気がする。
空気を読む話は当初物理屋批判だったわけで、それと同じ論法が物理と極端に異なる
バイオインフォマティクスにも適用できると思った理由がわからない。単に
「自分の嫌いなものは全部同じ」だと思っているだけなんじゃないかと。

671 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 08:46

「自分の嫌いなものは全部同じ」
まあ、そうだな。俺は自分の分野の学問の背景をきっちり勉強しないで
とりあえず有名論文だけ読んだだけでロジック振り回す奴は嫌いなんだよ。

672 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 10:08

>>671
その手のタイプは研究室を２、３回移動してるうちに淘汰されるから気にする必要無し。

673 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/27 10:15

その主張自体は同感だが、やっぱりスレ違いだったのでは。。。

674 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/29 11:23

無知の相克
↓
【教育】平等教育の理念崩れる？教育基本法改正議論で、ヒトゲノムの話題出る
http://news13.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1091065106/

675 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/04 06:32

Bioinformatics Programs Produce More Grads, Despite Shrinking Job Market

In the late 1990s, trained bioinformatics professionals were in such demand that signing bonuses,
stock options, and other perks were common recruitment strategies for biotech and pharmaceutical
companies looking to staff their growing bioinformatics departments. But,...

676 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/04 23:29

But,...で何？

677 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 00:45

東京圏なら、バイオインフォ関連の仕事あるけどね。

当方、物理出身、現在生物系院生。

678 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 02:26

物理出身の生物系,,,,,,,。
((((ﾟДﾟ;)))ｶﾞｸｶﾞｸﾌﾞﾙﾌﾞﾙ

類まれな天才か、国宝級のバカか両極端ですな。その手のキャリアの方は。

679 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 07:56

>>678
別にそうでもないだろ。普通の話だ。
自分の周囲だけですべてを語っちゃダメだよ。それが荒れるもと。

680 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 08:13

>>678
詳しく！

681 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 13:48

>>678

ってか、おおげさにあおりすぎ。
ｶﾞｸﾌﾞﾙすることでもないだろう、生物やよｗ

682 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 14:01

物理出が分子生物を牽引してきた

683 ：起原切れ助手：04/08/06 14:43

あほらしい。
物理出身の生物屋なんか腐るほどいるＹ。

684 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/06 15:58

そうそう。物理出身者は古くからこの分野にはたくさんいる。

685 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/08 08:08

生物科生え抜きって使い物になるの？
他学科出身者におされてんじゃねーの？
殺生ばかりばかりしやがって、地獄の炎の焼かれやがれ

686 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/08 12:57

>>685
ほーらやっぱりくだらない煽り合いになってきただろ。
どっちにしろスレ違いだからやめれ。

687 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/08 15:08

序列はっきりさせないから煽りになる

688 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 14:24

最初からインチキ臭かったけど、最近はますますインチキ度に磨きがかかっているなぁ
バイオインフォマティクスってｗ

いや、これがちゃんとした学問であったりとか、こういうきちんとした手法を用いることがバイオインフォマティクスなんだ、と
はっきり示してくれたりする人がいれば従いますが・・・

要はデータがいっぱいでそれを蓄積して処理するためにたくさんコンピュータ買ってね、ってのが実情な
バイオインフォマティクス

689 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 14:38

それは一部のいんちきくさい人だけ

690 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 14:49

いちいち大仰な名前つけるのは、金集めたいからでしょ。
実情は688の通りだね。

誰が何やったってインチキ臭くも何とも無い。ただのデータ処理だもん。
雇用の創出をしているから、俺は文句無いけどね。

691 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 18:44

>>688
それはどんな学問でも同様。
うさんくさい人がうさんくさいのも、手法部分だけを取りだせば大したことなさそうなのも。
コンピュータを使っているというだけで敵視したり神聖視したりすること自体が
問題。普通の一分野にすぎないんだよ。

というか>>1読め。その話には飽きたと言うのも飽きた。

692 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 18:49

【生物】考えられていたより高かった遺伝子挿入型変異の頻度
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1092026035/

693 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/09 22:57

私の前居た部屋のボス(助教授だけど）やっぱり物理出で生物については知識と興味の底が浅かった。おまけに少し変態でしたね。やっぱりハイブリット系は出来損ないが多いのでしょうか？

694 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/10 00:25

どう縦読みしていいのか分からないゴミばかりになってるな

695 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/10 00:46

>>694
たて読みすら出来ないレス書い
てるやつのいうせりふか

696 ：起原切れ助手：04/08/10 10:40

>>693
１つのサンプルで一般論を導く癖は辞めた方がいいと思う。

697 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/10 19:28

なんか議論がループしているな。
日本学会事務センターの話でもするか。

698 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/13 02:00

一つのサンプルからなるべく多くの事象につい
てコンセンサスを得たいととき
↓

699 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/13 18:01

ぬるぽ。

700 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/14 05:10

がっ

701 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/14 08:49

↑
コンセンサス

702 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/15 11:40

■バイオインフォマティックス
成功のためのプログラム
<ttp://www.naturejpn.com/naturemethods/techfeature/bioinformatics.php>

703 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/19 21:48

東大新領域情報生命ってどうよ？

704 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/20 10:58

新領域ってことば自体が古くさい。
そんなことばをもってくる辺りに
体質の古さを感じる。

ことばだけだけどな。

705 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 01:14

で実際どうなの？

706 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 08:40

それが人にものを尋ねる態度か？

707 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 09:02

２ｃｈではな。

708 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 10:00

ここって金を貰いながらバイオインフォの勉強出来そうなんだけど
雰囲気とか知ってる人いる？
http://www.cbrc.jp/training/recruit.html

709 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 15:59

知ってるよ。

710 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 16:14

バイオインフォマティクス

711 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 16:19

へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ
　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へ
～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　
ぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～
角っこの大きな家に囲いが出来たんだって?　
へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ
　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へ
～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　
ぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～　へぇ～

712 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 16:20

へぇ～　　←山登りする人に見えてきた・・・ぬるぽ。

713 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 17:17

がっ

714 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 18:25

ぬるぽ

715 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 22:54

＞＞７０８
いくなら常勤でいきたまえ。

716 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/27 12:17

ttp://yamaguch.sytes.net/~takuya/diary/20040824.html#p02

どう思う？

717 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/01 02:14

ガッするぞ

718 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 16:05

本格的に研究できる研究室はどこ？

719 ：('A`)ｶｰﾁｬﾝ･･･：04/09/05 16:50

オススメ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1082944530/210-223
http://human5.2ch.net/test/read.cgi/male/1090370003/1-50

720 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 19:48

>>719
どういうお勧めやねん！

721 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/11 23:36:56

perlのコードの中でUNIXのコマンドを使うにはどうしたらいいですか？
mkdir cd mv cp
ぐらいでもとりあえず使えたらいいです．

722 ：アフォ：04/09/12 02:32:04

バイオインフォマティクスだって？
そんな日本語聞いたことないYO
正しくは
バイオインフォルマティクスだYO
メモっとけ
このアフォ共が！！

↓身をもって誤用を正しているすばらしい会社
http://www.hipep.jp/career_1.html
おまいら、バイオインフォルマティクスに興味あるんだろ
どうや、この会社
俺様が斡旋してやる

723 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/12 02:36:19

system か open でできるよ。

mkdir とか cd とか mv とか cp をつかうなら、シェルスクリプトでかいたり、Makefile にしたりしたほうがいいかと。

724 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/12 02:42:49

PSBの採択結果でたね。

725 ：721：04/09/12 11:25:15

723サン
ありがとうございました．
たとえば，これ
takenaka-akio.cool.ne.jp/doc/perl_kiso/sprintf.html
ですね．
system ("mkdir newdir");
とかするのですね．
メインをシェルスクリプトで書いて
部品のperlプログラムを順に呼び出すようにすると
ポータビィティーが悪くなるので（部品の忘れ物が出る）
できれば全部を１本のperlスクリプトで作りたかったのです．

ところで，perlでmakeも使えるんですか？

726 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 14:12:39

>725
723じやないけど。
mkdirぐらいperlからできなかったっけ？
mkdir newdir;
で終わりだと手許のreferenceにある。
けど、makeまでやるならシェルスクリプトにしなさい。じゃなかったら、
make相当の関数/モジュールをを自作してそれを呼びなさい。
system()関数にはポータビリティ－なんてない－少なくてもWin32では
動かない。それならsh(not bash)/cshのほうがずっとポータブルだと思うよ。

