【研究】分散コンピューティングでタンパク質の「折り畳み」現象解明

135 ：拓也 ◆mOrYeBoQbw ：02/10/26 00:03 ID:szPQ0i8U

>>132
どうもです、
確かに分散型コンピューターが10年の計算を2年で終わらせたら、
計算機屋はアタマかかえそうですな。

136 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 00:11 ID:7JB+KLF7

>>133
>ただ計算機の能力を誇ってやる研究にはロマンが無い

この点は計算機のほうから見ても同意です。

> 何の評価もないよりは客観的な外部評価の目安は無いよりはいいでしょ？

この点も同意です。
でも多くの人が注目していて高い評価を得ているというのと、ほんとに
そうなるかってのは違うと思うんですけど。

コンピュータの世界ではいくらえらそうなこといってもインプリメントでき
なかったらアウトみたいなところあって、バイオ系の人たちがいうことって
そういう感じがするから（ほんとにそうかどうかわからないけども、とりあえず
みんながそういってるからおっけーみたいな感じがするってことです)

ごめん感覚的な話で。

で、
>それは最近のCELLの論文の1/4以上に日本人が入っている現状や
ということなんですけど、これって筆頭が1/4っていうことですか?
そうだったら私の不勉強ですんでお許しを。

137 ：拓也 ◆mOrYeBoQbw ：02/10/26 00:24 ID:szPQ0i8U

>>134
ちょっと検索してみたんですが、
自分の聞いた計算予測は見当たりませんでした(´・ω・｀)
その時のレジュメ見つかったらスキャンしてみます。

138 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 00:49 ID:y3bIaSLN

タンパクの折り畳みの異変ていったら
プリオンだろう。
スタンフォードの先生、プリオンやって
安心して牛肉食えるようにしてくれ。

139 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 01:04 ID:IUfe2WbG

>>138
うん。だからこれはアルツハイマーだけじゃなく、狂牛病やパーキンソン病など、
いろいろ応用分野があるようですよ。

140 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 03:02 ID:Jucm+fPX

みんなも参加しる!

141 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 12:09 ID:mrWKotIL

でも、他ので・・・

142 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 12:12 ID:1m4fz2ml

日本語インストールガイド
http://nightingalegoo.hp.infoseek.co.jp/FAH2/guide.html

143 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 13:17 ID:DTIMAxG1

Mac の説明はこっちにもあるよ。
http://homepage3.nifty.com/kazami/

UD はデュアルマシン対応してないけど、こっちは
別々にプロセス動かせば ok っす。
linux や、linux emulation 使えば FreeBSD でも動きます。

こないだ作成されたばかりの統計ページ
http://isweb46.infoseek.co.jp/computer/fah-stat/

144 ：：02/10/26 15:12 ID:Hs4s8+S5

NTTデータは、バイオサイエンスと物理計算。
http://www.cellcomputing.jp/whatsnew/index.html
漏れは学生時代に誘われてやってたRC5が終わってふぬけのからだ。
次はこれでもやるか。

