Cellを読むスレ

作ってみました。

「せる」

…読みましたが、何か？

セルってなに？

アニメで使う透明のやつです。生物学では無くてはならないものです。

>>1
おめー、スレ立てるだけじゃ駄目だっぺ。
なんか、話題出してかないと。

参考にしてね。
↓
オフィシャルセミナー「電磁気学」
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi?bbs=sci&key=980732428

Cell最新号
http://www.cell.com/current.shtml

日本からの投稿
An Unfolded Putative Transmembrane Polypeptide, which Can Lead to
Endoplasmic Reticulum Stress, Is a Substrate of Parkin
Yuzuru Imai, Mariko Soda, Haruhisa Inoue, Nobutaka Hattori,
Yoshikuni Mizuno, and Ryosuke Takahashi

はっ。みんなめざといねえ。
実は、今手元にセルがないので・・・話題提供はしばしお待ちを。

�T　マラリアの鑑別診断、病害性、治療法
マラリアは三日熱マラリア、四日熱マラリア、卵形マラリア、熱帯熱マラリアの4種に大別される。ヒトのマラリアはすべてハマダラカによって媒介され、人体内で無性生殖、蚊体内で有性生殖を行うので、ヒトが中間宿主、蚊が固有宿主である。マラリアの３大兆候は発熱、貧血、脾腫である。
�@ 三日熱マラリア
潜伏期は7〜14日で発熱周期は48時間である。発熱は悪寒期、灼熱期、発汗期を繰り返す。患者の血液塗末標本では、シュフナー斑点を持つ肥大した赤血球が見られる。成熟栄養体はアメーバ状になっている。予後は良好であるが、休眠体が存在し、根治療法を行わないと再発する。
�A 四日熱マラリア
潜伏期は30〜40日と長く、発熱周期は72時間である。症状は三日熱マラリアと同等である。血液塗末標本では赤血球の大きさは正常であるが、帯状の成熟栄養体が見られる。約50％の患者にネフローゼ症候群の併発を見る。
�B 卵形マラリア
潜伏期、症状ともに三日熱マラリアに類似している。血液標本では赤血球は卵円形を示し、シュフナー斑点が見られる。休眠体が存在し根治療法を行わないと再発する。
�C 熱帯熱マラリア
潜伏期は5〜10日で発熱周期は48時間とされているが不規則。発熱では悪寒期を欠き、灼熱期が12〜24時間も持続する。4種のマラリアの中で最も悪性であり予後不良。1つの赤血球には多数の輪状体が寄生しているのが見られ、またモーラー斑点も見られる。合併症として脳マラリアが併発することが多い。

治療は標準的治療としてクロロキン、ファンシダールを用いる。クロロキンは初回、6時間後、12時間後、24時間後に内服。ファンシダールは３錠を単回投与。
薬剤耐性マラリアの治療にはメフロキン、ハロファントリン、キニーネを用いる。
三日熱マラリアと卵形マラリアには再発防止のためプリマキンを投与する。

>>6 そ、そのセル？(汗）

>>9
教科書の「cell」なら、ちゃんと「molecular biology of the cell」っていわんと。

…とかいったら、同名のジャーナル出してくる奴がいるぜ、きっと。

>>10 もうでてます・・・

>>11 いや、MBC って言うジャーナルあるよ。

・・・ま、どのセルでもOKとしましょう。

光度計に使うキュベットのことをセルって言う人、ここにはいますか？

通読しないでも因子に受かっちゃうのはやっぱり大学院の定員が増えたからなのかな。

>>15　だろうな。チトナゲカワシ。

>14 両方使うな

６のCell論文の著者って、例のFLASHの人だよね。

映画にもあった

スレを立て直した方が･･。

どちらかとゆーと生化学系きぼん。

Cellに限らず、じゃーくらにしたら面白いと思うけど。
各個人の専門に関係する論文選んでさ。

>>21
それやると、個人が特定できそうでイヤなんだってさ。
これの108以降をご覧あれ。
↓
東大理学部生物化学科
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi?bbs=life&key=991659381

なるほど。でも、ばれるもんかな？
自分の専門ピンポイントの論文さえ選ばなければ大丈夫だと思うけど。
まあ、俺もそこまで本気でやりたいわけじゃないけど（藁
とりあえず「molecular biology of the cell」はもう読んだから却下。

Cellの日本語ハイライトページ
つくる？

おれ、ジャーナルのCellには余り関係無い分野だかんな。

>>18

その論文やばいと言う話をもう聞いた。。

Cell以外のジャーナル希望だしてくださーい。

>>26
今回も、ってこと？

age

>>26
どこがどうやばいの？？

>>26
このスレ１回目のゼミのネタにしろ。
みんなで読んでヤバいとこを議論だ（藁

げ、ちょうど読もうと思ってたやつだ。ちょっと待っててくれ。

うちの大学はCellが教科書だよ
結構分厚くってめくりにくいよ・・・・

エッセンシャル細胞生物学

がおすすめ

セルってたまにまちがってない？？
ゴルジ体のところとかさ

詳細希望＞ゴルジ体間違い

それって、日本語版？？
第２版は誤訳多かったけど、
第３版もそうなん？

golgi apparatusてなんで日本語でゴルジ体って訳したの？
原語通りならゴルジ装置じゃんねえ。

蛋白質・核酸・酵素のフラクションコレクターに掲載された
「遺伝子発現図書館」のインパクトに比べれば、どれも許容範囲

Nature日本抄録に出てきた「細胞外シグナル制御リン酸化酵素/増殖因子活性化蛋白質リン酸化酵素」もあきれたぞ

セントラルドグマを、「中心教条」
と訳した教科書もあったなあ。

>>40
うん、あれは痛かった。
機械翻訳なのかな？

>>38
実際はゴルジ装置って訳することが多いんじゃない？

小胞体っていう表現はどうよ？

>>38
ゴルジを英語で Golgi body と呼ぶこともあるのはわかって
いってるんだろうな？

日本語の用語として、この本では、「体」か「装置」か
どちらを採用することにしたか、というだけの問題かと。
直訳が必ずしも最良って訳じゃあないからな。

>>6のCell論文走り読みしてみた。
分野外＆まだマスターのペーペーなもんでよくわかんなかったんだけど、
その分野の人から見たらこの論文やっぱり怪しいの？
解説きぼ〜ん。

個人的には、基質となるPaelが正常な状態で何やってるかわかってないことと、
ドーパミン系ニューロンの局在だけでパーキンソンの原因というのは
少し弱いような気がするけど。

Nature の日本語目次ページは
やめて、もっと購読料を
さげてください。ほんとうに
よんでるかいてるやつらはあんなもの
いらない。

>>47
あの雑誌は役人も読むので、日本語ページは必須ざます。

役人は英語読まないざます。
日本語読んで理解した気になってるざます。

>>49 それでいいじゃん。

細胞内モーター関係って1999頃盛んにやられてたんですねえ。
不勉強を自覚しました。

セルスレが沈んでる！！　えひめ丸引き上げ。

みんな、セルよんでる？

夏休みにセルを読もうよ。

>>53
雑誌のセルは読んでる。

MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL の方さ、通読するのにどれくらいかけたよ？
学部の授業とかじゃなくて、因子のときなんかにさ。

２年のとき１回、３年に１回、院試前に１回よみました＞細胞の分子生物学

毎版持っているのはご愛敬（藁

それ読むより、ブラウンとボート読んだほうがいんしに役立ちそう。
けっこう内容少なくない？

ブラウンって、ゲノム？

難しすぎるのですが、
簡単に解説した書物があれば
教えて下さい。、

はじめ難しいのは当然じゃん？
がんばって３回ぐらい読めば理解できる。と思う。

セルの内容のテストがあります。
もちろん持ちこみ不可の記述。
強烈！！！！！！！
細胞小器官と、実験方法が範囲です。
死にそう・・・・・

age

テストどう？＞天使の卵

>>56
読むだけなら2週間で十分

なんかいまいち読み応えないよ。
単発的というか、系統的な教科書ではないんじゃない。

教科書に何を求めてるの？>>66

逃げ道としてエッセンスオブザセルとかあるよね……

>>67
ディラックの「量子力学」のような、
簡潔にして華麗な記述。

生物は記述の学問だからねー。
体系的に全てがわかっていれば簡潔かつ華麗にかけるだろうけど、
調べてる最中だから、それは無理というモノ。
逆にそれだからこそやりがいがあるんだよ。

x [読むだけなら2週間で十分]

... 読むだけで4週間

おまえら、The Cell読むなら英語で読め、英語で。
漏れは院試のとき買わずに済まそうとして図書館行ったら、
日本語版がなかったので、仕方なく英語版借りて勉強したが
院試終わったら英語が妙に強くなって、論文とかスラスラ読めたぞ。
まさに一鳥二石だ。でもちょっとは努力せんと二兎を追うもの、になるからな。

Cancer Cell 創刊

第４版、英語/日本語どちらでもいいんですが、出ましたか？
情報求む

出てねえ。

僕も院市のときにCellで勉強したよ。専門用語が強く
なれたし、日本語は逆に理解しずらかった

英語対策としてCellの英語版は読んだけど
生物の試験対策としては日本語版を使ったな。

はやく4版出せ

>>26
どこがどうやばいの？？

（*ﾟДﾟ）ﾊｧ・・・

スレタイトル分かりにくいよ。
「Cell (Alberts) を読むスレ」にしようよ。
おれは雑誌の Cell かと思ったぞ。
あと、Cooper の Cell ってのもあるんだぞ。
英語で読むなら、新しく出た教科書のほうがいいんじゃない？
Lodish & Baltimore とか Karp とかいろいろあるぞ。
ちなみに Alberts は来年３月で出るそうな。

相互リンク　あるいはだれかどうにかしてくださいかきこ。

Cellを読むスレ
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/994862864/l50
The Cell 4th edition
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1008256017/l50
Molecular Biology of the Cell　４ｔｈ
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1012225174/l50

...すいません。あげてしまいました。

予約とかって、生協とかAmazonにありますか？
情報きぼんぬ。

>>81
件のCellは３月末まで出ないので、いっそのこと雑誌の「Cell」を
読むスレにしちゃえばいいのに。別スレ立てても良いし。
２Ｃｈにしては結構無理があるが、ネット journal clubってのも
面白いかもね。どうよ？

>>85　温度とってください。

もっと反響がないと苦しいかな。
まさか８６さんと２人でまわすわけにもいかんし。
できれば違う分野のひとを集めればいいんだが。
漏れは神経発生が専門かな。

せるーせるーせるーせるー、せるせるせるっ、せるせるせるっ

>>88
ウルトラマンセブンとお見受けしたが、一緒に勉強したいかな？

>>89　しませう。

防寒希望！

そうねえ、では軽くアンケートとったりしましょう。
参加者を２種類に分けて、積極参加型（勉強Ｘ）と主に傍観してるけど、
適時コメントをしたい人（防寒Ｘ）でレスください。専門なんかも分かると
いいですね。勉強君が５人以上いればできるかもね。
ちなみに漏れはこうなるかな。
勉強１：神経発生、ポストゲノムバイオロジー

The　Cellを分解するコツをだれかおしえてください。
というか、厚い専門書を美しく分割する術だれかしりませんか？

>93
本の背中の糊は熱で溶けます．アイロンが便利．
ちなみにワインのラベルもね．

「Cell (Alberts) を読むスレ」ならやりたいけどなあ……。

>>93
分割したいページをめいっぱい開き、
中心（ページとページの谷）をよく切れるカミソリで、
何度も何度もなぞる。
力を入れ過ぎるとずれるので、軽めに何度も。
ほんとに切れてるのか不安になるが、
意外とすぐにカミソリが背側に貫通し、分割完了。
背中の糊がしっかり残ってくれて、再製本も不要。

でも>>94の方がラクそうだなぁ。今度やってみます。

音頭を取ろうとしてもこれじゃね・・・
企画倒れの予感大。

門外漢ですが、セル読み終わったあと何読むべき？

>>98
セル読んだのに、特定の分野に興味を見いだせないのなら、
今後いくら教科書読んでも無駄だよ。もう一回そういう目で
読み直すしかないかな？

ついでに１００ゲット！

学部１年生なんですけど,essentialとどっち読むべきですかね？

>>101
高校で生物を履修していないなら
essentialの方がいいんじゃない？
生物をあまり知らない人がいきなりcellじゃ
くじける可能性がある。

>101
そりゃcellだよ、君。しかも洋書ね。
あとファインマンも洋書で読んでおき給え。
おめーはやったのかよ、このDQNがぁ？！とは言わないでね。

>98
日本語版を読み終わったのなら、英語版を。
英語版を読み終わったのなら、分野にもよるだろうが、
とりあえず、生化学のテキストを英語で。
ヴォート、ストライヤー、マシューズ。
あと、分子系の学生ならp-chemをやりたまえ。
普通の生物系の学生と差がつくよ。

「「Molecular Biology of the Cell 4th」を読むスレ」を、やるなら
何人ぐらい賛同者が集まるかちょっと聞いてみます。

大雑把な予定としては、参加予定者は三月中（できれば上旬）に件の本を入手、
遅くても四月から開始。夏の院試前に終了するぐらいのペースってことで。
細かい予定は三月中に組むとして、
10人ぐらい参加者がいるならぜひやってみたいんですが、どうでしょうか？
一人じゃペース崩れて最後までやれなそうなもので。

誰もいないのかい？

>>104
参加したいかも、、、

>>103
洋書で読めということは、お勧めしません。
そういう高み（オレは洋書で読んでるぜ）ということは何の意味も持ちません。
とりあえず状況が俯瞰することが第一です。で、ブルーバックスでもokです。
英語に不安があるのなら、英語cellの選択もあるでしょうが。
基本は独り。けど、自信がなければ、読み会とかは有効でしょう。
私も、これで救われました。耳言葉の方が入るというか。
みんな分かってることに、自分だけ分からなくて、しょうがないから
調べるようになるし。今だと、ネットの検索でこの作業はfollowできてしまう
という状況もあります。英語で検索できるようになれば、もっと充実できるよ。

今の大学には輪読会はないんかい？

昔は学生有志で原著の教科書の訳しあいをした。
毎週当番をきめて交代で１章なり読んで行く。

できれば助手が年長の院生をコメンテーターに呼んで、
解らないところを教えてもらいながら読み進む。

１冊終わった頃には皆相当な知識量になる。
同期の友達とやるのがミソで、お互い恥かきたくないから、
ちゃんと勉強する。そういうのもいいよ。

初めてのSxxみたいな。
基本は、お互いに分からない同士でフンフンするのが良し。
変に先輩頼らずに。

>>109
尊敬する教授が話しておった。
「輪読会には必ず１人は知識ある人間を招け。
　同レベルの人間が集まっても、傷の舐め合いになるのがオチだ」と。

俺も参加したいが、あいにく3rd editionを買ってしまったゆえ。
ああ悔やまれる。でもヤフオクで安かったしー。

>104
とりあえず4th ed、買って読むつもりです。
ネット上でどうやって進めるつもりなんですか？

>>108
輪読会うちの大学に限ってはないのです。やる気のある教員が、
ゼミを開くかもしれないけど、さすがに全分野網羅するほど
教員も暇でなく、つまみ食いに終わる可能性大。
だから多少効率悪くても広い分野をやりたいなあ、
というのが個人的な望みなんですが。

>>110
>「輪読会には必ず１人は知識ある人間を招け。
>　同レベルの人間が集まっても、傷の舐め合いになるのがオチだ」と。
至極妥当な話しだと思います。

英語圏在住で分子生物学の知識もバッチリかつ後輩指導に意欲的な
ポスドクその他が自主的に協力してくれると大助かりなんだけども、
そんなうまい話は転がってないよな……。

113も書きこんだのは104でした。

>>111
担当を割り振って全訳するとなると、ネット(というか2ch)では
あまり現実的でないでしょう。入力量とか著作権とかの関係で。

で、これに参加してくれそうな人は院試前のB4か、
勉強しなおしたい院生か、だいたいそこら辺だと思うんですよ。
つまり英語力にしろ分子生物学の知識にしろ、そこそこ基礎ができてる人
なので、わからない部分ってのも限られて来ると思うのです。だから、

1.一週間ぐらいのタームにわけて、範囲と担当者を決め、
　その間に全員でわからないところを出し合う。
2.次のタームの間に担当者がその部分を死に物狂いで訳してくる。
3.担当者がそれを書きこむ。

そして範囲をA、B、C……として、Aの2〜3の作業とBの1の作業は
同じタームに。といった漠然とした流れを考えていたのですが、
議論の余地はいくらでもありますね。

人があつまったら詳しく話し合いたいと思います。
人が集まったら。

人材募集あげ

あってやるの？ネットでやるの？
あってやるなら地域はどこ？

ネットで。全部終わったらオフ会ぐらいするかもしらんが。
基本的にオンラインオンリーで。

セルくらい、一人で根性出して全部読んでください。

参加きぼー

参加希望します。ちなみに今度Ｄ２です。今何人いるんですか？３人？４人？
>>114の方法は本当に動くようならばきちんと決めませんか？

>>120
大雑把に見て「参加したいかも」の106と「参加きぼー」の119、
そんで言い出しっぺの104（俺）にあなた加えて4人です。
ダブってなくてかつ全員本気であるならば、の話ですが。
で、話し合うにしても、もうちょっと人数必要だと思うんですがいかがですか。

というわけで希望者募集。以下要綱。
3/1発売予定（あと10日）の「Molecular Biology of the Cell / 4th edition」を
ネット上で共同で読み進めたいという方募集。
期間は数ヶ月。参加資格は上記の本を購入する等して
閲覧できる状態になる予定であること。
草案は>>114参照のこと。参加希望の方はこのスレに書きこみをしてください。

全く反応ないでやんの。

皆さん、日本語でセルよんだときにノートかパソコンにまとめました？
もしくは問題をといてそこのところを重点的によみました？

cellって雑誌のほうじゃないのか

このスレの後半のほうの書き込みはほとんどMBCのほうだとおもいます。

MBCってのは一般的な略称なのか？

当方厨房。以上　　

>>124
まとめようと頑張ったこともあったけど量が多すぎて挫折。
自分ができなかったからって言うわけじゃないけど
分野絞らないと無理・・・。

>124 コピーしてノートに貼ったりしてまとめたよ。
でも、あんまりおすすめしません。
むしろ、さっさと全部読んで次のテキストにいきましょう。
どっちみち、何冊かごっついテキスト読まないと、
なかなか基礎を網羅的に勉強できないし。

