バイオインフォマティクス各論-物理・化学的情報-

たててみた。

バイオインフォマティクスを教えてください
http://cheese.2ch.net/life/kako/989/989027255.html

バイオインフォマティクスを教えてください Part-2
http://cheese.2ch.net/life/kako/1002/10024/1002423501.html

バイオインフォマティクスを教えてください 3
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1016679213/

バイオインフォマティクスを教えてください 4
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/

38 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 02/03/24 13:27

細胞しみゅれーしょんの最大の問題点は、
細胞内化学反応系が定常状態にあることを
無意識の上に仮定していることだと思う。
細胞が分裂し、分化していくダイナミックな過程を
どう取り込むのか全くビジョンが見えぬ。

代謝系のパスウェイを描いて満足しているくらいが現在の限界ではないかと思われ。



39 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 02/03/24 13:44

もう一つ付け加えると、

細胞は決して均一な反応層ではない。
つうか液体ですらない。
物質が拡散しない仕組みもある。
能動的に輸送する仕組みもある。

これらを無視してどーやって反応系を再現できるって言うの？

41 名前： 名無しゲノムのクローンさん 投稿日： 02/03/24 14:57

>>39
ふむ、なかなかいい指摘だなあ。
プロセス化学のシミュレーションやってる連中(工業用の固相触媒とかエンジン
設計やってる連中とか）乱流やその他もろもろのシミュレーションやるために
たった２−３成分系でもものすごく手間暇かけてやっているもんな。
まずはe-cellシミュレーションよりも、例えば発酵生産バイオリアクターの
シミュレーションとかをやってあげたほうが、ありがたがられるだろうな。

乙彼。よければ（ゆっくりとでいいが）も少し頼む。

>>5
「も少し頼む」ではなくて、できれば自分から話題を
展開してほしい。

☆厳選美女の官能サイトです☆
http://endou.kir.jp/yuminet/link.html
http://endou.kir.jp/marimo/link.html

>>6
だれもｽﾚ立を頼んだわけじゃないのに、そういう言い方はどうな？

物質が拡散しない仕組みもある。

の具体例を一つ上げるとか話題の振り方はいろいろあるだろ？

それよりもさ。
化学反応→nsecからusecのオ−ダ−
拡散→msecオ−ダ−
能動輸送とかエンドサイト−シス→分のオ−ダ−
遺伝子発現制御、細胞周期→分から数時間のオ−ダ−
分化、発生→分から数日のオ−ダ−

扱っているタイムフレ−ムが12桁以上も違うというのに、
シミュレ−タ−をつくってどうにかしようって発想がすご
くいやなんだけれど。
結論は4さんの引用の41氏の発言に同意見。

>>10
常識的にいえばそうなのだと思うが、例えばＤＮＡポリメラーゼ�Tの最大
代謝回転数はおおよそ１５（毎秒）で、これはとんでもなく遅い。
反応産物がどっかに飛んでいくわけではないのであんまり良い例ではないと
思うが、物質の拡散と反応速度をかい離したものとみなせない場合はないわ
けではないと思う。

ここらへんもうちょっと勉強してから実験にはいろうと思ったのだが、
まあいいや、解析しながら勉強するべ。

>>11
ヒント出しすぎだと思うよ。

なんとなくだが貴方がやろうとしていることが見えたような気がする。

バイオインフォ系スレにあるまじき真面目さでスタートしているので茶々を入れてみるが、
開くほうのダブルクォーテーションは「“」のほうがいいと思われ。

粗視化のレベル、というのはそれだけで相当議論の種があると思うので、建設的な
議論になることを期待しているよ。某スレｗがうまく隔離スレとして機能してくれれば。

ところで、細胞シミュレーション以外の計算理学についても語っていいの？

関連スレに現役の各スレッドが抜けている。

バイオインフォマティクスを教えてください 5
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1038233814/l50

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

バイオインフォマティシャンになるには
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1034136443/l50

それぞれ上から総合スレ・隔離スレ（しかし本スレより荒れていない）・就職スレ。
このスレが学術スレになるかどうかは努力次第。

たびたびｽﾏｿ。忘れてた。

関連スレ（他板）

e-cell
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/990412981/l50

シム板。今年に入ってから山崎以外は2人しか書き込んでいない。
過疎板かつ過疎スレ。

>>13
いいんでないか。

流体力学や弾性体、ケーブル方程式…シミュになりそうなのはなんでも
ありだろ。
微分方程式の数値解法一般でもいいと思われ。

最近いろんな大学でできてきた「生命情報ナンタラ学科」の学生の
一部は、そういった話題でも十分ついていけると思うから。

>>13
じゃんじゃんやってくらはい。
関連論文読み始めて時間がなくなってきたから。ｗ
あと２ｃｈでは「名前」の欄に管理といれるとなぜか””が
ついてしまうみたいだす。

関連スレあげてくれた方、サンクス！
個人的にはシミュ板やプログラミング技術板の猛者どもの意見も
ききたい。ｗ

なんか「管理人」を名乗るのもメンドになってきたのでこの名前は
返上しまつ。
興味深い発言があったら別名で書き込みますが。

gene chipからの有為情報抽出とか、生物学に密接に関連した
物理化学的データを測定する装置ファームウェアの話題も
こちらの「物理化学的情報」スレでやるのが妥当と思うが
暫定管理人さんのご意見を伺いたい。

いいんじゃないでしょうか。

物理・化学に強いと「得意そうだから」というわけのわからない
第一印象でＰＣや装置の管理やらされてたりする。
ついででバイオインフォマティクスっぽいことをウオッチしとこ
うかという感じのヤツはけっこういると思う。

そーゆー人がこっちのスレにくるのが適当なようなので、そう
いった交通整理はいいと思う。

クロストークも大事だけどさｗ

スレ立ての展開からみると、シミュレーション関係の話は
こっちでしていいんでしょうか？

>10
今、現在開発中のecellのversion3は、
http://ecell.sourceforge.net/ieeetak.pdf
この論文読むと、どうやら10のいやがって
いたことに真っ向から取り組んでいく方針で、

要約すると、これからの細胞シミュレーターは、
１、Mixed-modes simulation（これどんな訳？）
複数のアルゴリズムを同時に扱えること。
これは、遺伝子ネットワークにはS-System、分子数の少ない反応には、
確率論的微分方程式のように最適なもので同時にシミュレーションを
行うこと。

２．オブジェクト指向モデリング
細胞内をオブジェクト指向的に、あるクラスを組み合わせていくことで
モデルを作るということ。

３、可変タイムスケール
それぞれの反応を反応の速度に適したタイムスケールでシミュレーションすること。
これは、用は誤差制御を行って可変時間幅の積分方法を採用するということか？

の条件を満たすことで細胞シミュレーションに挑んでいく必要があるなんてことを
かいてるんだけど、これについてどう思う？

でも、ecellはスレ荒れるからやめたほうがいいかな？

問題を大きく捉えすぎて無意味な方向へ進む恐れ

http://homepage.mac.com/hiroyuki45

10
可変タイムスケ−ルを導入するというのは賛成だけれども、
積分方法の制御と誤差制御だけでいいのかなあ
たとえば、俺はよくMDやってる人たちと議論する機会があるの
だが、1fs stepのMD simulationをどんなに長時間やっても
本質的な意味での粗視化よりも誤差の累積や下手をすると計算の
桁落ちのほうが問題になってしまうという話をきく。
だからこそmulti-canonical MDとかreplica exchangeとか
巨視的な統計値をとるための別のシミュレ−ション手法を併用
したりする。
６−１０桁の幅におよぶようなタイムスケ−ルを取り扱えるよ
うにすることに相当な苦労が必要なのはいうまでもない。
なんかもっといい方法はないですかね?

e-cellの話のうち、物理・化学的な議論がこのスレの担当。
生物学的な観点、情報学的な観点で語るのが全くダメとはいわないが、
それは隔離スレ
システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50
でやったほうが荒れないと思う。

ただ、微妙なんだよなあ。20の語りたいことはたぶん隔離スレ向きだと思うんだけど、
24となるとこっちのスレにも近い。まあ、フィーリングで。
とりあえず学術的内容が薄くて批判あるいは賛同の意思しか語ってないような書き込み
（22とか）は隔離スレに誘導、くらいの感じ？
22が奮起して学術的な書き込みをしてくれることも期待するのだが、一方でものすごく
既出の話をし始めないかという不安もあるし。

おっと、漏れはただの通りすがりなので、他の提案があればそれはそれで。
ただ、システムバイオロジー関係のくだらない荒しが持ち込まれるのだけは嫌だなあ、と。

Ecellの話題もいいんじゃない。

宣伝は額面通り受け取る必要はないと思うけど、ver3 の評価は「位置情報
を取り扱えるようにする」がどういう風に実現されるかみてからにしたいと
思う。

オレが思うにEcellの開発グループって計算機物理学に強い人っていなかった
んだと思う。簡単にＦＥＭを使うって書いてあるけど、あれを本当の意味で
実装するのは大変だぞ。
なんか今までのECellを複数のプロセスで走らせて、隣のコンパートメント
で物質があまったら拝借！、こっちの物質があまったらご褒美！　てな感
じになりそうだな、読んでいくと。
ま、それでも今までのやつに比べたら格段の進歩なんだが。

Virtual Cell って偉かったねってのがオイラの感想だ。ｗ

まあ、なんだな。いきなりであれだが、冨田さんってのはビルゲイツに
似てるなｗ　宣伝がうまい。

最近、『酵素反応のダイナミクス』って本をパラパラとめくっている
のだが、ecellよりも感銘をうけた。1981年発行とあるが、ある意味
ecellの上をいっている。
が世間的な認知度は全然ちがう。ネーミングの上手さと宣伝で金集め
て、それにモノいわせて質もあげていこうって戦略なんではないか
という気がしてきた。

次期次期バージョンはカトラー級の大物やとって E-Cell NT だな。ｗ

あげとくか。

ところで現行のマニュアルを読むと誇らしげに「積分機構」がどうの
こうのと書いてあるのだが、これソースで確認したヤシいるか？

リアクターで速度を求めているのだから（だよな？）、物質量を
求めるのにそんな複雑な計算がいるとは思えんだのが。

使っていないバレバレで申し訳ないのだが、時間幅ってどこで指定
してんの？

なんか自分でシミュレーターつくっちゃいそうな勢いだな＞オレ

エミュレーターで十分

どこかのスレに E-Cell は各論を無視する、みたいなことが書いてあったが
これは間違いだろ。
なんかサブグループみたいなのがあって細胞周期とかやってたと思う。
ああいうのが彼らの側からすると各論なんだろ。

>>28、29
可変ステップ幅っていうことは時間幅を指定するもなにも、
高次の微分結果から誤差を予測して、その誤差が許容される範囲で積分計算を
進めるっていうアルゴリズムのはずだから、指定っていう感じじゃないんじゃないの？

あと、シミュレーション・アルゴリズムとシミュレーターソフトウエアとは次元の
異なる話で、例えばGillespieアルゴリズムが使えるGepasiとか、
S-System、GMAアルゴリズムが使えるPLUSでどんなモデルを作ろうとモデラの
自由なわけで、シミュレーション・ソフトウエアがモデリングの方法論を
決めているというよりは、シミュレーション・アルゴリズムがモデリングの
方法論を決めているんじゃないですか？

だからecellの方法論がおかしいという議論より、
このシミュレーション・アルゴリズムの方法論がおかしいという議論の方が重要だと思う。

>可変ステップ幅っていうことは時間幅を指定するもなにも、
>高次の微分結果から誤差を予測して、その誤差が許容される範囲で積分計算を
>進めるっていうアルゴリズムのはずだから、指定っていう感じじゃないんじゃないの？

だれも君の予想をきいていないと思うぞ。管理人さんは ver2 でどう実現
されているか知りたいだけ。
それともなにか ver2 の時点でステップ幅を自動調節してるのか？
あと「高次の微分結果」というのが意味不明だ。

>あと、シミュレーション・アルゴリズムとシミュレーターソフトウエアとは次元の
>異なる話で、例えばGillespieアルゴリズムが使えるGepasiとか、
>S-System、GMAアルゴリズムが使えるPLUSでどんなモデルを作ろうとモデラの
>自由なわけで、シミュレーション・ソフトウエアがモデリングの方法論を
>決めているというよりは、シミュレーション・アルゴリズムがモデリングの
>方法論を決めているんじゃないですか？
>
>だからecellの方法論がおかしいという議論より、
>このシミュレーション・アルゴリズムの方法論がおかしいという議論の方が重要だと思う。

なんか読み取りにくい文章だな。
だかーらー、現行の ECell が採用しているアルゴリズムは主にキングアルト
マンの方法で、これは定常状態近似と空間的な一様性の仮定を使っている。
そこから「生体ではありえない！」「細胞まるごとに適用するのはどうか？」
という批判がでてきたわけだろ。
キングアルトマンの方法は適用さえまちがえなければ有用。 ECell がそれ
を実装してもいい。
だが、そこから出てきたデータを安易に実際の細胞でもおこっていると主張
するのは「おかしい」。（君の言葉を使えばだが）
そういうことだろ。

シミュレーター 2ch Cell つくっちゃえーーー



と煽ってみるテスト。

初歩的＆勉強不足バレバレな質問で申し訳ないが、

> 分子数の少ない反応には、
> 確率論的微分方程式のように最適なもので

これはよく言われることだけど、「真に」確率的な扱いが必要な
具体例が知りたい。確率論で分子を離散的に扱うとはいっても、
結局生物での応用例では
「（分子濃度を連続的に考えた）常微分方程式＋適当なノイズ」
と同じような結果になることが多いんじゃないかと思っている。

つまり多くの場合はせいぜい Langevin 方程式（とその計算機
シミュレーション）で十分で、
Master 方程式/Fokker-Planck 方程式を持ち出したり、
Gillespie の方法のような stepwise な Monte Carlo simulation を
持ち出す理由がないんじゃないかと思ってるんだけど。
多くの人が Gillespie をやるのは何か理由があるんだろうな。
それが知りたい。

Monte Carlo simulation でシミュレーションができるというのは
いいけど、結果が直感的に見えなくなるんだよね。

熱力学第二法則とエントロピー増大則が別の法則であることは世間では意外に知られていない。
つまり、熱力学第二法則は熱現象におけるエントロピー増大則のことなのであるが、一方エントロピー増大則は熱が関係しない現象をも対象にしており、したがって決してこれら２つの法則は同一のものではない。
それにもかかわらず世間では誤ってこの熱力学第二法則がエントロピー増大則の意味で用いられているケースが少なからず見られる。

ソース
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat32.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat52.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto

確かに最近Gillespieはやってるなー。

俺もその理由知りたい。

ecellのver2は何回か触ってソースをみたことがあるけど、
ステップ幅の自動調節はしていなかった。
ていうか、ver2はデモ用かなんかかな？
全く使う気の起きないひどいものだったよ。

>>36
実際、どんなシミュレーターが現在必要とされているのかっていう、
話題はかなり興味あり。

たとえば確率的なシミュレーションの扱いもそうだし、
細胞がどういう状態であることを過程するかも。

ecellなんかの話題より、有用になると思われ。

定常状態だけではなくて、過渡現象も扱えるような
数学的手法にはどのようなものがあるんだろうか？

> 細胞しみゅれーしょんの最大の問題点は、
> 細胞内化学反応系が定常状態にあることを
> 無意識の上に仮定していることだと思う。
> 細胞が分裂し、分化していくダイナミックな過程を
> どう取り込むのか全くビジョンが見えぬ。

>>42
それはたぶん遷移状態を一つ一つ定義して、こまかくシミュレーションを行うか、
位置情報を使うことになると思う。

StochSimとかどうだろう？

StochSim は、アルゴリズムは Gillespie とは違うけど、
精神においては Gillespie と同じものだったっけ。
いろいろあるよね、この手の確率的シミュレータ。

淳定常状態は、それなりに扱う方法ｱﾙでｿ

うーん、

・定常状態
・準定常状態
・平衡状態

の用語の使い方の違いが分からないんだけど、どこに載ってるかな？
どなたか簡単に定義してもらえるとありがたい。

equilibrium (可逆反応の反応逆反応の速度が同じため見かけ上何も起こらない状態)
steady state (一方向の反応が優勢あるにもかかわらず、見かけ上平衡に見える状態)

「見かけ上平衡」の平衡は、すぐ上の equilibrium と同じ？
（ある方向の反応速度）−（逆方向の反応速度）が一定だということ？

上の説明だと、equilibrium ⊂ steady state ということになると
思うけど、それで正しいかな？

# 長々とすみません、そろそろ biology に戻しましょうか。

細胞シミュレーション関連の方は、初期条件の精度についてはどのようにお考えか？
反応速度定数をどうにかして求めているはずだが…
実際の反応にあうようにモデルを変えてみたり、速度定数を変えてるような
印象がぬぐいきれないのは私だけだろうか？

>>48 違う
>>47では簡略化しすぎな気がする
steady state (一方向の反応が優勢あるにもかかわらず、見かけ上平衡に見える状態)
が実現するためには流れが必要。そこが平衡とは決定的に違う。

式で書けば、定常状態でも平衡状態でも
dC/dt=a-b=0だが
a=b=0なのが平衡で、a=bなのが定常

#ってどこかで見たような説明だな。鬱

>>50 あなたの説明によると48の理解は正しいぞ。

違いは、equillibriumが閉鎖系なのに対し、
steady stateは閉鎖系を仮定していないところ。
開放系かどうかが要件なんじゃないか。

>>49
一般論で語られても…。case by case な感じがするが（これは私見）。

> 初期条件の精度についてはどのようにお考えか？

初期条件の違いで結果が大きく違ってくるダイナミクス（いわゆる
カオス）のことはよく知られているが、一般には初期値が少し
違っても・ゆらいでいても、大体同じ仕組みができあがるように
生物はなっているはずだ、という考え(robustness)にもとづき、
モデルでもそのことを検証している例が多いと思う。

> 反応速度定数をどうにかして求めているはずだが…

反応速度定数の決め方に関しては、確かに怪しさがつきまとう例が
多いと私も感じる。まともな論文なら、どの定数については何倍
変化させても結果にはあまり影響しない、というようなディス
カッションをやっていると思う。だけど robustness だけで
うまくいく例ばかりでもないし、置くべき定数の数も多いから。

> 実際の反応にあうようにモデルを変えてみたり、
> 速度定数を変えてるような印象がぬぐいきれない
> のは私だけだろうか？

印象というか、実際にそうしていると思う。別に悪いこととは
思わないが。ただ、実験結果によってどのモデルが否定され、
どのモデルが支持されているのかを明確にする必要があると
思う。そのレベルまで行っている仕事は決して多くないが…

>>52

>印象というか、実際にそうしていると思う。別に悪いこととは
>思わないが。ただ、実験結果によってどのモデルが否定され、
>どのモデルが支持されているのかを明確にする必要があると
>思う。そのレベルまで行っている仕事は決して多くないが…

これからはそういう議論をしなくちゃ論文通せないかの？
厳しいご時世だの。

唐突ですが。。。。

ＡＴＲの川人さん萌えーーー

いわゆる一つの『計算論的脳科学』もこちらで扱ってください。

>>55
いいけど、それもシム板のネタだなあ。
あの板は過疎板だし、生物の人にはなじみがないから仕方ないけど。

>>37

確率微分方程式って普通は
>「（分子濃度を連続的に考えた）常微分方程式＋適当なノイズ」
のこというよね。

>多くの人が Gillespie をやるのは何か理由があるんだろうな。
>それが知りたい。

とりあえず一般的な話だと、こういう確率微分方程式は、大体
シグナル伝達なり、遺伝子発現なりのネットワークにノイズを
入れるとどういうふうに性質が変わるかっていう研究がメイン
だろ。それが大腸菌であったり、細胞周期であったりする。

上でいうところの各論を語るには必須の手法。

で、Gillespieは簡単にいえば、使うのが簡単なんだよあのアルゴリズム。
モデル立てるときのパラメータの数が普通の確率微分方程式に比べ激減する。

>>57

>上でいうところの各論を語るには必須の手法。

最近そんな論文が多いだけで、必須ではない。

>>57, 59

ノイズの論文けっこう最近出てるよね。。。

「シグナル伝達なり、遺伝子発現なりのネットワーク」の研究に際して
ノイズを考慮に入れることが必須だというのはわかるけど、実際の生物で
ノイズが、ただの副産物としてではなく、積極的に重要な役割を果たすか
どうかは？な気がする。論文の著者たちには確信があるのかな。

λファージの溶原/溶菌化選択とかもいいけど --そのモデル系としての
意義も分かるけど-- もっと真核生物な例がほしいと思う。

ノイズの意義として昔から言われている stochastic resonance とかも、
ニューロンの活動電位のモデルなどに応用があるとはいえ、ずいぶん
人工的なシチュエーションに見えるんだよねえ。。。

ちょっと話題を変えて、と

時系列解析をやってるみんなはどんな解析ソフトを使ってる？

Excel, Mathematica, MatLab, MEMなどなど

おすすめを教えてくださいな

c言語

有限データからのスペクトル推定にはどの方法がいいかな

PCA

案の定、１が手を引いたとたん、盛り上がらなくなったな。

>>65
確かに‥‥。
低レベルなレスに呆れたんだろうな。

34 ：名無しゲノムのクローンさん ：03/08/07 01:38
>可変ステップ幅っていうことは時間幅を指定するもなにも、
>高次の微分結果から誤差を予測して、その誤差が許容される範囲で積分計算を
>進めるっていうアルゴリズムのはずだから、指定っていう感じじゃないんじゃないの？

だれも君の予想をきいていないと思うぞ。管理人さんは ver2 でどう実現
されているか知りたいだけ。
それともなにか ver2 の時点でステップ幅を自動調節してるのか？
あと「高次の微分結果」というのが意味不明だ。

　に対して

40 ：20 ：03/08/07 12:53
ecellのver2は何回か触ってソースをみたことがあるけど、
ステップ幅の自動調節はしていなかった。
ていうか、ver2はデモ用かなんかかな？
全く使う気の起きないひどいものだったよ。

はないよな。
ってことで晒し上げ。

あがってなかった

>>66
あんた「教えて下さい」スレの34じゃないのか。
あっちのスレのもめ事を持ち込むな。あっちのスレでもそうだったが、あんた自体が
低レベルなレスだよ。

>>67はもうちょっとちゃんと書けば議論に育つかもしれんが、それだけでは
荒しと変わらんぞ。頑張ってみてくれ。

(偉そうなのが一人いるな・・・)

そうなんだよなあ。なんでこういう物言いになるかなあ。

他人のレスに対して「低レベルなレス（66）」「晒し上げ（67）」とやるだけの
人間よりも偉そうだと思われたのは心外だが、このスレは前向きに議論するスレ
として発足したんじゃないの？
ていうか66よ、あんたしつこいんだよ。>>70-71だって、どっちか（あるいは両方）は
あんたじゃねえか、と思ってしまうくらいしつこい。

>>67だって他人の発言を長々と引用して、自分の意見は「はないよな」だけ。
主張したいことがあってageるのならちゃんと書け。正直40の書き込みは俺もどうかと
思ったけど、自分の意見がないのなら今さらわざわざ取り上げるほどのもんでもない。

丁寧な物言いを望むのなら、せめて隔離スレとそれ以外を使い分けるくらいの知恵は
身に付けてくれ。頼むわ。ま、>>69とこのレスについては俺も人のこといえんけど。
やっぱE-cellの話は全部隔離スレに持ってったほうがいいんじゃない？　とか
提案するとまた偉そうだとかいわれんのかも知れんけど。

まあ、ﾏﾀｰﾘ行こうや。
目先を変えて、MDの話でもしてみるかい？AMBER使ってる？それとも自作プログラム？
QM/MDがもうちょっと使えるようになったらいいなあ、なんてどう？

