生物物理学のスレッド

見かけないようなので起ててみました．
生理学とは何処が違うんでしょうか？

２

漏れ、掲示板。

>>1
生命を物理科学的に理解するとともに、その応用を目指す学問です。
簡単（でもないが）なところではイオンチャネルの研究なんかがそうです。
詳しいことを聞きたければ、生物板でたててみたらどうでしょう？

４のせいでおわってしまったのか、ここは。

もっと詳しい事募集。

例えば極めて重いたんぱく質をイオン源に入れて精密に質量分析
したり、結晶をつくって放射光施設で構造解析するような、
手法的に物理に近いような生物学研究があったと思うんだけど、
あれを実際にやっているのは物理生物分野の方なんでしょうか？
重イオン加速器でネズミに照射する（癌の研究をしているのかな？）
研究って、主に物理とは関係ない生物の方が主にやっていると
聞いたことがありますが。

もっと。

＃々々々 ってなんて読むんですか？

　生化学と生物物理の違いは何？

>>7
シャープシャープシャープシャープ

>>9 わらた

>>8
よく分かんない。素人目から見て「手法で分けているのかな」
って昔は勝手に思っていた(放射光とか中性子を使った淡白質
構造解析、レーザーを使ったDNAのシーケンス解析、X線回折等の
物理っぽい手法を使うのが生物物理なのか？？)けど、話を聞くと
そうじゃないらしい。大学の物理学科の中にある生物研究室では
以外とオーソドックスな方法を使っていたりして(遺伝子を試験管に
入れてドリフトさせて質量分析させるとか、ハエやネズミに突然変異を
おこさせるとか)、反対にSpring-8なんかには生物学科の中の分子
生物学の人が来ていたりするようだ。
　分子生物学って今爆発している分野だから、あまり住み分けが
進んでいないのではないだろうか？(←勝手な思い込み？)。
生物物理の方って、例えば日本物理学会で発表せずに、生物の
学会に出るんじゃない？

私の印象では、もっともやるべき事は物理的な原理
（力学や熱力学など）にもとづいた生体系の考察ではないかと
思ってます。筋肉でどのようにして運動が発生するか、
神経回路網では熱的な雑音を如何にして制御しているのか、
光学系としての人間の眼とか、いろいろ。
ってちゃんとやっていると思うんですが。
なんか知っていたら教えてくれません？

漏れ的には、装置開発の部分が最後に残ったような気がするね。
昔、もっと夢があった時代には気の研究なんかをしてた人もいたらしい。
（それをバブルというのか...？）

バーカ。「タンパク質の折り畳み問題」が王道だよ

このままだと終わってしまいそうな気がするので問題を一つ。

生命にとって、炭素と珪素の一番大きな違いは何なのか？
周期表が一列違うだけでえらく状況が違うのはなぜ？

気が向いたら、話の合間にでも答えてよ。

>>14
知ってて書いてる？

当たり前だ

>>15
??? 最外殻電子の数が同じだしな。呼吸して酸素と結合すると
　　炭素ならガスになって(CO_2)生命体から勝手に逃げるけど
　　珪素は石英になる(SiO2)から？呼吸するたびに体内に石英が
　　堆積したら死んじゃいそう。

