バイオインフォマティクスを教えてください 5

苦言君、楽しい人だったんだね！

>>948
いまどき地方大にも長期ポストは・・・寂

蒸し返すようでわるいが
947も949も低レベルの争いはやめろって。

辞書編簒は大変な作業だが、それだけでは研究なのか作業なのか
分ってもらえないし認知してもらえないから二流のまま埋もれる
可能性は高い。

キットとマニュアル化されたプロトコルだけで、いくら「新しい」
と主張しても、そんな研究は同じことを思いつく人間が世界中に
十人はいるから、結局はスピ−ド勝負または頭数勝負のクソ仕事に
埋もれてしまう可能性が高い。

どんな小さなことであっても技術的エクセレンスがなければ国際競
争には勝てない。オリジナリティ−っていうのは競争にかててこそ
のオリジナリティ−だろ?他人が発表したCNS論文をみて、「同じこ
とを３年も前に思いついていた」とのたまうDQN助教授がうちのラボに
いるけど、それじゃただのDQNだろ?

本当にオリジナルな仕事なら、競争なんてないと思うが？

>>954は仲裁するふりをしながら両方を敵に回す、という姿勢が面白い（誉めている）。

>>955
煽るわけじゃないが、競争者がいないほどのレベルの「オリジナル」を掴むことができるのは
現代ではもはや異常者と呼ぶべきレベルの天才だけだろう。
DNAの立体構造だって、ワトソンとクリックだけが取り組んでいたわけではないくらいで。

べつに現代に限ったことじゃないと思うよ。
どの時代でも新しい道を開いた人はその時代の異常者だったのだ。
そういう意味で、ワトソンクリックは凡人とも言える。

生きているうちに評価されちゃってガッカリって言ってた大野乾を見習うべし

・放火が散発的だった事に感謝(藁
>>938
専用スレが必要なほどでもないし・・・困ったものだ。
>>939
ううむ、多様性こそ豊かさだ、で済みそうなものだが、済まないのが悲しいな。
##予算取り合いの話は出さないように。
そう感じる、というのはよく分かった。ありがとう。
>>940
毎日見てるわけじゃないからな・・・けど注意するよ。

>>958 大野乾はそんなに評価されてたの? どの点が？
>>959 で、具体的にはなにかしてるの？ 大言壮語する奴は信じられないものでね。

だが「競争がない世界の研究をしているから俺は本当にオリジナルだ」
といっている2流3流の研究者も捨てるほどいるよね。
いやあ、各論の世界って恐ろしい。
どんなにその分野での競争がなくたって、使ってる技術が2流だったら
やっぱ2流だろ？書いてるプログラムがバグだらけだったり、判読でき
ない意味不明のマニュアルしか書いてなければ、そりゃやっぱり2流だ
よ。
単に2流3流のエセオリジナリティーをオリジナリティーと誤解しては
ならない。各論の袋小路に入ってしまって、他人の興味を惹かなかっ
たら、そんな状況にはすぐなる。

メンデルも最初は各論とみなされていたんだよね。ガリレオやコペルニクスはどうだったんだろう？

物事の本質を見ているか、本当に重箱の隅なのかは、結果が出てみるまでわからないなあ。
しかし使ってる技術が2流って、誰でもやってることや後追いなら一流？ よくわからんな。

ちょっと待ってくれ。蒸し返すようで悪いが>>937-939あたりの議論を
そんなにすんなり受け入れて欲しくないぞ。特に>>939。
生物屋を馬鹿にするのは大概にして欲しい物だ。

現状でsimulationに懐疑的な生物屋が多いのは事実だが、それを「自分の
理解できないものに対する拒否反応」だと受け取っていては裸の王様だよ。
現状での懐疑は、「こんなに分かってない＝基礎データがないものをどう
やってsimulationするのかな？」ていうのが大半だと思うぞ。生物屋は
各論にしか目がいってない様に見えるかも知れないが、その各論ってのは
非常に奥深い複雑な仕組みなんですよ、言うまでもないだろうけど。
それを「越える」、とかいう試みをやりたければやればいいけど、現実的に
生物屋を唸らせるモデルを出すのは難しいだろうと思ってるだけの話。
まあ>>938は「自称生物学者」といってる訳だからそこら辺は分かってると
思うけどね。

