タンパク質でも折り畳みましょうか。

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1(´・∀・)へ〜
2chでの白血病解析はすっかり浸透していますが、タンパク質の折り畳み解析もやっています。
タンパク質が正確に折り畳まれないと、アルツハイマー病、BSE
パーキンソン病等が発症する危険性があります。
そこでこのプロジェクトでその仕組みを探ろうという物です。
OSは、ウィン、マック(OS-Xのみ)、リナックスに対応。
登録、ダウンロードはここの↓
http://folding.stanford.edu/
http://folding.stanford.edu/download.html←ここから。
ダウンロードしたら早速開始して名前を登録、
チーム番号に162と入れればチーム2chに入り、そしたらあとは勝手にやってくれます。
あなたのPCの余剰パワーで世間に貢献しませんか?
チーム2ch
http://folding.stanford.edu/cgi-bin/teampage?q=162
関連スレ
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/mac/1032712774/l50
http://pc3.2ch.net/test/read.cgi/pc/1003864665/l50
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/pcnews/1033305670/l50
参考
Folding @ Home 2.0 非公式日本語翻訳
http://users.hoops.ne.jp/nightingalegoo/
インストールマニュアル (Windows版)
http://www37.tok2.com/home/MSHR/FAH2/FAH2install.html
Folding@home 2.0 Mac OS X 非公式インストールマニュアル 
http://homepage3.nifty.com/kazami/
2名無しゲノムのクローンさん:02/10/14 19:17
2get?
ショボい!
2ゲトこれだけスレたてから時間たってもできるなんて…
4(´・∀・)へ〜 :02/10/14 21:15
どこでもこんなもんだよ
5名無しゲノムのクローンさん:02/10/14 21:25
N速で2getしてみなはれ
6(´・∀・)へ〜:02/10/14 21:28
いや、何処でもってのはこのスレを立てた所って事。
説明不足でした。どうでもいいけど
7名無しゲノムのクローンさん:02/10/14 21:31
どうでもいいねマジで
8(´・∀・)へ〜 :02/10/14 21:47
>>7
やってみない?
9名無しゲノムのクローンさん:02/10/15 16:24
提出ってどうするの?
あと20%ぐらいで終わるんだけど。
10(´・∀・)へ〜:02/10/15 16:33
11名無しゲノムのクローンさん:02/10/15 17:04
さんくすこ
UDみたいなもんか。
13(´・∀・)へ〜 :02/10/15 18:32
まあね
14灯台院生 ◆ipJni/6Rlw :02/10/16 00:04
sageでやってるのが気に入ったので私も貢献しちゃうぞ。
15(´・∀・)へ〜:02/10/16 13:39
いらっさいヽ(´ー`)ノ

解析中のユニットの点数、提出期限はここ。
http://folding.stanford.edu/psummary.html
提出期限が長いほど堅いものだと思っていいでしょう。
ちなみに最低限の情報はこのスレがまとまってるよ。
http://pc3.2ch.net/test/read.cgi/hard/1034161615/
17名無しゲノムのクローンさん:02/10/16 22:08
Aβとかプリオンのフォールディングってことなら
欧米の大手製薬メーカとかが、とっくの昔にやってそうな気がするが、
分散コンピューティングでやる意味はどのくらいあるのか?
18名無しゲノムのクローンさん:02/10/16 22:13
βAPPなら金令木禾リシ台@北大薬に聞け!
19名無しゲノムのクローンさん:02/10/16 22:45
どんなヤシを解析対象にしてるのか、ここにあった。
http://folding.stanford.edu/cgi-bin/allprojects

