バイオインフォマティクスを教えてください 5

1 名前：みなしごEST 投稿日：2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

過去スレは >>2

バイオインフォマティクスを教えてください
http://cheese.2ch.net/life/kako/989/989027255.html

バイオインフォマティクスを教えてください Part-2
http://cheese.2ch.net/life/kako/1002/10024/1002423501.html

バイオインフォマティクスを教えてください 3
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1016679213/

バイオインフォマティクスを教えてください 4
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/

3 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/26 03:11

http://www.maildottokoi.com/i/index.cgi?id=JaR9LQdmnW

4 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/26 05:21

僕にも教えてください

5 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/27 02:07

このスレは理化学研究所のY先生一味をたたえるスレとして再出発します

6 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/27 21:55

どんなふうにたたえるの？

7 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/27 22:22

ブッシュの息子びっくり
　　　　　　　　国際的エロリストエロカイダ　同時多発エロ
　　　　　　　　
　　　　　　　　　　巨乳おっぱい二つが高層ビルに激突！！！
　　　　　　　　ペンタゴンに貧乳おっぱい激突か？現在確認中　

http://tv2.2ch.net/test/read.cgi/eva/1038360362/l50

8 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/28 14:05

横山か、それはかんべんしてよ。
NMRの専門家じゃないのに、世界で一番NMRを買い込んで、
国内のしょぼいバイオインフォマティクスの人材すらどうやってリクルートするのかしら。
萩谷なんかは、守旧派人事そのまま、小さい小さい情報科学科に、霞ヶ関みたいな権威主義で人事を振り回して、
従順に秩序にしたがう、三流エンジニアだけ育てている。
いずれも、小山の大将。

9 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/28 16:32

クソスレ上げんなよボケェ

10 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/28 21:12

コンテストに応募する人いる？

11 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/28 21:43

優勝はＥｃｅｌｌに決まってるんだろ?

12 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/28 23:49

E-cellのどこにアルゴリズムの新規性があるんだい？

13 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 03:15

なんのコンテスト？

14 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 09:59

>>12
新規性が問われるんだっけ?

15 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 10:44

ボスの指示でバイオインフォをこれから勉強する初心者です。
まずlinuxマシンを整備しようと思います。
linuxにも赤帽とかターボとかいろいろあるみたいなんですが、
バイオインフォに適したものってありますか？
それとハードは大学生協で古いdynabookSSが安売りしてるのですが、
それを買ってもらえばいいでしょうか？
教えてクンですみませんがよろしくお願いします。

16 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 13:24

debianがベスト。

17 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 13:26

>>15
買うならデスクトップ。用途にもよるがＨＤＤは限りなく大きく、
ＣＰＵは限りなく速く、メモリは最低１ＧＢ必要。
ノートじゃメモリの上限が低すぎる。

18 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 14:23

>>16-17
レスありがとうございました。
「初心者でもわかるバイオインフォ入門」（坊農）羊土社に
XPが動かないくらい古いマシンの方が実績があって良いと書いてあったので･･･。
debianですか。探してみます。日本語環境もありますかね。
ドライバ含めてプレイントールされたやつが売ってあったらいいのですが。

19 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 18:33

新しいマシンだとビデオカード用ドライバなどの問題で
linuxインストールがうまく行かないことがあります。
坊農氏がいっているのはそのことでしょう。
しかし、練習ならともかく実用にするつもりなら速いマシンがいいです。
Ｌｉｎｕｘインストールの障害は多くの場合ＸＷｉｎｄｏｗシステムの
新型ビデオカード不対応によるものなので、うまく行かないときは
Ｘを入れるのをやめておくか、ビデオカードだけ古いものにすればいいでしょう。
まあ、Ｘはすぐに新しいのが出るので、ちょっと待ってりゃドライバも
出てくるのであまり心配は要りません。

古い方がいいってのは、かつてシステム管理者がよく使っていた言葉で
「管理を楽をするための詭弁」なのですが、彼はまともに受け取ってしまったのでしょう。

20 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 20:42

だって計算機の専門家じゃないもん＞某脳
でもそういう立場からの発信なわけでしょ？どうせなら金久研の内情でも
赤裸々に告白したほうが楽しいのにね～バイオインフォの本なんか書かずに

21 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 21:08

>>19
Perlをススメルのも「詭弁」ですかね？

22 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 22:28

>>20
かれはそういう人ですから。

>>21
違います。プログラム屋の中にはＰｅｒｌを使うことに関していろんなことを
いう人がいますが、ほとんどの場合その意見は間違っています。
なぜなら、彼らは開発にかかる手間と時間、および実行に要する時間の「バランス」
を考慮していないからです。

23 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 22:50

VBのようなGUIで、計算、ファイル管理、グラフィック
のライブラリを揃えたようなのないのかなぁ・・・

24 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 22:52

>>23　あるよ

25 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 22:56

ある種のプログラム屋は言語論争・OS論争なんかが大好きだからねえ。
まあ、売り物にするつもりならともかく、そうじゃなければ言語にこだわる必要なし。

26 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 22:59

>>23
「WideStudio」

27 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 23:13

>>25
こだわる必要はあるよ。
いかに、ミスを少なくして短時間で開発を済ませるかは
研究を進める上では死活問題。
「一見」とっつきやすかったり「美しい」言語のいかに危険なことか。

28 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 00:01

>>27
しかし、言語を選ぶこと自体が目的みたいな議論も（某板などでは）あるからねえ。
まあ、目的に応じてほどほどにこだわれ。

29 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 00:49

>>16
なぜdebianなの？
バイオインフォ用途でなんか利点ある？

30 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 02:40

>>29
BLASTとかClustalW/ClustalXとかがパッケージになっているから。
たとえばBLASTなら、apt-get install blast2 でインストール完了。

しかし、Linuxにこだわらないのなら、FreeBSDのほうがbio関係のパッケージ
(Ports)が多い罠。http://www.FreeBSD.org/ports/biology.html

31 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 03:01

パッケージになっている必要ないじゃん

32 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 11:09

時間の節約だよ。
インストール好きなひとにはお勧めできない。

33 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/30 23:48

>>20
彼は赤裸々に告白するほどいまだ内情に通じてるんですかねぇ～。
いい加減このイメージ払拭したいのでは？
＃あ"、「暴露」とか「公開」じゃなくて「告白」かぁ・・・。

34 ：ぼうのう：02/12/01 03:10

>>19
ちょっとちがうよ。
いろいろなマシンにlinuxをインストールしてきてそう体感したから。
確かに、ぼくの書いたインストールの仕方がまずいのかもしれないけど。
それならぜひ、本の掲示板の方にご意見を書いて下さい。
http://www.yodosha.co.jp/bioventure/bioinfo/

>>33
「内情」とは？「告白」するようなことはすでにしてきたけど。
少なくとも私は私怨をネットにさらすつもりはありません。

35 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 03:33

>>34
いろいろなマシンにインストールをしても向上がなかったと。
ま、ある程度古いマシンのほうが「インストールは」楽だ罠。

36 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 03:59

>>18
linuxインスコ確認済みのハイエンドＰＣにすればいいんだ罠。
赤帽なら結構あるぞ。

37 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 09:58

PCで２Gより大きなのメモリをのせるてっとり早い方法ってある？
しかも、linuxとか使えるとさらにうれぴー

38 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 10:43

>>37　IA64使ゑ

39 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 18:25

>>37
IA32でもメモリ4GBのったPCでLinux(赤帽)動いてるよ～。
38氏がIA64と言ってるのは、物理的に2GB以上メモリがのっていても、
32ビットなIA32だと1つのプロセスから一定量以上の物理メモリを
全て使えるわけではないということじゃないかと。
2^{32} = 2^2 * 2^{10} * 2^{10} * 2^{10} で4GBってのはいいですよね？
カーネルの実装がメモリ空間を単純に32ビット中の1ビット使って、
システム(OS)かユーザかを表している場合、
それぞれに割り当てられるのは31ビット分の2GBになるわけですね。
64ビットプロセッサだと、上の32を64に置き換えれば良くて、
今のところTB程度の物理メモリしかないので暫く心配はない・・・ハズ。
Solaris/x86だと4GB近く使えるって聞いたことあるけど、
Linuxではどうなんでしょ？

で、価格的には恐らく、

　　4GB載るマシン >> 2GB載るマシン2台 >> 1GB載るマシン4台

なんで、何に使うかによりますね。

B農氏の入門本は見てないので何とも分からないですけど、
どっちかと言うと「実績リスト」みたいので調べて大丈夫そうな部品のを
買うか組み立てるかするのが前向きでよろしいのではないかと。

40 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 18:56

>>39
カーネルの再構築して4Ｇ使えるようになったの？

41 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 20:00

>>40
赤帽プリインストールだった...。
カーネル再構築しないままで4G使えるかどうかは未確認です。
すんません。

42 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 20:52

smp+64ＧＢサポートｋｅｒｎｅｌのrpmパッケージがあるね

43 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 22:33

64GBサポートって物理サイズのことですよね？
いずれにしてもIA32だと4GB/processの壁があるんですよね？
(違ってたら嬉いですが・・・)
Itenium {無印|2} PC上のLinuxってまだまだ人柱感強い気が・・・。
Linuxのスレッドの実装もまだ・・・な気がするし。
結局Solaris/SPARCとかってなっちゃうんですかねぇ。。。
うぅぅむ。

44 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 00:23

HITで買ゑ

45 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 01:06

>>14
問われる。
解くだけなら何れも難しくない。

46 ：ｼﾛｰﾄ：02/12/02 15:14

僕は情報科学について全く知識がないのですが、
勉強したいと思います。
しかしどこから始めていいのやら分かりません。
どなたか、教科書、参考書、ウェブサイト、雑誌等、
素人が一から勉強する良い方法を教えてください。
レスの流れと全然違いますが、教えてください。

47 ：ｼﾛｰﾄ：02/12/02 15:17

言い忘れましたが、僕は生物の学部生です。

48 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 15:42

君のやるべきことは、いくつかあります。
１．Unix(Linux)の基礎（ユーザとしての使い方）
２．同　管理者としての使い方
３．プログラミング（Perlなど）
４．Webプログラミング（CGI、PHPなど）
５．情報論（記号論理学、グラフ理論、近似法論など）
６．統計学（基礎、多変量解析など）

生物の学部生なのだとすれば、生物の基礎作りもしっかりしてください。
大学院に至るまで知識の詰め込みが必要です。

49 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 20:28

>>48
具体的な本など教えてくれたらありがたいのですが

50 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 20:59

>>49
さあ？　全部書いてある本はないし、個々の書籍もよくわかりません。
いわゆる「線虫本」は１と２－３のさわりくらい書いてあるんじゃないかな。
あとは、ぼうのう氏にでも訊いてください。
彼のMLに入ったら（たぶん）懇切丁寧に教えてもらえるでしょう。

51 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 21:07

>>49
情報科学科とか情報(理)工学科とかの講義に出てみたりするのはどうでしょう？

52 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 21:27

>>48
1～4って「情報科学」か? 必要な道具ではあるかも知れんが・・・。
＃やっぱり情報系ってそんな風に見られてるのね (T T)

まぁ、何をしたいかにもよるけど、理工学の専門書が置いてある書店で、
「アルゴリズム」ってキーワードで探してみたらどうでしょう。
上の6つの分類でいったら「グラフ理論」はその一部ですね。

定番的なものだったら、
Introduction to ALGORITHMS: T.H.Cormen他 (MIT press)
とか？

53 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 22:23

>>48
１～４: 現代人の基礎知識。
6: 生物やってて知らなかったらやばい。

というわけで、５以外は、生物学をやるのには必要、ってだけで、バイオインフォマティクスとは関係ありませぬ。
もちろん、バイオインフォマティクスやるには知らなかったらどーしよーもないけどね。
しかし、４、はわざわざ書く必要ないでしょ。１－３ができてる人なら、勉強すりゃ一日もあればマスターできるんで。
ついでにいうと、Perlはもちろん重要だけど、学ぶんだったら、CかC++かJAVAにしようね。Perlで詰まった後Cとかを書きたくなったりすると、相当苦労するので。
CとかC++とかJAVAとか書ける人は、Perlなんか3日もあれば、何でも書けるようになるけど、逆は半年かかるから。

記号論理学とか、グラフ理論、とかいう前に、>>52のいうとおり、アルゴリズム論、みたいなのが必要だと思われ。
ひととおり、基本的なデータ構造と、計算量とかの概念がわかれば、あとの、難しいことは、情報やさんにまかせればよろしい。
でも、そこまでわかってないと、情報やさんがいったいどのようなことが価値があるのか、ってのが全くわからないので、共同研究も難しいと思われるので。

しかし、記号論理学はいらないなー。DNAコンピューティングでもするなら別だが。

まぁ、それよりもなによりも、生物の方の分野でも、これこれなら、日本で自分より知ってる奴はいない、くらいの知識がある分野が絶対いると思うよ。
そうじゃないと、誰も相手にしてくれないから。

54 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 22:53

>>52
だからちゃんと5番に情報論ってかいてるじゃん・・・
バイオインフォマティクスで扱う以上、道具立ては必要でしょ。
純粋な情報論ならなく済むものもあるんだが。

>>53
いいたいことはわからなくないが、ゼロから始める人は
この辺からはじめなきゃしょうがないでしょ。
それと、情報系の人はCとかC++,JAVA進めるやつが多いけど、
あれは、初心者にはまったくお勧めできないよ。理由はいろいろあるが・・・

アルゴリズム論については、書くの忘れてました。
確かに重要。プログラム＋データ＝アルゴリズムだね。
データのデザインがどれほど重要か、生物やはほとんど知らない場合が多いし。

記号論理学は必要だよ。その理由がわからないのは、すでに当然のこととして
頭に入っているか、もしくは情報論そのものが頭の中にないせいだと思う。

最後の知識に関することは、まあ賛成だね。

55 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 23:17

論理学がいるのって、

１、BLASTの専用FPGAを作りたいので、論理回路を組みたいと思う。
２、DNAコンピューティングをやりたいので、チューリング機械とかちゃんと勉強したい
３、今とりくんでる生物学の問題がNP完全か証明したいので、３SATが何かから勉強したい
４、今、代謝経路の計算で、微積分がでてくるんだけど、その展開した式があっているかを、自動証明で、確かめるプログラムを作りたい。

うーん、これくらいしかおもいつかない。。。　って、これはバイオインフォマティクスじゃぁなくて、ただの情報科学だ。。
「論理的な思考」は重要なのはたしかだけど、ほんとに論理学がいるのか？？？
うーむ、わからん。

56 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 23:26

プログラム＋データ＝アルゴリズムって、、、
どちらかというと、　アルゴリズム＋データ＝プログラム　だといちおうつっこんでおきましょ。
まぁ、＝じゃないとおもうし、どっちだっていいはなしでもあるが。。

57 ：ｼﾛｰﾄ：02/12/03 00:38

皆様、早速のレスありがとうございます。
やらなくてはいけないことがたくさんあるのは分かりましたが、
正直、どれをやったらいいのか依然判然といたしません。
情報科学に詳しい方でしたら、レスをよーく理解できるのでしょうけれど、
いかんせんど素人ですので。
講義は取りたいのですが、時間的な制約で無理です。
生物学関連はそれなりに取り組んでいるので、問題はあまりないと思います。
できましたら、書籍をあげていただけると助かります。
おねがいします。

58 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 00:49

>>55
プログラムの中で論理使ってないの????
それでCとかJavaとかいってよく恥ずかしくないねえ・・・・
ま、意識していないだけだと思いたい。

>>56
つっこみありがとう。気づいてくれなかったらどうしようかと思ったよ。

>>57
というわけで、ひとつの教科書は>>56で書かれてるやつ。

59 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 00:59

52です。

>>48, 54
ごみん。(^^;
確かに、極端なことを言えば、
情報系の人に「発注」する能力があれば良い訳ですよね。
せっかく生物系の環境にいるのなら、まずは今の専門を極めたらよいのかなぁ。
(バイオな？)情報系とかに進学等を考えてるならどうでしょうかねぇ。

同様に情報系の人間も努力しないといけないですけどね (--)

>>53
そうですね。。。
「データ構造」とか「計算量」とかって言うと難しく聞こえるけど、
自分の手順がどの位の時間かかるのかといったことを気にする頭は必要ですね。
自分がやりたいことが実現できるのなら道具はなんでもよいとも思うけど。

それを言うなら、
　　「アルゴリズム＋データ構造＝プログラム」(by Wirth←Pascalの設計者)
ね。 (^^)
＃別な意図があったのかな？

これからの人は両方の分野に触れる機会が多いのですから、
自分に合った割合でやって行かれたらよろしいんじゃないでしょうか。
情報系のもので必要になるのはごく一部ですわ。
「CPUを設計しよう」とか「コンパイラを作ろう」とかは普通いらんでしょ。

でもこの分野での情報系の評価(?)って決して高くない気はする。
生物系を込みにしたらやっぱりマイノリティーだし。
しかも純粋な情報系とも違うしね。
ビミョーなんだよねぇ～。

60 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 01:19

>>58
「論理」って && とか || のこと？
":-"系の言語のならそのまんまのような気もするが、
Cの中で記号論理って言ったら？？？
if文で使うようなのは「記号論理」とか「論理学」という文脈からは外れてるような。
鬼のように複雑な条件文を書くとか？
え？何々？

61 ：54：02/12/03 01:22

>>59
本のタイトル、間違えてました。ずいぶん昔のことだったから。
いまだったらオブジェクトで考えるべきなんだろうけど、あれは原点と言っていいでしょ？

それとCPUの設計やコンパイラの設計も、実は思考力を高める上で無駄とはいえないんだよね。
初心者には荷が重過ぎると思うけどさ。

プログラミング言語については、開発時間、デバッグ、習得に要する時間ｅｔｃを考えると
非専門家が扱うにはＣ、Ｃ＋＋，Ｊａｖａは若干重い気がする。
特にファイル操作文字列操作が主体であるバイオインフォマティクス研究においては特にそう。
文字列、ハッシュ、レギュラーエクスプレッションを扱うのはＰｅｒｌが圧倒的に楽だと思うよ。
まあＣは昔プロのプログラマとして使っていたけれど、Ｃ＋＋は今の標準が決まる前のものしか
使ったことがないし、Ｊａｖａにいたっては趣味で使った程度だからもっと突っ込んでやった人は
別の意見を持っているかもしれないうけど、いくらなんでもゼロの初心者が私よりも高いレベルに
あるとはちょっと考えられないから。

情報系の評価に関しては、生物系から見た場合も情報系から見た場合も評価は決して高くないと思う。
生物系から見たら、「取りこぼし」が多すぎる。つまり、生物系から見て「ここはどうしても譲れない」と
いう部分を切り捨てて、あるいは見落としてモデル化してしまうことが多いから。」
情報系の立場で見れば、学問的な新しさも技術的新しさもあまりなく、
単にバイオロジーデータに「フィッティング」したというだけの印象。
というところじゃあないんでしょうか。

62 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 01:31

http://global.whitesnow.jp/casino.partner.toppage.txt
ボーナスを倍に増やしてからはまってます。
仕事が忙しくてなかなかパチ屋に行けないのですが、
インターネットカジノなら寝る前にチョコッとできるので、
時間が無い人でも出来るってとこがＧＯＯＤですね。

63 ：ｼﾛｰﾄ：02/12/03 01:58

どうも素人が質問する場ではないようですね。
教えてください、というスレなのでいいかなと思いましたが。
お騒がせしました。

64 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 02:19

>>58
「56で書かれてるやつ」ってパスカルだよね？
確かに歴史的な著書(70年代?)だと思うけど、、、
初めての人の独学にこれはどうなんですかねぇ？

タイトルに「アルゴリズム」って入ってる本って大別すると２つかな。
ひとつはアルゴリズム事典みたいの。例題とか載っててそれを写したり、
download したらすぐ使える感じ。使用言語はCやC++とかかね。

もうひとつはもう少し抽象的な書かれ方をしていて、
「教科書」って感じの。前にあげたMIT pressのはこっちだね。
使用言語は擬似言語(←Pascal風だったりする)で書かれていることが大抵。
計算量とかを勉強するんだったらこっち。

なので、MIT pressのやっとけばいいんじゃん。
洋書の方は2版がでてるけど、初版とそんなに(殆ど?)変わらないから、
初版の訳本でもいいと思うし。

それと「アルゴリズム自体」と「その実装法」とはまた別もので、
そういう意味で「C言語によるアルゴリズム」みたいな本も見たらOKだと思います。
実際に、アルゴリズムの研究者でもプログラムを書かない(書けない?)人は
たくさんいる(と思います)。

×××プログラミング(×××はスクリプト言語名)って感じの本は、
アルゴリズムの勉強にはあまり役に立たないと思われ。
JAVAも多分ダメ。FORTRANは数値演算とかですが・・・。

特定の処理系の名称が入っているのも遠慮ね。
「Visual ○++ .NETプログラミング」とか。

65 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 02:41

みなさん、分子生物学会の準備はいかがですか？

66 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 03:05

>>63
え？もういいの？そんなに簡単にあきらめるなよ～。
ここが「２ちゃん」なのを忘れたのかい？
なんだかんだ知ったかぶって、
ちょっとズレたこと書いてる(人もいる)んだよ。
しょうがないなぁぁ。

それじゃぁ、もっと薄い(1cm位)教科書を紹介してあげよう。
平田富夫「アルゴリズムとデータ構造」森北出版 1990年
ISBN4-627-72650-3 (1,800円)
なんてどうだい？

予備知識は要らないですね(MIT pressのもだけど)。
これに書いてることだけでもいろんなことできますよ。

67 ：54：02/12/03 08:53

>>63
情報系の勉強をしたいなんていうから・・・
でも、まともにプログラミングができるようになるためには
重要なことばかりですよ。

68 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 08:56

>>61
そりゃGIWとかでの情報系の発表はそうだけど、情報系のまともな研究者は、たいていは、もっとちゃんとした論文を情報系のカンファレンスで発表してますよ。
フィッティングしてるだけ、ってのは、そういう片手間の論文を出すのもおしまない、ってだけで、それがメインじゃさすがにない。（そういうのもいるかもしれんが）

69 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 09:22

>>61
ちょっとまったー
開発期間はおっしゃるとーりだが、デバッグはPerlが一番つらいぞー。

70 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 09:38

僕のひいおばあちゃんはがんで死にました、
そのひいおばあちゃんの娘、息子、3人はがんにもならなく健在です、
その娘の娘が僕のお母さんです、
質問ですが、
ひいおばあちゃんから僕まで
まだ誰一人としてがんになっていません、
ひいおばあちゃんのがんになりやすい体質が僕に遺伝する確率は
低いでしょうか？

71 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 10:09

>>61 には全面的には賛同しないが、
「ファイル操作文字列操作が主体であるバイオインフォマティクス」
の部分は、何か一面の真理はついてるような気がしないでもない。
というか、そういうことしかしようとしない(できない)人はおるのぉ。

72 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 10:19

>>68,69
Wirthの書名を間違ったり、
「オブジェクトで考えるべきなんだろうけど」、
「まあＣは昔プロのプログラマとして使っていたけれど」、
などと書いてる時点で怪しいと思われ。

73 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 10:29

>>69
まさしく。
定義もしてない変数がヒョコヒョコ使えちゃうんで、
変数名のつまらん書き間違えさえ発見するのが困難。
(場合にもよるけど)実行速度が低いのもネックだなぁ。
なんて書き始めるとまたいつものパタンになりそうですが。。。

74 ：54：02/12/03 16:54

>>69
Ｐｅｒｌのデバッグに慣れていないからでしょ?
デバッグの所要時間はコードの長さの2乗に比例するんじゃない？

75 ：54：02/12/03 16:59

>>73はＰｅｒｌでまともにプログラミングしたことがないでしょ?
実行速度おそいことが、開発時間と秤にかけて本当にボトルネックに
なるような仕事しているのかなあ?
単に慣れているかどうかだけでものをいってない?

>>72
わるかったねえ。
別に信じてくれようとくれまいと別にかまわないんだけど、
Ｃプログラマやってたのはほんとだよん。

つーか、お前らＰｅｒｌのプログラミング・デバッグがどれだけ楽か、
実行速度もファインチューニングしてないＣコードと比べてどの程度の速度なのか
わかってて物言ってるんだろうね?
付け加えるなら、Ｐｅｒｌで使うべきアルゴリズムがＣで使うべきものと
違うことも認識しているんだろうね?

76 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 20:06

>>75
わかってて、Perlはつらい、といってます。
はっきりいって、Perlはデバッグはつらすぎ。
３０００行程度の小さいプログラム以上のサイズのプログラムははっきりいって、やりたくない。
開発期間も、１０００行未満なら、Perlが早いだろうけど、１００００行だったら、明らかにCとかの方が早く作れます。
デバッグ能率の違いだね。

それに、速度比較は、Perlははっきりいって、遅いよ。JAVAと比べたってずっと遅い。
Cで書いたら、Perlで一時間だったのが、10秒になった、なんてことはざらだよ。
それに、メモリもなんだか食いまくるし。。。

でも、使うのが１，２回のいいかげんプログラムを書くなら、断然Perlだね。それはまったくそのとおりかと。
書いたCとかのプログラムをぶん回したり、その結果を他と比較したり、とかは全部Perlでやります。もちろん。

まぁ、適材適所っつうことで。

77 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 20:18

しかしですなぁ、よくR研あたりにたくさんいるPerl使いの研究って、バイオインフォマティクスなのか？
どこにもインフォマティクスがないと思うのだが。。
もちろん、そういう研究は大事なバイオの研究だと思うので、非難しているわけではないので念のため。
エクセル使って統計計算しているのとあまりかわらないと思うんだが。

78 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 20:21

デバッグ環境のできは、その言語の使用人数に比例するんじゃないかな。
Perlがデバッグしやすい、なんていうのは、単に、日ごろ、Perlのデバッグしかやっていない人の幻想。

79 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 20:50

で、結局、記号論理学はどこで使うのよー

やぱーり、プログラムでいる、とゆうことことらしいけど、Cとかのプログラムとか書いたあと、書くたびに、コンパイルとかする前にそのプログラムの停止可能性を証明したりしてるのかしら？
それとも、条件文の論理式を最小化したりするのかしらん。

80 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 22:02

>>79
停止可能性とは違うけど、実行する前に型推論して
型エラーチェックをする言語処理系もありますね。MLとか。
＃ perlのコンパイラってないんですか？

81 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 22:44

>>71　がいいこといった！

82 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/03 22:48

perl のコンパイラはあるけど、バグバグ。。。

83 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 09:19

>>76-78
やっぱり何もわかってないらしい。
ＰｅｒｌだとＣの1/10のコードで同じ処理ができるのに同じ行数で比較したって無駄でしょ。
3000行のＰｅｒｌコードは30000行のＣコードと同程度の処理ができるんだよ。
それで比較してもＣが楽というのなら、そういう処理なんでしょ。

それと、変数が勝手に使えるからスペルミスがどうとかいってる素人もいたけど
その程度のチェックはできるようになっているし、心配ならネームスペースや
スコープを使えばいいだけのこと。
Ｃでは当たり前のようにやってるのにＰｅｒｌだと省略するのは
単にあなたの思考がそうなってるからに他ならない。

84 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 09:35

あぁー、また不毛な論争に・・。

85 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 10:38

言語仕様的にはCってどこまで含まれるんですかね。
1/10というのはPerlが内部的にもっているものを、
Cは外部のライブラリ関数としてもっていたりするからでしょうかねぇ。
行列演算とかのソルバーなんかはその例でしょうか。
商用のものも含めたら結構な数ありますよね。
その類は並列機・ベクトル機上で、並列・ベクトル実行可能だったりするわけで・・・。
Perlでそういったことをする良い方法って誰かご存知ありません？
(純粋な質問です)

それと、、、
Perlとかのスクリプト言語で書かれた商用ソフトってあるんですか？
その場合ソースコードって丸出しになるのですか？
或いは暗号化するとか？どうするんだろ？？？

何語でもいいからイケてるプログラムを書いて世の中を幸せにしてくれぇ～。

86 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 12:01

>>85
純粋に言語の設計思想・仕様の違いから来るものです。
Ｃではライブラリを使っても、短くするには限界があります。
Ｐｅｒｌは「多くの主要なアルゴリズム」が文法に組み込まれているので
それらに関してはプログラミングが不要です。
言語使用としてポリモーフィズムを持っている点でＣ＋＋やＪＡＶＡより扱いやすいです。
それがバグの元になるといえばそのとおりですが、この点を制約することが
効率のよい開発を助けるわけではありません。

商用ソフトに関しては、私の知っているものでは、ＤＢと抱き合わせのものならあります。
Ｐｅｒｌスクリプトをバイナリ提供することは可能です。若干速くなりますが、
本来の設計思想に反するので、いいことではありません。

87 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 14:35

組み込まれているのは「アルゴリズム」というよりか「データ構造」かなぁ～。
ハッシュとかリストとかのことですよね？
こっそり、グラフのアルゴリズムとかが文法に(?)組み込まれてたりして・・・。

88 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 15:36

PerlだCだと騒いでいるのはスペックヲタと一緒。
それを使って何をするかが問題なんだよねぇ。

89 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 16:15

>>87
アルゴリズムです。それにあったデータ構造も当然入ってるけど。

90 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 16:40

>>89
たとへば？

91 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 17:08

ハッシュ、リスト、ベクター、ＦＩＦＯ＋ＦＩＬＯスタック操作
正規表現検索・置換
各種文字列操作
ファイル・ソケット・プロセス操作
レポート処理

92 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 17:09

ＩＰＣ、セマフォ、待ち行列
データベース操作

93 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 17:23

>>91-92
これが「多くの主要なアルゴリズム」か？

94 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 17:34

揚げ足取るな。

95 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 17:38

>>93
主要なアルゴリズムで、君の知ってるほかのものは何?

96 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:17

>>93
禿同

レベル低いよねー　それで、インフォマティクス名乗るなんて。
バイオでとどまっててください。

97 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:29

>>93
主要かどうか以前に、アルゴリズム、といえるのは

正規表現検索・置換

くらいだね。まぁ、これはたしかに、無茶苦茶強力だけど。
まぁ、そこらじゅうに、悪質なプログラムの違うフォーマットのテキスト出力があれば、こういうのは、絶対必要だね。
しかし、それを何か、神の手のごとく礼賛するのはどうかね。
とても便利な万能ファイル変換＆シェルスクリプト言語、ってところで、それ以上でも以下でもない。

で、そんな用途にCを使うアフォもいないし、逆に、情報科学の研究やるのに、Perlをメインに使ってるのは、Perlを開発している人とかをのぞけば、いるわけないし。
まぁ、比べるだけ無駄、というものだ。。。

ま、要は、何をやりたいかだね。
生物屋が、PCなりワークステーションなりを使って、より高度な配列処理をしたい、ってんなら、Perlを学べばよろしい。（別に馬鹿にしてるわけじゃないからね）
でも、情報科学を理解したいのなら、CなりC++なりJAVAが必須でしょ。Perlじゃ何もできないし。

それだけの話。

98 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:32

例えば、ハッシュを実現するためのアルゴリズム
という言い方はできるかも知れませんけど、
どっちかというとハッシュはデータ構造って言いますね。
リスト・ベクタ・スタック等も同じでしょうか。

「ファイル・ソケット・プロセス操作」については、
(OS関係の文脈で?)ファイルシステムとか、
プロセススケジューリングに関係したアルゴリズムはあるかも知れませんが、
「操作」自体はシステムコール？？？。

諸々の基本的なアルゴリズムについては、
ちょっと前に出てたMIT pressの教科書でも見てみたらどうですか。
木構造の探索や、ソーティング、ネットワーク関係、行列演算、
組み合わせ最適化・・・いくらでもありますよ。

(Perlの世界や駱駝本は別として)少なくとも、
「レポート処理」とか「データベース操作」は何を指しているか不明です。

99 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:34

>>95
それって、
「主要な生物知識って何？」
って質問と同じだよ。星の数ほどあって、答えられるわけがなかんべ。

100 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:45

前出の"Introduction to Algorithms" (T.H.Cormen et.al)によれば、

Informally, an algorithm is any well-defined computational
procedure that takes some value, or set of values, as input and
produces some value, or set of values, as output.

だそうです。これに反対する人はあんまりいないと思うけど・・・。

101 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:52

>>99
そっくりそのまま返します。Ｐｅｒｌの全機能をここに羅列できません。

>>98
>例えば、ハッシュを実現するためのアルゴリズム
（略）
>リスト・ベクタ・スタック等も同じでしょうか。

それらデータ構造を扱うアルゴリズムが組み込みということです。

>「ファイル・ソケット・プロセス操作」については、
（略）
>「操作」自体はシステムコール？？？。

Ｃでいうファイル・ソケット・プロセス操作とは大幅に違います。
システムコールは使いますがそれだけではありません。

>諸々の基本的なアルゴリズムについては、
>ちょっと前に出てたMIT pressの教科書でも見てみたらどうですか。

ご親切にありがとう。

102 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:52

>木構造の探索や、ソーティング、ネットワーク関係、行列演算、
>組み合わせ最適化・・・いくらでもありますよ。

木構造とその探索はメモリ効率と速度のバランスをとったものですね。
多くの場合ハッシュやリストの組み合わせで代用できます。
ソートはリスト、ベクター演算の一部なので組み込みです。
ネットワーク関係は・・・？グラフのことですか?
行列演算は、外部モジュールを使いますが用意はされてます。
組み合わせ最適化とは？彩色問題などのことですか？
>(Perlの世界や駱駝本は別として)少なくとも、
>「レポート処理」とか「データベース操作」は何を指しているか不明です。

レポート処理はＣやＪａｖａで見る書式付出力に似ていますが、はるかに強力なものです。
データベース操作は、いわゆるデータベース関数をもちいたデータベース操作です。
＝ＳＱＬではありませんのでお間違いなく。

ほかに、Ｐｅｒｌで実装されていない「主要な」アルゴリズムがあれば指摘してください。

103 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:55

>>101
ハッシュは、便利だが、万能なハッシュなんてないっすよ。
自分で設計する方がずっと効率がいいことの方が多い。
というか、情報系の研究者だったら、Perlのハッシュなんかつかわんだろ。

まぁどうでもいいが。

104 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 18:56

名前とタイトルと日付を入力とし、某有名文献DBのエントリーを出力とする
CNSという名のアルゴリズム(の実装)がほすぃ。

105 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:00

>>102
> 木構造とその探索はメモリ効率と速度のバランスをとったものですね。
> 多くの場合ハッシュやリストの組み合わせで代用できます。

まぁ、バイオやさんならそれでもいいでしょう。
でも、情報系バイオインフォマティシャンがそんなこといったりしたら、即刻クビです。
まぁ、やりたいことが違うんだから、まぁ、どうでもいいけど。

106 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:07

理屈ばっかこねてる奴に限って実際には何も作れない罠（ｗ

107 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:09

>>103
あのさあ、開発効率と実行効率の兼ね合いって考えたことあんの?
万能なハッシュがないのは確かだが、極論すりゃ目的にあったものつくるのに
一ヶ月とかかかるより、出来合いのもの使って1時間で済ましたほうが
いいことだってあるわけでしょ。まあ、時間が無限にある人に言っても仕方ないが。

>>104
ＰｕｂＭｅｄみたいなもの？

>>105
なんで？どこにクビになるほどの問題があるのかがわからない。
プロのプログラマが書いてるコードなんて、たいていはほんとにひどいもんだぞ。
みたことないの？

108 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:09

>>106
ふーん。

109 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:11

このスレの半分をしめる情報系の人、とくにアルゴリズムの研究してる人にとっては、
そんな万能だけど効率の落ちる代用品なんかあるだけ無駄。
たとえ簡単なソートにしたって、CとかPerlのソートが遅くて使えないので、自分で書くことはざらだし。

逆に、生物系の人は、アルゴリズムの中身には何の興味もないので、いぱーい、そんなの気にせず
使えるPerlなんかはばんざい。

という結論でいいですか？

110 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:21

ＯＫです。
つーか、アルゴリズムの「実装」がどうなってるかにこだわらなければ
問題解決にＰｅｒｌを使うことに何も問題はない、と。

いいかえれば、道具のつくりがどうなってるかに興味がある人と
道具で何かをすることに興味がある人との違いであると。

で、Ｐｅｒｌが持ってない主要なアルゴリズムを示すことができないのに
言いがかりつけてたやつがいたということでいいですか?