>>14
ねえ。僕に言ってるの？ねえ？がーん。

>>14
どんな問題？
タンパク質の立体構造と関係あるのか？

>>14
素粒子でやるネタが尽きた時に考える問題です。

あたしゃ、折りたたまれた後のタンパクをやってるよ。

>>21
それを言っちゃまずいだろ！

>>20
簡単にいうとだな、タンパク質の立体構造は、アミノ酸配列と
溶媒条件を決めると一意的に決まると信じられてるわけだわさ。
（Anfinsenのドクマ）。ところがだ。あるアミノ酸配列が与えられた
時にタンパク質がどうやって、どのような立体構造作るのか？
えらい学者さんが４０年にわたって延々と努力しているにも関わらず
未だに解決していないんだわさ。それにな、タンパク質がランダムな
状態から全くのランダムサーチで天然構造に到達すると仮定すると、
折り畳みに要する時間は天文学的な数値になってしまうんだよな。
しかーし、実際のタンパク質はすばやく天然構造に折り畳んじゃうわけよ。
（Levinthalのパラドックス）
これらが、タンパク質の折れ畳み問題の中心課題だな。
もちろん、これに関連したいろんな周辺の研究はうんざりするほどたくさんあるぞ。
何せ、今最もお金のつく研究課題の一つだからな。国家プロジェクトが
ぼこぼこ立ち上がってるぞ！
ただな、現状は乱流やガラスの研究のように似たり寄ったりな研究が雨後のたけのこの
ように乱発して、なんでもありの泥沼にはまってきてる兆候が現れてるので
危惧してるんだがな。

だれか分子モーターやっている人いる？

物理と生物は高校レベルじゃなんの共通点もないよ！だって両方できるやついないもの！

>>26
物理と生物で受験しましたが何か？
ちなみにセンター生物満点。

物理と生物の組み合わせで受験できるの？？

>>25
阪大の医学部でお医者さんと若い物理出身のひとが混じってなんかやってるよ。
物理の理論の一部が「ラチェット」という名前でやってるよ。でも日本ではあまり
メジャーじゃないみたい。ＰＲＬにいくつか論文載ってるのみたけど、そのうち
しらべてあげるよ。

>>28
漏れの時代だと可能だった
今でも二次は取れると思うが、センターで不利になる(物と生が同じ
時間にやる)のでちょっと冒険になるかもしれない、とか思った。
最新の受験情報は知らないけどね。

蛋白質の折り畳みの原理が解明され、その原理に基づいて思いどうりの機能を持った蛋白質を設計できるようになる見込みはあるのですか？

>>29
たのんます。

>>29
唐代の高額部でも「ラチェット」ってやってるヒトいるよ｡
なんかＲｅｖＭｏｄＰｈｙｓの１０年前くらいのにＡｄｊａｒｉとかなんとかいうひと（
その方面の権威みた）のレヴューがあるよ。

>>24
蛋白質が折り畳みにより立体構造を構成するプロセスを観察することはできないのか？

age

>>34
観察するって、実験で？？？
ミリ秒で折り畳むタンパク質の動的挙動を追跡するような回折実験なんて
聞いたことがないぞ。Native構造を決定するだけでも大変な作業なのに…

実験屋さんフォロー頼む。

フェムト秒パルスレーザーなどによる観察は、蛋白質では無理なのかな？

生物物理と生物とどう違うのですか？

＞３８
やっていることはほぼ同じです。

>>37
１フェムト秒＝３００ｎｍ
解析大変そう

ごめんうそだった

>>34
シミュレーションじゃだめかな。
てかやってみたい・・・
あ、でもたんぱく質って何万分子もあるんだっけ、
趣味プログラミングで作るには無理がありそうだ・・・

またまた発見、できたらノーベル賞
頑張ってみそ

蛋白とＤＮＡと最初はどちらが在った事になってるんですか、最近の話では?

http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/qa/1007823778/l50

　生物物理は物理なのか？

生物物理と呼ばれる枠組みには二通りの定義(という明確なものでは
ないが)があるようです。

狭い意味の生物物理：物理計測法を駆使した生体計測、蛋白折り畳み問題、遺伝情報学、など

広い意味の生物物理：生体膜、分子モーター、神経系、のどれかに関する研究に上を足したもの

抜けてたらすいません

>>47

＞狭い意味の生物物理：物理計測法を駆使した生体計測、蛋白折り畳み問題、遺伝情報学、など

　生化学との違いは？

> 生化学との違いは？

ええっと、「物理計測法を駆使した生体計測」に対するコメントですか？
生化学ではどのような研究をしているか私は知らないのですが、上で念頭に
あるのは、例えば、パルスレーザーを使って生体膜上の分子の動きを探る
(こんなことをやってる研究室があった気がする)などです。

個人的なイメージとしては、計測に関しては、生物物理＝実験装置を
自分で組む、生化学＝市販の計測器を利用する、という感じです。

rachet モデルはやっぱjulicherでしょ。

日本人なら京都の基礎研の関本氏。
だけど、もともとはファインマン。

　「生化学」と「生物物理」って境界があいまいになってきているんじゃない？
むかしの本とか見ていると，直接，細胞に取り組んで実験をやっているのが
「生化学」，細胞の個々の機能を物理的に解明しようとしているのが「生物物理」
という気がするけど...

