Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ教信者大集合
78 ：エピゲネ教祖 ：02/02/18 17:39
>77
その通りじゃ。えっ、メカニズム？
・・・・・・・(^_^;)
その通りじゃ。えっ、メカニズム？
・・・・・・・(^_^;)
79 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/18 17:43
１＞
Allan Wolffeって、死んじゃったの？
まだ若かったんでしょ？
関係なくてスマンけど、、
Allan Wolffeって、死んじゃったの？
まだ若かったんでしょ？
関係なくてスマンけど、、
80 ：エピゲネ教祖：02/02/18 17:46
81 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/18 17:50
分野はちょっと違うけど、僕もAlan Wolffe氏の
Chromatinは持ってます。
しかし、、、何とも残念なことですね。
Chromatinは持ってます。
しかし、、、何とも残念なことですね。
82 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/18 17:59
Oriは、なぜそこから始まるのでしょうか？
どうやってOriは決められたのでしょうか？
どうやってOriは決められたのでしょうか？
83 ：エピゲネ教祖 ：02/02/19 02:40
>82
それエピゲネかい？
ふつうのgeneticsは詳しくないのでごめんなさい。
他のスレでどうぞ・・・
それエピゲネかい？
ふつうのgeneticsは詳しくないのでごめんなさい。
他のスレでどうぞ・・・
84 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/19 18:18
>>82
ORCがついてる
ORCがついてる
85 ：すかべんじ：02/02/21 01:59
教祖、target methylationの心をお教え下さい。
転写因子または子ファクターによって遺伝子の特異性は規定されているのでしょうか。
どれくらいの数の因子が分かっているのですか？
転写因子または子ファクターによって遺伝子の特異性は規定されているのでしょうか。
どれくらいの数の因子が分かっているのですか？
86 ：エピゲネ教祖：02/02/21 17:34
>85
Target methylation & demethylationはまさに私がこれから
自分の系を用いて観てみようとしてる分野です。ということは・・・
まだほとんどわかってないんだね。
すかべんじ氏も特定の興味がおありですか？
Target methylation & demethylationはまさに私がこれから
自分の系を用いて観てみようとしてる分野です。ということは・・・
まだほとんどわかってないんだね。
すかべんじ氏も特定の興味がおありですか？
87 ：エピゲネ教祖 ：02/02/25 03:01
別スレを立てたかたがいらっしゃるみたいなので、あげとくね。
88 ：エピゲネ教祖：02/02/27 06:22
今投稿準備中のペーパーが旅立ったら、今まで溜まってた質問に
お答えします。それまでは、しばしの時間稼ぎ。
お答えします。それまでは、しばしの時間稼ぎ。
89 ：すかべんじ：02/02/27 17:10
教祖、遺伝子特異的な抑制機構に興味があります。
特定の因子ということよりも、どの程度以前から言われている因子の関与、
例えばDnmt1とRBなどは、信用されているのか？というのが素人からの疑問です。
とちょこっとだけ書いてあげときます。
特定の因子ということよりも、どの程度以前から言われている因子の関与、
例えばDnmt1とRBなどは、信用されているのか？というのが素人からの疑問です。
とちょこっとだけ書いてあげときます。
90 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/28 16:44
教祖ーーー！さがってます！
91 ：初書き込み！！：02/02/28 21:07
学生なんだけど、生物のイイ参考書ってないのかなー？あったら教えて欲しいなー
92 ：エピゲネ教祖 ：02/02/28 21:40
明日投稿します。初のメジャー挑戦。しかし、エピゲネではないの・・・
教祖の皆さんのもう少しのご辛抱をお願いしたく存じます。
>91
大学生？だったら明日発売のＣｅｌｌ買いましょうね。
教祖の皆さんのもう少しのご辛抱をお願いしたく存じます。
>91
大学生？だったら明日発売のＣｅｌｌ買いましょうね。
93 ：エピゲネ教祖：02/03/01 04:02
「教祖の皆さん」→「信者の皆さん」の間違いです。<(_ _)>
それとＣｅｌｌの発売は延期みたいですね。
それとＣｅｌｌの発売は延期みたいですね。
94 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/03 15:59
メチルかを完全になくしたら、クローンは簡単にできるのですか？
95 ：エピゲネ教祖：02/03/04 00:49
>94
DNAメチル化を極端に減らしてしまうと、マウスでは死んでしまいます。
（Dnmt1ノックアウト）
だけども、メチル化の少ない生物はいます。ハエやエレガンスなどが
そうです。
>89