111 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:22

>>107
> ＰｕｂＭｅｄみたいなもの？
うぅぅん、自分の名前とタイトルと日付を入力すると、
知らない間に自分のCNS論文がPubMedの中に１本増えてる
魔法のアルゴリズム・・・。　ゴメンなさい m(__)m

112 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:23

きっといいでしょう。

113 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:24

＞で、Ｐｅｒｌが持ってない主要なアルゴリズムを示すことができないのに
＞言いがかりつけてたやつがいたということでいいですか?

まったくもってＯＫです。
本当にちゃんとした説明があるなら聞きたいけど、無いなら稲！でチャンチャンですな（ｗ

114 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 19:33

>>109
ぜんぜんＯＫです。

115 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 21:15

おや、めずらしく、まったりしてるね。

116 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 21:17

>>113
ちゃんとした説明って?

117 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 21:42

>>115
みんな諸々の準備が忙しいんじゃん？

118 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 21:50

>>116
大五郎ぉ。

119 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 22:14

>>117
恵比寿はまだ二週間あるじゃん。

120 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/04 23:29

>>119
来週はパシフィコじゃ～。
年明け第２週末はお台場だっけ？なんか慌しいね。
＃みなさんとは知らないうちに会場ですれ違ってるんでしょうねぇ～。

121 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/05 22:07

すれ違ってませんよ。

122 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/05 22:49

別な意味でチミとはすれ違ってる。

123 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/05 22:51

>>121
たしかに何の芸もないレスだね。

124 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/06 00:09

おまえもな

125 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/06 15:05

恵比寿でなんかおもしろい￥題ある？遺伝統計あたり。
ちょっと分野ちがうかもしらんけど。

126 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/07 10:47

いまだかつて、恵比寿で面白い縁台なんてあったか？

127 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 00:46

Ｋ久先生なんであんなに政治力持ってんの？
業績/予算比があれほど悪い人も珍しいと思うんだけど。
しかもいまどきＳＧ＊のマシンを大量に入れたとか。
なんに使うつもりなんだ??

128 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 01:29

>>126
去年のジーン・マイヤーのはおもろかったよ

>>127
日本での第一人者だからでは？世界的にも始めからいたし。

KEGGもゲノムネットもうすこし評価されてもいいとおもうが。
とくにKEGGの評価が国内で悪いような。

は、そうか、ドキュメントないから評価されないのか。

129 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 04:28

>>128
KEGGは考え方はあれでいいと誰もが思うところだけど、
中身がないでしょうが。

130 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 04:36

>>127
なんで今alpha買っちゃいかんのだ。今が買い時。
Iteniumか？使えんのかあれ？

131 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 07:43

>>128 第一人者って（ｗ）。はじめたのは早かったかも知らんが、
　　　KEGGと同じで中身はないし。彼の業績知ってる人がいるんかね？（ｗ
>>120 αは悪くないが、コストパフォーマンス的にはIA64の方が上だし
　　　将来性が期待できないからね。

132 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 08:40

KEGGは海外でも使えんと評判だね。

133 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:19

IA64はコンパイラが？という噂だから、x86で使ってたのをコンパイル
し直すなんてことをするとしたら問題あると思う。

ってハードの話しなんてこのスレでしていいんか？あんまたいした話し
でもないけど盛り上がるか？

134 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:37

>>133
iccの新版はどうなの？＜IA64

135 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:40

>>132
役に立たないことはないんだが、研究としての中身はない。
しかもただのクリッカブルマップだしデータ少ないし、
更新遅いし。専属の作業員を数十人雇ってる内容とはとても思えん。
K氏は彼女たちを何に使っているんでしょうかねぇ。

136 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:52

>>134
それ知らね。なにそれ？

137 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:57

インテルCコンパイラでしょ。
HITのサイトにでもいってみて栗。

138 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:58

>>136
インテルの純正コンパイラ。
今月7.0にメジャーアップグレードしたばかり。

139 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:58

ｹｺｰﾝw

140 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:58

>>135
「ただのクリッカブルマップだし」はどーか？
それだけではないと思うが。

141 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 09:59

ではほかに何が?

142 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 20:42

>>128
「ゲノムネットのデータベース利用法第３版」(2002年11月)てのがあるみたいですが。
まだでしたっけ？？？

143 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 21:11

だからあ。研究じゃないただのサービスがどれほどの評価を受けるかという問題だって。
ただのサービスであっても、質、量ともに優れているというのなら価値はある。
が、ｱﾉ予算でｱﾉ内容ではねぇ・・（ﾎﾞｿ

144 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/09 22:37

「サービスとしての価値」と「研究としての評価(or 価値)」は別ってことよね。

何かいいアイデアとかあります？　－－－　建設的な意味で。

145 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 02:28

>>143
でてます。

そりゃたしかに、ゲノム研究でもやらないとKEGGの価値はわからんだろうが、
自分がわからないイコール無価値っていうナイーブさは、みぐるしです。
内容を知らずに批判するほど落ちぶれちゃいかんよ。

146 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 05:39

既出だったら失礼。パート４が読めないから。

E-Cellコンソーシアムって立ち上がったけど、
やっぱりE-Cellって笑い者なの？

147 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 08:32

>>145
無価値だとはいってないって。
乗り換え案内とかiMAPfanとか超役に立つだろ？
KEGGの役立ち方はそれと同じ系統。
ただ、かけてる予算や体制に対する内容が伴ってるとは思えない。

148 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 08:34

>>146
E-cellは最初の発想としては悪くない。
が、JAVAで書き直しとかいうテクニカルな方向へ行ってしまったのはどうかと思う。
E-cellのモデル自体にちょっと難もあるから・・・

149 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 18:25

>>146
コンソーシアム組んだから研究はかなり進むし
より形になると思うんだが。
12月１日の日経で特集してたよ。

150 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/10 20:52

質問させてください
ABIフォーマットのファイルを読み込むライセンスフリーのサンプルプログラム
ってどっかにあるんでしょうか？

151 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 01:55

>>149 どうせいつものメンバーだろ。花火上げるだけ。

152 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 02:38

>>150
http://www.nih.go.jp/~jun/research/soft-j.html
でいろいろ紹介されています。
ここに載っていませんでしたが、Windows用のBioEditというのを使っています。
波形もcomplementで表示できます。
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

153 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 03:42

ありがとうございました。
ソースがあればなお良かったんですが、そういうことはできないように
なってるんですか？

154 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 05:44

>>151
日本のバイオインフォマティクス系で
他に花火の上げられる機関はあるのでしょうか？
花火が上がるだけマシという気もしますが。
ＣＯＥだし。

155 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 05:58

> やっぱりE-Cellって笑い者なの？
やっぱりってどういう聞き方だよ

156 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 06:03

>>155
このスレの過去ログ等々を読もう

157 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 06:53

>>154
同意。
なんだかんだ言ったって、日本発のバイオインフォで世界に名が通っているのは
KEGGとE-cellぐらいだろ。
それを笑いものにしてる暇があったら、世界に通用する研究をしろ

158 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 07:11

絶句・・・

159 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 07:18

使えないので名がとおってるのと、
使えるので名がとおっているのは別問題。
KEGGなんてただの代謝経路の寄せ集めじゃん。
あれで、何しろっての？？？？？
講義で使えるくらいのもんじゃない？
ただでかいから有名なだけのような気がする。
うざっちぃくらいにHTMLだし。
構成下手だし。

E-cellはまだいいな。
目的と用途がはっきりしとる。
コンセプトは悪くないから未来に期待。
でも、バイオインフォマティシャンしかいないから、
現実世界からどんどん離れていくような気がする。
MATRIXだね。
現実的に計れない値までインプットとして入れてそう。

160 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 07:21

入れてそう、じゃなくて、入れてるって公言してるよ。
そうしないとシミュレータが成りたたんから。
ただし値はいろいろ試してるらしい。
パラメータ決定のほうを論理的かつ機械的にできればもっといいのになああ。

161 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 07:44

>でも、バイオインフォマティシャンしかいないから、

おいおい、今やE-cellメンバーの7割は実験屋だぞ。知らないのか？
メタボローム解析のCE/MSは有名。数千種の細胞内代謝物質を一斉に測定できる技術を開発して特許とったらしい。

162 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 08:25

知らなかったよ。>>161
今HP見て知ったよ。
もっと小さいかと思ってた。でも、最近なんだね。
山形県が実験系の本拠地ってとこポイント高いね。
インフォマティクスの方はSFCみたいだけど、
実験系もSFCに作ればよかったのにねぇ。
したら、プログラマーと実験屋との間には距離が少なかったのに。
そのうちプログラマーも山形に移るのかな？？

ってか、CEとMSって元からあったから連結しただけだねぇ。
でも、この研究所の発想はいいね。夢も有りそうだし。
面白いプログラムじゃない。
誰かここ二通ってる人いるの？
教えてよ。中身。

163 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 08:28

E-Cellは改良の余地が当然有るにしても、Wet実験を重視しており
創薬、食品研究の分野ではこれから大変有望で重要になってくる
プロジェクトと言う事で、結論してよろしいでしょうか？

164 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 09:18

>ってか、CEとMSって元からあったから連結しただけだねぇ。

おいおい、元からあったもの連結しただけで特許とれるわけないだろ。
連結の仕方に重大な発明があって、今まで測れなかった代謝物も測れるようにしたんだろ。

>誰かここ二通ってる人いるの？
>教えてよ。中身。

T研関係者は2ch禁止だからﾑﾘです

165 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 09:38

それは分かるけどさぁ。>>164
もともとはないものではなかったわけであるし。
目の付け所がよかった、と言っておけばいいのかな？
よく知ってるね。知り合いなんだ。
164は山形にいる人なの？

166 ：164：02/12/11 16:49

関西在住です。

167 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 17:59

>>164
なんだつまらん。山形行きたまえ、山形で生きたまえ。
日本のバイオインフォマティクスは山形発信だよ。

168 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/11 23:14

KEGGの本質はクリスマスに歌うKEGGコーラス隊にあるのでは？

169 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 00:04

>>167
場所がねぇ･･･ど田舎で不便。筑波が大都会に見えるよ。
公募やってるけど、その点で躊躇する人多いだろうね。住むんだから。
都会が嫌いで自然派嗜好の人にはお勧め。

170 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 01:51

>>168
関西在住ですか？

171 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 01:54

＞＞１６９＞＞１６８
そして、いま横浜滞在？

172 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 02:33

ぶんせいはどうですか？

173 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 02:43

>>168
なんじゃそりゃ？
みんなで歌うの？
まじっすか？

174 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 02:44

>>172
抽選会はにぎわってました。

175 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 04:53

>>169
確かに、公募で面接に行って、
冬はねぇ、、、雪に埋もれて毎年数人死ぬんですよぉ～。
っとかいわれた日にゃぁ行きたくもなくなるな。
筑波でも嫌なのに、、、山形かぁ、、、、
ここに一生と考えると、罰としか思えん。
悪いことしてないのに、、、

SFC土地余ってるんだから、SFCに作ればよかったのに、

慶応も最後は利権で動く大学なんだな。
きっと山形県に○○○をもらってると見た。

176 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 05:43

>>175
教授から助手まで全教員が任期制らしいよ。3年とか5年の。
だから山形に居たくても、ずっとは居れないらしい。
まぁ出来たばかりの研究所だから、既に任期が切れたって人は
いないだろうし、ホントのところ何処までシビアかは謎だけど。

けど、マジで冬の公募はマイナスイメージだな。
田舎、大雪、不便じゃぁねぇ・・・

>>175
慶応も最後は利権で動く大学なんだな。
きっと山形県に○○○をもらってると見た。

この事について、過去ログにソース付きでレスがあった気がする。

177 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 06:18

あそこは陸の孤島。
昔は修験者（山伏）の町だったんだろ？
任期付で修行するぞ！修行するぞ!!修行するぞ!!!

178 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 07:52

鶴岡在住のKOの女子学生によれば

山形といっても鶴岡は海沿いにあるので気温は東京とほとんどかわらない。
夏はマリンスポーツ、冬はスキー、春は桜、秋は紅葉で有名な温泉行楽地。
シーズンには1年前から予約でいっぱいになる。
天皇陛下のお気に入りの保養地。
人口30万の城下町なのでそこそこ都会。
羽田から50分、空港のすぐそばだから意外と近い。
インターネットは極太回線が東京とつながっていて、ビデオ会議・遠隔授業が日常的におこなわれている。
研究スペースは広くてきれいなので、研究が気持ち良くバリバリはかどる。

とか言ってました。ほんとなのかな。ほんとならうらやましいですが。。

鶴岡のほんとの良さは住んでみないとわからない、とも言ってた。

179 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 09:53

>>178
パンフレットの受け売りみたいな表現だね。
まぁ言いようによっては、そうとも言えるかなぁ・・・
研究環境、設備は世界的にも誇れると思うけどさぁ
「人口30万の城下町なのでそこそこ都会」は言い過ぎじゃない？
「都会」という言葉は絶対に当てはまらないと思うぞ。
駅前は閑散としてるし、田んぼだらけだし。
どう？

180 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 11:20

たしか、似たような類に
東京理科大学長万部校、東京農業大学網走校とかあるね。
そこにも同じようなことが書いてあるだろうよ。
読んだこともないけど、、、、

山形はSFCと比べると同じくらいの都会なのかもしれないな。
SFC自体かなり田舎だし、夏は臭うらしいから。
SFCを都会と思ってるやつには都会だよキット。
他にやることないから、研究がはかどるんじゃない？？？

181 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 11:43

つーか、欧米の一流研究所はみんな田舎にあるだろ。
都会を崇拝して地方を田舎だと馬鹿にするやつらのほうが、かっぺ。

182 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 11:54

>>181
よく言ってくれました。同意＠つくば

183 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 12:00

一瞬 San Francisco City かとおもたよ。

184 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 12:20

>>181

ほんとによく言ってくれました。同意@九州

185 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 12:26

>>173　しかも女声合唱とか・・

186 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 12:27

どーーーーーーーーーしてこのスレはいつもKOの話に落ち着くかなあ

187 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:04

結局、KOのＴ研くらいしか、
めぼしいバイオインフォの取り組みがないからじゃないの？

188 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:10

賛成>>187
山形だよやっぱり。

189 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:22

いい大学はほとんど都会(東京に比べると田舎)にあります。
軍事研究やってるからじゃん？>>181

190 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:25

>>187-188
もっと金かけてる（と思われる）白金とか京都とかお台場とかはどうなのよ？

191 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:27

>>185
嬌声参加なの？なんかすごいね。
都会か田舎よりも大切なものがある気がしてきたヨ・・・。

192 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:35

時代は山形だよ>>190
山形はさ、物価安いから、、土地も。
同じお金で買えるもの2倍以上よ。

193 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:43

学生さんかい?
指導はしてもらえないというもっぱらの評判だから、
その辺も考えて人生の選択をしろよ。

194 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:44

あ。>>193は>>192へのレスね。
山形の学生さんは元気がよいから好き。

195 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:45

一昔前は都心の大学を地方に分散させようという動きがあったが、
今は都心に戻ろうという動きに変わって来ている。
少子化時代で立地条件も「ウリ」になるから。

山形でも研究やその他の中身で人が集められれば良いのでは？
山形だから嫌！っていう位の気持ちの人は行かなきゃ良いし、
日本でバイオインフォマティクスをやるならKOじゃなきゃって思って、
立地なんて問題にしない人は行けば良し。
もちろん山形が好きならば全く問題なし。

196 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:45

あ。さらに間違えた・・・

[正]あ。>>193は>>191へのレスね。
[誤]あ。>>193は>>192へのレスね。

197 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:52

>>193
ど、ど、どこのことですか？
山形？SFC？白金？京都？お台場？コーラス隊？

198 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:52

>>193
ど、ど、どこのことですか？
山形？SFC？白金？京都？お台場？コーラス隊？

199 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 13:58

>>193-196
前後してしかも２つもすいませんですた(>>197-198)。m(_ _)m

200 ：162：02/12/12 14:02

もすかして、T先生ですかや？>>194

201 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 16:07

コーラス隊（ｗ

202 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 17:45

ですか、

203 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/12 22:51

しかし税金使ってコーラス隊揃えるってのも・・・

204 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 00:26

（ ´･ω･)　…。デジカメメーカ、PDAメーカ、携帯、ISPに告ぐ

デジカメメーカはWindowsの
ネットミーティングでも使えるように
ファインピックスみたいに換えるべきです。
また、ネットミーティングは、携帯電話で役に立つものなので、
PDAに2.5インチHDをつけた物、もしくはSDメモリ512MB付けた物、
が必要です。
ホットスポットは54Mbps出るべきで、
ネットミーティングは録画できるべきです。
また、デジタルカメラは焦点が合うべきで
ISPは録画機能をASPで持たせる携帯電話
のためのネットミーティングが必要です。
AHSという自動走行で高速道路は3倍詰め込んで走れますし、
救急車を優先することも可能です。
救急車にはカーナビついてるんでしょうか？（汗

205 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 00:26

（ ´･ω･)　…。公衆電話をSIPのテレビ電話PDAにしてほしい

PDAにHDを付ければ、十分ビデオDVDぐらい見れます。
PDAにSDメモリ512MBつけたって、10時間
ビデオ録画できます。（パナソニック）
テレビ番組はホットスポットで
ダウンロードできます。
MP3はメモリーに蓄積できます。
携帯でないPDAではひらがな１文字を
ペンで書くだけで、電話番号を名前で検索できます。

いったい、なぜ、ノートパソコンとPDAと
ICボイスレコーダとデジタルカメラと
ハンディカムとWindowsネットミーティング用の
カメラを別に買わなきゃならんのですか？
はっきりいって、ものが溢れてて鬱になります。

206 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 00:26

（ ´･ω･)　…。手ぶれ防止機能つきネットミーティングや、
ハンディカムの機能ぐらいOSでできるでしょ。
PDAにはなぜそれがないんですか？
だいたい、焦点が合わないのは何でだ？

WindowsXPにはなぜないんですか？
WindowsXPによる動画ネットミーティング
ができるなら、なぜビデオカメラとして
録画できないのですか？
非常に重たい思いをしてるのですが・・

207 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 00:26

（ ´･ω･)　…。公衆電話をSIPのテレビ電話PDAにしてくれないと
医学部の連中に救急車で死亡する率が高いので、
それを蘇生するための方法を教える手立てを、
テレビ電話で医者が遠隔地から教える方法を説得する
手立てがないんです。

また、医療技術は遅れすぎており、医師会もパソコンで
テレビ会議（X線画像をみて診断したときの急ぎの対処法）
を知らないんです。人口爆発で戦争になり日本人は全滅しそうです。
NECの地球シミュレータの示すとおりです。
死にたくないんで、何とかしてください。

208 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 00:35

おまえのよいところ
あらかじめテキストを打ち込んでおいて手際よく書き込んだ。
おまえのわるいところ
＞２０８以降よろしく。

209 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 04:42

バイオインフォマティクスをより実用性のあるものにするのには
あと何が足りないでしょうか？
マジレスです。

210 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 06:51

金。知識。協力。若い人の積極起用。使えない年寄り追放。

解決策１。
政治改革、国会議員にPh.D.を。
官僚機構脱却、官僚にもPh.D.を。
科研費の審査を行なう独立機関を作る。
したら、科学に対する金の使い方ももう少し考えられる。

解決策２．
大学院の講義を充実させPh.D.5年一貫教育の一般化。
最初の一年は講義のみ、必修は少しでなしで、選択たくさん。
どの学科からの大学院レベルに該当するものならば、単位を認定する

解決策3．
利権の争いがなくなるようにする。
助手、助教授、教授制の廃止。
完全独立法人化。
一定期間、結果論文のない研究室は削除。

解決策4．
国立の研究機関でのほほんとしてる公務員研究者を、
任期制に変える。使えないやつは削除。
若い人のアイディアに積極的に投資(1億とか2億とか)。
ギャンブル的だが1/10でも、芽生えたらもうけと思う。

って、俺マジレスだけど、日本の教育改革になってしまった気がする。

211 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 07:47

>>189
ぼうや、海外をもっと旅行しなさい。

212 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 08:26

>>210
アメリカの制度を踏襲しろと言う事か

213 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 09:34

バイオインフォマティックスに足らないものかぁ。
生物学かなー。

214 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 12:32

やっぱ情報屋のお遊びか･･･

215 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 18:59

使えない年寄りつうたって、彼らはこき使わんと。事務処理に。
どうせ、自分も４０過ぎたら、たいしたアイディアもでなくなるんだから、年寄りは大切にねん

216 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/13 22:42

分生のワークショップどうでした？＞いったひと

217 ：209：02/12/14 07:52

210、213さんありがとうございます。

バイオインフォマティクス限定で、この分野に足りないものって何なのでしょうかね？
本当にこの領域を専門としている人は生物学を知らないのでしょうか？
やっぱり、まだまだ生物学系の学者との交わりが少ないのでしょうか？
生物をシステムの対象物として観ているだけだったら怖いですね。

218 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 11:19

>>209
愛だよ愛。
研究対象に対する愛情が足りないから、データベース作りしかできない。
研究対象を解明するために何をしたらいいかを本気で考えないで
人に頼ろうとばかりするから、うまく行かないのも人のせいになる。
i.e. 情報やがわるいの、生物屋が悪いの、と。

とりあえず、（生物、情報ともに）リテラシーのできないのが多すぎるから
お金をケチらずに短期、長期のバイオインフォマティクスコースをつくるべし。
いい教官を雇うにはそれなりの待遇も必要ということを知るべし。
すくなくとも、5年で身分がなくなってしまう上薄給のところへいい人は集められない。

219 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 12:52

愛が足りない、ってのは言い得て妙かもな。
研究そっちのけでOS論争・言語論争始めるやつとか、自分の非を省みずに
「情報屋は生物を知らない」をただ連呼するだけのやつとか。

220 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 14:09

私のことですか?（ｗ

まあ、生物やももうちょっとコンピュータや情報のこと知ってるものかと
思っていたけど、信じられないくらい知らないやつも多いんだね。
ガッツ石松を笑えんくらいに。

221 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 14:51

生物やにとってのコンピュータ＝Word＆Excel＆Acess
それ以上ではなく、それ以下ではある。

222 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 16:37

Macが多いのでAccess知りません。
PowerPointは必須なのでOffice Personalにも入れてください。

223 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 17:00

マカーは糞！

224 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 19:51

つーか、相同性検索のやり方、解釈の仕方くらいは
生物やとしても最低限のリテラシーじゃないのか?

情報屋も同様。

225 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 19:57

>>224　例えばこういうのですか？

http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/994554481/225-

226 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 20:55

たとえばそういうのです。

227 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/14 21:01

？？？

228 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 00:34

分生のバイオインフォの状況聞かせて下さい。
行った人いませんか？

229 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 00:39

実験に沿った人が結構いて、その辺は面白かったよ。
アルゴリズムとデータベース作りの話は
具体性がまったく無くてつまらなかった。

230 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 02:47

> 実験に沿った人が結構いて、その辺は面白かったよ。

KO富田研には正直感動した。
ポスターの数がやたら多いのでDQNばかりかと思って
のぞいてみたら、結構まとも。
アルゴリズム系のもあったけど、ほとんどは実験系との
合せ技。一人の学生が、自分でプログラミングして
コンピュータ解析した結果を自分で実験で確かめました、
なんてのもいくつかあった。

2chで情報屋とか実験屋とか言ってる間に、彼らは
着々と融合してるんだなー、とか思いました。

ちなみに慶大先端生命研って、うわさの山形＝富田研
のことですよね？

231 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 02:57

>> 230
そうです。山形です。

232 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 03:21

結局ＫＯのＴ研は、やろうとしていること、つまり、目標が明確。
だから、少しづつでも着実に進行していけるのだと思う。
バイオインフォマティックスはスローガンばかりが一人歩きで、
一見にして分かるような、明確なビジョンが見えないことが多すぎる。
何を問うか？というのが研究の根幹になくてはだめだ。

233 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 04:08

>>230

どのボンボンの仕事として発表されてル物のことですか？（W

234 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 06:07

KEGGでさ、新しい生物の代謝経路ってどうやってインプットされるの？
EcoCYCの場合はどうなのかな？
KEGGとEcoCYCでのオルソロジーの定義の違いって？

235 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 12:13

上にも書いてあるけど、T研は意外にしっかりしていた。
ただ、それでもまだまだアレだが。

236 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 12:14

なんやかんだいって日本でＫＯがバイオインフォ
で一番成果があがりそうってことですか？

237 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 13:07

成果が上がりそうというより、やっと地に足が着いてきた感じ。
ただ、数名とディスカッションした感じからはまだまだ勉強不足。
E-Cellのヘッドが情報科学、というよりコンピュータに寄りすぎと思う。

238 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 14:03

あそこのラボって掛け声のわりにきちんと生物学の教育をされてないんじゃないか？
詳細を言うとアレなので言わないけど、基本的なことを分かってなかったぞ。

それでも全体としては地道にやってるほうだったな。

239 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 14:20

>>237
てか、この新分野で勉強不足じゃないやつなんていないし、
はじめから地に足着いてるやつなんていないだろ。
237みたいにえらそーに言うやつが多いから、日本では新分野でのパイオニア的研究が育ちにくい。
とかいうおいらも、実は前まではE-cellを批判していました。
でもそんな批判を糧にして着実に前進している彼らを立派だと思うようになったよ。
たしかに日本で数少ないパイオニア的研究だしね。

240 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 14:32

たしかに…

241 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 14:35

批判を糧にしているって、２ちゃんを彼らは見てるってこと？
そのことを分かっているのはやはりT研関係者かと思われ。

242 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 14:46

>>241
ひねくれてるねー。べつにいいけど。

243 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 15:02

E-Cellは時期尚早なプロジェクトだと思うが、
この意気込みが大事だと思う。やりたいことは明確だし、
地道に続くプロジェクトになれば、
今、先鞭をつけているＴ研が分野をリードしていけるようになる。
成功の為には、それをになう人材の育成を
上手くやることが重要だ、と思う。
欧米では、学士の専攻を二つやるのはよくあることだが、
PhDの専攻をバイオと情報科学、両方でやるような人材が、
バイオインフォには、必要。
現行で、そんな人材が多くいるわけがない。ほとんどいないかも。。。
いかに効率よく教育し、ハイレベルの人材を育成するか、
それにE-Cellプロジェクトの命運がかかっていると思う。

244 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 15:22

>>239
237みたいな言い方はだめなのか？
彼らは数年前からやっているわけだが、生物の知識や問題認識に関しては、
数年前から進歩がないようにみえたからそういっただけなのだが。

まあ、がんばって欲しいとは思うが、コンピュータにより過ぎないでほしい。
はっきりいって、勉強しないで手だけ動かしている方が楽なことだから。

245 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 22:46

日曜にラボに出てるやつぁ少ないな
GIWの準備か？

246 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/15 23:56

>>234
> KEGGでさ、新しい生物の代謝経路ってどうやってインプットされるの？
> EcoCYCの場合はどうなのかな？
「インプット」って言うと、何だか妙な思想でも吹き込まれるかのように
聞こえるのは気のせい？ (^^;

代謝経路のテンプレートのような情報を使って、
新しい生物で該当する部分があるかどうかチェックしてるとか？
分生では経路の自動(?)抽出にも触れてたような。
こんなとこ(スマソ)じゃなくて直接質問してみたら？
＃「秘密です」とか言われたりして。。。

「コーラス隊がキーボード使って・・・」なんてのを期待してるワケじゃないよね？

> KEGGとEcoCYCでのオルソロジーの定義の違いって？
厳密な定義に基づいているようには思えんが・・・。

247 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 07:54

>>243
現在は萌芽期で地道な育成が必要という事だけど、
>>218
の言うように、有期、薄給で人材を登用するのであれば、
地道に研究できないから、リスクが大きすぎで人は集まらないし、育たない。
だって、バイオインフォマティクスを立派にやってるところが他に無いのに、
有期で切られた人は何処に行けば良いのよ？また分野替えか？
そんなコロコロ研究テーマ替えてる奴が、次のポジションなんて見つけられないだろ。

ボスだけ生き残って、あとは傭兵で構わないと言うことなら、誰も参入しないわな。
生え抜きのバイオインフォマティシャンだけを育てて開花させようと思っているのかな？

248 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 11:44

>>247
生え抜きのバイオインフォマティシャンだけ開花させて、そいつが他
にいけないようにして、にっちもさっちもいかないようにして、自分
の飼い犬にするいつものパターンだ罠

249 ：ドシロート：02/12/16 12:02

すいません、隠れマルコフモデルによる遺伝子領域予測プログラムの概念だけ教えてください。
結局、おおまかな流れとしては開始コドン、終始コドン、プロモーター領域などを同定して
いくということしか分からなかったんです。
当方生物系学部二年で、情報科学の勉強は一切したことがありません。
多少の誤解があってもかまわないので簡単な言葉で考え方を教えてください。

250 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 13:36

>>248
E-cellとKEGGだけが日本のバイオインフォだという主張は間違っている
と思うし、それでいいとは思わない。計算機の使い道はシミュレーション
とクリッカブルマップ作成だけではないでしょ。今まで地道に実験やって
きたところが計算機を上手に導入できれば、それがバイオインフォのいい仕事
ということになると思う。molecularの黎明期にも同じようなことが言われた
ことと思う。まず教育とかいってるやつは、自分の影響力を減じたくない
だけで、そんなやつに国費をつかわせるこたあない。

251 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 13:58

>今まで地道に実験やってきたところが計算機を上手に導入できれば
それがさっぱりできてないのが問題だな。

252 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 14:48

結局、実験やるのが手っ取り速いんだけどね。

253 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 18:01

シークエンスデータをひたすらコレクションするのが研究か？

254 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 19:08

>>249
HMMかぁ、俺知ってたら教えてあげられたんだけどなぁ。
残念。

255 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 19:56

いろんな考え方があっていいと思うが、実験至上主義はそろそろ・・・

256 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 20:19

まぁ、分子と分子がインターラクトするからってなんのなの？って感じだ物ねぇ。
大体p53なんていったいいくつインターラクトする相手見つかってんのよ？
生物は多義的であることを理解するべきだな。
分子生物学では到底理解できないよ。

それから、情報屋だろうが、生物屋だろうが、、生物のこと本当に分かってるやつなんて、
一人もいないんだから、それぞれの生物学ってのでいいと思うし。
KOの冒険、俺好きだな。。。
KOのいいところは、実験とシミュレーションをバランスよく取り入れてるところだね。

257 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 21:18

>>249
CpGアイランドのえらいバージョンだと思えばそれでええんとちゃう？

258 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/16 23:35

>> 234
まず ORF に　EC 番号を予測して割り当てます。
そのへんのノウハウはあそこならではかとおもいますが。
EC 番号があればパスゥエイに ORF をのせられます。

そういうしくみ。EC 番号はえらいよ。
オーソログ遺伝子の予測は EC 番号の予測と同じ枠組みですね。
どちらかというと新規 ORF にオーソログの推定ができれば自動的に
EC 番号がつく、というほうが適切かな。

ちょうど明日、恵比寿にくるから直接聞くのもよし。

259 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 00:28

249にまともに答えてあげてよ｡｡

260 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 00:44

あまやかしちゃだめ

261 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 01:20

みなしゃん、GIWって見に行った？

今日、参加してみたけど、年々だんだん痛さが増してきたね。
もともと内輪で盛り上がってる会だったけど、無理やり
国際学会にしてるような感じで、ひでえぞあれは。
発表内容自体も悲しくなってくるぐらいへぼい。
というか、英語もろくに喋れないのに、発表する人は
なんとかしてほしい。台詞を全てプレゼンに盛り込む
なんて、信じられん。質問されたのに、その内容も
わからないなんてどうなっとるんじゃ！

でも、あれってレフリーで落とされることあるんかいな？
PubMedにも載るし、ある意味、おいしい学会だったりする
のかな。修士の学生さんや、たいした研究もできない先生が
キャリアを積むのにはいいのかも（ｗ

262 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 01:27

将来バイオインフォマティクスの研究をしてみたい生物系学部生です。
色々調べているうちに
バイオインフォマティクス分野での実験系研究者って、
「網羅的解析」をして定量的データベースを作るために、
ひたすら定量分析する「労働者」って感じがしてきました。
「研究者」ではなくて・・・

実際どうなのでしょうか？

263 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 01:52

>>261
去年まではチェアマンすら英語を話せなかったんだよ･･･
今年はまだましなほうだ･･･と思いたい。
まあ、レフリーで落とされるかどうかはともかく、
10Pの論文を書くのは楽じゃないさ。
それにしても、もうちょっとましな英語を書いて/話してほしいなあ。
あの質の低さはひどい!

264 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 01:55

>>262
バイオインフォマティクス分野に実験系研究者はいません。
KOでは検証のために実験「も」するようだけど。

網羅的解析ってのは、要するに「実験系研究者」からの要請です。
で、彼ら自身が労働者を集めてデータを生産してるわけです。
生産したデータは、残念ながら彼らの手には負えませんが。

265 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 06:54

>>261,>>263
はげどー！
ではGIWにいってきまーす

266 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 07:43

バイオインフォマティクスのWet系従事者は研究者では無く、
技術者もしくは実験者って事で。機械を動かすオペレーター。

267 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 16:57

>>265
高い会費払ってランチなしかよ!
暴れちゃうよ。

268 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 20:14

>>267
いつものランチ代を使って、今年から３日間にしたんじゃない？

それよりも、ちょっとでもクオリティを上げるために、
くだらん論文をリジェクトするべき！
なんでもありな学会かよ、あれは！

269 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 21:23

いつも2日間だっけ?　3日だと思ってたよ。
つーか、今年こそ2日でランチ月にしてほしかった!

