バイオインフォマティクスを教えてください

色々と教えてください。

http://kanehisa.kuicr.kyoto-u.ac.jp/index_J.html
http://www.sfc.keio.ac.jp/~mt/index.html

http://www.jsbi.org/
http://www.e-cell.org/

食えなさそうな分野だ・・・

ソルジャー養成なのかな・・・この分野。

話題が暗いな・・・

えぇ、ソルジャー養成の暗い分野なんですか？？？
面白そうかなぁと思ってたんですけど。

いや、ソルジャー養成だろ。
少数のブレインとその手足であるプログラマだけの世界じゃん。

なんか日本はくらいなあ。
もっと明るい発想しようよ。

明るい発想ねえ・・

じゃあ少数のブレインになれると面白いですか？
どうすればなれますか？

GSCなんてどう？

>>1
新しいのモノに飛びつくなよ。

>>11
天性の素質を備えていて勤勉ならなれるでしょう。

GSCって理研ですね。
ネット上で漁ってみると理研、遺伝研、慶応（上のリンク）、京大化学研、東大医科学研
あたりが有名どころみたいです。
ブレインになるにはこういう所に入るしかないのでしょうか？

ところでブレインとソルジャーの仕事ってどういう感じで分かれてるんですか？

金久センセってどうよ？

東大阪大京大慶応ー＞ブレーン
ｃｈｉｋｏｋｕクラス・その他＞ソルジャー

>>17
SFCってソルジャー訓練所じゃないの？

>>15
入れるなら入っとけ

ＧＳＣいいよ。
ＧＳＣでは実際のところ「なまもの」に
ちかければちかいほどソルジャーになって
そこから遠ければ遠いほどブレインになる。
とんでもない数をこなさなければならない
という現実があるから、なまものの現場
サイドではものを考える時間もないような
雰囲気。
理研のバイオインフォのグループは
スタッフが若いというのがいい。あと
ソルジャーにならないですむとっときの
ぬけみち「ベンチャーをはじめる」つう
のがある。

>>20

ということは情報系出身じゃないとダメ？

つーか、任期制ってソルジャー意外の何もんでもないと思うが。。

＞２２
大きな勘違いでは？
ソルジャー　→　ブレーン　→　PI
という流れで考えると、理研は一年任期でも科研費の
応募資格あり、科研費ライクな科技庁プロジェクトなどの
予算も、理研内部の予算でもとってこれるからPIでも
一年任期（形式上は）。
自分で起案して、予算とって、ラボもって、研究できて
それでもパーマネントじゃなければソルジャーだって
思ってるんだったら、それは科学に対する大きな勘違い
という気がするぜ、悪いけど。

どうも、ソルジャーって言葉の意味が人によって
違うようだね。

自分をソルジャーじゃないと思いたい気持ちはわかるけど結局は
使い捨てクンがねたんでるだけでしょ？

理研って学位持ってなければ、自動的にソルじゃーでは・・

えーと、学位は取れるものとしての話でいいんですけど、
ブレインとソルジャーを仕事の内容で分けるとどんな感じなんでしょう？
とりあえず任期とか雇用形態はおいておくとして。
そもそもこの分野がソルジャーな仕事がほとんどという事なんでしょうか？

GSCの連中は抽象的な話しかせん！！
もっと具体的な話をしろよ！
＞２０
馬鹿じゃねーの。PI以外は全員ソルジャーさ。
情報系でも生物系でも完璧なソルジャーさ。

＞PI以外は全員ソルジャーさ。

いい響きだ。

２０＞２８
ソルジャーがPIでない（でもソルジャーでもない）いわゆる
ブレインをねたんでる発言という気もするが。
いいじゃんか、本人が自分で自分はソルジャーじゃないって
思っててそれで幸せなんだから、ほっといてくれよ。
（実態がどうか、はともかく）
でも仕事はそんなにきつくないよ、今の俺。
くだらない仕事を本人の意に反してさせられることも少ない
し。皆無とはいわんが。

２０さん、実際にこの分野で仕事しているという事ですか？
結局ブレイン(非ソルジャー)というのは上から仕事が降りて
来るか否かってところでしょうか？
上から降りてこなくて、自分で好きなテーマで自分のペース
でできれば、確かに何の問題もありませんよね。
あとは研究の名に値する仕事をすればいいという事でしょうか？
でもこの分野に研究の名に値するテーマがあり得るのか(ブレインが
存在し得るのか)、という問いは残ります。
この辺、いかがでしょう？

皆さん勘違いしてます｡ GSCではPIもソルジャーなんだよ｡ PIでも好き勝手できないのだよ! テーマがあらかじめ決まっているのさ。

20は情報？生物？

つまりみんなソルジャーか！

あぼーん

32の言ってることが真実だよ。
みんなソルジャーなの。Y先生、誰に何やらしてるかわかってないくらい、指令
系統がめちゃめちゃ。PIはやりたくないのに勝手にテーマ決められてよくわから
ない仕事させられてる。そしてすべてがほったらかし。こんな状況で「海外に勝たなきゃ」
って言われてもねえ。しかし、あれで満足してるのかしら。給料いいからいいのかしら。不思議。

20 > 36
たとえば、ふと思いついて構造ゲノムにすごく寄与する
バイオインフォマティクスのプログラムのアルゴリズムを
思いついたとする。
運良く実用化に成功して、数年後に世界のスタンダードの
一端に名が加わるとする。（たとえばBlastとかのように）
そのときに、その作者としてY先生の名前以上に
開発者の名前が業界内で轟いたら、あとは安泰、
大学への転出も夢ではなくなる。
それで満足。

あなたはそれでいいんだと思うよ。
ただねえ、全体としてどうなのかな、ここのグループ。って思ってしまう。

本部？（精製ソルジャーグループ）は・・・・・。痛いなあ、この先。

>>37
1個大きいのを当てたら以後安泰なんてこれからあるかね？

で、結局ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽって何？
ソウドウセイケンサク？イーセル？ケッグ？ジェンバンク？コウゾウヨソク？
ファンクショナルジェノミクス？ヒドゥンマルコフモデル？システムバイオロジー？
フクザツケイ？エーライフ？
言葉ばかり先行して中身伴ってんのか？

情報屋がやることなくて手を出したけど、生物の勉強したくなくて
壁にあたってんじゃないのか？

37 >> 39
正直言って、わからない。

大学に転出したって、任期制だったら結局はソルジャー
だ、という説もあるからなぁ〜。でもいわゆる生ものの
生物学とは違って、情報系の場合は基本的にツールを
つくってるわけだから、「デファクトスタンダード」
というのがありえて、よい物だけが生き残る世界である。
そういう方法論でデファクトスタンダードを作ったという
功績は、その方法論が生き残っている間は生き続けるわけ
だから、ちょっと凝った細胞で実験して、「細胞」｢自然」
に論文が出たっていう一発屋よりは、もうちょっと息が長く
その威光が届くかもしれない、と思ったりして。

37>36=38
おとっつぁん、それは言わない約束だぁよ。
私は忙しすぎるY先生にはむしろ同情的だけど。
だがボスが忙しすぎて現場が混乱するのをなんとか
するのが、中ボスの才覚ともいえるわけで、
Y先生以外全員ソルジャーなのか、それともY先生以外にも
ブレインはいるのか、はプロジェクト運営上大問題なわけ。

この分野で就職するならどこがベスト？
日立？ＮＥＣ？富士通？宝酒造？

>>41
それは大風呂敷広げすぎたＹ先生にも問題あると思われ。

YってYスケ？

どちらにしろ学生が一番ソルジャー度が高い。
次に任期制ＰＤＯＤかな。
技官関連は身分保証があるのでソルジャーかどうか
は知らん。

>>44
違う。夜小耶麻先生です。東大Ｒ学部ＳＫ学科の教授を兼任。
この先生以外は全員soldierなのである。
この人は昔から大風呂敷を広げるので有名。
こんなヤツの言うことを真に受けるヤツがｳﾞｧｶdeath

ヒトゲノム
［1999/12/3］

人間（にんげん）がサルやウシではなく、人間（にんげん）だ、ということを決（き）めるのは遺伝子（いでんし）です。人間（にんげん）が生（い）きていくのに必要（ひつよう）なすべての物質（ぶっしつ）の設計図（せっけいず）がひとつひとつの細胞（さいぼう）の中（なか）にある２３対（つい）の染色体（せんしょくたい）に書（か）きこまれているのです。人間（にんげん）の染色体（せんしょくたい）にふくまれるＤＮＡ（ディーエヌエイ）（デオキシリボ核酸（かくさん））をヒトゲノムといいます。アメリカを中心（ちゅうしん）に、２００３年（ねん）までにすべてのヒトゲノムを読（よ）み解（と）いてしまおう、という計画（けいかく）が進（すす）んでいます。そのひとつである２２番目（ばんめ）の染色体（せんしょくたい）のすべてが解読（かいどく）されました。２３対（つい）すべてがわかると、がんの根本的（こんぽんてき）な治療（ちりょう）方法（ほうほう）を見（み）つけられるのではないか、と期待（きたい）されています。

遺伝子
［1999/08/04］

生（い）き物（もの）の体（からだ）を作（つく）っているのは小（ちい）さな細胞（さいぼう）ですが、中（なか）でその生（い）き物（もの）の特徴（とくちょう）とか生（い）き物（もの）としての形（かたち）や性質（せいしつ）を子孫（しそん）に伝（つた）える役割（やくわり）を持（も）っているのが遺伝子（いでんし）です。生（い）き物（もの）の設計図（せっけいず）と思（おも）えばわかりやすいでしょう。人間（にんげん）は約（やく）１０万種類（まんしゅるい）の遺伝子（いでんし）を持（も）つ、といわれますが、正体（しょうたい）がわかっているのはまだ少（すこ）し。遺伝子（いでんし）は実際（じっさい）にはデオキシリボ核酸（かくさん）（ＤＮＡ（ディーエヌエイ））分子（ぶんし）のある長（なが）さを持（も）つ特定（とくてい）の区間（くかん）です。

ＤＮＡ分子は大きな分子で、ヌクレオチドとよばれる分子がたくさん鎖（くさり）のようにつながって作（つく）られています。この遺伝子（いでんし）のならび方（かた）を変（か）えて植物（しょくぶつ）や動物（どうぶつ）に新（あたら）しい性質（せいしつ）をあたえるのが遺伝子組（いでんしく）み替（か）えという新（あたら）しいバイオテクノロジー（生物工学（せいぶつこうがく））の分野（ぶんや）です。今、アメリカで作（つく）った遺伝子組（いでんしく）み替（か）え野菜（やさい）を輸入（ゆにゅう）するのに反対（はんたい）しているヨーロッパとアメリカが、遺伝子組（いでんしく）み替（か）えの安全性（あんぜんせい）をめぐって大（おお）げんかをしています。

＞＞46
Y研のY先生以外の誰を知っているのか知らないけど
soldierではない人々も多数いますよ♪
昔から大風呂敷をってこのひとが表に出て来たのは
そんなに昔ではないですよ。というか例のプロジェクトまでは
むしろ地味な方だったです。
ただし、まあ今回の大風呂敷については、間に受けて予算確定
した人々はちょっち問題ありです。
でも、アメリカがあわてて後おいで大規模NMR施設の建設を始めたり
と、時代をリードした大風呂敷ともいえるから、そういう大風呂敷は
外野から見てると小気味良いですね
内部は大変ですけど。
46さんも、Y先生支配下の方ですか?

＞soldierではない人々も多数いますよ♪

じつめいきぼん！

４９さんもＹ先生の支配下なんですか！？
内部の人はさぞかし大変でしょうね。（同情）

スレーブといわれるよりはいいと思われ・

ブレインとソルジャー
マスターとスレーブ・・・ちがう関係だ。

Ｙ先生はバイオインフォマティクス？
スレ違いじゃないの？＞上のひとびと

CSHのコース(http://www.cshl.org)では、
パールの使い方、相同性検索、HMM、リナックスのインストール、
マイエスキューエルの使い方などをやってるが・・・・

>54
実名は出したくないので書きませんが
Ｙ先生のプロジェクトの中で活動している
バイオインフォマティクスのグループを巡る
議論です。
でもバイオインフォマティクスで就職先
を探すときに「お台場」よりはまし、
と業界では言われています(これは本当)。

>>56
どこの業界のだれがいってんの？
お台場はまだ研究所がスタートしてないから、
マシも駄目もわからんじゃろ。

むしろ、余計な上司がいない分、既存のとこより
やりやすいかも知れないじゃんか。

さてはＹ研の人だな？別にいいけど。

>>56
お台場ダメなんか？
産総研だからか？

>>58
お台場って、ベンチャーがどうたらというやつか？
かなりドキュソな話は聞いた。一例だけだが。

>>57
そう熱くなんなよ。
あってるからって。

お台場ってなあに？

Y先生とバイオインフォマティクスは表で見てると、結びついてないように
見えるかもね。Y先生、できもしないのに、プロジェクト持ち過ぎだよ。ラボが
いったいいくつあれば満足なのかねえ。T大、R研×横浜、播磨、ERATO×筑波、和光？
だっけか？

Y先生が忙しいのは、某Nさんといちゃついているからだと思われるが。

>>60
煽り、逝ってよし！

デートスポット (たぶん） >>61

>>62
ちょっと前まで、Ｙ先生は東北大学の客員教授も
兼任していました。
仕事を断ることを知らないオッサンですね。

で、ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽって結局何？

ところでお台場のバイオインフォマティクスの
グループリーダーってだれだっけ？
そこにいったらソルジャーじゃなくてブレインとして
やとってもらえるんだろうか？

なんだか話は別筋にいっちゃってますけど、
スレが沈んでないので嬉しいです。

私も>>67 さんの質問に興味があります。
あと、ブレインとソルジャーの仕事の内容による区別は
是非知りたいです。

能力次第です（￣ー￣）ニヤリッ>>67

>>67
http://www.meti.go.jp/kohosys/press/0000807/0/baio4.pdf

５乗彫先生が直接やるのだろうか？
それとも中ボスがいるのだろうか？

ファん区処奈留時ぇのみ楠との関連性は？

バイオインフォマティクスのひとたちは、『ある』と
いっている。
生物学原理主義の人たちは『ない』か『信じられない』と
いっている。
現場は、膨大なデータに追われるので、それを助けてもら
えるのなら歓迎といった風潮。

Y先生にいちゃつく暇あげて下さいよ・・・
端から見ててもかわいそうだから
まあ自分で忙しくしてるんだけどさ
自分の下に中ボス作らないし

頼れる中ボス候補がいないからでしょ>>73
Y先生かなり若いし。

>>73,74
Ｙ先生は中ボスを作ることを極端に嫌う性格です。
それが自己顕示欲の現れなのか、人を信用していないこと
の現れなのかは分かりませんが。
Ｙ先生は現在４８歳です。

Y先生、学生さんとお話がしたいんだねえ>>75
これはボスとして大切とおもうぞ。
中間管理職がいると話がこじれるから。

いや、それが全然学生と話できていないぞ。
あんなにいそがしけりゃしょうがないけどね。

ふむ。じゃやっぱり、中ボスに足ると彼に思わせる人が不在なのですかな。

Y先生のところでチームリーダー募集してるでしょ。
あれってどうよ？

お台場のバイオインフォマティクスって、CBRCかな
ttp://www.aist.go.jp/aist_j/base/base.html

基本的にはコネ以外はとらない主義だろう＞79
たいてい、なんらかある人がほとんどだよ。

ちなみに、学生と話す暇はないよ、Y先生と話すにはアポがいるんだよ。
しかも、平気ですっぽかさせる、というかダブルブッキングも多い？
論文みてもらうのが大変。そんなに時間かけてたら、他の研究室に
出し抜かれちゃうよ！

かわいがられてる？のは灯台Y研生え抜き二人でしょ。
仕事、研究どちらもしていないように見えるが、忙しいらしい。
ちなみに年若い人が多いから、経験的に中ボスにふさわしくないのかも。
最近、たくさんのリーダー格の人たちがはいってきたので、どうなるのか
見物だと思うけど。

＞81
じゃあ公募ってのは嘘なんだ。
Y先生の下のチームリーダーってのはみんなコネ？
ぽ巣毒かなんかを持ちあげんるんかい？

募集要項見るとテーマが決まっている PIだね。
やるの大変そう。どうよ。

Y先生実験医学 6月号にご登場なさるみたいだけど？

>>81

>>かわいがられてる？のは灯台Y研生え抜き二人でしょ。

この二人って誰のこと？　一人はＫ川さんのことかな？
でも、もう一人が誰のことなのか分からない。

東大Ｒ学部のＹさんと同じ学科の教授やってるＹ本Ｍ幸や、
助教授の○森さんが、「Ｙ研は研究室としての体をなしていない」
なんて批判してたね。

S水さんでしょ。＞84
かわいがられてるのか、生け捕りになってるのか知らないけど。

ちなみに、Y研でドクターをとると、ほぼ自動的にGSCなどのポスドクになれる
んじゃないの？R研のY研の基礎特研の任務を終えた人がGSCのポスドクにもなってるし。
一度入ると、なかなか抜け出れない感じ。どんどん増えてく。増えてく。
めずらしいよね、K川さん、S水さん、どっちも外でてないしね。（外研はしたみたいだけど）

ま、なにはともあれ、あの大量のNMRをそろそろ本格稼働して、アメリカに負けない
位にばしばし構造をといてくれー。もったいなさ過ぎ。ネコに小判！豚に真珠！

ちなみに、41、誰だかわかるぞ！

>>82
業界狭いから、まるっきり知らない人で超優秀な人はありえんじゃろ。
それなら馬の骨よりコネ。

Ｙ先生のところでドクター取って、うまいこと外へ出た人も何人かいるみたいですよ。もちろん、Ｙ先生はそのことを快く思ってないそうですけどね。

内輪ネタはいいからさ、もっと話すべきことを話そうよ。
バイオインフォをこれからやるには何を勉強すべきかとかさ。

１もそういうことを聞きたいかもよ。

1.ncbiの活用法
2.keggじゃなくて本当の相互作用ネットワーク（keggは代謝マップ）
3.英語
4.perl, postgresql, acedb, linux
5.マイクロアレイ
6.統計処理手法の数々
7.遺伝子の構造
8.分子進化
9.立体構造予測法
10.hmm
11.遺伝子命名規則
12.系統分類法
13.ダイナミックプログラミング
14.相同性検索
15.マルチプルアラインメント
16.タンパク質の細胞内局在予測
17.機能分類と予測
18.遺伝子ネットワーク
19.ゲノム比較

やることいっぱいあるなあ。

医科研のM野さんてどうなのよ？

英語上手だよ>>91

>>90
あと各種データベースの特徴を言える事だろうか。
例えば
SWISS-PROTとTrEMBLの違いとかさ（藁

少し話がそれてしまいますが、「ＤＮＡチップ」はどんなものなのか。またこれを使用するメリットおよびデメリットを
教えてください。

本買って読むか、googleで検索しなさい。

まともな本はないよ。webも。>>95

>>94
去年Nature Insightに載ったのを見るのがよいかと。
過去スレも少しあります。
http://cheese.2ch.net/life/kako/979/979042673.html

２１世紀のバイオインフォを牛耳るのは、この私です。

一生ついていきます　＞９８

絶対だな？>>99

そういわれると決心がゆらぐ。

正直でよろしい。

Y山先生全然インフォマティクスが専門じゃなかろうに
手下に居るだけで

手下も専門じゃなかろうに

そもそもバイオインフォマティックスなんつー
最近の分野，専門も何もあったもんじゃないがな
やっといくつか専門に教えるつもりのとこができたばかりだって言うのに

>>99-102
横山さんに（学問はおろか、人間的に）一生ついていく人なんかいないよ。

>>106
>人間的に）一生ついていく人なんかいないよ。

おれの世間は狭いから、多くは知らないけれど、
生物屋にはそういうのが多いのか？

>>107
多い！

生物屋じゃなくて医者だろ

いないわけじゃないと思う・・・一生というのは言い過ぎかもしれないけど
「横山門下」の連綿と続く人脈・金脈あるかぎりこれからもシンパは増える
に違いない

>>110
横山門下の人間に幸あれ！

しつも〜〜ん。
Y先生ってあっちこっちでラボ持ってるでしょ。
それぞれでテーマ違うの？それともみんなで NMRの準備してるの？

Y研の主力はいまやX線という説も・・・

>>113
Ｙ研のＸ線に、ぬ○き博士がいる限り安泰です。

バイオインフォマティクスをやるひとを人集めしてる。
＞１１２

応募しようかな

ぬ○き博士、2年もしないうちにでていくとおもうぞ。

＞112
セルフリー→NMRというラインをつくりたいらしい。セルフリーはここで開発するので
なく、キットを買ったほうがよいと思われ・・・・・・・・・・・。
しかも、NMRに詳しい人はこの4月にたくさんきたらしい。それまでは皆無だった。
ほとんどのソルジャーはX線やってるよ。
ERATOは全然毛色がちがうよ。

＞116　君もシンパの仲間入り！

ぬ○き博士なら、ええとこの助教授で転出できそうだね

>>116
やめとけ！　それで人生を狂わされた人間が今までに何人いたことか(涙)

数が半端じゃないからキットじゃ金かかりすぎなんじゃないの？
それに、大量にやる場合は、キットに頼るより自分とこで系を
作った方が安定供給できるし、信頼できそうだけど。

人生狂ったの？>>118

sage

鏡台とか慶應大の話は出てこないね。
あと、名古屋。
東北大は上総と一緒にやるようだな。

ああ、上総ってさ、「プレ・ゲノム」？

でもさ、やったことも無いことでバカ沢山のお金を取ってきて、
それからそのネタで人材集めて、いつの間にやらそっちの分野
でも大きい顔してるって、他の世界じゃ「丸投げ」って言わない？

>>113
もともとはNMR屋なのにね。昔は講義なんかで、X線で決めた構造なんて、溶液中の
ものをどれだけ反映しているかあてにならんから、NMRぢゃないとダメ！なんて
言ってたくせにね。

>>123
それが研究ってもんだろ
やっとことある分野しかやらない研究者なんて三流以下だ

>>124
１２４は理学部生化の「生物物理化学1」の
授業を聞いて、Ｙさんに騙された人間か？

>119
キットに莫大な金をかけたほうがましなくらい、研究費を無駄にしている。
なぜそれに○○万も？という所にお金をかけるらしいよ。無駄な人件費も多い。
でもそれよりなにより、キットの方がよっぽどか安定してるといううわさもちらほら。
それに、数をこなすといいながら、そのシステムはいつまでも動かない。

１２７は横山研の関係者か？

>>125
その分野で実績もアイディアも無いのに、
役人丸め込んで金を取ってきて、その金
を餌にその分野の人材集め初めて、そい
で研究はそいつらに「丸投げ」。これが
一流の研究者なんですね？

>>129
実力もアイデアもある若手に機会と装置と
当座の職を提供してくれる、しかも全体の
方向性がはっきりしている・・・
自分のお気に入りの弟子だけに限らず、
以前の自分の分野以外のところからでも広く
優秀な若手を受け入れている・・・
やっぱり一流と思うけど
少なくとも自分の科研費の取り分が少なくなるから
ポストゲノムはんた〜いとかいってY先生の足を
引っ張る痴呆刻凶漢と比較すれば、の話だけどさぁ

>130
まじでしんぱがいるとは、びっくりしたよ。
今現在、Y研で働いてると思われる人の書き込み、多いよね。あなたにかぎらず。
それで本気でY先生にほれ込んでいるのなら、あんたすっゲーバカだと思うよ。
言ってることは間違いではないけど、全体の方向性がはっきりしていると本当に
思うのなら、見る目が無いね。きみ。

>>129
アイディアはあると思うぞ
大風呂敷な傾向が多分にあるのが玉に瑕だが
なんか大きなことやる人なんか結局そんなもんだろ
それに前にも出てたがY先生は自分の下でやられてること
把握してないと気が済まない人なので全然"投げて"ないぞ

なんかY先生のシンパが多いので安心しました

>>Y先生は自分の下でやられてること把握してないと気が済まない人

という記述が有るが、Ｙさんは全然下のやってること
把握していないぞ。そもそも、ラボを持ちすぎなんだよ。
自分の能力以上のことをやりすぎて、結局はぽしゃってしまう
ってのは、御子柴さんを見てれば分かることだように。

>>135
あんな忙しいのに4年の卒検の内容まで把握してたぞ
少し前の話だが

祝ご結婚＞S水さん
なのであげ

>136
あんたさっきまで2次会にでてたな？

ところで、ここには何人、Y研の人がいるの？
手〜あげて〜！

>136
ちなみにお相手は？

え？飲み会って、そうだったんか。＞136

>138
お相手はH田さん。Y研じゃない。
でも詳細はしらん。

Y研の人たちってS学会信者が多いってのはホント?

