バイオインフォマティクスを教えてください Part-2

実験屋さんも計算屋さんもﾏﾀｰﾘといきましょう。

前スレ
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/989027255/

私は企業に勤めているものですけど、
実験でも計算でも自分の欲しい情報が
迅速に得られればそれでいいです。

計算の場合は、現状ではそれだけで
確かなことを言うのは難しいでしょうから
その計算を行うことによって
行うべき実験の数を減らしてくれれば、
それでいいと思います。

どれくらい減らしてくれればいいかというと、
基本的には計算に費やしたマンパワー以上に
実験に費やすマンパワーを削減できれば十分です。

バイオインフォマティクスと掛けて↓と解く：

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どれくらい減らしてくれればいいかというと、
基本的には計算に費やしたマンパワー以上に
実験に費やすマンパワーを削減できれば十分です。

↑
スマン。引用してそのまんまアップしてしまった。
仕切直しで、質問、ね。
>どれくらい減らしてくれればいいかというと、
>基本的には計算に費やしたマンパワー以上に
>実験に費やすマンパワーを削減できれば十分です。

既存の計算方法（プログラム？）で間に合わなくなったらどうします？こういうのがあれば良いんだけど、
と思ったときに協力できるコラボレータがあるか、ないかでずいぶん違うと思うけどなあ。そういう経験
はないですか？

このスレまだやんの？
ヨコハマの馬鹿野郎が暴れてから全然面白くないから
やめちゃえばよかったのに。

そうか？
俺は面白かったぞ。
彼のいっていることのほうが正しいと思った。
反論のほうが説得力ないと思った。

ところで、ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽやってるひとたちっていったい
何がやりたいのかがぜんぜんわからないんだけど？

頼むから、こっちで続けてくれ。
情報システム板は、盛り上がらん。

＞７
おそらくなにもやりたくないんでしょう。だって生物学に興味も意義も見出せないひとたちが
たいはんなのだから。モチベーションは期待できないとおもわれ・・・

>>7 おまえ頭悪いな

>>10
>>7 おまえ頭悪いな
ああ、そうかもね。でも実験ができるから、何も困らないんだ。

FPGAを使った専用ハードウェア開発

>>9
> おそらくなにもやりたくないんでしょう

そう言い切ってしまうのは問題あるんじゃないの？
単なる対立だけでは何も生まれてこないと思われ。
「僕実験できるからいいもん」「僕プログラムできるからいいもん」
ではねえ・・・。

>>12
どの問題の解決に用いる専用ハード？

まあ、コラボレートする気がない人はおいとけばいいでしょ。
なぜか、そういう人に限ってこの分野に口出ししたがるみたいだけど。
本来の目的と外れた仕事なのに予算ﾀﾌﾟｰﾘ取っちゃったりとかね。

>>14
ダイナミックプログラミング
クラスタリング

マイクロアレイデータのクラスタリングとか・・

>>15
禿同。
せっかくコスト＆時間を削減できそうな方法論が生まれそうなんだったら
もっと歩み寄って考えないとね。よく分かってない人たちによる単なる祭りじゃ悲しいから。

>>16
よく分かってないんで厨房質問かもしれないけど、
DPとかを専用ハードでやるというのは、コンピュ
ータサイエンスの中での評価はどうなの？
ムーアの法則が（いまんとこ）有効である現在でも、コスト的に
魅力的な手法なの？

>>18
これをやってる人は多いし、予算はソコに結構注ぎ込まれてる。
専用ハードを作れば、一応速度向上は望めます。
でも、せいぜい1桁でしょうし、
FPGAを使うことを前提にやってやるからいろいろ制約がある。
メリットは、安いこと、再プログラムが可能なことくらいかな。

私はカナリ絶望的と考えてます。

それと、コンピュータサイエンスというよりテクノロジー、
いやただのテクニックかも。

>>19 >>20
なるほど。確かに速度向上だけだと、単なるテクノロジーの進歩に
しかならないですね。でも計算機の高速化が無ければなかなか進ま
ない分野もあるし。

そういえば、力技な計算が必要な分野としてIBMがバイオインフォ
をターゲットに選び、またどでかいスパコン作ってるようですが、
あの辺りは具体的にはどういう問題解決を目指してるんでしょうね。

Ab initioの分子動力学計算に基づく立体構造予測です。
Ｘ線とかNMRを使わず、計算だけで立体構造予測。
2010年には、300aa程度のタンパク質の構造を１年で解ける予定だそうです。
それだけ計算パワーが必要ということですね。
おそらく、IBMを越えられるところはないと思いますが、
IBMが達成後は、もっと簡単にやってのけるところもでてくるでしょう。

もう一つ、同じ問題に対する有望なアプローチは、分散コンピューティングの利用です。
パソコンの空き時間の使って抗ガン剤を！の代わりに立体構造を解くと。
実現性があるのかどうはは知りませんが、インターネットにつながってて
遊んでるコンピュータはﾀﾌﾟｰﾘありますから、うまくゆけば悪くない方法です。

>>22
やっぱり立体構造予測ですか。
計算だけで（使い物になる）構造予測ってかなり懐疑的な人もいるみたいですが、
９年後に300AAまでOKというのは、純粋に計算速度の向上によって
現在あるアルゴリズムで解けそうだって事なんでしょうかね。
それとも「そのころまでにはもっといいアルゴリズムが開発されてるだろう」
って事だったらちょっと？だけど。

分散コンピューティングの方は、
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/Cosm/
こんな感じで実験をはじめてるところもあるみたいですけど、
こればっかりはいかに一般ユーザーの興味を惹くかにかかっ
てますよね。今もやってる（？）seti@homeなんかは、「宇宙人
からのメッセージを探す」という分かりやすい宣伝文句でかなり
クライアントが確保できましたが、「たんぱく質の立体構造を予測する」
という問題が、一般の人にどれだけアピールできるかがネックですな。
「プロテイン」ってそこらの人に言っても、「ああ、あのボディービルダーが良く飲んでるやつ？」
みたいな認識ですからねえ・・・。

>>23
基本的に現在のアルゴリズムでってことの筈です。
IBMが立ててる目標だから堅いと思う。

分散コンピューティングも抗ガン剤の方では、せっせと行われて
いますよね。ここの板でもそういうスレがあった。反響なしだけど。

他の方面はどうかというと、細胞内タンパク質相互作用ネットワークの
問題があります。こちらは情報科学的にも難しい問題があって、
結構面白い筈なんだけど、いかんせん生物の知識が要求されるので、
情報やさんからは敬遠されがちです。
だいたい、情報やさんが知りたいような知識は、生物屋さんも
まだ解明していないことが多いんですが、生物屋さんはごちゃごちゃ
めんどくさいことをいって、わからないことをわからないといわないので、
最小限の知識だけで、きれいに問題を解きたい情報やさんは
どうでもよくなってしまうんですね。
もうちょっと根気をだして、いろいろな情報のなかから本質をつかみ取るのが
本来情報やさんがするべき仕事だと私は考えているんですが、
情報やさんの意見はそうではないらしい。

実際、それ関係の仕事に携わる人を見ていると、
とりあえず、手をつけられるところから攻めて行こうとするので、
どうしても小手先の技術に頼ってしまうという感じがします。
もっと腰を落ち着けて、じっくり問題に取り組んだらいいことができるのに・・
まあ、情報系に進む人はもともと頭の中でごちゃごちゃ考えるよりは
とりあえずコンピュータにのっけて動かしてみたい人が多い気がします。

かなり偏った見方かもしれませんが、両方の世界で暮らしてみて受けた印象です。

> 細胞内タンパク質相互作用ネットワークの
> 問題があります。こちらは情報科学的にも難しい問題があって、
> 結構面白い筈なんだけど、いかんせん生物の知識が要求されるので、
> 情報やさんからは敬遠されがちです。

実は、今このキーワードに凄く興味があって、勉強しようとしてるところ
なんです。おっしゃる通り、情報系の私にはなかなかハードルが高いですが、
お薦めの文献などありますか？

> とりあえず、手をつけられるところから攻めて行こうとするので、
> どうしても小手先の技術に頼ってしまうという感じがします。

耳が痛いかも・・・。
とりあえず動くものを実装したいという欲求は持ってる人が多いですからね。
かく言う私も、そういう面があります。プログラミングって、実は頭を使って
いなくても、なんか完成させると妙に達成感があって自分が騙されてしまう
という一面がありますからね。

細胞内タンパク質相互作用ネットワークは根元的な問題で、
いろいろな問題を含んでいるし、わからないことがいっぱいです。
比較的勉強しやすいのは、

シグナルトランスダクション
癌遺伝子・癌抑制遺伝子
細胞周期
発生・分化
アポトーシス

あたりでしょう。日本語の総説も多数でているはずです。
しかも内容にかなり重なりがあるので、勉強すればするほど、
頭に入りやすくなります。
最初はかなりつらいと思いますが、頑張ってください。

質問。下手すると蛋白質の立体構造決定に1ヶ月しかかからなく
なっているかもしれない２０１０年に、一年間かけて構造予測の
計算をするのはなぜですか？
あと、同じ速度で膜蛋白質の構造予測もできるようになるという
ことでしょうか？構造決定ができない最後の蛋白質として膜蛋白
質が残ると思うのですが、いかがでしょうか？

> とりあえずコンピュータにのっけて動かしてみたい人が多い気がします。
なるほど納得。

>>26
どうもありがとうございます。
その辺のキーワードで文献にあたってみます。

>>27
便乗質問ですけど、実験的手法の進歩で、立体構造決定にかかる
時間というのは劇的に減らせるものなんですか？
PDBに登録されてるデー多数の推移を見ると、確かにある時期から
凄い勢いで増えているようにも見えますが？

>>5
返事遅れてスマソです。

>>どれくらい減らしてくれればいいかというと、
>>基本的には計算に費やしたマンパワー以上に
>>実験に費やすマンパワーを削減できれば十分です。

>既存の計算方法（プログラム？）で間に合わなくなったらどうします？こういうのがあれば良いんだけど、
>と思ったときに協力できるコラボレータがあるか、ないかでずいぶん違うと思うけどなあ。そういう経験
>はないですか？

無いですね（藁
もし、そういうパターンがあるとすればどんな実験をしたらいいか
皆目見当が付かない場合ですが、計算結果から全く新しい実験を
考案することは出来るでしょうか。私の周辺ではそういうパターンは
まずないように思います。

>30
りょーかい。え〜と質問を変えてみましょうか。たとえばデータが相当数蓄積された
時その中に何かしらの意義や意味を見つけだそうとしたときに、まあ、統計的手法っ
てのがありますが、そうではなく、データマイニングと言ったらいいのかな、目で
見て判断するには煩雑すぎる、ってことはあるように思うけどな。
まあ、実験に情報科学がmustというわけではないので、必要性おまへんなあ〜、と
いうことであればそれはそれでよろしいかと。

測定装置の感度上昇により、構造解析に必要な時間は劇的に
減りつつあります。NMRでは最新の装置は5年前の10倍。
X線でもシンクロトロンや冷却CCDの効果で5年前の5倍以上に
なっていると思います。解析の方法論も高速化されています
計算科学の進歩も大きく貢献しています。

>>27
>下手すると蛋白質の立体構造決定に1ヶ月しかかからなく
>なっているかもしれない２０１０年に、一年間かけて構造予測の
>計算をするのはなぜですか？

一年かけて、というのはfrom scratchという意味です。
つまり、モデル無しの状態から予測可能なのです。
全てのタンパク質をNMRで解けるのかどうか知りませんが、
コンピュータ上では可能になります。
また、モデルがあれば遙かに短い時間で予測できます。
つまり特定の受容体に結合する低分子等のスクリーニングが容易になります。
さらに、近年のコンピュータの進歩の速さをご存じと思いますが、
現状目標は「予測を可能にする」ことです。可能であることが証明されたら
あとは速くすればいいだけのこと。
計算可能でさえあれば、速度を100倍1000倍にする事は容易です。
つまり１年間で解けることが証明できれば、
いずれは1日で解けるようになるということです。

>>30
まあそうでしょうな。
考えの及ばないところに必要性を感じることはないのですから。

>>33
> 現状目標は「予測を可能にする」ことです。
これに、あと50年くらいかかるような気がする。

>>33

フォールディングファネルの話はご存じですか。

>一年かけて、というのはfrom scratchという意味です。
>つまり、モデル無しの状態から予測可能なのです。
>全てのタンパク質をNMRで解けるのかどうか知りませんが、
>コンピュータ上では可能になります。

それが確からしいことはどうやって証明されるのでしょうか。
勿論、今までに決定された代表的なものについて実験データと比較して
それなりの精度で予測できることを証明すればいいのでしょうが、
それをやるためには更にCPUパワーがいると思うのですが。
そもそも、MD計算をかけるとして、一つの蛋白質について
アンフォールドした状態から、フォールドした状態まで
何回くらい試行するつもりなのでしょうか。いつも正しい
構造に行き着くとは限らないように思います。

>また、モデルがあれば遙かに短い時間で予測できます。

モデルがあって、そこからMDかけるとより実際の構造に本当に
近づくのでしょうか。あまりそういう話は聞いたことがないのですが。

>つまり特定の受容体に結合する低分子等のスクリーニングが容易になります。

現時点では、X線で決定された高分解能の立体構造を用いても
スクリーニングはそれほど簡単ではありません。長時間のMD計算で
どの程度の精度の構造が求められるかは分かりませんが、
精度が落ちればそれだけスクリーニングの精度も落ちます。

>さらに、近年のコンピュータの進歩の速さをご存じと思いますが、
>現状目標は「予測を可能にする」ことです。可能であることが証明されたら
>あとは速くすればいいだけのこと。

可能でないことが証明されたら、どうなるのでしょうか。

結局、自由エネルギー項中のエントロピー項をどう見積もるかが
一番の問題だと思いますが、それは非常に長時間のMD計算に
取り込まれると考えているのでしょうか。溶媒の条件などに
よってかなり違うと思うのですが、この点どうお考えでしょうか。

>>34-35
詳しくは分かりません。
IBMがやるといっているのだから、根拠のないこととは思えません。
出来ることが証明されれば、それを改善するのは難しくないのが、
コンピュータの世界です。

10年後の自分の身分を心配しておいたほうが良いでしょう。

>>36
>IBMがやるといっているのだから、根拠のないこととは思えません。
それは無責任というものだろう。マスコミじゃないんだから。

そんなこと、知ってたってこんなとこで説明できるわけないだろ。

>>37
まあ確かにそうだけど、実際問題、商売にシビアなあそこが
チェスの次の問題として設定して、莫大な金かけてるから
あながちただのドキュンな研究とも思えないけど。

「力任せでエレガントじゃない」とか何とか言われつつも
結局最後にカスパロフに勝ったし・・・。

>>39
別にIBMがドキュンだとは思わないですが、「あのIBMがやっているから」とか「莫大な金をかけてるから」という言い方は
科学者としてはちょっと問題があると思います。
まあ、単なるプログラマーであればそれでいいのかもしれませんが。

あ、俺３６さんではないので念のため。部外者の素朴な意見ですよん。

>>35
立体構造に関しては素人なので詳しいことはまったくわかりません
無責任といわれても遂行責任も説明責任もありません
断定的に書きすぎたのがまずかったのだと思いますが話題提供しただけのことです。
実際マスコミ以上の情報はなかなか漏れてはこないものですし
漏らしちゃまずいでしょ？

ほんとに知りたければIBMに問い合わせてみてください
一定の内容は教えてくれるはずです。

彼らの取り組みは半端じゃないですよ

solubleなタンパク質はどのみちいずれ誰かがほとんど構造決定する
と思いますので、構造予測は膜蛋白質にこそ有効だと思うのですが、
ご存知のように水・脂質ミセル（しかも混合物）のMDは現時点では
かなり難しいと思います。
それでも単純にCPU-powerが向上すれば力押しでいけるのでしょうか？

>>43
ほとんどって、いくつ決定するつもり？
膜タンパク質が重要なターゲットというのは賛成だけど、
計算でやっても難しいのは確かでしょう。
ただ、CPU-power、通信速度（CPU-memory, CPU-CPU）の向上などを
併せれば、それだけでもかなりいい状況まではゆける。
実用的にするには、アルゴリズムの改良も必要でしょう。
でも不可能とは思えない。

TRON計画はコンピュータの発展の速さを見くびって失敗した。
計算生物学の分野でも、発展速度を見くびるようなことがあれば、
そのプロジェクトは失敗するでしょう。

> TRON計画はコンピュータの発展の速さを見くびって失敗した。

というよりも、あれは政治的なゲームに負けたんだと思います。
一応組み込みでは世界的に生き残ってますよ。＞TRON
関係ないので下げ

>45
本気でそう思ってるの？
あれは、コンピュータの発展がもっと遅いことを前提にした計画だったんだよ。
だからこそ価値がある、と思われてたんだ。
実際には予想を遙かに上回る速さでコンピュータが発達したから
失敗に終わったんだ。

別板でやれよ。

>>46
コンピューターの発展って言っても、速度以外の大きな変化は驚くほど遅いよ。
ＯＳに限って言っても、ＴＲＯＮが遅れていたことは無いですよ。
つうか、CP/MやMSDOSなんて恐ろしいゴミだといわれてたでしょ?当時から。
でも普及してしまいデファクト・スタンダードになっちゃった。
結局大学教授には商才が無かったんですな（藁
アメリカもかなり危機感をもって潰しにかかったようですし。

別板でやれよ。ウゼエ。

43 > 44
少なくとも、誰かが何らかの生物学的興味をもって研究対象とするような
タンパク質のうち、solubleなものは、そのもの自体あるいはそのごく
近縁のホモログの立体構造決定が、2010年にはほとんど終了するのでは
ないか、という予測です。
例えばヒト遺伝子４００００個、うち膜タンパクでないものは２５０００個。
このうち、ホモログや構造既知のドメインが重複して存在していると考えて、
さらに可溶性のタンパクで実際に構造決定が必要な標的は、疾病その他の
生物学的重要度からランク付けして、１００００分子くらいではないでしょ
うか？　年間１０００個のペースで世界中で決まっていったら、10年で終わ
ります。実は、構造生物学をやっているラボでは、人気のある試料ほど
競争がはげしく、ライバルが多いので、機能的に重要とおもわれるタンパ
ク質が急速になくなりつつあります。でも膜蛋白質は別です。ということが
いいたかったんです。

>>47 話題提供しないならごちゃごちゃいうな。

>>51
とっくに提供しとる。お前こそ人の事言えるのかドアホが。

>>42
>立体構造に関しては素人なので詳しいことはまったくわかりません
>無責任といわれても遂行責任も説明責任もありません
>断定的に書きすぎたのがまずかったのだと思いますが話題提供しただけのことです。
>実際マスコミ以上の情報はなかなか漏れてはこないものですし
>漏らしちゃまずいでしょ？

速いコンピュータの中身を知りたい訳じゃないです。
溶媒中でのMD計算をsecのオーダーまで流せば本当に構造が予測できるのか
という問題について科学的（物理化学的）な見解を求めているのです。
これも、漏らしちゃまずいようなことなのですか。

>ほんとに知りたければIBMに問い合わせてみてください
>一定の内容は教えてくれるはずです。

上述した物理化学的な質問についても答えてくれるのでしょうか。

>彼らの取り組みは半端じゃないですよ

それは速いコンピュータを作ると言うことについてでしょう。
くどいようですが、物理化学的な根拠についての取り組みも
半端じゃないのですか。

はっきり言って単なるプログラマーにコメントして欲しくありません。
話題提供というなら、そんなことここで聞かなくても知っていますから。
あと、47も指摘されているように、TRONの話とかはやめて欲しいです。

>>53
しつこいね。

>>立体構造に関しては素人なので詳しいことはまったくわかりません
といってるでしょ。

>それは速いコンピュータを作ると言うことについてでしょう。
>くどいようですが、物理化学的な根拠についての取り組みも
>半端じゃないのですか。
コンピュータを速くするだけでなく、研究レベルの仕事もしてるのは確かです。
そうしないとアルゴリズムが作れませんから。
詳細については答えられません。

>はっきり言って単なるプログラマーにコメントして欲しくありません。
プログラマじゃありませんが、立体構造の専門でもありません。

>話題提供というなら、そんなことここで聞かなくても知っていますから。
知ってるならご説明をお願いします。知っている人ばかりじゃないので。

>あと、47も指摘されているように、TRONの話とかはやめて欲しいです。
若干脱線ですが、話の関連で出てきたことです。
自分の要望だけを通そうとするのはワガママではありませんか。

>プログラマじゃありませんが、立体構造の専門でもありません。
じゃあ、何なの？

盛り上がっているところ、大変申し訳ないのですが、
皆さん、どんなところで働いてらっしゃるのですか？
企業？大学？それとも国の研究機関？

↑こんな事聞いてまともに答える奴が居るとも思えんが。
　　まあ、折れの場合はミレニアムプロジェクトへの出向参加とだけ逝っとく。

>>55
自分の立場も明かにせず文句と質問ばかりだね。
立場明かにしてください。話しはそれからだ。

まあTRONは確かに関係ないので別板の方がいろいろ聞けると思う（政治的な面、技術的な面両方ともに）。

でも、何かちょっと攻撃的になってる人多くないですか？
もっとﾏﾀｰﾘと行きましょうよ。

ちなみに私はただの院生。皆さんの話を興味深く読んでおります。

��人間ができてますな。
学生さんの方がむしろ人間ができてるというのも情けない話。
しかし、あちらこちらの大学・会社での現実でもある。

それだけ時間的余裕があるって事だろう。まったく羨ましい限りだ。

>>61
そうですね。今はTAもやってないんで結構自由時間あります。
今こそもっと本やペーパー読んで生物の知識仕入れないとな・・・

>>話題提供というなら、そんなことここで聞かなくても知っていますから。
>知ってるならご説明をお願いします。知っている人ばかりじゃないので。

BlueGeneの詳細を教えてください。知ってるというのなら。

とりあえず、こんなの出てきました。
http://www-6.ibm.com/jp/servers/eserver/pseries/solutions/LifeScience/BlueGene/bluegene.html

54さん、他に何かご存じなら教えて下さい。

上はハードウェアの話しですね。
現在、ある問題を除けば完成に近い段階にあるはずです。速度はまだまだ上がるはず。

>>31
またまた、返事遅れてスマソです。

>りょーかい。え〜と質問を変えてみましょうか。たとえばデータが相当数蓄積された
>時その中に何かしらの意義や意味を見つけだそうとしたときに、まあ、統計的手法っ
>てのがありますが、そうではなく、データマイニングと言ったらいいのかな、目で
>見て判断するには煩雑すぎる、ってことはあるように思うけどな。
>まあ、実験に情報科学がmustというわけではないので、必要性おまへんなあ〜、と
>いうことであればそれはそれでよろしいかと。

私は、そういうタイプのデータを出さない実験屋なので、ありませんとしか
言いようがないのですが。でも、確かにDNAチップとかだと、そういう
データマイニングみたいなものは必要かも知れませんね。ううむ・・・
好みの問題かも知れませんが、何も考えずにドワァーッとデータを取るやり方は
あまり好きではないので、こういう答えになってしまうのかもしれません。
勿論、そういうやり方にも有効な場合があることは認めます。

亀レスなのでsage

YOKOHAMAさん、もう来ないのかな。

しごく初歩的な質問。

DNAチップみたいなときにデータが大量で困るというのは
単なる統計処理の話で「データマイニング」とは言わない
んじゃないの？

普段は関連性があるとは考えないから別々に処理している
データ群から、すぐには現れてこない相関関係をひっかけて
くるのがデータマイニングだと思うんですけど。
まあ、区別するほどのことではないのかもしれませんけど
当たり前の多変量解析でわかるくらいの相関をみつけることで
「データマイニングだ〜」って浮かれるのって、情報や的には
ちょっちはずかしいような。

でもデータベースの不備を補うためのanotationって仕事も
大切だけどじみぃだよね。

>>69
まさにそうだな。測定データを管理するだけではマイニングとは言わんだろう。
単なる情報管理の一巻だが、その方式がこの分野に特化しているならそれは
一つのバイオインフォだと思う。

ここで語ってる奴は、生データに関して恵まれてる奴はあまり居ないんだな。
大学や民間の研究室の奴が多いからかな。
公開ＤＢでもそれなりの事はやれると思うが、正直あまり面白くは無いだろうね。

それは発想の貧困。
公開されているのに他の誰も見つけ出せなかったものを見つけ出すのがマイニング。
もうやり方が分かってたり既存のツールを適用すれば出てくるようなのは単なる肉体労働。
情報屋的には公開されていないというアドバンテージに寄りかかって仕事している人って恥ずかしい。

で、そんなアンタは何をやってる訳？
そんだけ煽ってるんだから、当然恥ずかしくない内容なんだろうね？

あたり前じゃん。
あんたは何やってんの？とか２ｃｈで書くばかってまだいるのな。
ここで自分がやってる事書けってか？ぼけ

公開されているデータに含まれている嘘・誇張・間違いまでも
ひっくるめてマイニングをするんだから、さぞ難しかろう。
他の誰もが見つけてても黙殺していた誤差の拡大生産をしない
ようにね。
公開されていないこと自体がアドバンテージなんじゃないよ。
中身のデータのクオリティーを、取り扱う人間が熟知している
のがアドバンテージなのよ。

>>73
そうなんだよ。難しいよね。
しかし情報科学の分野では経済関係論文からの知識抽出みたいなことが
かつて盛んに行われていたから、それに比べて生物学形の知識抽出が
格段に難しいとは考えにくい。
ま、いろいろ言いたいのは分かるけど、すこしお手並み拝見しててよ。

やれやれ、やっぱり単なるホラ吹きだったか。
まあ、こんな所でホラ吹いてる様じゃロクな事は出来んな。

なんでそうやって煽ることしか出来ないかなあ。

そっくりそのまま返してやるよ。
＞まあ、こんな所でホラ吹いてる様じゃロクな事は出来んな。

人の事は平気で煽れるクセに、自分が煽られると過敏に反応するんだな。
所詮は専門家気どりの学生なんだろ？やってる事はYOKOHAMAのバカと変らんよ。
人に偉そうな事言う前に自分がやるべき事をやれよ。

は？そっくりそのままお返し♥

>人の事は平気で煽れるクセに、自分が煽られると過敏に反応するんだな。
>所詮は専門家気どりの学生なんだろ？やってる事はYOKOHAMAのバカと変らんよ。
>人に偉そうな事言う前に自分がやるべき事をやれよ。

結局そんな事しか出来ないお前はダメダメ厨房決定。どうせこれもそのままお返しなんだろ？
はやく首くくって氏ね&heart;

♥♥♥♥78はダメダメ厨房決定♥♥♥♥
今度は出たかな。酒が入ると手元が狂うな（笑）。
さて寝よっと。

なんか、どっちがどっちの立場か分からないんだけど。

2chなんだからこんなものなのかも知れないけれど、もうちょっと科学的な話ができないのでしょうか。
個人的にはBlueGeneについての科学的な話をもう少し聞きたいです。
今の状態では自分で検索して得られる知識を越えていないので。

>>81
BlueGeneについてIBMが公開してるデータは>>64くらいなもんでしょ。
それ以上のことは、80みたいな厨房にいくら煽られても書けません。
IBMに問い合わせたらもう少し具体的な話も聞けるでしょう、多分。
そんなに構える必要ないですよ。

しかし、79=80はなんなんだろう？
あんな態度じゃ科学的な話も議論もあったものじゃない。
匿名だからってあんな言葉遣いを平気でさらしてるところに
知性のなさを感じますね。

77>
よこはま氏はまともなこと言ってたよ。馬鹿呼ばわりされて切れて暴れて
いたのは、少なくともよこはま氏ではないよ。今回の場合も、82氏の真摯
な態度に対して暴れているのも77氏ですね。同じ人間ですかね？よこはま
氏に馬鹿呼ばわりされた人と・・・。

>>83
前スレでYOKOHAMAの煽りを読んで無いのか？それとも本人？
あれを擁護している様ではここもダメだな。

>>73
ということは本来そういう品質情報も含めてひとつのデータではないんですか？
公開するときにはそれも含めるのが研究者たるものの姿ではないでしょうか？　
だってそれなしには公開した部分の正しい姿が見られないんでしょ？
それを隠して得られるアドバンテージなんて、やはり恥ずかしいのではありませんか？
結局のところ秘匿データから得られるアドバンテージであり、知恵で競っているわけではないんですよね。
それとも隠すことが知恵なんでしょうか。

＞８４
よんでますよん。ですから感想を書いただけで。
今回煽っているのもどっちかわかってますよん。

>>86
よこはまでしょ、煽ってるのは。

>>85
アカデミックと企業では立場が違うんでしょう。
企業なら、秘匿データから得られるアドバンテージで食っていても
恥ずかしいことでもなんでもない。
同じ土俵で比較しようとすることが間違ってるだけのことです。

読んでいるとすごく混乱しているんだけど、
YOKOHAMAさんは情報屋さん？
79=80は生物屋さん？
82さんて真摯？

>>53
>速いコンピュータの中身を知りたい訳じゃないです。
>溶媒中でのMD計算をsecのオーダーまで流せば本当に構造が予測できるのか
>という問題について科学的（物理化学的）な見解を求めているのです。
>これも、漏らしちゃまずいようなことなのですか。

漏らしちゃまずいようなことだと思います。
だれもまだ実現していないことなのだから、最初に公表する権利も知識も
持っているのは彼らです。
ただ、それ以前に私は中身を知りません。

補足。
私=82=87=「馬鹿呼ばわりされて切れて暴れていた」人です。
他にもいくつか書いていますが77は別人です。
.