270 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 22:44

>>269
2日でランチなしで、もっと安くしてほしい！
いつも食べる場所がなくて、窓側のベンチはすぐにいっぱいになるし、
こまっちまう。

271 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/17 23:18

たしかに、いつもよりまして、ひどい論文が多いな。＞オーラル

272 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 00:30

273 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 00:50

官田とT田の極北の地での再開には感動したね。

274 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 01:03

>>258
> どちらかというと新規 ORF にオーソログの推定ができれば自動的に・・・
その推定のために既存ORFとの配列のホモロジーの情報を使ったりするわけですね。

275 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 01:53

なんでもええから、もう少し役に立つ内容にしてくれ。
対象者は限定されてもよろしいですわな。
実用的な部分でもよろし、何かをインスパイアーさせるだけでもよろし。
「使える!!」って思えるのどの位あるか？
作業報告会じゃあるまいし。

それ以前に、プレゼンのスライドに台詞をゴチャゴチャ書き込んでたり、
ましてや、日本語が入ってるなんて問題外でしょ。
どのくらい準備なり練習なりしたんじゃ？いくらなんでもねぇ。

276 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 01:58

論文１本あたりの発表時間長すぎない？
どうせ質問は出ないんだしサ。

277 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 07:08

>>275
というより、国内学会にすればいいのに。
無理して国際学会にするからあんなことになるのでは。

ひょっとして、bioinformatics専業の国内学会がないのでは。
だからなんでもかんでもGIWに突っ込んでくるとか。

278 ：275：02/12/18 09:38

>>277
確かに国内での発表の場はないですね。SIG○×△みたいのはあるのかな？
GIWも初めのころは日本語でやってたみたいですよね？(予稿集の最初のとこ参照)
かといって、国内学会にしたら集まらないというジレンマに陥りそう。
でも、PubMedに載るのは嬉しいかも。参照されてるんですかね？
たしかGIWのonlineのproceedingsへのリンクがありますよね。
アクセス数の統計とか発表されてましたっけ？
やっぱり人の役に立ってナンボの世界なんじゃないですかね。
会議や雑誌の難易度(というか格付け)ってあるけど、
内容さえ面白かったらそんなの何でもよいんですけどね。
だから、最終的には自分にとって役に立つものがあるかどうかかと。

279 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 10:01

作業報告会でしょ、ワークショッブなんだから。
内容の薄い発表に時間とりすぎなのは確かだが。

280 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 10:22

>>279
なるほど。。。
最近「ワークショップ」じゃなくなったんじゃなかったでしたっけ？

281 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 11:40

名前がワークショップなだけ？
オーラルに比べてポスターの質は良くなったね！

282 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 19:17

北野某は最近どうしているのでしょうか？

283 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/18 19:47

どうしてるんだろうねぇ。(ﾆﾔﾆﾔ

284 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 01:50

進化のセッションはなかなかおもしろかったなぁ。

285 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 01:52

>>275
使える！ってのは、どういうものなんだろう？
GIWをみると確かに使えないものばっかりなんだけど。
生物の人たちにとって使えるというもの？
それとも、バイオインフォの人たちにとって？

286 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 02:01

どっかの工学部の先生で、ゲノム配列のデータやマイクロアレイのデータ
なんかを拾ってきて、自分の得意な知識を駆使して、ほれこんな傾向が
あるぞなんて（バイオロジカルな意味付けなしに）いってる人は、
相変わらず結構いたよね。ああいう人がGIWをダメにしている。。。

287 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 02:11

>>275
例えば、マイクロアレイのデータをクラスタリングするとき、
すごい上手に分類できるクラスタリング手法があったとしても、
結局生物の人には使ってくれないんだよね。
生物の人が論文に書くときは、“よく使われているソフト”や
“あの大先生の研究室が使っているソフト”でクラスタリング
するんだから。わけのわかんない人が作ったのなんて、
使わないよね。

288 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 03:11

評価をきちんと示さないからだよ。
生物の人は保守的だけど
それは無駄なことを試行するよりは
確実に答えの出ることをしたいから。
ひとつの試行をするのにお金も時間も労力も
情報系の人が考えている以上にかかるものだからね。

289 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 06:57

相変わらずこのスレには「情報の人」「生物の人」と分類する人がいるなあ。

「生物の人が使ってくれない」といっている君はどんな努力をした？
作って学会で発表してみただけではない？
「評価をきちんと示さない」のは、具体的にはどんなふうに？
単に、「評価しているけど君には理解できなかった」だけではない？

290 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 10:40

ちゃうよ。
多くの場合、そんな評価じゃ評価にならん、っていうような、
モデルに沿ったシミュレーションの結果しか出さないだろ？

291 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 11:21

>>288
チキンとした評価をするための努力を惜しむのは単なる怠惰

292 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 11:42

>>290
やっぱり「理解できなかった」だけのようにも…。
まあ、この辺は水掛け論になるし煽る気もないので、やめておいた方が無難か。

ただいいたかったのは「私作る人」「僕使う人」（古いか）みたいな感覚で
バイオインフォマティクスをとらえるのはもうやめようよ、ってだけ。

293 ：たいていの生物屋は。。：02/12/19 12:02

オイラは実験も自分ですることにした。

以前、実験の解析用のプログラムを書いたことがあったのだが
実験する人のコンプを刺激したのか途中から反応がすごく鈍く
なった。必要な情報はコレコレだからカクカクシカジカの数値に
注意して実験してねみたいなことを「指図」したのがいけなかった
か……。えらそうにいった覚えはないはずだが。
面倒なんで今後は実験も自分でしようと思う。

生物ばかりやっていると論理的思考力ってほんとダメに
なるなあ、というのが実感。

294 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 14:19

> オイラは実験も自分ですることにした。
詳しい事情はわからないが、自分でできる範囲ならそれが一番だろう。

> 生物ばかりやっていると論理的思考力ってほんとダメに
> なるなあ、というのが実感。
まあこういうところとしか組めないならな。

295 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 15:51

>>294
論理的思考力のあるヒトは排除されるという淘汰が原因

296 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 18:15

情報分かるヒトが実験やりだしたら、生物屋の実験の藤森的な側面
があらわになってしまう罠。「なんでこんな精度でこの試行回数で
こんな結果が出てくるのか？」みたいなさあ

297 ：293：02/12/19 19:53

>>296
藤森的な側面
てのがよくわからん。

298 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 20:11

>>296
それが良い方向の刺激になればいいけどね。情報屋・生物屋双方にとって。
生物の微妙さを理解した情報屋、情報学の冷厳さを会得した生物屋が
多く現れるようになることが理想だね。

このスレでよく見るような、
「生物屋はいい加減だ！」
「そういう部分も生物だということがわかっていない！」
みたいな罵りあいになるようだったら終わりだな。

299 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 23:18

つうか、お互いに相手を理解する努力が足りないってことだろ?

300 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 04:40

つぎはPSBですね。
準備は順調ですか？

301 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 09:38

遊び学会ﾓﾄﾞｷ？

302 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 09:46

>>299
その結論じみた言葉を簡単にもちだすな。

303 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 10:59

何か問題でも?

304 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 14:52

簡単に理解するというけど、研究における理解というのはどういうものなの？
相手の考えてることを全て把握するというのは、言語を通したコミュニケーション
をしてるかぎり無理ではないんですか？これへ理屈か？

305 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/20 18:00

うん。
相手の研究内容に敬意を払って一定の評価をすることが「理解」だと思う。
「自分は○○には興味がありません」と言ってしまうのは、
理解じゃないと思うがいかが。

306 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/21 00:27

________________________________________________________________

307 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/21 12:05

みんなクリスマスモード？
それともスウェーデンで遊んでる?

308 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/22 16:47

>>249
遺伝子領域予測はやったことがないので分からないけど、
隠れマルコフモデルは、遺伝子配列上のある種の領域
（例えばプロモーター領域）が持つ特徴を表現する確率的生成モデルのこと。

注目する領域に、全く同じ配列が含まれていれば、多重アラインメントで

****
配列1: AAGGG--TATA-ACGGTCA
配列2: TTAAAC-TATATGGCTAT

のように特徴的な配列を見つけられるけど、類似性が弱い配列間がもつ
特徴はこの方法では見つけることができない。それを解決するために
重み行列（四種類の塩基が、ある位置に出現する確率を成分として持つ）
を使う方法があるが、これでは長さが異なる配列間に共通する特徴を
取り出すことができない。この問題を解決できる確率モデルの一つが、
隠れマルコフモデルである（配列の伸長を許す、っていうのがミソ）。

こんな感じでどうでしょう？
リクエストがあれば、もうちょっと詳しく説明します。

それから、隠れマルコフモデルを使った配列解析をやってらっしゃる方が
いれば、普段使っているソフトとか、使うときの注意事項なんかの
情報を教えていただけないでしょうか。

309 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/22 21:42

あのう、HMMを使う場合、学習データとして「良い」アラインメントデータが
必要なんじゃないかと思うんですが、そのへんはどうでしょうか?

310 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/23 18:38

caspの結果、まとめた方はおりませんか？

311 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/24 00:27

まとめなきゃわからんような内容ですか?

312 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/25 00:42

GDTでもチェックしとけ

313 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/25 09:04

GDTってなんですか？

314 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/26 23:13

しらないの？

315 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/27 00:29

今回のCASPでは日本ではどこが一番良かったの？

316 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/27 15:38

>309
漏れも学部なんでよくわかりませんが､多分その通りだと思います｡
大抵の予測プログラムは､内部にverification済みのモデルデータを持っているかと｡

317 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/27 17:31

まあね。現状はその学習データのよしあしでかなり決まるんでしょ。
要するに操作的な差はほとんどないということさ。

318 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/28 16:13

>>315
そんな事言うとＵ山先生の荒い鼻息が聞こえてくるぞ。

319 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/29 22:01

お台場が一番だと思ったけど？

320 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/30 00:37

お台場？どこのチームのこと？

321 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/30 02:51

◆毎年約１万人も韓国・朝鮮人が大量に帰化しているというのに、
在日の数がほとんど減っていない。（ニューカマー含む人口）

　　　　　　　1998年　　　1999年　　2000年
在日人口　　638,828 　　636,548　　635,269 人

その約1万人のうち日韓・日朝結婚が年間約8500組。
混血も相当数産まれており、ハーフだけで既に20万人近くも。
これではいつまでも韓国・朝鮮人の日本人汚染が続く。
1952年から累計約27万人も帰化し、売国奴もどんどん増えていく。

また、不法滞在の韓国人は56000人で外国人で最も多い！

◎外国人帰化数
http://www.moj.go.jp/TOUKEI/t_minj03.html

322 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/30 10:14

A山先生のところ・・・

323 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/30 23:16

しかし、ベストテンに入れてないのだろうか？
CASPの日本勢は。

324 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 16:30

まあ、そういうな。一番金を使ってるところが
その分野には力を入れていないのだ。

325 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 11:10

やっぱお台場が一番みたいね、日本では。

326 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 12:27

お台場のチーム名は何と言うのですか？

327 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 21:46

お台万歳

328 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 01:24

CASPは金を使ったからといって成績が伸びるとは限らんでしょう

半年近く掛かりっきりになる根性が何より大事では？

秋山さんのチームは何人でやっていたか知っている人詳細キボンヌ

329 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/06 03:30

つーか、それ以外の仕事なんかしてんの？

330 ：山崎渉：03/01/11 13:30

（＾＾）

331 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/12 16:45

PSB 逝ってきた人の感想キボンヌ

332 ：山崎渉：03/01/18 13:04

（＾＾）

333 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 23:41

みんな忙しいの？

334 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 18:28

Bioinformatics 2003 Jan;19(2):305-6

G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining.

Arakawa K, Mori K, Ikeda K, Matsuzaki T, Kobayashi Y, Tomita M.

Institute for Advanced Biosciences, Keio University, Fujisawa, 252-8520, Japan.

Summary: G-language Genome Analysis Environment (G-language GAE) is
an open source generic software package aimed for higher efficiency
in bioinformatics analysis. G-language GAE has an interface as a set
of Perl libraries for software development, and a graphical user
interface for easy manipulation. Both Windows and Linux versions are
available. Availability: From http://www.g-language.org/ under
GNU General Public License. CD-ROMs are distributed freely in major
conferences. Contact: [email protected]

335 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 19:55

それにしても、任期制ポストでものすごい勢いで募集しまくってる
所があるね。既に居る人がどんどんクビにされてるのだろうか。
あるいはもっと良いパーマネントポストが探せばたくさんあるのか。
なんか怪しいな。

336 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 22:44

それどこ？＞335
よこ○ま研はそんな感じもするけど

337 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/24 01:03

流れる水は濁らない

338 ：名無しさん：03/01/24 11:32

水に流したい椰子ばかり

339 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/24 23:48

で、遠き島へ流れ着くっと。

340 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 02:39

アメリカファイザー社製バイアグラがどこよりも安い１錠900円！
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341 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 03:31

水清ければ魚住まず

342 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 03:36

たんぱく質と合成洗剤の区別もつかないヤシに
bioinfoやる資格なし。

343 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 04:43

BSA == ABS ? yasi=bioinfomatician : abort(yasi) ;

344 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 05:01

ここか？
http://homepage3.nifty.com/digikei/ten.html

345 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 13:17

>>335 供給をこえて需要があるから、でしょう。

346 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 15:31

>>345
じゃあパーマネントと任期制の違いってなによ？
賃金およびスキルが　任期制＞＞＞＞＞＞＞パーマネント
だったら辻褄合う気もするけど、バランスとれてないケースが多々ある
し、今の任期制というのはパーマネントにいるヒトが
「仕事はしなければいけないけど、自分にスキルがない。スキルがある
ヒトが同じ職場にくると自分のポストが危ない。」っていうような自分
勝手な保身のためにのみ存在していると思える。

347 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 00:42

1、
Bioinformaticsでjavaの案件なんてあり？
C、perlは中途半端だから、javaで探すことを考えます

2、
Bioinformaticsの仕事をしていくときに、フリーで
契約社員として、入っていこうと考えてんだけど、
普通に社員として、勤めるのと比べて、長所短所あります？
普通に社員として、入社するのもいいけど、
派遣や契約社員の方が、入りやすいと考えたんだけど、
どうよ？カネの面でもいいし。

348 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 00:51

やっぱ、契約もしくは派遣のほうがいいね。お金の面でもこの業界
はそっちのほうが時給換算で有利。サービス残業も少なめでいいか
ら、副業にも時間がさけるし。まあもちろん自分のとこの仕事を持
ち帰ってやらないかんことの方が圧倒的に多いんだけど。

349 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 01:28

>>342 だれよ、それ？
>>346 ま、そうだな。
>>347 案件？なに？？　フリー？　契約社員？　そんなんあるの？
　　　能力に地震があるならいいんじゃないの。

350 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 03:52

基本的に全員任期制にすればいいんじゃないのか？
事務から経理から実験補助まで全部。例外があるから、そこに派閥が
生じて、人事に支障をきたすようになる。

351 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 14:51

それはｷﾐの都合

352 ：sage：03/02/05 18:31

労働基準法違反なんだよね、それ

353 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 20:47

EU諸国では管理職のパートタイムも認められている

って書くとEUに逝けっていうのか？

354 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 20:53

>>350
狸研＠つるみがそうだと思われ＞全員任期制

355 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 21:18

全部ではないでしょ？
詳細は知らないけど。。

356 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 21:38

つるみは完全任期だってアシスタントさんが言っていた。
倭寇はパーマネントとトランジエントの混合。

本部は倭寇だから、正式にはパーマネントもいるといえるけど。

357 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 22:00

>>351 は都合が悪いですか？

358 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 22:27

基本的には倭寇以外ではパーマネント採用はないらしい
鶴見に限らず◯◯センターとかプロジェクトとかは
プロジェクトリーダーも含めてすべて一年契約らしい
特に生物系

359 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/05 22:51

大した査定もせずに、自動的に更新されるなら、実質的にパーマネントと
変わらない。ただのカッコツケ。対外的な扮飾？

360 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/06 02:15

反論なしか。。。

361 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/06 06:42

査定の厳しさなんて、状況次第でいくらでも変えられるじゃん。
都合が悪くなればあっという間に厳しくなるだけ。
厳しくなればまた殺人事件が起こるって寸法だ。

人殺し、レイプ、毒物混入、理研はなんでもありだね。

362 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 14:49

狸研＠つるみのHPを見ていたら
トランスクリプトーム
プロテオーム
フェノーム
という単語が出てきました
これらの意味を教えてください

フェノールなら知っているのですが

363 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 15:20

ゲノームはご存知？　プロテオームは？

364 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 15:22

http://jsweb.muvc.net/index.html
　★世界平和★戦争反対★

365 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 17:08

>>363
ゲノムは知ってますが
ゲノームは知りません
プロテオミクスは知っていますが
プロテオームは知りません

オームが付くとどうなるのでしょうか
なんだか
オーム教のようにｱﾔｼｲですか

366 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 17:31

gene -> genome
protein -> proteome
transcript -> transcriptome
phenotype -> phenome

ま、ある意味Ω教だなｗ

367 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 23:56

>>361
いいこというね。関係者？
本当、「自動的に更新される」ということも「どういう手続きで
更新されるか」ということもほとんど明らかになっていないまま
実際には来年度の予算と補正予算の額の決まり方しだいで
更新されるのかそうでないのかが、機械的に直前にわかる、という
だけのシステムだよ。
直前に所属が変わっていたり更新されてはじめて自分の所属部署が
なくなっていたりするのに気づく、なんてよくあるはなしさ。

368 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 01:54

なんで、どうでもいい奴らしか残らんのだよ全く。
それで仕事が進むのか？

369 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 01:58

ome = as a whole entity な｡

370 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 02:15

>>368
それは出来るやつはきちんと自分を売り込んで
よそにうつることができるからでしょう

371 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 02:21

不安定な身分に甘んじたいおめでたいヤツは希少だからな

372 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/11 18:24

>>371
知っている教授（分子生物学会でも主催側の実行委員の1人）がエラく任期制マンセー
だ。ちなみに母校＊＊大学でのパーマネントなど誘われてもすべて蹴って、
1.5流大学の教授を敢えて選択。ちなみに任期がないと活性度が下がるからだそうで。

373 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 18:28

KOさんですか？

374 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/18 21:42

http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1045470377/

1 名前： ◆MUMUMUkopk ＠むむむφ ★ 投稿日：03/02/17 17:26 ID:???
　特許庁は医薬品開発に役立つたんぱく質について、立体構造が判明しただけでは
特許として認めない方針を決めた。たんぱく質を純粋な結晶として取り出すことを
特許成立の条件とする。米欧の特許当局も同様の審査基準を採用する見通し。
米バイオ企業などに立体構造データでたんぱく質特許を押さえようという動きが
出ているが、成立条件が厳しくなることで日本企業に巻き返しの機会が増えそうだ。

　たんぱく質は人間の体を作る基本的な物質。ひもを折り畳んだような複雑な立体
構造をしている。

　特許庁はたんぱく質の立体構造の解明は自然の観察で得た情報を示したに
すぎず、発明にはあたらないと判断した。立体構造を示した文書や、フロッピー
ディスクなどの媒体に記録したデータの出願があっても、特許として認めない。

　生物からたんぱく質を取り出して精製して結晶にした場合に限り、物質特許として
認める。
(以上、2003年2月17日のNIKKEI NETより一部引用―全文は引用元を参照)

引用元: http://www.nikkei.co.jp/news/main/20030217AT2G1401817022003.html
特許庁の発表: http://www.jpo.go.jp/iken/protein_solid_pc.htm

よく読んでみてくれ。
バイオインフォ関連の技術によって得られた情報に関しては
ほとんど特許はみとめられない、という、IT立国にものすごく水を指す
内容になっているぞ。

375 ：反面教師：03/02/18 23:57

そりゃそーだ。
しかし結晶化すればいいってのは、納得のいかない基準だな。
それを抜いて機能同定を含めておくれ。

376 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/20 19:20

M.Nishizawa, and K.Nishizawa
A DNA Sequence Evolution Analysis Generalized by Simulation and the Markov Chain Monte Carlo Method Implicates Strand Slippage in a Majority of Insertions and Deletions
J Mol Evol DOI: 10.1007/s00239-002-2366-5

377 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/24 21:51

>375
機能を同定しただけじゃ、産業として実施可能性を満たさないから
特許にならないのだよ。なんかモノ作りに役立たないとだめちゅうこと。
つらいよね。

378 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 03:41

がんがれ！インフォスレ！

379 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 03:46

>>376　西沢さん結婚したの?　別人かな？

380 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 16:48

バイオインフォのいい会社は知っとるかね？

381 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 19:31

IBMだろ

382 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 23:27

IBMは、バイオインフォの仕事っていっても、規模の大きな仕事しか
してないよね？
なにか、バイオインフォに関係するソフトなんか、出してるの？

383 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 23:37

ひゅーびっと

384 ：sage：03/02/27 21:26

資金ショート

385 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/06 09:22

最近いかが

389 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/11 16:38

引越し準備

390 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/12 14:07

あらら

391 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/12 22:41

それはなにより

392 ：山崎渉：03/03/13 13:23

（＾＾）

393 ：山崎渉：03/03/13 13:29

（＾＾）

394 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/20 23:32

そういえばコンテストはどうなった？

395 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/22 00:10

メタサーバって、ずるっこくない？

396 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/04 19:04

>>394 , >>395
http://prc.protein.osaka-u.ac.jp/prc/prc2003/2003-7.html

397 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/09 11:41

現在、薬学部の4年生なんですが、
バイオインフォマティクスの分野の研究をしてみたいと思います。
今後のオーダーメイド医療に先駆けて、
薬剤師がこのようなスキル、知識を持つことは必要なのでしょうか。
未熟者なりに一生懸命考えています。
この分野の最先端を担っていらっしゃるみなさまの
アドバイスをお願いいたします。

398 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/09 14:08

>>397
バイオインフォと一口に言っても広うござんす。
具体的にどんな事をしたいのよ？

399 ：かおりん祭り：03/04/09 14:11

http://www.saitama.gasuki.com/kaorin/

　　～oノノハヽo～
　　　（　＾▽＾）／⌒＼　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 , －-
　　　（（ﾆ[二=（　　こんなのがございま－－＝＝≡≡す♪　）)
　　／∧＝:||　＼＿／　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　`ー‐‐'
　　　じ/___/

400 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/09 17:31

薬剤師として一生過ごすツモリなら必要ありません。

人生、必要なことだけでイイかどうかは、あなたの気持ち次第です。

401 ：397：03/04/09 19:56

>>398
薬は一定の量（○錠、○カプセルなど）を
患者さんに処方することになっていますが、
個人によって、同じ量でも効きが良かったり、悪かったりします。
ある程度は医師のさじ加減で調整できるんですが、
アバウトなものなんで、良い医療とはいえません。
おそらく今後は、医師のさじ加減が正確なものになると思っています。
遺伝子多形をもとに個人にあった薬剤量を処方、調剤し、
個人の遺伝子情報をもとに服薬指導を行うようになるかもしれません。
クオリティの高い医療を提供するには、医療従事者全体の
レベルアップが必要だと思うんですね。
ですから、その一端を担っている薬剤師も
新しいスキル、知識を学んでいく必要あると考えたんです。

>>400
いろいろと考え直してみます。

スレ違いでしたらごめんなさい

402 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/09 20:04

>>401
すいません、質問したいのですが、、、、

＞個人によって、同じ量でも効きが良かったり、悪かったりします。
＞ある程度は医師のさじ加減で調整できるんですが、
＞アバウトなものなんで、良い医療とはいえません。

個人によって薬の効き方が違うという現象は昔から知られていたことと思いますが、
その対応としての「さじ加減」のようなものの具体的方法とか、こういう薬剤は
効果のフレが大きいというような情報等は、何処かに蓄積されているのでしょうか？
または、薬学の教科書などでは一般的な話しなのでしょうか？少し調べてみても
的を得た記述が見当たらなかったもので、、、、

403 ：401：03/04/09 20:37

>>402
>こういう薬剤は効果のフレが大きいというような情報等は、
>何処かに蓄積されているのでしょうか？
すいません、説明不足でした。
薬は、薬そのものが効き目を示したり、
体のなかでいろいろな処理をされることで本来の効き目を示したりします。
その処理能力というのは人それぞれ異なるんです。
また、処理されない薬が副作用という形であらわれたり、
逆に処理された薬が副作用を起こすことがあります。
ですから、さきほど量を減らすとか増やすとか申し上げましたが、
処理能力が小さい人にとって、
「処理されることで効き目を示し、処理されないままで残っていると副作用を起こす薬」は
一度にたくさん飲んだりすると、処理能力が普通の人よりも副作用を起こしやすくなってしまいます。
よく知られているのは「チトクロームP-450」という、
上で申し上げた、体内で処理をする「薬物代謝酵素」です。
DNAマイクロアレイなどで発現量を調査する研究が盛んのようです。
ただ、そこから得られた情報の有効利用についての研究は
これから先、重要になると思っているんですね。
ごめんなさい、わかりにくい内容で。逝ってきます。

404 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/09 20:38

sage

405 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/10 01:33

>>401
逝かないで下さい（W

えーと、例えばその薬剤の代謝にp450がキーエンザイムとして係わって
いるという知見があって始めて、マイクロアレイの研究というのが出てくる
と思うんですよね、SNPsを見てるのだと思うのですが。
つまり、ゲノムサイエンスの前にメタボロームに関する知見が必要だという
ことが一般的に言えると思うのですが、薬理に関するメタボロームの仕事と
いうのは、私が門外漢だからかもしれないですが、仕事の展開が恣意的だと
感じます。なんでいきなりこういう話しが出てくるのか？と思うことが多い
です。薬剤のADMETは一般的に何れくらい網羅的に定量できるのでしょうか？
それによって、ゲノム情報がおっしゃる目的に役にたつのかどうか決まって
くると思いますが、いかがでしょうか？

406 ：405：03/04/10 01:42

>SNPsを見てるのだと思うのですが。
SNPsではなくて発現量だったんですね、逝ってきます。

407 ：401：03/04/10 02:35

>>405
学部生の自分には、すごく難しい話ですけど、知識の範囲で答えさせていただきます。
405さんのおっしゃったADMETは、薬そのものの性質を示すんですが、
それはあくまでも物理的なもので、体内での薬の作用発現までは含まれていないと思います。
たとえば、ADMETのMである「代謝」は、「個体のもつ能力のひとつ」を数値化したもので、
「個体のもつ能力のひとつに関与している因子」の特定とは別のものだと思います。
その因子は体内にはたくさんあり、そのひとつにP450があって、
P450には3A4、1A2などほかにもたくさんのサブファミリーがあります。
で、薬剤によって代謝されるサブファミリーが異なるんです。
それらは、個人の遺伝子によって、さらに体内環境によって発現量が違うんです。
目がまわりそうな話ですけど、メタボロームに関しては莫大な量の研究が
必要になるのではないでしょうか。
（メタボローム解析には、特許なんかもからんでくるんですかね。）
ADMETは薬剤の生体に対する作用を見るんで、
イン・シリコとしてコンピューターモデルを使用しやすく、
メタボロームは生体の薬剤に対する作用をみるんで複雑になるんじゃないでしょうか。
私的な見解でごめんなさい。ほんと、まだまだ勉強が足りないッス。

特定のタンパク質を欠損させたり高発現させた細胞や個体についての
メタボローム解析は非常に有力なタンパク質機能解析だと思います。
生理的機能が知られていない酵素タンパク質の基質や生成物の同定を通じて、
新しい代謝分子、新しい代謝経路の発見につながると思います。

408 ：401：03/04/10 02:40

下の4行は気にしないで下さい。
考えているうちに、文章の一貫性がなくなってしまいました。
すまんです。

409 ：405：03/04/10 02:54

素人なので基本的なことを聞いてしまうのですが、、、
例えばADMETそれぞれに関して研究なり検査するときには、ある程度まとまっ
た数の人間に対して数値をとって、それの平均とか分散を見て云々すると思う
のですが、そのときに単峰分布ななってるかとか双峰分布とかそれ以上の複雑
な分布になっているかとかは吟味するのは普通に行われているのでしょうか？
薬剤の耐性菌に対する議論のときのような感じで、、、
それさえ分れば、薬剤毎に施用する前にアッセイするとかの対策が取りやすく
なるし、ゲノム情報を有効利用するときにもそういう情報が前提になると思う
のですが。。。。

410 ：405：03/04/10 03:04

付け足し
ADMETだけではなくて、薬効そのものの分布も重要ですね。むしろこちらの
方が重要。で、統計の上で双峰分布以上の分布が観察されて、それが臨床上
問題になるというのはどのくらいの割合で発生するものなのでしょうか？

411 ：あぼーん：03/04/10 04:02

あぼーん

412 ：あぼーん：03/04/10 04:02

413 ：佐々木健介：03/04/10 04:02

　　　　　＿＿＿＿_＿
　　　／＿　　　　　　|
　　 /.　＼￣￣￣￣|
　　/　　／　 ―　― |
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　 ||| (5　　　　　　>　|
　| | |　　　　 ┏━┓|　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
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|| | | | 　＼　┃　 ┃/　　＼　　正直、スマンカッタ
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414 ：かおりん祭り：03/04/10 04:02

