バイオインフォマティクスを教えてください 4

1 名前：みなしごEST 投稿日：2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

過去スレは >>2

バイオインフォマティクスを教えてください
http://cheese.2ch.net/life/kako/989/989027255.html

バイオインフォマティクスを教えてください Part-2
http://cheese.2ch.net/life/kako/1002/10024/1002423501.html

バイオインフォマティクスを教えてください 3
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1016679213/

3 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 10:03

ところで、みなしごESTはどったの?

4 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 17:43

昔の書き込みをよむと、横山（東大生化）の話題をしているが、彼って実際どうなの？
有能な人間？
ボスとしてはどう？

5 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 18:21

分子動力学屋は、バイオインフォと、ナノテクどっちに行く方が得かな？
立場上とお金の面で、、、

6 ：ｋ：02/07/15 19:26

バイオインフォ勉強会のメーリングリストにウイルスが添付されてた。
とりあえず、大丈夫だったけど
最低限のセキュリティぐらいは気をつかってほしい。
勘弁して。

7 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 21:09

バイオインフォの勉強会って何？
どうやったらはいれるの？

8 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 21:25

横山センセのとこの飢餓クン、ProNASおめでとう！
ICHIROもラストから二番目の位置を確保しているぞ！

9 ：元同○生：02/07/15 22:23

おめでとー！

10 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 22:25

>>8
さんざんカネをつぎ込んで
PNASかい
なんとコストパフォーマンスの悪いこと
そのうえ、何人で書いてんの。。。
なさけないねえ

11 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 22:42

クソスレパート４も日本の元祖・本家バイオインフォの総本山である
我らがTみた研のものとするぞ！！！

バイオインフォの亜流諸君よ、本流の我らが君たちのうす甘い議論を、
生ぬるい視線で見つづけてやるぞ！！！

12 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 23:02

>>11
とみ＠研の人に聞きたいんだけどさ
E-Cellとかのシステムバイオロジーの分野で
おたくらが出した論文を列挙してもらえるかな
Natureとかに出した鶴岡の宣伝じゃなくて
ちゃんとした論文をおしえておくれ

この分野がどの程度のValuを持っているかがそれを見れば解る

13 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 23:06

ふ～。亜流君、それくらい自分で調べろよ＜藁
pub medくらい使えるんだろ？

なんなら、俺が教えてやろうか？
ほらほら、そろそろ涙目になっているぞ？valuって何よ＜pu

14 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 23:20

総本山てゆうか、大本営。

15 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/15 23:43

>>13
ありがたい
おしえてくれや
Pubmed調べてもよくわからなかったモンでなあ～
よくわからないっつうことは。。。。。

ま、いいか
おしえてけろ

16 ：13：02/07/16 00:14

>15

ごめんなさい、すみません、本当は俺、バイオインフォなんてやったことないんです。
Pub Medなんかも２ちゃんねるで知っただけなんです。
ごめんなさい、ごめんなさい、こんないたずらはもう二度としません。
本当に、許してください。

17 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/16 21:54

で、横山研は、どうなのよ？

18 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/16 22:06

横山研はバイオインフォの研究室ではないと思われ。
だが横山研の中にあるバイオインフォのセクションには
結構いいひともいると思われ。

19 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/16 23:47

>>18
たとえば？

20 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/16 23:54

>>10
こんなものなんじゃないの。もっとひどいプロジェクトもあったよ。
それよりもう一人のSさんの成果はどうなの？

21 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 00:47

まじめな話、Ｔ研のすごいのは、人数でしょ。ふつう破綻するような人数をなんとかプロジェクトやってるだけでえらい。

22 ：バイオインフォマティクス歴12年：02/07/17 00:54

日本のバイオインフォマティクスが始まったのは、
1990年12月に第一回ゲノム情報ワークショップが
始まったときで、アメリカでは、ISMBが1993年。
PSBの前進の、HICSS　Biotechnology session
も、1991年かそこらだと思うし、IJCAIも、1992
年にバイオ関連始めたから、日本が一番早かった。
＃当時GIWの幹事の隣にいたから、よく覚えている。
結局、バイオインフォマティクスとはなにかという
と、画期的業績となったのは、BLASTと、シーケンシング
のときの、ショットガン法だけだろうと思う。
現在のバイオインフォマティクスというのは、結局
BLASTの使い方に終始する。
あとは、多数の「自称研究者」にして、実態は、
たんなるお手伝いテクニシャンによる、
「WEBページ作り」
が基本。インテック　ウェッブアンドゲノムと
いう会社があるが、その社名が全てを物語って
いるとすら思う。
まじで、新しい技術、アルゴリズムの開発とか
やっていた人たちは、今じゃあ、所長とか、
センター長とか、教授とか助教授になっていて
もう、みんな研究らしい研究よりは政治的な
お話ばっかり。で、その弟子たちは、アルゴリズム
も作れず、たんに、BLASTを使うののお手伝いくらい
しかしないとか。

23 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 02:06

BLASTをただただ崇める一神教ってことかｗ

24 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 02:54

>>20
それよりICHIROと飢餓くんをもっとほめてやってくれ。

25 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 02:55

>>22
世間的には俺もそういったヒトの弟子になるのかな。
でも「お手伝い」ではなく、自分の生物の研究としてBLASTなどを
使って生物の研究していますが、何か？

26 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 02:56

BLATはどうよ？

27 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 09:25

けっきょく日本のバイオインフォの研究室で成果を挙げているって
どこなの？？

28 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/17 14:59

中村研究室

29 ：学部４年生：02/07/18 00:01

すみません、某国立大４年のもので今は生化学研究室にいますが、
バイオインフォマティクスに興味があり、Mから専攻したいと思っています。
何処がお勧めでしょうか？
慶応義塾大学が今のところ一番いいみたいですが、他に何処がいいか教えてください。
まだ、慶応の学生さん、入試ややっていることなど何か情報があったら教えてください。

30 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/18 00:51

横山研のバイオインフォのいいひとって、だれ？

31 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/18 00:55

どうやらこの板でも話題の研修室であり、2chの有名人が「新発見・大発見」をしたようです。
期待しましょう。

32 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/18 01:04

BLAST algorithm is based on Smith-Waterman algorithm(local alignment).
The last auther of BLAST paper is now at Celera Genomics in Maryland.
Shot－gun sesquence was first proposed by Craig Venter and it was achieved by using Lander-Waterman formula.
Lander was a associate professor at Harvard Business School.

33 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/18 16:57

ど素人の質問ですみませんけど、BLASTで相同性検索するときに
最低何残基くらい必要なんですか？
精製したタンパクが少量過ぎて8残基までしか読めなかったんです…

34 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/18 17:38

>>32
物凄く読みやすい英語なんだけど、日本人が書いた英語？

35 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 00:22

ＢＬＡＴなんてつかってるやついるのか？

36 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 00:33

>>35
BLATは知らんがBLASTなら使ってる。

37 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 01:57

BLAST は、芸術品。

38 ：k：02/07/19 08:02

＞３３　　８ざんきあれば　かなり絞り込めるはず。　Try.

39 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 11:51

今時のバイオインフォマティクスは
あれはインフォマティクスじゃないよ。

40 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 11:54

informatical-biologyってゆった方が正しいよ｡
生物学のツールとして情報学の手法を導入してるだけだよ。

41 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 12:45

というより､
ほとんどがｺﾝﾋﾟｭｰﾀｰｽｷﾙをもったﾃｸﾆｼｬﾝだろ｡
手法を利用じゃなくて出来合いのﾂｰﾙを使ってる抱けだからな｡

42 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 16:43

はっきりいってただのデータベースやパターンマッチング
情報学からみたらプって感じ
生物学の人達には目新しくて喜んでるだけ

43 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 17:07

>>42
バイオインフォマティクスを知らないなら、喋らない方が良いよ。

44 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/19 23:30

>>42
情報学、なんて言葉はどこで使ってるの?