いいねえ
ちょっと試しにmulticanonical MDを実装したいんだけど
(ここでは言えないような変態的な目的に)
なにを使うのが効率いいかな?
広くサンプリングできればいいの。

>>74
＞変態的な目的に
・・・聞いたらいけないんだろうけど、凄く気になる・・・(W

>>75
漏れもだｗ

しかし、multicanonical MDのできる市販ソフトがあるんだったら漏れも知りたい。
こっちはせいぜいmulticanonical MCで息切れしているレベルなもので。
おっと、ソフトウェアの話じゃなくてアルゴリズムの話か。
す、すまん、そのレベルの話にはついていけないっす。むしろ教えて欲しいっす。

QM/MDも気になるけど、今使えるのはせいぜいQM/MMまでだな。
Gaussian03のONIOMあたりは面白いけど、あまり生体高分子向きではないか。

製薬会社では　in silico スクリーングってのをやっているそうだけど
これってほんと？

ＭＤというのを使うの？

使っているんだったら、アカデミックな生物のオナニー研究よりも遥かに
役にたっていると思うが、そのへんどうよ？

rational な screening って、まだまだ一部じゃないの。
（それがちゃんとできればいいとこのペーパーになると思う）
人海戦術が占める割合が多いのでは、と思ってるけど。

そういえば、（計算系の）drug designスレってないね。
医歯薬看護板が理系専門板って感じじゃないからかな。

virtual screeningは、スクリーニングができている、というほどではない。
でもまったくダメというほどでもない。
みたいな感じ？
手法の開発は別として、virtual screeningの各論で論文にはなりにくいのではないかな。
それでもたまにJMCなんかで見る。
そしてvirtual screeningにMDは直接使わないと思う。

使うよ

>>80
virtual screeningそのものに使うには時間がかかりすぎない？
化合物一個ずつについて複合体でMDするのは無理があるかと。
タンパク質の構造を整えるくらいにしか使えないんじゃないかなあ。
いや、もちろん何か違う使い方があるのなら教えて欲しいのだが。

別に全部計算する必要ないじゃん。

>>82
ああ、そういう用途ね。
virtual screeningに直接使うのとはちょっと違うかと思う。
virtual screeningの後にMDを使う、って感じでは。
ただ、その場合でもうちはvirtual screening → 実測 → MDだけどね。そう簡単には
MDができないくらい貧乏なのでｗ

一番高いのはｿﾌﾄかな。ﾊｰﾄﾞは最新のﾍﾟﾝ4とGｶｰﾄﾞ使ったら使ったら部分計算に問題ない程度にははやいもんね｡
だいたい、全体計算はまだどこも出来ないでしょ

あぼーん

ここって。。

>>84
一番高いのは化合物のDBじゃん
ソフトよりもハードよりも、そっちのほうが
金かかってる。
しかも、そのDBに入っている数値化されている
自社化合物のデータが間違ってたり不正確だったりすると
その化合物はin silicoではヒットがでないにもかかわらず
実際のHTSではヒットとなるわけなので、HTSチームから
「in silico 使えねえ」と叩かれる原因になる（下手すりゃ
チーム全員ボーナス減棒につながる)
というわけで、自社化合物のパラメタリゼーションはしんでも
やりたくない作業の一つなんだが。

>>84, 87
てか、全部高いよ！

>>87
関係ない質問ですけど、化合物のパラメタリゼーションって
バイオインフォの範疇にははいりませんよね？上司の上司あたりが「コンピュータ使うんだからどっちも
一緒」とかって有機化学や薬学を全然知らないバイオインフォの
人を送り込もうとしていて、困ってるんですけど・・・。

87じゃないけど。

今はたまたまこのスレで議論しているけど、本質的に別の分野です。
「教えて下さい」スレでも混同していた人（エセバイオインフォとか言われたよｗ）が
いましたが、今のところ必要な知識も技能も違います。

ただ、企業なんかだと人手不足で仕方なく兼務していることもあります。
それはそれで仕方がないです。それが良いほうに転ぶこともあります。

「ケモインフォマティクス」と「ファーマコインフォマティクス」の用語を定着させましょう☆≡
でもってちゃんと使い分けましょう☆≡
バイオインフォマティクスとは別の分野で、しかも企業にはそちらの人材のほうがむしろ
（バイオインフォマティクスよりも）求められている、ということで・・・
いや、必ずしもそうとも限らないんだけれども。

>>91
> 「ケモインフォマティクス」と
「ケモメトリクス」という用語が昔からあるよ。
むしろ最近「ケモインフォマティクス」という語を使う人が出てきて困っている。
ま、確かに微妙に違うところもあるのだが、使い分けている様子もないし。

>>87
データベースってソフトウェアなんだが・・・
（プログラム、データ∈ソフトウェア）

DBのコンテンツの値段のほうがDBアーキテクチャや
ソフトウェアパッケージ全体よりも高いという意味です。
翻訳ソフトよりもそれに追加する専門語辞書のほうが
高いのと同じ理屈ですかね

ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾐﾝｸﾞｺﾝﾃｽﾄｲｲ!

１は建て逃げか？

最初からｽﾚ分ける意味なかったんだよ

Ｅ−Ｃｅｌｌの賛否でもを論じあったら

たとえば


全然つかえねーな
Ｅ−Ｃｅｌｌ
ペーパのろくなのないしな
口ばっかりＥ−Ｃｅｌｌ
もっとマトモナシミュレーターつくれよ
代謝マップをシミュレーソンしてなんのメリットがあるの？
情報やのマスターベーションじゃねーか
つかえねえＥ−Ｃｅｌｌ
役に立たん

なんてな
これはあくまで例文ですので
勘違いしないように

E-CellでCNS連発!とかも例文になるかなｗ

>>98
悪いがそれはスレ違い。
内容について語るのがこのスレであって、賛否について語るのは隔離スレ。

普通1は立て逃げするものなので、ことさら驚くことでもない。
ま、このままdat落ちさせるのが良いかと。

保守

エイリアンのせいにしてるだけど、軍事技術情報は確か。
軍事板の連中に聞いてみてくれ。
沈黙の戦争（洗脳）により、戦争を拡大して戦争経済を目論む集団に
警鐘を鳴らしています。

TIA（テロリスト。インフォメーション・アウェアーネス）に関する記事
http://www.hotwired.co.jp/news/news/culture/story/20030523202.html
米国会に正式に提出された、既に公になった情報なので、
私も躊躇せずに書き込んでいます。
（報告書）
http://www.darpa.mil/body/tia/TIA%20ES.pdf

鎖国状態の米国にいて、お前らなんも気付かんのか？
ホロコースト、アルマゲドン正当化の、
聖書組の分け判らんやつらと同類になるなよ。
神の名において非人道的行為に疑問を持つことをさえ許されず、
そういった行為を強要されかねんぞ。
そんなもんに力貸したら、お前らの子孫まで辱められるぞ。
先走るなよ。何があっても平常心で切り抜け、初心に戻れよ。
初心に立ち返って前に進める、これこそが日本人の強みやねんぞ。

http://www.geocities.com/Area51/Shadowlands/6583/project106.html

何でE-Cellってそんなに不評なんですか？
単なる微分方程式ソルバなんじゃないんですか？？
研究者が大事な時間を割いてわざわざ論文になり難いアプリケーションを作って
一般に無料で公開してくれているのに叩かれる理由がイマイチ分からんのですが．．．
認識不足でしょうか．

E-Cellは使えにくい
難しい
生物学者が捜すところにE-Cellのペーパが出ていない
生物学者は微分方程式を使う理由すらわからない
教科書に書いてあることをＰＣに入れても生物学者は感動しない
生物学者の立場に立ったシステム作りをしていない
だから生物学者にはE-Cellの有用性が伝わってこない
だからE-Cellは生物学者から評価が低い
E-Cellに限らずシステムバイオロジー自体が存続の危機にある

別に生物学者に気に入られなきゃいけないなんてことはない。
真面目に生物研究をしたい人の役に立てばそれでいい。

生化学系のモデルを記述する一番素直な方法の一つが微分方程式だと思うんですけど．．．
105さんの言うように「生物学者は微分方程式を使う理由すらわからない」
なんちゅうアホな理由で本当にE-Cellは叩かれてるんですか？
だとしたら叩いている人は自分のアホさ加減を露呈しているだけなんじゃ．．．

別にＥ−Ｃｅｌｌ使わなくても実験しさえすればすむことでしょ
微分方程式つくるよりも実験すれば結果は出るでしょ
なんでＰＣに置き換えなきゃならないの？
時間の無駄ジャン
新しく微分方程式を勉強しなくても実験しさえすれば結果はだせる
これが生物学者の言い分
だから、生物研究をするのにＥ−Ｃｅｌｌを使う必要はない
というのが生物学者の見解

タンパク質の性質が少し変わったら系がどうなるか？みたいな実験とかって，
全ての場合について生化学実験で行うのは時間的金銭的技術的に難しいのでは？
よく知りませんが．
そこら辺の労力を少しでも削減しようちゅうのがシミュレーションによる
アプローチなんじゃないでしょうかね．
E-Cellが問題なんじゃなくて，E-Cellをどう使うかの問題な気がしますけど．

微分方程式を使うことが、それほど理に適っていないからだと思うが・・・

たんぱく質の性質が少し変わった場合のＥ−Ｃｅｌｌのシミュレーションが
生体内の出来事を反映してると証明するにはどうしたらいいの？
生物実験で調べるの？
それこそ時間の無駄ジャン
それなら最初から生物実験をすればいいジャン
生物実験できないようなシミュレーション結果が
正しいということをどうやって証明するの？

>110
なるほど，そういうことですか．ちょっと納得です．
だけどモデルの記述方法にはそれぞれ一長一短があるわけですし，
微分方程式を一つの選択としても良いのでは無いでしょうか．
だいたい微分方程式を使っているというだけでE-Cellを叩くのは変です．
微分方程式に基づく生化学系シミュレータはたくさんあるし，
FellとかKholodenkoとか，微分方程式を使って生化学系を解析している人もいる．
この人たちも含めて批判するならともかく，このテの世界では比較的後発組(多分)の
E-Cellをだけ叩くのは何故？？

すみません，連続書き込みです．
>111
純粋に理学的興味から生化学系を知りたいだけならモデル化は無意味でしょう．
だけど創薬とかを考えるとき，
ここら辺のタンパクをターゲットにすれば良さそうだ．みたいなヒントがシミュレーションから得られれば，
系に含まれるタンパクを網羅的に調べるよりも効率的なのでは？
もちろん使うときに，系が間違っている可能性を常に頭に入れておく必要はあるでしょうけど．
だからきっと実際には，モデルをリファインしながら使うんじゃないっすかね？
所詮は道具でしょ？鉛筆や消しゴムと同じレベル(ちょっと失礼ですが)．
やっぱり使い方だと思うのですが．．．

test

というか、実験をしたって「実験をやりました。終わり」ですむわけでもなく
（それで済ませているやつもいる、等の煽りはともかくとして）、考察の段階では
結局何らかのモデルを頭の中で立てているわけで。
ただそれが、データが多すぎるとかモデルが複雑すぎるとかの理由でコンピュータに
手伝わせているだけなのでは。
>>111は「実験と計算は同じものを見ようとしている」あるいはもっといえば
「実験と計算は競合する」と考えているあたり、ちょっと違うのではないかな。

…て、ここまで来ると「システムバイオロジーを教えてください」スレの領分じゃない？
スレ違いとまではいわないが。

まさに、>>111のようなことを証明しようとする場合に、シミュレーション
と実験を組み合わせれば、労力が軽減されたり、片一方では不可能なことが
可能になったりすることがあるのではと思いませんか？これは、Ecellの人
達やそれ以外の色んな人が指摘している大事なことだと思いますが。。。。

頭の中にある既知のモデルをPC上に展開したのがE-Cellでしょ？
複雑な系で頭に整理もつかないデータの山を簡単明瞭なモデルにする目的では作られていないはず。
なので>115のような使い方は出来ないはずだよね。
でさ、>111でも語られているけど、E-Cellを用いた行ったシミュレーションの正当性を証明するにはどうすればいいのでしょうか？

それより今SFCで頑張ってる学生さんの10年後が気になる

>>117
> 頭の中にある既知のモデルをPC上に展開したのがE-Cellでしょ？
それは違うと思うぞ。
個々のモデルを複数組み合わせた場合、それは既に元のモデルとは違うわけで。
「シミュレーションの正当性」にこだわるのは、どうもその辺に誤解があるからでは？

論調的に隔離スレ向きだと思うので（このスレは「いいか悪いか・正当か否か」を
議論するスレではないので）、

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

に行ってはどうかと。
いや、別に「隔離スレに行け！」ってんじゃなくて、この手の議論はすぐに既出の
論争になりやすい（既にちょっとなっている）ので、それ専用スレに行ったほうが
いいんじゃないかと。

既出のことを、しかもマルチレスする。
どんな実験すりゃいいのかわからないこと、を明らかにするための道具だと
思ってたんだが。

>119
言っていることがよくわからないのだが
モデルが表しているのは生体で
モデルをいくつも組み合わせてもやはり生体を表しているハズで
そのモデルが正しいかどうかは生体を如何に忠実に表しているかで
そのことを確かめるにはどうするの？
複数個のモデルの組み合わせが
元のモデルと異なるのならばなおさらでしょ

これだけ聞いても満足な答えが出ないということは
E-Cellは砂上の楼閣なのかな

やっぱ僕らには使えないのかな

すげぇすげぇすげぇ。
なにこのレベルの低いデスカス。
微分とか言っちゃって笑>>111

>>121
煽るつもりはないんだけど、最初から否定しようとして議論しているからだと思うよ。
今まで、「満足な答えが」とか書いていた人はみんなそうだったし。
そもそも、議論なのに「自分にとって『満足』」という基準が現れる段階で、無意識
かもしれないけど反感が現れてると思う。
「満足」が判断基準なら、本当に隔離スレに行ったほうが無難じゃないかな。

もしそうだったらこのレスにも「満足」しないとは思うんだけど、だからシミュレーション
というのはもともとそういう（実験を完全に駆逐するような）用途のものじゃ
ないよ。「シミュレーション」という言葉にびびって、何か特別なものだと
思いすぎている。

実験の後、考察するよね。そしてその考察によって新たな実験を考える、という
サイクルだと思う。
で、その考察の際に、既存の情報全てを同時に盛り込むというのは普通困難で、頭の
中で考えるときは注目している部分だけを取り出したりして簡略化して考えている。
それを、できるだけ多くの情報を同時に考えようとしてるのが例えばE-cell。だから
「実験 vs E-cell」じゃなくて、「実験→シミュレーション→実験→シミュレーション」
って感じ。
それを「実験でシミュレーションを検証している」と理解するのは自由なんだけど、
同時に「シミュレーションによって実験（から得られたモデル）を検証している」
という側面もある。
ま、実験もシミュレーションもどっちも単なる道具だって。

>123
最初から否定しようとして議論しているわけじゃない
モデルが実験後の考察に使えればある意味利用価値が高いかも知れない
でも生物学者は価値のある発見をした場合
考察を考えている時には次の実験を既に頭の中に準備している
頭の中に既にデータ整理されていなければ考察は書けないもの
その課程にE-Cellを必要とはしない
また、考察に既存の情報全部を盛り込む必要すら感じない
むしろ既存の情報全部を盛り込むと焦点がぼけてしまう

私が聞きたいのはその様なことではなくて
E-Cellモデルが本当に正確かどうか確かめるにはどうやっているの？ということ

生物実験が可能なシミュレーションならば生物実験を行えばいいかもしれないが、そうするとE-Cellの価値が無くなる
逆に生物実験が不可能なシミュレーションの場合、本当に生体を反映しているのかどうかの証明方法がない

いずれにせよ
生物学者はE-Cellばかりでなくシステムバイオロジー全体を
あなた方が期待するほどの有効な道具とは感じていないのが現状でしょう

思考実験のためのツールなんだから、別に証明の必要なんてないじゃん

工学系のシミュレーションやMDみたいに、何かをつくる・しるために
複雑な方程式の理論解が得られないから、シミュレーションして解を得る
というような目的に使うためのシミュレーションじゃないわけですよ
E-Cellは。

それよりも、「ありえない細胞」を設計したら「どれくらいで系がはたんするか？」
みたいな思考実験をして楽しむためのツールなんだから、正確性なんか
あまりきにせず、みんな気軽につかって気軽に楽しんだらいいと思う。

そこから新しい科学的知見が得られるかどうか、も、大勢の人がいろいろ
試したらきっと出るんじゃないだろうか、くらいの軽い気持ちで。

そういう使い方が健全でしょ？

つまり、ｹﾞｰﾑとして考えろと。しかも変なﾁｬｰﾄがでてくるだけでちっとも面白くない糞ｹﾞｰだと。
そゆ認識でいいですか？

要するに計算機技術者のオナニーでしょ。
あるいは予算獲得、生き残りへのパフォーマンス。
生物学的な知見を深めようというモチベーションがあるとは思えないがな。

隔離スレに行け。
ここまで来たら、完全にスレ違い。
このスレは少なくともE-CELLが何をやっているかぐらいはわかっているやつのスレ。

What's E-Cell Project?

E-Cell Project is an international research project aiming to model and reconstruct biological phenomena in silico, and developing necessary theoretical supports, technologies and software platforms to allow precise whole cell simulation.

何をやってるんでしょうね？
つかさ、シミュレーションの為のシミュレーションであって
科学的モチベーションは無いという風にしか読めないんですが
歪んでますか？

それはそれでもいいんだけどね・・・
だがテクノロジーであってサイエンスではないわな・・・

>>128
隔離スレっていうがいい加減立てすぎ。過疎板だから他に迷惑とは言わないが
人の居ないとこに誘導して意味あるのか？
やりすぎるとそれ自体が自治荒らしだよ。
大体ここ自体が隔離スレなのに、荒れる話題はさらに隔離って、もう意味不明。

>>123
いや、正直言って「満足な答え」は出てないと思うよ。
というのは、「質問に対する答えに満足しない」のと、
「質問に対する答えが得られないので満足しない」のは違うと思うから。

生物学者氏の質問は、「E-Cellの正確性」だろうが、答えは「正確かどうかは
問題ではない」と。しかし「正確さ」を無視したところにシミュレーションが
存在し得ないのは事実な訳で（そんなのあったら本末転倒）、じゃあE-Cellが
正確性に関しては妥協しつつも、新たな生物学的疑問を提起したかというと
そんなことは無い（あるいは漏れが知らないだけか？）訳だろう。

結局うまくごまかされてるようにしか見えないんだよ。

だからこのスレの当初はe-cellの正確性について議論してるじゃん。

どうも、そういうことが知りたいわけじゃなさそうなのだが。
少なくともシミュレーションについては誤解してると思う。
単なる手法の一つだってば。テクノロジーだ、というのはあおりでもなんでもなく、事実。

あと、このスレは隔離スレではない。
スレが多すぎる点は同意だが、だとすれば沈むべきは重複気味のこのスレでは、と思っていた。今は違うけど。

>>132
テクノロジーにすらなってない、ってのは煽りかな。
いや、真面目にそう思ってるんだけど。

質問だけど、E-Cellは何に役立つんですか？
ループに思えるかも知れないけど、これ答え出てる？

テクノロジーってのは何かをする為のものだよね。
単なる手法のひとつだってば、って言うが、何の為の手法なんだろう？

その答えが>>125みたいな感じになるのなら、>>126,127みたいな反応は
至極実に真っ当に思えるんだよな。解を得る為でないシミュレーション、
証明の必要のないシミュレーションなら何の為にやってるんすかね。

うーん。まじわからん。

シミュレーションの為のシミュレーション‥‥でしょ。
手段自体が自己目的化しちゃってるとしか。

> 質問だけど、E-Cellは何に役立つんですか？
> ループに思えるかも知れないけど、これ答え出てる？

出てる。「スレ違い」。

それは冗談としても、その質問自体は「鉛筆は何に役立つんですか？」と同じ種類の
疑問。「何に使うかによる」。そういう意味で「道具」なんだから。
「手段が目的化している」というのも、その意味ではむしろ当たり前。鉛筆屋は
自分が文字を書くために鉛筆を製造しているわけではなく、鉛筆を作ること自体が
目的化しているわけで。

もちろん、鉛筆が筆記用具として有用なのかどうかを議論する必要はあって、
E-cellがシミュレーションとしてどのレベルなのか、の議論は必要。で、それが
このスレ本来の目的（この種の話だと生物学的な話よりも物理・化学の話になりがち
なので、スレタイがこうなっている。逆に言えば、物理も化学も語らずにE-cellを
否定するのはほとんど無理）。
正直なところ、E-cellのシミュレーションのレベル自体は俺も疑問符を抱いていて、
決して肯定派ではない。「教えてください」スレの初期のE-cell否定派も、むしろ
同業者のほうが多かったくらいで（いや、実は俺は同業者じゃないんだけど）。

でも、このところ登場しているE-cell否定派は、どうもそういう方面での否定派じゃ
ないんだよね。きつい書き方になってしまうのだが、「教えてください」スレに
しょっちゅう現れる、「何も知らないのに既出の議論を得意気に語る素人」みたいな
臭いがプンプンしてる。
気を悪くしたら申し訳ないのだが、もともとこのスレは、「教えてください」スレ
みたいな素人襲撃を避けるために立てられたスレなので、ちょっと勘弁して欲しい
というのが本音。

ちょっと待てよ、まさか「シミュレーションを何に使うか自体がわからない」って
ことなのだろうか。
だとするとそれを一から説明するのは非常につらいのだが…。

強いて言えば、
> むしろ既存の情報全部を盛り込むと焦点がぼけてしまう
みたいな固定観念のある分野にこそ有効、くらいなんだが、これで理解はしないよな。

あと、ずっと気になっていたのだが、
「生物実験が可能なシミュレーションならば生物実験を行えばいいかもしれないが、
そうするとE-Cellの価値が無くなる」と思っている人は、例えばマイクロアレイで
ちょっとした結果が出た後PCRで見直したりしないのだろうか。それとも、
「マイクロアレイには価値が無い」と結論づけるのだろうか。

連続カキコｽﾏｿ。

>それは冗談としても、その質問自体は「鉛筆は何に役立つんですか？」と同じ種類の
>疑問。

いや、それは違うでしょ。
一般論としてシミュレーションがどう役に立つか分からないと言ってるんではなくて、
解を求めない、モデリングとして役に立たない、要するに思考補助にならなくて、単に
面白いが現実を反映しない思考実験というならいったい何の為？？？って事だよ。気を
悪くされるかも知れないが、「既出」、「実験屋による一般的シミュ批判」みたいな先入感
にとらわれて、何を批判されてるかをよく考えてないのではないか？
「何も知らないのに既出の議論を得意気に語る素人」あたりに非常に強く感じるのだが。

まあ落ち着いて議論をもう一度よく考えて欲しい。誰もシミュ一般が分からないと
いってる訳ではなくて、特定のシミュレーターが、その作成自体を自己目的として、
そこに「モデリング」のよな要素を求めないんなら（>>125曰く）、それはサイ
エンスでもテクノロジーでもなく、>>126,7の言うように、ゲームあるいはオナニーで
あろうということ、つまりきわめてスペシフィックなE-Cell批判が展開されていると
思うのだが。

鉛筆屋は鉛筆という筆記用具を作っている訳で、決して鉛筆の作成が自己目的化してる
訳ではない。「筆記具として用をなすか」というのが根底にある訳よ。書けない鉛筆を
作っても仕方ないだろ。E-Cellには「鉛筆を物理化学的にin silicoでシミュレート」みたいな
意味のなさを感じる訳よ。