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　　（＾▽＾）　　（_（＿_）
~~~~~ ￣￣ ~~~~~　　　 ~~~~~

415 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/11 13:39

ｽﾚ違いだったらｽｲﾏｾﾝ
mRNAの二次構造予測をしたいのですが　
ZuckerのＨＰでやるのとＧＥＮＥＴＹＸってｿﾌﾄ（Zuckerの方法を使ってるらしい
では結果が違ってきてどちらが良いのか分かりません
暖かい皆様の解答だけが僕の希望です　よろしくお願いします

416 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 03:09

genetyxではZuckerのHPで使われているのとはギャップの入れ方にかんする
パラメータが大分違いますね。
配列特異的な安定性を加味しているので、zuckerのほうがいいと思いますけど

417 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 05:23

末期的2ちゃんねる。
純愛関連は極左の巣窟。

418 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 15:05

バイオインフォマティクスをやってる研究室で
研究補助員やるとしたら、どんな知識・技術が必要になりますか？

419 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 16:36

サイトってなんですか？(websiteではなくてAPサイトなど・・・)

420 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 23:39

>418 そもそも募集してないだろ

421 ：山崎渉：03/04/17 08:44

（＾＾）

422 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/17 13:18

（＾＾）

423 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/17 18:42

>>416
ありがとうございます
ZuckerでＧｏしようと思います　genetyxは見にくいですし

424 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 09:22

>>418
例えば↓こういうのか？
ttp://www.jbic.or.jp/news/jinin.html

425 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 11:01

たぶんHTMLとかCGIかける人を募集してるんだと思うよ

426 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 11:35

>>420
>>424
>>425
ありがとうございます。
ウェットだけでなく、情報処理関係に強くないとダメなんですね。
出直してきます

427 ：動画直リン：03/04/18 11:37

http://www.agemasukudasai.com/movie/

428 ：山崎渉：03/04/20 03:58

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾）＜ぬるぽ（＾＾）

429 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/20 23:40

424のサイト見た。
データベースメンテナンス作業の
◆待　　　遇： 1日上限8,200円（通勤費込み）
というのは、酷い待遇だな。
保険も何もついてなくて、たったこれだけだろ？
こんな低賃金で、人が集まるのかと聞きたい。

430 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 02:29

>>429
たしかに、日雇いの引越しのバイトでもこれ以上もらえるぞ
交通費込みってのもイケてない。
やってらんねえよなぁ。

431 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 19:05

>>430
日雇の引っ越しのバイトの日給が高いのは、「毎日仕事があるわけじゃ
ない」からだよん。
運送会社にパートで雇用されたら、運転手で日給10-12000円とか。
机の前に座ってるだけなんだから、時給1000円もらえたら、十分じゃん。

432 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 23:31

>>431
あほか。おまえは。

433 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 14:27

食費と交通費と部屋代で赤字になるんでないかい？

434 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 22:40

>>433
そんなんもちろん自宅から通勤にきまってるやん。
大学の近所に住む人にだけ有利ちゅうことやん。昼間の仕事で、肉体労働でもなく、国家資格が必要なわけでもなく、
時給１０００円もらえたら・・・

文　句　い　う　な　今　の　日　本　の　景　気　を　よ　く　考　え　ろ

435 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 22:52

金額がどうこうより、こんな不安定な形でしか人を
雇えなくなっている研究という分野が恐ろしい。

436 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 22:52

あのへんに家があるぐらいの人だったら、働かなくてもよさげだが、、、。

437 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 22:59

しょうがねえじゃねえか。
モノつくってるわけでもなけりゃ、外貨とってくるわけでもない。
大学院生は選挙に行かないから、集票団体・圧力団体としても機能しない。
ほとんどはオタク研究者の自己満足と、それにたかってる業者と官僚の
なれあい・・・日本には研究者は不要なんだよ、きっと。

文　句　い　う　な　今　の　日　本　の　景　気　を　よ　く　考　え　ろ

438 ：433：03/04/22 23:05

>434
>そんなんもちろん自宅から通勤にきまってるやん。
飛行機で北海道からとか、毎日新幹線で近畿からとかって、逝っちゃうっ。

>436
禿同。

>435
他のプロジェクトはそうじゃなかったりして(W

439 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/22 23:39

まあ日本の産業の国際競争力がなくなった最大の原因は専門職でもなんで
もない職業の人件費が高くなりすぎたせいで、
専門職のありがたみが薄れて、優秀な人材、能力ある人材が専門的な職能を
習得しようとする意欲に欠けるようになってしまったことだから・・・

440 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/23 00:55

>文　句　い　う　な　今　の　日　本　の　景　気　を　よ　く　考　え　ろ

給料高くて終身雇用年功序列で仕事してない奴が
いないのなら我慢もするが。

441 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/23 00:57

仕事してない奴はリストラされるから大丈夫
大学のことをいってるのだったら、独法化までもうちょいまたれよ

442 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/30 08:47

そうもいかんだろ

443 ：動画直リン：03/04/30 09:12

http://homepage.mac.com/hitomi18/

444 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/30 14:03

”週間ボイス”っていいよ
ニュースの英字記事内容と訳文を月８０円で毎週日曜日に
購読できて、そのニュース音声も聞くことができる。
まぐまぐから配信されるから安心だよ。
申込は以下のアドレスからできるよ。
HPにはサンプルがあるから試してみて

ＨＰから↓
http://flexy.infoseek.ne.jp

まぐまぐから↓
http://premium.mag2.com/
週間ボイスで探してみてね。

445 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/01 04:17

>>434
たしかに、今の状況だとそういわれてもしょうがねえよなあ、、、
だって、誰でもできるんだからよお、それだったら近所のおばちゃんを
パートで雇えばやすくて済むじゃンという話しだよなあ、、、、
求められてるレベルがホントにスーパーのレジ打ちと変わらないんだから
当然そうなるよ。
頭使う仕事をつくらなきゃ院卒なんてホントにいらない。

446 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/01 23:53

だが・・・本当に頭使うような仕事を院卒がこなせるか、という問題も。
院卒院卒といえども、持ってるプライドの高さと客観的な能力の高さが
引き合うのはほんの２割くらいと・・・

447 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/02 02:52

>>446
歩留まりが２割りなら成功してるといえるのではないでしょうか？
問題は、院のうちにダメなのを排除するのか、社会人になってから排除する
のかという点。今は排除をちゃんとしないからいけない。排除をしてポスト
を開ければ、社会人になってから才能を開花させるタイプのヒトにもポスト
を与えることができる。

448 ：名無しさん：03/05/02 07:36

バイオインフォ間にどんな能力がいるんだっツーの。
コンピュータのソフト使うだけジャン。

449 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/02 09:03

>>448
おまえはばーか。
日本語のバイオインフォ入門書でもよんでわかった気になってろ（笑

別にバイオインフォに限ったことではないけど、他人の書いたソースコード
解析するほうが、自分でスクラッチから書くよりよほど難しいのはこの業界の
常識。

450 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/02 09:40

>>448
煽るのが目的なら止めとき。

>>449
手順が解ってるなら、自分で作っちゃた方が全然早い場合が多いね。

451 ：名無しさん：03/05/02 16:24

っぷ
青るきなんてねーよ。
バイオインフォ間なんて人の作ったソフト使ったり
せいぜいビューわーソフト作ってる抱け蛇ねーか。

452 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 00:41

だからそれだけでも十分才能なんだってさ。
＞バイオインフォ間なんて人の作ったソフト使ったり

453 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 02:29

そんなもんをinformaticsと呼ばんでくれよ

454 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 19:13

バイオロジストの代わりに検索したり計算したりして
彼らに助言できればそれでいいんよ。
勘違いして最新のデータマイニングアルゴリズムや情報エント
ロピー計算アルゴリズムをつくったりとか、ＨＭＭに独自の
改良なんか盛り込まれるよりも、現時点でスタンダードとな
っているソフトを正しく使いこなせて、それを実験生物学を
やっている人間に適正につたえることができるヤシのほうが
よほど世間ではよいバイオインフォマティシャンと思われて
るんよ。

455 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 19:29

だからそんなもんをinformaticsとかinformaticianとか呼ばんでくれよ。
計算機運ちゃんとか、計算機二級運転士とかでいいだろ。

456 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 20:39

>>454
なんか、「そういうことされるとボクたちに理解できないから」と
いっているように見えるぞ。

この手の議論になると、いつも「どっちもどっちだ」と思う。
そもそもバイオロジストとインフォマティシャンを明確に線引きしてしまうこと
こそに問題があるのでは。454や455がどっち側の人かはともかく。

457 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/03 22:59

まあ、計算機二級運転士がパワーアップするとどうなるかが
期待されているわけですな。でも生物屋に傾倒すると、さほど
面白い人材とは思われない(実験が下手な生物屋で終わる)から、
ここは情報屋に傾倒して何か新しい切り口を作ってほしい。
だめなら脱落するだけの話だ。新しい分野はリスクいっぱいと
いうだけの話だ。

458 ：美人ＯＬ：03/05/03 23:03

２０代ＯＬです毎日上司のセクハラや通勤電車での痴漢でストレスがたまっていた
そのときにネットで見つけたアダルトＤＶＤショップ以前からオナニー用にＤＶＤ
が欲しかったのですぐ注文しました、とても安くてびっくりしましたが次の日には
もう届きました私が買ったのは、オナニー、レズ、レイプです毎日オナニーしてま
す。
http://www.net-de-dvd.com/

459 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 00:42

http://f13.aaacafe.ne.jp/~sinri/
123

460 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 21:51

１年間、専門学校でバイオインフォマティクスについて学び始めました。
学校ではperl、html、リナックス概論、サーバー構築、生物学について勉強しています。
今現在、特に求められる要素としてどのような事がありますか？
今のうちに特に勉強しておいた方が良い事がありましたら、教えてください。
どうぞよろしくお願いします。

461 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 22:27

>>460

その学校はやっぱり若い人多いの？

>今現在、特に求められる要素としてどのような事がありますか？

英語と言いたいところだけど、いまは学習だけで精一杯でしょ？
授業でやることをきっちり理解することに力を注いでいたほうがいいと思う。

462 ：Y：03/05/04 22:54

>>461　さん
ありがとうございます。
年齢層は２５歳から３０歳くらいでしょうか。
ちなみに私は３３歳の学年で、それも女性です。
以前はずっと受付やセクレタリーをしていましたので、まったく違う世界からのチャレンジです。
英語はやはり必要なのでしょうね。
先生曰く、「使う英語は簡潔な文章なので特別な英語力はさほど必要ない」との事でした。
実は学校に通い出す前に、英会話学校への同時入学も視野に入れていました。
しかし、バイオインフォマティクスの勉強がどの程度の進み方なのかがわからなかったので
思い留まった次第です。
数年間、自己流で英語は勉強してきましたが、生物学などで使用される特殊な英語はわかりません。
学校の勉強もまだ始まったばかりですので、予習と復習に頑張っています。
また、何かアドバイスありましたらお願いいたします。

463 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 23:06

>>457
逆だろう・・・生物屋として最低限の知識とセンスをもつだけのみならず
一流の生物屋としてのセンスを持つようにならなければ。
「新しいだけの切り口」のバイオインフォマティクスなんて、それこそ
毎年星の数ほど生まれていて、みな消え去っていくのはなぜ？

464 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 23:33

>>462
バイオインフォやネット関係SEやセキュリティー関係SEに
必要な英語力といったら、オープンソース関係やbionetなどの
英文メーリングリストのブロークンな英語をがんがん読む能力
に尽きると思うよ。
自分のパソにRedHat linuxかSuSEを入れて、しかも日本語の
localeは設定しないで、すべて添付の英語ドキュメントとmanを
読んで何とかできるようになれば、それ以上の英語力は必要ない
といっても過言ではありません。
（例えば日本語ドキュメント一切なしで、英語のドキュメントだ
けでカーネル再構築できるくらいの英語力があればオケー！）VineとかKondaraとか入れちゃだめよ＾＾

465 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/04 23:44

>>463
どうだろうね。
「バイオインフォマティクス」を生物主導として語る意見は多いし、おおよそ
正しいと思うのだが、そうまで生物学のみを強調する姿勢には疑問がある。
「生物学」ではなく「バイオインフォマティクス」という学問なのだという姿勢も
ある程度必要なのではないか？　あくまでもある程度だが。

て、1から5に至るまでに何度となく議論されてきた話題を蒸し返してしまったな。
スマソ。

466 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/05 03:14

>>460
>年齢層は２５歳から３０歳くらいでしょうか。

やっぱり若いですね。も少し若いのかなって思ってました。みなさん、PGなどの業界経験者ですか？

これは私の経験からつかんだものなんで、アテになるアドバイスでないかもしれませんが・・・

問題に取り組むときは、しっかり考えよう！
プログラムするにしても、サーバの構築するにしても、すんなりいかないときが多々あります。

そのときに問題解決のために、ただなんとなく、手当たり次第に修正して、解決しようとする
のではなくて、原因は何か？などとしっかり考えながら、作業した方がいいです。
しっかり考える！
これはとても当たり前のことなんですが、出来てない人が多いです。
私の経験からですが、問題に取り組む際の思考の浅い深いは、エンジニアの質に比例していると思います。
また、向上度も！。
このことは仕事について、何年か経った時にやっと気づきました。
元来、わからないことに時間をかけすぎるのが嫌だったので、手っ取り早く解決するために、
その場しのぎな対処ばかりしてきました。
結果、応用が利かないエンジニアになってしまい、とても苦労しました。
最初のうちは、問題に対して、ミヨウミマネでしか解決することができないと思います。
知識がないから。早いうちに周辺の知識を身に付けて、問題に対して、しっかり考えて、
解決できるようになりましょう。

467 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/05 03:18

>学校の勉強もまだ始まったばかりですので、予習と復習に頑張っています。

そうですね。学校の授業に集中すべき。
他のことを勉強してる時間なんてないと思う。
業界未経験の方でしたら、まだ知らないことがたくさんあると思います。
学校で学ぶ1年間がどういうプランになっているのかわかりませんが、詰め込み学習になりそうですね。
大変そうが頑張ってください。
わからなくて、ウーッとなることがあると思いますが、みんなそうです。
いつか、吸収した知識が繋がり、すんなり理解できるときが来るので、あまり自分を追い込めすぎないで
学んでいけばいいと思います。

468 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/05 18:39

>>465
おれもそう思う。
生物屋と一言で言っても分子生物学しかやってない奴は生物の他の
分野を驚くほど知らなかったりする。生物系出身だからといってた
いした意味はない。現場レベルでは。
せいぜい生物系の修士課程を卒業した程度の奴と、数年バイオイン
フォにまじめに取り組んだ情報系の連中とでは、知識や経験量はも
はや個人差レベルで比較するしかないと思える。

もちろん、新聞発表など外部と関わる場合では、トップが(生物系/
情報系)出身なのかが見栄えに違いが出る場合が多いとは思うが。

469 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/05 19:49

>>663
バイオインフォマティクスは分子生物学と同義なのだよ。
つまり、それ自体が学問として成り立つわけではなく、
何かを解明するための道具あるいは技術に過ぎない。
そこんとこ間違ってる奴が多いんだな。

470 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/05 22:53

>>469
きみは番号間違えてるよ。
という話はともかく。

「バイオインフォマティクス」や「分子生物学」どころか、そもそも「生物学」や
「情報学」、つまり「学問」そのものが道具・技術だわな。
生物屋だ、情報屋だといってるのは、それこそ「LinuxがいいかFreeBSDがいいか」
と宗派争いしているのと同じだろう。それらを使って何がしたいか、こそが
重要なわけで。

て、ひょっとしてこのたとえは（一部の情報屋にとって）地雷だったかも。

471 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 02:03

>> 470
そういういみでは、「情報屋」の方が明確なきがしますね。
定義した問題を解くだけですから。

472 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 03:03

>>469
その逆もまた言えるのではないか？
今時コンピュータ使えないで、「生物研究者」といえるのかね？
linuxにblast入れて動かしてるだけで悦にいってる椰子なんて、テクのレベル
なんじゃないの？そんなので恥ずかしく思わないの？

473 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 03:10

いや「生物学」そのものは「道具・技術」ですらないのだ。
究極の生物学のありかたは「観察」と「分類」これにつきる。
だからなかよくやろうよ。
いっしょに「いきものずかん」をつくろうｖｖ

474 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 03:24

アプローチの仕方には、モデルドリブンとデータドリブンの両方が考えられる
wetの場合にもモデルドリブン抜きでは今までの仕事はなしえなかったでしょ？
「多分発現制御はこうなってるから、この遺伝子を潰してみると、、、、」
という仮説もなければ仕事は進まない。その仮説をたてるために情報的な技術
が必要になってくのではないかということだと思う。その理由の一つは、デー
タの量が爆発的に増えているから、それをどう扱えばいいか？という点

475 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 03:28

>>471
その通り。
で、大事なのはどういう問題を定義できるのか？ということ。
これは生物とか情報とかではなく、サイエンス一般に成り立つことだと思うけども、、

476 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 05:38

生物学の実験ごときで”てくにっく”とかホザいてる椰子に
無性にムカツクと思うのは漏れだけ？

477 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 07:19

>>474
>アプローチの仕方には、モデルドリブンとデータドリブンの両方が考えられる
それはごく一部の狭い世界。そういう研究で狙えるのはせいぜいG2Cどまり。
ていうか、遺伝子発現のネットワークの解析をジーンチップのデータ主体
にやってるということがまるわかりですが・・・それって、そういうアプローチ
自体が生物学全体の中で、少数派でしょ？

478 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 07:51

＞それはごく一部の狭い世界。そういう研究で狙えるのはせいぜいG2Cどまり。
そうとも限らないでしょ？例えば、たんぱく質の構造がX線解析による”観察”
から分ったとしても、そこから機能を推定するためにはどーするの？ってなこ
とでも考えれば、なにもDNAチップやらgene netwworkにこだらわなくても
データorモデルなんて構造はいくらでもあるよ！

479 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 08:08

確かに、実験をやっていると、つい自分たちが観測しているのが「事実」で
あるような錯覚を覚えることはある。
実際には、どれほど精密な実験をしようとも得られているのは「モデル」
にすぎないのだが。
＞477はその手の錯覚にとらわれてると思う。

というか、学際領域のスレで
＞そういう研究で狙えるのはせいぜいG2Cどまり。
とか書いてもしょうがないのではないかと。それは非常にローカルな価値観なので。

480 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 12:00

NMRﾏﾝｾｰ

481 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/07 12:24

>>478
>なにもDNAチップやらgene netwworkにこだらわなくても
>データorモデルなんて構造はいくらでもあるよ！

そりゃいくらでもあるけれども、476では
>アプローチの仕方には、モデルドリブンとデータドリブンの両方が考えられる
といっているけれど、モデルドリブンでもデータドリブンでもない、という
可能性は考えられないのか?
「すべての研究」を二種類に分類しなければ、気が済まないのか?
なんで、そんなに狭量なんだ?
ということについて問いつめたいのです。小一時間ほど。

482 ：bloom：03/05/07 12:25

http://homepage.mac.com/ayaya16/

483 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/08 13:14

計算機二級運転士の書き込みそうなこったプ

484 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/10 11:21

入門書について教えてください。
・初心者でも分かるバイオインフォマティクス坊農秀雅
・できるバイオインフォマティクス広川貴次、他
・実践バイオインフォマティクス Cynthia Giba、他
・バイオインフォマティクスのためのPerl入門水島洋 (著)
のどこから手をつけるのが近道でしょう？正直perl関係は後回しで済む
(プログラミングはjavaで始めている)ので違うだろうと思っていますが。

よろしく＞all

485 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/11 21:25

・実践バイオインフォマティクス Cynthia Giba、他

486 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/11 22:05

>>481
二種類以外の可能性を排除しているわけではないのだが。
むしろ、ほかにあるなら例を挙げてみてくれ。
こんなとこでこんなことを小一時間問い詰めるような輩が
アイデアもっているのかどうか知りたいから。

487 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/11 23:23

そんなこといって、自分の固定化した観念を指摘されてあせっていることがまるわかりだし。煽っているつもりらしいけど、
煽りになってないし。狭量で、自分ではアイデアがなくて、しかも他人からアイデアを盗むのか？どっかのヘタレの助手みたいだ。ここは２ｃｈ
だろ？まずは叩かれることを覚悟で自分から書き込む勇気をもてよ。

　　　　　　　　４　８　６　必　死　だ　な

488 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 00:33

>484
実践バイオインフォマティクスがいいね。
どんなデータがどこにあって、どんな方法でどんな問題
に取り組まれているかがコンパクトにまとまっているね。

489 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 00:40

いや、傍観者としても「データドリブンでもモデルドリブンでもない自然科学研究」
について教えてもらいたかったり。
俺程度の能力では、いわゆる「セレンディピティ」による研究くらいしか
思い付かないが、あれだってデータドリブンだよなあ。

というか、486程度のしょぼいレスに487も鼻息荒すぎ。どっちもどっちだ。
487も叩かれることを覚悟してなかったみたいに見えるぞ。二人とも落ち着け。

490 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 00:55

俺も「実践バイオインフォマティクス」を一番推薦しますね

491 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 07:47

>>489　しょぼいレスで悪かったな。
まあ、>>487は煽るだけ煽って自分では何も言わないヘタレだったということだ。
で、モデルドリブンとデータドリブン以外の可能性を見つけられない俺も
お前もヘタレということで。ｗ

492 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 08:07

>491
煽るなよ。
俺は本気で（挑発するわけではなく）「データドリブンでもモデルドリブンでもない
自然科学研究」について教えてもらいたいと思っているのだ。
「データ」「モデル」という自然科学の主要な要素以外からの研究というのには、
純粋に興味がある。

ひょっとしたら、「データ」「モデル」という言葉のせいで、情報学ローカルな
話をしていると勘違いしたのかな、と思わなくもないが。

493 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 12:29

484です。
>>485, >>488, >>490
Thanx.
この４冊の内amazonで星がついてるのって「実践・・・」だけですが、
やはりそういう評判なのですね。
買ってきます。

494 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/12 13:35

>>489, 491
俺は、すべての研究はセレンディピティーがなければくずだとおもってる
んで、>>489 が一番正解に近い。それを強いてデータドリブンに分類するのか?
現実の生物学的研究から出てくるのはノイズばかりである。
モデルというのはあくまで、データに対してたてられるものであり、
現場の研究者はいちいちノイズにまでモデルはたてないから、
それをモデルドリブンとはいわない。もちろんそんなことは、
「データの定義」を変えてしまえばデータドリブンに分類可能だし
「モデルの定義」を変えてしまえばモデルドリブンに分類可能だ。
だが、そんなことをしたり顔して分類する奴にかぎって、生物学の
研究の現場がなんたるかをしらない、あたまでっかちのおこちゃま
が多いことも事実なわけ。口先だけの分類屋は逝ってよし、とまじ
に思うよ。

おれが懸念しているのは、すくなくともおれのあったことのある何人
かのバイオインフォ屋は、ともかく口先だけの分類屋が役に立たない
能書を何時間もかけてたれるって感じ。実際には他人のつくったプログラムを
動かしているだけで、しかも時々大事なパラメータの設定が不注意だったり
するということで、やっぱり小一時間くらい説経したい気分。

>>492 よ。自分が屁理屈だらけの一番生物屋に嫌われるタイプの人間であると
自覚して、今後の修錬をつんでくれ。たのむから。

495 ：489=492：03/05/12 19:09

何で俺だよ！　と思ったが、たぶん番号の打ち間違いではないかと。

セレンディピティについては了解した。
ただ俺はあまりセレンディピティを特別視すべきではない、と思っているので、
あれも単なる「データ」だと考えている。「ノイズ」と「データ」を別のものとして
明確に（それこそ）分類するというのは、そもそも自然科学の考え方ではない
ように思うので。ノイズもデータのうち、という感じか。
もちろん、494のような思想も理解できるんだけどね。

あと、研究者を「生物屋」と「バイオインフォ屋」に "分類" する姿勢はどうかと。
議論の本論は読むべき点が多々あったのに、最後のほうは単なる同族嫌悪に見えるぞ。

496 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/14 00:53

データドリブンの研究って「hypothesis-free」な研究スタイルと同義で
データマイニングしたりするわけで最近のハイスループットな方法でよ
くいわれているもので、モデルドリブンの研究ってのは仮説に基づいた
研究スタイルですよね。

で、これらを循環させると、北野さんがよくプレゼンでみせるシステム巣
バイオロジーの輪になると。（某ヒゲがまねっこでスパイラルとかいって
いますけど）

497 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/14 01:31

で、現実には全然モデルどおりの輪にはなっていない、と。

498 ：491：03/05/14 02:20

>>493
その本は、超初心者向けです。
あなたが超初心者ならとってもオススメ。
ま、もしそうでないなら書評を見れば判断がつくので、ここで何かを
言うまでもないでしょう。
いずれにせよ、そのうちもっと「基礎的な」ことを学ぶための教科書が
必要になることは間違いありません。

>>495
あなたには共感するものがある。
ま、データドリブンだろうとモデルドリブンだろうと、
どっちみち、モデルを立てるのが科学の真髄でしょ？
新しいパラダイムがあるかのような言い方をする某君には
まったく賛成できないが、こんなところでいくら戦っても
しょうがないし意味もない。実践の場でいい成果をあげましょ。

499 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/14 09:18

>>491
ほかにお薦めの本があるんだったらあげてください

500 ：491：03/05/15 00:31

ありませんよ、一冊でOKみたいなのは。
それでもいくつかのタイトルは出ているのだから、アマゾンで調べて
読んでみるといいですね。

501 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/15 00:43

484,493@まだ買ってない、です。
>>491
>もっと「基礎的な」こと
ってのは、数理的な基礎とか(生物的な基礎は当然)、諸々という理解でOKですね。

502 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 01:45

そすい
http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html

503 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 12:10

やっぱこれからはMDでしょ。MDといっても分子動力学のほうね。

504 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 13:09

>>503
ホンマかいな。MD って一番結果が望めそうにないが。
誰も結果を出せずにどんぐりの背比べ。研究者同士比
較にならないので、最終的には学歴で比較して東大卒
の奴だけが生き残る(後の奴らはタクシー運転手)とい
ういつものパターン。ロンダ組も危ないだろうな。

ただし、ここしばらく金が降って来ることは認める。

505 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 13:26

>>504
「ここしばらく金が降って来る」
そういう意味だよ。

文科省の役人の思考では
ゲノムの成果（既成事実）と投資（既成事実）→「利用しなければならない」→配列解析、データマイニング、DBなどに予算
構造ゲノムの成果（増殖中）と投資（既成事実）→「利用しなければならない」→モデリング、MDに予算

MDのいいところは、何事も丁寧にやれば、実験屋と組まなくとも必ず成果が
発表できる点だとおもうよ。ある意味カタイ分野だよ。
どうでもいいけど、蛋白質のフォールディングにはなかなか予算付かないのね、、

506 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 16:58

>>505

じゃあ日本でMD屋と言えば誰よ？

羽振りの良いヤツなんているかぁ？

507 ：506：03/05/17 17:06

間違えた、>>505ではなく>>504だった。

だいたい東大卒のMD屋って産総研のKさん以外にいるのか？

>>505
フォールディングというか構造予測には予算はすでに付いているでしょ

508 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 18:34

>>507
羽振りがよいかどうかはしらないけど蛋白研のN村H木先生はMD屋じゃないのか?
俺としてはレプリカ交換法にもっともっとがんばつてもらいつたい。

509 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 21:13

中○春△はMD屋じゃないでしょう。かれは構造生物学でしょ。
彼の周りでMD屋と言うなら肥○さんしょ。

510 ：mite：03/05/17 21:22

http://www8.plala.or.jp/yamashita/

511 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 16:12

語感の響きに釣られてパソヲタが適当に色めき立ってはいるが、
結局、普段の地味でくだらないと思っている作業が延々と続くことに変わりはない。

512 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 17:49

>>509
いや、肥○先生をご存知だったら話は早い。あの人はマルチカノニカルだよね？
肥○先生の仕事は切り口もシャープだし、すごいとおもうよ。

513 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/20 18:56

私は現在高校３年生で、バイオインフォマティクスに関心があり、バイオインフォマティクスを体系的に学べる大学へ進学したいと考えております。
しかし、まだまだバイオインフォマティクスが学べる大学が少なく、何処へ進学するか考えあぐねています･･･。
私が調べた範囲では、以下の大学でバイオインフォマティクスを学べるようです。

東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
http://www-bi.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/
慶應大学理工学部生命情報学科
http://www.bio.keio.ac.jp/
慶應大学環境情報学部バイオインフォマティクスクラスター
http://www.sfc.keio.ac.jp/nyugaku/index.html
早稲田大学理工学部電気・情報生命工学科
http://www.eb.waseda.ac.jp/
創価大学工学部生命情報工学科
http://www.t.soka.ac.jp/New/Lif/
東京工科大学バイオニクス学部
http://www.teu.ac.jp/info/top/F/daigakuannai/bionics/index.html
九州工業大学情報工学部生物化学システム工学科
http://www.bse.kyutech.ac.jp/summary/summary.html

更に、立命館大学でも来年に情報理工学部生命情報学科を新設するようです。
http://www.kyoto-np.co.jp/kp/topics/2003mar/28/W20030328MWC1S100000052.html

私は浪人してでも東大を目指すべきなのでしょうか？
進学に当たって、ぜひ経験豊富なこのスレッドの方々にアドバイスが頂きたいです。
スレの流れを変えて済みませんが、どうか優しい皆様、アドバイスを下さいませ･･･。

514 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/20 21:42

>>513
バイオインフォマティクスは学部レベルでやることじゃないんじゃないかと。
一度生物系のところをちゃんと出てからの方が。

515 ：山崎渉：03/05/21 21:47

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

516 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/22 00:51

高等専門学校とかでもやってるんじゃないかな
長岡とか・・・なかったっけ？
長浜バイオ大にはバイオインフォはないのか？
北陸先端とか奈良尖端とかは？

517 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/22 01:16

>>513
体系的に学べるところどころか、まだ体系化していないとおもわ
れ。なんて言ったらいいすぎかな？なぜなら、時代時代に範囲が
挿げ替えられているので、拡大し続けているから。日本語訳でない
日本語の体系的な教科書が出たころに体系的に学べるようになると
思われます。

で、東大の特別プログラムは単位をとるには夏休み返上する必要が
ある。たいへんそうだ。

>>514
情報からはいるのもいいと思う。生物学は好きなら自習できるけど、
計算機科学や統計学はすきでも自習はつらいとおもわれ。
おすすめは、東大、九大、阪大です。

518 ：513：03/05/23 00:49

皆さん、早速のレス有難う御座います。
このスレの人達は優しい方々ばかりで助かります。

>>514
>>517
バイオとＩＴを中途半端に学ぶより、どちらかの分野のバックグラウンドをしっかり持った方が
良いということですね。
517さんに質問ですが、生命科学は独習可能で、情報科学は独習は難しいというのは本当ですか？
情報科学にはセジウィックの手によるアルゴリズム本やパターソン＆ヘネシー本など、
定評ある教科書が多数ありますし、ＵＮＩＸを導入したり、プログラムを組んだり、
バイオインフォマティクス用ツール・データベースを利用するのは、
家庭用のパソコンで十分可能ではありませんか？
但し、家庭用のパソコンではスペックが少し厳しいかもしれませんが･･･。
むしろ生命科学の方が、知識を得るだけなら独習でも十分でしょうが、
実験技能は独習では身に付けようがないように思えます。

>>516
長浜バイオ大にもバイオインフォマティクスはあるようですが、
http://www.nagahama-i-bio.ac.jp/bio-guide/corse.html
あの大学はテクニシャンの育成を主眼に置いているようですからねえ･･･。
北陸先端とか奈良先端もいいですねえ･･･。でも、大学院しかないのが残念です。

519 ：517：03/05/23 01:17

研究指向で、そんなに教科書名をしっている高校生なら直接いろんな先生にメールしてみて、自分とマッチする先生のいる大学を探すことを薦めます。
そのときは携帯メールは使わないよーに。最近の大学院の研究室訪問希望者は携帯メールで問い合わせてきくるので、印象悪いです。

520 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/23 02:12

>>519
> そのときは携帯メールは使わないよーに。最近の大学院の研究室訪問希望者は携帯メールで問い合わせてきくるので、印象悪いです。

ま　じ　で　つ　か　？

携帯のメールで問い合わせって(((( ;゜Д゜)))ｶﾞｸｶﾞｸﾌﾞﾙﾌﾞﾙ
漏れが担当だったらそれだけで断るなｗ　少なくともその人は情報関係に疎いんだと思う。

521 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/26 23:49

大学かー

わしは、企業を知りたいワン
バイオインフォをやっている企業。IT企業。
ベンチャーで評判を良く聞くところってないかね。
大手は日立系が一番強そうだが、、、

522 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 00:28

住商エレクトロニクス
伊藤忠CTC
IBM
ビジュアルテクノロジー
エイチ・アイ・ティー
最後のが一番ベンチャー色がつよいですね

523 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 05:13

>>522
住商エレクトロニクス
伊藤忠CTC
ここは何やってるの？

524 ：！：03/05/27 05:46

これはもしかしてモロっすか？
なんでもあり？

http://www.hi-net.zaq.ne.jp/bubbs207/

525 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 07:58

今後バイオインフォマティクスは
どのようになるんでしょうか？
やっぱシステムバイオロジーよりに
なるんですかね。

526 ：513：03/05/27 14:11

>>519
レスが遅れて申し訳ありません。アドバイス有難う御座います。
さっそく色々な大学のホームページを見て、面白そうだと思った研究室にeメールを送ってみます。
本当はE-Cellに興味があるのですが、慶應ＳＦＣのバイオインフォマティクスのカリキュラムが余りにお粗末なので、進学する気はありません。
今の所は東京大学理科Ⅱ類に進学したいと思っております。生物情報科学学部教育特別プログラムは、夏季休業を中心に行うので、正規の授業を圧迫しないのが良いですね。
東大は唯一教養学部が残っている大学だけあって、基礎を非常に大切にしている印象を受けます。それに、ヒトゲノム解析センターが隣接していて、榊氏や横山氏のような、
日本のヒトゲノムやポストゲノムのリーダーが揃っているのも魅力的ですね。現役で東大合格はムズカシイですが･･･(^^;

527 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 23:49

東京医科歯科大学がポストゲノムにちからいれてますけど、どうですか

528 ：山崎渉：03/05/28 14:14

　　　　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾）＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

529 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/28 23:00

##落ち過ぎかと思うので上げてみます。
>>527
ちょうど、[a-life 00280]が医科歯科大の鈴木先生のポストでつな。
登録して、取ってきて読んでみれば？
##ひょっとして、atrで、論文のPDF/PS.gzとか公開してたかも。

530 ：_：03/05/28 23:17

http://homepage.mac.com/hiroyuki43/hankaku10.html

531 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/03 00:21

夏の学校逝ってよし？
ttp://www.jsbi.org/bioinfo2003/news.html

532 ：_：03/06/03 00:25

http://homepage.mac.com/hiroyuki43/2ch.html

533 ：直リン：03/06/03 00:25

http://homepage.mac.com/yuuka20/

534 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/03 02:22

>>526
慶應のバイオインフォのお粗末なカリキュラムが荒川のような基地外を生んだ

535 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/03 10:28

>>531
春の学校と同じヤン・・・。
春、参加できなかった人にはよさげ、と思った。

536 ：526：03/06/03 23:01

>>534
荒川さんて誰でしょうか？

537 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 00:16

>>526
SFCのカリキュラムのどこがお粗末なんでつか？

http://www.sfc.keio.ac.jp/sfc/guide2003/cluster3_12.html

バイオシミュレーションとかアルゴリズムのコンピュータ実習科目の
ほかに、プロテオームとかメタボロームとかポストゲノム実験実習
科目もすんげえ充実してるみたいですが。

538 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 01:47

http://www.nig.ac.jp/taiken.pdf

これもいいんじゃないか？遺伝研の体験入学2週間。しかもﾀﾀﾞ。

539 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 09:18

>>537
ほんとだ。見落としていました。学部レベルでこれはたしかにすごいです。

540 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 10:45

>>513
SFCでバイオインフォをやる場合、SFCのカリキュラムがそもそも
必修という概念が薄いので、「何でも履修できるけど自己責任でね」
という京大理学部システムに近い気がします。履修できる科目に
関しても、院と学部の垣根があまりないし。

もう見たかもしれませんが、一応参考リンク。

学部生向け関連科目（でもちと情報が古い？）
http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/class/related_courses.html

院のページ。でも513さんが院に行く頃は変わる可能性あり。
http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/class/related_courses.html

SFCの欠点としては、物理化学が弱いということでしょうかね。
そもそも科目がほとんど無い。
513さんはバイオインフォというよりも、システム生物学を