>>129 139
ありがとうございます！がんばります

第四版発売前日上げ

うぎゃあ！！！

みなさん、cellの4thってペーパーバック版とハードカバー版の
どっちを買います？

え？！
セルとうとうでるの？？
あした？
まじで！！
待っててよかったぁ。。。

ネット輪読会（Molecular Biology of the Cell 4th）参加者募集。
詳しくは　>>122

>>132
さっきamazonで確認してみたら3/15発売になっとったで。
このままずるずる延期とかしなきゃいいけど。

通常本の出版は遅れるもんだよ。
漏れも半年待ったことあるよ。

>>137
つーか、最初はおととし出るって聞いてたんだけどね…。
いくらなんでも、いいかげん出して欲しいなぁ。

みんな、バーンズアンドノーブルズで4月15日って言ってるぞ。
なめすぎだ。２ちゃんぱわーで抗議のｅ−ｍａｉｌだー。

日本語で抗議してもよろしゅうございますか？

amazonでは3月っしょ。アマゾンとかに届くのがそんなにちがうってことないよね。

やっぱ延期になったんだ…

輪読会ってやるだけ無意味。

ばーんずあんどのーぶるずで、in stockになってたのでさっき注文してみた。
ちなみに２０％オフ。
ちゃんと近日中に届いたら報告いたす。

期待してます。＞報告

ていうかamazon見たらもう発売中になってるし。
ちょっと生協の本屋見てきます。

>>146
ほんとだね。

英語なんて読めねえよ(怒)

>>148
そう、怒るな。

俺様は英語なんて読めねえよ（鬱）って感じです。

amazonで注文したら「到着は四月にずれこむこともあります」だと。

>>151
海外から取り寄せるのかな。。

ばーんずあんどのーぶるずから、発送しましたとのメールがきました。
来週中にはくる予定。
が、しかし。
Walmart.comでは、なんと３０％オフ。。。
在米君は、そこで買うべし。
日本への発送をしてるかどうか、定かではありません。

発送してても郵送料でトントンぐらいになりそうですな。
ちなみにamazonは和も米も全く割り引いていやがりませんでした。

いや英語の場合さ、読めても頭に残んないんだよね・・・
その辺が致命的。

届いたｙｏ！
詳細は後ほど。。

>>155
それじゃ論文も読めないんじゃ……。

>>156
期待

http://www.wallmart.com/

こちらでCellが3割引です！

えーっと、まず初めに。
分厚くなった印象です。１５００ページに近いですね。
一通り目を通して、特に、クロマチン関連の記述と、
細胞内情報伝達の記述が細かくなったのに気づきました。
全体的に、フィギュアはきめが細かくなったというか、写真の選びかたなどが、
良くなっています。前版で、記述が荒かった部分は、フィギュアを書き換えてますね。
glycolysisやクエン酸回路のパネルは格段に良くなりました。
ぱっと目を通しただけなので、内容はこんなとこかな。
あ、あとmethodsの章もよくなった気がするよ。とくに顕微鏡は、
顕微鏡の写真が入って、イメージがつかみやすくなったような気がする。

Molecular cell biologyと比較すると、
もともと僕がセル派だというのもあるが、明らかに、この4版の方が、
良いですね。図の細かさと新しさははるかに上だと思う。

で、結論としては、3版持ってても買うべし。
重複は当然さけられないが、明らかに3版は古いですから。

でも高いよ・・・。

うちのラボにcellしか読まない馬鹿女がいる。
正確にはコピーして眺めてるだけ。
cellは必ずしも自分の実験に役立つ訳ではないのに（笑）

>>161
で？

>>162
見てて不愉快。
3年間なにもせず机に向かって雑誌読んだりしてるだけ。
ロンダ女は嫌だね、東邦死ね

そいつをｦﾁして文句たれてる奴も嫌だね。

何で不愉快になるかよくわからん。
別に不利益こうむってるわけでもないのに。

>>163
俺はあんたを見てて不愉快。
わざわざ場違いなとこに出てきて
俺の目にとまらないだけどれほどその女性の方がましか。

荒れてますね。はい。

>>144さん
電子ブック版ってやっぱりないですよねー。
か弱いから持ち歩けなかったり（涙
CD-ROMってついてました？

>167
ガーランドのＨＰを見る限り、ないですね。
CD-ROMはついてます。よいできですが、あくまでも、サプリメンタリーなものですね。
確かに、持ち歩くには重過ぎます。。。

>>144さん
ありがとうございます。
重すぎる故にEssential版を買ってしまったし・・・。
高価な本だけに著作権関連問題で電子ブック版は、まだまだかもしれませんね。
ちょっとだけ期待して気長に待ってみます。

本を分割するって手もあるんでは。
なんかこのスレの前の方でそういう話があった。

そういや輪読会参加者募集。
要綱は>>122
にしても乗り気の人あまりいませんな。

ってsageてどうする。age。

>>166
普通、cellは論文の方を指すだろ。
馬鹿かてめえ。
The cellの話してんじゃねえよ。

あ、今ウワサの 4th ってやっぱり英語版なんですか？
日本語版はいつでるんでしょう？

8ヶ月遅れ。

thx!

>172
話の流れが全く読めません。

話の流れがまったく読めてません。

>>170
とりあえずここに一人います。

>>172
普通、ログ読んでからレスするだろ。
馬鹿かてめえ。
論文の話してんじゃねえよ。

>>178
これで参加者は、え〜と、何人なんだろ。
4版も発売もされたことだし、そろそろ具体的な話に入ろうと思うのですが、
いかがでしょう＞参加希望の諸氏
ちなみに件の本、自分は来週中に入手予定なのです。

大学の生協等で見かけた方います？

12000円弱で売ってたよ。

>182
ありがとうございます。
当方、外研なもので・・・

届きました　参加きぼうです。
名無しゲノム・・・で、前のほうでもおいら希望してたから重複してカウントしないでね

電気工学科なのに研究室にこの本があった。

英語版はいくらですか？

来週中に大学に買いに行きたいと思ってます。
４月までには手に入れたいと思ってます。で、参加希望です。

自分も入手しました。とりあえず裏表紙の写真は誰が誰なのかさっぱりわかりません。
それで、進行の仕方の草案は >>114 に書いたような感じなので参加希望者は
参照してください。これについて意見があったらお願いします。
というか意見してください。

特にペースに関しての話し合いが、進行に際して重要だと思います。
期間は一応「4月〜夏の院試前（八月上旬ぐらいか？」を想定していますが、
これも決定事項ではありません。

あと、参加希望の方は固定ナンバーでもコテハンでもトリップでもいいんで
人数把握するのに必要な情報を提供してくださいまし。

早速なんですが、114で
>2.次のタームの間に担当者がその部分を死に物狂いで訳してくる。
と書いたんですが、「その部分を死に物狂いで訳してくる。」を
「その部分の説明を考えてくる」に直したいと思います。
他のスレを読んで考えるところがありましたもので。細かいことですが。

言っといて固定ナンバーいれるの忘れました。189も104です。

>>186
定価約$100

age

$100もすんの？
前の版って$75くらいで買った気がするぞ。

USの定価$102だけど、日本国外通販ならもうちっと安いのでは。
ちなみにamazon.co.jpだと定価（13000円です）。

きぼー
ちなみに医学部学士入学うけたいので、7月上旬までにメイン的なテーマやりたい気がします

これが日本語版になるといくら位になるのかなー？
3rd が 20 k だったから、やっぱりそれ以上？

>>184
内容記憶に重点を置いた読みをするといいですよ。頑張ってください。

>>184
もう本を入手されたようなので、そのメイン的なテーマというのが
具体的にどことか言ってもらえるとわかりやすいんですが。
医学部学士の入試問題って見たことないので。
ぱっと見た感じPART1（かなり初歩の話だし、生化学等の教科書の方が
記述が詳しいから）は後回しにしてもいいと思うけど。

あと、まだを第四版入手していないけど話し合いに参加したい、という方が
いたら章のタイトルぐらいは書き出しますのでその旨書きこんでください。

わたしも4版入手したので参加したいです。
夏に学歴ロンダに挑戦する予定なので(自虐

京大生協で、いまなら9600円 (税別)
でcellの第４版が手に入ります。

>>199
安いね。まあ、京都までいける訳がないが。。。

えっ、東大生協は１万円ちょいだったのに…。
coverは銀色になったんだねぇ。

>>201
しかもThe Cellの文字が浮かび上がってる。

章のタイトルとか教えてください

http://www.garlandscience.com/MBoC4/about.html

>>194
学歴ロンダ上等です。

>>203
204氏のリンク先にありますな。
http://www.garlandscience.com/MBoC4/contents.html

もっと詳しいのは
http://www.garlandscience.com/pdfs/mboc4tocfull.pdf

3rdはアビーロード。
4thはサージェントペッパーズロンリーハーツクラブバンド。

↑、誰の趣味なんかね？

上のリンク見ました。
で、IIのbasic genetic mechanismからでいいんですか？
全２５章のうち、３つ飛ばして、残り２１章。→１章/weekで５ヶ月ぐらい。
院試受験予定者がいるようだけど、これで大丈夫なのかな？

104、184、198と私の４人ですか。
本日、買いに行ってきます。
あまり時間の無い人もいるので４月のアタマから始めましょう。

4人で、オンラインで、いったいどうやってやるの？

私も入れてください。

>4月の頭から
了解です。

ところで、どうやってやるの？
もちまわり？　
個別に読んで感想会?

長文失礼します。

開始は5人でも、やってく内に多少は増えていくんじゃないんでしょうかね。
書き込みしてる人たちが本気かどうか見極めようと
してる人も少しはいると思うのですよ。希望的観測ですが。

次にペースの話です。
章ごとのページ数を確認したところ最大30〜102頁と結構幅がありまして、
50頁以下の章を週に2つこなすことにすると18週で終わるのです。
計算間違ってたらすいません。
それに、ページ数は目次を引き算してだした値なので、
読む労力と必ずしも比例しないかもしれません。
それだと期間は4/1〜8/4ってことになります。
正直、このペースだと結構キツいんですが（英語苦手なもので）
院試のことを考えるとこの辺が妥当な所かと。

ただ、これだと章が飛び飛びになるので、
順番どうしましょうね。以下50頁以下の一覧です。
4-44P、10-36P、11-32P、12-44P、17-44P、18-38P、20-30P、25-39P

進行方法なんですが、>>114案か、
あるいは「独習と相互補助が基本。スレッド最大の目的はペースメーカー」
といったものすごく大雑把なものにするかのどっちかですかねえ。

誤字多くてすんません。

>104
ここでやるの？
いまいちどうやってやるのかわからんぞ。

和訳プロジェクトみたいなもんでいいのじゃ？

また長文失礼。でもageます。

>>214
新しいスレッド立てるかもしれませんが
特に問題なければ、ここ「cellを読むスレ」でやります。
つまりは生物板＠2chでやります。オフラインは全く使わない予定です。

進行方法の案は、まず一週間ごとに読む範囲を決めてから
・「各自その範囲を読む→その週の範囲で分からないところをスレに書く
　→誰かが解説する」というのを繰り返して最後まで読む方法
・「各自その範囲を読む→その週の範囲で分からないところをスレに書く
　→その週の担当者がその部分を説明する」というのを
　繰り返して最後まで読む方法

の二つを考えてます。スレッドの役割は、読んでいくペースを保つのと、
わからないところを教え合うためのもの、という二つを想定しています。
全訳を2chに書き込んだり、参加者に特定の範囲を任せて
講義形式でやる、というのは、自分的には考えてないのですが。
つまり「輪読会」というのとはちと違うものかもしれません。

>>215
和訳プロジェクトというのとは性質が違うと思います。
大方の参加者の目的はは「Molecular Biology of the Cell 4th」の
内容を理解すること、あるいは学術用語を覚えたりすることであって
和訳することが目的ってわけではないでしょうから。

>>参加希望者各位
上に書いたような内容を言い出しっぺの自分（104）は考えているのですが、
「自分はこういうもんだと思っていた」とか、そういう類の齟齬
があったらなるべく早く書き込んでください。

>216
なるほどね。ここでやると荒らされるのでは？
ともかく、本買った人で、内容、英語とも分かってる人が書き込んでくれることもあるだろうし、
そのフォーマットはよさそうだね。
当方時間がないので参加しませんが、面白そうだな、と思います。
分かるところがあれば、お手伝いできるかもしれません。

>217
荒らされるのがイヤな人はここには来ないのでは？
いろいろな人がいる分、いろいろなコメントも聞けると思うのですが。
私自身はそういうところに少なからず期待しています。
視野を広げるためにとりあえず一通り読むつもりだし、
あまり急いではいないけれど参加しようかなと。
ペースはちときつそうだけど。
あと、院試予定者の素朴な疑問にも興味があります。
参加者はとにかく些細なことでも疑問を出すようにしましょう。

>104
私は概略はそれでいいと思います。
あと「担当者が解説する」→「間違ってたら誰かが突っ込む」がいいと思います。
疑問を出したけど、レスがつかなかったってなったら、
その人の疑問が解決されずに残りそうだから。
５週に１回担当になるぐらいなら何とかなると思いますし。

順番だけど、PartIIとPartIIIは順番通り進めませんか？
4章の44pもペースを掴むためにはいいと思います。
基本のところはやはり順番にやった方がいいと思います。
そのあとのPartIVとPartVの順番は適当でいいと今のところ思ってます。

>>217
気が向いたときは是非お願いします。

>111
確かに担当制じゃないと放置されることもありそうですね。
あと順番に関してはPART2と3→順番どおり、
PART4と5は分量が少ないのをまとめて、適当な順番で進める、
ということで賛成です。

まあ、決定は他の参加者の意見を聞いてからにしたいですが。
それと、僕と111さんはコンスタントに毎日見てるみたいですけど
他の参加者はどれぐらいの頻度でここ見てるんでしょう。
参加表明したけどいつの間にか話が進んでた、
とかいうことになってなきゃいいんですけど。

あと引き続き参加希望者募集中です。

自分で言っといて固定ナンバーいつも忘れるなあ。219は104です。

開始十日前age

一番新しいCellに載ってるβカテニンの論文
アメリカの研究室の論文だけれど、
著者がみんな中国人だ

>>966
珍しくもないんじゃないの？ふつうだ。

cellの３ｒｄと４ｔｈどこが変わってた？
だいぶ中身変わってた？

>>224
>>159がちょっと言及してます。

ありがとう

予定表とページ数をあげておきます。週の開始日、章、ページ数、の順です。
9章までは順番どおりです。10章以降の50頁以下の章は、ページ数が
多くなりすぎないように組み合わせてみました。21章は特に量が多いので、
量が少ない週に挟んでみました。

で、一週目の担当なんですが、やっぱ言い出しっぺの僕ですかね。
打たれ弱いMなので間違ったらボコボコにしてください。多分喜びます。

4/1　c.4　44P
4/8　c.5　64P
4/15　c.6　76P
4/22　c.7　94P
4/29　c.8　94P
5/6　c.9　79P
5/13　c.10,12　80P
5/20　c.11,17　76P
5/27　c.13　52P
6/3　c.21　102P
6/10　c.14　56P
6/17　c.15　76P
6/24　c.16　76P
7/1　c.18,25　77P
7/8　c.19　52P
7/15　c.20,23　80P
7/22　c.22　54P
7/29　c.24　60P

>>227
cell のISBN教えて。

>104
全く知らない分野を他人に説明するのは難しいから、
Ｍ以上の人には基礎知識ある分野を挙げてもらった方がいいのでは？
（そういうやり方もアリだとは思いますけど、いかんせん日程がちとキツイです）
最初はある程度の型を作ると言う意味でも104に是非やっていただきたいですが。

ちなみに、私はc10〜13、15、（あとあまり自信ないけど21）
あたりならば、おそらく一読すればだいたい理解できるはず。
もちろん、それ以外のところでも引き受けさせていただきますが。。。

それよりも今のところ私と104しかほとんど出てきませんが、
他の参加予定者の方は普段からここ見ているんでしょうか？

あぶない、あぶない。
今見ました。
上の件、了解です。

>>228
0815332181

>>111
いや、打たれ弱いMってのはマゾって意味でして。
自分は来年B4なんですよ。基礎知識があるなんていってしまえる
分野はほとんどないんです。でもまあいざとなったら第三版の
日本語版があるし、それでも見て説明しようかなあ、なんてノリでした。

ではc10〜13、15、21を担当していただけますか？

>>178
というわけで基礎知識がありそうな章の担当になってください。
なくても興味がある分野ならそこでいいです。できれば4章分ぐらい。

この本って、まったくの門外漢 (高校時代の知識もおぼつかない) が
ほんのちょっとした教養目的で読もうとするには重すぎますでしょうか?