他にインフォマティクスやってる所のネタはないのれすか(　´�D｀)

だからM野先生ネタ振ったのに誰も反応してくれないしf(・・
そういやA久津先生どこに行ってるの？

おめでとう>>S水さん。
自分もそろそろ真剣に考えないとなあ・・・

＞140
相手GSCポスドク
>143
A久津先生、飯台淡泊研。

うーむ。H田さんねえ。思いつかないや。ま、じきにわかるでしょ。

Ａ久津先生、蛋白研いったの？ＨＧＣ終わりかなあ？

Y研の人たちってS学会信者が多いってのはホント?

しかし、Ｙ研もいろいろ問題が噴出しているようで（ﾜﾗ）

じゃあ大阪はBERIの名物インフォマティクス研究者の
と〜〜〜先生はどうですか。
すっごくすっごくいい人です、個人的な趣味以外は・
・・

そうなの？
それはショックだなあ＜S価学会

>>149
http://www.beri.co.jp/~toh/
すごいね。
個人的な趣味って何？

>>149
特許も結構出してるらしいよ。さすが株式会社。

そんなにたくさんでもないじゃん、といおうと思ったけど、
４つもあれば十分と言う説もるし。やっぱすごいかも。

公開番号／登録番号
1.特許公開2001−134574 ダブル・ダイナミック・プログラミング・アルゴリズムによる構造局所アライ
ンメント方法
2.特許公開2000−207378 知特性値を有する記号より構成される一次元記号列信号から、その特
性値を推定する方法
3.特許公開平11−232291 蛋白質立体構造データベース検索方法
4.特許公開平10−185925 ダブル・ダイナミック・プログラミングによる構造アライメント方法

>153　どうやってさがしたの？＞特許

http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/
ここも大量のソルジャーが在籍しているな(藁

え？！
そうなの？
それはショックだなあ＜S価学会

はじめまして。
昨日、書店で、「研究者」という本が平積みになっていたので、
手にとってみると、横山先生のことが書かれてありました。
横山先生のインタビュー記事を読むと、とても素晴らしい研究
をやっているようにお見受けしました。
今度の大学院の院試で、横山研を志望しようかと思っているのですが、
どんなものでしょうか？
実際に横山研で研究に携わっていらっしゃる先生方の御意見を
伺いたく思います。よろしくおねがいします。

直接話してみたほうがいいよ。ココはキティが多いから。

>>158
158さんありがとうございました。そうします。

S価学会に入れられちゃうよ。

ところで、横山研の学会員の人なんて誰も知らないんだけど。

>>161
知らなくてよかったね。
ラボメンバーの前で間違っても学会を批判しちゃダメだよ。

>>157
すべり止め？に横浜市立大も受けたらいいんじゃない。
立地はNMRパーク・GSCの隣だし、理研・横山プロジェクト
関係者がいくつか客員教授・助教授として大学院生を
募集しているみたいだ。

http://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2000/sinnsennkou.html

だがバイオインフォマティクスを目指すんなら、横山研関係者の
ラボよりもＫ寺先生のラボを志望するのもよいと思われる。

本気でやりたいなら灯台なんかやめた方が･･･>157

163,164さん情報ありがとうございます。
いろいろ参考にします。
Ｓ学会を面と向かって批判しないように注意しますね。

GSC自体S価学会信者が多いってこと？

>>165-165
キティの言うこと真に受けんな。

age

Ａ型は徒党を組んで国民を操ろうとする。注意せよ！
特に全国民の５％しかいないＡＡ型は偏固で神経質。

age

age

お台場ってどうよ？　age

かもんかもーん

逝きまーす♪

Y研ネタですっかり脱線してしまいましたが、もう一度日本でバイオインフォマティクスで実績のある人の名前と所属を整理してくれませんか？できれば現在の所属なんかもお願いします
。これからブレークしそうな期待の若手研究者の紹介もお願いします。

残念ながら、日本にはいません。完全に欧米に負けています。その差は１０年はあるでしょう。

そういう否定的なことばかりいっていないで、ちょっとはマシという人を紹介してください

日本でバイオインフォマティクスが定着しなかった最大の理由。
それはソフトウェアのソースコードやデータベースの公開制度
・およびそれらの著作権などの保護制度の立ち遅れにある。

これはバイオに限らず大学におけるコンピューターサイエンス
全体の問題点でもある。特にプログラム開発者や利用者の英語力
不足のため、プログラムのマニュアルの整備がちゃんとできない。
またソースコードへの注釈も不充分であるため、他人の作った
ソースコードを改良しながら普及が進んで行くという「オープン
ソース」の概念に乗り遅れたばかりか、同一ラボであってさえ
ライブラリやサブルーチンの標準化、データモデルの統一化など
がなされていない。またウェブ上での公開をするための積極的
な人的・予算的措置もなされていなかった。

アメリカ人は、どんな言語でプログラムを書いても、その
コメント行に自国語で注釈をいれられるが、日本語ではそれが
出きるような環境が普及したのは最近のこと（日本語FEPを
インストールしていないワークステーションも依然多数）だし、
無理して英語で注釈をいれても、日本人が読んでも米国人が
読んでも意味が判らないことになる。

国公立大学で、学位を取得した場合はその学位論文は
基本的に公開となり、その大学の図書館や国会図書館
などで閲覧可能になる。
それと同様に、そうやって開発されたソフトウェアは
国あるいは大学の知的財産なのだから、しかるべく公
開・管理すべきと思う（TLOなどの大学による特許化
も含めて）金儲けよりも公共の利益に還元したければ
LinuxをモデルにしてGPLにすればよかろう。ともかく
科研費で買われたコンピュータを使って開発された
プログラムは、国民の財産、開発者がその配布に制限を
科す権利は否定しないが、教授の一存で死蔵すべきでは
決してないと思う。

　　

>>179
だれか役人にわからせてくれ。

教授と役人だけで勝手に決めるな！　学生をタダ働きさせておいて、
国の財産だなんてエラソーなこと言うな！！！

179>182
学生をタダ働きさせておいて・・・
それはまさしくそのとおりだと思う。
本来給与を支払って研究活動に従事させるべき
人的資源にしかるべき対価を支払わず「奴隷」として
使ってきたことのしっぺ返しを、これから手ひどく受
けることになるだろう。というか既に受けている。
だが、大学のものにするにしても、学生個人のもの
にするにしても、きちんと権利化するということと
【みなで手を加えあってよりよく改良していき
最終的に業界標準のソフトを目指す】ことを両立できる
しくみを整備すべきだと、おもうぞ。
まあ自分でエライと思っているその心意気や善し
頑張っていいアプリつくってください

それも、役人にわからせてくれ。
教官だって好きでただ働きさせてるわけじゃないのだ。

役人が分かるわけがない。
前の通産省の役人が「なぜ日本でLinuxのようなものができなかったんだ！」って言っていた。
できる訳ないじゃん。実力をつぶすのが日本だもの。

じゃ、金の出所にわからしてください。
大もとじゃなくて、我々が直接お金をもらえるところに。

まずは税と予算（科研費）制度から。科研費で開発したプログラム、ベクター、
などは原則公開、かつ、他の人が欲しいといった場合は原則無償供与(論文に
引用・アクノレッジ）というルールの徹底というのはいかが？
NIHのグラントとかは、みんなこういうふうになっているのではないか？

役人が予算配分を決めるときの参考資料は

1) 朝日新聞
2) 科学朝日
3) その他の新聞の科学面
　　：
　　：
n) 国外の雑誌（CNSなど）

の順だそうです。
悪い冗談だとは思うけど、本当だったらどうしよう・・・

役人がNatureやCellを個人購読しているとも思えないしね。

>>188
まあまあ、そうプチ左をいじめるなよ。
(朝日は保守だと思うけど。)

決めるのは人脈だよ。

科学朝日？

サイアス？廃刊？（＠＠

シュミレーションとか、やることいろいろあるだろう。

シミュレーション？

↑正しい日本語使えや！

○シュミレーション
×シミュレーション

○simulation
×sumilation

趣味れーしょん

正しいのがシミュレーションだろうが！！！

デ。結局日本でのバイオインフォマティクスでいい研究室はどこよ

http://www.genome.tokushima-u.ac.jp/
http://yebisu.ics.es.osaka-u.ac.jp
http://bioinfo.jaist.ac.jp:8000/
http://www.hgc.ims.u-tokyo.ac.jp/japanese/index-j.html
http://kanehisa.kuicr.kyoto-u.ac.jp/index_J.html

この本の巻末リストから漁ってみた。
http://www.bk1.co.jp/cgi-bin/srch/srch_detail.cgi/3ac74f485ee3f0100314?aid=&bibid=00002202&volno=0000

指導してもらうつもりなら､いいとこは一つもありません｡自分で覚える気があればgscとかずさ奈良先端三島にいいひとがいる｡ただし自分で開拓する気でいかないと失望するかも｡情報系がリーダーのとこは､生物の知識に自信がなければやめたほうがいいでしょう

>>200
生物の知識といってもピンキリ・・か。
どのくらいのレベルをあなたは言ってるのですか。
教科書レベルじゃないよね。
ペーパー読んで、ネタ探せるくらい？
それともどのくらい？

>>200
>指導してもらうつもりなら､いいとこは一つもありません｡
なぜまた、そう言い切れる？

>>200
gscのいい人って誰？

横山茂之とその一味

ISMB,RECOMB,PSBで発表できる日本人は少ないですね。
＃ポスター発表はだれでもできますが。
つまり、それが日本のレベルじゃないでしょうか？
論文の数で各研究室のアクティビティが知れるので、PubMed で調べるよし。

>>204
金回りは良いよね。

ゲノムにしろ、バイオインフォマティクスにしろ、昨日今日始まった
ようなもんだから（少なくとも日本じゃね）、良いも悪いも実績ベー
スじゃ判断しようがないんじゃ？

>>201
>生物の知識といってもピンキリ・・か。
>どのくらいのレベルをあなたは言ってるのですか。
>教科書レベルじゃないよね。
>ペーパー読んで、ネタ探せるくらい？
>それともどのくらい？

自分で自信がもてるくらいです。まあ、相当なレベルですね。
日本にいる情報系バイオインフォマティシャンは
生物に関して不勉強な人ばかりです。
研究対象を理解していないところへ、わからない人が逝っても無駄です。
彼らはコンピュータの知識に関しても、二流程度です。
理由は彼らが学んだ頃はまともにコンピュータに触れる環境が
なかったからです。
ただし、こちらは一流の腕が要求されるわけじゃないので、
あまり問題ではありません。


>>202
>>指導してもらうつもりなら､いいとこは一つもありません｡
>なぜまた、そう言い切れる？

学会・シンポジウムなどでPIクラスの話は何度も聞いています。
近しい人から裏話も聞いてます。できない人に習っても無駄です。
また、実働クラスの人に優秀な人は若干いますが、
自分の仕事で忙しいので、ポイントアドバイスしかできず、
手取り足取り親身の指導は望めません。そういう意味です。


>>203
>gscのいい人って誰？
Y研の人じゃなく、PLでもないです。
ゲノム関連ペーパーをみれば、わかる・・・かも。
特色のあるゲノムペーパーに関与している人々です。


一番重要な選択のポイントは、研究の方向性を考えられるかどうかです。
先人がいないバイオインフォマティクスの分野では
知識や技術も未発達だから、研究の方向付けできるかどうかが、
一番の鍵だからです。
知識・技術はやる気があれば、やりながらでも身につけられます。
ただし生物の知識は、それに関して知らない人の中にいきなり入っても
五里霧中になるか、井蛙になるのがオチなので、
きちんと見識ある人がいる環境か、
さもなくば、自分でしっかりと身につけてから行くべきです。

>>208
ご親切にありがとう。

どういたしまして。

ポスドクになってまで手取り足取りしてもらうの？

そゆひと、多くない？

>>211
208さんの話だと、ここでは大学院教育の話ではないですか？

>>208 さん
バイオインフォマティクスをやるうえで必要な、
それこそ208さんの言う、「自分に自信が持てるくらい」って
独学でたどりつけますか？

教科書、例えば「エッセンシャル細胞生物学」「CELL」などで。
あるいはペーパーを読んで、動向を把握する形ですか？

http://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3422
ここを見てください。量子力学がきわめて｢人間的｣な物理学であることがわかります。

教科書を読んだだけで、本当に身につけられる人なら
いいかもしれませんが、受験勉強以上に時間と精力をかける
必要があると思います。
実際に、独学だけでうまくいっている人は、あまり見たことがありません。
私自身は、独学は難しいと思ったので実験系で４年修行しました。

ただ、そんなに暇のある人はあまりいないと思うので、
急いでいるならばｈ、次のことをするのが良いと思います。

・Natureのゲノムペーパーを通読し、わからないところを
　理解できるまで徹底的に調べる。
・基本的な教科書を通読する。
　- CELL, Essential - など分子生物学に関わるもの
- introduction to the protein structureなど
　　立体構造に関わるもの
- Molecular Evolutionary Geneticsなど集団遺伝学に関わるもの
- 分子進化実験法 など、分子進化に関わるもの
- バイオインフォマティクス　など、配列解析に関わるもの
- Devlopmental Biology　など、発生に関わるもの
　- Cells, Embryos, and Evolutionなどdevo-evoに関わるもの
・できれば、どこかで実験の体験実習をさせてもらう。
　- 遺伝子のクローニング、シーケンス、PCRなど。
　- 培養細胞の扱いとtransient assayなど。
　- その他、microarray, transgenic animalなど、
　　できることであればなんでも。

このくらいをこなせば、多少の自信はつけられると思います。
ちなみに、日本の自称「バイオインフォマティクスをやっている人」
の大半は配列解析、あるいは立体構造予測です。立体構造予測も、
最近のトレンドは配列解析に近い内容にシフトしてきています。
（そうでない内容がないとはいいませんが）
が、いずれも生物学的背景を持っていないと、結果の解釈に苦労する
だけで実を結ばないはずです。

なお、上に上げた教科書は私が読んだものだけなので、
他にもっといい教科書もあるかも知れません。
バイオインフォマティクスは、いってみれば人のふんどしで
相撲を取る分野なので、知識は多い程良いですから、
幅広く勉強してください。

ははっ。知ったかぶりしてるだけみたいね。
自称「バイオインフォマティシャン」って自分のことじゃないの？

（本当なら）実験系で人材がありあまってるあんまり必要性がないのが偉そうに
語らない方がいいと思うよ。
第一配列解析に関わるものって全然かかれてないけどいっぱいあるでしょ？
ツールのこと？それとも言語のこと？細胞シュミレーションとかは無視？
配列解読は無視？（そうでない内容〜）って要は知らないぞってことでしょ。
まぁ生物学的背景がある方がいいってのは賛成だね。

あと人のふんどしで相撲をとる分野っていってもふんどし自体が
他の分野に比べて圧倒的に少ないことも知らないのかなぁ・・。

>217
KOの小僧か？
ちょこっとかいた内容が、アナタのしってること、あるいは
興味の内容を全部カバーしてないからって、そういう風に
いうのはよくないよ。

細胞のシミュレーションね、忘れてたよ。いい本あんの？
てか、シミュレーションて別に系組んだらおしまいじゃん。
存在意義ないとはいわないけど、それ自体は学問になり得ない。
自分がやってること、過大評価したって駄目だよ。

配列解析に関わるツール？言語？どっちも道具だから、
確かに慣れは必要だけど、生物学の知識ほど体系的にやる必要が
あるものじゃない。
特に言語なんて威張って言うほどのものじゃないでしょ？
ころころ新しいのが出てきてるんだからさ。

配列解読？そこまでバイオインフォマティクスっていうかなあ。
PhredスコアとかPhrapその他によるアセンブルのこと？
まあ、バイオインフォマティクスだって主張するのは勝手だけどさ。

ふんどし自体が少ないという辺り、あなたの知識レベルが
全然足りてないことを物語っているんだよ。勉強しなさいね。

CSH=コールドスプリングハーバー研究所
２週間くらいのバイオインフォマティクスのコースがあります。
http://www.cshl.org

そういえば、今年の春に国際高等研究所で集中トレーニングコースがありましたね。
ttp://www.iias.or.jp/event/tekizyuku/tekizyuku.html

行かれた人、感想を聞かせてくださいな。

>>216

もしかして知っている人かしら？以前一緒にセミナーを受けていたりして。

内容に関しては大いに賛成です。ただ実際にこれだけこなすのはほとんど
不可能なのが分かって書いているような気もするけれど。
でも、これだけの内容をこなしている人は実際に多くいるし（日本に限らないよ）
それだけのことをこなしていないと一流であるとは見なされないだろうと思う。
緒とディスカッションすればばればれで、すぐに足元を見られてしまうからね。

>>217

”ふんどし”を見つけられるのが研究者としての能力ですよ。
プログラムは極端な話、外注すればいいだけ。

バイオインフォマティクスなんて計算機屋を使った頭数勝負の世界じゃん。

DQNジャンルってくとでひとつヨロシク。

>>221
一緒にセミナーを受けたことはないはずだけど、多分知ってる人ですね。

上にかいた内容はこれだけやらないとはじめられない、というよりは、
研究しながら勉強を進めていけば良いというものいうつもりです。
せめてNature Paperは熟読して欲しいけど。

ちなみに上に上げた内容は、私が実際にこなした内容です。
（microarry除く）


>>222
バイオインフォマティクスを良く知らない自称「バイインフォマティシャン」が
頭数勝負の仕事ばかり強調するからそういう風に思われているんでしょう。
勉強しないからアタマの使い方がわからず、
アタマ使わないから力ワザで責めるしかない。
しかもそういう人に限って声が大きいからね。

.

>>208=216
たびたび質問したものです。
いろいろ教えてくれてありがとうございます。
とりあえず実験は少しやったことがあります。
勉強を始めていくにあたって、
ネイチャーのゲノム関係のペーパーは少なくとも読みたいと思います。
研究室関係では、(多分)あなたの批判したうちの一つの研究室に逝きそうです。
生物出身の先生ではありません。
それで、どうしようと考えていたところです。
カキコ、勉強になりました。ありがとう。
(欲張って、「もっと教えてー」とか言いそうだけど。)

>>226
日本では選択肢が少ないからしょうがないね。
テクニックを学ぶことはもちろん大切だけど、

「自分の持ってるこのテクニックでできること」だけを
追っかけるような研究者にならないでください。
（この手のヒトが多すぎるから）

むしろ、自分のこの目標に到達するためには、
この技術が必要だからやる、というくらいのキモチでね。

子曰く「学びて思はざれば即ち暗し、思ひて学ばざれば即ち殆し」

>>208=216さん
あなたの意見に絶対的に賛同しますが、もうひとつだけ
加えさせていただけませんか。もし立体構造予測や構造計算
などの方面のバイオインフォマティクスをされるのなら、
是非半年ないし1年を裂いて自分で立体構造決定をされることを
お勧めします。それこそ人手の足りないGSCやその他のところで、
懇切丁寧に教えていてくれる人のところに行けば1年間で2つ3つは
余裕で決められると思います。

ところで細胞趣味れーしょんってなんですか？

http://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3422/mat.htm
ここを見てください

立体構造決定の経験はいいですね。
自分の研究対象がどんなものかを実際に知っておくことは
非常に大切と思います。

ところで、細胞シミュレーションというのは、
e-cellのことを言ってるんじゃないでしょうか。とすれば、
細胞内の物質代謝をコンピュータ上でシミュレーションするもので、
（現状では）限られた代謝系について、実際の反応係数や推定された
反応係数を使って、仮想実験するものです。

はじめは、新しい遺伝子発現の生じない赤血球をつかったe-cellが
発表され、そこでは解糖系についての代謝系が実装されていましたが、
その後の進展はあまり耳に入ってきません。
おそらく、係数設定に際し組み合わせ爆発の問題をうまく回避できて
いないからじゃないかと私は考えています。

大きな細胞システムに容易に拡張できるようにするには
オブジェクトモデルをとり入れる必要があるはずですが、
たぶん、そういう方向性は採っていないと思われます。

http://www.jukushin.com/article/200101_16.html

これってどういうこと？

過去ログ発掘

バイオインフォマティクスができる院は？
1 名前： ななし 投稿日： 2000/12/07(木) 06:08
京大の化学研究所と慶應大意外にどこかあるでしょうか？2 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/07(木) 07:15
アメリカ


3 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/07(木) 08:16
遺伝研


4 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/07(木) 18:56
鏡台理学研究科生物物理。
飯台蛋白研。
よこ浜市立大連係。
理化学研究所ＧＳＣ。5 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/08(金) 23:52
九大からそんなことをやってる人がセミナーに来た。
でももともとは情報系の人だった。


6 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/09(土) 01:11
STANNFORD U


7 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/09(土) 18:56
北陸先端大の知識研究科にあります。


8 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/09(土) 18:59
ttp://www.jaist.ac.jp/ks/general/concept/information.html#chair
研究室は助教授のほうをおすすめします。


9 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/09(土) 21:5210 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/09(土) 22:29
p


11 名前： 名無しのゲノムクローンさん 投稿日： 2000/12/10(日) 00:08
北陸先端大の研究室ですが、助教授がやっているのはデータベースの構築
とその利用ですか？
教授のほうが進化とかやってますよね。
夏ぐらいのネイチャーの付録にポストゲノムでのコンピュータを利用した研究
というのがありましたが(シークエンスから遺伝子を見つける)、
それはどちらの教官が近いのでしょう？
助教授がお薦めというのは、助教授が九大出身だからですか？


12 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/10(日) 00:34
九大出身だったんだ、東大医科研にいたのは知っていたが・・・
まぁ、本当に来る気があるのなら自分の目で確かめてください。13 名前： 名無しのゲノムクローンさん 投稿日： 2000/12/10(日) 01:07
北陸先端大、慶応の新設学科のようなカリキュラムなんでしょうか？
あそこは、UNIX、C、Perl cshに、
データベースの構築まで教えてくれるようですが。
加えてゲノム科学、遺伝進化まで、カリキュラムとして教えてくれるようです。

何にしても、やはり見に行ったほうがいいですかね。
教官が壊れてたり、雰囲気が悪いとイヤなんで。14 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 2000/12/10(日) 01:53
東大医科研は？

だれもKOを誉めないような

>>233
小学校レベルの知能もない奴が大半のSFCに期待するのがお門違い

SFC悪くないよ。ただ、もう少し生物寄りに行ってほしい。
京大化研はちょっと・・・

鏡台化研は金久さま！

逝ってよし。

みんなヒトゲノムなの？

ゲノムはいい研究材料だからねえ。
それにしても、Ｋ大Ｋ研Ｋ先生（以下３Ｋ）、
１０年もゲノムやって無駄に食いつぶすなよなあ・・・

弟子に期待ということで。GTOさんとか。

ん？GTO? だれ？

3K先生ってどんな業績があるの？畑違いだからよく知らんけどよく名前見る

ない

Comparative and functional genomics
それらしいけど、、、

Graph comparison algorithm
ん？　これはgenomicsか？

Genome sequence analysis
抽象的すぎ。

Gene expression profile analysis
microarray？ほんとにやってんの？

Biochemical pathway analysis
解析って言うからにはクリッカブルマップ以上のことしてるのかな？

Evolution
え？進化もやってんの？一体何の進化？

Protein structure analysis
タンパク構造解析ねえ・・・ふーん

Membrane protein prediction
あれ？これはTNK大の・・・

Protein-ligand interaction
うんうん、う？

Analysis of cellular functions
？？？

Metabolic pathways
あのークリッカブルマップじゃなくて？

Membrane transport
ふーむ。

Protein sorting
これはI研にいった・・

Signal transduction
ほうほう。

Cell cycle
ふーん。

Apoptosis
これもインフォマティクスでやってるの！？

Developmental pathway
発生経路？？　なんのことだろう？


すごいね。

やっぱり、父さんでしょ。

KEGGってなんなのさ？

>>246
こちら日本語のほう。
現在の研究内容
ゲノム解析
グラフ比較アルゴリズム
全ゲノム配列の比較解析
遺伝子発現プロフィール解析
パスウェイ解析
進化
立体構造解析
タンパク質のフォールディングシミュレーション
タンパク質と低分子の相互作用解析と予測
細胞機能の解析
代謝系
膜輸送系
核移行
シグナル伝達
細胞周期
アポトーシス
発生
免疫系

鏡台は何でもやってるのか、アドバルーンが大きいのか・・・？

http://green.jbbs.net/study/284/ritsumei.html
バイオインフォマティクスの元祖、それが心理学である。

(ﾟДﾟ)ﾊｧ?