指向しているようにお見受けしますが、如何ですか？
そうだったら、基本的には理IIを目指すことでいいんでは
ないかと。これからの生命科学は数物化生の全部が要求される
学問だと思うし。そういう意味で東大の教養は学ぶ場として
良いと思います。頑張って下さい。サバイバルする自信がある
なら京大理もありかも？

541 ：540：03/06/04 10:48

すんません。院のページはこちら。
http://www.ttck.keio.ac.jp/Bioinformatics-program/

542 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 18:53

>>540
>SFCの欠点としては、物理化学が弱いということでしょうかね。
>そもそも科目がほとんど無い。

SFCの学生は理工学部の授業を自由に履修して単位にすることができるので、週に１～２日、曜日を決めて日吉に行くことにすれば、なんの問題も無いようです。

543 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 18:57

>>540
山形文化論ってのが気になる

544 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 22:06

>>460

遅レスですが…
その学校は立川の近くの某専門学校でしょうか？

もしそうなら、コンピューター関係で聞きたいことがあり、
（先生に聞きにくければ）ご相談に乗りますよ。

545 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 13:22

こんなメールが来ましたが
参加してみる価値あるのでしょうか？

登録はhttp://big.gsc.riken.go.jp/bnp2003.htmlからお願いします。

6月20日（金）に開催される理研GSCシンポジウム -Bionetworks and Phenomics-
（人工知能学会SGMBI第２５回研究会と共催）の案内をさせていただきます。

表現系解析、生化学シミュレーションの世界的権威であるProf. Nadeau、Prof.
Kholodenkoの招待講演に加え、Genome Research誌、Biochemical Journal誌、
Biochemistry(U.S.)誌、Bioinformatics誌などで誌上公開（予定）された
理研GSCゲノム情報科学グループの研究成果に関する講演を予定しています。
無料ですが、事前登録をお願いしています。
登録フォーム、プログラム、アブストラクトについては、下記のURLをご参照くださ
い。
http://big.gsc.riken.go.jp/bnp2003.html

546 ：D：03/06/06 23:29

ttp://www.pd-fams.com ←どうなのこれ

547 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 01:44

＞５４６
いいんじゃない

548 ：ｲｲﾝﾃﾞｽ：03/06/09 17:51

>>529
ttp://www2.create.human.nagoya-u.ac.jp/a-life/20030528/280.html

何が面白いんですか？

549 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/10 01:16

みなさま、ハワイの準備はいかがですか？

550 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/10 02:09

>>545
某ヒゲの断末魔

551 ：無料動画直リン：03/06/10 02:25

http://homepage.mac.com/norika27/

552 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/10 08:42

>>550
どういう意味ですか？

553 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/10 21:22

>>545
アブスト見る限り業績は三流大学並だけど
年間どのくらいカネ使ってるの？

554 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 13:36

あー。バイオインフォも人工知能云々と結び付けようとするとﾓｺﾞﾓｺﾞ

555 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 14:05

金にみあうだけの特許おさえてるからいいんじゃないか?

ていうか、自分が金もらえないことのやっかみに聞こえるぞ

556 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 21:21

いくつ特許持ってるの？
特許なんて全然持ってないじゃん
聞くところによると年間数億円使ってるそうだが
大した論文も特許もない
つうとカネは何処に消えてるの？

557 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 23:53

6/9月曜に京都府大でやった研究集会での、阿久津先生の話を聞いた人いますか。

558 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/12 00:51

>>556
さすがに特許申請中の物はあるだろう?

559 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/13 08:04

もごもご

560 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/14 21:38

>>548
おお、MLログがこんなところにあるんだ。サンクス。

ん？東京医科歯科大でもこんな事やってる人がいる、という紹介だけ
のつもりだけど・・・面白いと書いた記憶はない。

レスに気がつかなかった失礼をおわびする。

561 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 11:33

いろいろ大学とか研究室でてきてるけど，
PSB, RECOMB, ISMB, CSB, ECCB とかの国際会議に論文通してる
とこってどのくらいあるよ？それとか bioinformatics, JCB, JBCB
とかのジャーナルに論文コンスタントに出してる研究室ってどこよ？

いくら立派なカリキュラム組んで学生集めようとしても，
研究自体ができてない研究室いくメリットってなによ？

562 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 15:17

にほんではそれほど発展してない分野なんだから、まだそのレベルをもとめんなって
561よ

563 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 17:08

>>562

いろいろ調べてみたら、KO-SFCの富田研だけは別格。

http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/journal/

とくにここ１～２年はすごい。
2002年以降だけでも国際ジャーナル論文がすでに19報あって、
うちBioinformatics誌が６報もある(!)。
この数にはEditorialや共同論文も含まれているけど、
それにしてもこんなアクティブなバイオインフォのラボは
世界中探しても他にないよ。感激しますた。

564 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 17:16

「世界中探しても他にないよ」とは言い過ぎだよ。
他にもある。

565 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 18:54

>>563
うわっ、たしかにこれは別格だ罠。
敬服するしかない

566 ：YUIS：03/06/15 18:59

ここで買わなきゃどこで買う！？

http://www.dvd-yuis.com

567 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 19:20

>>563
この大量に Publish される論文のうち，
いったいどのくらいが他の論文から Refer されるのかねぇ．

568 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 19:56

配列情報解析でお薦めはTohさんのいる京大じゃないかにゃ

569 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 21:50

>>563
あんたアフォ？
どこが一流なの？何をもって一流つうの？
Bioinformaticsつうのはインパクトファクターが3.5ぐらいじゃねーか
Genome ResearchもJBCに毛が生えた程度でしょ
一流つうのは年間でＣＮＳ何本持ってるかで比べるの
数出せばいいというもんじゃないの
バイオインフォでＣＮＳ稼げるラボはどこにもないつうのが現状でしょ
だから生物屋から見たバイオインフォは
コンピューターをかじったヤシのお遊び程度にしか見られていないんだよ

570 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:01

>>569
あんた、情報系や物理系の超一流誌のインパクトファクター調べてみ。

腐るほど言われてきたことだが、分野が違う雑誌のインパクトファクターを
比べることには意味がない。
同じ「生物学」の中でさえそうなんだから、ましてや学際領域でインパクト
ファクターを振りかざしてたら、それこそお遊びで研究していると思われるよ。
点取りゲームじゃないんだから。

571 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:03

>>561
あんたアフォ？
国際誌にペーパーが載ることと
日本でどう評価されていることとはまったく別なの
いい研究をしていればいい国際誌に載るし
そこそこならばそこそこの学術誌にしか載らない
日本で国際誌にコンスタントに載せることが出来るラボがないということは
日本のどこのラボも大したことがないということ

572 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:09

>>570
あんたアフォ？
じゃ生物つう名まえを使うな！！
情報屋や物理屋はその世界で評価されればいいだろうが
井の中の蛙だな
Biological Scienceはほとんどがインパクトファクターで評価されている
曲がりなりにも生物を名乗るならば
バイオインフォだとしても生物の中で評価されるに決まっているだろ

573 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:27

>>572
だから「バイオインフォマティクス」を「生物学」の枠の中に縮こまらせるべきか
どうか、って議論がこのスレ（と1-4まで）で議論されてるだろ。「生物屋」でも
「情報屋」でもなく「バイオインフォマティクス屋」であるべきではないか、とか。
同様に有機生物化学とか生物物理はどの枠で考えるつもりなんだ？　全部生物？
だとすればJACSやPhys. Rev.なんかはカス雑誌だな。

だいたい
> Biological Scienceはほとんどがインパクトファクターで評価されている
って、あんた自分の頭で他人の研究を評価できんのか。

というわけで、きみは生物学の世界しか知らないようだけど、
> バイオインフォだとしても生物の中で評価されるに決まっているだろ
「学際領域」って発音してみな。どっちが井の中の蛙なんだ。

574 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:49

>>573
できるよ。そのためのインパクトファクターだろ。
おまえ、バイオインフォの意味を知らないの？
バイオインフォは生物学の為の学問だろーが
生物学が無くなればバイオインフォもなくなるものだろ
早い話が生物学の寄生虫つうわけだ
生物学のおこぼれをもらっている学問だろ
生物学がバイオインフォの基本になっているわけだ
だから、たとえ君たちがバイオインフォマティクス屋と叫んでも
評価は生物学を通しての目でしか見られていないのが現状なの

いくら、オレは物理屋として参加してるといっても
材料が生物ならば生物屋の目を通して見られているつうわけ

生物屋の評価はインパクトファクターがひとつの鍵を握っている
だからバイオインフォでもインパクトファクターで評価されるつうわけ

自分のペーパーを一度ででもいいからＣＮＳに載せてから
バイオインフォ屋を名乗ればいいのじゃないか
ＣＮＳはバイオインフォだからといって載せないといっているわけではない
世界の科学の進展に見合うだけのペーパーは
たとえバイオインフォの分野だとしても
ＣＮＳのエディターは喜んで載せてくれる

いいペーパーは評価されるがクソはクソとしか評価されない

575 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 22:50

くだらないねぇ

576 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:01

博士課程の学生くらいのIFの意味を少し囓っただけのお馬鹿さんかねぇ？
了見狭いなぁ

577 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:10

>>576
なんでもいいけどさあ
最低でもＣＮＳ一報ぐらいあって話してんだろーね
そうでなければアフォってことだ

578 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:39

というか、半端なCNSの論文よりは例えば
S. F. Altschul et al, J. Mol. Biol., 215, 403 (1990)
なんかのほうがよっぽど生物学に寄与していると思うが。BLASTの論文だけど。

というより、バイオインフォ屋はBLAST級の成果を挙げたとしても
CやNやSを狙わない、ってこった（いや、もちろんJMBはいい雑誌だよ）。
実際一流の先生はそんなことわかってるから、化学や物理の雑誌まで熟読してるよ。

たぶん>>574は、DQN物理屋に「自然界の真理を追究しているのは物理であって、
それ以外の化学や生物学は、細々と各論をやって物理のおこぼれで生きている
寄生虫にすぎない。物理が無くなれば生物学も無くなる」とか言われたら
（実際物理板にはそういう輩がいる）顔を真っ赤にして怒りだすんだろうなあ。

579 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:42

＞578
たぶん574は洟を垂らしながら「BLASTって何？」とか言うよ。

580 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:49

BLASTの業績はノーベル賞級だと個人的に思っているのですがどうでしょうか？

581 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:52

ああ、ごめん、
> 実際一流の先生はそんなことわかってるから
「そんなこと」は、「学際領域の研究者が生物学の一流誌だけに一流の業績を
投稿するわけではないこと」ね。別にバイオインフォマティクスに限らず。

だいたい、材料が生物でも手法が物理だったら物理屋の視点で見られている、とは
思わんのかね。あるいは生化学者や分子生物学者が化学屋からどんな目でチェック
されてるか、とか。
繰り返すけど、それが学際領域だろ。「材料が生物だから絶対生物屋の目で見て下さい」
と論文に添えて送るわけにもいくまいに。材料と手法、どっちがより重要、
ってこともない。

と書いているうちに2人に入られてしまった。長文ｽﾏｿ。

582 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/15 23:56

ちょいとそこの殿方様！ここ覗いていって～～ん。
いいこと、いいもの、儲け話とかいっぱいあるわよ～！
貴方も貴女もここにきてスッキリしましょうyo！
http://www.anzen-chitai.ne.nu
よろしくお願いしま～す。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　副店長　片岡佳子

583 ：576：03/06/16 00:05

1stじゃないけど2ndではあるよ

ちなみに私はバイオインフォ屋ではないけどね
馬鹿が嫌いなだけ

たぶんこの馬鹿はCNSに載ったことないでしょ？
先輩とかに言われて単にCNSが良いと思っているだけでしょう？
ちゃんとCNSを読んでいれば漏れの論文を始め(^^;;掲載後数年した後の
現代へのインパクトがあんまりない論文だって多いことが分かるのにねえ

584 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 00:15

SFCは人手がたくさんあっていいな・・・

585 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 00:17

SFCはお金もたくさんあっていいな･･･

でも、かけた予算と人手に比例して成果が出るような研究は
自分ではやりたくないな・・・

586 ：_：03/06/16 00:18

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

587 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 00:31

>というより、バイオインフォ屋はBLAST級の成果を挙げたとしても
>CやNやSを狙わない、ってこった（いや、もちろんJMBはいい雑誌だよ）。

ﾜﾗﾜﾗﾜﾗ

588 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 01:43

MDってバイオインフォにふくめるの？ふくめないの？
MDの研究だったらSやNには良くのってるよねえ。
まあどうでもいいけどさ
ていうか簡単にあおられちゃったね、みんな。

589 ：_：03/06/16 01:47

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

590 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 08:32

>>563
いろいろ考えましたが、やっぱりSFCを第一希望にしました。
論文の数もさることながら、その多様性は受験生には魅力です。

Bioinformatics誌の他に、Genome Research（ゲノム系）、
Analytical Chemistry（化学系）、IEEE（情報系）、
Molecular Evolution（進化系）、Teratology（医学系）
など、、。

591 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 09:41

574はヴァカだが、生物屋の病気の典型例でもある。

592 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 10:51

なんか、すごい勢いのヴァカだったね。圧倒的。

593 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 11:14

>>590
きみそれ正解
IFにこだわる偏差値野郎ばっかの国立に行くより
SFCで分野の壁を越えて自由にやってみれ

594 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 12:26

>>590
いまSFCで学部に通っていますが、590にアドヴァイス。
先に似たような書き込みをした方がいますが、SFCだと
数学・情報よりになる。物理・化学は理工に行ったと
しても囓った程度になりがち。数学のレベルも理工系
ほどじゃないし、通うの大変だし、授業がバッティング
することあるし（これ結構重要）。やっぱ何かしら
確固としたバックグラウンドがあったほうが、バイオ
インフォの研究はやりやすい気がします。
あと、学生が大いに関われる分野で論文出てるのは
ゲノム解析、進化に偏ってるかも。他はあんまし。
化学系なんかは非常勤の教員（他研究機関が本職）
なんかが出したものだし。他研究機関との相乗り論文が
多いので注意。

595 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 17:24

ここで兄弟 A 久津研，K 久研，T 研，灯台 M 野研の
話題はタブーなのでつか？

596 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 18:41

>>595
そんなことはないと思うが。
前に話題に上がってなかった？　前スレか前々スレか前々々スレか前々々々スレで。

597 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 21:01

つーか、書くほどの内容がなにも（略

598 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 23:51

>>561

> いろいろ大学とか研究室でてきてるけど，
> PSB, RECOMB, ISMB, CSB, ECCB とかの国際会議に論文通してる
> とこってどのくらいあるよ？それとか bioinformatics, JCB, JBCB
> とかのジャーナルに論文コンスタントに出してる研究室ってどこよ？

そんな研究室日本にあるの？？？

599 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 23:56

おまえら化研を語って下さい。

600 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 00:08

>>598
それは阿久津さんと宮の研とか。
国際学会は阿久津さんまめだね。とくにrecomb

JBCBでたばかりだから除いて、JCBは冊子最近
来てる？ってかんじなのでのぞいて、BIOINFORMATICS
だったら、最近なら宮の研が多かったような気がします。
偉い人研究室別論文数ランキングキボンヌ。

601 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 00:19

>>583
やっぱアフォだな
バイオインフォ屋じゃないのか
そんじゃあ幾らCNSを持ってても宝の持ち腐りだなあ
だれかCNSに載せるだけのネタは無いのかのう

602 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 00:28

とおっ！　>>599

603 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 01:08

　税金で研究している方は、もっと役に立つ研究してください。
　ばいおいんふぉまてぃくすとやらは、私の生活にどのような影響、恩恵を与えてくれるのでしょうか？

604 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 01:25

>>603
そんなことをいうとデイホフが天国でな嘆いてますよ。６０３は今
後ホモロジーサーチ禁止。

ゲノム配列がどうやって決定されたか。どうやってアノテーション
されたか考えたらおのずとわかるでしょう。研究者のはしくれなら。

というか、少なくとも603の負担した税金分は成果だしてるよ。

605 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 01:50

小学生チャットに来てね
http://www13.big.or.jp/~fubuki/chat/chat1.html

606 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 08:14

>>603
アレイデータの解析も禁止だな。
「バイオインフォマティクス」という名前に反応する人が多いが、分野自体は
前からあるよ。データ解析をしない生物屋なんて研究者じゃないわけで。

607 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/18 18:49

>>598
いまどきなんで？低迷中のALife系ばっかじゃん。関係者か?ｗ

>>600
まさに、関係者だからお付き合い。

608 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 01:13

CNSってBrungerのつくったソフトの名前だろ？

609 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 01:28

>>608
そうとうのアフォだな

610 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 06:45

バイオインフォ屋に聞きたい！
IFがどうのとかCNSがどうのってのはどうでもいいんだが、
みんなは何を知りたくてインフォしているのかと
問いたい。
実は情報工学の応用として生物をテーマとして扱っているのでは
ないかと．．．
そうでないならばぜひともモチベーションを教えてくだされ。

611 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 09:30

>>610
その通りですが何か。

612 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 11:13

生物学的な問題に起因する情報科学の問題を解く．

バイオでネタが無くなったらバイオやらないだけ．
ネタが無くなるとは思っていないが．

613 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 20:49

>>607

ALife って何か分かってる？

614 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/19 23:57

>>610
だから生物系の問題意識をちゃんともってる生物学者が、
生物学的な本質的な問題を発見して、それを情報系の問題に
翻訳した上で、バイオインフォ屋になげてあげればいいだけの
話。

自分らで問題点の重要さなどを批判する能力に欠けてる人が
ほとんどだから、うまくノセることができたら、あとはこちらの
ほぼいいなり？しかもそのくせ「テクニシャンといっしょ」とか
といわれると怒るだけのプライドはあるので、逆におだてると
どんどん協力してもらえるんですね。

615 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 00:40

>>614
そ
テクと一緒だから大したペーパーもでない
出そうという気構えすらない
そのくせ生物学者から評価されることを嫌い
勝手にバイオインフォ屋という屋号つけてしまった大バカモノ集団さ
バイオインフォなんぞは大した学問じゃない
生物学者のごよう聞きをしていればいいさ

616 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 00:52

現場にでて研鑚を積まなければ、その重要性を理解できないような問題
こそを「本質」という。そのあたりの感覚が実験屋とはまったくずれている。
まったく生物学系の問題に関して、ほとんどなんもわかっちゃいない。
しかもずれていることを指摘されると、逆切れしてひらきなおる始末。まあ、苦悶式で鍛えられた受験秀才にはお似合いかもしれないが。

ある意味、使いやすい連中だ。すくなくともWin serverの設定だけで
文句たれまくりのクサレネットワーク系SEよりはましかもね。

617 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 01:49

自作自演ごくろうさん。

科学の本質とは何かを考えた方がいいよ。
生物学の本質ばっかり考えてないで。
そのほうが結局生物学のためになる。

618 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 02:37

http://www.medibic.com/
バイオインフォはビジネスなんじゃ？

619 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 06:16

（ ´_ゝ`）∂　チョットこいや…
http://www.k-514.com/

620 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 13:53

>>617
じゃあバイオインフォマティクスからバイオをはずして
生物学の本質とは無関係の「科学の本質」とやらを追求したら
いいんじゃないか? 一般理系板にでもいってさ。
結局、そのほうが生物学のためにもインフォマティクスの
ためにもなるよ。
板違い。

621 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 15:25

お気に入り集 ☆
http://pleasant.free-city.net/

622 ：_：03/06/20 15:26

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

623 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 19:14

俺なんかは将来は数学が出来ないと生物が出来ない世の中になると
思ってるけどな．そういう時代に確実に近づいて入っているなら
今の珠玉混在なバイオインフォって聡明期の混乱＝必要悪，
あるいは生物学の発展のために必要な底辺なのであって，
いろいろな価値観が存在していていいとおもうぞ．

>>614 のようにしか考えられないなら先は無いと思え．

624 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 19:30

数学とインフォマティクスはちがうよ。昔ながらのエクセル利用の多変量解
析でも、解決すべき問題点と、解析すべきデータがきちんとしていれば、特に
何ら問題無く生物学できる。
バイオインフォの一分派のように、「解決すべき問題点も、解析すべ
きデータも解析手法も漠然としている状態で、莫大な量のデータから
何かを(しかし何を?)みつけよう」という、データマイニングみたいな
ある意味無目的な研究にたいしてこそ、先があるの?と問いたい。
>>610の問題提起は、そうしたモチベーションのない研究が「何か」を
本当に見つけられるか?という問いだろ。先があるなしをいう前に、
まず610の問いに答えよ。
ただし「バイオインフォ」が生物学の発展に必要な「底辺」であるという
意見には全く賛成。特に「底辺」であるというあたり大賛成。

ところでblastの原理知らなきゃblast使えないのか?FFTの原理しらなきゃ
JPEG画像のファイルサイズ変換できないか?
原理を完ぺきに知らなければ使えないツール作って、「誰も使って
くれない」とかあとで愚痴るんじゃねーぞ。

625 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 19:46

>>624
「底辺」という言葉は「社会の下層階級」という意味もある。
ま、差別用語だな。
あなたが、そういうのが好きで好きでたまらないというのじゃ
なければ、フツーに「土台」とすべきだろうなｗ

626 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 20:26

BLAST の原理知らないと BLAST を越えられないって．
既存のツール使い回して新しい事実を発見するのも
学問のうちだし，そうして得られた結果に敬意を払うけど，
おのずと限界があるだろ．

ってすでに語り尽くされてる？

現状で特に問題なく生物学が出来たって，
その先がそのままのやり方で，
はたして得られるのか，，かなり疑問だと思う．

627 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 21:07

どうしてこのスレはいつもこうなるんだろう・・・

バイオインフォという分野そのものがそんなに悪いのか、
現在「バイオインフォ屋」と称している連中の能力不足に過ぎないのか、
あるいは、可能性が見えていないだけなのか。

そこんとこはっきりしようや。

628 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 21:26

別に、使えないプログラムでも、その分野での新規のアルゴリズムを
使っていれば、それでアカデミックには仕事になるんだよ。情報系では。
けど、それは、他の分野でよく使われているようなのが多いけど。

似たような話、あるでしょ。よく知られた遺伝子を他の生物から見つけてきて、
ちょっと機能らしきものを示して、論文にするっていう。それと一緒。

629 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 22:36

>>627
すべて 624 のせい、かな？。

エクセル使った「えせ統計」論文がいかに多いことか。
別にエクセル使った研究が悪いなんて思ってないけど、
しっかり理解しないで統計使うとどんな結論だって出せるぞ。
そこんとこ注意しようや。

だから底辺理解せずに上に積み上げたって崩れるだけなんだって。(w
今までどれだけの事実が覆されてきた？どれだけの仮説が間違ってきた？

従来通りの事実を積み上げる生物学の延長で情報のツールを
表面上だけで使ってると、ほんとに足下すくわれるぞ。

せいぜいみなさん気をつけようや。

630 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 22:38

だから守旧派ってやつだろ。

生物学も情報学も人間が勝手に分類しただけで、もともとは同じ目的を持ってるはずだが。
それがいつのまにか、生物学そのものを目的にして、排他的になってる。

というか、過去スレくらい読んで欲しいよ。

631 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 22:41

>>627
簡単だよ。数式に乗るほど定量性、定性性のあるデータが簡単に
出せないってことだよ。だから高度な解析の知識があっても何も
できない。
その辺、もうちょっとのところまで来ていると信じたいが。

632 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/20 23:00

>>629
>>「今までどれだけの事実が覆されてきた？どれだけの仮説が間違ってきた？」
そりゃま、そうだけどさ
でもそれを覆した研究もまた、ここでいわれてる「守旧派」のエクセル
生物学なんだよ。統計を理解してる奴がスタッフにいるかいないか
だけの違いだよ。そこんとこよろしく。

情報屋さんの大好きなあたらしい方法論とやらが、その守旧派の方法
論のあやまった議論を修正した例が、あるん?
先にエクセル生物屋が見付けた新事実を、更に「補完する」程度のこと
しかできてないやん?

日本の科学を考えると、一度でいいからバイオインフォ屋に足もとを
すくわれてみたいね。ていうか、俺の周りにもエクセルやSーPLUS
つかった怪しい統計つかいがうじゃうじゃいるけど、ウェット屋に
足もとをすくわれることはあっても、バイオインフォ屋からすくわれる
ことはないよ。

633 ：Login:Darwin：03/06/21 00:22

久しぶりに生物板に書き込む。

ドライ、ウェットで非建設的なフレームするのは止めよう、
ってのが過去ログの結論だった記憶があるのだが・・・。

科学とは原理、法則を見つけだす営みだったと記憶している。
生物学とは、生物において原理、法則を見い出す営みだと
理解している。そういう方向性から見ると、>>620はまるきり
おかしいように見えるし、>>617もタダの煽りになるんじゃ
ないかな？
##データを集めるのは、ここでは手段だ。個々の実験・論文
##では目的になって良い。
問題があるとすれば、日々の実験がその方向性とずれてるよ
うに感じる香具師がいた時、説明できる「生物屋」がなかなか
少ない事では無いだろうか？もしくは、その方向性を認識せず
に日々の実験を行う「生物屋」がいる、ことではないか？
##学部下級時代の感想だ。このスレの話では無いし、
##粘り強く実験するのは非常に大事だ。
漏れの見るところ、この方向性(のズレ)に焦点を当てたのが
「構造主義生物学」「A-life」「システムバイオロジー」等々
に見えるのだが。

ドライ、ウェットなどと言ってる香具師は、
「　生　物　学　の　本　質　」　そ　の　も　の
を、も一度見つめ直してみればいかがかな？

一方、応用科学/工学としては、
「生物で得られた知見を、情報技術に生かす」
ってのもアリだと思うし、そんな事を考えた香具師が
>>611, 612　みたいになるのも、生物学の進歩のためには
悪い事じゃ無いと思うぞ。

634 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 00:40

実験屋、計算屋と分けて考えるあたりが守旧派と呼ばれる所以では。
メンデルが当時計算屋だと見なされていたことを思い出して欲しいのだが、実験屋・計算屋という区分はその程度のものなのだ。

635 ：Login:Darwin：03/06/21 00:43

追伸。
ログインしないと読めないが・・・。
<http://www.egroups.co.jp/message/acell/25>
ってのはどうだ？
「生物学の本質」を考える材料になれば幸い。

636 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 01:18

>>634
禿同。

637 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 02:44

>>633
##データを集めるのは、ここでは手段だ。個々の実験・論文
##では目的になって良い。

その「手段」にバイアスがかかっているとしたら？
そして二次データを加工する者たちがそのバイアスに無頓着な
無垢な人たち揃いだったら？　そこまでいうなら実験屋と計算屋
と分けて考えるのはやめてもよい。バイアスの存在を知ってるもの
と知らないもの、と分類しても良い。おいらが発しているのは
警鐘だ。バイアスの存在を知らないものたちは、いわゆるウェット屋を馬
鹿にするくせに、そいつらの出したデータはありがたく信じてしまう
という、理解できない矛盾した行動をとるので、警鐘をならしている
のだ。
どっちかに統一しろ。俺としては「他人の出したデータにはすべて何
らかのバイアスがかかっている」とみなして自分でデータをとること
をお薦めする。
俺がいっているのは生物学の本質ではなく「実験科学の本質」のこと。

638 ：Login:Darwin名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 11:14

＞バイアスに無頓着な無垢な人
かわいくて萌え、ってボケはなしなんでしょうねぇ・・・。
以下マジレス。

＞実験屋と計算屋と分けて考えるのはやめてもよい。バイアスの存在を知って
＞るものと知らないもの、と分類しても良い。
うん、その警鐘ならわかるような気がします。けれど、僕には語る資格はない
と思うので。関係がありそうな事を、郡司幸夫がなんか言ってた記憶があるの
で後学のためにそいつがどんなんだったか確認する事にします・・・。

639 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 13:36

>>637
いたずらに煽るような書き込みしてた637がカナリ悪いと思うけど、言わんとして
ることは理解しました。確かに相対性理論の例をあげるまでもなく、観測側のバイ
アスが観測対象に及ぶのは全ての科学の基本といえば基本。
でも、だからといって皆が実験系に流れろというのは無茶なのでは・・・？

ところでSFCって山形とどうして仲わるいの？

640 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 17:30

>>637

> バイアスの存在を知らないものたちは、いわゆるウェット屋を馬
> 鹿にするくせに、そいつらの出したデータはありがたく信じてしまう
> という、理解できない矛盾した行動をとるので、警鐘をならしている
> のだ。

こーゆーのって後学のために具体例とかないのかな？
僕のまわりでは実験屋も情報屋もちゃんと意識してるけど。。

何か特定の限定的で個人的な思い出がこういう印象を作っている
だけだったりしませんか？印象だけで何かを語ってはお互い気を
まずくするだけ。

具体的に論文を取り上げて問題点を指摘してください。
あなたの信ずる本質とやらのためにお願いします。

641 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 20:18

というか、>637の周りにいる計算屋限定での話を、あたかも全ての計算屋が
そうであるかのように書いたのが原因では。
>637の話自体は納得できる。ただ、バイアスに無頓着な人間は
実験屋・計算屋両方ともたぶん同じくらいいるよ。
それこそ「計算屋」というのを意識しすぎだ。周りの人間に憤りを覚えているのかも
しれないが、冷静になれ。

642 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 21:37

別に憤りなんて覚えてないって。
一次データを出す側の人間で、自分が出しているデータにどれくらいの
バイアスがかかっているかを知ってるか知らないかは、3種類
（１）知ってて、その弊害も知りつつしかもそれを隠蔽しつつ出し続ける一種の確信犯
（２）知ってるけどそのことがそもそも害とは思ってない人　つまり二次データ利用
を考えていない人　まあこれが大半か
（３）バイアスそのものに無頓着　こいつらはテクニか量産型PhDに多い

二次データ三次データにかかわっている人間のうちでは
（１）バイアスの致命性に気づいて、あるときからぱったりDBつくりを
やめたり、及び腰になりつつある人　少数だけど最近ふえてきたね
（２）バイアスの致命性に気付いて、自分から一次データ取得に動いた人
すくないんじゃないかな
（３）バイアスをしりつつ、そのバイアスを拡大再生産する人　そんなに多くない
と信じたい
（４）バイアスの存在をしらない無垢な人たち　大多数

641さんはバイアスに気付いているとして、それをどう取り扱っているんですか？
そのあたりの現実的な方法論について聞きたい。もちろんこれはインフォマティクス
とは違うよね。いわゆるシステマティックなエラーみたいな誤差論、雑音論とか
とは一線を画していると、俺は認識している。

643 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 21:56

わかりやすい実例をあげてみようか。cDNAについてだよ。実際に実験をしたこと
のない人は知らないだろうけど、mRNAというのはそれはそれは取り扱い注意の
化合物だから、発現量の少ない奴が取れるかどうかは、実験者の腕にかかってる。
例えば理研のH崎研にしろかずさにしろ、まず初めに一次データを出すための
独自の方法論からはじめている。でもって、それはそこのグループは少な
くとも、方法論由来のバイアスがどの程度なのかを認識している(人もすこしは
いる）ということだ。（と信じたい。いまもいるかは別問題）
でも、ともかくそういったことすべて、バイアスの大小はそれぞれの実験系に
ものすごくdependしている。本当に、mRNA取得するときの「洗い｣のバッファ系
ひとつとっても、そのバッチから出てくるcDNAの平均鎖長が50%オーダーで刻々
変わる。そんな情報だれも論文に書かない。自分の手で追試するまでわからない。
追試して、うまくいかなくて、原著者にメールで「おまえの論文うそっぱちだろ
追試できねえよゴルァ」とメールを書くと、「いや実は・・・」といろいろ教えて
もらえることがいっぱいある。まあそんなことはどうでもいいのだけど。
RNA editingに着目したかずさはすごいと思う。だがRNA editingも原虫の系では
ともかく、いまだにAlex Richが苦しみ紛れに出したネタというか花火じゃないか
という見方が多い。実際のところどうなんだろうか？

644 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/21 22:34

>642-643
最初は本物の○○かと思っていたのだが、まともに話せば中々ちゃんとしてるじゃん。
なぜ最初からそうしなかったのかと、むしろ俺が憤るわけだが。

バイアスに関して言えば、一次データを出す側で
・バイアスをなくす（というより常に同じ方向にバイアスがかかる）ように試みる
・バイアスがかかっていることを隠さない
そして二次データ以降の側では
・バイアスの存在をわかった上でできる範囲のことをやる
もあるのではないか。くどいようだが、二次以降の研究者にしたって
現状では実験家のほうが計算家よりはるかに多いわけだが、
多くの研究者はこれだと思うぞ。
もちろん必ずしも楽観できない、という点ではきみと同意見ではある。

確かにバイアスというのは誤差論で語れない部分も多々あるが、1から10まで全部そうか
というとそうでもない。むしろだからこそバイアスは厄介だともいえるが。

余談だが、>643の例はむしろ誤差論で語れる部分がかなりある例ではないかと思う。
いや、有意義な議論だと思うので、本題に付随した例示の部分で揚げ足を取って申し訳ない。

あと、あなたではないが>639は相対性理論ではなく量子論だと思う。
ああ、これこそほんとに揚げ足取りだ。ｽﾏｿ。

645 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 01:12

＞あと、あなたではないが>639は相対性理論ではなく量子論だと思う。
＞ああ、これこそほんとに揚げ足取りだ。ｽﾏｿ。

どっちにも当てはまると思うけど、、、
本読みすぎて、他人の意見に洗脳されて思考停止になるのではなくて
この場の議論はその人の発言に基づいて議論しないとまずいのでは、、
横道のように思うけど、これは漏れが生物屋に感じている危惧。
生物屋は「これは前に聞いた話だと」思うと安心し、
「これは似たような話だと思うけど結論がちがう」と感じると不安になる。
後者のほうに実験科学屋としては面白みを感じるのが普通ではないかと思う
けどどうか？弁証法をしらんわけでもあるまい？

646 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 01:34

>>645
ごめん、もう少し具体的に言ってくれるとわかるのだが。

議論については人によっていろいろ考え方があるとは思うが、「最初荒しみたいな
ことを書いてたから、あるいは一部の記述に誤りがあったから、最後まで
その人の意見は間違い」という立場を俺はとりたくない。
上記のバイアスの話ではないが、一部に歪みがあるから全部捨てる、というのもまた
科学者の姿勢ではないと思う。
議論の流れの中でお互いが意見や態度を変化させていくのはむしろ当然では。

て、そういうことではない？
ｽﾏｿ、マジでよくわからない。

ちなみに相対論ではなく量子論だと思ったのは「観測対象」という表現。
いくらなんでも「これが相対論か量子論か」は「横道」以外の何者でもないと思うので、
別に「間違いを指摘してやる！」と思ってるわけではないよ。
それが気に障ったのなら謝る。

647 ：始めまして：03/06/22 13:12

皆さんバイアスがどうたらと言っておられますが
私(実験屋、ちょっと違う分野)に言わせれば、何をいまさら…、という感じです

我々が論文を書くときには主題があるわけで、
実験方法は主題を最も明確に証明するものを用いるべきです
また、試料によって実験条件が制限されてしまいます
もちろん、すべて同じ条件で実験できればそれに越したことは無いのですが
そういう方法を我々はまだ持っていないわけです

ですから、実験屋のバイアスに対する考えとしては、
バイアスはある。
それは故意や無知によるものであってはならないが、
操作上仕方がないものがある。
それをわかった上で、(バイアスに関係なく)導き出せる結論
というのが、科学的事実として、論文の主題になるわけです。

>・バイアスがかかっていることを隠さない
これは当然重要になるわけで、
Materials And Methodsは書き過ぎるくらい書けとよく言われます
しかし、他人のM&Mからすべてを読みとるのは同分野の人間でも難しいものですが…

バイアスうんぬんは分野に関係なくサイエンスの根幹だと思っています
少なくともプロのscientistなら、それくらい気付いていると思います
あまり馬鹿にしないほうがいいと思いますよ

長文失礼

648 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 14:19

>>647
今さらではあるけれど、ご自身も「サイエンスの根幹」と書いているように
議論することは必要かと思います。
実際バイアスが重要であることは認識していても、どこまで重要なのか、は
一筋縄ではいかないのではないでしょうか。
例えば生物分野でよく使われるような分析手法にしても、生物→（分析）化学→
物理→数学と遡って考えていくと、場合によってどこまで考慮しなければ
ならないのかは違うと思います。生物学の範囲内で片づくことが多いですが、
そうじゃないときにプロのscientist全員がそれをちゃんとできている、とは言えない
（私自身のことは棚に上げていたりもしますが）のではないでしょうか。
生物をやっていて、物理は苦手だ、と発言する人に出会ったことはよくあります。

649 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 14:50

643　>>647
＞プロのscientistなら、それくらい気付いていると思います
＞あまり馬鹿にしないほうがいいと思いますよ

647さんの発言の大半について実験屋として、もとい「バイアスは生物実験
の必然だと気付いているものとして」まったく賛成なのだが、だからこそ
この647さんの発言の最後の二行について、誤解をといておきたい。

バイオインフォマティクスの最大の欠点は、その情報ソースをフォーマットに
規定や制限の多いデータベースに登録された一次データに求める際に、
647さんが指摘するような『同分野の人間でも読み取るのが難しい』material
& methodに関する記述がごっそり抜け落ちること、それを大量に処理する
必要性から、一次情報・二次情報を扱う人間が積極的にそれをフォローしきれ
ないくらい情報爆発が起こっているということ、につきる。
同分野の人間でも読み取るのが難しい、実験法由来の個々のバイアスを
その系にdependした経験なしにどうやって読み取るのか？それともそんなことは
無視しても、情報の処理量を増やせばバイアスは自動的に拡散して、なにか本質
的な発見や科学的な議論にいきつく、と無垢にしんじてしまっていいのか？
＞プロのscientistなら、それくらい気付いていると思います
その辺の認識のギャップが、日々大量の一次データ２次データに接している
人たちと、その一次データを家内制手工業やハイスループットで出す作業を
してる人たちとで、ギャップが大きすぎるのではないか？　が私の問題提起
です。

650 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 17:08

>>649
なにがいいたいかよくわかんねーよ。もちょっとマシな日本語勉強しなおして