それはともかく、なかなか面白そうな試みですね。
頑張って下さいませ。

時間ができたのでだーっと見ました。
もし異論がなければc6〜7、20、22をやらせていただこうかと思います。
あんまり得意なとこではないんですけどよろしく(苦笑

>111
学年はあまり関係ないでしょう。
とにかくみんなで勉強できればいいわけですから。
担当、とりあえず引き受けます。
担当はとりあえずで、分かることがあれば
担当じゃなくてもどんどんフォローを入れていくようにしましょう。
（担当はとにかく分からなくても分からないと必ずレスを付けるようにしましょう）
但し、Cellに書いてあることは聞きませんよ（w
それに3rd edから追加された部分の方が質問たくさん出ると思いますよ。。。

>232
実験の詳しいやり方だとか、厳密な議論等は省かれていて、
どのような概念で、どのように話が流れているのかということに主眼がおかれていると思いますので、
どこまでを教養とするのかわかりませんが、読み物として読んでも面白いと思います。

184はどうなったんでしょう？
いますか？消えました？

5,17,18,20章を希望します。
基礎知識はないです。
勉強したいのでいい機会として活用したいです。
上の予定だと他の章も担当せざるを得なくなりそうですが、
できれば避けたいです。
もう固定されてしまったのでしたらやむをえないかな。がんばります。

>>234
ありがとうございます。
まさに私が求めているような内容のようです。
(分量はさておき)

このスレの解説を参照しつつ読んでみますかな…

では担当の表は以下の通りで。暫定ですが。
184が4/1までに再登場しなかったら、
あとひとつ担当の章を増やしてください。余った所を僕が担当します。
しかし、23〜25辺りは医学部の学士入学する、とか言ってた184が
担当してくれるとちょうどいい塩梅だと思いますなあ。

104/4
111/10,11,12,13,15,21
178/5,17,18,20
198/6,7,20,22
未決/8,9,14,16,19,23,24,25

>198
すみません気が付きませんで、かぶってました。＞c20
私は他の章を探します。

c20の替わりにc23, cancerにします。
よろしくお願いします。

んと、184の動静がわからないので、自分の担当分にc19を追加しておきます。

c8、9、16、私自身どれでもかまいません。
104がやりたいところをやって、上記のものの中で余ったもので良いです。
とりあえず8、9ってコトにしときますか。
178がこれ以上やりたくないのであれば私が上記の中から２つ引き受けても良いです。
但し、何度も言いますが、担当はレスをつけることのみが決まりです。
「私も分かりません」もアリにしておきましょう。
（なるべくそのようなことがないように私自身はしますけど）

とりあえず明日から本格始動ですが、私自身、ラボの環境が変わったため、
暫くは１日に何度ものぞきに来ることが出来ないかもしれません。。。
かなり大変だとは思いますが、参加される諸氏は最後まで頑張り通しましょう。

上の、打ち間違えて支離滅裂な文章ですが許してください。

西日本のとある大学生協では税抜￥9,800でした。
京大生協よりも￥200高いですね(藁）

自分は医学部卒で、国家試験の合格発表まで暇なのと、いままで生物はカナーリ不勉強だったのでのほほーんと英語版Molecular Biology of the Cell 4th.を読んでいきます。

多分、大学院には四年後にいくので、それまでに何回か通読できればなあと思っています。

とりあえずMBoC4読書会の本格始動ということでご挨拶をば。

担当の仕事は各参加者の質問に対し
>>111
>担当はレスをつけることのみが決まりです。
>私も分かりません」もアリにしておきましょう。
質問はその章についての読書期間（>>227）中に。
レスはその章を読んだ翌週までに、
というのを原則にしていきましょう。
あくまで原則で、レスにレスがついて長引いたりするのは
もちろんありです。

ではみなさま、向こう四ヶ月ちょっとよろしくお願いします。

英語版もってます

>>245
だったら、参加しようｙｏ！

おもしろそうですね。
生物学とはまったく関係ない、文系の学部生ですが、
CELLは読んでみたいなーって思ってました。
ちと様子を見て、ついていけそうな感じだったら参加したいな。

>>247
右に同じ。おれもつい買っちゃったよ

あ、なんかすっかり書いたつもりになっていましたが
担当するところは16,19,24,25ということで。
8と9はお願いします>>111

ところでみなさま進行具合どうですか。僕はボチボチです。

3rd edから結構追加されましたね。
立体構造の図がかなり増えたように思います。（c4のみではなく）
histone code仮説も大まかに解説はされていました。
現在、盛んに研究がなされている分野だけに
もう少し詳しい解説も読みたいところですが、
とりあえず先に進んでいます。

やっぱり、The Cellはいいテキストですね。
前版を読んでかなり日が経ってるのもあって、忘れてる事項とか多くて、
ちょっと情けなくなりつつも、時々目を通してます。
みなさん、がんばって読みほしてください。

さあて第一週も最終日になりましたが全く疑問点がないようなので
担当の仕事しないまま終わってしまいそうですな。

しかし使ってる辞書の語彙が少ないので専門用語は苦労しますなあ。
endoplasmic reticulumが「細胞質中の網状組織」とかなるし。
まあその通りなんだけど。英和辞書→生物学辞典という2ステップが面倒です。
リーダースと生物学辞典が入ってる電子辞書とかあれば絶対買うのに。

なんとも低調だな。。。このまま自然消滅しそうだ。
最近、面白くて少しだけど勉強していた部分がほとんどだったので
c4はだいたいツラツラ読めてしまいました。
とりあえず次のchapterではくだらないことですが少し質問するつもりです。

あと、104は和訳しているんですか？用語なんかを調べるには
On lineですが「Life sicence辞書」が結構使えると思います。
ERぐらいは一発で出ると思いますよ。
検索かければすぐ出てくると思いますよ。
以前はずーっとつなげっぱなしで読んでいましたし、今でもお世話になることがあります。
あと、アルクのon line辞書も結構使えます。（病名や生物名、簡単な解剖学用語等）
他にも解剖学の用語を調べるところがあったのですが、忘れました。

いや基本的に文章自体は和訳してませんよ。
まあ、関係代名詞とかがゴチャゴチャしてて英文のままだと
文意がとりづらい時とかは右から読むこともありますけど。

でも、専門用語（というか直訳でない
和訳がありそうな単語）は例外で一応全部調べてるのです。
英単語のままそれらを覚えきる自信がないし、
英単語のままだと既に日本語で持ってる知識と
一致しないことがあるかもしれないし、
何より院試は日本語だし、とまあそんな理由からです。

あとアルクのオンライン辞書って英辞郎ですよね。
そういや、ずいぶん前にダウンロードしたけど使ってませんでした。
c.5じゃそれを使ってやってみます。

それではMBoC4読書会。第二週、c.5、担当178。開始、ということで。

>１０４
104は学部生の方でしたね。
もし、The Cellを最初からすべて英語で読むのであれば、
何章か経ったあたりから、すべて英語で覚えていけるようになるはずです。
用語を日本語に置き換える作業は面倒ですし、
ここは辛抱なさって、英語で覚える習慣を身につけるべきです。
あと、英文に慣れるためには、常に読み下しをして、
決してかえり読みをしないことです。
The Cellはきわめて明瞭な英語でかかれていますから
（もっとも科学英語ってのはそういうものですが）
量を重ねていくうちに、慣れるはずです。

偉そうに、と思われるかもしれませんが、
小生、学部時代に、The Cellとストライヤーは英語で
読みましたし、現在、テキストはすべて英語です。
もともと英語力に乏しかったので、最初は苦労しましたが、
続ければ、慣れるものです。
ここで、がんばって全部読もうとされているみなさんの
意気込みは素晴らしいものです。
がんばって、英語の読解が苦にならないレベルに達してください。

はい、私の担当になりました。Ｃ５です。よろしくお願いします。

では最初の質問します。
fig.5-40には元DNAから娘DNAへhistoneが分配されるコトが示されていますが、
図を見るとhistoneは一個おきに両娘DNAへ等分配されています。
この図はただしいのでしょうか？

いいスレですね

はい、今読みました。
即答できません。
しばし時間ください。がんばります。
他にも質問あったら書いてください。
できるかぎりがんばります。

べつに荒らすつもりは毛頭ないが、

君たち教科書よむのにこれだけ労力ついやしていると、将来みこみないよ。
The cellじゃなくてCell PressのCellならいいんだが。
教科書を一通り読むことに執着するっていうのは、受け身の勉強癖がぬけてない証拠。研究っていうのは学校でやるもんじゃない。
論文を読む→わからない→引用文献をひととおり読む→わからない→教科書を読む
これが本筋ではないか。

教科書を一通り理解してから、研究というちみたちの姿勢ははっきりいってやばい。
研究と平行して教科書の輪読を行うのもいいが、必死な連中ならそんなことは自分でやっている。

決して荒らすつもりはないが、危惧したので念のため。
学部生たちであることを祈るのみ。もし修士や博士課程の連中であればおわり。

>>261
確かにそのような意見もあるでしょう。

しかし、最近なるほどなと思った意見も紹介させてもらいます。

”このような個人的体験をもとに、学部の学生さん達にはいつもこう言う。
「君らは、天才じゃぁないだろう。　凡人だろう。　凡人が科学の上でオリジナリティーと呼ばれるものを発揮する道
は一つしかない。
　まず、学部の学生の間に、徹底的に体系だった教科書的知識を勉強しなさい。
　その体系の上に何かユニークな真実をいくらか積み上げることができれば、それが凡人が作り出せる最高のオリジナリティーだ。
　最新の論文に左右されちゃぁいけない。
　論文は、本質的な問題で人がやっていないところを見つけだすために読むぐらいの気持ちでよい」と。”

これは、以前にここの生物板からだれかがリンクを貼っていた京大医学系大学院の月田先生(分子細胞情報）
http://cell.mfour.med.kyoto-u.ac.jp/new-pub/tubuyaki-5.html
が書かれたものです。

他にもここを読まれるのも良いかと。
http://cell.mfour.med.kyoto-u.ac.jp/new-pub/tubuyaki-2.html
僕は、医学部出身(京大ではありません:藁）ですが、↑ここで言われていることになるほどと思ったので、少しずつcellを読んでいこうかなと思いました。
まだ院生ではありませんが、将来役に立つと思ったので、、。

医学部「出身」なのか？それじゃますますヤバい。

教科書は重要だよ。一番まとまってて理解しやすい。
基礎なくして最新の論文ばかり追っかけていては、ぱっぱらぱー。

漏れの先生は言っていたよ。
まず、研究をするには問題を見つけなくてはならない。
自分が取り組むに値する問題だ。
では、どうやったらその問題を見つけられるのか？
答えは教科書に書いてある。
教科書を読めば、なんでもかんでも書いてあるわけではなく、
〇〇に関しては未だにわかっていない、という記述が
たくさんあるはずだ。
その中から自分が最も興味をもったものを解決させようと
するのも一つの方法。

いきなり論文なんて読んだって大きな枠組みで問題を
とらえるのは難しい。なんせ最初は論文を読むのに必至
だから。
その点教科書なら英語であれ読むのは簡単だからね。

最新の論文ばかり読んでいてもその論文が大枠でどういう
問題の解決に向かっていて、それがその大問題の解決に
おいてどういう役割を果たしているのかもわからず
ひたすら各論のようにこの論文ではＡと言っていた。
あの論文ではＢと言っていた。そんなんじゃイミネェ。

>>261
君のように基礎をおろそかにするやつの方がよほどアヤシイぞ。
だいたい、論文読むのにも最低限の知識がいるでしょう？
The Cellは、最低限知っておこうというものがうまくまとめられた本だから、
それを読んで一通りの知識をつけることは、
将来の研究についても役に立つはず。
それに、ここで読もうとしてる子達は、4ヶ月でThe Cellを読もうとがんばってる。
それだけ、がんばって勉強する意欲が大事だと思うしね。
あんたも、専門バカにならんように、たまには、テキストでもよみたまえ。

>>261
これまでに261へレスをつけた人のうち、何人が参加者なのか分かりませんが。。。

私はＤ２です。仰られるとおり、おわっているdqnな学生です。
しかし、そんなdqnでもＤ２になれば60〜80p/wk程度なら、読むのにそんなに苦労していません。
それともあなたは教科書を読むのに、そんなに苦労して読んでいらっしゃるのでしょうか？
輪読はラボの研究テーマに沿った教科書を使ってラボでもやっています。
私自身はそれだけでは物足りない、視野を広げたいと思うからThe Cellを読んでいます。
3rd ed発売から現時点までの進歩を考えれば4th edは読んでおいた方がいいと判断しました。
実際に3rd edから多くの部分に追加がなされています。
まだ読み始めですが、読んで良かったと思っています。

ここでやっているのは基本的にペース作り程度です。
勉強は各々が各々のやり方でやっているはずです。
普通のラボでやっているような輪読とは違うと思います。
とりあえず疑問を出して、それに答えるということはやろうとしていますが、
レスをつけるコトだけが約束で、答えるかどうかは担当しだいということになっています。
私は最後まできちんと読み続けるためのモチベーション維持のために参加してます。

私以外は確か、学部生のハズです。
未来ある彼らのためにも、何かアドバイス、ご示唆等ありましたら
今後もよろしくお願いいたします。

１１１さん。雑音を気にせずどんどん読み進んでくださいね。

ヒストンの件は調べがつきにくいようなら、下記で聞いて頂ければ結構です。
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1011043038/l50

このスレが続いてno.2になったらスレのタイトルはCellじゃなくてThe Cellにした方が良いよ。
Cellと言ったら普通はあのCellだよ。
がんばってね。影ながら応援してるよ、後輩たち。

静観決め込んでたんで僕は書き込みしてませんが。
それにしてもこのスレ見てる方結構いらっしゃるんですね。意外でした。

あとc.5の質問、土曜か日曜辺りに書き込もうかと思ってます。
雑用に追われてちょっと遅れ気味なのです。

>>261
のような議論ができるのも、良スレの証拠かも

ここで輪読しようとしてる人たちの学年が知りたいです。
もうぼちぼち、しっかり勉強せにゃと思ってたときにこの板を発見しました。
今からってやっぱ遅いんだろか？　特研決めなきゃいけないし。

特研って何？

>178
258の質問ですが、時間が無かったにしても
あまり良い質問のしかたじゃなかったですね。
きちんとやります。

説明のため、便宜的に以下のようにします。
DNA二本鎖　　　　　複製されて出来る娘DNA二本鎖
A:B　　　　　　　　　　　　　A:B' A':B

A:Bに結合しているヒストンがどちらかの娘DNAへ等確率で分配されるのであれば、
全体としてA:Bに結合していたヒストンはA:B'とA':Bへ同じ数分配されるはず。
しかし、一個おきにA:B'とA':Bへ分配されるとなると
等確率で分配されているのみならず、
ヒストンは一個おきにAもしくはBに選択的に強く結合していなければならない。
しかしながら、c4ではそのような解説はなく、
単純に水素結合で二本鎖に結合しいるとあった。
とすれば、fig5-40の一個おきに分配される図は間違いなのでは？
知らないならそれでいいです。いわゆる「素朴な疑問」ですから。

>268
ありがとうございます。
しかしながら、他のスレまで汚す気は無いので、
ここのスレのみでやっていこうと自分では思っています。
また、もしも（無いかも知れないけど）
２人が同じ疑問を持ち、片方が別スレに出張して質問してしまうと
もう片方の人が分からないままになってしまうと思いますので。。。
それに、自分自身は他のスレで質問するのなら
もっときちんと勉強してからにしたいと思っています。

良スレだ〜
応援してるぞ

しかし欲を言うと、おれはてっきり担当者が読んだ範囲の内容を
分かりやすいように解説してくれるスレ
(≒ Cell で自主ゼミをやるスレ) だと思ってた。


まぁ、それをここでやると膨大な書き込み量になっちゃうから、
とても現実的ではないんだけれども。

>>274
質問を読んで、私も気になったので、ちょこっと調べてみました。
古いnucleosomeは娘ＤＮＡにランダムに分配されるようです。
メカニズムはよく分かってないようですが。
で、ランダムに配分されるということは、等分されるということでしょう。
で、テキストに載せる図としては、一つおきに分配されるように描くのが、
もっともあたりさわりがないと考えてのFig5-40,41と思います。
（もしどちらかにたくさん載ってるように描くと誤解の元になるでしょうから）
あと、ヒストンは娘ＤＮＡへの移行の際には、
ゆるくＤＮＡに結合してるものと考えられているようです。

>277
解説、ありがとうございます。

お話にありましたfig.5-41の一番下の図で
片側の娘DNAのみアセチル化がはずれないヒストンがありますが、
DNAのメチル化とは違ってヒストンの修飾は複製されないようですね。
そうなると修飾が付いたヒストンがどちらに行くかで
細胞の運命が多少なりとも変わる気がします。
（そうならばどちらかの親DNA鎖に選択的に結合していても良いとは思ってたのですが）

この辺りの話は現在、盛んに研究が成されているようなので、
今後も出来る限りフォローしていきたいと思います。
どうもありがとうございました。

第三週、c.6、担当は198お願いします。

あんまりスレ伸ばしに貢献してないので軽く感想でも。
c.4はすんなり読み終わったんですが
c.5はちょっと量が多くて時間がかかりました。
でも枚数だけみたらこれ結構少ない週なんですよね。
先が思いやられます。全部理解してるとはとても思えないし。
まあ一回読んだだけで済むとは思ってないけど。

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198です。c6いきます。よろしくおねがいします。
先週風邪ひいてぶっ倒れていたせいでちょっと詰まってます(苦笑)
しかしリーダーズのでぢたる版欲しいなあ。英辞郎はちょっとナニだ。

あまり真面目な質問じゃないですが、とりあえずc6の質問いきます。

c6ではeucaryoteについてはよく解説されていますが、
bacteriaについての記述が少ないのでその部分について以下のような疑問が出まし
た。

１．DNAから合成された直後のRNAがmRNA、tRNA、rRNAのいずれであるのかをどのよう
にして見分けているのか？

２．mRNAでは１つの転写ユニット中にいくつかの遺伝子がコードされているとある
が、一つのRNA中にmRNA、tRNA、rRNAが混ざることはないのか？

３．２で混ざることが無いのであれば、bacteriaのゲノム内ではタンパク質、tRNA、
rRNAがコードされている部分はそれぞれ明確に別れているのか？

あと、eucaryoteでも一つ。

４．snoRNAはribosomal proteinのintronから出来るとありますが、通常のRNaseから
逃れるようなsnoRNA特異的な配列があるのでしょうか？

この企画、終わったっぽいですね。

おーい読む前の威勢はどうした、ｺﾞﾙｧ。
111しか読んでないのか？
あげたから、なんか書き込めや。

>>111
まあ、この企画が全体として頓挫しても各個人が
目的を達成できればオッケーなんじゃないのかと。
俺今週読み終わりませんでしたので、フォロー入れる余裕がないのです。

遅れた分はゴールデンウィークで何とかしたいもんですが、
こうやって結局終わるのは9月とか10月、とかいうことになって
しまいそうで怖いですね。

で、今週はc.7、担当は引き続き198なんだけど、198生存してますか？

密かに参加してます。
終わらせないでください。
つーか１０４同様、ｃ６は終わらず。長いね。

提案。
せっかく担当者になったら、質問を待つだけじゃなくて、
ごく簡単にでもレクチャーが欲しいな。
「自分の研究（予定）分野はこれと関係があって〇〇の部分だ」とか
「この記述は３ｒｄにはなくって４ｔｈから追加された」とか
「Ｐ○○の『よくわかってない』という記述について、ここ数ヶ月で
こんな発見があった」とか。
「この分野、面白そうだよね〜」だけでもいいし。
なんでも、自由に。

なんも担当してない（できない）身分で申し訳ないけど、提案はしとく。
もちっと早くすりゃあよかったかな。

とにかくこのスレのために毎日２ｃｈを見ております。

>104
参加させてくれ。
つーか、みんなで効果的にやらんと時間かかってしょうがないし、
The Cellプラスアルファがないんでは、せっかくのこの企画も
いまいち意味がうすくなるんでは？
ほんとはいいとこ取りしようと見てたけど、あまりに低調だ。
参加者が増えるといいことあるでしょう。
というわけで、286、余計な提案しちゃって残念だが、
君も参加決定。なんか担当しろや。(逃げるなよ）
つーわけで、104その他参加者、
気乗りしないチャプターは、286かおいらに。
新割り当て作ってね。