>722
非常に面白くかつ興味深い問題提起に深く感謝の意を申し上げる。私はカ
タカナ標記は「バイオインフォマティクス」でよろしいと考えるものであ
る。理由として、rの後ろに母音が無いという事実を挙げさせていただこう。
沖縄という地も海洋生物学と連係をとるには非常に良い土地である。
貴重な情報提供にマリアナ海溝より深い感謝を申し上げるとともに、
>722氏の地球的な誤栄達をお祈り申し上げる。

727 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 19:23:23

バイオインフォマティクスって要は

遺伝子の相互関係や代謝系やらパスウェイなんかを
自分の思うとおりに検索できるようにするための分野ってことでＯＫ？

728 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 21:37:26

>>727
どうも定義が定まっていないのだが、それが含まれるのは確かだ。

729 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 11:35:23

定義も大事だが、日本でも各ソリューションカンパニー（って変な
いいかたかもしれないが）がバイオＩＴ事業部だの、バイオインフォ
マティクス事業部だのをつくり、商品をリリースし始めた。

これからは種々の市場メカニズムが働いていくはずだから、（商用ソフト
を思い浮かべながら）バイオインフォマティクスってあんなことやって
いるところだよねって感じで認知されていくのかもしれない。

730 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 12:57:17

生物で修士卒後5年間SEしました。
ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｼｬﾝになれますか

731 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 13:14:13

IBMや富士通、ＮＥＣあたりなら転職可能なんじゃない？

732 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 15:35:41

>>728
うまい表現だ・・・。使わせてもらおう。

733 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 22:29:13

実験やってみたくないですか？

734 ：732：04/09/17 22:52:47

漏れはやってみたいけど。
いまB農さんも実験やってるよね。

735 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/17 23:01:39

手始めにアミノサプリ飲料の電気泳動をやらせて

736 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/18 18:37:44

いい本見つけた
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4897062853/qid=1095495242/sr=1-2/ref=sr_1_10_2/250-7460805-1994637

737 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/21 01:19:33

B農さんって何？

738 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/21 03:53:55

有名な人じゃん。煩悩さん。

739 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/21 23:11:03

この業界、うさんくさいやつ大杉

740 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/22 17:20:45

生物系の研究でコンピュータ使いさえすればみんな
バイオインフォマティクス？

741 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/22 23:54:10

うん、そだよ。

742 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 00:04:22

>>740
今はコンピュータ使ってるけど学問とは無関係だろ、
単なる事務処理というか大きなデータを扱うのが
コンピュータが得意ってだけ
会社の会計システムとかと一緒だよ

実験の方向性決めるっていう補助的な遣われかたすらまだまだ
コンピュータが本当に研究で遣われるようになるには
あと数年はかかると思われ

743 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 00:20:10

＞実験の方向性決めるっていう補助的な遣われかた

そこが最重要なんだろがw

744 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 01:33:11

コンピュータが当たり前となった今考えると、
紙とペンを使って全部手計算でやってきた先人たちはすごいな。

745 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 03:27:13

ええと、ちょっちDB板にカキコした時に気になったんだが、
XML-DBってどうよ、bioinfoにとって。
フラットファイルを何とかする手段として使われることが多い、
って理解で桶？
#いつの間にage進行になった・・・？

746 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 06:42:13

>>745
つか XML-DB 自体は
綺麗な RDB の表を定義したほうが効率的だけど
なんか色々表の項目が変わったりしそうでマズー、
って時に、効率落ちるけどとりあえず XML にしとくか、
っうくらいの感じで使うんじゃない？
まあ情報を管理する割と便利な入れ物とは思うけど
せいぜいそんなもんだよ？
まぁそれで色々な情報が密接にリンクさせられるように
なればバイオインフォに良い影響を与える「かも」しれないけど

747 ：745：04/09/23 13:41:42

>>746
レスども。
その程度だよな・・・。

748 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 14:07:25

情報のレベルで管理しようとしても、パラダイムが１-２年でシフトしてる
ような分野では、古いパラダイムに縛り付けてしまうほうがかえって有害でしょ？
そこんとこ、DB屋さんはどうよ？
まちがった情報へのリンクと　正しい情報へのリンクが混在してるDBほど
使いたくないものはないぞ

749 ：746：04/09/23 14:16:41

>>748
バイオの DB って確かに難しいよ
普通は DB に入れるものって、もっと意味や価値が整理されたものだけど
今は意味が確定するまえにデータが沢山出てしまうからなぁ(これってポストゲノム？w)

もっと柔軟なデータの抽出とかが出来るようになって、
研究者がデータに対してトライ&エラーとか精度の判断とかが
すっごく簡単にできるようにならないと、↓の問題はどうしようもないね

>まちがった情報へのリンクと　正しい情報へのリンクが混在してるDBほど
>使いたくないものはないぞ

750 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 14:51:50

難しいというよりも、
そもそも何らかの意味のあるDBを作ろうとすること
自体が非常に厳しい気がしてならないのです。
あるいは、できた瞬間は何らかの意味のあったDBですら
一月後か半年後には存在意義を失っている・・・
常に有意義なDBを維持し続けることのほうがおそらく
はるかに難しいのだが、その作業が評価されることもなければ
その方法論をまじめな情報学の研究対象としている研究者も
かなりの少数派なのではないかと。

751 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 15:03:03

>>750
それ、科学としては評価しづらいんだよね。
本来は博物学の仕事。
そして日本では博物学が学問として認められていない罠。
・・・どこのセンセイも平気でタコ壷掘ってられるのもそのせいか？

752 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 15:20:20

データの維持は難しいね
作ったいいだしっぺの教授=>一個論文にしたら後は別の新しい事考えるのが仕事
データを使う人=>使うのが仕事
作ったエンジニア=>器作るだけが仕事

で結局研究室の学生さんが奉仕する、と
理不尽な気もするけど

753 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 16:15:01

しかしよいものをよいままに維持し続けることこそが
バイオインフォそのものの価値を維持しつづけることに
つながるだろ？

バイオインフォの論文、新しいＤＢの作成に関する論文については
そのＤＢが最低一年間は、現用に耐えうるだけの質を維持し続け
ていることを確認してから、論文の受理をするようにするという
厳しいルールをつくったらどうか？

754 ：751：04/09/23 18:37:04

>>753
研究者に求めるのはちと筋が違うのよ。以下参照。

>>752
器がどうあるべきか検討する=>博物学(情報学も可)の＿研究＿
メンテナンス => 博物館学芸員の仕事(or学生)

だって、昆虫・植物のタイプ標本の保持も、その分類体系の構築
も博物館の仕事でしょ？
##ついでに研究結果の社会へのフィードバックも。

日本の社会(含むアカデミア)から博物学がのけられている歪みが
ここに現れてんだよ。

漏れの考えでは、今DB持ってる研究室は、自然史系の博物館と共同研究
始めて、DBそのものは博物館に移管すべし。当然、その分の講座費は要
る。今後の構築も同様。

##お台場科学館、灯台総合博物館あたり何か始めないかな。
##高槻研究館はそのうち始めるんじゃないかと思うんだが。

755 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 19:57:27

>>754
博物学って視点は考えつかなかったなー面白い

でも博物学ってのは情報の保存に価値がある訳だよね？
(違ってたらスマソ)
DB の場合は価値が「無い」かもしれない訳で、
DB から得られる新しい何か、が大事なんだと思う
なのでちょっと違う気がするけど、
研究室の仕事から維持ってのを取りのぞいてあげる、
ってことは面白いと思た

756 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 23:33:31

なんかちがうよぉ
「維持」は研究ではないから研究室ではやらない
とか「博物学」は日本では冷遇されているから
うちではやらない、とか、若者の言い草じゃない
とおもうよ
やだなあ

757 ：751：04/09/24 02:33:39

寝るつもりでなんとなく見にきたらまあ。レスがついたのは嬉しいけど・・・。
>>755
>でも博物学ってのは情報の保存に価値がある訳だよね？
違。754に「分類体系の構築(研究)」とか例示したつもりだったが伝わらな
かったか。