ざっと見た感じだが、ほとんどが単なるベンチマークじゃねぇのか?
こんなので世の中に貢献できるのか?
20名無しゲノムのクローンさん:02/10/17 18:03
詳しい人の意見キボン
詳しいことはこれ読めばわかるんでないかい。
http://folding.stanford.edu/papers/SPdynamics.pdf
http://folding.stanford.edu/papers/ZSPHairpin01.pdf
俺自身は論文読んでないけど、シム板によるとimplicit溶媒(水分子を
そのまま扱わず、大ざっぱにしてしまう)でのMD(分子動力学法)。
コードはTinkerの改良。とのことっす。
確かに手法自体はあまり面白くないかも。シム板でもいわれてたけど、
implicit溶媒でフォールディングが再現できるのかなあ。
    ∧_∧   / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
    (  ゚∀゚ )< アーッヒャヒャヒャヒャヒャ
    /~~~〉 〈/つ \__________
   ノ  ノ|  |...
 ´〜 (__),__)ゝ
24(´・∀・)へ〜 :02/10/18 22:34
>>19
http://folding.stanford.edu/results.html
あまり専門的な事までは理解できませんでしたが、
例えばp101の様な基本的な物は解析終了しているみたいです。
ベンチマークも混ざっていますが、それは致し方ないでしょう。

暇な時によく読んでみます。

詳しい人の意見きぼん

25名無しゲノムのクローンさん:02/10/19 23:38
26名無しゲノムのクローンさん:02/10/20 12:51
このスタンフォードの800μsの論文もスゲーか?と言われると実はそうでもない
理研のMDMでも買えよごらぁってカンジかな?

MDによるフォールディングの問題は極めて難しくコールマンのグループが
構造予測でこけたのでもそれは分かるでしょう?
27あぼーん:あぼーん
あぼーん
28名無しゲノムのクローンさん:02/10/20 13:05
コンピータ作るとこからやろうぜ。
銀河衝突とかやってるGRAPEのマネ。
              新スレおめでとうございまーす♪
|        |      |  ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄                    │
|@ノハ@ |ノノノハヽ |∋oノノハo∈|∋o☆ノハ☆o∈| このAAがズレない環境で          |
|( ‘д‘) |川‘〜‘)|| |  ( ´D`) |   ( ^▽^)   | 2ちゃんねるのAAが最も楽しめます |



30あぼーん:あぼーん
あぼーん
31名無しゲノムのクローンさん:02/10/20 13:31
>>28
GRAPEのエンジンを使っているんだってばMDM

MDMプロジェクトは戎崎センセが統括じゃないのかなぁ?
>>31
MD Engine IIってのもあるな。
導入したところによると、まだ結構バグがあるようだが。
33(´・∀・)へ〜 :02/10/24 21:26
どうやら正確にシミュレート出来ていた様です。
http://www.mainichi.co.jp/digital/computing/archive/200210/23/3.html
http://pc3.2ch.net/test/read.cgi/pc/1003864665/986

手法が間違っていなかったと言いたいらしい。
34(´・∀・)へ〜 :02/10/26 16:35
プロジェクトはまだ続きますよ。
35名無しゲノムのクローンさん:02/10/26 17:01
ニュー速+にスレが立ってます。
【研究】分散コンピューティングでタンパク質の「折り畳み」現象解明
http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1035464693/l50
36 :02/10/29 22:03
ほっしゅ
>>35
もう落ちますた
38 (´・∀・)へ〜 :02/11/04 15:37
ここも微妙な罠
39名無しゲノムのクローンさん:02/11/05 09:27
アイコンで実行じゃなくて、ファイル名を指定して実行の時に
-advmethodsを使えばいいっす。

Win版でしたらC:\Program Files\Folding@Home←このようにしている方が多いと思いますが。

"C:\Program Files\Folding@Home\winFAH.exe" -advmethods

こんな感じで実行すればOKっす。
40名無しゲノムのクローンさん:02/11/07 21:39
>>39
スレッドストッパーハケーン
41名無しゲノムのクローンさん:02/11/11 22:21