参加者が増えるのは実に有難いです。

>>286
そうですねえ。簡単な解説ぐらいはあってもいいかもしれませんね。
ただし「サマリーの全訳は禁止」とかで。
スレは続けるつもりですが、結果的に一人になったら「会」じゃないから
自動的に読書感想文スレになります。

>>287
その心意気は有難いです。が、多少否定的な意見から述べさせていただきます。
仰る通りこの読書会に＋αはあって然るべきなんですよ。みんなでやる、
っていっても分担して翻訳とかしてるわけじゃないから。
だから個人個人で読むだけなら協力もくそもないんです。
111氏も恐らくそう思って質問事項を挙げていたのだと思います。
でも＋αを他人に提供できる能力が参加者にあるのか、って問題がありまして。
僕の場合でいうと、処理能力が低いんだかかけてる時間が短いんだか、
恐らく前の理由から、読むだけで手一杯なんですよ。
そこから理解するのはオーバータクス気味。まして＋αは確実に無理。
それはこの読書会が始まる前から薄々わかっていたから、
これをペースメーカーにして、とりあえず一回読んでみて
その先のことは終わってから考えよう、というのが会発足の俺的第一義なんです。
それに他の参加者も処理能力はともかくとしても、
こればっかりに時間はさけないでしょう。負担が重くなると
それでなくても拘束力がないネットの読書会だけに仕事を放棄しかねないのですよ。
もちろん自分も含めてですが。
だから＋αはあるに越したことはないけど義務にしない方がいいだろうと思います。
勿論あるに越したことはないんだけど。

で、まあ、散々言っといてなんですが、198がロストしてしまったので
c.7の担当を代行していただけますか。198が本格的に消えてしまったようなら
彼の担当だった部分をすべてお願いすることにします。

学部２年です。
参加したいのですが、受験で生物やっていないので
基礎知識があまりにもなさすぎで、生物選択の同級生の話にも
ついていけないぐらいです。
MBoCは第３版（Japanese）を勢いで購入し（藁＆後悔？
辞典代わりに使ってます。
とりあえずROMる感じになると思いますが、
参考にさせて下さい。

では、ｃ.7を。って、今週？早いね。
ま、やります。111が手伝ってくれるでしょう（勝手）
えっと、104が書いてることも分からんでもないですが、
111しか書き込みしてないという状況はまずいと思われ。

あと、個人的には担当者が質問をしてもいいのではないかと思いますです。
（と、早くも逃げ腰｡｡｡｡）

あ、やる気のある方がいらっしゃいましたね。心強いです。

私自身、とりあえずくだらない疑問を出していますが、
異なるバックグラウンドを持つ人（持たない人も）が同じテキストを読んで
何を疑問と感じ、どういう感想を持つのかの方に興味があります。
最初のうち、私が何度も「わかりません」も返答としてアリにしようと繰り返したのは
疑問に対して答えが返ってくることなんてほとんど期待していないからです。
（でも、一度返ってきたときは非常にうれしかったです）
人それぞれ参加の目的は違うでしょうから、
「この部分の英語の言い回しが分からない」でもいいとは思っていました。

ペースはつかめたのでおそらく今の予定で進めていっても私自身は読み切れそうです。
c8、c9はとりあえず担当として引き受けましたが、
新規に参加される方がいらっしゃるようでしたらそちらに引き受けて頂きたいです。
目を通した限り、あまり新鮮な内容は無いようですし、
増えた分については別の参考書等と重なる部分も多いので読み飛ばして先に進んでいます。
無理ならばc8、c9も分かる範囲で答えます。

>287
あなたが参加する気があるのであれば
私はc10以降の担当については簡単な解説程度ならやってもいいです。
教科書＋αを提供できるだけの能力はまずあり得ないし、
実生活の方に支障が出ない程度なのであまり大したことは出来そうにないですけど。
とにかく、参加者が増えることで個々人の担当範囲が狭まれば
私に関してはそのようなコトも可能です。

>289
大丈夫。私も受験で生物なんてやってませんし、
高校時代の生物の成績は（以下略）。

>111
c.8＆9をやるので、c.7をお願いできますかぁ？
宿題の提出とその他の雑用で、ちょっと時間取られそうなので。
やります、とほざいておいてすんません。
一応目を通しますけど、ちょっと責任持てません。
あと、僕の目標は3版にない内容を読むことと、
復習ですので、必ずしも全部一から読みません。
だから、このスレが役に立つと思ったのね。
（じっくり読んでる人が、いろいろ意見をだすかな？と）


あと、僕がプラスアルファと言ったのは、
この分野は他の本がわかりやすいよ、とか、
足らないよ、とかその程度のことで、単なるコメント程度のものです。
111が言ってはるように、バックグラウンドが違えば、
そういう意見もでるかな？と思ってのことです。
僕も、自分のわかる分野に関しては、
いろいろコメントできたらいいな、と思います。

みんな、がんばれや

>>287
逃げざるを得なくなったら逃げます（笑）。
というわけで、じゃあ参加。
とは言え平日毎日実験の学部３年、担当は荷が重いです。
３版持ってないし。
せめて１ヶ月以上くらいから予告しておいてもらえれば、
胸を借りるつもりで必死で訳します。
（参考：チャプター６……３０ページ残して頓挫）

またまた提案。
人数も増えてきたことなんで、番号でなくＨ．Ｎ．に
名乗り改めてもらえれば幸いであります。
私は度胸・能力いずれものび太並、ということで『のび太』。

あと、286で言ったレクチャーってのは、
ほんとに個々人の能力に合ったものを想定しており、
例えば自分だったら
「ここの記述は目からウロコだった」とか
「この絵は○○に似てるよね」とか
「ここは大学の教官に質問してみたらこんなことがわかった」とか
「ttp://〜にもっと良い図があるよ」とか、
とにかく何もないより何かあったほうが楽しいし、長続きするし、
担当も何か自発的に考えられていいかな、と思っただけ。
最悪サマリーの全訳でも構わない（笑）、くらいのノリです。

>>289
恐らく私と同レベル。
そもそも高校の生物の分子生物学分野なんて、
The Cell の１０ページ分にも満たないことしか
やらなかった気がする。

>287
わかりました。
ではc8とc9はお願いします。

私事ですが、現在のラボからはproxy規制のお陰で書き込みが出来ません。
従って自宅からのみの書き込みとなりますので頻繁には応えられません。
ま、それだけこのスレが盛り上がればいいのですが。。。

291でのび太（286）に見栄を切った手前、やらないわけにはいかないので
c7について、とりあえず簡単な解説をします。
ほとんど馴染みのない分野なので
（多分、104とかは馴染みのない分野を担当しているんでしょうけど）
鋭いツッコミには応えられそうにないのですが、よろしくお願いします。
間違い等ありましたらご指摘下さい。

p395までの部分は新たな図が付加されていますが、
内容的には3rd edとほとんど同じですね。
DNAの配列特異性は二重らせんの主溝に表れる。
helix-turn-helix、Zinc finger、leucine zipper、helix-loop-helixの
DNA結合motifを持つタンパク質が認識配列特異的な構造を認識する。
同じDNA結合motifを持っていても似たような認識配列を持つわけではなく、
今のところDNA結合タンパク質の一次構造からは認識するDNA配列を予測することは出来ない。
認識するDNA配列を決定するためには個別に実験を行わねばならない。
といったところでしょうか。
多分、3rd edでは紹介されていなかったと思いますが、
認識するDNA配列を決定するための実験法として
chromatin immunoprecipitation法が紹介されています。（Fig7-32参照）

これじゃ、summary訳しているのと変わらないな。。。

次にbacteriaの遺伝子発現制御についての例が挙げられています。
制御因子がDNAとの結合にcofactorが必要な場合、
cofactorとなるものによって遺伝子発現が制御されることが示されています。
また、同じ制御因子でも結合した場所によって遺伝子発現を
正にも負にも制御できることが解説されています。

eucaryoteの遺伝子発現制御を特徴付けるのは以下の３点。
・ループ構造による制御
・RNA polIIの転写開始に必要なcomplex形成等の制御
・クロマチン構造による制御
そのうち２つ目のはp310あたりで解説されているRNA polIIのCTDリン酸化とか、
TFIIA/Dのpromoterへのrecruitingのことを言っているのでしょうか？

>111
サンキュです。
ｃ.８＆９はやれます。

転写因子のフィギュアの絵はほとんど、Branden＆Toozeからって感じですね。

おはようございます。
ちんまりとc.７眺めましたが、insulatorがなかなか興味深げです。
111以外の方、読んでますか？

まださわりしか読んでません。ヤバ。

あと６０ページ…（涙）。
しかし読んだ分だけ得るものがありますね。楽しいっす。

>>学生(111)
ありがとうございます。
早くツッコミが入れられるレベルになりたいなー。

3rd読んでなくて4th原著が初cellって方、他にいらっしゃらないの？
買うべき／借りるべき、かなぁ。

fig.7-36のようにpromoterの直近で転写を制御するのと違い、
ループ構造による制御はfig.7-57のように
いくつもの転写制御因子が相乗的、相加的に転写制御が行えるため、より複雑な制御
が可能となる。
また、ループ構造を形成することで特定のDNA-タンパク質構造体を形成することで
coactivator/corepressor等の直接DNAへ結合しない因子も転写制御へ参加することが
可能となり、
enhancesomeと呼ばれる大きなcomplexで複雑な制御が行えるようになる。

これらの転写制御因子は転写装置をpromoter領域へと誘導するほか、
promoter領域付近のchromatin構造を変化させることによっても転写を制御する。
chromatin remodeling complexを誘導やHATによる
histoneアセチル化→TFIIDの誘導というpathwayについて解説されている。

一つの遺伝子の転写制御領域はinsulatorによって分割されており、
別の遺伝子の転写制御因子からの制御を受けないようになっている。

次のところでは長期的な遺伝子発現制御について個別に例を挙げて解説している。
遺伝子発現制御因子による長期的な遺伝子発現制御の例として
サルモネラ菌のphase variation、yeastのmating type、Croが挙げられています。
3rd edから概日周期の制御が追加されています。

転写発現制御因子によらない（と言うと間違いかも知れませんが）制御として
X染色体の不活性化、メチル化による遺伝子の不活性化やimprintingが挙げられています。

insulatorについて

もともとはDrosophilaで見つかったものだが、
最近vertebrateでも同様のはたらきをする配列が見つかっている。
とにかくpositional effectを解除できて、
enhancerとpromoterの間に入るとenhancerの活性を抑える。

作用機構は今のところよく分かっておらず、
いくつかのモデルが提唱されてはいるが、
insulator関連で観察されている現象を説明するには不十分らしい。
enhancer活性の抑制機構についてのとりあえずのモデル
（別のモデルを提唱している人達もいるらしい）
・ループ構造の形成を阻害する
・enhancerからpromoterへ伝わるシグナルを仮定し、
そのシグナルをinsulatorが阻害する

現在、注目されているのはテキストにも書いてあるように
insulatorがFig.4-44の様なchromosomeのloop-domainモデル。
insulator結合タンパク質とchromosome scaffolding proteinが結合することで
ループ構造が出来るとしている。
で、それぞれのループ内にあるenhancer-promoterのセットは機能できるが、
異なるループ間ではenhancer-promoterは機能できない。
また、異なるループ間ではchromatin構造が伝播しないような仕組みがあれば
positional effectについても説明が付く。
しかしながら、loop-domainモデルでは
plasmidにおけるinsulatorの現象が説明できない。

insulatorに結合するタンパク質のうち、
enhancer-blocking activityを示すものがいくつか同定されている。
また、insulatorのenhancer-blocking activityは様々な調節を受けている。
例：fig.7-84
特定のinsulatorへ結合するCTCFは
insulatorがメチル化されていると結合できない→insulatorとして機能しない。

あと、insulatorにはchromatin remodelingに関わる
Pc-thx様のタンパク質が直接的/間接的に結合するみたいです。

おはようございます。
>111、解説ありがとうございます。
c.８＆９では、少しは役に立つことを書きたいです。
しかし、宿題とラボミーティングの準備で、ちょいと忙しくなりそうですが。
>のびちゃん。
あせらずにゆっくり読んでください。
がんばりましょう。

なんか繋がらんなー、いつになったら直るんやろって思ってたら
サーバーが替わってた。それだけでした。
すみません。
質問について私まったく前出のフォローのフォローなんてできません。
どうもありがとうございました。
次の担当まで間があるのでちょっと息抜けるかな。
なるべくコメントするようにはします。
ではおたがいがんばりましょう。

Cellはいいですね。
僕も読んでます。
そこで質問です。
700Pで、膜貫通たんぱく質のでき方が解説されていますが、
どうして、プラスチャージのアミノ酸部分がER外（＝細胞質）
で、マイナスチャージのアミノ酸部分がER内になるように
タンパクがER膜を通過するのですか？

こんな、役に立ちそうなスレがあったとは・・
驚き上げ

p435〜

転写直後のmRNAに直接的にはたらくことによってmRNAの発現を調節する方法は主に以下の３つ。
１．alternative splicingによる制御
２．poly A付加位置の制御
３．mRNA editingによる制御
それぞれについて3rd edと同じ例が示されている。

mRNAは正確にprocessingを受けたものだけが核孔を通過し、cytosolで翻訳される。
cytosol中においても5'UTRにsignalを持つ特定のmRNAは
特定の場所へ輸送され、翻訳される。（時間があれば調べます）

翻訳開始時における制御は
・ribosomeの結合を阻害することによる制御
・eIF-2の活性制御
・翻訳開始点の制御
翻訳開始点の制御（leaky scanning）はN末のみを変化させるために
多くのタンパク質で利用されてるとの記述がありますが、
その制御機構については記述ナシ。
ただのleakじゃないですよね？
5'のどのAUGから翻訳を開始するかの制御を行うためのものがあるんでしょうか？
（例えば1st AUGをmaskするとか、特定の３次構造とるなどでribosomeが結合できなくするとか）

IRESって最近よく使われていますが、
つながれている２つの遺伝子の発現量は全く別問題なんですね。
co-transfectionだけが保証されるみたいですね。知らなかった。。。

転写開始後のmRNAは自身の安定性を調節することで制御される。

RNAiの作用機序については諸説あったと思いますが、
テキストには以下のように解説されていました。
dsRNAをRNA helicaseやRNA nucleaseが認識し、fragment化する。
RNA hel.やRNA nuc.が結合したfragmentが別のssRNAに結合し、
ssRNAを次々とfragment化していく。

明日、帰って来れたらmRNA輸送について少し書きたいと思います。（自分の興味です。）
c7でなにか疑問、テキスト以上に
もうちょっと知りたいことなどありましたら書いておいてください。
来週になるとは思いますが、可能な限り調べます。

>111
毎度ありがとうございます。
今、見て驚いたのですが、The Cellには Kozak sequence は用語として
索引にのってないですね。
c.6の章末にKozakのレビューが載ってますが。
このレビューは軽く目を通しましたが、良いです。
じっくり読もうと思います。

c.8は、明日から、でいいのでしょうか？
とりあえず、担当としてなんしか書き込みます。

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＞３０８
kozak Mって何でいつも単著なの？
もしかして、電波？

>310
僕もそれはかねがね疑問に思っていました。
性格に難がある人かも知れませんね。

mRNAの輸送について（自己レス）

mRNA局在化の例は発生初期のDrosophila、
fibloblastにおけるc-mycの核局在、
yeastのABC transporterのミトコンドリア局在、
neuronにおける特定タンパク質の軸索局在や樹状突起局在等々。

タンパク質をsortするよりもmRNAを局在化させた方が
必要な時にすぐに多くのタンパク質が得られる利点が考えられる。

局在化機構についてはテキストにある３通りが考えられている。
（骨格壊した時にうまく阻害されなかっただけのような気もしますが。。。）
以前はoocyteやneuronなどの大きな細胞と
fibloblastやyeastのような小さな細胞では
局在化機構が違うと考えられていたようですが、
今は同様の機構（テキストの３つ）に依るのではないかとの考え方が主流の様子。

細胞骨格依存的なmRNA局在化機構に関与するmotor proteinは
小胞輸送にも関わるものもあれば、mRNA特異的なモノもあるそうです。

細胞骨格依存的なmRNA局在化は
mRNAの局在化シグナルを認識するmRNA結合タンパク質と
motor proteinが結合することによって行われている。

どの機構による局在化の場合でも、
局在位置を決めるためのシグナル（zip code）が必要。
zip codeの位置は多くの場合3'UTRだが、最近、5'UTRにzip codeを持つ例が報告されている。
zip code間では類似性は今のところ認められていない（１次配列、２次構造いずれも）
stem loopのような構造によると考えられている様子。

mRNA結合タンパク質は高いhomologyを持つものがあるが、
80% 近いhomologyを持つmRNA結合タンパク質どうしでさえ、
結合相手のmRNAの配列や局在化部位などに相同性は認められていない。

これまでに同定されているzip codeでは
一つのzip codeがmRNAの輸送と輸送先でのanchoringの
両方に関与しているという例はない。
つまり、局在化するmRNAは１つ以上のzip codeを含むことになる。

mRNA輸送は単一のmRNAが次々と運ばれていくのではなく、
mRNA granuleと呼ばれる巨大な（約数百nm）complexとして輸送される。
そのような巨大な構造が出来る機構は明らかになっていないが、
以下のようなモデルが考えられている。
・RNA-RNA相互作用
・何らかの足場構造の存在（ER？タンパク質？）

mRNA grnauleの機能？について
mRNA granuleにはribosome等も含まれるが、非常に凝集しているために機能していないと考えられている。
神経細胞ではmRNA granuleがシナプス部位に運ばれていることが観察されている。
定常状態では凝集しているためにgranuleに含まれるmRNAの発現は抑えられているが、
神経栄養因子を作用させるとgranuleの構造がゆるみ、含まれるmRNAの発現が高まるという報告があります。
granuleは上記のような発現制御にも関わっているのかも？（妄想です）

で、とりあえずc7は終わりにします。おそまつさまでした。

今週はc.8、担当は287、ということでよろしくお願いします。
一応、世間的に連休ということになっとりますので、
やり残しのある人はがんばりましょう。主に俺とか。

あと111は解説お疲れ様でした。すげー役にたちました。

287です。
314=104ですね？
決して111のやうな解説を期待しないでください。（おいらには無理）
早速言い訳ですが、c.8＆9は主に実験手法なので、
もうちっと原理をきちんと書いた本なりレビューなりを紹介できれば、
と思います。
というわけで、質問等あれば、書き込みしてください。
一応調べます。

