Cellを読むスレ

そうだ、ペースどうしましょう。
１．今のまま
２．2wk/chapter
３．10dy/chapter
４．50p < chapterなら2wk or 10dy、50p > chapterなら1wk
とりあえずの案です。

>>414
そんなことやってる暇あるなら読めばいいのに……。

神経関係は一冊本を持っておいた方がいいと思います。
111のあげてくれた本の他に、わりとコンプリヘンシブなテキストとして、
「Neurobiology」by shepherd
「Neuroscience:Exploring the Brain」by Bear et al
が、入門としてもいいと思います。
キャンデルのテキストは厚すぎですから。
膜電位、アクションポテンシャルなどの基礎項目は、The Cellの記述だけでは、
なかなかわかりにくいかもしれません。
Goldmanの式も載ってないですし。
あと、ネルンストの式など、電気化学について、昔紹介した、
アイゼンバーグのテキストの9章で解説されています。

P-typeとV-typeについてですが、
Molecular Cell Biologyの方に、まとめの表が載っています（590ページ）
<P-type>
H+ Na+ K+ Ca++
<V-type>
H+ only
P-typeは細胞膜上のポンプやsarcoplasmic reticulum上のCa++ポンプらがそれで、
V-typeは、Vacuoleやendosome、Lysosome膜上のポンプらしいっす。
ＰはPlasma MembraneのＰで、ＶはVacuoleか、VesiculeのＶかなー（推測)

ペースですが、10日で1章がいいペースかなー、と思います。
111の案３、ですね。
The Cellを読むだけなら、まえのペースより遅くなるので、
ペースがきつい人には良くなるでしょうし、
余力のある人は、レビューを紹介しあったり、
意見を交換したりもできますし。

＞のびちゃん
有機化学にはまっている、とのことですが、
すごくいいことだと思います。
The Cellを使った勉強は、あくまで、生物学の勉強の土台作りで、
そこから、いろんな学問分野に興味が広がって
勉強を進めていくのが理想だと思います。
分子系の生物学に、興味があれば、物理化学もどーぞ。

V-type は１４章で説明すると本文にあり明確に説明されていなかったので、
省略しました。しかし、１４章をみても分類に関する記述は見当たらないの
で、ここでまとめておいた方がいいようですね。２８７が引用した詳しい分
類に付け加える形になりますが、下にリンクを貼っておきます。ご参照くだ
さい。ミトコンドリアや葉緑体でATPを合成するのに用いられるのはF-type
と呼ばれるそうです。V-typeは多数のサブユニットで構成されるのに対して
一般にP-typeは一つのタンパクから成るようです。勿論、例外も発見されて
いるとのこと。

P-, V-, and F-Type
http://www.tb.noda.sut.ac.jp/~yamato/study/bioenerg/ehirae/ehirae.htm
http://www.blc.arizona.edu/courses/181gh/Lectures_WJG.01/membranes_F.01/transportL.html

P-Type details
http://biobase.dk/~palmgren/Palmgren&Axelsen.html

>>111
もし１１章の後半のまとめがあったら書き込んでください。こちらは１１章
読み終わりましたが、未だまとめていません。日曜日にでもやろうかなと計
画しておりました。よろしく。

>>all
ペースはお任せします。

書き込むと量があるので。。。っというか、恥ずかしいので。
ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/7170/

ATPaseのこと、ありがとうございました。
参考にさせていただきます。

c.13開始、ですね。てゆーか間違えて読み始めちゃってるんですが。

安っぽい表現ながら、Fig.13-8とか（他もだけど）に感動しちゃってます。
マジかよ!?　うまくできてるなー、ほんとに。と。溜息の出るばかり。
「ダーウィンの進化論で生命がこんなにうまくいくはずがない。
　そこには神の力が働いているに違いない!!」
　なんていう、いつだか読んだ根拠のない主張に
ちょっと傾きたくなっちゃうほどです。。。

>>111
よくまとめられてて感激です。
ペースについては、早くても構わないです。
どうせ消化不良には変わりないし（逃）。
ただ８月は諸々の事情により読めなそうなんですが。
でもお任せします。