              どりるちんちん


42 ◆RFFAH.g4pg :02/11/11 22:40
おまいら、タンパクのfoldingに興味はありませんか?
43(´・∀・)へ〜 :02/11/12 17:21
硬いなぁ、、
44名無しゲノムのクローンさん:02/11/12 20:17
>42
ありますがまだ基本知識しか知らず、ユビキチン化されたポリペプチドがシャペロニンの
中でfoldedされたり、複数のシャペロン分子によってfoldedされたりすることしか知りません。
教科書から得た安い知識です。何かあれば教えてください。
45(´・∀・)へ〜:02/11/13 21:55
ワロタ
p53の論文が物凄くたくさんあるつーのは聞いたことあるでよ
でもさぱーりわからんらしいなw
47名無しゲノムのクローンさん:02/11/18 22:11
>>1
折り畳みましょうか?
>>47
折り畳みましょう!
49名無しゲノムのクローンさん:02/11/19 21:34
>>50
どうする?
>>51
どうするよ?
>>52
いかがいたしましょう?
>>53
まかせた
>>54
おまいがやれよ
>>55
がんがれ
>>56
オマエモナー
>>57
え〜
>>58
じゃあお前な。
>>59
それはいい作戦だ。
59名無しゲノムのクローンさん:02/11/28 22:10
>>60
隊長、どうします?
60名無しゲノムのクローンさん:02/12/01 12:10
>>61
に委ねる
61溶媒の連続体近似:02/12/01 23:52
>22
最近流行みたいですね。
あれの文献でGBモデルは一通り調べたけど、膜とかのでかいタンパクなら実験と合うとかって・・・。
批判的な論文が欲しかったのですが。
詳しい方いたら教えてください。
62名無しゲノムのクローンさん:02/12/02 18:04
>>61
うあ゛〜
>>64
もう一回、やり直す?
>>65
そろそろいいと思ったりもするが、このままどこまで続くのかも興味がなきにしもあらずだが、どうよ?
>>66
神のみぞ汁
>>67
しかし完全にスレと関係ないなw
>>68
で、どうよ?
68(´・∀・)へ〜 :02/12/06 18:33
まだ続いてたのかw
>>69
入りなさい
>>70
だとさ
>>71
どうする?
>>72
ほら、>>70に答えてやれよ
>>73
ほれほれ
>>74
回答ま〜だ〜?
>>75
まぁまた〜り逝こうよ
>>76
10万点だってさ
>>77
10万点おめ
>>78
77getですが何か?
>>79
何か?と言われましたが、どうしましょう?
>>80
考えてやれよ。
>>81
分散コンピューティングに思わぬ伏兵? 東京電力が「お願い」
http://www.zdnet.co.jp/broadband/0212/19/xjrb_11.html
だとよ。どうする?
>>82
自業自得だろ。
もっと使ってやれ
>>83
漏れは24時間営業ですが、おまいはどうよ?
>>84
もちろん、

4時間ぐらいですが何か?
>>85
気付けばこれも1か月以上続いてるぞ。
>>86
新バージョンが出てるそうじゃないの。
>>87
マカーには関係ないらしいね
>>88
マック版はまだベータテスト中。
試してみる?
>>89
βか。どうしましょう
>>90
マカーじゃないのでsage
>>91
さて、丑三つ時を過ぎた訳だが。
>>92
初もうで、行った?
>>93
12月31日に、来年の幸福を願って年越して、その場で初もうでに切り替えましたが何か?
>>94
たまにはageてみたいような気がするのだが
94(´・∀・)へ〜:03/01/07 22:00
>>95
ダメです。怒られますw
ここは宣伝効果はありません。
>>96
まぁこのまま1000まで逝ったら凄いがなw
>>97
1000逝く前に、↓こんなのとかが現れそうなヨカーン
名前:山崎渉 メェル:(^^)
(^^)
97山崎渉:03/01/11 13:47
(^^)
やられたw
99 :03/01/14 22:11
>>99
もしかして、今おれ一人?
100ゲトズザ
101 :03/01/16 22:23
>>101
さて、順調に解析しているわけだが。
102山崎渉:03/01/18 13:23
(^^)
103 :03/01/18 15:08
>>103
さて、(^^)
ここはどういう趣旨のスレですか?
>>104
見ての通りよ。
>>105 (´・∀・)へ〜 さんは?
107 (´・∀・)へ〜 :03/01/19 22:20
>>107
呼びました?