＃「量子生物学」(吉岡書店)などを読むと，当時の「生物物理」の雰囲気
＃がつかめるような...

ただ，生物の個々の機能を物理学的に解明しようとする動きはいきづまって
しまったんじゃないかな？というのは，物理学の範囲で「(遺伝)情報」を扱う
ことが(現在のところ)できないのが原因だと思う．

　それで，「生物物理」屋が分子生物の方に日和はじめているのが，昨今の
生物物理学界なんじゃなかろうか？

＞＞５２
勉強が足らん。生物物理が生化学と同じ？
生物物理は今盛んに研究されているソフト
マター分野の一部で、もっとも発展を
期待されている分野だよ。
理論の方をもっと勉強しろ！

>理論の方
たんぱく質の折りたたみ問題以外というと何でしょう？
高分子物理は生物物理の範疇に入るのか？

＞＞５２
分子モーターのモデル（rachetなど）、生体膜のモデル（bending energy）、
神経回路のランダムウォーク、人工細胞シミュレーション、
パターン形成、高分子（蛋白、DNAなど）等等。
あげればキリがない。

age

＞＞５５
それぞれ解説きぼん。

>>54
高分子物理は生物物理とは直接関係ないけど、タンパク質は
生体高分子で単一鎖ヘテロポリマーに分類される。
でもホモポリマーのグロビュール転移とか濃厚ポリマーのレプテーション
とかの知識はあまり使えないと思う。
タンパクは今ほとんど拡張アンサンブルの病理に冒されてて
同じような論文が量産されているという全く困った状況にある。


>>55
パターン形成は何の関係があるんじゃ？

>>58
拡散方程式による貝とか魚などの模様形成とか
バクテリア増殖による拡散律速凝集パターン形成など
要するに生体における自己組織化のことでしょ。

sage

蛋白の折り畳みしか知らない人は生物物理屋さんとは言いません。
シミュレーション屋さんとでも呼んで置きましょう。
もはやたんぱく質折りたたみ問題は物理としての魅力を失いつつある。
データーベースを以下に効率よく使うかということだけだし。

>>61
そのデータベースがまだできてないから、第一原理的に決定しよう
という主張をして、いろんな拡張アンサンブルとか開発したとか言って、
お金をとってきているのでは？？？しかし、よくもまー、ほとんど
同じ論文をここまで大量に出せるもんだと思ったよ。あるパラダイムを
確立した後、ここ５年は何の進展もないからね。ほんとに。いったい、
同じ図を何回使ってるのだ？

age

>>62
>そのデータベースがまだできてないから、第一原理的に決定しよう
>という主張をして、いろんな拡張アンサンブルとか開発したとか言って、
>お金をとってきているのでは？？？
そうゆう現実味のない話でお金を稼ぐ人を詐欺師といいます。物理屋さんは
少なからずそうゆう傾向があるのを否定できんが。

こないだ de Gennes の講演を聴く機会があったのですが、
現在の関心事は
　　「一分子の力学」
　　「聴覚の初期過程における信号増幅」
だそうです。

人まね研究に入門してそこから抜け出ることができないと、
人生つまらなくなるのではないかと思います。

>>36
そんな論文くさるほどある、どれもいまひとつ説得力を与えないが
モルテングロビュール状態ってのがあるそうだが。

見かけないようなので勃起させてみました．
生理とは何処が違うんでしょうか？

それはまさしく生理の対称では？
見かけない→皆無もしくは数が極端に少ない場合は
精密に計測する必要があると思います。

>>62
それって、某中部地区近辺のグループのこと？

>>65
いまどきは成果が上がらないと次のポストがないですからね。
前者はまだしも、後者の研究で数年以内に業績を上げられる物理屋さんというのはすごい。
de Gennesのつめの垢の研究くらいならできるかな...w)