>>250
過去を見れば火を見るより明かかと。

あぼーん

脱糞は他で。

鏡台の過去って？

PubMed で Kanehisa M で検索してみよう。
ただし、フランスにいるのは兄（イニシャルにすると同じ）です。

>>243
GenBankの開発初期にかかわっていたそうだヨ。

その頃にいたというだけでしょ。

＞256
検索したけど、やばくないか？俺が知らないだけで実は
非常にＩＦが高い雑誌ばかりなのかもしれんが、、、

だから業績ないんだってば｡誰が奴に予算任せることきめたんだか｡
彼の実績もデータベースから低速にキーワードサーチするプログラムを書いたことくらい｡いまならプログラミングはじめてひと月のひとの練習問題くらいの内容です｡本人はイタクお気に入りのようでずっと前面に押し出してたけど｡
最近前面のケッグはただのクリッカブルマップだし｡生物屋なめとんのかぁ?ｺﾞﾙｧ!!

>>260
ﾅﾗﾊﾞ ｵﾏｴｶﾞﾂｸﾚ

（特集とかではなくて）バイオインフォマティクスの論文が採用
されうる最もIFの高い雑誌って何かな？
ぱっと思い浮かぶのはCurrentBiologyまたはTrends in Bio Sci
(TIBS)なんだけど。SNPsがらみだったらNature MedかNature
Genetがいけるかも知れんが。

ところで阪大ってバイオインフォマティクスやてるひと
いないの？

そのものずばりのBioinformaticsってのはどうなの？

nature (e-cell)

>>261
クリッカブルマップのケッグのことかな?あれだけ女のひと集めてハーレムつくれるなら是非やりたいね!
配列取得ならncbi ddbjにあるからいらんでしょ

女の子に囲まれてルンルン、バイオインフォマティクス
悪くないじゃないか。
長時間労働を強いられてドキュソな教官やポスドク、先輩に
いびられたすえ、データを横取りされたり成果をとられたり
したあげく、ソルジャーとバカにされるより１００倍くらい
ましだよ。

バイオインフォ逝ってソルジャーになる人もあり・・・
しかも実験できないコンピュータわからない無能上司だとマジムカツク
＃特に医学系
＃Ｓａｇｅ渡航。

情報出身の人は、上にあげられた参考書を読んで勉強すればいいのか。
大変だな。
生物はある意味独学が可能だが、それでも厳しいだろう。

情報出身者がそこまでして参入する価値あるのかね、この分野？

情報出身者はどの分野に参入しても重宝がられてやっていけるよ。
でも、ソフトの使い方しかわからないっていうのはダメね。
いちおう、ネットワーク管理とかハードのメンテとかもあたりまえに
できてから、はじめてよその分野に参入してもやっていけれるように
なるとおもう。
バイオインフォマティシャンでコンピュータシラナ過ぎのやつ
多くないか？
もっとも普通の生物屋はもっとしらない。なにせXXXばっかりだから

>>270
>なにせXXXばっかりだから
ナニそれ？

情報処理出身者です。ゲノム分野担当です。NCBIとお友達です(ToT)
確かに重宝はされるけど、されすぎても困るんですよねー。
でもまあ、昔の会社勤めから比べたらかなり恵まれている方なのは
確かです。

こんな事言うのアレだけど、情報処理は外部に委託するより人材を
自分の所に確保する方がいいよマジで。
キメ細かいサポートったら外部は不可能に近いからねー。

XXX　＝　ﾏｶｰ

>>272
ソフトウェア会社、金取り過ぎんだよね。
屁でもないような仕事も、もったいつけちゃってさ。
それでも、なにもいえない生物系。

しかし、実験系と会話できないインフォマティシャンにも困りもの。

ソフト会社なんて言っても大したスキルある訳じゃないしね。
マカ生物屋よりマシだという程度。

その程度のソフト屋に馬鹿にされつづけているマカ生物屋
こそがモンダイ。ともかくラボのマックは全部捨てろ。
そこから初めて対等の立場への道が開けると知れ。

皆さんは優れた、エライもしくはよいバイオインフォマティクスの研究っていうのは、どんな研究だと考えていますか？

たとえば、BLAST関係はえらい研究ですよね。

Phred & Phrap
Clustal W
PHYLIP
Pubmed
Entrez
Ensembl
AceDB
HMMer
Pfam

・・研究というよりはソフトウェア開発だな。

ソフト会社の人と情報出身研究者との関係はどうなってるの？

アメリカの大学院でやってるとこってないですか？
日本ではまだこれからだし、勉強するならアメリカの方がいいかなーって.
それに一度留学したいし.

情報系の人って、本を読んでも、実験医学とかちらりと見るくらい
だから、分かってないんじゃないの？

生物系がコンピュータを覚えるのがいいと思うが、
なんかネイチャーに、「手っ取り早いのは情報屋に生物を教えさせ」ることなんだって.
でも、情報屋ってペーパー読んでも分からんだろうに.

米国の大学院では、Bioinformtics コースが数年前（２年前？）から始まっていますね。
UCとか。

確かに、米国の大学院にいくのが最適解だと言う人は多い。

米国の大学院では、Bioinformtics コースが数年前（２年前？）から始まっていますね。
UCとか。

確かに、米国の大学院にいくのが最適解だと言う人は多い。

>>280
Stanford, UCB, CSHL, MIT White Head Institute...

アメリカのいいところは、一つのコースの中で情報系の科目は
情報系の先生が教え、生物系の科目は生物系の先生が教えることです。
日本でこの態勢を取っているところはない。
ただし、バイリンガル（生物系と情報系の両方の言葉がはなせる人）は
日本でも少しずつ出始めています。
声の大きい（＝よく発言する/あるいは発言力がある）人には
まがい物が多いけど。

>情報系の人って、本を読んでも、実験医学とかちらりと見るくらい
>だから、分かってないんじゃないの？
そのとおり。ただし、インターネットとLinuxの発達によって
純情報系でなくても「十分な」知識と経験は積むことができるので
生物系情報屋あるいは情報系生物屋というのも出てきてます。

>生物系がコンピュータを覚えるのがいいと思うが、
>なんかネイチャーに、「手っ取り早いのは情報屋に生物を教えさせ」ることなんだって.
>でも、情報屋ってペーパー読んでも分からんだろうに.

それはネイチャーの見解。
ただし、生物屋一般のコンピュータに対する拒否反応、
あるいはMac以外使わないぞというかたくなな態度を見ると、
ネイチャーの言い分に一理あるかと。

>>282
>確かに、米国の大学院にいくのが最適解だと言う人は多い。
現時点ではそういわざるを得ませんね。
来年のことはわかりませんが。

つーか、こんな分野情報系に人間から見たら力仕事しかねーよ。
ボリまくりソフト会社に大金払ってクソソフトでも作ってもらえ。

そりゃ頭が悪いからさ。

>>285
力仕事でないものを上げてみな。
あればね。

local alignment アルゴリズムはどれも力仕事にはみえませんが、いかがでしょうか？

>>284
マジ高すぎだよね。
しょうがないから小物は自分で作ってるよ。
ハァ、、めんどくさ。
大物は自分の技術と時間が足らんから買わざるを得ない、、、

>>286
>力仕事でないものを上げてみな。
>あればね

めんどくさい。
力仕事ってのはどれのこといってんの？

つーか、情報系の仕事で力仕事じゃない仕事探す方が大変かもね。
頭ないひとは身体使うしかないんだよん。

噺は戻るが。
学部はいいとして、大学院でその、生物系は生物教師、情報系は乗法教師が
教えるようなところって、大学院研究科としては未だ日本に無いよね。
できる予定はあるのかな？

予定は未定

横浜市立大学とかってどうよ？

横浜市立のバイオインフォの大学院って、理研の横浜研究所の
隣にあるらしい。
いいかもね。

http://cheese.2ch.net/test/read.cgi?bbs=life&key=990846276
こっちに話しが移ったのね。

はーい

素直にY研スレ立てたら？

■■■仕切りなおしっ！■■■
Y研ネタは >>295
か
>>298
にいきましょう。
こちらはバイオインフォマティクスの話題をもっと掘り下げましょう。

で、基本的な質問です。最近友人とも議論したのだけど
分子動力学や蛋白質構造予測のような『生体分子の計算機科学』
や、もっと言えば『力場』みたいな仕事というのは
バイオインフォマティクスといってしまっていいのかどうか？
ということです。

バイオインフォマティクスということばはかなり曖昧な意味しか含んでいません。
まあ、生物、あるいは生体分子をコンピュータを使って解析すること一般を
バイオインフォマティクスと呼んでしまっているようです。

この観点からすると、
>分子動力学や蛋白質構造予測のような『生体分子の計算機科学』
>や、もっと言えば『力場』みたいな仕事というのは
>バイオインフォマティクスといってしまっていいのかどうか？
OKです。

広義のバイオインフォマティクスと狭義のバイオインフォマティクスで
大分印象がちがいますね。
広義には299の質問の答えはOKといえますが、狭義には配列情報解析
やゲノムデータ解析のような仕事がバイオインフォマティクスの本流の
ような気がしますけど、いかがでしょうか？

うーむ。
分子動力学計算は、確かにバイオインフォマティクスという言葉ができる
以前から盛んでしたから、バイオインフォマティクスに入れたくないと
いう考え方もあるでしょう。
ただ、構造予測は完全にバイオインフォマティクスのターゲットになって
きています。分子動力学計算も最終的に目的とするところは同じなので、
まあ、一緒にしちゃってもいいんじゃないでしょうかねえ。

じゃあさらに意地悪な質問を(笑
最近、分子軌道計算を高速化(近似?)してタンパク質を
まるごと分子軌道計算を行い、側鎖の活性残基のhomo/lumo
などから機能を予測しよう、なんて話にまでなっていますけど。
でも計算の本質はMM計算なわけで、これまたやっぱり
バイオインフォマティクスというのには抵抗がありますよね。

でもって、もとから(バイオインフォマティクスが脚光を浴びる
以前から)計算機科学/計算機化学を生体系へと拡張しようと
やって来た人達は、バイオインフォマティクスと呼ばれることを
プラスにかんじるんでしょうか、マイナスにかんじるんでしょうか?

上のほうの議論でバイオインフォマティクスは力業/頭数みたいな
印象をもっている人もいますけど、いろいろ異論がでそうですよね。

今、実験系のＭ1なんですけど、院は推薦で自分の大学にあっさり決めてしまい
バイオインフォマティクス関係の他大の研究室に行けば良かったなあ、なんて思ってます。
この分野は博士から編入して、学位って取れそうですか？
本人次第なのでしょうが・・・・

とりました｡ただし､SE経験もありだった｡四年いるつもりならまあ取れるでしょ

＞３０５
そうですか。レスありがとうこざいます。

>>299-303
某MLで、Ｙ氏とＭ氏がそのネタについて話してたね。

>>302,303
Comparative Modelingは、バイオインフォマティクス、
Ab initioは、計算化学って印象があるな。
必要な知識が結構違うよね。

> プラスにかんじるんでしょうか、マイナスにかんじるんでしょうか?
流行ってお金が入れば、ＯＫっす。
あっ、でも「ポスト」ゲノムは、ちょっと違うかなって思う。

>>307
んん？
>あっ、でも「ポスト」ゲノムは、ちょっと違うかなって思う。
ん？てことは、計算化学が入ると、「プレ」ゲノムになるって事？

「ポストゲノム」っていうと、ゲノムやってた人が怒るんだよね。
ゲノムプロジェクトはシーケンスだけじゃなく、その後の機能・構造解析等も含むんだと。
こういう立場だと、計算化学もポストゲノムでいいんじゃないでしょうかね。

ぽすとげのむって二次元電気泳動と質量分析とビアコアのことじゃないの?

はにゃ〜ん

バイオインフォマティクスと計算化学の話題が出ましたが、
ケモメトリクスというのとは違うんでしょうか？
(実は何がケモメトリクスかは分かんないのですが)

バイオインフォマティクス、と言うと、当方が思うに、
・配列から遺伝子を見つける。
・なんかのシュミレーション
・蛋白の立体構造の解析
があると思いますが(これしか分からない)、立体構造のやつで、
何かわかりやすいWebSiteか本って無いですか？

本書くのでしばらくおまちください｡

は、はあ。

分野や仕事の内容で分けるんではなくて
人で分類するというやりかたもあるかもです。
例えば京大の郷先生の仕事はバイオインフォマティクスか
計算化学か？　とか

ゴウゴウ！

ゴウゴウ！

計画前倒しらしいが、イネはどうなった？

>>315
Structural Genomics
なんてどう？

>>316,317
Scheraga先生大喜び！
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=4837984&dopt=Abstract

local alignmentは力仕事じゃないにしても、あれをやったのは極一部の、しかも外国勢だよね。
それ以外、特に国内勢は力仕事だけって事でいい？

やっぱり生物系でも頭脳系の仕事は数物出身じゃないとだめかもね。コンピュータ屋も頭使えるようには見えんし。

大体ＢＩなんて一人で出来るものじゃなかろう。それぞれの技能を持つ奴らが
互いに協力しあって作っていくものだ。誰かに頼めばいいと考えている様では
足踏みにすらならんよ。

>321
頭が良くても使い方を知らなかったらやっぱりだめでしょ。
問題がどこにあるのかをしらなければ、結局は
「ちょっとエレガントな力仕事」にしかすぎない＞数物系

だれかうちの学内にlocalなblast/fasta鯖をたててくれませんか？

予算と報酬次第。

やってみると簡単＞blast, fastaのインストール。
大変なのはデータの更新。

立てるのはともかくfastaはいやってほど時間かかるよ。
それ以前に昔ならともかく今はBlastだけでも何とかなる気がするけど・・。

データ更新なんて自動的にできるやんか。やり方をしってるかどうかが肝。そういう小技の集まりが技術じゃん。ものを知っていれば一人で100人分の仕事ができるのがこの世界さ。

324です
どこかにlocalなblast鯖を導入したときの日記みたいな
webサイトとかありませんか。ボスから頼まれたんで、ほち
ほちやってみようと思います。fastaはやめてもいいかな。

>>327
昔は問題があって今はない、というのはどういう点ですか？
(純粋な質問です)

>>329
README読むべし。

>>330
昔は検索対象のデータベースが小さかったから、少々遅くても
問題なかったけど、今は巨大化してるからね。
Fastaのメリットはギャップ入りを検出できることだったけど、
いまは検出力に実質的な差はないよ。
高精度に検索したいならDeCypher（ハードウェア）がいいらしい。
すげー遅いアルゴリズム使ってるから、特に早くはないけど、
ふつーのblastかけるのと同程度の時間で高精度に求められる。

gapped blastとfasta、同じ検索結果が出せますか？

結果は若干違います。
Brenner Sが1997頃（その前後かも）が比較研究をしています。
gapped blastを使っていなかったかもしれませんが、
とにかくfastaとblastでは採用している方法が違うので、
同一の結果にはなりません。

ありがとうございます

>>331
検出力に差が無いのにFASTAが遅いのはなぜ？

カタログ化

タガログ語がどうしたの？

>>335 効率の悪いやり方を採用してるから。
　　　blastが高効率のやり方を使ってるとも言える

BLASTよりもっと速いの作ると、（^∀^)イイ？

まあね。無理だろうけど。
blastは計算機科学で現在最速のアルゴリズム使ってるからさ。

現在最速ってのは必ずしも理論的に最速という訳ではない

まあな。しかし見込みありそうな方法はいまんとこない。がんばれ若者。栄光はきみのものだ！

３２４です
local　blast導入について
もうすこちおこちゃま向けのドキュメントほしいでし

>>343
LinuxのDebian入れれ
コマンド一発で入る

既にfasta blastaスレと化しているな（笑）
perlの組める奴ならcgi作って実験データの効率的な管理なんかも出来るぞ。
Winマシンからならsamba使えばエクスプローラレベルでアクセス出来るし。
あ、Linuxの話ね。

>>343
難しいことは何もかいとらんよ。
ちゃっちゃとやればよかろ。

>>340
計算機科学で最速のアルゴリズムって何の事？
あんた計算機科学なんて何も知らないだろ。

わかった。やってみる。
（だができれば日本語の解説書などでラク
したかった・・・・爆）

あとPerlのお勧めの参考書を２、３推薦して
くれると結構うれしいかもWeb pageでも可。

ともあれ、ありがとう＞同士諸君　>>344,345,346

>>348
オライリーのラクダ本(Programing Perl)がおすすめ。

Learning　Perlはもってます（＾＾）
ちゃんとHello worldは出るようになった・・・って
それだけじゃだめじゃん・・・

>>348
Webでperlを知りたいなら「とほほのperl入門」辺りがお薦め。
結構プロも使っていたりする(^^;)。まずは行ってみし。
http://tohoho.wakusei.ne.jp/wwwperl.htm

perlとpythonとrubyでは何れが良いのだろう。
とか、JAVAを勉強しながら思う。

>>347
ハッシュテーブルのことだが何か問題でも？
一般論じゃなく?鞄ｯ性を問題にしてるのだから、最速のアルゴリズムといって差し支え?ﾈいとおもうが？

>>353
逝ッテヨシ

>>354
なんだ、しらなかったのか(w

perlを習いたいのですが・・・

ＤＮＡ配列のファイルがあるとして、
ファイルを読み込むのにラインごと読み込むコマンドがあっても、
１キャラクターごと（ＧＡＴＣ）読み込むコマンドがありません（ＴＴ）
どうしたら配列変数に出来るんですか？

配列変数に代入できるんですか？の間違いでした。鬱死

配列にしなくても

substr($seq, $pos, 1)

で$seqの($pos+1)文字目が読みとれるよ。
どうしてもしたいなら、


while (<>) {
next if /^>/;
s/\s//g;
push @seq, split '';
}

てのでどうよ？

なるほど、目から鱗です。ありがとうございます。

これでPerl信者が一人増えた。

>>355
ハッシュ使ってるのはFASTAだ。
逝ってヨシ！

blastもつかってるじゃん。

blastはfastaと違う使い方してるだけだと思うけど？

つまりハッシュ使ってるというだけじゃBLASTが最速である理由にならんだろ。

それがいいたかったのか。

Perl6はオブジェクト指向になるそうだ。

めんどくさいな。今のままでイイじゃん。

CとかC++とかJavaの信者はPerlの便利さをしらないよね。
バイオインフォマティクスはPerl。

そうとは限らん。シーケンスが長ものを多用する場合、速度を稼ぐのにCを使う事も多々ある。
その場合はstaticで連続領域を確保するんだけどね。
画面周りはperlで十分なので複合的使い方が多いかな。
全てＣでも無論ＯＫだ。

Cめんどくさいじゃん。痒いとこに手が届かないし。
シーケンス長いときはますますPerlが便利じゃ？
処理時間＝プログラミング時間＋実行時間
ということをお忘れなく。しかも、実行時間は人間が休める。

perlしか知らないなら確かにCをこれから覚えるのは大変だろうな。
オレはＣから．．というより当初はアセンブラから入ったから逆に
perlの繁雑さが目に付く方だけどね。
開発期間は別としても、きっちり出来てしまえば速度差は優に明らか。
まあ、そうした速度優先の研究部署もあるという話なので、多数の人が
利用しやすいという意味ではperlの優位性は否定しないよ。

perlは、かなりC likeに禁欲的に（笑）
かけるから（ループとかprintfとか）
CからPerlに入るのは結構ラクだよ。ただし、他人の書いた
Perlスクリプトが略記法が多くて読めなくて難儀するが。

フロントエンド＆文字列処理はPerl
検索のコア部分はCで決定つうことで。

>>368
うるせーよPerl盲者め。

結局fastaとblastってそれぞれハッシュをどう使ってるの？

それぞれの論文などをよんで下さい。ちょっと複雑なので。

blastだけでもおせーて。

勘違い共に言っておくがハッシュ使ってるから速い、ってのは勘違いもいいところだ。
BLASTがどこで一番時間かかってるか良く考えろ。

画面の表示。

何をいう、ハッシュ使ってるから速いんだろ。

ヒューリスティクス使ってDP省略してるってのがいいたいの？
ハッシュ使ってるからそれができるんじゃん。

>>379
じゃなぜFASTAは遅いんだよ。

工夫が足りないからさ。
FASTAだって速いがblastがもっと速いだけのこと。

頼む、生物寄りの話にしてくれーい。

結局その「工夫」がblastを「最速」にしてるんだろ。
ハッシュじゃないじゃねーか。

ハッシュ使うのは大きなポイントだと思うけど？

もういいよ。
やっぱり、逝ってヨシ、だったな。

見解の違いでござる。

あんた、論文通らないだろ。

なんかなあ・・・。

Perl はさておき、
Python つかっているひとっていますか？

>>388 ご心配ありがとう。通りまくりです。

2chの書き込みを、論文並みに真剣にやるやつぁいねえよ。

Pythonはさておき、
Ruby つかっているひとっていますか？

ルビ振るやつ？

けっきょく誰もblastが速い理由教えてくれなかったので
ここにいる人は情報土方だという事が分かりました。

>>395 おまえもな（笑）

どっかのばかがへんなとこで執拗なつっこみいれるからだよ

相手する側にも問題有りと思われ。

ハッシュ配列はいいから、生物よりの話をシヨウヨオ。

↑ネタ振っておくれよ

Rubyはさておき、
Lispつかっているひといますか？

http://www.jst.go.jp/erato/project/kks2_P/kks2_P-j.html

このERATOはどうよ？

なんだかなあ。

Lispはさておき、
Prologつかっているひとはいますか？

Prolog萌え。Linux用でいい系ある？

Prologはエキスパートシステム向きだよね。
遺伝子解析につかえないのかな。
てか、アプリケーションつくっただけでも論文になるかも

ソフト作っただけで論文になるのか？
どこに投稿するんだ？？

Bioinformatics. >>407

Prologはさておき、
Smalltalk使っているひとはいますか？

呼んだ？

smalltalkはさておき、
オブジェクト指向つかってるひといますか？

すいません。洋楽板からきました。普段は生物板はきません。
べつにageるきもなかったんだが。おじゃましました。

>>411　オブジェクトデータベースなら。

Perl つかうつきにも、オブジェクト指向で書くことあるヨ
アドホックで気持ち悪いよ。

−＞を使えばオブジェクト指向と勘違いしてない？

単なるハッシュをオブジェクト志向だよーんって？
さすがに居ないだろうそんな奴（笑）

×志向
○指向

class使えば、オブジェクト指向じゃない？

>>416 寝ぼけてんの？

objection思考ならココにたくさんいそうだね。

objection!

objection! objection!

objection overruled

異論反論・・・・

object-orientedはabstraction, inheritance, encapsilation,
polymorphismあたりが鍵じゃないかな。
ハッシュってどうつながるの？

ハッシュ自体は単純なデータ構造体。
ただ、無名ハッシュを使って各フィールドへの名前付きアクセスを
行うのに使ったりする。そうしたオブジェクト作成も結構あるね。

各フィールドへの名前つきアクセスって、
CのstructとかPascalのrecordと変わらないと思うんだけど、
それをオブジェクトと言っちゃうの？
dynamicにフィールド生成できるから？？

単なる構造体定義と勘違いしていない？

C++ではclassとstructがほぼ同義だもんね。ちょっと違うけど。

うん。privateがデフォルトか、publicがデフォルトか
だけ。

バイオインフォでＭから行くならどこがおすすめですか？

君は、M？
おれはSじゃ〜。

>431
アメリカの大学院に留学するのがベストだよ

国内だったら生物学科？情報学科？数学科？

>434
悪いこと言わないからさ、大学院を学科の名前で選ぶのはよそうよ。
せめて、研究者の名前で選ぼうよ。

つーか、国内で教育受けられるところは皆無でしょ。
あ、K應の長野がオモロイかも。
学生実習でゲノムシーケンシングするし。

＞学生実習でゲノムシーケンシングするし。

あそこはソルジャー養成機関です。

Ｋ應の長野ってどこよ？ヴァカ？
山形じゃないんだよな？

Ｍ生物系Ｄ情報系がよいでしょう。

>>437
いずれにしてもソルジャー養成機関です。

>>438
Dは海外のほうが・・

>>440 PDからで十分では？

それをいったら東大/京大以外の大学で学位とっても
結局はソルじゃーにしかなれないとおもわれ

>437
すまぬ。まちがえた。

東大／京大出身のソルジャーはいないとでも？
阪大とか九大出の人は結構独立してるように思うが？

>442
大学単位でかたるのは意味が無いです。
日本でまともな教育は受けられません。

>>445
国単位で語ることには意味があるんですか？

オオアリクイ。

>446
ヒト単位だけだよ、意味あるのは
国単位に意味があるかというよりは、とりあえず日本はダメってこと

やっぱ国単位でものいってるじゃん。
ところでエラトのＫ野プロジェクトうまくいってんのかな？

http://www.jst.go.jp/erato/project/list/kitano.html

細胞工学の連載も立派な業績にはいっております。
それでもY山プロジェクトよりはすでにこの時点で業績が出ているのかな？(ｗ

>>448
つまり、人によっては（教官によっては）日本でも学ぶ価値がある・・・
という感じの意味に受け止めましたが、そうでしょうか？

ほかの皆さんも、教官によっては日本でも教育を受ける価値あり、
とお考えでしょうか？
ちょっとお伺いしたく思います。

エイチアイティーのコンピュータがあればいいんじゃないの？

外国にちゃんと目を向けてて、かつ語学力だけでないひとなら大丈夫です。そゆひといますよ

EratoのProjectで一番情けない部類にはいるのが
Ｙ山プロであることは論を待たないであろう（ｗ

っていうかERATOってIF１あたり1000万以上かかってない？

>>455
もう１，２桁上かも（ｗ

451 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2001/06/28(木) 03:02
>>448
つまり、人によっては（教官によっては）日本でも学ぶ価値がある・・・
という感じの意味に受け止めましたが、そうでしょうか？