でなおしてこいよ。ったく、これだから実験屋は。論理的な思考ができない奴らに
研究なんてできるわけないってことを、小学校あたりからやりなおして勉強しなおせよ。

651 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 18:12

1977年には、転写されたＲＮＡはそのままタンパク質に翻訳されるのではなく、
イントロン（intron）部分を取り除き、エキソン（exon）部分をつなぎあわせる、
スプライシング（splicing）の処理が、高等生物では広く一般的に行われている
ことが見いだされました。
つまり、高等生物の遺伝子はゲノム上で一般に分断されており、核内でＲＮＡへの
転写とスプライシングが行われ、核の外に輸送されたメッセンジャーＲＮＡをもとに
タンパク質への翻訳が行われるのです。
これはセントラルドグマの情報の流れに反するものではありませんが、ＲＮＡの転写
後処理という重要なステップを、もちろんセントラルドグマは予期していませんでした。
また、より限定された生物種の範囲ですが、転写されたＲＮＡが削除以外に挿入・置換
の変更を受けるＲＮＡエディティング（editing）も見つかっています。
ＲＮＡの転写後処理はゲノムから遺伝子への情報発現の分子機構として、進化的意味が
隠されているようです。

652 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 18:40

お前ら前スレ1～4を読み直せ

何回同じ議論すれば気が済むんだ？

653 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 18:51

いやらしいリンク集作った
http://cg.iclub.to/link/buruma/

654 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 20:00

煽りと誤爆っぽいのと宣伝は無視するとして。

>>649
正直、一次データを出す側のほうがバイアスに自覚的だ、とも思わないよ。
むしろ、「バイアスがあるねえ」あるいは「じゃあやり直そうか」で終わってしまう
ような（それこそ問い合わせがあるまで明示しないような）、ある種の「無垢」さは
一次データを出す側の方が強いと思う。
「バイアスと向き合う」という視点はどちらかというと二次・三次データの側のほうが
強いのではないかな。

>>649さんの意見にちょっと以前の「実験」vs「計算」の色彩が感じられてしまうのは、
その辺りに気付いていない（あるいは敢えて言及しない）せいかな、という気がする。
バイアスと向き合わなかったときの破壊力は二次・三次データを扱う側（実験
でも計算でも）のほうが大きいのも確かだけどね。

ただ、一次データ屋にしても二次・三次にしても、649さんが危惧するほど
むちゃくちゃな人が主流だとも思わないよ。誰かも指摘していたけど、正直
649さんの周辺にそういう人がいる、というだけの話じゃないかな。

あと、>>647さんはむしろ>>642-643を批判しているのだと思うけど、どうかな。

655 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 20:12

649
一次データを出す側は、一部を除いてはバイアスには無自覚だよ
だって、「自分らの実験において矛盾なければ、それが2次3次データ
として使われることはあまりそうていしていない」こともおおいから。

PDBにしてもGenBankにしても、「一次データの提供をボランティア
に頼っている限りは、各研究者の(各実験条件の)バイアスから
自由にはなりえない」ってことでしょう。それでもDNAの塩基の一次
配列情報は、統計的に処理しようとすらおもわなければ、まだなんとか
なるよね。ESTくらいになると、もうデータ全体として何が言いたいのか
何がいえるのか、まったくわからん。

一次データを出す側がボランティアなんだったら、無垢なのはあたりまえ。
ところが、それを「そういうもんだ」と割り切れないようじゃ2次データ
なんか扱えないでしょ？　そのへんどうしてるの？
バイアスをきちんと向き合わなければ、被害を一番受けるのは誰?

656 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 22:28

名前は名前欄に書いたほうがいいかと。

> バイアスをきちんと向き合わなければ、被害を一番受けるのは誰?
そりゃ全ての科学者だと思うが。というか、「科学」そのものかな。

649さんは649さんで、ちょっと一次データを出す側の弁護をやりすぎでは。
それこそ「自分らの実験において矛盾（が）なければ、それが2次3次データ
として使われることはあまりそうてい（想定）していない」は科学者として
まともな態度とは言えないと思う。「認識のギャップ」で済ませられる問題では
ないのではないかな。
ボランティアったって、科学の領域で生きさせてもらってることにかわりはないわけで。

しかし、やっぱりそんな研究者は多くないと思うよ。
一次データを出す研究者で>>655に書かれているような人が多い、という印象を
持ったことはないし、二次・三次の研究者でも例えばPDBやGenBankのデータに
かかっているであろうバイアスに無頓着な人なんてあまりいないのではないかな。

ちなみに一次データを出す側がボランティアでもそうでなくても、あるいは
バイアスに対して真剣でも不真面目でも、バイアスからは自由になり得ないと思う。

657 ：627：03/06/23 00:05

>>633をみて、ウンウンとうなづきました。
他にもそうだな、と思う意見もあったけれど。

要するに、実験上の問題を理解せずしてデータだけ使おうつするやつはどの道ダメ。
実験場の問題を理解してデータを使う奴も、本当に上手にデータを処理できるかは疑問。
したがって、バイオインフォの将来性はなんだか良くわからない、ということでいいですか？

658 ：627：03/06/23 00:07

間違えた。ウンウンとうなずいた意見は>>649

>>633の意見には異論がある。

>この方向性(のズレ)に焦点を当てたのが
>「構造主義生物学」「A-life」「システムバイオロジー」等々

これはまったくずれてます。理由は省略。

659 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/23 00:18

>>657
> 実験場の問題を理解してデータを使う奴も、本当に上手にデータを処理できるかは疑問。
> したがって、バイオインフォの将来性はなんだか良くわからない、ということでいいですか？

それはよくないんじゃないかと。
というかなぜ「データ処理→バイオインフォ」とつながったのかなと。
話の流れ的に「二次利用者≠計算屋」となっているのに、>>627で書いた「いつも
こうなる」の方向にご自身が向けてどうする。
ただ、>>627も「バイオインフォは役に立っていない」という前提で語っている
ようなので、まあそういう人なのかな、と思ったりもしたけど。

660 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/23 06:49

>>545のシンポジウムの詳細キボン

661 ：627：03/06/23 08:36

>>659
いや自分の意見としてではなく、ここで出てきた意見をまとめると
どうしてもそう捉えざるを得ないと思うんだが・・・
「データ処理→バイオインフォ」っていうのうも、今までの議論の流れに添ったものでしょ?
「二次利用者≠計算屋」かもしらんが、暗黙にそれを仮定した議論が大部分だし、
それ以外でも計算屋の出る幕をきちんと説明したものはないんじゃないかな?
Blast云々やデータの一次生産者になれ云々というのはなくもなかったのだが。

正直に言うと、私自身はバイオインフォに将来性はあると思ってるが、
現在のところ、それをきちんと示せる材料はないと感じている。
逆にきちんと示せるようなら、古典物理や化学、あるいは工学と変わらず、
重要であったとしても将来の発展性はないんじゃないかと思う。
先が見えないからこそ、フラストレーションのたまる奴は多いし、
わけのわからない期待を持ったり、期待を持たせて意味不明なことのために
大金を分捕ってしまう奴も出てくるわけなんだが。

662 ：_：03/06/23 08:36

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

663 ：_：03/06/23 13:04

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

664 ：_：03/06/23 15:15

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

665 ：_：03/06/23 18:56

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

666 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/23 19:24

もうその議論は飽きた。
バイアスうんぬんの話はともかく、>>661はこれまでに何度も出てきた内容。
>>627はバイアスの話が収束しつつあると判断して出てきたのだろうが、
もしそうならこの話題自体をやめてもいいのではないか。

というわけで、誰か660に答えてやってくれ。俺もわからん。

667 ：_：03/06/23 20:20

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

668 ：Login:Darwin：03/06/23 20:51

>>658
ああ、確かにずれてる。話が「生物学の本質」でなく「実験科学の本質」
とか「誤差論」だったのを、漏れが読み取れなかったせいだ。
ついでに>>635も、その後の流れとはずれた話だな。情けねーミスもしてるし。
##みんな基本的に名無しで書くからなあ。漏れもトリップ付けてるわけでは無いが。
ただ、まともな議論が出来てる今となっては、どうでもよい事ではないかな？
##概出の話ではあっても。

669 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/23 22:38

いや、しかし「既出度」が半端じゃないのだ。
part5まで来ているというのに、必ず一スレに数回こういう話になる。

率直に言って、このスレに「バイオインフォマティクスとは何か！！」みたいな
感嘆符付きの巨大なテーマを語る役割はもう持たさないで欲しいなあ、と。
そういう話題はpart1～4でさんざんやってきたじゃないか、とね。
もっと卑近でせせこましい話題を、ほとんど関係者だけで取り上げるようなスレ
（つまり普通の理系専門分野スレ）がいいなあ、という極めて個人的な希望を
持っている。もちろん勝手な希望なわけだが、実際他にも飽きてきてる人が
いるみたいだしさ。

それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。
化学板の分子認識・分子集合体建築学スレなんかがうらやましいよ。

670 ：Login:Darwin：03/06/24 00:00

>>637
＞その「手段」にバイアスがかかっているとしたら？
漏れはレスしなかったが、許せ。
個人的には、出自の異なる二次データを扱う人間にとって実際的な、バイアス
の除去法が明らかになれば嬉しいが・・・あれば苦労せんわな、誰も(笑)
>>660
済まんが知らぬ。誰かBioInfo-ML等々にレポ上げないかなあ。
>>699
＞いや、しかし「既出度」が半端じゃないのだ。
漏れ自身はこのフレームが50レス程度で済んでよかったと思うが。
「過去ログ嫁」の一言では終わらなかったと思うよ( >>652 )。
で、
＞確かにずれてる。
のがやっぱ問題なのかな？別にこれについて(スレかえて)突っ込み入れてくれてもイイが。
一方で、今のこのスレがまともな議論かどうか、漏れには判断する資格がない。

671 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 00:22

> 「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
> とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。

ってか想像力がないのか自分だけが分かっていてお前ら分かっていないな～
というのが繰り返されるのを見ていると正直イタイね

672 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 02:50

えっと。

要するにバイオインフォマティクスに何ができるかを誰も示さないから堂々巡りしてるんだろ?
何か示した奴がいるのなら「過去ログ嫁」じゃなくて、具体的なレス番示したらどうよ?

673 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 02:52

>>660 それは聞きにいった。詳細は訊かないでくれ。以上。

674 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 03:54

癒されますね
http://pleasant.free-city.net/

675 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 08:12

>>672
だからそれも超既出。
BLASTだのアレイの解析だの出しても、「それはバイオインフォではない」とでも
思っているのか、あるいは過去ログを本当に読んでいないのか、なぜか必ず
しつこく>>672みたいにいうやつが出てくる。こんな話題のときくらい過去ログ読めよ。
もう飽き飽きなんだよ。

676 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 08:38

>>675 Blastやアレイ解析はバイオインフォマティクスでいいと思うよ。
だけど、Blastは10年前に出来たものだし、Blast作るひとはそんな大勢いらないし、
アレイの解析っても、みんなおんなじクラスタリングソフト使ってるみたいだし、
あとはなにをやってるのさ？

･･･もしかしてソフトウェアのオペレータ？
エクセル使ってるその辺の事務のおねーちゃんとどう違うの?

ってことになるよね？ソコの説明がないと思うんだけど。
過去レスでもその議論は尽くされてないよ。

677 ：Login:Darwin：03/06/24 09:13

>>673
残念。漏れも詳細知りたいが。
>>675
＞Blastは10年前に出来たもの
それからの進歩はないのか？PSI-Blastは必要無かったのか？
作りたい香具師がいるなら、そいつの好きにさせてやれ。
＞議論は尽くされてない
議論が尽きてないからフレームがくり返されるが、尽きるまでに誰もが飽きてしまう罠。
個人的には、SFC廚を隔離すると称してスレ分けるより先に、やる事があったような気がする。
＞クラスタリングソフト
これは・・・ClastalWではなしに、SCOREとかMPIの事だと読んだら？
##アレイの解析ともあるがな。
揚げ足取りだが、もちっと注意キボン。

678 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 09:39

何か、皆何を議論したいのか全然わからんスレだなココは。
まあ、バイオインフォやろうにも元となる生データが少ないんだろうし仕方ないんだろうけど。

興味があって本格的にやりたいなら、予算もタップリあるユースケさんの所に行ってみれば？
少なくともタイピングデータ量に関しては日本一だろうし。

679 ：Login:Darwin：03/06/24 09:45

>>675
「なるにはスレ」のログの方が、適当かも試練。

680 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 11:44

油断すると研究者がオペレータになる、というのは実験屋でも同じで、何もこの分野に限ったことじゃないよね。
しかも、その話も結構既出。PART5になってからも話題に上がってる。

なにしろ5まで来てて、しかも2つもスレがあるので、まだ十分に尽されてなくてかつ2chで語れそうな議論はそれほど残ってないよ。

681 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 20:18

>>677
>それからの進歩はないのか？PSI-Blastは必要無かったのか？
>作りたい香具師がいるなら、そいつの好きにさせてやれ。

サイブラスト作る奴、作りたい奴がいったいどれほどいるというんだい?
NCBIとWU以外のブラストって、ほとんど見たことないんだが・・・
クラスタマシン用の「移植」も研究のうちに入るのか？
だとすると、民間のほうがよっぽど研究熱心なようだ。

>＞クラスタリングソフト
>これは・・・ClastalWではなしに、SCOREとかMPIの事だと読んだら？

えっと(＾＾; それはマジでいってるんですか？わざとぼけてる？
ClustalWは確かにクラスタリングもするけどさあ、、、
SCOREとかMPIとかは、まあご愛嬌だな。

682 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 22:26

>>681
またかよ。もういい加減にしてくれよ。
とにかく否定したいだけなんじゃない？
これだけ「既出だ」と言われ続けてるのにまだ出てくるところを見れば、単に
自分の感情をあらわにしたいだけだとしか思えないよ。
きみの書いてることも、それに対する反論も、すべて既出。

というわけで既出の反論を。
きみが言っていることは、例えば「DNAチップは2種類しかない。他の奴らは
それにちょっと手を加えただけで仕事したつもりになっている」というのと同じ。
実験だろうと計算だろうと、科学はそうやって進歩していくんじゃないか？
素人にもわかるほどの劇的な変化が頻繁に起こってる分野なんて、どこ見渡しても
ないのでは？
「バイオインフォマティクス」という言葉は新しくても、分野自体は古くからある
わけで、今さらそんな急激な進歩を求められてもな。

で、にもかかわらず計算だけ特別であるかのように語ってる段階で
「単なる感情論だ」と判断されても仕方ないと思わないか？

いい加減、既出の議論はやめにしたいと思うのだが、どうすか。

683 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/24 22:37

おっと失礼、DNAチップというと普通Affymetrix社のを指すか。
ま、その辺りは適宜読み替えてくれ。

684 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 00:26

>>682-683
それとブラストとはカナリ違うと思うんだが。

685 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 08:19

>>684
だからそれはきみがバイオインフォをけなしたくて仕方がないからそう思うだけでは。
「世間に流通してるBLASTの変形は全部絶対役に立つ！」という意味じゃなく、
大半の「科学的進歩」は素人にとっては「こんなもん誰が使うの？」と思うような
技術の積み重ねで成り立ってる、ってことね。
少なくともBLAST - gapped BLAST（って名前だったっけ？）- PSI-BLASTと
進むためには有形無形のそういう積み重ねが必要だっただろうと思う。傍目には
いきなりPSI-BLASTが登場したと思うのかもしれないけど。
そんなもん、実験も計算も同じだと思う、ってこと。なぜ計算だけ特別だと思うのかな。

というか、ほんとにもういいでしょ？
>>660みたいな各論をやっていこうよ。>>673に語ってもらうとか。

686 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 09:05

>>673
シンポの情報してー
どうでした？

KHOLODENKOさんの公演どうでしたか？

687 ：_：03/06/25 09:28

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

688 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 10:40

>>685
君がもがいている相手は具体的なことをぜんぜん言ってないでしょ？
>>684の発言だって「違う」というだけで、具体的に両者がどう違っているか等
何も書いてない。「それはきみがバイオインフォをけなしたくて仕方がないから」と
ムキーッとなる前に「どうして？」とだけ訊ねておけば良い。

でももともと疑問は>>676の、バイオインフォマティクスには
Blastとアレイ解析以外に何があるのか、バイオインフォマティクスに
取り組んでいる人でこのどちらかをやっているのでないなら
何をやっているのかというのじゃなかったか

689 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 13:29

>>688
いいところに気づいてくれました。

>>685
blastの進化は良くわかったが、それにコントリビュートしたバイオインフォマティクスの
研究者がどれほどいるのか？というところが問題なんだよ。
たとえば日本人で本当にその辺をやっているのは後藤修くらいでしょ。
バイオインフォマティクスの名目でたくさんの予算を分捕ってる○○研とか
△△研とか、□□研がブラスト作っているわけじゃない。
ま、そこんとこは繰り返しだからおいといて、

アレイとブラストの違いについていえば、いずれも「誰かが発明した道具」
という点では同じなんだが、アレイはそれ自身が研究対象じゃなく、
それを使って何かを調べることが目的。
Blastもそうなんだろうと思うが、生物学者でも使える道具だから、
専任研究者の役割が非常に不明瞭。
そこんところを質問したかったのに、「Blastも進化してる」なんて
いわれちゃったら、どういう返事を返したらいいのさ？

690 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/25 15:16

ほらね、688さんみたいに質問したら、既出の議論が延々続いちゃうでしょ。
ムキーッとなったんじゃなくて、心底終らせたいだけっす。
実際689さんの言ってることは、バイオインフォが嫌い、という以外は一定していないし、わざわざ既出のテーマを繰り返すほどのものではなさそうなので。

というわけで、漏れは逃げます。
できれば689さんも切り上げてほしいな、と。

691 ：Login:Darwin：03/06/26 00:08

670で切り上げるつもりだったが、こんなにのびるとなあ・・・。
＞クラスタマシン用の「移植」も研究のうちに入るのか？
「(基礎科学)研究」以外はしなくてイイの？
ちなみに、民間だったら、「(製品/商品)開発」が仕事、「(技術)開発」は
微妙な所で、「(応用)研究」に至っては趣味扱いされかねないなあ。産学の
間で「応用研究」がスコッと抜けて、それじゃあ困るからって、やるように
なったとでも思っておけばいいんじゃないかと思うが・・・。
あと、情報科学的BioInfoでは、研究のうちに「入る」だと思うよ。
ベクトル化率がどうのこうの・・・って事がblastを進化させる＿とでも＿
思って、自分の仕事をしてればイイんじゃないかしらん。
##まあ、漏れみたいなDQNにはもっと単純な移植でも勉強になるだろうな(W
>>685
＞Blastとアレイ解析以外に何があるのか
今日時点での＿個人的な＿見解でよければ示そう。
----
バイオインフォの「定義」による。漏れなら「狭義」と「広義」に分ける。
狭義なら、Blast,Fasta及びアレイ解析等を含む、「ゲノム科学」に＿近い＿事。
広義なら、生物に関連した科学・工学とコンピュータに関わる、科学・技術・工学。
　広義の場合、コンピュータ生物学・ゲノム科学・複雑系・システムバイオ
　・人工生命・シミュレーション科学・コンピュータ科学・博物学等々、色
　々な分野と部分的に重なる。
---
こんな所でどうだ？(笑)
漏れも1年ほど悩んで出した結論だ。
突っ込みは多々あろうが、この話は追求するだけ時間の無駄だと思ふ。
ということで漏れは切りageる。

692 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 08:16

ということらしいので話を変えますが、ごく一部で話題の「BioIT World Japan」誌
はどうですか。
新しい号が出たようですが。

そもそも、どこで売ってるのでしょうか。
田舎では見かけないのです・・・。

693 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 11:51

ネットで買ったら？
送料は負担してくれるらしいよ

雑誌の内容はよく知らない。

694 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 12:10

ほれ http://www.idg.co.jp/bioit/

695 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 12:15

>>690
既出といわれても満足な答えが出てないんだからしょうがない。
切り上げたようだから、追い詰めてもしょうがないんだが。

>>691
あなたの言うことは大体わかった。
ただ、キーワードを並べただけで、具体的な中身は感じられないね。
そんな程度のことだということで了解です。

結局満足のいく答えは出てこなかったので、いずれまた蒸し返されるでしょう。ｗ

696 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 19:34

追い詰められるたびに話題を変えてたのはあんた。
インパクトファクターの話はもういいの？ｗ

697 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 20:15

>>696
なんてこと書くんだ！　せっかく終わりかけてたのに！
695さんも決してこんな見え見えのつまらない煽りにつられて出てこないでくれよ、頼むよ・・・

と、というわけで、BioIT World Japanの話をしよう！
そ、そういえば、BioIT World Japan（展示会のほう）はCBI学会とは別開催だってね！（必死

698 ：Login:Darwin：03/06/26 21:28

＞と、というわけで、BioIT World Japanの話をしよう！
便乗。雑誌の方買ったヒトの感想キボン。
展示会は逝き損ねたから、コメントできず。

699 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/26 21:40

>>698
展示会はまだだよ。
CBI学会と時期は同じ（9/18-19）。場所は全然違う（駒場とお台場）。
展示会はゲノムテクノロジービジネスフォーラム(GT)と同時開催。去年はこのGTと
CBI学会が同時開催だったよ。

でもCBI学会はどっちかというと化学屋さんが多いかな。その意味では分離して
正解だったかも。

700 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/27 02:49

ブリスベンに逝く人はISMB２００３のレポートよろしく

701 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/27 16:23

>>696
インパクトファクターの話は俺じゃないよ。
分野ごとにやり方が違っていて平均のレベルがぜんぜん違うから
単純比較は出来ないって話しだろ？それでいいんじゃないのか？
あんたが、何を問題にしたいのか良くわからん。

それはともかく、このスレッドにはAI、Alife系の人が多いらしいな。

702 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/27 16:36

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703 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/27 19:49

>>701
結局煽りに反応しちゃったか……という点はともかくとして、
> それはともかく、このスレッドにはAI、Alife系の人が多いらしいな。
どうだろう。
「なるには」スレと合わせて考えると、実験系の人が意外に多く含まれているのではないか
と思っているのだが。むしろ情報系の人のほうが少なかったりして（それはないか）。

AIやAlifeはこのスレで最近話題になったけど、全体を通してみるとあまり取り上げられて
ないような気がする。違ったかもしれんが。

704 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/27 22:23

>>701には>>702のようなのがお似合いだな

705 ：Login:Darwin：03/06/27 22:32

>>699
うわっっ、思いっきりぽけてたYO!!
「国際バイオEXPO」なんて代物と勘違い(爆)
吊ってきます。

706 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 01:04

なんだ、>>704はただの無能な煽り野郎か。無能な。ｗｗｗ

それはともかく、>>704のいうことはまったくその通りですが、なにか？

>>703
古いのはともかく、最近の書き込みを見るとAI Alife系の話が多すぎると思う。
それが悪いという気はないが、話を聞くたびにずれてるな、と思わされるがどうなんだろう。

707 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 01:45

なんでいちいち煽りに反応するのだろう。>>704の文章に答えなければならない
なにものかが含まれているようには思えないのだが。

正直、150レスにも渡って既出の議論を繰り返すくらいなら、AI Alife系の
話題で150レス埋まっているほうがマシだと思う。
多すぎるというなら、既出の議論こそが多すぎる。そしてこの手の議論を好む
人間こそがずれている。煽りにまで反応せずにはいられない>>706を見ると、
全く>>669に同意したくなる。

708 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 02:10

既出既出っていうけど「教えてください１－４」よりも、ここPart5の最近の実験系におけるバイアスを
実験をほとんど知らない人がどうやって取り除くかの方法論のほうが、面白かったとおもうんですけど。
システムバイオロジーネタは、煽られて叩かれて終わりという話を繰り返すと思うよ。他に話題ないの？

・・・・・・ところで707って669のｼﾞｻｸｼﾞｴﾝ臭いんですけど気のせいかな・・・（大汗）

709 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 02:11

>>706
あれ、真面目な話としてAIとかAlife系の話題って例えばどれとどれ？
そんなに出てたかなあ。
それ以前にバリバリの情報系っぽいレス自体が少なくない？
part5になってからはせいぜいperl論くらいでは。あとは単発質問とか。

まあ、でも「過去に取り上げられた話題の批判」もまた「バイオインフォマティクス
とは何か！！」みたいな感嘆符付きの巨大な（>>669）そしてガイシュツの話題への
前振りみたいに見えるので、やめておいて欲しいなあ、と。
（違ってたらｽﾏｿ）

710 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 02:27

>>708
1-4全てよりもとは思わないが、バイアスの話は俺も面白かったと思う。
だからその議論が一段落付けば終わらせればいいのに、また同じ議題に
戻ってくるのがウンザリなのだ。
もしかすると一次データを出す側の問題について多少述べられたところが不満だった
のかもしれない、というのはうがち過ぎかもしれないが。

自作自演ではないが、>>669の内容に同意しているのでそう思われても構わない。

711 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 07:14

もごもごいうひとが多いなあ。
ま、ここで「バイオインフォマティクスって？」の答えを求めるほうが
間違っているんだね。

>>709
AI Alife系って、話題そのものはあからさまには出てきてないね。
ただ、出されてる学会名やシンポ、「バイオインフォマティクスとみなすもの」
の中身をみると明らかにそっち系でしょ。
どうでもいいんだけどさ。そっち系のひとがメシの種に困って
この分野に流れ込んでいるから、こんなところで話題をサーベイしようと
しているのかなあ、、、なんてうがってみたり。

712 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 13:31

「分子生物学って？」という質問の答え（特に、分子生物学を嫌いな人が満足する
ような）が得られないのと同じじゃないの。
「役に立つ」という基準はあいまいだから、いくらでも否定できるしねえ。
とか書くと「いや違う、バイオインフォマティクスだけは特別だ」みたいになるのかなあ。

「出されてる学会名やシンポ、『バイオインフォマティクスとみなすもの』の中身」
で、AI Alife系ってどれとどれ？
いやいや煽ってるんじゃなくて本当にわからないんだよ。最近出た話題でいえば
CBI学会やISMBでこれはAI Alife系とは言えないし、GIWなんかもそう。

713 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 14:30

そういえば横浜の国際シンポジウムどうよ？

714 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 15:03

BioIT Worldは前号は買った。最新号はまだ。
前号はだいぶ計算機寄りの雑誌だと感じたけど、最新号はどう？
特集からするとこれもまた計算機方面の話が多い？

715 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 23:04

今現在ここに登場している香具師はISMBにも参加していない偽バイオインフォ屋

ブリスベンより愛を込めて

716 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 23:06

>>715
レポートきぼーん

717 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/28 23:50

最近natureでやたらと宣伝をしまくっていて、首都圏に本拠地がある
東北地方の日本海側にある研究所のレベル（研究＋資金＋教官＋学生＋技官）はどうだろう？

718 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 00:00

すごく高いよ。

719 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 00:29

>>717
荒れる方向に誘導しようとしているな？（笑）

720 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 01:09

>>719

ＰＤ先としてちょいと興味がありまして、マジレス期待します。

721 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 03:44

温泉がんがれ

女の子の取り合いは見苦しい(>_<)

722 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 10:28

>>721
女の子の取りあい、って、>>717の研究所で？

723 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 11:36

これからは在宅勤務のバイオインフォとか増えると思うから
女性には剥いてる職業かもね
誰かビジネスモデル作ってよ

724 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 13:21

だから、どうなのよ？
日本でinformaticsを主体としてやっているところはここしかないじゃん。
他は実験系崩れ・プログラマ崩れがやっとこさやっている状況だし。

日本でだめならボストンとかがいいのかな？

725 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 18:29

そんなことより女の子の取り合いが知りたい。

726 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 23:20

三四郎池のカモのようにホモダチ関係増やすよりは健全だろう＞取り合い

レイプも健全？

727 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/29 23:25

◎無料パスワードをどうぞ◎
http://yahooo.s2.x-beat.com/linkv/linkv.html

728 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/30 00:12

>>724
「informaticsを主体としてやっているところはここしかないじゃん」
いまはね。でも東大の大学院もすごそうだし。京大化研も
すごいし。

729 ：_：03/06/30 00:13

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/hankaku10.html

730 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/30 01:12

いまポスドク先に手ごろなのは、バイオインフォマティクス教育
プログラムのところとBIRDから予算を受けているところかと。

教育プログラム実施機関は、東大、京大化研＋東大医科研、
CBRC＋奈良先端、慶応だっけな？

あとJBIRCも予算ありそう。

731 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/30 16:29

>>720

ああ、おまえかぁ。

っていわれるのが落ちだぞﾖ。

732 ：86：03/06/30 21:21

>>720
いっそのこと、こいつはどうだ？
<http://www.natureasia.com/japan/jobs/030626-7.html>
大阪で仕事するなら世方氏の弟子だ。

ええ、Alife臭さ爆発してますよ、ええ、漏れのやりたい事がそっち系だもの。

733 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/30 21:36

86？

734 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/30 21:36

本人は自他ともに認める異才だが、所詮一代限りの芸なので二流の余喪になるのはどうかな…

735 ：732：03/06/30 22:52

>>733
ミスった。名無しのつもりだったんだが。少なくとも86ではない。
>>734
見てたら面白そうなんだが。
近くで見てて面白いならそれもアリかと。

736 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/01 02:57

異才なのは確か。見てる分には面白いのも確か。
だが求人広告をよく読んだか？
「それを乗り越える解析手法を作る、あるいはそれをもとに
新たな生命理論を構築する意欲のある人が望ましい」
つまり今ある方法で何らかのカベにぶち当たっているから
強力な助っ人募集（しかもポスドク）と読めなくもないが。
「あるいは」の使い方が気に入らんなあ。どーいう意味だ？
最近データマイニングなんで行間を深読みするクセが(待て

737 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/01 07:18

英語のOrのいみだろ？つまり同格、あるいは本意は後者。

738 ：732：03/07/01 23:50

>>736
関係ないのをいい事に、好き放題言ってみよう。
##漏れ、学位ないからPDなんて無縁
漏れの見方はちと違う。実は理論の骨格は持ってんじゃない？彼等が。
「バイオインフォマティックスの解析手法を習得」した人がある程度実験す
れば結果が出て、「新たな生命理論をインパクトある論文に仕上げるという
＿面倒な*＿所」をやらせて、自分たちは楽をする、と。
理論を「Genomic」な手法で裏付けられる人で、（意欲があるから）逃げない
人が欲しいんだろうと見た。
四方氏も（分子生物学手技は持ってても）そっち系の人ではないし。
* ただ論文にするだけでは許してもらえないトミタ。

739 ：736：03/07/02 08:39

>>737
本意が後者だとしたら、「それを乗り越える解析手法を作る」なんて
普通わざわざ書くかな。
>>738
>実は理論の骨格は持ってんじゃない？
少なくともいままでは四方研にばりばりのバイオインフォ理論の人は
いなかったとおもうので、もし、それでも既に彼らが理論の骨格に
行き着いたのだという自身があるとしたら、こういう求人広告ではなく
もっと別の求人広告になるんじゃないかなあ　想像だけど。

740 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/02 13:03

ほっとけって。行きたい香具師がいくであろう。

741 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/03 18:36

募集要項読み直したら、内容が良くわかったよ。
奴も行き詰まってるんだな。

742 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 00:44

>>739
>>738へのコメント、わが意を得たりです。
バイオインフォマティクスが何か？なんて、一番答えられなさそうなひとですよね。
ましてシステムバイオロジー？これから作りますって事ですよね？

743 ：732：03/07/04 08:07

で、>>717はどう思ってんだろ。

>>739
理論系は金子研がやってるから、いなくても不思議は・・・。それにしても
狭義のBioInfoではないみたいだけどね。
>>740
まあその通りだが、いいぢゃない 2 C H　なんだから(W
>>742
ふふふ。融合領域だから、境界がはっきりしない方が広がりが出来ていいんじ
ゃない？それぞれの仕事のラベルづけなんて、適当でいいと思ってるしね。
これからつくるって、面白そうでうらやましい。

744 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 16:59

融合領域ねえ。そう見えて実はそうじゃないのに勘違いしてる人が多い～みたいな？

745 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 19:19

融合領域というよりは境界領域だな。

746 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 20:48

境界か。あまり面白くなさそうなので、周辺領域の人はやらない～みたいな？

747 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 21:31

またその手のネタをやりたいのかもしれないが、文体が寒いぞ。
一人ではしゃがない。

748 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 21:39

>>747
いいからほっとけ。
煽りに反応する奴も同罪。

749 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 21:53

結局715はISMBのレポートをしなかったね。
来年はどこだっけ。グラスゴー？

750 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/04 23:42

＞結局715はISMBのレポートをしなかったね。
漏れはMLでいっぱい読んでるし・・・。

751 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/05 16:52

ISMBって・・・・いやなんでもない

752 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/07 12:24

はっきりいえよ

753 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/07 13:05

>>743
>理論系は金子研がやってるから、いなくても不思議は・・・
で、この度理論系でも、よそから人を取りたいというわけか。
嵐の予感。

754 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 11:35

あの子が欲しい、あの子じゃ解らん
この子が欲しい、この子じゃ解らん
相談しよう、そうしよう

取りたい人は決まってないの？
まあ、人材いないよな、この国は。

755 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 15:06

てゆうか、需要は多いが高い水準を求められるから供給が追い付いてないんでしょ。

756 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 16:37

漏れが逝ってやろうか？

757 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 17:38

水準に満たないならいらないけど？

758 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/11 23:35

それはつらいなぁ・・・。

759 ：山崎渉：03/07/12 12:19

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

760 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/12 14:20

fusianasanが恐い山崎か。
それはかなりかっこ悪いと思うが。

761 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/13 21:01

で、結局バイオインフォ系のポスドクって就職おおいんですか？

762 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 15:48

>>761
優秀な人にはたくさんのポジションが用意されてるよ。
でも、優秀でない人にはそれなりに。
頭数だけあればそれでいい分野じゃないからね。

763 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 16:14

　http://www.39001.com/cgi-bin/cpc/gateway.cgi?id=ookazujp

764 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 17:19

頭数と豊富な資金で勝負してるとこはあるよな。
人より金か。

765 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 17:47

京大化研バイオインフォマティクスセンターについて教えて下さい。
どの研究室がいいですか？

766 ：???：03/07/14 17:47

http://kojiro.free-city.net/page003.html

767 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 17:55

>>764
メジャーどころはたいていそうでしょｗ
人よりカネ、というより人数とカネ、だけどね。

>>765
強いて言うならどこも最高ってことかなｗ

768 ：765：03/07/14 18:02

>>767
強いて言うならどこも最高ってことかなｗ

そうですか。
外部が入りにくいところとかはあるのでしょうか？

769 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/14 19:59

私は蛋白質科学会でTo先生の講演をはじめて聞きました。いいな、と思いました。

770 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/15 08:42

学生はどこもｳｪﾙｶﾑじゃないかな？
いい学生なら業績叩き出してくれるし、駄目な学生なら、別の学生に見させて引き上げることもできる。
それでも駄目なﾔﾂは放置プレイ。ま、ほとんどがここにおちけつわけだが。

771 ：山崎渉：03/07/15 12:41

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

772 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/15 20:39

何でこんな深く沈んでるんだ？？

773 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 12:21

みんな興味なくしてるから

774 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 12:49

マジレスすると、山崎のせい。
山崎に気付かないあたりが理系専門板らしくてとてもよい。

775 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 13:06

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776 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 00:56

机上の理屈だけでバイオインフォ出きりゃ苦労しねえよ。
頭でっかちで行動力の無いヤツばかりだからなココはｗ

777 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 01:15

まずはlocalにblastを走らせて見ろってこった。

778 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 03:11

BLAST できりゃ一人前って思ってる奴が案外多い。
おめでたい。

779 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 08:02

>>776
それも一面の真実だが、机上の理屈を理解せずにバイオインフォができるわけでもない。

780 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 09:58

>>777
実際、localのblastを走らせられるヤシは少ないだろな。
殆どがNCBIのWeb上からちまちま入れてるだけだしｗ
Sbjectを自分で用意するという考え方からして無い所が多いのが現実。

781 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 10:27

まずはlocalでblastはしらせてみてから、
そのうえで自分でblastのfront-endつくるもよし