実験がぽしゃって、そうとう鬱な287です。
えっと、c.8ですね。
まず、培養細胞からですが、cell line と cell type の区別をきちんと
つけましょうと、授業でやりました。
定義つけがしっかり書かれていると思います。
primary cultureだとか、分かってることも改めて見直すと
定義つけが大事だなと思います。（サイエンスでは何でもそうですが）
Figure8-6は必須ですね。基礎中の基礎。
HAT mediumでしたか．

プロテインワークの基礎も、きれいな図でさらりと説明してあります。
ＲＣＦとＲＰＭの変換は次の式で。
ＲＣＦ＝（1.118 X 10^-5)(RPM)^2 x ｒ
（ｒはローターの半径）
カラムや電気泳動も図がわかりやすくてグッドですね。
SDS-PAGEはほとんどどこのラボでもdiscontinuous systemを使ってると
思いますが、一度はスタッキングの原理に目を通しておくとよいと思います。
ＭＳは近年非常に注目されてかつ良く利用されているので、
新しい図が付け加えられてますね。
2000年のレビューですが、
Proteomics to study genes and genomes
Nature 405 837-846
は、Figureもわかりやすいし、お薦めです。

なんとも適当なことばっかですんません。
質問訂正受け付けますので、書き込みしてください。
今日はほんと実験が完全にボツになったので、かなり鬱なので、
乱文（いつものことですが）には目をつむってください。

昨日、セルの４版を購入しました。途中からになりますが、参加させてください。
でも、一日で３７頁しか進めなかったので、果たして皆さんに追いつけるか疑問
です。よろしくお願いします。

また沈んできたな。。。
参加者諸君は連休でお休み？
c８、c９はとりあえずやってみるのが一番わかりやすいですね。
（それを言ってはおしまいか）
でも、原理を知らずに実験してるなんてことないようにしないと、
先輩に怒られますよ！

317、ようこそ。
１日で３７ｐ読めれば十分です。
>>227に進行予定が書いてあります。
15p/dyで進めば必ず１週間で読めるペースです。
たくさん質問、疑問出してくださいね。

でも227のペースで読めている参加者はいったい何人いるのやら。。。

c.8、続きの戯言です。
（決して111につつかれたわけでは、ない、の、ですよ？）
111のおっしゃるように、実験手法の紹介ですから、実際やってみるまでは、
完全な理解は無理だと思いますが、
原理を理解することは非常に重要ですから、読みましょう。

分子生物学的手法のパートは、非常に簡潔にまとめられてますね。
さらりと読んで次にいきましょう（をいをい）
図がわかりやすいし、あまり問題はないと思われます。
質問があれば、書き込んでください。

蛋白の構造と機能のパートですが、これはあくまでちんまりとした概観にすぎません。
原理はまず身につかないと言っていいと思います。
一通り目を通したら、是非レビューなりテキストなりで、さわりで構わないので、
原理をおさえるべきだと思います。
XRDやNMRはstructural genomicsの観点から、細胞生物学の人も、
最低限の理解が必要と感じています。
物理化学の知識がいりますから、敷居は高いですが。。。
他の技術、たとえば、FRETやSPRなんかも、基本的な物理、物理化学の知識があれば、
より一層の理解が可能でしょう。
物理化学ですが、
生物系の物理化学の良著として、cantor＆shimmel が非常によく引用されますが、
初学者にはむきません。
アイゼンバーグのテキストか、Tinocoのテキストが入りやすいと思います。
余談ですが、ファージディスプレイの図（8-52）は一例です。
通常ビトロでセレクションすると思います。

質問等があれば書き込みしてください。
あと、111の解説と比べて、あまりに役に立たない、
などの苦情があれば、是非。

>>318
レスありがとう。
今日は少しペースが落ちて３０頁でダウン。
連休で遅れを取り戻します。三版も四版も書いてある事は同じと
先輩が言ってたので、迷ったのですが、購入して良かったです。
最近のScienceやCellから引用された図表が多いのには感激しまし
た。一日も早く読破できるように頑張ります。

よーし。連休で遅れをとりもどすぞー。
（↑10ページ／dayで満腹の人）

>>287
大変『教育的』な解説をありがとうございます。
アウトラインがつかめて勉強しやすいかも。
いや、111が詳しすぎ、とかじゃなくて。
いずれも大変勉強になります。

はじめて本格的に図書館で３rd日本語版を読んでみたけど、
なんか英語の方が頭に入って来やすい気が一瞬してみたり。
うれしーなー。いや、眠かっただけかな……。
とにかくホントにいい本だと重ね重ね思います。

頑張りまーす。

>のびちゃん
僕はちゃんと読まずに眺めるためにやっているので、
詳しい解説はできないのです。。。しかも、好き勝手なこと書いてるし。
ごめんね。
英語の方が頭入りやすいってのは、あると思います。
これを読み終わるころには、相当な英語力がつくはずです。
がんばろー。

>317
30ページ／一日は、結構いいペースではないでしょうか？
僕も4版は買うべきだと思います。
ずいぶん改訂されてますもんね。
がんばってください。
あと今週と来週、私の担当ですので、フィードバックよろしくお願いします。

The cell　買いたいのですが、
ペーパーバック版ってどんなくらい質がおちるのでしょうか。
白黒はこまりますが。。

cellってくそだろ
説明が下手で初心者には分かりづらいし、中途半端だし。
あんなの読むより他の分野ごとの本を読んだほうがよっぽどいいよ

>319を読んで物理化学から逃げたことを思い出しました。
XRDやNMRに関する最低限の知識を得るためのテキストで何かお勧めは無いでしょうか？
アイゼンバーグのテキスト、Tinocoのテキストもできれば書名を挙げていただけますか？
どちらも知っていたらでいいので教えて下さい。
よろしくお願いします。

別に解説は個人の自由なんだからいいのではないでしょうか？
書いても、書かなくてもいいわけですし。。。
あと、私も英語のほうが読みやすいです。
日本語訳は逐語訳なのか、日本語がおかしいですよね。

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>>323
表紙が硬いか軟らかいかの違いだけだと思います。
違うのかなぁ？　中身もしっかりカラーだし。
表紙が硬く重くなるだけで値段が5000円も10000円も
高くなるというのが解せない。

>>287
レスありがとう。皆の励ましがあるって大きいよね。一人だったらこんなに
できないかも。今日はかなり進みました。と言っても３日目なので、まだ
まだ追いつけません。六章から始めたのですが、面白かったので、飛ばした
四章に戻り今は五章を読んでます。来週には八章まで進んで皆の会話に加わ
りたいです。よろしく。

>111
アイゼンバーグのテキストは、日本語版が培風館からでています。
生命科学のための物理化学〈上〉と〈下〉です。
この本は原著の出版が1979年で、古い本ですが、
基礎を学ぶのに、まったく問題ないと思います。
原著は質の悪いペーパーバック以外は手に入りにくいのですが、
Eisenberg & Crothersで検索したら出てくると思います。
書名は、Physical Chemistry : With Applications to the Life Sciences
Tinocoのテキストは、去年でたばかりの本で、
Physical Chemistry: Principles and Applications in Biological Sciences
という題です。
ttp://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/013095943X/qid=1020463701/sr=2-2/ref=sr_2_2/104-7589868-6264720
物理化学のテキストはいくつかサーベイしましたが、
現時点では、アイゼンバーグのテキストが生物系には一番いいと思います。
最後の章はＸＲＤについて、またスペクトロスコピーの章でＮＭＲについての、
原理が説明されています。
あと、僕は、googleで検索して、アメリカの大学の講義ノートをPDFでおとしてきて、
それを読みました(しかしわかっていないのでまだ勉強中です。。。）

c.8の残りは遺伝学ちょっぴりと遺伝子工学的な話題ですね。
SNPやマイクロアレイは前版にはなかったものだと思います。
僕は遺伝学は本当に苦手で今も苦労していますが、
きっちりとやっておくべきものだと思います。
Lodishその他の、Molecular Cell Biologyはなかなかグッドな、
遺伝学的解析の章（8章）があるので、これも読むといいかもしれません。

ではｃ.8はこの辺で。質問があればお願いします。
調べますので。

>287
どうもありがとうございます。
古本屋でも巡って探してみます。
いつまでも逃げているわけにもいかないですし。
一週間、お疲れさま。で、来週も頑張ってください。

>323
3rd edのペーパーバックとハードカバー版を見たことがありますが、
内容に違いはなかったです（当然）。
それにハードカバーはブッタ切るときに背表紙が堅くて大変なのでお勧めできません。

そういえば、のびちゃん、どこか担当します？
のび太は将来ドラえもん発明するえらい学者さんになるんだからさ。
最近出てこないところを見ると104が大変そうだから、二人で分けたらどうでしょうか？

age

今日は時間が思うように取れなくてあまり進まなかった。
七頁だけでした。明日一日頑張ります。

お前らさ、読むのはいいけどさ、頭にちゃんと入っているのか？
7ページとか30ページとか言っているけれど、漫画や小説じゃないんだぜ。
日本語の教科書だって、1日に5ページも10ページもやって頭に入るか？
The Cellは、約1500ページだろ。せいぜい、1日にまともに進めるのは
3、4ページのはずだ。これでも多いくらいだ。だから、ちゃんと頭に
入れながら読んだら1、2年はかかるはずだ。M1から始めたらM2の中ごろに
終了する計算だ。もし、The Cellの内容をしっかり頭に叩き込んだら、
半年後に始まるDrコースでの飛躍は十分期待できるだろう。
お前らの読み方ではまず無理だ。

>>334の搭載している脳は軽自動車クラス。

>>334
まずは全体を概観するという意味で「猛スピードで」読むというのもあるでしょう。
そのあとで気になるところをじっくり読んだほうが自分のためでしょうし。
最初からじわじわ読むのもいかがなものかと。

>334
じゃー１、２年かけて読めや。
そのころには、今がんばってる連中はもっと沢山のことを学んでるだろうがね。

通りがかりの年寄りですが、
354さん、何かの本を、1冊完全に理解できた経験はおありですか？
絵本とか、まんがでも完全に理解するのはすごく難しいものです。
CELLに限らず、これまでの経験で、本当に役に立った本というのは、
自分が真剣になって何かを調べようと思ったとき利用した本です。
賢くなるために”勉強”するのは、
英語をしゃべるために”勉強”するのに近くて、いろいろなやり方
や解説書や、集中力を保つためとか、の方法論になるけど、
英語の場合でも、本当に早く身につくのは、たとえがアメリカに
いて、日常生活で自分の欲求を満たすために何かをしなければ
いけない、さてどうする？と考えて勉強するときです。
勉強するべくして毎日すこしづつというやり方が好きな頭のいい
人もいるかもしれませんが、大多数の人は、必要性からかじる
ように勉強するのが、能率は1番だと思います。
自分の関連分野から入る、論文紹介の背景のところから入る
いろいろあると思います。若い皆さん　がんばってください。

>337
逆だな。何にも身についていなかったと悟るだろうよ。

>338
AAAなんてHNつける奴は、渡米1，2年のケツの青いアメリカポス毒がやることだな。

若いってことは馬鹿ってことだぜ。

まあまあ、「読む」というのにも、人それぞれスタンダードがあるのでは。
知らない単語が出てきても、無視してさらさらっとなめただけで、「読んだ」という
人もいれば、知らない単語はすべて辞書を引き、完全に文章を把握し、さらに、
figure legendもしっかり理解して初めて「読んだ」という表現を使ってもいい
と考える人もいる。
それは、「論文を出した」という表現に似ているような気がする。
論文がJBなのかCellなのかそれは本人のスタンダードに依存する。
Cellを出す人はJBなんか論文のうちにはいらないと考えているだろうけれど、
JBあたりしか出せない人にはJBは立派な論文なんだよね。

だから、334さんがいうところの「読む」というのは、非常に高いスタンダードに
基づいているのではないだろうか。

335=線虫

>334
君は甘い。
自分はCellを２週間で読み終えた。
一日約１００ページ。
ただし、院試対策だったが。
試験までの１ヶ月死にものぐるいでやれば、Cell＋ヴォートくらいは読破し、ポイントをノートに書き出して覚えることが出来る。
そもそも、大学院に入学する時点でCellを一通り読んでいるのが常識だと思う。
少なくとも自分の周りは皆そうだ。

>>342
励みになります。ありがとう。

>342
ba-ka.
soreha, nihonngo-ban daro.
shikamo jikkenn shitenaidaro.
asakara bannmade jikkenn shinagara sonnani yomerukattennda
bo-ke.
amainoha o-ma-e

>317
wa-ka-i-na

荒らし放置、でお願いしまーす。
次はc.9だよー。

　まず figure と table だけ読んで感じをつかんで、
それから本文を読む作戦に変更。
スピードアップ!!
……っていってもまだまだc8なんだけどね。

　ひとりごと。
　The cell は、文章が冗長であるかわりに、
じっくり何度も読まずともさーっと１回追いかけるだけで
だいたい頭に入る本だなぁ、と実感しております。無知識者ながら。
英単語を調べる必要がなくてある程度のバックグラウンドがある人なら
何十ページも読めそうな感じ。

『教科書をくどくど冗長に書くのは欧米の特徴で、
簡潔な表現を美徳とする日本語の教科書とはだいぶ傾向が違う』と
偉い先生が言っておられました（どっちが優れている、ではなくて）。
　
　外国の教科書を日本語に翻訳した本が
ものすごく不自然な日本語になるのは、そんな傾向から考えても
当然、という感じがしてます。

　そんな感想偉そうに言えるほど読んでないんだけどね。
とにかくc8が今日中に読めるよう、のび太レベルで頑張ります。

Essencialってどうよ？
Cellと大差ないだろ？

>>334､344
禿同。
あんなの一生懸命研究しながら読めるわけがない。
大学1、2年の間に読んでおかないとむりだね　

やっと４、５、６章読み終わりました。追いつくのは大変です。でも、
新しい事をたくさん学べて満足しています。
さて、ここまで読んで見て保留されている１１１の質問（２８２）が
気になりました。私なりに考えた事を書き込みますが、特に調べた訳
ではありません。もし間違ったことを発言していましたら訂正お願い
します。

１．DNAから合成された直後のRNAがmRNA、tRNA、rRNAのいずれ
であるのかをどのようにして見分けているのか？

tRNAの場合RNAポリメリラーゼによって合成された時点でL字型構造
を取るような塩基配列になっていると思います。rRNAも同様にリボゾー
ム生成に必要な各種タンパクに対して親和性を持つ型になっているのでは。
このあたりの事はまだ詳しく解明されていないようなことがｐ３３０に述
べられていました。

２．mRNAでは１つの転写ユニット中にいくつかの遺伝子がコードされて
いるとある が、一つのRNA中にmRNA、tRNA、rRNAが混ざることはな
いのか？

snoRNAはribosomal protein のmRNAと混ざっているようですね。他はな
いのでは。

３．２で混ざることが無いのであれば、bacteriaのゲノム内ではタンパク質、
tRNA、 rRNAがコードされている部分はそれぞれ明確に別れているのか？

別れていると思います。上記のようにsnoRNAはribosomal proteinがコードさ
れている部分にあるようですが。

あと、eucaryoteでも一つ。
４．snoRNAはribosomal proteinのintronから出来るとありますが、通常の
RNaseから逃れるようなsnoRNA特異的な配列があるのでしょうか？

45S rRNAが18, 28S rRNA等に分解されるように、核の中でribosomal protein
のmRNAから切り離されるか、または核外でribosomal protein が合成される
際に何等かのメカニズムでribosomal protein との複合体を生成するかのどち
らかでしょう。図６―４７によると核内に存在する事になっていますので、
恐らく前者では。

これから第７章に入りますが、１１１の解説があるので心強いです。早く皆
さん達に追いつけるように頑張ります。

こんなところで質問したってだめだめ。
誰もちゃんと読んでないんだから。
学校の先生に聞きな、ってもっと知らないか？

今回は２時間しか取れなかったが、調子良く２０ページ進んだ。
今夜は用事があるのでここで止めときます。

>317
すごいね。もしかしてアメリカの大学院卒？

っていうか、
原作者の校正にかかる時間より
速いんじゃないか（藁

Cellも満足に読めないで、よく論文が読めるね？

満足に読む＝1 page/ 6 minのペースで読める、
くらいの知識（英語語力も含む）がすでにある、
ということですか？
まったく、317はHarvardの教授並だな(藁

自分の専門分野のCell paperは満足に読めるが、「The Cell」中の専門外の
ところはさすがに時間がかかる。

だからこそ、読むべきじゃないの？
日本語なら速く読めるって問題じゃないんでしょ。
知識は役に立つことはあっても、邪魔になることはないよ。

先入観につながらない範囲で、知識はあればあるほど有益だけど。

良く知っている分野だったので、早く読めたのです。
専門外の部分は時間がかかります。といっても、向こうの
学部の学生が６ー８ヵ月の授業で使うテキストですから随分
分かりやすく書かれていますね。

>317
煽りにかまわず、がんばって読んでください。
今週も僕の担当なので、質問その他よろしく。

皆さん頑張っていらっしゃるようでなによりです。
雑音は完全に無視して結構。

３１７さんの質問・疑問は当然ですね。
最近の考え方は、転写、スプライシング、ポリA付加、核外輸送がひとまとまりに起こるというように変わって来てます。
Transcriptosomeの概念の拡大です。教科書と最先端のズレのようなものでしょうが、そこに気づかれるとはなかなかですね！

ここか、DQNが集まって輪読会をしてるってスレは？

そうだよ、362も参加資格あり！

>317
ありがとうございます。

c7で書いてあることだったんですが、
bacteriaではmRNA、tRNA、rRNA
それぞれを転写するためのsigma unitが別れているとのことでした。
従って３種のRNAが混ざるコトは無いのだと理解しました。

snoRNAについてですが、
pre-mRNAのprocessingは核内で行われ、
その際にsnoRNAができるわけですよね。
それならば核内でprocessingが行われた直後のsnoRNAは
freeな状態になるわけじゃないですか。
それがどうして核内のRNaseの標的にならないのかな？っと思ったのです。
（っと言うことは、RNaseから逃れられる何らかの機構が？って。）
361によると、どうやらfreeの状態ではなさそうですね。
361、コメントありがとうございました。

あと、私が書いたのが自分の概観したときの感じでして、
317が読んだらまた違ったコトを書くと思います。
私自身の備忘録みたいなものです。申し訳ないですけど。。。

様々な意見の方がごらんになっているようでね。
大筋では334に同意。
The Cellのみをこのペースで読んでいるのでは足りないとおもいますし、
出来る限りreview等で補っています。