>>287
せるに負けず劣らず、有機が今、楽しいんです。アツいっす。
物理化学、ですか。尻込み気味ですが、がんばってみたくなりました。

>>317
勉強になります。頼りにしてます。ものすごく。

287の希望がありましたので10dy/chapterでいきましょう。
キリが良いのでc13は6/10までということで。

>のびちゃん
fig.13-8はホントか？って私も感じてます。
adaptinが選択的に結合する配列があるのは事実ですから、
ここでいうcargo receptorとは一般的な受容体（LDLRとか←後で出てきます）だと思ってます。
ER→golgiで進んでいく普通のcytosolic proteinにあのような
cargo receptorがあるのかはについては多分、分かってないハズです。
少なくともERにおいてタンパクの詰め込みに関わるcargo receptorは
見つかっていないと聞きました。
それを探している先生もいらっしゃるようですし。
もうちょっとref読んでみようとおもってます。

あと、「お供」ではなく「引っ張っていく」ぐらいの気概でやって下さい（笑）。

あ、上のはclathrinとcop、混同してますね。すいません。

おはようございます。
ちょっと子供電話相談室的質問ですが、
Fig13-21で、ＥＲからゴルジにかけてのpHの勾配が示されていますが、
細胞内小器官内のpHって、どうやって測ってるのですか？
今まであまり考えたことなかったのですが、ふと疑問に思いました。
ご存知の方あれば教えてください。
あと章末のレビューなどを参考にしようと思ってタイトルを見ていても、
いまいちどれ読むといいのかなー、という感じです。
細胞内輸送はあまりしっかり勉強したことがありません。
お薦めのレビューなどびしばしあげていただけると幸いです（ふくらむ期待）。

cellよりもmolecular cell biology (authers:D.Baltimore, H.Lodish...) を読むべきだと
おもう。

>>428
why?

どちらも読んだ方がいいと思いますが、
僕は個人的にThe Cellが好きです。

実験の方が落ち着いてきました。
正直に言えばno ideaで煮詰まり気味です。うー。。。

>287
細胞内小器官の中のpH測定法、私も知りません。。。
例えばpHluorin（pH感受性蛍光タンパク質：GFPのmutant）を
目的小器官に発現させて蛍光量を測るとか、
vacuolar H+ pomp量を見積もって計算するとか。
いい加減な答えですみません。。。

小胞輸送に関するreviewをご所望とのこと。
とりあえずテキスト関連のものは章末のreviewのうち、興味のあるものだけ読んでます。
テキストとは関係なく読んだものとして紹介しますが、
確か、Curr. Opin. Cell Biol., vol13(4)がsortingの特集だったと思います。
（間違ってるかも知れませんが、同雑誌の2001年の４冊目だったと思います）
一つが短くまとまっているのでわかりやすいです。

c13はここが機能していなかった時期に読んだため、
全くまとめて（普段もまとまっていませんが）いませんでした。
のため、今回はいつもにもましてヒドイです。
が、とりあえず途中まで書きました。
ここに書くのも面倒なので適当にみてください。
ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/7170/c13.html
なにかありましたらとうぞ。

111、
毎度サンキュです。
ｐＨの件に関しては、まだ時間がとれず自分で調べられてません。。。
何か見つかれば報告します。
あと、reviewの件ありがとうございます。
早速チェックしてみます。

pH測定の件ですが、pH indicatorを使うのではないかなー、
と、聞いた人みんなが答えました。
pubmedでは、あまり良いジャーナルも出てこないし。
何か見つけた方、お教えください。
（それにしても、いつも僕がレスストッパーになってるな。。。）

>>みなさん
ゴルジ体の
Vesicular transport model と
Cisternal maturation model （Fig.13-30)
どっちだと思いますか？

「いまはこっちの考えの方が主流だ」とかでも構わないし、
第３の説とかあったらもっとかっこいいっすね。

自分は授業でならったのが transport model だったので
それを信じていたんですが、
maturation model をその時思いつかなかったのが
ちとくやしいです。はい。

>>431のところにとりあえず読んだ感想を書いておきました。
のびちゃん、そっち見てください。
最後のexocytosisのところはあまり心惹かれる記述は無かったです。
raftを意識して書いてあるのは分かりますが、
大したことは書いてないかな。。。
って、raftはまだ研究が進んでいる段階だからなんでしょうけど。