145 ：f：02/10/26 15:13 ID:uvtuyg9+

嫌韓士の皆さん嫌韓活動してますか？パート２
http://ex.2ch.net/test/read.cgi/korea/1035549842/l50

パート２でも、皆さんの活躍を心よりお待ちしてます。

146 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 16:23 ID:kxwCAZLr

>>144
ほj

147 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 19:15 ID:pT5HUOo6

148 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 21:15 ID:/r6NH85g

PS2使えないのかな？

149 ：びっくり：02/10/26 21:43 ID:5JzKja62

fkaspfas

http://www.geocities.co.jp/HeartLand-Yurinoki/9377/t_kakaku.html

150 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 23:31 ID:C7QfxGmv

>>148
Xboxも使えないかな

151 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 23:47 ID:z//KO6z/

>>150
だめ箱が使えるわけなし
それより、UNIX版がないのはなぜだ

152 ：名無しさん＠３周年：02/10/26 23:48 ID:VSqqry39

>>151
CPUがいろいろ有るからでしょ。

153 ：プリン1号：02/10/26 23:58 ID:ARKpKsZM

>>152
処理装置とオペレーションソフトを混合してはいけない。

154 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 00:07 ID:iSGr1i/n

　これは・・・folding機構が分かったってことでrefolding機構
は含まれてないのかな？
　体内にてmisfoldされた蛋白が、PDIなどのシャペロン機能を介して
refoldingされる機構が分かったのであれば、アルツハイマーや狂牛病
の解決も近いかもしれないねー。
　ネイチャー読も。

155 ：UT ◆eXE9UPV972 ：02/10/27 00:56 ID:UH1jHW8j

べつにfolding機構もわかってないけど？
知ってる事を並べつらねて知ったかぶりするのやめた方が良いよ。
カッコ悪。プッ

156 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 01:08 ID:3LvwbFSc

どーでもいいが、フォールディングやってる人って
ｱﾙﾂﾊｲﾏｰの解明とかって理由を後から付けてる気がする。

あと、refoldingって初めてきいた。

157 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 01:14 ID:b1d0umfr

>>156
基礎的分野だからさ｡動機を聞かれても答えづらいのも分かるでしょ｡

158 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 01:32 ID:v8EEgcCz

年内にもメンバー募集しようというのに、おもしろいプロジェクトが思いつかず、頭を抱えるＮＴＴデータ

要するに、なんかバラバラのものを人海戦術で調べていくってことでしょ。
みんなでなんか考えてあげなよ。

159 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 01:39 ID:3LvwbFSc

で、refoldingって何？ﾏｼﾞﾚｽぎぼんぬ

>>158
じゃ、最強の将棋がいい

160 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 01:47 ID:vb9AgLMt

>>159
変性した（構造が崩れた）タンパク質が構造を再びとること。

161 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 02:49 ID:NXt46RwR

乳の揺れ方をシミュレート汁！
ウィンドウにはもちろん…

162 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 03:24 ID:9hk44yIg

コーエーの真・三國無双２ってたしかわざわざオッパイエンジンつくって使ってる
とか雑誌で読んだ記憶があるような無いような

163 ：：02/10/27 04:42 ID:S8w8bSP3

じゃあNTTデータは、おっぱいで、スタンフォード大に対抗しる。
地球シミュレータは、都会のビル風による23区民全体のスカートめくりシミュレートな。

164 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 04:45 ID:GgBdLfiK

>>163
さぶ...

165 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 08:45 ID:ijKi2LU2

166 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 11:29 ID:68pAjv4N

>>162
昔からある手法です

167 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 11:44 ID:qAPu+4vU

釘宮ﾀﾝも参加しているのでつか。(´д｀*)ﾊｧﾊｧ
http://folding.stanford.edu/cgi-bin/userpage.detailed?name=Rie_Kugimiya

168 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 12:16 ID:Ua4gBink

>>167
2ch の有名人??

169 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 12:21 ID:YPWdsIwh

ＵＤじゃないのか。

170 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 12:55 ID:UWPaWuyn

牛肉を安心して食べられる世の中にするためにも、
みなさん参加しませう。

171 ：百鬼夜行：02/10/27 12:58 ID:TxTKB1ad

分散コンピュータと名前はかっこいいですが、支那4000年の技人海戦術です。

172 ：167：02/10/27 13:03 ID:ZEjJoN6f

>>168
声優なのれす

173 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 13:15 ID:xjF0YOxU

明日はビル・ゲイツの誕生日です。
みんなでブーイングしましょう！

174 ：a：02/10/27 13:27 ID:sBO8/zgJ

蛋白質のフォールディングがわかったのなら、
ＤＮＡ配列だけで全ての蛋白質の立体構造が
正確に予測できるということでしょうか？
そこまではできないけど、ある特殊条件下の
部分的な構造は正確に予測できるということなのでしょうか？
だれか論文読んだひとがいれば教えてください。

