進化論は仮説？

ここからは個人的な見解だが、さらに言えば、先に出した>>529氏の言うところの、立体構造に関する問題もある。
単純に塩基配列の変異だけで考えて良いのか？ということだ。
もっと進めて言えば、ゲノム上のどこにそのタンパクがコードされているのか、その周辺の環境は
他の種と比較してどうであるか、組み替えの痕跡はないか、発現のシステムはどうか、
などと言った情報が本来は必要なのだと思う。
今のところ、塩基配列と、ごく一部の機能の解ったタンパクのみで話をしている状態だ。

さらにお節介だが、別レスにもあったようだが、もう少し解りやすく簡潔な表現をお願いしたい。
＞蛋白質の機能的な選択圧による、対応する遺伝子の置換率について示唆されたもの
では、用語の使い方も不自然で、
＞いかなるメカニズムが、非常に世代時間の異なる生物間において
＞特定の相同な蛋白質の変異率が殆ど等間隔であるなどという事実を作り上げたのか。
＞しかも絶対時間に比例しつつ等間隔を描き出せる機構それらの説明は本当に可能なのか
ではほとんど意味不明になりかねない。
「ある特定の種Xと、Xと種間距離の離れた複数の種（A,B,C･･･）で、ある種のタンパク質をコードする
塩基配列を比較した場合、X-A,X-B･･･間の塩基配列の相同性が、種間距離が異なるにも関わらず、
ほぼ一定の割合を示すのはなぜか？
また、そうした特定の塩基配列に注目した場合、系統樹の下から上に沿って変異の割合が増加していく
というのは事実か？またそれを起こすシステムを推察できるか？」
と言うことだと思ったのだが、いかがな物か？

>>538
やっぱり解りません。何が言いたいのか。
失礼を承知で言うのですが、わざわざややこしい言い回しと、単語を使って、
わざと冗長で分かり難い文章を書いているようにも見受けられます。
貴方にとって何が問題なのか、が見えないのです。
まずは問題点を箇条書きにしてみてください。一件２〜３行程度で。
「言いたいことを相手が理解できる形で提示できないのは、
自分の頭が整理できていない証拠だな。」と、私の恩師は言っておりました。（ｗ

分かり難いことを理解できる形で論議する、のがサイエンスの本来の姿であって、
問題点・論点が明確でないのは、科学的な論議とは言えないと思います。
重ね重ねの無礼は、ご容赦ください。

・苦し紛れの「そういえばこんなことも、あっ、あんなことも」
的自問自答的論点のすりかえ
・挙げ足取りを繰り返し常に相手に一方的な説明の義務があるかのように
議論の誘導をはかり、己は相手の質問に対してはぐらかしを繰り返す。

cruelは本を読まない（読めない）ので「分子時計仮説」の否定ができなかった。
「分子時計仮説の代案を提示してみせろ」という意見は無視できないほどの
効果を持っていたので、「自分はそれについて大変な関心を持っておりいつかは
それを理解し己の思想を表現する手段を獲得しその持論に及ぼす影響を
長期的にふまえながらも云々…」的いつものアレを連発してその場をしのいだ
（つもり）

自分は数学板の厨房ですが、数板にはこんなふうな哲ヲタが
しょっちゅうやってきますよ。

とりあえずここまでのレスは面倒くさいんで読んでませんが、
進化論は仮説です。というか詭弁です。

全ては創造主のさじ加減一つです。

>>543
レスは読んでから書け。以上。

ばぶー♪

おはようございます。Cruelさん。
ご存知のとおり、
もう一方のスレで創造論者たちが、
暴れています。

というより、神さまのほうは大人
のようなのでこのスレに誘導し、
確信犯であるCruel氏と共闘して
もらい、
宇宙人のほうは元のスレで、
適当に遊ばせとこうと思うの
でしょうが、いかかでしょうか？