ところでこのあたりすごく興味があるんだけど、Login:Darwin氏の言ってる
「合成」ってのはどういうレベルのモノを言うんだろ？ブラックボックスと
して、あるインプットに「細胞っぽい」アウトプットを返す代物を作ることは
可能なのかも知れないが、目指すものはそういうものなの？それとも分子レベ
ルでsimulatorを組んで、最終的に組み上げたモノが細胞として機能する、といっ
たことをやりたいのかな？漏れは細胞周期屋なんで何らかのフィードバック
を返せるかも知れないし、それより純粋にそういった議論に興味があるので
ちょっと聞いてみたいのだけど。

シミュレーション屋の一番の問題は、
問題がどこにあるかを知らずに問題をとこうとしているように見えることじゃないか?
どうしても砂上の楼閣をつくろうとしてるようにしか見えないんだ。
第一主成分がわからずに系を組んだのでは、見当はずれの結果しか得られないだろう？

>>964
そのあたりが一番の疑問でもあり、又聞いてみたいところでもあるね。
例えばアリの動く仕組みなんか分からなくても、インプットに対する
アウトプットだけをシミュレートして、最終的に蟻塚を作るモデルを
作れるかも知れない。そのモデルから行動原理を抽出すれば、最終的に
「統率者無き社会」がどのようにオーガナイズされてるかについて、
あるモデルを作り出すことが出来るかも知れない。そのモデルは当然
エラーを含んでいるだろうが、それを基に観察、実験を組めば、新たな
フィードバックが得られて、徐々に正しいモデルに近づいていくだろう。
こういうアプローチはあり得るだろうと思う。

が、ここでの議論、また現実に成されている試みがそういったものである
のかどうか、その辺がよく分からない。

もう一つのアイデアは、分子反応を熱力学的にシミュレートして、最終的に
全てを計算機の中に放り込めば、組み上げた産物は細胞として振る舞うはず、
ってものだね。だがこれには明らかに情報不足だ。そして、この方向性なら
某所でやってる蛋白何千プロジェクトかなんだかの方が、不完全なシミュレータ
よりも余程その方向に向かっていると思うが、どうだろう？

そしてやはり「問題がどこにあるか？」という問題、つまり、それを計算機の上で
作ることで何を明らかにしようと言うのか？はたまた作ること自体が目的足りうる
のか？といったあたりが疑問になってくるんだが、そのあたりはどうなのだろう？

だから
・成分数がそもそも多くて
・系によって第一主成分がかわる (だから一見各論に見える)が
・実は基本的な記述式そのものはシンプルなモデルになるもの
ということでカオス理論とか複雑系の出番だってことなんだろ?
で、だからそのためのシステムバイオロジ−なんだろ?
一見各論に見えるからってそれを各論として切り捨ててるようじゃ
システムバイオロジ−屋として、どう考えても３流以下。
勉強してでなおして来てもらったらいいんじゃないでしょうか?

各論という言葉に反応しすぎでは。必ずしも悪く言っているわけではないようだが。
各論を捨てろ、という話にはなってないような。

それと一応指摘しとくと、システムバイオロジーは隔離スレでやってくれるとありがたい。荒れるもとなので。

>>966
> ということでカオス理論とか複雑系の出番だってことなんだろ?

ここら辺の話を良く分かって書いていらっしゃいますか？
複雑系にも各論が存在しますよ。その中の一つが「生物学」といってみるテスト。

939だが、
>>963
漏れの書き方が悪かったのだと思うが、漏れはむしろ各論を擁護する意図で
（各論を捨てろといわれているように感じるのなら、反発して当然だという意図で）
書き込んだのだが。

しかし、>>937-939から
> 「自分の理解できないものに対する拒否反応」だと受け取っていては
は少し行き過ぎではないか。いやいや、漏れの書き方が悪かったのかもしれないが、
いくらなんでもそう書いているようには見えないだろうと。
被害妄想とまでは言わないが、問題を「対立の構図」だけで捉えようとしすぎていないだろうか。