24=42=82=87さんへ

>>速いコンピュータの中身を知りたい訳じゃないです。
>>溶媒中でのMD計算をsecのオーダーまで流せば本当に構造が予測できるのか
>>という問題について科学的（物理化学的）な見解を求めているのです。
>>これも、漏らしちゃまずいようなことなのですか。

>漏らしちゃまずいようなことだと思います。
>だれもまだ実現していないことなのだから、最初に公表する権利も知識も
>持っているのは彼らです。
>ただ、それ以前に私は中身を知りません。

そうまでおっしゃるのであれば、あなたからもIBMからも情報を得ることは出来ないでしょう。
確かに、公表する権利は彼らにあるわけですから、これ以上はどうにも出来ないと思います。あきらめます。

ところで、IBMがどう考えているかは別にして他の方々にお聞きしたいのですが、
本当に溶媒中でのMD計算をsecのオーダーまで流せば蛋白質の立体構造が予測できると思いますか。

私は、立体構造解析を仕事にしていますが、正直言ってMD計算で求められるようになるとは思っていません。
基本的には27さん、43さんと同じ意見です。
2010年までにはsolubleなものの基本フォールディングについては実験的に決定されるでしょう。
従って、solubleなものはホモロジーの高いものを探してきて、モデリングでフォールディングは決められるでしょう。
但し、側鎖についての詳細な構造は構造解析しないと決められないと思います。
従って、仮に2010年になってMD計算でフォールディングが予測できても
結局個々のものについては構造解析をすることになると思います。

う〜、だれがどれはもういいだす！マターリと盛り上がってちょうだい！

>>92
ibmは専門誌を刊行（季刊）してます。それを見れば内情も多少分かるでしょう。
外部の人も購読可能だし、コンタクトをとればバックナンバーも入手できるはずです。
私は不可能と思われることを可能にすることも科学の一面と考えているので
あまり悲観的には考えていません。
しかし2010年までに全基本フォールドが決まるという見解には懐疑的です。


>>93
そうですね。でも人を見下げた言い方する人には参加して欲しくないな。

横レス　>>85
私は立体構造を決定する側の実験屋なので、最近の実験屋の
現場でのモラルの低下についてのみ書きます。

１）人より早く構造を決定すれば、論文になり業績になる。質の高い
構造にするために解析に時間をかけても、2番手3番手は失格。
２）ただし論文にアクセプトする前にはPDBにデータを登録
しなければならない
３）別にそのPDBが誰にどう利用されようとも自分には関係ないので、
anotationは最小限。最近空欄の選択肢が増えたのですげえめんどく
さい。生データの登録も、ソフトが適当に生成したものを入れている
（すべてではない）
４）refinementも指導教官にはオーバーフィッティングといわれて
いるが、絵にしたとき綺麗だし、論文の図もそれでつくったから、
いまさら変えられない。
５）まあでも背に腹は変えられないからとりあえず、登録して
おこうか？　　　てなかんじですね、ほとんど。

多分配列データ(genbank etc)なんかでも同じようなことが
起こっていると容易に想像できます。企業と違って、そのことで
お給料をもらっていない、実験系の研究者がどの程度まで公開
データベースに献身するのでしょうか？

ようするにPDBの問題点は
(1)ふるいデータは解析法や分解能に問題があるのでデータマイニング
にはつかえない
(2)最近のデータは粗製濫造のキライがあるので、やはりデータマイニ
ングに使うのは怖い
いかがなものでしょうか？
データを入力する側とそれを加工し利用する側に同胞意識と信頼関係が
曲がりなりにもあるような環境のほうが、バイオインフォマティクス的に
はいいんじゃないでしょうか？と思います。

結局、配列データも立体構造データも、雑でいいかげんなものが多くなって
きたということですか。ならばますます、計算で求める方向を探りたいなあ。
だってそうじゃないですか、人の出したものがそんなに信用できないんじゃ。

アイデアより作業量と運に頼って一番を競う過当競争がこんな風になった元凶
なんでしょうね。

R FactorとかFree Rで絞り込めばいいだけでは？

某立体構造１００個決めるとかいうのはどうなった。

>97
それよりもauthor の名前でしぼり込むのが一番確実なのですが

>96
同意。研究をpublicationやIFではかることの、欠点が結局
研究のきめ細かな質を落すことになる、という最悪の例かと。
せめて計算の人達はきめ細かな良質の仕事を維持してください、
といいたいところですが、このスレにも雑な人がいそうですね。

どの世界にも雑な人はいますよ。しかも幅を利かせがち。
細かい人は自分に対する要求が高い分、相手にもそれをもとめるが、
雑な人は、多くの人にとっては付き合ってて楽だからね。

しかし、計算の方は理論的根拠さえしっかりしていれば、
あまり雑にはやりようがないんじゃないでしょうか。
やったとして、後で定量的検証が可能だから、一度取ったらそれっきりのデータより、
扱いやすい面もある。
まあ、実用になるのはまだまだ先の話なんでしょうが。

99>100
>理論的根拠さえしっかりしていれば
おっしゃる通りだと思いますが、ことMDみたいな世界になりますと、
大前提の「力場」の理論的根拠という点に話が帰着してしまう、な
んてことになりませんか？　少なくともMDや量子計算や構造予測の
場合、非常に基本的なパラメーターの理論的背景がビミョウだな
って印象があります。

まったくその通りです。
ただ、実験と違って再現しやすいでしょ？
いんちきなことやってると、あとですぐにばれてしまう。
実験のほうはそうは行かないんじゃないでしょうか。

藁藁

>>99
authorで絞り込むというのはちょっと・・・非科学的では。

>>102
X線のデータは十分再現できますよ。構造因子さえ登録されていれば。
いんちきなことやっていたらばれます。PROCHECKとかのツールもあるし、
客観性は非常にしっかりとしていると思いますけど。
いくら雑な仕事をする人がいると言っても分解能で2.0A、R因子が20%切っていれば
全然問題ないと思います。

とういうとは、雑なことやっててもＸ線データはあまり問題無しですか？
配列データの方にはかなり問題があるけれど・・

>>104
基本的にはそういうことです。

>>96
構造に関してはPDBに登録してあるものならどんなに低分解能のデータでも、
現在ある予測プログラムに負けるような精度のデータはありません。

まぁ、温度因子位は使う側でチェックして欲しいですね。
１オングストローム以下の議論を聞いていると
ドキドキしてしまう。

旧ハイビジョンとデジタル放送・・・

デジタル放送の実用化に向けた開発が始まった頃、画質が悪いからと
N○Kはハイビジョンを目指して、アナログの技術を発達させた。
結果、きれいな画像が得られる高い技術が確立したわけだけど、
最終的にはデジタル放送へ移行せざるを得なくなった。

これと同じような現象が、実験と計算機による予測の間で成り立つということは
ないのでしょうか。

>>103-105
Free Rについて何かひとことコメントを。

あと最近の生物系雑誌に出る構造の論文では、
crystal contactについての議論がすっぱり
抜け落ちているか意図して書いていないのが
多いと思うのですが、そういうのは「雑な」
仕事とはいわないんですか？　藁藁

「逃げ」ではあるが「雑」ではない。

でもそのせいでそれを利用しようとするバイオインフォマティシャンが
大迷惑を被っているのは事実。利用する側のことを考えずに、自分の
業績を伸ばすためだけに論文を書き散らすというのだったら、それは
どんなに分解能が高くても、R値が低くても、ある意味利用者からは
「屑データ」にしかすぎないという批判についてどう思われますか？

それを「逃げではあるが雑ではない」と開き直るメンタリティーは
ちょっとおかしいと思います。

というよりも、R値や分解能ではそういう屑データとそうでない
良心的なデータの見分けができないとなったら、PDB自身の使い道が
相当限られてしまって、データベースそのものが屑データベースに
なってしまうと思うのです。

>108
文脈から考えるとデジタル＝実験、アナログ=計算機による予測
のような感じがしますが、それでいいですか？

おっしゃりたいこととは別に、私の感覚では実験=アナログ、
計算機による予測=デジタルですけど、この場合はデジタルは
アナログに近づくには相当時間がかかると思います。

ﾊｲﾋﾞｼﾞｮﾝ＝実験､ﾃﾞｼﾞﾀﾙ＝計算機のつもりです
NHKもデジタルの実用化にはしばらく間があるからと
先にハイビジョンにいったんですよね。
結果は御存じの通りです。
構造解析が同じような状況とはいえませんが。

>>111
本当にそうお思いなら、蛋白質科学界とかで問題提起されたらどうでしょうか。
ところで、バイオインフォマティシャンが大迷惑を被っているとは、
具体的にはどのような迷惑ですか。
crystal contactについての問題があるのであれば、
そういう領域に関しては解析するときにデータからはずせばいいだけでしょう。

雑音とか屑データばかりのところから有意な情報を引き出すのも情報科学だと思ってたけど
勘違いだったか・・・。

どなたか、慶應鶴岡であった「２１世紀の先端生命科学」シンポジウムにいきまし
たか？
レポート希望デス。お願いします。
http://iab.jtbcom.co.jp/

雑音からならデータも引き出せるけど、「捏造」からじゃ無理だよ

X線やNMRのデータを捏造するのはかなり難しいと思うけど。

データ入力者の「悪意」まで推定しなければいけないなんて、そんなの
バイオインフォマティクスのやるべき仕事ではないよ。それより確かに
蛋白質科学会あたりで、最近のX線学者には良心がない、ってシンポジウム
やったほうがいいかも。ｗ）

でも、それをいうなら生物物理学会の「X線の未来がどうとか」
っていうシンポジウムは無様だったな。学問自体がかなり深刻
に落ち目なのを当事者がなんとか盛り上げようって
シンポジウムで、ぶざまで嗤えた。　もちろん途中で抜けたけど。

いや、データは正しいんだ。refinementが間違ってるか
すくなくとも科学的に意味がない領域までover-estimate
して、しかもそれが意味があるかのようにdiscussionして
蛋白質科学自体をミスディレクションしているんじゃないか、って
思ってるんだよ、個人的にさ。

たとえば分解能が2A切ってRが20%のデータは正しい、という
いいかたをするけれども、分解能が2Aを切るような結晶が、
蛋白質としてどういう結晶なのか、考えて欲しい。
例えば酵素。普通は基質フリーだったらそこまで分解能があがる
結晶はまずとれない。基質やアナログでも2Aまでいけばいいほうだ
だがものすごく強力なinhibitorを入れれば1A代も夢ではない
なんてことがよく起こる。クリスタルコンタクトと阻害剤によって
内部も外部もガチガチな結晶をマイナス180度に冷やせば分解能は
あがるさ。でもそれって本当に俺たちの知りたい構造なのか？
で、結局本当に知りたい構造を計算するために、それを出発座標に
してフリーのMDを何ｐｓも流すわけだ。そんなんだったら別に
分解能2Aもいらんちゅうに。

なんてことを考えながら一人酒を飲んでいる俺は宇津田。
いいよ、独りで逝くから・・・

>>116

http://iab.jtbcom.co.jp/poster.html
ポスターは富田研が大半を占めてるな。大丈夫なのか？

大半っつーか、富田研オンステージにゲストとのトークをちょいと入れたって感じだ・・・

E-cell最近どうよ？

つか、そもそもIABオープンイベントだし。>>122-123

このスレには、MD計算を用いて蛋白質の物理化学的研究を行っている専門家は
ほとんどいないように思われる。ちゃんとしたコメントが全然返ってこないからな。
もし、いるのならMD計算でどこまでのことが分かるのか教えて欲しい。

はあ。いないんじゃないでしょうかね。

ﾊﾟｰﾄ1に比べて盛下がりまくりだね､ここ

YOKOHAMA氏がいないからね。ｗ

今、Ｎ◎Ｋが来て取材中。何か色々撮影しまくってるぞ〜。
放映されたら録画して会社の報告書代りにしようかしら（笑）

ちょっとYOKOHAMA探しに行ってみようかな

>>130
お台場？

んにゃ。巣鴨の近く。と逝っても分からんか(^^;;;

製薬会社？

臨書宇検？

MD計算流して今まで分かったことで一番面白いことは何？

ElectrostaticのCut-offが悪さするってことかな。

>124

最近、E-cellもとい慶応ｓｆｃも終わったかな、と思う。
なんかカルトっぽくねー？”ITとバイオで２１世紀を制覇”だってさ。ぷっ。

意気込みはいいんだけど、バイオのほうを本気でやる気がないからなぁ。
東京理科大や東京薬科大、北里あたりに基礎研究で負けてるからね
慶応の生物系は。

鰓とーのＫ野強制プロジェクトも同様と思われ。

そんな事よりお前ら生命科学系大学生よ、ちょいと聞いてくれよ。スレと関係あるからさ。
このあいだ、慶応SFCに行ったんです。SFC。
そしたらなんか明らかにどきゅんな学生がめちゃくちゃいっぱいでコンピュータの前に座れないんです。
で、よく見たらなんかブラウザの中に、E-cell、とか書いてあるんです。
もうね、アホかと。馬鹿かと。
お前らな、試験管もろくに振れねーで、ゲノムとか遺伝子とか語ってんじゃねーよ、ボケが。
遺伝子だよ、遺伝子。
なんか親子連れとかもいるし。一家４人でパソコンか。おめでてーな。
よーしパパclustalwでホモロジー解析しちゃうぞー、とか言ってるの。もう見てらんない。
お前らな、酵素入れやるからその席空けろと。
研究ってのはな、もっと殺伐としてるべきなんだよ。
プレゼントかで質問した奴といつ喧嘩が始まってもおかしくない、
つっこみをいれるかいれられるか、そんな雰囲気がいいんじゃねーか。女子供は、すっこんでろ。
で、やっと座れたかと思ったら、隣の老けた奴が、２１世紀はbioinformaticsの時代だよねー、とか言ってるんです。
そこでまたぶち切れですよ。
あのな、bioinformaticsなんてきょうび流行んねーんだよ。ボケが。
得意げな顔して何が、bioinformatics、だ。
お前は本当に一生bioinformaticsで飯食ってけるのかと問いたい。問い詰めたい。小１時間問い詰めたい。
お前、bioinformaticsって言いたいだけちゃうんかと。
生命科学系通の俺から言わせてもらえば今、生命科学系大学生の間での最新流行はやっぱり、
医学部再受験、これだね。しかも学士編入。
３０過ぎても親の脛囓ってもあえて再受験。これが通の生命科学系大学生。
医学部再受験ってのはどきゅんな私立文系の学生とか痛い連中とかが多めにいる。
ていうかドキュンのみ。そん代わり俺らが楽。これ。で、適当に研究して学士編入。これ最強。
しかしこれだと英語しか試験ないし、運もあるため、英語できないやつってやつは危険も伴う、諸刃の剣。
素人にはお薦め出来ない。
まあお前、SFCのドキュン学生は、ＳＥにでもなりなさいってこった。

>>141
こっち行け
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi?bbs=sim&key=990412981&ls=50

>>137
S先生考案のPPPC法だったら、cut-offの影響は少ないのでは？
BlueGeneとかってそこらへんのところは、解決しているのでしょうか。

>>143
うちらの周辺での最近のトレンド
cut-offはしない。
水もたくさんいれる。
イオンも入れる。
でも最大の問題点は、側鎖がすべてチャージしているのか
部分的に解離しているのか、解離していないのか、なかなか
わからんちゅうことかな。

なるほどね、最近は結構CPUパワーありますからね。
それと解離の問題って確かに重要ですよね。
十分長い時間MD流したら、交換していることも考えなければいけないと思うのですが、
そんなことまでシミュレーションできるのでしょうか。
pHとか塩によってもかなり変わるような気がします。
考え出すときりがないような、、、宇津だし脳。

乖離してるかどうかは、pH決めればほぼ決まるでしょ?
「ほぼ」じゃだめなの？

DQN発見

>>147
性格悪いねー　人生たのしい？

だから、ここにはMD計算の専門家はいないんだって。

DQNもういっこ発見

>>150
性格悪いねー　人生たのしい？

だから、ここにDQNの専門家はいないんだって。

何やってんだか．．．
生物屋ってこんなのしか居ないのか？

ちちち
にちゃねるにいりびたってる生物やといっとくれ

バイオインフォマティクス関係の論文誌や国際会議を教えて下さい。
できればランクもお願いします。

age

>>155
Journals
Bioinformatics
Nature
Nature Genetics
Nature Biotech.
Science
Nucleic Acids Research Genome Research
PMC Bioinformatics
Genome Biology
Journal of Computational Biology
Journal of Theoretical Biology
J. Mol. Biol.
Proteins
Protein Science
Protein Eng.

Conferences
RECOMB
PSB
ISMB
GIW
etc ...

http://www.bioinformatics.org でも見てくり。
ちなみに、順番はテキトーだよ

DQNいっぱい発見

これから、バイオインフォマティクス勉強しようと思うのですが、
おすすめの生物学の参考書教えてください。

>>159
生物学の教科書ですか？ならば書きが良いでしょう。
stryer: biochemistry
lewin: genes VII
watson: molecular biology of the gene

しかし、生物学そのものに限定せずbioinfomatics関連で
今からBioinformaticsで勉強すべきならば上に加えて下記を。

hartl: population genetics
branden, tooze: introduction to protein structure
gehert and kirschner: cells, embryos and evolution
setubal and meidanis: introduction to computational molecular biology
Durbin: Biological Sequence Analysis : Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids

これらはhttp://www.amazon.co.jpで検索できるので詳細は省略します。
他に実践的な教科書も多数ありですが、基礎を押さえずに実践ばかりやっても無駄と思います。
内容としては、分子生物学全般、集団遺伝学（含統計学的解析）、
コンピュータを使った生物学の解析方法です。
なお、情報科学理論等も有用性はありますが、理論的側面ばかりに
気をとられすぎてはいけません。

異論・反論受け付けます。質問は答えられる限り答えます。
メールをいただいても結構です。

>160
ありがとうございます。
さっそく、さがしてみます。
ところで、オライリーのdeveloping　ｂioinformatics　computer　skill
を読んで、Perlを勉強しているのですが、他に何か必要とされる
computer　skillを教えてください。

computer skillそのものより、その背景にある理論や考え方の方が遥かに重要です。
ある程度のプログラミング等の技術は必要ですが、情報科学的理論全般、
生物学的概念、統計学も併せて学んで行くべきでしょう。そうすれば、この分野で
Perlが好んで使われる理由も、Perl以外のプログラミング言語を使うほうがいい
場合もよくわかるはずです。
特に統計学は主成分分析やクラスター分析など、重要な内容が盛りだくさんです。
情報科学の分野は、私は詳しくないので十分な情報を与えられませんが、
論理、記号処理、グラフ理論などが重要です。他にも重要なものがあると思います。
生物学の分野では、分子生物学の各種テクニックと知見、遺伝学、集団遺伝学、
分子進化等が重要です。
情報科学、生物学とも、bioinformaticsにとって重要で難しい部分は、
統計学と密接に結びついています。
立体構造に関しては詳しくないので、他の方にお願いします。

プログラミング言語としては、次のものがわかると便利です。

C/C++, JAVA, Perl, Fortran, PostScript, SQL

最後のふたつはプログラミング言語と言えないかもしれませんが、
グラフィック出力に便利なのと、データベースアクセスは必須なので
強いて挙げてあります。
他には、

Lisp, Prolog, Ada, Occam

なども知っているといいでしょう。ただし実用性はあまりありません。

技術的には、オブジェクト指向、マルチスレッドプログラミング、分散処理などが
できると良いです。
アルゴリズムは、リスト、スタック、ソート、二分木、ハッシュなど一般的なものを
一通り理解しておけばよいと思います。
各種データベース関数の使い方も知っているとよいでしょう。
このあたりは、情報科学科ならば講義と演習があるはずです。
プログラミングはある程度の経験が必要ですが、良いコードに触れることができれば、
さほど苦労せずに身につくと思います。
非常に古い本ですが「プログラム書法」は良いプログラミングスタイルを教えてくれます。

あと、これからはCGIやPHP4を使ったプログラミング、
XMLの活用なども重要になってくるでしょう。
特にXMLはデータベースと強く結びついているので、RDBMS, SQLと併せて
勉強することをお勧めします。

しかし、これらは技術的な面を支えるだけで問題の本質には立ち入っていません。

情報科学と生物学両方の理論的・実験的知識は、バイオインフォマティクスにとって
不可欠なことをお忘れなく。

チャチャで申し訳無いんだけど、それだけの事が一人で出来たら
スーパーマンだと思います。

とりあえず３０までにできるようになっていればいいんじゃねーか？
順番はとわねえ。プログラム言語などを覚えるつうのは適性さえあれば
１〜２年でできちまうからな、それより生物の勉強のほんだべ、そっちは
適正や素養がないと、後回しになりがちだ、漏れも含めて（ｗ

生物系って暗記することばっかで機雷。

>>165
え？？？　私は出来ますが、なにか？

>>168
思い込みってのもあるからね。他人に評価して貰った方がいいYO

>>168
情報科学の理論的知識と生物学の実験的知識が、それぞれの
一流研究者なみだったらスーパーマンだね。
あと、立体構造関連やシミュレーションなどの物理化学的知識もあったら
ウルトラマンになれるよ。きっと。

>>165
はげしく同意(w

よく学際的とゆー言葉を勘違いしてる奴がいるが、
学際的とゆーのは学問の対象領域のことであって学問体系のこと
でわないのよ．
生物学でも情報科学でもいいけど、どっちか片方の
訓練をちゃんと受けてモノになるようにしとかないと、
結局、どっちの分野での使えない奴になっちゃうと思うよん．

>>171
それはＳＦＣに対する嫌味ですか？（ｗ

嫌味も何も、あそこの出身者と話したことない。
奴らって研究者志望じゃないんだろ？

構造やるなら、物理化学は必修だ！

>>171
知識を入れとくのは悪くないと思うけど、なんで拒むのさ？
自分より優秀な若い人が出てくると困るから？
知識を得るためには、全てに一流である必要はないと思うけど？

>>170
立体構造系は弱いです。

>>172
もしかしてここ、SFCの子供たちばっかか？

私はSFCとは無関係ですよん。

SFCにたいするいやみも何も、あそこはいわゆる実験の分子生物学関係と
のリンクが完全に欠落しているじゃないか。
それに生物系の知識が中学・高校程度で、いくら計算科学に強くても、
それでは学問的体系にならないじゃないか。

全てに一流である必要はないけど、それらのどれか一つに関してでも
中学生・高校生レベルじゃまずいっしょ。あるいは大学教養程度でも
まずいっしょ。

私もＳＦＣ関係者じゃありまっせん。

ＳＦＣのガキはせいぜいＳＥで就職するのが関の山。

>>175
なんで、これがおいら宛なんだい？意味不明なんだが。。。

>>172
そーゆー意図はまったくなかったよー
ってゆーかSFC出身の研究者って知り合いにいないから、
よーわからん。

>>181
スーパーマン発言に激しく同意してるからです。
もとの発言の主はそうとう考えが偏ってるようだし。

ていうか、>>170にするのを間違えた模様。ｽﾏｿ｡

>>182
スーパーマン発言は別に知識を習得するのがイカンという意味じゃないよ。
それだけの内容を一人でこなせるなら凄い事だが、実際には難しいんじゃ
ないか？という意味さ。
ほんの一握りのスーパーマンだけでバイオインフォの世界が成り立つなら
それもいいけど、そうじゃないだろ？

結果として、そうした分野の人が集まって行うのが一番ベストなんだろうけどね。

181じゃなくて>>182ね。

>>185は無かった事にして(^^;;;

でも、そんなに難しいことじゃないと思うけどなあ？
生物のことをほとんど知らず、勉強もあまりしない情報系バイオインフォマティクス
の人をみてると、非常に強い疑問を感じるんだけど。
同じことが生物系にも言えるけど。

なんかbioinformatics業界の行く末を暗示しています。
ひとむかし前に分子生物学で起こっていたことを繰り返す
のではないでしょうか?
今本当の分子生物学者はほんのひとにぎりで、残りは
他の学問の高級テクニシャンか、試薬会社の研究開発か
ルーチン業務の下請けになってしまっています。
上のスーパーマン構想は、おなじことが情報生物学で起こった
ときに、そのトップのほんのひとにぎり(Top30 w)に残るための
構想では?