あと、>>137についてだが、はっきり言っておくと「マイクロアレイほどの価値はない」。
マイクロアレイは何に役立つか、誰でも説明できる。じゃあE-Cellは？結局誰も答えない
よね。>>136氏には悪いけど、>>136氏も結局一般的シミュレーターの有用性という点に
話をすり替えている訳だし。いや、気を悪くされたら申し訳ないのだけど。

「何に使うかによる」、じゃあ何に使えば有用なんだろう？そもそも「道具」になって
無いじゃない？っていうのが疑問な訳で、それは物理化学的な議論をしてもいいけどさ、
それ以前の「思想」の段階でおかしくないか？>>E-Cell 　道具でなくおもちゃを作ってると
いうのがFAなら、もう完全に腑に落ちるのだけど、道具だというのならせめてどう使えば
機能するのかの例示くらいは欲しいところだ。そこで物理化学的議論が出てくるのなら喜んで
参加するが、ここのところの議論は個別の議論が結局E-Cell自体への疑問を呼んで、最終的に
E-Cellの存在価値に疑問符が付くと言う流れに見えて仕方がない。

ん？
105あたりを読んで、どうもシミュレーション自体を理解していないようだ、と感じたんだが。
シミュレーションの有用性を認めたうえで、という話でいいのかな？

で、「考察のための道具」「思考実験のツール」という答えに「満足しない」理由は何？
シミュレーションはまさにそういうものだし、E-cellも例外ではない。

ただ、「精度が低すぎる」という議論は十分理解できる。
しかし、だとすると進むべき方向は「精度を上げる」であって、他人様の研究を
「精度が低い→ムダ」というのはちょっとおかしいんじゃないか、と。
それこそ「最初から否定しようとして議論している」ように見えるし、他人の研究を
ひたすらムダだと語るだけで建設的な意見を述べないのなら「既出の議論の繰り返し」なわけで。

正直なところ、
> マイクロアレイは何に役立つか、誰でも説明できる。
は間違ってると思うよ。本気で理解する気のない相手が「満足する」ような答えは
誰にも出せないと思う。世の中には
「生物学が何の役に立つの？」
「医療とか、食料問題とか…」
「それは医者や農家の人がやってるんでしょ。生物学なんか関係ないじゃん」
「関係あるんだよ」
「別に患者と接してもないし、作物を出荷してるわけでもないでしょ。そんなの
関係あったとしても意味ないじゃん。他は？」
「学問的興味とか」
「そんな道楽のために税金使ってんの？」
「だから医療って言ってるだろ」
「話そらすなよ」
みたいな人だっているし、悪いけど今きみはそういう人に見える。

だいたい、「E-cell自体への疑問」というが、この流れは元々明らかに荒しの>>98に
>>104が反応しちゃって、それにいつものパターンで>>105（きみか？）が食いついた、
って流れだよ。最初からまともにE-cellの議論なんてやってないじゃん。

ｺﾞﾒｿ、ちょっときつい書き方になった。反省している。

要は
> 生物実験が可能なシミュレーションならば生物実験を行えばいいかもしれないが、
> そうするとE-Cellの価値が無くなる
> 逆に生物実験が不可能なシミュレーションの場合、本当に生体を反映しているのか
> どうかの証明方法がない
が、ちょっとシミュレーションに対する敵意をもとに書いてるんじゃないかと疑ったわけだ。
これって、他の実験手法でも同じだよね。他の手法で追試することもよくあるし、
他の手法ではデータが得られないような実験もある。それらを無意味だとはいわないのに
なぜE-cellに対してだけはいうのかがわからない。

その理由が精度の低さにあるのなら、それは全くもっともなことなので、
改善策を語りましょう。語りたくないのにこのスレに参加するのは、ちょっと
行き先間違ってますよ。くらいの気持ちかな。

その理由が精度以外にあると思っているのなら、それは「シミュレーション」という
言葉の物々しさに騙されてるだけではないですか。「シミュレーション」はそんな
特殊な、神のごとき手法ではありませんよ、と。

>>140
> で、「考察のための道具」「思考実験のツール」という答えに「満足しない」理由は何？
> シミュレーションはまさにそういうものだし、E-cellも例外ではない。

何を仰っておられるのやら。だんだんずれが理解できてきたけど、
サイエンティストとして「考察の為の道具」という答えに満足する人は
ほぼいないんじゃね？そのあたりがずれの原因かねぇ。

問題は「何の為の考察」であり「何を考察するか」なんだがなあ。

生物学的興味が最終的に出てこないんなら細胞をシミュレートする意味は
ないわけでそ。

精度云々は本当に山のように議論のネタがあるからひとまず置くとして、
>>140の後半はちょっとずれてるんじゃないか？哲学論議をやってるんじゃ
ないんだが。

アレイはハイスループット解析の道具な訳で、「何の為？」という疑問に
明確に答えられますよ。それで満足するかどうかは別問題だが。ただ、これは
「答えが得られないから満足しない」状況ではないということは明確に
指摘しておきたい。悪いがそこを混同しているように思えてならない。
君が答えを出したつもりで、相手が満足しない状況に苛立っているのは
分かるが、その相手だって「なぜその答えが自分の問いの答えになってないか」
を説明しようと努力している訳で、それに対して「本気で理解する気がない」
は失礼に過ぎると思わないか？

あと>>105は俺じゃないな。文章の書き方ではっきり分かると思うけど。
最初が荒らし敵に始まった議論とはいえ、105以降125あたりまでの議論は
見るべきものもあったと思うけどね。

批判は必ず建設的意見を伴わなければいけないと言うものでもない。
これも明確にしておきたいが。

・・・精度を上げたらどうこうという問題にも思えないがね・・・

三連続で書いてもう申し訳ない気持ちで一杯だが、きみに反論しているのは
一人じゃないよ。
ちゃんと主張しなかったので混乱させているのだとは思うが、>>125は俺じゃない
（俺はE-cellも「工学系のシミュレーションやMD」と同じだと思っているし、
正確性が低いなら上げるべきだと思っている。E-cellの場合、開発者もそう言って
いる。十分できているとは思わんけど）ので、きみの方も頑なにならず、冷静に
考えて欲しい。

三連続で書くという非常識に対する非難は甘んじて受けます。マジでｽﾏｿ。

>>141
すまない。141を読まずに送信しちゃった。

まあそこには持論があるんだが、またあとでゆっくり議論しよう。
個人的にはアプローチ自体がおかしいと思っていて、精度云々の
問題ではないと感じている。

端的に言えば、個別のシミュ：例えば代謝系なら代謝系だけ：で
やらなきゃ意味がないと思っている。Cellははっきり言って精度的には
根本的に無理だろうというのが俺の考えかな。だから否定が前提に
あることは否定しないが、だからといってシミュレーションを否定している
訳ではないよ。

>>144
いや、君に反論してるのも俺だけじゃないし・・・
まあそんなことはどうでもいいけどな。
頑なになってる訳じゃないけど、そもそもの思想がおかしいという
疑問が拭えないものでね。

と書いているうちにレスが。三連続じゃなくなってたよ。
ああ、申し訳ない。

140, 142, 143あたりはお互い興奮してしまったということで、他の人にも許して
もらおう。

> 個別のシミュ：例えば代謝系なら代謝系だけ：で
> やらなきゃ意味がないと思っている。

いや、これは理解できる。というか、この意見が最初に出ていたら、絶対にきみと
やりあうことにはならなかったと思う。
俺はE-cellについて「否定」というほどではないにせよ、「まあ、そういう冒険的な
ことをやる人がいてもいいかもね」くらいのもんでしかないので。

まあ、ほんとに興奮して悪かった。

>>147
こちらこそ悪かった。まあ俺の意見はとりあえず書いたから繰り返さないけど
何というか too ambitiousなところが、批判を呼ぶ「批判ホイホイ」になってる
気がしてならないね。俺もそこに引っかかってる一人だけどさ（笑

君たちは本当に生物を理解して議論しているの？
生物学者は生体を問題にしているのであって生物から外れた情報屋の戯言を聞きたい訳じゃない
バイオロジーと名前が付くのだから生物が全ての議論の根底にあってそこから逸脱してしまっては単なる情報学者の戯言としか聞こえない

色々議論しているが私の質問に誰も答えていない

>125
それじゃあ学問的価値は皆無に等しい
ありもしない細胞を机上で作り上げても空論になってしまうだけ
生物学は実際の生体内で起こっていることを議論していくもの
空論からは何も生まれない
そんなんじゃ生物学を記述するためのツールにもならない
いくらなんでも空論を議論するためにE-Cellは作られていないだろ

話を逸らさないで私の最初の質問
E-Cellモデルが本当に正確かどうか （生物を記述出来るかどうか）確かめるにはどうやっているの？
に答えてくれ

ひとつ書き忘れたけど
マイクロアレイはれっきとした生物実験でmRNA量を論じている
E-Cell見たいな遊び道具じゃない

こっちは完全に「素人」か。
たしかに「批判ホイホイ」だな。そこまでの二人の議論を理解しているか？

まず、シミュレーションの意義は理解した上で議論しようとしているのかを
教えてくれ。
話はそれからだ。シミュレーションを知らないのに批判しているのなら、
議論のしようがない。

久々の書きこみっす．
>140
私は煽りにのったおバカさんだったのですね．すんませーん(i-i)

システムちゅうのは入力があると応答して何らかの出力を出すもの←あくまで私の理解．
だからハッキリ言ってシステムの中身なんてどうでも良い←すげー極論．
今のところ完全な事実なんて誰も知らないんだから，
既知の事実さえちゃんと説明できるのであれば，それを事実と考えてしまえっ！
ちゅう考え方がシステムバイオロジーの根底にあるのでは無いかしら．
当然，生化学実験によって今までのモデルでは説明できない事実が分かったら，
モデルを変えて行く必要がある．
だからこそシミュレーションの使われ方は123さんの言うように
>「実験 vs E-cell」じゃなくて、「実験→シミュレーション→実験→シミュレーション」
>って感じ。
となる．
シミュレーションを使ってもいいやん．ちゅう人はその辺を
そーゆーもんだと割り切っているんじゃ無いでしょうか．

すみません，連続書き込みです．
ちょっとまた誤解を生んじゃうかも知れないので釈明を．．．

酵素反応とかの議論をするときにミカエリスメンテンとかの微分方程式が出てくるじゃないですか？
だけど実際の酵素反応は微分方程式なんか意識して動いているわけじゃなく，
各々の酵素が各々の基質に適当に反応しているわけで．
その反応を全体として外から見ると微分方程式の法則に従っているように見える．
だったらそれでいいやん．ってなことを言いたかったのです．

>>153
その理解で大筋いいと思うのだけど、E-CELLは大雑把すぎてモデリングの
用をなさない。ここが問題。あとフィードバックのないモデリングは
はっきり言って無意味。シミュレーション→実験の、この矢印ね。

現状のシミュレーションってのは実験→シミュレーションの一方通行
に終わってる物が非常に多いと感じる。E-CELLはその代表格だな。
実にいただけない。

いい取り組みも多いのだけど。

>154
また煽っちゃうようですが．．．
つまりやっぱりE-Cellの使い方の問題で，方法論としては別に良いと思うのですわ．
ここで言うE-Cellってシミュレータですよね？
E-Cellで事実を探ろうというプロジェクト全体をE-Cellと呼ぶなら話は別ですが．
E-Cellがおおさっぱ過ぎてモデリングの用を成さないのはモデルを作る人の問題であって，
それをE-Cellというシミュレータのせいにするのは納得できないのです．
論文がかけないのは鉛筆のせいだ．と言ってるみたいで．．．

104は日本語勉強しろ。

>>155
意味不明。

シューティングゲームで飛行機のパイロットを訓練することは出来ませんよ。

というか悪いけど104さんが中身を分かって喋ってらっしゃるとは思えないな。
具体的にどうやったら役に立つのか教えて貰えませんか？

やれやれ、批判派の素人が来たと思ったら、今度は擁護派も素人丸出しだよ。
もうちょっと分かってから語って欲しいと思うのは漏れだけか？
あんたも上の二人の議論を理解してるか？>>104

>156, 157
日本語変ですか，すみません．
私は，E-Cellは微分方程式ソルバ＋GUIみたいなものと理解しています．
それは単なるツールであって，使い方次第だと思うのです．
E-Cellで作ったモデルが大雑把であって使えないと言うのであれば，
もっと詳細なモデルを記述すれば良いだけの話だと思うのです．
154さんの言われるように，この手の研究の中にも良いものがあるのであれば，
モデリングしてどーこーちゅうアプローチが間違っているわけでは無いという
証になると思います．
E-Cellを使った研究にろくなものが無いのはE-Cellを使っている人が悪いのであって，
E-Cellというシミュレータが悪いわけではない．

なんでこんな事を言うのかと言うと，私も似たようなものを昔作ったことがありまして，
GUIとかって結構作るの面倒なんですわ．しかも作っても業績になりにくい．
そんなモンを批判するのは，自分の業績を犠牲にしてまで作ってくれた研究者に
失礼だなと思ったりするのです．自分も似たようなものを作らされた経験のある者として．
ただそれだけです，すみません．

>>159
そうは思えない。溶液系でない物を溶液系で記述しようとしている
時点で既におかしい。使い方が悪いと言うより使えないというのが
正直なところ。正直シミュレータが悪いと思う。というよりシミュレート
できないものをやってるんでおかしくなって当然だけど。

作った人は苦労したかも知れないが、それはそれだ。みんな苦労してる。
批判というのはまた別の物だよ。

>160
なるほど．
ちゅうことは以前にも書きましたけど，
FellとかKholodenkoとか，nature biotechに以前載ってたSchoeberlとかの
研究も含めて批判の対象ちゅうことなんでしょうか．
E-Cellを批判するのは分かりやすい代表としてであって，
他のシステムバイオロジーの研究も含めて批判するなら理解できます．
いや，作った人がかわいそうという気持ちは変わりませんけどね（笑）

だから生物学的実験が可能な系でE-cellを使って実験で実証して
精度をあげる、という既存の改良開発（テクノロジーであって
科学ではない)は絶対必要だけども、それにものすごくたくさん
税金をかけてやる必要もない。
たとえばMDをやるための力場の改良なんていう地道で重要な仕事は
できる人がこっそりやってるわけ。

そんなことよりも、実験で実証できないような「ありえない細砲」
をシミュレーションすることのほうが科学としてはよっぽど重要な
わけですよ。

俺としては「もし21番目のアミノ酸があったら生物はどうなるか」
とか「アミノ酸18種類くらいでなんとかならないか」とかそういう
シミュレーションをやってほしい。そのための第一歩だろうと理解
しているよ。

>162
度々すんません．
私は工学屋さんなんで，「ありえない細胞」のシミュレーションが重要だ
との意見には両手を挙げて賛成とは言い難いモノがありますが，
E-Cellに金を注ぎ込みすぎだという批判はそうかもしれませんねぇ．
だた金を注いだのは役人であって，E-Cellを作ってる人たちでは無いわけで．．．

その役人はなんでそんなとこに予算を不要なまでに？

一つはっきりしていることがある。

e-cellの明確な価値を語れる者はこにはいない。

では、他の場所にはいるだろうか？
私はいないと思う。T氏含め、何人かの当事者に尋ねたが、満足の行く回答を得られなかったからだ。
しかし、だからといって価値がないと言いきってしまうのは躊躇われる。
彼等が力不足なのは明らかで、手法は最善からはほど遠いが、別のｱﾌﾟﾛｰﾁは有り得ると考えてるからだ。
ｱﾌﾟﾛｰﾁが異なってはe-cellでないというなら、e-cellはｵﾓﾁｬやｵﾅﾆｰﾏｼﾝ以外の何物でもない｡
が、そこまで狭めて攻撃する必要はあるんだろうか？

生あたたかく見守りましょうや

>>162

遺伝研のK君とかはとても有能な人間なので良い力場の研究とかを
やるんだろうなぁ

だれ？

>>165
微妙なところなのは確かだね。
何度も書かれてるけど、シミュレーションとして未熟なことは間違いない。しかし
挑戦者としての価値まで否定するべきかどうか、だね。

ただ、科学よりテクノロジーに金がかけられるのはむしろ当たり前のことなので
（バイオに金が落ちている（たとえば素粒子論よりも）こと自体そういう理由が
あるわけだし）、それについては役人の判断が間違っているのかどうかさえ
定かではないし、ましてや金を落とす決定権を持っているわけでもないE-cellチーム
を責めるのは狭量すぎると思う。

実際、「日本国内で日本人のやった“サイエンス”」が判断基準なら、素粒子論は
むちゃくちゃ強いよな。完全に余談だが。
ま、サイエンスとテクノロジーのバランスをどこにとるか、というのは重すぎる
議論ではある。俺には到底語れない。

役人は「形になるもの」に予算をつけたがる。
それが、今まで大きな批判の対象であったにもかかわらず､だ。
それはなぜか？　彼らの実績は、そういう形でしか評価されないから。
逆に、彼らが実績をあげるために予算をつけるような仕組み自体に
問題があるのだが、この分野から有能な政治家が出ない限り、
自体は改善しそうに無い。

こんな議論をする理由は、私はE-cellはまだあそばせておくべきで、
巨額の資金を投入すべきとは考えていないから。
異論、反論、求む.

>>170
いや、>>169みたいに書いたけど、金を落とすことが正しい、とも思ってないよ。
>>170の意見もわかるし、サイエンスよりテクノロジー、という方向もわかる。
そもそもバイオに（今みたいな勢いで）金を投下すること自体も判断に困っている
くらいで。まあ、それで俺（基礎寄りの生物屋だけど）も潤ってるんだから
文句はいえないけどね。
ただまあ、金を貰ったほうを責めてやるな、とは思うけどさ。

>>165
それは哲学論議だな。そういうことを言うなら誰の研究であっても
明確な価値とやらを語れる人間は居なくなる。語ることのできる価値の分
だけが、その時点における本当の価値であるというのが科学者としての
良識であると思うのだが、どうだろう？
未来のことは見通せないにしても。

>>104 (=163)
おれはありえない生物のシミュレーションというのは生物学の
学問としての必然、科学としての当然の欲求だと思うよ。
これまで、分子生物学の登場までは生物学は観察の学問で
たとえばAという生物とBという生物を比較したり、
健康な状態の細胞と病気の状態の細胞を比較することから
類推して推論してきて、そこから理論を発展してきた。
だがこのような方法では、そのパラダイムの枠組みに迫る
本質的な謎には答えられない。たとえばすべての生命は４種類の
塩基と２０種類のアミノ酸からなっているので、それらが
「なぜそれらが必要十分なのか？」に答えられない。いま、この生命の根源的な謎に答えるためのプロジェクトの有力な
一つは「宇宙生物学」だ、とO先生がいっています。もう一つの道
筋は思考実験でしょう。
俺は個人的には、「本質的な謎に迫る」ことが科学であって
工学的な人には科学とは何かは永遠にわからなくてもしょうがない
って思うんですね。もちろん文系役人には絶対わからない。

上
いいたいことはわかったが、例を間違ってるよ。

ｲｰｾﾙ批判を哲学と捕えた人
感覚ニズレガアルヨウデス。

>>174
誰のことを言ってるんだ？
抽象化した議論に、それはもう哲学の範囲だと釘を刺してる人はいるが
イーセル批判を哲学ととらえてる人なんていないじゃん。
折角面白い議論が展開されてるのに日本語読めてないﾊﾞｶがくだらん水を差すなよ。

ｵﾚﾓﾀﾞｶﾞﾅ。失敬。

>>162
> そんなことよりも、実験で実証できないような「ありえない細砲」
> をシミュレーションすることのほうが科学としてはよっぽど重要な
> わけですよ。

それが何の理解につながるかをよーく考えないといけないよね。
例えば素粒子間の相互作用の一つが現実よりも強い宇宙なんてのを
考えることは確かに興味深いが、そういったシミュレーションは結局
自分たちのいるNatureを理解するのに貢献するから重要なのであって、
そこを踏み外したらただのオモチャだ。

現状E-Cellについては漏れはもう少し静観だが、オモチャになりそうな気が
してならないな。

>>176

なんの理解につながるかというとそれはやはり
細胞のなりたちにたいする理解につながるでしょう（え。
そういう「ありえない」細胞のシミュレーションをして
はじめて再認識することもあるとおもうんで、だから、それなら
せいぜいおもしろく「おもちゃ」として使えればいいんだと
思う。研究者、学習者がおもちゃとして楽しく使えるツール
というのは、ある意味大切だし。

システムスバイオロジーというのは、結局のところ
系全体のふるまいをどのように捉えてどのように記述すれば
直感的に理解できるか、という研究者の理解しやすさの問題も
あるとおもうから。E-cellはともかく細胞シミュレータの意義とい
うのはそこらへんにあるんじゃないかな、と。
そういうものの見方をしてみたい、と思ってる人たちに対して、
「個々の反応の精度が・・・」とか「均一でない系を溶液で・・」
とか言っても、議論はかみあわないだろうな、という気もしますよ。

ｵﾓﾁｬやｹﾞｰﾑならそれに徹したらいいんだが、
糞ｹﾞｰじゃ暇潰しにもならんじゃろ。
穀潰しにはなるがな。

単に能力不足で「生物学者」の頭で理解できないだけでは？ｗ

あんたの足りない頭ではあおることしか出来んのか？

ようするに、E-cellは

「つまらん！おまえの話はツマラン！」

ってことだろ？ｗ

>>177
さあねぇ。精度を無視したところでやる仕事は所詮オモチャにしか
ならないですが、どうも生物ってのはobscureなところが多いせいか
そういう部分を曖昧なまま放置しても仕事になると思ってる節があって。
そのあたりが批判を呼ぶ部分かもなあ。

例えば宇宙シミュレーターを書くのに個々の反応の精度は問題ではない
などと言えばナンセンス以外の何物でもなくなる。精度を上げていった
ところではじめて意味のある結果が出てくる訳ですよ。ところが生物だと
貴方のように仰るひとがいて、生物学者からの個々の素反応や精度に対する
批判を「噛み合わない」と切って捨てるのは何故なんでしょう。挙げ句の
果てに>>179みたいな馬鹿も出るし。

シミュレーターが完成すると失業するとでも生物学者さんは思ってるのかな

よほど相手して欲しい人がいるみたいね。学生さんだろうか。
もうちょっと勉強しないと煽りにすらなってないのだが。

頭の悪さを露呈するのは個人の自由だから何とも言えないがね。

むしろ今の状態で生物学者から評価される方が奇妙だ。>E-CELL
批判の嵐は逆に健全と思える。その批判に対してどう答えられるかが
課題なのでは無かろうか。

>>177
何か言ってることに矛盾を感じるのだけど。

モデリングとして、細胞の振る舞いを、ある文脈で記述する為に
シミュレータを動かしたいって言うのなら、個々の反応の精度を
上げる必要は必ずしもないと思いますよ。むしろインプットに対して
どれだけ「まとも」にアウトプットを返せるかの方が重要。

でも君が言うように21番目のアミノ酸を入れるとか、そういうあり
得ない系のシミュレータを作りたいなら個々の反応の精度は思いっきり
重要でしょう。というかそこに揺らぎがあるとアウトプットが
信用できなくなる。でしょ？

そのあたり区別して考えてらっしゃるのか少し気になって。

もう一度いおう。

e-cell側に立ってまともな議論のできるﾔﾂはここには一人もいない｡
どうしても議論したいなら､ﾃﾞｨﾍﾞｰﾄ形式でﾛｰﾙﾌﾟﾚｲするしかない｡
というわけで､ｷﾚﾙ叩かれ役募集w