決して争いたいわけではないし、E-cellを擁護する気もないんだけど、
例えば実験データが絶対的に足りないことや、雑多な情報を全て投げ込んでいる
（例えばタイムスケールが違う反応も一緒にしている）ことなんかは、
（2chに限らず）細胞シミュレーションの話が出るたびに話題になることだし、
それどころかＴ田さん本人がプロジェクトの初期からそれらの問題を語ってたよね。

正直な話、細胞シミュレーションを否定したいのなら別の切り口を提示して欲しいと
思うし、あるいはその議題で細胞シミュレーションを否定したいのならもっと突っ込んだ
ところを話して欲しいと思う。Ｔ田さん本人が言っているようなことを繰り返し繰り返し
語るのは、無意味とはいわないが発展性はない。
まあ、965なんかはなかなか有意義な内容なんだけど、それでもどうしても
「既出の議論」臭さは感じるし、逆に965ほどの人がどうしてわざわざ他者の研究を
否定する方向に頭を使うのかな、とさえ思うんだよね。余計なお世話だが。

ダメだダメだといったって、他人の研究を「やめろ」というわけにはいかないんだし、
どうしてもE-cellを語りたいのなら、肯定的に捉えてみるか、あるいは具体的な
改善策を提示する、という方向のほうが面白い話になるんじゃないかと思うよ。

せっかく話の流れが変わったところだが、1000が近づいてきたな。 次スレ立てるの誰?
980踏んだ人あたりでよい？

ところで、各論だろうが基本だろうがどっちでもいいんだが、
各論なら各論の中の全てを説明してしかるべきだろうし、
基本なら、基本的には各論にも適用できる本質があるべきだよな？
それは示されているのかどうか、それによって何がわかったのか、
あるいは何を知ろうとしているのか。その辺はどうなんだろう？
できればKOの方がたや北野さんに是非聞いてみたい。

>>970
いや、否定するように取られたかも知れないが、基本的には否定するつもり
ではなく、単に目指してる方向が分からないのでそれを教えて欲しい、って
ことなんだ。まあ俺の勉強不足もあるので何でも教えてという訳にはいかない
が、このあたり既出感がつきまとうのは、既出の疑問にいまいち明確な答え
が提示されていないからではないかと思ったりする。当事者が矛盾をわかって
やってます、といっても、ではその矛盾を含んだところであえてやることで
何が分かってくるのかってところが今一見えてこない。

余談だがwetの実験にしろ生物の実験はほとんど、ある「矛盾」に近いものを
はらみつつやってるんだよね。それでも許容されるのは、その矛盾だらけ
の系で出した結論が、曲がりなりにも一般性があると示せた時だけだと思う。
そこをうまくやるのに頭を使うのだけど。だから矛盾が即悪いこととは思わない。

個人的な意見としては、>>965の蟻塚の例えの方向性などは面白いのではないか
と思ってる。その場合いきなり細胞でも悪くはないが、もっと系を単純化する
と面白いのではないかと常々思ってるんだ。例えば俺の専門の細胞周期を例に
取ると、DNAの二重鎖切断一個で細胞周期を止めるのに十分なシグナルになると
考えられている。ではその一個を認識してシグナルを増幅する分子装置にどうい
うものがあり得るのか？熱力学的なrequirementはどんな感じになるだろう？
このあたり生物屋の手には負えない課題なんでね（笑）。誰かが面白いモデル系
「細胞周期シミュレータ」みたいなのを作ってくれれば非常に興味深い議論の
叩き台になるかと思ったり。そういったモデルにwetの実験結果をフィードバック
していくことで現実に近いモデルが徐々に得られるのでないかと思ったりする。

まあ基本的には細胞を「合成」ってのが何を意味するのか聞いてみたかっただけ
なのだけど。

>>969
了解でつ。>>938-939の流れからそういう風に受け取ってしまったが、過剰反応
かもしれないね。俺は情報系の仕事を否定する気はないんで、有意義なやりとりが
出来ればいいのだけれど。

有意義な話ができそうだ、となると、途端に「情報屋は全部ダメ」みたいな奴とか
「生物屋はバカばっかり」みたいな奴が出てくるのがこのスレの常なので、警戒しつつ。

> 既出の疑問にいまいち明確な答えが提示されていない
いや、これ一応提示はされているんだよね。細胞シミュレータについていえば、
その目指す方向は一つ、「個々の過程を積み上げて、細胞の挙動を（未知の事象さえ
予測できるレベルで）再現する」なわけで。
ツッコミ禁止（というか俺がツッコミたいくらいだが）。