>>104
ええとですね、
「UDやらsetiと同じように家庭や企業のパソの余ったパワーを利用して
タンパク質の折り畳み過程をシミュレートし、様々な基礎研究に役立てよう」
ってプロジェクトとチーム2chへの参加の呼び掛けのためのスレだったのですが、
風当たりが強かった事もあり>>48あたりから、、、
ってスレ。
クライアントが存在しないかマシンが非力なので参加できず残念です
109(´・∀・)へ〜 :03/01/20 23:36
さいですか。
いずれ機会がありましたらよろしこ。
上崎が 来たりしないか 心配だ
風当たりというほど嵐が来てはなさそうな雰囲気だったが>最初の方
112(´・∀・)へ〜:03/01/22 22:02
まぁね。
でもageてもおそらく、、
ってか、学術系統の板に立ててもあんまり良い反応は来ないんだよね。
立ててから気付いたけどさ。
風当たりが強かったのは化学板のほうだよな。
どこかにメインの板があるのですか?
>フォールディングスレ
>114
■Folding@Home:第2章アルツは解明できるか?■
http://pc3.2ch.net/test/read.cgi/pc/1035462153/l50
自分は生物板しか見てないのですが、ここの皆さんは他板がメインの住人ですか?
プロジェクトの趣旨自体はけして板違いだとは思わないのだが
回りのスレッドが少し減ったような気がするのだが
ageてみる?
いつsage忘れるかどきどきする
121名無しゲノムのクローンさん:03/01/27 22:59
教えて下さい。X線による結晶の回折像のフィルムに映った斑点の濃度は、
波動関数の二乗に対応していると思うのですが、それから波動関数を
再現するのには、(複素数ですから)位相がわからないとだめだと思う
のですが、それはどうやってあてがっているのですか? とても不思議です。
電子計算機でそれを自動的に処理しているという噂なのですが、計算の
方法を詳しく解説している本とか、論文がありましたらば、どうか
御紹介下さい。
>>122
神のみぞ汁
123神の使い:03/02/03 04:04
>>121
大抵の教科書には書いてあるぞ。ベストとは言わんけど、たとえば
http://www.kagakudojin.co.jp/library/ISBN4-7598-0840-X.htm
124山崎渉:03/03/13 14:12
(^^)
125山崎渉:03/03/13 14:21
(^^)
126山崎渉:03/04/17 09:48
(^^)
127山崎渉:03/04/20 04:06
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)
もうネタ切れでしょか?
129名無しゲノムのクローンさん:03/05/09 23:46
40万点突破記念age

でも、2〜3日で26位のチームに抜かされるのはもう確定っぽい。

25 Team 2ch 404360.3
26 ForumOC  403548.2
130名無しゲノムのクローンさん:03/05/14 03:38
ネタっつーか…順位下がった。
誰か参加しねえ?
131あぼーん:あぼーん
あぼーん
132あぼーん:あぼーん
あぼーん
133名無しゲノムのクローンさん:03/05/19 00:26
ここは漏れの他に参加者いないのかな?age
134あぼーん:あぼーん
あぼーん
構造やさんのすれかと思ってたよ。ずっと。
folding@homeなんでしょ?
はっけつびょうのって2chはげんきなのかな。
がんばってほしいね。
おれはトランスメタなんでかんべんして。
ふつうにしててもっさり。
>>135
白血病の・・というよりはがんの方は2ちゃん以上に元気なグループが
2ちゃんを追い上げています・・。