E-cell批判側も結構なもんだよ。いつものことだけど。
だからこの話題は鬼門なんだって。

e-cell弁護はやだ。現状だと批判の方が正論だもん。
弁護できるのは「情熱」のある当事者だけじゃない？

> でも君が言うように21番目のアミノ酸を入れるとか、そういうあり
得ない系のシミュレータを作りたいなら個々の反応の精度は思いっきり
重要でしょう。

すくなくとも21番目のアミノ酸を入れられるようになったら
それを20個のアミノ酸でうごかしている系と比較する際には
個々の反応の精度は思いっきり重要になってくるから、
精度を無視していい、とは思わないです、もちろん。

でもそれ以前に、どうやって21番目のアミノ酸を入れられるように
するか、のシミュレーターとしてのアーキテクトを作ることのほうが
よっぽど大きなブレークスルーだと考えてますよ。

アミノ酸のたとえは適切ではないかもしれませんが、ともかく
シミュレーターの使命は実験生物学者が考えもしなかった
あるいは実施不可能で投げ出してしまうような細胞の実験を
可能にすることなのですから。

このコンテクストでいうと実験生物学者からは評価されないという
のは別にあたりまえでしょう。実験生物学ができることの範囲が、
学問としていかに幅が狭いことか？

>>190
若いというかすごい誤解を感じるなぁ。
とにかく他の分野を軽々に軽んじる前に勉強してみたらどうかな。

それはどちらの立場からの意見ですか？実験生物学者の立場か
らの意見なんだとしたら、上のコンテクストに反論するためには
「生物の遺伝コードを含めて２１番目のアミノ酸を含んだ
生命系をつくる（本質的な意味で）」を実験生物学で実施する
ほうがシミュレータよりも簡単だし本質的なことがわかる、という
アウトラインを示して欲しいものです。

あ、ちなみにサプレッサーtRNA用いて２１番目のアミノ酸を取り込ませた、
とかSeMetは21番目のアミノ酸だ、とかいうヲチはなしですよ。
サプレッサーの系は、それでもScienceに論文でましたよね。
俺的にはあのあたりが実験でできるシステムバイオロジーの限界という
気がしますよ。
他人に勉強しろと２ｃｈで言われた場合は、若手ではなさそうな
人に対しては、苦言で返すことにしてます。
自分の想像外のことを単に批判しかできなくなったら、老化の兆候。若手に道を譲る時期ですよ。

>>190
> アミノ酸のたとえは適切ではないかもしれませんが、ともかく
> シミュレーターの使命は実験生物学者が考えもしなかった
> あるいは実施不可能で投げ出してしまうような細胞の実験を
> 可能にすることなのですから。

適切でないね。現状でもシミュレータは生物学に無くてはならない
ツールだ。例えばNMRやX-rayの素データから手作業で構造が決まると
思うか？シミュレータで構造を解く、残基の機能が類推できる、変異を
入れてみる、phenotypeを見る・・・こうやって分かっていくことは
非常に多い。夢物語のようなツールを夢想して他人を馬鹿にするのは
勝手だが、地に足をつけて地道に真理を追究している人間も多くいる
ことくらい知っておいた方がよいと思うがね。

> このコンテクストでいうと実験生物学者からは評価されないという
> のは別にあたりまえでしょう。実験生物学ができることの範囲が、
> 学問としていかに幅が狭いことか？

ナンセンス。評価されるべきツールは実験生物学者からも評価されて
当たり前。自分が考えてることを他人がその能力のなさから理解できない
なんて思い上がりもいいところだな。実験生物学者ができなかった実験が
もし組めるのなら、それは高い評価を受けてしかるべきじゃないか？

硬直した考え方の方のようですね。
あなたのしてきた科学で、いままでなにかブレークスルーがありました？

>>192
少しは聞く耳を持ってそうなので苦言。
まず他人を馬鹿にするのはやめなさい。実験生物学が幅が狭いと言ってみて
どういう事を期待しているのか。問題設定が違うのだからアプローチが
違って当然でしょう。それくらいは勉強しなさいということ。

それと21番目の云々は無意味な議論だね。それで何を知りたいの？
科学者の最低限備えるべき資質は、適切な問題設定であると思ってます。
質問だけど21番目のアミノ酸とやらを導入して何を問いたいのですか？
「本質的なこと」などという実体のない答えは勘弁してくださいね。
ずいぶん自信ありげだから↑は答えて貰えると思うけど。

最後の文章は脊椎反射だと思われるので許してあげます。

>>194
煽るしかできないのか？

E-cellを踏み絵として使うのはどうでしょうか？
あまり才能のなさそうな、税金無駄使いの基礎研究者は
どうもE-cellには紋切り型の批判しかできないようです。
それでも、たんに一部の研究グループをやっかんでる
厨房による厨房のための E-cell批判よりは少しマシ
なところもあるようですけれども。

でも少なくとも、193さんは、E-cellについてわかる必要のない人だとは思いますよ。実験生物学に一生を捧げてください。

結局162はただの煽り厨か・・・

>>187
ｷﾚﾙ叩かれ役が出てきましたｗ

162からはトンデモの臭いを感じるなぁ。
トンデモ学者の共通項は、
自分が他人よりも優れている、
他人はｱﾎすぎて自分の高度な議論を理解できない、
論理性に欠ける、
あたりだろうが、全部該当してないか？

>>193
したり顔で説教する前に、ちゃんと考えて答えてくれればいいのに。
シミュレータはあくまでもシミュレータ。
エラーも出れば破綻もするけど、どこでどう誤差が出るか、どこでどう
破綻するかわかってれば、使える。
ちょうど実験生物学者が役にも立たないモデル生物の研究に
時間と労力を割くのと一緒です。
だから、E-cellを擁護するときのロジックは、いままで実験生物学者
が酵母のゲノムプロジェクトや大腸菌のゲノムプロジェクトを
擁護してきたロジックがほとんどつかえちゃうわけ。

でも、それでも実験生物学者は、それらモデル生物の研究から
なんらかの本質的な発見をしてきた。それはその系に精通していたから。
それとその系から何かを発見して普遍化しようという知恵があったから。

自分で理解できない→トンデモ　（ぷ
短絡的？

>>162
いい加減止めといたほうがいい。破綻してるのはお前さんの方だよ。

システムバイオロジーのシミュレータによる研究は
コンピュータにたとえれば「OSはどうする？」とか
「データモデルはどうする？」とか「ファイルシステムは
どうする？」とかいっているレベルなんです。

そういうときに、「○○のソフトの▲▲の機能の使い勝手が悪い」
とかいういいかたでしか批判できない人は、やっぱり議論の道筋が
読めない人(自分のことしか見えていない自己中心的な人)だと
いう気がしますね。
いえ、あくまで一般論ですけど。
ときどきlinux板にも勘違い厨がまぎれこんできて、よく叩かれて
ますね

>>201
モデル生物が役にも立たない？冗談じゃない。
とんでもなく役に立つからやってるのに。

＞１６２
とにかく煽ってるのはお前さんだと言うことに気づけ。
自分が賢いと思いこんでる臭いがぷんぷんするが、
そんなに煽り合いがやりたいのならN速へでも行ってくれ。

私は放置かい？

>>204
> そういうときに、「○○のソフトの▲▲の機能の使い勝手が悪い」
> とかいういいかたでしか批判できない人は、やっぱり議論の道筋が
> 読めない人(自分のことしか見えていない自己中心的な人)だと
> いう気がしますね。

一体今までこのスレで何を見てきたのやら。E-Cell批判はほぼ全てそのシステム面、
思想面だろうが。

チャット状態っていうか自作自演？

延々待ってます(w

何でもいいけど伸びる割に答えが返ってこない。
煽り屋さんが多すぎるのだろうか。

そんなことをしてる間に仕事したらいいのに

>>211
私日本じゃなくて某国にいるんで今は夜なんですよ。
もうすぐ寝る時間なのですが、老化とか言われた割には
答えが返ってこないのでどうしたものかと思ってます。

ポスドクか何かの人でしょうか？
このスレに限らずバイオインフォマティクス関連だとそのものの是非の話ばかりになってしまうのは何でだろうか・・・

>>213
イメージで語る人が多いからなのかなぁ。
誰とは言わないけど、自分の知らないことを軽々に馬鹿にする人は
見たとおり多いですから。どちらとは言わずそういう人が話の流れを
壊してしまうことが多いですよね。100位以降のここ数日の議論は
興味深く見てたし、ちょっとだけ参加もさせて貰ったのですが、
変な人が入ってくると荒れるのはあっという間ですね。

>>209
名無しで書いたら自演かい？
自分で自分にレス付けた覚えはないよ。

答えは返ってきそうにないなぁ。

まあいいけど。

正直に言えば162の言ってる方向性というのは分かるんですよね。というより、私自身
そういうことも考えるし。彼の例で言えばアミノ酸20、塩基4種類でどうやって生物が
動いてるかは分かるけど、なぜこの数字なのか、他の数字はたまたま選ばれなかったのか、
それとも熱力学的な理由があってこの数字というかこれらの化合物に落ち着いたのかは
分からない。それはずっと将来に、それをこなせるシミュレータが出来ればある程度の
答えらしきものは出せるかもしれないし、それはとても興味深いのだけど。
21番目云々については彼からそういった類の答えが返ってくることをある程度期待してた
のだけどなぁ。で、もちろん実験生物学的な議論の用意もあるんですけど。
まあ一つだけ。system or computational biologyとexperimental biologyは対立する
物ではないし、優劣を付けるような性質の物でもなく、補完しあう類の物だと思うけどね。
何で彼が実験生物学を対立項として選んで幅が狭いなどと馬鹿にしてるのか、よく分かり
ません。

でも現状でその試みはやはり無謀ですよ。生物学者はリバースエンジニアリングをやって
る訳で、例えば自動車を例に取れば、叩いて壊してこれがエンジンかな、これはドライブ
シャフトとして動くらしい、と、そういうことをやっている。その状況で、例えば
材料ににチタンを使ったらどうなるとか、そういう思考実験はまだまだ難しいと思う。
熱力学的なパラメータが揃ってないですから。もうちょっと小さなスケールでのそれは
promisingだと思ってますが。

もっとも私がこのスレに来る（主にROMだが）理由は、そうは思ってない人の意見と
アイデアを聞きたいからなのだけどね。

いやあ、燃料放り込んだら、久々なせいか良く燃えたねえ。
e-cellの目指す（べき）方向性は間違ってないと思うんだ。
ただ、まるではじめての発想であるかのように錯覚してること、
本質的な不味さに気付いてない点には問題がある。
「四種の塩基と二十種のアミノ酸」なんて、生物をなに一つ学んだことがないとしか思えない発言だし、
実験不可能云々の下りにいたっては実例をひとつでも上げられるのかと問いたい。
実例が無理なら具体性のある可能性でもいい。

今のe-cellではﾄﾞｺをどういじっても糞ｹﾞｰ以上にはなり得ない｡

>>217
燃えましたな。途中から逃げ出しちゃったけど。

多分学生さんだろうね。先生から言われたことを信じ込んで
盲目的に書いてる空気がぷんぷんする。挙げ句の果てにあんまり叩かれる
もんだから自演か？なんてｗ

そりゃ叩かれる罠。生物学のこと何一つ知らないんだもん。
せっかくまともな人が現れて相手してくれてるのに逃げ出しちゃったら
しょうがない。ﾊﾞｶ丸出し。

まあそういいなさんな。
いい加減、大人と子供の喧嘩にも飽きてきたので、ﾃﾞｨﾍﾞｰﾄ式に可能性を詰めたいんだが、どうよ？
まあ、明らかにｲｰｾﾙ側不利だからなんかﾊﾝﾃﾞつけてさ。
ﾃﾞｨﾍﾞｰﾄ式だから切れたり人格攻撃は禁止と言うことで。

粘着きしょいｗ
１９５おまえのことだよ。

２１７もなんかおもしろがって途中参加して「攻め側」にまわって
るつもりかもしれないけどバカ丸出しだよ
「4種の塩基」「20種のアミノ酸」に内容もよく読まずに飛びついた口だね。

tRNAの修飾塩基とかRNAではT→UとかDNAではメチル化されてエピジェネティクス
とか、そういう問題で話をすりかえないでね〜
20種類のアミノ酸？21種類目はなんでちゅか〜
ノルロイシンですか、セレノメチオニンですか、ヒドロキシプロリンですか？

おい、みんなさ、もうちょっとまじめに考えて２１７がどうしようもない
厨房だっつうことに気付けよｗ
２１８は２１７のジサクジエン臭い

いいでしょう。その提案にのりましょう。
E-cell側からというより細胞シミュレータ側からディベートしますよ。
というか俺の問題提起はすでに明確だけどね
それがよみとれないで、各論の揚げ足反論しかでてこなかって
「煽り」とか「逃げたとかいってた奴らに
俺ははっきりいって失望を感じているよ。
俺が厨なら俺に失望されている勘違いは厨以下だ。いい加減きづけこらｗ

「実験科学は実験が限られた予算と限られた期間という
現実的な制約にとらわれすぎるから、とうぜんその可能
性も限られている。細胞シミュレーターの有する概念的な
可能性にかなわない」　が俺の主張１

「実験生物学をやっていると、その現実的な制約が
実験者をインプリントして、実験者の思考自体が自由な科学的
思考にならなくて、結局こまかいダメ出ししかできない技術者的
研究しかできないから、そんなんで基礎科学の発展はのぞめない」
これが俺の主張２　ね。

いかがっすか。

>>220
21番目を答えるのはお前の役目なんだがな・・・
みんな興味津々で待ってると思うんだがｗ

悪いけど、195も217もまとも。おかしいのは162だけ。
ﾊｲ、ｼﾞｻｸｼﾞｴﾝﾃﾞｽｶ。ﾖｶｯﾀﾅ　(爆

だがまあ21番目のアミノ酸と遺伝コードの導入に関しては
俺はシュルツの先駆的な研究は評価してるよ。ひょっとしたら
ノーベル賞とるかもね、と大胆に予言してしまおう。
でもって、このシュルツって人、生粋の生物屋じゃなくてchemical biology
の人だっていうのがおもしろいよね。

Mehl RA, Anderson JC, Santoro SW, Wang L, Martin AB, King DS, Horn DM, Schultz PG. Related Articles, Links
Generation of a bacterium with a 21 amino acid genetic code.
J Am Chem Soc. 2003 Jan 29;125(4):935-9.
PMID: 12537491

2: Wang L, Zhang Z, Brock A, Schultz PG. Related Articles, Links
Addition of the keto functional group to the genetic code of Escherichia coli.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jan 7;100(1):56-61. Epub 2002 Dec 23.
PMID: 12518054

3: Wang L, Brock A, Herberich B, Schultz PG. Related Articles, Links
Expanding the genetic code of Escherichia coli.
Science. 2001 Apr 20;292(5516):498-500.
PMID: 11313494

4: Wang L, Schultz PG. Related Articles, Links
Expanding the genetic code.
Chem Commun (Camb). 2002 Jan 7;(1):1-11. Review.
PMID: 12120285

だがまあ21番目のアミノ酸と遺伝コードの導入に関しては
俺はシュルツの先駆的な研究は評価してるよ。ひょっとしたら
ノーベル賞とるかもね、と大胆に予言してしまおう。
でもって、このシュルツって人、生粋の生物屋じゃなくてchemical biology
の人だっていうのがおもしろいよね。

Mehl RA, Anderson JC, Santoro SW, Wang L, Martin AB, King DS, Horn DM, Schultz PG. Related Articles, Links
Generation of a bacterium with a 21 amino acid genetic code.
J Am Chem Soc. 2003 Jan 29;125(4):935-9.
PMID: 12537491

2: Wang L, Zhang Z, Brock A, Schultz PG. Related Articles, Links
Addition of the keto functional group to the genetic code of Escherichia coli.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jan 7;100(1):56-61. Epub 2002 Dec 23.
PMID: 12518054

3: Wang L, Brock A, Herberich B, Schultz PG. Related Articles, Links
Expanding the genetic code of Escherichia coli.
Science. 2001 Apr 20;292(5516):498-500.
PMID: 11313494

4: Wang L, Schultz PG. Related Articles, Links
Expanding the genetic code.
Chem Commun (Camb). 2002 Jan 7;(1):1-11. Review.
PMID: 12120285

以後放置で行きませんか？
もはや何を言っても無駄としか思えない。

>俺はシュルツの先駆的な研究は評価してるよ。ひょっとしたら
>ノーベル賞とるかもね、と大胆に予言してしまおう。

爆笑
このスレも馬鹿が来てすっかりダメになったな

>>225
了解。

162さん、>>221の主張１，２（下記）は、>>217に答えられるのかな？

>>217
>実験不可能云々の下りにいたっては実例をひとつでも上げられるのかと問いたい。
>実例が無理なら具体性のある可能性でもいい。

これに答えられたら、次の議論をしよう。

（参考　>>221）
「実験科学は実験が限られた予算と限られた期間という
現実的な制約にとらわれすぎるから、とうぜんその可能
性も限られている。細胞シミュレーターの有する概念的な
可能性にかなわない」　が俺の主張１

「実験生物学をやっていると、その現実的な制約が
実験者をインプリントして、実験者の思考自体が自由な科学的
思考にならなくて、結局こまかいダメ出ししかできない技術者的
研究しかできないから、そんなんで基礎科学の発展はのぞめない」
これが俺の主張２　ね。

計算機科学は予算も期間も限られてないのか・・・そりゃ凄いｗ

http://jbbs.shitaraba.com/study/3313/

そろそろ釣りでしたとか言い始めるころじゃないか？

それはともかく、

「細胞シミュレーターは実験が限られた予算と限られた期間という
現実的な制約にとらわれすぎるから、とうぜんその可能
性も限られている。実験自然科学一般の有する概念的な
可能性にかなわない」

「細胞シミュレーターをやっていると、計算機の能力や
言語仕様などの現実的な制約が実験者をインプリントして、
実験者の思考自体が自由な科学的思考にならなくて、結局こまかい
ダメ出ししかできない技術者的研究しかできないから、そんなんで
基礎科学の発展はのぞめない」

↑違和感あるかなｗ

まだやってたのか。

E-cellを糞ゲーレベル、とかいってるやつらは私怨の臭いがぷんぷんしてうんざりだったんだが、肯定派にこうも弩級のバカが現れるとなあ。
むしろE-cellのイメージが悪くなるから、やめたら？

君たちは生物学を本当に理解しているのか？

ありもしない細胞をシミュレートするというのは生物学の本旨から逸れる

たとえばAGTCの勝手な配列を作り、アミノ酸に変換し、その蛋白のモチーフとか構造をシミュレートして、新しい発見をしたと大騒ぎをする。
でも、そんな蛋白は実際には存在しないから単なる机上の空論になってしまう。

それと同じ事だ
生物学は最初に生物ありきなの
それを逸脱してしまったものはもはや Biologyの領域ではない

くだらない議論をしていないで
私が最初に質問した
E-Cellモデルが本当に正確かどうか確かめるにはどうやっているの？
に答えてくれる人はいないのかな？

>>232
糞ゲーとまでは言ってないが、それに近いことは言ったかも・・・（汗
気を悪くされたら申し訳ない。

でも私怨とかそういうんじゃないんだけどね。
使えないとは思ってるが、こう使うんだ！！ってのを教えてくれるんなら
素直に拝聴するよ。聞く耳はあるつもり。

弩級のバカにちょっとﾜﾗﾀ。
扶桑山城クラスか。もうちょっと向上（下？）の余地があるな。

＞E-Cellモデルが本当に正確かどうか確かめるにはどうやっているの？

鶴岡の先端生命科学研究所でRNA・タンパクに加え細胞内の代謝物量の変動を網羅的に
同定することでモデルと実際の細胞との乖離を修正しています。
これを補正したのがE-Cell2なのです。

>236
それは何のためにやるの？
実験はモデルの正確性を求めるために行うの？
我々生物学者はそんなことをしてまでモデルの正確性を求めるのなら
初めからモデルなんぞ作らなくても
ただ生物実験を行えばいいじゃないかと考えてしまう
モデルを作成する事が時間の無駄だと考えてしまう

宇宙空間をモデルを用いてシミュレーションするように
細胞内の細やかな変化をシミュレーションするのならば
モデルを作る価値はあるかもしれないが
そのようなシミュレーション結果は生物実験では再現できなく
そのためシミュレーションそのものが正しいかどうかすらわからない

だから、E-Cellでのシミュレーションで生物実験ができない様ときはどの様にしてその結果の正当性を証明しているのか？
どの様にしているかを聞きたいのである

肯定派の弩級のバカの上に否定派の弩級の素人かよ（藁
空気くらい読んでくれよな。

>>237
あんたはシミュレーションの意味を理解してから出てきてくれ。頼むから。
肯定派のバカの相手をするのに忙しくて、否定派の素人の相手までしていられん。
あんたの回答に近いことが>>148以前の議論にある（>>141あたりか？）にあるので、
参考にしたら。

>>238
それではわからないんじゃないかと…。

たとえば“システムバイオロジー”はコンピュータとは必ずしも関係なく
昔からある普通の考え方だし、“シミュレーション”という呼び名自体は
確かにコンピュータと密接に関係しているものの、中身自体はコンピュータ
どうこうじゃなくて従来通りの科学なんだよ。
実験で得た結果をシミュレータに入れて、出た結果を実験で確かめて、
それをさらにシミュレータに入れて、新たに得られた結果をまた実験で
確かめて、という“実験のサイクル”の一部であって、何も「シミュ
レーションを実験で検証」みたいにお互い独立した存在ではない。

コンピュータこそ使わないかもしれないけど、誰だって実験をやった後は
脳内でシミュレーション（考察）をしてるでしょ。それを更なる実験で
確認したからって、「どうせ確認するんだから、実験の考察で頭を使うのは
無意味だ」と思う人はいない。そこで脳とともにコンピュータも使う、
ってだけの話。
頭だけで考察できると思うのなら使わなくてもいいし、せっかくだから
使えるものならコンピュータも使ったほうが間違いがなくていいや、と
思うのなら使えばいい。その程度のことだよ。

で、その道具としてE-CELLがどのくらい有用か、というのが今の話題。
肯定派の人も肯定派の人で“シミュレーション”を普通の“考察”とは違う、
何かとてつもないものと勘違いしているようなんだけど。

>>236-237
モデリングの意味わかってるのかな？
単なるフィッティングと勘違いしてるんだったら、終わってるね。

>>237
何のモデルも持たずに実験している人なんているのかなｗ

>>239
>で、その道具としてE-CELLがどのくらい有用か、というのが今の話題。
>肯定派の人も肯定派の人で“シミュレーション”を普通の“考察”とは違う、
>何かとてつもないものと勘違いしているようなんだけど。

いや、少なくとも否定の中には勘違いしてるのは、ほとんどいないと思うぞ。
むしろ、話の流れとしては「E-CELLの有用性はどこで示されたのか、
あるいは示せるような具体的な可能性はあるのか？」という問いに対し、肯定派が
頓珍漢な答えを出している段階だろ？

たった一つだけでいいんだ。具体例を示してくれ。

>>242
>>240-241の言ってるように、「生物学者」は勘違いしてると思う。
それ以外の人は理解した上での否定派だと思うけど。

ただ俺はE-cellを「完成された糞ゲー」ではなく「ただの未完成品」だと思っているので、
>>242ほどの要求はない。それは単にスタンスの問題で、>>242の要求が不当だとも
思わんが。
言うなれば「肯定派」ではなく「寛容派」くらい？

>>243
>ただ俺はE-cellを「完成された糞ゲー」ではなく「ただの未完成品」だと思っているので、

ココが争点だね。
未完成品だから将来の可能性を示せない、というのは一つの回答だろう。
しかし、これだけ国家予算かけといて、そんなあいまいなことでいいんだろうか。
いや、国家予算はかけてないのかな。

>>244
まあ予算を決定したのはE-cellチームじゃないし、計画を大幅に逸脱しているわけでもないし、
分野として後に続く者もいないような死んだ分野というわけでもないし、って感じで思ってるよ。
ほんとに単なる（消極的な）「寛容」でしかないけどね。これでＴ田さんが途中で投げ出して、
後に続く者もいなかったとしたら、俺も寛容派ではなくなると思うよ。当たり前だが。

e-cellのあのﾓﾃﾞﾙではﾊﾟﾗﾒｰﾀをどういじっても駄目だろうというのが私の見解｡
あのｼﾐｭﾚｰﾀは間違った思想に基づいて設計されたｿﾌﾄｳｪｱの開発･使用が大前提となってしまってるから｡

e-cellのあのﾓﾃﾞﾙではﾊﾟﾗﾒｰﾀをどういじっても駄目だろうというのが私の見解｡
あのｼﾐｭﾚｰﾀは間違った思想に基づいて設計されたｿﾌﾄｳｪｱの開発･使用が大前提となってしまってるから｡

このスレの人たちはE-cellの是非じゃなくてシミュレータそのものの是非を話してるような

>>248
このスレにはあまりいない。>>239のように「教えてください」スレには考えられないほど
親切な人もいる。

>>246
どうなんだろう。E-cellは、良くいえば新たな思想も取り込む、悪くいえば都合が
悪くなったら違う方向に逃げ出す種類のプロジェクトだと思うのだが。
今このスレで指摘されているようなことでも、実装できるとなればしらっとした顔で
（最初自分たちがそれを切り捨てていたことを無視して）入れて来かねないと
思っている。
いや、生物みたいなものを扱っている以上それが必ずしも悪いことだとは言わないが、
正直「思想」というか「仕様書」のようなものを持ってないプロジェクトだと思ってるんだが。どう？

やっぱりツールとして開発する目的が曖昧だからだとしか思えないな。
例えば蛋白の結晶構造を解くのにはシミュレータが必須だけど、だれも
その価値に疑問を挟まない。当然だよね。それは結晶を解くという明確な
価値を持った道具だもの。そしてそんなところでシミュvs実験みたいな
下らない議論を巻き起こすバカも居ないわけで。

一方でE-Cellは、俺の誤解でなければin silicoで細胞を再現するーつまり
シミュレータ作成その物が「一義的な目的」になっているでしょ？このスレ
でもいろんな人が、使い方は使う人が考えるんだ、みたいなことを言って
いるがそれは逆に「道具としての思想」、つまり「何に使う道具か」、が
最初から無いからそういう議論になるのだと思う。

それはそれでもよいかもしれない。計算機科学の発展の為にはいいチャレンジ
かもね。ただ「バイオロジー」を標榜する限りに置いて、「バイオロジー」
そのものに興味がある人との間に温度差が出来るのは至極当然ではないか？

>>248
俺の理解する限り、弩級二名を除いてE-Cellに特化した議論かと。

>>249
＞「思想」というか「仕様書」・・・
禿道。上に書いたけど、そこが批判の争点だと思う。

ｼﾐｭﾚｰﾀを否定してるﾔﾂはいないと思うが?