この「答え」に納得できない人はそりゃまあいるだろうし、その辺が既出の議論が
続出する理由なのだろうけど、文句ばっかり言ってたってしょうがない。
俺は少なくともその「蛮勇」に納得している。

その意味ではWet屋氏はとても良いと思うが、氏の提案がもし速度式レベルの話なら、
システムバイオロジーの人々の研究は概ねそういう感じではないかと（俺の理解が
間違ってるかもしれないが）。
もし速度式レベルではなく分子レベルで、ってことになるとMDとかMCのような
方法しか思い付かないが、それで系全体を記述するのは俺には難しいように思う。
誰かが「蛮勇」を奮うのを待つことになるのだろうか。

しかし
E-Cellとかって
生物学の教科書にも載ってる代謝系を
in silicoでシミュレーションしようとしているけど
どうしてだれでも知っているようなことをコンピューターの取り入れようとしているのか
目的が不明
そんなん生物学に新たな知見を何も与えないじゃないか
何のためのモデルなのか良くわからない
大腸菌丸ごとプロジェクトもやってるそうだけど
それも生物学の大腸菌マニアしか興味を示さないことを
どうして何億もの国家予算を投入して行うのか
ぜんぜんわかない

>>973の警戒が無駄になったね。

>>974
「誰でも知っているようなこと」であっても、それが複数存在していると
それぞれがどう影響を及ぼしあうか予想を立てるのは容易なことではない。
（それこそそんなこと生物やってたら誰でも知ってると思ってたが）
「辞書を作る話」と混同してないか？

だいたい、誰でも知っているようなことさえ入っていなかったら、それは
それで文句付けるんじゃないの？

苦言よ、あんた内容のある提案をしてみろよ。批評家きどりでケチばっかり
つけてないでさ。しかも半端な知識で。

やっぱ
生物学への貢献がすくないねえ
漏れは生物屋なの
今のバイオインフォには何も期待していない
だから提案することも無い
バイオインフォ屋が生物屋を唸らせる
スゴイものを提案してくれ

>>974
くどいようだが、漏れはe-cellを擁護する気はないんだけど、
なぜその程度の理解でそんなに偉そうに専門スレに出てこれるのかと。
タイプミスは多いし。

>>976
で、結局e-cellが何なのか理解していないように見えるよ。
e-cellの理念だけを見れば、少なくとも「生物学への貢献がすくない」という
意見は出ないわけで。
問題となっているのは「すごいものを提案する」部分ではないのだが。

>>976
あなたは誰かに貢献してるんですか？「人類に」とか言わないでね（ｗ

だからシステムバイオロジーの話はやめれ

もうE-cellの話はいいよ
こっちでやってくれ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/990412981/l50

E-cellの論文が出たら、議論すればいいじゃないか
論文もまだ出てないのに、あれこれ批判してても無意味だ

>>981
誘導するなら、他板のそこじゃなくて、本来の隔離スレ

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

では。

新スレ立てました。

バイオインフォマティクスを教えて下さい 6
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1060124095/l50

SFCのT研のエースは北朝鮮の工作員でつか？

県会議員事務所のガラス戸壊した疑い、慶応大生を逮捕　神奈川

藤沢＊＊署は９日、神奈川県藤沢市、慶応大学二年生、
荒川和晴容疑者（20）を器物損壊の疑いで現行犯逮捕した。
調べによると、荒川容疑者は同日午前２時４０分ごろ、
藤沢市＊＊町の神奈川県会議員、＊＊＊＊さん（＊＊）＝自民党、
の事務所出入り口のガラス戸（時価８万８０００円相当）を足で
けって壊した疑い。＊＊議員は北朝鮮（朝鮮民主主義人民共和国）
による拉致疑惑を追及する活動を開始して以来、いやがらせの電話
などを受けていたという。

荒川容疑者は「在日朝鮮人の人権と日本の民主主義を守るためだ」
などと話し、容疑を認めているという。＊＊議員は、荒川容疑者と
面識はなく、
「どうしてこんなことをされるのか。理解に苦しむ行為だ」
と話している。