Dnmt1はメチル化を維持する酵素なので、改めて遺伝子発現を止めることは
しません。一時期MBD2というメチル化結合因子が、新規のメチル化を導入
するとして注目されましたが、どうもデマだったようです。既にメチル基
が導入された領域は、MeCP2などのメチル化結合因子がHDACなどをリクルート
することで発現がオフになります。
Rbはようしりましぇーん。
DNAメチル化を極端に減らしてしまうと、マウスでは死んでしまいます。
（Dnmt1ノックアウト）
だけども、メチル化の少ない生物はいます。ハエやエレガンスなどが
そうです。
>89
Dnmt1はメチル化を維持する酵素なので、改めて遺伝子発現を止めることは
しません。一時期MBD2というメチル化結合因子が、新規のメチル化を導入
するとして注目されましたが、どうもデマだったようです。既にメチル基
が導入された領域は、MeCP2などのメチル化結合因子がHDACなどをリクルート
することで発現がオフになります。
Rbはようしりましぇーん。
96 ：エピゲネ教祖 ：02/03/10 08:01
最近はやりのクローン動物や幹細胞生物学も、エピゲネを注目し始めて
ます。興味のあるみなさーん、どんどん入信してくだされ。
（布教活動に余念のない教祖でしょ）
ます。興味のあるみなさーん、どんどん入信してくだされ。
（布教活動に余念のない教祖でしょ）
97 ：エピゲネ教祖：02/03/12 06:20
Jaenischさんに脱帽。今度ウイーンに会いに行きます。
98 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/23 07:08
ageru
99 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/23 11:01
なぜ遺伝子発現制御といわずにエピゲネというのか？？
言葉のトリックにすぎんな
言葉のトリックにすぎんな
100 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/23 12:24
MAR興味ありあり。
その実体は？？
その実体は？？
101 ：エピゲネ教祖 ：02/03/23 16:11
>99
迷える子羊を発見しました。
エピゲネが根本的にご指摘の遺伝子発現制御と一線を画しているのは、
通常の転写因子による遺伝子制御は「時と場合によって」同じ因子が
発現していても、結果が左右されることがあることです。この様々な
状況をエピゲネが作り出してる訳です。そこの区別を明確にしたいが
ために、Epigeneticsという言葉を用いているのですね。
>100
MARをゲノム上で発見するソフトなるものがあるそうですね。
教祖も大変興味を持っている領域です。最近聞いた話では、MARが
ゲノムインプリンティング現象におけるひとつのインプリントだと
いうものがありました。今投稿中だそうですから、詳細はもうちょっと
待たないとわかりませんが・・・
迷える子羊を発見しました。
エピゲネが根本的にご指摘の遺伝子発現制御と一線を画しているのは、
通常の転写因子による遺伝子制御は「時と場合によって」同じ因子が
発現していても、結果が左右されることがあることです。この様々な
状況をエピゲネが作り出してる訳です。そこの区別を明確にしたいが
ために、Epigeneticsという言葉を用いているのですね。
>100
MARをゲノム上で発見するソフトなるものがあるそうですね。
教祖も大変興味を持っている領域です。最近聞いた話では、MARが
ゲノムインプリンティング現象におけるひとつのインプリントだと
いうものがありました。今投稿中だそうですから、詳細はもうちょっと
待たないとわかりませんが・・・
102 ：100：02/03/23 16:39
>MARをゲノム上で発見するソフトなるものがあるそうですね。
え、本当ですか！？使ってみたい。どこで手にはいるのでしょう？
ちと論文検索してみます。
MARに関しては、もしかすると人によって全く違うものを追っている
のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・
え、本当ですか！？使ってみたい。どこで手にはいるのでしょう？
ちと論文検索してみます。
MARに関しては、もしかすると人によって全く違うものを追っている
のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・
103 ：エピゲネ教祖 ：02/03/23 16:53
>もしかすると人によって全く違うものを追っている
>のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・
そうかも知れません。（藁
重松先生は「目で見る」のがベストだと・・・
今ちょっと件のソフトについては詳細がわかりませんが、
わかり次第アップします。
>のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・
そうかも知れません。（藁
重松先生は「目で見る」のがベストだと・・・
今ちょっと件のソフトについては詳細がわかりませんが、
わかり次第アップします。
THNXです。＞ソフト
Genome Res 2002 Feb;12(2):349-54
In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences.
Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I, Werner T.
教祖様、どうやらこれではないかと思われます。
In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences.
Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I, Werner T.
教祖様、どうやらこれではないかと思われます。
MAR-Finder (Singh, Kramer and Krawetz, 1997) and
ChrClass (Glazkov, Rogozin and Glazko, 1998) are
compared and it is concluded that both programs
can be recommended for analysis of eukaryotic genomes
こんな情報もﾊｹｰﾝされました！
ChrClass (Glazkov, Rogozin and Glazko, 1998) are
compared and it is concluded that both programs
can be recommended for analysis of eukaryotic genomes
こんな情報もﾊｹｰﾝされました！
107 ： エピゲネ教祖 ：02/03/23 18:54
了解です。
友人のよく使っているのはMAR-Finderの方だと思います。
１００さん、ご苦労様です。
友人のよく使っているのはMAR-Finderの方だと思います。
１００さん、ご苦労様です。
108 ：エピゲネ教祖 ：02/04/01 07:03
100さん、
先日MARサブ教祖に話をしてきました。彼は染色体がMARにくっついていることが、その遺伝子発現の決定因子であると断言しました。つまりPol2が遺伝子にくっつくのではなく、遺伝子が活性化したMARに近づくのだそうです。
ホントの証明はこれからでしょうね！
先日MARサブ教祖に話をしてきました。彼は染色体がMARにくっついていることが、その遺伝子発現の決定因子であると断言しました。つまりPol2が遺伝子にくっつくのではなく、遺伝子が活性化したMARに近づくのだそうです。
ホントの証明はこれからでしょうね！
109 ：100：02/04/01 09:48
おお、情報をありがとうございます。
断言・・・きっと何か確信に足る状況証拠があるのでしょうね。
これからが楽しみです。
断言・・・きっと何か確信に足る状況証拠があるのでしょうね。
これからが楽しみです。
110 ：学生信者：02/04/02 23:52
こんにちは、教祖様｡Ｘ染色体不活化、クロマチンリモデリング、ＤＮＡメチル化
辺りに興味を持ち始めている一学生です｡
ＤＱＮ学生ではありますが、今後の身の振り方についてご指導お願いします｡
ちなみに、Natureは毎週欠かさず興味のある分野は目を通しています｡
辺りに興味を持ち始めている一学生です｡
ＤＱＮ学生ではありますが、今後の身の振り方についてご指導お願いします｡
ちなみに、Natureは毎週欠かさず興味のある分野は目を通しています｡
111 ：エピゲネ教祖 ：02/04/03 01:35
学生信者さん初めまして。
なかなかいいところに興味が向いていらっしゃるようです。
まず、一生一学徒としてやっていくだけの覚悟があるかどうかですね。
もし（建前だけでも）イエスなら、エピゲネは避けて通れないよ(^o^)
さてまじめな話、これまでは遺伝子発現調節の各論を、各ラボで断片のみを
見てきた時代でした。しかしこれからは、エピゲネを含めてこれらを包括的
に見ていく必要が出てきそうです。遺伝子アレルの核内の位置はどうか、RNA
のturnover、splicingはどう連動しているのか。これらが「これからの」
サイエンスであると思います。ではどう身を振るべきでしょうか？初めは
やっぱり得意分野を作ることが大切です。この意味でどこで研究していても
基本姿勢を守っておけばOKだと思います。
是非論文読んでて面白いことを思いついた日には、ここにアップしてみて
下さい。
なかなかいいところに興味が向いていらっしゃるようです。
まず、一生一学徒としてやっていくだけの覚悟があるかどうかですね。
もし（建前だけでも）イエスなら、エピゲネは避けて通れないよ(^o^)
さてまじめな話、これまでは遺伝子発現調節の各論を、各ラボで断片のみを