スーパーマンというほどのものじゃないって。
まあ、でも便利だからその名前を使わせてもらおう。

知識は出来る限り広く持って、しかも中身をきちんと理解しておくことが
重要なんだ。それが最も尊敬する某先生の退官記念講演の言葉だった。
若いうちにいろんな分野のことを頭にいれておくと、
後になって本格的に研究に取り組むときに、それらが有機的につながってくる。
忘れてしまってることがあっても、一度身についたものは容易に取り戻せる。
身についてないものは、後になるほど身につきにくくなるし、
発想の源にならないんだよ。

で、「スーパーマン構想」てのは、現存の知識体系や技術を学ぶに過ぎない。
しかも、習得に何年も何十年もかかるものじゃないんだよ。
それぞれは長くても２年程度で学べるものだし、ひとつひとつに
専念する必要もなく、４つ５つは並行して学べる内容なんだ。
しかも関連性があるから１つ身につく毎に、残りの内容について
習得に要する時間と労力が少なくなってくる。

もちろん、情報科学と生物学はそういう関連性が薄いので、
単科だけやってりゃイイ学生に較べたら労力は多いかもしれないが、
それをもってスーパーマンというのは、不当だと思うよ。

スーパーマンという言葉にこだわってる様だけど、現実問題としてどちらの分野にも
長けていて主導を握れる人は皆無なんだから、そういう呼び方も（現状では）アリだと
思うよ。まあ、実際呼び方はどうでもいいんだけどね（ｗ

今後はそうしたバイオインフォとして教育されてくる人が増えるだろうから、ごく当り前
の分野になるんだろうけど、今の段階ではまだまだ未知数だよね。
それでもニーズとしては高い訳だから、じゃあどうするのか？って所で議論を進めれ
ばいいんじゃない？

>189
基本的に同意です

>190
後半は同意できます。前半部分も確かにそうかもしれないです。
現時点で、少なくとも日本国内で思いつくボス・グループリーダー
の名前を思い浮かべてみても、すくないですね(実は私の尊敬している
３人は３人ともどちらの分野にもかなりいい線いってるかな、と思ってる
けど）
今の段階でせっかくニーズも多いし、行政的にも追い風が吹いているの
だから、その時点で先端を目指そうって心意気がなかったら悲しすぎます
よ。別に情報科学に限らず、科学というのは手法が確立した、と思った
瞬間から陳腐化していくわけですよね？

だから、今の時点ではっきりとやればできるとわかってることは当たり前に
やったらいいと思うのです。っていっても生物の勉強しろってだけのこ
とでしょう？
なんでみんながそんなに大げさに抵抗するのか、私にはわかりませんけど・・

bioinformaticsは、生物７＋情報７＝１４で良いんでは？
生物１０だけの人間より良いだろ。
１４なら生物屋より上だがスーパーマンではない。

192は定食屋でミニチャーハン/ミニカレーセットあたりを
常食にして満足しているということかな。
まあひとそれぞれだけど。

192は、まだ学生かな。少なくとも研究職でわないな。
少なくとも自分のバックグランドと言える領域は１０いってなきゃ
使い物にならないと思うよ。それにプラスして、どれだけ関係領域の
ふところが広げられるかだと思うな。

広く浅くなんて、ジャーナリストや企画屋さんならいいんだろうけど、
研究室じゃテクニシャン以上の仕事が出来るとは思えん。

10って、使い物になるorならないのボーダーのこと？

文脈からして、普通に研究者を目指して専門領域を学んだ場合に
到達してることが期待されるレベルが１０だと思ってたけど？

>>191
三人って誰？　ヒントきぼん。

俺は10というのはグループリーダーがまかせられる、
またはPIになれるレベルぐらい、だと思っていた。
だから7+7では予算もとれないし学生も指導できない
んじゃないか?と。もちろん政策的な巨額予算をまかせる
なんてトンデモナイって

第４回国際ゲノム会議が間近です
今年は京都

お題目はプロテオームです。
参加締め切りは５日。

ttp://www.jba.or.jp/oshirase/genomics.html

>>192-196
単一専門領域と複合領域では求められるものが違うから生物10+情報10って話じゃなくって、
複合領域の方で他で出来ないことが出来りゃ良いんだろ?
ただしそのための前提知識として、生物7+情報7は「最低限必要」だろうが
それだけで「十分」なわけではない。それだけのことじゃないの？
それを、いまのいわゆる「一流」バイオインフォマティシャンは
生物2+情報8くらいで済まそうとするから駄目なんだよ。
もちろん、全員がだめなわけじゃないけど。

A山先生のグループって、生物とか物理化学分かっている人いるの？

前スレから読んでみてもみぃーんな勘違いしてるね。
bioinformaticsなんてデータが生物系だってだけなのにね。
物理でもコンピューターはよく使ってるけど、
誰もphysicinformaticsなんて言わないもんね。
生物系の人はコンピューターをわかってなさ過ぎるから
ちょっとした事でもinformaticsなんて大袈裟に言うんだろうね。

> 202
そこのメンバの書いた論文を読めばわかること。
メンバはウェブにかいてあるし。
ヒトに聞いてわかることじゃない。

>>204
PubMedで検索しても、ほとんど引っかかってこないです。
Webで書いてあるのは何か情報処理関係のものばかりなので。。。

>SFCにたいするいやみも何も、あそこはいわゆる実験の分子生物学関係と
のリンクが完全に欠落しているじゃないか。

いつごろの話？
漏れは同級生とか塾講の教え子とかＳＦＣ行ったやつがいるから多少は
知っているが、確かに４、５年前は生物系の授業が富田ひとりだって聞いて、
「なんだかなあ」って思ったが、今は実験系の教授から講師まで何人も呼んで、
ついに新しいキャンパスまで作っちゃってる。
bioinfo学科（クラスターって言うらしいな）に格上げするくらい
金を使ってるってゆうんだから。

今では授業で総合政策の１年坊主でさえ「Essential Cell Biology」ぐらいなら
買わされて勉強しているらしい。

詳細は富田ラボ関係者に任せる。

>>203
で結論は？

>>206
いいよ、別にガッコでやってる事の詳細なんて。
それより結果出して。

>>208
ISI Web of Science でとみたラボの論文の times cited
を調べてみるといいよ。

ここにＳＦＣの学生はおらんようやな。
かしこい子らや。
２ｃｈなんか見てるより、研究しろってか。

>>203
確かにそうだが、あまりにも生物がコンピューターと
無縁だったということか？
ATGCだけで書かれていると解析すべきデータ−がすでに
わかってしまっているゆえか？

もっと説明を希望。

大したことやってないのに、たいそうな名前をつてるってことでしょ。

>>208
その通り。あそこのラボはペーパーも出せずに路頭に迷うヴァカばかり。

>>212
私怨？コンプ？
他でやってくれＹＯ！

>A山先生のグループって、生物とか物理化学分かっている人いるの？
すまん。門外漢なんで。Ａ山先生って誰？
調べられるヒントでもお願いします。（でもなぜ匿名？）

＞私怨？コンプ？

DQN私大文系の分際で、コンプをもたれると考えている時点で間抜け。
プライド高いのはいいけどさ、ペーパー出せよ。

>>214
今度は俺宛て？

だからあ、「門外漢」なんだって。意味わかる？

bioinfoを「やってない」んだって。これからやろうと思って聞いてるんだって。
そんな俺がペーパー出せる？
「決意表明」なら出せるけどさ。それでアクセプトされるのか、この世界は？

上のレスで関係ない人をＳＦＣと決めつけてつけてんのもあなたでしょ。
第三者的に見て、「ＳＦＣに私怨かコンプレックス抱いてる」としか見えないんだって。
過剰なの。反応が。
本当に「路頭に迷うヴァカばかり」と思ってたら、無視でしょ。フツー。
決めつけて、攻撃。異常すぎるの。
実はあなたが一番ＳＦＣ（富田）をすごいと思ってるんだって。
コンプ持ってる人の典型。
ほんとに勘弁してよ。

だから富田はわかったから、Ａ山が知りたいんだって。

きちんと文面読めば、普通の読解力持ってる人なら分かるでしょ。

あなたこそペーパー出せるようにがんばって。
（でも、見当違いの引用するんだろうなあ・・・）

A山＠お台場

>>216
なるほど。「お台場」と「バイオインフォ」でいくつか出てきました。
これから調べてみます。
ありがとうございました。

>>214さん、
ちょっと言いすぎたかもしれません。すいません。
でも、発言だけを読んでいるとちょっとムキになっているな、と第三者的に感じられたので。
たぶん富田ラボのよい点もあなたは知ってらっしゃると思うので、
それはそれとして認めて、よりよい実績を残せるように頑張って下さい。

>>213も、煽るようなこといわないでよ･･･。

あ、余分なレスしちゃった｡
>>213ごめん。
鬱だ･･･｡

富田ラボのよい点が全くわからないもんがいかんです。
でも学科に格上げされるのでKOの生物系のひとが
期待しているって話をちょっとだけききました。

このあいだのシンポジウム、お手盛りが多くて
内容的には海外で2年くらい前にやられていることの
「優等生的な復習」って感じがしましたが、2年たつと
生物学自体のほうの発展が速くて「そのかんがえかたじゃ
ちょっとふるいんじゃないの?」という気もしました。

そのへん、専門家の評価はどうなんでしょうか?

>>220
早くそういう時代になって欲しい物です。

A山先生ってT大？　

>>222
KOだと思ったけど。

A山せんせいそんなにすごいか？

情報屋としての実績しか分からないんですけど。

>>213
>実はあなたが一番ＳＦＣ（富田）をすごいと思ってるんだって。
失笑したね。決め付けて攻撃している異常なのは君だろ。
アタマ悪そうな君のために簡単に書いておくよ。
日本でSFCにコンプ持っている奴なんていると思ってるのか？
そんなことを思っているのはSFCの人間だけだろうが。自意識過剰なんだよ。

それとお前、自分で自分が書いたことを理解できてないのか？
受験で国語がない馬鹿私大だから仕方がないとは思うが。
>だから富田はわかったから、Ａ山が知りたいんだって。
って書いてるが>>213を見ると>>215では無理に話題を変えて
逃げようとしているのは明白じゃないか。それとも文字が読めないのか？

藤沢の田舎でプライドだけは肥大しているようだな。
「ぼくちゃんのいるところはすごいんだ！」って思い込むのは勝手だが、
他人の前で根拠が皆無な汚らしいプライドをひけらかすな。

キャッきちゃないっ！

>>203
Computational Physicsなる言葉は一応あるのでは？
計算機を使う場合、力技では限界があるもの、いわゆるintractableな問題
にあたる時は、計算機屋さんの知識はそれなりに役立つと思う。

>>228
それに対応するのは三次元構造予測位かね。
他にはアラインメントのアルゴリズム程度かね。
それ以外は頭じゃなくて体使うお仕事だな。

三次元構造予測は情報処理の問題ではなく、物理化学の問題です。

>>229
というか、Bioinformatics といわれている分野には、
頭をつかう問題と、体をつかう問題の二つがあるということかな。

なんだか、あたりまえですね。

情報屋の立体構造予測は自己満足になっていませんか？

>>232
問題の定義によるのでは？

具体的には、だれの研究のことでしょうか。タンパク質立体構造予測といっても、いろいろあるし。

からだをつかうバイオインフォマティクスってどこらへんがメッカ？

>>232
あっ、漏れもそう思った。

ほんとそうだよね。

やっぱりそうか

>>233
>具体的には、だれの研究のことでしょうか。タンパク質立体構造予測といっても、いろいろあるし。

私の知る限りでは全部かな。。。

まあ、これは私が無知なだけかも知れませんので、
逆に、結晶構造を決定する前に予測した結果のみを用いて
何か役に立った「具体例」があれば教えて下さい。

あっ、但しいわゆるホモロジーモデリングは除いて下さい。

>>238
フォールディングのエネルギーランドスケープについて議論するとしたら、
実験だと限られるので、スピングラスなどをつかったシミュレーションが
よく行われていますね。
なごやとかでやっていますね。
いや、これは物理か。

分子研のおかもとさんは、自己満足じゃないとおもわれ。
いや、これは、物理化学か。

ところで、立体構造予測といっても、

> あっ、但しいわゆるホモロジーモデリングは除いて下さい。

というのはフェアじゃないんじゃないだろうか。
ab initio も threading も homology modeling も全部込みで、
立体構造予測。

その上で、

> 私の知る限りでは全部かな。。

ですか？
なまえ出してきましょうよ。

自己満足かどうかは、
結晶構造を決定する前に予測した結果のみを用いて
何か役に立ったかどうかで判断するべきだと思います。

>>240
そういう立場もあるだろうけど、問題設定がせますぎやしないだろうか。
立体構造予測というより、結晶構造予測というかんじ。

では、逆に質問しますが、
自己満足 <-> 他の人がその有用性を認める　だと思うので
「結晶構造予測ではない」立体構造予測が他の人（この場合生化学屋とか分子生物学屋）に
「具体的に」どのように役に立っているのか教えて下さい。
我々が今までに行った実験を解釈するのに役立ったり、
これから行う実験の計画を立てるのに役立った例（論文）があれば、
知りたいです。

>>242
ない。おわり。





では寂しいのでちょっと補足。
今現在できることを続けて行くのも研究。
いままでに出来なかったことを出来るようにするために
いろいろ試みて系や手法を確立するのも研究。
現状のバイオインフォマティクスは後者に属すると思われる。
有用か無用かの判断は、もう少し先をみないとわからない。

分子生物学だって、最初は異分野の人がまったく新しい発想を持って参入したため
もともとの生物学者からは、かなりの抵抗があったはず。
批判するのはかまわないが、自身が化石になってしまわないように気をつけてくだされ。

>今現在できることを続けて行くのも研究。
>いままでに出来なかったことを出来るようにするために
>いろいろ試みて系や手法を確立するのも研究。
>現状のバイオインフォマティクスは後者に属すると思われる。

勿論、構造決定する色々な手法を確立することはそれ自体意味があると思います。
NMRによる溶液構造決定法の確立が重要な仕事だったように。

>有用か無用かの判断は、もう少し先をみないとわからない。

もう、結構長いことやってますよね。。。少なくとも10年以上。

NMRに関して言えばここ10年くらいの進歩はすごいものがあります。
もう打ち止めかと思ったらTROSYとかRDCとか出ているので、
まだまだ進歩しそうですよね。
また、X線も随分前に確立した手法ですが、それでも放射光の利用、
ソフトウェアの進歩などによって、ここ10年くらいで
予測法よりも進歩が速いくらいではないかと思ってしまいます。

構造予測はそれと比べると、いつになったら我々の手の届くところ
（実用的に使えるレベル）に来るのだろうと思わざるを得ないのです。
正直言って我々生化学屋にとっては10年前も今も専門家が相も変わらず
テストばかりやっているような印象なのです。

>分子生物学だって、最初は異分野の人がまったく新しい発想を持って参入したため
>もともとの生物学者からは、かなりの抵抗があったはず。

立体構造予測の話は、この時とはかなり状況が違うと思います。
既に他の手法で出来ることを補完、代替えしようとしているわけだから。

>批判するのはかまわないが、自身が化石になってしまわないように気をつけてくだされ。

勿論、有用だと言うことが分かればいつでも使用させていただきますよ。
有用であれば、ホモロジーモデリング、ab anitioの予測など我々生化学屋は何でも使いますよ。
実際、ホモロジーモデリングは使うことはあります。
NMRを構造解析の道具として使用している生化学屋の一部が、X線を併用しているようにね。

>244
>NMRを構造解析の道具として使用している生化学屋の一部が、X
>線を併用しているようにね。

それはやっている人の意識と満足度の問題だと思うんです。
私は自称「構造生物学者」なので、生物学の問題解決のためには
なりふりかまわずNMRもX線も計算結果も使うつもりでいます。
NMRの人は、私も含めてNMRという自分が立脚している方法論への
満足度が低いので(自爆)常に新しい方法・領域をめざして「悪あが
き」をしてるのです、きっと。そしてその成果がときどき方法論の
進歩につながってるんだと思います。構造予測もRosettaは結構
NMRには恩恵あるんじゃないかな、と思ってます。

翻ってBioinformaticsの人はどうなんでしょうか。自分のやっ
ている方法に対する「満足度」はどれくらいなんでしょうか？
NMRの業界にも、もとは計算屋だけど最近は自分でNMRやってる
ってひとが時々いますね。最近の大物転向派では阪大のN先生か
な？ちょっとびっくりしました。
富X先生や秋X先生が、NMRまたはX線またはものとりのできる
人のPD募集広告をどこかに出す日も近い、のでしょうか？
それともそんなことはありえないんでしょうか？　(@@

ありえないんじゃないのかな？あそこの学部はしょせん文系でしょ〜。

http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/molbio/faq.html

こっちだった。
http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/molbiol-c/c2.html
によると
>X線結晶解析、NMR分光法については原理を理解する必要はありません
だそうです。

同意。生物のなんたるかもしらずに
くびをつっこんでくるなよな。さるども。

>X線結晶解析、NMR分光法については原理を理解する必要はありません

ﾜﾗﾀ

秋×先生はそんなこといわないとおもうけど。

245>247,248
わらた。それ、今度ラボでねたにさせてもらいます。
うちなんてこわ〜いNMR原理主義者が多いからすごく
うけるかも。

>>252
Y山研ですか？

両刀遣いの代表でしょう＞Y山研

>>251
A山先生こそ、言いそうな気もするけど。
だって、仕事の内容からして別に原理まで理解する必要はないし、
何が分かるのかさえ認識すればいいのでは？
実際、彼のグループに原理を理解している人はいるのでしょうか。

横レス御免。
みんなホモロジー検索の原理理解してる？
私は×。

>>256
原理ってアルゴリズムのこと？ホモロジー検索とは何かってこと？

>>252
つーか、これって学部１年か２年向けのページのような気がするのだが・・・。

仕組みの事。
アルゴリズムやその他。
その他って何か知らんけど。

>>258
しかも、「要点」って言ってるし、これくらいでいいんでないの？

>要点その2（154〜166ページ）

　この部分はタンパク質の解析法について書かれています。
大変重要ですので理解するようにしてください。

・タンパク質と他の分子の結合にかかわる４つの相互作用について復習してください。
・平衡定数について復習してください。
・モノクロナール抗体の作成とその抗体を利用した精製手法・分子標識法は重要です。
・遠心分離器による４種の分離法について原理を理解しておいてください。
・３種のクロマトグラフィー法、電気泳動法は重要です。原理を理解しておいてください。
・タンパク質のアミノ酸配列決定法の原理を理解してください。
・X線結晶解析、NMR分光法については原理を理解する必要はありません。しかし、この解析で
タンパク質の構造がわかることは覚えていてください。

タンパク質のアミノ酸配列解析法をエドマン分解 (Edman) といいます。
詳しくは、「ヴォート　基礎生化学」の 70 - 74 ページに書かれています。
また、その他の精製・分離技術に関しては 62 - 69 ページに書かれていますので、
詳しく勉強したい方は参照してください。

Ａ山センセネタか・・・・
あの人鳴り物入りでＫ大Ｋ研の助教授になったと思ったら、とっととクビになってるし。
その間離婚して速攻で再婚してるし（ってどうでもいいけど）
で、またつくばに逆戻りして、お台場で返り咲き。
その間の仕事・・・・・なにしてたかわからん。

>>259
DP、FASTA、BLASTとかそういうものですか？
それならば学部3年生くらいの知識で何とか理解できます。

オリジナルのペーパー読むのがてっとり早いと思います。
ある程度プログラミングの知識があるなら、その辺のキーワードで
ソースコードを探して一読するのも面白いかと。

もしアルゴリズム関連の入門＆リファレンスが必要ならば
"Introduction to Algorithms" (CLR) がお薦めです。
最近第二版が出ました。
あとこの辺の分野でよく使われる人工知能関連のアルゴリズムを理解するには
「エージェントアプローチ　人工知能」という本もいいかもしれません。

さて逆に質問ですが、"The Cell"にあわせて読む生化学の入門書はどんなのがいいですか？
教えていただければうれしいです。

12月はじめ頃にDP, Blast, Fastの原理を説明した教科書が出版されます。

情報からこの方面に入った学生の就職って普通にSE？
製薬系の企業とかの研究開発職に新卒で入った人いるの？

>>260
ちゃんとした理系ならそのレベルでいいわけないだろ・・・。

>>261
でも、A山先生ってセンター長だから偉いんでしょう。
生物学関係の業績を教えて下さい。

別に生物系の業績なんか要らんだろ。
生物に利用できる情報系の業績があれば。

>>267
K久研時代は事務員として働かされていたようなもんだし（藁
生物学関係の仕事なんてしらねぇな

A山先生ってT大じゃなかったの？

その通りだけど、それって結局のところ生物系の奴らから
評価されなければ、業界内部でいくら評価が高くてもドキュソ
だという、非常にねじれた価値観をはぐくむからバイオインフォマティクス
全体のためにあまりよろしくないんじゃないかな。

>>269

Ｋ久研自体まともな生物系の仕事なんてしてないよｗ

慶大生が山伏修行　山形で

　山岳修験の地で知られる山形県の出羽三山・羽黒山で９日、生命科学を
学ぶ慶応大の学生、院生１７人が山伏修行を体験した。学生らは同県鶴岡市の
同大先端生命科学研究所で「バイオキャンプ」と名付けた研究生活を送って
おり、修行は生命観を学ぶ研究の一環とか。２１世紀の慶応ボーイ、ガールは、
何を体得したか？（毎日新聞）
[11月10日0時21分更新]

>>265
一応IBM、日立ライフサイエンス事業部あたりが情報系である程度生物分かる人間を
探しているようです。しかしながら、日本ではまだまだ仕事の数が少ないですね。
自分もとりあえずこのまま留まってアメリカで仕事探してみるつもりですが、どうなることやら。

バイオインフォマティクスのグループを率いているのであれば、
少なくともPubMedで検索して引っかかってくるような文献が
ある程度ないとちょっと心許ないような気もするのだが。。。
海外でちょっと名の知れたリーダーだったら、当然のことでは？

結局日本の情報技術系は
bioinformaticsもふくめて、
あたらしいアルゴリズムもつくれない、
あたらしいCPUもつくれない、
あたらしいOSもつくれない、
エロゲーと3DCGとゲーム機と日本語入力だけが世界に
誇れる(でも脚本がわるくて映画はハリウッドに負ける)
非常に国際競争力の弱い分野なのですね?

>>276
何でバイオインフォ一つだけの判断でIT分野を見切った如く書けるのか
全く不思議。世間知らずさんと言われても仕方無いぞそれでは（ｗ

> あたらしいアルゴリズムもつくれない、

確かに日本人の基礎的(数学寄り)の仕事は少ないですね。
この分野をやる人自体が少ないですけど…。
暗号とかあの辺は数学的に際立ったセンス無いとやって行けませんね。

> あたらしいCPUもつくれない、

莫大な開発費がかかる割りにあまり美味しくないうえ、事実上
ニッチ市場しか残っていないためあまりどこも本腰入れないんでしょう。
（SHとか結構がんばってるけど)

> あたらしいOSもつくれない、

これも市場がもう無いと思われます。組み込みではTronが物凄く強いですけどね。
コンピュータの根本的アーキテクチャの進化が無いので、現状維持が
続くでしょうね。

> エロゲーと3DCGとゲーム機と日本語入力だけが世界に誇れる

エロゲーはともかく、エンターテイメント市場での優位性は確かですね。
コンテンツ不足の時代にこれは結構な強みになってゆくと思われます。

要するに、バイオと一緒で中心はアメリカとかですね。
まあ、日本で不満だったら海外に出ればいいだけだし、
その辺の事情はどの業界も一緒なのでは？

あたらしいCPUつくってるじゃん。NECとか富士通とか日立とか。
大型機用のCPUばかりだけど、ベクトルパラレルコンピュータは日本が圧倒的に強い。
OSは、シャープのザウルスとかかなあ。ゲーム機に入ってるのはOSとは呼べないか。
プログラミング言語はRuby。アルゴリズムねえ。LHAはアルゴリズムを作ったウチにはいらないのか。
携帯電話は圧倒的に日本が強いでしょ。あれだって情報系。
アイボは？アシモは？これも情報系でしょ。
情報系技術そのものは、そんなに卑下するほどひどくないよ。金に直結するからね。
CD, VHS, DVDなんて、ほとんど日本が規格を作ってる。ま、これを情報系とは
呼べないかもしらんが、媒体を規定するのは結構重要。
そういえば、フロッピーディスクを発明したのは、ドクター中松だそうじゃないか。

生物系は、なかなか金に直結しないから、出遅れてるんだ。
金につながることがわかったら、アメリカを抜くようにもなるでしょ。
ていうか、生物系が駄目駄目だからといって、そんなに悲観する必要はないよ。

横レスだけど
”フロッピーディスクを発明したのは、ドクター中松だそうじゃないか。 ”
これは間違いだから。
こういうことは鵜呑みにしないほうがいいよ。

あれ？うそなの？＜なかまつ

http://www.1101.com/dictionary/hobojisyo/floppy_disk.html
http://inside.gunma-ct.ac.jp:8080/ice/~mame/doc/nakamatsu/mokuji.html

中松さん、カナリアや恣意ね。
特許取るのなんて簡単にできるってことか。
でも、彼は何で金持ちなんだろう？
特許でそんなに儲かってるのか？？

だれか、B農氏のbioinformatics-jpに加入してますか？
bioinformatics.orgに加入してる人いますか？

ザウルスＯＳの本体はｶﾅｰﾘショボイよ。
MS-DOSのver.1に相当する感じ。
（ディレクトリなし、ファイル名はアルファベット8+3文字）

> あたらしいCPUつくってるじゃん。NECとか富士通とか日立とか。

汎用機、組み込み用ならそれなりに作られてますね。上記のSHシリーズとか。

> ゲーム機に入ってるのはOSとは呼べないか。

OSですが、PS2はLinux、DCはWINCEで、両者とも残念ながら
日本製ではないです。もちろんカスタマイズは日本ですが。

> プログラミング言語はRuby。

たしかにRubyは結構いいですね。
Bioinformatics全般では、まだまだPerl一筋という人も多いですが、
上手くいけば世界的にも受け入れられる言語だと思います。Python
のいいライバルじゃないかな。
自分も、生物関係のテキストデータ処理に少しづつ使ってみようかと思っています。

> フロッピーディスクを発明したのは、ドクター中松だそうじゃないか。

まああの人はちょっと虚言癖ありすぎですね。
IBMが｢ディスケット｣を製品化するとき、後々の訴訟を防ぐために周辺特許を持つ人々に
金を渡したが、その中の一人、というのが真相のようです。

OpenBio http://www.open-bio.org
　↑
bioperlやbiopython, bioxmlはここに入ってるのに
biorubyはなぜここにはいってないの？

biorubyがオープンでないからでないかい？

バイオインフォマティクスの人はこのいたにはいないの？

＞287
PS2のLinuxは開発環境の話（最近PS2本体でも走るキットが出たが）
DCのWinCEはゲームによっては使用してることもある
（ライセンス料を嫌って使用してないゲームも多いようだ）

日本のバイオインフォマティクス研究者の問題点
・ソースの公開をしない
・マニュアルを作らない
バイオインフォマティクスにかぎらないか、これは。

>>289
いません。
もっと言うと日本にはほとんどいません。
ここ数日の発言を見ても分かるように
コンピュータ関連の話題では盛り上がることが出来ても、
Biologyの話では盛り上がることは出来ません。

>>291
国民性がせせこましということですか。

かぜのうわさでは日本バイオインフォの某大御所が
ＳＧＩのマシンを数十億で買ったとか買わなかったとか。
当然、アカデミックには無償公開されるだろうけど、
まさか課金しないよね、某大御所先生？

それにしてもいまどきＳＧＩって・・・
時代錯誤な気がしなくもないけど、なにするつもりなんだろ？

>>293
噂って....モロ日経に載ってたっちゅうねん。

>>294
突っ込むところは、ソコじゃないですよ。

>>295
じゃあ御題目でＤＮＡ構造が変わる、ってとこかな？

え？え？え？それで何がわかるの?
数十億のＳＧＩコンピュータを購入して独占するだけの価値が？

>>296 さすがカルト教団ｗ

北野さんてどうですか？
システムバイオロジーとか、システオームとか、ロバストネストか
やたら仮名文字使ってるけど。

.