酵母と他の真核生物の類縁調べて、配列相同性がほぼ等間隔って、それほど不思議に
思えないんだが。例にあがってる種族同士の相同性が８０％とかだったら「おー」と
か思うけどね。（って前に同じようなこと何人もいってるけど）
　そもそも、単一の蛋白質で分子時計と称してその配列の違いをしらべ、それをもと
に、生物の進化を語るのって結構危険だと思う。塩基配列は外的要因（ウイルスによ
る挿入など）なんかの影響も受ける。実際系統図書くときはリ複数の蛋白を使うこと
が多いし。ミトコンドリアだけではなくてね。

ふむ。。やはりまだ無いか。
そろそろ「無い」で確定でいいのだろうか。

>>ご存知のとおり、
>>もう一方のスレで創造論者たちが、暴れています。

はいはい。どもども。
最近風邪ひいてビデオばっか見てるんでご存知でないから調べてはみますけど。
また断定的言辞合戦だったらみるのもやだなー。

>>というより、神さまのほうは大人
>>のようなのでこのスレに誘導し、

ん？　このスレに来る？　なにを語りに？
だいたい実証主義の科学で、辛うじて検証可能なのは機械論である進化論だけでしょ。
（まあ、厳密には状況証拠にすぎないけれど、そのへんは百歩譲ってますけど）
実証主義の枠内では、それ以外は「解答不能」がファイナルアンサー！であって、
デザインうんぬんの議論は（真偽はともかく）科学が扱えん議論だと思いますけど？
だから俺はなにも言わないで質問のみに徹してるわけだけど。

>>酵母と他の真核生物の類縁調べて、配列相同性がほぼ等間隔って、それほど不思議に
>>思えないんだが。例にあがってる種族同士の相同性が８０％とかだったら「おー」と
>>か思うけどね。（って前に同じようなこと何人もいってるけど）

マジっすか？　不思議に思えない？　なんでだろ？　俺の理解が曲解なのか？
うーむむ、そりでは、俺の頭の中にある分子時計を、軽ーくアナロジーにして
みたんで、ちょっと見てみてくださいよ。
まあ、かなり適当に書いてますが、どのへんを俺が不可思議に思ってるかが
伝わりさえすりゃいいんで、詳細は勘弁してもらって・・

-----------------------------------------------------
あるコンピュータのプログラムがあった。
○という文字が１００個繋がっただけだが、これは自分自身をコピーして、
次から次へと自己増殖していくことができるのダッタ。

（１）○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○（１００文字続く）
（２）○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○（１００文字続く）
（３）○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○（１００文字続く）

３つの同一のサンプルがあるが、コピー条件が異なり、１は１０秒に一回、
２は１００秒に一回、３は１０００秒に一回、自分自身のコピーを作る。

けれど、ある物知りな人の話によれば、これらはある一定の確率で複写ミスが起
こり、どこかの○が、●か◎か、または再び○に入れ替わる可能性があるらしい。
（しかしそりは未確認なのだった）
起動して１００時間、監視せずに放置したあとで、３つのサンプルを見ると、
１も２も３もすべて初期状態から見て２０個の文字が入れ替わっていた。
同様のサンプル４から５０までがあり、それぞれ大幅に異なる時間で自分自身の
コピーを作るが、１００時間経過させて見てみるとやはり２０個の文字が入れ
替わっていた。（正確にはすべてが２０文字ではなく、１８から２２文字くらい
までの誤差があるとしまする）

結果として、コピー回数のケタそのものがまったく異なるサンプルが「すべて
ほぼ同率の複写ミスをした」という仮定になってしまった。

その機構をどう説明するのかと追求されることになった。
誰かが触って意図的に操作した可能性は、検証できないので原因から除外する。
１から５０までの複写ミス確率が、それぞれ全く異なり、１より２はちょうど
１０倍確率が高く、２より３もまた１０倍高い、というような仮定を、
すべてに当てはめれば、それは確かに起こりえる。
しかし観察する限りでは、上記のような現象を十分に説明しうるほどの、
頻繁な複写ミスは見受けられないし、サンプルごとの歴然と異なる確率差の
ようなものも見受けられない。複写ミスの限界点のようなものも観察されない。
機構の説明も出来ず、観察結果も強力な味方とはなってくれず、ただ「それは
確かに起こったのだ」という信念、および「この角度からこう考えれば説明が
つくかもしれない」という希望的観測と失意の繰り返しだけが絶えず存在し
続ける状況だ。どういう説明を試みるべきだろうか？
-----------------------------------------------------