見てきた時代でした。しかしこれからは、エピゲネを含めてこれらを包括的
に見ていく必要が出てきそうです。遺伝子アレルの核内の位置はどうか、RNA
のturnover、splicingはどう連動しているのか。これらが「これからの」
サイエンスであると思います。ではどう身を振るべきでしょうか？初めは
やっぱり得意分野を作ることが大切です。この意味でどこで研究していても
基本姿勢を守っておけばOKだと思います。
是非論文読んでて面白いことを思いついた日には、ここにアップしてみて
下さい。
112 ：エピゲネ教祖（ただいま勉強中） ：02/04/05 12:00
ヒストンの修飾で、リン酸化はMAPKからくると言われています。
いま、細胞分化の際のエピゲネ的変化で、この辺を追っかけようと考え始め
ています。いまのところ、この領域はＩＥＧ（初期応答遺伝子）に限って
話が進んでいますが、もっと広く考えて、シグナル伝達系の記憶としての
ヒストン修飾の役割を模索しています。
どなたかうんちくを述べてください。
いま、細胞分化の際のエピゲネ的変化で、この辺を追っかけようと考え始め
ています。いまのところ、この領域はＩＥＧ（初期応答遺伝子）に限って
話が進んでいますが、もっと広く考えて、シグナル伝達系の記憶としての
ヒストン修飾の役割を模索しています。
どなたかうんちくを述べてください。
113 ：エピゲネ教祖（ただいま勉強中） ：02/04/15 21:25
なんか激しく下がってるような・・・
MAPKの勉強してたらGSK3betaの方に話が向かって来てます。えらいこっちゃ。
MAPKの勉強してたらGSK3betaの方に話が向かって来てます。えらいこっちゃ。
114 ：エピゲネサラリーマン：02/04/16 20:55
Dnmt1とRBは直接相互作用するぞ！ なんで、G1期にそんな結合をしてるんだ？
115 ：名無しゲノムのクローンさん：02/04/16 22:52
結局エピゲネもシグ伝と同じでクロストークの嵐で頭こんがらがって終わりだな
（細かい知識振り回すオタクが出てつまらなくなる）
（細かい知識振り回すオタクが出てつまらなくなる）
116 ：エピゲネ教祖：02/04/17 01:45
エピゲネサラリーマンさんは、エピゲネと細胞周期をご覧になってるのですか？教祖は興味があってもなかなか手が出せません。
できればシグナルとエピゲネをつなげたいんですが・・・
Oxfordにやってるひとがいるみたいなんです。
できればシグナルとエピゲネをつなげたいんですが・・・
Oxfordにやってるひとがいるみたいなんです。
117 ：エピゲネサラリーマン：02/04/19 08:18
現在はバイオ機器の会社で働いてますが、昔Dnmtの研究に関与したことがあります。
最近の認識としてDnmt1は維持型のメチル化を行うだけではなくて、他の因子
の活性を調節する可能性が示唆されてます。その例として、症状バエではDnmt1
ホモログがみつかってますがメチル化活性はありません。細胞周期におけるDnmt1
の他の役割については現在全くの未開拓分野でおもしろいとおもうんだけどなぁ
マニアックあんど長くてスマソ
最近の認識としてDnmt1は維持型のメチル化を行うだけではなくて、他の因子
の活性を調節する可能性が示唆されてます。その例として、症状バエではDnmt1
ホモログがみつかってますがメチル化活性はありません。細胞周期におけるDnmt1
の他の役割については現在全くの未開拓分野でおもしろいとおもうんだけどなぁ
マニアックあんど長くてスマソ
118 ：エピゲネ教祖：02/04/19 13:56
エピゲネサラリーマンさん、こんちわ。
そうでしたね。ハエではDnmtのみならず、MBDまであるんですよね。まったくなにしてるんでしょう？
Dnmt1に関しては、最近の論文でDnmt3との協調によって完全なメチル化維持を施している、というのがありました。
今日本にEn LiのところからDnmt3をクローニングしたひとがかえってきて、神戸のCDBにいらっしゃるので、（お名前はど忘れ！）さらなる発展が待ち遠しいですね。
そうでしたね。ハエではDnmtのみならず、MBDまであるんですよね。まったくなにしてるんでしょう？
Dnmt1に関しては、最近の論文でDnmt3との協調によって完全なメチル化維持を施している、というのがありました。
今日本にEn LiのところからDnmt3をクローニングしたひとがかえってきて、神戸のCDBにいらっしゃるので、（お名前はど忘れ！）さらなる発展が待ち遠しいですね。
119 ：エピゲネ教祖 ：02/04/21 06:13