ほかの皆さんも、教官によっては日本でも教育を受ける価値あり、
とお考えでしょうか？
ちょっとお伺いしたく思います。

本人しだいだよ。海外で大成功する人はいるけど、成功する人の国内に比べて割合は小さいと思う。
ただし、ホームラン飛ばす力があれば、海外の方がやりやすいこともある。
ま、こんなとこで質問してうじうじ損得勘定してるんじゃ、あまり大成功は望めないね〜。
あと、もしいくなら金持ちの方がうまくいきやすいよ。
なれない土地で生活の心配までしなきゃならないと、
卑屈になって研究どころじゃなくなるから。
まあ、帰らない覚悟ならそれでもいいんだけど。

>457
狭義のバイオインフォマティクス(配列比較・配列検索その他)という
ことならNOかもしれない。
広義のバイオインフォマティクス（いわゆる旧・計算機科学系含む、
や立体構造比較その他）という点なら、世界レベルで互角の人(ラボ)
はあると思う。
問題は「概念」をきちんと教育してもらわなければいけない分野だ
から、（とくにインフォマティクスは）語学の壁が実験の生物学
にくらべて各段に高いということです。

>459
世界レベルのひとってだーれ？

CBRCの５糖さんとか？

>>459
「概念」とは？
確かに、数学・情報系のペーパーは読みにくい。
生物だと、実験以上に論文書きのプロトコールが
＊あたかも＊あるようだから、読める。
そういうことかしら。

＞459
インフォマティクスのほうが概念が格段に難しいというのは誤?Fと思う。
その証拠にインフォマティクスの人が本当の意味で生物の?T念を理解して
この分野に入ってきた例は非常に少なく、表面のごく?齦狽ｾけかじって
わかったつもりの人が大半に見受けられる。
イン?tォマティクスそのものは難しいかも知れないがBIに使われるものに限?黷ﾎ
格段に難しいということはありません。

>>461,462
そういった意味も含めての「自分の知らない分野・新しいコンセプト」
について、つねに新しい情報を正確に入手したい、というつもりです。
実験生物学やっている人が海外にポスドクに出た場合には大抵のばあい
「みようみまね」でも言語の壁を越えていい仕事はできる割合が高い
なあとおもったんすけど。
プログラムさえ書けて、いいアルゴリズムが出来さえすれば、英語力ダメ
でもいい仕事になるっていう分野は、そうないのじゃないでしょうか？

何だかなあ。何でも知ってるスーパーマンを想像しちまったよ（笑）
大体何でもカンデモ一人で抱えこめると思ってる所が甘いよねえ。
チームを作って共同体でって考えが浮かびもしないんだろうねえ。
結局知識だけ何とかすれば世渡りが出来ると思ってるだけなんじゃ
ないの？ 共同で何かを成すなんて考えてもいない（というか出来
無い）という事じゃないのかい？

大学の中で情報系を一身に背負って仕事しているけど、本当バカが
多いと思うね。知識じゃなくて人間としてね。

>>464 自分のこと言ってる？

>>464
でも、勉強はそれくらいしないと、とか思う。

バイオインフォマティクスってどの辺の国際会議や雑誌に投稿するの？

objection!

えらとのＫ氏とかＩ研のＭ野氏、Ｋ大Ｋ久氏、Ｋ大Ｔ田氏あたりがよくご存じなのでは？

第19回日本物細胞分子生物学会大会第一日目（7月30日）午後に、
シンポジウム「すぐに役立つバイオインフォマティクス」が予定されています。

このシンポジウムは、コンピューターが苦手な生物学者が、日々蓄積されるDNA情報
を自分の研究にうまく活用するにはどうしたらいいのか、また、具体的に何ができる
のかを、できるだけわかりやすく紹介するために企画しました。

内容は、以下のようになっています。

1.　生物学者が計算機システムを一から立ち上げる　-ハード、システム、ソフトウ
エア-
　　　　佐藤直樹（埼玉大学理学部）

2.　生物学者が計算機システムを一から立ち上げる　-データベースの構築や利用-
　　　　中村保一（かずさDNA研究所）

3.　コンピュータ解析アラカルト　-DNA・アミノ酸配列からわかること-
　　　　中井謙太（東京大学医科研ヒトゲノムセンター）

4.　コンピュータ解析アラカルト　-マイクロアレイデータからの情報の抽出-
　　　　久原哲（九州大学・院・生物資源環境科学研究科）

5.　計算機Q&A（司会: 田畑哲之）

5番目に「計算機Q&A」と題して、参加者の皆さんのさまざまな疑問にお答えする
コーナーを設けました。事前に質問を受付け、それに対する回答をスピーカーの
先生方にあらかじめ用意していただき、当日会場でお答えいただこうと考えています。
遺伝情報の計算機による解析について、初歩的なものから難易度の高いものまで
あらゆる質問をお受けしますので（質問は匿名扱いにします）、ふるってお申込み
ください。

質問の送付先：田畑哲之（e-mail: [email protected])
締切り：回答の準備がありますので、7月15日までとさせていただきます。

なお、学会大会への参加申込みは、学会ホームページ
http://www.kazusa.or.jp/ja/plant/jspcmb/

で受け付けております。


当日皆様とお会いすることを楽しみにしております。

>>470
聞きたいけど会員じゃないとダメなのね。シクシク。

もぐりこめ

>>471
学生だったら、会場で係の人に「ど〜〜しても聞きたいんです」と
お願いすれば大体入れてくれるよ。
俺よくやってた。

分生は最近厳しい

>>474
分生は、でかいから余裕でもぐれるだろ。

細胞生物はちいさいぞ。

今度オレ、某学会で、参加費未払い発表を試みよう
と思ってる。

もうネタ切れ？

★★★★★★★★★★★★★終了★★★★★★★★★★★★★

いまごろは、PSBのペーパーを書いていていそがしいのだよ、きっと。

ところで、今年のISMBに論文サブミットした方っています？
つーか、全滅だけど B)

新規のたんぱく質のアミノ酸配列を入力したら、
各機能ドメイン(SH2, SH3, death domainなど)や
キナーゼ認識配列(ERK, PI3K etc.)がその配列中にあるかどうかを
自動的に検索してくれるソフトあるいはホームページを知っていますか？

しってるよ。素人には使いにくいかも。

教えてください！

SRSでよかんべ？

>>481　　Pfamがいいんじゃない？　SMARTでもいいか。

>481
InterPro にいけば、Pfam,SMART,Prosite,とか統合されているヨ
ttp://www.ebi.ac.uk からいくよし

sage

>>487
？？？

結局ここって下らない話ばかりで
まともな質問には誰も答えてくれないんですね。

ちゃんと答えてあるよ。
何怒ってんの?

ISMBにいくひといますか？

>>489
Bioinformaticsというまんまの雑誌があるよ。
Nature,　Scienceとかも。

国際学会はなんだろうなあ、、、Recombとかかな。くそたけーけど。
Intl. Sys. Biolとかもそうかなあ。

>>489
RECOMBとかPSBとかISMBとかGIWとか
あとゲノム関係の国際会議等々(CSHLとかTIGR主催のとか)

みんなCASPには出さないの？

?

みんなって、、、ありゃ楽じゃないよね。
でもやってみるかな、本腰入れて。

CASPッテ何?

bioinformaticsの国際コンテスト。
毎回違った「お題」がでてその立体構造を
予測する。

立体構造だけ？
面白そうなんでリンクしてヨ。

http://predictioncenter.llnl.gov/casp4/

↑さんきゅー

しゅみれえしょん、おしえて。

バイオインフォマティクス、最近はやりだね。
でも、具体的な話はあまりでてこないなあ。

↓でも見てみたら>>503
ttp://www.iscb.org/ismb2001

さんきう〜

ってっか、日本人誰も出てねーじゃん！
やっぱここでウダウダ言ってる奴等はニチャん弁慶か(w

>>506
それが日本のバイオインフォマティクスだよ

ま、ポスターのほうには何人かいってますけどね。

>>506 だって、偽物ばっかりが大御所なんだもん。

NARにPSI-BLASTのあたらしい論文(29(14)2994-3005)がでてました。

どんな内容？

身内ばっかかも。こわー。

身内って、ここにかきこんでるひとう゛ぃと？

so

>>507
親しい知人がポスターだすよん。

>>511
胴衣。

ポスターなんて意味なし。

ポスターすら出さない俺はもっと意味ないね。

人間やめたら？

そうだね、逝ってきます。

深いところでまったりやってるねえ。

バイオインフォマティクスの話題、終了かなあ？

結局バイオインフォマティックって何よ？
立体構造を予測する事か？（笑）
オレを含めてだが、ここの住民は結局誰も分かっていないという事だな。

structural biology との境界は何よ？

自分でデータとって生データみるかどうかくらいじゃないか？
あと自分でプログラムをかくかどうか、だが、自分で
プログラムを書かなくても人の創ったやつつかってるだけでも
ある程度いい仕事はできるからこれは関係なし。
ということは自分で測定するかどうかじゃないか？

>>521 わかってないのはここの住人に限ったことじゃないと思われ。
大胡所のK久先生、T木先生、A山先生に伺っても多分納得いく答えは得られんぞ。

研究手法の問題だともう
コンピュータ（のみ）を使って解析すれば何でもバイオインフォマティックスって言うんじゃないかな

>>525 分子生物学と同じってこと？

しかし、配列データとか立体構造データを生物の知識無しに
こねくり回すだけじゃまずいんじゃないのか？
まあ、前提知識無しでやるにしても、結果の考察には生物学的
知見との比較は欠かせないだろう？
バイオインフォマティクス屋はそこを横着してるような気がして
ならないんだが・・・

生物屋は生物学の知識がないと情報屋を非難し
情報屋は情報学の知識がないと生物屋を非難する

>>528
扱ってる問題が生物なら生物をベースに議論すべきだろ？
バイオインフォマティクスで要求される情報科学は
どれほど高度であってもテクニックでしかない。
ま、情報屋としては自分たちの技術（理論と言う場合もあるが）を
生物データに適用しているだけだというかもしれんが、
机上の空論じゃない以上、実データとの比較による検証をしなきゃ無意味さ。

そこを勘違いしているように思われるのだが、どうですか？

>>529
や、おぬしの言ってる事は正しいのだが、何故か反目しあう面が多いのも
確かなのじゃよ。まあ金銭が絡むと互いの思惑が大きくズレているという
のは往々にしてある事なのだが。

実際、情報屋はそうした生物屋の中に入って互いに協調出来る中で仕事を
進めていくのが一番良いのでは無いかと思う昨今。
つーか、今のオレの立場ってまさにそれなんだけどね。
生物屋の知識を具体的な内容として吸収出来るし、管理システムとして実
現出来、かつ生物屋に喜んで貰えてる今の仕事には満足している(^^)。

529,530
同意同意。
生物屋だって情報屋の恩恵なしで、ゲノムデータの洪水を正しく
舵取りしつつ乗り切っていくことはできないわけだから、双方
「同じ言葉をしゃべる」ための努力を惜しまなければいいんじゃ
ないか？
早い話、ディスカッションしながら一緒に酒飲んだらいいと思う。
これは構造屋も一緒。
そういう環境にあるところ（情報屋と構造屋と生物屋が一緒の屋根の
下にいて妙な反目のないところ）から育つ研究者と、情報だけとか
生物だけとかで純粋培養（あるいは隔離？）されているところから
育つ研究者とでは、今後大きく違ってくるんじゃないかな
ちなみに海外（EMBLとか）は後者が多いよね。
日本では少ないんじゃないか？

良い職場を見つけたようでよかったですね｡
次なる課題は単に使われて終わるのでなく､
何かを提案する立場になることですな｡
生物屋がうならされるような何かを｡

>>531 そういう環境ってどれほどあるんだろ？
偽情報屋だと、一緒に飲んでも議論してもしょうがないから、
ちゃんと訓練してきた人じゃないとまずいと思うんだけど、
日本のバイオはそういう人自体が足りてないんじゃない？

全ての情報が統合されてはじめてバイオインフォマティクスは実用化するのさ。
今はその黎明期。ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、
ストラクチュロームの各情報を比較することで、「焦点を当てるべき事象」が
数多く見えてくる。それを、今までよりもよりマクロな視点で組み合わせることで
「細胞」や「生物」レベルで現象を考察する。そういう視点、概念こそが
バイオインフォマティクスの本領。一つの遺伝子、一つのタンパクの発現から、
「木を見て森を語る」のではなく、「森を見て、その変化から一本一本の木々への
影響を考慮する」っていう概念。こう言うと「結局一つ一つ細かく見ていかなきゃ
語れない」という人もいるが、そういった従来の手法、個別の情報を取り込んで、
さらにインフォマティクスの世界は拡張する。個々のケースでの当たりハズレを
細かく問う、従来の考え方とは根本的に違うアプローチの仕方だと思う。
生物学という未知の荒野を歩くための大事な方位磁石のようなものだよ。

情報統合って言うけど、それをどう統合するかは研究者によって
それぞれでしょ。言葉が悪くてすまんが、それでは実質何も言って
無いのに等しいと思うぞ。単純にリンクだけでいいならそうした
サービスサイトは山程ある訳だし。

結局、自分の所にそうした技術ある（偽ではない）情報屋を取り
込めるかが一番のネックだろうね。

どうもここにはＫＯの方はいないようね。

どういう意味？　>536
ＫＯのバイオインフォこそ生物や構造屋と隔離されてしまっていないか？

旧D総研やｹﾞﾉﾑｾﾝﾀｰもｿﾉｹｱﾘと思うが?

GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA

BLASTX Search Result

Computed at GenomeNet BLAST2 Server (Kyoto Center) on Tue Jul 17 19:07:46 JST 2001

Database Name SWISSPROT
>query
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC
TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA GCTAGCTAGC TAGCTAGCTA
GCTAGCTAGC TA



BLASTX 2.1.3 [Apr-1-2001]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= query
(612 letters)

Database: SWISS-PROT: SWISS-PROT protein sequence database Release
39.0
86,593 sequences; 31,411,157 total letters

Searching..................................................done

***** No hits found ******

>>537-538

バイオインフォマティクス屋ってハブ？

>>539-540
KOの小僧が荒らしたのか（藁

旧D総研やｹﾞﾉﾑﾈｯﾄもｿﾉｹｱﾘと思うが?

Computed at GenomeNet BLAST2 Server (Kyoto Center) on Tue Jul 17 19:07:46 JST 2001

おおおお、関係者が探れるようなところにログ残して...
だれか京大の関係者の人、IPさらしてよ。
access_logからこの日付と時刻でgrep一発じゃ

hntoni KO no kozou dattara oo-warai

足がつかない兄弟関係者という線か？

K久研の人とか、サーバーのログ見るくらいの権限はもってるでしょ〜？
おしえてよおしえてよ。
あたりかはずれかだけでいいからさ。
KO　or それ以外？

>>541
ハブって何？

スイッチングハブのこと？

>>547
「それ以外」です。

はあ。ここには有能な人は来ないのだねえ。(sigh)

>>551の豚マン

Thank you >>550
GTO先生にもよろしく〜〜(^~)/

なんだすっかりDQNスレになっちまった。

DQN分野ですもの

えいえい！

ISMB2001 あげ

「日本海」を「東海」と書く新聞、取りたいですか？
「東海」とは「日本海」を屈辱とする韓国での呼称です。

http://www.asahi.com/business/news/K2001071801339.html

朝日新聞には韓国人記者が多いのかなあ？って、スレと関係ないじゃん。

ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス、、とか言って、
理研かどっかで解説会(?)をやるらしい。
出た人、報告よろしく。

なんかどっかで見たようなタイトルだな。特定Ｃの人？

>>561
本とは違うよ。
理研関係者が８月にやる一般向けのセミナーらしい。
横浜で８月にやるようだ。

だれがやるの？てか、会場にいったら2ch'lerに会えるわけだね（ｗ

金を取るみたいだから俺は行かぬ。

そうか。入ってみて金払う価値がなかったら講師を問いつめよう。

http://www.jaist.ac.jp/koukaikouza.html

その講習会の紹介があった。
とりあえず、貼っときます。

もういっちょ。内容と簡単な詳細をば。

・「バイオインフォマティクス入門」
　小長谷　明彦（北陸先端科学技術大学院大学教授）

・「シグナル伝達系のダイナミクス」
　仲　隆（埼玉短期大学助教授）

・「Bioinformatics applied in　Immunology Research」
　Christian Schoenbach（理化学研究所GSC研究員）

・「ゲノム時代の細胞分子生物学」
　小谷　秀示（理化学研究所GSC研究員）
８月２７日（月）、２８日（火）
13：00〜17：00（各日４時間　計８時間）

理化学研究所ゲノム科学総合研究センター第２研究棟
（〒224-0804　神奈川県横浜市戸塚区前田町214）

情報サンクス
行くほどじゃなさそうですね

一般向けのようですからね。

上級編はないのでしょうか？中級編でもよいのだけど。

>>570
そんなあなたは文部科学省のゲノム重点の班会議にもぐりこむべし
来月、神戸じゃ
８月２２日から２５日、神戸ポートピアホテルなり

ゲノムジュテームって何？

s/重点/特定(C)/ ってことで

>>571 もぐれるの？

特定(C)だと何かいいことあるの？

>>575
一応、日本のゲノム研究の最先端（のはず）が聞ける
言わば、上級編。
内実は自分の目で確かめて判断してくれ

>>574
もぐれるよ

>>575
つぶれかけのホテルを助けるために開かれる会議。

特定（C)のトップは超ケチだよ。

どのトップ？K腹さん？

余った金をおなかの脂肪にかえてます。

システムバイオロジーってどうですか？

>>581 中身は(まだ)ありません。

北野ERATOにかかってるのかね？

>>583 うーん。一箇所に託すのは危険だねえ。
だいたい、あの人生物やさんじゃないでしょ。

ERATOってどうよスレでも立てて移行してみよう

「Y研って、どうよ？」スレの後継はそれでｷﾏｯﾀ>>585

北野エラ糖って何やってんの？
強制プロジェクトって、意味わかんねー名前だけど。

貴方と私が共に生きる世界…喪家学会かい？（ｗ

唄ダヒカルのビデオに出演しただけましじゃない？
世間では有名さ♪

>>587 テーマはシステムバイオロジー。実状は（ｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮ)
なんでもシンポ開いて有名人いっぱい呼んだらキャンセルの嵐で
結局内輪だけで盛り上がったとかなんとか・・

北野さん、ソニーでしょ？
鈴木光司の「ループ」の解説に名前あったぞ。
てことは、人工知能の人かな？
(分からんけど)
(prologで日記かいてそう)

いくら貰ったのかな得等問う

歌田ヒカルのプロモに出てた緑のロボット
あれ、来たのさんとこの？

着たのさん、人工知能だろ？
なんでバイオインフォと関連が・・

あのひと、大風呂敷広げまくりです。
中身を見た人は一人もいません。
天才と詐欺師は紙一重です、はい。

それは、バイオアシンメトリードイちゃんにも、あてはまるかもね・・・

>>なんでバイオインフォと関連が・・
>中身を見た人は一人もいません。
日本の大学の教官とか、名前の挙がっている研究者でも、
似た感じだと思う。

>>595
Ｙさんのことですか？

Ｙさんのことですか？

Ｙさんのことですか？

>600
北野さんのこと。
聞く話聞く話いつも計画や組織図ばっか。

そもそも何か業績あるんだっけ？
CMUの御威光でとった賞以降って？

おーい、だれが予算つけてんだー？

おれにとってのバイオインフォマティクスとは
生き様です。
おれはバイオインフォのレジェンドを目指します

地球にやさしく
手にもやさしいね

君は

Ｋは知り合いだ。
話した感じ、頭はよさそうだ。
優秀な研究者かどうかは知らないが、ヤなヤツじゃない。
そういう印象。
Ｋは慶應出身なのか？
今度聞いてみよう。

>>606 彼の頭脳に予算つけてるの？人柄？（実の伴わない）計画？
恨みがあるわけじゃないが、いっぱいお金をもらってる以上、
なんかしらのフィードバックなり成果なり残すべきだと思うよ。
しかし、エラトーってのは、何のための予算なんだろ？？？

>>604　頼もしいあげ

日本には「ばくち的研究予算が少ない」という
経済界からの指摘があったため大学などの
しがらみからはなれられた博打的要素たっぷりの
時限付き研究プロジェクト。

大穴にはあまりつぎ込まないものだが｡
国家予算で一発狙いか｡

エラトーは博打予算と呼ぼう♪

>>606
ICU

集中治療室に収容されてるの？？北野ん。

あんた、ICUって大学の名前じゃん。
インターナショナル・クリスチャン・ユニバーシチィー
国際基督教大学。

で、なんでICUがでてきたんだ？

>>614
北野さんICUだよ

7/31、第３回LITFセミナー〜発現解析からポストゲノムへ〜開催

http://www.rikei.co.jp/jp/event/event.php3?id=81

この分野は年に何本位論文書きますか？

英語ができるだけでものすごくトクするよね。
（英語しかできない研究者の何と多いことか。）
（英語すらできない研究者も）

立体構造って、アブイニシオ法で決定できますか？

>>619
今のところできない。
予測精度は上がってきている。

２０１０年 IBM BlueGeneで300aaのタンパク質立体構造を１年で解けるようになります。

芹沢宏明氏の無実を訴える

http://www.innocentserizawa.org/japanese_index.html

義援金をお寄せ下さい。

>>621
ソースはどこ？

詳しい状況が知りたいです。
本当に冤罪ということがわかれば援助も考えます。

>>623 台所の戸棚。

http://www.bulldog.co.jp/syouhin/cont/syouhin03.html

>>624 援助しなくても大丈夫でしょ。

義援金、署名のお願い

この事件がこれ以上悪い方向に進まないよう、皆様に援助して頂きたいと存じます。御署名をお送り下さい。また、義援金をお送り下さい。皆様の御支援をお待ち致します。

芹沢氏の弁護団には、アメリカでも屈指の優秀な弁護士がその弁護にあたっております。弁護費用は、６０００万円を超えると試算されています。（１ドル＝１２０円で計算）現在、１２００万円を超える義援金が寄せられております。皆様の暖かい御支援をお待ち致します。

>>626 ひまねえ。

バイオインフォマティクス推進事業公募締切間近だねえ。
どんな題目が採択されるんだろうか。

私も楽しみ。

何それ？

検索すれ。

した

ttp://bird.jst.go.jp/
だよ

ttp://bird.jst.go.jp/
だよ

この分野で日本の先駆けは誰ですか？
世界にどの程度名前が売れていますか？

大阪のほうがさかんなんじゃないか?