ｺﾞﾙｧ！ｺﾞﾙｧ！ｺﾞﾙｧ！ｺﾞﾙｧ！ｺﾞﾙｧ！ｺﾞﾙｧ！

ヲームブックage

システムバイオロジー
age

ＢＡＣとかＰＡＣって何ですか？

ヲームブックsage

BAC = 夢を食べる動物
PAC = 新鮮野菜○○○

教えろやぁ！
ゴルァ！ゴルァ！ゴルァ！ゴルァ！ゴルァ！ゴルァ！

ばくてりあん　あーてぃふぃしゃん　くろーん

北野は詐欺師。数学のわからん
生物系を煙に巻いて大金をせしめる極悪人。
てめえは自動翻訳やってろっちゅうの。

>数学のわからん生物系
それは聞き捨てならんな。数学がわからないのは、予算付けた役人だろ？

ひさしせんせ灯台遺跡

か？

>310
煽りなんだから聞きすててやれよ。

じゃＰＡＣは「ぱくてりあん　あーてぃふぃしゃん　くろーん」っすか？？？
教えて下さいゴルァ！！！！！！！

>>313すごい!あったまいｰ

ばくてりあん　あーてぃふぃしゃん　くろーん

じゃなくて Ｃはクロモソームの略。
って馬路レスしている自分に恥ずかしくなったけど、
一応しらせておく。

ＰはＰ１

萎え

質問。
今皆さんが高校生だったとして、バイオインフォに興味があった
としたら、研究職につくために、どういうルートを考えますか？
とりあえず、海外留学は無理そうなので国内でお願いします。

京大、九州大、東大、名古屋大、慶応あたりをめざしますか？

東大以下研、や異伝研は大学はないんですよね？

>317
ひまな学部時代にコンピュータサイエンスを
必死こいて勉強して、バリバリの実験生物屋の所で、
自分の知識が有効利用できそうな所を
脳みそが解けそうになるくらい考える。

研究職につきたかったら灯台。
それ以外は冷や飯食い。

そんなことはない。
人に教えを請わなくても自分で必死こいて勉強すれば
道はいつか開ける。

京大はバイオインフォを直接目指しているならちょっと違う気が･･･

>>318　わりと同意。東大はいいよ。
ホントの意味での総合大学だから、情報系も生物系も充実してる。
それに、今度学部生向けにバイオインフォマティクス専門のコースも出来る。
やる気があれば他の大学より楽に勉強出来るよ。学問に王道なしというのは嘘。
いい先生につくことが出来ないと、必要以上に苦労しなきゃならないんだ。

tp://wwwsoc.nii.ac.jp/mbsj/ann2001/soshiki.htm
見てみな。
東大の文字でめまいがするだろ。

いろいろいい事あると思うぞ。東大でてると。
BioInfoの世界も近い将来東大が石鹸するって(タメ息)。

>いい先生につくことが出来ないと、必要以上に苦労しなきゃならないんだ。
ﾊｹﾞﾄﾞｳ

兄弟K久研は死亡？

灯台に逝くらしい是。

>>322 「特別委員」←こいつはなんだ?（藁

>>325
うるさいから飴あずけられたんだろ（ｗ

全然関係ないんだけど、IPABのこむぱっくやらF通やら日立やらの
座談会すごかったって。「今が儲けどきなんだから、我々ハードウェア
ベンダーは、箱を売りまくればそれでいいのだー。」って結論に達した
らしい。ゼネコンと発想は一緒。

まあ他では儲かってなくてリストラしまくりだからねえ
こんなときに速くもない外国製コンピュータに税金30億円もつっこんでるやつあ非国民だよなあ

http://www.sgi.co.jp/newsroom/press_releases/2001/aug/icr.html

これで30億。

マジレスだけどタイガー
エレファントとグリズリーの天敵と呼ばれる。

でもこういう話題は野生板でお願いしますね。

誤爆ﾒﾝｺﾞ

KOがバイオインフォのポスドクを8人も募集しちょります。

>>322
東大だから多いのではなく、学会が関東であるからだとおもわれ関西であれば、阪大、京大が増えることでしょう

>>329
その数分の一でA山先生は1024CPUのシステム作ってるでしょ。
PIII 900MHzだけどさ。コストパフォーマンスでいえばSGIよりはるかにいい。

ていうか、もともと日本にはDDBJがあるのに、なんであっちこっちに
ぽこぽこ得体の知れないセンター作って湯水の如く金を投入してんだろ？
Kグループだけでも医科研と京大の両方にそれぞれクソでけえコンピュータいれてるし。
そろそろ、統合して一つにまとめろや。

一種の公共事業化してるな。

公共事業そのものです。

民営化･統廃合の対象案件になる？

>>334
あなたが派閥を解消してください。
そうすれば直にでも統合出来るでしょう。

ここで、>>333 よりも説明力が強く、検証も可能である仮説を提唱したい。
単に東大が学会の当番だったのではないか？

>317について
優しいアドバイスありませんか？

>>340
こんな感じです。

１．東大に行く
２．情報科学の講義を聴講したり、プログラミングのバイトをする
３．生物系学科（生物科学、生物科学、農芸化学、薬学部、医学部など）に進学
４．バイオインフォ系の大学院にゆく。
５．博士号を取る

>>341
やっぱし生物＞情報な配分で勉強しろってことですかね。
確かに、そうかもしれないな…。生物独学はかなり困難だけど、
情報系のスキルならかなり独学できるから。

>>340
一応情報系でＢＳとった後、生物系学部の院で苦労してる人間からのアドバイス…

一通りのコンピューター系リテラシーを身につけるつうことで（高校生でもかなり独学可）

自分のPCにUNIX系OSをインストール
基本コマンドマスター
ひとつのエディターを自在に使えるようになる
Perlを学ぶ（Python, Rubyも可だけどまだマイノリティー）
C++を学ぶ（計算量が多いもののため）
MySQLなどのデータベース関連の知識を仕入れる

以下の本がお薦め：
http://www.oreilly.com/catalog/bioskills/
http://www.oreilly.com/catalog/begperlbio/

たぶん近々日本語にもなるんじゃないかな？
全部知ってたらごめんね…。

>343
横レス
C++は必要か?
計算量が多い場合や、他の大学が開発した
ライブラリを組み込んで利用する場合、
むしろCのほうがよくないか?
まあ好みのもんだいといってしまえばそれまでだが.

中央高等学院の従業員「西部」が女子トイレに闖入し
汚物入れを物色して女子生徒の使用済みタンポン・ナプキン等を
個人的に収集しているというのは事実。

中央高等学院では
生徒及びその保護者の個人情報を名簿図書館等に売却しています。

中央高等学院
http://www.chuo-school.ac/
http://chs-f.com/index.html　中央高等学院福岡校

>>343
うおー！こんな本が出ていたとは知らなかったよー。
情報ありがとー。早速買いに逝ってくるよー！

>>344
まあ、確かに好みの問題だけど、基本的にC++はCのスーパーセットだから、
コンソールIOとかそういう細かい部分を除いて、ほとんど同じ知識が
流用できるから、今から始めるのならC++つうことで理解してください。
無論、もうCで慣れてしまっているのならば、大規模なものを書くので
OOPも必要、という場合以外はC++じゃなくても良いです。
実は、自分も最初はCだったので、あとからOOPに馴染むのが
結構面倒だったので。どうせ今からやるなら…という意味です。
本当にこの辺は好みだから。いまだにFortran一本の人もいるし。

あと、プロトタイピング、データのビジュアル化の便利なツールとして
MATLABも覚えとくと良いかもしれません。個人的には学部時代
AIの授業とかでも使ってて、Mathematicaより好きです。

>>346
両方買ってみましたが、基本的にどちらも「コンピュータを良く知らない
生物学者が情報処理を学ぶ本」といった立場で書かれているので、
情報科学の人は、「ああ、こんなツールがあるんだ」とか、
「こういう使われ方をしているんだ」といったことを眺めるのに
いい本だと思います。特に最初のは持ってて損はないですよ。

さらに追伸です。
情報科学からの人間としては、

http://www.cup.org/ObjectBuilder/ObjectBuilder.iwx?ProcessName=ProductPage&Merchant_Id=1&product_id=0-521-62971-3&origin=search&searchField=ALL&searchString=biological%20sequence
http://mitpress.mit.edu/catalog/item/default.asp?sid=46236749-4B22-4EBE-B362-4E120DCA1356&ttype=2&tid=8588

この辺も定番なんで一応書いときます。
HMMとかANN、DPなんかを使ったアプリを皆さんもよくお使いだと思われますが、
それの原理を知るにはいい本だと思います。

>>347　最初の本は日本語化が近いともっぱらの噂。
ちなみに内容は、基礎の基礎の基礎って感じです。

>>348
１冊目は日本語になってます。クソ高いけど。内容はHMMですね。

タンパク質とか遺伝子の相互作用を調べるのに役立つ
ネットワーク解析の本はないのかなあ？
いまさらグラフ理論とか勉強するのもめんどくさいし。

>>351
やっているヒトに直接聞くしか

つーか、まともな研究ある？＞ネットワーク解析

ないかも

>320,323

兄弟K久研は，バイオインフォでは未だにスゴイのでは？
化学研究所だけでなく，理学部に行っても5先生とか生物物理で
会長やっていた先生とかもいるし．

UNIT予算が当って，奈良先端にバイオインフォの学科が出来る
みたいですね．

>352
そのやっているヒト
教えてケネカ？

>>354
予算の取り方がうまいのと弟子がたくさんいるという意味では確かに凄いね。
まともな研究はしてないし、弟子も研究者というよりは政治家ばかりだけど

>>355
エラトーのシステムバイオロジーではまねごとをやろうとしてる。
海外には酵母など幾つか解析例があるよ

>>350

あ、日本語版出てるんですか。あの本は、筆者の片方がバリバリの数学者なんで、
情報寄りには逆に読みやすかったりします。

>>349
もう研究とかバリバリやっておられる方には必要ないですね。
自分のような予備知識のない者が全体を眺めるのにいい感じです。
ただ、コンピューター関係の記述があまりに初歩的なとこまで踏み
込んでるので、もっとバイオインフォに特化した内容を増やせばよ
かったような気はします。UNIXなり何なりの入門書ならもっといい
のがいっぱいあるし。

>>357
分子生物学者は情報系のほんの探し方をマッタク知らないから、
ああいう本がちょうどいいというのは確かですね。
しかし、あんなとこからはじめるようなひとがモノになるんだろうか・・・（疑問）
ま、学部の１，２年生が読むにはちょうどいいかもしれません。

ちょいとあげ

>>358
まあでもそれはお互い様というか…
自分も生物の人に定番の本を教えてもらったりして購入してますので。

同じ大学にいる生物系の院生の人でも、コンピューター系のスキルは
個人によってその差が非常に大きいです。こっちが舌を巻くほど
凄いコーディングの技術持ってる人もたまにいるし、一方では
UNIXって何？という人もいるし。上の方でどなたかが書いてた
学部時代にコンピューターやっとけ、というのは本当だと思います。

>>360
＞学部時代にコンピューターやっとけ、というのは本当だと思います。

私は、中学生のときから電子回路とコンピュータを独学し始めて、
コンピュータ系は高齢になると仕事を続けることができないこと、
数物化学系では新しい発見がほとんどないことを知って、
生物系の進学することを決めたため、大学に入った時点で既に
コンピュータについての一通りの知識を持っていたのですが、
本当に技術が身に付くのは大学生の時だと思いました。
実際に専門のコースも受けましたが、本質は自習です。
（理論的な部分に関しては授業を受けると効果的ですが、
数学の授業に近いものがあり、自習しないと価値は半分以下です。）

生物系の勉強に関しては、覚えることが非常に多く、
ベースとなる基礎知識がものすごく必要なので、できるだけ早い時期から
始める必要があります。できれば、高校生のうちから始められると良いですが、
せめて学部の授業内容くらいはしっかり身につけたいものと思いました。
とはいえ、内容が本格的になるのは大学院に入ってからです。
電話帳のような教科書が頭にはいるのは、基礎知識があって初めてできることです。
いずれにせよ、情報系、生物系ともに早期に勉強を始めることが重要です。
ゆとり教育は、この流れに明らかに逆らっています。

情報系->生物とやってきました．

現状では，生物を学部の頃にやっとけというのが本当だと思うな．
修士まで生物で博士からバイオインフォでもいいと思うくらい．

だって，バイオインフォってコンパイラを書いたりネットワークの
コテリーとかを考えたりする純情報科学ではなくって，コンピュータ
リテラシー(UNIX使えたりPerlで結果の処理が出来るくらい)の発展
としての情報の知識だと思うから．

BLASTを使う程度のことをバイオインフォマティックスという
つもりはないけれど，結果の解釈に非常に広範な知識（ある意味
博物学的）が求められるから，バイオインフォで身を立てたいなら
まず生物学やった方がいいと思うな．GTOPとかの開発をするのは
大変で（実験医学に日本語の解説記事がありました），あれが
作れないとバイオインフォ屋じゃないと言うのはちょっと違うと
思うし．

で，なんで生物を先にやっておいて情報が後でもいいかと思うかと
言うと，ツール類がそろってきている状況では如何に使うか，
如何に解釈するかが問われると思うから．勿論，HMM程度は
知っておいたほうが良いと思うし，GAくらいのソースは書いて欲しい．
でも，例えばタンパクの量子計算をするのには量子科学や
タンパク質工学の知識は欲しいけど，自分でMOPACを書く必要はないから．．．

理学部の情報科学のようなところでグラフ理論などを勉強して
それを生物学で実際に有用であるようなものにしたりするには
ちょっと大変な時代になってきたと思います．時間をかけて
分野にもっと擦り寄らないとと思う．

バイオインフォマティックスの教育について考えると，アメリカや
英国では専門の学科が出来ていて，生物・情報の知識両方を系統だって
教えています．自分が上で書いたことにちょっと逆行するけど，
確かにそれは361さんの言うようにいいな，って思います．金融工学も
同じで，IT環境が整ったからこそここまで多国籍間での情報とお金の
移動することがおき，国や州が破産ぎりぎりに追い込まれたりする
新しい事象が起きてきている．生物にしろ金融にしろ，両方の分野に
詳しく，そしてそれらが結びついたからこそ出来る/起こることの
勉強・研究が出来る環境が整えばと思います．（その際の情報では，
やっぱり回路設計＆制作コンテストとかやるのかな？）

書いてから，

> 生物を学部の頃にやっとけというのが本当だと思うな

の語意が自分の思いよりも強い気がしました．
やっておくほうが良いと思うな，くらいに読み替えてください．

>>362
>（その際の情報では，
>やっぱり回路設計＆制作コンテストとかやるのかな？）

これって皮肉ですよね？
いまの日本の”情報系”バイオインフォマティシャンには、方向性を
勘違いしているのがいるし。

バイオインフォなんて所詮机上の空論さ。
空論を論じても実は得られない。
虚は虚のままで
生物や人の為になる様な画期的な方法や治療なんて得られない。
金を投じるだけ無駄なこと。
もっと、本質的な生物に金を投じるべきである。
コンピュター屋が生物を論じること自体
かたはらいたいわ！

バイオインフォこそが科学の中の科学、
人類の英知の結集さ！
現場で生データに埋もれて、研究をした
つもりになっているなんて、お笑い種さ。
データを出すための実験をする人間はテクニシャンと
せいぜい現場監督程度でいいのさ。そういう
奴らに高いかね出すことのほうがよっぽど無駄なこと。
各論に拘泥して、普遍化する努力をしなければ
それこそ何も生み出さないさ。
これからの生物学の進路を決めるのはバイオインフォの人間さ！
かたはらいたいわ！

まあ、分子生物学は所詮学問じゃないし。

ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫって生物学じゃないね！
ﾌﾟﾚｽﾃに毛が生えたようなｺﾝﾋﾟｭｰﾀｰｹﾞｰﾑさ！
そんなんに何億もの国民の血税を投入すること自体無駄なこと
お遊びはｹﾞｰｾﾝでやれや！

ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫの専門家ってのは所詮生物ができないコンピューター屋の為の出来合いさ！
くやしかったら生物実験やってみ！

ﾌﾟﾌﾟｯ

まあこれからのﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫでCNSには出せないなあ
じょーほー系の専門誌ってIF低いしぃ

これからがどうかはしらんがNSには載ったことあるっしょ。
Cは方向性が違うから載らないけどさ。
一般にIF低いのはたしかだなあ。

ほんとーの、純粋な生物屋から転職してくる物好きはほとんどいないよ
ウダツの上がらない生物屋くずれしかこっちの世界には来ない
何故なら、生物実験のほうが遥かに面白いからさ

そうかもしらんなあ。
私はうだつの上がらない生物屋崩れ、、、かな。
生物に進むことを決めた時点で、すでにバイオインフォ
やるつもりだったんだけど。

上のほうの煽りはともかく、やっぱり生物屋さんと情報屋さんの温度差を感じますね。
とりあえずゆっくり歩み寄れば良いと思いますが。

情報系の人間としては、生物屋さんが「ソルジャーの仕事」だと見下すような
部分にも、それなりに面白みがあると感じています。要するに、手法としては
新しくないが、システムとして見た時に優れたものを構築する楽しさ…みたいな
感じでしょうか。まあ、負け犬的考えかもしれませんけど。

なんか，私のカキコの後にアオリがついていて，チョット困ったの
ですが(^^;; 364さんへのお答えとしては，皮肉というか（まぁ，そうなんだけど）
日本の新学科の設置って新しいものを本当に新規に作るというよりは
既存の学科の改変が多いじゃない？そうすると，せっかく時代の潮流に
乗ったことが出来るハズのところで，もと自分がいたところの常識というか
「情報をやったというならこれくらいはやっていないと」（情報を生物に
読み替えても同じ）と，いうことにならないといいなぁ，と．横浜市立の
ように理研GSCの人たちを巻き込みながら本当に新学科（人も全部外部から
招いていたと思う）を作るような方向になるといいな，と思うのです．

生物学にしろ何にしろ，理論云々よりも”ものをとってナンボ”という
価値観があるのは分かります．時間があったら実験しろ，と．それはある意味
正しくて現実世界に貢献する部分というのは，具体的に生成されたり合成されたり
したモノだから．じゃあ，だからといって今までどおりの生物学をやり続けて
バイオインフォマティックスなんてクズだよ，というのが正しいかというと
そうではないと思うのです．もっと上のほうでMDの話題が出ていましたけど，
MDやMOを応用しての分子設計支援などはMDの場合potential functionなどが
もっと良くなれば現実的な生物学に対して貢献し得ると思うし，GSCの林崎プロジェクト
などにもあるようにDNAチップを用いてマウスの発生に関する研究なんて，
純粋に面白いと思う．母体内からマウスを取り出して，受精後何日，何ヶ月で
どんな器官を作る遺伝子が発現しているかなんて，生物をやっている人たちにも
楽しみを提供していません？

物理の板で生物系の実験屋さんを批判して「奴等に思考力はあるのか，実験に
失敗すると対象を変えたり環境を変えて実験してみたりして，その失敗に
関しての本質を理解しようとしない」というようなことが書いてあったけど，
これはちょっと勘違いしている．なぜなら，生物に歩み寄らないでものを言う
物理屋さんは生物の多様性や複雑さ，ちょっとしたことで結果が変わってしまう
sensitivityや，意外にrobustだったりすることが理解できていないから．
そして今，情報系の人に必要なのは生物屋さんが過去の失敗やら経験で感覚的に
持っている「これくらい構造が似ていれば同じと言っていいんじゃないかな」とか
「この結果は変だよ」というようなundocumentedな業界というか研究者の
常識ではないのかと思ったりするのです．．．うまくバイオインフォ学科が
出来れば，こういうことの教育だってきっと出来ると期待しているのです．．．

NSにはバイオインフォで論文出るでしょう．情報系にはIFという概念はあまり
当てはまらないと思うよ．だって，分野によるけどACMやIEEEのJournalは
敷居が高すぎるし（掲載数が少なくて季刊とか），基本的には国際会議での
発表がメインだから．3〜5人のレフリーがついてフルペーパーの形式で
proceedings出したりするんですよ．

どっちがどっちを包含するとか席巻するとか，いかにも日本的な縄張り
意識を持っちゃうとバイオインフォの評価は出来なくなっちゃいます．

分生に行かれた方，バイオインフォ系の発表はどうでした？

玉石混交だけど、面白いと思われるのもあった。
かずさのなんて、実際にゲノムやってるだけに
説得力あるよね。

かずさは面白かった
東海大のＭＨＣも
あと慶応のin vitro virusがかなり注目集めてたみたい
郷先生は自分的にいまいち

あと、生物系にバイオインフォマティクスを叩き込んで
業界を率いる人材に育てる合宿があるというのを初めて知った
Ｍが応募しても放置かなぁ

＞３７３
んなこたぁない
これからは俺のような純粋なゲノム屋さん＆ｃＤＮＡ屋さんが
バイオインフォにどんどん来るとおもわれ

情報屋の人が扱うデータって生物屋のソルジャーが集めたデータでしょ？
あんまり信頼しないほーがいいよ。
すくなくともnature、 scienceでも嘘データが出ているからね。
Cellも、、、。

で、なんで嘘だと分かるかといえば、
Methodに書いてあるように実験すれば、
そんなデータはでるけど、
”その試薬の濃度でやっちゃイカンだろ！
その試薬を使うんだったら100倍希釈くらいしないと細胞が壊れるよ。
これじゃ何を見ているデータか分からないじゃない！”

なーんて事が結構いいジャーナルで出くわすよ。
情報屋の人も実験屋の嘘のつき方知っていた方がいいよ。
まー仲良くやろーよ。

そこだよ!協調もいいが基礎知識は不可欠なんだ

言い忘れ。

そー言えば、
実験屋の嘘のつき方が分からない実験屋もいたな（ため息）。

Methodに書いてある用語さえ理解できないんだからさぁ、
「実験屋の嘘のつき方知っておいた方がいいよ」とか
言ってもしょうがないって。

>384
さすがにペーパーは読めるくらいの知識はあるだろ？
BioInfoの人も

じぶんでじぶんの怪しいデータをペーパーにする経験を
積まないと、他人の嘘は見抜けないよ。
もっともそんな嘘を見抜くことばかり得意になってしまってる
腐れ実験屋もちょっとかなしいけどさ。生化学会なんかには
そういう「妖怪」がうじゃうじゃいる。

>じぶんでじぶんの怪しいデータをペーパーにする経験を
>積まないと、他人の嘘は見抜けないよ。

この表現は引っかかる。

ちゃんとした指導者の元で実験やっていると、
”濃度をふるとどれくらいデータが変わるかやってみろ！”って
もの凄い量の予備実験させられる。
みんながソルジャーっていうのはそういう意味だと思っていたが、、。
>386にはちょっと心外。

ソルジャーって良い用語じゃないでしょ．
実験の鬼！とかそういうのじゃなくて，教授などから見た
実験をとにかくするだけの誰でも良い存在じゃないの？
類語に”兵隊”とか．

発表、よく分からんかった。
データベースと何が違うんだ?って感じだった。

勉強してみようと思って入門書立ち読みした。
訳分からん数式に打ちのめされた。

敷居が高かった。

ソルジャー：
　旧帝大型ラボや大型プロジェクトの一員となったものの、
　自分の担当する仕事で精一杯、
　若いうちに身に付けておくべき独創性も育たない。
　隣の部屋でどんなことをやっているか具体的には知らない。

　

対立揚ゲ！

> 勉強してみようと思って入門書立ち読みした。
> 訳分からん数式に打ちのめされた。

ちなみにどんな本です？
よろしければ教えてください。

SFCの人たち分生で発表した仕事やるのに何人のソルジャーを犠牲にしたの？

別に悪い意味で言っているんじゃなくて，カルチャーの違いが面白いな，
と思ったのは，慶應SFCは2年や3年も研究室に所属できるんだよね．
そういう手足？も含めると物凄い数かもよ > 393

ちなみに，良い研究として残ったようなものを成り立たせるために，
随分な数の屍が草葉の陰に眠ることになったのかも？！

分生に行かれた方、
あの中でどういうものがバイオインフォな研究とされてるのでしょう？

>>395
バイオインフォのセッションでの発表全部でしょ。

>393
実際に手を動かさず、
ペーパーから得たデータだけじゃないの？

>394
慶應SFCは2年や3年も研究室に所属できるんだよね．
そういう手足？も含めると物凄い数かもよ

学部2年や3年生にデータ産出能力は無いとおもわれ。
確か湘南のラボ設備ではペーパーになるようなデータは出せなかったと思ったぞ（一年前）。
彼らのペーパーをしっかり読むべし。

実績出しているのは山形のほうの他大出身部隊でしょ。
SFCでペーパーになってる仕事ってほとんど無いのでは。

>392
>ちなみにどんな本です？
>よろしければ教えてください。

分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門（橙色の本）

最初のほうはトリプレットとアミノ酸の対応とかから始まるし、
後半の数式はもう別世界の言葉。

>>399
ありがとうございます。ちょっと本屋で見てみます。

バイオインフォで使われてるソフトウェアは、基本的に確率論を
ベースにしたものが多いので、その辺の解説かな？と思ったりし
ますがどうなんでしょう？

自分も学部時代（計算機科学）は、コドンすら何か知らん、と言
うレベルから始めましたから、最初はかなりきつかったです。
どちらの側からも、最初の一線を乗り越えるのが大変なのかな・・・？

http://kyoritsu-pub.topica.ne.jp/shinkan/shin0112_05.html

これですよね？
…とよく調べたら、これ去年授業で使った教科書の翻訳だった（笑）
その授業はコンピュータ・サイエンスの学科であったものですが、
クラスの4割くらいは生物の人でした。

>>377
糖尿病のシミュレーション、ひょっとしたら1000年後には
実際に臨床で使われてるかも、とｵﾓﾀﾖ。

>401

大ピンポン。
数式の意味を教えてくれる人が回りに居れば聞けるけど
みんなで首をかしげてるだけなので、自習できない。

>>403

>>401

訳者の遠藤氏はある程度の分子生物学的背景を持った人物で、
この手の本を訳すにはまさに適任と言ったところだな。

敢えて言うことがあるとすれば、この本は過去の基本的な
手法を概説するという意味で有用ではあるが、ＭＣＭＣ、
ＨＭＭ等の新しい流れのprobability modelに触れていな
いようだ。既存の手法の限界が言われて久しいが、ＣＰＵ
パワーにものを言わせるこうした比較的新しい手法を
併記して解説する必要性を感じるのだが如何？

さすがに遠藤氏はここを見ていないかな？

文政のシンポ聞いたよ
何がやりたいのか全くわからなかったよ
君たちは何をやりたいの？
構想だけ先走っても内容がともなっていないよ
頭でっかちで胴体がない

シンポでポスドク、テクの募集するのやめてね
シンポで自分のいるとこの宣伝するのはやめてね
特にKOさん、山形の宣伝やめてね
ちょーみっともないよ

金があっていろいろ出来そうなのはわかるけど
な〜〜んにもなってないじゃん
これじゃあ
とてもじゃないが
この分野で CNSなんてのは夢のまた夢

上の空書き込みすみません。

その本は、どちらかと言うとコンピュータサイエンス寄りな気がするので、
そっち系の学部の人のほうがグラフ理論、シーケンス比較とか
には詳しいと思います。

実際去年の授業では、生物の人とCSの人がパートナーを組んで
クラス用のプロジェクトをやる、って形になってました。
結構良い経験でしたよ。

>>405
それはその通りだと思います。
現に、HMM等の確率論的モデルについては、MITプレスの
"Bioinformatics"っていう本を使いました（授業で）。

>>408
それ名著。だけれども旧来の解析しか分かんない人には
最初の１ページ目からもの凄く辛いのも確か。

>>406
けどシンポ会場満席で関心持ってる人は多そうだったね。
新興分野だからどっちに進んだらいいものか分かってる人
少ないんだと思う。とりあえず自分の得意分野とバイオ
ないしインフォをくっつけてみましたみたいな。

>>409
そうなんですか。
実は、筆者の教授とは面識があるのですが、コンピュータサイエンス
の学生からすると、彼のやっておられるプロジェクトはとても面白い
ものに思えました。
（タンパク質で、プライマリからセカンダリを予測するやつです）

そういえば、あのサーバー、バージョンアップしたのかな・・・

ちゃうちゃう
ほとんどが Kと Tの顔を見に行っただけ
どんなんが ERATOもっとるんやってね
だから会場で混んでいたのは後ろの方だけ
つまらなかったら直ぐに逃げ出せる様にね
考え方がアホちゃうかっておもてしまったんよ

>>412
そういうことか。
この分野って日本勢はともかく海外はどうなんだろう。
分野として確立してるかという話はおいといて。
タイラーさんの話おもしろかったけど。

ｽﾏｿ、鯛損だった。逝ってきます。

>>405
>訳者の遠藤氏はある程度の分子生物学的背景を持った人物で、
>この手の本を訳すにはまさに適任と言ったところだな。

どなたかわかりませんが、過分にお褒めいただきありがとうございます。


>敢えて言うことがあるとすれば、この本は過去の基本的な
>手法を概説するという意味で有用ではあるが、ＭＣＭＣ、
>ＨＭＭ等の新しい流れのprobability modelに触れていな
>いようだ。既存の手法の限界が言われて久しいが、ＣＰＵ
>パワーにものを言わせるこうした比較的新しい手法を
>併記して解説する必要性を感じるのだが如何？

賛成です。
ただ確率論的モデルに立脚した書籍が比較的多いのに対し、
グラフ理論に関連して解説した書籍は少ないので、その意味で本書は有用と
思ってます。グラフ理論は配列や系統樹の解析に限らず、相互作用ネットワーク
解析など、これからのバイオインフォマティクスには必須でしょう。

実は、次の出版予定が決まっているのですが、作業が捗っておりません。
一応、春頃の完成を目指しているのですが・・・
(http://www.igaku.co.jp/Bioinformatics/Genome1.htm)

>さすがに遠藤氏はここを見ていないかな？
見てますよ、ときどき。ところで、私を知っているあなたは誰？

誰だK野にERATO任せたやつは。T田とつるんで金をドブに捨てるのかね。
K久もあれだし、この分野で誰かちゃんと結果出してる人いないの？

>406
>この分野で CNSなんてのは夢のまた夢

生物屋にとっても同様。

>412,416

彼らにお金が回らないようにするため、
我々の実験結果の生産性を向上しましょう。

しかし、
医か研所属の情報系のヒト達の話題はでないのは、
それなりの評価をしているってこと？

>>417
医科研は久系。ていうか、大型予算とってるのはほとんど久系。

infomaticsではないのですが、ちょっと質問させてください。

ゲノムDNA上の遺伝子がのっているDNA鎖の反対側鎖にも逆向きに遺伝子がのっている例が、
昔PNASに載っていたと思うのですが、何という遺伝子か忘れてしまいました。
恐らくその後もいくつかそのような例が見つかっているのではないかと思うのですが、
どなたかご存じの方、どうぞ教えてください。