ん・・はしょりすぎたか。。？　ま、いっか。

本当にすべてが偶発的に発展してきたにしては、あまりに説明不能に陥りすぎ
な進化論の氷山の一角が、この分子時計であるというのが俺の認識ですが。。
やはりどう考えても不可思議なんだけど。。おかしーなー。。

これだけ書き込まれて、「無い」という結論しかだせんのか？
なんか、実証主義をとても勘違いしているような気がする。
質問だけで「無い」と言ってしまうのは、理解不足と言われてもしかたないし。
前の方のレスにもあったみたいだけど、
・何が問題点なのか？
・どういう証左が出れば良いと思うのか
・そもそも自分がどういう理論を考えているのか
が解らない限り、議論もへったくれもない。
「ほら、証明できない」と言われても、何が証明できてないと思っているのかすら、
Cruel氏の文からはくみ取ることが出来ない。
もう一度最初からやり直し。

>>549
別スレにもありましたが、阪大の四方さん当たりが、大腸菌使って何世代でどれぐらいの変異が起こるか、
環境適応する物は単一か複数か、複数の場合どれぐらいのバリエーションが残るか、などの
研究をしています。
世代数と変異の経時的相関性についても述べていたと思います。
どちらかというと進化その物より、適応の研究に近いですが、上記の答えに近いと思われます。
まずは論文の確認を。

とにかく、何が言いたいのかさっぱりわからん。

複写ミスの限界点、は、生物の場合必ずあるよ。
タンパクのミュータント作って、アラニンスキャンとかやると、
ここは変えちゃ行けないポイントというのが必ずある。
だから、今残ってきている変異体（大本のタンパクに対してね）は、
厳密な意味で、完全にランダムに取られた変異体ではないと思う。
それと、世代交代の早い生物（バクテリアやカビなんかね）では、
かなり頻繁に変異や組み替えが起きておりますぞ。

お、なんか一気にいっぱい来ますね。そういや、いつもそうですね。
なんでだ？？？？　ま、いっか。

とりあえず、こっちを先に書いておくか。

>>わざと冗長で分かり難い文章を書いているようにも見受けられます。
>>貴方にとって何が問題なのか、が見えないのです。

前回の通り、分子時計の機構の説明等を求めた以外、なんにもないですよ。
つかみにくく書いた部分には、俺の真の意図が隠されてます。
いくつかのキーワードに反応しない人は、それはそれでいいんです。
ツッコミが無ければ、何だったのか客はわからず流れていくボケと一緒で♪
そんなわけで、分子時計の問題以外は無視してください、と書いたわけです。

それとも、分子時計について俺がなにを尋ねているのか、もわからないという
意味ですか？　うむむ、ラジオ番組でお子様たちの科学の質問の意味を瞬時に
把握して即答してるオッサンたちは異常な才能なんでしょうかねー・・
XとかX-Aとか・・正しい表記なんだろうけど・・馴染めん。いかんなあ（笑

とりあえず、分子時計でまともなのあったら解説よろしくお願いします。

ていうか、ここでの対話、あんまり長引かせたくないんですよね。
あまり努力せずに、最新事情を知れることに意義があるわけだから（笑
地球の公転運動を「知った」時は、もっとラクだったんですけどねー。