日本勝ちましたね！

ところで、endocytosisとシグナル伝達の関連の記述も
ほとんどなかったように思われます。
興味深い分野だと思いますが。。

>287
endocytosisとシグナル伝達？
PtdIns(4,5)P2とかの話ですか？PtdIns(4,5)P2関連ならば
たしか去年のJ. Cell Sci.にreviewが出ていたと思います。
あとは前に紹介したCurr. Opin. Cell. Biol., vol.13(4)のMartin TFのもいいかな。
今日は遊び疲れ。。。

とりあえず10日なのでc14へ。。。

Grb2が、internalizedされたEGFRにも結合しているとか、
Beta-arrestin（Lefkowitzのレヴュー参照）とか、
Pietro De camilliのReviewとか（Cell 2001 106:1-4）
等を念頭においての発言でした。
卒研のラボがシグナル伝達からみでしたので、つい、そこに関連付けてしまいます。。
PIP2に関してはよく知らないので、あげていただいたレビューを読みたいけれど、
時間がございません。。。。うー。

ご無沙汰しております。私も１３章おわりました。
一つ質問があります。
ゴルジ体の膜は細胞膜と比べて薄い（アミノ酸残基数として５―１０）ため、
膜タンバクはTM部位の長短によって細胞表面に輸送されるものとゴルジ体に
残り機能するものとに分けらるそうです。（ｐ７３１）トランスゴルジネット
ワークでは細胞膜と同じ厚さのLipid Raftが観測され膜タンパクはうまくこの
構造に保持され細胞表面に輸送されるようですが（ｐ７６３）、シスゴルジ
ネットワークではLipid Raftは存在しないのかと疑問に思いました。無いと
すると7TMのようなタンパクがどのような形でゴルジ体の膜に取り込まれて輸
送されるのでしょうか。TM部位が膜に対して斜めに入る構造が考えられます
が、TM部位が複数あるようなタンパクがこのような構造をうまく取ることが
出来るのか興味があります。それとも、Lipid Raftはシスゴルジネットワーク
にも存在するのか。自分でも調べてみます。

＝ 細胞膜の「仕切り」を世界で初めて発見　日本のグループ ＝
ttp://www.asahi.com/national/update/0610/029.html

今日の朝日の記事なのですが、もしかして111さんの研究グループ
の成果ではないのですか。

>317
おはようございます。
素晴らしい目のつけどころですね。小生は何も考えずにすっ飛ばしていたところです。。。
少し考えてみたのですが、まず、本文ではRaftはトランスゴルジネットワーク、
もしくは細胞膜でできる、とありますし、
pubmedで、「Lipid raft cis golgi network」と検索しても、なにもヒットしませんでした。
cisをtransにかえると、7件でてきました。
ですので、おそらく、まだ見つかっていないか、存在しないのかもしれないなと。
で、僕の浅はかな考えですが、
Raftのような、特別な構造はあとから（トランスゴルジネットワーク以降）できるが、
細胞膜に輸送される膜蛋白質の周りは、膜の厚さが、コレステロールのせいで厚くなってる、
と。で、ゴルジ体でプロセスされる間に、糖鎖が正しく付加及び修飾されて、
トランスゴルジネットワークで、レクチンの助けも借りつつ、Ｒａｆｔが形成される。
などと考えてみました。
ＴＭ部位は膜に埋め込まれているはずですから、317のおっしゃるように、斜めに入るか、
膜がその分厚くなるか、の二つだと思うのです。
他の方の意見もお聞かせ願えれば幸いです。

>317
cholesterolはraft構造維持に重要であることが指摘されています。
また、raftにはsphingolipidが多く存在していることが知られています。
sphingolipidはgolgiで様々な修飾を受けることが知られています。
で、そのように修飾を受けるうちにsphingolipid-richなdomainが形成され、
そこへcholesterolが濃縮されるとの考えが「おそらく」一般的なものだと思います。
全部は読んでいませんが、
Physiol. Rev., vol.81, 1689-のabstructには以下のような記述があります。
「As Golgi cisternae mature, ongoing sphingolipid synthesis attracts
endoplasmic reticulum-derived cholesterol and drives a fluid-fluid lipid phase separation
that segregates sphingolipids and sterols from unsaturated glycerolipids into lateral domains.
While sphingolipid domains move forward, unsaturated glycerolipids are
retrieved by recycling vesicles budding from the sphingolipid-poor environment. 」
従って、lipid raftやcaveolaeはtrans-golgi付近が出発点であるとの見方が一般的と思います。