漏れ的に博物館でやるべきことを(再)定義するなら、
「なんらかのコレクション・リポジトリ等を所持・収集し、その研究および
　大学院教育*を行う。
　コレクション・リポジトリおよび研究成果**を、刊行物・展示等で社会に
　還元し、社会教育を行う」
ぐらいだろう。

大学の研究室ではなく、博物館でやるべきことは色々あるので、正確には
その手の本***を見てほしい。

>研究室の仕事から維持ってのを取りのぞいてあげる、
いや、漏れ的にはゲノムプロジェクトとか**オームとかほとんどが、
そもそも科学の研究室でなく、博物学の研究室の仕事なんだYO。
本来ならゲノムプロジェクトの予算自体が、博物館に降りて不思議がない。
コレクションに関する研究は科学ではなく、博物学だ。
そして(認めない香具師もいるかも知れないが)生物学の根本に、博物学もある。

*情報系には「へ？」ってな議論だろうが、生物系の大学院研究室を博物館
の研究室にしているところが(海外では)結構ある。筋が通ってる。漏れは
井上民二の本(熱帯雨林の生態学―生物多様性の世界を探る)で読んだ。
**大英自然史博物館の研究成果リストが以下で見れる。
http://www.nhm.ac.uk/entomology/publications/index.html
***たとえば「博物館概論放送大学教材(石森秀三 (著))」とか。
#追伸
必要に応じて、博物学(情報学)と読み替えおながいします。

758 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/24 18:57:16

ウィンドウズでどうにかなりますか？
それともみなさんUNIX使いですか？

759 ：755：04/09/25 01:22:50

>>757
う、やっぱり俺がアサハカだったみたいだ正直スマン
博物学って未だ理解してないんだよ

ただおれも、何とか3000とか何とかオームwはサイエンスとは何か違うって気はしてる
おれはその違和感が big サイエンスだからかと思ってたけど
もっと根本的に違うのかもしれないな…
ちょっと勉強してみるぜ！

760 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 01:36:44

そういえば、遙か昔、某有名プログラムを作った先輩が生物学は
博物学だということを言っていたなぁ・・・

761 ：751：04/09/25 01:55:22

>>759
きついこと書きすぎたかな？
>ただおれも、何とか3000とか何とかオームwはサイエンスとは何か違うって気はしてる
ああ、そう思ってる香具師もいるんだ。
一番手はサイエンスかもしれないけどね。ＸＸでは初めて、ってやつの安っぽさよ。
##サイエンスとしてでなければ高く評価できる側面*もあるのだが。
*応用には基礎データがなければどうしようもないケースもある。

>>760
漏れ的には、博物学から科学になる途中・・・かな？、とか捕らえているけど、どおっすか？

762 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 02:08:06

コンピュータに金と時間をかけないっていうのは、
産学の癒着のために、そこに回せる予算がないから。

試薬や分析機械屋がバイオインフォやれるようになって
それが商品化されて、教授先生が不器用な手つきで使い
こんでデータらしきものがでて初めて、バイオインフォの
仕事がよの中にでる。。。

はっきりいって終わってるな、生物屋。

763 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 02:08:49

↑
研究の２重構造

764 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 02:09:53

税金も２重取りできて、うまー

765 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 02:50:17

網羅的ならばサイエンス
恣意的に数を稼いで数値目標クリアを狙ったら
それはちょっと・・・

766 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 07:38:02

>>765
そうそう、いつのまにか、その数を決めた一応「科学的」な理由が消えうせて、
目標数値として一人歩きするんだよねー
でも研究者は真面目だから、何もかも分かってても
目標と書かれたら達成しようと頑張るんだよねー

767 ：760：04/09/25 10:13:09

単に、網羅するだけなら生物学や博物学と言うのはちょっと
気が引ける。収拾そのものにも価値を認めるけど、やはり
網羅的なものを分類、分析したりという"抽象化"というか
知識の抽出があるとき、その網羅に意味があると思うよ。

何とか3000からフォールディング原理解明に結びつきような
知見が少しでも得られるのならばサイエンスに貢献した、とは
言えるのかな。

768 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 11:27:41

単にめんどうな仕事を博物学にまわしてるだけじゃないの？
それを博物館に展示して、普通に見に来る人の誰が面白いと思うのか？
面白いと思うことなんて人それぞれとか言いそうだけど、例えば
半分以上の人を満足させられる自身はあるの？
あっちもサイエンスだけど、商売なんだから。
面白いことはやりたいし、つまらんことは引き受けたくない。

769 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 11:40:37

ちょっと気付いたんだけど、シーケンスとか立体構造とかって
今や単なるデジタルデータだよね？

博物学って物自体の管理も大事な仕事になると思うけど、
デジタルデータの管理って標本の管理に比べりゃ相当楽だよね
いくらでもコピーできるんだから
そこで博物学と何とかオームの違いとか出てこないかな？

770 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 11:44:52

博士取れますか？

771 ：745：04/09/25 14:47:11

>>749
>普通は DB に入れるものって、もっと意味や価値が整理されたものだけど
>今は意味が確定するまえにデータが沢山出てしまうからなぁ(これってポストゲノム？w)
DWH的ですな。
>もっと柔軟なデータの抽出とかが出来るようになって、
>研究者がデータに対してトライ&エラーとか精度の判断とかが
>すっごく簡単にできるようにならないと、
infomaticsでもある所以ですな。infomatistに期待。
>>748
この数日のカキコとも関連しますが、デジタル土方のdb屋(漏れ)としては
どうこうできることではないでし。

772 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 18:25:01

そりゃ例えばSEだって上流工程をちゃんと仕事としてこなすには、
何のシステムか理解することが第一条件じゃない。だから、金融システムに
詳しいSEとかいうように細分化されるじゃない。バイオインフォも
同じだよ。タンパクやゲノムというものに詳しくないと、本当に
意味のあるシステムは組めない。

773 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 19:42:14

技術と医学・生物学を分ける方が良いのでは？
いや、僕はどちらも素晴らしいと思うけどね。
また、博物学はどの学問にも含まれるべき一過程であり
それだけを取り出して評価してはならないと思う。

774 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 20:18:40

医学って基礎の一部と、臨床開発の薬屋の仕事以外は、
じつはほとんど博物学だよね。症例報告と治療経過報告。

775 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 22:18:25

今ごろ EVM 根拠にもとづいた医療とか言ってるあたりはビックリだが
ある意味結果が良ければ目的を満たすわけだからな

776 ：751：04/09/26 02:25:02

しかしまあ博物学ネタ大はやり。ちょっと違うのですが、博物館スレなるものが見つかったので貼っておきます。
http://school4.2ch.net/test/read.cgi/lifework/984717985/
>>754 で書いた、
>日本の社会(含むアカデミア)から博物学がのけられている歪みがここに現れてんだよ
を前提にお読みいただくとよさそうです。

>>767
レスどうもです。
>網羅的なものを分類、分析したりという"抽象化"というか知識の抽出があるとき、その網羅に意味があると思うよ。
博物学の「研究」として意味がありそうですね。*
>何とか3000からフォールディング原理解明に結びつきような知見が少しでも得られるのならばサイエンスに貢献した、とは言えるのかな。
同意します。

>>768
突っ込みが鋭うございます(w
>単にめんどうな仕事を博物学にまわしてるだけじゃないの？
言われた通りDBをupdateし続けるだけならそうだろうけど、向こうに現行のDBを渡して、次のプロジェクトでは新規構築でなく統合的なものを構築してもらうなら、そこに研究すべきこと**は出てくると思うよ。
展示に関しては、表現型とか系統***と組み合わせることになるでしょうね。
** 上記*を参照。
***高槻でそんな展示やってたな。あそこは自前で16sRNA?読んでましたが。

>>773
>技術と医学・生物学を分ける方が良いのでは？
それなら、生物学は単体になるような気がします。理学部と工学部の違いを想像しますな。
>また、博物学はどの学問にも含まれるべき一過程でありそれだけを取り出して評価してはならないと思う。
ううむ、科学の分野の複数領域で仕事ができると言う意味では、それだけを取り出した方が話が早い、という認識でいます。
一過程と言えるほど、甘くはないかと思いますよ。むしろどの学問とも連係する、と捉えた方が良いように思えます。
「科」と「博」、言いえて妙かと。