>>638
確かに。阪大はかなりさかんだな。

http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/program/index.shtml

ここはどうなんでしょうか…。

>>640
まだ始まったばかりみたいだから評価は定まってないと思う。
ソコソコいい人は揃えてるみたいだね。

みんな〜、神戸の宿は取れた貝？

忘れてたYo!思い出させてくれてありがとう。

日本のこの分野で世界的に知られていると思われるのは、思いつくままに書けば、
NJ法,PSORT,DDBJ,KEGG,E-CELL,FANTOMなどなど

他に思いつくのがあれば足してちょ

どれもどれもだなあ。
fantomてなに？

BIRDって、金ばら撒くための組織？

いいじゃん
いままで田舎にくだらん高速道路や温泉施設つくるために
ばら撒かれていたカネだ。
もらえるうちにもらっておこうぜ。
どうせいつかは痛みが伴う改革にやられるんだから

今フト気付いた。
うちの田舎にできなスパ施設はそういう金でできたのか。。。
でも結構人気あるみたいよ、ジジババに。

ときわはわいあんか？

http://www.sfc.keio.ac.jp/wellness/Refresh/2000/Bowling/bowling.html

最強です。

↑氏ね

>>650 精神的ブラクラ

>>650
ワラタ

>>650 ハア

>>650 203で最強？

ISMB2001 のレポート希望デス
いった人お願いします

ISMB2001 のレポート希望デス
いった人お願いします

>>652 どのへんが？

age

sage

asahi.comの記事から

国、企業と同等の補助　産学共同確実に
http://www.asahi.com/business/update/0728/001.html

文部科学省
http://www.mext.go.jp/index.htm
が27日、産学協同研究に関して、企業が出した研究費に加えて、最低でも同額の補助
金を、国費で自動的に上乗せする「マッチングファンド」制度を０２年度に導入する
方針を固めたという内容です。文科省のサイトにはまだアップされていないようで
す。

　もうひとつ記事の紹介を。

　日経新聞7月29日付「リレー討論大学を変える�@」

「市場原理で知の競争を　東京外国語大学長中嶋嶺雄氏」

　「自己改革できない国立大」と、「遠山プラン」を待たないで自ら改革できなかっ
た国立大学を（自己）批判し、国立大学に市場原理を導入せよ、と述べています。

「大学に期待される知的な活動については、学部から大学院に軸足が移りつつありま
すが、旧帝大を中心とした大学院重点化政策は、組織をふくらませただけで、中身を
伴う改革にはほど遠い。」

「社会人を対象にした職業教育機能も新たな需要です。「遠山プラン」と合わせ、い
わゆる「平沼プラン」では大学発の新産業創出へむけて日本版シリコンバレーを全国
に作る計画です。こうした産業界からの養成やプロフェッショナルスクールには、
「学問の府」の立場からの反対が常にありますが、九十九の国立大学が縦一線に並ん
で現実に対応する時代はもう終わったんです。明治以来の日本の成功体験に寄りそっ
た大学像を捨てなければ、日本の大学の再生はできません。」

O'REILLY の Developing Bioinformatics Computer Skills があるよ。
オライリーらしく、わかりやすい本。
俺はamazon.co.jpで予約して買った。今はオライリージャパンから買えるかも。
俺の手元に本が届いてからamazon.co.jpを覗いてみたら、
Ｂさんはすでにここに書評を載せていた。素早い。

>>662
うちも買った。元々生物系の人間なのでバイオインフォのガイダンス
として良いみたい。こっちも読んでみてＢさんの書評の通りだ
と思います。
でも、先が長そう。生もの屋にとっては。。。鬱じゃ

SFCのbioinfomatics研究室ってどうよ？

ばっちりです。

kuso

金句研どうにかしてくれ

やつに予算つけてんの誰？　文科省の○○課長？
構造改革きぼーん

同意

分子生物学会に出すヒトいますか？
今月末締め切りです。

Bさん、ずいぶん髪の毛薄くなったなー。まだ若いのに・・・
やっぱ大変なのかしら

>>671
あなた、この業界の３大禁句の一つを言ってしまいました。

あなたは呪われてしまいました。
分生で絶対に彼の目を見てはいけません。
さもなければ石になってしまいます。

一度石になってしまうと、あなたは彼のポスターの前で３０分間
自慢話を聞かないと生身の体に戻ることはできません。

もし運良く生身の体に戻ったとしても、呪いが解けることはありません。
あなたは一生彼の目を見ることができないでしょう。

あなた、この業界の３大禁句の一つを言ってしまいましたから。

Bさん情報求ム

http://cocoa.2ch.net/test/read.cgi?bbs=hosp&key=998555963&ls=50

>>673
呪いへの誘いに乗ってはいけません。
そうやって何人もの人々が呪いの網にかかっていきました。
フォースの力を信じるのです。

うすいのはもともとでしょ｡
しかし喋りだけであれほど仕事したようにみせるテクはみならいたいね

>>676
ということは立派な若手政治家の卵と言うことですね。
みんなで育ててこの業界を育てましょう。

よく蛋白質のアミノ酸配列から二次構造って予測しますよね。
で、70-80%くらい当たるとかって言うんだけど、この数字って意味はあるのですか。
例えばβストランドとかって、βシートの中でどのストランドと対になっているか分からないと、
5-10%予測精度が高くなったとか言っても全然意味がないように思うのですが。。。

>>677
Ｂ氏登場！

>>678
＞よく蛋白質のアミノ酸配列から二次構造って予測しますよね。
しねーよ。一体いつの時代の話だ？

>>680
ﾊｧ?

>> 678
論文にかかれている評価方法の範囲で意味があるだけで、
それ以外のデータセットに対しては、その精度が出ること
は保証できないと思われます。

ま、
> 例えばβストランドとかって、βシートの中でどのストランドと対になっているか分からないと、
> 5-10%予測精度が高くなったとか言っても全然意味がないように思うのですが。。。
これは二次構造の話では無くて、フォールドの話では？

特定Cの飯、なんだよあれ。

九羽プロに文句いうぇ

>>682
ハァ？
じゃあ、質問の仕方を変えますけど、βストランドだというだけで
何か面白いこと分かるんですか？

結構役に立つよ。
ＣＤを測定してa/b含量を出して、予測値と比較する。
大幅に狂っているようだったら、その蛋白質が変性して
いることを疑うとか。組換え蛋白で実験している人たちに
とっては常識的な方法だ。

なんでもいいから、コンピューターにかじりついてばかり
いないで一度現場で実験しろ。蛋白質を自分で触ったこと
のない人間がいくら理論を極めても、机上の空論、バーチ
ャル空間での数字遊び、絵に書いた餅にしかならんのだから。

そんなことするか？
仮に違っていたとしても、活性（比活性）があるのであれば予測結果が間違っていると思うだろう。
気休めにしかならんよ、あんなもの。

大体、あんたも後半部分では同じような意見を言っているようにも聞こえるのだが。

それはそうだ。

だが新規/or変異体の場合の活性・非活性はコントロールがないので
それが本当かどうか自信がもてないことも多い。
特に活性をつぶした変異体を作成して論文に投稿すると、最近では必ず
「それは構造を失っているせいで失活したのではないか」とレフェリーに
いわれる。だが実際問題、蛋白質の（立体構造を決めないで）2次構造だけを
微量・短時間で確認する実験手法自体が、あまりないのだ。

IRをはかる、なんていまどき誰もやっていない。
CDすら、置いてある研究室(学部）少ないけど、どっかに借りに行ってでも
そういうことをしないと、いいところに論文が通らないんだよ。
もちろん実際の論文にCDのデータなんか出ないよ。Appendixにのるか、
referee/editorへの手紙に含めるのだ。

言わせておけば言いたいこと言いやがって。

>>683　わしもむかついた。
九場Proって誰かの親戚？　顔が似てる人がいたよーな気がすんだけど。

情報ゲノムのとこでやってたわけのわからんシミュレーション、なにか役に立ちそうなものはあったの？

>>690 おおかた天下りじゃないの？

>>692 そっかー。

あう　IDが出るね。

>>691 どのシミュレーションのこと？
シミュレーション以外なら役立ちそうなのがちらほらあったよ。

あまりに無関係過ぎてGoさんに怒られてたひともいたけど。
まあ、あれは怒られて当然だよなあ。
逆切れして答えにならない回答してたけど、
あそこの予算はもっと削るべきだと思ったよ。

え、K?

＞あまりに無関係過ぎてGoさんに怒られてたひともいたけど。

それ、みのがしちゃったんだ。
もうちょい詳しく教えてちょ。

陳謝します。

>>696 最初から説明すんの？・・・ま、やってみます。

発表者を仮にK先生、質問者をG先生としましょうか。

演題は「可変構造計算機による細胞シミュレーションの研究」で、
最初にK先生が細胞シミュレーションが重要だから高速に計算できるコンピュータの
開発を目指しましたという短いイントロを話し、具体的な話は選手交代で、その下の
先生がFPGA素子を使った高速演算ハードウェアの開発をしましたと言う話をした。
ここでは、完全に技術的な話と金額が安いという話に終始し、しかもFPGA素子の容量
限界のためうまくいっていない、という話で締めくくってしまった。

質問の段になってＧ先生がマイクの前で待ちかまえ、こういう批判は誰も口にしない
だろうからと前置きをした上で、研究内容そのものに文句を言うつもりはないが、
ゲノム予算で研究している割には、生命科学との意識の隔たりが大きすぎるし、
それを埋めようとする姿勢が全く見られない、といった。
この発表を聞く限り、高速計算をするハードウェアの開発だけにしか興味がないと
いった風にしか見えないし、バイオロジストにわからない言葉遣いをして、
議論することを拒否してしまっているように見えるがどうか、と質問をした。

これに対しＫ先生は、バイオロジーの研究者と共同作業と情報交換をしており、
求められているものが何であるかをよく理解した上で、作業を進めているから
問題ない、と切り返した。また、その上で現在できる作業をやるのではなくて、
先を見越した研究を今から始める必要があるのだ、と付け加えた。

はじめは詰問調だったＧ先生もこの回答を聞いて苦笑いし、もっと生物系にわかる
言葉を使うようにしてくれとコメントしたのみにとどまり、議長のＮ先生は、
議論が大事だと行っているところ、水を差すよう悪いが時間が過ぎているので、
続きは休み時間や懇親会でと言って幕を閉じた。

内容は以上です。
聴講された方、過不足の補足と訂正をお願いします。


第３者の立場から見ると、Ｋ先生の研究はFPGAという新しい素子ができて、
そこそこ安い値段で手に入る、じゃあゲノムだと予算がとれるからちょっと
やってみようや、てなかんじのものに見える。
それ自体は必ずしも悪いことじゃないが、FPGAを使わなきゃならない理由も
ゲノムに適用する理由も曖昧で、批判をかわすため、あえてわかるように発表
しなかった面はあるだろう。
噂では、この研究の予算に少なからぬ額が割り当てられていると聞く。
だからＧ先生はあえて苦言を呈したのだと思う。
しかも、これと似たもので実用になる商用機械は既に市場に出回ってる。
多少なりともこの分野の知見があれば、商用機は少々高価だが、多額の国家予算を
投じて現行商用機の代替物を５年後に完成させたって、まったく役立たないことは
すぐに気づくだろう。
研究の動機は「やりたいからやる」だから、明確な目標でなくてもいいと思う。
しかし、完成させても役に立たないものに、予算と労力を使う神経はわからなかった。

なお、FPGAはとてもいいおもちゃであるらしく、３，４件同様の演題があった。
が、みな同じ壁に当たっていて、しかも実装する内容はＤＰ。
情報系の研究とは現行商品の焼き直し、あるいは第２のLinux開発か？と疑ってしまった。

↑
我ながら、あいかわらず冗長な日本語だ・・鬱だ氏脳

もっと対立を教えて！

対立してないよ別に｡捻れの位置にあるというほうが正しいかな｡
平行線ですらない｡

何か対立する材料を探しているとしか思えない状況だなあ。
何故我が方の様に研究者と情報処理者が協力しあえないのかねえ。

はっきりいって情報科学者が自信をもってないからです
情報科学としてはまったく新しくなくて価値もないことやって
しかも生物の勉強も馬鹿らしくてできない｡
そんな人がプライドだけ保つために（生物学者にとって）難しい
言葉でけむに巻こうとするからそうなる｡
両分野の言葉を理解する人（＝G先生）にとってそれが滑稽に写るのは
当然でしょう｡

ちなみに生物学者も驚くほど情報科学に無頓着なひとが多い｡
しかし彼らは問題を解く手段の一つとして情報科学を求めている｡
情報科学者は問題そのものを求めに来るのです｡

>>702
研究者と情報処理者かよ．情報科学者は研究者ですらないと．
情報科学のexcellenceなんて理解してないんだろうな，こいつ．

>>704
文句言う前に何事か説いてみせれや

>>704
ﾊｰﾄﾞｳｪｱを使ったDP高速化､ｸﾞﾗﾌを使った遺伝子ﾈｯﾄﾜｰｸ表現､ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ構築､
立体構造予測､類似性や統計的手法に基づく機能予測が課題の大半を
占める中､どの辺りがexcellenceなのか私も知りたいです｡

特にK先生のは既存の素子をこねくり回してるだけで
技術開発ですらあるようにはみえないし､最近数億の予算でｺﾝﾋﾟｭｰﾀ買った
某先生のとこもﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ作りしかしてないわりにはｵｰﾊﾞｰｽﾍﾟｯｸだし､
そのうえ外部からのﾛｸﾞｲﾝ使用はｱｶﾃﾞﾐｯｸﾃﾞも従量制で課金する｡こういうﾋﾞｼﾞﾈｽﾓﾃﾞﾙがｴｸｾﾚﾝﾄなのでしょうか?

理化学研究所（小林俊一理事長）は平成１３年８月２７日から、全長シーケンスを完了し、機能アノテーション（機能注釈）情報を付与した“マウス完全
長ｃＤＮＡクローン”の利用許諾を開始します。利用許諾にあたっては、理研ベンチャー※１である「株式会社ダナフォーム（林利藏社長）※２」を通じて行
います。
　マウス完全長ｃＤＮＡクローンは、理研横浜研究所のゲノム科学総合研究センター（和田昭允センター所長）が中心となり取得し、解析を行ったもので、
今回、利用許諾の対象となるのは、理研ホームページ（http://www.gsc.riken.go.jp/e/FANTOM/）に公開されている２１，０７６ｃＤＮＡクローンで
す。
　なお、利用方法、利用条件、利用料金などについては同日より、（株）ダナフォームのホームページ（http://www.dnaform.co.jp）上で公開される予定
です。




□利用許諾するマウス完全長ｃＤＮＡクローン



　利用許諾するクローンは、マウス完全長cDNAライブラリより単離後、全長シーケンスを完了し、機能アノテーション※３を付与した２１，０７６のｃＤＮＡクローンセッ
トです。なお、個別クローンについては、本年１１月を目途に提供を行う予定です。


□今後の予定


　当研究所では、今後も「マウス遺伝子エンサイクロペディア計画」の一環として、マウス完全長ｃＤＮＡクローンの取得と、その全長シーケンスを進めるとともに、機能
アノテーションを付与し、その研究成果を公開していきます。また、公開したクローンは、順次、希望者に利用許諾していく予定です。

対立あげ

エクセレンスちゅうのはビジネスモデルにおける新規性？ちゅうことかや？

そもそもエクセレンスなんて唱えてる所からしてアホ。
たかが研究。されど研究。謙虚な気持ちで望めや（ｗ

>>710
多額の金が絡んでるから、そうとばかりもいってらんないんだけどね。
しかもそれの源泉は血税（笑）だし。

>>711
意味がわからん。
多額な金が絡んでいたらエクセレンスなのか？
それなら尚更、円滑に進める為のやり方が必要なのだよ。

いや、そもそも生物よりの人(情報の専門家ではない一般ユーザ)
にしてみれば、アルゴリズムやアイデアにエクセレンスがあるかどうか
よりも、使いやすさとか高速さとか便利さとか、本質とは違う
ところを評価しがちなのである。
バイオインフォマティクスの巨大プロジェクトにおいては、そういう
非専門家が影響力を行使しうる土壌がすでにある。

>>713　ちょっと同意。
が、その「本質」とは情報科学においてのものであるからして、
生物屋さんに「そこを評価してちょ」というのはお門違いかなとも思う。

http://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3422
文系馬鹿今井弘一なんか消え失せろ!!!

>>712
>たかが研究。されど研究。謙虚な気持ちで望めや（ｗ

大金が動いている以上、謙虚なだけじゃ駄目だということです。
情報科学がexcellenceだなんて私は思わないが、
その辺をｳﾏｰく使ったヤツが幅きかせているでしょ。
とくに、バイオインフォに来てる情報科学者の多くは
情報科学では食ってけなかった人だけど、生物学者をだます程度のテクはもってるから、
生物学者のほうがにせ研究に大金を投じない程度のセンスをもたなきゃならんと思うよ。

ビューワとかデータベース検索ソフトとか、あるいはハードウェアによる
高速化なんてのは、それこそ業者に任せた方が早く安くいいものを
作ってくれるんだから。

>>716
素朴な疑問だけど、そうした国家プロジェクトとしての予算を使ってながら
最後にはちゃんと成果が出せるんだろうか？
バイオ系は最近特に予算が付きやすいが、それとて特定の大学や基幹に集中
しちゃってる状態でしょ？ 権限のある教授と懇意なら何をやっても良いと
いう状況はプロジェクトとして見たら異常なんだが、その異常が今の日本は
まかり通ってしまっていると思うんだけどね。

この分野でちゃんとした成果ってなんなんだ？
例えば、チップを解析して、何らかの情報処理をしてネットワークが推定（あくまでも推定だ）
できたとしよう。で、それをどうするんだい？

チップで発現量を解析したって、それはある細胞をある特定の条件においたときのみに
対応するデータでしかないとおもんだけど。

>>718　それは実験してる方々に考えていただきたく・・・・・（消え入るような声）

いや、俺は実験系なんだけど、いったい誰が何に必要なのかと不思議なんだよ。

ｱﾚｲ実験屋さーん　；；

ある条件下のデータでしかない事に一体何の不服がある訳？
全ての条件下のデータが欲しければ、一つ一つ地道に条件を増やしていく。
それが実験屋のするべき事じゃないのか？
アレイ屋とて同じ事。

>722　同意かつ更に追加。
「ある条件下のデータ」から得られたデータセットを
系統的に分析して、まだ実験していない条件下のデータに
ついてもある程度推測なり傾向の予測なりができることが
ある。だからこそ、そのための統計学であり、多変量解析
でありデータマイニングなんだと思うヨ。
そうしたデータなり解析結果を元に、「作業仮説を建てる」
のが生物学者実験系の醍醐味なんだと思うヨ。
実証可能かつ魅力ある作業仮説を立てて、それを実験して
実証するのが実験科学の醍醐味なんだと思うヨ。

>>723
うむ｡理想的にはたしかにそうだ｡
問題は生物学のセンスがないとモデルを立てられないこと､
多くの情報科学からの参入組は
生物学的センスを磨く努力を惜しんでいることだ
同じことが生物系にもいえるが｡

どうよ

情報科学者は問題を抽象化したいわけよ。
バイオロジストも敵視するんじゃなくてニーズを突き付ければいいんじゃねーの？
その中でもうやり方が分かっているしそれで十分ってのはテクニシャンに回せばいいのよ。
どうすればいいのか分からん、って問題こそ情報科学者が喜んで取り組みたい訳なんでしょ？
この切り分けさえバイオロジストにはできない訳だから、この辺は情報科学者にアドバイスしてもらえばいいのよ。
お互い専門も本質的興味も違うんだからうまく共働しなくちゃ。

ってゆーかもう沈むで。タイタニック

>>726
ほんとにそうおもう?
生物学者が解いて欲しい問題は既にあるのにいろんな理由で情報処理者があさってのことをやってるように私には見えるけど?

>>728
それは「共働」してないからっしょ。
ちゃんと何がニーズが伝えてるかい？
テクニシャンにできるような事ばかり伝えたって
相手もうんざりして君の声なんて聞かなくなるだけじゃないの？

できるﾃｸﾆｼｬﾝがいるかどうか考えたことある?

＞＞７２８
同感。それは、理論生物学者についても、同じことがいえる。

＞＞７２９
だから、ニーズがないんじゃないかと言ってるの。
少なくともアレイを使ってネットワークとやらを計算で推定することには。

>>731
「計算」って何？
計算でやった推定には意味がない？
人間のやった推定なら意味がある？

計算で推定した結果にも意味はあるよ｡
大きな誤差含んだデータからの少ないエラー率で推定ができて､
かつ実験による検証がほとんどいらないくらいに信用できるならね｡

いまどきハードウェアによるdp高速化なんて時代錯誤もいいところ｡
ﾃﾞｻｲﾌｧｰとｼﾞｰﾝﾏｯﾁｬｰを凌駕するものができるなら話しは別だが｡

ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝはおもしろいよ｡現時点ではまだまだ実用には程遠いけど将来性がある｡
局在予測はまあまあおもしろいが将来性もまあまあ｡
いかにほかの研究と結び付けるかにかかってる｡

立体構造予測はどうなのかなあ｡
ﾏｲｸﾛｱﾚｲは統計屋の仕事だし

>>733
>大きな誤差含んだデータからの少ないエラー率で推定ができて､
>かつ実験による検証がほとんどいらないくらいに信用できるならね｡
生物系の仕事で、実験による検証が必要ないくらい信用できるものは
現状であるのでしょうか。

>立体構造予測はどうなのかなあ｡
X線屋もNMR屋も、基本的には全然気にかけていません。
もし、それなりに信用しているのであればX線での分子置換法や
NMRでNOE帰属を始める段階での鋳型の構造として使うと思いますが、
そういうことをしている人は皆無です。

ということは、バイオインフォは役立たずですか？

うん、役たたずだね。
だからこんなもの要らないね。
そんな訳で、こんなもの知るだけムダムダ。
これで終了だね。よかったよかった(^^)

認識不足
見えないものはないと考えているでしょ?

例えばさぁ、

>>735, 736
それは言い過ぎでしょう。少なくともBLASTは非常に便利だから（藁
私は他にも使えるものはあると思うので、それが知りたいです。
但し、それは可能性を絞り込むために用いるべきだと思っています。
それによって試すべき実験の数が大幅に減るわけですから。

情報処理を自分のペーパーのネタにしている人と、情報技術者出身ながら生物屋と
共に仕事を進めていく（いきたい）人とをゴッチャにしているなここは。
ほぼ９９％が前者なんだろ？ 同じ生物を扱っていても互いに壁作りあってるから
反目しあって当然。そんなものバイオインフォマティックスでも何でも無いよ。
前のカキコで共動という言葉を使っていた人が居たけど、現状は「協力」でいか
なければ無理だろうね。つまりは残り１％の道を何とか模索するのがという事。
そうでなければ本当の意味でのバイオインフォなんて出来ないんじゃないの？

予算配分通りになってるだけでしょ。
１％を生かしたければ、ソレナリにいい待遇にする必要があるのに、
９９％の方ばかりに金かけてたら、どうにもならないよ。

>734
構造予測をもとにNOEを用いて構造を精密化するというのは
皆無ではないよ。ROSETTAというソフトが話題になり始めている。
あと日本では北陸先端科学技術大学で結構モノになりそうな
ものをつくっている。
気の早いグループが使い始めるのは時間の問題、改良次第では
２〜３年後には主流になるかもしれない。

>>740
なかなか良い的をついているのでは。

出身が「生物」か「情報」、って気にしている段階ではダメでしょう。
バイオインフォマティクス出身、って言うのが出てくるまでは
溝は埋まらないだろうな。

TIGRやCerela、NIHは良くやってると思う。
日本は早く年寄りに退いてもらって、
柔らかい頭の若手に取って代わらないとダメでしょう。

お偉い先生方にさよならするか、日本にさよならするか、ですな。

ｺﾝﾋﾟｭｰﾀが個人の手に届くようになった頃学生だった世代､つまり現在35才以下位でないと
両方出来る人は極端に少ない｡
現在ﾘｰﾀﾞｰｼｯﾌﾟをとってる人では高木さんはかなり有望だけど､出身が情報のせいか
人選は内容問わず情報系に比重置きすぎ｡
応募そのものが少ないのだろうけど｡

>>742
確かにそういう方向性はあるが、間違った構造に落ちていく可能性はまだ捨てきれないのではないだろうか。
確実に正しい構造に落ちていかないと使いたがらない人が多いと思われる。
後でミス帰属が見つかって、どこかのグループみたいに違っていたとか言われるのは
誰でも避けたいはずだから。

>>744
高木さんってか。。。。。。
有望か？

>>743
なるほど、バイオインフォマティクス出身か。
よい言葉を聞いた。ありがとう。

>>744
失礼な。齢40にしてこの道に進もうとする輩もおるのだぞ（笑）

>>746
実績はともかくとして、情報系の割には生物の勉強をよくしているようだよ。
予算の配分も某大御所大先生みたいにいい加減じゃないし。

>>747
35以上が駄目というつもりじゃないけど、難しいと思うなあ。
まっとうにプログラミングができるようになるには、一年程度以上の訓練をした後、
３−７日没頭する時間が数回必要なんだ。それはちょっとできないでしょ？
設計の方は必ずしもプログラミング能力が要求されるわけじゃないけど、
知らないと良い設計ができないから、結局問題解決ができなかったりする。

バイオインフォにプログラミングや設計能力が必要ということには、異論の
ある人はいるだろうけど、少なくともセンスは必要でしょう。
センスを身につけるには、やはり実践が一番良いと思うし、他の方法では
かなり難しい。

だから生物系、情報系の実践をしてセンスを身につけたのでなければ
バイオインフォマティクス出身なんて恥ずかしくて言えない。
日本にはそういう教育を実践しているところはまだないから、
堂々とバイオインフォマティクス出身と言える人はいないはずだけど、
35以下くらいの人だと、生物系に進みつつコンピュータを独習している
人が若干いる。
逆の方は知識として学ぶ人はいるものの、実践した人はいないんじゃないかな。
頭のいい人はいるもので、実践せずにセンスを身につけている人も、
最低一人はいるのだけど。

>>748
いやいや、公の場で「オレはバイオインフォ出身だぜ」と公言するなら確かにあなたの
言う通りだよ。そうじゃなくて、そうした方面を目指す人にとっては一つの目標になっ
ていいんじゃないかなという事さね。

かく言うオレは情報出身だが、ずっと製薬系をやってきた事で晴れてそっち方面に転職
という事になった次第。この年齢でそうした方面に行けるなんて思わなかったよ。
楽な道じゃないけど、自ら望んだ道だし、それこそやれる所まで突き進むつもり。
そうした奴も居るんだと知っておいてくれ（笑）

人生は常に選択の自由に迫られていると言う意味に於いては人間は決して自由ではない。

>>749
なるへそ。ご活躍を期待します。

>>750
そうかなあ。お仕着せの方が好き？
ま、自由がない方が楽でいい場合も少なくないけど。

>>730
つまりテクニシャンだけが必要とされていて、
できるテクニシャンがいないから情報科学者に
テクニシャン仕事をやらせたい訳ね。
情報系の人間が逃げる訳だ。

逃げてないよ｡
予算だけたっぷりもってって仕事しないだけ｡

考えてみなよ｡
ﾃｸﾆｼｬﾝとしてのﾄﾚｰﾆﾝｸﾞしか受けてない分子生物学者に
ﾃｸﾆｼｬﾝに与える以上の仕事を考えられると思う?