あと、膜タンパク質のsortingとの関わりについて。
全ての疎水性領域が膜を貫通している必要は無いですよね。
疎水性領域が短すぎると膜貫通領域を形成できないですが、
疎水性領域の一部がcytosolなりlumenへはみ出ていても問題はないと考えます。
私はあの記述は「短いTMを持つタンパク質はraftへ集積する確率が低い」と解釈しました。

>287
raft形成の原動力は疎水性の足の部分です。
"self"-aggregation/attractionです。
タンパク質等は関係ないということになってたと思います。
脂質組成に関わるような（つまりdomainの形成に関わるような）
タンパクは報告例が無いと思います。（脂質生合成、輸送に関わるもの以外で）
caveolin？これは構造安定化には関わると思いますが（これもアヤシイ？）、
脂質組成には関係がないということになっていたのではないでしょうか？

私は楠見研じゃないです。
楠見先生の研究は興味深く横から眺めているっといった感じです。
（つまりは同じような研究をしているわけじゃないってことです）
今は在京のラボにお世話になっていますが、
前にも書きましたとおり木曜日からまた別のラボへ実験させてもらいに行ってきます。
そういうわけで、木曜以降、出てこれるかどうか分かりません。あしからず。

>111
ご指摘ありがとうございます。
Fig13-63に、レクチンは安定化に役立つ「かも」しれない、とありますので、
愚見をさらした次第であります。
読み返すと非常に誤解をまねく書き方をしていて申し訳ないです。
111にあげていただいた、Raftのレヴューもなかなか目を通す余裕がない次第でして。。。

蛋白質のTM部位の話ですが、熱力学的にみれば、
疎水性残基の多いドメインが膜からはみ出すのは熱力学的に、コストがかかります。
むしろなるべく膜のなかにとどまろうとするはず。
短いTMの蛋白質がRaftにとどまれないのも、
親水性ドメインが膜のなかに入りこむコストが高いから、
むしろ薄い膜に集まる方が安定だからだと考えます。

>287, 111

コメントありがとうございます。

私も「GPCR と Golgi or ER」をkey wordsにして検索してみたのですが、
これと言ったヒットは有りませんでした。Nature Cell Biol. 2001, 3, 492
の要約に次のように記載されていましたので、この分野の研究は始まった
ばかりだという所で納得しました。「Many structural determinants for
G protein-coupled recptor functions have been defined, but little is
known concerning the regulation of their transport from the endoplasmic
reticulum to the cell surface.」

確かに１１１さんの解釈の方が無難ですね。私は次の段落に記述されている
Golgi protein のTM domain を伸ばした実験結果を意訳し過ぎたようです。

TM部位の安定化については、２８７さんのおっしゃるように疎水結合の関与
は無視できないと思います。一つのメチル基が疎水性から親水性の環境に出
る度に0.8kcal/mol不安定化されると計算されております。疎水性の強いTM部
位が膜からはみだすには５つのアミノ酸が全てAlaと仮定しても４- 8 kcal/mol
の消費となり、何等かの形で安定化させる策は取られると推測されます。
P589のtable10-1によるとERにもCholesterolやSphingomyelinが若干存在すること
になっておりますので、これらの分子の関与も否定できないと考えます。

Raftの件は111の説明で納得したのですが、
まだ317の当初の質問の、「7TMのようなタンパクがどのような形で
ゴルジ体の膜に取り込まれて輸送されるのでしょうか」というのが、
非常に気になっています。
上記したようにとてもよい質問だと思うのです。
何か見つけたらご教授ください。

>317
メチル基のデータのソースを教えていただけないでしょうか？
興味がございますので。

>287
ttp://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/projects/day/TDayDiss/HydrophobicEffect.html
Pace C., Evaluating the contribution of hydrogen bonding and hydrophobic bonding
to protein folding. Methods Enzymol. 259, 538-554 (1995).