251は間の悪い書き込みをしてしまった

私はe-cellの問題は仕様書不在のせいじゃないと思う。
やはり思想不在だよ。その意味ではmsあるいはwindowsに通じる者があって、経済効果が見込まれるのかもしらんがw
ま、その場合市場を制した者が標準となるわけだが、標準となれる素質があるかな。

閑話休題。
e-cellの決定的問題は､反応速度論だけで解こうとする点につきる｡
これでは生体反応の5%も説明できない｡
異論、反論を待つ。

> e-cellの決定的問題は､反応速度論だけで解こうとする点につきる｡
いや、それさえ実装できるとなったら実装するんじゃないかと思ってる。
そういうところも含めて思想がない気がする。反応速度論だけで表現しよう、という
ようなコンセプトさえもがないのではないだろうか。
そういう意味で、現段階のE-cellの問題は「コンセプトの誤り」ではなく「精度上の
問題」だと思う。何しろコンセプトは後から付けるつもりなのだから。

もしそうだとすればある種賢い戦略ではあると思うし、反面どうやったって>>250のような
批判から逃れられない（批判がまるっきり事実だということだから）。

こんな書き方をしているが、俺は「寛容派」なのでそういうやり方自体は否定しない、
それどころかこんな冒険的なテーマにはある意味では有効だと思っているんだがね。
しかしまあ、否定派が出てくるのもまた当然だと思うわけだが。

>239
だから、頭の中でシミュレーションしているでしょ
わざわざコンピューターに移さなければならないの？
煩雑な作業をして時間の無駄じゃないか

でね、その使えるハズのコンピューターがホントに使えるという証明はどの様にしているの？

さらにね、シミュレーションはあくまでも既存の因子のシミュレーションであって
新しい概念を作るだけの道具にはならないだろ

だから我々生物学者は君たちのシミュレーターを積極的に使おうとはしない

>>253
うーむ。なにをどのように理解してるのかわからないが、
設計思想が違ってしまうと、モデルをインプリメントできません。
万能のプラットフォームを作っているつもりになってるけど、
仮定している条件の幅が狭すぎて、役に立たないものになってる。
あとで拡張すればいいと思っているのなら、それは無理と言い切ろう。
作り変えればいいというのなら、もっと事実がわかってからで十分ということになる。

>>254
あなたのシミュレーションに関する理解はちょっと足りないように見える。
E-cellスペシフィックな批判というのなら、もっと的を絞ってくれ。

>>254
実はシミュレーションつうかモデリングは生物学のみならず自然科学一般の
常套手段である訳で。

例えばメンデルは豆を掛け合わせて（インプット）結果を集め（アウトプット）
インプットに対するアウトプットをモデリングすることで「遺伝子」という概念
を考え出し、遺伝の法則を導き出した。時が経って実際に「遺伝子」の正体を
物質として扱えるようになると、メンデルの考えた「遺伝子」がいかなる意味を
持つかが明らかになった。メンデルの法則には多少現在の分子遺伝学の目で見れば
おかしなところはあるものの、全体としてどれだけ正確に真実を捕らえていたかは
君も知ってるとおりだ。これがモデリングの勝利でないなら何と言うべきか。

現在でも同じ事だよ。インプットに対するアウトプットの組み合わせが膨大に
なってくると、人間の処理能力よりも計算機を使った方が早くなる。例えばNMR
やX線の素データ、アレイのデータ、質量分析のスペクトラム・・・上げればきり
がない。だからそういう分野ではシミュレータ大活躍だし、それなしでは商売
あがったりだ。だが、間違えてはいけないのはメンデルのモデリングがそうで
あったように、シミュレーションの解が真実であるかどうかは証明する必要が
あるということ・・・。例えば質量分析なら同定したタンパク質が真に自分の
見ていたものであるかどうかを確かめなければならない。そういう意味でシミュ
レータも単なる道具立ての一つに過ぎない。

ここでの議論は、E-Cellが、ではそういった道具立てとして使えるか否か、あるいは
現在は無理にしてもpromisingであるかどうかという議論をしている訳だ。ちょっと
前に出現した弩級バカが見事に示してくれたように、問題を実験科学vs計算機科学
の様に捕らえているなら「お帰りはあちら」としか言い様がない。

マジレスするより「生物学者」をNGワード指定すればいいだけの気がする

議論が同じところを回ってしまう理由は、何度も丁寧に説明した事柄を
同一と思われる理解力の欠如した1,2名が何度でも蒸し返しているせいと思われる｡
そこで今後は､こうしようじゃないか｡
1 正しいﾓﾃﾞﾘﾝｸﾞとｼﾐｭﾚｰｼｮﾝは常に必要
2 e-cellの重要性(あるいは無用性)は1とは独立の事象
3 1,2の是非を問うものに摩り替えられた問題は､愚問あるいは煽りなので以後放置

なお､愚問には参照指示で対応できるよう､
1-3を端的かつ効果的に説明したﾚｽ番号か追加文章求む｡

自分でやれやｳﾞｫｹ

同じところを回っているように見せかけつつ、実は進展してる
気もする。

259がぐるぐる回してる張本人

回る〜回る〜よ　議論は回る〜
煽りにマジレス繰り返し
今日は倒れたﾊﾞｶﾓﾉ達も〜
生まれ変わって煽り出すよ〜

>>260
>>254みたいな奴に関係した部分は進んでないと思う。「教えてください」スレのpart 1から。
あいかわらず実験と計算を対立の構図で捉えて「証明」とか言っていて、>>239のレスを
真面目に読んでもいない。
正直放置するしかないのではないか。

>>255
たぶん彼らは「作りかえればいい」と思っているのではないか、と理解している。
で、俺としては>>255のような批判に対してはまったく反論もない。
特に
> 作り変えればいいというのなら、もっと事実がわかってからで十分ということになる。
の部分なんて、寛容派の俺でさえちょっと思っている。
せいぜい、先に手を出している分、作り替えるのも早い（といいなあ・・）程度の話だな。
実際、E-cellプロジェクトでほとんど唯一評価できる点は、その「先に手を出したこと」
くらいだからなあ。

生まれ変わってくれたならどれほど（ry

263
いや、254みたいな部分も進んでる｡21番目のアミノ酸とか5つめの塩基とかいうあさっての議論になってはいるが、
そんなことを考えなくても未同定作用因子は沢山ある。
一部の実験やが好んでする再構成実験はこれを調べるためのものだろう？
作業仮説の検証を実験の代わりにｼﾐｭﾚｰﾀで行えば効率良くできるだろうことは想像にかたくない。
が、そのｼﾐｭﾚｰﾀは残念ながらe-cellｸﾞﾙｰﾌﾟの手には余ると思う｡
理由は､ｿﾌﾄｳｪｱ開発に熱中する余り､あまりに不勉強だから｡

異論、反論、同意、補足求む｡

>>265
つまり慶応みたいな二流大では無理と？
学歴差別はいかんだろｗ

>>265
その目的の為には特化したシミュレータ作らなきゃいけない。

>>266
KOが問題というより、はじめにｿﾌﾄｳｪｱ開発ありきという態度に問題があると思うが。

>>267
同意。で、ご意見とE-cellとの関係は？

ｲｰｾﾙの方向性じゃないって事。ｲｰｾﾙがそうなれるとは思えない。

つまりe-cellはﾌﾟﾗﾓﾃﾞﾙかな｡ﾏﾆｱには受けるが実用的価値は皆無｡小学生の自由研究以下と｡

歯応えのある反論がほしいなあ

>>270
うーん、「糞ゲー」発言もそうだけど、そうまで言うのはちょっと私怨あるいは嫉妬くさいよ。
実際問題e-cellの実用性については容認派さえ含めてほとんど全員が似たような答えを出しているわけで、そんな表現は不要というより有害だと思うよ。

そりゃそうだ。

しかし、納得のいく説明ぷりぃず

漏れも生物屋だけど
ここまでの議論を読んでみたけど
戯言をさも難しい様に説明しているふりをしているだけで
内容はまったくつまらない
情報屋の戯言としか理解できないね
やっぱE-Cellって情報屋が生物をかじってマスターベーションするための道具だね

>>273
確かに。
インフォマティシャンに「細胞の何が知りたいのか」と問い詰めたら
十中八九は学部学生の学生実験並の動機しか得られない。
そもそも研究の心構えが間違っているのね。
だから研究成果は低質だ。

まあ、ほんとにｲｰｾﾙの将来考えてたらあんな不勉強でいられないよね
彼ら自身もおもちゃとして捉えてるからこそ、あの程度で済ませられるのでしょう

構造のレベルからやってくれたら面白そうなんだが

>>273は「生物学者」の自作自演だね。たぶん。
自分が理解できなくなったら「戯言をさも難しい様に説明しているふりをしている」かい？
むしろこれだけ平易な言葉で説明されていることを理解できない自分に疑問を持てよ。

>>274は自作自演じゃないかもしれないが、うんざりするほど既出の「意見」を得意気に振り回さない。
あんたも「シミュレーション」の意味が分からないタイプか？

このスレは本質的に「素人お断り」のはずだが。
>>273-274、下手すると>>275もかもしれないが、隔離スレか
せめて「教えてください」スレに行ってくれるとありがたい。

慶応の学生必死だな。ハハハハ

もうﾃﾞｨﾍﾞｰﾄにするのも無理なようだ。
建設的意見はありえないのか！？

結論：e-cell屋はヴァカの巣窟

>>279
一応マジレスすると、山形の人たちは2ch禁止らしい。
そもそも俺はE-cellに懐疑的な立場でね。

E-cellに特化した話ならしてもいいが（それももはや収束しているが）、
シミュレーション自体を理解してないとなると議論は不可能。
もしかしてE-cellで初めてシミュレーションという言葉を知ったのだろうか。
だとすればシミュレーションというものを誤解していても無理はないが、それに
したってちょっと勉強すれば分かることなのだが。

>>140の後半は確かに>>139に対しては不適切だったが、「生物学者」には
ピッタリだな。>>281までくると小学生の捨て台詞レベル。

>>280
そんなわけで、もういいんじゃないか？
一部の弩級以外は容認派も反対派もだいたい同じ結論に落ち着いてるようだし。

>>282
なるほど。結局あなたにはE-cellは語れないという訳けか。

つうか、どういうシミュレータならありえるんだろうか？
ここはE-CELL専用ｽﾚじゃないし、他の可能性を話してもいいんじゃないか？

>>283
語れないというか、「まだ語る気かよ」という気持ち。反対派の一員ではあるのだが、
同じ議論の繰り返しに飽きてきた。
正直>>284の提案のほうが良いように思う。「範囲を絞ったシミュレーション」等が
既に語られてはいるが、E-cellほどにはループしていないと思う。

目的意識がはっきりしてさえいれば使えるし、あるいは将来
使い物になる。それだけのことでは？

そんな抽象的なことじゃなく、具体的に話したいんだが…すまんが今日は眠いのでかんべん

具体的・・・
>>256など

今回はe-cellに粘着嫉妬するアフォのせいでスレが滅茶苦茶だ。

範囲を絞ってシミュレートしたら精度よくなるのあたりまえじゃん。
って思うけど。
目的意識ははっきりしてるよ。
「ありもしない細胞をシミュレートして、これはありもしないモデル生物で
ありもしないモデル生物の生物学をコンピュータ内だけですること」なんだ
けど。

超弩級のバカという賛辞を賜ったけど、その他の「自分はバカじゃない」って
思い込んでる人たちの書き込みのスケールが小さすぎて、悲しくなるよ。

人力で処理できないからなんらかのシミュレータが必要、なんて未だに
PCの導入を認めない、オヤジだらけの冴えない会社の上司を説得する新人サラリーマン
みたい。いまやコンピュータの性能は飛躍的に上がってるし、しかもそれは
ムーアの法則で更に向上するわけ。実験生物学はもはや頭打ちだよ。なぜなら
理由は簡単で、実験生物屋の生産性は1.5年で倍にはならないから。

E-cellは現実のどこにもない、しかしどんなアイデアでも実装できる新しい
モデル生物だ。それ以上でもそれ以下でもない。何につかえるか？モデル生物と
して、モデル生物の生物学に使える。それが他の生物学に敷衍できないからクソだ、
という考え方の持ち主も生物学には多いけど、そりゃ二流の考え方さ。
計算精度が悪いからシミュレータとして使えない、という議論もシミュレータの
本質を知らなさ過ぎるしったかぶり発言としか思えない。実験生物屋って頭悪すぎ。

＞
一部の弩級以外は容認派も反対派もだいたい同じ結論に落ち着いてるようだし。

それは俺にもわかるよ。結局科学者として才能の輝きがまったくかんじられない。

シミュレータの本質を理解してなかったり、X線の構造解析で使われているMDを
シミュレータと勘違いしてたり・・・組合せ最適化の解を探すときのsimulated anealingをシミュレータと勘違いしてるようじゃ、
おかしくって腹筋痛くて涙がとまらない 。
知識の不足はともかく、見識の狭さはちょっと問題で、老人と揶揄されても
しかたなかろう。

E-cell A-lifeに限らず細胞シミュレータのめざしていることは
何度も書くけれども「コンピュータの中にコンピュータで扱える
モデル生物を作成すること」「その作成を行うためのアーキテクチャ
を模索すること」なんだから、それが現実のモデル細胞の生命系と
あってようが違ってようが、たいした問題じゃないじゃん。
だいたい精度とか言ってる連中、どの細胞とE-cellのシミュレータの
結果があったら満足なのか、まずそれを明らかにしてほしいよ。

どうせ、自分がやってるくだらない研究のくだらないモデル細胞の
シミュレータがしたいだけなんだったら、どこにもない細胞のどこにも
ないシミュレーションやってる俺たちと、糞さはいっしょじゃん（ｗ）

なんか上のほうにさ、
「E-cellは情報屋がE-cellをつかって生物学のマスターベーションしてる」
っていう表現があったが、俺の言いたいことは、まさにそれだよ。
モデル生物といいわけしながらYeast屋はYeastでマスターベーションしてるだけ
だし、E.coli屋はE.coliで、Hela屋はHelaでマスターベーションしてる
結局「モデル生物」の生物学は、マスターベーションでしかない。
「コンピュータ内に情報屋が気軽に触れるモデル細胞をつくること」という
プロジェクトが実験生物屋の反感をなぜかうのか？鏡に映った自分の
マスターベーションを見て、いらだつからだろ？
「なぜ(実験屋の）役に立たなければいけないんだ？」
別にオタクに指示されようとは思わない。ここでは多数派かもしれな
いが生物の実験やってる人間のほうがコンピュータ技術者よりも
一般社会ではよっぽどオタクなわけ。知ってるよね？それくらい。

またﾊﾞｶが来た・・・

気づけとは言わない。ﾊﾞｶとして生きるのも人生だ。

だがあえて言わせて貰おう。最低限の科学的トレーニングも
受けていないようでは大人の話に混じる資格はない。

帰れ。

162は慶応の学生らしいな。大した弩級だわ。
E-cellの話は終了に決まったから、もう涙浮かべて反論しなくていいんだよ。
つか、いつまでも無限ﾙｰﾌﾟは勘弁してくれ。

>>290
頭の悪い我々にシミュレータの本質というのをご教示ください。

まあ、今までは否定派の中の「生物学者」みたいな奴だけがシミュレーションという
ものを勘違いしているんだと思ってたから、肯定派の中にも壮絶な奴がいると
わかったことだけは収穫かもな。弩級の肯定派はどういうわけか否定派を全員実験屋だと
思っていて、弩級の否定派はどういうわけか容認派を全員情報屋だと思っているという
異常な思い込みの強さもわかった。

ただ、これ以上収穫は要らないから、帰ってくれ。
マジで、E-cellで初めてシミュレータというものを知って、そしてそれ以外を知ろうと
しないような“才能の輝きが全く感じられない”やつは来ないでくれ。

>>297
というか、E-cellグループは皆壮絶なのではないかと思（ｒｙ

いや、この人KOの某グループにいるのではないかと推察されるのだけど、
この人の思考って明らかに教え込まれた物だと思うけど、どう？
論理の展開が何というか・・・まんま新興宗教の信者じゃないか。
自分たちは正しく優れていて、周りは全部アホ。
本質や真理といった言葉を好んで用いる。
抽象的議論を好み、具体的な話はしない（できない）。
論理は破綻しているが、その破綻を突いて議論することは不可能（認めないから）
ぜーんぶ新興宗教や疑似科学の特徴だが・・・

あまり推測で物を言ってはいけないが、もし仮に指導者がこういう
物の見方を教えているとすれば・・・

後は言わずにおこう・・・

確かにそう見えるな。
宗教じゃ話が噛み合わないわけだ。
しかし、それならｽﾚ違いだﾅ。

EM菌思い出した。

なんかしばらく来ない間にすごいことになってる．．．
私は依然として162さんの言うようにE-Cellをありもしない生物のシミュレーションに使う
という方向性に関しては疑問を感じます．少なくとも現在の技術レベルでは．

ところでA-lifeって研究は，まさにありもしない生物のシミュレータですね．
あのテの研究ってどうやって予算を取ってるんでしょうか．
「生物の成り立ちを理解する」みたいなお題目で文科省から予算が下りるのかしら？？

E-cellはA-lifeの続きでしょ?