550
>>これだけ書き込まれて、「無い」という結論しかだせんのか？

どもども。どなた？　俺の質問の仕方が悪いって結論のようですな。
まるでコンピュータ言語のように綴りミスひとつで伝わらないかのようで。
理解しておられる場合↓もあるみたいですが・・

「ある特定の種Xと、Xと種間距離の離れた複数の種（A,B,C･･･）で、ある種の
タンパク質を比較した場合、X-A,X-B･･･間の相同性が、種間距離
（と世代時間）が異なるにも関わらず、ほぼ一定の割合を示すのはなぜか？」

模範ですかね、これ？　また「わからないから答えない」とか言われたりして。
まいったのー。

こっちも一応ね。

>>また、そうした特定の塩基配列に注目した場合、系統樹の下から上に沿って変異の割合が
>>増加していくというのは事実か？またそれを起こすシステムを推察できるか？」

どもです。いや、変異の割合の増加については知っているので。
それと、システムの推察については、生化学の分野で現在、広く受け入れられて
いる説明しか求めていないんですよ。（すまんです）
俺の友人もウィルスやらトランスポゾンやら、ああでもないこうでもない言って
ましたが、あくまで「最新の事情はどうなってるか」が俺の質問なので。

>>今のところ、塩基配列と、ごく一部の機能の解ったタンパクのみで話をしている状態だ。

ここでは確かにそうですが・・専門分野にある人はすでに、あらゆる多角的な
調査を試みているはずですよね。
物理学的性質にまで言及し、水素結合の性質とフォールディング反応、αへリッ
クスおよびβシートなど二次構造の蛋白質の構造形成に及ぼす力の性質が過去と
現在では異なっている可能性に基づく説明を示唆している科学者も、ずっと
以前からいたわけですから。
専門科集団は洞察力の宝庫のはずだし、上記した友人のような単なる「希望的
観測」の提示（雑なものから上等なものまで様々ですが）とは異なる、十分に
洗練された定量的にも検証可能なモデルをすでにもっているはずですよ。
でなければ、こうまで強気な人々がいる理由が、まったくわからなくなるし。
（あなたは慎重なようなので断定的言辞を控えておられるようですが）
俺はそれに耳を傾けるだけですね。
一生化学者はこんなことを言ってます。

「どのように進化したか自分は知らなくても、誰かが知っているに違いないと
　多くの人が思っている。だが専門文献を調べてみるとそれが誤りなのがわか
　る。実は誰も知らないのだ。」

まあ、それでも念には念を押してシコシコとあちこち聞いてまわってるわけです。

>>複写ミスの限界点、は、生物の場合必ずあるよ。

そりは確かにあるでしょう。機能に重大に関わる部分だけは。
うん、そこんとこ注意書き忘れましたね。すんません。

・・・・つーか創造論者が暴れてるってドコ？

事を分かり難くしているのは、変異とか選択とかのドライビングフォースが今のところ明らかでない
（いくつか妥当な説明が出来る仮説はある）ことと、分子進化の観点からのいくつかの観察例が
進化論に対して極めて妥当な説明を示していることをごっちゃにして論議していることだと思う。
要は、研究者側は観察結果から分子時計は説明として適当だと言っているのに対し、Cruel氏は
なぜ分子時計が出来るのか説明して欲しいと言っているわけだ。
過程と結果をごっちゃに議論しとるわけだ。どっちもそれが分かっていない。

分子時計というのは観察の結果を説明する仮説であり、進化の機構を説明するための物ではない。
進化、と言う大前提の元にその結果起こることを説明しているのだ。
なぜ、と言う問いには、「変異と選択」という答えにならざるを得ないだろう。
それの肉付けとして、微生物での変異実験や、種間相同性の説明などがくっついてくる。

ついでだが、タンパクの種間相同性というのは、分子内で一様に相同性がある物ではない。
○○ドメインとか、○○領域と言った、ホモロジーの高いエリアと、どうでもいい部分の連続だ。
比較するなら、タンパク全体ではなく、その中の相同性の高い部分で、なぜ種間でこのような
変位が起こり得るのか、致死的変位が起きた場合、他にそのタンパクと同じ機能を示せる、
冗長性のあるシステムが存在するのかどうか、と言った議論にしなくては、あまり意味がないと思う。