777 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 22:48:03

業務で一度はモデリングやってからごちゃごちゃいおうや。

778 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:01:59

政治をシステムに持ち込めば、開発＆運用の効率が犠牲になる。

779 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:14:24

生物学をバイオインフォとバイオインフォ以外と分けれる？
バイオインフォ以外の生物学って計算機と無縁でいられる？
だったら、バイオインフォって言葉の意味するものって何？

780 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:20:36

金融に詳しいSEってのはいるんだよな、それである意味ステイタスもある。
だけど、バイオとかCROとかSMOに詳しいSEってのは必要なはずなのにいない、
なぜこんなに企業も国も無策なのか？アメリカの圧力か？

781 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:22:45

>>780
本当にそれは必要とされているのだろうか・・・？

782 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:24:15

法律に詳しいSE,
特に特許に詳しい、薬事法に詳しいSEなんて必要だろうなあ、、、

>>781
あきらかに必要。

783 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:27:08

あきらかではないので、納得いくように説明してください

784 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:30:24

バイオインフォ屋なんて何するかわからない人種よりは明らかに
必要。そもそもなんでバイオインフォなんていう区分が必要なの
かというと、データがいっぱいでてきてしまうから。ゲノムプロジェクト
のために作った施設をプロジェクト終了後も稼働しつづければゴミとも
有用ともつかないデータの山がこれからもどんどん生産されつづける。
そのデータの山の体裁を整えてなければ、施設稼働の意味付けがなくなる、
それだけの理由。ワールドカップ後のサッカー場をどう有効利用するか
というのと同じ目的でサイエンスの視点からの要求ではない。

785 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:34:20

あなたの主張は、一方的な主観の上に成り立ってるような気がしますね。
バイオインフォ屋が必要ないという論拠がないのにそんなこと言ったって。。。

786 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:37:32

こういう意見って、例えば「十三歳のハローワーク」なんかにも
ちょろっと書いてあるし、かなり一般的な見方だとおもうんだよね。
悪くいえば、遅れてきた「箱もの行政」

787 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 23:47:12

だから、官僚政治的に便利だからとかいう理由づけではなくて、
今の業界の構造変化に即して、
「今足りないとこはどこか？どういう人材が必要か？」
を大まじめに考えれば、おのずと答えは見えてくるよ。

って、もうぼろ負けしてトンずらこいた？wwww

788 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 00:24:46

日本で生物やりたい人間は、官僚のいうことに何も考えず、
アホみたいに従っていればいいということですか？、先生。

789 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 00:26:26

このあたりの事情の解析を、「BJに世路死苦」あたりで
やってほすい。

790 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 02:51:33

>>779
計算機をつかう生物学は全部バイオインフォなの？
バイオインフォってそんなに安っぽいものなの？
それだったら逆に特別なセクションも特別な予算もいらないじゃん。
計算機もコンピュータもインターネットもウェットの研究室にあふれてるよ。

791 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 06:53:24

コンピュータとインターネットさえあれば何でもできるというのなら
それでいいんじゃないですか。

792 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 08:07:27

いい加減飽きろよ。この手の議論。
資格試験スレの余波だろうか。

793 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 08:29:13

粘着な香具師がいるよね。自分の考えを押し付けるだけの、頭のかたいやつ。

794 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 14:52:00

>>791
飲みとCannaさえあれば、もとい、ノミとカンナさえあれば
素人でも即座に家を建てられるといってるようなもんだな。

795 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 17:11:20

>>790
じゃあ、バイオインフォって何？
大学で情報をやった人がやる生物学なんていうんじゃないよね？

796 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 17:42:17

>>794
みんながみんな、大規模マンションにすまなきゃいけないってことは
ない。ちいさなあばら屋で自給自足の生活をすることに意義を見い出す
人もいるし、そういう生活の中でしかできないこともある。

797 ：794：04/09/27 18:16:56

もちろん、あばら家でないと見出せないこともあるでしょう。
しかし、それをもってこの分野が不要という意見では
あまりにも稚拙に過ぎないかと。

798 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 19:16:16

>>797
だから、バイオインフォって何？
学問の分野なのか？仕事のやりかたのスタイルなのか？
それすらはっきりしてないでしょ

799 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 19:40:05

別にはっきりさせなくていいじゃん。
自分の気の済む回答が出ないからって、同じネタを何度も繰り返すな。

800 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 19:58:35

じゃあ、ワープロにPC使ってるからバイオインフォってのもありな
訳ねwww。
言ったもの勝ちだったら、バイオインフォ予算なんて配分しなくてもいいな。

801 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 20:35:17

なんだよ、もう言い返せなくなっちゃたのかよ。
底が浅いな。

802 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 20:40:14

粘着bakaはスルーでお願いします >all

803 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 20:45:05

定義があいまいな分野名って最近の流行ですか？
プロテオミクストかいうのも範囲がよくわかんない

804 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 21:44:05

>>803
それは、まだ対象がタンパクってのははっきりしてるから
イメージの枠組みはあるよ。
バイオインフォっていうのは生物＋情報てことで、今までやって
きてることといっしょっていうか、何が新しいのって感じがする。

まあ、統計すらまともにやってこなかった人達が、予算目当てで
いまさらバイオインフォと騒いでいるのは、滑稽だしはた迷惑です。

805 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 21:52:33

でもバイオインフォは特別だと思ってる人たちも
そうでないと思っている人たちも
生物系のラボでマイクロソフトワードを使う「だけ」じゃ
バイオインフォではないってところまでは
同意でしょ？
エクセルでデータ処理してちょっと凝った
マクロ書いた程度でバイオインフォなんていわないでしょ？

じゃあwebで、適当なサーバー（もちろん玉石混交）に
自分の興味ある配列投げるだけで、クリッククリックしてる
だけっていうのはバイオインフォマティクスなの？
ようするにどこからがバイオインフォでどこまでは違うの？

806 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:01:49

明らかに、その玉石混合のサーバーの中でどういう処理が
行なわれているかっていうのが、業務上重要だわな。

そこのことで、パブリックなサーバー使ってたり、既知のアルゴリズム
で処理してるんだったら、少なくともサイエンス上は仕事とすら認めら
れないんじゃねーの。そういうのはワンストップチャネルっていう
コンテンツビジネス上の概念ではないでしょうか？

ってこういう話すらできない低レベルの人間しかこのスレには集まって
ないみたいね。www

807 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:05:17

まだまだマシンパワーが足りないのでバイオインフォマなんてできません
今言葉として流行ってるのははったりです

808 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:06:23

>>807
何をしようとしてマシンパワーが足りなかった？

809 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:08:38

タンパク高次構造決定
反応回路検索

810 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:09:57

サーバーのURLだけ覚えてて、サーバーの中身をしらないってのは、
単なるユーザ。
ソフト屋に発注して何か作ってもらうだけってのもユーザ

811 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:12:49

>>806
明らかに必要なツールなんだからだれかが時間をかけて作る必要があるでしょ
その仕事を軽んじるのはサイエンティストとしていかがなものか

812 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:13:51

>>809
やりかたによるんじゃねーか？
現実の系の予想がうまくいけばいいのであって、
理論が正しい綺麗ってのは２の次ぎ３の次ぎっていうのが、この分野です。
昔みたいに計算量を減らすのに必死でアルゴリズム弄るっていうことが
少なくなったっていうのもあるんでしょうか？よく知らないけど。

813 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:17:04

>>811
軽んじて無い、軽んじて無い。
むしろ何を評価したらいいのかってのをはっきりさせるのが、
いいんじゃないの。どっかのベンダーが大学と協力して「◯◯システム」
を作ったっていうのだけじゃ、何やってるのか良く分からない。
そんなのに大量の金つかってたり、横取りを許してたら真面目にやってるの
があほらしくなる。