>303
うっそ〜ん．
E-CellとA-lifeはかなり違うモンでしょ．
A-lifeってartificial lifeのことですよね？？

名前は違っても似たようなもんさ。
結局、生物のこと真面目に調べないで、
「それっぽいもの」をコンピュータに乗せてるだけなんだから。

A-lifeは単なるゲーム
E-Cellは使えないシミュレータ

>305
そうでしょうかね？
E-Cellはどちらかというと工学的なモノで，生物屋さんに使用されることを目指している．
（実際にはうまくいってないようですが）
それに対してA-lifeは進化という生命のエッセンスだけをコンピュータ上で再現したときに
何が起こるかを観察するモノというイメージがあります．もはやナマモノを扱う生物とは無縁の世界．
そんなモノは無用だ．とは言いませんが，少なくとも予算は下りにくいような．．．

率直に言おう。
104よ、あんた毎回わざと荒れそうな、かつ素人の寄ってきそうな話題を選んでないか？
そういうことはやめてほしいのだが。

>>307
A-life、一時期はタップリ予算が下りてましたよ。
今はA-lifeそのものは大幅縮小されたようですが、
E-cell、システムなんちゃらにシフトしただけでしょ？
面子が変わってないんだから、本質も変わってないですよ。

E-cellについては、162の意見を見る限り、あなたと意見が違うようですが･･･

ともかく、予算がたくさんおりている研究は、ねたましい、と。

というか、国家予算タップリ使ったあげく、アイボ作っただけで、
次に逝くのはいかがなものかと。

AIBOは50NYだろ？

AI-Alife-AIBO-Syste(ry

いいかんじだったに

シミュレータの可能性を騙ろうよ

つまり、予算に縁のない香具師に限って、嫉妬心が創造性よりも強い、と。

煽ることしか出来ない・・

あのさー、セルオートマトンやtierraみたいないわゆる人工生命と、
E-cellのような酵素反応シミュレータを一緒くたにしているやつがいるけど、
あまりにも不勉強すぎやしないか？

104がいってることにほぼ同意だが、
あくまでも人工生命は、ある規則の組み合わせで生じる
「生物みたいな振る舞い」の物理を論じるものであって、
これを実際の生物に当てはめようという方向性じゃない。

一方E-cellってぶっちゃけた話、大規模微分方程式ソルバーでしょ？＜突っ込み歓迎

その分野の研究者に失礼を承知で言わせてもらえば、
「あやしさ」は
シミュレータ＞＞超えられない壁＞＞人工生命
だ。
どっちがイイかとかそういう話をしているんではないことを分かってくれ。

指標に【無意味さ】【オナニー度】も加えてくれ

>>318だが、不等号間違えてた。ごめん。
あやしさは人工生命の方が上ね。

>>319
無意味さはどの研究も同じくらいだろ。

それとマジレスするのもアフォらしいが、オナニー度ってのが分からん。
何？オナニー度って。自己満足度ってことか？
そうだとして、たとえば君は自己満足すらしてない研究を世に問うのは平気なの？

>>318
その考え方にもちょいと異論があるんですけどね
生物の概念的定義は３種類あって
・新陳代謝
・恒常性
・増殖（遺伝）または自己複製能力

「セルオートマトン」「tiarra」みたいなゲーム的な
生物の集団生物学的側面だけをシミュレートするような
人工生命は主にゲーム理論にもとづいた自己複製と増殖を
シミュレートしている。それとは別に飽き足らなくなったから、
E-cell的な大規模微分方程式ソルバ兼近似式をつかって、
まず新陳代謝と恒常性を保てるような系を実現し、その上で
細胞周期みたいなダイナミックな摂動(振動現象)のふるまいを
みる。

細胞シミュレータといわゆる人工生命の間に「超えられない壁」がある
と感じるんだったら、E-cellはこれまでの人工生命とは発想が革新的に
違うというだけで、コンピュータ内で生命を定義するという方向性は一緒だ

>>319
>321氏が指摘してくれたのを蒸し返すようで悪いが
【無意味さ】【自己満足度】を指標に加えるんだったら
○○遺伝子を欠損した▲▲細胞の研究とか、××川下流域の
■■巻貝の性行動の研究とか、サルモネラ××菌の■■遺伝子
群のヌクレアーゼ超感受性部位の動的網羅的解析研究とかの
【無意味度】【オナニー度】もついでに定義してみてくれ。

無意味さも自己満足度も、どの研究もそんなに差はないってことが
まだわかってないんだったら、あんた科学の世界には向いてないよ。

無意味さも自己満足度も、研究によって天と地ほどの差がある。
どんな分野でも玉石混淆。

それくらい分かるだろ？

簡単にまとめよう。
1.E-cellと人工生命は、根は同じだが、アプローチにに差がある。
2.研究の基本は自己満足である。

これでいいかな？

ところでオナニーは単なる自己満足だ。他人を満足させることはない。
この指標でもういちど評価してみてくれ。 それとE-cellを革新的といってる奴がいたが、寝呆けてるんじゃないか？
はじめてやったという点は評価に値するが、アイデア自体は
二十年来のものにすぎない。

323
言われちゃったな。
生物の研究が全てすばらしいなんて、E-cell最高！と賛美するくらい意味がない。
正しく評価する姿勢は研究者としてもっとも大切だよ

162は他人のペーパーのれびゅうを頼まれたらどういう基準で
コメント付けるのだろう？等しく価値がないとでも付けるのか？？？

厨房煽るのは飽きた

ところで>>162君
想像上の生物のぺーぱーはもちろんCNSに掲載されているだろうね

E-Cellが生物学者に使われないのは使い方が難しいこともあるが
それよりも
生物学者のよく目にするメジャー誌にペーパーが載らないことが最大の要因
ここに書き込みをしている「優秀な」諸君ならCNSにぺーぱーを載せることは簡単だろう
でも、何故CNSにE-Cellペーパーが載らない？

答えは簡単
Editorが価値があるものと判断していない点にある

では、どうしたらCNSに載せられるか？
これがE-Cellのこれからの課題である

ｲｰｾﾙはNにのりましたが？ ちゃんと読んでる？

>>330
natureに載ったのはニュースみたいなもんじゃなかったっけ？
329氏が言いたいのは、e-cellを使ってなんらかの生物学的
発見をしてCNSに載ったかどうかだと思われ。

そ
オリジナルペーパーでの話
newsで載ったのは論外

一回でもCNSにオリジナルペーパーが載れば
世界の生物学者達が一斉に注目する

で、あなたの代表論文はCNSのどれ？

CNS全部にペーパ出してる

まぁシミュレーションと実験を組み合わせた論文出るまで待って
下さいや＞懐疑派

生命科学も物理とか化学みたいに各物質の量的関係といった、数値を扱う
分野が増えるだろうし（今はまだタンパクがくっつくのくっつかないのという
単純な話が基本だと、私も思ってまつ）
シミュレーションとか、Ｋ博士提唱のシステムばいおろじ〜だって
生命科学者に悪い話では無いと思うんだけど・・・。

コレスポか？ファーストか？脳内か？

お情けで載せてもらった金魚の糞かもよ

お情けでもCNSならいいなあ〜
E-Cellはお情けでも載せてもらってないし

金魚の噴ってわけにはいかないからでしょ。
したっぱ学生、ポス毒ならともかく。

またCNS厨かよ。

「生物学者」に、「教えてください」part 5の後期に登場した某コテハンに近いものを感じてならないのだが。
本人？

知性を感じないよね

>>330
冨田の宣伝に踊らされてるバカ発見！

>>335
まだその段階であるというのは非常に冷静な見方ですね。＞単純な話
生物に興味のある人間は、分からないことを知る為に現在の様な
ちょっと怪しげな実験方法を用いてる訳で、現在のような実験方法が
好きだから生物をやってる訳ではない。当たり前のことだけどね。
分かってない厨が少し混じってるようですが。

変わり身の速さも研究者に求められる資質の一つですから、
もっといろんなことが分かってきて、物理化学的な議論が出来るように
なってくると、シミュレータのようなアプローチも一般化するでしょうね。
細胞の挙動を物理化学の言葉で記述するというのは夢の一つですからね。

だから「生命科学者に悪い話ではない」なんてのはある意味でナンセンス
ですよ。それで何かが分かるとなれば、あっという間に人が殺到します。
そんなもんです。

ようするに今の段階ではなにもわからんと。
生物やには二番煎じ好きが多いと。
それでいいですか？

あほ？
一番煎じが今のウエットの実験なんじゃないか（呆

じゃあ聞くが、今の生物学の知見から所謂ウエットの実験を
抜いたら何が残るんだね？謎を解く為にみんな努力してるんだろ？
今はまだ計算機の時代ではなくウエット実験の時代だろうが。
それは明白な事実じゃないか。

＞ようするに今の段階ではなにもわからんと。
ばか？
現代生物学が、君には何も分かってないように見えるんだ。ふーん。

>>344
よくない。
実験にPCR使ったら二番煎じか？
アガロースゲル流すのも細胞飼うのも蛋白精製するのも全部二番煎じか？
確かに手法は二番煎じかもな。それで二番煎じと言いたければ一生言ってれば？

その伝で行くと市販のコンピュータ使って、誰かの作った言語でプログラム
書いてる奴なんて、二番煎じどころの騒ぎではなくなるな(w

この手のスレに言えることは、みんな簡単に釣られすぎだということだ。
計算のことを未来永劫一切役に立たないと考えている実験屋なんてほとんどいないし、
実験のことを能無しの単純作業（例えば「二番煎じ」）だと考えている計算屋だって
ほとんどいない。
ちょっと面白がって釣ってるバカども（「生物学者」しかり、344しかり）に
簡単に釣られるな。煽りに乗るやつも煽りと同罪。
プライドが高いのは分かったが、釣られる奴らもいい加減にして欲しい。この系統の
スレが荒れやすい理由は、釣ってるバカ同様釣られる奴らが多すぎるせいもあるのだから。
釣られた揚げ句頭に血が昇って、関係ない他者まで批判して（>>346後半とかな）、
それが新たな煽りになる、というパターンをどれだけ繰り返したと思っているのか。

煽りは放置。いいですね？

そんな正論つまらん

>>348
いくら荒れるのが好きでも、今さら似たようなことの繰り返しをするほうがつまらんよ。
祭りなら祭りで、それなりの新鮮味がなければみっともない。

>>347
あんた管理者？

>>350
別に>>347くらい普通じゃねえの？

釣りと取られてしまいましたな。
下記をまとめたツモリだったのだが。

>>343
>まだその段階であるというのは非常に冷静な見方ですね。＞単純な話
>それで何かが分かるとなれば、あっという間に人が殺到します。

>>345-346は、自分が批判されるのは大嫌いなくせに、他人のことを批判するのは大ｽｷと見える。

「他人の振り見て我が振り直せ」とは昔の人はよく言ったものでございます。
あ、これ一般論なんで、個人攻撃と受け取らないでね♥

釣られるなよ

で、建設的な細胞シミューレタの話はないの？
ここは批判したいやつだけでしか？

バイオインフォ関係スレで最近盛り上がってるのってココだけなんだよね。
で、話題はE-cell循環。結局E-cellしか話題がないのかよ！

みなさん，のってくれるか分かりませんけど，マイクロアレイデータ解析の話はいかがでしょ？
時系列データのクラスタリングとかってすげーアヤシイ気がするんですよね，何となく．
生物に詳しい方々はどう思っていらっしゃるのかしらん？？
あっ，スレ違いだったら無視してください．

なにがどうあやしいの？

>>357
いやぁ，似たようなプロファイルを持つ遺伝子は似たような機能を持つだろう．
ちゅう大前提があると思うんですよ，マイクロアレイデータのクラスタリングには．
それって，本当にそうなんですか？？
同じ機能の遺伝子が同じプロファイルしか持たないのなら，
何のために複数の遺伝子が存在するのさ？と思ったりして．

>>358
> いやぁ，似たようなプロファイルを持つ遺伝子は似たような機能を持つだろう．
> ちゅう大前提があると思うんですよ，

それはアレイデータ解析とかそういう話以前に、クラスタ解析の大前提なわけだ。
クラスタ解析がそもそもある尺度で「似ている」変数同士をまとめるもんだから。
それで、大体似ているものがグルーピングされればそれでいいわけ。
アレイデータに対するクラスタリングって、一種のスクリーニングとしてしか使われていないでしょ。

とにかくだ、クラスタ解析ってものはそういうもんだ。
で、あんたがあやしいと思ってるのは、クラスタ解析そのものではなくて、その大前提なわけだよね。
そう思うなら、どういう前提が妥当なんだろうか?
これを述べてくれないことには何も分からない。「なんとなく」ってのは無しだ。

>>356
君のいいたいことは要するにマイクロアレイデータにクラスタリングを
適用するのは不適当ではないか、ということだよね。
そうだとすると、君のいってる大前提はマイクロアレイという方法自体
の大前提でもあるわけだから、マイクロアレイ自体があやしいといわざるを得ないね。
共発現する遺伝子は類似機能を持つだろうってのは、当たり前の発想だし、
例外もあるだろうということも当たり前にわかると思うのだが。

なるほど。そういう前提で解析してるわけだ。
何もわからないわけだよね〜

>>359
すみません，言っている意味が良く分からないっす．
別にクラスタリングという手法を否定しているつもりは無いですよ．
時系列マイクロアレイデータのクラスタリングを行うときに，
使用される「似ている」の尺度は本当に妥当なのか？と言っているだけ．

>>360
マイクロアレイ自体を否定するつもりも全く無いっす．
正常株と変異株の比較とかには使えるだろうし，
クラスタリングでは無い方法で，遺伝子制御ネットワークを同定する手法だってある．
それらの手法は，クラスタリングほどアヤシイとは思っていません．

なら、何を得ようとしてクラスタリングしてるの？

失礼！連続書き込みです．
>>360
>共発現する遺伝子は類似機能を持つだろうってのは、当たり前の発想だし、
>例外もあるだろうということも当たり前にわかると思うのだが。
そう，そうなんです．
私は生物屋さんではないので，そこらへんの直感が働かないのです．
確かに「共発現する遺伝子は類似機能を持つだろう」というのはある程度正しいと思います．
だけど共発現する遺伝子でも違う機能の遺伝子もたくさんありそうだし，
共発現しなくても同じ機能の遺伝子もたくさんありそう．
前者が多ければクラスタリングはとても有効な手法です．
でもそんな遺伝子は本当に多いのだろうか？→なんかアヤシイなぁ．と思うのです．
それで生物の専門の方はどのように考えておられるのかと．．．

>>362
> 時系列マイクロアレイデータのクラスタリングを行うときに，
> 使用される「似ている」の尺度は本当に妥当なのか？と言っているだけ．

ある程度は妥当でしょう．じゃなきゃ誰も使わない．あんまりつかわれてねーよ，って突っ込みはなしで．
どれくらい妥当であるかは知らないけど．
それと，クラスタリングって時系列データにかぎったものじゃないよね．たとえばノックアウト実験とか．

> クラスタリングでは無い方法で，遺伝子制御ネットワークを同定する手法だってある．
> それらの手法は，クラスタリングほどアヤシイとは思っていません．

ネットワーク同定の方がよっぽど難しい問題だよ．
これにしたって結局，共発現＝同ネットワークの前提にしたがってるでしょ．
というか，クラスタリングもネットワーク同定の簡易版みたいなもんだし，前提が同じ以上あやしさの点ではかわらない．

問題意識が違うんだよねー

手法開発、あるいは応用が目的であってもいいんだけどさ､
何をしたら役に立つのか、あるいは「研究として成り立つのか」
をちゃんと考慮してやって欲しいよ。

つくりました、ためしました、研究者が使ってくれません、

そんなじゃまったくだめなんだよ
使いやすいからとか、使いにくいからとかも影響するかもしれないが、
一番重要なのは、

それを使って何かがわかる

こと。クラスタリングだって、いろいろやってるけどさ、
目的が無いからそんな疑問がでてくるんだろ？
きみら、何の為に手を動かしてんの？　飯の為とかいうなよ。

使ってくれないことに不満言ってる人とかいるしな・・・

使いにくくても役に立つなら使うのにね.

誰も使わない＝役に立たない


ということでつか？

>>367-370
それは
そのまま
E-Cellにも言える

(´-`).。ｏＯ(SCEのKラボは生物屋に子供のお遊戯と認知されている事実をどう受け留めるのだろうか・・・

マイクロアレイデータでは定性試験しかできないことに留意されたし
発現遺伝子の相同性云々は種類の観点ではない

使えと強制しなくてもBlastはみんな使ってるのはなぜだか情報屋さんは考えるべきだと

「情報屋さんは」と一般化するなよ。そういう対立の構図はもういいじゃないか。
「情報屋」にも「生物屋」にも、問題意識の欠如している人は同じくらいいると思うよ。
指摘は決して間違っているわけではないが、何度となく繰り返されたその手の「争い」
はもう終わりにして、学術的な話をしてはどうだろう。

時系列データに関していえば遺伝子間のタイムラグも込みで解析する手法もある。
しかし、正直そこまでの精度がアレイデータ自体にないというのがかなり大きな問題では。

Blastって相同遺伝子を見つけるソフトだよね
これは分子進化の中立説を前提をしているんだよね
例えば偽遺伝子は元の遺伝子と同じ塩基配列だったが偽遺伝子の方だけ特異的に変異が起こるんだよね
俺は情報屋だからよく分からないのだが、この偽遺伝子に変異が起きる前はこの遺伝子もBlastで相同遺伝子として
引っかかるそうな気がするんだが、生物屋さんはこの可能性を排除する考えをどうお持ちなのか知りたい

ヒトゲノムだとヒストン蛋白とかリボソーム蛋白とかの
細胞質で頻繁に使われる蛋白をコードする遺伝子が多数存在しているんだよね
これらの遺伝子は偽遺伝子として変異を起こす可能性が十分あるのに
その分も相同遺伝子としてヒットするのが解せないのだが

>>365
>ネットワーク同定の方がよっぽど難しい問題だよ．
>これにしたって結局，共発現＝同ネットワークの前提にしたがってるでしょ．
>というか，クラスタリングもネットワーク同定の簡易版みたいなもんだし，前提が同じ以上あやしさの点ではかわらない．
休み明けの書き込みです．
いや，難しいとか簡単とかの問題ではありません．
ネットワークの同定は生物学とは無関係に，システムへの入出力からシステムを同定する問題として定式化することが可能です．
難しい問題ですが，不自然な定式化ではない．
他方，時系列データのクラスタリングでは，結果の理解のために「似たプロファイルの遺伝子は似た機能を持つ」という
生物学的な予想が入っている．従って予想だから検証が必要となる．
その検証が無い(ように思われる)のに，そんな手法を使うのはキモチワルクないんですかね？
と言いたいのですわ．

>>374
>時系列データに関していえば遺伝子間のタイムラグも込みで解析する手法もある。

情報キボんぬ

>>377
おそらく分裂酵母の細胞周期コントロールのテクを応用するだけだと思われ

>>375 の訂正
>中立説を前提をして　→ 中立説を前提として
>引っかかるそうな　　→ 引っかかりそうな

＞俺は情報やだからよくわからない

あなたは研究者ですか？それともただのプログラマですか？
後者ならクライアントに尋ねるべき問題ですよね？
もし前者なら、その態度こそが批判されていることに気付いてほしいです。

それと、質問が意味不明です。フォーカス絞ってください、研究者なら。

>質問が意味不明です。
別に答えられないのならいいよｗ
ただね、今年の4月にヒトゲノムが99.99%の精度で完全解読したが
ゲノムはたえず動的に変化し得るものなのに、これで定量可能のように考えてる奴がいて
「その根拠は何？」って問うてるだけですよ、私は

>>375
>俺は情報屋だからよく分からないのだが

あんた研究者か？だとしたら、その態度がまずいといわれてるんだろ？
もし、ただのプログラマだというのなら、クライアントに聞くべき問題だぞ。

PC系の板で、初心者なので・・・みたいなことを書くと叩かれるのと一緒だよ。
自分の疑問に対する答えもある程度持っているようにみえるので、へんな前置きをつけないほうがいい。
こういうのを見て、情報屋全体を叩こうとする人もいるので、気を付けて欲しい。

情報系のヒトって、ココよく見てるらしいんだよね。
以前、自分が書込んだ内容を、何度講演会で耳にしたことか・・・
ね、○○センセ。

>>377
＞おそらく分裂酵母の細胞周期コントロールのテクを応用するだけだとおもわれ

それは「cell cycle」という基本周期があるから、位相がずれていても基本周期と
同じ周期をもっていたり、整数倍の周期をもっていたら「cell cycle」に関係した
遺伝子だというだけの話しでしょ？それと一般的な生命現象における遺伝子間の相互
作用のタイムラグとなんの関連性があるの？と聞いてみるテスト。

>>380 何がわからないのか説明してあげよう。

>Blastって相同遺伝子を見つけるソフトだよね
はぁ？

>これは分子進化の中立説を前提をしているんだよね
はぁ？

>例えば偽遺伝子は元の遺伝子と同じ塩基配列だったが偽遺伝子の方だけ特異的に変異が起こるんだよね
はぁ？

>俺は情報屋だからよく分からないのだが、この偽遺伝子に変異が起きる前はこの遺伝子もBlastで相同遺伝子として
>引っかかるそうな気がするんだが、生物屋さんはこの可能性を排除する考えをどうお持ちなのか知りたい
はぁ？なんで排除？

>ヒトゲノムだとヒストン蛋白とかリボソーム蛋白とかの
>細胞質で頻繁に使われる蛋白をコードする遺伝子が多数存在しているんだよね
まあ、そりゃそうだ。

>これらの遺伝子は偽遺伝子として変異を起こす可能性が十分あるのに
>その分も相同遺伝子としてヒットするのが解せないのだが
ふーん。で、質問は何?

380も385も釣りとしてはいまいち

釣りじゃないんだけどな。質問がわからないからわからないと言ってるのに
こちらの理解不足であるかのように書かれたから、具体的に示しただけです。
それと>>380の

>ただね、今年の4月にヒトゲノムが99.99%の精度で完全解読したが
>ゲノムはたえず動的に変化し得るものなのに、これで定量可能のように考えてる奴がいて
>「その根拠は何？」って問うてるだけですよ、私は

と言うのは再び意味不明ではないかと思うわけです。
ホントにモノゴト理解して発言してるのかと、問いたいわけです。

釣りに釣りで返したんだろｗ

>>384
お前、今すぐにこの分野から消えろ
>>385
お前は学部生からやり直せ

>>389
同じ周期で変化してたら→ネットワーク上の近傍に存在。
こんな単純な考え方でいいわけ？同じ周期で変化してたら。必ず一種類だ
けの遺伝子だけで、ネットワーク下流の遺伝子の発現が制御されている訳では
ないと思うので。

>>390
だから　　応　　用　　が欠けているんだ　おまいには

すまん。時間あるならもう少し詳しくお願いします。

>>389 そっくりそのままお返しします♥

>>380 分っていりと思うけど言葉の使い方が乱暴なのよね。

>Blastって相同遺伝子を見つけるソフトだよね
そうだけど、blastのやっているのは、
「２つの配列を比較して片方から片方へ１つづつ塩基を変化（置換、削除、挿入）させる最小手続きを算出してから、それに基づいて、どれだけ一致してい
るかを見る」ソフトなんですよね。
だから使い方も色々。

>これは分子進化の中立説を前提をしているんだよね
それはそうです。だって配列の各部の重みを一様にみなしている以上は、
第一義的な中立説に基づいていると言えます。だから、そんなわけあるまい
ってことで、pci-blastなんかもでてます。

>例えば偽遺伝子は元の遺伝子と同じ塩基配列だったが偽遺伝子の方だけ特異的に変異が起こるんだよね
広義の遺伝子には調節遺伝子と構造遺伝子があります。で、ゲノムの重複
なんかで２つの相同な遺伝子ができた後、片方の調節遺伝子に変異が生じて
転写がされなくなったのが偽遺伝子です。発現がないので進化上選択圧が
かからないので、二次的に構造遺伝子に変異がたまりやすくなります。
。

>これらの遺伝子は偽遺伝子として変異を起こす可能性が十分あるのに
その分も相同遺伝子としてヒットするのが解せないのだが
で、質問は何?俺もわからん。

>>376
＞ネットワークの同定は生物学とは無関係に，システムへの入出力からシステ＞ムを同定する問題として定式化することが可能です．
＞難しい問題ですが，不自然な定式化ではない．
ちょっと違うとおもいますね。ネットワークの同定に際しては、入出力の関係
だけでは、可能性を一つに絞りこむことはできないはずです。ましてや生物の
ように多数のノードとエッジからなるシステムではなおさらです。その場合に
は、時系列を細かくするとか、システムの一部をいじくる（内乱）というのが
必要なわけですが、それが生物の場合には難しいというか現状では不可能なんですわ。また、現在使われている同定方法は、必ず「似た発現プロファイル
＝ネットワークで近傍」という前提をふくんでいるとおもいますが、、
そうでなければ、時系列データを使ってネットワーク同定なんて出来ないでしょ。違う？

あれ、あれ〜
しったか君はどこへいっちゃったのか？

375ですが質問は
>生物屋さんはこの可能性を排除する考えをどうお持ちなのか知りたい
です
>>394氏のおっしゃる
>ゲノムの重複
>なんかで２つの相同な遺伝子ができた後、片方の調節遺伝子に変異が生じて
>転写がされなくなったのが偽遺伝子です。
この部分です
私の語句の使い方がおかしかったようです
「この可能性」とは正しくは
「偽遺伝子になる前の、ゲノム重複の時点で将来偽遺伝子になる遺伝子は
相同性と認知され得る(←可能性)ので、相同性が一致しただけでは遺伝子が存在すると結論し難い」
です

用語の正しい使い方を覚えろ。話はそれからだ。

>>395
> また、現在使われている同定方法は、必ず「似た発現プロファイル
> ＝ネットワークで近傍」という前提をふくんでいるとおもいますが、、

同意。

>>376
> ネットワークの同定は生物学とは無関係に，システムへの入出力からシステムを同定する問題として定式化することが可能です．

で、そのシステムって何ですか？どんなシステム仮定するのかしら。
想像するに要は線形（または非線形）微分方程式のパラメータ求めるってことだよね?
出来ないこともないと思うけど、今の実験技術から産出されるデータの
クオリティ＆量で果たして可能ですかね。
よっぽど疎なネットワークを仮定しなきゃ推定は無理じゃないですか？
そして、その結果はクラスタ解析よりもずっとあやしいものだと思う。

煽りじゃなくて純粋に興味があるんで、論文でてたら教えて。

具体的な話なんかするなよ
あくまで抽象的に煽り合おうよ

>>399
まったく持ってその通り。論文、出てないんじゃない

375ですが>>397 に付け加え：
blastの文字列照合アルゴリズム通した結果で「何％の相同性がある」と出ますが、％の問題じゃないんだよね
「統計を駆使して何％からは妥当だと言える」とか無意味じゃん
DNA複製でフレームシフト起きただけで全然違うタンパクができるのに何％って何？
100％じゃないと意味ないでしょ？

ここのサイト最高やで〜！
http://navi-on.jp/0.php?p=23

どっちもバカそう

同意

>>402
DNA複製でフレームシフトがおきたにもかかわらず、致死にならずに
そのまま生き続けて進化したものだけが、淘汰をまぬがれて今に
いたっている、という事実に思いいたって欲しい。
天然のタンパク質のもっている配列の組み合わせ空間は、理論上のそれより
はるかにせまい。

情報屋さんはとりあえずthe cellを読んでからここに来てください
スレが荒れる原因です

他の板の住人だけどここいけって言われたから来てみた

>>406
いえ、致死云々とか進化論とかの話に広げる気はありません
相同性＝類似機能は破綻するわけです、％論理では
僅かの配列の違いで現に発現結果が異なるのです
そこに「どれだけの猶予を与えるか(すなわち、何％で有意と判断するか)」という議論の余地はないんです

>天然のタンパク質のもっている配列の組み合わせ空間は、理論上のそれより
>はるかにせまい。
核心部分ですね、本当にバイオインフォが必要なのか否かということの

>>407
スレが荒れる原因はそういう対立の構図にこだわる気持ち。
最初は荒し以外の何者でもなかった>>375の態度がだいぶマシになった今、荒しはそういう種類の人だけ。

とはいえ、とりあえず今のところきわどいところで荒れる状態にはなっていない。
確かに不勉強を感じさせる書き込みも（情報屋・生物屋両方に）ないでもないが、
それなりに親切な人が話題を拾い上げている。

バイオインフォ系のスレということで往時の「教えてください」スレの荒れっぷりを
期待している人（407とか）もいるようだが、このスレは元々そういうスレではない。

話題をぶった切ってｽﾏｿ

ｺﾞﾒﾝ、読み返すと異様に偉そうだが、要するに
「今荒れてるわけでもないんだから、茶々を入れずに議論に参加するか
あるいは見守ることにしようよ」
ってことで。

>>410=411
君は議論を見守る人？
参加するなら >>409 についてコメントしる！

> blastの文字列照合アルゴリズム通した結果で「何％の相同性がある」と出ますが、％の問題じゃないんだよね

とてもじゃないが、使ったことあるヤシの意見とは思えんな･･･

>>395 & 399
>は、時系列を細かくするとか、システムの一部をいじくる（内乱）というのが
>必要なわけですが、それが生物の場合には難しいというか現状では不可能なんですわ。
それは知っています．だけど現状では難しいけど近い将来には可能な技術なのでは？
将来できるであろう技術を期待して，手法を作るのも悪いことではないと思います．
将来の技術を仮定しているという点では確かにアヤシイですね．
だけど「似た発現プロファイル＝ネットワークで近傍」の仮定は不要．
とは言え確かに399氏のおっしゃるようにシステムのモデルが
現実の良い近似であることを仮定しててアヤシイですね，この手法は．
う〜ん，確かに時系列からネットワークを同定する技術もアヤシイけど，
だけど「似た発現プロファイル＝ネットワークで近傍」の仮定ほどアヤシイ感じはしないんだよなぁ．．．
なんでだろ．．．分かんないや．すみません，自分で考えます．
ところで論文ですが，CNSにはさすがに出て無いですけど，こんなのどうでしょ？
T. Akutsu, S. Miyano and S. Kuhara, Inferring qualitative relations in genetic networks and metabolic pathways, Bioinformatics, 16, 727-734, 2000.