ｱｲﾃﾞｱもｾﾝｽもないから情報系の協力を求めてるのに
情報系はﾃｸﾆｼｬﾝよりはるかにしたのﾚﾍﾞﾙまで内容をかみ砕くことを要求し､
挙句にﾃｸﾆｼｬﾝﾚﾍﾞﾙの仕事なんてやれないという｡

かといって自習して自分で問題設定することもできない｡
そんなんだから情報処理者といわれるんだよ
実際は処理すらしないけど

>>742に対して、他のNMR屋のコメントきぼん

>>753
処理なんて手を動かすだけだよね。
テクニシャン以上の仕事は頭でやるもんだよね。
当然結果がでるまでは思考錯誤がつきまとうが、
バイオロジストはそういう行為まで否定的に見てるんじゃないの？

>アイテ゛アもセンスもないから情報系の協力を求めてるのに
>情報系はテクニシャンよりはるかにしたのレヘ゛ルまで内容をかみ砕くことを要求し、
>挙句にテクニシャンレヘ゛ルの仕事なんてやれないという。

何故「かみ砕く」ことを要求されてるんだ？
バイオロジストの言葉があまりにも適当過ぎるからじゃないのか？
情報系がバイオロジストの言葉を理解しないという前に、
バイオロジストの喋る「情報処理」についての言葉が意味不明
であるかもしれないと、どうして反省できないんだ？
情報科学者にだけ一方的に努力を求めるなら情報科学者としては
バイオロジストに接触する理由も必要もないっしょ？
だから逃げるんだよまともな情報科学者は。
自分達だけでやっても変わらないし、その方がよっぽどましだし。

具体的にいきませんか？
どの研究がエクセレントで、どの研究がだめだとか。

なぜ反省が必要かな?
生物学は物理や化学のように「単純」に表せる段階に達してないから
言葉や表現が統一されてないのは確かだけどそれは反省すべきことですか?
音声･画像処理､文献情報からの情報･知識抽出は取り組んでも
生物学的実験ﾃﾞｰﾀからの情報･知識抽出はばからしくてやれないってのはどうかな｡
生物学は覚えなければならない知識や概念が非常に多いのは確か｡
議論にもこれらの知識が要求されることが多いが､生物学者同志なら「常識」として
あえて説明しないので､参入者がどこまで分からないのかがわからないのです｡

>755
>バイオロジストに接触する理由も必要もないっしょ？
>だから逃げるんだよまともな情報科学者は。
>自分達だけでやっても変わらないし、その方がよっぽどましだし。

そういうこといってるからITバブルがはじけるんだと思う。
所詮コンピュータは、情報処理者からみて「一般人」が使って
なんぼのもんじゃない。ちがうの?コンピュータオタばかり集
って、そのオタが「専門以外のことは勉強するのがいや」「オ
タのままでどうしていけないの?」と開きなおっているように
聞こえる。

なんや問題の焦点がはっきりしてきたようだ。

確かに一部の生物学者の喋り方/考え方/用語の使い方に論理的でない
ことが多いのは認めるけどさ。

生物系の言っていることが正しいように思えるが、
印象としては情報処理技術者が生物を学んだほうが
将来性があるな。傲慢な生物学者が情報を学ぶのは
困難かもしれない。

傲慢かあ。
知識が複雑すぎて体系化が十分になされておらず、また未知の部分も多くて、
全貌を把握している人がいないということだけだと思うけどな。
情報科学は基本的に理論に立脚しているから、系の中で解けていない問題は
あっても、知り得ない部分はない。
生物学は事実に立脚しているから、知り得ない部分、例外部分が非常に多い。
そういう体系の差は理解してしかるべきと思う。

情報科学の本質は数物系と同じで頭のキレにあって、
少数の天才が学問を進展させ、残りの多数は既存の者を改良したり、
応用したりするだけなんだ。だからこそ、生物をきちんと勉強してほしい。
他人が作った体系を拾得しただけで、偉くなったつもりになっていて、
それを生物学者が理解しないからと見下してるようではまったくだめ。

背景の違いをきちんと理解できる情報科学者は、生物学の体系も勉強しているよ。
美学の追究をしているフリをしている情報科学者は、実質的に何もしていない。

情報処理技術者が生物を学んだ方が将来性ありかどうかというのは、
現時点では何とも言えない。
少なくとも、ゲノムの分野で本当に成果を上げているのは、
むしろ生物系でコンピュータを拾得した人が圧倒的に多いからね。
情報系は目立っているけど、実質的にデータベース「提供」以外の成果を
挙げていない。データベース提供が研究といえるんだろうか？
強いて言えば、中井健太は情報出身でありながら比較的いい仕事をしているといえる。
情報系からの参入者で彼くらいのレベルの人が多くなってくれば、
将来は明るいかもしれない。

http://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3422
立命の星、それが田中洸人

生物についての言葉じゃなくて、
どういう情報処理をしたいのかについて説明する時の言葉の事だよ。
生物学的に意味不明なんじゃなくて、
論理的、情報処理的に意味不明なんだよ。
ここの連中はそういうのも情報系の人間の勉強不足にしたい訳ね。
自分は情報の勉強何もしないで。

>>755
>当然結果がでるまでは思考錯誤がつきまとうが、
>バイオロジストはそういう行為まで否定的に見てるんじゃないの？

思考錯誤はまずいだろ。
アゲアシはともかく、試行錯誤の過程が必要なのはわかってる。
問題なのは、なにが問題解決の障害になっているのかが見えにくく、
情報科学者もそれを説明しようとしないことと、
どういったアプローチで障害を取り除こうとしているかを
示さないことです。
場合によっては複数の方法が考えられるだろうけど、
情報やがいいと思っても、生物屋の視点で見たら、
的外れなやり方であることは少なくありません。

>>764
>論理的、情報処理的に意味不明なんだよ。

ほら、やっぱりかみ砕くことを要求してるじゃん。
論理的かどうかはともかく、情報処理的に表せるくらいなら、
協力を求める必要があると思う？

>自分は情報の勉強何もしないで。

大半の実験系生物屋さんは情報処理について理解できるような頭脳構造は
してないよ。できない人に、なぜできないと問いつめたって詮無いこと。
情報処理の人もきっとそうなんだろう、といって話を終わらせても
いいんだけれど、もしそうなんだとしたら、バイオインフォマティクスを
やってるフリして金取るのはやめてもらいたいということなのさ。

繰り返しになるけど、生物の問題を解こうとしているのだから、
生物の勉強をするのは当然です。
生物を題材に情報処理の問題を設定してそれを解くのもいいけれど、
いまさらAlifeみたいなことをやっても、なんの価値もないのです。

>>765
いいこといいますねえ。
まったく同感です。

>情報処理的に表せるくらいなら、協力を求める必要があると思う？
これが全てを表わしてるね。

>生物学は事実に立脚しているから、知り得ない部分、例外部分が非常に多い。
>そういう体系の差は理解してしかるべきと思う。
これに近いことは、全体会議で話してる人いたよね。

ちゃちゃですが、
＞＞７６２
中井さんは、はじめから生物系だとおもいます。
もちろん、彼は日本のこの分野でいい仕事をしているとおもいます。

情報寄りのひとは一般性、普遍性に価値をおき、生物寄りのひとは多様性に価値を
見出します。
そのへんの差が共同研究がうまくいかない理由になっているかもしれませんね。

>>765
>>論理的、情報処理的に意味不明なんだよ。
>ほら、やっぱりかみ砕くことを要求してるじゃん。

違うんだよね。
多分伝わらないと思うんで例えで話そう。
研究室に配属されたばかりの学部生とはなしてると
何だかわかってるよーな、わかってないよーな、
やっぱりわかってないなー、って経験あるっしょ？
どの分野でも。
そういう感覚なんだよ。
いくらこっちが、いやそうじゃなくて、
そういう事を聞きたいんじゃなくて、って言っても全然だめ。

要するにこっちの言葉の意味を理解しようとしてないんだよね。
こっちはこっちなりに生物を勉強しながらやってんのに
そっちは全然やってないでしょ。

一つだけ確認すると、要するに生物屋さんは情報科学者
をテクニシャンとして使いたいだけなんでしょ？
情報系の研究の面白ろさを知ってる人間はそりゃ逃げるわ。

塩基配列やアミノ酸配列は単なる文字列に過ぎないけれど、
そこから種々の生理活性が発揮される訳で、その単なる文
字配列と機能との間に依然として、missing link（？）が
あると思います。そこが、いわゆるバイオインフォマティ
クスと生物学の連携の立脚点だと思います。しかるに、そ
うした共通認識・問題点の共有化ができているかというと
そうでもない、というのが、おいら現場指揮官の意見。バイオ
インフォマティックスをやっている人は「おいら解析屋じゃ
ない」と思うし、生物屋は「へん、こんぴーたに何がわか
るんや。生物学的に証明したんか？」ってなアホな議論が出
るわけです。問いたい。何が知りたいのですか？その上で、
情報科学的なアプローチが必須であれば、その価値観を共有
できる人と共同研究をすれば良い。バイオインフォマティッ
クスに予算が付くようになって、生物系学会での***情報科
学***系の発表が目立っていますね。けれど、大半はそれを
おもしろいと思ってやっているような熱意は感じられません
ね。生物屋から担ぎ出されてのこのこやってきたような人も
多い。一方、生物屋は、生物現象をどう明確に捕らえれば良
いか考えあぐねて、とりあえず、・・というやつも多い。で、
自分の実験的アプローチ＆結果と合わないと、目をそらす。
そうではなく、自分たちがゲノムから始まって様々な産物、二次
代謝産物、シグナル関連分子を同一視野に入れないと生物現象
を理解できないよ、という状況で、そうした多数の登場人物を
まとめて解析する手段や考え方は、バイオインフォマティック
ス（おおざっぱなくくりですが）に萌芽している、内在されて
いる、かも、と考えれば、わたしゃ、ねえ、聞かせてよ、一緒
に考えようよ、とスリスリしますけどね。それで、おいしい
人脈も拡がったし・・・。

>塩基配列やアミノ酸配列は単なる文字列に過ぎないけれど、
>そこから種々の生理活性が発揮される訳で、その単なる文
>字配列と機能との間に依然として、missing link（？）が
>あると思います。
化学（物理化学）をもっともっともっともっと勉強するべきだ。
確かにコードされているのはデジタルな文字列だが、
機能を発現しているのはアナログな分子なのだから。

>>768

生物やが情報やをﾃｸﾆｼｬﾝとして使いたいという捕らえ方は間違ってないかもね
実際は自分には解けない問題を解いて欲しいと言ってるだけなんだろうけど
穿った見方をするとそういうことになるよね

学部生と話してる感覚というのは的を射た表現だね
それ以上を求めることが出来ない相手であると捉えたらどうかな?
実際､様々な理由でその通りなのだし

逃げるのは､問題設定をする能力がないことの表れともいえるよね
設定された問題を解くだけなら頭使っててもただの作業なのだし､
それが大半の情報やの仕事だから仕方ないけど

逃げる、っていうのは生物屋さんから、って意味。
接触しても益ないから自分たちのフィールドに戻ってそこでやる。
当然自分たちで問題設定してね。

さあ、そうすると生物屋さんにとっては
「何であんな事やってんの？意味あんの？」って事になる事も増える。
しかし無意味にならないためのアドバイスはしない。できない。
結局テクニシャンが欲しいだけなんだから当然の態度なのかもねぇ。

情報系の人間がバイオを学ぶ方が良いという意見もあったけど、
こういう心理的な壁を考えると生物屋さんが受けいれる事のできる
彼等の「身内」が情報を学んだ方が良いと思えなくもない。

>化学（物理化学）をもっともっともっともっと勉強するべきだ。
>確かにコードされているのはデジタルな文字列だが、
>機能を発現しているのはアナログな分子なのだから。

それは正論なので、異議はないのですが、おいらの言いたかったのは・・
たとえ一分子の物性を徹底的に解析したところで、多数の分子ネット
ワークを解析する事は不可能な訳ですから、それらを解析する一手段
としてDNA・タンパクアレイがあるし、それをシグナルネットワーク
や代謝ネットワークの解明に応用しているわけです。その解析から出て
くる情報の解析は計算機の力無くしては不可能でしょう。さらに、一次情報
から読みとれる情報と機能をリンクさせるためにも、大規模解析手段
の発展と相まって、計算機の活用は不可欠なわけです。これまでのプ
ログラムやアルゴリズムだけで解析できるなら、そのソフトを使える
ようになるか、あるいは使える人と一緒にやれば良いかも知れませんが、
逆に計算機の活用を計るあるいは新しい解析法・アルゴリズムを考える
必要もあるかもしれない、ということでいわゆるバイオインフォマ
ティックス関係者との接点があり相乗効果をあげるべくコラボレーショ
ンが必要だと言う事です。そのためには、まずは、無論両方の分野に
対しての知識や理解があればあるほど良いかもしれませんが、根底には
「何を知りたいのか？」「どういう情報があって、何を導きだしたのか？」
についてものコンセンサス作りが双方にとって必要なのでは？

>>772
>接触しても益ないから自分たちのフィールドに戻ってそこでやる。

お金だけはもってってるから益はあると思うけど？
会話をしない方がよいという意味？
郷さんが怒る理由はここにあるわけだね。

>「何であんな事やってんの？意味あんの？」って事になる事も増える。
>しかし無意味にならないためのアドバイスはしない。できない。

そう。まさにそのとおり。
できない人にできないことを責めても仕方がないと言ってるじゃないか。
逆にいえば、そういうところから問題を掘り起こせない人ばかりが、
情報系から流れてきてるとも言えるから、できない人同士だったと
いうことだ。

>結局テクニシャンが欲しいだけなんだから当然の態度なのかもねぇ。

そうじゃなくて、テクニシャンに依頼する程度の問題特定能力しかないんだよ。
逆に言えば、情報側からどういう風に問題提起して欲しいか、
あるいはどういう問題ならやる気がするのか、ちゃんと提案すれば、
それに沿った提案をするでしょう。
生物屋は、解いてもらいたい問題を示しているのに、
それはつまらないというなら、どうしたら面白くなるのかを
具体的に示すべきなんじゃないの？

そんな面倒なことはしたくないっていうなら、わがまま、
あるいは能力の欠如と捉えざるを得ないでしょうが。

>>773
>「何を知りたいのか？」「どういう情報があって、何を導きだしたのか？」
>についてものコンセンサス作りが双方にとって必要なのでは？

そうですね。しかし「何を知りたいのか」の部分が難しいように思います。
問題を理解し取り組むには背景知識が必要です。
三平方の定理を知らなければ、どうして証明しなければいけないかにも
考えが及ばないからです。
したがって問題の共有のためには、一定以上の背景知識の共有化が不可欠です。
>>767が
>情報寄りのひとは一般性、普遍性に価値をおき、生物寄りのひとは多様性に価値を
>見出します
といってるけど、生物系の人だって一般性、普遍性に価値を置いている。
ただ、盲目的にモデルをたててもうまく行かないから、
材料となる事実を収集からはじめているだけのこと。
事実のうち、普遍性を導くのに必要、あるいは重要なものがどれか、
判断が付かないからいろいろな材料を集めてくる。
もちろん、材料を集めているひとの大半は収集してるだけで、
自分でモデルを立てる力はないが、収集しておけば頭のいい人が
体系としてまとめてくれると思ってる。
そしてその頭のいい人の役割を、情報学者、あるいはコンピュータに
求めているというのが本当なんだと思う。

しかし、情報学者はそこまでしたいと思わないというのが本音でしょう。
かといって、問題が把握できてないから何をどこまでやりたいわけでもない。
面白い問題を与えてもらうのを待っているから、過剰な期待に応えられず、
逃げたくなってしまうわけ。

どうですか？

文科省、
科研費によるバイオインフォの研究者育成に東大など４機関を採択

文部科学省は、東京大学、産業技術総合研究所（産総研）、慶應義塾大学、
奈良先端科学技術大学院大学の４機関を、2001年度科学技術振興調整費に
よるバイオインフォマティクスの人材育成機関に選出したと、９月３日に発表した。

> 頭のいい人の役割を、情報学者、あるいはコンピュータに
> 求めているというのが本当なんだと思う。

そんなもんなんですか。
しかしながらCS屋は、問題を解くための計算モデルを提示していくのには
なれていますが、データそのものに対しては素人である場合がほとんどですからね。
（金融分野とかでもこれは言えるかも）
と言うか、それはある意味CSの宿命。それを乗り越えなければならないのが
この分野なんですよね。
自分はCSバックグラウンドだけど、生物を一からやるのはほんとに骨がおれます。
幸い、うちの大学では分子生物学の教授がドキュソレベルのとこから教えてくれる
ので、何とかやってますが。

アメリカでも、まだBioinformaticsのプログラムは試行錯誤している段階みたいです。
特に、異なったバックグラウンドを持つ学生をいかに上手くまとめてトレーニングして
ゆくかと言う点が難しいようですね。Bioの学生も、C++でがんがんコーディング
できる人もいれば、UNIXのコマンドすらほとんど知らない人もいますしね。
逆に自分は、自分が今Perlでいじってるデータ（たとえばPDB)の意味を理解するため
の勉強をしている、と言った感じです。

確かに「バイリンガル」じゃないとやってけないですね、この分野。

>>776
Ｋ久先生さすがに落選したか(ｗ

http://www.mext.go.jp/a_menu/kagaku/chousei/saitaku/13/010901/g.pdf

>たとえ一分子の物性を徹底的に解析したところで、多数の分子ネット
>ワークを解析する事は不可能な訳ですから、
確かに要素還元主義ではなく、全体としてとらえる方向で解析していこうと
いうのであれば、分子（原子）レベルのでの解析は必要ないかもしれない。
個人的には非常に興味があるが、極めて困難な課題だと思う。
しばらくの間は何もまともな結果が得られなくても、かなり忍耐強く
仕事を続ける必要がある。今のご時世だから、かなり攻撃されるかもしれない。
それでも、どうしてもやりたいと言うのなら、頑張って欲しいと思う。
ついで言うと、生物系とか情報系とかそんな低レベルの議論には関わらないで欲しい。

＞＞778
NAIST にあの土居氏の名前がありますね。東大は誰が教官になるのか不明でぁゃしぃです。
慶應は、北野氏、冨田氏っぽいですな、憶測ですが。

NAIST客員でGo先生(♂)がいるね。
KOは理工に生命情報学科つくるらしいじゃん。
でも、富田さんはこっちに行っちゃうんじゃないの？
http://www.ttck.keio.ac.jp/IAB/
北野さんはERATO後はKO行くのか。

>>780
土居さんって良いの？
研究者のセンスってやつを教えてくれるのかな。

産総研が一番妖しいな。

>>778
東大は年に学部生20人、院生やポスドクを6〜12人
慶応は年に学部生40人、M25人、D15人、ポスドク8人
NAISTはMを年に6人、Dを2人

産総研はリーダーと学際研究者とアノテーターと企業研究者と
受託学生を育てるらしい。アノテーターってなにするの？

東大の部分、誤字多すぎる。

＞＞784
> 受託学生を育てるらしい。アノテーターってなにするの？
配列などのデータベースにデータを記載するときに、各データに意味付け
をしますよね。その意味付けのこと。
具体的には、Fetures, Definition などのフィールドの内容、
他のデータベースへのリンクなどなど人が追加する部分。

簡単そうなことですが、量が多すぎすのが現状で、研究者がやるには多す
ぎだし、バイトがやるには高度な内容や判断を要する微妙なところ。大量のデータを生産するところ、シーケンスセンターなど、では自前で育
成するのが大変だとか。

であたっているかな？

>>778
さすがに2chは早いな。まともな情報が手に入る。
nikkeiなんて >>776 で終わっていて役に立たんっ！

機関別の詳細な内部情報は無理かな…

>>742
ROSETTAに関する論文読んだけど、予測屋がNMRから得られる情報を使うと
結構精度良く予測できる「場合がある」という程度でしょう。
まあ、少しでも実験データが入れば予測の精度が向上するのは当然予想されることだから、
こういうアプローチは有効だと思うし発展する可能性は十分あるでしょう。
但し、現段階でNMR屋がこういうソフトを使うかというと、それはちょっと疑問。
初期構造として使用するには、まだまだ信頼性が低すぎるのでは？
とんでもない構造から出発して帰属すると・・・。

>>742
787さんの懸念（間違った構造の可能性）には同意。
きっと私と同じような経験のあるかたなんでしょう
（一度間違った構造に収束しかけて、そこからの脱却に
偉く苦労したとか・・・・苦笑）
でも5年間で3000個とか一人年間ノルマ10数個とかなって
きたら、構造なしで確実なNOEを必死にマニュアル帰属ちゅう
わけにもいかないかな、という気もしてますんで。
要は「間違った構造に行かないようなfail-safe」があれば
いいわけで、それは実は3D-1Dのスコアを参考にするとか
化学シフト予測のデータと比較するとか、これから改良余地ある
新しい方法論があるにはあります。それに期待しましょう。

>>788
確かにNOE帰属の高速化・半自動化（できれば自動化）は
色々な手法を用いて改良するべきだとと思います。
個人的にはピークピック（ピーク認識）の部分にも大いに
改善の余地があると思います。
ところで、この課題ってまさに情報処理屋には取り組みやすい
ものだと思うのですが。。。
できれば分業するのではなく、実際に情報処理屋にも
実際に帰属の苦しみを味わってもらえれば
きっと本当に使えるシステムが出来ることは間違いなし？

>>779
> ついで言うと、生物系とか情報系とかそんな低レベルの議論には関わらないで欲しい。

こだわってるのは生物屋の方．自分で気が付いていないから困る．
バイオインフォマティクスは生物でも情報でもない新しい分野，
っていうぐらいの気持ちになれんもんかねぇ．

>> ついで言うと、生物系とか情報系とかそんな低レベルの議論には関わらないで欲しい。

>こだわってるのは生物屋の方．自分で気が付いていないから困る．
>バイオインフォマティクスは生物でも情報でもない新しい分野，
>っていうぐらいの気持ちになれんもんかねぇ．

確かに、「全体としてとらえる」のであれば全く新しい学問体系を
構築するくらいの気概がないとやっていけないだろう。
頑張って下さい。真面目にそういう仕事をする人は必要だと思いますので。

ちなみに、私は矢印が好きな分子生物屋ではなく、化学をベースとした
生物物理化学屋のつもりなので、この先も基本的には要素還元主義で
仕事をしていくでしょう。

ふｰん､生物でも情報でもない､か｡

その部分は立派だけど､余計なマクラつけちゃってるから､ちと味噌付けちゃったな｡
「こだわってるのは生物系」って､対立の構図を作った上で一段高いとこにいるフリしてさ｡
生物屋は泥臭い仕事してて上の階層がどんなものかわからないし､泥臭い仕事抜きで
全体把握出来るとも思ってない｡

立派な構想を上げるのはいいが､机上の空論に走りすぎて足を掬われないようにな｡

>>789
>できれば分業するのではなく、実際に情報処理屋にも
>実際に帰属の苦しみを味わってもらえれば
>きっと本当に使えるシステムが出来ることは間違いなし？

激しく同意。北陸先端ではT先生が情報の専門家を引き込んで
かなり精力的に「新しいもの」をつくっているらしいです。
T先生の話はいつもとても面白いです・・・

でもまあふと思ったのだけど、蛋白質の構造決定の際に
非常に様々な計算化学的手法が使われるわけですけど、それ自体を
開発する人たちはバイオインフォマティクスには含まれて
ないみたいですよね。ここの議論を見ると。分光学のデータ処理専門家とか。