>>61, 62
フォールディング過程の解析は、最終的な立体構造を求めるためだけに意義があるのではないと思うけど。
進んでいないのは認めるけど、基礎的な研究としてはやはり続けるべきでしょう。
問題なのは、研究をするためのお金を「非現実的な応用」を謳って取ってくることだと思われ。

>>66
モルテングロビュールは、最近は下火らしい。
東大のK先生も見方を変えつつあるらしい。

生理学＝生物物理

>>71
Kさん、MGを煽っていたけど、いま何に興味あるんだろう。
あの先生の研究室はいまだにCDなんて使っていたけど
これからはもちろんNMR、フォールディング研究ならストップトフローNMRを
使わないとね。

ところでNMRパークの研究の進展具合はどうなんだろう？
ブルカーのNMR（８５０M以上）が２０台以上あるって
聞いているけど・・・。

>>73
ストップトフローNMRって、温度ジャンプのこと？
それともEnglanderとかが以前やっていたHD交換のこと？
NMRは確かに空間分解能はあるけれども、何せ感度の悪い手法なので
時間軸で追っかけていくのは他の分光法に比べてやや劣ると思います。
勿論、変性状態について解析するには一番情報量の多い解析手法だとは思います（A先生の高圧NMRなど）。
また、CDは「未だに・・・」というより、今でも重要な解析手法です。

あと、横浜は今のところ600MHzと800MHzが主体でしょう。
900MHzって未だ入っていないんじゃないの？
ちなみに850MHzって、何？　まさか平均値？　のわけないか・・・
平均だったら750MHzくらいだろうね（意味ないけど）。
それで、メーカーはBrukerだけじゃなくて、Varianもあるよ。

うーん、どうしても生物物理の話って実験の方に偏りやすいなー。
実験屋さんには悪いけど、実験生物物理って装置の仕組みで物理使う
だけで、物理じゃないと思うんだよね。だから生化学と変わらない
なんて言われるんだよ。
やっぱ物理といったら理論がないと始まらないよ。そう思わない？

>>75
じゃあ、我々実験屋が検証可能な理論を提出して下さい。
あるいは、どんな実験をするべきかを示してもらっても良いかも。
真面目に期待しています。

７６さんと同様に期待して待っております>>75

>>75
実験がないとはじまらないのは物理も生物も同じですが、
地に足のついた学問を、と考えると、どうしても
observationが先行してしまいます。

分子モータとかナノマシンもこの分野なの？

情報屋さんvs生物屋さん
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1002423501/l50

>>80
実は、ほとんど生物物理の話題じゃないんだけど・・・

心理学は科学的か？
http://yasai.2ch.net/test/read.cgi/psycho/1010907719/l50

>実験生物物理って装置の仕組みで物理使うだけで、物理じゃない(>>75)
結局、物理だと思ってやってるうちは周辺技術の開発に留まるということでは。
生命現象の本質に迫るのは、物理も分かる生物屋さんなのかもしれない。

>>75はものを知らないな
化学でも分子生物学でも生理学でも自然科学系では解析方法は物理的手法を使うぞ。

こんな定義はどうですか？

"BPTI"と聞いて萌えるのが生物物理（の学生）、
萎えちゃうのが生化学（の学生）。

今時、誰もBPTIでは萌えない。
それにそれじゃあまりにも狭すぎるだろ。
79の言っている領域も生物物理だと思われ。

>>84
はアホか？だから75は物理じゃないっていってるんだろ？

まぁ、をっさんが言うのもなんやけれども
異分野コミュニケーション？ってのも
ええと思うねんな。

確かに７５の意味って読み方によって二通り取れるな

>>89
２通りとは？よく分かりません。

ohisashiburi ni age

緊急浮上いたしました！！

>>55
生体膜のモデルってどんななの？
誰か説明してよ！！

蛋白質のフォールディングで有名な人はだれ?