情報系にはありがちですね。思い込みだけで議論。だめだそれじゃ。

相手がおとなしくなってきたからって、無理にあおろうとするな。なんか痛々しいから。

>>415 & 416
あん？私は煽られてたんですか？
煽られてたのはblastの話をふった人じゃなくて？
時系列からのネットワーク推定の話をふったのは私ですけど，blastの話をしたのは私じゃない．
それに時系列からのネットワーク推定の話がアヤシイのは認めますけど，
「似た発現プロファイル＝似た機能の遺伝子」ちゅう仮定のアヤシサが無くなった訳じゃない．
と，煽りにのってみたりして．

>>417
あおったのはBlastｸﾝ

この細胞シュミレータについてどう思う？
↓
http://www.ipa.go.jp/NBP/13nendo/13mito/mdata/6-69.htm
http://www.ipa.go.jp/NBP/13nendo/13mito/koubo13.html

ま、とりあえず議論になってるんだから、煽るとか煽られるとか言わずに行きましょう。

>>419
> このようなテーマに関してPMはほとんど知識がないが
がものすごく気になりますが…。

blastはスコアリングマトリックスをかえれば、
各塩基/残基の重みは自由に変えられる。
それに、blastのアルゴリズムの説明も違うんじゃない?
ただのダイナミックプログラミングじゃないのよ。

ヒューリスティックなだけでしょ。基本は同じ。
しかも、残基の重み云々は上の議論とずれてる

>>414
>> は、時系列を細かくするとか、システムの一部をいじくる（内乱）というのが
>> 必要なわけですが、それが生物の場合には難しいというか現状では不可能なんですわ。
> それは知っています．だけど現状では難しいけど近い将来には可能な技術なのでは？

内乱させることは今でもやってるよ。ノックアウトとかで。
しかし、それによってどれだけシステムが変化するのか?ってのは
予想がつかないもんなんだよね。ドラスティックに変わらなきゃ意味ないし、
逆に、変化が分かってるものだったら調べる必要ないし。
で、これを仮想的に実現するのがまさにE-cellだよね。
そういう意味ではE-cellにも需要がある。てかやりたいことはこれでしょ?＞SFCの方

> T. Akutsu, S. Miyano and S. Kuhara, Inferring qualitative relations in genetic networks and metabolic pathways, Bioinformatics, 16, 727-734, 2000.

は直感的に分かりやすいアルゴリズムですね。だからアヤシサを感じにくいんでしょう。
でも、これも結局は似た変化＝同ネットワークの仮定を崩すものでもない。
手法うんぬんというよりも、マイクロアレイから得られる情報の限界だよ。

psi-blast (pciじゃないよ)だってマトリックス変えてるだけじゃん。
それにPAMマトリックスが中立説に従うなんて言えるの？
デフォルトのBLOSUMしか使ったことないとわからないだろうけどね。

>>424
blastに文句言ってる人はやっぱ使ったことがないんじゃないの？
blastにいろんな亜種があることもしらなそうだし。
で、すごく原始的なアルゴリズムが使われてると思ってるのではないかな〜。
さすがにマッチングに関するあらゆる、というといいすぎだけど、かなりの
問題点（生物学的観点、アルゴリズム面含めて）は考慮されてるんだけど。

まあもちろんblastマンセーってわけじゃないけどね。
ある程度は信頼できるよ。

>>425
少なくとも blast に(亜種だろうが何だろうが根本原理に)
degeneracy が考慮されてないのでその検索結果に満足できかねる

確かに完全一致は blast では無理だな
パターンマッチングの誤差をどの程度まで認めることができるのかは
生物屋(特に生化学屋で蛋白精製のエキスパート)でなければ
信頼性を欠くだろうね

＞生物屋(特に生化学屋で蛋白精製のエキスパート)でなければ
＞信頼性を欠くだろうね

いやあ蛋白精製のエキスパートかどうかはこのさい関係ないだろ
確かに一残基の変異でも蛋白の性質はガラっと変わるため
精製の収率が極端におちることはあるが、それでも
「活性中心」をつぶした変異体でない限り、酵母や培養細胞の
形質は部分的にコンプリメントする事が多い
たとえばTSの表現系になるとか、富栄養培地で生育可能とか、
単にUBセンシティブとか、ね。
４０９さんが％論議のどこが気に入らないのか不明だが、
酵素みたいにその活性中心１−３残基が非常にクリチカルな
蛋白質もあれば、構造蛋白やアダプター・スキャフォールド蛋白
みたいに、クリチカルな残基があんましないものもある。
ケースバイケースで判断すれば、かまわないんじゃないの？

>>427
まぁケースバイケースはどんなツールにでもそう言えるんで仕方の無い部分ではあるが
実際問題として
>酵素みたいにその活性中心１−３残基が非常にクリチカルな
>蛋白質もあれば、構造蛋白やアダプター・スキャフォールド蛋白
>みたいに、クリチカルな残基があんましないものもある。
こういうことを判ってバイオインフォしてるのかで支援ツールか遊戯ツールかに分かれるよね同じblast使ってるんでもw
使い方の問題ではなくて何故その方法論を採るのか、みたいなｗ

427　>>428
だからさ、真の問題点は
「機能不明な遺伝子・蛋白質」のバイオインフォマティクスなんだと
思うよ。
それが酵素なのか、そうでないのか？
クリチカルな残基の存在を仮定してアラインメントツール動かすべきなのか
それとも統計的にべたに処理してなにか意味が導きだせるのか？
なぜその方法論をとっても大丈夫なのか、理論的裏づけがないまま
他に方法がないからこの方法でってゆーのも多い

データマイニング屋の腕のみせどころってわけです。
でも現実にはかなりウェットの経験と知識が必要だとおもいますよ。

>>414
情報屋さんの意見だと思いますねえ。
ネットワークという言葉を聞くと、生物屋は転写因子やリン酸化カスケードのような具体的
な細胞内の制御機構のネットワークを想起してしまう。でも、マイクロアレイのデータにもと
づいて算出されるネットワークは「A遺伝子の発現増加はB遺伝子の発現増加と関連をもつ（
関与している）」という因果関係が繋がったもの、すなわち因果ネットワークという抽象的
な概念。この両者の違いを理解していないと、「似た発現プロファイル＝ネットワークで近傍」
という前提や推定されたネットワーク自体のアヤシさの本質はつかめないと思いますが。。。

Do you understand?

Yeah. That is, a microarray-gene-expression do not indicate the rare cell cycles.
But a this assay for whole seeing map is up to gene expression to involve it, isn't it ? >>430

ごめん、この英文は理解できない。
the rare cell cycles って何？
whole seeing mapもようわからんけども、、、
日本語で書いてみそ。

ことゆうたら
a this assay
って，なんやねん．

分かる英語でかくか（文法間違い、うち間違いあってもいいから）
日本語で書いてくれ〜。
この英語でnativeってことはないだろ？

間違いさがしの例文でしょ。この短い文に7つくらいは間違いがありそうだ。
この技量はたいしたものだねw

>>423
>手法うんぬんというよりも、マイクロアレイから得られる情報の限界だよ。

>>430
>関与している）」という因果関係が繋がったもの、すなわち因果ネットワークという抽象的
>な概念。この両者の違いを理解していないと、「似た発現プロファイル＝ネットワークで近傍」
>という前提や推定されたネットワーク自体のアヤシさの本質はつかめないと思いますが。。。

おっしゃる通りです．
ただ将来的にマイクロアレイデータの精度が上がることとか，
タンパクの濃度をマイクロアレイのように全細胞スケールで測定できる技術ができることとかを期待しちゃダメですか？
これらの技術が出来上がれば，423氏や430氏の言うネットワーク同定手法のアヤシサは無くなるんじゃないかしら？
そんな技術は出来そうもないんっすかね？？

>>431
>Yeah. That is, a microarray-gene-expression do not indicate the rare cell cycles.
>But a this assay for whole seeing map is up to gene expression to involve it, isn't it ?

1. a microarray-gene-expression --> a microarray pattern of gene expression
2. a 〜 do not --> a DOES not
3. indicate --> show or represent
4. the rare cell cycles --> (?) 1) rarely expressed genes in .. 2) genes of low expression in .. 3) low-expression key genes in ...
5. But a this --> (Do not use `but' in front)
6. But a this --> (error in grammer)
7. whole seeing map --> overview or birdsight (?)
8. up to --> dependent on or depending on
9. gene expression to involve it --> ??? (gene selection?)

"age" shout out

マイクロアレイあげ

メールのことメイルって呼ぶのってどうよ？

それはメイルね(^.^)b

下火になったな

まともな議論になるとつまんないんでないの。
2chだからね。

メーンのことをメインって呼ぶのってどうよ？

431が議論の場を駄目にした

みなみです。

一度、見ていただけませんか？

http://friends.rank.ne.jp/in.cgi?account=eedeai

445
発端を作ったのは430。
てわけで429のつづきからどうぞ。

無理しないでいいんじゃないの。
本来は地味に進んでいくスレなんだし、ネタのある人がいるときに上がる程度で。

> 「機能不明な遺伝子・蛋白質」のバイオインフォマティクスなんだと思うよ。

バイオインフォマティクスでは、本当に機能未知のものの機能まで知ることは出来ないですよね?
推定された機能が本来のものに近いかどうかすら、実験をしないとわからないのが現状でしょう。
それでも、人はその「推定」を求める。その意義は？ そして現状改善の見込みは？

>データマイニング屋の腕のみせどころってわけです。
>でも現実にはかなりウェットの経験と知識が必要だとおもいますよ。

データマイニング屋ってのがいるんですか？
ウェットの経験と知識が必要なら、それをもたずにやってる人はダメってことになりませんか？


>ネットワークという言葉を聞くと、生物屋は転写因子やリン酸化カスケードのような具体的
>な細胞内の制御機構のネットワークを想起してしまう。でも、マイクロアレイのデータにもと
>づいて算出されるネットワークは「A遺伝子の発現増加はB遺伝子の発現増加と関連をもつ（
>関与している）」という因果関係が繋がったもの、すなわち因果ネットワークという抽象的
>な概念。この両者の違いを理解していないと、「似た発現プロファイル＝ネットワークで近傍」
>という前提や推定されたネットワーク自体のアヤシさの本質はつかめないと思いますが。。。

まさに統計マジックが活躍する場所です。
この意味では、「生物学素人はダメ」とはっきり言い切れますね。
生物学素人の情報やが活躍できるとすれば、統計マジックの影響を受けない形で
こういったデータを活用するか、あるいは出てきたモデルを生物学者にきちんと評価して
もらう必要があるということになるわけです。評価の指標をどうするか、という問題や
「生物学者」にどのような資質が必要か、という問題は残りますが・・・

>バイオインフォマティクスでは、本当に機能未知のものの機能まで知ることは出来ないですよね?
「本当に」の真意は定かではないが，アルゴリズムを創作して用い，未知機能の遺伝子(RNA編集も兼ねて)
の予測をすることに意義があるので悪しからず．モデルづくりの域を出ないね．
かつての癌遺伝子狩りで，扱うデータが膨大なために計算機で探索しているといった感じか(あの頃は"gene walking"で，だったな)．

>推定された機能が本来のものに近いかどうかすら、実験をしないとわからないのが現状でしょう。
まぁ，中立説に似わないドグマで攻めるのなら実験しなされ．

>データマイニング屋ってのがいるんですか？
居る．というか一度 Nature 409 か Science 291 を読め．
ところで 2003年4月付けの Nature に HG 完全配列の paper(leterでも可)って出てたっけな(誰か読んだ)？

>それをもたずにやってる人はダメってことになりませんか？
私見で恐縮だが，駄目だろうね．データ処理の巧みさよりもデータ解釈に重点があるので．
ゲノム自体に興味の無い奴は論外．

>まさに統計マジックが活躍する場所です。
否．誰も統計での騙し合いを望んでいまい．
統計が要るのはデータ量が多いからであって，それ以外に用いる理由はない．

>あるいは出てきたモデルを生物学者にきちんと評価してもらう必要がある
さっきも言ったけど，「いったい俺は何をしているのだろう」に陥る人(生物学の素養のない人)は
だたでさえ膨大な情報量の上で「いちいち理論的に存在する確率の組合せを全部試行する」という
愚行を敢行するはめになる．人生をそれだけで終わらせたいのなら，どうぞ．

なんかいつもの議論にループしつつある気がしてならないが、結局生物学とデータ処理両方の知識あるいは興味がなければダメという、これまたいつもの話になっちゃうのではないかと。
正直、資質の話は飽きてるんだが・・・

では技術のお話を一つ(展望だけどね)．
結論から言うと数学者，それも位相幾何を専門とする数学者の需要がある．
というのも，ゲノムの塩基配列とその構造とが関係するから．ご存知のとおり，
ゲノムは高次構造であり，遺伝子発現の際にこの構造を崩して(染色体→ヌク
レオソーム→クロマチン→DNA) mRNAに転写される．この崩れ方に幾何学を導
入して，ある遺伝子の発現制御に関与する配列を割り出そうというわけ．一次
元データを直に加工して解釈するのではなく三次元からアプローチする方法．
(ちなみに実験屋は「いつ，どの遺伝子が，どのように働くか」の四次元でやってます)
これなら「数学的発想の豊かな」情報屋さんには容易ではなかろうか．

あぁ資質の話か，これも．ネタ振りよろしく >>451

もう1回上げときます　　（右端の娘に注目）
http://sweel.s14.xrea.com/seem/image/cgi-bin/img20030630021261.jpg

いまのﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫって、類似性検索、ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽづくり、領域予測、構造予測、ｸﾗｽﾀﾘﾝｸﾞ、ﾈｯﾄﾜｰｸ推定、検証を伴わないｼﾐｭﾚｰｼｮﾝ以外にやってることある？

>以外にやってることある？


　教　　育

あ、そ。

>>454
各種実験データ処理。

ﾊﾟｼﾘ

>452
位相幾何？はぁ？
そりゃちょっとまとはずれなんじゃないの？

現在の実験的手法では、どんなにがんばって細胞周期の
位相をそろえても、ヌクレオソームの構造まで均一な
細胞集団を調製して、そこからチップにかけるRNAとるなんて
こと、滅多にできないよ。というか、それこそとんでもない熟練の職人芸だから
ウェットのプロフェッショナルじゃなきゃそんなデータ解析
が可能なサンプルなんて、とれないよ。
わかって書き込んでるんだよね？ネタだよね？
でなきゃ、酵母以外の培養細胞の細胞周期を実験的にそろえる
方法を三つあげて、それぞれの利点と欠点をあげよ
（基本問題だな）

俺は452じゃないんだが、本人同士が争うと荒れそうなのででしゃばってみる。
452、459、ｽﾏｿ。

>>459
せっかくのところ水を差して申し訳ないが、「位相幾何」ってそういうんじゃないんだが…。
確かに「位相」という言葉はいろんな場面で使われていて混同されやすいが、452は幾何の話を
しているのだと思う。
> (ちなみに実験屋は
の部分が紛らわしい原因（実際には幾何的なデータを扱っている実験屋は少なく、
むしろ四つ目の次元をメインに扱っているほうが多い）かとも思うのだが。

（せっかく「決まったぜ、俺」と思って浸ってるんだから、水注しちゃダメ。的外れなのは、みんな気付いてて黙ってるんだよ）

位相幾何学＝トポロジー

幾何学的にアクチベータのみ外側にあったりして。
高次構造の時は構造遺伝子群は内側に折り畳まれているという仮説をたてている
遺伝子探索アルゴリズムってあるの？

トポロジー無意味

核内ではリーマン幾何が支配する
これ常識

＞方法を三つあげて、それぞれの利点と欠点をあげよ
＞（基本問題だな）

俺、決まった。（陶酔）

>>466
三つしかあげられないのは大問題だよｗ

TS,あふぃでぃこりん、低温処理、、、
あと何？

phaseとtopologyを間違えたんだな。どっちも日本語では位相だからな。
確かにちょっと恥ずかしいけど、まあそんなに責めてやるな。

＞方法を三つあげて、それぞれの利点と欠点をあげよ
＞（基本問題だな）

俺、天才。（自己陶酔
、、、、、笑える

>>469
topology ≠ geometrical mathematics

輪唱するな。
そんなことだからｵﾘｼﾞﾅﾘﾃｨある仕事ができないんだぞ。

>>472
でも、おもしろすぎるから、、、、

いまバイオインフォの分野でおもろいことはナニ？

(´-`).。ｏＯ(線虫の発生をシミュしてる人はおらんのかね・・・

>>471
いや、今話題に上がってるのは単なる幾何じゃなくて位相幾何だからtopology。

というか、さすがにもうこの話題はいいのでは。

>>472
>輪唱するな。
>そんなことだからｵﾘｼﾞﾅﾘﾃｨある仕事ができないんだぞ。
ふっ、決まった・・・

眺望しようがねーな

＞位相幾何？はぁ？
＞そりゃちょっとまとはずれなんじゃないの？
お前が一番的外れ（藁

くどいな、お前。

取り敢えず国内のサイトは
DDBJ
Genome Net
HGC
を押さえていれば十分ですか？

海外のサイトは探索中〜

>>479
一人じゃないと思うんだが。

479(=459?)も、いちいち相手するからループするんだって。
もし459がまだいるんだったら、たとえば452に謝っておけばここまでには
ならなかったと思うぞ。
459であれだけ居丈高にやっておいて、間違いを指摘されたら返答なし
では、エサをばらまいているに等しい。

452だが別に何も問題ないよ >>481
459氏が誤解なさるのは仕方がありません
私のレスが意味不明なのだから
452の真意はバイオインフォの情報一辺倒の傾向を非難したもので
ほんらいの生物学研究の情報と構造という二価アプローチを喚起したかったのですよ
実際のゲノムは常に一次元のままであるわけではないので
高次構造を加味して解析することは至極当然だと考えたわけです
それだけです
実験技術云々はどうでもいいんですよ
いま存在する実験手法で解明できないことを計算機で代わりに実現するのです
理論もりっぱな実験手法だと思います

>>482
その言い分はわかるけれども、、、、
この辺のやりとりは、ある種のバイオインフォの典型を示していると思うので、
俺は重要だと感じる。生物屋同士の議論のやりとりなら、単なる思い違いや経験
の欠除ですませられるものが、すこし立場の違うもの同士になると、「お前は何も
分ってない状態」の 居丈高になる。分かる人には、>>452の書き込みをみただけで
>>482のニュアンスは十分つたわるし、前後の書き込みでもそのフォローがなされて
いる。いくら2chとはいえ、やはり全くの勘違いがあきらかなら、それなりの対応が
あっていいと思うけど、、、大人なら、、、、

(火に油を注いだのは私ですか?)

あんまりバイオインフォとは関係ないけど
クロマチンのヒストンテイルが発現制御に関わるそうな
でよ、ヘテロクロマチンのヒストンテイルにはSirタンパクが付着して
凝集しているんだが、このタンパク機能がSSBやRecと似ているんだわな
このアナロジーは使えるのかな？

なにをどう使いたいのですか？

ていうか一番勘違いしてたのが >>461だとおもうのは俺だけ？
なんかいまさら出てきて一番滑稽。
着目あびたかったのかな？
誰かからほめてもらいたかったのかな？

まえ162っていうバイオインフォ・シミュレーション絶対賛辞の
すごいひとがいたけど、>>482さんは同一人物でつか？
改行のリズムとかすごいにてるんでつけど・・・・

>>488
違う
375=(^^)=482=489
です
よろしく

>>394=>>483でつ。

>>375?=>>415=>>482でつか！？
面白そうなこと考えてそうですね、、、

（>>487　いまさら取り繕っても、誰も相手にしてない罠）

（>>490　残念ながら、、、コンバージェンスを勉強して出直してください）

おれじゃなくて、>>489だろ？

只今xxxxに嵌り中〜

>>490

375-397-402-409-426-428-450-452-463-480-482-485
ですよ…(我ながら不安定なレスだこと…)
入り浸ってますなぁ(反省)
取り敢えず

・データ処理にブートストラップを導入しようがノンパラメトリックで捉えようが
　そこから外れたデータはたいがい「個人差」で片づく悲しさ
　(生物統計にはこれがつきまとうのでいまいち解析の信頼性を欠く)
　をどういう戦略で解消できるか？
・現在さまざまのところでさまざまなモデル生物を使ってさまざまな生物現象をさまざまな
　思惑をもって解き明かそうとしていますが原理的にバイオインフォだけでこれらの結果を
　ひとつに統合するべきだ することが可能 するかも するのか？

が知りたいんだけどね
でも居ないんだよね　がこのスレに(w

>>487
きみだけ。

悔しかったからって、そういうレスするなって。
そのせいでいつまでも話題にされてるんだから。
たとえ悔しくても、間違えたのは自分なんだから黙ってろよ。そのほうが
早く終息するよ。

>>498
> 　をどういう戦略で解消できるか？
どゆことですか？

>　ひとつに統合するべきだ することが可能 するかも するのか？
バイオインフォ「だけで」とは言わないまでも、「統合すべきだ」に1票

統合しないほうがいい、に一票。

ま、時代の流れはかえらんないよね〜

>　ひとつに統合するべきだ することが可能 するかも するのか？

そうだね 統合できたらいいけど当分は無理じゃないだろうか?