この板の白血病を含むがん研究のスレはこちらです。
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1049889542/l50
137山崎渉:03/05/21 21:42
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
138山崎渉:03/05/21 23:11
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
SETI@Homeにマシンパワー割いてるので無理
140名無しゲノムのクローンさん:03/05/23 15:40
なんか新バージョン出たらしいよ。
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/reloaded/
141名無しゲノムのクローンさん:03/05/23 15:40
てかこの板の住人ならGenom@homeでないかい?
>>141
広い意味でlife scienceに属する分散コンピューティングは多いよ。
ここもそうだし、UDのがん研究もそう。
創薬関係は全部この板にスレがあっておかしくないが、AIDSのスレはないのかな?
143名無しゲノムのクローンさん:03/05/26 14:34
見たこと無い気がする。
ここに立てたら?
144名無しゲノムのクローンさん:03/06/15 01:44
また次のチームがすぐ後ろに迫ってるよ。
抜かれる日も遠く無さそうってことで、参加者募集上げ!

http://www.statsman.org/folding2stats/html/162.html
145名無しゲノムのクローンさん:03/06/15 06:20
分散コンピューティングなんか成果あがってるんか?
Folding@Homeの成果はこの辺に。
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/papers.html
147名無しゲノムのクローンさん:03/06/17 13:09
またひとつ抜かされますた。

24 3     Germany        555086.1
25 49    ForumOC        539579.7
26 13854 General [M]ayhem 523600.8
27 162   Team 2ch       519340.9  <ココ
28 1971   Team MacOS X   499365.4

参加者募集。
148名無しゲノムのクローンさん:03/06/22 04:48
宿題提出しますた。
参加者募集中なり。
149名無しゲノムのクローンさん:03/07/13 07:30
結構過疎板だな…
150タンパク質へ:03/07/13 17:42
遺伝子とタンパク質の関係について教えてもらえますか?アミノ酸配列とかよくわからないのですが…
151名無しゲノムのクローンさん:03/07/24 04:08
参加者募集上げ

夏休みのせいかイマイチ宿題の集まりが悪いでつ…。
また抜かされそうな悪感。

http://www.statsman.org/folding2stats/html/162.html
152名無しゲノムのクローンさん:03/08/14 05:03
age
153山崎 渉:03/08/15 18:01
    (⌒V⌒)
   │ ^ ^ │<これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  ⊂|    |つ
   (_)(_)                      山崎パン
154名無しゲノムのクローンさん:03/09/02 05:19
宿題提出したよ☆
155名無しゲノムのクローンさん:03/09/28 01:09
4000点越え&宿題111回提出記念マキコ♪
156名無しゲノムのクローンさん:03/10/07 12:49
また1チームに抜かされますた。
現在32位。

http://folding.extremeoverclocking.com/team_overview.php?TeamID=162

参加者募集age。
157名無しゲノムのクローンさん:03/10/10 22:00
参加者募集age
158名無しゲノムのクローンさん:03/10/18 01:07
モ鳩とSMAPにスレが立ったもよりです。

娘。(鳩)
http://ex2.2ch.net/test/read.cgi/zurui/1066237736/l50
スマ板
http://tv2.2ch.net/test/read.cgi/smap/1066237504/l50

そのおかげか過去1週間で参加者が7人増えましたよ。

hajidon          2003-10-11
stayhigh         2003-10-11
yzzy           2003-10-11
Tomoya         2003-10-12
S2000-NEKO-XEON 2003-10-13
K.W.            2003-10-15
koniph          2003-10-16