45 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 00:37

42は情報理論と人工知能基礎の教科書を読んだだけの大学2年生

46 ：バイオインフォマティクス歴12年：02/07/20 01:55

バイオインフォマティクス
になったのは、CABioS が、Bioinformatics
になったころからだろうか。
HICSS93,94 のときは、Biotechnology で
すませていたし。
バイオインフォマティクスはまず、ゲノム
タンパク質配列のアライメントから始まった
わけです。だから、最初は、DPをきちんと
勉強して、その発展として、BLASTや、
FASTAのアルゴリズムを、って感じかね。
ついでに、HMMをしっかりやって、そのあたり
の性質を知り尽くすことが大事。
タンパク質がらみで、構造生物学にいっちゃう
と、生物、情報科学の素養だけじゃあだめで、
量子力学、物理学の知識が必要で、この分野は
８０年代に、素粒子物理屋が本業があまりにも
難しいので、バイオに逃げてきたころから、本格
的にはじまったって感じ。まあ、この方面は、なみ
の人間じゃあできないね。
以上、この間の集中講義のときの要約

47 ：バイオインフォマティクス歴12年：02/07/20 02:01

ついでにいっちゃうと、普通大学で情報系
やって、そこそこいろいろなアルゴリズムや
計算論なんかちゃんとやっていた人でも、
構造生物学は手がでなくて、なにがだめか
っていうと、三次元構造の理解が無理。
三次元回転行列系がわからんので、こういう
情報系プロパーな人間がバイオに来ても、
結局やれるのは、配列解析だけなんだな。
でもって、その配列解析だけなんだが、そっち
でひたすらがんばった結果としての、BLASTや
ショットガンみたいなのがあって、こういうの
が幅利かせていて、数理的アルゴリズム的に、
構造生物学とか代謝反応系を量子力学的にも
みてやろう、なんていう人材は、日本には、
むちゃくちゃ少ない。それこそ、１０人もいな
いんだね。学生も、難しいから、ぜんぜん
やらないみたいだし。
ま、さしあたり、Least RMSD を求めるアルゴリズム
でも勉強すると、「バイオをやるのに、こんな
すごい数学が必要なのか、」と唖然。
こういうのしらないで、バイオインフォマティクス
どうのこうのとかいうのは、ま、まだまだだね。

48 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 02:19

HMM上げるなら、ニューラルネットワークも、じゃないですか？

49 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 09:02

>構造生物学は手がでなくて、なにがだめか
>っていうと、三次元構造の理解が無理。
>三次元回転行列系がわからんので、こういう
>情報系プロパーな人間がバイオに来ても、
>結局やれるのは、配列解析だけなんだな。

はぁ？　構造生物学が難しいのは座標データの数学的な取り扱いが難しいからではなく
物理化学的に解釈するのが難しいからだろ。
酵素の反応メカニズムなんてまだまだ推測の域を出ないものが多いよ。

>数理的アルゴリズム的に、
>構造生物学とか代謝反応系を量子力学的にも
>みてやろう、なんていう人材は、日本には、
>むちゃくちゃ少ない。

分かり難い文章だな。
構造生物学とか代謝反応系を
「数理的アルゴリズム的」にみるのと、「量子力学的」にみるのと、
ごっちゃにしているように感じられるが。
この場合、「量子力学的」だけを残して「数理アルゴリズム的に」は必要ないんじゃないか。

全体として言いたいことは分からないでもない。
要は大阪医科大学の林先生のような仕事をする人が非常に少ないと言うことだな。

50 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 22:01

>48
そりゃない。ついでにいうとＧＡもない。
ＳＶＭとかベージアンとかならわからんでもないが。それが時代の趨勢つうもんでしょ。

51 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 22:27

>>50
二次構造予測は、BLAST検索での予測と
ニューラルネットワークによる予測が主流ですが？

52 ：51：02/07/20 22:27

ちなみに二次構造予測へのHMM適用は、あまりイケてないらしい。

53 ：コギャル＆中高生：02/07/20 22:37

http://go.iclub.to/ddiooc/
　　　　　
　　　　　i/j/ez/対応です

お役立ちリンク集
必ず役立ちます

　サイト管理者お役立ち集
　　　　1日4000ＨＩＴ以上
↓
http://kado7.ug.to/wowo/
　　　　　　
　　　　　i/j/ez/対応
　　　　
　　　コギャルとＨ出来るサイトはここ
ヌキヌキ部屋へ直行便

　　　　　　　　　↓
　　 http://kado7.ug.to/wowo/-a.htm
　　　　
　　　　　　　i/j/ez/対応

54 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 22:59

>>52
イケてる、イケてないって、どれくらいの的中率で決めるの？

55 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 23:01

隠れマルコフマンセー！！！！

56 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 23:11

くぅははははは・・・・
低脳ドモ、低脳ドモ、俺はついにやった！！！
生命の謎の一つを解き明かしたのだ！！！
くっくっくっ、この喜びを知っているのは地球上で俺一人だ！！！
国立のバカドモが！！！俺のペーパー待ってろよ！！！

57 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/20 23:52

>>56
氏ね氏ね団のボス様ですか？（ｗ

58 ：51：02/07/20 23:55

>>54
HMMって6割も行かなかったんじゃなかったかなー。
NNで7割、BLASTで8割って所だった記憶が。

59 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 00:07

今の打率よりもその手法でどのような方針で進めばどの程度の成果が望めるのかの方が大事です。

60 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 01:17

>>59
二次構造予測すると、具体的にどの程度の成果が得られるのですか。

61 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 09:30

>>47
おいおい"Least RMSD を求めるアルゴリズム"って例にあげるほど難しいか？
基本的には理科一類の方がニ類より優秀だ罠。数学に関しては君とは
センスが違うYO!マーチの情報出身者でも見すぎ？

>>60
っていうか、みんなこれくらい知らずにバイオインフォ屋を叩くんだからな・・・。
ま、T田研を詳しく知らずに叩くのと一緒でしょう。ちなみにT田研は論文が
意外にあって驚いたことがあるYO!
二次構造予測の限界は70～80%でしょう。それ以上は二次構造予測後に立体構造に
一端上げてから考えないといけないレベルだね。立体構造予測の現在の水準を
知りたかったらそのうち出る今やってるCASPの特集号見れ。12月の会議に参加
するのも可。

62 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 10:19

>>61
見事に引っ掛かったな（藁
自分がDQNだということに気付かないのか？

63 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 10:49

しかし、ＮＮとＨＭＭが何故比べられてるのか理解できん。ぜんぜん用途が違うアルゴリズムやん。

64 ：k：02/07/21 11:00

同意　　NNは二次構造推定　　HMMはモチーフ検索　用で使われているが。。

65 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 11:41

仮に95%以上、二次構造が予測できたとして、
三次構造をどの程度の精度（主鎖のrmsdとかを指標として）で予測できるのでしょうか。

66 ：k：02/07/21 11:46

現状では　二次構造がいくら予測できても　（その延長上として考えると）三次構造は全然だめなのでは。
Threading とHomology　modeling なら結構役に立ちそうだが。。
（具体的な精度はだれか教えてくれ）

67 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 12:24

じゃあ、例えば70, 80, 90, 100%予測できたとして、
ThreadingとHomology modelingの精度はどの程度変わるんでしょうか。

68 ：k：02/07/21 12:32

>67 ???　　私の知る限り　Threading と　Homology modelingは
ある構造（すでに分かった構造）を参考にして　それと
同じようなコンホメーションに仮想的にFoldさせた
ところから出発するので、secondary structure prediction とは
関係ないです

69 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 12:42

67はバイオインフォマティクスを知らない、ただの煽り？？？
それとも勉強したい初心者の人なのかな。

70 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 12:43

もしかしてあれか！！
「知識なしで専門板に行ってみる」スレとかから来た人か！？（笑

71 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 12:47

>>68
>ところから出発するので、secondary structure prediction とは
>関係ないです
ホモロジ-モデリングするまえにペアワイズにアラインメントするじゃん。
マルチプルアラインメントとペアワイズではとうぜんずれる部分がでてくるじゃん。
そのときに2次構造予測をどの程度信じるか？って質問なんじゃないのかな？

だとしたら、ものすごく現場よりの質問なんで、69さんも、「煽り？」なんて
切り捨てちゃダメだよ！っていうか、69さんはひょっとして現場知らないの？

72 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 13:05

>>66 の文意を取り違えたようです。失礼。失礼。
ThreadingとHomology modelingなら、二次構造が精度よく予測できれば、結構役に立ちそう
と解釈してしまいました（実際、ちょっと変だと思った）。

結局、文意を正しく解釈すると、どれだけ精度よく二次構造予測出来ても
その延長で三次構造予測をすることは困難である。
三次構造予測の場合はThreadingやHomology modelingなら役に立つ。
でいいのかな。

でも、Homology modelingでも鋳型の相同性があまり高くないときには
二次構造予測の結果を（一応）参照する方法はありますよ（昔、見た）。
ご存じのようにHomology modelingと一口に言っても色々ありますからね。

73 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 13:06

>>71
その通りです。

74 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 13:22

71 >>73
マルチプルアラインメント、とくにHMMやPSI/PHI-BLASTは、大きなながれで
ドメイン全体を同定するなんてときには威力を発揮する。けれども、たとえば
ループにはさまれているギャップとか局所的なアラインメントの精度は、シード
として使われたデータセット（の数)や、マルチプルアラインメント全体に含まれる
配列のサンプリングに大きく依存します。
実際には、二次構造予測をどれくらい信用するかは、それぞれのデータによると
思うのです。二次構造予測を無視してでも、ある特定のアミノ酸のアラインメント
を優先すべきケースもあって、それは個々の蛋白質の機能に大きく関わってます。