１１１さん、３６１さんコメントありがとう。第七章の残りはかなり難航してい
ます。明日、tRNAとRibosomeの核外輸送についての勉強会があります。（特に
Proofreadingのプロセスに焦点が絞られるようです。）それまでになんとか七
章を終えることができるように頑張るつもりです。勉強会で何か面白そうことが
ありましたら報告します。１１１さん、２８７さん、のび太さん、そしてその他
の多くの方々、役立つ情報を書き込んでくださり感謝しております。

どうも。風邪ひいて、しかも、宿題の〆切がぜまっている、287です。
c.9ですね。顕微鏡ですね。
いつもどおり、生意気書くとですね、やっぱり光学の基礎くらいはかじろうや。
つーことになりますね。
顕微鏡の理論ってのはとても難しいです。
授業を取りましたが、なんのことやら？って感じでした。
The Cellはいい仕事してると思いますが、
c.8同様、きちんと原理をおさえようと思うと、
やっぱり物理化学になります。
やってられませんが。
もっとも、誰もがすべての種類の顕微鏡を使うわけではないので、
ある程度、どういったからくりなのか、をおさえるので十分だと思いますが。
見落としかもしれませんが、multiphotonに関する記述がなかったように思います。
最近のレビュー誌ならば、とりあげていると思うので、一読の価値あり、と思います。

では、みなさま、がんばって読んでください。

>111
111はCell読、余裕があると思うのですが、レビュー誌はどんなの読んでます？
お薦めがあれば教えてください。
The Cell＋アルファの一環で、いいレビューがあれば情報交換したいので。
（と書きつつ、情報をもらうばかりかもしれませぬ）

＞３６４
snoRNAについて
snoRNAがRNaseの標的にならないのはステム構造を組むからじゃなかったでしたっけ？
あとsnoRNAはlariat structureから切り出せれてくるのでしたよね？

>287
正直言って、余裕はないです。（言い訳は省略）
reviewはとりあえずcellの章末のものを読んでみるとか、
PubMedで引っかかったものぐらいです。
review誌って雑誌名のことじゃないですよね？
そんなの「載っている雑誌」ですから。
とりあえず読んだらここに書いておくようにします。
Kozakのreview、読んでみましたが、門外漢には少しハードルが高いです。
もう少し基礎的なところから読み始めないと理解できません。。。

顕微鏡は一つ分かってしまえばあとは同じって感じです。
私の場合、電顕の教科書が一番わかりやすかったです。（古くて名前忘れました）

>367
snoRNAは特徴的な構造を取るようですが、
そのような構造がRNaseから逃れる機構になっているとは知りませんでした。
snoRNAは通常、mRNAのintronにコードされていることから、
おそらくlariat struct.で切り出されるものと理解していました。
しかしながら、いくつかの例ではendonucleaseによって
切られた3'もしくは5'末端からできるとのことなので、
全てがlariat struct.で切り出されるわけではないようです。
コメントありがとうございました。

この辺のは下のreviewを参考にしました。（>287）
Curr Onin Cell Biol, vol.9, 337-、同vol.11, 378-

宿題おわったよー。
はぁ、疲れた。
さて、
>111
レビュー誌と書いたのは、Curr Opin や Trends等のレビュー専門誌のことです。

>顕微鏡は一つ分かってしまえばあとは同じって感じです。
この意見には賛同しかねます。
普通の光学顕微鏡、コンフォーカル、位相差やノマルスキー等、
それぞれに特性があって使われているわけですし、原理も当然異なります。
その違いをおさえるのはきわめて重要かと思います。
もっとも、そんなことまでやってる時間はないですが、
あくまで理想として。

さて、c.9の戯れ言ですが、
残りはＧＦＰに代表されるfluorescenceの話ですね。
Molucular ProbesのＨＰはめちゃくちゃ有用です。
オンラインハンドブックもあるし。
つーわけで、リンク。
ttp://www.molecularprobes.com/
それにしても、ＧＦＰってのはランタンに似ていますね。
行燈とでも言ったほうがよいでしょうか？
PDBファイルをおとしてきて、rasmolあたりで色を変えたりして見ると、
きれいなベータバレルの構造をしていてうっとりしてしまいます（をいをい）。
Figure9-43に構造の絵が載ってますが、3Dをrasmol等で見ることをお薦めします。
というわけで、なんとも適当ですが、c.9、終わります。
毎度言ってますが、質問等あれば、調べます。

>>111
僕もそれ読みました。MedLineでsnoRNA, Formation, Review のkeyword
から検索される中で最も新しく、しかもオンラインで見れますからね。
しかし、こちらは初心者なのでこのレビューだけでは釈然とせず、孫
引きのEMBO 17, 3726, (1998) と18, 5742, (1997)のイントロを読んで
３６９の内容が理解できました。この分野はまだ解明されていない事
が多いようですね。

>>287
お疲れ様。いつも役立つ情報を流してくれてありがとう。

さて、昨日の勉強会はScience 282, 2082, (1998)を中心に進められ、tRNA
が成熟した段階でexportant-t とRan-GTPの複合体と結合し核孔を通過し、
細胞質内に輸送されるというメカニズムを学びました。この複合体との
相互作用によってProofreadingが行なわれるそうです。（複合体を形成
しない未熟なtRNAの核外輸送は起こらない。）Ran-GTPは細胞質内で
Ran-GDPに変換され再び核内に輸送されリサイクルされるとのこと。
ProofreadingではtRNAのaminoacyl化が成熟度の重要な指標になっている
そうです。Ribosomeの核外輸送にはtRNAの場合と同様にCRM1とRan-
GTPの複合体が関与しているようです。この際に成熟度の目印になるのが
NMD3で、これがribosomeとの複合体を形成している場合のみ核外輸送複
合体を形成し輸送が進むそうです。精密度が要求されるタンパク合成に係
わる器官を生体が如何に選別しているかが少なからず理解できました。

昨晩は中国瀋陽の日本領事館で起きた駆け込み事件のスレで盛り上がって
しまい勉強が手付かずでした。あしからず。

>287
あまり偉そうなことは言えないんですけど、
一つ分かってしまえば、（光顕の基礎のやつ）
287が挙げてくれた顕微鏡は
普通の光顕の足りない部分（欠点）を
どうやって補うかだけだと思うんですけど。。。
甘いでしょうか？
その「だけ」の部分の細工は
基礎のところが分かっていればすんなり理解できると思います。

>317
Ranのことはc12で解説されています。
来週ですが、フライング質問してしまいそうです。。。
担当なんですけどね。

っと言うことで、来週はc10、12ともに担当です。
よろしくお願いします。

＞111
どうも。
僕も偉そうなことは言えんのですが、
実際どの程度の理解を求めるか？ということで意見が分かれるところだと思います。
光学の基礎があれば、顕微鏡の理論もわりと簡単かも分からないけれど、
物理を学んでこない場合が多い生物系の学生には、難しいものだと思っての書き込みです。
自分が講義のときに苦労した（いまだによく分かってない。。）経験からの書き込みですので、
いまいちあてにならんと言えばそれまでですが。。。
いずれにせよ、レスありがとうございます。
では担当の方がんばってください。
なにか疑問がでたら、質問させていただきますね。

111以外は、317とのびちゃんしか見かけませんが、
他の方、生きてますか？

付け足しですが、c.9はc.8にもまして、
ただの戯言で終わってしまったので、ちょっとはまともな情報を。
みなさんご存知のさいとかもかもしれませんが、
僕が有用だと思ったサイトのリンクを貼っておきます。
The Cellの次に、光学顕微鏡について、
もうちょっと勉強しようという方には役に立つと思います。
（といいつつ、当方全部は当然目を通しておりませぬ。）
ttp://www.microscopy.fsu.edu/primer/index.html

もう287と317しか生き残っていないのかな？
のびちゃんも逝ってしまったのかな。。。
だとしたらお二人にはいちいち細かいこと書く必要なさそうですし、
私も287のスタイルでいこうかな。

>>111
失礼な！　しっかり勉強しておりますぞ。
まあFigureとその解説読んで満腹ですが。
あ、でもc9は完食です。ページ数少なかったし。

もう生存者も少ないことだし、
どんなにつまらないのび太レベルのことでも質問しちゃおうかな。
よろしくです。

やっと自分が何をわかっていないのかが
ギリギリわかるラインに達したか達しないか。
でも、だいぶ単語調べる頻度が減りました。
とにかく完走しますよん。

次は細胞膜。楽しみ♪

今、八章の終盤に達した所です。まだ一週間半位遅れています。八と九章は
速読できそうなので、２０日までには皆さんに追いつくことができると思い
ます。
ところで、八章で述べられていた２D-Gelを実際に使ったことある方おられ
ますか。千種類以上のタンパクを分離できるとありますが、一つのスポット
に数種のタンパクが混入しているようなことはないのでしょうか。

>317
使ったことあります。オファレル法ではありませんが。
ご指摘の可能性は存分にありえると思います。
実際、トータルセルライセートを分離してみたところで、
山ほどスポットがでて、解析が難しい（というか訳分からん）だけです。
コンプレックスをとってきて、それを分離するのには有用かもしれません。
もっとも僕は昔使ったことがあるだけで、
最近のプロテオミックスに絡んだ話はよく知りませんので、
レビューを読んでここで教えてください（身勝手）。
では、９、１０章がんばってください。

>287
コメントありがとう。
まずは皆さんに追いつけるように８章の残りと９、１０章を読むことに専念
した方がよさそうです。これからの進展が期待されている分野なのでもっと
知識を蓄えたいのですが、総説はまた別の機会に勉強することにします。

今日買いました。頑張って読もっと。

最近、忙しくてあまり帰宅できない111です。

のびちゃん、失礼しました。。。
膜好き仲間ってことで勘弁してください。
明日も帰ってこれそうにないし、今週はc10、c12両方とも担当だし、
そんなわけでちょっと長いですが、c10について書きます。

3rd edとかぶるところが結構あります。

最初は脂質分子がなぜ二重膜を形成するのかと言ったことが説明されています。

脂質の足の部分の違いが脂質分子同士のpacking効率に影響し、
最終的に膜の流動性へ影響を与えるという大事なことが以外とさらっと書いてあります。

膜の流動性は組成と温度によって変わる。
不飽和炭素鎖を多く含む脂質膜は相転移がおきにくく、低温でも流動性が保たれる

コレステロールはfig.10-11の様に脂質分子の間に入り込む。
脂質の足の部分の自由度を制限することにより流動性を下げる。
しかしながら、脂質分子同士のpacking効率も下げることになるので
結果的には相転移を阻害する。
コレステロールが膜の流動性を上げるか、下げるかについては
たしか、温度依存だった気がします。

3rd edからlipid raftについての解説が追加されています。
Lipid raftは低温で界面活性剤処理したときに
溶け残る膜成分として同定された。
比較的、相転移しやすい部分と考えられる。
（相転移しやすい＝脂質がきちんとpacking→lysisされにくい）
raftには特定のタンパク質や脂質分子が多く含まれることから、
何らかの意味を持った膜上のmicrodomainであると考えられていた。
最近、intactな膜上にも存在することが示された。

raftに多く含まれるもの
・脂質関係：長い飽和炭素鎖を持つスフィンゴ脂質やコレステロール、glycolipids
・タンパク質関係：GPI-anchor、ミリスチル化、パルミトイル化などで膜へ結合しているもの。
raftに含まれる分子は炭素差を介してouter-leafletとinner-leafletが情報伝達を行っている。
（Srcとかの話のこと？）

次のところにはinnerとouterの非対称性が細胞の機能に重要であるとの解説がなされています。
たしか、スフィンゴ脂質はouter側ばっかりに存在するコトになっていたと思います。
ではraftのinner側には何があるのでしょうか？

最後にglycolipidについて紹介しています。
glycolipidは細胞外にのみ（小胞のlumen側も）出る。
glycolipidはシアル酸などの負電荷を持つ等を持つことが多いため、
細胞膜の電位状態に影響を与える。
また、lectinがglycolipidの糖鎖部分を認識することなどから、
glycolipidは細胞認識機構や細胞間接着機構へ関与することが知られている。

膜タンパク質について
細胞から膜のサンプルを調製したときに得られるタンパク質は
以下のように分けられる。
１．膜に埋まっているもの
２．脂質に結合しているもの
３．膜に埋まっている分子に結合しているもの
このうち、３は可溶化しなくてもpHやイオン強度を変化させれば膜からはずせる。

２はGPIアンカータンパク質とそうでないものに分かれる。
GPIアンカータンパク質は細胞膜の外側、
ミリスチル化、パルミトイル化などによるものは細胞膜の内側。
GPIアンカータンパク質は細胞外からPLCを作用させると膜から外せる。
合成経路も異なり、GPIアンカータンパク質は膜タンパク質として合成された後、
翻訳後修飾によりTMが切れてGPIへと乗り変わるが、
それ以外は可溶性タンパク質として合成された後、
翻訳後修飾により膜と結合する。
可溶性タンパク質として合成された後、翻訳後修飾によりまくへ

膜へ埋まるタイプのおおくはalpha-helixが膜貫通ドメイン（TM）を形成している。
あるタンパク質においてhydrophathy plotを見るとTMの位置が予測できる。
alpha-helixが多いのは疎水性環境下において最も多く水素結合を形成できるから。
しかしながら、beta-sheet構造によりTMを形成しているタンパク質もある。
beta-sheet構造によりTMを形成するタンパク質の多くは
fig.10-21の様なbarrel構造をしている。

細胞膜に存在するある膜タンパク質のうち、
細胞外部分には糖鎖が付加されるが、内側には付加されない。
また、細胞内に比べ、細胞外の方がdisulfide bondが形成される割合が高い。
（細胞内外の環境的要因による）

その後には赤血球から膜を取ってくると
いろんなタンパク質が取れますよと言うことが例示してあります。（Fig.10-31参照）
赤血球は細胞膜以外の膜系が存在しないので、
細胞膜以外の膜のコンタミを考えなくていいのが利点。


細胞膜の構成分子である脂質や膜タンパク質は
細胞膜上を自由拡散により移動できるとの解説がありますが、
これはfig.10-39の様な特殊条件下の話でしょう。
fig.10-41、42の様に移動が制限されていると考える方が実際に即していると思います。
制限するための機構はよく分からないとの記述がありますが、
細胞膜裏側の骨格構造が関与していることが最近示されています。
日本の先生がやってらっしゃる仕事ですし、
詳しくは以下のところで見てもらった方がいいですね。
>ttp://www.supra.bio.nagoya-u.ac.jp/lab/introduction/intro.html


c10はそんなところでしょうか。
なにかありましたらどーぞ。

全部読め

>111
お忙しいようですが、体調には気をつけてください。

細胞膜の非対称性についてですが、
通常細胞内部にしかないphosphatidylserineが、アポトーシスの細胞では、
細胞外部にexposeされる、というのを最近論文を読んでて知りました（無知）。
アポトーシスマーカーとして、Annexin Vというに蛍光標識したものを使って、
FACSで解析している論文を読んだので。
あまり気にかけたことはなかったですが、よく考えてみると、
マイナスのチャージのリン脂質が内側の膜にしかないのも、
通常の細胞は、負のレスティングポテンシャルを持っているので、
合点がいきますね。
以上、つぶやき終わり。

なんか上のつぶやき、変ですね、逝ってきます。。

>287
逝ってらっしゃい

ここのスレを見てTHE CELLってどんな本なんだろうと興味を持って地元の大学の図書館にもぐりこんで探してみました。
・・・はっきり言って絶句しました。「こんなでかい英語の本を数ヶ月で読破できるものなのだろうか？」
でも写真や挿絵など見てると、こんなことが分かったらきっと楽しいだろうなあという気にもなりました。

また、皆さんが「英語のほうが頭に入りやすい」等とおっしゃっているのを聞いて、僕もそんな風になれたらなあと感動しました。
このスレを見てますます生物系への志望を固めることとなりました。

このスレが皆さんのがんばりで伸び続けるよう影ながら応援しております。

翻訳番も出てるよ。

前回、書き忘れましたが、raft関係のreviewは
Nature, vol.387, 569-がとてもわかりやすく書いてあります。
raft関係の論文のほとんどで引用されているreviewです。
個人的にはEMBO J.のCaroni P（vol.20ぐらい）のreviewが面白かったです。

>390
どっかの物語とか、社説から取ってくるような冗長な英語と違って、
科学英語って非常に簡潔に書いてあるからわかりやすいんです。
「こういうときにはこういう言い回し」みたいなのが決まってますし。

まだ５月ですから先は長いでしょうが、目標をしっかり持って頑張ってください。

だんだん、3rd edとの違いが分からなくなってきた。。。

まず最初に各細胞内小器官の特徴や生い立ちについて解説されていて、
そのあとからc12の本題である細胞内へのsorting機構についての話が始まっています。

ribosomeで合成されたタンパク質は荷札となるsorting signalが付けられている。
sorting signalによって、タンパク質がどこへ輸送されるのかが決まる。

sorting signal
・sorting sequence：アミノ酸の一次配列
・sorting patch：タンパク質の高次構造
sorting sequenceはいくつか同定されているが、
sorting patchは同定が非常に困難。
この辺は3rd edとほぼ同じですね。


核への輸送
核膜孔は小さな分子は素通りさせるが、
大きな分子は選択的に通過させる。
核膜孔を介した輸送の特徴は通過させるタンパク質の構造が保たれること。

核膜を介した輸送
cytosol→nuclear：nuclear localization signal ＆ nuclear import receptors
nuclear→cytosol：nuclear export signal ＆ nuclear export receptors
上記のreceptorがcargoとなるタンパク質のsignalを認識することで
核膜孔を通過することが可能になる。
両receptorは可溶性タンパク質で
各signalと核膜孔構成タンパク質と特異的に結合する。
核膜孔構成タンパク質が両receptorをどのようにして見分け、
双方向性の輸送を可能にしているかについては不明。

核膜を介した輸送の制御方法の例
１．Ran（small G protein）
Ran-GAPがcytosolに、Ran-GEFがnuclearに存在することで
Ranの移動方向が決定されるとするモデル。（Fig.12-16）
２．NF-AT（リン酸化）
タンパク質のcytosol/nuclear局在が
リン酸化状態によって制御されている。
３．コレステロール合成タンパク質の発現制御因子（刺激依存的proteolysis）
ERの膜貫通タンパク質として合成されるが、
刺激依存的にcytosolic部分がTM部分から切り離され、
nuclear import signalが露出することで核内へ移行し、作用する。