ふう〜。ざっと読みました。既出ならスマソ。

>>491
>バクテリアのチトクロームｃ配列を起点として、酵母
>菌のチトクロームｃ配列と比べて100個のうち69個違ってる配列
>があれば、バクテリアからの酵母の変異は69％ということになる。
>馬は64％、鳩も64％、マグロが65％、蚕蛾が65％、小麦が66％。

　原核生物であるバクテリアと比較しているのはすべて真核生物ですね。
変異率は何年前に分岐したかの指標と考えていいですか？変異率がほぼ
同じという事は、分岐した時期が同じだという事を意味する。この結果
は当たり前ですね。まず、原核生物と真核生物が分岐し、その真核生物
の中で挙げられた生物種に分岐した。何が問題なのですか？古細菌のチ
トクロームＣでどうなっているのか、知りたい所です。

>ヤツメウナギからみてコイ、カエル、ニワトリ、
>カンガルー、人間、どれをとっても変異は73％から81％のあいだに
>収まってしまい、どれがよりウナギに近い種であるとは言えない
>ということ。

　ヤツメウナギは柔骨魚類でしたっけ？ヤツメウナギの先祖と、鯉の
先祖がまず、分岐したのでしょうね。残りのカエル、ニワトリ等は、
先祖が鯉と同じという事でしょう。
　これらのデータを見ると、バクテリアと比べると、ヤツメウナギと
ヒトは比較的近親種という事になりますが、問題ありますか？あと知
りたいのは、カンガルーと人間でどれくらい違うかですが。

　あと、遅レスですが地動説はフーコーが振り子で証明したと認識して
いますが、間違っていますか？進化論に関してはそれほどの証拠はまだ
ないですね。いずれ出ると思いますが。

>>549でだいぶわかりやすくなったが、いったいなぜ分子進化の文献にあたろうともせず、
２ちゃんねるで説明を求めるのかよくわからん。努力するのが嫌なの？文献検索ができないの？

＞しかし観察する限りでは、上記のような現象を十分に説明しうるほどの、
＞頻繁な複写ミスは見受けられないし、サンプルごとの歴然と異なる確率差の
＞ようなものも見受けられない。

この辺が問題だな。突然変異は観察されている。「上記のような現象を十分に説明しうるほどの、
頻繁な複写ミスは見受けられない」って何を意味しているの？

「サンプルごとの歴然と異なる確率差」についての指摘はまだマシだけど、「突然変異率は
（世代あたりではなく）単位時間あたりの生殖細胞を生ずる分裂の回数に比例する」ので
あれば、「サンプルごとの歴然と異なる確率差」があってしかるべきではないか。言い換えれ
ば、世代の長い種では生殖細胞を生ずる分裂回数が多いので、世代の短い種と比較して、
一世代あたりの突然変異率は高くなるかもしれない。

種間の比較は私は知らないが、父性由来の配偶子のほうが、母性由来の配偶子と
比較して突然変異率が高いのは確認されていたはず。精子を作るときのほうが
分裂の回数が多いというのがその考えられる理由の一つ。「「突然変異率は単位
時間あたりの生殖細胞を生ずる分裂の回数に比例する」という説を裏付ける証拠
の一つとなる。

あるいは、世代交代の早い種って個体数が多い傾向があるよね。ほぼ中立な突然
変異が集団に固定する確率は個体数の大きさに影響されるからその辺も関係して
いるのかもしれない。世代交代の早い種では突然変異も頻繁に生じるけど、個体
数が大きいので集団の固定しにくいため、その効果は相殺されてしまうかもしれ
ない。この説は私が考えたものなので、まるきりウソかもしれない。