ひとつそういうものが見つかったのですが、
はてさて、どうするか考えております。

>419
どっちを逆向きっていうのか知らんが、
別に珍しくないんじゃないの？

ワシもそんなの見つけてご褒美もらったぞ。

どうするか考えているって、
なにをどうするんじゃ？

>>419
富田研にそれを専門に研究してるひとがいるよ。

医か研のHGREPなんかでかかれている遺伝子の
矢印のむきだろ？
→とか←のことだろ。
↓とか↑はないけど、←や→は結構あるぞ。

>>422意味不明

レスありがとうございます。

その一部をExonとして両方の遺伝子が使っているんですが、
私が覚えている例はexonの散らばって存在している領域が、
ゲノム上で単にオーバーラップしているだけで、
exon部位は互い違いになっていた様に思うのです。ちがったかな。

なぜそんなことを思うかというとmRNAでcomplementaly配列が存在すると、
ハイブリしちゃって翻訳阻害するのではないかと思うのですが。

>419
反対側鎖に逆向き遺伝子が乗ってて
なんか都合悪い？

そんなことより、
ちゃんとRACEをやって頭をとりのこすなよ！
データベースにのっているコーディングなんて信用するな。
RTもしっかりやって、
スプライシングバリアントがあるかどうかも
ちゃんと確認するべし。
一番信用できるのは自分で取った実験データだ！

健闘を祈る。

>419
なるほど、
器官で発現がどうなっているのか気になりますね。
とりあえず、ノーザンやってみません？

本当に2つとも発現しているんだろうか？

実に早いレスありがとうございます。

しかし当方あまりゲノム構造には興味がないのです。
KOマウスをつくる過程で仕方がなく調べたら、そういうことが解ってきて、
このexonを潰すと、逆向き（私の遺伝子からみたら）の遺伝子も破壊することになり、
こまったこまった、というのが現状です。

発現調べるのはむしろそっちが本業ですからやぶさかでないのですが、
遺伝子構造にまで突っ込んだ解析をするだけの価値があるのかとかんがえると、
ここは放置して別のexonで潰せないか検討すべきかと考えるのです。
それでも結局ある程度の労力の解析は逃れられなくなりそうですが。

おい！
医科研と理研の情報はなにをやっとるんだ！
KOと「祖似い」に金持っていかれてなになってんだ？
おまえら、もっと本腰入れて
アホな企業人をツブさんと
いつまでたっても日本の情報は世界に後れをとってしまうぞ！

K久はこれまでに「ものすごく」金をもっていったるのに結果がほぼ皆無。
祖に胃のほうが断然ましだｗ

なるほど、
オーバーラップしているエクソンに
重要なドメインなんかがあったりして、、、。

私ごときのペーペーが言うのもなんですが、
KOねずみは大仕事でしょうから、
現時点で確認できるデータ残らず取ったほうがいいと思われ。
ペーパーを投稿した段階でreviewerから
重箱の隅を突っつくようなくそコメントも予想したほうが、、、。
んー。

>>427
>ここは放置して別のexonで潰せないか検討すべきかと考えるのです。
現時点ではそうすべき。
発現といったって完全に調べ切れるものではない。
ノックアウトした後で裏側の遺伝子のphenotypeじゃないかなんて
悩むのはあまりにあほらしい。
知り合いがやらかしたんだよ。で結局作り直した。

>>431 当のエクソンと別のエクソン、それぞれつぶしたら？
影響があるかないかはっきりわかるじゃない？
まあ、めんどくさいんだろうけど。

>>429
KEGGつくったじゃん。
辞書に載ってるのをグラフィックファイルにしただけだから、
何十億も取るような仕事じゃないけど。
やっぱり目に見えない研究よりも、目に見えるシュード
データベースの方がもうかるんだなあ。

>>428
JBiCに聞いとくれ。
何か公開ＤＢやるみたいだぞ（ｗ

ところでアメリカ留学君は今ごろ何勉強してるんだろう・・

お台場って本当に大丈夫？
ちゃんと本当に使えるもの出来るのかな？

>>436
ダメだったらカジノになるらしいよ。

>>436
お台場の連中、同じ研究所内に遺伝子組み換え実験室作るのに
反対して他センターを困らせてると聞いた。
彼らはデータは遠い外国から湧いて出てくるとでも思ってるのかな。

>>438
おれもその話は聞いた。NMR屋も磁場の影響で文句言われたらしい。
実験屋が仕事している研究所で一緒に働いていた人もいるのに、
今更何でこんなことを言うのか不思議で仕方ない。
結局、過去の仕事場でもほとんど交流がないということかな？

50 ：参加するカモさん ：01/11/30 21:16
28　名前：西村の同級生 投稿日： 2001/02/12(金) 10:08
中学の頃クラスでイタズラ電話や下駄箱の靴が紛失する事件が頻発したんだけど
その時、女子の間では「犯人西村」説が跋扈していた。
真相は藪の中だけど、実は私もそう思ってたうちの一人。
証拠もないのに疑いをかけるのは悪い事だと思うけど、西村にはそういう嫌疑を抱かせる
雰囲気があったのも事実。

52 ：参加するカモさん ：01/11/30 22:33
５０を読んでも驚かないところが不思議
ふーんて感じ
そういうダーティーなところも含めてひろゆきｶｯｺｲｲ

53 ：参加するカモさん ：01/12/01 05:08
オレも５２と同様、１変人として素晴らしいと感じる。
我等変態をナメるな。
ひろゆき擁護者として、間違い無く彼が犯人だったと断言するぞ。

54 ：参加するカモさん ：01/12/01 16:47
堂々たる変人ぶりだ、、、

>>39
NMR反対は理に適ってると思うよ。組み替え施設の方はどういうつもりかわからんが

http://www.arcadia-ent.co.jp/arigatou/title.html

>>441
何で？
今時、液晶の方が多いし、磁場の影響なんてそんなに深刻には出ないでしょう。
コンピュータのハードにそんなに影響出るほど漏洩磁場が強いの？
ちなみに、人体にとってはいいくらいかもよ（藁
それとも情報屋なのに電子天秤でもあるのかな（藁藁
コーヒーメーカーが回らないとか（藁藁藁

一体、何を問題にしていたのか、具体的に教えてくれ。

>>443
問題は、彼らの気分。
日本で最初のバイオインフォマティクス専門のラボと
いうのを自慢している位だから、
自分たちの環境さえよければそれでいいって感じじゃないの？
一般によくある研究所周辺住民のヒステリックな反応と同次元だね。

>>444
全然理に適っていないじゃん。
そんなことを気にしているようでは、こりゃ、駄目だな。

>>443-445 NMRがどんなものかわかってていってる?

ついでに、コンピュータがどんな原理で動いてるか知ってる？

>>446,447
勿論！
ついでに言うと、そのNMRを制御するWSがどういう原理で動くかも知っているし（藁、
そのWSが普通マグネットからどれくらいの距離に置いてあるかも知っている（藁藁
マグネットの水平方向と鉛直方向でどれくらい漏洩磁場が違うかも
知っている。
最近出ているシールドマグネットがどれくらい有効かも知っている。
部屋をシールドすればより影響が少ないことも知っている。

まあ、5gaussラインに入っていなければ全然問題ないでしょう。
実際には5-10gaussでも結構問題ないと思うけど。
制御しているWSとか、大体そんな距離に置いてあると思うけど。
勿論、ディスプレイは液晶じゃないと結構ひどいけどね。

>>448
いろいろ知ってるのは良いけど結果だしてよ。

>>448
スタンドアロンで動いてるWSと大型・クラスタ計算機の違いはどうよ？

CRTで画面ががたがたになるような磁場が通信にどれだけ影響を与えるのか･･
「通信」がなにを意味するかわかるのかどうか知らないけど。

結果はちゃんと出してますよ。
多分、あなたの思っているような研究機関の所属ではありません。
それより、446(=447か？）さん、私のレスに対してコメントして下さい。

あ〜ら、コメントしていたのね、ごめんなさい。
でも、WSと分光器の間はまさに通信しているんですけど。
この通信部分なんて、それこそバリバリに10gaussラインに
入っていると思いますけど。

大型・クラスタ計算機だと、具体的に何Gauss以下にしないといけないんですか？
そこら辺は、それこそプロなんだろうから教えて下さい。

やっぱり、通信の意味するところを勘違いしてるね。(笑

あなたの言う通信も、勿論、分かるけど。
そんなにシビアに効いて来るんですかね。
具体的に数値で示して頂けませんかね。
もっと言うと、そんなに気にするレベルであれば、
そういう計算機を設置するときはNMRが近いとかに限らず
そちらの方でいつもシールドする必要を考えるべきかとも
思いますが。

>>454 何万台も作られるようなWSと違って、限界環境テストは
行われていない。だから、○Gauss以下なら安心なんて基準もない。
だから妨害要因はできる限り排除するしかない。
通信はCPU間通信からノード間通信まで非常に高速に行われているから、
わずかな電磁波がエラー要因になる。もちろんエラー訂正の仕組みは
あるが、エラー訂正のために再送を繰り返すことになるから、通信効率が
低下することになる。現在のトップレベルのコンピュータでは、
基本的にCPU間、ノード間の通信は欠かせず、かつ性能のボトルネック
だから、そこの性能が落ちるということは致命的なんだよ。

>>456 もちろん、シールドは必要でしょう。
だからといって、明らかな妨害要因を持ち込むなんて、
いろんな意味でナンセンスじゃないの?

>だから妨害要因はできる限り排除するしかない。
であれば、NMRだけの問題ではないはず。
やはり、自分たちでシールドを考えるべき。

ところで、制御しているWSだってCPU間通信がある機種はあるし、
分光器との間の通信はノード間通信のものもある。

>>459 CPU数が増えればそれだけデリケートになるから大変なんだよ。

単純な算数の計算だから、やってみそ。
エラーの起こる確率が1%だとして、4CPUのWSと1000CPUの
クラスターでどれほどエラー率に差が出るのかを。
.

可能な限り排除って、どれくらい可能な限りですか？
そもそも、お台場にあること自体が問題にはならないのですか？
そんなに気にするなら、どこかの田舎に自分たちだけの占有の研究所を
作ったらいいんじゃないの？
大体、誰も携帯とか部屋で使わないの？

とにかく繰り返しになるけれども、じゃあ、どれくらいかということをちゃんと数値化できないと、
どこまでやればいいのか分からないから現実的に困るでしょうね。

情報屋のセンスだったら、逆にそういうことはしっかり値を
出してくれてもいいと思うけど。

１％もあるのか（藁

だから、NMRを持ちこむのは明らかなナンセンスなんだって。
わたしゃお台場関係者じゃないから、養護する理由も
説明する義務もありません。

>>464
どっちの立場ですか？

>>463 その程度じゃ済まないんじゃないの〜
通信エラーは意外と深刻だよ。

>>465 お台場を擁護する気はないが、NMR持込反対を支持する立場です。
さらにいえば、実験施設を持ちこみたくないのもわかる。
遠心機ぶっ飛ばしたり、寒天を電子レンジで爆発させたり
有機溶媒やらRIやら使ってるのが中にいるかと思うと、
相当心配でしょ、コンピュータが。

だいたい国の設備には保険かけらんないんだからさあ、
余計な心配要因は出来ることなら排除したいってのは当然だよ。

>>467
藁藁
じゃあ、そういう生物関係の実験やっている人達はコンピュータ
使えないんだ

ところで、もう一回聞くけど携帯の使用はやっぱり禁止ですか？

藁藁
ｯﾃ､ｶｺﾜﾙｲ･･･
厨学生ﾉﾖｳﾀﾞ

>さらにいえば、実験施設を持ちこみたくないのもわかる。
>遠心機ぶっ飛ばしたり、寒天を電子レンジで爆発させたり
>有機溶媒やらRIやら使ってるのが中にいるかと思うと、
>相当心配でしょ、コンピュータが。

確かに、近隣の住民の感覚に限りなく近い。

実験室の隣に大型機が入ってるって聞いたことないけど？
パソコンくらいなら壊れたとこでなんてことないし、家電並みの頑丈な設計だから実験室においていいけどさら

どうも、実験屋に対する偏見がお強いようで。。。

遠心機をぶっ飛ばすのはかなり難しいし、
（ローターを飛ばす人はごく希にいますが、普通いません）
電子レンジで寒天爆発させるのも少なくとも私は見たことないし、
合成屋じゃないから、有機溶媒なんていつもそんなに大量に扱う訳じゃないし、
RI施設および取り扱いは普通ちゃんと管理されているし、
そもそもJBIRCではRIを使う実験は少ないのではと
思ったりもするわけです。

CRTから発せられる電磁波とどっちが実害があるのかなあと
思ったりもします。

crt使ってないって。（笑
水浸しにしたり廊下にオートクレーブおいたりしない?
粉まき散らしたりも?
遠心機回すときに電源にノイズ入れたりは?

お台場がどうなっているかは知らないが、おれは水浸しにしたこともないし、
オートクレーブは廊下には置かないし、粉をまき散らしたこともない。

遠心機というか機器を立ち上げるときは確かにノイズ入ってるだろうね（藁
でも、じゃあインフォマティクスやっている連中は、一切の電化製品を研究所内で使わないのか？
建物に空調は入っていないのか？
しつこいようだが、携帯は一切使わないのか？

だからあんたがやらないと主張したってだれも保証しないし、あんたいがいの実験者が事故起こさないとはいえないだろ?

あんたの言い掛かりは駐車違反やスピード違反でキッブ切られそうになってる厨房のいいわけに近いよ
あいつは許されるのになぜおればかりってさ

>>475
普通やらない。普通事故は起こらない。常識的に言ってこれで十分だと思われ。

誰かがやるかも知れないから、可能性のあるものを一切排除すると言うのであれば、
インフォマティクスの研究者の誰かが新しいコンピュータウイルスを作成して
所内にばらまかない保証はどこにもない。

>>476
それは実際に違反を起こしている人の台詞じゃないですね（藁
警察官の言うことですね。ひょっとして警察官だったのですか？

>>477
まあ、そんなにムキにならなくても。
お台場のインフォマティクスの連中の主張は
もともと感情的なものなんだから。

>>476,478
おれには何を議論してんだかわからんぞ
厨房は免許とれないから、捕まるんだったら無免許運転だろ

>>479
それは知っています。

まあ、彼らにも早く成果を出してもらうことにしましょう。
そしたら落ち着くでしょう。

>>480
「実験屋は確かにノイズを出しているが、それはインフォマティクス屋も同じはずなのに
どうして実験屋のことばかり攻めるのか」と、実験屋が言っているのを
違反切符を切られている時の言い訳と同じだといっているわけ。
ノイズを出していること自体の言い訳にはならないということ。

でも、こういう反論をすると言うことはインフォマティクス屋も
ノイズを出していることを認めている気がする。

お台場に持ってくるメリットがないなら別に無くたってイイじゃん。
でも嫌だといってる連中の本音は、場所とポジション奪われるのを
恐れてるんじゃないかと邪推する。

>>483
そうかな、WETの実験施設がない方がインフォマティクスの人達に
とってはいずれにしても全然都合がいいのでは？

ちなみに、私もあそこに実験屋がいる必要はないと思うから
別のところの方が本当はよかったと思うよ。

バイオに足突っ込んでる情報屋さんは実は密かに
実験屋さんを恐れてるんじゃないかと最近思う。
タメでディスカッションしたくないんだね。きっと。

>>485 同意。しかし、今回の件はそれとはあまり関係ないと思う。

私は情報に足つっこんでるバイオやさんなので、
実験やさんと話すのは好き。だけど、いつも、とてつもなく
つまらない仕事を押しつけられそうになるのはいや。
生物系情報やさんと話して、情報科学に関する相手の無知をあげつらうのも好き。
やつら、ほとんど何もしらんくせに、生物屋の前では専門家面してるから。

それで、結局空調は影響しないの？

空調はコンピュータに取って生命線です。

はあ？
それは分かるけどさ、温度コントロールする際のオンオフの影響は
受けないのかと聞いているのです。
実験屋の装置程度には影響しそうな気がしたから。

>>490 影響しようとしまいと必要なモノはしょうがないでしょ。
ま、遠心機の方が影響は大きいよ。

これからバイオインフォを志す人は、こういう情報屋と実験屋の
微妙な関係を知っておいたほうがよいということだね。
どう振る舞うかは、もちろんあなた次第。

情報屋さんたちは被害者意識を乗り越えたほうがいい。
俺がもし、情報屋のリーダーだったら、実験屋との接点は
特に大事にしたいと思う。
お台場の場合、大学とは違ってそういうチャンスがあるんだし。
そう思わないのだったら、どっかのオフィスビルにでも行って
引き篭ってたほうが精神衛生上いいと思うよ。

>>491
仮に、その必要なものの方が非常に大きく影響するのであれば、
それ以外のものについて、あれこれ文句を言っても誤差だから
意味がないということになる。
だから、どれくらい影響するかは大体でよいから調べた方がよい。

ちなみに、空調より遠心機の方が影響が大きいという根拠が全然不明。
全館の空調を考えれば、装置の規模的にも電力的にもこちらの方がはるかに影響は大きいとも思えるのですが、違いますか。

はい、ちがいます。

↑どうやら、遠心機の方が問題らしい。。。
JBIRCの皆さん、遠心機を使わない実験のみ行って下さい。
そうしないと構造予測が出来ないそうです。

遠心はSRLに外注、ということで一件落着。

NMRの機械はもっと悪影響与えるよ

違反切符の理屈ではだめというのがなぜ分からないかなあ？

GIWどうよ？
相変わらず英語喋れないチェアが英語でやってるの？

>498　分からないよう。ちゃんと教えて。

>>500
＞全館の空調を考えれば、装置の規模的にも電力的にもこちらの方が
はるかに影響は大きいとも思えるのですが、違いますか。

空調よりNMRや遠心機の方が影響が小さいとしても、NMRや遠心機を
同じ施設内におくべきという結論にはならないということ。

SNPsとバイオインフォ関連の人材募集広告発見

http://wwwinfo.ncc.go.jp/jp/information/scientist03.html

癌センター。

現在募集中なのは東大，敬オウ､がんセンターか。みんな任期つきなんだね。

ガンセンターでのバイオインフォね。Ｙさんの下だねえ。
いやー、行く奴大変だろうなあ（ｗ

Yさんて？？
バイオインフォはみな任期付きだねえ。
ま、研究者は基本的に採用時任期付き、無限延長可であるべきだよな。

バイオインフォマは、今は、広範囲の総称だと思う。
少しづつ、細分化されていくんだろうと思われるが。

お台場の計算機ってそんなに特殊なものなんですか？
そこらの研究室に入っているメモリチャネルやミリネットを
使ってるクラスタとどう違うの？SR8000とかの多段式クロスバーとかに
比べるとありふれてるってイメージがあったんですが．．．
規模が大きいというのは分かるけど．．．ってこれはお台場の話ではない？！

バイオインフォマ！

大型計算機を実験施設と共存させてるとこってあるの？？

共存の程度にもよるでしょう。
生物分子工学研究所も阪大蛋白研も京大化研も、建物のな
かで計算機と実験系が共存してるよ。ただし問題は、
御台場は、建物のなかを研究所としても監督省庁としても
別組織のところがシェアしてつかっていて、しかも、フロア
ごとにわける、ということすらしていない。当然省庁横断の
調整機能も後手後手。
建物を設計するときに、将来どこの部署がどういう風に使うか
というような調整をまったくしないまま、(だいたいその時期には
誰がどこのスタッフになるのかもわからなかった)あわてて
予算付けて建物でっちあげたわけだから。
研究所なんて、本当に「できる」ひとたちが練りに練って作った
建物とそうでないところでは、大違いだよ。
誰か役人や政治かにわからせてやってよ。

>>510
>誰か役人や政治かにわからせてやってよ。

役人や政治家にとって、ハコを作ったという実績以外どうでもいいことなのでは？
クオリティが彼らの評価に跳ね返るようにならない限り、永遠にわかることはないでしょう。

だからその箱もの行政/箱もの政治をいい加減誰かが
がつんと言わなければならないんだと思う。
お台場の箱を誰が作ったかは調べれば分かるし、
しかるべきルートを通じて(たとえば2ch経由マスコミ
行きなんてルートもありだけどさ)ちゃんと役人を
見せ締めのため詰め腹切らせればいい。
それは今からでもできるし我われの手でがんがんやろね。

ちなみに旧鍵町のNMR100台の箱に予算つけた課長さんは
こけたらY先生と心中すると既に腹をくくっているらしいと
いう噂を洩れ聞いたけどほんとかなほんとだたらすごいな

>>512
ハコモノ＞とりあえずどうすりゃええね？
NMR100台＞大いにあり得るね。

>>じゃあ課長さんはさよならだね。

＞NMR100台の箱に予算つけた課長
心中の日は滅茶苦茶近そう（W

>>515
そんなことはないでしょ。何を持って成功あるいは失敗とするのか、
よくわからない人が判断下すんだから、「大成功でした」と
報告書に書いておけば済むだけのこと。

>>516
いくら上がアフォだと逝ってもそれで通る程子供じゃないだろ。
数字だよ数字。達成数値がクリアの条件だろな。

そんなの何とでもなるさ。

ＣＢＲＣなんか、それこそオフィスビルで十分

だから北野ERATOも原宿のマンションでやってるんだね。

>>520
アレに案だけの予算をつけんのはナンだね。

鏡台化研といい、バイオインフォバブルだね。

ヴァカが予算つけてるからしょうがないでしょ。
もっと、マシにやってるとこだってないわけじゃないのに。

神戸にバイオインフォの施設ができるよ〜！
きっと兄弟科研系のヒトが雪崩れ込むんだろうNE！

ゲノム解析の拠点、神戸市が来年度開設　国内初の情報施設　／神戸

　神戸市は１９日、ゲノム（全遺伝情報）解析データなどを集約し蓄積する
我が国初の拠点施設を来年度開設すると発表した。日本人向けの新薬や
医療技術開発には日本人の遺伝子情報を基にした臨床研究が欠かせないが、
ゲノム解析データや治験データは全国の大学や製薬企業などに分散しているのが
現状。同施設はこれらをデータベース化し、研究者らに提供することで、
新しい薬や治療の実用化を支援する。
　「トランスレーショナルリサーチ・インフォマティクスセンター（ＴＲＩ、
仮称）」。大学や製薬企業などから提供を受けた最先端の研究データを集約し、
データベースを作成。新たなデータ解析技術なども開発する。
　同市が事業主体で、総事業費５０億円のうち文部科学省の補助分約２５億円が、
今年度の国の第２次補正予算に盛り込まれる見通しになった。
　ＴＲＩは、同市が医療関連施設や関連産業が集まる「医療産業都市」づくりを
進めている中央区の人工島・ポートアイランド２期で今年度中に着工、来年度中に完成の予定。
　【西田進一郎】　（毎日新聞）[12月20日20時12分更新]

>>524
施設を作るのはいいけど、ＤＢ化ってどうするつもりなんだろう？
創薬としてやる（やりたい）という話は聞いてるが、ありゃお台場だしなあ。
ミレニアムプロジェクトの一貫なんだろうか。うーむ。

> 516
http://www.riken.go.jp/r-world/info/report/yokohama/genomic/recomm-j.html

>>526
横山ＰＬの能力不足という指摘ですかｗ

>>526
古！

今は、結構順調らしい。

> 527,528

古い新しい，リーダーの能力云々ではなくて，516が思っているほど
いい加減な世の中で無くなって来ているよ，と言いたかっただけです．
この報告の次の奴がそろそろ出るころだっけ？

>>524
データが分散してるのを集積するっていってもね、
他人がとったデータはタダじゃないのよ。
公共ＤＢは意図的なものを含めてゴミだらけだしね。
適当に役に立たないバイオインフォ論文かくならともかく、
創薬、治療のような銭絡みの世界をこんなやり方で
勝てるわけがないよ。甘すぎ。
まあ、公共事業だからいいけどね。

GenBank創始者の一人ってほんとか！？
創業期にそこにいただけのことじゃないの?
あの英語力で創始者になれるほどのコミュニケーションが
取れたとは思えないし。

いまは、ハーレム作ってるらしい。
恵比寿にもいぱーい女の子連れてきてたし。
さぞかし楽しい夜をお過ごしなのだろう…
その女の子で役人接待して予算ﾀﾌﾟｰﾘ、

なんてことはないのだろうな!?

それで、携帯はOK?

http://www.mainichi.co.jp/news/selection/20011222k0000e040043000c.html

「一部抜粋」

　たんぱく質は約１０万種類あるとされ、このうち有用とみられる
３０００種類を対象にする。解析の拠点は、核磁気共鳴装置２０台を
持つ理研ゲノム科学総合研究センター（横浜市鶴見区）で、来年度
予算でさらに２０台が装備される。エックス線を使い立体構造を
解析している大型放射光施設「ＳＰｒｉｎｇ―８」（兵庫県三日月町）
も加わる。

>>530

526の書き込みの意図, リンク先の内容云々ではなくて,
この文書はかなり古いよ, と言いたかっただけです．
産総研はこの報告のような奴は作らないんだっけ？

>核磁気共鳴装置２０台を持つ理研ゲノム科学総合研究センター（横浜市鶴見区）で、
>来年度予算でさらに２０台が装備される。

ｵｲｵｲ、、、、、

>>535
産総研も当然あるよ。

国内のバイオインフォってアメリカと比べてどうなの？

>>538
お金はかけてるんじゃない〜問題はかけてる先が適正かどうかだ。
国民の税金、ﾀﾌﾟｰﾘアメリカにもってってる人もいるしさ。

外国に半分投げてる例のERATOはオレキシン某氏のERATOへの前振りでした。
鏡台系が公共事業型ならKO一派はアウトソーシングか？

ミレニアムは？

>>540
うまいねえ

>>542
douiukoto?

どうよ、使う分にはSFC出身者よりも良さそうじゃね？

マホレックス、専門学校対象に「バイオ情報学科」の受託事業を開始
バイオ関連ベンチャー企業（ＶＢ）のマホレックス（東京都新宿区高田馬場３の
４６の２５、松村米浩社長、０３・５３８９・６２３６）はコンピューター系の
専門学校を対象に「バイオ情報学科」の新設・運営の受託事業を開始する。
カリキュラムやテキスト作成をはじめ講師派遣、就職支援のためバイオ・ゲノム
業界へのインターンシップのあっせんを行う。
バイオインフォマティクス（生命情報科学）にかかわるＩＴエンジニアのニーズが
高まるのを見込んだ。
バイオ情報学科で育成するのは、研究者とのコミュニケーションに必要な生化学・
分子生物学の知識とバイオインフォマティクス関連のＩＴスキルを持った人材。
松村社長は「ゲノム創薬やバイオ関連技術の研究開発が盛んになると、開発現場で
研究者たちの“手足”となるようなＩＴエンジニアの需要が大きくなるはずだ」と話す。
（日刊工業新聞）
[12月26日8時31分更新]

泣かせるね！
【研究者とのコミュニケーションに必要な生化学・分子生物学
の知識とバイオインフォマティクス関連のＩＴスキルを持った人材】
か！
うんうん、やっぱコミュニケーションが成り立たないとな！

>>519
だめです。携帯は使えません。

結局は専門学校だろ？
SFC出身者の方がまともだと思うぞ　小学生レベルの高卒でも
入れるところは信用できん

＞547

現実的に理研で研究補佐やってるのはそこらへんの主婦の
人だったりするじゃん．ピペット操作をひたすらやってるようなの．

これはそれのバイオインフォ版でしょ？うーん，けっこうまともな
事業だと思うぞ．東大農学部農芸化学出身者とその関係者に
よってつくられている会社です．

>>547
SFCも似たようなものでは？ｗ
一科目入試とか、AO入試とか、内部進学者とかの巣窟らしいが。
そのくせプライドは一人前のようでおめでたいﾒﾃﾞﾀｲ

目ﾃﾞﾀｲ!
芽ﾃﾞﾅｲ!