あなたの参加もお待ちしております。
159名無しゲノムのクローンさん:03/11/09 01:02
チームランキング@ 2003.11.9 0:30
  ランク   チーム名                 ポイント                総提出回数
                    (過去24時間)  (過去1週間)    (Total)
   30  Team MacOS X      7,566.04     51,266.96   1,235,183.62      107,171
   31  kcgeek            2,925.30     25,238.17   1,169,395.00       77,733
   32  Team 2ch          6,042.98     37,215.39   1,143,889.75       74,351
   33  LITTLEWHITEDOG      6,891.12     44,526.68   1,112,775.38       42,880
   34  ForumOC          2,939.31     20,676.61   1,026,854.25       86,801

過去1週間の新規参加者 (いらっしゃ〜い)
   ID              参加日時
  _R(_M_D_L)      2003-11-01 12:00:00
  Radio110       2003-11-01 15:00:00
  yasukuni        2003-11-02 06:00:00
  Tako-soft       2003-11-03 12:00:00
  niiya          2003-11-07 09:00:00

過去一週間でのキリ番超え (おめでとうございます)
   ID             キリ番
  amue              1,000
  kibi               1,000
  nya               1,000
  saba5hiki            1,000
  Helium             5,000
  marony             5,000
  namako13           10,000
  NEAN             10,000
  LotusEuropaSP       20,000
  BJFC_(volley)         30,000
  pretty_ru_chan        50,000
160名無しゲノムのクローンさん:03/11/09 02:00
ダウンロードしたんだけどさあ、アイコンをダブルクリックすると一瞬だけ
次の画面が出てすぐきえちゃうんだよね。誰か同じ症状にかかっちゃった人
いる?
>>160
OSとGUI版かテキストコンソール版かがわからないと
答えようがないんですが。
162名無しゲノムのクローンさん:03/11/09 22:57
支援あげ
163名無しゲノムのクローンさん:03/11/11 23:52
協力age
164名無しゲノムのクローンさん:03/11/14 20:21
wwwwwww
165名無しゲノムのクローンさん:03/11/16 01:42
チームランキング@ 2003.11.16 1:00
  ランク   チーム名                 ポイント                総提出回数
                    (過去24時間)  (過去1週間)    (Total)
   30  Team MacOS X      8,096.71    53,683.29   1,288,867.25      108,220
   31  kcgeek            2,801.25    24,302.76   1,193,697.50       78,240
   32  Team 2ch          5,469.15    39,225.74   1,183,115.88       75,243
   33  LITTLEWHITEDOG     6,330.71    44,267.22   1,157,042.88       43,874
   34  ForumOC          2,056.03    19,086.32   1,045,940.50       87,237

過去1週間の新規参加者 (いらっしゃ〜い)
   ID              参加日時
  mirage_5     2003-11-09 03:00:00
  momokuri_3   2003-11-09 03:00:00
  hybrist      2003-11-09 09:00:00
  nicotine      2003-11-09 09:00:00
  a_knot       2003-11-10 00:00:00
  kerorin_ver3   2003-11-10 06:00:00
  dyn-fu       2003-11-10 09:00:00
  sat         2003-11-12 06:00:00
  syazaisiru     2003-11-13 00:00:00
  1/5         2003-11-13 12:00:00
  radio        2003-11-14 12:00:00
  takayuki      2003-11-14 18:00:00
  Kon         2003-11-14 21:00:00
166名無しゲノムのクローンさん:03/11/20 22:09
age
167名無しゲノムのクローンさん:03/12/06 03:28
参加者募集中
168あぼーん:あぼーん
あぼーん
169名無しゲノムのクローンさん:04/01/27 15:03
なんだ?いきなりあぼーん??
http://folding.extremeoverclocking.com/team_overview.php?TeamID=162
170名無しゲノムのクローンさん
このクライアントソフトのスクリーンセーバーで表示される蛋白質の模式図
だけども、分子表示プラグインの MDL@Chimeの形式と同じですね。
元素と表示色の対応も同じみたいだし。

ChemscapeChimeマニュアル
http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/manual/cc_m02w.html

白玉:水素
灰色玉:炭素
青玉:窒素
赤玉:酸素
黄緑玉:硫黄