＞一生化学者はこんなことを言ってます。
＞「どのように進化したか自分は知らなくても、誰かが知っているに違いないと
＞多くの人が思っている。だが専門文献を調べてみるとそれが誤りなのがわか
＞る。実は誰も知らないのだ。」

デントンの次はベーエかよ。引き出し狭いな。エホバの証人じゃあないんだから
「一生化学者」とか言うなよ。それとも、エホバの証人のパンフレットからの
孫引き？

追記ですが、Cruelさんが >>491 でおっしゃったような方法で
どの種が近親かを調べるには、タイムマシンで陸に上がったばかりの
かえるを捕まえてサンプリングするとか、卵を産まなくなったばかり
のネズミからサンプリングするしか無いのではないでしょうか？

＞物理学的性質にまで言及し、水素結合の性質とフォールディング反応、αへリッ
＞クスおよびβシートなど二次構造の蛋白質の構造形成に及ぼす力の性質が過去と
＞現在では異なっている可能性に基づく説明を示唆している科学者も、ずっと
＞以前からいたわけですから。

これも訳わからん文章じゃなー。何が言いたい？
単純なちょー・ふぁすまんモデルが通用しない例がいっぱいあるとか、
へリックスシリンダーのパッキングモデルが解ってきたとかならその通りだけど、
「水素結合の性質」や「フォールディングの過程」は、古典的な説の正当性が認められ、
その補強ばかりだぞ？
それとも進化すると、タンパクのフォールディングの仕方も変わるとでも言うのか？
立体構造の類似性から分子進化を考える人間は、最近結構多いぞ。
構造解析の技術が上がってきたからだろうな。

先のスレは ev 氏にまかせて、こちらのオッチに移ろうかと思います (^^

自説に都合悪そうな指摘は無視か？＞Cruel氏
ｶﾅｰﾘ前に出ているが、
・タンパクの立体構造の類似性（イオンチャネル、シトクロム？などが前出）
・部分構造の類似と、フルシークエンスでの比較の相関性、妥当性
・変異の許容度（飽和度、と言ってもいいかも知れない）について
・タンパクによる変異の頻度のちがい（前出の「赤の女王仮説」）について
・バクテリアなどで見られる、世代数と変異の関係、環境適応についての研究をどう受け取るか
　（前出の阪大の四方さんなんか）
といった説明（分子時計の説明にかなり絡んでくると思う）についての、見解がないが？

すんません、便乗質問です。
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1001708879/l50
ここで取り上げられている論文ですが、
ヒトのオスとメスでは生殖細胞の分裂回数は大きく異なるのに、
点変異率はオスがメスの1.5倍でしかない、とのことです。

これは分子時計の例と考えるとよいのでしょうか？
ちょっとちがいますか？

http://www.townpaage.ne.jp/adult/rankem.cgi?id=mayonaka

>ほぼ中立な突然変異が集団に固定する確率は個体数の大きさに影響される

中立突然変異の固定確率は個体数に左右されない。
突然変異率＝固定確率。
これジョーシキ。

系統育種による品種改良は、人間とその対象生物との共生進化か？
昆虫と植物とも、共生進化の関係は多いと思う。選択による進化は事実だと思う。

>>568 「ほぼ」がポイント。完全じゃない中立の近傍は状況が違う。これ常識。

数字間違ってました。1.7です。失礼しました。

570さん
不勉強なもので、ちょっと質問させていただきたいのですが、
どういう科学的手続きを踏めば「完全中立」と「ほぼ中立」を区別できるのか、教えていただけるでしょうか？

中立かそうでないかは、たしか中立性検定とかで判別できたと思うのですが...