75 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 13:39

>>74
勉強になります。

76 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 13:42

>>74
丁寧な回答、どうも有り難うございます。

それで、ひとつ分からないのは
>それは個々の蛋白質の機能に大きく関わっています。
というのは、二次構造予測をどの程度信用して、採用するかは
「どういう機能の蛋白質か」ということに依存するということですか。

77 ：k：02/07/21 16:41

>76 たとえば膜貫通部位があると球状タンパクの二次構造予測の結果を
どこまで利用すべきかは難しい問題。。。

78 ：74：02/07/21 17:08

>>76　,77
そうです
例えば、ループの部分に金属に配位する残基があるばあい、とか
活性に関与する残基がある場合、とか他の蛋白質の認識配列や
リン酸化部位が隠れている場合、などです。そういう部分を
二次構造予測を優先して蛋白質の奥深くに埋め込んでしまって
「この蛋白質はホモロジ-モデリングの結果から、他の蛋白質の認識は
うけにくいと考えられる」という考察をしていいものかどうか？

79 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 17:44

それは勿論、膜貫通部位があれば話は全然違いますよね。

金属なども含めてリガンドが結合して構造が変化する場合もやっかいですよね。
ヘリックスの配向が変わることもあるようですし。
しかもそれが機能と本質的にリンクしている場合があるから、
結構精度よくと決まらないと意味がなかったりする。
ちなみにX線やNMRで解析されてよく分かっている構造変化を
計算でシミュレートできたりするんですか。

それから、機能が分からないときはどうするのでしょうか。

80 ：k：02/07/21 18:07

古くは　X線解析の温度因子と　基準振動解析の結果が一致するなんていうのがあったが。。
分子動力学シミュレーションは大型計算機でできるように
なってきたようだが、一方　分子の動きを高解像度で観察するのは
どうでしょう。　NMRで大域的、協奏的動きが分かるのでしょうか？？

81 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/21 19:42

いや、知りたいのはそういう小さな動きではなくて、
もっと大きな構造変化で、例えばリカバリンとかのようなものです。

82 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/22 03:24

実験屋です。
（１）複数の結晶系をひたすら結晶化させて結晶を解く
（２）電子顕微鏡による一分子解析でたとえばオープンフォームとクローズド
フォームが存在することを直接観測する
（３）X線小角散乱で分子外形をアンサンブルとして観測して、（１）（２）の
結果とあわせる

なんていうのでいかがでしょうか？

83 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/24 00:39

sage

84 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/25 09:31

沈んでいきます

85 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/25 20:39

深々と

86 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/25 21:49

この分野の日本の地位のごとく。

87 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/26 16:49

ageてみる

88 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/26 23:16

息継ぎしたら、また潜降・・・

89 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 00:29

sageてみる

90 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 01:06

話題がないので潜航

91 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 10:07

>>82
そりゃあ、実験的に分かっているものは色々ありますよ。
それを、後付けでいいからシミュレートできるのでしょうか
と聞いているのです。

92 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 15:32

バイオインフォの研究範囲は広いけど
これから伸びる分野はなんですか？
やはりシステムバイオロジーですかね？

93 ：k：02/07/27 16:00

（だれもレスしないっていうことは、きっとそうなのでしょう。）

94 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 16:26

何がきっとそうなの？

95 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 16:47

SFCでどんどんシステムバイオロジーが伸びていますｗ

96 ：:：02/07/27 20:27

>93 これからはシステムバイオロジー　（生態学や分子進化、生物進化、超分子システムを含む）のほうが、
一つの分子の生化学、構造決定、機能解析の仕事より、大きなimpactを与えるという考えは　皆さんが漠然といだいていると思いますが。。

97 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/27 22:21

>>96
それはない。

98 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 00:52

ちゃんと答えてよ

99 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 02:00

1面トップを飾りました
http://www.ttck.keio.ac.jp/IAB/IAB-news-old/iab0713.jpg

100 ：sage：02/07/28 02:46

ISMB にいく方々はてんぱっていることでしょうか？
いったひとはレポート期待しています。
エドモントンからのを。

101 ：k (= 96)：02/07/28 07:00

>91 タンパクの大きな構造変化はmsより長い時間のオーダー
だが、原子の動きは１０の-13乗sのオーダー。。
側鎖の回転でも-10乗のオーダー。　　
この差は　でかすぎ。　どう粗視化するか。。

102 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 10:11

で、結局出来るの？

103 ：k：02/07/28 13:53

↑原子レベル（溶媒の分子も含めて）でのsimulationでは　
大きな構造変化（たとえばリガンド結合でおこるような）
を表現することはムリだと思う。　世界最速の計算機でもどうか。。
foldingのsimulation研究の最前線を調べると参考になるでしょう。
こちらも小さなタンパクでかろうじて可能。　（だれか補完レス求む。。）

104 ：Leroy Hood：02/07/28 14:13

What do you think about the relationship between structural biology and bioinformatics/computational biology?

105 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 14:24

日本でシステムバイオロジー研究してる
のはSFCのほかはどこがありますか？

106 ：k：02/07/28 14:40

>104 I wouldn't think about it so much as I think about
how to make best of the information we obtain from the two approaches.
Both provide 'foods for thoughts' indispensable
especially for medicine and basic science such as evolutionary
biology. So I would just say they complement each other.

107 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 15:45

構造予測ではリガンド（金属なども含む）が結合している状態と
していない状態のどちらを予測しているのですか？

108 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 16:44

>>104 >>106
英語だからと言って手を抜くな。読み返してから投稿しる！

109 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 18:05

英語～の鼻が咲く、荒らしを呼ぶ浪のよう♪

110 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 20:27

age

111 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/28 23:31

>107
両方

112 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/29 00:28

それって、両方をきっちりと別々に予測できると言うことですか？
それとも、ごちゃ混ぜにしてしまうと言うことですか？

113 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/29 03:21

別

114 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/29 08:27

すごい！

115 ：Leroy Hood：02/07/30 14:31

I think nobody knows E-cell project at SFC in the world.

116 ：k：02/07/30 21:02

↑ But, now we know that Dr Hood knows it..

117 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/31 14:26

>>99
また研究成果以外で露出か｡
典型的なベーパーウェアのパターンだな（ｗ

118 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/31 16:04

>117

そう妬むなって。

119 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/01 04:45

ココでも紹介されてるよ

http://news.2ch.net/test/read.cgi/news7/1028026550/

120 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/01 09:30

URLでバレバレだって。夏厨だねえ。

121 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/01 13:08

>>119-120 それなーに？

122 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/01 13:58

>>121
ﾌﾞﾗｸﾗ（w

123 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/01 16:33

祝、予算ＧＥＴ！

○新興分野人材養成（バイオインフォマティクス及びバイオスタティスティクス）
金久實/京都大学化学研究所/ゲノム情報科学研究教育機構
永井良三/東京大学/クリニカルバイオインフォマティクス人材養成ユニット

124 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/02 16:26

みんな夏休み？

125 ： ◆6ctLDOfU ：02/08/02 19:45

ｓｓ

126 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/02 23:22

>>123　ソースはこれか？

http://cocoa.2ch.net/test/read.cgi/phs/1022080918/

127 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 10:28

別々に予測できるって、例えば予測するときにリガンドありとか、なしとか
オプションを選択できるってことですか？

128 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 14:38

>>126

ソースはこちらです。
ttp://www.mext.go.jp/a_menu/kagaku/chousei/saitaku/14/020701.htm

129 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 19:24

>>128
マジレスしやんでも。。。

130 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 00:10

某バイオインフォマティクス系MLの運営者、PhDを持ってないことを
カミングアウトしたらしいけど、どうなんだろう？
研究やる気ないんだろうか?　研究する上でPhDなんてクンだと思ってるのかな？

131 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 00:19

>>130
誰？

132 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 02:01

>> 130
その人って今、鶴見にいる人　？

133 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 11:53

>>130
日本の学位はPh Dとは違うとかいうオチ？

134 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 12:06

まじめに答えてよ

135 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 13:13

バイオインフォは政府から金が落ちてくるから燃え盛って
いるけれど、現場は以外にさびしい状況。数年してこの分
野の専門家として育った連中は就職先あるのかな。

136 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 14:08

>>132

どーみてもB農さんでしょう（Ｗ

でもK研出身者でストレートで学位とった人いる？

137 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 14:12

ストレートでとれないってことは、カーブでとるのかな？

138 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 18:32

一人二人落第させるってくらいならともかく、
ほとんど学位を出せない教授ってのは、
問題があるんじゃないか?