結局ここでの議論がかみあっていないのは、「生物系をネタにして
情報処理をするならみなバイオインフォマティクス」っていう広義
な概念は予算獲得のときのみ使われていて、実際に学問としての
バイオインフォマティクスはあいかわらず配列情報のアラインメント
やせいぜい2次・3次構造予測くらいまでの狭義のものにとどまってい
る（あるいは認知されない）からじゃないでしょうか？

>バイオインフォマティクスはあいかわらず配列情報のアラインメント
>やせいぜい2次・3次構造予測くらいまでの狭義のものにとどまってい
>る（あるいは認知されない）からじゃないでしょうか？

たぶん多くの生物系の人間はその程度の認識しかないでしょうねえ、残念ながら。
どうやら実験データしか信じられない人間が多いせいかな？その検証はまともに
できないのにね。そこから発想をふみ出せない人間を何人も見ています。で、情
報科学的なアプローチを示すと拒否反応を示す馬鹿が一杯います。「実験的に証
明されているの？これまでの知見に矛盾しないんですか？矛盾してますよ・・・」
等々。こいつら馬鹿かと何度も思います。おめーらが解決できるデータだせねー
じゃないか、でも、こうやって別の（情報科学的な）アプローチもあるんだぜ、っ
て教えてやっているのにね。それは結局wetをやる人間にも絶対役に立つのに。
てめえの立場を危うくしたくない訳ね、というと流石に喧嘩になるので、いつもそ
う言って挑発しています。

ぎゃくに755のような馬鹿がいるわけだ。
>情報科学者にだけ一方的に努力を求めるなら情報科学者としては
>バイオロジストに接触する理由も必要もないっしょ？
>だから逃げるんだよまともな情報科学者は。
>自分達だけでやっても変わらないし、その方がよっぽどましだし。

周りを理解できない低脳の戯言だね。で、金だけは欲しがる。こういう人間は、まあ
ともかく低脳だし、バイオと一緒にやることはおろか、情報科学でもまともにできる
人間ではないね。だって、自分で自分を「おいら村の中でぬくぬくしていたいんだも
の」と、３才のガキと同じことを堂々と言っているんだから。まあ、非主流の低脳大学
の馬鹿学科の、さらにあぶれ学生だろうがね・・。

>>ひとりごと
飲んでるのか?あれてるな｡

生物学の既存の知見は地に足のついたもの。ここに不足があるにしても、新しい方法が矛盾する結果を出すのでは
信用されないのは当然。
ﾊﾟﾗﾒｰﾀを変えればいいなら適切な値に調整して無矛盾にしてから示せ。
まちがった結果を導くやり方を使いたい人などいないのだから。
代わりに、示す具体例は端的であれば1,2例でよいので大した労力じゃないはずだ。
提示される側には大した労力であるのだが｡

まだ院生なんですが質問です。

極端な話、配列の修飾や、フォールディングや、相互作用や
ネットワークや発現パターンや局在などのデータをあるひとつ
の生物についてすべて調べれば、生物がどういうものであるか
理解できると考えてるんですか？（素朴な疑問です。）

僕に考えられる、
現在できそうなことは実験にしても、理論にしても
最終的には、データベースづくり（データをだす、その検索方法などを開発する）
でしかないんですが。

みなさんはどんなことができたらいいなぁと思ってるんですか？
現実的なものも理想的なものもどちらでもいいので聞きたいんですが。
よろしくお願いします。

「相互作用」とか「ネットワーク」という言葉を気軽につかっちゃうと
わかったような気になるだけで、何もわかっていないことがわからない。
大部分の生物学は、記載することから始まるから、データベース作りを
目的にしてもいいし、新しいデータベースから始まる分野もあるだろう。

>> 796> 最終的には、データベースづくり（データをだす、その検索方法などを開発する）
ってのは生物学的な知識を発見する手段のひとつでしかないことを自覚す
るべきでしょう。（なんか、えらそうだな(^_^;検索方法の開発は、生物学的知識に基づいたヒューリスティクスによって
すすめられるものだし。
で、最終的なのは、生物学的な知識を得ることでしょう。

読んでいると、けっこうバイオ系とCS系の人が対立しているような印象を受けるのですが、
実際そんなもんなんですか？
バイオロジストがCS屋に求めてるものは結局便利なデータベース屋なんでしょうかねえ、うーむ・・・。

個人的にはデータベース構築、そしてそれに付加価値をつけるデータマイニングなんかも
トピックとしてはそれなりに面白いと思うんですが。そういった人々がテクニシャンとか
ソルジャーとかにカテゴライズするならば、俺は別にそれでもいいや、と思ったりします。
CSは研究も面白いけど、実際に稼動するシステムを構築すると言う部分に意義を感じる
人間もけっこういると思いますね。この辺りがカルチャーの違い？

生物学研究はボトムアップ式に行うのが基本｡
大規模ソフトウェア開発は設計が経験ある少人数によるトップダウン式、実装をボトムアップで行う。
したがってこの二者は相入れる。
しかし、情報科学は必ずしも経験あるリーダーによるプロジェクトではない。
が、トップダウン式に進めることを強く望んでいることが多い。
経験と対象についての知識が乏しいひとがリーダーシップをとろうとして
行き詰まっているのが現状のようにみえる。

>>799
生物学研究でもゲノム研究はトップダウン式だろう。
情報学・生物学に関係なく、ゲノムはトップダウンだ。

>極端な話、配列の修飾や、フォールディングや、相互作用や
>ネットワークや発現パターンや局在などのデータをあるひとつ
>の生物についてすべて調べれば、生物がどういうものであるか
>理解できると考えてるんですか？（素朴な疑問です。）

できません。バイオインフォマティックスは
ＩＴブームの煽りを受けてお祭り騒ぎしてるだけで
中身はなーんにもありません（藁）

>>798
激しく同意。

>実際に稼動するシステムを構築すると言う部分に意義を感じる
>人間もけっこういると思いますね。この辺りがカルチャーの違い？

こういう人が現在のバイオインフォマティクスにはまだまだ少ない気がする。
稼働しないシステム。高いプライド。わがままな要求。低レベルの仕事。
一致しない利害。

>800
ゲノムプロジェクトは設計：トップダウン、実践：ボトムアップ。
ゲノム研究はゲノムプロジェクトそのものではない。
そして、現在の段階はトップダウンともボトムアップともつかない
手探りの研究段階と思う。

トップダウンを使うには、プロジェクト全体を概観できるトップが必要だが、
現在はまだその状況にあるとは思えない。
まだ、トップダウンが使える状況にないバイオインフォマティクスは
一極集中の予算編成より、ばらまき型のにして頭角を出すヤツを探す方が
効率が良い。現実はそうなってるようには見えないが。

>804
そうか？結構予算は無意味にばら撒かれているぞ。
それに対する批判が上のほうにさんざん
書き込まれていたではないか。

トップダウンではある。
しかし、そのトップが何の考え（る能力）もなしにばら撒いている。

俺にもちょっと暮れ。
先っちょだけでいいから。

はじめまして、2ちゃんねるには全然縁がなかったのですが、
質問の掲示板に書きこみをしたら親切な方がここをおしえて
くれたので質問をそのまんま、貼らせてください。
どなたか教えてください。
たとえば、アミノ酸配列が分かっているあるたんぱく質の
立体構造の予測を立てたいとき、そのアミノ酸配列を入力
したら、３次元で見れたのですが、融合タンパクの立体構造
を見ようと思いそのタンパクとタグタンパクを、ドッキング
した配列を入力すると、タグタンパクだけが表示されました、
前に試した他のタグタンパクとくっつけたものはちゃんと
表示（大きさ的に）されたと思っていたのですが、これも
果たして本当の予測なのだろうかと心配になりました。
　CBSの立体構造予測の三次元構造の絵は既知のはタンパク
から予想される入力した配列の絵ではなくて、入力した
タンパクと最も似たデータベース上のほかのたんぱく質
の絵が出てくるのでしょうか？
　知っている方よろしければ教えてください。

>>808
Yahoo!から来たのね。

でも、質問の意味が分からんです。

> たとえば、アミノ酸配列が分かっているあるたんぱく質の
> 立体構造の予測を立てたいとき、

比較モデリング（ホモロジーモデリング）だよね？

> そのアミノ酸配列を入力したら、

どこに？？
ツールは何使ってる？？
自動モデリング？？
サイトはどこ？

> ３次元で見れたのですが

モデルが返ってきたのね。

> 融合タンパクの立体構造
> を見ようと思いそのタンパクとタグタンパクを、ドッキング
> した配列を入力すると、タグタンパクだけが表示されました、

表示って、分からん。
自動モデリングだったら
鋳型構造が2つ以上になってしまうときは、どっちかしか
使わなくなってしまうんじゃない？

> CBSの立体構造予測の三次元構造の絵は既知のはタンパク

CBSって知らない。教えておくれ。
三次元構造の絵って、座標データ(PDB)のこと？

んと

このスレも立派に育ったね

対立こそ我がエネルギ〜

テロは止めてね。

エキサイトするね！

すみません、説明不足でした。
やってみたいことは、モノクローナル抗体がどこを認識したかを3Ｄで
示したらきれいだと思ったので、抗原は大腸菌発現の融合蛋白でした
がはじめに目的蛋白のアミノ酸配列だけ
をhttp://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/に貼り付けた
のですね、そしたらあとから、メールが送られてきて、ファイル
がついていたのでそれをrasmolにぶち込みました。それを見たら、
ほかの動物種の同じ蛋白と似ていたので、このサービスはアミノ
酸配列から、モデリングができるのだと思いました。
　その後に、タグとの融合蛋白アミノ酸配列を入れたらどのように
なるのだろうとおもって、それを入れてみたらファイルが送られてきて
またラスモルでみたら、３Ｄの構造がでてきました。それではタグ蛋白
だけだったらどうなのだろうと思い同じことをやってみたら、さきの融合
蛋白の３Ｄとまったく同じ物が出てきたので、もしかしたらこの３Ｄは
アミノ酸配列を入力すると、それに最も似たデーターベースにすでに入っている
蛋白質の３Ｄを見せてくれるだけで、データーベースを基に新しい蛋白質の
３Ｄの予測を立ててくれるのではないのではないかと思ったのです。
もし未知の蛋白をアミノ酸配列から大体の予測ができるツールがあれば教えて
いただきたいのですがお願いします。

北里の先生のとこでやってるんじゃない?
でも基本的にモデリング法は確立してないし､素人がやるには難しいことが多いから
知ってる人と組んだほうがよいよ

構造がわかってるタンパクがないと、事実上三次元構造の予測は無理

情報ｼｽﾃﾑ板にｽﾚができたけど、
全く興味ないらしい。鬱だ…

>>815
要するにプレゼンで使いたいと。。。
そのレベルだったら色んなサイトがあるからモデリングしてくれると思いますよ。
リンクを集めてあるのは、例えばここら辺とか見れば分かるでしょう。
http://www.rcsb.org/pdb/links.html
有名なのは例えば次のサイトかな。
http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
詳細な解析をしないのならWebサイトで十分でしょう。
ちなみに、ホモロジーモデリングとab initioな予測とは分けて考えた方がいいです。
もっと言うと何をやりたいかによって使える手法は限られてきます。
側鎖の配向を気にするのであれば、X線結晶構造解析（場合によってはNMR）
でないと、あまり（全然とも言う？）信頼できません。

てなことが分かる専門家と共謀するのが吉かと。

>>817
そうですね。ANNでも結局トレーニングセットがないと無理ですからね。
まあ、それでも既存のデータベース（PDB)からある程度の結果が得られる
ならば、それなりに役に立つんじゃないですかね（素人考え？）
ANN使って二次構造予測するプログラムの下請け手伝ったことあるけど、
パラメータの設定をどうやって見当つけてるのかよくわからんかった・・・。

>>818
確かに少ないかも。ウチの大学も、ほとんどが生物学バックグラウンドの人です。
しかも情報系の中では、「AI流れの連中がまた花火上げてる」とか言われてるし（泣）
今後５年が勝負かなあ？

>>818
情報システム板はいまや厨房就職板と化してるので当然と思われ．
情報科学の議論はプログラム技術板でやってる様子．

>>822
プログラム技術板の何ていうスレ？

>>820
私は専門家ではありません（藁

私のようなものが専門家と思われてしまうことがちょっと問題かな？
ちょっと勉強すれば、これくらいの知識は身に付きますよ。
重要なことは、「自分が何を知りたいか」と言うことを
しっかりと認識することだと思います。
それによって何を勉強すべきかは必然的に分かってきます。

>>815
CBS逝ってみたよ。
ISMB2001開催してたとこなんだ。
良いこと知った。
ところで、試しにＧＳＴ融合タンパク質でモデル作ってみた。
予想通りＧＳＴのモデルだけを作ってくれたよ。

このサイトの自動モデリングでは大まかに
1) 鋳型構造の検索
　 　↓
2) アラインメント作成
　 　↓
3) モデル構築
って感じでやってると思う。

815が入れたやつでは 1)でタグとの相同性のある配列と
抗原との相同性のある配列が、高いスコアのあるものとして検索されたはず。
だけど、一番高いスコアの構造を鋳型として用いるので
この場合は、タグと相同性のある鋳型構造に基づいて
モデルを構築した、っていう話だと思うです。
なんか偉そうでスマソ。

>>816
北里のはFAMS。
最近、名を上げたね。
> でも基本的にモデリング法は確立してないし
基本的な方法論自体はかなり前からあります。
でも、難しいところもある。

>>819=824
何屋さん？
比較モデリングって、モデルの構築自体はとても簡単なのに
知ってる人は少ない印象があります。
日本語の文献ってあるのかな？
> 側鎖の配向を気にするのであれば、X線結晶構造解析（場合によってはNMR）
> でないと、あまり（全然とも言う？）信頼できません。
モデルってことで許してください。
簡単なものは１時間あればできるし。

>>825
私はいわゆる構造生物屋です。

>モデルってことで許してください。
>簡単なものは１時間あればできるし。
許すも何も、それを信用あるデータとして扱うか否かは
あなたが決めることです（藁

実際には、X線だって直接データとして得られるのは
回折強度（そこから計算できる電子密度マップ）であり
原子座標はそれに確からしくフィットすることの出来る「モデル」なのです。どのモデルを信用して使うかは解析する人の問題なのです。

繰り返すようですが、何が知りたいか、そのためには何を使わなくては
いけないかということを認識して下さい。場合によってはX線ではなく
他の分光学の方が向いている場合もあります（と彼らは言っている）。

>許すも何も、それを信用あるデータとして扱うか否かは
>あなたが決めることです（藁

そのさじ加減がわかるのが専門家ではないかと。

>繰り返すようですが、何が知りたいか、そのためには何を使わなくては
>いけないかということを認識して下さい。

一人でできることには、限りがあります。
無限の時間があればできるのかもしれないけれど、
有限の時間の中で解決しようとすると、一定の制約があります。
ここは、わかる人共謀してやった方がいいと思うんだけどなあ。

情報システム版って逝けないけど？

>ai花火
それは正しいものの見方ですな

正しいのか…　>AI花火

>>827
>そのさじ加減がわかるのが専門家ではないかと。

解析作業そのものを誰か専門家に任せて、結果が出て、解釈して
でも最終的にあなた自身もその結果を何らかの形で扱うわけですよね。
であれば、その扱う行為そのものはあなた自身の決定によるものだと
思うのですが。。。

>一人でできることには、限りがあります。
>無限の時間があればできるのかもしれないけれど、
>有限の時間の中で解決しようとすると、一定の制約があります。
>ここは、わかる人共謀してやった方がいいと思うんだけどなあ。

確かに、解析作業そのものをその制約のために他人に依存することは
よくあることだと思います。私は何も全部一人でやるべきだとか、
全ての方法論について詳細に知っている必要があるとは言っていません。
ですが、誰かに（かなりの程度）依存するにしても、その誰かと話を
始める段階では、目標設定とあなたなりのその方法論に対する認識が
あるはずです。ですから、少なくともその誰かを選んで相談が出来る
程度の認識は必要だということです。
勿論、最初に自分で思っていたのと専門家の答えとは違うかもしれません。
あなたが納得できるような答えは得られないかもしれません。
場合によっては相談すべき専門家を変える必要があるかもしれません。
ですが、とにかく、最初の目標設定はあなた自身が行うはずであり、
その誰かが行う解析作業によってその目標が達成できるかどうかは
あなた自身が判断することです。これは、ほとんど専門家の意見に
依存していたとしても同じです。

例えば、単にプレゼンするための絵が欲しいのであれば、既に論文で
発表された手法（一応業界で認知されているものという意味）で
モデリングして、その座標データを基に絵が出来れば（これが重要）、
目標は十分達成されているように思います。
後になって、かなり構造が違っていたとしても、プレゼン用の絵としては
機能するわけですから。

また、立体構造から一連の変異体を用いた実験結果を説明したいような
場合であれば、座標データから納得できるような説明が出来るか否かが
全てです。

プレゼンの絵として使えたのかどうか、変異体実験の結果を説明できたか
どうかは、あなたご自身が判断するはずです。

>>831

それらしけりゃオッケーってか（藁

だから大御所先生はますます偉くなるんだよね

そろそろ GIW 2001 のポスター発表の投稿準備で忙しいのでしょうか？

東大が…

案外大先生の所が一番バイオインフォは進んでいるかもしれんぞ。
あそこは外部から優秀なのが来ているからな。
研究室住まいで少しＰＧが出来るからコンピュータサイエンティスト
でございと偉そうにしている連中とは格が違うよ。

>>836
馬鹿じゃないの?

>>837
お前がな（笑）

>> 836
進んでいると思える具体的な理由希望

> あそこは外部から優秀なのが来ているからな。
だれ？

郷先生はすごいと思う。

GIW valueless

ははん､想定してる大御所先生がそれぞれ違うのだね
ではここで大御所先生を挙げてみよう

ははん、だって、ははん・・・(ぷ

>>843
恥ずかしくないの？

郷先生萌え

>>836はただのフカシ野郎だったってこと？
なんか、具体的人物像が浮かぶな。
実験屋と情報屋のノリ氏。
書き込んだのは当人じゃないと思うが。

いや、全然違うよ。ちなみに外部から来たのは２名だ。
ミーティングに出ている連中なら察しはつくだろう（笑）

う？
なんか聞いてないことばらしてる？

解説せよ

>>847
相当する大御所って、、、、ひとり、ふたり、さんにん、よ・・・にん、、くらいかな？

じゃあ国内でどこが一番すすんでるんですか？

キタサトでしょ
CASPの結果はごまかせないよ

>>852
参加者数知ってる？

しらない。
でも参加しなかったチームは棄権でしょ

４チーム出場２チーム棄権だったはず。
時間制限が相当きつかったそうな。

1位はすごいと思うけど、Bakerとかと同類に扱わない方が良いと思われ。

ていうか、日本の他のチームはぜんぜんだめじゃん。
真っ当にやれたのはキタサトだけだよ。

odaiba ha dame dame XX

机上の空論だけでバイオインフォやってる所などダメダメで当然。
測定した生データを大量に持ってる所が一番強いのよん。
国家プロジェクト万歳〜！

R研ですか？

同意。
冷静に考えると「モデリング」という分野は今後尻すぼみ間違いなし。
バイオインフォマティクスのなかで唯一生き残れるのはデータマイニング
的手法と、DNAチップなどのデータ処理技術と、立体構造決定に対する
計算科学的貢献。これらは生き残る。
モデリングと立体構造予測は、すぐにも尻すぼみだと思う。

>>858
使える未公開生データをどの程度持っているか、
で勝負は決まるよな。
いい点ついてる -> 858

フォールドがほぼ間違いなく予想できるようになったら、
尚更、精密な構造を決めないと「意味無いじゃん」となります。

ならないです　＞８６２

なぜなら、予測した構造で特許はとれません。
仮にとれたとしても、そのあと追っかけで別のグループが実際に
構造をといて、そちらが特許をとったら予測構造はお蔵入りです。
構造解析は今後ますます簡単かつ短時間でできるようになります。
だから予測の技術はまず企業から見放されるでしょう。
これほど「いくらやっても特許には結びつかない」分野も
珍しいです。遺伝子配列や構造座標ですら特許になるのに。
産業からの需要の見込まれない技術は、草々にすたれるでしょうし、
経済産業省が投下している現在の予算は、無駄金ということにな
ります。

Ａ山プロジェクトにお金の投下を決定した経済産業省バイオ局のお役
人の人にはやいところ引責してもらいましょう。

862ですけど、基本的には863とは同じ意見だと思うので、念のために確認。

ならないのは、「フォールドがほぼ間違いなく予想できるように」
ならないということですね。

私が言いたかったのは、フォールドはほぼ間違いなく予測できるように
ならないだろうし、仮になったとしてもその時には低分解能で
フォールドを決めても面白いこと（原子レベルでその分子の
機能を説明したりすること）はほとんど分からないので
X線でより高分解能の構造を決める必要があると言うことです。

だから、結局構造解析をすることになる。

データ持ってることだけが強みってのも、悲しいね。

>>865
持ってないのがアレなだけだと思われ

863です。
864さんも問題点をちゃんと把握してくれているようでうれしいです。

でも、もしもほぼ正確に側鎖までも予測できたとしても、現在の
特許制度では、あとから構造を決定したらその構造特許に確実に
ひっくり返されます。予測した構造は「発見」「発明」には
該当しないからです。これは制度が変わらない限りムリで、制度は
変わらないでしょう。

>>865
それはいまのバイオインフォマティクスが誰にでもできることばかり
やってるからだよ
生物屋や生物物理屋が逆立ちしてもできないことをすれば状況は変わる。
いま力を持ってる人にはまず無理なことだけど、だからこそ若い人が一旗挙げられる土壌があるんじゃないかな。

一旗挙げるためには貧困な発想じゃ駄目だ。
生物学、情報科学の知識はもちろん、もっと幅広い知識を求めて発想を豊かにしよう。
今の大御所は度を越えた不勉強ばかりだから。

>>867
特許庁はそんなに頭固くないよ
ほんとに実用的になったら制度も変わるさ

８６７です
いや俺が頭が固いだけなのかもしれないけどさ。
でも特許の大原則「発明」「発見」はいずれも事実に
基づいていなければならないわけだから「予想・予測」
では特許にならないだろう？
特許庁がいくら頭がやわらかくても、その見方はちょっと
楽観的過ぎるよ。

じゃあCASPでいい成績を収めてもKitasatoのやってることは
日の目をみないと？　

>>870
予測方法の確立という方向性があると思うけど？

特許庁に知り合いがいるんだけど、結構よく勉強してる。
できる限り、特許を取ってもらいたいんだそうだ。
ただし、基準を甘くするわけにはゆかないから、
客観的かつ妥当な基準を策定するよう日々研究してるみたいだよ。

>>872
基準を甘くするとアメリカにすべて持っていかれそうだ。

＞８７２
もちろん「予測法」では特許はとれます。でも予測した座標でとった特許の有効性は弱いでしょう。

たとえば８７２さんがAというタンパクの非常によい立体構造の予測を
したとします。そして運良くその特許が成立した。それを追っかけで私が立体構造を結晶で決定したとします。
主鎖は非常によくあっているけど、側鎖はちょっとちがっていたり、
結晶水が見えたりする（つまりどっかかしら＋アルファの情報が
必ずある）。で、僕がおっかけで特許を申請して、その
構造をもとに薬を開発して大儲けをする。まず追っかけで特許が
成立するか。これは現行法では成立するでしょう。でそのあと裁判になったときに８７２さんが取得した予測構造の特許で
後から追っかけの特許にたいして勝てるか？

特許局の友人に、いちど是非質問してください。

あと特許の維持料とかももっと安くしないとダメだと思います。
もしあとから構造とかれたら負けてしまうような特許だとしたら
コストかかるから企業は特許をとろうとしないでしょ。

特許の審査って、結構大変なんだぞ。
特許維持だって、あまり長くされたんじゃ、みんなやる気半減だろ？
まあ、制度とかなんとかとは別問題だと思うよ。

文部科学省的にはオッケー。
独立法人化が本当だったら、特許制度はすごく大問題。
経済産業的には、ペーパーなんてどうでもよくて特許がすべて。
でも、制度の遅れで日本がすごく損している。たとえば審査のスピード。
アメリカの特許審査制度の能率より5倍くらい悪いよね、日本の特許庁は。
そのせいで、日本のハイテク産業とくにバイオとナノテクが国際競争という
てんからもえらい被害をこうむったというのは業界では常識だよ。
バイオインフォマティクスの分野で、また同じことを繰り返すのかな？

>>874
なんか前Protein Crystallographyの教授が言ってたのはこういうことだったのか。
曰く、情報系の教授（ANNで立体構造予測をやってる）の研究が完成すれば
俺たちは失業だ。でも、今８０％正確な予測を達成したとして、それがこれから
１００％に近づく保証は何も無い。

うーん、将来は暗いんですかねえ？

>>877
80%って、何が80%なの？
座標データだったらrmsdとかで言って欲しい。

それと、863, 864あたりの発言をあんたはちゃんと読んでないのか？
側鎖までばっちりと実質的には予測できないと意味がないんだよ。

>>874
X線の構造だけあってもそれだけで薬なんてほとんど出来ないんだよ。
ドッキングをシミュレートして、化合物をいくつも合成して、実際に
複合体の構造を解いていって、それで「運が良ければ」合理的に出来る
と言うのが現在のレベルだ。蛋白質単体のX線の構造を基に予測された
複合体の構造なんて、とても当たっているとは言えないものがほとんどだ。
可能性を絞るくらいのことしかできないんだよ。

>878
それでも可能性をしぼれば確かに薬の開発は効率よくなるので
一応それをうりにして特許は申請できるし米国では成立もする。
でも、そのとき特許の対象となるのは、ドッキングのもととなる
データ(この場合は座標)であって、モデリング後の座標はいわば
おまけだ。
だからもし一次構造だけから構造が精度よく予測できるようになった
としても、そのとき特許の対象になるのは一次構造で、その配列情報
の特許の請求項に「この配列から無断でモデリングしたらいけません」と
いう一行が付け加わるだけで、やはりモデリングしたデータそのものだけで
特許の対象になるとはとても思えない。

小数の計算科学者やソフト会社がモデリング法の特許をとって、あとは
おしまい。最近は最短一ヵ月で構造がとけるから、使える精度のモデリング
に一ヵ月以上かかるようだったら、実際に構造解いたらぁ?つうことになる

>>879
50%のホモロジーがある鋳型があっても、側鎖の向きはかなり
あっちこっちに向いている。
もっと言うと活性部位のポケットの側鎖が薬と結合することによって
色々動くようだと、結局複合体のX線構造を決めないと話にならないよ。

使える精度のモデリングって、絶望的に難しいような気がする。

ちなみに、私が明細書を見た限りでは、米国で成立しているのは
座標そのものではない。座標を基にどの原子とどの原子と相互作用
することを特徴とする阻害化合物といった請求項だった。

本物のタンパクは側鎖がばっちり決まった方向向いてるんだろうか?
X線の結果からのイメージじゃないの?