814 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:17:14

>>812
数値計算が実験を追い越さないならば計算機弄くってる意味なんかないよ
ゲノム配列だけであらゆることが解るのが理論屋の夢でしょ

・・・あと１０年でどこまでいけるかな

815 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:18:59

人の夢を勝手に決めつけないで、、、
その前段階でも、計算機を使ってやるべき仕事はいくらでも
あるよ。

816 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:20:27

数値計算が実験を追いこしてる部分だって既にあるよ。

817 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:20:30

>>806
>>1を読め。「こういう話すらできない」んじゃなくて、「そういう話はうんざりするほどしてきた」
だけ。
もうpart 6まで来ているというのに、1から6までを通じて自分が初めてその話題に触れたとでも
思ってる？

818 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:22:13

さあ、でも答えらしきものは一向にでてこないね。
なぜ、答えがでないのか？それ自体を問いにしてみれば
何か意見がでるでしょうか？

819 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:27:45

烏合の衆

820 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:42:34

>>818
だから、>>817みたいな指摘に「でも答えが一向に出てこない」と足掻いたのも
君が最初じゃないの。
>>818みたいな意見には「答えが出ていないのではなく、出てきた答えに君の
個人的な感情が満足していないだけ」だ。これもまたさんざんされてきた返答。

821 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:45:18

大規模シミュレーションだけが、計算機の使い道ではないだろう。

シークエンス決定業務、核酸配列情報、タンパク情報、代謝系情報
シグナルトランスダクション情報などの相互乗り入れできるweb上
での共有化、alternative splisingの解析、遺伝子予想、等はこれから

の課題と思うが。こういうのを地道にやっていかなきゃ、シミュレーションの
芽もでないだろ。

822 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:47:53

なんか偉そうに管理者面してるのが出てきたけど、
どういう答えがいつでてきたのか、全然わからないが。
それがはっきりしないのに、そんなことを言われてもむかつく
だけだが。ちなみに、>>1に書いてあることは、議論の障害になる
だけなので無視していいと思うけど違うの？

823 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:54:58

サーバーのURLだけ覚えてて、サーバーの中身をしらないってのは、単なるユーザ。
でもユーザがいるサーバなだけまだまし。
バイオインフォやってますっていってる人たちの大半は、
同じラボの人間がかろうじて使ってくれるような、クローズドの
アルゴリズムを一生懸命つくっているだけのような気もするし。
「一般ユーザを嗤ものは一般ユーザに泣く。」
だが一般ユーザにわかりやすいようにマニュアルをつくるのは
はっきり行って鬱だ。

824 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:00:34

ああ、まただよ。
>>817, >>820（たぶん同一？）も放置しろよ。何言っても無駄。

825 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:02:34

>>823
禿堂だ。
今は、ユーザ＝科学者面してる連中だから、たちが悪い。
このままでは、サイエンスの最前線を事実上になっている
人間のモチベーションに影響がでる。だれかが、現状をはっきり
とさせなければ、口だけ達しゃなうさんくさいのが蔓延るだけ。

826 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:09:02

＞それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
＞「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
＞とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。

正直、回答をまとめたページを付くりゃ「これみろ」で済むんだよね。
でも、めんどくさくて誰もやらない。つーか、答え自体がまとまってない。
しょうがないねえ

827 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:13:47

>>825
バイオ系の大学の先生とか、製薬会社の研究屋って
ほんと評判悪いんだけど、なんで？

普段まわりから丁重にあつかわれてるから、不遜な態度
が目立つのか？自分の意見がいつでも通るし、いつひる
がえしても問題ないとでも思ってるのか？

828 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:15:50

>つーか、答え自体がまとまってない。

それをここでやればいいこと。それぞれの分野の
バイオインフォの各論なんて、部屋とか学会でやれ
ばいいこと。それとも、話相手もいない引き蘢りか？

829 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:23:13

やらなくていい。

830 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:24:38

烏合の衆とまでは言わないけど、
正直、業務経験というか、責任が生じるようなキチンとした
仕事をやった経験がないお子さましかこのスレにきてないと思える。

831 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:25:18

いやあ　ここでやって何かまとまるかなあ？　大いに疑問。
だがバイオインフォ＝サイエンスの最前線、っていう意気込み
は買うけど、俺は正直、データ出してるほうが最前線で
その加工側は二次業者って感じがするんだけどな。
しかも食物連鎖にたとえると、頂点にたってるわけでもないし。。。乙

832 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:25:21

>>828
ほかの学術スレは主に各論を語っているわけだが。

というか、もう「過去ログ見ろ」で済ませりゃいいじゃん。

833 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:28:04

メンデルは自分で種まいてたわけじゃないんだよね。

834 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:28:08

>>831
データ出すってのの大きなとこにいたけど、
そういうことは「ただ出してるだけ。」だよ。

>>832
各論なんてやってるとこあった？
まともな話になってないと思うけど。
極論すりゃ、バイオインフォなんて現場ごとに、都合の言い
計算機の使い方をしてりゃ、それでいいだからねえ。

835 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:34:35

日本でもアルゴリズム開発もちゃんとやろうよ。
アレイ技術もフラグメントアセンブルもバイオインフォがあって初めて成り立った技術。
こういうの、どんどん日本でも開発しようよ。
ガイジンの作ったものありがたく使わせてもらってるだけじゃもったいないよ。

836 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:35:36

>>831
そのデータって生物全体の普遍性あるの？
そうじゃなきゃ博物学以前の状況だよ

837 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:37:00

>>835
おれがやってやる
まずは参考書教科書をくれ

838 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 23:52:43

ここからﾏﾀｰﾘ参考書・教科書スレのノリになったら>>837は神

839 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 00:03:11

とりあえず和書

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/search-handle-form/250-9687521-4003414
バイオインフォの検索結果：35件

糞は半分くらいかなあ

840 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 00:03:52

>>839
みれない

841 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 00:30:19

ここ数日、スレの伸びが早いね。

ここのバイオインフォって何っていってる香具師は
SEみたいなイメージを持ってるっぽいな。もちろん、
そういうのもあるし、重要だけど。
Webみれば、学会や学会誌でどんなことがディスカッション
されているか、簡単に見渡せるので、それで自分なりの
イメージをつかんだらどう？サイエンスとしての
バイオインフォもあるし、情報屋さんの自己満足で
終わってないバイオインフォだってたくさんある。

バイオインフォって何ってのは、大まかには言えるが、
細かいことはいえないだろ？自分のやってる分野を
説明して見ろって言われても、大まかにしかいえない
だろ。

842 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 01:31:29

自分でやるかやらないかは別にして、
SEできる能力がないと、今はバイオインフォできないっしょ。

843 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 01:34:53

データ出してる香具師らは、方法論だけもってるだけで、
次何したらいいかを見失ってるだから、だれかがそれを
考えないといかんでしょ？それができるのは、誰？

844 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 01:43:46

実験屋なんて、その都度つごうのいいデータをだして
適とうなことを言ってただけだよ、今も昔も。
それをこれからも続けていく気か？周りはそれを許すと
思う？

845 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 02:36:12

>>835

それには、実験屋が今かかえてる問題点を整理／分析するってのが
手だな。実験屋に問題意識が皆無なのが、この国のバイオにとって
いかにブレーキになっているか。。。。

846 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 02:47:29

何を成し遂げたらノーベル賞かという基準はどうだろう？
各ジャンル毎に

847 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 02:59:57

いーね。www
リーマン予想の証明に検証金かけるみたいにね。

また、バイオインフォのこれから為すべきこと１０箇条
みたいなヒルベルトのやったみたいなのが必要だね。
５０年でノーベル賞３０人とかよりは、より意味のある目標設定になる
と思う。
くだらん資格作るより、こういうのをやってくれ！！！

848 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 03:15:14

大きいテーマに共通の問題を

849 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 03:19:45

要件定義して仕事を切り分けて下に流す。
ますます、SEだな。

850 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:14:08

いや SE の仕事は SE にまかせようよ(おれも SE だけど)

研究者には、はっきり言えばもっと難しいこと、重要なことを考えて欲しいよ
SE は論文読まない(眺める位はする)けど、
研究者はちゃんと読んで考えるだろ？仕事が全然違うよ

851 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:18:54

>>850
はSEじゃねーだろ。しかも、現場も分ってねーな。
SEでも、業務知識は必要だよね。
研究者に難しいことできるわけねーし、視野の狭い人間だから
自分にできることベースでしか物ごと考えらレねーよ。