しかし、それをいいわけに学位を取らないほうにも
問題があるんじゃないか?

どうだろう？

139 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 19:33

>> 136
じゃあ、BさんはK久研の博士課程に行ったけど、学位を取れず、
そのまま理研へ移籍したってこと？
そんなにK久先生って難しい人なの？

140 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 21:07

移籍じゃないだろ？
それとも給料もらってないのかな？

141 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 00:14

Bさんの人間性を疑うべきだろ。

142 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 00:21

どっちもどっちということで。
まあ、人間性を疑うような事件もあったわけだが・・

http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1027218376/99

143 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 00:28

まぁBさんも我が強いからね・・・
自分から折れないでしょう？
それじゃあ人によっては渡れる世間も自分から渡れなくしてしまう罠

144 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 00:30

それはそれでいいと思う。知りたいのは、学位（=免許）をどう捉えてのかっていうことだけ。

145 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 01:12

情報理工学博士、ってやめてほしー。
かっこわるい。理学博士のままにしてー。

146 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 01:19

>>145

工学博士でわ？

147 ：ブラックジャック：02/08/05 09:02

>> 138
それをいいわけにドクターとっていないのではないの。
そういうのに付き合っている暇が無いぐらい、いろんなやることがあるの。
確かに、そろそろとれるように行動を起こす必要があることも認識していますが。
＃でも他人のことなのにみんなよく知っているねぇ

148 ：ｿﾙｼﾞｬｰ：02/08/05 13:36

BioRubyのドキュメントってどっかにある？
いっこづつｸﾗｽを覗いて逝かないとダメ？

149 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 22:08

>>147

本人降臨ですな

150 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 22:58

>>146
いや、来年から東大理Ｊ報はそういうわけわかめな博士になるのら。

151 ：はやしざき命：02/08/06 00:06

>> 147
カミングアウトしただけでも偉いよ。
博士課程まで行きながら学位を取れてないわけでしょ。
K久研もいろいろとあるんだね。
理研でがんばってちょ。

152 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 00:18

別に偉かないと思うが？
学生で行ったラボに問題があったのはその通りかも知らんが、
学位取得のプロセスを踏んでないってのは、大きな問題だよ。

免許証である学位より大切ないろんなことの中身を知りたいもんだ。

153 ：reqiuire 'bio'：02/08/06 00:44

>> 148
わからないことはお兄さんがお答えしよう。
さあ、何でも聞いてごらん。

154 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 00:57

くっだらね

155 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 02:16

>147
B脳さんISMBからでっか
海外に行っても2chねらーでっか
ご苦労なこって

156 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 03:03

ちょっと期待して通りかかったけど、雑談スレだね。
厭う先生頑張って下さい。

157 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 03:50

ISMB どうですか？
いってる皆様レポートプリーズ

日本進化学会のレポートでも可デス

158 ：ｿﾙﾆｬｰ148：02/08/06 08:51

>153　うわーい　お兄さんありがたう。

「どのｸﾗｽにどんな機能があって」てのをまとめて書いたリファレンス的な物がないものかなー　と。
今までは何もかも自分で書いてたので・・・・・　　ｽﾝｹﾞｰﾑﾀﾞﾃﾞｼﾀ！ｺﾝﾅｲｲﾓﾉｶﾞｱﾛｳﾄﾊ！！！

159 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 11:26

バイオルビぃってつかいものになるの？
Perlと比べたときの利点はなに？

160 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 00:08

理研は静かだ。

161 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 00:55

>>152
たしかに偉くはないけどね。

学位は免許証とはすこし違うでしょ。
論文だすのに、学位が必要というわけではないし。

論文いっぱい（ＣＮＳ級ではないが学位取得には十分すぎる）
出してるけど学位にあまり興味ない人もたまにいるよ。
そろそろ学位取ったらと勧められるような人ね。

人それぞれなんだからいいんじゃないの。
俺なんかすでにペーパー学位と化してるからね。
最終的にはどっちも必要だけど、俺は資格より実力が重要だと思うけどね。

162 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 02:44

実力があればね。
しかし学位とるってのは案外大変なもので、
そのプロセスを踏むことはほとんどの人の場合
研究者としてやっていく上で必要不可欠だと思う。

論文一杯出して学位に興味がないってのは
どういう立場の人を指していっているのかわからないが、
博士過程に進学する以上は、普通の感覚では学位をとる
つもりがないとは到底思えない。
とらなかったのは、理由のいかんにかかわらず、困難に
立ち向かいきれなかったと言うことに過ぎないだろう。

まあ、人によって何に価値を見出すかは異なるから、
批判するつもりはないが、学位がさしたる重要性を
持たず、それ以上に重要なことがあるって言い方は
私には現実からの逃避としか思えないね。

まあ、自分自身が末端の研究を行わなくても、
管理職として優秀であれば、それはそれでやってゆく
道があるから、それを目指しているというのなら、
たしかに学位はいらないのかもしれない。

163 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 03:11

発言プロファイルを解析するサイトあります？エクセルで可能？

164 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 07:54

>>162
日本の企業ではほとんど意味ないよ。
アカデミックであれば、ポストに就くための事実上の資格だけどね。

165 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 11:19

それは企業によるでしょ。
「まともに」研究しようとしている企業は、やはり博士を優遇しているよ。
修士でも就職あるし研究職にもつけるけど、扱われ方はやはり違う。
アーパーな役員のとこだと関係ないが。

166 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 13:16

>>163
プロファイルの何を見るかによるな。エクセルでもある程度できる。
ただ、発現プロファイルの扱いについてはまだまだ、という気がするのだが。
識者の意見を求む。

167 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 13:27

なるほど。数年前からデータはとりはじめてるのですが、
数年たってもデータ解析に関してはあまり進歩してないんですね

168 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 22:59

>>165
そうかな。
博士だろうが、学卒だろうが、企業においてはその会社の製品開発に役立つ研究を
どれだけ出来るかが重要だから、企業における研究能力の高さと学歴の高さとは必ずしも相関しない。
実際、使えない博士が結構いるんだな。これが。
それと、博士号取ったから扱いが変わる会社というのはある意味で
形式主義に陥りやすい会社だと言うこともできる。

欧米の場合は、博士を取っていないと基本的に研究者とは見なされないから、
資格だと言っていいと思う。
だから、向こうの連中と付き合うときにはちょっと不愉快な思いをする時もあるけどね。

169 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 00:27

本題のB農氏は企業に行かなさそうな人だから企業は～という議論は不毛

170 ：require 'bio'：02/08/08 00:35

＞＞１５８
まとまったドキュメントはまだない　
まずはチュートリアル(Tutrial.rd.ja)をみる
あとはライブラリのファイルをそれぞれ　rd2 でよむ、一応ドキュメントがついているぞ

171 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 00:37

彼こそ企業向きと思うが、なにか？

172 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 00:59

つーか、博士をどうして取れないかと言うこと自体が、
このスレの本題からかなり離れているよ。

もっとずっと本題に近いおれの質問にちゃんと答えてくれ。

173 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 01:02

質問ってどれよ?

174 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 03:13

正しいつっこみはこれだ！

175 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 09:15

>>168
あなた最終学歴高卒でしょ｡

176 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 10:39

博士の話は他でやれよ。もう取っちゃったものはしょうがないし、他人が
取ってなかったって関係ないし。
このスレ、ただでも雑談スレになりやすいんだからさ。

177 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 10:51

教えてください．

E-CELLって役に立ちますか？また，E-CELLと同じような
シミュレーションのソフトってあるんですか？
もしあるとするとE-CELLと比べてどうなんですか？

よろしくおねがいします．

178 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 11:51

>>177

E-cellは医学・生物学の世界の革命的な手法として世界中から注目を浴びていると共に
今後、日本をleadしていくものとなっていくと欧米の多くの優秀な研究者が考えています。