既出のオレンジの教科書
６０ページぐらい読んだが
誤字、脱字がところどころ見られる…
初版ゆえに

京都の金久氏は、最近離婚したらしいが、真相について、知っている人はおしえて。

最近クソネタばっかりで、
沈みまくっているので、ここいらでコレ

Nature Genetics
Correlation between transcriptome and interactome mapping data
from Saccharomyces cerevisiae pp 482 - 486
H Ge, Z Liu, G M Church & M Vidal

実験屋のワシにはホホーと関心を引くないようなのだが、
Articleではなく、なぜかLetter扱い。

解説してくれい。
議論してくれい。ついでに10月号のAutocrineも。

>>552
どこで聞いてきたんだよｗ

>>552
そんなもん、ほっとけや！ｺﾞﾙｧ！

バイオインフォフォマティクスを学びたいのですが
これからかよう大学にはバイオインフォマティクスと呼ばれる学科がありません。
ここのスレの流れから行くと生物重視で勉強するのがよさそうですが
メジャーはどうしたらよいでしょうか？うちの大学にある専攻で候補になりそうなのは
Biology,Applied Genetics & Celltechnology, Molecular Genetics,Molecular Biology
の４つです。マイナーにComputer Scienceは確定っぽいですけど。

バイオインフォって言っても幅があるから．．．
ゲノムから何かを言おうとするか，タンパク質から何を言おうと
するかで違う気がする．どんなことに興味ある？

今は医療に間接的に貢献できるような知識、遺伝子治療とかそのあたりに一番興味があります。
これがどちら側の知識を必要とするのかもよくわかってないのが現状です。

＞５５６
分子生物、生化学→ゲノム、蛋白質解析技術→研究所
が普通と思われ

研究のスピードはＩＴ化によってますます上がるから
どこへ行ってもコンピューターは使うと思われ（ｂｌａｓｔ程度にしろ）
今のうちに概論と基本的アルゴリズムだけ勉強しておいて
あとは院に進んでから自分の進む道に応じて必要なことをやればよい

おれも新しいラボに行く前に勉強中

>>556
556の年齢がよく分からないけど、まず、生物系の基本をおさえておいて
物理化学、情報理論等もかじっておく。というのが良いのではないかな。
流行りモノの研究はすぐ変わるから、基礎をしっかりやっておくのが
良いと思うよん。

> 556
Applied Genetics & Celltechnology がいいのではないでしょうか。

>>559
>>561
ありがとうございます。参考にしたいと思います。
>>560
来年で２０になります。
生物系の基本というとBiologyをさしていてるのでしょうか？

僕もbioinfomaticsに興味があります．
今、医大に通っているんですが、bioinformaticsの研究を殆どやっていないんで、
何からはじめりゃいいのか…
独学で、UNIX,perlを勉強したので多少Genbank dataはいじれます．
過去レスを読むと、bioinformaticsはアルゴリズムが重要そうなんですが、
アルゴリズムを学ぶにあたってどんな本がお勧めですが？
金久さんの入門〜とかですか？

>>562
今からやるなら、Genetics とStatisticsやっとけ。
とくにPopulation Geneticsは重要。これらは習わなきゃ難しい。
Molecular Biologyは自習でなんとかなる。
Computer ScienceはMinorでいいから講義を取れ。
自習だけではなんともならんが、自習は必須だ。

>>563
金久はアルゴリズムなんてまったく知らない。
彼から学ぶべきことはなにもないと思う。
Bioinformaticsをやりたいなら分子生物学一般と
コンピュータ科学の広い知識をつけるべし。
ほかには統計学が必須だ。

集団遺伝学かぁ
いまどきは分子進化研究している実験屋でも全く知らんかったりする
本当に重要？
系統樹作成法のアルゴリズム学ぶくらいでよさそうな気もする

＞ほかには統計学が必須だ。
同意

じゃあK久は何の大家なの？

派遣ポスドク募集中のお台場ｗ
9時-6時、土日祝日休めるらしいｗｗ
http://www.workdatabank.co.jp/Jobinfo.nsf/JobArea/B30580A58F0DBB95492569F600273071?OpenDocument

>>567
さあ？findgetかな。データベースから文字列検索して
アクセッション番号表示するソフト。
テキストをベタでなめてるだけだから遅い遅い。
その後弟子が速いバージョンを作ったとは思うけど･･

>>568
何がｗ、ｗｗなんだか分からない。
きっと568がｗ、ｗｗに違いない。

なんでポスドクなのに派遣なの？派遣雇わないと人が集まらないのかな

＞５７１
正社員で雇っていろんなプロジェクトで使うような余裕は
いまやどの業界にもないの、正社員でもそれは同じ
製薬の中小企業でさえ研究費は低迷してる
「巨大研究所時代の終末」て本を読むといい

今やプロジェクト単位での契約社員として５年単位で雇うほうが現実的なわけ
技術屋、専門家は本来そのほうが資格、実力をいかしやすいから
会社の方針一つでプロジェクトそのものがアボーンする可能性は
いくらでもあるわけだし

福利厚生がまだ充実してないのと
即戦力を新人に誰がどこで教育させるのかが問題だけど

日本語おかしい、すまん
寝起きなんで

>>572
ていうか、やっぱ人が集まらないんじゃないの?
ま、余裕もないだろうけど、いちおう国家プロジェクトですぜ?

個人年金の世界になり，また退職金が給料に完全にのるように
なれば，かなり国立大学<->企業<->官庁系研究所<->私立大学と
動けるのにねえ．

>567
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
でKanehisa Mをキーワードにして調べたらわかるよ。
近年のPhys Rev B Condens Matterとかにのっているのは兄の業績です。
イニシャルにするとどっちも MK

あれだけお金取ってる割には論文の数さえも少ないね･･･。

オレ素人なんで、よーわからんので教えてください。
個体差を加味した薬品作や,遺伝子治療の研究が盛んやし、ＩＣＨのより治験データ
そのまま日本でもつかえるそーやん。
そーなると、”生物統計解析””医薬統計解析”ってモーなくなるわけ？
統計解析ソフトＳＡＳとか使っての開発業務って近年縮小するの？

>>578
統計を使った薬物動態研究はこれから、益々重要になるよ。
縮小するわけないとおもうけど？

そういう577さんは、予算いくらあたり何報ぐらいが妥当と考えてますか?
あとIF1あたり予算いくら、という換算でも構わないですけど?
別に批判的なわけではなくて興味があるんで聞いてみました。
とくにばいおいんふぉまてぃくすの分野は論文生産という
ことに関する限り、投資効率が悪いような気がしているので。

＞579。レスありがとうございました。自分なりに様々調べたのですが、？？です。
というのも、ＩＣＨに伴い、どの製薬企業もコスト削減と効率化を測り
研究・開発は外資企業と提携するのでは？
”薬物動態研究”なども含め、海外データを引用する事が考えられると思いますが？
思とはいっても、日本で全く”医学統計解析”が消えるとは思いませんが。。。
どう思われますか？？

>>580
577じゃないけどコメントします。
人件費込みでおおよそ２千万で１報程度が妥当じゃないでしょうか。
論文の質にもよるので、Cell, Natureクラスならたとえば１桁上の金額でもいいと思いますし
IF1未満の雑誌なら、もっとコストパフォーマンスが要求されてもいいと思います。

バイオインフォマティクスの場合、設備投資が必要な場合もあるので一概には言えませんが、
過剰設備投資になっていないかどうかを、客観的に判断する基準が欠如しているようには思います。
某先生の場合は、日本のゲノムプロジェクトを失敗する方向へ誘導したという「負の実績」も
あるわけだし、その辺もうちょっと考慮されて然るべきはずですが・・・

>>581
研究・開発の外資との提携はもちろん進むでしょうね。
しかし、それだけに依存していたのでは、企業の存在意義が薄らいで、
たとえば商社が直接入ってしまうことで製薬企業がつぶれる可能性だって
あるわけです。
とすれば、独自の研究開発を完全に抹消するわけには行かないでしょう。
今後、ゲノム関連の各種データはどんどんオープンになって行くでしょうから、
それをうまく使って、かつオリジナルな情報を得る必要が出てきます。
オリジナルな情報を得、行かす道は医療統計に他ならないと思うのですが、いかがでしょうか。

580です。
582さんがおっしゃるラインは、私としてはまあまあ
納得いくといえるかもしれないし、でも他の生物の
分野としてはぎりぎり最低ラインか、とも思われます。
たとえば大学院生を指導して研究にあたる通常の
生物系の場合、助手〜助教授クラスのひとがあたる
科研費の額は多くて数百万円程度、それでもって
アウトプット1報では、次のグラントがもらえるかどうか
ぎりぎりの線だと思います。
ですがバイオインフォマティクスの雑誌ではIFの高いものが
なかなか少ないということを考えると妥当なところなので
しょうか？設備投資も、装置の陳腐化のペースが他の業界
に比べて異様に早いので（ムーアの法則ですか？）なかなか
難しいとは思いますが。

>583.一応、すっきりしました。
丁寧に御返答頂き、ありがとうございました。

>>584
でも、教授、助教授の給料を考えたら二千万程度は普通の額だと思いますよ。
バイオインフォマティクスは分野が新しく、固定ポジションがないから、
人件費も研究費の中から捻出しなきゃならないわけです。
だから、科研費と比較するなら教授助教授の年俸を含めた額と比較しないと公平じゃない。

ところで、ラボ立ち上げもイチからやらなきゃいけない事が多いから、
そういう意味でお金はかかる。
ただし、コンピュータ施設は共用のものが使えることも少なくないし、
そうでなくても今はＰＣでも解析に使えるほど性能が高くなってるから、
どうしても数億〜数十億のマシンを入れなきゃいけないということは有り得ない。
ただ、コンピュータは発展途上であること、実験系のひとの想像するよりも
遥かに維持・管理が大変で費用がかかることもあって、専用のメンテナンス契約は
欠かすことが出来ない。
ところが、国家予算はメンテナンス費用を支払うことを認めていないので、
メンテナンス込みの形でハードウェア代を払うほかない。
かくして、高額なコンピュータを買わざるを得ないということになる。
官僚のほうも、安価なコンピュータを買ってちょこまか維持費を払うよりは、
大きな予算のものを買ったほうというほうが実績になるので、そちらを好む。
かくして、企業と官僚の利害が一致し、その間を旨く立ち回ることが出来る
研究者は信頼を得てますます大予算をまかされることになる。
ちなみに、官僚にしてみれば研究がうまくいったかどうかなんてよくわからないので、
大予算をつけてイイ買い物（＋イイ接待）をしてくれる研究者は大歓迎である。

こんなストーリーでどうでしょう?

メンテナンス予算が高すぎる、という問題も実はあるのだけど
たいしたことしてくれないのに

>>588
激しく同意。
しかし、払わないと何もしてくれない。
払っても大したことしてくれないけど、何もしてくれないよりちょっとだけまし。

>>589
メンテでいい会社ってどこ？
サンとかでハード込で買わないとダメかな？

>>590
あまり経験がないのでよくわかんないですが、担当としてついた人のレベルによりけりな気がします。

大抵の会社は、コンピュータのメンテはできても、バイオインフォマティクスのサポートまでは
できないですよね。せいぜいblastとかHMMerをインストールしたり、並列化したりするくらい。
こちらがやって欲しいことを口頭で伝えても駄目だし、文字にしても期待してる半分もできない。
きっちりした仕様を書けばいいんでしょうが・・・

>>591
そもそもキッチリした仕様書なんか書けるのか？
マップ一つ取っても仕様変更アリまくりだろうに。
現場張りつきしか現状では道無しと思うけどね。

>>592
だからメンテ料が高くなるのでございます。

>>591

そういうニッチ市場（バイオインフォ系のシステム開発）で飯を食おうと思って
ますが、日本で成り立ちますかね？

研究者とのコミュニケーションが取れるように、一応生物系の院で勉強してるんですが・・・。

>>592
だけどさ、伝えることが出来なきゃ、やってもらうことも出来ないじゃんか。
頼めばすぐに出来るとおもうのは驕りだよ。
しかし、ストレスのない環境がほしいのも確かなんだ…

>>594
ウンチ市場ですよ、それ。

エルXイシステムズみたいに小さいのにがんばっているところもあるから。

>>597
ここ？
http://www.lsisys.co.jp/index.htm

>>596
全く将来性なしと？
そんなに酷いんでしょうか、この分野・・・？

言われてるほど大きい市場にはならない気がしてますが、ニッチとして
それなりに生き残るとこはあるんじゃないかなあ、と踏んでるんですが。

>>599
レアケースが多いうちは大きな市場は難しいだろうね。
ウェットは無論、ドライもある程度専門知識が無いと勤まらない。
まあ、何処でも参入出来るまでにブレイクスルーされてる頃には
市場は既に席巻された後なんだろうけど（海外メーカーかな？）

>>599
煽りですよ。気にしなさんな。
しかし、将来性があるかどうかが不透明なのは確か。

自作パソコンにlinux入れて分子動力学計算とかやらせようと思います。
CPUはPentium3、Pentium4、Athlon、のどれがいいんですか？

AthronのMPでツインCPU構成はどう？

>>603
Athron 用のマザーってlinuxで安定してる？

>>604
TigerMPは安定してるYO

NetBurstを生かすためにプログラムをコンパイルし直せばPentium4は実は
速いというような話があるようなのですが本当ですか？
ちなみにソフトはCNSとかCCP4を使います（業種ばればれ）。

　　　　　　　　　∧＿∧
　　　　　　　　_（　´_ゝ｀）
　　　　　　／　　　　　　）　　　　　　　　　　　＿　　　　　_
　　　　　/　,ｲ　、　　ﾉ/　　　　∧ ∧―＝￣　｀ヽ,　＿
　　　　/　/　|　　　（ 〈　∵. ・（　　 〈＿_　>　　゛　、＿―
　　　｜　!　 ヽ　　ｰ＝-￣￣＝_、　　（／　,　´ノ
　　　｜ |　　　｀iー＿＿＝―＿　;,　／　／ ／
　　　 !、ﾘ　　-=＿二＿＿￣_=;,　／　／　,'
　　　　　　　　/　 /　　　　　　　／　 ／| 　|
　　　　　　 ／　 /　　　　　　　!､＿／ / 　 〉
　　　　　／ ＿/　　　　　　　　　　　　 |_／
　　　　　ヽ､＿ヽ
>>606
贅沢は敵だ

>>606
実はも何もＰ４は速いでしょ。いまんとこインテル系最速。

厨房質問ですみません。
アセンブルとクラスタリングとの　意味の違いを教えてください。

工房質問板に逝った方がいいかな・・・・・・

＞６０９
英語の辞書を引いてみそ

>607
ぐふぅっ。。（血
ま、待って下され。拙者の愛機はMMX-Pentium200MHz。
コンピュータウイルスからもサポートをうち切られ始めておる。
更新を考えはじめてはや一年。しかし先立つものが無くてな。
個人所有PCでどのくらい追求できるか、夢を見させて下され。

>>609
アセンブルってのは組み立てるという意味で、パソコンの自作の事。
クラスタリングは都市計画などで関連施設を隣接して配置したり連絡道路などを整備したりする事で、パソコン自作用部品などの店舗を密集して配置しておく事。
秋葉原再開発計画の話はどこで耳に挟んだの？

GeneLimeってどうよ？
ttp://www.infocom.co.jp/

発生のK藤滋さんはシミュレーションしてるけど、
bioinformaticsがそういう方向に進む事と思いますか?

生物系のsimulationによる理解とbioinformaticsは
異なるとおもいます。
bioinformaticsのひとがそちらの方向に進むということは
たぶんあり得ないと思う。なぜならbioinformaticsのひと
はほとんど受動的だから
でも発生生物学がsimulationやゲーム理論などをどんどん
採り入れることは十分ありえると思う。
問題はだから発生生物学という学問が生物学のなかでどれくらい
重要な位置をしめうるか、主流になるのかとかそういう問題
なんじゃないだろうか?

>>615
bioinformaticsのひとが受動的というよりは、受動的なひとが目立ちすぎてるっていうことでしょう。
Alifeの反省も込めているのかもしれないけれど。

サポート的なことしかしてないとすれば学問と呼べないから、本来受動的で良いはずはないです。
ただ、ある程度受動的なところをみせないと、認知してもらえなくておかしな方向へいってしまい
かねないので、いまのところは受動的になっている人が多いのだと思いますよ。

１２、１３日のヤツ行ってきて、
先行きかなり暗いなぁと思ってしまった。

私も逝きました．>12, 13

12日は行かなかったけど、13日は逝ってきた。
殆どが手探りにオナニー発表だったなあ。
ＤＢ充実は分かるけど、単にマイニングだけで
何とかなる世界じゃないと思うんだが。

同じ12日でも、某所での宮田さんの話の方が
１０倍は面白かったなあ（ｗ

>>617-619
そんなにひどかったのか。
旧電総研グループだっけ?

>>619
>同じ12日でも、某所での宮田さんの話の方が
>１０倍は面白かったなあ（ｗ

詳細、若しくは参照先きぼーん！

>>612　
多謝。
ｺｺは地方なので、秋葉原再開発計画の話は入ってきませんです。

12,13って、どこの発表？
WWW上で公開されている情報があったら教えて下さい。

>>622
このスレ的に言うとアセンブルってシーケンスの継ぎ合わせの事なんじゃ？
クラスタリングはシーケンスデータなんかの分類の事か？
良く階層的クラスタリングとかやるし。

>>623
http://www.kuba.co.jp/genome/

>>624
ありがとうございます。それはなんとなく解りました。
でも「どの場面ではどっちを使うか」つーのが、よく解りません。
クラスター作ってアライメントも書けるし。
自分は、実験->ﾈｯﾄﾜｰｸ運用->DB構築　と歩いてきた ﾃﾞｸﾆｼｬﾝ です。

>>626
＞クラスター作ってアライメントも書けるし。
ってのは、何か思い違いをしているように思うが・・・

>>627　えっ
それをやってしまうｽｸﾘﾌﾟﾄが手元にある・・・
両者のｱﾙｺﾞﾘｽﾞﾑが違うのは解るんだけど・・・・・

どういう文脈の話なのか良くわからんけど､
ゲノム上を重なりがあるように区切って複数回ｼｰｹﾝｼﾝｸﾞして
んでそれら全部ひっくるめてｸﾗｽﾀﾘﾝｸﾞして
同じｸﾗｽﾀ内のものをｱﾗｲﾝﾒﾝﾄして一つのｼｰｹﾝｽにして
最後にそいつらをｱｾﾝﾌﾞﾙするってのはどうよ？（何が）

クラスタリングもアッセンブルも意味は、どういった
文脈でつかわれるかに依存するとおもわれ。

誰か１２日、１３日のレポしろよ！

ハードウエアやHMMERの高速化はゴミだと思ったり。
そんなことは科研費でやることではない。質問少なめ、ただし評議員にマークされる可能性高め。
次の科研費から落ちるかもしれないから勧められない。
＃あ、これは１１日のことか。

１１日もなんかやってたの？

色々やってる割に成果はパっとしないね。
やってる〓金ばらまくだけ、になってるからか。
せめてジャーナルペーパー出せなかったら返金させれ。

http://www.mainichi.co.jp/eye/feature/article/police/200108/25-7.jpg

>629 >630 ありがとう。
>>630　うーん　
ほいじゃ、一番最初に「これはassembleでいこー！」って決めたら、それでいいのかな・・・・
きっと根本的なことから学習せねばなのだが、開発ｽﾋﾟｰﾄﾞを求められて
つい後回しだ・・・・・　　　ｳﾂ。　

どうも失礼しました。

>>636 え？えっと

>>630
その通りですね。
上のほうを読んでいると、いまいち話がかみ合ってない部分があると思いました。

計算機科学でのアッセンブル、クラスタリングと、バイオインフォマティクスでの
アッセンブル、クラスタリングはかなり意味が違ってきますね。

派生する単語として、「アッセンブラー」、「クラスター」なんかも計算機用語で
普通に使われるし。

>>629　氏
の使い方がバイオインフォでの使われ方としては、それなりにありえる例かな？
（ショットガン・シーケンシングとその後のデータ処理のことを言っている？
んだと思いますが）

このスレでいいと信じて質問。
PCRのプライマーを検索するソフトは星の数だけありますが、
これが最強と断言できるのはどれ？

>>639
Primer3

オライリー・ジャパンから１月末に「実践 バイオインフォマティクス」
（ISBN4-87311-068-8）が出るね！「Developing Bioinformatics Computer
Skills」の訳書だ！ http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bioskills/
あまぞんで予約した？

>>624
そんなもん買うくらいなら、普通のＵＮＩＸと分子生物の本、それと
これ
http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0521629713/qid=1011656911/sr=1-1/ref=sr_1_10_1/002-3418190-8227208
を買った方がいい。

>>643
レビューよろしこ。　

医学出版から邦訳が出てる。
http://www.igaku.co.jp/Bioinformatics/BioInfo1.htm　

>>644
訳者前書きの注が、浅井氏の人間性を感じさせるいい本だと思う（藁）。
原書と邦訳の価格差から原書を買いたくなる。
9800円高い。

どちらかというと初心者(学生)向け？
ウェブを見ると期待できるので、とりあえず買ってみるヨ！
>>642

>>647
もしあなたがある程度UNIX使えて、GenBankやPDBのデータを普段から
使ってる人なら得るものは少ないでしょう。

つうか、原書持ってるんですけど（笑）。情報科学の人間なので、
「こんな感じのものを生物の人は日常的に使っているんだなあ」
と眺めるのにはよいですが、もう研究やってる人には基礎的過ぎると思いました。

>>643　氏の挙げてる本は、アメリカの院でよく教科書として使われてるいい本ですよ。
私もそれで勉強してます。確率論的モデルを中心にかかれていますので、
どうしても内容はHMMとかそのあたりに集中してますけど。

どうもありがとう。
9800円かぁ。
原書もいいがどーしても手ののび易さに差が出てしまうので訳本買おかな。

普通のUnixの本ってどんなのあるの？
UnixってLinuxじゃだめかな？
Linuxじゃ何か問題あるかな？

>>650
オライリーという会社が、実用的なコンピュータサイエンスの良書をいっぱい出してます。
まずUNIXを何も知らないなら、こんな本はどうでしょう。

http://www.oreilly.co.jp/BOOK/lunix4/

LinuxもUNIXの一種ですから、ユーザー数を考えても個人のWS用としては
いい選択ですよ。山のように「Linuxインストール入門」とか言う
本が出ていますので、まずご自分のPCに入れてみては？

http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bioskills/
この本は、まさに650さんのような疑問に答えてる本ではあります。
そこから、各トピック（シェル、プログラミング関係など）に
読み進めていけばよろしいのではないかと。

どうでもいいことなんだけど、>>645の紹介文見てると
「＊＊先生の作品が読めるのはジャン○だけ！」つー漫画雑誌の余白を思い出す。

>>651
アリガト。
探してみるよ。
Linuxって自分のパソコンで使えるのがいいね。
ワークステーション買ってって言い難いし。
買ったのに使えんやんかって言われそ。

>>653
はっきりいって半端なワークステーションより、その辺のＰＣの方が性能イイよ。
ワークステーションはコストパフォーマンス悪過ぎ。OSの出来も良くない。

alphaははやいぞ。

>>654
>OSの出来も良くない

こらこら。どのOSを指していってんだよ。
GUIに長けたアプリでパソコンに負ける、ってのは
良く聞くが、OSの「出来」が悪いってねぇ・・・

>>656
まあ確かにOSの出来が悪い、というのは言い過ぎかもしれません。
UNIX系のOSは、基本的に枯れたコードが多いので、どれも大きな問題
にはならないと思います。

>>655
確かに速いですが、将来がちょっと心配かもしれないです。

とにかくPCにLinux入れれば、有名どころのツールはかなり
使えますよ。今度出るオライリーの本も、Linux前提に書いてありますね。

>>651
http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bioskills/
買ったよ。いいね、この本。知り合いにも勧めて買わせることにするよ!

>>656
どのＯＳって、たいていのＯＳはLinuxよりできが悪いよ。
ＰＯＳＩＸに準拠してるのはLinuxくらいでしょ？

ま、それをさておいても、SunOS, Solarisはコードはかれてこそいるけど、
変なバグいっぱい積み残して、それをドキュメントに書いてるだけだし。
Alphaはたしかに悪くないが、ときどき落ちて困らされた。
ＨＰとかＳＧＩはよくしらんが、ライブラリが特殊でしょ?

LinuxシステムはGNUツールで構成されてるから、出来はかなりいい。（rms私信)
ま、ツールをOSの一部とみなしちゃいかんのだろうけど。

>どのＯＳって、たいていのＯＳはLinuxよりできが悪いよ。
>ＰＯＳＩＸに準拠してるのはLinuxくらいでしょ？

なんでＰＯＳＩＸ準拠でなかったらできが悪いことになるの？
さっぱりわからん。

>ま、ツールをOSの一部とみなしちゃいかんのだろうけど。

ちょっと『合掌』モードになってきたんだけど…。

別にシェルの類まで含めてＯＳだというのならかまわないけどね。

というか、、、
ＧＮＵのツールがデフォルトで入ってると「できのいいＯＳ」
なのか？Ｓｏｌａｒｉｓとかだって後でどうせ自力で入れるんだから
いっしょじゃん。

つーか、そもそもワークステーションを批判するのに
Ｌｉｎｕｘ対その他のＵＮＩＸ系ＯＳという
図式がおかしい。Ｓｏｌａｒｉｓその他だってＰＣで動いてるぞ。

それにＷｉｎｄｏｗｓもＰＯＳＩＸ準拠じゃなかったっけ？あれは
できがいいのか？？

> ＧＮＵのツールがデフォルトで入ってると「できのいいＯＳ」
なのか？

出来が良い、悪いというよりは利便性の問題でしょうね。
しかしながら、これほど手軽にUNIX系のOSが使えるような時代
になったのは、やはりLINUXの力も大きいですが。

私は情報系の人間で大学院にいるので、生物の人のマシンに
Linuxインストールしてあげたりすることもありますが、やはり
手元にあると便利でどんどん使い込んでいく人もいます。
この手軽さを生み出してくれたLinuxコミュニティーには
感謝していますね。

確かに今更好き好んでワークステーションを選ぶ理由はないよね。 企業が金取りたい以外にはね。

>>662の648殿
なんか色々フォローしてもらってるので、感謝しに出てきました。
というか、わしが何かとケチつけて悪者になってるだけだが・・・。

648氏が659と別人であることは確信を持っています。内容からすぐわかる。

648氏に付け加えることはありませんです、はい。
そういいながら、またsage

>>660
>別にシェルの類まで含めてＯＳだというのならかまわないけどね。

まあ、そう来るだろうと思いました。で、どこまでならいいんですか?
rmsに訊いたら、きっとあなたとは違う答えが返ってくるでしょうね。

>というか、、、
>ＧＮＵのツールがデフォルトで入ってると「できのいいＯＳ」
>なのか？Ｓｏｌａｒｉｓとかだって後でどうせ自力で入れるんだから
>いっしょじゃん。

そういってしまえばそうですね。
Solarisはしかし、変な仕様（＝バグ＋フィックス）が多すぎる。使いにくい。
そういう意味で、出来が悪いといいたいです。

>つーか、そもそもワークステーションを批判するのに
>Ｌｉｎｕｘ対その他のＵＮＩＸ系ＯＳという
>図式がおかしい。Ｓｏｌａｒｉｓその他だってＰＣで動いてるぞ。

ま、そういっちゃあそうだが、ワークステーションの売り方考えたら、あながち外れとはいえんでしょ。

>それにＷｉｎｄｏｗｓもＰＯＳＩＸ準拠じゃなかったっけ？あれは
>できがいいのか？？

あ、そうなの？　それはしりませんでした。
しいていえば、Windowsは別の意味でワークステーションより出来がいいとはいえるけどね。

rmsについて補足です。
UNIXやGNUについてはご存知のようなので、当然知っているものと思いますが、
Richard Stallman = GNUプロジェクトの創始者+リーダーです。http://www.fsf.org参照。
彼がオペレーティングシステムをどう捉えているかについても知ることが出来るでしょう。

WindowsNTはPOSIX互換と自称しているが、ウソだよ。

>>661
SunはIntelで動作するSolarisをステるのが基本方針。
まー、Solarisはダメですね。セキュリティホールを簡単に塞げるような
ちゃんとしたパッケージングシステムが無い。
Debian GNU/Linuxみたいなパッケージングシステムがあればいいのになー

>>659
POSIX完全準拠しているOSはLinuxだけじゃないよ。
まぁ、普通規模のサーバ、ワークステーションとして使うにはLinuxは
悪くない。バイオインフォマティクスでの用途はワークステーション
だから、Linuxマンセーだけどね

>>667
まあ、そうですね。ほかのOSは何を念頭に置いているのかわからないけど、ない訳じゃないですね。
OSF1は、仕様上はまあまあだけど、使い勝手は悪いですね。

大規模のサーバだと、Linuxはまだまだ使えない、というか将来使える見込みがあるのかどうかすら
わからないけど、大規模サーバが本当に必要なのかという問題もありますね。

なんかPOSIX準拠の話になってきてるんで、
ネタふりにきました。生物やっているひとたちにとって
コンピュータといえば【マク】なわけですが。
でもってMacOS Xってどうよ？（藁　
っていうのが質問です。ぼろかすにやっつけてくれてもいいし、
おいらのしらないMacOS Xならではの利点を弁護してくれても
いいですけど、まじにどうよ？

大規模のサーバーって何よ？
クラスタリングなら2.5系の目標の一つになってるぞ。

>>670
あー、クラスターはLinuxで問題ないね。
今は流行らないPVMのことだったんだけど。

ところでSVMってなに？

>671
サポートベクターマシン？
こちらへどーぞ↓
http://www.kernel-machines.org/

>>672
正直、よくわからなかったんですが、パターン認識のひとつのアルゴリズムと考えて良いんでしょうか?