852 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:25:42

研究者の使う言語＝perl
って痛すぎるだろ。www
言語なんて何だっていい。perlじゃなきゃいけない理由をいってくれ。
こんなのにシステム関連とかそれ以上の仕事求めるのはどだい無理。

853 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:29:57

生物の実験ですら、やってみなくちゃ分からない連中なのに、
できてもいないシステムなんて、それこそつくってみなきゃ
分からないでしょう。それで、仕事になるんか？

854 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:32:42

上に従順、いわれたことだけ文句をいわずにやるってことを、ひたすらに
くり返して、リストラされる理由を極k力排除するってやりかたで保身する
しか能力のない人たちになんらかの仕事を期待するのが間違ってる。

855 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 07:34:58

研究者が自分でやりたがる仕事は、予算の配分だけだな。
それだって、仕事が把握できなきゃ人件費は分からない。
だけど、自分でやるっていうだろうね。

856 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 08:02:48

なんだこりゃ。

857 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 08:07:30

朝っぱらから連続で・・・
暇なんだね。

858 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 10:51:48

>>852
>研究者の使う言語＝perl
>って痛すぎるだろ。www
>言語なんて何だっていい。perlじゃなきゃいけない理由をいってくれ。

テキスト処理、通信処理（ＣＧＩ含む）、データベースアクセス等を含めたトータル使用方法が一番ラクだから。
言語は、使用回数や求められるパフォーマンス、開発時間を考慮して選ぶだろ?
生物系の情報がどのように扱われているか知ってれば、自然にＰｅｒｌを頻用するだろうが。
もっといい言語を知ってるなら教えてくれ。

859 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 11:06:57

もっといい言語。
その名はexcel

860 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 11:43:32

漏れの学校でも、perlだったぞ

861 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 12:18:14

>>859
はあ？
お好きにどうぞ。

862 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 13:45:01

Rubyだろ。やっぱり。

863 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 13:47:10

>>862
はあ？
お好きにどうぞ。

864 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 19:51:27

おれ 850 で本当に SE なんだけど、おれ何か悪い事書いたかな…

研究者が Perl を選ぶのは >>858 と同じだけど、単に「楽」だから、だと思うよ
SE としては他の言語の方が後々は「楽」だと信じるけど

865 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 19:56:18

>>864
プログラミングに不慣れな人が開発に要する時間とプログラムの使用回数等を考えると、
他の言語がいいとはいい場合が極めて少ないのは歴然と思います。

866 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 21:00:07

>>865
「いいとはいい場合が極めて少ない」ということは、えーと、否定か肯定かどっちだ？

867 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 21:01:10

で、バイオインフォ屋がそういう他人の出したデータいじくりまわして、
何か大局的な発見や生物学的に普遍的な現象がわかるんだろうか？
確かにバイオインフォできる人が共同研究者にいると、相談するときに
便利かもしれないけれども、適切な問題設定ができるクラスの能力ある
バイオインフォの人って、実際に日本にいるの？
いるとしたら具体的に誰？

868 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 23:21:16

具体的にいうと、g先生だろ。

869 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 23:24:44

無理矢理自分のしたい話題に転換しようとするなよ。

870 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 23:25:46

>>867
お前が作るんだよ
そういう人材を

871 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/28 23:35:09

というかg先生ってどのg先生よ？　文脈読み間違えると荒れるぞ・・・

872 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/29 00:55:40

このGじゃないの？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=11163956

873 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/29 15:10:02

>>867
＞確かにバイオインフォできる人が共同研究者にいると、相談するときに
＞便利

有用性は認めてるじゃん。一足飛びには出来ないから裾野から広げるんだよ。

874 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/29 23:58:10

>>867
>適切な問題設定ができる
おおこわ(笑)
小さな問題なら適切かどうかすぐ分かりそうだが、
>大局的な発見や生物学的に普遍的な現象がわかるんだろうか？
こんな問題設定は、誰だって難しい。

脊髄反射レススマソ。

875 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 00:53:59

何もやらずにあーだこーだ言う前に、やってみな。
別に免許も資格も必要ないんだからさ。
それでも実験研究者か？

876 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 02:05:42

>>875
874でし。
誰宛？
867氏が874を笑って読めないのなら謝るが・・・。
漏れは実験研究者じゃないよ、今のところ。

##粘着無視すべきだったかな？ageてるし。

877 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 07:53:49

>>876
875が867と同一かどうかはともかく、粘着（867）は無視すべき。

878 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 09:04:05

877(=869)はRubyかVBか、って話を続けたいらしいな。ｺﾄﾞﾓがまぎれこんでるのか？

879 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 09:09:49

Pythonってﾋﾟﾄﾝって読むんだよね？　それでいいんだよね？

880 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 10:42:25

>>879
おれは「パイソン」と読んでます。

881 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 11:27:23

英単語的にパイソンだろう、それは。

882 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 20:16:05

実験屋だとＶＢが幸せ
ＵＮＩＸ萌えだとＰＥＲＬ

Pythonてどんなんだっけ？

883 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 20:20:28

ネタかとおもったら(ピトン)けっこうマジであり、らしい。

「これなんて読むのよin linux板」
http://pc5.2ch.net/test/read.cgi/linux/1060765692/432-440
あたり笑った。
/etc　　いーてぃ－しー
/var　　ばー
/usr　　ゆーさー
/mnt　　えむえぬてぃー
/bin　　びん
/dev　　でぶ
pwd　　ぱうど
majordomo　　まじょーども
mandrake　　まんだらけ
sudo　　すどー
named　　ねーむど
kudzu　　くず
emacs　　えまくす
wget　　わげっと
latex　　らてっくす

以上　オレの脳内　だそうな

884 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 22:42:13

>>882
perlはタダだからなあ(除コピ)
オレは書き捨て用にperlがないと生きてゆけない。
vbで書き捨てはちと辛い。
書き捨てでないなら、javaに行ってしまいそう。

とあるSE手前の奴は、
「やっぱrubyでしょ？pythonはパーサーじゃない」
などと暴言吐いてました。

>>883
そんなスレ紹介すな、スレ違いじゃばか者！！
・
・
・
・
・
・・・読みふけってもうたやないかい＿|￣|○
「UNIX 用語由来/読み方辞書」なんて出てくるし。
サンクス。

by ruby, python共に知らんからコメントできないsmalltaker希望者

885 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:02:54

Pythonって、正規表現の使えるTcl/Tkみたいなかんじ？

886 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:10:18

>>885
そんなかんじ。

887 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:10:44

>>882
ＶＢが便利と思うなんて・・・我慢強いな。

888 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:15:55

>>883
その読みでなんかまちがってるん？

889 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:30:31

>>885
かなり用無しだな

890 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:33:07

>>887
デバイス操作が楽だという噂を・・・

891 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/30 23:58:20

>>889-890
基本的にはＧＵＩ作るのに向いたツールだからね。

892 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 00:25:44

Python の読みなんてネタに釣られんなよ…
全くインテリほど釣りやすい香具師はいないなw

893 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 00:26:42

C言語マスターしたとして、それプラスだとなにが良いと思うかね諸君

894 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 00:36:46

ヰンドウヅ

895 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 00:40:18

>>893
お作法の本を読む
アンド
アルゴリズムの本を読む

perlの文法自体なんかはあらためて勉強するものじゃないし

896 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 00:43:57

>>893 Scheme

897 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 01:02:38

>>893 ML

898 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 01:23:55

>>893 CommonLisp

899 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 02:35:31

ここはディープな関数型LLのスレではない。
生物板なのも忘れないように。
>>898
>>896

>>897
広報より先にwikipediaでも書きやがれ(和訳も可)

900 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 04:10:36

900
隔離スレが無くなってしまっているようなので、今後どうします？

901 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 06:00:33

>>895
文法自体はね。
でも、ＣＰＡＮ使うと無限の可能性があるよ。

902 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 06:53:59

>>901
CPAN はちょい信用しきれない、楽は楽だけど…
ところで Bio* って色々あるけど
(BioPerl とか BioHaskell とか BioRuby とか BioLisp とか BioFortran とか)
信用して使っても大丈夫なの？それとも自分で書いたほうが早くて信頼できる？