その他のシュミレータは、はっきりいってマンパワーや手法の点からE-cellの劣化コピー
以下のようなものしか今のところありません。

179 ：177 ：02/08/08 12:06

178さま，

ご返事ありがとうございます．僕はバイオインフォは素人なもので，
でも，シミュレーションって将来すごくやくにたつだろうなと

180 ：177：02/08/08 12:09

失礼しました．続きです．

思っています．そこで，検索したところE-cell（正確には
cellは小文字でしょうか？）が一番にHITし，数も多かった
ですので質問した次第です．

「マンパワー」とは，他の方法は手作業が多く，煩雑だ
という理解で正しいでしょうか？また，他のソフトで
代表的なものってどんなものがあるのでしょうか？

教えていただけたら嬉しいです．

181 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 19:35

>>177
こらこら、ネタにマジレスするな。178の文面はどう見てもネタだろ。むしろ
アンチKOの書き込みっぽいな。

「シミュレーション」と一言で言っても、何を求めているのかによっていろいろ
あるぞ。ミクロなシミュレーションを求めているのならE-cellは分野違いだし。

182 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 21:10

ネタとしてこんなにお役に立ってます・・・

183 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 21:35

>>181

おいおい、ねたなんて言わんでくれよ。
一応、E-cellはアメリカのＤＯＥのお墨付きがあり、少なくとも生命科学の
分野に一つのimpactを与えたわけだし。
何やかんや言っても、君達が厨房呼ばわりしているＫＯＳＦＣは、少なくとも
日本で一番世界的な評価を受けているlaboなんだから。
兄弟とか東大、その他国立なんてバイオインフォの世界じゃ話題にも上らんくせに。

184 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 22:12

>>183
「KO」と書いている段階でまだネタ疑惑が払拭できないのだが、もしマジなんだったら
もうちょっと勉強しろ。
俺は以前このスレでE-cellを叩いていた奴らみたいなことは思っていないし、その意義を
否定しないのだが、それでもきみの書き込みの最後二行は勉強不足。

185 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 22:17

>>184

え？だって何の業績も無いじゃん。本当に。

186 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 23:34

>>184

今ごろ、>>183がディスプレイの前に顔を紅潮させ、わなわな震えながら
目には涙を溜めている姿が目に浮かぶ。

ごめんね！

187 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 23:42

E-cellネタだと変な書き込みが増えるなあ。
E-cellの話はもういいよ。プロジェクト自体は悪くないが、このスレに出てくる
擁護派も反対派もうざい。シム板にでも行ってやってくれ。

それよりは発現プロファイルの話を俺もききたいと思ってたりするのだが。
経験者いないの？dryとwetが上手く噛み合えばいろいろ面白そうな気がするのだが。

188 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 01:17

もうE-cellのネタしか出なくなったみたいね。
他の人はどうしたのかな？

189 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 02:25

>>187
発現プロファイルの何を聞きたいんさ?
dryとwetがどう噛み合えばいいんさ？

ちゃんとBioinformatics読んでる?結構その手の記事は出てるぞ?

190 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 09:11

>>189
ああ、ごめんよ。あの辺を全然知らないもんで。
データの解析法ってクラスタリング以外あるのかなあ、と思って。ネットワーク
解析なんかも入るのかもしれないけど、まだちょっと精度が低そうだし。

Bioinformatics誌は大学・研究室・関係のある企業のどこにもない。
個人でも購読していない。勉強不足といわれても仕方ないのだが…。

191 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 11:03

勉強不足じゃ。

192 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 12:04

まあ、クラスター分析はひとつの強力な手法だよね。
でも、それは解析の第一歩に過ぎないっしょ?
発現プロファイルから何かを導くためには、
○◎解析と、○▲分析・・・をしないとねえ。
論文描くまでは教えてあげないけど。

193 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 20:23

この分野のひとってみんなクラスタリング、って一言ですませちゃうんだよな。
あんなに星の数ほど、クラスタリングって手法がいっぱいあるのに、ごく一部の、実装されてころがってるプログラムだけいじって、喜んでる。
もうちょっと勉強しなあかんよ。

194 ：158：02/08/09 22:07

>170
すみません。docくらい開けって感じですね。逝ってきます　；；
ありがとうございました。いろいろいぢってみまーす

195 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 22:32

233 名前：名無しの塾生投稿日： 2002/08/09(金) 21:34

みんなＳＦＣになれるぞ。
このプロクシ誰でも使える。guam.bioinfo.sfc.keio.ac.jp:8080

ほんとにえすえふしーってバカだねー。
プロクシの設定もできないでやんの。
http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp

http://jbbs.shitaraba.com/study/bbs/read.cgi?BBS=371&KEY=1026637013&START=233&END=233&NOFIRST=TRUE

196 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/10 01:33

>>193 使えないのはないのと同じ。

197 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/10 02:41

ここまで見る限りではアレイの結果から何かを言うのはまだまだむずかしい
ってことでいいっすか？

198 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/10 09:13

>>196
そりゃちがうぞ。
使えないのはない。
でも、今バイオインフォで使われてる手法程度に使えるのは星の数ほどあるのに、勉強しないひとばっかりで、それだけがクラスタリングだって思ってるのがわらえる。

199 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/10 11:09

だから、ソフトウェアの形で使えないと、使えないんだってば、彼らにとっては。

かといって、いわゆる”バイオインフォ"で飯食ってるやつは、勉強嫌いだから、
そんな勉強もしていないんだけど。
ま、私は地味にやらせていただきますよ

200 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 12:41

やたー！専門板で２００げとぉぉぉぉぉ！！
￣￣￣￣￣∨￣￣￣￣￣￣￣　　　(´´
　　　　∧∧　　　）　　　　　　(´⌒(´
　　⊂(ﾟДﾟ⊂⌒｀つ≡≡≡(´⌒;;;≡≡≡
　　　　　　￣￣　 (´⌒(´⌒;;
　　　　　　ｽﾞｻﾞｰｰｰｰｰｯ

　ﾄﾞｯｺｲｼｮ・・・・・・・・・
￣￣￣￣￣∨￣￣￣
　　　　∧∧　　　　　　　　　(´;;
　　　 (ﾟДﾟ ,)⌒ヽ　　　　(´⌒(´
　　　　 U‐U^(,,⊃'～... (´⌒(´⌒;;

・・・・・・・・・・・・・・・・
￣￣￣￣￣∨￣￣￣
　ﾎﾟ　 ∧∧　　ﾎﾟ
　ﾝ　 (ﾟДﾟ ,) .　ﾝ
　　 (´;) U,U ）～ (;;).
(´)～(⌒;;UU (´ )...～⌒(｀)

201 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 12:57

どうでもいいけれどよ、ここでSFC馬鹿にしているやツラ、先週海外で行われた
某バイオインフォ学会でSFCがaward独占した事実にどう釈明する？
まあ、低脳国立の奴らは、適当にはぐらかすだろうけれど。

202 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 13:39

勧告で行われたSFC主催のお手盛り学会ですが何か？

つーか>>201も非SFCの煽り、に500ウォン

203 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 14:07

つか、SFCのバイオインフォ部門って引っ越したんじゃないの?　山形へ

204 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 14:25

T田研の現在の状況

SFC→SE養成に特化。その中から狂信者を選抜して山形で奴隷労働に従事させる。
山形→SFC以外から外人部隊を招聘してきてSFC出身者はその下で奴隷労働。

と理解しております。

205 ：:：02/08/11 14:38

warata..

206 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/11 22:09

>>202

先週ならカナダじゃなかったっけ？

207 ：コギャルとHな出会い：02/08/11 22:11

http://kado7.ug.to/net/

朝までから騒ぎ！！
　　　小中高生
　コギャル～熟女まで
　　　メル友
　　i/j/PC/対応

女性の子もたくさん来てね
　　小中高生大歓迎です　　　　　　　　　　　　　　　　　
全国デ－トスポット情報も有ります。
全国エステ＆ネイル情報あります。

　　激安携帯情報あります。

208 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 10:03

PDBのデータを使って、Proteinの表面形状みたいんだけど、ツールしらねー？

209 ：コギャルとHな出会い：02/08/13 10:05

210 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 10:06

何とかViewerってのがフリーであったがはっきり覚えてないよ。

211 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 11:09

>>208
RASMOLとかいうのでで見れたと思ふよ

212 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 13:02

>>208
RasMolは空間充填は見られるけどサーフェイスは無いと思う。>>210のWebLabViewerLite(フリーバージョン)はサーフェイス描けるよ。MSI のサイトからDL可、のはず。

213 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 14:27

世界的偉業を成し遂げても、DQN国立は徹底無視ですか＜ｐ
これだから御山の大将のままなんですね。
プライドだけで一生くすぶっていなさい。

214 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 15:21

しょうがないよ「世界が狭い」んだから。

215 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 15:26

こうやって、プライドだけは一流、業績は皆無なここにいる国立の馬鹿ドモが、
ここで私学をいくら貶めようとしても、国際的評価はＫＯのほうがどんどん上がっていく。

恥を知りなさい。

216 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 19:01

成果がないのに評価があがる｡
KOって不思議･･･

217 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 19:25

MOLMOL

218 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 21:56

>>216

成果も評価もされていない国立のクズか｡

219 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 22:27

荒しは放置の方向で。

220 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/13 22:58

荒らし＝２１９＝氏ね

221 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:02

　今んとこ大風呂敷だけ広げがちなシステムバイオで、ちゃんと
まとまったブツを提出した点は、皆評価してると思うよ？＞富田
さん。
　期待してるような大絶賛なんて、ほかの分野の研究でも得られ
てないでしょ？そんなもんだって。

222 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:09

身内で投票、身内が受賞(W

223 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:18

ISMB( Intelligent System for Molecular Biology ) って、国際学会じゃン｡
かなり凄くない？
少なくとも、ここでT研馬鹿にしているやツラよりははるかに上をいっている｡

224 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:19

>>223

禿同！！

225 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:19

>>223

禿同！！国立氏ね！

226 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:19

>>223

禿同！

227 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:20

3連コンボ！！！

228 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 00:40

PyMol でどーだ

229 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 02:40

ｲｲ!!