>>671
分散処理フレームワークなら今はMPIだね。
それでLinuxで何が問題なの？

>>669
MacOS X?
MacOS ×(ダメ、バツ)の間違いだろ?(Ｗ

バイオインフォマティクス用途には向かないと思われ。
1. 遅い
同じハードにLinux入れた方が早く分析結果が出ると思われ。マクはハードも
高いから、コストパフォーマンス的にダメ。
2. 独自GUIがだめ
Linuxで使えるフリーのバイオインフォマティクスのツールには画面表示に
X Window Systemを使っているやつがある。MacOS ×は独自GUIなので、
ソースを改良しないと使えない。
3. パッケージシステムがカス。
今までマク使っていたヤツが、bipoerlとかインストールできないに1,000リラ。

誰かが書いていたけど、Sun買ってボスに結果出たんか？高いコンピュータ
買ってやったのに、と言われるのと一緒になる恐れあり。

>Sun買ってボスに結果出たんか？高いコンピュータ
>買ってやったのに、と言われるのと一緒になる恐れあり。

どうしてもSunがいいなら、Blade 100 とか買っとけばいいんじゃないんですか？

>> 675
もっとべんきょうしてね。

つかってみて挫折したのか知りませんが、Fink(http://fink.sourceforge.net/)
つかえば X 入るし、bioperl なら
http://www.tc.umn.edu/~cann0010/Bioperl_OSX_install.html
読めばよろし。

電話が安い！！全国3分18円のＣＭもやっているＤ−フォン ！資料請求無料
http://sawayaka.msweb.jp/service/shopping/dremex/index_dremex.html
これはどう？

皆様

結論として、ろくに知識がないのにイキがってる奴が多いダメスレ
ということで、よろしいのでしょうか？

そりはこのスレの前提であって結論ではないのれす。

というか、バイオインフォマティックス自体が、情報を知らない
生物屋と、生物を知らない情報屋崩れの集まりか。

ほとんど流行りで勢いに乗ってるだけで。

>>681
それはちがう。
情報を知らないで情報やの看板を掲げてゲノムに九部突っ込んでる似非情報やと、
分子生物をちょっとかじってるが生物のことはよく知らず、
コンピュータもちょっとかじっただけの分子生物やの集まりです。

ま、それはさておき、679は何を言いたいの?　
自分もろくに知らないのに一段上に立ってるつもり?

おー。真面目に答えるよ。

>>682
>情報を知らないで情報やの看板を掲げてゲノムに九部突っ込んでる似非情報やと、
>分子生物をちょっとかじってるが生物のことはよく知らず、
>コンピュータもちょっとかじっただけの分子生物やの集まりです。

修士の学生クラスならともかく、基本的には情報科学／生物学で
学位を取った人間が参加している分野がバイオインフォマティックス
である。
「情報を知らない情報屋」や「分子生物をちょっとかじっ」てるだけの
生物屋とは、この分野で具体的に誰を指すのか？

これでもバイオインフォマティックスには初期の段階からかかわっている
ので、喧嘩を売るなら真面目に答えるように。

といいつつ、下らないのでsage。

どうでもいいが、おれは全然「一段上」になんか立ってないぞ。

（続き）
具体的には、ここに載っているような面々が支えている分野だ。
「怪しい」と言える人物もいるが、大半は>>682のいうようなもの
には当てはまらないと思うが？
giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2001/ProgramCommittee.html

どのように膨大なゲノム情報の中から有用なものを引き出し、
効果的な解析を行っているのか教えてください。
大まかな流れでいいです。
大卒でもわかる程度の内容で。
教えて君でスマソ。

>>683
バイオインフォマティクスに初期から関わってるってのは、1980年ごろを指していってるんだろうか？
それとも、言葉が出来た1995年ごろ？ま、どっちでもいいけどさ。

具体的に誰を指してるかなんて、ここじゃはっきりはいえないが、何度か話題に上がってる
数十億のコンピュータをコンピュータを入れたカタはその典型でしょ。
あ、giw系のひとですか。じゃあ、こんなこというのはまずかったのかな…
ま、いいや。具体的な問題点は、上のほうにいっぱい書いてあるので、読んでください。


まあ、それはおいといて、

＞おー。真面目に答えるよ。

って一体何に答えたの??　質問は、

＞ま、それはさておき、679は何を言いたいの?　

だったんだけど。

すぐにこのスレは煽りあいになるな

日本のバイオインフォマティクスがダメダメなのは間違いないのに、
この名目で一番お金を取ってる人たちが、それに対して目を閉じているからさ。

>>686
？？SGIのおもちゃを買った話か？それだけで「情報を知らない情報屋」
になるの？

まあ、まともには答えられないだろうからもういいよ。

>質問は、
>>ま、それはさておき、679は何を言いたいの?　
>だったんだけど。

なんのことやら。>>679の直前のいくつかの喧嘩をみて、>>679を読めば、
そのままだろうが。

>>687
すまなかったよ。
知ったかぶりにからまれてかちんときたんだ。
もうやめる。

基本的な認識がなっとりませんな。
ここは２ｃｈですぜ。
煽り喧嘩が基本ですじゃ（藁

>>689
おもちゃかったから知らないじゃなくて、知らない人が買ったんだよ。
なにをもとめてんの？

あんたも知ったかの一人だろうが。（ｗ

アホな喧嘩に埋もれて
>>685
の真面目な問が無視されてるぞ。
誰か答えてあげようよ。

そんな>685にこそオライリー
http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bioskills/contents.htm

>>693
禿同。いい入門書だと思う。
普通｢コンピューターでゲノムを解析する｣って言っても具体的イメージ浮かびにくいもんね。
一番基本になる考え方は、計算機科学で昔から使われてきた
「ある文字列とその他の類似性を比較する」
と言ったような技術が、一種の文字列であるDNAなどを解析するのに
使えるんじゃないのか？と言うところから始まってます。

無論そのほかにも、物理化学的な知識に基づきたんぱく質の立体構造
を予測したりとか、今では多岐にわたっています。しかしながら
まだ未成熟な分野のため、言葉だけ先走りしている感のある現状では
上の煽り合いのような意見を持つ人もいる、と言うわけです。

>>694
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1002423501/642-651

今年の名古屋の蛋白質科学会で波乱の予想あり。
会長のG先生が「構造生物学」と「構造ゲノム」の
違いを理解していなかったせいでプログラム委員会が
分裂、国内の主要の構造解析のラボ(構造生物も構造
ゲノムも)が大量に学会不参加になりそうな予定.

ということで今後は蛋白質科学会はバイオインフォと
一分子解析専門の学会(というか生物物理学会のサブセット)
になってしまうであろう。

>>696
＞「構造生物学」と「構造ゲノム」の 違い

どうちがうんでしょうか？　目くじら立てなきゃ行けないほどの違いなんでしょうね・・・

>>677
オマエこそもっと勉強しろ、コラァ〜

Xが入ることとXlibを使ってコンパイルできることは別。
Linux/i386でコンパイルしたclustalxはMacOS×+Xでは動かないじゃん。

Bioperlのバージョンアップに対応するパッケージングシステムが
ダメだ、とオレはいってるんだヨ！ わかったか！
make, make installなんてパンピーにできるか？依存関係なんてわからんぞ。

>>698
もう、喧嘩止めようよ・・・
どうでもいいけど、専門はバイオインフォマティックスだーと
いうくらいなら、makeくらいはできると思う・・

なんか、情報系に関しては素人っぽい意見が目立つようなきがする
けど、気のせい？

>>698
> Linux/i386でコンパイルしたclustalxはMacOS×+Xでは動かないじゃん。

これはひどいはなしだね。

ここに情報で学位を取った人っているの？

>>702
情報で博士号もってれば、ここまで低レベルな争いにはならないと
思われ

俺はMacOS Xで純正のXFree86やXlibをかんそうしたら
使えるようにならないのか?それから
あのvelocity engineとかいうやつは配列解析の
強い武器にならないのかどうか?ということが
知りたいわけ。

>>704
ぶっちゃけたはなし、VEは配列解析には役に立ちません。
浮動小数点演算の部分なんてちょぴーりしかないんだもの。

それと、P4の方が速いでしょ、今となっては。
・・Powerアーキテクチャは最速というベンチマークもあるにはあるが、
膜にそれが載ってるかどうかはしらん。

バイオインフォマティクスでMacを使う理由が理解できんのですが。
ふつうUNIX/Linuxだろ。
最悪でCygwinってとこか。

マックでないと使えないソフトとかもあるからね。
プローブ設計とかね。

>>704
無理だよ.... > XFree86やXlibをかんそう

コンピュータの話はいいかげん止めれ。
ただでさえ生物屋には分からないのだし、
コンピュータだけやってればってことでもないだろう。
じょうほう屋さんよ。
ちょっと聴きたいが、どれくらい生物知ってるの？
煽りではなく、この分野でどれだけ協働できるか知りたいのだ。

>>707
・・・プローブ設計は膜でなくてもできると思うが？
膜のソフトは最高級のプローブを提示してくれるのか？

>>709
>ただでさえ生物屋には分からないのだし、
っていうあたりが、生物屋の問題だろうと思う。
研究遂行上必要な機器類（たとえば、DNAシーケンサ、DNA合成機、PCRなど）の
使い方を覚えることはできるんだから、コンピュータが使えないってのは、食わず嫌いに過ぎない。
全然必要ないって言うなら、覚える必要もないわけだが。

>じょうほう屋さんよ。
>ちょっと聴きたいが、どれくらい生物知ってるの？
ここには、生粋の情報やはいないものと見受けられる。

ちなみに、ほんとの情報屋の仕事は、コンピュータを扱うことそのものではない。
コンピュータは道具に過ぎないのだ。
もちろん、大工にとってノミやカンナが必要なように、
大部分の情報屋にとって、コンピュータは必要不可欠な道具ではあるのだが。

>709
あんまり期待しなさんな。
方向が全然違うから。
それより、自分でコンピュータを勉強したほうがこの先楽しいぞ。

生物屋、情報屋の定義は?

オレ？
オレは生物屋としては傍流で、情報屋としても傍流（Ｗ

>>712
で、これがバイオインフォマティクスやってる人の正体。（ｗ

>>709
逆にどの位情報を知っているのか聞きたい。
どの程度本気で情報的な力を必要としているのか知りたいんで。
知りもしないで必要だとは言えないだろし。

>>714
うーむ。そんな突き放し方もないもんだと思うが。
コンピュータで処理すれば、なんかできそうな気がするけど、
自分ではできないから、やってみてくれない？
っていうかんじなんでしょ。

その割には頼む側の態度がでかいというのは確かだ。

>>712
バイオいんふぉに限らず、境界領域(BIも現時点では境界領域)でやってる人間は
どちらかオンリーの人たちの集まりにいくと微妙に仲間はずれな感じをうけてし
まう...まあ、すでに生物科学は総力戦だし、このまま人的交流が進んで、次世代
かその次くらいに本当のハイブリッドな人たちがでて、しかも、彼らが主戦力に
なる...? ことに期待

>>716
それにしても、バイオインフォやってる人は両方ともできなさすぎる人が多い、
と感じているのは私だけだろうか・・・

>>717
現状、すくなくとも日本ではバイオインフォはゲノムサイエンスのサポート
という位置づけが顕わになりすぎた。たよりなさげな印象はそこからも来て
いるのでは？今の時点ではゲノムに付いていくのは仕方ない(お金のことと
か)にしても、バイオインフォで一本立ちできる領域を作り出す必要はある
でしょう。
　でも、両方(計算機と生物科学)とも進展急だし、追いついていくのも大
変なのさ。

ＷＧＳにおけるcontigとscaffoldの違いを教えてください。
自分で調べた限りでは
scaffold ≧ contig という印象が…

contigは特別講演で聴いてわかってるつもりだが
scaffoldて何？

＞ちなみに、ほんとの情報屋の仕事は、コンピュータを扱うことそのものではない。

言わんとすることはよく分かる。故に、こういう人はバイオインフォに参加出来んのよ。
人材を欲しても、そうした要求に応えられる人って皆無だものね。
長年開発現場に所属していて自らＷＳなりＰＣを駆使出来て、要求分析も出来て、
システム開発も出来て（その際に自分も作成に参加して外注管理も出来て）、保守
メンテも出来て、生物系の大学を卒業していてある程度の知識のある人材って
この日本にどの位居るんだ？

>>719
そうですね。定義は、ヒトゲノムドラフト論文（Nature２００１年２月）を参照。

>>720
居ないでしょう、厳密な意味では。ひとつの分野に閉じこもるのが
主流で、有利だから。
厳密には居ないにしても、今時点でそれに最も近い人ってだれだろう？

>>722
いなくもないよ。
ただ、>>720が並べてる条件だけでは単なる便利屋であって、
研究業績を残せるかどうかはまた別でしょう。

ドライ系で、研究業績にこだわる奴と従来のメーカー型とは
分けて考えるべきだと思うな。
さらに言ってしまえば、ウェットとの共同作業では後者じゃないと
まず上手くいかない。すぐに壁を作っちゃうからね研究ドライは。

ﾄﾞﾗｲとｳｪｯﾄって何なのさ。

>>724
要するに、実験屋の人はコンピュータ版プロパーがほしいんだよね。
コンピュータを使っためんどくさい仕事を一切引き受けて、データ渡せば
適当なプログラムを使ったり、あるいは作ったりしてくれて、
必要なデータ処理をした結果だけ渡してくれるっていう。

もうすこし、共同研究という視点で話し合いながらやればいいと思うんだけど、
一方的にやって欲しいことを押しつける側と、相手の言葉がわからなくて、
単なる作業員になるのはいやな人で一緒にやろうとするから変なことになるんでしょう。

はじめの内はお互いに基準を切り下げて、相手が少々できなかったら
一緒に初歩的な勉強会をやるところから始めるくらいでないとうまくないんじゃない？

>>726
同意。互いの歩みよりって絶対必要だと思う。
J-BIGの勉強会でNCBIに所属している人の話があったけど、
ウェット同士でもそうした問題が実際あって、ブレイクスルーの
一歩として定期的な勉強会を行ったという話があったよ。

７２０の望みは「ＳＥ欲しい」という事に過ぎないよな。
ＳＥ使えばバイオインフォやってるっていう事だと思ってるんだろな。

>>720
F社やH社、I社に若干名いるのは知っているが・・・みなバイオインフォ関係に取り込まれて、
新規参入組には回ることはないでしょう。
コンスタントにＮ億〜のお金を落とせるようなら、気が変わるかもしれん。

>>728
ＳＥ使えば〜の下りが何を言ってるのか全然分からんな。
なら、お前さんはどういうのがバイオインフォだと思うんだね？

720 さんのいうことに近いこと今仕事でやっていますよ、実際に。

>>731　需要があるところに商売は成り立つからね。

>>728 SE使って何が悪いの？
自分がSEと思うか、そのプロジェクトの中心にいるbioinformaticistであるかなんて紙一重。
今足りないのは情報系テクニシャンです。

以前にも書き込みをしていた米国留学中の院生です。
年末は久しぶりの日本を堪能してきました。

さて、ちょっと議論がループしてるような感じですが、私は相変わらず
両方が歩み寄ることをひたすら願うと言う立場です。

｢情報系テクニシャン」という言葉に抵抗を覚える情報系の人も
多いと思いますが、正直自分はそういう立場でもそれなりに面白
いと思ってます。これは計算機と言うものの特異性かもしれないです。
と言うのは、開発と言う一連の作業の中で、研究者(クライアント)
の要求分析、計算モデルの提示と言う部分は、要求が高度になればなる
ほど、(クライアント側の認識がどうあれ）いわゆるテクニシャン的な
仕事に必要な知識を超えた複雑さであると思うし、それゆえ面白みも
あると思ってます。（まあ、これは私が小学生のころからプログラム
作ってきたオタクだからなのかもしれませんがね…）

そして、731さんの733での発言にあるように、情報系ではテクニシャン・研究者の壁は
かなり微妙なものであると言う点にも賛成です。

まずはお互いの垣根を低くして望まなければ仕方ないんでしょう。
無論、いつまでもそこに留まってるわけにもいかないですけど。

追伸です。
無論、生物学者が、計算機で解決するべき問題に対し、自分で
システムの設計までできてしまうような世になれば、情報系
テクニシャンは単なるコーディング要員になってしまいますけどね…。

>>735
実際はそれに近い状況なんじゃないの?
もちろん、生物やに、プログラマが理解できるような完全な仕様書を作れるわけじゃないけど。
仕様書を作るだけならやっぱり研究者の仕事とはいえないだろう。

>>735
それが出来るなら今のＳＥの大半は失業だろうな。
何もバイオインフォに限った話じゃないだろうし。
システム設計＝図面引きと考えているならそれは
間違いだと言っておく。

>>737
「システム設計＝図面引き」とは考えてないさ。
ただ、建築士あるいは建築デザイナーが、客の要望を聞きながら
建築物を設計していく過程に似たものだとは思うね。

>>736
使用するべき適切なアルゴリズムの設計までできるような人が増えれば
まさにおっしゃるとおり。まわりみてると、アメリカでは近い未来にそういう人が
結構出てくる予感はしてます。

>>737
確かにそうですね。
ただ、生物系研究者の中には本当にそのくらい凄腕の情報系スキルを持った人もいるので。
今後そういう人が増えるのかどうかは未知数ですが。

どんな分野でもそうですが、「システム設計＝図面引き」と誤解
している方がいるのは残念なことです。

分子生物やは、目に見えるものがすべてだと思っていて、目に見えるものを求める。
情報科学屋は、目に見えないものにこそ、本当の価値があると思っていてそれを求める。
両者の深い溝はそこにある。

>>738
建築物とコンピュータプログラムのアナロジーは、ソフトウェア
・エンジニアリングの講義では定番のアナロジーですね。

しかしながら、クライアントの要求を的確に理解し、その問題点を
指摘するのに結構予備知識が必要なのがこの分野の特殊性でしょうか。

>>740
そこまで言い切ってしまっていいかどうかはちょっと疑問ですが、
情報科学の本質が数学的であるという点では、ある程度同意できます。
でも、情報屋には、動くシステムとりあえず作る、と言うことに
精力を傾けている人もいるので、数学とイコールにはならないのかな？

とりあえず何かして欲しい事はテクニシャに頼んで
それでだめならノンテクニシャン（情報系の研究者？）に持ち込む
てんじゃだめか？
どう？情報屋さん？

>743
最後の一行でやる気無くして終了。

>>741　どの分野でもそうだと思うけど？

>>745
まあ究極的にはそうなのかもしれませんが、オフィシャルな形で分子生物学の
講義を受けてみて感じた実感です。
（付け焼刃的な知識では歯がたちそうにない、と。）

>>746
ああ、そういういみね。了解。
まあ、分子生物学勉強するのは、百科事典を覚えるくらいの気合いがいるもんなあ。
情報系のひとは、とかくそういう「肉体労働」を嫌う傾向があるようだし。
反面、日頃から慣れてる肉体労働は全然苦にならないみたいだけど。
あ、そりゃどっちもどっちか。

やっぱり、ウエットが主でドライが従という固定(?)観念は強いらしい。
分子生物にしても情報にしても、既存の方法論を駆使できるだけの人は
ある意味テクニシャンにすぎない。分子生物/生化学/etcの研究員やテク
ニシャンを従えてやってく情報屋さんがこれから出てくるのだろうか？
もう居るのか？

>>748
結局、実験やを使うためには、それだけの背景知識と経済的基盤が必要なんだが、
情報屋で、実験屋を使いこなせるだけの背景知識を持っていて、かつリーダーになれるだけの
力量をもってる（＝ある程度年齢がいってる）人がほとんどいないんだよ。皆無に近い。
経済的基盤は、あるところにはずいぶんあるみたいだけどな。

逆に、実験屋のほうで経済的基盤があってリーダー湿布とれるひとは、
情報やにやって貰いたい仕事が山のようにある。情報屋として使いこなせるかどうかは別として。

これが、現状なのだよ。

情報やがリーダーシップをとるためには、本当の意味で生物学的な問題に関心を持つことと、
実験系のひとと会話できる程度の背景知識を身につけることが必要。

2002年01月30日　
タイトル
理工学部生命情報学科教員公募　
概要
平成14年4月に新設される慶應義塾大学理工学部生命情報学科において、有機化学、
遺伝子工学、タンパク質工学、情報科学等を基盤とするBiotransformation の
分野の研究を担当する助手または専任講師の公募。

教育および研究分野：
　　有機化学、遺伝子工学、タンパク質工学、情報科学等を基盤とするBiotransformation
　　の分野の研究を推進する意欲があり、近い将来学部生の「有機合成化学」、「有機反応
　　論」、「有機立体化学」等の講義および実験を担当できる方。実験は着任後直ちに担当
　　していただきます。

着任時期：２００２年９月１日、遅くとも１０月１日　

機関名
慶應義塾大学理工学部生命情報学科　
機関種別
私立大学　
所在地
223-8522 神奈川県 横浜市港北区日吉3-14-1 　
地域
関東甲信越　
職種
助手
講師　
勤務形態
常勤　
人員
助手または専任講師　１名　
研究分野
理学　有機化学、遺伝子工学、タンパク質工学、情報科学等を基盤とする
Biotransformation の分野　
応募資格
応募の時点で３６才以下　

募集期間
年月日 - 2002年03月15日　
着任時期
年月日　
応募書類
履歴書（西暦で書いて下さい）
研究業績目録
主な論文５報の別刷り（コピー可）
これまでの研究の概要（Ａ４、２枚?３枚）
今後の研究・教育の抱負（Ａ４、１?２枚）
連絡先（電話、e-mail）

「生命情報学科教員応募」と朱筆の上、書留で郵送して下さい。 　

選考方法
書類選考後、面接（４月前半を予定）　

採否の決定
個別に連絡致します。　

連絡先住所
223-8522神奈川県横浜市港北区日吉３?１４?１　

>>748
慶應の冨田あたりがそうじゃない？
彼は情報屋だけど、山形に研究所作って、そこで実験屋を従えているよ。
http://www.ttck.keio.ac.jp/

>>751
SFCの学生さんですね。宣伝ごくろうさん。(w

http://www.ttck.keio.ac.jp/IAB/faculty.html

慶應義塾大学先端生命研究所

>>751
かれはちょっと特殊だね。今後の成果に期待しよう。

都三田さんって何やってた人なの？ 情報屋？

宮田満は大学の講義なんてできるのか？

>>755
アメリカのカーネギーメロン大のプロフェッサーだったらしい。
なんとか研究所の副所長も務めたとか。
情報系ではかなりな大御所・・・なのか！？

>>756
「わが国のバイオベンチャーの夢と実現」という講義は面白かったぞ（ｗ

うちはM1むけの就職ガイダンスで呼んだ。
非常に良くわかった。裏も表も。
うそでも誇張でもなくね。
サイエンティフィックな深みはともかく広く浅く物事を見るというのも
才能だと思うし。わが国のバイオベンチャーは確かに「あやしい」が
建設的なことを何一つできない人種（たとえば東大卒の官僚とか）
に限って、いろいろ批判だけしてつぶそうとする傾向があるのは
良くないと思うわけね。
ていうわけで宮田満氏に一票！

Ｍ田と官僚の癒着は有名。759は何も知らないのか？ｗ

>>760
完了は「お話」の上手な人が好き。とくにスケールの大きな法螺がふける人。

>>757
え、CMUの教授だったのか…。知らなかった。
AIな人には聖地の一つだからね。まあ、AI自体が下火な今でも、
コンピュータ・サイエンスではかなりハイレベルな研究機関であ
ることは間違いないね。

>>761
そうそう。そういう人が資金を調達出来るんだよな。
つーか、癒着は有名って言うけど何か悪い事でもしてるん？

>>763
CMUでは準教授じゃなかったかな？

それはともかく、ほとんど何の業績もない人間が所長になっても
いいのか？それともKOが何も考えてないだけなのか。
研究に関しては良い噂を全然聞かない人だけどなあ。
情報屋時代はすごかったんだろうか？

>>764 誤爆してるのに気付いた。。。
×>763 ○>>762

>>764
探して見たが見つからないな｡
情報で大御所という線はないんじゃないか?

>>764,766
ちゃんと調べてからきてね。
知らないってことははこわいね。

>>７６６
こういうや釣って絶対自分では何も出さないで
相手が間違っているように思わせるような
台詞だけなんだよね（和良

>>767-768
ていうか、見下してないで教えてよ。

>>７６９
俺も知らんよ。
もの痴り７６７に聞いておくれ。

富田はCMUなのか。
だから北野と仲がいいのかな？
http://www.ed.kagu.sut.ac.jp/~j1201632/scias/aibook.html　

>>771
同じアナだからね。

>764
業績は、E-cellがある。
一応業界的には有名。
単に慶応のドキュソ学生を大動員してシミュレーションしただけなのだが・・・
まあ、北野と同じで、アピールしないといけないということか。

>>773
かれの一番の業績は機械翻訳でしょう。
http://www-2.cs.cmu.edu/~scsfacts/nsf-pyi.html

http://www.google.com/search?q=Masaru+Tomita&sitesearch=cs.cmu.edu
あたりか？

富田さんは慶応医学部の大学院、
医学研究科・分子生物学教室の学生だったけど、
結局卒業し炭化な？
シンセサイザーの富田勲さんの親戚なんだよ。知ってた？
いや〜、富田勲さんのシンセサイザーは感動するよ。

北野さんは慶応関係者と仲がいいよね。
ミーハーだからかな？

> 775
そこで分子生物学の博士号とったよ。

親戚でしたか？親子だったような。

所まりおが慶應の教授でソニーの役員だから縁があるのでは？

>776
親子だったかな？？？
富田勲さんって慶応卒だと思うけど、何学部だったんだろう・・・。
関係ないからｻｹﾞときます。
数ヵ月後にまた来るかも、ｼﾞｬｱﾈ。
次はどこの板に遺稿かなぁ。。。

>>776 >>777
たしか親子だったと思う。

>>767-768
情報の方はしらないけど、生物の方は全然でしょう。

彼の研究室から出た論文でなんとか引用されてると言えるのはＥ−ｃｅｌｌ
のやつだけ？他にまともな論文、なんかあるのかな？
引用数は軒並み一桁程度みたいだけど。

E-CELL: software environment for whole-cell simulation
Tomita M, Hashimoto K, Takahashi K, Shimizu TS, Matsuzaki Y, Miyoshi F, Saito K, Tanida S,
Yugi K, Venter JC, Hutchison CA
BIOINFORMATICS
15 (1): 72-84 JAN 1999
Times Cited: 34

富田がすごいなんて思ってるのはSFCで洗脳された文系厨房だけだろ。
ソルジャーとして使うにも基礎がなってないから困ったものだな。

>>778
E-cell、ネイチャーでも取り上げられてたよね?　N&Vだったと思うが。

どーもです。

>E-cell、ネイチャーでも取り上げられてたよね?