hmmerはしらせるもよし、新アルゴリズムためすもよし
だがともかくweb上でちまちまやってちゃだめっす。

ところでblast + intel compilerの組み合わせいいね♪

782 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 15:33

ローカルでblastなんて涙DELLほどたやすいですが？デビアンツカウェ。
ちうか、コンパイルだけやってりゃそれでええんか？
フロントエンドつくりゃそれでええんか？

これだからもう・・・

783 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 17:23

それでいいとはいってないハジメの一歩だといっているw
blastすらlocalで使えないちゅうのは大問題だとおもうよ
ほかにもいろいろ、localでうごかしたほうがいいものは
localでうごかしたらよろし

座学が好きな人は机上の理論のお勉強でもしてたらいいんじゃないかな

784 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 19:24

なんだかな～

785 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 21:23

>>783
だから「実用」か「机上」か、の二者択一じゃないだろうと。
「実用」も「机上」も、だ。

786 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 00:19

>>783
君が苦労してやっと出来るようになったから自慢したいのはｲﾀｲほどよくわかる。
しかし、それってあまりにレベル低すぎ。はじめの一歩というにしたって、あまりにも。
blastをローカルで動かしたりフロントエンド作るってのは、基本とすらいえないんよ・・・

787 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 03:24

>>783
ローカルで使えた方がスピード意味では有利だろうね。
しかし，別にローカルじゃなくても，ラボに一台(or 複数の）高速なblastサーバ
おっ立てとけばそれで十分。あ，そういう意味でローカルっつってたの？

あと，インストールってプロトコルにしたがって行う単純作業なんで，
それ自体はいわゆるバイオインフォマティクスの勉強にはならんだろ。
加えて，使えるかどうかも全く関係ない。つーか，インストールできて，使える，それが当たり前。
たとえば，今の時代PCで論文作成するのが常識だが，PC使いこなせるからといって
論文バリバリ書けるわけじゃない。しかし，全く使えないのは大幅な効率ダウンだ。

要は道具を使って何をするかが重要。

788 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 00:32

みんな厳しいなあ。

「道具を使って」どんな活躍している人たちなのかなあ。
まさか２ｃｈザンマ・・

789 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 03:24

>>788
２チャンネルにまみれていますが何か？

790 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 03:42

ローカルで動かす事が「目的」じゃ無いんだけどなぁ。
任意のSbjctの用意したり、大量のqueryを一括で処理したりと
Webでちまちまやる事を考えたら全然楽な環境を作れるのが
大きなメリットなワケだが。

無論、データ量が少ないならローカルな必要も無いワケで。

論じてるのは、やはり学生が多いんだろうなという気がする。

791 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 05:22

>>790
> Webでちまちまやる事を考えたら全然楽な環境を作れるのが
> 大きなメリットなワケだが。

それは分かってるって。リソース的なメリットなけりゃローカルで走らせる意味がないじゃん。

ただ，>>783の
> 座学が好きな人は机上の理論のお勉強でもしてたらいいんじゃないかな
みたいに誤解される（というか釣るというか）ような書き方する奴がいりゃ，
そりゃあ意図と違う方向に反応するやつもいるでしょ。

俺みたいに。

792 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 10:56

>>790
つーか。ローカルで動したりラッパーつくるなんて、当たり前すぎて・・・
え？当たり前じゃなかったの??
それすら出来なくてバイオインフォマティクス? ﾏﾁﾞﾃﾞｽｶ?

ま、まあ、先行きが取っても長そうだががんばって暮れたま屁

793 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 19:09

でもって釣られた人たち

きみら、local(lab内含む）にblast server立てたこと「よりも
ましな」結果はでたの？

手前味噌で思わせぶりなこといって、自尊心さらけ出してる
だけだったら、俺も君らも同レベルだよね＾＾／

ていうかこんなネタで簡単に釣れるとはおもわなかった（待て

だが一言付け加えておくと、俺の知り合いのラボには本当に
「座学」しかしないお坊ちゃまオコチャマインフォマティシャンが
うじゃうじゃうざいくらいいるのよ・・・やれやれ

794 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/20 19:51

↓ここに詳しくのっていたよ（＾＾
http://osusume.zero-yen.com/%7E/news05.htm

795 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 00:18

>>793 それは私のことですか？
ちうか、、、その言葉遣いからしてこの春海沿いから山沿いへ
移った人ですか?ｗ

796 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 02:48

>>793
厳しく突っ込まれたらすぐそういうレス（釣ったとか釣られたとか）、というのは
恥ずかしいからやめなさいって。

自分の周囲の狭い範囲のことを、この業界全部に通用するかのように語るなって。
専門板にはそういう奴が多すぎる。それこそもっと視野を広く持て。

797 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 07:03

>>796
待て待て。
業界全体に通用する話しやろ。パースしたりローカルで動かすとかできただけで、
一人前のバイオインフォマティシャンのつもりって奴多いよ。特に情報出身の若手の谷津ら。
そんなの、実験の合間にやろうと思えばできることなんだよ、いちいち専門の人間
をおかなくてもさあ。。。専門の人間というからには、それ以上のなにかが求められ
るということではないでしょうか？

798 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 10:50

793
だから、さっきからそれをきいてるんだってば。
あんたらいったいぜんたい「それ以上の何か」が具体的に
何だか知っててはなしてるの?
でもって、その自分らが「それ以上の何か」ともってるもの
が、ちゃんと別部署で実験してる人たちに評価されてる?

俺が今やってることは、はっきりいって別部署にはまったく
貢献してない。一番評判がよかったことがlocalで blastたてた
ことと、自前のところで上がって来た配列をDBにいれるときに
いろいろ分類して使いやすくしたことだけへ(°仝°)へ

799 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 12:34

>>793自身も座学なのだと思われ。

800 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 12:35

ちうか、別部署に喜ばれるために研究をしてるんか、もまえら。
だからといってｵﾅｰﾆ研究じゃどうしようもないわけだが。

801 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 12:39

まあ、大半の（特に金の無い）研究室はNCBIのWebでも使ってなさいってこったな。
一日数件のBLAST当てならそれで十分だろ。

しかし、研究者って本当釣られやすいねぇ。
ノミのチンコ程度のプライド守って何がいいんだろうかｗ

802 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 12:50

792>>800
俺はプライベート以外ではオナーニしないことに
決めただよ。オナーニ研究でキーボドが我慢汁でねちょねちょ
してくるのがやり切れないだよ。でもそれをいうと
情報出身の若手の八つ羅からは結構反感買うねえ。
すぐマジ切れするし、ゲーム脳ちゅうんだな。前頭葉がこわ
れちょる。

803 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 13:21

>>801
あなたにとってのバイオインフォマティクスってBLAST使って
なんかすることかもしれんが，それを一般化して欲しくないな。
そもそも，配列解析自体使わない分野もあるし。

ローカルBLASTをアピールする意図がよくわからん。

804 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 13:29

>>803
BLASTなんて、オレの毎日の仕事の中でのほんの一部でしか無いよ。
使わない日も多いしね（サーバー上で自動化されてる分は別としてね）
粘着してる人が多いから茶々入れただけｗ

805 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 14:08

>>804
レス早っ！
まあ言いたいことはわかるよ。

まあしかし，粘着されるのは書き方に問題があるからだよ。
っていうか，からまれるのが目的なんじゃないの？寂しがり屋さん。

806 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 14:10

繰り返して悪いが、だから釣るとか釣られるとか粘着とかｗとか、そういうのは
やめてくれって。
なんか、2ch覚えたての子供みたいで恥ずかしい。

確かに俺も、こんなことくらいでなんだかわけわからんくらい白熱してきたなあ、
とは思うけど、一応議論が成立している状態でそんな恥ずかしい言葉を使ってまで
相手の意見を封じ込めようとするなよ。

807 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 16:27

>803
>そもそも，配列解析自体使わない分野もあるし。

それってバイオインフォっていわない。
バイオ関連機器のファームウェア開発までバイオインフォに
含めないで欲しいんですけど。DNAチップの読み取り精度
あげましたぁとかさ。
あと、生物系の実験データの統計解析もね。
「エクセルのマクロがかけました」でバイオインフォでつかw

関係ないからsageね

808 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 17:52

バイオインフォマティクスやってない者ですが質問です。
「座学しかしない」人が軽蔑されているみたいですが
座学って具体的に何のことを指すんでしょうか。
wetの実験をやらない人が座学しかしない人なんでしょうか？

809 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 19:00

丸を線でつないでみたり、データベース作ったりしてるだけの人のことでしょ～
それはそれで面白いんだろうが、ALifeに閉じこもってて欲しいって言うか。

810 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 21:34

>>808
ちがうとおもいます
実際に１次データ２次データなどを扱ったり「自分でlocalにbla
st立てる人」はここでいう座学には当てはまらないと思います
むしと机に座ってエッセンシャル生物学とかバイオインフォマテ
ィクス入門とかアルゴリズムとデータ構造とか本ばかり読んでる
人たちのことを指すんじゃないでしょうか?

もちろん基礎ができてなければナにやっても無駄なんですけどね

811 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/21 22:38

>>807
それいったらBLAST作った人たちはバイオインフォじゃないってことですよね。
これはわからんでもないなあ。

> あと、生物系の実験データの統計解析もね。

だがこれってまさにBLASTを「利用して」やらんとしていることでは？？

812 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/22 00:39

>>807
わざわざ「バイオインフォマティクス」という言葉の範囲を狭める必要はないのでは？
昔の基準で言えば、今の生物学の過半は「生物学ではない」といわれそうな分野だし。
少なくとも実験データの統計解析は紛れもなくバイオインフォだと思うのだけど。

「バイオインフォなんて役に立たない」と言いたいがために範囲を狭めたいのかな、
と邪推しちゃうよ。

813 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/22 01:24

範囲を広げるのは悪いことじゃないと思うんだが、
意味があるかどうか、誰にとってどんな意味があるかを
検討するのは悪いことじゃない。

その辺をきちんとしないし、役人に判断させようとするから
ｵﾅｰﾆ研究にたくさんの税金が投入される結果になるんだろ?

814 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/22 08:09

>>813
ま、そのへんはバイオ全般に言えることだわな。
バイオインフォから金を引き上げるときは、バイオ全体の金を引き上げるときかも。
他分野からすれば、バイオ自体に過剰に金が落ちてるわけで。

結局そのへんは、実体の定かではない「バイオブーム」こそが元凶、って気もする。

815 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 01:58

バイオ分野に金を投下すべきかどうかについては、疑問の余地はないよ。
どう考えても、他分野に優先して予算を投下せざるを得ない。

816 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 04:37

生物といってもいささか範囲が広いので、その中でも何をやってる人のとこに
お金がいってるか？というのが重要なのはいうまでもない。なのに実体はあい
も変わらず、業績評価無しの意味の無い前例主義によるバラマキという状態。

817 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 07:56

>>815
どうかな。
「他分野に優先して」というほどではないと思うが。それはバイオ関係者の傲りだと思う。
ちょっと前の「IT」と同じ香りがする。
もちろん金を出す必要があるのは当然としても。

818 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 09:34

金久３０億ゲット。
３０億をコーラス隊に！？

819 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 18:24

>>812
>>813
いや、インパクトのない、学問としても本質的でない分野まで
分野の名前をひろげてあいまいに使うのは、単に予算ばらまき
を招き、人材とリソースの分散をまねくだけだからつつしんだほうが
いいとおもう。
本当に需要があるのはゲノムアノテーションにつながる一部の
狭義のバイオインフォマティクスと配列情報解析だけだろ。

820 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 18:27

>>814
それは話のすり替え。
ゲノムプロジェクトで欧米にまけて、NCBIやサンガーセンターに
情報競争でもまけて、DNAチップ関連特許はaffimetricsにとられて、
そのあげくに日本はA-LIFEに力入れましょうっていうのは
まじ笑えるだろ? 笑えないか?

821 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 19:06

>>820
でも、多少のアドバンテージのあるA-LIFEを捨てて、それだけ負け続けてる分野に
金を出しましょう、というのもまた笑える話では。

822 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 20:16

あのー質問なんだがここでいわれているA-LIFEとはなにを指してるの？
E-cell、S-systemのような細胞シミュレーション系？
それとも統計解析系？
はたまた金子研でやってるような複雑系？

狭義の人工知能を応用してなされた研究って中井さんの
エキスパートシステム使ったタンパク質分類くらしか思いつかんのだが。

823 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 20:59

>>819
実験データの解析に需要がないとは思わないのだが…。

824 ：宗教論争はいやよ：03/07/23 21:04

あーだこーだいってても仕方ないのでE-CellのVer2落としてきた。
ソース読もうと思って。
化学反応式解いてるようなのだが、具体的にどのファイル読めば
いいの？
大量にＣ＋＋のファイルがあってどこで何やっているかわからん。

825 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 21:19

◎二重瞼の出現頻度

アイヌ96.8％
奄美諸島84.0％
北海道73.2％
新潟70.4％
三重67.5％
京都66.9％
山形65.8％
奈良58.1％

朝鮮南部42.1％

826 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 21:22

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827 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 21:27

というか、E-cell方面の話になると話の流れに関係なく異様に否定したがる人
（単数か複数かは不明）が1から5を通してずっといるのが不思議だ。
なんのために隔離スレを作ったと思っているのだ。

ぶっちゃけ、「○○に金を落とすべきだ！」という議論は有意義になりやすいけど、
「○○に金を落とすべきではない！」という発言は大抵くだらないことしか書いてない（このスレに限らず）。
ほんとはどっちの議論も必要なんだろうけど、2chでやるとどうしても嫉妬丸出しになっているように見える。
だから漏れとしては「金を落とすべき」ほうの議論をして欲しいのだが。

828 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 21:47

まあ自分のやってる研究が役に立つ、ナンバーワンだ、ってアピールするのは分かる。
これは当たり前の態度だよね。

が、他人の研究をこき下ろしてるやつの気が知れないな。
役に立たないものには金かけるなという議論も、公正に
第三者を設けて評価すればいいだけの話であって（これが難しいのだが）、
難癖つけたり、当事者同士がうだうだ言い合うのはまったくもって生産性が無い。

829 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/23 22:31

いきなり質問ですみません。
バイオインフォマティクスの研究をしている学部４年です。
グループＩイントロンの配列と２次構造の図（ｊｐｇなど）が欲しいんですけど
どこかに落ちてないでしょうか？
みなさん配列などをどこから入手してますか？

830 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 00:50

おまえら夏の学校の報告をして下さい。

831 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 00:53

嫉妬じゃないよ、日本の科学のゆがみをただそうという草の根の声だよ。
「第三者による評価が難しい」というのを免罪符にして、あやまった
方向に進んでいることがよくない、といってるんじゃないかな?
予算が大量に投下されたプロジェクトは、当然その予算額を確保した
さいの透明性と説明責任、それから投下された予算に対する結果責任を
負うのは当然だろ?
それを果たしていないように見えるんだったら、叩かれて当然
しかもそれが2chだったら、ボロカスに叩かれて当然w

832 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 01:19

それが例えば京大化研であり、慶応SFCなわけだ。ついでに惨壮健も加えるべきだろうが。

833 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 02:50

>>829
煽る気は無いんだけれども、２ちゃんに書き込みする前に
group-I-intron secondary-structure　あたりの語でぐぐってみましたか？
NCBI　pubmedで文献探してみましたか？

834 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 08:05

>>831
やっぱり内容がないな。
そもそも、同じようなことばかりしつこいし。
有名研究室を批判して卑小な自尊心を満足させようとしていると見られても仕方がないのでは。

ほんとにこのスレは既出の話をしつこく出したがる人が多いな。
バイオインフォのために「何をしないべきか」ではなく「何をするべきか」を語れよ。
それができないなら書き込まなきゃいいのに。

835 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 10:25

バイオインフォの学術的な質問をば一つ。

ＤＰ法でアラインメント（ペア、マルチプル問わず）に関して質問です。
すんごい単純に再帰アルゴリズム使って点数つけていくだけで、しかも
経路に塩基orアミノ酸の種類に応じた重みを付けない場合、配列が長く
なればなる程、最適な経路が複数出てきてしまうと思うのですが、
プログラム的にどうやって解決すれば良いんでしょ？数学板で聞いた方が
良いかな？

836 ：www.get-dvd.com：03/07/24 10:31

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837 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 10:53

>>831
> 「第三者による評価が難しい」というのを免罪符にして、あやまった
> 方向に進んでいることがよくない、といってるんじゃないかな?

だからさあ、あなたの主観を述べられてもどうしようもないんですよ。
それだったら第三者による評価がどうすればうまくいくのか、という議論を
行うべきで（このスレはそういう場所ではないが）。
また、研究内容に対して文句をいうなら、理由と改善案を述べてくれなきゃ
話にならん。自分だったらこうする、とかね。

だいたい、役に立たないと思ってる研究でも、同じレベルかそれ以上の研究を
やってみろっていわれたら出来ないでしょ、普通。やるかやらないかは別にしてね。
自分が出来もしないくせに、悪口ばっかいってるからねたみとかにとられんのよ。

なんでもできると思い込んでいるハッピーな人たちはいるかもしれんが。

838 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 10:55

>>834
そんな他人に「書き込まなきゃいいのに」なんて
説経たれるばかりで、批判ばっかしてないでビジ
ョン語れよ。率先垂範ってしってるっか?

ちなみに俺の意見は単純明快。
配列情報解析とポストゲノムとしての未知配列注釈に
つながるようなバイオインフォマティクスに特化して
予算を投入すべき。

ポストゲノムに付帯しているバイオ関連機器のファー
ムウェアや例えばDNAチップ解析装置のフロントエンド
みたいな「開発」には資金を投入すべきだが、それは
工業技術の一環であって科学ではない。国産の機器の
売り上げ向上に貢献するだけなのか?それとも世界市
場征覇デファクトスタンダード化をめざすのか?小規模
でちょろちょろやるんだったら趣味でWinのシェアウェア
書いてこづかい稼いでる日曜プログラマと一緒w

細砲シミュレーション系の研究者の大部分は、実際に
細胞生物学系、遺伝子ネットワーク系に対しての問題
意識が希薄。あと複雑系やカオスやグラフ理論につよい
人がこの分野に少ないのも気にかかる。

最後に基礎科学者になりたいのだったら、皆が引用する
論文を書くか、教科書に残るような仕事をめざすのがよ
いのではなかろうか? 応用技術者をめざすんだったら、
クライアントの要求に答えるのがいい

839 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 11:39

客観的な評価をこころみてみました
ISI WEB OF SCIENCEより

1998 Bioinformatics, Hirokawa et al. SOSUI
Times cited : 201

1999 Bioinformatics, Tomita et al. E-CELL
Times cited : 70

やっぱSOSUI最高♪ ミタク先生偉いっ♪
だが悪いがおれは個人的にはTMHMM愛用者。

840 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 11:45

>835
重みをつけなければ入れた情報によっては解が複数でてきて当然でし
NP不完全問題だから、解の複数性についてはアルゴリズムでなんとか
できる問題ではないでし
計算速度を犠牲にしてDPとexhaustive searchを組合わせるのがよい
でし

841 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 12:15

>>835
全ての経路を同等として表現すればいいだけでしょ。
どうすればうまい表現になるかはいまだに誰も思いついてないから、ぜひ考えてくれ。
（内部表現としては、スタックやリストあるいはグラフを使えばいいだけのこと）

>>838
NCBIはTPAをはじめたぞ。もはや、アノテーションをプロジェクトとしてやる時代じゃない。
それと、金久研のようなところは多額予算をつけてやるプロジェクトじゃないと思う。
アルゴリズム開発、データベース開発は重要だと思うが、予算額に内容が伴わないと
言われているし、使途についていろいろな陰の噂もよく耳にする。
（ここではかけないが、みんな知ってることなんだろ?w)

富田研は、内容は伴っているかどうかはともかく、新しいことをしようとしていて、
それがある程度の予算を必要とし、かつ使途がハッキリしているという点で、
一定の評価をしていいと思う。まあ、どちらかというと工業プラント的、
あるいは製品開発的発想だから、計画や評価がしやすく文系の役人にとっても
非常にわかりやすいので、予算がつきやすいのも当然。
役人にとってはカミオカンデみたいなものだからね。

842 ：宗教論争はいやよ：03/07/24 13:14

ちとサワリ読んできた。
MainWindow.java で JFrame からクラスを継承。ＧＵＩ作っているってのは
わかった。違うか？
問題はどこでリアクター（だっけ？）を走らせているかだが……
ＣＰＰか。ごめん苦手だ。

開発者はこういうの解説しないのか？

ＳＦＣの厨房どもはパラメータいじってるだけなのか？　なんかそんな気も
してきた。化学の知識なさそうだしな。

843 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 15:11

>>838
「もはや」といわれてましても。ユーザーは現在のアノテーション
のレベルじゃ何も満足せんぞ。

>>842
細砲生物学の知識もなさそうなんだが
おまいら、拡散係数とか拡散律速とかいう言葉しってんのか?
それと細胞周期とかチェックポイントとか、生物学者は
「既定事実」のように使ってるけど、実際にはひどくあいまいな
概念だし微視的には実証されてないことのほうが多いんだぞ、
知ってるか?

844 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 15:14

>>843
あのう、TPAが何かを調べてから発言してますか?
まだならNCBIにいってください。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

>>843
教えてあげたらいかが？

845 ：なまえをいれてください：03/07/24 15:27

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

846 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 15:49

彼氏、彼女の素顔を検索できます。
なお、情報提供の際はA103からの紹介とお書き添えください。
他裏情報もよろしこ。

http://www.goodkey.net/~yuryoudeai/index.html?A103

847 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 16:36

>>845 ○○○をいれてください

848 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 17:44

>>844
いったけど結論は変わらないよへ(°Δ°)へ
不景気な日本の血税から支出される貴重な基礎研究資金を
日本国民の国益のため、効率的に収出して欲しいと切に
祈ってるだけなんですけどね

849 ：???：03/07/24 18:09

みてね～♪
http://www2.free-city.net/home/kojiro/page004.html

850 ：_：03/07/24 18:11

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

851 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/24 19:29

俺は834だが、838はそれなりに納得した。
まあ、俺とは意見が違うけど、その提案自体は十分理解できる。
俺の意見はむしろ分野が拡散して欲しい、という方向だが、838みたいな考え方が
一理あることも認める。

というわけで、
>>848
それが「○○を削れ」という方向にさえ行かなければ、意外といい議論になっている
ような気もする。

しかし、「生物」と「情報」以外の、例えば計算理学の分野（今は主に物理の人と
化学の人がやっている）に興味持ってる人は少ないのかな、と思ったりもするが。
このスレでもMDの話がたまに出るくらいだしね。CBI学会の話題も盛り上がらなかったし。

852 ：宗教論争はいやよ：03/07/25 00:08

さらにもうちょっと読んできた。

探し方がまずかった。主要なリアクターは￥standard の中にはいってた。
スーパークラスはひとまずおくなら、例えばミカエリスメンテンなら、

void MichaelisUniUniReactor::react()
{

Float velocity = KcF;
velocity *= catalyst(0)->quantity();
Float S = substrate(0)->concentration();
velocity *= S;
velocity /= (KmS + S);

process(velocity);

}

あたりがキモか。
次の問題は、系全体としてどうやってこれらのリアクター群を制御している
かだが……眠くなってきた。
またヒマになったらトライする。

853 ：宗教論争はいやよ：03/07/25 00:18

ってか、こっから先はE-Cell使いながらじゃないと何やっているか
推測するのも骨折れそう。

実のこというと今まで使ったこともなかったのよ（笑）
使えなくても困らないし。
マニュアル読みながらぼちぼちやっていきましゅ。

854 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/25 00:19

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855 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/25 01:11

バイオインフォマティクスの人材の人口自体が少ないのが原因だ

856 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/25 11:56

こんなに見えちゃってヤバクない？？？
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857 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/25 12:15

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858 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/26 00:00

>>852
解説サンキュ。
ただ、系全体を捕らえるなら、論文の方が早くないか？
その辺は、「ソフトの作り方のコツ」でしかないと思われ。
##そう言えばControlCenterで、クラス図書かせたなあ。
##ドライブ交換でどっかいったけど。
ああだこうだ言うより読む、というのはいい姿勢だ・・・。

>>843
柴谷でも読んでみるか？「あいまいな概念だし微視的には実証されてない」
から、 A-Lifeな香具師が出てくるだと思ってたんだが。

859 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/26 17:22

>>843
そんなに曖昧な概念じゃないし使い方もしてないと思うが。
自分が分からないからといって、明らかにされていないと決めつける態度はどうなのかな。

860 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/26 19:33

お気に入り集 ☆
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861 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/26 19:41

>>859
視点の問題じゃないかと。
化学的・物理的視点からみれば、ものすごく普通の単一の酵素反応ですら
考えなきゃならないことが山ほどあるし、いずれはそういうのも
解明していく必要があるわけで。
ま、生物学と情報学以外もやれよ、という程度のことでは。

862 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/26 23:15

週末のとどめはこれで決まり♪

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863 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/27 01:58

写真集だよん☆☆☆☆☆☆
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864 ：宗教論争はいやよ：03/07/27 12:13

ならば、拡散律速と反応律速に関するレクチャーきぼんぬ

865 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/27 12:57

>>861
物理化学的な詳細は必ずしも必要ないとおもうが？
量子論、相対論が分からなくても、日常的な古典物理の理解にはまったく差し支えないようなもんだよ。
なにをどこまで、何のために理解しなければならないのかが明らかでないと、結局は何も理解できないことになるよ。

866 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/27 13:55

>>865
相対論はともかく、分子を扱う以上量子論は必ずしも不要とはいえないと思う。
それはある種不勉強の言い訳ではないかと（煽ってるわけじゃないので、
気を悪くしたらｺﾞﾒﾝ）。
それに、一般的な物理化学（反応速度論や熱力学）はむしろかなり重要な部類に入ると思う。

情報屋に生物を勉強しろ勉強しろ、というのと同様、生物屋に化学や物理を勉強しろ、
というのは的を射た指摘だと思うよ。いや、「じゃあお前はできているのか」といわれると
漏れも答えに窮するわけだが。

867 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/27 14:26

物理に限って言えば情報屋の方が得意なヤシが多いだろうな。

868 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/27 19:47

>>866
それは何をやりたいか次第だねえ。
分子動力学をやりたいなら熱力学は重要だろうし、
酵素反応の詳細を知りたいなら、反応速度論も必要だろう。
しかし、系として捉える場合、そういった詳細を必ずしも
捉える必要のない場合は多い。
ま、反応速度論にしても、熱力学にしても、高校程度の知識で十分だろうか
それすら出来ないのは論外なんだが、やれば出来るのと必要だからやるのは
別問題でしょ。特定の問題解決において要求されなかったらやらなくていいんだし。
むしろ、これも知らなきゃあれも知らなきゃっていうばっかりで
問題に向かってゆけないほうがよほど問題だと思うぞ >オン○ロジー委員会

>>867
それはどうかな。具体例ある？

869 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/28 00:15

>>868
でも、情報屋が生物学について同じようなこと言ってたら、と考えて欲しいかな、と。
実際に実験をするときには、紛れもなく熱力学も反応速度論も（暗黙のうちに）
使っているわけで。それどころか、分光学的手法をつかっていたら、量子論も
使っている。もし既存の実験手法に飽き足らず、何か改善を施そうと思えば、
それらと直面することもある。最初から頭に入れてないと、そもそもそれを思い付く
ことさえできないかもしれない。
それを、「系として捉える場合には必要ない」といってしまうのは、
「生物は題材に過ぎない」とうそぶく（一部の低レベルな）情報屋と
どこが違うのかな、と思うよ。「必要になってから勉強する（本当は最初から必要
なのに）」という辺りも。

いや、868は主張こそ漏れとは違っているもののよく勉強しているようなので
こんなきつい書き方はすべきじゃないんだが（というか、不勉強な漏れが
868みたいな人に言えることではないんだが）、やっぱり生物屋にも謙虚になって
欲しいと常々思ってるよ（868がそうだ、という意味ではない）。情報屋が情報学だけ
知ってたらいいわけじゃないのと同様、生物屋も生物学を知っているだけではダメだ、と。

870 ：苦言：03/07/29 09:58

漏れは生物学者だが
バイオインフォという分野は
どうも生物学のためのツールを開発している学問にしか思えないのだが
バイオインフォの専門家達の考えを聞きたい

ツール開発はあくまでもテクニカルなことで
生物学者が求めているグッと来る様な新しい事実を見つけられるのか？
疑問が残る

ゲノム解析をやってる連中も
モチーフ解析はPCでちょチョットできるかもしれないが
最後は生物実験で確かめているじゃないか

なんだかバイオインフォは生物学のインフラ整備か？
と思ってしまうのは漏れだけかな
生物屋は皆同じように考えているけどな

だからバイオインフォのペーパーも
生物学から見て
何じゃこりゃあ？
つうのが沢山ある

今は門下省もバイオインフォに力を入れてるけど
このまま、生物学的なインパクトに欠けるペーパーしか
出せないと
正体ばれて
将来は全く相手にされなくなってしまうと思うけど
どうなんだ？諸君は

871 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 10:40

>870
鋭いね。
情報系の奴らは、完全にデータ処理屋として実験結果に振り回
されるだけになってきている。かく言うオレも情報系なのだが、
ともかくこのブームが去る前に何かそこそこ結果を出して
食い逃げ -> パーマネントポスト狙いになりつつあるよ。

872 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 10:44

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そのような方、諦めないで。
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873 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 11:13

バイオインフォがこんなふうに扱われるのって、本質的に生物学に専業の手法論屋が少なかったせいじゃないかと。
専業のツール開発者の存在は、直接的な貢献ではなくても学問上必要なことだと思うよ。
浜松ホトニクスが素粒子論をそれほど重要視してたとは思えないけど、明らかに重要な貢献をしたみたいな感じ？

874 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 11:37

>>870
まあ、サザンもノザンもウェスタンもシーケンシングもPCRも、
トランスフォーメーションも培養細胞も組織培養もマイクロアレイも
組換えも無細胞発現系もトランスジェニックマウスもラディエーションハイブリッドも
その他もろもろの分子生物に欠かせない各種技術にしても、

キミにはまったくぐっとこないことだろうね、仮にそれが開発された時点に
キミがそこに居合わせたとしても。いや、論文になっていたとしても、
他の人が有用性を見出して騒ぎ出すようになるまでは。

875 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 11:42

>874

>まあ、サザンもノザンもウェスタンもシーケンシングもPCRも、
>トランスフォーメーションも培養細胞も組織培養もマイクロアレイも
>組換えも無細胞発現系もトランスジェニックマウスもラディエーションハイブリッドも
>その他もろもろの分子生物に欠かせない各種技術にしても、

それってバイオインフォじゃなくて生物学実験そのものでは。
ツールと言っても計算機用ツールの事だと思うぞ。議論の趣旨
がちがうぞ。

876 ：苦言：03/07/29 11:43

そうか？
バイオインフォという分野を立てて
特に新たな手法を出しても
逆に生物屋にしてみれば
難しすぎて使えないとか。。。
生物学的な最低限の手法は
バイオインフォという分野を立てる前からある程度整備されていたように思うけどなあ

逆に
生物学のツール開発屋に成り下がっている連中の奮起を期待したい

877 ：苦言：03/07/29 11:49

>>874
なんか捕らえ方が違うなあ

生物学的な方法の開発に対しては
漏れらは何の感動も覚えん
たぶん
ノザンやサザンを開発した時代に居ても
感動はしなかっただろう

それよりも
それを使って
世紀の大発見をした方が感動を覚える

要は
技術革新よりも
真理を発見の方が遥かに感動的だし
世の中の人々の注目を引く

878 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 14:06

>>877
技術革新によって発見される真理もまた多いのでは。

879 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 14:11

苦言氏の意見は一貫していて、ただの情報屋バッシングとは違う、と思わせるものがある。
ただ、自然科学一般においては、手法の開発も重要で感動的な仕事だと感じる人も多いことを認めて欲しいと思う。

880 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 01:42

>>878
それは技術革新の真価を見抜いて、使いこなした人間にこそ
与えられる栄誉（＝新しい真理の発見）とおもう。
すでに評価の確立した新手法をひとまねでつかってるだけじゃ
結局二番煎じの発見しかできないことが多い

生物学は研究者人口が多いわりに、特殊な装置も特別な才能も
必要としない分野が割りにおおいから、そういう現象がよくお
こります。
だから「自分で技術革新して」「自分で真理発見する」これが
最強。実際、真理発見するラボには、そのラボにおける技術革新
の積み重ねというのが背後にあることも多いです。些細なことですが。

だから、というわけでもないけど「技術革新の手法開発のみ」
では片手落ちという批判は当たってるかもしれません。
せっかく自分で技術革新を成し遂げたんだったら、その瞬間に
その人が、その技術を世界で最初にかつ一番うまく使いこなせる
はずですよね？だからその人が使いこなさなければ、他人は誰も
使いこなせない。

「しばらく忘れ去られていた技術があるとき偶然日の目を見て」なんていうのは、現実にはありえないレアケースです。

881 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 01:51

だから、もしできたてのほやほやの新手法を、自分以外の誰かに
使って欲しいのだったら、

（１）素人にもわかる懇切丁寧なマニュアルをかく
（２）anonymous userに対するサポート充実をはかる
たとえばWEBサイト設置、FAQ設置、tutorial設置など。
（３）ベストな共同研究者を探して生物系の学会で発表して
クライアントと密にコンタクトして更に改良を重ねる。
（４）パラメータ設定のrobustness　素人がデフォルトの
パラメータで使っても「誰でも使える」ことが結構肝要では
ないかと？

もし「しばらく忘れ去られても日の目を見る」ことを
希望するのだったら、
（５）普遍的な言語で書く(含む普遍的なライブラリ）
（６）ソースコードはもちろん公開、無料配布
（７）マニュアルはもちろん重要
（８）しかもソースコード中の注釈もかなり重要
でも第三者に理解できるマニュアルを書くのはコードを
書く労力の３－５倍ですよね？

882 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 12:35

>>881
おいおい一番大事なのが抜けてるぞ

(0) その新手法による成果を一流ジャーナルに載せる

883 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 16:32

>>877-881

>>875に挙げた「技術」の多くはノーベル賞を受賞したもの。
これが意味することはなんだろうね？

革新的技術は、何の考えもなく発明されるものなんだろうか。
それを使う人が価値を見出せば、それでいいという考え方もあるだろうが、
先を見通さずにすばらしい技術が生まれるものだろうか。
もちろん、「予想外の使い方」によって「新しい道が開ける」可能性は否定しない。

が、そのへんがわからないから、生物系学部出身の生物やがノーベル賞をなかなか
とれないのではないのかな。

その意味では、現在のバイオインフォ屋は玉石混合というよりは、砂利ばっかりだなｗ

もちろん、ノーベル賞が全てとは言わないが。

884 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 16:59

884
その論調では、むしろ生物屋攻撃になっているんじゃないかと、、、

885 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 17:03

間違えた、883だ。
欝氏。

886 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 17:04

「苦言」へのメッセージですよ。
彼が感銘を受けない事柄が、世界にはどのように評価されてきたのか、
彼が言っていることが何を意味しているのかをわかりやすく書いたまでです。
だめですか？

887 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 19:17

886
いやいや、そんなことはないです。
技術革新への感銘には、私も同意ですし。

でも物理や化学くらいまで「枯れて」来ると、技術の開発が必ずしも開発者本人の
問題意識からスタートしないこともあるんじゃないですか。
例えば田中さんが生体高分子の具体的な解析に強い関心を持って装置を作ろうとした
わけではないこととか、この議論の最初のほうで出てきた浜松ホトニクスとか。
もちろんある一定の知識はあるけど、特にそれほど深い理解のあるわけではない人が
技術を開発するのは、珍しいことではないように思います。
バイオインフォの人たちがそういう道を選ぶのなら、それはそれで生物学の進歩の
ような気もします。そういうのが嫌だ、という気持ちも理解できますが。

技術の開発が単独で存在するところを想像しにくい、という点では、生物学は
未熟（悪い意味だけではないですが）なのかな、とも思います。
分野自体がいわゆる「各論」の寄せ集めなことと関係しているのかもしれません。

888 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 23:31

＞887
そこで田中氏を引き合いに出すのは間違いだと。
どう考えても問題意識もあったし技術開発に対する執念もあった
ドイツのグループのほうが、技術的にも学術的にも図抜けている。
逆にいうと、日本のバイオインフォマティクスも、海外にたくさ
んいる競争相手たちがフェアなら、ノーベル賞級の研究はごろごろ
あるといういいかたもできるだろうなあ。

まあ、「苦言」氏のご意見は苦言氏がぴんとこないものはみんな
クズっていってるだけで、「俺以外はみんなバカ」と思ってる
あたりは生物学者のスタンダードといえましょう。

889 ：苦言：03/07/31 00:10

では
聞くが
新しいバイオインフォマチクス技術を使った
ハイクオリチイジャーナルへの投稿論文を教えてくれよ

田氏のノーベル賞は確かに技術革新もあってのことだが
ではバイオインフォマチクス自身はノーベル賞に匹敵する程のポテンシャルを持っているかが問題である
恐らく
これまでの経緯を踏まえると
ポテンシャルはなさそうである
つうのが生物屋の一般的な見解

一流誌に名を連ねている方々は
バイオインフォにはまだまだ関心がない
生物屋でも自分の仕事に行き詰まり
専門を転向しようとしている連中が
バイオインフォをターゲットにしてるようだ

890 ：Ｆ(886、883､etc)：03/07/31 01:31

>>888
それはどうかな？
>日本のバイオインフォマティクスも、海外にたくさ
>んいる競争相手たちがフェアなら、ノーベル賞級の研究はごろごろ
残念ながら、ノーベル賞級というのはいいすぎだし、海外にいる競争相手の方が
実力も業績も上じゃないのか? そうじゃないというなら、具体例をあげてみたら？

>>889
キミは少しばかり勉強不足なようだ。
無知な人が評価できるかどうかと、価値があるかどうかは同じじゃない。