ミトコンドリア（葉緑体）へのタンパク質輸送

ミトコンドリアの２枚の膜にはそれぞれを通過させるための
transporter complex（TIM、TOM、OXA）が存在する。
ミトコンドリアのタンパク質はcytosolic hsp70によって
unholdされた状態に保たれている。
ミトコンドリアに輸送されるタンパク質はN末にsignal sequenceを持っている。
intermembrane spaceに輸送されるタンパク質もしくは
inner membraneへ挿入される膜タンパク質は
N末にあるsignal sequenceのすぐ次にもう一つのsignal sequenceを持っている。
（Fig.12-26、27、29参照）

ペルオキシソームへの輸送は3rd edと多分全く同じですね。

ERへの輸送
最初と膜の通過の部分は3rd edと同じですね。
ERはCa貯蔵場所として機能していることを忘れずに。

ribosomeによってmRNA→タンパク質への変換中にN末のsignal sequenceをSRPが認識し、
ribosomeをER上にtranslocateさせる。
ER上のSRP receptorによってSRPが認識され、translocatorを通って
合成中タンパクのER膜への挿入が開始されるとSRPがsignal sequenceからはずれ、
停止していたタンパク質の合成中が再開する。
Fig.12-42を見れば一目瞭然ですね。
核やミトコンドリアへの輸送との違いは
ERへは合成途中のタンパク質が輸送されること。(一般的には)
合成後にERへ輸送されるものもある。
合成後のタンパクの輸送も合成中のタンパクを輸送するのと
同じtranslocatorを介して行われる。
合成後のタンパクをER内へ輸送する際には
また別のaccessory proteinによる助けが必要。(Fig.12-45)

3rd edからtranslocatorの解析が進んだみたいですね。
Sec61 complexの作用機序について大まかに解説してあります。（Fig.12-43、44）
signal sequence自身がtranslocatorのporeを開放するsignalとなるとのことです。
つまり、ERへの輸送を指示するsignal sequencは
・SRPに結合し、ER上へtranslocateさせる（cytosol）
・translocator内の壁面へ結合し、poreを開けさせる

そのあとのところは3rd edと同じですね。
>>304の質問ですが、シグナルペプチドの方向性は
アミノ酸配列の電荷分布によって決定されるとの記述があります。
従って、+にchargeした方がcytosol側へ向くのだと思います。

糖鎖の付加のところは3rd edと同じです。
合成中にERのlumen側でdolicholから配列特異的にAsnへ付加され、
その後、Golgiでtrimming & processing。

そのあとに糖鎖付加の持つ役割について解説がなされています。
付加されたオリゴサッカライドが
タンパク質のfoldingが正しく行われているか否かの指標となるとの記述があります。
この辺りの記述では少し足りない気がするので、review読んでみます。
c12で追加された部分としてはおそらくmainなんでしょうし。

参考文献
Science, vol.291, 2370- (こっちの方が簡単に書いてあります)
Trends in Cell Biol. vol.8, 245-

N-linked glycanの役割
より大きく、複雑なタンパクを作り出し、また分泌することを補助する。

glycosylationを阻害するとmisfoldしたタンパクがアグって、
所定の場所までたどり着けない様子が観察される。
→glycosylationとprotein foldingの関係
全てのタンパクのfoldingにglycosylationが関与しているわけではないが、
多くのタンパクのfoldingに少なからず寄与している。
各々のタンパクにはいくつかのglycosylation siteがあるが、
各siteのfoldingへの寄与はそれぞれ貢献度が異なる。
→各glycanはlocalなペプチド鎖のfoldingに寄与している。
・chargeをもつglycanはglycosylation siteをタンパク表面へ露出させる
・glycosylation site付近を特定の構造にfoldしやすくする。

しかしながら、貢献度の低いglycanを除いてしまうと
タンパク質全体としてはmisfoldしてしまう。
→各glycanはタンパク質全体のfoldingにも関与している。

それ以外のglycosylationの機能として、テキストに記述されているような
calnexin-calreticulin cycleとの関係がある。
最近では結合したglycanの位置によって
そのタンパク質が利用するchaperoneが決定されていると言うことを
示唆する報告もあるそうです。

UPRのsignalはHAC1遺伝子のタンパク質レベルにおける
発現のON/OFFによって制御されている。
HAC1はpre-mRNAとして合成された後、
consensusなsplicing以外の経路によるsplicingによって
機能的なタンパク質をコードするようになるsplicingを受ける。
このsplicingを受けないpre(?)-mRNAも核外へ輸送されるが、
タンパク質の翻訳が起こらない。
HAC1からできたHac1pは自身をupregulationする。
つまり、HAC1のmRNAは多くの細胞で発現しているが、
Hac1pはUPRを誘導した細胞でのみでしか発現しなくなる。

HAC1のpre-mRNAのsplicingにはreceptor-likeな構造をした
endoribonuclease（Ire1p）と、その下流ではたらく
tRNA ligase-likeなタンパクによって行われていると考えられているようです。
Ire1pはERの膜タンパク質で、lumen側でmisfolded protein濃度が上昇したことを感知すると
transautophosphorylationによって二量体化し、
endoribonuclease活性を発揮すると考えられているみたいです。
Ire1p自身がどのようにしてlumen側のmisfolded protein濃度を検知しているかについては
今のところ、詳しいことは分かっていないとのことです。
現在、以下のようなモデルが考えられているようです。
Ire1pのlumen側に何らかのchaperoneが結合。
↓
misfolded protein濃度↑
↓
chaperoneがIre1pと解離してER内で機能
↓
Ire1pのlumen側がfreeになることで二量体化が可能となる
↓
活性化
とりあえずこんなところです。
accessory proteinによって通過させる
タンパクの種類や、通過様式が変化する
sec61p関係のreviewも読みたいのですが、ちょっと状況が厳しいです。。。

長々となりましたが、とりあえずc12終わりにします。
何かありましたらどうぞ。

>111
お疲れ様。
いつも解説ありがとうございます。
あげてもらったレビュー読もうと思います。
ところで、今後の予定ってどうなってるのでしょう？？
新しい予定、誰か書き込んでください。

>111
いつもキッチリとまとめてくださりありがとう。
Fig10-16(c)のSialic acidの構造、間違ってません？
六員環の６位が酸素原子（こう呼ぶのに抵抗があるのですが）であるべきところが炭素になって
います。細かい事ですがSialic acidの構造が出ているのはここだけなので訂正しておいた方が
よいと思います。

ほんとだ。
317、ありがとう。
Ｏを書いておきました。

age

みなさーん。生きてますかー？
膜構造はホットですね。まだ解明されてないことが山ほど。
分子生物学の授業とかぶる部分もたくさんあって、
もうなんかわくわくです。

……ひょっとして生きてらっしゃらない？
のび太は>>227のスケジュールに従って一人寂しく生きるのでしょうか？

……それもまた良し。

ごぶさたです。
予定がわからなくなったので、他の方の書き込みを待っていました。。。
ここらで、今後の予定を立て直したいと思うのですがどうでしょう？
のびちゃんは今どのあたりを読んでますか？

>>287
おお。さすが。よかった〜。
一応>>227に明記されている案に従って読もうとしています。
『している』だけなんで、実際はまだ先週分（c.11&17)を脱していないんですが…。

とにかく、まず、Figureだけでも、くらいの勢いの弱虫のび太。
レポートもおわんないし（←激しく言い訳）。
どうぞお手やわらかにお願いします。

111さ〜ん。317さ〜ん。……。

まだ生きている人いるようですね。
先週、帰宅したときに全くスレが伸びていなかったため、放置しました。
なんのメリットもなくここでダラダラやるのはさすがにアホらしいので
このままならばfade outしようと思ってました。
ただテキストとref読むだけなら一人でいくらでも出来ますから。

私は今のところ>>227に沿って読み進んでいます。
ペースがつかめたのでわざわざ崩す必要もないかと思って。
予定変更とは担当の組み直し？それともやり方自体を変える？
今、私はc13の後半部分読んでいます。
このままでも良いですし、もう少しゆとりをもって、
ref等をじっくり読みながらやるのでもどちらでも良いです。

別のラボに出張して１ヶ月ほど実験させて頂けることになったため、
２週間ほどしたら書き込みが全く出来なくなるか、
もっとたくさん出てこれるようになるかは分かりません。
とりあえず連絡とれるようにメールアドレス書いておきます。
なにかありましたらどうぞ。
ここに出てこれるのが一番良いんですけどね。。。

あと、以前のc10の付け加えですが、
Nat. Rev. Cell Biol. vol.1, 31-
Lipid rafts and signal transduction
現在の問題点とraftの機能についてさわり程度ですが解説してあります。
これはなかなかよかったです。

予定変更の件ですが、担当の組み直しはすべきだと思います。
おそらく、先週のしらけぶりからして、
111、のびちゃん、おいら、しかいないっぽいので。
317の復活をせつに望みますが。。
それ以外にも、読む順番も少し変えられないかなぁ？と思います。
章の順番どおりに読んで行く方が、いいと思うのです。
どうでしょう？

第１０章の後、２４章を読み終わりまして、今、第１１章を読んでいるとこ
ろです。先週は学会に出席したため全く読むことができませんでした。111
さんのようにテキストを読み勉強することなら一人でもできると思いますが、
皆さんと見識を分かち合うことにより違った角度からも分子生物学を眺める
ことができ有意義であると考えます。これからもよろしくお願いします。
第２４章は免疫系とその応答について説明されておりますが、要点を見事に
捉らえた簡潔な記述には感心させられました。ここまで、免疫応答について
容易に解説したテキストを今まで見たことがありません。他の章もそうなの
ですが、さすがThe Cellです。

>>287
私は初心者ですが、２３章なら興味もありますし担当できるかもしれません。
お手伝いできることがありましたらご遠慮なくどうぞ。

上に担当うんぬんと書いたばかりですが、
このスレを役に立つものにしていくためには、担当にかかわらず、
なるべく書き込みをして、317の言われるように、
意見を交換することが重要だと思います。
いろいろと忙しいですが、なるべく書き込みをしたいと思います。

あと、今後の予定の件、ご意見あればお聞かせください。

では、chapterの順番通りにしましょうか。
のびちゃん、317がc11ということなので、今週はc11で
その次はc13（c12は終わっているハズ）、
c14から順番どおりってコトでいきましょう。
ペースはこのままでいいですか？
たしか、当初は院試受験予定者がいたために
今のペースに設定したはずですが、
参加者のなかに院試を受験される方はいらっしゃるのでしょうか？
あまり関係ないのなら消化不良を起こさないように
ここでのペースを落とした方が良いと思います。
（余裕があれば個人的に読み進めれば良いことですし）

>意見を交換することが重要だと思います。
同意。だが、なかなか出て来れない。。。すいません。

僕は111のプランに賛成です。
ペースを落とすというのにも賛成です。
111はいつもしっかりまとめてくれてて非常に助かります。
みんなそれなりに忙しいと思うので、なかなか意見の交換も難しいと思いますが、
少しづつ増えていけばいいかなと思います。

そんなこと言わないで、1日20ページ、30ページ読めや。

>>111 >>287

お供致します。

ぶっちゃけちゃうと、もともと消化不良になるつもりで来ているので。
ただとにかく１回通して読んでみて、
どういうことがどんな感じで書いてあるかくらい知りたいなー、
というくらいのガッツのない人間なので。
現在ハマってるのは有機化学という有り様。

というわけでどの道独自で２周目をまわるので、
ペースはお任せします。

ただ、完走はしたいな、と。

336 ：名無しゲノムのクローンさん ：02/05/05 06:32
>>334
まずは全体を概観するという意味で「猛スピードで」読むというのもあるでしょう。
そのあとで気になるところをじっくり読んだほうが自分のためでしょうし。
最初からじわじわ読むのもいかがなものかと。

337 ：名無しゲノムのクローンさん ：02/05/05 09:17
>334
じゃー１、２年かけて読めや。
そのころには、今がんばってる連中はもっと沢山のことを学んでるだろうがね。

342 ：名無しゲノムのクローンさん ：02/05/05 10:54
>334
君は甘い。
自分はCellを２週間で読み終えた。
一日約１００ページ。

343 ：317 ：02/05/05 11:04
>>342
励みになります。ありがとう

351 ：317 ：02/05/06 19:13
今回は２時間しか取れなかったが、調子良く２０ページ進んだ。
今夜は用事があるのでここで止めときます。

359 ：317 ：02/05/07 01:43
良く知っている分野だったので、早く読めたのです。
専門外の部分は時間がかかります。といっても、向こうの
学部の学生が６ー８ヵ月の授業で使うテキストですから随分
分かりやすく書かれていますね。

410 ：学生(111) ：02/05/29 08:50
では、chapterの順番通りにしましょうか。
のびちゃん、317がc11ということなので、今週はc11で
その次はc13（c12は終わっているハズ）、
c14から順番どおりってコトでいきましょう。
ペースはこのままでいいですか？
たしか、当初は院試受験予定者がいたために
今のペースに設定したはずですが、
参加者のなかに院試を受験される方はいらっしゃるのでしょうか？
あまり関係ないのなら消化不良を起こさないように
ここでのペースを落とした方が良いと思います。

411 ：287 ：02/05/29 12:47
僕は111のプランに賛成です。
ペースを落とすというのにも賛成です。

第11章の前半では膜輸送の概要とそれに関与するタンパクについてそして
後半ではイオンチャネルとニューロンに於いてそれの果たす役割について
述べられています。今回は前半をまとめます。
始めに膜輸送の原理が説明されており、輸送タンパクが存在しない状態の
二層構造の人工膜では低分子量の酸素、二酸化炭素、窒素、そして疎水性
の強いベンゼン等は膜を透過できるが、親水性の高いNa+, K+, Cl-, H+ 等
のイオン性の物質は殆ど透過することができないようです。詳しくは図
11-1をご覧ください。細胞膜では輸送タンパクやイオンチャネルがそのよ
うな物質の膜輸送を請け負っております。これらの膜輸送は浸透圧や膜電
位などの濃度勾配や電位勾配に誘起された自然拡散による受動輸送と濃度
勾配に逆らう形で進行する能動輸送に分類されています。
輸送タンパクは酵素と同様に基質親和性がありそれぞれ輸送を受け持つ分子
（例えば乳糖透過酵素なら乳糖を選択的に膜輸送）が存在するようです。能
動輸送には大きく分けて三つの様式があり、濃度勾配により受動輸送できる
分子と他の分子を連結して輸送する方式、ATPのエネルギーを使って輸送す
る方式、そして、光エネルギーを使う方式に分類されます。光エネルギーを
使ったシステムは１０章で説明されているので、１１章では、前者２様式に
ついて述べられているようです。

連結キャリアーを使う膜輸送法は図１１―９と１１―１０で詳しく説明さ
れています。この原理を分子レベルで捉らえた研究成果が図１１―１１に
分かり易くまとめられています。この図は１９９９年のAcc. Chem. Res. か
ら引用されたものですが原著の要点を明快にまとめてあります。生物学の
教科書に化学の雑誌から引用された話題を目前にし、今後の分子生物学と
有機化学の相乗的な発展を大いに期待したいと思います。
この能動的膜輸送の腸上皮細胞にての実例が図１１―１２に挙げられてお
ります。能動輸送によって腸内から取り込まれたグルコースが浸透圧の低
い外部に受動輸送されるということです。腸内部と外部を結ぶシステムで
は２種類の輸送タンパクが弁のように上皮細胞に配置されており見事。
ATPを使った能動輸送の概念は図１１―１４で詳しく説明されています。
三つのNa＋イオンと二つのK+イオンが一分子のATPの消費で輸送タンパ
クを介して交換され、逆方向の輸送ではATPが生成しNa+とK+の濃度勾
配はエネルギー貯蔵の役割も果たすことができるようです。図１１―１５
では２０００年のNatureから引用された、分子レベルでCa2+の輸送機序が
解説されております。
後半については後日改めて書き込みます。

>317
担当、私だったのに、、、ありがとうございます。
c11も出てこれない間に以前同様に書いたものがありますが、
とてもじゃないけど恥ずかしくってかけません（笑）。
っと言うことでお蔵入りとさせていただきます。。。

で、テキストを読んだ限り、
P-typeとV-typeのATPaseの違いがよくわからないです。
結局のところ、構造が違うだけで、
ATPaseとしての機能はほぼ同じと考えてよいのでしょうか？
V-typeは通常、主にATP産生系として働いているところが特徴？

後半のところも317がおそらくきちんとしたものを準備してくれていそうなので
参考文献だけ挙げておきます。
神経関係の入門書では「From neuron to brain」がよいです。
内容的は既に古くなっていますが、
c11で扱っている部分はほとんど古典的な内容ばかりなので
あまりそのようなことを気にする必要はないと思います。
（より新しいことは同書の最新版よりは別のものがいいと思ってますけど）
特に膜電位関係の解説は非常に丁寧になされています。
確か過去の版については訳本も出ているはずです。

そうだ、ペースどうしましょう。
１．今のまま
２．2wk/chapter
３．10dy/chapter
４．50p < chapterなら2wk or 10dy、50p > chapterなら1wk
とりあえずの案です。

>>414
そんなことやってる暇あるなら読めばいいのに……。

神経関係は一冊本を持っておいた方がいいと思います。
111のあげてくれた本の他に、わりとコンプリヘンシブなテキストとして、
「Neurobiology」by shepherd
「Neuroscience:Exploring the Brain」by Bear et al
が、入門としてもいいと思います。
キャンデルのテキストは厚すぎですから。
膜電位、アクションポテンシャルなどの基礎項目は、The Cellの記述だけでは、
なかなかわかりにくいかもしれません。
Goldmanの式も載ってないですし。
あと、ネルンストの式など、電気化学について、昔紹介した、
アイゼンバーグのテキストの9章で解説されています。

P-typeとV-typeについてですが、
Molecular Cell Biologyの方に、まとめの表が載っています（590ページ）
<P-type>
H+ Na+ K+ Ca++
<V-type>
H+ only
P-typeは細胞膜上のポンプやsarcoplasmic reticulum上のCa++ポンプらがそれで、
V-typeは、Vacuoleやendosome、Lysosome膜上のポンプらしいっす。
ＰはPlasma MembraneのＰで、ＶはVacuoleか、VesiculeのＶかなー（推測)

ペースですが、10日で1章がいいペースかなー、と思います。
111の案３、ですね。
The Cellを読むだけなら、まえのペースより遅くなるので、
ペースがきつい人には良くなるでしょうし、
余力のある人は、レビューを紹介しあったり、
意見を交換したりもできますし。