903 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 08:04:44

>>902
*ｱﾅﾀが*ＣＰＡＮを知らないのでしょ？

Ｂｉｏ＊の中ではＢｉｏＰｅｒｌが年数、利用者数の面から一番信用できると思う。
ところであなた、プログラミングは独習？まともな教育を受けていれば
自分で書いたほうがいいかどうかなんていう疑問は出てこないと思うんだけど。
往年の名著「プログラム書法」もしくはその実質の改訂版「ソフトウェア書法」を
一読することを勧めるよ。

なお、Ｐｅｒｌモジュールは全てソース公開（当たり前）だから、
不安なら中を確認すればいいだけ。
自分でも書いたほうが早いと思うようなコードが、どれだけキッチリ書かれているか、
よくわかることでしょう。

904 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 08:59:44

こういう議論ばかりしてていいのかな？
プログラム言語どれがいいか、ってバイオインフォマティクス
どころかインフォマティクスや計算機科学の議論ですらない。

905 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 09:27:45

そうだね。
だけど、道具の選択って大事だし、センスが出る部分だと思う。
そこのところわきまえず、自分で判断できない初心者に、
自分の好みでいい加減な勧め方をするのはどうかと思う。

906 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 09:47:38

具体的な部分で完全に理想論に終始するのは理論の人

907 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 18:41:34

だれにいってんの？

908 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 19:12:58

バイオインフォやっててノーベル賞とる可能性ある？

909 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 19:56:03

戦後の日本の総理大臣って合計何人だっけ？

910 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/01 23:52:33

ここ、質問だけで1000行くスレ？

911 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 00:04:32

なんかいけそうな気がしてきたな。
intel compiler ってversionによって
大分かんじがちがうんだけどどうよ？
ていうかversionなに使ってる？

912 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 01:55:44

なんか俺たちの使ってるコンピュータって、使っている実効形式の
ファイル名が全部a.outなんだけど、他のラボではどうなん？

913 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 02:04:18

-oでファイル名指定してから、コンパイルしてるから、
a.outになんない。

914 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 02:12:00

intelがFortranのコンパイラつくってるの知ってる？

915 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 02:21:12

これなんて読むのよ　バイオインフォマティクス板　希望。

うちでは新人が「ハァ？　（ °д °）」ってなるので
Entrezはアントレと読んではいけないってルールができました。
エントレヅ？　エントレッツ？
PubMedはパブメドでいいんだよね？
Scirusはサイラス？
Genbankはゲンバンク？

916 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 03:19:21

>>912
　　　　　　。　　　　　。　　　
　　　　　　　　。　　｡　。　。ﾟ
　　　　　　。　　｡ﾟ。゜。ﾟ｡　。
　　　　　　/　／/ ／／
　　　　　(　Д ) Д)Д))

917 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 03:26:33

　　　　　　　　　,,―‐．　　　　　　　　　　　　　　　　　 r-、　　　　＿,--,、　　　
　　　　　,―-、　.| ./''i､│　　r-,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,―ｰ．　　　ﾞl, ｀"ﾞﾞﾞﾞﾞ￣＾　　　＼　　
　　　／　　　＼ヽ,ﾞ'ﾞ_,/　　 .ﾞl、　　　　　　　　　`i､　　　＼ _,,―ｰ'''/　　.,ｒ'"　　
.,,,、.,,i´　.,/＾'i､　｀'i､｀｀　　　　｀--‐'''''''''''''''"'''''''''''ﾞ　　　　｀゛　　 .丿　 .,/　　　　
｛ ""　 ,/｀　　ヽ、｀'i､　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　丿　 .,/｀　　　　
http://hobby7.2ch.net/test/read.cgi/bike/1096637050/l50
　ﾞ'ｰ'"　　　　　　ﾞ'i､　 ‘i､.r-、　　　　　＿_,,,,,,,,--、　　　　／　.,／＼　`'-,、　
　　　　　　　　　　　ヽ　　.]ﾞl ｀ﾞﾞﾞﾞ"ﾞﾞﾞﾞ￣￣　　　　　｀'i､　　,／ .,,／　　 .ヽ　　＼　
　　　　　　　　　　　　ﾞヽ_/ .ヽ_.,,,,--―――――ｰ-ノ_,／ﾞ,,／′　　　　ﾞl　　 ,"　
　　　　　　　　　　　　　　　　｀　　　　　　　　　　　　ﾞ‐''"｀　　　　　　　　ﾞ'ｰ'"

918 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 10:11:20

>>912
こんなとこで釣ってもしょうがないから。

>>915
Entrezはアントレー
PubMedはパブメッド
Scirusはシーラス
Genbankはジーンバンク

919 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 10:11:53

>>911
ＧＣＣ使ってる。

920 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 14:04:48

Ｅｎｔｒｅｚはフランス語読みだね。
ムリヤリ英語読みすればエントリーズだろうけど、
英語ネイティブでもアントレーと読むだろう。

921 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/02 23:03:00

>>918
釣りか？

パブメッドの「ッ」はどこから来たんだ？

GenBank(ジェンバンク)とGene Bankの違いを５０字以内で述べよ。

922 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/03 02:08:49

そろそろGIWのポスター投稿の〆切ですね。
みなさん準備はできていますか？

923 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/03 12:50:59

"E-cell"のCREST選定おめでとぉ！

924 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/04 22:14:54

>>899
SchemeやCommonLispがまずい理由を聞かせてくれ

925 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/05 00:37:04

SchemeはともかくCommonLispについては
perlでXMLはかせたほうがまだマシ、という
気がするのは漏れだけ？？？

926 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/05 07:04:39

>>925
後で読むこと考えたら Perl よりは CommonLisp/Scheme がマシだろ？

927 ：899：04/10/05 11:57:37

>>924
Lisp系がまずいという意味ではなく、
「Lisp系ばっかり並んでるYo...(超マイナーな)MLまで出てきたし・・・、ちょっと暴走ぎみかな？」
と思って書いた。インフォ系の人間としてやっていくには必要なんだろうとは思う。
文字列、db、数字いじるだけなら要らないといえばそうかも。

928 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/05 20:21:07

>>927
ML はネタですた、正直スマンカッタ

929 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/07 12:14:25

>>923
シム系段々と充実してきましたなあ。
OBIYagnsねらいでOBiGridの登録してみました。
##誰かばれたりそう。

930 ：897：04/10/08 23:28:46

>>928
責任取って、和訳汁?>wikipedia

931 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/10 20:06:08

名前欄間違い・・・
930=890
逝ってきます

932 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/11 03:54:24

GIW のポスターの締め切りが過ぎましたね。

933 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/14 00:19:25

hosyu

934 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/17 18:17:29

GIWって何ですか？
GeneI?Workshop?

935 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/18 00:40:53

>>934
'91とかは"Genome Informatics Workshop"といってたみたいだね。
・・・っていうか、金子さんがキーノートかい！！びっくりした・・・
##びっくりした漏れがおかしいのかな？

936 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/18 12:29:44

システムバイオロジーの隔離スレ見れないんだけど、
どんな話があったの？
情報き盆ぬ

937 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/19 20:17:40

これでございますな？
ttp://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/

938 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/26 20:42:48

荒らされるのも嫌だが、こうも人がいないとさすがにびっくり。。
書き込んでた香具師は受験の五秒前・・・？
##古っっ。

939 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/27 23:41:00

修論中でいそがしいじゃねーの？

940 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/28 00:18:10

>>939
ああ・・・漏れも都市を取った(;_;)

941 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/31 20:12:41

hosyu

942 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/04 22:42:30

保守上げ

943 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/05 11:10:48

しつもーん。
若くて駆け出しのボスと、大御所のボスの研究室、どっちがいいかな。
この分野、就職ってボスのコネ必要？

944 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/06 15:25:23

>>943
就職って企業？アカデミック？どっち？

945 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/06 15:52:23

就職するだけなら大ボス。
就職後10年後くらいに、ひょっとして
会社やめちゃうような可能性がある場合には
若くて今後のびるボスの方。
転職時の元ボスのコネっていう観点も取り入れ
るべし。退官したボスには転職コネがないことも。