ノーベル賞級の仕事が必ずしもハイクオリティージャーナルに掲載されたものじゃない。
まあ、バイオインフォマティクスという分野自体の将来はそんなに暗くないよ。
今やってる人がいいかどうかは別にすれば。

891 ：_：03/07/31 01:34

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

892 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 08:18

>>889
苦言氏の意見がだんだんつまらなくなってきたな。
「技術革新は重要な仕事と認めない」という立場を貫いていたらむしろ考えさせられる
ものがあったのに、田中氏の仕事は認めるんだ。ふーん。

「バイオインフォのポテンシャル」とか「一流ジャーナル」とか、単なる
「既出の議論」の一つになっちゃってるじゃん。どちらもさんざん>>890のように
説明され続けてきてるよ。過去レスを読め。

893 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 11:00

しかし、近年のノーベル賞が技術に寄りすぎてるのも確か。
その方が評価が定まるのも早いし、万人に分かりやすいから。
アインスタインも、有名な相対性理論でノーベル賞をとることは出来なかったし。
だから、ノーベル賞が判断基準として良いかというと、技術寄りの「研究には」と但し書きをつけざるを得ない。
なら、一流誌掲載ならいいのかという点についてはどうだろう？

894 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 11:16

>>889
bioinformaticsの貢献についてわかりやすい例を上げさせてくれ。
Nature, Science, Cell, MolCell, NSBに掲載されている
構造生物学の論文のおそらく３－５割は、その４－１０あるFigのうち
必ず一枚multiple alignmentが載っている(そしてその８割がclustal系
のこりがT-coffee w)

すくなくともmultiple alignmentに関してはこれがなければ
議論もできない変異体も設計できない情况だからインパクトおおし。

ただし、俺はバイオインフォ＝配列情報解析(+MDなど立体構造情報
解析)という狭義のものしか認めないという「配列情報解析原理主義」
論者なので、それ以外のネットワ－ク系やケムインフォ系のバイオイ
ンフォから、ハイクオリティ－ジャ－ナルへのアウトプットが少ない
という点には同意。

895 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 11:41

まあ、これからいい物が出てくる可能性がないとは言えないが、
ネットワーク系は目の付け所に疑問を感じるものが多いよな。
勝ち抜けできるのは誰だろうね?

896 ：894：03/07/31 11:58

さらに日本のバイオインフォの場合には、アメリカと違って
科研費などで開発したソフトウェアのソ－スコ－ド公開が義
務付けられていない、という問題点もある。

つまり
科研費→ソフトウェア開発→担当者転出→ソ－ス死蔵
科研費→DB開発→予算期限終了→内容更新終了→死蔵
構造的に金の無駄遣いになりがちなシステムなのです。

897 ：894：03/07/31 12:01

そこで提案なのだが、
ソ－スコ－ド公開またはWWW-baseサ－ビスを開始した
DBに関しては、DL数やアクセス数の統計をきちんと
文科省が委託した公正な団体が管理評価して、上位に
ランクインしたものにかんしては、自動的に予算がつ
くようにしたらいいと思うのです。

論文のIFと併用するにしろしないにしろ、こういう評価
方式が公正なんじゃないだろうか?

898 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 19:04

それなら最初から業者に委託すればよいのでは？
研究者が便利やになり下がる理由はないよ。
もちろんDDBJやゲノムネットは便利やだからそういったサービスを提供する義務があるけど。

899 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 19:14

>>898
どれにレスしているのかよくわからないが、
「便利屋」といえば蔑んだような表現だけど、例えばマイクロアレイなんかは
どっちかというと「便利屋」の技術だよね。でも研究者じゃないと開発できなかった
と思うよ。技術の開発はそういうもんじゃないかと。
わざわざ不便な技術を使いたがる人なんていないわけで、かなりのレベルで
便利なものに仕上げてこその技術の開発では。

そもそも「業者」に委託したって、新規なツールとなれば研究者が作るのではないかな。
「業者」という名のブラックボックスがあるわけじゃないんだし。

900 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 19:31

>>899
「業者」ですか？

901 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 21:34

>>900
それは「899=業者か？」という意味なら違う（どうでもいいが、もしきみが=898なら
もう少しわかりやすく書いてくれるとありがたい。898も900も意味がとりにくい）。
むしろまごうかたなき純然たるユーザーサイドなわけだが（そもそも生物屋だ）、
それでも一部の（あくまでも一部の）生物系研究者の、研究手法をブラックボックス
だと思っている状態には苦しめられている。
某板に出てきた表現だが、「キットとマニュアルがないと何もできない人種」
に苦しめられているのは何も業者だけではないのではないかな。
まあそれでも研究ができるあたりが「生物学が未熟だ」という発言（>>887か）と
つながっているのかもしれないが。

田中さんの話でいえば、「『業者』がノーベル賞を取った」と思って釈然としない
気分でいるのは生物屋に多いのかもね。完全に憶測なので聞き流してくれ。

902 ：苦言：03/07/31 23:19

漏れは生物屋だが
確かにNCBIのPubMedやBlastは便利で使いやすい
だが
それ以外の便利なサイトやツールは全く知らない
知らないつうよりも知っとく必要が無いからだ
NCBIのサイトさえ知っとけば
われわれ生物屋の用件は足りてしまう

その意味からして
バイオインフォ屋と称する人たちの
生物屋の便利ツールを開発するつう名目で
生物屋に不要なツールの開発している方々の自己満足的な言い訳は聞きたくないのである
生物屋にとってはありがた迷惑である
ECellなんつうのも情報屋の遊び道具にしか思えん
もっとも漏れは構造屋じゃないから
そっち方面は何も知らんがね

でね
便利屋なら便利屋らしく生物屋に本当に必要なツールやサイトを開発してくれよ
バイオインフォ屋の自己満はやめてくれ

903 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 23:46

>>902
> NCBIのサイトさえ知っとけば
> われわれ生物屋の用件は足りてしまう

それは「その程度の研究しかしていないから」あるいは「その程度の研究でも
研究と呼べるほど生物学がまだ『未熟』だから」じゃないかと。
必ずしも貶しているわけじゃないが、少なくとも「技術」に対する考え方は
「それが普通だと思うなよ」といいたい。

煽ってるわけじゃないんだが、
> そっち方面は何も知らんがね
程度の人間がなぜか出てきて「ECellなんつうのも」とか言いだすのを見ると、
なんでこのスレはこうなんだ、と思えてならない。「苦言」さんは1-5でどれだけ
同じ議論が繰り返されて、なぜ隔離スレまでできたのかも（それどころか隔離スレの
存在さえも）知らないのかな、って気がする。

なんとなく、某氏（坊氏）の初心者向けの著作を読んだ程度の知識で、
バイオインフォへの一面的な価値観を植え付けられてしまってる人が
登場しているような気がするなあ。
某氏自身がどう考えているのかは不明にせよ、あの本やメーリングリストに書いてる
のは「現時点での」「生物学ローカルでの」価値観のうちの「一部」にすぎない
ことを理解して欲しいよ。
某氏くらい活躍している人がその実績を背景に発言するのならともかく、
過去スレも読んでない人間に思い付きで書き込まれてもなあ。

と、某氏もなんだかこのスレを読んでいるような気がしたので書いてみた。
いや、俺は某氏を高く評価しているし、実は結構意見に同意してたりもするのだが、
その劣化コピーを見るとうんざりする。（最後は煽り口調になってしまった）

とか言って某氏本人だったりしたら困るが。

904 ：坊農秀雅：03/08/01 00:56

呼ばれたみたいなので。
>>903
ひさしぶりの書き込みですが、1日に1回ぐらいは見させてもらっていますよ。
みなさんの匿名での議論楽しみにしております。こういうところなら結構
いろいろ意見が出るんだなと感心しております。

>>902
本当に必要なツールやサイトがどんなものか、教えていただけますか？

905 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/01 01:10

可愛いでしょ♪

http://angely.h.fc2.com/page006.html

906 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/01 01:18

業者うざい

907 ：_：03/08/01 01:21

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

908 ：_：03/08/01 01:22

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/hankaku09.html

909 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/01 01:34

マイクロアレイの解析ソフトなどは、作成したスライドに
固有の処理などが必要になるから汎用性があまりない。
一方 BLAST は汎用性が高いから、多くの人に使われやすい。

こういう背景があるのだから、両者を比べて特に BLAST だ
けが価値があるとは思って欲しくない。
配列解析はいつでも重要な地位にあるけれど、それ単体での
研究は既に泥沼に陥っているのをご存知の方の意見とは思え
ない。

910 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/01 01:40

長瀬愛、後藤まみ、白石ひよりの無修正！
女子校生も無修正！
無料画像でバッチリ見える！！
http://www.ncdonald.com/

911 ：井の中の蛙大海を知らず：03/08/01 03:05

漏れは生物屋だが
確かにNCBIのPubMedやBlastは便利で使いやすい
だが
それ以外の便利なサイトやツールは全く知らない
知らないつうよりも知っとく必要が無いからだ

912 ：ぼるじょあ ◆yBEncckFOU ：03/08/02 02:56

　　　　∧＿∧　 ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　（　・３・） (　　＾＾）＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

913 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 03:07

PubMedやBlastを使いこなすこともバイオインフォじゃないの？

914 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 12:12

ええ？
じゃあ訊くけど、ワードやエクセルを使いこなす人を
SEとかプログラマーとか、いう？

たとえが悪いかな。なら、テクニシャンを「研究者」と呼びますか？
学生実習を「研究してる」という？

まだたとえが悪いかな。
じゃ、論文読んでてわからない単語があったとき、
辞書を引く作業を「研究」と呼ぶの？
その「辞書を編纂する作業」はなんだろうと思ったことある?

915 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 12:20

辞書を編纂する作業をする人たちを研究者とは呼びません

916 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 12:48

>>913
バイオインフォだと思うよ。バイオインフォの「研究」ではないけど。

917 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 13:04

>>914
辞書編纂程度なら業者にやっぱやらせればいいじゃん

918 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 13:25

>>914
辞書ではなく，教科書の「内容」を例に挙げたほうが適当では？

他の皆さんも言いたいことは分かってるのでは？
突っ込んでる人は，大人気ない揚げ足とりにしか見えませんが。

あ，俺も。

919 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 14:16

そのうち滅びる分野だしどうでもいいよ

920 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 19:10

答えが出ない限り滅びること無し。
答えが出たらなまものの分野の方が衰退するでしょ

921 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 19:16

出ないからそのうち見向きされなくなるの

922 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 19:42

お前、苦言だろ？おこちゃまだね～ｗ

923 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/02 22:34

みんな！！違法取立てバカの闇金、八島総業が名前と電番変えて必死だぞ！！
イタ電だ！！！
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住所にはいつも必ず1-7-1を使っている！！
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【闇金融】違法取立て馬鹿の自称八島総業を叩くスレ！！
http://www.megabbs.com/cgi-bin/readres.cgi?bo=rage&vi=1059058002

924 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 01:16

なんかものすごく低レベルな言い争いになっているが、子供の口げんかついでに一つ。

「辞書を編纂する作業をする人たちを研究者とは呼びません」とか言ってるから
文系どもに「理系バカ」とか言われるんだよ。世間知らずにもほどがある。
細かい作業はともかく、編纂全体について、あんな仕事がそこいらのテクニシャンに
できると思っているのかと。「辞書編纂程度」て。びっくりしたよ。
なんかそんな発言を見ると、バイオインフォのこともその程度の理解で語ってる
のかと思うよ。というか、全体に「技術の開発」を甘く見すぎ。

特定の学問分野に対して答えが出るとか出ないとか、滅びるとか滅びないとかを
軽々に口にするあたり、バイオインフォどころか学問というもの全体への敬意も
感じられないよ。
他者を貶して自分が高い位置にいるような気になるのではなく、自分自身が本当に
高い位置に上がって欲しい。なんだかんだ言って他人のことばかり気にしない。

925 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 09:27

低い位置にいる人ほど、他人を貶めたくなるもの。
そうしないと心の安定が得られないから。可哀想ですね。

926 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 09:28

★一重★目が細いか小さい★目頭がほとんど無い★ツリ目かトガリ目★
★ヨリ目★眉毛がかなり薄い★目と眉毛の間が広い★ハの字眉★
★肌の色が黒い★ヒゲが薄いか生えない（男性限定）★
★スネ毛など体毛が薄いかほとんど生えない★歯が大きい、または出っ歯★
★頬骨が強く張っている★彫りが極端に浅く、起伏に乏しい★
★うりざね型の面長★ゼッペキ頭（過短頭）★

韓国朝鮮人の帰化や混血で日本人に増えている形質一覧

927 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 11:25

辞書編纂は確かに必要なことだけど、力技が
多いこととクリエイティビティーが少ない
のも確か。あんなもんで研究業績だなんて言
われたら、まっとうに研究している人が気を
悪くするのも確かだ。

928 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 11:27

アダルトDVDが激安５００円より～
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929 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 11:36

>>927
全く話が噛み合ってないみたいだな。やれやれ。

930 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 12:09

>>929
業者さん必死ですね

931 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 12:37

>>930
キットとマニュアルを用意されてないと「研究」できないタイプ？

932 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 12:41

マニュアル見ても使い方わかんない人もいる

933 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 13:07

てか、ここで業者業者言ってる人って、ほんとに実験設備を全部業者さんに作って貰ってるの？
漏れにはむしろそれが驚きの世界。
金持ち研はそんなもんなの？
それにしたって、いろんな提案を全部受け入れるなんてマジですごい業者さんだと思うし。

934 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 14:07

それでも所詮は業者

935 ：宗教論争はいやよ：03/08/03 16:31

反応論の本、パラパラとめくってみた。
あれはあれでオモロイな。

ところでこのスレも1000がみえてきたんだが、この
「教えてください」シリーズとは別個にスレつくって
いいか？

「教えてください」なんていっているヘタレといっしょに
いたくないのでね。

936 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 16:59

>>935
この名称はpart １のスレ立て人が付けたもので、特にスレの実情は反映してないよ。
「教えて下さい」の割には具体論の話になることは少ないので、どちらかというと
「なるには」スレの隔離スレとして機能しているような気さえする。このスレの
おかげであっちのスレが荒れてないので。

ここで一発具体論の話を展開してくれても嬉しい。
個人的には次スレの「1」には>>669を引用して欲しい、と思っているくらいなので。

・・・いや、669本人なんすけどねｗ

次スレの1さん、
> それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
> 「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
> とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。
だけでも引用して下さい。だめ？

937 ：Login:Darwin：03/08/03 21:22

>>902
「生物の興味」の中味が違う人だからなあ、漏れは。

たとえば、細胞とか受精卵を１個＿合　成＿したい。
合成したやつを「働くように」作るためのルールが欲しい。
(「生命の起源論争」にこんな感じの話があった)

こういう問題意識なら、ルールを解明するためのツールは欲しいし、NCBIも
e-cellも、細胞周期＆checkpointの研究等々も有用だと思って見ている。
・・・どうだろ？
*****以下余談*****
ちなみに、漏れにとってのバイオインフォ(特に広義)は、このためのツール
だ。別に道具として役にたてば何でも良いし、既存のモノがあればそれでい
いのだが、道具づくりで終わっても諦めは付くな。

938 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 21:27

>>937
言いたいことはすごく良く分かるなあ。漏れの興味もそっち寄りである。
が、自称生物学者からの集中砲火が起こる悪寒。

939 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 21:58

>>938
生物はどうしてもまだ各論の域を出てないからな。
各論を越えようとする試みに生物屋が嫌悪感を感じるのはわからなくもない。
一流の人たちの中には各論からの脱却を目指している人もいるけど、やっぱり漏れら
レベルだと、各論を捨てろといわれているような気がするのかもしれない。
個人的には結構応援したい気持ちではあるが、否定したがる気持ちも否定しない。

940 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 23:30

>>937
Login:Darwin氏はいつも出てくるタイミングが微妙に遅い。
わざわざ話題を蒸し返すようなタイミングで出てくるのはやめて欲しい。

941 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 23:52

B農先生はせっかく理研という世界でも類のないゲノム屋とか構造屋とか
が高密度に集積しているし未発表のデータにもアクセスできる環境に
いるんだから、上の書き込みがもし本人なんだとしたら
「本当に役に立つツールはなんですか」なんて言ってないで
身近にいるクライアントにたいしてもっと責任ある仕事をして欲しい。
B農先生がマジがんばらなければ、理研の他のプロジェクトは今後
総崩れかもしれないのに、プロジェクト間とかプロジェクトを越えるような
戦略性に乏しい理研のこれまでの例に漏れず、なんか「地方大の先生に
転出するための研究」みたいなことばかりしてるように見えるよ。
でも、それでは、理研（お国の税金で運営）に対する背任行為じゃないかな？極端な話し、コドモむけの教科書なんて書かなくてもいいわけ。

942 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 00:19

B脳先生は既に理研を脱出されました

943 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 00:28

それも地方に。

944 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 00:34

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945 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 00:39

>>943
さいたま偉大だっけ？村松某のご威光で食ってくつもりかね。

946 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 01:04

みな、B脳氏をそんなにせめるな。
どんな立派に見えても人には限界があるし、カスミだけ食べては生きてゆけないんだよ。
それを念頭に、彼が初心者本ばかり書く事情も汲んでやれ。
誉めるわけじゃないけどな。

947 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 01:31

>>927
クックブックにしたがって行う日々の作業はさぞかしクリエイティブなんだろうな。
ところで、クリエイティブってどういう意味？

948 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 02:09

>>941
理研に過大な期待をしちゃだめ。
あそこは一年契約でやってる奴らばっかりなんだから。必死で
地方大学に長期ポストを求めて逃げることばかり考えているか
らと言って、それを誰が責められようか。

949 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 02:13

>>947
辞書引けや

950 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 07:57

>>949
ちょっとﾜﾗﾀ
皮肉にマジレスか

951 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 08:51

夏の学校の感想は？

952 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 09:28

苦言君、楽しい人だったんだね！

953 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 10:30

>>948
いまどき地方大にも長期ポストは・・・寂

954 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 18:26

蒸し返すようでわるいが
947も949も低レベルの争いはやめろって。

辞書編簒は大変な作業だが、それだけでは研究なのか作業なのか
分ってもらえないし認知してもらえないから二流のまま埋もれる
可能性は高い。

キットとマニュアル化されたプロトコルだけで、いくら「新しい」
と主張しても、そんな研究は同じことを思いつく人間が世界中に
十人はいるから、結局はスピ－ド勝負または頭数勝負のクソ仕事に
埋もれてしまう可能性が高い。

どんな小さなことであっても技術的エクセレンスがなければ国際競
争には勝てない。オリジナリティ－っていうのは競争にかててこそ
のオリジナリティ－だろ?他人が発表したCNS論文をみて、「同じこ
とを３年も前に思いついていた」とのたまうDQN助教授がうちのラボに
いるけど、それじゃただのDQNだろ?

955 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 19:06

本当にオリジナルな仕事なら、競争なんてないと思うが？

956 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 19:19

>>954は仲裁するふりをしながら両方を敵に回す、という姿勢が面白い（誉めている）。

>>955
煽るわけじゃないが、競争者がいないほどのレベルの「オリジナル」を掴むことができるのは
現代ではもはや異常者と呼ぶべきレベルの天才だけだろう。
DNAの立体構造だって、ワトソンとクリックだけが取り組んでいたわけではないくらいで。

957 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 20:31

べつに現代に限ったことじゃないと思うよ。
どの時代でも新しい道を開いた人はその時代の異常者だったのだ。
そういう意味で、ワトソンクリックは凡人とも言える。

958 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/04 22:20

生きているうちに評価されちゃってガッカリって言ってた大野乾を見習うべし

959 ：Login:Darwin：03/08/04 22:55

・放火が散発的だった事に感謝(藁
>>938
専用スレが必要なほどでもないし・・・困ったものだ。
>>939
ううむ、多様性こそ豊かさだ、で済みそうなものだが、済まないのが悲しいな。
##予算取り合いの話は出さないように。
そう感じる、というのはよく分かった。ありがとう。
>>940
毎日見てるわけじゃないからな・・・けど注意するよ。

960 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 00:11

>>958 大野乾はそんなに評価されてたの? どの点が？
>>959 で、具体的にはなにかしてるの？大言壮語する奴は信じられないものでね。

961 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 01:33

だが「競争がない世界の研究をしているから俺は本当にオリジナルだ」
といっている2流3流の研究者も捨てるほどいるよね。
いやあ、各論の世界って恐ろしい。
どんなにその分野での競争がなくたって、使ってる技術が2流だったら
やっぱ2流だろ？書いてるプログラムがバグだらけだったり、判読でき
ない意味不明のマニュアルしか書いてなければ、そりゃやっぱり2流だ
よ。
単に2流3流のエセオリジナリティーをオリジナリティーと誤解しては
ならない。各論の袋小路に入ってしまって、他人の興味を惹かなかっ
たら、そんな状況にはすぐなる。

962 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 09:03

メンデルも最初は各論とみなされていたんだよね。ガリレオやコペルニクスはどうだったんだろう？

物事の本質を見ているか、本当に重箱の隅なのかは、結果が出てみるまでわからないなあ。
しかし使ってる技術が2流って、誰でもやってることや後追いなら一流？よくわからんな。

963 ：Wet屋：03/08/05 12:12

ちょっと待ってくれ。蒸し返すようで悪いが>>937-939あたりの議論を
そんなにすんなり受け入れて欲しくないぞ。特に>>939。
生物屋を馬鹿にするのは大概にして欲しい物だ。

現状でsimulationに懐疑的な生物屋が多いのは事実だが、それを「自分の
理解できないものに対する拒否反応」だと受け取っていては裸の王様だよ。
現状での懐疑は、「こんなに分かってない＝基礎データがないものをどう
やってsimulationするのかな？」ていうのが大半だと思うぞ。生物屋は
各論にしか目がいってない様に見えるかも知れないが、その各論ってのは
非常に奥深い複雑な仕組みなんですよ、言うまでもないだろうけど。
それを「越える」、とかいう試みをやりたければやればいいけど、現実的に
生物屋を唸らせるモデルを出すのは難しいだろうと思ってるだけの話。
まあ>>938は「自称生物学者」といってる訳だからそこら辺は分かってると
思うけどね。

ところでこのあたりすごく興味があるんだけど、Login:Darwin氏の言ってる
「合成」ってのはどういうレベルのモノを言うんだろ？ブラックボックスと
して、あるインプットに「細胞っぽい」アウトプットを返す代物を作ることは
可能なのかも知れないが、目指すものはそういうものなの？それとも分子レベ
ルでsimulatorを組んで、最終的に組み上げたモノが細胞として機能する、といっ
たことをやりたいのかな？漏れは細胞周期屋なんで何らかのフィードバック
を返せるかも知れないし、それより純粋にそういった議論に興味があるので
ちょっと聞いてみたいのだけど。

964 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 12:24

シミュレーション屋の一番の問題は、
問題がどこにあるかを知らずに問題をとこうとしているように見えることじゃないか?
どうしても砂上の楼閣をつくろうとしてるようにしか見えないんだ。
第一主成分がわからずに系を組んだのでは、見当はずれの結果しか得られないだろう？

965 ：Wet屋：03/08/05 12:53

>>964
そのあたりが一番の疑問でもあり、又聞いてみたいところでもあるね。
例えばアリの動く仕組みなんか分からなくても、インプットに対する
アウトプットだけをシミュレートして、最終的に蟻塚を作るモデルを
作れるかも知れない。そのモデルから行動原理を抽出すれば、最終的に
「統率者無き社会」がどのようにオーガナイズされてるかについて、
あるモデルを作り出すことが出来るかも知れない。そのモデルは当然
エラーを含んでいるだろうが、それを基に観察、実験を組めば、新たな
フィードバックが得られて、徐々に正しいモデルに近づいていくだろう。
こういうアプローチはあり得るだろうと思う。

が、ここでの議論、また現実に成されている試みがそういったものである
のかどうか、その辺がよく分からない。

もう一つのアイデアは、分子反応を熱力学的にシミュレートして、最終的に
全てを計算機の中に放り込めば、組み上げた産物は細胞として振る舞うはず、
ってものだね。だがこれには明らかに情報不足だ。そして、この方向性なら
某所でやってる蛋白何千プロジェクトかなんだかの方が、不完全なシミュレータ
よりも余程その方向に向かっていると思うが、どうだろう？

そしてやはり「問題がどこにあるか？」という問題、つまり、それを計算機の上で
作ることで何を明らかにしようと言うのか？はたまた作ること自体が目的足りうる
のか？といったあたりが疑問になってくるんだが、そのあたりはどうなのだろう？

966 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 13:01

だから
・成分数がそもそも多くて
・系によって第一主成分がかわる (だから一見各論に見える)が
・実は基本的な記述式そのものはシンプルなモデルになるもの
ということでカオス理論とか複雑系の出番だってことなんだろ?
で、だからそのためのシステムバイオロジ－なんだろ?
一見各論に見えるからってそれを各論として切り捨ててるようじゃ
システムバイオロジ－屋として、どう考えても３流以下。
勉強してでなおして来てもらったらいいんじゃないでしょうか?

967 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 14:44

各論という言葉に反応しすぎでは。必ずしも悪く言っているわけではないようだが。
各論を捨てろ、という話にはなってないような。

それと一応指摘しとくと、システムバイオロジーは隔離スレでやってくれるとありがたい。荒れるもとなので。

968 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 18:33

>>966
> ということでカオス理論とか複雑系の出番だってことなんだろ?

ここら辺の話を良く分かって書いていらっしゃいますか？
複雑系にも各論が存在しますよ。その中の一つが「生物学」といってみるテスト。

969 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 19:15

939だが、
>>963
漏れの書き方が悪かったのだと思うが、漏れはむしろ各論を擁護する意図で
（各論を捨てろといわれているように感じるのなら、反発して当然だという意図で）
書き込んだのだが。

しかし、>>937-939から
> 「自分の理解できないものに対する拒否反応」だと受け取っていては
は少し行き過ぎではないか。いやいや、漏れの書き方が悪かったのかもしれないが、
いくらなんでもそう書いているようには見えないだろうと。
被害妄想とまでは言わないが、問題を「対立の構図」だけで捉えようとしすぎていないだろうか。

970 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 19:41

決して争いたいわけではないし、E-cellを擁護する気もないんだけど、
例えば実験データが絶対的に足りないことや、雑多な情報を全て投げ込んでいる
（例えばタイムスケールが違う反応も一緒にしている）ことなんかは、
（2chに限らず）細胞シミュレーションの話が出るたびに話題になることだし、
それどころかＴ田さん本人がプロジェクトの初期からそれらの問題を語ってたよね。

正直な話、細胞シミュレーションを否定したいのなら別の切り口を提示して欲しいと
思うし、あるいはその議題で細胞シミュレーションを否定したいのならもっと突っ込んだ
ところを話して欲しいと思う。Ｔ田さん本人が言っているようなことを繰り返し繰り返し
語るのは、無意味とはいわないが発展性はない。
まあ、965なんかはなかなか有意義な内容なんだけど、それでもどうしても
「既出の議論」臭さは感じるし、逆に965ほどの人がどうしてわざわざ他者の研究を
否定する方向に頭を使うのかな、とさえ思うんだよね。余計なお世話だが。

ダメだダメだといったって、他人の研究を「やめろ」というわけにはいかないんだし、
どうしてもE-cellを語りたいのなら、肯定的に捉えてみるか、あるいは具体的な
改善策を提示する、という方向のほうが面白い話になるんじゃないかと思うよ。

971 ：964：03/08/05 19:47

せっかく話の流れが変わったところだが、1000が近づいてきたな。次スレ立てるの誰?
980踏んだ人あたりでよい？

ところで、各論だろうが基本だろうがどっちでもいいんだが、
各論なら各論の中の全てを説明してしかるべきだろうし、
基本なら、基本的には各論にも適用できる本質があるべきだよな？
それは示されているのかどうか、それによって何がわかったのか、
あるいは何を知ろうとしているのか。その辺はどうなんだろう？
できればKOの方がたや北野さんに是非聞いてみたい。

972 ：Wet屋：03/08/05 21:00

>>970
いや、否定するように取られたかも知れないが、基本的には否定するつもり
ではなく、単に目指してる方向が分からないのでそれを教えて欲しい、って
ことなんだ。まあ俺の勉強不足もあるので何でも教えてという訳にはいかない
が、このあたり既出感がつきまとうのは、既出の疑問にいまいち明確な答え
が提示されていないからではないかと思ったりする。当事者が矛盾をわかって
やってます、といっても、ではその矛盾を含んだところであえてやることで
何が分かってくるのかってところが今一見えてこない。

余談だがwetの実験にしろ生物の実験はほとんど、ある「矛盾」に近いものを
はらみつつやってるんだよね。それでも許容されるのは、その矛盾だらけ
の系で出した結論が、曲がりなりにも一般性があると示せた時だけだと思う。
そこをうまくやるのに頭を使うのだけど。だから矛盾が即悪いこととは思わない。

個人的な意見としては、>>965の蟻塚の例えの方向性などは面白いのではないか
と思ってる。その場合いきなり細胞でも悪くはないが、もっと系を単純化する
と面白いのではないかと常々思ってるんだ。例えば俺の専門の細胞周期を例に
取ると、DNAの二重鎖切断一個で細胞周期を止めるのに十分なシグナルになると
考えられている。ではその一個を認識してシグナルを増幅する分子装置にどうい
うものがあり得るのか？熱力学的なrequirementはどんな感じになるだろう？
このあたり生物屋の手には負えない課題なんでね（笑）。誰かが面白いモデル系
「細胞周期シミュレータ」みたいなのを作ってくれれば非常に興味深い議論の
叩き台になるかと思ったり。そういったモデルにwetの実験結果をフィードバック
していくことで現実に近いモデルが徐々に得られるのでないかと思ったりする。

まあ基本的には細胞を「合成」ってのが何を意味するのか聞いてみたかっただけ
なのだけど。

>>969
了解でつ。>>938-939の流れからそういう風に受け取ってしまったが、過剰反応
かもしれないね。俺は情報系の仕事を否定する気はないんで、有意義なやりとりが
出来ればいいのだけれど。

973 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/05 22:46

有意義な話ができそうだ、となると、途端に「情報屋は全部ダメ」みたいな奴とか
「生物屋はバカばっかり」みたいな奴が出てくるのがこのスレの常なので、警戒しつつ。

> 既出の疑問にいまいち明確な答えが提示されていない
いや、これ一応提示はされているんだよね。細胞シミュレータについていえば、
その目指す方向は一つ、「個々の過程を積み上げて、細胞の挙動を（未知の事象さえ
予測できるレベルで）再現する」なわけで。
ツッコミ禁止（というか俺がツッコミたいくらいだが）。

この「答え」に納得できない人はそりゃまあいるだろうし、その辺が既出の議論が
続出する理由なのだろうけど、文句ばっかり言ってたってしょうがない。
俺は少なくともその「蛮勇」に納得している。

その意味ではWet屋氏はとても良いと思うが、氏の提案がもし速度式レベルの話なら、
システムバイオロジーの人々の研究は概ねそういう感じではないかと（俺の理解が
間違ってるかもしれないが）。
もし速度式レベルではなく分子レベルで、ってことになるとMDとかMCのような
方法しか思い付かないが、それで系全体を記述するのは俺には難しいように思う。
誰かが「蛮勇」を奮うのを待つことになるのだろうか。

974 ：苦言：03/08/05 23:54

しかし
E-Cellとかって
生物学の教科書にも載ってる代謝系を
in silicoでシミュレーションしようとしているけど
どうしてだれでも知っているようなことをコンピューターの取り入れようとしているのか
目的が不明
そんなん生物学に新たな知見を何も与えないじゃないか
何のためのモデルなのか良くわからない
大腸菌丸ごとプロジェクトもやってるそうだけど
それも生物学の大腸菌マニアしか興味を示さないことを
どうして何億もの国家予算を投入して行うのか
ぜんぜんわかない

975 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 00:23

>>973の警戒が無駄になったね。

>>974
「誰でも知っているようなこと」であっても、それが複数存在していると
それぞれがどう影響を及ぼしあうか予想を立てるのは容易なことではない。
（それこそそんなこと生物やってたら誰でも知ってると思ってたが）
「辞書を作る話」と混同してないか？

だいたい、誰でも知っているようなことさえ入っていなかったら、それは
それで文句付けるんじゃないの？

苦言よ、あんた内容のある提案をしてみろよ。批評家きどりでケチばっかり
つけてないでさ。しかも半端な知識で。

976 ：苦言：03/08/06 00:30

やっぱ
生物学への貢献がすくないねえ
漏れは生物屋なの
今のバイオインフォには何も期待していない
だから提案することも無い
バイオインフォ屋が生物屋を唸らせる
スゴイものを提案してくれ

977 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 00:39

>>974
くどいようだが、漏れはe-cellを擁護する気はないんだけど、
なぜその程度の理解でそんなに偉そうに専門スレに出てこれるのかと。
タイプミスは多いし。

978 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 00:44

>>976
で、結局e-cellが何なのか理解していないように見えるよ。
e-cellの理念だけを見れば、少なくとも「生物学への貢献がすくない」という
意見は出ないわけで。
問題となっているのは「すごいものを提案する」部分ではないのだが。

979 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 00:48

>>976
あなたは誰かに貢献してるんですか？「人類に」とか言わないでね（ｗ

980 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 01:06

だからシステムバイオロジーの話はやめれ

981 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 01:14

もうE-cellの話はいいよ
こっちでやってくれ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/sim/990412981/l50

E-cellの論文が出たら、議論すればいいじゃないか
論文もまだ出てないのに、あれこれ批判してても無意味だ

982 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 07:50

>>981
誘導するなら、他板のそこじゃなくて、本来の隔離スレ

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

では。

983 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/06 08:01

新スレ立てました。

バイオインフォマティクスを教えて下さい 6
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1060124095/l50

984 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 00:22

SFCのT研のエースは北朝鮮の工作員でつか？

県会議員事務所のガラス戸壊した疑い、慶応大生を逮捕　神奈川

藤沢＊＊署は９日、神奈川県藤沢市、慶応大学二年生、
荒川和晴容疑者（20）を器物損壊の疑いで現行犯逮捕した。
調べによると、荒川容疑者は同日午前２時４０分ごろ、
藤沢市＊＊町の神奈川県会議員、＊＊＊＊さん（＊＊）＝自民党、
の事務所出入り口のガラス戸（時価８万８０００円相当）を足で
けって壊した疑い。＊＊議員は北朝鮮（朝鮮民主主義人民共和国）
による拉致疑惑を追及する活動を開始して以来、いやがらせの電話
などを受けていたという。

荒川容疑者は「在日朝鮮人の人権と日本の民主主義を守るためだ」
などと話し、容疑を認めているという。＊＊議員は、荒川容疑者と
面識はなく、
「どうしてこんなことをされるのか。理解に苦しむ行為だ」
と話している。

１９９９年１２月１０日付朝日新聞
（ソース http://mytown.asahi.com/kanagawa/news02.asp?kiji=2289）

985 ：_：03/08/07 00:28

http://homepage.mac.com/hiroyuki45

986 ：無料動画直リン：03/08/07 00:29

http://homepage.mac.com/miku24/

987 ：_：03/08/07 00:30

http://homepage.mac.com/hiroyuki45/hankaku10.html

988 ：原理主義者：03/08/07 00:48

俺は妙に馴れ合うくらいなら、荒れるくらいがちょうどいい
と思ってるよ。情報よりの人とWetよりの人の、本音の叩き合い
なんて実際のラボではありえんからさ。
結局のところ、どちらにも欠けている知識や視点があることは
明らかなんだから、ともかくまずぶつからなきゃ、って思うよ

989 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 01:39

>>9は３年以上前の記事を、わざわざ同時に新旧スレにコピペする意図がようわからん。

ところで、研究というより実務的な要素が多い質問なんだけどシーケンス外部
委託して、出てきた配列を例えばXanagenとか三井情報とかNTTデータとかと
組んで解析しているチームがきっといくつかあるでしょ？ゲノム解析を例にあげ
ると基本的な解析は既存のツールを組み合わせててみて、（ここでは精度につ
いては問わず）他の生物の遺伝子と似てましたとか、ORFっぽいのがこんだけ
ありました、とか以外のそこから先の新しい知見を得たいとかツールの使い勝
手良くしたいとか研究者サイドが考えた場合、どう業者とコミュニケート取ってい
るの？

前に旧コンパックがBLASTのwebインターフェースみたいのを展示していたときに
研究者の意見があまり聞こえないからどうしたらいいかわからない、ってな感じの
事を営業が言ってたのが頭に残っててさ。

990 ：989：03/08/07 01:40

旧スレに書いてしまった。。。

991 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 07:47

>>988
いや、俺もpart 1から2くらいまではそう思ってたけどね…。
part 6まで来て全く同じ議論が続くのはちょっと…。

992 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 10:18

どうせ続くんだからさ、過去スレ嫁なんて不毛なこといわず、
今までの流れの要点をまとめたらどうかな？
そうすりゃ、輪廻転生議論も誘導できるっしょ。
てわけでまとめよろしく>>991

993 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 12:14

熱力学第二法則とエントロピー増大則が別の法則であることは世間では意外に知られていない。
つまり、熱力学第二法則は熱現象におけるエントロピー増大則のことなのであるが、一方エントロピー増大則は熱が関係しない現象をも対象にしており、したがって決してこれら２つの法則は同一のものではない。
それにもかかわらず世間では誤ってこの熱力学第二法則がエントロピー増大則の意味で用いられているケースが少なからず見られる。

ソース
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat32.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto/mat52.htm
http://www1.kcn.ne.jp/~mituto

994 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/07 15:27

ミチュト君。

　ところで、多くの科学法則について調べるとその名称には
学者の名前と番号を用いたもの（～の第～法則）がきわめて
多いことに気付くはずである。このような科学法則の命名法
はまさに「百害あって一利なし」なのである。なぜなら、
このような学者の名前と番号だけの法則名ではこの法則名を
見たのではそれがどんな法則かわからないからである。

まあ、これには賛成するよ。

995 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 02:41

もう終わろう

996 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/09 02:42

もう終わろう,不毛だ

997 ：大滝秀治：03/08/09 02:52

つまらん！おまえの話はつまらん！！

998 ：Login:Darwin：03/08/09 09:23

Dear Wet屋さん、原理主義者さん、他名無しさん、
お呼びだったのに、激しく遅れて済まない。残念だが、言い訳レスのみ。
＞あるインプットに「細胞っぽい」アウトプットを返す代物を作る
＞最終的に組み上げたモノが細胞として機能する
どちらかと言うと後者だ。ただ、「なるにはスレ」に書いたが、漏れはまだ、そういう事に
手をつけれない程度の香具師だし、そもそもあのカキコ自体、「生物屋としての問題意識」
をもってInfomaticsをやるケースを、ふと出てきた本から引っ張り出してきただけだ。
他の質問を無視する事になってしまった。お詫びする。
あと、963かな？以降のカキコは有意義だったと思う。知ってるのと整理できてるのは違うから。
皆に感謝。

999 ：名無しさん：03/08/09 14:34

1000 ：和郎：03/08/09 14:34

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　（ヨ）　　a　u　最　強　！　　（ E）
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