信者の皆さん、デメチラーゼのクローニング方法について語りましょう。
まず私から。
ヒトゲノムの配列から、DnmtとMBDのホモログを探し、抗体を作り、雄性前核が染まるものを同定する。
当たれば、楽々ネーチャーアーティクル。（でもMBD2の例もあるし・・・）
まず私から。
ヒトゲノムの配列から、DnmtとMBDのホモログを探し、抗体を作り、雄性前核が染まるものを同定する。
当たれば、楽々ネーチャーアーティクル。（でもMBD2の例もあるし・・・）
定期ｱｹﾞ
121 ：エピゲネサラリーマン：02/05/02 17:16
ヒト細胞抽出液からデメチラーゼ活性のある分画を精製してきて、マスで同定。
デメチラーゼ活性なんてどうやってはかるんだ？
それよりも新規のメチルトランスフェラーゼの同定のほうが確率高くないか？
もう一つぐらいあるだろ。
デメチラーゼ活性なんてどうやってはかるんだ？
それよりも新規のメチルトランスフェラーゼの同定のほうが確率高くないか？
もう一つぐらいあるだろ。
>121
その線で見つかる気がします。確実にデメチル化が起きてる細胞を使うことが大前提です。
活性は、プラスミﾄﾞでメチル化して、メチル感受性酵素で切れないことを確認後、その抽出液で処理後、切れればＯＫ。
それにしても、楽ではないです。
その線で見つかる気がします。確実にデメチル化が起きてる細胞を使うことが大前提です。
活性は、プラスミﾄﾞでメチル化して、メチル感受性酵素で切れないことを確認後、その抽出液で処理後、切れればＯＫ。
それにしても、楽ではないです。
123 ：エピゲネ教祖：02/05/02 21:15
済みません。下げてました。
124 ：エピゲネサラリーマン：02/05/03 00:06
教祖様。なるほど基本技でデメチラーゼ活性を追うことができるんですね。
問題はメチル化因子をつぶした細胞が必要ですか。。。こっちのほうが大変
そうですね。昔新規のメチルトランスフェラーゼの存在の可能性がネイチャー
に載っていた記憶があるのですが、Dnmt1とDnmt3をダブルでつぶすと、ゲノム
のメチル化はどうなるんでしょうか？最近の事情は知らないのですみません。
問題はメチル化因子をつぶした細胞が必要ですか。。。こっちのほうが大変
そうですね。昔新規のメチルトランスフェラーゼの存在の可能性がネイチャー
に載っていた記憶があるのですが、Dnmt1とDnmt3をダブルでつぶすと、ゲノム
のメチル化はどうなるんでしょうか？最近の事情は知らないのですみません。
125 ：エピゲネ教祖：02/05/03 02:10
ダブルで潰すと、ほぼ完全にメチル化が取れます。（最近のサイエンス）
確実なデメチル化というと、受精後の雄性前核ぐらいしか思いつきません。もっとごっそりとって来れる出発材料はないものかなあ？
確実なデメチル化というと、受精後の雄性前核ぐらいしか思いつきません。もっとごっそりとって来れる出発材料はないものかなあ？
126 ：信者：02/05/03 16:46
教祖様は、親世代が受けた各種のストレスが、その親の生産した
配偶子の遺伝子発現にどの程度影響を与えると御考えですか？
脊椎動物を中心にお答えいただければ幸いです。
配偶子の遺伝子発現にどの程度影響を与えると御考えですか？
脊椎動物を中心にお答えいただければ幸いです。
127 ：エピゲネ教祖：
信者さんこんにちわ。
これは他のスレにありました、獲得形質が云々というあれですね。
実は、あのスレに３で書き込んだのはわたしだ！
これはepigenetic inheritanceと呼ばれる現象です。遺伝子レベルで言うと、獲得形質がgeneticな影響を与えることは考えられません。
そこでエピゲネ！さすが信者さん、正しいスレに書き込まれましたね。
しかし問題発生。私自身、あのNature Geneticsの内容は覚えていないのです。
お待ち頂ければ調べてみますが、当教会には非常に優秀な信者さんが多数いらっしゃるので、そちらからの援護射撃にも期待してください。
これは他のスレにありました、獲得形質が云々というあれですね。
実は、あのスレに３で書き込んだのはわたしだ！
これはepigenetic inheritanceと呼ばれる現象です。遺伝子レベルで言うと、獲得形質がgeneticな影響を与えることは考えられません。
そこでエピゲネ！さすが信者さん、正しいスレに書き込まれましたね。
しかし問題発生。私自身、あのNature Geneticsの内容は覚えていないのです。
お待ち頂ければ調べてみますが、当教会には非常に優秀な信者さんが多数いらっしゃるので、そちらからの援護射撃にも期待してください。