１９９９年１２月１０日付朝日新聞
（ソース http://mytown.asahi.com/kanagawa/news02.asp?kiji=2289）

http://homepage.mac.com/hiroyuki45

http://homepage.mac.com/miku24/

http://homepage.mac.com/hiroyuki45/hankaku10.html

俺は妙に馴れ合うくらいなら、荒れるくらいがちょうどいい
と思ってるよ。情報よりの人とWetよりの人の、本音の叩き合い
なんて実際のラボではありえんからさ。
結局のところ、どちらにも欠けている知識や視点があることは
明らかなんだから、ともかくまずぶつからなきゃ、って思うよ

>>9は３年以上前の記事を、わざわざ同時に新旧スレにコピペする意図がようわからん。

ところで、研究というより実務的な要素が多い質問なんだけどシーケンス外部
委託して、出てきた配列を例えばXanagenとか三井情報とかNTTデータとかと
組んで解析しているチームがきっといくつかあるでしょ？ゲノム解析を例にあげ
ると基本的な解析は既存のツールを組み合わせててみて、（ここでは精度につ
いては問わず）他の生物の遺伝子と似てましたとか、ORFっぽいのがこんだけ
ありました、とか以外のそこから先の新しい知見を得たいとかツールの使い勝
手良くしたいとか研究者サイドが考えた場合、どう業者とコミュニケート取ってい
るの？

前に旧コンパックがBLASTのwebインターフェースみたいのを展示していたときに
研究者の意見があまり聞こえないからどうしたらいいかわからない、ってな感じの
事を営業が言ってたのが頭に残っててさ。

旧スレに書いてしまった。。。

>>988
いや、俺もpart 1から2くらいまではそう思ってたけどね…。
part 6まで来て全く同じ議論が続くのはちょっと…。

どうせ続くんだからさ、過去スレ嫁なんて不毛なこといわず、
今までの流れの要点をまとめたらどうかな？
そうすりゃ、輪廻転生議論も誘導できるっしょ。
てわけでまとめよろしく>>991

熱力学第二法則とエントロピー増大則が別の法則であることは世間では意外に知られていない。
つまり、熱力学第二法則は熱現象におけるエントロピー増大則のことなのであるが、一方エントロピー増大則は熱が関係しない現象をも対象にしており、したがって決してこれら２つの法則は同一のものではない。
それにもかかわらず世間では誤ってこの熱力学第二法則がエントロピー増大則の意味で用いられているケースが少なからず見られる。

ソース
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat32.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat52.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto

ミチュト君。

　ところで、多くの科学法則について調べるとその名称には
学者の名前と番号を用いたもの（〜の第〜法則）がきわめて
多いことに気付くはずである。このような科学法則の命名法
はまさに「百害あって一利なし」なのである。なぜなら、
このような学者の名前と番号だけの法則名ではこの法則名を
見たのではそれがどんな法則かわからないからである。


まあ、これには賛成するよ。

もう終わろう

もう終わろう,不毛だ

つまらん！おまえの話はつまらん！！

Dear Wet屋さん、原理主義者さん、他名無しさん、
お呼びだったのに、激しく遅れて済まない。残念だが、言い訳レスのみ。
＞あるインプットに「細胞っぽい」アウトプットを返す代物を作る
＞最終的に組み上げたモノが細胞として機能する
どちらかと言うと後者だ。ただ、「なるにはスレ」に書いたが、漏れはまだ、そういう事に
手をつけれない程度の香具師だし、そもそもあのカキコ自体、「生物屋としての問題意識」
をもってInfomaticsをやるケースを、ふと出てきた本から引っ張り出してきただけだ。
他の質問を無視する事になってしまった。お詫びする。
あと、963かな？以降のカキコは有意義だったと思う。知ってるのと整理できてるのは違うから。
皆に感謝。

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　（ヨ ）　　a　u　最　強　！　　（ E）
　/　|　　　　_、_　 　　 _、_　　　　|　ヽｺﾞﾐｽﾚで1000get！
　＼ ＼/（　,_ﾉ` ）／（ <_,`　）ヽ／ ／
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