メチル基のデータは上記ウェブサイトの博士論文から引用しました。
このデータの引用文献は上の通りです。私も文献にはまだ目を通していません。

サーバの調子が余り良くないため、書き込みが重複しているかもしれません。

>317
迅速なお返事ありがとうございます。

a g e

やっとレポート（超ワタクシゴト）が終了しました。
読むぞー。
すいません役に立たない発言で。。。

お疲れ様。
私もルームメイトの引越しなどでどたばたしています。。。

第14章読み終わりました。
光合成の電子伝達系はかなり奥が深そうですね。
去年のNatureに載っていたPhotosystem IのＸ線解析の論文から
孫引きで総説を幾つか読んでみたのですが、私の量子化学の知識では
太刀打ちできないことが判明しました。
比較的単純そうなフェロドキシン-NADPレダクターゼに関する反応機構の
論文が先月のアメリカ化学会誌に掲載されておりましたが、こちらも力及ばず
途中で諦めました。光合成のどの部分の解明が望まれているのかということさえ
理解できず自分の力不足を痛感しました。この辺に詳しい方、お助けください。

またまたワタクシゴトですが、
ただいまc.5だの6だのに戻っております。
だってテストなんだもーん（涙）。

というわけで14は後追いさせていただきます。
すまなんだー。しかし完走完走。
思ってみれば、テスト勉強を（少しでも）
英語でするようになるなんぞ、スレ参加前には
想像だにしなかったものです。やはりスレに感謝。

以上またもやひとりごと兼言い訳でした。

>317
私も一応目を通しました。
317のコメントを見て、勉強不足を自覚いたしました。
あえて取り組もうともしていないですから。
一つ思ったのですが、総説をいきなり読むのは相当大変だと思います。
もっとも総説がどういった目的で書かれているかによりますが、
基本的にはバックグラウンドの理解が前提とされている場合が多いですので。
僕は量子化学の知識など無に等しいので、まったく役に立たずすみません。

>のびちゃん
テストがんばってください。

ご無沙汰です。一時帰郷(？)です。
とりあえずc15途中ですが、忙しかったためあまり調子よく進んではいません。
c14も317を助けられるほどの理解は無いです。
そういえばもうすぐテストですね。懐かしい。
少しは余裕が出来そうなのでc15は頑張って読みます。

ご無沙汰してます。やっと１５章おわりました。
読むのにかなり時間を取られてしまいましたが、レセプターからのシグナル伝達系に
関連する分野がかなりすっきりと理解できました。遺伝子の解析から機能が分析され、
作用機序が明らかにされたシグナル伝達系もかなりあるようですね。
ここまで来ると、関連分野の文献等を読んだり講演を聴いたりする時に理解力の幅が
広まった事を実感します。残す所あと九章になりました。皆さん頑張りましょう。

あげときます。

僕ももう少しで読み終わります。。
みなさん順調に進まれているようでなによりです。

読んだけれど､果たして頭に入ったのかが心の底から疑問です。

ご無沙汰してます。
進んでますか。私は１６章の終盤にいます。
明日からサマーキャンプで、一週間森と泉に囲まれた田舎で生活します。
出てこれませんが、コピーを持って行き暇な時に読むつもりです。
一週間後に戻って来ます。

量スレあげ

実はここんとこ怠け気味です白状age。
言い訳するとですね。
他の分野も面白くて。
有機無機物化微生物etc...
cellのおかげでモチベーションあがったんでみなさんに感謝です。

いや、もちろんほそぼそと続行してますですよ。
夏休み中に目途をつけるぞage。

ペーパーバックとハードカバー，どちらがいいですかね？

あ

>>461
多分中身は何ひとつ（紙質までも）変わらないはずです。
表紙が立派になって重くなってプラス１万円……。
私は迷わずペーパーバックです。

>>463
ありがとうございます．
私も迷わずペーパーバック版購入することにします．

ペーパーバック版の表紙ってどうよ？ハードカバーと一緒？

465はﾃﾞｻﾞｲﾝの話ね（ｗ

>>465
ペーパーバック版の表紙はシルバー(ｶｺｲｲ!!!)だが
ハードカバーはどうなんだろう？