場所に依存はするが2.5A切れば、一応決まっている。
2.0A切ればばっちりと言っていいと思うけど。
活性部位でも決まっている側鎖は決まっているよ。

だからさあ、水溶液中では、けっこうフレキシブルに
うごいてんじゃないの？

>>880
50%程度の配列相同性があって、同じ化合物と結合してる構造から
モデリングすると活性部位近傍に関しては、案外上手くできてたりする（場合がある）。
完璧な構造を予測できなくても、精度良くできている領域、そうでない領域が分かれば
それなりに有用な情報にはなる。
まあ、側鎖動くと難しいけどね。
何もないより全然マシ。

> 使える精度のモデリングって、絶望的に難しいような気がする。
高い解像度のX線構造が分かったところで、その先が絶望的に難しいような気がする。

>>878
あ、その辺の数字は、結構いいかげんです。
大体自分は、実際に少しでもコード見たことあるのは
http://promoter.ics.uci.edu/BRNN-PRED/
この辺くらいのへたれCS学生ですから・・・。

逆にききたいんですけど、
この辺り
http://www.ics.uci.edu/~pfbaldi/software_and_servers.htm
（特にたんぱく質関係）
とか
http://www-hto.usc.edu/software/index.html
のツールって、生物の人はどんな感じで受け止められてますか？

正直コードを追ってみても、生物の知識不足でやってることがよく分からん部分
も多いんですが、CSの技術としては、割とオーソドックスなテクニックが
多い、というのが感想なんですけど。

二次構造予測とか、プログラミングの問題としては面白いけど、
「生物学的に有用なツール」だと受け止めている人は少ないんでしょうか。

>>885
あなたの言っているのは二次構造予測ですね。
二次構造予測は仮にどんな蛋白質に対しても100%当たるようになっても、
三次構造を決定する必要があります。

それで、おっしゃっているように、二次構造予測は確かにプログラミングの題材としては
面白いかもしれませんが、それが「予測として」何か非常に役に立つかと言うと、
現時点ではほとんどないと思います。

>>884
前半と後半で言っていること、ぶつかっていませんか？

>>886
言われてみると確かにそうだ。

前半は、モデリングは合成の人などに提供する情報としては役に立つ。
後半は、ラショナルドラッグデザインをやるのはＸ線結晶構造が得られたところで難しい。
ということで理解してくださいまし。

つけたし
Ｘ線結晶構造が得られても難しいんだからモデルからやるのはもっと難しい。
それでも、それなりに情報が得られる。

>>886
おっしゃる通り。
えっと、三次構造予測（立体構造予測）っていうのがいわゆる
folding simulationですよね？
これなんかがそうかな
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/Cosm/

素人なりにも、三次構造予測（まさか全原子の動きをシミュレート
するわけには行かないので、局所構造、疎水性、親水性辺りを手
がかりにサーチ空間を狭めてゆく、であってますか？）の方が
格段に扱いにくい（=計算量が多い）問題だということはなんと
なく分かるのですが、実際そこまでコストがかかる計算をして得
られる結果も、限りなく100％に近い物でない限りProtein
Crystallographerの出番、となってしまうんでしょうか？

どちらもそうなんですが、コンピューティングの手法としては、
人工ニューラルネットワーク（二次）、力任せ（藁。三次）と
いう、手法としては古典的なものを使っていますよね。IBM
がやっている次世代スパコン（blue geneだったかな）も、結局
力任せ的な手法で挑んでゆくという道に沿ったものですよね？
この辺りを指して、今の情報系の手法では対応しきれない、
という批判に繋がっているんでしょうか？

三次構造＝立体構造ですか？（^ー^）

だから、ともかくも、実際に薬を作るときには
（１）X線で結晶をつくる。できれば複合体。これは特許になる。
これも特許になるし論文になる。
（２）実際に合成した化合物でアッセイしてスクリーニングする。
これも特許になるし論文になる。
でも、ドッキングシミュレーションしてくっつくというデータが出た
ところで、実際に結晶で実証するか・化合物合成してアッセイするか
しなければ、シミュレーション結果「だけ」では論文にも特許にも
ならない。他の例で「この方法は９９％の精度があります」と保証さ
れてても、だめなものはだめ。
だから最後にはX線やさんか、合成屋さんに「データ作ってください
お願いします」と頭下げに行かなきゃならない。だが実際にはそれまでに
タカビなことを放言しまくって修復不可能なくらい人間関係がこわれている
ことが多いので、そういう成功例はめったに出現しない。
これが日本の製薬業界でバイオインフォマティシャン（とくに構造系）が
冷や飯を食わされている典型的な系図である。

ふーん

>891
>それまでにタカビなことを放言しまくって修復不可能なくらい人間関係がこわれている

warata
あるある、そういうの。

でも、いくら一生懸命やっても、精度上げても、結局一部業界関係者以外からは
まともにとりあげてもらえない学問分野って・・・なに？
打つ出し野う

しかたないだろ
あなたには美術品の価値がわからないようなもんだ
専門外の価値判断なんて自分にとってどれだけ役に立つかでって
学問的意義なんて意味がない
まして努力の量なんてまったく関係ないんだよ

認めてほしきゃテクニシャンになりこき使われるのが一番

>>895
よく訳の分からないコメントだ。

ご指摘の通り芸術ではないのだから、役に立つかどうかは凄く重要なことだ。
特に企業で研究している以上、その仕事によってプロダクトを作るために
何らかの貢献がなければ意味がないと言われても仕方ないよ。

だけど、そこからテクニシャンになってこき使われるのが一番
とか言う発想が出てくるのは全く理解不能だ。認めて欲しければ、
貢献したと言うことを示せるよう頑張るのが一番いい。そう考えて
仕事をしていれば修復不可能なくらい人間関係が壊れることなんか
ないよ。

その画像ならココ
http://www.f2.dion.ne.jp/~impact14/

>896
同意
>895
「一生懸命やりました」ということが免罪符になるとは
おもえないが。適性のある人間とそうでない人間との
生産性の差が6倍程度あるのが、インフォマティクス業界
っていう定説をきいたことがある。適性のない人間が
一生懸命やってようやく人並み、ということはないか？

バイオインフォの人って協調性がない人多くない？

900!

>>895
結局お前は自分の言いなりになる情報系の奴隷が欲しいだけだろ？
だったら始めからそう言えよ。つまらない言葉でオブラートするな。

まあ、当たり前だが、そんな事を思う奴の所には誰も行かんし誰も
付かんよ。人間というものをバカにし過ぎだ。逆にお前さんがバカ
にされるのがオチだな。

>>893
>>それまでにタカビなことを放言しまくって修復不可能なくらい人間関係がこわれている
>
>warata
>あるある、そういうの。

こいつのことか？ >>901

ろくにプログラミングできない生物屋、
生き物を知らない計算機屋、
そういう喰いっぱぐれが集まってお祭りなわけです。放っときましょう。

>>902
お前も>>895と同じだ。ドアホが。

>>901
皮肉で書いたつもりが字面通りに受け取られたようだな。
いいたかったことは、分野外の人に高い評価をしてもらうことなんて、
所詮望めないということだ。

芸術作品云々の話はこういうこと。
よく絵が何億で売られているが、ふつう素人には一枚の絵に何億もの価値を
見出すことができないどころか、それが10万で売っていたって買わないだろ?
つまり、バイオインフォマティクスを他分野の人が認めないのも、
その価値がわかってないから当然のことなのだよ。

認めさせること自体が目的ならば、相手が期待するものを提示
しなければならないし、そのための最善の方法は相手のいいなりに
求められる仕事をしてればいいわけだ。
しかし、それを是非やるべしというつもりはない。実際に実行に
移しているひとがいないわけでもないが。

携帯の次数制限のため省略しすぎてしまったが、もっとわかってほしかったな。


ただし、材料が生物である以上はあさっての方向の研究をやって、
研究費だけねだりにくるような真似はして欲しくない。
実際にそれをやってる大御所も、ちらほらいるけどな。

>>903
逆に「物凄いコーディング技術を持った生物屋」というのはどのくらいいるんでしょうか？
結構大きなシステムでも、設計からコーディングまでこなせてしまうような人。
もしそういう人が結構いるならば、確かに情報屋は入り込むのは難しいかな？

>>895=905
私はアカデミックな仕事をしている人の話はよく分かりません。
ですが、企業での仕事の基本はプロダクトを作ることに貢献できるかどうかが
基本的には全てだと思っています。
相手の言いなりとかそういう問題ではないと思うのですが。

例えば創薬であれば、合成をする人達が欲しがっている情報は何かを考えて
自分はそれに対して何が出来るのかを考えて、どんな形でもいいから
それになるべく近い情報を与えられるように仕事をする。
それで、自分の与えた情報が結果的に全体の生産性を上げることが出来れば
お互い非常に満足できると思います。
こういうポジティブシンキングをした方がいいと思います。

私は企業での職を経験したのち、現在わけあってアカデミックにもどっている
ものです。周囲のアカデミック関係者の皆さんの「まちがったプライドの高さ」
にたいして、もっと現実を見ようよ、と言いたいです。

生物屋さんのなかに「ものすごいコーディング技術を持った人がいない」から
といって、だから情報屋さんが進出できるとは限りません。
コンピュータなんてワープロとエクセル以外使わなくても、生物の研究も創薬の
研究も進めることが出来るし、それでいままで十分成果があがっているのですから。

ゲノム情報が多く氾濫している今後は、そんな方式ではだめかもしれない、という
危惧も、決定的な成功例が出なければ、
「結局ゲノム自体が（基礎には貢献したけど）大半が無駄」という評価で終わる
んだと思います。だから、みなさんコーディング以外に興味がないのはわかりま
すが、もっと自分たちのおかれている状況に危機感をもって、生物学の勉強を
したほうがいいと思います。たとえば生化学会や分市生物学会のシンポジウムを
全て聴講して、国内のトレンドくらいは頭にいれといたほうがいいと思いますよ。

>907
同意します。
>合成をする人達が欲しがっている情報は何かを考えて自分はそれに対して何が出来るのかを考えて、
合成にかぎらず、生物研究をしてる人たちが「こういう情報があったらいいな」を
先取りできるセンスがなければ、貢献にはならないということだと思います。

>>908
問題の根はその辺ですね。
要は、自信のなさの裏返しなんだと思います。
情報系から生物に流れる人は、情報科学の分野の中でも認められているとはいいがたい。
でも、自分は出来るという自負はある。
そこへもってきて、自分たちよりできないと思ってた人たちに認められないので、
ちょっと自暴自棄的になってしまう。そんな印象を受けます。

なんか凄い言われ様ですね。
CSの人間は、「コーディング命」な人ばっかりではありませんよ。
大体、そういう人はOSとかそういう方面に流れるんじゃないかな。

ただ、これはよく言われることですが、優秀なコーディング技術を持った人は
他人とのコラボレーションによってかえって生産効率が落ちることがあるんで
すよ。だから、生物の世界にも「自分でやったほうが早い」と思ってる人が
多いならば、「実装部隊のニーズ」は生まれないかな、と思ったわけです。
私は研究者としてやっていけるかどうかも分からない学生ですから、食っていくために
そういうポジションがあるのかどうかにちょっと興味があったので。

私が教えを受けている人たちは（皆アメリカ人ですが）、MITとかCaltechでバリバリ数学とかCSやった後、
面白い問題のドメインとして生物に惹かれ、流れてきた、といった印象を受けます。
前師事していた某教授は数学がバックグラウンドで、医学部と生物学科、CS学科の共同プロジェクトのリーダーをやって
おられますが、今のブーム（？）が単なるお祭りで終わらないような協力体制を確立しようと
努力しておられました。

とにかく、CSが手法に対するサイエンスという側面がありますから、常に
こちら側が歩み寄らなければならないという特殊な事情がありますが、
少なくともここ（アメリカ）では、生物の人は「コンピュータに何ができて何ができないか」
を理解しようとしているし、CSの人は「今生物学では何が問題になっているか」
を理解しようとお互い努力しているように見えます。
まあ、私はただの院生ですが、生物学の人にはThe Cell引っ張り出してきて、あーだこーだ質問してるし、
逆に生物の人には、基本的なアルゴリズムの評価法や実装に付いての質問に
答えたりしてます。こんな関係がずっと続かないかなあ・・・？

世界が平和でありますように…

>>910
日本でもそうした関係を作ろうと努力している製薬企業はありますよ。
外部から生物学に精通する（あるいは興味があって勉強している）情報屋
を取り入れて内部で共同体勢を取れる様にしようとする所は多いです。
そうした意味では基本的に変らないでしょうね。

>>910
要するに日本人は勉強不足ってやつ？（藁

そういう安直な結論では済まないと思います。
日本では各分野のそれぞれのセクショナリズムや
妙なプライドが高すぎて、それが分野を越えた共同
プロジェクトの成功をひとえに阻害しているという
ことです。島国根性です。
末端の大学院生の勉強不足の背後にある哲学/ポリシー
みたいなものにすでに欠陥があるのです。
製薬企業の場合には個個人のプライドを越えてトップ
ダウンで命令して、従わない人はリストラリストに
順繰り上げしてけばいいだけです。アカデミックでは
みんなが一国一城の主のつもりですから、そういう
分野横断的な成功例は皆無に近い。
だもんで、いくらアルゴリズムのセンスがあっても、
バイオインフォマティクスに関しては企業(製薬系)
のほうが大学よりもレベルが高いという逆転現象が
ここ数年急速に顕著になって来ました。
それをなんとかできないようでは、現在のブームは
数年で急速に失望とともにしぼみます。

>>末端の大学院生の勉強不足の背後にある哲学/ポリシー
勉強不足は院生だけじゃないけどね。

>バイオインフォマティクスに関しては企業(製薬系)
>のほうが大学よりもレベルが高いという逆転現象が
>ここ数年急速に顕著になって来ました。

製薬系のバイオインフォマティクスの発表をあまり聞いいたことがないので
この点は評価しようがないですが、ソフトウェアやデータベースを積極的に
取り入れているかどうかの差であるようにしか見えません。
まあ、それも私の勉強不足ということですかね・・・

>>910
アメリカと日本ではかなり差があるのは確かだと思います。
アメリカは、妙なプライドよりも実を取る傾向がある。
日本は実よりは妙なプライドを優先する傾向がある。

ただ、日本の上の方の人も現状じゃまずいことに気づき初めているし、
中堅クラス以下は、積極的に勉強していると思います。
注意すべきは、口先だけで実があまり伴っていないのが、
リーダーシップを取ってしまうこと。
先を見越して正しい方向に引っ張れるなら、口先でも良いのだけど、
単に上に立ちたいだけの人が、強い発言力を持ってしまうと、
困ったことになる。

学生時代に立体構造決定または分子生物学細胞生物学を
やっていて、企業に入ってから海外のBioinfoのラボに
出向(留学)になってる人が凄く多いです。
次の二つのケースはほとんど聞きません
(1)bioinfoの人を採用して、海外に留学させる
(2)他分野の人を採用して国内のbioinfoのラボに留学させる
なぜでしょう?

>>916
だれのこと？

個人名挙げる必要なし。
ああ、あいつか、と浮かぶ人があるとすれば、その人なのでしょう。

いい加減な回答だな。つまらないレスするなよ。

＞９１５
でも日本の若手でも、ぜんぜんそういう事情に気付いていない、あるいは気付いていながら敢えて知らん振りをしているひとも
多いと思う。上の方のレスをみると、やはり生物学を勉強することというのはバリアが高いんだろうなあと思ってしまう。

実際に役立つパッケージなりシステムって納めている企業あるのかよ？
大学やら国の研究機関でわ〜わ〜言ってても、所詮カネにならない戯言だぜ？
（日本では。）

まっとうなベンチャーキャピタルが出来ないと難しいです。
うまく行かなきゃ討ち死にするかわり、お金は潤沢に使えるような環境を
作ってくれないと。
製薬会社などは、お金はあるけれど方向性が限定されてるから、
あまり新しいことはできないし、大学に関しては発想の貧困なひとに
ﾀﾌﾟｰﾘ予算が逝ってるのでどうにもならんです。
バイオインフォマティクスは、若い人をガンガンリーダーとして立たせ,
薄く広く金をまくほうが5億円のコンピュータより価値があります。
まして、国の予算で買った5億円のコンピュータ、従量制で課金してたんじゃ、
誰も使いようがないですって。

>>923
甘ったれたこといってるんじゃねぇよ。
民間資金で潤沢に金が使えるような環境なんかあるわけねぇだろ。
ベンチャーキャピタルが『まっとう』だから、回収できないとわかっているような
ところに投資しないんだよ。

>>924
あなたは実情をしらない。
甘ったれたこといってるわけじゃなく事実を述べただけ。
もしかして5億円のコンピュータに課金して、アカデミーにも使わせないようにしてるところの人？

>>925
オレは民間企業の人間だ。

なんじゃそりゃー

>金にならない戯言
その通り。
はっきりいって「ドラッグデザイン」「ファーマコゲノミクス」など
はっきり創薬につながる分野以外は、金にならない。一銭にもならない。
バイオロジスト相手に「検索サービス」を立ち上げても、有料だったら
誰も利用しない。
そして上記の分野で製品化されて金を取れているのは富士通・NECに一部
パケージあるものの、ほとんどすべて輸入品だ。日本では誰も開発をしようと
おもわないし、ノウハウもないし技術力もない。
一方バイオインフォでの売上増が見込まれるエイチアイティやVTのような
サードパーティLinuxサーバ会社なんかだったら、割と容易にキャピ
からでもカネは引き出せると思われる。
Compaq買収、HP合併後の旧DECによる科学技術分野計算サーバには
過度の期待はできないから。

日本はソフトウェアに金を出すっていう意識が希薄だからねえ。

>929
ちがうだろ。

日本はゲームソフトと日本語変換ソフト以外は、商用ソフトを
つくって売ってもうけるだけの技術力が、結局のところ「ない」
ってことだろ。

他の産業分野、たとえば電気にしろ自動車にしろ医薬品にしろ
海外に輸出して商売がなりたっているわけだが、ソフト産業と
しては海外まで輸出してなんとかなっているのは、ゲームソフト
だけだ。Linuxのfree wareですら海外には出ていかなくて、
唯一の例外がスクリプト言語Rubyだ（ぱちぱち）と思うがどうだろ
う。

日本の製薬企業がとんでもない額をドラッグデザインがらみの
ソフトに支出しているのをしらないのか？アカデミックじゃない
からLinux base の代替機能に切り替えることもできず、
菱化システＸや住商エレあたりを潤しているんだぜ　(藁

だから、これは完全に俺の個人的な偏見だが、今日本のアカデミックの
バイオインフォマティクスがやらなければいけないのは、ありとあらゆる
意味でドラッグデザインや創薬に関連するソフトや技術の基礎研究と
開発だ。それをまじめにやるんだったら理学部・工学部よりも薬学部の
バイオインフォが、頑張らなければならない。
俺は個人的に、T大薬学からI先生が追い出された事件を、日本のバイオイ
ンフォマティクスの歴史にとって、大きなマイナスだと思っている。
キタサトも、せっかく薬学系が強いのだからドラッグデザインを
もっと組織的にやればいいと思う。

情報屋はパッケージで考えるからそうなんだろうけど、生物屋
からすれば「欲しい機能が実現出来ていればそれで良い」訳
だからねえ。別に内部にそうした開発部隊が居ればわざわざ
高い金出して融通の利かない作りをしてくれるメーカーに出す
必要なんか無い訳だしね。

ウチはここ数年情報屋を雇ってるけど、皆マジメにやってくれ
てるんで凄く助かってる。生物の知識習得も率先しているし、
最近はこちらに対してナイスな提案も出してくるので、こりゃ
うかうかしてられんなとマジ感じている。
やる気のある奴はやっぱ違うわ。

>932
それは企業ですか？アカデミックですか？独立法人研究所ですか？

>>931
I先生って誰ですか？
ドラッグデザイン、創薬ってのは一つの方向性だが、
それはそれとして別の方面からの基礎研究も大いにすべきだと思う。
いつまでもユーザインターフェースだけ作ってるところが、
たくさんのグラントを取る現状は、もうちょっとナントカすべきだろう。

>>932
うまく系が動いてるところって言うと、去年引っ越しをしたとこですか？

>>934
「別の方面の基礎研究」も「ユーザインタフェース」も同じくらいマンパワー
と金の無駄だと思う、というのが俺(931)の意見だ。創薬は一つの方向性、と
いう捕らえ方は、ユーザインターフェースの某ラボや時間による課金の某研
と同程度の認識の甘さだと思う。創薬こそが唯一の方向性だ。
なぜなら、他のソフトでは金にならないからだ。一銭にも。

直接金になる研究にしか意義を見出せない人にはそうだろう。
しかし国が行う研究としては、創薬の前段階の基礎研究こそ力を注ぐべきだ。
儲かる研究は企業にやらせてあげたらいい。
ユーザインターフェースやアイボのバイオ版みたいなのは業者にまかせるべきではあっても
研究者が行うべきことではない

今日、I先生のセミナー聞いてきたよ。

> 菱化システＸや住商エレあたりを潤しているんだぜ　(藁

亜米利加の倍以上の価格で売ってるんだぜ。
独占販売だからって、ナメてることこの上ない。

情報系の学生でバイオインフォマティクスを勉強しているのだが、
勉強すればするほど、生物屋さんとの距離を感じる。
（生物系の学科がないから余計にそう感じるのかもしれない）
一度、生物系に身を置いて実験なりを体験したほうが確実に
距離が縮む気がする。どこかでできないかな。

製薬企業とかバイオよりの企業に行けば、その手の研修や短期の配属が
あるのかな。
情報系のアウトソーシングを請け負っている企業では、どうなんだろう。

936:
>しかし国が行う研究としては、創薬の前段階の基礎研究こそ力を
>注ぐべきだ。
>儲かる研究は企業にやらせてあげたらいい。

こういう馬鹿がいるからヒューマンゲノムプロジェクトでもイネゲノム
プロジェクトでも世界のリーダーになれない。基礎研究っていったい何
をさしているのかね？まったく。自分では何もできないくせに。

>創薬の前段階の基礎研究
っていったいなんだ？

>>939
アメリカへどうぞ。
１年半-２年くらいのMSプログラムが立ち上がりつつある。
俺（情報系）もそういうとこにいるんだけど、それなりに充実してるよ。

http://www.soe.ucsc.edu/research/compbio/
http://www-hto.usc.edu/
http://www.bioinformatics.ucla.edu/program/program.htm
http://www.kgi.edu/home.html