Scienceでもちらっと紹介されてたよ。でも、あれは笑い者になってる
のは見たことがあるが、まともに受け取ってる人は知らないなあ。
だいたい、newsなんかで紹介されるのは業績と関係ないもんね。
別に恨みがあるわけじゃないので悪口はいいたくないが、、、
主要な業績とされるものがこの程度の引用のされ方では、
何をいわれてもしょーがないという気はする。

笑い者？　ちょっと面白いことやってるよ-ってことじゃないの？
たしかにいままでやってることはたいしたことじゃないし、出てきた結果に対する考察もあまあまだけど、
アメリカではこれにカナリ刺激をうけたひとがいて、関連研究機関は９つもあるそうだよ。
もちろん、E-cellが目的ではないのだが。

日本人はあたらしいアイデアの芽に対して、つまらない横槍入れるひとばかりだから
アメリカに出遅れるっていうことも、そろそろ学んだほうがいいのでは？

日本では欧米の後追いをしないと評価されません。

どーもどーも。

>アメリカではこれにカナリ刺激をうけたひとがいて、関連研究機関は９つもあるそうだよ。

あのー、日本語が良く分からないんですが。
「何の」関連研究機関ですか？冨田氏に影響されて、９つも研究所が
ぶったてられたんですか？聞いたことないけど。

>もちろん、E-cellが目的ではないのだが。

ますます分からないんですけど、、、E-cell（みたいなこと？）
と関係ないなら、冨田氏の業績と関係ないじゃないですか。

だいたい
>BIOINFORMATICS
>15 (1): 72-84 JAN 1999
>Times Cited: 34
という現実をどう受け止めるんでしょ？そんなに凄い仕事なら、
この程度の引用で終わってるわけないと思うけど。。。

それから「笑い者」の件は持ち出すべきではなかったかもしれませんが、、、
はっきりいって、E-cell云々より、根本的な彼の生物学の知識の
問題ですよー。

>日本人はあたらしいアイデアの芽に対して、つまらない横槍入れるひとばかりだから
>アメリカに出遅れるっていうことも、そろそろ学んだほうがいいのでは？

そーゆー問題じゃないんですよ。
何の実績もないマスコミ受けしてるだけの人物が所長様になってしまう
のが、むしろいかにも日本の現実なんですよ。
いかんな、別にこんな悪口書くつもりじゃなかったんだが、、、

>>784
大変わかりにくい日本語で済みません。
E-cellにバイオインフォマティクス関連の研究、教育がかなり刺激されて
現在では関連研究施設が９つあるのです。
もちろん、E-cellだけが理由ではないし、研究内容もE-cellではありませんが、
E-cellを模したシミュレーションもターゲットのひとつです。

＞何の実績もないマスコミ受けしてるだけの人物が所長様になってしまう
＞のが、むしろいかにも日本の現実なんですよ。

まあ、そういう部分はありますな。
しかし彼が研究所を立てた経緯や資金源を知らないから、そういう批判になるのだと思います。
予算はお上から振ってくるものではなく、もぎ取ってくるものです。
彼は、内容の重要性を説き、説得することが出来たというだけのことです。
しかも、出所は国民の税金じゃない。いいじゃないですか、それで。

批判すべきは、国民の税金をたっぷり使い、かつ一定機関ごに十分な成果を
挙げていない先生だと思います。
こちらの問題はより深刻ですが、原因は役人が常に「大御所」先生にお金をつけてしまう点にあります。
大御所先生の影響を受けず、かつ役人とは独立な評価委員会を用意できればよいのですが、
（アメリカではちゃんと機能しているが）「日本で」現実に可能かどうかはわかりません。

結局のところE-CELLというのは何が（^∀^）イイ！の？
初めてこういうシミュレーター（なの？）をやってるところに意味があるの？
それとも何か生物学的とか情報科学的に凄いの？
煽りじゃなくて教えて。

えー、のんべんだらりとしてます。なんか、トミタ批判スレッドになってきちゃったな。。。

もしかして782さんはKOの学生さんなんでしょうか？いや、別に答えて
いただかなくたっていいんですが、その心酔ぶりはちょっと信じられませんねぇ。

>E-cellにバイオインフォマティクス関連の研究、教育がかなり刺激されて
>現在では関連研究施設が９つあるのです。

あの、さすがにこれを真に受けるひとはいないと思うんですけど。
バイオインフォマティクスが刺激されてるのは、もっと別の理由から
ですよ。。。
万一、E-cellの影響でできた研究所が一つでもあるなら、是非具体的に示して欲しいんですが。
いや、ほんとに。

>しかし彼が研究所を立てた経緯や資金源を知らないから、そういう批判になるのだと思います。

全部は知りませんが、地元の有力政治家とコネつけて作ったのはしってますよ。
http://www.katokoichi.org/database/kj_20010113-skt.html
>それから、慶応大学のキャンパスが今度来ますが、冨田勝さんという、
>そのキャップになる人と、東京でこの間、じっくり話しました。彼の兄
>貴分である薬師寺さんという教授と一緒に私の事務所に来てくれて、若
>干、最近、私は、そういう方面 で、専門的な国会議員になっておるも
>のですから、「門前の小僧習わぬ 経を読む」みたいなところがあって、
>少しわかるのですけど、いい人を、慶応大学は選んでくれたなあと思い
>ます。

>予算はお上から振ってくるものではなく、もぎ取ってくるものです。

たぶん御存じないのでしょうけど、大部分の研究者はそうしてるんですよ。

>しかも、出所は国民の税金じゃない。いいじゃないですか、それで。

私学って助成金を国から受けてるんですけど。
それと、良く知りませんが、地元からの援助も受けてるんじゃないの？？
公的資金の援助は、科研費なども含めてゼロで、学生の収めた学費だけで
運営されていると勘違いしてません？

>批判すべきは、国民の税金をたっぷり使い、かつ一定機関ごに十分な成果を
>挙げていない先生だと思います。

では、今回、冨田研究所に呼ばれた教官は、これに当てはまらない「先生」
だと思いますか？

巨額詐欺の疑いのある、グローバリーについて

掲示板を拝見されてるの皆様、新年あけましておめでとうございます。
掲示板の趣旨とは直接関係ない話で申し訳ないのですが、この世の中では許せない事があります。

http://www.max.hi-ho.ne.jp/sakimono/index.htm

この会社はありもしない儲け話をでっち上げ、巧みに客の財産を聞き出し、全財産を巻き上げます。

２００２年になりましたが、一向に改善する気配すらなく、悪質化は進む一方です。
この会社の営業は世間の皆様の迷惑になっています。

それだけではなく、人を騙して破産に追い込み、騙された人が仕方なくグローバリー社員を
殺人する事件も実際に発生し、新聞ザタになっています。

http://www.mainichi.co.jp/news/selection/archive/200001/24/0124e038-400.html

みなさんもこちらの掲示板に投稿し、悪徳会社に騙される不幸な人が増えないようご協力お願いしま
す。


http://messages.yahoo.co.jp/bbs?action=q&board=8745

また、この書き込みを見て賛同頂ける方はこの内容をコピーしていろんな掲示板に書き込みをお願いします。

>>787
＞KOの学生
へいへい。わたしゃ慶応の学生でもなきゃ、関係者でもありません。
本人を知らないわけでもありませんが。

＞E-cell研究所
９研究所にもっと別な理由があるのは確かですが、E-cellは意外と刺激になってますよ。
ネイチャーのN&Vに取り上げられたのは、単にバカにするためのものじゃありません。
ネイチャーはそんなにバカじゃない。ま、どういう捉えかたされてもかまいませんが

どれがE-cellの影響でできたかって？　カリフォルニアの方にあるじゃないですか。
当然E-cellのおかげだなんて、謡ってませんがね。

＞資金源
地もとの有力政治家ねえ。それはひとつですが、まあいろいろありますわな。
どういう経緯かは、ある程度はパンフレットにものってると思いますが、
余計なことまでしゃべっちゃうとまずいので、とりあえずココではお話できません。
しゃべっちゃまずいことではないと思うけど･･何を秘密として何をしないのか、
判断がつかないもので。

とりあえず、いま一番大事なことは新しい「専門家｣の養成です。
そのためにはいろんな形での教育機関が必要です。
その形態は、研究所として研究員を教育しつつやる方法、
大学院を新設する方法、大学のコースを作る方法、専門学校を作る方法、
その他、短期講習を行う方法などいくつも考えられます。

いずれにしても、ハコと人材の受入先が確保されないと、人は集まらないものです。
そういう意味で、彼がしたことは「政治的に正しいこと」だと思います。

ところで、バイオインフォマティクスの出来る人なんて不用という研究室や
分子生物研究者って、かなり多いんでしょうか？
生物・情報科学の知識とコンピュータの技能を持った人がいるのは、
非常にいいことだと思うんですが。

9研究所ってどこですか？？？

やれやれ。これが2chというものか。
少しはまともに議論できるかと思ったが、勘違いだったよ。。。反省。

>とりあえず、いま一番大事なことは新しい「専門家｣の養成です。

だからね、実績がない（＝実力がない）人間がご同様の人達を集めて、
「専門家」なんか養成できるのか？っていう疑問なんだよ。

こっちは具体的にデータも情報も出して正面から話したのに、
なんだいこりゃ。君からは観念的な話以外、何一つとして証拠が出てきてないではないか。
一つくらいまともに反論して欲しかったよ。

一日無駄に潰したのか・・・我ながらアホです。笑って下さい。
終了。

シュミレート板にも飯競るスレあるよ

>>793 見たが、まともなレス無し駄スレッダーだったよ

E-cell ってやばいっしょ

>>795
やばいって言うか、ALと一緒で、まだそれなりに実のある結果を出すには
シミュレーションとしてやるには早すぎると思う。シミュレーション
を行うには、やはりある程度分かってきた研究対象をモデル化し、
んでもってそのアウトプットはなんかの役に立つ、つうのが
基本だと思うから。どんなシミュレーションも、やはりある目的にかなう
めどが立った点ではじめるのがいいと思う。(例：気象シミュレーション、
建築物の耐震テストのシミュレーション)

もちろん、いずれああいうものが有意な結果を出せることを祈っていますけどね。

しかし、情報科学でCMUまで行ったくらいならば、もっとその力を
必要としているバイオインフォな分野はいくらでもあると思う。
AIな人は、派手なキーワードぶち上げるのが好きだからなあ…

あ、別にそれを批判してるわけではないです。花火を揚げれば
それなりに資金が集まるし。それが次に繋がって行く事もある。
批判も多いけど、以前の人工生命のお祭りも、「複雑系」なんて
キーワードで横のつながりが生まれたことだけでも意味があると思ってます。

ＳＦＣの厨房だったか。

日本のバイオインフォマティクス関連の分野で、すごい人って誰？
っていうか、すごいと言える人っているの？

>>792
まあ、あほなのはいいんですが、具体的な指摘をせずに

＞少しはまともに議論できるかと思ったが、勘違いだったよ。。。反省。

なんて行っちゃうのははっきりいって卑怯ですね。ま、あなたもその程度の人ということでしょう。

＞だからね、実績がない（＝実力がない）人間がご同様の人達を集めて、
＞「専門家」なんか養成できるのか？っていう疑問なんだよ。

なにを根拠にそんなこといってるのかわからないけれど、新分野なんだから非常に高い能力の
教師がいるというわけにはいかないわkです。
教師が常に、学生より高い能力を要求されるなら、教師以上の学生はでてこないわけですから。
もちろん、「枯れた」分野なら十分に能力の高い教師が要求されますが、そんなのは望むべくもない
という現状を認識すべきです。アメリカにいったって、あなたの望む教師はいませんよ。
もし、どうしても欲しいなら、いまの１００倍くらいの給料を出して、かつ１０倍くらいの研究費を
提供すれば、優秀な人も迎えられるかもしれませんが。


＞こっちは具体的にデータも情報も出して正面から話したのに、

は？どれを具体的なデータや情報といってるっての？？

＞一日無駄に潰したのか・・・我ながらアホです。笑って下さい。

そんなことは、きかなくてもわかりますよ。

＞終了。

はあ。そうしたいならご自由にどうぞ。

>>798
だから、慶応とは関係ないっちゅうに。ま、そう思いたいならどうぞ。

>>799
いますよ。知らないなら、あなたの勉強不足。
まあ、一番たくさん国の予算を取ってる人じゃありません。

>>782=802
勉強不足で知らないから聞いてるんだが･･･。
ttp://www.jsbi.org/society/board.html
には居ますか？

さすがにこれはあきれてモノが言えね。
あのね、まともに相手したおれがバカだったんだろうが、いいかげんにしなさいよ。

>はっきりいって卑怯ですね。ま、あなたもその程度の人ということでしょう。

>は？どれを具体的なデータや情報といってるっての？？

あのなあ。
所長様に業績がないこと、政治家とのつながり、どれをとっても勘違いのない
レベルで情報提供してるだろう。

>なにを根拠にそんなこといってるのかわからないけれど、新分野なんだから非常に高い能力の
>教師がいるというわけにはいかないわkです。

だから、業績が他の人と比べたって全然なかろーが。
まったく、救い難いやつだな。

税金と無関係だからなにやってもいいとかいうのは取り下げるのか？
E-cellに影響されてできた研究所とやらは、名前と具体的な証拠を
出せないのか？
「国民の税金をたっぷり使い、かつ一定機関ごに十分な成果を
挙げていない先生」じゃない先生の例はでないのか？

>>803
782はエラそうにからんでくるだけで、今までのところ具体例は一度も
出したことのないひとです。
聞くだけ時間の無駄でしょう。。。

>>803
日本ローカルにはすごいと思い込まれてるかも
このメンツでＣＮＳに論文出してるひとっているの？

CNS ないと思われ
分野が違うようなきが。とくにセル

なんとなく業績の分野的なところは、
データベース（金久、五斗、高井、高木、荻原）
タンパク質の立体構造（松尾、みたく、梅山、諏訪、中村）
情報科学の理論（宮野）
情報科学（とみた）
情報科学を生物学に応用（小長谷、浅井、あそ川）
生物と情報のひとをつなぐひと（久原、森）

企業のひとはわかりません。特許からみで研究のわりには論文が少ないとおもわれ。
このなかでは宮野さんと冨田さんが高い業績をもっているような。
情報科学的にはですが。

>>804
ははは、時間を無駄にさせて悪かったな。
ご自身は、さぞかし業績のある人なんでしょうね。

しかしご意見はdestructiveではあってもconstructiveじゃない。
何を書いても、それを潰そうとするだけなんだろうから。
そんなに不満ならば、本人を直接批判したらいい。

＞８０６
>分野が違うようなきが。とくにセル

あー、そっか。Cellはウェットで実験やんないとだめだから。
でも、Cellに論文持ってるくらいのレベルの生物の人が
入ってこないと、分野として伸びないような。

>特許からみで研究のわりには論文が少ないとおもわれ。

へー、特許ってみんなけっこう取ってるんだ…。

S なら最近渡辺さんがのったね。
一応この分野でしょ

結局、782は何も答えられなかった、とメモしておこう。

>しかしご意見はdestructiveではあってもconstructiveじゃない。

もう少し生産的な方向にお金と人を振り向けたいという建設的な意見を
述べたんだが、君には難しすぎたよーだ。
自分の仕事としても生産的な方向でやってるから、心配しないでくれたまい。

>そんなに不満ならば、本人を直接批判したらいい。

研究上の話なら、したことはあるし、これからもするだろうね。

政治的な面では、一々おれが本人に口を出してどうなるものでもないが、
機会があれば酒の席でやるかもしれんな。
ここでだらだらとやることになったのは、無知な誰かさんが無意味に引っ掻き回したからだよ。

>>809
理研関係は実験屋の力でトップジャーナルに出てるのであって、
バイオインフォ主導とは言い難いのでは？
欧米ならNature/Scienceやそのちょい下くらいでバイオインフォの
論文がいっぱいあると思うけど。

>>810
＞結局、782は何も答えられなかった、とメモしておこう。

OK.

＞もう少し生産的な方向にお金と人を振り向けたいという建設的な意見を
＞述べたんだが、君には難しすぎたよーだ。

もっと生産的な方向にお金と人を振り向けたいなんて、小学生でも言えるセリフで、
建設的意見とかいっちゃうんだねえ。（ｗ
建設的な意見というのは、改善の具体案を示すこと。

＞>そんなに不満ならば、本人を直接批判したらいい。
＞研究上の話なら、したことはあるし、これからもするだろうね。

トーンダウンしたな。

＞政治的な面では、一々おれが本人に口を出してどうなるものでもないが、
＞機会があれば酒の席でやるかもしれんな。
＞ここでだらだらとやることになったのは、無知な誰かさんが無意味に引っ掻き回したからだよ。

ははあ。ずいぶん偉いお人なようで。大したものでございますな。


＞理研関係は実験屋の力でトップジャーナルに出てるのであって、
＞バイオインフォ主導とは言い難いのでは？

また、知りもしないで怪しいことをいうし。偉い人なら何をいってもいいってか。

今回も、内容がゼロだよ。

>また、知りもしないで怪しいことをいうし。偉い人なら何をいってもいいってか。

ほら。思わせぶりなセリフだけで、具体的な話は何も出てこない。
まともに反論したいなら、バイオインフォ主導で出た論文を２、３示せばいいだけさ。

もう君の煽りには乗らないよ。

どんくらいKOの人間がかき込みしてるんだ？
>>782 , >>785 はKOだな。


ドンとなった花火はきれいだからなあ。
騙されるな。

>> 810
ゲノムの仕事はもはや「実験」だけでは無理だよ。扱うデータ量が多すぎて。
コンピュータを使える人とのcollaborationがないとね。そういうのは
bioinformaticsとはいわないとお考えなのでしょうか？

喧嘩するなよお
>>814
CNSというけど、バイオインフォ"オンリー"でCNSクラスというのは、ここ
２〜３年お目に掛かっていない。また、Dry-Wetジョイントのものは見受
けるが、やっぱりWetの部分あってこそ、との印象を受ける。
"Nature Bioinformatics"分家しないかな...

量が多い
と
コンピュータを使える人
との因果関係が分からない。原理が変わるから、特殊技能が必要だというの
なら分かるが。データベース屋はパートで十分。
プログラミングなんてできるやつ一杯いるんだから、結果が大事。

>>815 なぜwebの部分がbioinformaticsの中にあったらだめなの？
scientificにいい仕事していたらそれでいいのでは？

>>817
誤解されてるかもしれないけど、自分自身境界領域の人間
で、あんまり領域意識持ち出さないでジョイントでやって
いけばいいと思っているし、実践もしたいと思ってますよ。
ただ、バイオインフォの独壇場というか、WETと独立に(こ
れも誤解されやすい表現だが)存在するテーマを模索する
必要もあると思う。それで一流誌に紹介されるような仕事、
現状では無いですよね？ということです。

>>816 bioinformatics ってそんな特殊技能を必要としていないと思う
んですけど。前出のO'Reilly の本とかをご覧になると分かると思う。
ご指摘の件に関しては、collaboration（共同作業）が必要だということ
が言いたかっただけです。


ああ、まともになってる。嬉しい。。

>>814
たしかに、半ばバイオインフォの定義による問題でもありますね。

>>815
>バイオインフォ"オンリー"でCNSクラスというのは、ここ
>２〜３年お目に掛かっていない。

それはいくらなんでも言い過ぎだと思いますが。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11726928&dopt=Abstract
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11181990&dopt=Abstract

あ、ここで挙げたのは、とりあえずパッと思い付いたやつで、
内容の評価は別ということで。
それで、こういうコンピューターワークだけでトップジャーナルに
論文を生産する力って、日本には欠けてると思いませんか？>>814

もちろん実験との共同が駄目だなんて思ってませんよ。（前に理研に
文句垂れたような形になってしまったけど）FANTOMは実験と情報の
人が組みで頑張ったと思うし。
まあ、この中でも頑張った人とそうでない人と玉石混交ですが。。。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11217851&dopt=Abstract

> それで、こういうコンピューターワークだけでトップジャーナルに
> 論文を生産する力って、日本には欠けてると思いませんか？>>814

>>820 禿同

今後日本からコンピュータワークだけでCNS級に論文が出るのを楽しみ
にしています。でも論文を出さなくても研究費が付くバブルが弾けないと
躍起にならないでしょうけどね。

GRL でもりしたさんが N でも狙うのかと思っていたら
特許のからみでまだ論文に（して｜でき）ないようですね。
もったいない。

でも特許が成立すればええんとちゃう？
これからは大学教授でも（もりしたさんは助教授だけど）
銭になることもせんと、あかんしなぁ。
つまり特許も論文と同様、実績ではないでしょうか。といいたいんです。

>>820
要するに、なんか引き出したいのか、あるいはこきおろしたいのか、どっちかなんでしょ？（ｗ

>>818
既存のデータを加工して情報を搾り出すよりも、
新しいデータを出すとともにそこから豊富な情報を与える方が
生物学への貢献度が大きいと思いませんか？

何が目的で、分野をあえて小分にしてその各々の独自性について議論するのでしょうか。

私はwet側の人間ですが、ゲノム研究においては実験よりも
情報処理（実験以外のデータ処理という意味）の貢献度の方が大きいと感じています。
生物学の知識を持っているバイオインフォマティクス系（？）の人からの
様々なフィードバックは生物学的に面白いデータを出すために必要不可欠になっています。

ところで、818の人の799への答えは何？

>>820
勉強不足でしたね。皆無は言い過ぎでした。

>>825
ああ818って俺か？
"分野を小分けに..."については、私も良いこととは思いません。が、wetとdry
という分けかたはそんなに小分けには思えません。イメージとしては、理論物理学と実験物理学の関係を考えていて、当然両者は相互作用しながらやってる
わけですが、理論の方は必ずしも実験可能な部分にとどまらず議論を展開し、独自の世界観を構築しているように見えます。バイオインフォが、生物学における理論物理の役割を取り込む、つまり、即wetと相互作用可能でなくても、
生物に関する大局的な理解を可能にするようなモデルを提出することができ
ればいいなと思っています(伝わるかな？)。もちろんそんな人ばかりになる
と頭痛がしますが。

　えーと、799。
上記の若干現実乖離した理想からいうと、ほんとにすごい人というのは、
ハッとするような新しい世界観を見せてくれる(た)人ということになると
思います。異論あると思いますが、私的には故木村資生さんです。異論ある
だろうというのは、かれのはバイオインフォじゃないという人がいるだろう
ということですが、私の中では情報生物学者だからです。

"私はwet側の人間ですが、ゲノム研究においては実験よりも情報処理の貢
献度の方が大きいと感じています" ありがとう。こういう感想をいってくれ
る人は少ないと思いますよ。実際、実験屋さんの計算機屋さんにたいする
軽い蔑視の気持ちというのはかなり根強いと感じています。

　　　 　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　�m�m�m�m�mi"´�m�m�m�m｀゛�m�m�m
　　　　�m�m�m�m　　　 �m�m�m　　 |�m�m
　　　　�m�m�m�m| 　,　＼ �m,／ ヽ�m�m
　　　　　�m�m�m/　　 一　　　一　V�m
　　　 　　　�m|6|　　　　　　| 　 　 .|�m
　　　　　　　 �ml　　　／( 、, )＼ 　） 　　 ／￣￣￣￣￣￣
　　　　　　　　　| 　　ヽ ヽ二フ ） /　　＜　　スタッフ必死になって探しましたー・・・
　　　　　　　　　丶　 　　　　 　.ノ　　　　 ＼そしてね、お母さん、見つかりましたよ。
　　　 　　　　　　|　＼ ヽ、＿,ノ 　　 　　　　＼http://www.puchiwara.com/hacking/
　 　.　　　　　　　|　 　　ー-イ 　　　　　　　　 ＼＿＿＿＿＿＿

厳密にはバイオインフォでは無いけど、北野宏明氏のシステムバイオロジー
関連の本を読んでみた。氏が実験の重要性を説いているのがちょっと意外（？）だった。
いい感じでwetな人と、"in silico"な人がああいう所で集まって行けばいいと
素直に思えました。

学生としてシーケンス・アラインメントとかの勉強してると、それは殆ど
数学で、時々その入力シーケンスそのものの意味を忘れているときがあります。
もっと入力データに対する具体的イメージ（抽象的ですが）を頭で
思い描けるように成りたいと思う今日この頃。

E-cellなんていうのはモデルというには即物的すぎるかもなぁ。
ちっともエレガントじゃない。いや別に駄目とは言ってませんよ。

>>828　「本では」そのように書いてますね。

>>826
>生物に関する大局的な理解を可能にするようなモデルを提出することができ
>ればいいなと思っています

わかりますわかります。これは、実験屋、理論屋どちらにも当てはまる気もします。
異なる生物種のゲノム配列が決められるようになり、ゲノム配列を通して生物を俯瞰できるように
なってきたと思うので、これからが楽しみだと思っています。日本の研究者ガンバレー！

木村資生さんが亡くなってしまったのは残念でしたね。1994年ころでしたっけ。私も、木村資生さんの名前が頭に浮かんでいました。
他にも、集団遺伝学や数理生物学的な分野で活躍している日本人がいるのではないでしょうか。バイオインフォマティクスという
言葉の範囲に入らないのかもしれませんが（誰か定義してくれませんか？）。

それから、実験屋さんの計算機屋さんに対する態度は、その計算機屋さんが生物学の知識を持っているかどうかに大きく
依存していると思います。生物学的なモチベーションによって研究をしている計算機屋さんを見下すような実験屋は
あまりいないと思いますよ。逆に、計算機上でいろいろな生物のデータを見渡すことができることを羨ましくも思います。

>>831
> 生物学的なモチベーションによって研究をしている計算機屋さんを見下すような実験屋は
> あまりいないと思いますよ。

そうそう。
自分で文献読んで、実験のデータと合わせて考察すると実験屋はすごく興味を持ってくれる。

>>831
確かに。今の状況で、改めて木村資生の仕事を見てみるのは面白いと思う。
特に、認められるごちゃごちゃした経緯とかの歴史。
付け加えて、大野乾。scienceめくっていたら、彼に言及したエッセイを見て、
あー、知っている人は知ってるんだなと思った。

面白い展開なのでage.

　　　 　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
　　　　�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m�m
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>>833
最近、ペンシルベニア州立大学の根井教授もたしかSに載ってたね。
でっかい顔写真付きで。
これらの方々は、みな計算機屋さんではなくて理論屋さん
（だって、手回し計算機の時代の人たちだから）。
理論屋さんには、日本人でもいい仕事している（た）人いるねぇ。
こういう偉人の話もっと聞かせて。
ん？バイオインフォ屋さんじゃないって？

>>836
集団遺伝学は、日本人の貢献がものすごく大きいですね。
研究するお金がない時代に、紙と鉛筆で出来る仕事をせざるをえなかったから、
優秀な人はそういう方向を目指したということです。

いまの分子生物の研究は、お金をつかえばつかうほど、頭脳を使う割合は少ないのかも知れません。
頭使うより金や体使うほうが楽ですからね。
計算機やで、批判を浴びるのは、頭を使わないクチです。
既存のアルゴリズムや道具を工夫もせず使うだけだったら、専門家でなくても出来るような気がしますから。
実際には、かなりの訓練を必要とするものもあるので、非専門家がやるのは骨が折れるのですが。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

文部省科学研究費補助金・特定領域研究「統合ゲノム」主催
第4回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」

我国における微生物ゲノム研究の現状と展望を議論するために、
平成9年12月、平成11年2月、平成13年2月にワークショップ
「微生物ゲノム研究のフロンティア」を未来開拓学術研究
「ゲノム微生物学」主催で開催しました。本ワークショップは
それを受け継ぎ、我国における微生物ゲノム研究の新たな展開
について、関連する諸プロジェクトの枠を越 えて議論するために
開催するものです。

＜ワークショップの主なトピックス＞
新たな微生物の全ゲノム配列決定とその解析、ゲノム配列情報に
基づく遺伝子機能ネットワークの解明、DNAアレーを用いた
トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析と質量分析技術、
蛋白質の構造ゲノム科学、ゲノムの構造・機能の比較研究、
ゲノムと遺伝子の進化・多様化の解析

＜ポスター発表について＞
今回は関連する諸プロジェクトからの代表者による世話人会で
企画運営を行い、 ポスター発表を公募することにしました。
微生物のゲノム解析に関心のある多くの方の発表・参加を期待
いたします。


■日　　　時■平成14年2月16日（土）AM 9:20 〜 PM 4:20（PM 4:30-5:30ミキサー）
平成14年2月17日（日）AM 9:00 〜 PM 4:35
■場　　　所■かずさアカデミアホール（千葉県木更津市）
■参　加　費■無料（ただし、要旨集、お茶、ミキサー代として1000円）
■締　切　り■事前参加申込み　　　　2月14日（木）
ポスター発表申込み　　2月8日（金）
■共　　　催■特定領域研究C「ゲノム生物学」
未来開拓研究「ゲノム機能の情報学的解明」
ストラクチュローム連携研究
かずさDNA研究所
未来開拓研究「微生物のゲノム構造解析」
特定領域研究C「ゲノム情報科学」
戦略的基礎研究「大腸菌ゲノム機能解析」

参加、ポスター発表申込み、情報ホームページのアドレスは、
http://www.kazusa.or.jp/workshop/microbe2002/