946 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/06 16:21:30

生物しかしらない修士院生です。
ドクターからバイオインフォ系のラボに移ることは可能でしょうか？

947 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/06 16:50:41

楽勝です。
バイオインフォ系のラボには生物を全く知らないのに
バーチャルな机上の空論をこねまわしてる人たちばかり
ですので、あなたの実践的な生物学の知識や切り口は
強力な武器になるでしょう。
ただし、「自分はウェットの実験は苦手だからバイオイ
ンフォにうつる」という程度の考えだったら、やめといて
ください。生物学の実験のセンスがわるい人が、情報いじって
ても、ゴミの山しか築けません

948 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/06 17:28:04

分子出身のシミュレーターは大概使い物にならんぞ

949 ：946：04/11/06 17:59:20

>>947
アドバイス＆励ましのお言葉ありがとうございます。
実験が苦手というよりバイオ分野の勉強が好きでコンピューターにも
興味があるので・・・・といった流れで気がついたらバイオインフォ
の勉強がしたい!!と思うようにｗ
ですが、現在バイオインフォのソフト系の会社の内定もあるので
迷っていますが（汗

950 ：943：04/11/07 14:38:01

>>945
サンクス！
そかー、企業でも出身研究室とか気にするのか。
教授の推薦とかで入社したりすんのかな？

>>944
いやあ、できればアカデミックのほうがいいけど、
それによって変わってくるの？
まあアカデミックなら大ボスの力がものをいうのかな？
企業の場合でもそうなん？

つーか、東大京大ならどの研究室でもオッケー、ってことはないのかな？

951 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/07 14:56:41

世の中そんなに甘くない。＞東大京大ならどの研究室でもオッケー

952 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/07 19:42:39

>>950
若くて駆け出しのボスと、大御所のボスでとで研究内容変わるの？
やっぱ研究内容にもよるし論文出るようなところでないと
きついのでは？？　アカデミックの場合は特に

953 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/07 20:56:41

>>951
灯台は怪しいところがあるから気をつけろ

954 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/07 20:57:29

バイオインフォ板で叩かれていたグループは怪しい

955 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/08 23:23:22

バイオインフォの看板出していながら、そこの教授クラスが過去にデータを
いじったことがないというグループだと災厄だからな。
書物や論文を読んで知識があるだけでは駄目だからな、やはり経験的なもの
がないとデータは扱えない。

956 ：943,950：04/11/08 23:59:20

>>951-955 サンクス！

なるほどー。つまり実験チームと手組んでて論文も出せそうな
東大京大のどっかだったら大丈夫そうですな。
でも東大京大だったら大体R研とかと組んでるのではないのですか？

>>953,954

どこだろ。バイオインフォ板ってこのスレのこと？こわいなー。

とりあえず、京大東大でいくつか候補を調べてみた。学科でみるとあんまり選択肢ないね…
ここはあかん/イイ！(・∀・)ってのあったら情報き盆ぬ。

京大 K久研
京大 Ak津研
京大 F研

東大 M野研
東大新領域情報生命(いろいろあるね。ボスみんな若そう)

あと、人材養成プログラムってのもあるみたいだけど、
普通に研究室に入るのよりも何か(゜д゜)ウマーなのかな。
留学もできますみたいなことも書いてあったけど…
詳しい人お願い～（´・ω・`)

957 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/09 18:47:31

「バイオインフォマティックス」とかいいながらデーターベース管理が主なところがあるな・・
特に情報系から参入してきたところとか、産学連携絡み。
単にデータを作り出したものを管理することが主体で、解析や分析となると既存のソフトへの
入力出力の繰り返しか、論文参照程度のところが多いかもね。
>>956あたりだと良いと思うが、それ以外は・・・
やはり>>955がいうようにデータの扱いに対して突っ込んだ議論ができる環境の方がいいかもね。

あと文献検索システムのお手伝い程度で「バイオインフォマティックス研究」というのはありか？？
何でもありで野次馬臭くて、ちょっと不安な分野だな。

958 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/09 20:04:48

京大Ak津研と東大M野研は繋がっているな。

959 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/09 20:06:23

なんでもありといってもＤＢ管理なんて研究じゃないだろｗ

960 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/09 20:08:56

結局データばかり抱えていても駄目ということだな

961 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/10 20:22:05

＞あと文献検索システムのお手伝い程度で「バイオインフォマティックス研究」というのはありか？？

そんな所はやめとけ

962 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/10 22:15:50

>>956
俺だったら兄弟のTO研がイチオシだな。
それと、東工大のO研、若いけどこれからめっちゃ伸びる
んじゃないかな

963 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/10 23:14:07

>>962
そこはどういう研究？
詳しく教えてください

964 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 00:17:23

>東大京大のどっか

京大はあまり知らんが、
正直、東大より慶應とかのほうがいいのでは、と思う。
特に院、しかも博士からなんていうなら。

東大はね、残念ながらそういう人向けの教育やってないんよ。
人材養成プログラムっていうのは夏季講習程度のもん。
本が出てるから、参加するより、まずそれ読めば？

965 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 00:46:03

>>958

繋がってる？根拠プリーズ
どっち行こうか考えているので

966 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 12:13:05

>>965
かつて共著の論文書いてたりする。という意味では繋がってる。
ついでに言えばQ大のK腹研とも。

967 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 18:08:37

http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/
プログラムを見ていると、実力のあるところないところ
がハッキリ分離できるな。
ポスターセッション一覧をみていると、情報系の院生が
3D-visualizationとかの発表があるが、こういうのって
派手で目立つが内容が薄かったりするんだよな。
実際みてみないと何とも言えないけどね。

968 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 18:10:31

悪く言わないならわざわざアルファベットで書かなくてもいいのでは

969 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/11 23:15:36

てか、ここで名前が挙がってるような研究室は大抵問題ないだろ。貶されてるところでさえな。
本当にヤヴァイのはこんなところには名前も挙がらないほどの零細研究室なのだよ。

970 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/12 04:26:06

＞零細研究室
灯台にもあるな。
単なる作業グループなのが。

971 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/12 23:58:42

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4061538551/qid%3D1100271443/249-6851030-5454705

紹介されてなかったっけ？
このひとは、やっぱりすごいと思う。

972 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/13 00:05:05

>>971

どうすごいの？
詳しい成果教えてー

973 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/13 20:57:01

年令の割にはパブリケーションが大御所なみに多い、とか？
三桁はいってるし

974 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/13 22:47:55

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/427419714X/ref=pd_bxgy_img_2/249-9990070-7246711

こちらは？

975 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/13 23:34:58

このひと？
ttp://www.nikkei.co.jp/tento/yobigun/20030716n767g000_16.html

976 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/14 00:58:14

こういった分野は将来伸びるのでしょうか？？
詳しい人おしえてください！

977 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/14 11:26:58

伸びる。
のびるけれどもなかなか微妙な伸び方だ。

バイオインフォ専門の人が製薬会社に雇われることはあまりない
構造生物やってる人・MDやってる人が医薬デザインに
雇われることはある。
配列情報の人、テキストマイニングの人は、むしろコンピュータ
会社やソフト系会社に雇われて、顧客会社に常駐という形で
仕事をすすめることになる。
ある製薬会社では、チームの半分は○○ソフトとかいう会社から
の常駐部隊だそうだ。
そういう意味でバイオインフォは伸びているが・・・微妙な伸び方だ。
コンピューターシステム系の会社が、人材派遣会社化しているだけ、と
いう言い方もできるからだ。

978 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/14 11:28:14

とすると結局、976の質問は
日本の製薬会社は将来伸びるのでしょうか？
という質問になると思う。

伸びるのでしょうか？
詳しい人おしえてください！

979 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/14 12:24:29

外資に吸収

980 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/14 16:17:37

>>971
タンパク質、と銘打ちながら構造にほとんど触れない配列のみの
潔い本でつ。

981 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/16 08:27:23

>>980
ま、構造関係はそもそも本来バイオインフォじゃないしな。

982 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/17 01:21:39

「MLで書籍を紹介するのにわざわざAmazonアソシエイトのリンクを
　使う人は初めて見ました。そんなにお金が欲しいんですか? 」

983 ：名無しゲノムのクローンさん：04/11/17 08:33:35

>>982
ああ、それはﾜﾗﾀ。
けどまあ、確かにAmazonアソシエイトを使う奴も悪いけどな。