230 ：他分野研究者：02/08/14 10:30

E-cellの話、単なる「実験 vs 計算」じゃないの？生命科学の人はその
図式に慣れてないのかな。
実験の人（のごく一部）はいかなる計算機実験も認めないし、計算の人
（のごく一部）は実験を知ろうとしない。で、まともな人までそれに巻
き込まれる、なんて、よくある話だろ。
E-cellはいかにも実験の人（のごく一部）から嫌われそうなテーマじゃん。
それをわざわざ「慶応 vs 国立」の文脈で語ろうとするあたりがいかにも
生命科学っぽい（スマソ、偏見）。

231 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 11:30

>>206
いや、韓国でT研関係者が自作自演で投票してました

232 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 12:52

>>230
単なる「実験 vs 計算」とはちょとちがうよ。
細胞が「計算可能だ」と考えた時点で、すでに大きな断絶がはじまっている。
他のことに計算機実験を適用しようとするのと、細胞における複雑系を
計算可能な単純な系にモデル化しようとするのでは、大きな隔たりがあると思う。

233 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 13:33

>>232
その辺が「生命科学の人はその図式に慣れてないのかな」なのでは。
「細胞のモデル化なんてできるか（＝細胞レベルの話が計算屋に扱えてたまるか）」
というのはまさに「実験 vs 計算」の図式だよね。
いや、煽るつもりはないので気を悪くしたら申し訳ないが。

「粗視化」という言葉もあるくらいで、とてつもなく複雑な系をむちゃくちゃ
単純化して全体像をつかむ、というのはシミュレーションではよくある話なんだよね。
物理とか経済とかの人のほうが詳しいんだろうけど（経済のシミュレーションなんて
E-cell以上にすごいぞ）。
生物ではまだメジャーじゃないのかな。そういう研究者は複数いるのだが。

結局、そういう視点を生物に持ち込んだ、というところがあの研究の意義でしょう。
Ｔ田さん以前にも生物の粗視化に取り組んだ人はいっぱいいるけどね。

もちろん、粗視化しているくせにあたかも微視的な性質までわかるかのような説明を
していたらそれは計算科学者の問題だが（そういう人も結構いる）、Ｔ田もそれは
やってないんだよね。
ま、崇拝するほどの仕事ではないけど、粗視化としてはそこそこいいのではないかと。

234 ：233：02/08/14 13:36

ごめん、最後Ｔ田さんを呼び捨てにしてしまった。
もちろん他意はない。失敬。

235 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 13:43

>>233

まあ、遠からず、ということだな｡分かっていればよろしい｡

236 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 15:58

でも単純化して本質が損なわれたらなんのための粗視化かわからん。
細胞屋の意見としては「E-Cell」は細胞のモデルではないと思われ。

とてつもなく複雑な系をむちゃくちゃ単純化して間違った全体像を
つかむ、というところに批判が集中しているのでは?

237 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 16:29

>>236
だからそれが「実験 vs 計算」の、と言い出すときりがないのでやめよう。
実際、粗視化の妥当性の話はどれほど議論しても決着がつかないことが多い
（計算科学者同士の議論でさえ。ましてや実験家と計算家の議論では…）。

俺が言いたかったのはそういう学術上の対立を安易に「慶応 vs 国立」というのは
違うだろう、ということだけだったわけで。
少なくともE-cellは学術上の議論に耐えうるレベルには到達しているので（でなけ
ればいくらシミュレーションでも論文にはならない）、そういう議論をすればいい
のになあ、ということだ。

ということで、俺は「E-cellぎりぎり妥当」説をとるわけだが（単にデータだけから
判断）>>236が妥当性に疑問符を持つ理由を教えてくれると勉強になる。
とかやってるとまた煽るやつが現れるのだろうか。

238 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 20:06

Ｅ-cellを否定する奴は皆国立の低脳どもばかりというのがうける＜ｗ

239 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 23:00

E-cell は評価するが、批判に対して反論しようとしない >>238 は評価できない。

240 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 23:08

実は>>238はE-cellを理解していないと見た。

241 ：名無しさん＠１周年：02/08/14 23:21

238 は単に国立大に入れなかった DQN の妬み節だな。

242 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 23:33

>>239-241

国立のオタクさんたち、マルチですか？ハズカシー

243 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 00:17

14日の読売朝刊見てたら、計画中の沖縄大学院大学て
システムバイオロジー主体だそうじゃないすか。
沖縄て若い独身の学生にはいいかもしれんが、子供を持つ
ポスドクやスタッフにとっては教育問題が大きなネックだろうなあ。。。
せめて本州のどこかにしてほすぃ。

244 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 00:33

GIW2002に投稿予定の皆様ごきげんいかがですか？
締め切りまでもうすぐですね。

245 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 01:24

死捨無バイオロジーってなんでつか？

246 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 01:26

電通がつけたキャッチコピーだろ。中身なんてない。

247 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 01:42

あっはっは。ま、似たようなもんだが、つけたのは
アイボ開発チームの北野さんらしいよ。
ICU卒業だけあって、センスは悪くないな。中身はマッタクないが。

248 ：nana：02/08/15 01:44

北野さんはミーハーでオサレなのよ！
タダのデブではないわ。

と、言ってみるテスト。

249 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 01:50

あんた事情に詳しいね。　つか、あの唇がキライ…

250 ：nana：02/08/15 01:50

メガネモナー

251 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 01:53

たしかに・・・

252 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 08:51

どうも答えられない都合の悪い質問が出てくると
E-Cellの話題に切り替えて盛り上がる傾向にあるみたい。

253 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 11:14

＞どうも答えられない都合の悪い質問が出てくると
どれのことでつか?

254 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 15:10

http://dms100.org/worksucks
ここも参考になれば。。。

255 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 15:21

久々に物理的なブラクラ踏みました。
タブブラウザ使ってるからアレやったけどｗ

256 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 15:23

>>254

通報しました｡

257 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 16:17

ちゃんと謝罪分を書けば、IP晒しと出入り禁止を免れることができるらしいです｡

258 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/15 21:15

>>253
prediction

259 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/16 12:37

>>253+258
バイオインフォで答えられないことか、
未熟なバイオインフォだといっぱいありそう
でも、そのたびにE-CELLが槍玉にあげられるっつーのは、
いい意味でも悪い意味でも注目されてるってことかな。

260 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 02:08

E-cellって何ですか？

261 ：pentium4：02/08/17 02:44

>>259　E-cellって槍玉に挙げられてんの？
すくなくともシステムバイオロジーとE-cellとは関係ないよなあ…

262 ：208：02/08/17 04:30

208でタンパクの表面形状を見れるツールを教えてくれと
書いたものです。
見た後すぐに、見付けることができました。
どうも有難う。

263 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 14:20

>>259
ていうかバイオインフォが他の学問（生物からも計算機科学からも数学からも）から
一段低く見られている、その最大の戦犯がＥ－ＣＥＬＬだと思うんだが。
関係者はもっと謙虚に批判に耳を傾けるべきでは？

264 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 20:50

>>259
「計算機科学からも」は違うと思う。
上で誰かも書いてたけど、俺も「実験vs計算」説に一票だな。

というか、このスレでE-cellのことを学術的根拠を挙げて批判／擁護している奴
なんて見たことないぞ。>>263だって自分の感情論をあたかも一般的な見解であるかのように
語ってるだけだし。
かといって擁護派は「KO最高！」しかいわないバカだしな。

ひょっとしてお前らみんなE-cellを理解してないんじゃないかと小一時間（以下略）

265 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 20:55

理解している>>264さま解説をおながいします。

266 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 21:25

感情論が一般的な見解ということもありうるよ。
「デファクトスタンダード」ちゅうやつよ。
そもそもe-cellのマクOSX版がないってだけで、生物やからは
十分叩かれる理由になるのよ。

267 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 23:18

前スレでKO-SFC厨が将来のMDさまであらせられるKO-医学部様に
罵詈雑言で罵った挙句、KO-SFC最高！E-cell最高！といったのが
そもそもの始まりだと思われ｡

268 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 23:20

だからSFCってなんなのよ。

269 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 01:01

福沢諭吉という偉人の作った大学の経営する専門学校>SFC

270 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 01:28

最近はＳＦＣから来る人のレベルはずいぶん落ちたね。
初期はもっと優秀な人が少しはいたような気がするが。

271 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 01:38

ただ、良くも悪くも日本のバイオインフォ界を代表しているから、
もうちっと頑張って欲しい｡
そのうち、理工学部生命情報学科に乗っ取られるかもしれんが｡

272 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 01:57

>>270
SFCからどこにロンダしてくるの？全員SEになるって聞いたけど。

273 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 02:11

>>272
SEってスーパーエリートの略ですか？

274 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 02:30

で、予測は可能なの？

275 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/18 10:10

>>264-266
E-cellはマク版がないから叩かれると言う結論でいいデスか?