ま、努力はしてもいいんじゃないの。
TRONも15年＋かけてやっと日の目を見てるんだし

500!!
>>498
>>499
激しく同意。

501ゲト

統合しない方がいい、という意見の理由、聞いてみたい気がちょっとある。
・・・荒れませんように・・・。

いち。無意味
に。 苦労して出したデータを易々譲れるかい！
さん。それって食えるのか？

ただの煽りだったようです

久しぶりに来ましたよ

へいらっしゃい。なんにしましょ?

もう来ません
スレベル低いから

レベル高い議論を貴方がしないから

統合しないほうがお互いにhappyだとおもう。

>>508
オマエモナー

509
そうですね。でもみんながハッピーにはなれない時代に突入しますよ

>>498
各生命現象に進化的視点を導入するってのを徹底すればいいということでしょ？違う？
何も新しい視点ではないし、今の本流だって、きっちりそこに向かってる。

>>512
違う

どう違うか述べてくれないとただの嵐ですが？

進化的視点を導入するだけでは統合したことにはならないでしょ。
そこから生物全体の統合的な原理を導き出せるか、というと
それはおそらく不可能。なぜなら進化論は、実際のところ
ダーウィンの思いつきにすぎないわけだから、それが真実だという
証明も検証もなされてない。そのように仮定すれば多様な生物における
類似性が都合よく説明できる、というだけのことで、
「都合よく説明できるから、そこから統一的な原理を導いた」りしち
ゃったら、それは本末転倒。

だから、進化的視点を導入しても、中ではそれぞれ分業状態を保たざるを
得ない。酵母でできる議論は、植物ではできない。それを統合というの？
DBのフォーマットとインタフェースさえ同じにしたら、統合した、という
ことになるの？

>>515
>それが真実だという証明も検証もなされてない。
種の起源を読め．
>本末転倒。
では還元主義のストラテジーは全て無効か？
>酵母でできる議論は、植物ではできない。
統合の意義を履き違えている．
ここでの統合とは biohistory のことだ．
>DBのフォーマットとインタフェースさえ同じにしたら、統合した、という
>ことになるの？
単に異種生物ゲノムのパターンマッチングを試むことが統合ではない．
時間軸(発現の時間差を考慮する)も同期させる必要がある．
個々のゲノム動態も考慮する必要がある．
系統発生の現象が統合のきっかけになり得ると私は考える．

言ってることが意味不明です。
要は進化論を否定したいわけね。

＞ そこから生物全体の統合的な原理を導き出せるか

そもそもそんな原理が存在するかどうか怪しいものだが。

言い忘れましたが
493=505=507=516
です

>では還元主義のストラテジーは全て無効か？
そんなことはひとこともいってない。
>ここでの統合とは biohistory のことだ．
それに統合という術語をあてるのは議論がかみあわなく
なる原因のもと。そもそもbiohistoryからなにか建設的な
発見があるのか、実例を示せ。
>系統発生の現象が統合のきっかけになり得ると私は考える。
発生学の教科書を読め。

>そもそもそんな原理が存在するかどうか怪しいものだが。
同意。だが、それでは誰が何のために統合するのか？

発生学の教科書読むとナニがわかるの？
あいまいなこと書かずに核心をかいてよ

>誰が何のために統合するのか？
HGP初期でもこういう輩が居たよｗ

でHGPの意義と成果は？いまだに宣伝文句以外の具体的内容をきいたことないんだけど。

>>522-523
HGPってなに。Yahooではホテルグリーンプラザが引っ掛かるよ。

真面目に書けばヒトゲノムプロジェクトのことだとは思うが、進化にせよHGPにせよ、
バイオインフォのスレで二人（？）ともそんなに熱くなるなよ。
その手の話題自体は歓迎するが、激しく争いたいのならこのスレでやるのはどうかと。

>522
そうかもね。でもそれとこれとは問題が全然違うだろ。
それとも一緒のレベルで論じたいの？
「統合」だったらみんな一緒か・・・幼稚な(プ

同じ問題だと思うけど？

まあ、みてなさいって。

「統合」とはすなわち「一般原理の追求」を意味する。
ご存じの通り生物現象の解明に還元主義のメソッドを採用しているが
それら個々の研究成果を集積することで生物が従う一般原則を暴くことを試みるのである。

>>161
FellとかKholodenkoとか，nature biotechに以前載ってたSchoeberlとかの
研究って最近どうなの？
こういう研究は進んでいるの？

>>528
/* 161ではないが・・・ */
どういう事をされている方なのでつか。
ご教授頂けるとうれしいでつ。

/* アブスト数本嫁、とかいわずに問題意識
等、解説していただけると有り難い。*/

>>529
Fell,Kholodenko,Schoeberlの論文にちょっと
興味を持った感じなんでこの分野は素人です。

>>527
なんかドーキンスｖｓグールドの論争みたいになってきたな。

>>528, 529
signal transduction の理論みたいな感じ

>>532
signal transductionの理論の研究ってことは
システムバイオロジーなの？

>>530
人名でググると、このスレがトップに出てきたのが何とも(;_;)
>>532
キーワード、ダンケ。
そう聞いてちょっと興味が出てきたのでググってみた。
ほんのちょっとしか見てないけど、pathwayとか書いてあるのだけ
は確認できた。
>>533
『広義の』システムバイオロジーには入ったりして(w
100年スパンぐらいで考えたら、重要性は増えていきそうな仕事だ
と思うけど。

529さんは何に興味があるのですか？

>>534
100年スパンで考えるネタなのか？

　

実体はsignal transductionとかcross talkとかいってた人々が
それだけじゃ予算が取れなくなったのでgenome wideとか
transducisomeとかsystems biologyとかいってみたりしてるだけ
という気も

上の方はそうだけど、下で中身をつめなきゃいけない人がいるでしょう。

下の人は、だから、旧態依然のままcross talkの研究をしてるだけなわけ。
昔とちがうのは時々二次元電気泳動をつかうことくらい。

>>540
KEGGがいけないんじゃないの？あーゆー遠慮の無いナワバリの張り方された
ら、他はトランスダクションではやることなくなるわな。しかも、当人達には
そういう意識はなくて、『我々はこれからの時代に則した研究環境を提供する。』
という考えなんでしょうね。それが一番厄介。ナワバリ広く取るなら結果を出して
欲しい。それをパラダイムとして、サイエンスというのは前進するものなので。

>>541
KEGGは図書館と同義。書架管理人に研究能力が無いのは自明。保守に忙殺されるからな。

けぐのナニが悪いのか？
研究でも新技術でもないただのDBなんだから
文句いうようなものじゃないはずだが？
文句いってるやつはDB屋か？
DBとして完成度が高いわけでもないんだから、
もっといいものを軽々作って見せろや。

KEGGネタはやめませんか??
それよりCellCycleとか上記のSignalTransduction
とかの研究ってバイオインフォでどういう成果が
でてるのか聞きたい。

>>538
transducisomeってどんなことしてるの？
シグナル関連因子の探索とか
その定量的な量の解析とかですか？

バイオインフォの最大の成果はヒトゲノムなどゲノム全塩基配列の決定
（つなぎあわせ）とそこに遺伝子をあてはめていくannotationでしょ。
けれども、このソフトの部分で日本は全くといっていいほど貢献をしなかった。
そのへんでつくっている遺伝子構造予測ソフトなんかひとりよがりかひとまね
みたいなものばかり。一番かんじんな部分で貢献しなかったからその周辺の
重箱のすみをつつくことになる。でも、最近はＭ下先生なんかいい線行ってる

>>543
それがそうでもないのさ。
KEGGがあるんだから、そんなことしなくてもいいじゃん
みたいにつぶされる研究提案や申請書が。。。
軽々つくれるかどうかはともかく、出だしでくじかれる
若手は結構おおいはず

>>545
>バイオインフォの最大の成果
(゜Д゜)ハァ？
>ソフトの部分
(゜Д゜)ハァ?


annotation ＝ ひとりよがり

が正解。

なんとなく、この分野は自分のやっていること・知っていることだけを
「バイオインフォ最大の成果」とか「バイオインフォの主な役割」みたいに
思ってる人が多くないか。
そして自分のやっていないこと・よく知らないことを
「ひとりよがり」とか「役に立たない」みたいに思っている人も。

(だって情報学の専門家ではあっても、もともと生物の知識や
素養のない素人の人が、ちょっと関連論文読んだだけで大量に
参入してくるんだもん、しょうがないんじゃねーの？・・・)
ひとりごと

549
逆もまた真であることも含めれば、まったくその通りだ。
生物素人の情報屋、情報素人の生物屋が参入すること自体はぜんぜん悪くないが、どちらも自分が素人だということは自覚して欲しいものだ。
とめちゃくちゃ既出のコメントを。

情報学って何？数学できんの？
unixがほんの少しだけ扱えるだけならSEに逝ってよねｗ

Bioinformaticsっていうけど　結局のところ存在するのはBiologyだけだろ？　
情報管理において便利になるのは有難いが・・　生物の本質に結びつく問題を見出すための道具と考えればいいのでは

>>552
そうなんだけど、そう断言されるとやけに反発したがる情報屋と、
道具を作るためには生物学から離れた能力も必要なことを
認めたくない生物屋が荒らしていくのがバイオインフォ系スレの定番。

生物も情報も「時代の花形」扱いされるのに慣れてるから、そういうのが
苦手なんじゃないかと。

>>545
まあ、いまのところ最大の成果はゲノムプロジェクトそのものとアノテーションだね。
バイオインフォマティクスナシでは、アセンブリすら出来なかったわけだから。
さらに言うと、マスにしろマイクロアレイにしろ、バイオインフォマティクスと言っていいんじゃないだろうか。
ただ、どれも応用技術に過ぎないから、今後の方向性はちょっとかんがえてみるべきだよね。

>>546
KEGGにつぶされたって・・・おんなじようなDBつくるからでしょ？
つーか、予算を取れなきゃ作れないようなものでもないと思うんだが。
小規模でいいから作って公開して、世界に認知されれば予算審査でも認めざるを得ないはず。
ま、KEGGの人が予（自粛）ってるから、よほどじゃないと難しいのかもね。

>>554
生物学はアクマでも生物学だということ。いくら生物学研究に
貢献するDBをつくったとしても、生物学研究として認められたり
生物学関連コンソーシアムを牛耳ることはできない、KEGGがどう
いう仕事なのか分ってないのは官僚だけ。

>>555
牛耳るほうはともかくとして、認めるほうはやってもいいと思うけどね。
生物学と情報学に限ったことではなくて、決して日本の生物学者はうんぬんといった
（偏狭な）情報屋の語りたがる話とは違うが、全体的にそういう仕事を
認める土壌がないよね。
分析化学なんか世界でも結構いい線行ってる分野もあるのに、
外国の大きな賞を取るまでほとんどまともに評価されない、というところはある。

まあ、別に>>555は「KEGGを認めるな！」という主張ではないので、
555宛てに書くことではないのだが。ｽﾏｿ。

>>556
別にKEGGでなければならない理由が無い
ExPASyがあるだろ

>>556
>>557
KEGGに金出してるなら、他に金ださない理由がなくなっちゃうよね。
つまりは、あの程度でお金イパーイもらえるなら俺がやりたいということ。
この先もKEGGを続けるなら、やっぱり”キラーコンテンツ”というが
必要になってくるけど、、、見通しは暗いですね。

研究者：「…………というようなDBをつくろうと考えているわけですが、」
官僚：「で、それはKEGGとはどう違うんですか？」
研究者「すませんKEGGってなんですか？」

>>558
>キラーコンテンツ
例えばどんな？

>>559
( ´_ゝ`)フーン

おまらキラーコンテンツの意味しらないだろ？
知ってたら「例えばどんな？」という質問はでないはずだが。

>>561
知ってるよ
だから考えれ
まず561はKEGGが他のどのdbサイトにもない特徴を示せ
その特徴を発展させればそれがキラーコンテンツになりうる

KEGGから何かわかったことってあるの？

>>562
キラーコンテンツは教育支援ツールだな(お客は学部生)
KEGG自体がチュートリアルでなければならない

>>563
ないよ

>>562
「URLが覚えやすい」
ていうのは売りにならないか？

あまりKEGGのこと知らない人が多いような気がしてきた。漏れもだが。
>>548読め。

まず、KEGGのことを悪意抜きで説明してみよう。話はそれからだ。
と書いても悪意付きでしか説明されないのだろうけど。

>>566

KEGGは ttp://www.genome.ad.jp/ の一部。
システム構成は ttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html で概括できる。
基本的に ttp://www.genome.ad.jp/kegg/kegg4.html から pathway 偏重が伺えよう。

でいいかな？

ときどきしかアクセスしないが、ユーザからひとこと。
pathwayは一応重宝しているぞ。

論理レベルとメタ論理レベルの仕事をごっちゃにして評価しようというのが
乱暴な話しだ。KEGGはメタ論理レベルでみれば単なる一つの仕事ということ
認識していただきたい。別に日本の生物学のあり方を変えようとか、他の
メタ論理を否定したりすることがあってはならない。
　また実験科学では、論理はメタ論理に従属するものではないという事も
重要で、従属してたとしたらとても危険。

>>567
偏重という表現は悪意そのものじゃないのかなｗ

ときどきしかアクセスしないが、ユーザからひとこと。
pathwayは重宝しているが他は使ったことがほとんどないぞ。
GTOPってKEGGのコンテンツだっけ？
あれは結構すきだぞ。

>>571
同じく。今やっているゲノムプロジェクトで、アノテータさんに見てもらう
予定のデータはKEGGから出てきてるYO!

>>568
次の文との違いを的確に指摘してください。
「生物学辞典はときどきしか使ってないが重宝してるぞ」

>>572
話し、噛み合ってるか？


結論としては、KEGGは内容の割りに予算取りすぎてるので嫉ましい、ということでいいですか？

p.s. K久先生
以前、GIWに数十人秘書連れで会場近くのレストランで食事してるのをお見かけしましたが、
会場近くであのハーレム状態、費用はいったいどこから？なんて勘ぐられても仕方ないと思います。
あれはちょっとやりすぎじゃないですか？
それと、以前○○費でエレクトーンを購入し、演奏専属の秘書を雇用していたという噂を聞きましたが、
それはさすがに悪意ある噂に過ぎないんですよね？

>>573
>KEGGは内容の割りに予算取りすぎてる
これは真。数十万円のオーダででも構築可能だ。
>嫉ましい
これは偽。厨房の課題に相応しいシステムに何故嫉妬心を抱かねばならんのだ？
>噂
奴の話など興味無し。単に祭り揚げられた無能者なんだろう。
ラボマネージメントのみで研究時間を奪われた者の末路の何と酷いことか。

>>574
>>嫉ましい
>これは偽。厨房の課題に相応しいシステムに何故嫉妬心を抱かねばならんのだ？
>>噂
>奴の話など興味無し。

これらの表現から嫉妬以外のものを読み取るほうが難しいのだが。

正当な批判として述べたいのなら、「KEGGがどういうシステムで、
どういうところが悪いのか」を冷静に述べたほうがいいんじゃないかな。
バイオインフォ系スレはこの手の「平常心を失ったレス」が多いような気がする。
>>573の「嫉ましい、ということでいいですか？」もだけどさ。
賛成するにせよ反対するにせよ、自分の感情を持ちだすなよ。

>KEGGがどういうシステムで、
>どういうところが悪いのか
>を冷静に述べたほうがいいんじゃないかな。

ではKEGGを語って下さい

つーか秘書数十人は流石にネタだろ。

>>577
だからそういうのはほっとけって。
雑談スレは「教えてください」で、こっちは専門スレなんだし。

て、「教えてください」スレは最近全然レスがないみたいだが。

>>577 二十名＋ほどでした。実際に見た人も多いのでは？ GIWの受付業務等をやっていた人にしても多すぎます。

>>576 栗被るマプ

KEGGがなにかを語るのも大切だが、
KEGGのように一度サーバで予算をとって
プロジェクトを立ててしまったラボの
悲哀と、そうなってしまった日本の科学技術予算の
ありかたについても語るべきだと思う。

たとえばJBIRC/CBRCや蛋白研（阪大)は大丈夫
だろうか？

バイオインフォマティクスで継続的に大型予算を
中断せずにとりつづけることの難しさ。

>>581
それが「物理・化学的情報」だと思うなら語ってもいいが、とてもそうとは思えん。
別に厳しくスレを使い分けろ！というつもりはないが、そういう
いかにも荒れそうな（そして素人さんを呼び込みそうな）ネタは
システムバイオロジースレか教えてくださいスレでやってはどうだろう。

このスレくらいは、もっと専門的な話題を細々と（1日1レスくらいで）
語るスレでいて欲しいなあ、と勝手に思っているのだが。
各スレが順番に（素人・専門家入り乱れて）全部荒れていくのはちょっと…。

文句あるなら、四の五の言わず、きちんと誘導しろよ。
誘導するってのはURLをちゃんと貼るってことだぞ。

それがメンドクサイなら御託はほどほどに。

バイオインフォマティクスを教えて下さい 6
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1060124095/l50

システムバイオロジーを教えてください
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

本スレを知らない人まで出て来たんだな。
あのスレはそこまで廃れたか。

最近来た人にはバイオインフォスレの歴史はわからんな。
このスレの場合関連スレが>>2と>>14に分断されてる上に、>>14にも「5」までしか書かれてないしな。
その辺が、このスレに「スレ違いを指摘されると逆ギレ」というパターンが多い理由かもしれん。

ただ、>>582程度の指摘に逆ギレするなって。自尊心強すぎ。

(゜д゜)age

>>585
581です。583とは別人です、念のため。

age

583です。
こんな閑散板の閑散スレで話題提供もせず、
自分のルールを押し付けようとしていたので
苦言を呈しました。
別に切れたわけじゃありません。
つーか、ageとか言ってるくらいならすれ違い
の話題でもイイト思う。

582っす。
高圧的に見えたのならｽﾏｿ。そこまで厳しく指摘したつもりではなかった
のだが、書き方が悪かったな。

>>589
言いたいことはわかるし、正直漏れもそれほど厳密にスレを分ける必要が
あると思っているわけでもないが、学術スレでスレ違いまでして
盛り上げる必要はないんじゃないかなあ、という程度のつもりだったのだが。
ちょっと盛り上がったらすぐ荒れるしね。
ageしか書いてないやつも同様。こっちのほうが悪質だとは思うけど。

というか、結局バイオインフォスレが乱立しすぎなんだよな。今は
「なるには」スレで就職以外の話題が展開されてるし。
何度も訪れている人以外は、結局最初に目に付いたスレに書き込もうと
思うだろうし。
正直、無理に盛り上げるくらいならdat落ちさせたほうが整理されて
いいんじゃないか、と暴言を吐いてみたり。

まあ、最初からスレ分ける必要なんてなかったんだよ。
このスレ立てた奴は偉そうなこといってた割に
建て逃げだし。
幸い、板自体がまったりしてるから
目についたとこに書き込みでいいんじゃないの

TGEの文字列照合アルゴリズムのしくみを曝してください

TGIFならしってるよ。Thanks God It's Friedayダ

ウィッキーさんage

分子生物学会にネットワーク解析系のポスターが大挙。
ほとんどのポスターが誰かに「実証はしてるんですか？」と
突っ込まれていて、担当者は苦笑い。まわりは誰も笑って
なかった。

>595
それは実験？それとも計算機での予想？
実験の方しかフォローしてないが、人だかりが凄かった。
タイトルに「網羅的」「ネットワーク」「ハイスループット」とかつけるだけで人があつまるのかね。

GIWあげ。
正直、GIWと分生の時期をあわせるのは逆効果だと思われ。

age

ネットワーク大流行だね
やはりついにシステムスバイオロジーの世界が
やってきたか。ところでシミュレーションのシンポジウム
聴きに行ってた人、レポートしてくれませんか？

600

>まあ、なんだな。いきなりであれだが、冨田さんってのはビルゲイツに
>似てるなｗ　宣伝がうまい。

どっかのおっさんに将来ノーベル賞だとか言われ、
雑誌の表紙にもなり、また調子乗り度が増すんじゃないの？

富田さん自身はどーか知らないけど、学生はそうとうアレだな。
部屋にいるから、ちやほやされてるだけなのに、、、、、

＞どっかのおっさんに将来ノーベル賞だとか言われ、

おっさんって・・・

シドニーブレナーというのでは・・・

(´-`).。ｏＯ(Brenner は joke 好きだからなぁ・・・

今年のGIWはどうだった？

シミュレーション情報教えて！！

シミュ板はいつの間にこんなことになってしまったんだ？
http://science.2ch.net/sim/

いやはや、
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1067272374/
で粘着の相手してたんだけど、最後は何を勘違いしたか理研批判。
相手すると酔っ払いみたいに絡まれるから放置することにした。

よっぽど、くやしかったみたいね。BSiという身元がばれてしまったのが、、、
後は、理研内で処理してください。

もっと理性的になりたいでツね。

456 名前：４３３ 投稿日：04/02/10 07:44
報告させていただきます

>>309,>>310のIPそれぞれ管理人様より協力的に提供させて頂きました。
これ以上煽るようならまずはアクセス制限にて対処するので出来るだけ
穏便に事を進めて頂きたい、とのことでしたがサイは投げられましたので
悪しからず。
IPは他の板に晒しageしておきます。ここだと名誉毀損にﾅﾁｬｰｳからねＷ
ヒント：みんな暇ならここ見るんじゃないかなあー（謎
もう私はこのスレにカキコしません。そのかわり、、、、、（￣ー￣）ニヤリッ

456 名前：４３３ 投稿日：04/02/10 07:44
報告させていただきます

>>309,>>310のIPそれぞれ管理人様より協力的に提供させて頂きました。
これ以上煽るようならまずはアクセス制限にて対処するので出来るだけ
穏便に事を進めて頂きたい、とのことでしたがサイは投げられましたので
悪しからず。
IPは他の板に晒しageしておきます。ここだと名誉毀損にﾅﾁｬｰｳからねＷ
ヒント：みんな暇ならここ見るんじゃないかなあー（謎
もう私はこのスレにカキコしません。そのかわり、、、、、（￣ー￣）ニヤリッ

http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1067272374/

458 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：04/02/10 08:03
セフレならいますが何か？

459 名前：名無しゲノムのクローンさん ﾒｪﾙ：sage 投稿日：04/02/10 09:25
リモホってのは名前の通り、正しく参照すると個人（が使ってる端末）
に行き着くんだがな・・・
尤も正しく参照するにはプロバの協力や何やら要るわけではあるが、
犯罪行為があると簡単に（ｒｙ

どっちが素人なのやら・・・









やりすぎると痛い目見るよ

最近ネタないの？

>614
なさげだなあ。バイオインフォスレ全部落ちまくってるし。
lsGridの話もサンディエゴの話にもまだ早いだろうし・・・。