Ohta T & nearly neutral theoryで、PubMedひいてください。
ほぼ中立は微弱有害の場合で、集団サイズに応じて中立と有害が
変化するようなタイプの変異による進化です。
中立性検定で検定するのは容易ではありません。

つーか、厳密な中立性をいちいちつっこまれるのがイヤで、
微弱有害を広い意味での中立の概念に含めようと言うのが目的では？

＞中立突然変異の固定確率は個体数に左右されない。
＞突然変異率＝固定確率。
＞これジョーシキ。

ｳﾊｰ

じゃ４Ｎｖの式は何よ？

>>574 ん？？　何を言いたいのかわからないけど、微弱有害は集団サイズによって
中立の振る舞いもすれば、有害の振る舞いもするんだよ。
実存生物の有効な集団サイズはかなり小さいことが多いから、この影響はかなり効いてくる。

>>575
完全中立の場合の話をしてるでしょ、彼は。そこだけかじって知ってるつもり。

ところで純粋な”固定確率”の話？

完全中立でも集団中での遺伝子置換速度は集団サイズに比例しますが、
それと混同されているかと。

固定確率じゃないよ。完全中立の場合、進化速度は突然変異率に等しいよ。
遺伝子置換速度は集団サイズに「反」比例するんじゃないの？
で、集団サイズをかけると速度一定になる、と。

大集団の方が、全体で見ると突然変異発生率は高い。当然。
でも中立変異なので、新たに生じたごく少数の変異が固定する確率は、大集団ほど小さくなる。
小集団では、集団全体では突然変異発生率は低いが、一度生じてしまえばそいつが偶然固定される確率は大集団より高くなる。

「突然変異が生じる」というステージと「そいつが固定する過程」を分けて考えれば、結局集団サイズはキャンセルされてしまう。つまり突然変異率＝固定確率。

ちゃんとした数学的証明は進化生物学の本みればたいてい載ってるはず。

>>579
＞大集団の方が、全体で見ると突然変異発生率は高い。当然。
これは間違い。絶対数は多いが全体の率は一定。ま、厳密にはちょっと違うが。

＞でも中立変異なので、新たに生じたごく少数の変異が固定する確率は、大集団ほど小さくなる。
これも間違い。中立なら確率は同じ。

＞小集団では、集団全体では突然変異発生率は低いが、一度生じてしまえばそいつが偶然固定される確率は大集団より高くなる。
集団サイズが非常に小さい場合は、ボトルネック効果でこれはあり得る。

>>578
ゴメン反比例。

＞＞小集団では、集団全体では突然変異発生率は低いが、一度生じてしまえばそいつが偶然固定される確率は大集団より高くなる。
＞集団サイズが非常に小さい場合は、ボトルネック効果でこれはあり得る。

これは条件付き確率だから、結局トータルでの確率は同じではないかな？

effectively neutral

良かったら、
ほぼ中立モデル
で、どういう新しい知見が得られたのか、簡単に紹介してくれない？

純粋な興味からの質問です

「ほぼ中立＝（微）弱有害」

という認識は、その筋の人たちにとっては常識なんでしょーか？
部外者には誤解を与えやすいと思うんですが・・・

最初っから「微弱有害」って言わないのはどーして？

ちょっと乱暴ですが、もし反対に「ちょっと有利」変異だと、
たちまち集団中に固定してしまうからです。

つまり、弱有害しかあり得ない。

579訂正：

　　突然変異発生率→突然変異発生数

580ナイス指摘（一部）

やはり種ごとに違う一定期間内の世代数の差が
分子時計におよぼす影響を、きちんと説明する必要が
あるんでは？
個人的には、子孫に伝わる突然変異の大部分は生殖細胞、
とくに精子において起き、精子の期間当たり分裂回数なんて、
どの種も似たりよったりだから（分裂する細菌もね）、
分子時計への影響はあまりなかろうと思うのだが、
Cruel氏はもっと厳密な解答を
のぞんでいると思われ。
もちろん、短いタイムスケール（たとえば100万年）では
分子時計の進みかた（つまり進化スピード）は、種ごとに
（あるいは同じ種においても？）違ってくるぞ。
このへんは、進化学者も認めていることなんで、Cruel氏も
あまり強情いわないように。

こっちもあげとく。