276 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/19 21:35

マック版がないというだけで、たたかれるのはいかがかと。
確かにウェットはマック使いが多いけれども

277 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/19 23:30

>>272
SEになるって、コンピュータ会社とかに就職するってこと？
そもそもバイオインフォをやってる会社で、そこそこに成功している企業ってあるのかよ？

278 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 00:38

バイオインフォだけやってる会社なんてなくて
大きな会社がそういう部署を作ってやってるだけじゃないのか？
客筋としてはコンピューターに疎い相手だからカモにしやすいんじゃないのか？

279 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 12:58

>>276
いや、生物系ではWinでしか開けないメールを流しただけで、
ものすごく叩かれたり、科研費の特定の斑会議から声がかか
らなくなったり、論文がおとされたり、ポスドク推薦を
けられたりするのだ。

いみじくも、生物系に使ってもらうことをめざしているソフトを
開発しているひとが、生物系のOS分布地図(というかWin / Linux
迫害の実情)をしらないというのはまずいよ。

参考スレ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1024580783/
二流ラボになればなるほど、マクの比率が下がるんだそうだ。

280 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 14:09

つまり生物系はPCのボンクラばっかりと。

281 ：pentium4：02/08/20 15:02

↑
ボン蔵にも劣る情報系のいかに多いことか。（ｗ

282 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 21:21

よく、マック使いからファイルをもらうけど、ヘッダきらないかんは、フロッピーもらったらよめんは、まことにうざい。。。

283 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 22:05

っていうかLinuxやWindowsが高等だと思うのも愚かだな

284 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 22:19

情報系には、Linux信者のくせにプレゼンはパワーポイントとか言う
わけわからんのがゴロゴロしてるけどな。

>>283
Winが高等なんじゃなくて「広く使われてる」という事実こそが重要。

285 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 23:28

＞情報系には、Linux信者のくせにプレゼンはパワーポイントとか言う
＞わけわからんのがゴロゴロしてるけどな。

お前の意見の方がワケ分からんなぁ。
わざわざLinux上アプリでプレゼンやるのか？
そのメリットって何よ？

どうも厨房辺りが背伸びして書いてる様な気がするのお（ｗ

286 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/20 23:33

>>285
あ、ごめんごめん、「反MS派」って意味含ませてた。
普段からWinダメ、Winダメ言いながら、パワーポイントかよ、と。

俺は硬派だから女はイラねえ！と言いながら合コンくるのかよ、と。

287 ：285：02/08/20 23:37

＞あ、ごめんごめん、「反MS派」って意味含ませてた。

了解。そういう意味か。なら納得。
そういう意図だと思わなかったのでキツいカキコになってすまんかった。

288 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 00:10

だーよねー。
Windozeはだめといいながら、パワーポイントのためだけに
Windows使ってるあなたって…って言う気がするわな、当然。

289 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 00:45

HTMLで資料作ってブラウザでプレゼン、これ最強。

290 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 01:10

でも全画面表示とか、細かいことが PowerPoint の方がいいのね。
Linux 用 PowerPoint もどきってなかったかしら。

291 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 01:17

ちんこがいいんじゃない？

292 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 03:56

うちの学校では、Magic Point使ってるﾔｼが居るとか聞いたな。
かなりイマイチらしいけど。

293 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 11:39

>>292

ＳＦＣ厨発見｡

294 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 11:41

マジックポイントってなに？　パワーポイントのパクリ？
なんつーかさ、HTMLを全画面表示できれば、
それで十分と思うんだが、そういうのってないのかな？

295 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 11:56

資料をPDFに変換して全画面表示、これ最強。

296 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 12:05

>>294
iモードなら全画面表示できますが、何か？

297 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 12:09

プレ禅につかえんのか？

298 ：292：02/08/21 13:17

>>293
ﾁｹﾞｰﾖ!!　似たようなトコかも知れんけどｗ

299 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 22:20

>>294
MagicPoint は
http://www.mew.org/mgp/

HTML の全画面表示は既存のWWWブラウザでできるんじゃない？

300 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 22:43

300 Get

301 ：2チャンねるで超有名サイト：02/08/21 22:44

http://s1p.net/xcv123

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302 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/22 13:29

皆班会議中か・・・・

静かやね。

303 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/22 17:42

何とかいっても、NCBIとE-cellくらべたら、大人と、子供ぐらいの能力差。

304 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/22 20:01

どうい

305 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/22 21:43

神戸から愛を込めて

306 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/23 08:01

神戸おわったの？　会期中書き込みが激減してたけど．w

307 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/23 11:43

yoicho

308 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/23 16:27

あいをこめられてしまった。

309 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 01:22

310 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 13:00

Hiromi Kochiwa, Ryosuke Suzuki, Takanori Washio, Rintaro Saito, The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team, Hidemasa Bono, Piero Carninci, Yasushi Okazaki, Rika Miki, Yoshihide Hayashizaki, and Masaru Tomita
Inferring Alternative Splicing Patterns in Mouse from a Full-Length cDNA Library and Microarray Data
Genome Res. 2002 12: 1286-1293.

311 ：T田の愛人：02/08/26 17:30

いつもは彼が私のアソコをたっぷり舐めてくれるので、こういうときはたっぷり彼のを愛します。
体勢は、彼があおむけになると私の首がつらいので、お互いに横向きに寝てくわえます。この体勢って、
いくらでもくわえていられるんです。後ろのスジの部分が感じるんですよね、男の人って。彼はそう言うので、
舌の先でも、舌全体でも舐めます。タマタマちゃん（って私はそう言ってるんです)も口で吸います。先っぽの、
オシッコや精液がでる先のところも、穴のところを指で「ぱか」っと開いて、尿道の中のほうを舐めます。　
ここは「きもちいいかなあ」と思って試してみました。彼に言わせると「なんか不思議な感じ」だそうです。
嫌な感じはしないようですが。
あと彼がきもちいいって言うところは、太もものつけ根。タマタマちゃんをさすりながら、太もものつけ根も
さするようにすると、すごくきもちよがるの。「あははー幸せー」って。くすぐったいけどすごくいいらしいの。

最後は彼にあおむけになってもらって、口と手でイッてもらいます。なぜあおむけかというと。以前、彼が椅子
に座った状態で最後までいったときに、勢いがよすぎてのどに直撃したことがあって…。すごく苦しかったので、
それ以来、最後はあおむけです。精液はしっかり口で吸い出して、それから飲みます。味ははっきり言って
まずいですよ！苦い。なんともいえない味がします。粘液なのでのどに残る感じだし。だから、私はできるだけ
舌に残さないように一気に飲んで、そのあとすかさず何か飲み物を飲みます。最初に用意しておくんです。
精液を飲んでもらうのって、男の人にとって、すごい幸せみたいですね？　今の彼に初めてフェラチオしたと
きも飲んだんですけど、彼、すごくびっくりしてました。それで、すごく嬉しそうでした。「今まで飲んでもら
ったことがない」って言ってました。

312 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 21:27

Tozaki T, Choi-Miura NH, Taniyama M, Kurosawa M, Tomita M.
SNP analysis of the inter-alpha-trypsin inhibitor family heavy chain-related protein (IHRP) gene by a fluorescence-adapted SSCP method.
BMC Med Genet 2002 Jul 29;3(1):6

313 ： ◆6ctLDOfU ：02/08/26 21:28

>>815
わからねえよ

314 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 21:29

>>313
てめぇの方がわかんねぇよ

315 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 21:32

>>314
おまえの事も、トント分かんねーよ。

316 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 01:07

ココか、ナナミ？

317 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 16:23

ゲノム解析新ソフト「Ｇ言語」、国際学会にて受賞 (02.08.08)