175 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 14:56 ID:YzV9URMY

>>174

別にこの論文が唯一のものではなくてそのようなfolding/refolding研究は
あちこちでなされています。あと、DNAの配列からのタンパク質構造の予測は
CASP(Protein Structure Prediction Center )ですらターゲットにしていません。
（参考：http://predictioncenter.llnl.gov/）
DNAから遺伝子を見つけることそのものが研究対象になります。

現在のアミノ酸配列からのタンパク質構造予測の手段としてはベーカーらの
方法がダントツであり、12月のCASP会議の結果もそのようになりそうな予感。
日本ではどのチームが強いか興味津々。

MDを使った構造予測はかなり未熟であり、あんまりあてにならないなぁという
論文を有名なMD屋が書いています。個人的には、古典の限界というわけでは
ないと思っていますが、やっぱり力場の問題に言っちゃうのかな。
AMBERのff94とff96、ff99でも全然結果が違うわけですしね。ここらへんは
次の資料を見てみて。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11908083&dopt=Abstract

じゃあMDはなんの役にも立たなくてMOの計算パワーに耐えられる時代を待つしか
ないのかというとそういうふうでもなくて。いろいろと上で書かれている
狂牛病にかかわっているとされるプリオンタンパク質についても研究が為されています。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11248018&dopt=Abstract
↑はfree（ライセンス無し）で読めるはず。アルツハイマーやプリオンなどの
アミロイドーシスに関わるタンパクにMDをかけまくっているAlonsoとフォールディング屋の
Daggettによる論文です。他には↓も個人的には面白かった。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11775001&dopt=Abstract

MDそのものがどんな感じの現状にあるかは最近のreviewでは下記のものが
良いのかなぁ？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11959496&dopt=Abstract

176 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 14:57 ID:YzV9URMY

175の続き

>>136
CELLのfirst authorではそこまで多くはありません。でも、natureの論文掲載数の
国別ランキングで日本が2位なのはその通りです。その中の機関別では一位は
東京大学だったと思います。企業では、意外？にNECなどが頑張っています。

日本で日本の科学レベルが低いという議論を始め、日本を大したことが無いと
する議論はとてもよく行われますし、その逆も見かけることがあります。
個人的には日本の科学、技術のレベルは依然と高い立場にあり、問題なのは
分散しているそれらをちゃんと評価し、組み合わせたりすることで新しい何かを
生み出すための仕組みみたいなものを考えていくことではないでしょうか？

注意が必要なのは、ノーベル賞を始めとしてこれらは過去の、10年50年前の
教育の結果であり、今のゆとり教育の結果ではないことでしょうか・・・。

後半は蛇足でした・・・。

177 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 19:37 ID:ijKi2LU2

178 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 20:31 ID:PimxHpgE

>>175
勉強になりますた

179 ：名無しさん＠３周年：02/10/27 23:49 ID:DnYca/NB

180 ：名無しさん＠３周年：02/10/28 00:03 ID:EwPPGTug

なんか生物板よりもまともっぽい（ｗ

181 ：名無しさん＠３周年：02/10/28 00:24 ID:/wQN92aK

>>176に烈しく胴衣

182 ：名無しさん＠３周年：02/10/28 01:35 ID:L5/vfXeb

日本の縦割りの弊害

183 ：大　名　古　屋　ビ　ル　ヂ　ン　グ：02/10/28 03:29 ID:lHwcmSX2

20年ほど前にGoさんのピコ秒スケールの「ふらつき」をみてしびれたもんだ。

foldingはここ数年、熱烈なﾌﾞｳﾑだが。
タンパクがいとも簡単にやってのけてる現象を、こんなにがんがっても
μ秒のスケールでしか追えないってのは、やっぱり切り口を間違ってるような気がするなあ。

Frauenfelderの "conformational substates" が呪縛になっておるんぢゃないか？

184 ：名無しさん＠３周年：02/10/28 07:57 ID:ZwcoKVTn

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