>>94 某スレッドの”光くん”。

生物物理を勉強したいと考えている一回の学生です。
物理学的に生物を考えるってのはなりたたないのでしょうか？
根底が違うと考え方・理論の構築の仕方も違うと思われますが。

生物現象の中に新しい物理法則はないと思います。
20世紀に確立した「物理学」は非常に洗練された学問の
体系であるとともに実学として極めて有用です。
まずは「物理学」をちゃんと勉強することをお勧めします。

生物物理学を基礎として開発されたという健康食品があるんですが、、
体内でATPを大量に合成させてあらゆる病気をなおす、らしいんです。
いかがでしょうか
こんなカンジです
＊＊＊
(吉報源)（商品名）は、人が毎日生産する約100万のタンパク質
、約3000の酵素、約150のホルモン、免疫を生産する前駆物質
であるATP(アデノシン３リン酸)を生産する前駆物質である。

人間が１日に必要なATPの量は、自分の体重分だといわれている
が、老化・ストレスや生活環境汚染によって生産が低下する
ことが病気の原因になる。５０才平均で約30％生産能力
が低下しており、体重60kgとした場合に１日18kｇの不足にな
る。KIPPOは体内でATPを作る前駆物質で、足りないATPを
補う為に開発した、世界で初めての研究である。（PAT.P）
実験では３日後に正常値になる。病気の種類は200、
癌種は60とも言われているが、答えはATPで強い健康を与えて
、病気から離脱することが最も近道の方法である。

> しかし、ATPは胃腸で破壊されるために直接食べる事は
できないので、KIPPOを食べて
> 体内で合成を活性化する必要がある。ATPがあれば
机上の理論上では100歳まで健康
> に生活できる。

KIPPOは生体にダイレクトに電子を提供することによって
、活性酸素を除去安定させる。電子は、酵素の約7000倍の
速度で体内を移動する。抗ガン治療時における副作用や
ストレスも100％の方に対して、約50％軽減することが可能。

あと１ぽじゃ

こんなとこに生物物理スレあるじゃん！

ほんとだ

やっぱり動物実験はあるんだよね？
さわれないんだよなあ

灯台の物理学科の生物物理の研究室ってどうなんですか？
あとブルーバックスとかで生物物理学会が本だしたりしてるけど、生物物理って分野の見通しというか展望についてだれかおしえてほしいんですけど。

>>103
灯台の物理学科の生物物理の研究室は、悪くない。
ただ、ここ数年、世代交代があったから、きちんと
した成果が出てくるのはあと少しかかると思う。
灯台の場合、物理学科以外にも、駒場や生物学科
などでも、生物物理の研究が行われている。むしろ、
物理学科よりも、こちらの方が研究レベルが高いかも
しれない。

参考資料
http://www.applehouse-jp.com/project/index.html

要は、生命科学に関わる現象を、どの段階まで掘り下げれば、
自分が納得できるか？ということでしょうね。
何かの行動を、ある環境因子がキューになっているというところで満足する人。
役者（たんぱく質分子など）が出揃って、その関係がわかれば良い人。
その関係が少なくとも、電子を飛ばして考えて納得いかないとだめな人。
さらに、そういった現象が自然に起こることを、自然界の一般原理にまで
つめないとだめな人。
色々な人がいて、いろんな事を考えてますね。
生物物理は、やっぱり、
「生物現象のような一見、熱力学的にみて不思議な現象が起こっている
中身を、物理の言葉で納得したい」学問なのでしょうね。
その中には、エネルギー変換（筋肉、ATPase)とか高分子の自己構築
等があって、本当にたのしいですね。考えるのも、実験するのも。
若い人たちは、どんどん生物物理の分野に入ってきてください。