＞のびちゃん
有機化学にはまっている、とのことですが、
すごくいいことだと思います。
The Cellを使った勉強は、あくまで、生物学の勉強の土台作りで、
そこから、いろんな学問分野に興味が広がって
勉強を進めていくのが理想だと思います。
分子系の生物学に、興味があれば、物理化学もどーぞ。

V-type は１４章で説明すると本文にあり明確に説明されていなかったので、
省略しました。しかし、１４章をみても分類に関する記述は見当たらないの
で、ここでまとめておいた方がいいようですね。２８７が引用した詳しい分
類に付け加える形になりますが、下にリンクを貼っておきます。ご参照くだ
さい。ミトコンドリアや葉緑体でATPを合成するのに用いられるのはF-type
と呼ばれるそうです。V-typeは多数のサブユニットで構成されるのに対して
一般にP-typeは一つのタンパクから成るようです。勿論、例外も発見されて
いるとのこと。

P-, V-, and F-Type
http://www.tb.noda.sut.ac.jp/~yamato/study/bioenerg/ehirae/ehirae.htm
http://www.blc.arizona.edu/courses/181gh/Lectures_WJG.01/membranes_F.01/transportL.html

P-Type details
http://biobase.dk/~palmgren/Palmgren&Axelsen.html

>>111
もし１１章の後半のまとめがあったら書き込んでください。こちらは１１章
読み終わりましたが、未だまとめていません。日曜日にでもやろうかなと計
画しておりました。よろしく。

>>all
ペースはお任せします。

書き込むと量があるので。。。っというか、恥ずかしいので。
ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/7170/

ATPaseのこと、ありがとうございました。
参考にさせていただきます。

c.13開始、ですね。てゆーか間違えて読み始めちゃってるんですが。

安っぽい表現ながら、Fig.13-8とか（他もだけど）に感動しちゃってます。
マジかよ!?　うまくできてるなー、ほんとに。と。溜息の出るばかり。
「ダーウィンの進化論で生命がこんなにうまくいくはずがない。
　そこには神の力が働いているに違いない!!」
　なんていう、いつだか読んだ根拠のない主張に
ちょっと傾きたくなっちゃうほどです。。。

>>111
よくまとめられてて感激です。
ペースについては、早くても構わないです。
どうせ消化不良には変わりないし（逃）。
ただ８月は諸々の事情により読めなそうなんですが。
でもお任せします。

>>287
せるに負けず劣らず、有機が今、楽しいんです。アツいっす。
物理化学、ですか。尻込み気味ですが、がんばってみたくなりました。

>>317
勉強になります。頼りにしてます。ものすごく。

287の希望がありましたので10dy/chapterでいきましょう。
キリが良いのでc13は6/10までということで。

>のびちゃん
fig.13-8はホントか？って私も感じてます。
adaptinが選択的に結合する配列があるのは事実ですから、
ここでいうcargo receptorとは一般的な受容体（LDLRとか←後で出てきます）だと思ってます。
ER→golgiで進んでいく普通のcytosolic proteinにあのような
cargo receptorがあるのかはについては多分、分かってないハズです。
少なくともERにおいてタンパクの詰め込みに関わるcargo receptorは
見つかっていないと聞きました。
それを探している先生もいらっしゃるようですし。
もうちょっとref読んでみようとおもってます。

あと、「お供」ではなく「引っ張っていく」ぐらいの気概でやって下さい（笑）。

あ、上のはclathrinとcop、混同してますね。すいません。

おはようございます。
ちょっと子供電話相談室的質問ですが、
Fig13-21で、ＥＲからゴルジにかけてのpHの勾配が示されていますが、
細胞内小器官内のpHって、どうやって測ってるのですか？
今まであまり考えたことなかったのですが、ふと疑問に思いました。
ご存知の方あれば教えてください。
あと章末のレビューなどを参考にしようと思ってタイトルを見ていても、
いまいちどれ読むといいのかなー、という感じです。
細胞内輸送はあまりしっかり勉強したことがありません。
お薦めのレビューなどびしばしあげていただけると幸いです（ふくらむ期待）。

cellよりもmolecular cell biology (authers:D.Baltimore, H.Lodish...) を読むべきだと
おもう。

>>428
why?

どちらも読んだ方がいいと思いますが、
僕は個人的にThe Cellが好きです。

実験の方が落ち着いてきました。
正直に言えばno ideaで煮詰まり気味です。うー。。。

>287
細胞内小器官の中のpH測定法、私も知りません。。。
例えばpHluorin（pH感受性蛍光タンパク質：GFPのmutant）を
目的小器官に発現させて蛍光量を測るとか、
vacuolar H+ pomp量を見積もって計算するとか。
いい加減な答えですみません。。。

小胞輸送に関するreviewをご所望とのこと。
とりあえずテキスト関連のものは章末のreviewのうち、興味のあるものだけ読んでます。
テキストとは関係なく読んだものとして紹介しますが、
確か、Curr. Opin. Cell Biol., vol13(4)がsortingの特集だったと思います。
（間違ってるかも知れませんが、同雑誌の2001年の４冊目だったと思います）
一つが短くまとまっているのでわかりやすいです。

c13はここが機能していなかった時期に読んだため、
全くまとめて（普段もまとまっていませんが）いませんでした。
のため、今回はいつもにもましてヒドイです。
が、とりあえず途中まで書きました。
ここに書くのも面倒なので適当にみてください。
ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/7170/c13.html
なにかありましたらとうぞ。

111、
毎度サンキュです。
ｐＨの件に関しては、まだ時間がとれず自分で調べられてません。。。
何か見つかれば報告します。
あと、reviewの件ありがとうございます。
早速チェックしてみます。

pH測定の件ですが、pH indicatorを使うのではないかなー、
と、聞いた人みんなが答えました。
pubmedでは、あまり良いジャーナルも出てこないし。
何か見つけた方、お教えください。
（それにしても、いつも僕がレスストッパーになってるな。。。）

>>みなさん
ゴルジ体の
Vesicular transport model と
Cisternal maturation model （Fig.13-30)
どっちだと思いますか？

「いまはこっちの考えの方が主流だ」とかでも構わないし、
第３の説とかあったらもっとかっこいいっすね。

自分は授業でならったのが transport model だったので
それを信じていたんですが、
maturation model をその時思いつかなかったのが
ちとくやしいです。はい。

>>431のところにとりあえず読んだ感想を書いておきました。
のびちゃん、そっち見てください。
最後のexocytosisのところはあまり心惹かれる記述は無かったです。
raftを意識して書いてあるのは分かりますが、
大したことは書いてないかな。。。
って、raftはまだ研究が進んでいる段階だからなんでしょうけど。

日本勝ちましたね！

ところで、endocytosisとシグナル伝達の関連の記述も
ほとんどなかったように思われます。
興味深い分野だと思いますが。。

>287
endocytosisとシグナル伝達？
PtdIns(4,5)P2とかの話ですか？PtdIns(4,5)P2関連ならば
たしか去年のJ. Cell Sci.にreviewが出ていたと思います。
あとは前に紹介したCurr. Opin. Cell. Biol., vol.13(4)のMartin TFのもいいかな。
今日は遊び疲れ。。。

とりあえず10日なのでc14へ。。。

Grb2が、internalizedされたEGFRにも結合しているとか、
Beta-arrestin（Lefkowitzのレヴュー参照）とか、
Pietro De camilliのReviewとか（Cell 2001 106:1-4）
等を念頭においての発言でした。
卒研のラボがシグナル伝達からみでしたので、つい、そこに関連付けてしまいます。。
PIP2に関してはよく知らないので、あげていただいたレビューを読みたいけれど、
時間がございません。。。。うー。

ご無沙汰しております。私も１３章おわりました。
一つ質問があります。
ゴルジ体の膜は細胞膜と比べて薄い（アミノ酸残基数として５―１０）ため、
膜タンバクはTM部位の長短によって細胞表面に輸送されるものとゴルジ体に
残り機能するものとに分けらるそうです。（ｐ７３１）トランスゴルジネット
ワークでは細胞膜と同じ厚さのLipid Raftが観測され膜タンパクはうまくこの
構造に保持され細胞表面に輸送されるようですが（ｐ７６３）、シスゴルジ
ネットワークではLipid Raftは存在しないのかと疑問に思いました。無いと
すると7TMのようなタンパクがどのような形でゴルジ体の膜に取り込まれて輸
送されるのでしょうか。TM部位が膜に対して斜めに入る構造が考えられます
が、TM部位が複数あるようなタンパクがこのような構造をうまく取ることが
出来るのか興味があります。それとも、Lipid Raftはシスゴルジネットワーク
にも存在するのか。自分でも調べてみます。

＝ 細胞膜の「仕切り」を世界で初めて発見　日本のグループ ＝
ttp://www.asahi.com/national/update/0610/029.html

今日の朝日の記事なのですが、もしかして111さんの研究グループ
の成果ではないのですか。

>317
おはようございます。
素晴らしい目のつけどころですね。小生は何も考えずにすっ飛ばしていたところです。。。
少し考えてみたのですが、まず、本文ではRaftはトランスゴルジネットワーク、
もしくは細胞膜でできる、とありますし、
pubmedで、「Lipid raft cis golgi network」と検索しても、なにもヒットしませんでした。
cisをtransにかえると、7件でてきました。
ですので、おそらく、まだ見つかっていないか、存在しないのかもしれないなと。
で、僕の浅はかな考えですが、
Raftのような、特別な構造はあとから（トランスゴルジネットワーク以降）できるが、
細胞膜に輸送される膜蛋白質の周りは、膜の厚さが、コレステロールのせいで厚くなってる、
と。で、ゴルジ体でプロセスされる間に、糖鎖が正しく付加及び修飾されて、
トランスゴルジネットワークで、レクチンの助けも借りつつ、Ｒａｆｔが形成される。
などと考えてみました。
ＴＭ部位は膜に埋め込まれているはずですから、317のおっしゃるように、斜めに入るか、
膜がその分厚くなるか、の二つだと思うのです。
他の方の意見もお聞かせ願えれば幸いです。

>317
cholesterolはraft構造維持に重要であることが指摘されています。
また、raftにはsphingolipidが多く存在していることが知られています。
sphingolipidはgolgiで様々な修飾を受けることが知られています。
で、そのように修飾を受けるうちにsphingolipid-richなdomainが形成され、
そこへcholesterolが濃縮されるとの考えが「おそらく」一般的なものだと思います。
全部は読んでいませんが、
Physiol. Rev., vol.81, 1689-のabstructには以下のような記述があります。
「As Golgi cisternae mature, ongoing sphingolipid synthesis attracts
endoplasmic reticulum-derived cholesterol and drives a fluid-fluid lipid phase separation
that segregates sphingolipids and sterols from unsaturated glycerolipids into lateral domains.
While sphingolipid domains move forward, unsaturated glycerolipids are
retrieved by recycling vesicles budding from the sphingolipid-poor environment. 」
従って、lipid raftやcaveolaeはtrans-golgi付近が出発点であるとの見方が一般的と思います。

あと、膜タンパク質のsortingとの関わりについて。
全ての疎水性領域が膜を貫通している必要は無いですよね。
疎水性領域が短すぎると膜貫通領域を形成できないですが、
疎水性領域の一部がcytosolなりlumenへはみ出ていても問題はないと考えます。
私はあの記述は「短いTMを持つタンパク質はraftへ集積する確率が低い」と解釈しました。

>287
raft形成の原動力は疎水性の足の部分です。
"self"-aggregation/attractionです。
タンパク質等は関係ないということになってたと思います。
脂質組成に関わるような（つまりdomainの形成に関わるような）
タンパクは報告例が無いと思います。（脂質生合成、輸送に関わるもの以外で）
caveolin？これは構造安定化には関わると思いますが（これもアヤシイ？）、
脂質組成には関係がないということになっていたのではないでしょうか？

私は楠見研じゃないです。
楠見先生の研究は興味深く横から眺めているっといった感じです。
（つまりは同じような研究をしているわけじゃないってことです）
今は在京のラボにお世話になっていますが、
前にも書きましたとおり木曜日からまた別のラボへ実験させてもらいに行ってきます。
そういうわけで、木曜以降、出てこれるかどうか分かりません。あしからず。

>111
ご指摘ありがとうございます。
Fig13-63に、レクチンは安定化に役立つ「かも」しれない、とありますので、
愚見をさらした次第であります。
読み返すと非常に誤解をまねく書き方をしていて申し訳ないです。
111にあげていただいた、Raftのレヴューもなかなか目を通す余裕がない次第でして。。。

蛋白質のTM部位の話ですが、熱力学的にみれば、
疎水性残基の多いドメインが膜からはみ出すのは熱力学的に、コストがかかります。
むしろなるべく膜のなかにとどまろうとするはず。
短いTMの蛋白質がRaftにとどまれないのも、
親水性ドメインが膜のなかに入りこむコストが高いから、
むしろ薄い膜に集まる方が安定だからだと考えます。

>287, 111

コメントありがとうございます。

私も「GPCR と Golgi or ER」をkey wordsにして検索してみたのですが、
これと言ったヒットは有りませんでした。Nature Cell Biol. 2001, 3, 492
の要約に次のように記載されていましたので、この分野の研究は始まった
ばかりだという所で納得しました。「Many structural determinants for
G protein-coupled recptor functions have been defined, but little is
known concerning the regulation of their transport from the endoplasmic
reticulum to the cell surface.」

確かに１１１さんの解釈の方が無難ですね。私は次の段落に記述されている
Golgi protein のTM domain を伸ばした実験結果を意訳し過ぎたようです。

TM部位の安定化については、２８７さんのおっしゃるように疎水結合の関与
は無視できないと思います。一つのメチル基が疎水性から親水性の環境に出
る度に0.8kcal/mol不安定化されると計算されております。疎水性の強いTM部
位が膜からはみだすには５つのアミノ酸が全てAlaと仮定しても４- 8 kcal/mol
の消費となり、何等かの形で安定化させる策は取られると推測されます。
P589のtable10-1によるとERにもCholesterolやSphingomyelinが若干存在すること
になっておりますので、これらの分子の関与も否定できないと考えます。

Raftの件は111の説明で納得したのですが、
まだ317の当初の質問の、「7TMのようなタンパクがどのような形で
ゴルジ体の膜に取り込まれて輸送されるのでしょうか」というのが、
非常に気になっています。
上記したようにとてもよい質問だと思うのです。
何か見つけたらご教授ください。

>317
メチル基のデータのソースを教えていただけないでしょうか？
興味がございますので。

>287
ttp://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/projects/day/TDayDiss/HydrophobicEffect.html
Pace C., Evaluating the contribution of hydrogen bonding and hydrophobic bonding
to protein folding. Methods Enzymol. 259, 538-554 (1995).

メチル基のデータは上記ウェブサイトの博士論文から引用しました。
このデータの引用文献は上の通りです。私も文献にはまだ目を通していません。

サーバの調子が余り良くないため、書き込みが重複しているかもしれません。

>317
迅速なお返事ありがとうございます。

a g e

やっとレポート（超ワタクシゴト）が終了しました。
読むぞー。
すいません役に立たない発言で。。。

お疲れ様。
私もルームメイトの引越しなどでどたばたしています。。。

第14章読み終わりました。
光合成の電子伝達系はかなり奥が深そうですね。
去年のNatureに載っていたPhotosystem IのＸ線解析の論文から
孫引きで総説を幾つか読んでみたのですが、私の量子化学の知識では
太刀打ちできないことが判明しました。
比較的単純そうなフェロドキシン-NADPレダクターゼに関する反応機構の
論文が先月のアメリカ化学会誌に掲載されておりましたが、こちらも力及ばず
途中で諦めました。光合成のどの部分の解明が望まれているのかということさえ
理解できず自分の力不足を痛感しました。この辺に詳しい方、お助けください。

またまたワタクシゴトですが、
ただいまc.5だの6だのに戻っております。
だってテストなんだもーん（涙）。

というわけで14は後追いさせていただきます。
すまなんだー。しかし完走完走。
思ってみれば、テスト勉強を（少しでも）
英語でするようになるなんぞ、スレ参加前には
想像だにしなかったものです。やはりスレに感謝。

以上またもやひとりごと兼言い訳でした。

>317
私も一応目を通しました。
317のコメントを見て、勉強不足を自覚いたしました。
あえて取り組もうともしていないですから。
一つ思ったのですが、総説をいきなり読むのは相当大変だと思います。
もっとも総説がどういった目的で書かれているかによりますが、
基本的にはバックグラウンドの理解が前提とされている場合が多いですので。
僕は量子化学の知識など無に等しいので、まったく役に立たずすみません。

>のびちゃん
テストがんばってください。

ご無沙汰です。一時帰郷(？)です。
とりあえずc15途中ですが、忙しかったためあまり調子よく進んではいません。
c14も317を助けられるほどの理解は無いです。
そういえばもうすぐテストですね。懐かしい。
少しは余裕が出来そうなのでc15は頑張って読みます。

ご無沙汰してます。やっと１５章おわりました。
読むのにかなり時間を取られてしまいましたが、レセプターからのシグナル伝達系に
関連する分野がかなりすっきりと理解できました。遺伝子の解析から機能が分析され、
作用機序が明らかにされたシグナル伝達系もかなりあるようですね。
ここまで来ると、関連分野の文献等を読んだり講演を聴いたりする時に理解力の幅が
広まった事を実感します。残す所あと九章になりました。皆さん頑張りましょう。

あげときます。

僕ももう少しで読み終わります。。
みなさん順調に進まれているようでなによりです。

読んだけれど､果たして頭に入ったのかが心の底から疑問です。

ご無沙汰してます。
進んでますか。私は１６章の終盤にいます。
明日からサマーキャンプで、一週間森と泉に囲まれた田舎で生活します。
出てこれませんが、コピーを持って行き暇な時に読むつもりです。
一週間後に戻って来ます。

量スレあげ

実はここんとこ怠け気味です白状age。
言い訳するとですね。
他の分野も面白くて。
有機無機物化微生物etc...
cellのおかげでモチベーションあがったんでみなさんに感謝です。

いや、もちろんほそぼそと続行してますですよ。
夏休み中に目途をつけるぞage。

ペーパーバックとハードカバー，どちらがいいですかね？

あ

>>461
多分中身は何ひとつ（紙質までも）変わらないはずです。
表紙が立派になって重くなってプラス１万円……。
私は迷わずペーパーバックです。

>>463
ありがとうございます．
私も迷わずペーパーバック版購入することにします．

ペーパーバック版の表紙ってどうよ？ハードカバーと一緒？

465はﾃﾞｻﾞｲﾝの話ね（ｗ

>>465
ペーパーバック版の表紙はシルバー(ｶｺｲｲ!!!)だが
ハードカバーはどうなんだろう？