慶應義塾大学環境情報学部4年の荒川和晴君が中心となってSFC/TTCKで開発したゲノム解析ソフトウェアが、国際学会で賞をとりました。

Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2002, Aug 3-8, Edmonton, Canada)はバイオインフォマティクス分野では最もメジャーな学会で、
世界各国から約１５００人の参加者を集め、
約５００のポスター発表の中から受賞した"ISMB Best Poster Award"のひとつに選ばれたものです。

この"G-language GAE"というソフトは慶應大学でバイオインフォマティクスを
専攻する学生約10人が過去２年に渡って開発したもので、グラフィックインターフェースを充実させ、コンピュータに詳しくない実験科学者でも
簡便に使用できるようにしました。発表会場でも多くの研究者の関心を引き、配布用CDが飛ぶようになくなりました。

学会最終日の表彰式には賞状と賞金が授与されました。このような名誉ある賞の受賞者が大学生であったことは学会参加者に驚きを与えました。

318 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 16:49

言っちゃわるいが、そんなことで賞を取れるところが、まだこれから
の分野ということを示してるね。俺もがんばらなくっちゃ。

ちなみに神経回路シミュレータ関連では、かなり凝ったツールが数
多く出来たようだが、肝心な科学的成果は出なかったに等しいような。

319 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 18:00

negative

320 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 01:38

ぐぁははははは・・・我々の勝利だ！勝利！勝利！勝利！勝利！勝利！勝利！
プライドだけ一流、実は低脳ＤＱＮ国立ドモ、今ごろディスプレイの前で
涙を溜めている姿を想像すると笑いが止まらんわ！！！！

悔しいだろ？<pu

321 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 02:02

322 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 02:03

ISMBに生物学者は参加しないと言う罠

323 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 02:05

>>322

負け惜しみ

324 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 02:06

事実だろ？

325 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 07:51

作ったというだけで技術的にも新味は皆無のようだが・・・
これも「研究」と認識されるのか？

326 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 08:56

ゴメン、ISMBを知らない。

「知らない」と言う意味ではドクター中松の「世界発明大賞」とかわらな.....、
ちょっと失礼だったか？

327 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 09:05

まさに「自慰」ランゲーヂだなｗ＞SFC

328 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 09:12

>>317

T田研は有名だよね。学生を大量に動員していき、その多くが
ポスターを貼ってトンズラ。会場ではその姿をほとんど見ない。
ISMBはT田研の慰安旅行でしたか？例の賞もそうやって動員された
T田研の人間が投票していたのは参加した人間はみんなしっている
わけよ。それでも嬉しい？SFC厨だと嬉しいか(W
荒川は幼女の相手でもしているのが似合ってるでしょう。

同じ賞をCBRCの有田氏も受賞していたが、彼はさすがに厨ではないので
変なことは言わないねえ。

329 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 10:08

ISMBって情報系のオナニー学会でしょ？

330 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 10:40

ギャーギャー騒いでいるだけで世の中に何も還元出来ないカエル軍団が生息する池はここですかい？

331 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 11:02

>>329
情報系ならIEEEだろ？

332 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 12:51

だからE-cell厨はどっか行け。
賛成派も反対派も。おまえらうざすぎ。E-cellて文字見ただけで反応するな。
そんなにE-cellのことを語りたいんだったら学問的な話をしてみろよ。

333 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 14:08

学問的には問題外だからこういうことになるんだろ＞E-cell

334 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 16:12

>>333
いや、だからみんなそういうことしか言えないじゃん。
俺は別に賛成でも反対でもないけど、>>333みたいなこと言っているやつが
E-cellのどういう部分が問題外なのか、とか語ってるの見たことないぞ。
もし「全部」だとすれば、その「全部」についても説明されたし。

くどいようだが別にE-cellに賛成もしてない。でも君たちちょっと「計算系」に
へんな敵意持ってるんじゃないか、という気がしてならないのだが。

335 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 16:19

>同意
だが学問的評価を充実させるためには生物屋につかってもらわなければ
ならない→そのためにはマクに移植しなければならない→めんどくさい
から誰もやらない

ってわけ。
俺的にはE-Cellを作ったひとよりもそれをマクに移植した人の功績のほうが
生物学的に重要だと認識される可能性大と思う。くだらんな。

336 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 17:43

ほんとまったくくだらん

337 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 18:50

あと、Winを使ってる生物屋やLinuxを使っている生物屋は、ウェット
生物屋の中では二流らしいので(ソース既出だがはなはだあてにならんな)
もしウェット生物屋がマク版ではないE-Cellを使って評価したとしても
その評価は非常にあてにならないという可能性もある。
まあどうしようもなくくだらんはなしだ。

338 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 20:06

perl難しいよ、結構。

339 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 20:45

>>332他
そんなに熱くならずにヒッキーのフラッシュでも見てなごめや。

http://members.tripod.co.jp/muremure/utada.swf

340 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/28 23:25

ISMBには生物学者も参加せんかもしれんが、情報科学者も参加しないよね。
中途半端な学会。にしても、あの学会は査読がむちゃくちゃ。
倍率は５倍となかなか高いけど。

あと、ポスターごときで大量に旅行してる研究室はDQNだな。

341 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 01:05

>>340

実績がでないからってあんまりひがむなよ＜pupupu
おいおい、涙がたまっているぞ？

342 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 01:41

perlはしょせん便利ツールだからなぁ。使えば便利だけど、使えたところで自慢できないし情報科学の研究には役に立たんし。

343 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 01:47

341みたいな煽りは放置しよう。
たぶん一人だけなんだろうけど、SFCの印象を異様に悪くしてるよ。

ただ、バイオインフォマティクスの研究者に対して「生物学」や「情報学」の
能力をうんぬんするのはどうかな、とちょっと思っている。彼らの専門は
「バイオインフォマティクス」であって、「生物学」や「情報学」ではないんだよね。
確かにそれらの学問の発展形ではあるし、それらの能力があるほうが望ましいのは全くの
事実なんだが。
その意味では、バイオインフォマティクスの学会に生物学者や情報学者が参加しないのは
残念ではないけど、ある意味仕方ないんじゃないかと。俺らが物理学会に参加
したことがないようなもので（生物学も物理学の発展形だ、という見方はよくあるよね）。

いや、もう反感を買いそうなこともバシバシ叩かれそうなこともわかってるんだけど、
あえて書いてみた。新参の分野をもっと優しく見てみようよ。なんか保守的な書き込み多いよ。

344 ：343：02/08/29 01:49

訂正
残念ではないけど　→　残念ではあるけど

恥ずかしすぎる間違いだ。ごめん。

345 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 02:00

>>343
341はむしろSFCバッシングを誘導してるだけだろ？バッシングさえ自作自演かもしらん。

それはともかくG言語は

>>317「コンピュータに詳しくない実験科学者でも簡便に使用できるようにしました。」

とうたっている以上、実験科学者（実験生物学者？)にアピールしなきゃ意味をなさないだろ？

それに「ISMBがバイオインフォマティクスの中心」みたいな考えを持ってるとすれば、大いなる間違いだと思う。
バイオインフォマティクスの位置付けは、他の分野よりはるかに特殊な面を持っている。
この分野にいるのは情報系であぶれた連中と、生物系でコンピュータの必要性を感じているか
コンピュータが好きなのに生物系に行ってしまった連中であって、研究対象はどちらも「生物学的データ」だよ。
ハードウェアがどうとか、アルゴリズムがどうとか、ツールがどうとかいう問題は、単独では存在し得ない。
少なくとも情報系からあぶれてきた連中は「生物学的データ」の本質を捨ててしまいたがる傾向が
強すぎるように見えるのだが、どうだろうか。

しかしじつは問題はそこではなくて、そういう連中がバイオインフォマティクス関連予算の
「大きな部分をもっていってしまう」ことにあると思う。
まあ、もともとなかった予算を無理やり作り出しているのかもしれないので、
必ずしも悪いとはいえないのだが。

346 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 11:09

バイオインフォやってる情報系はあぶれですか。

347 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 11:10

どうみてもそのようにしか見えないけど、違いますか？
あぶれじゃなかったら、研究対象をもっとしっかり見てください。

348 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 11:32

情報系も含めてメーカーに任せてしまえばオケ。

349 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 11:46

>>345, >>347
他の分野みたいに、計算が独立したものだという認識が生物にはまだないのかな。
生物データを使っているから、あるいは情報学的処理をしているからバイオ
インフォマティクスがそれらの分野の下流（別に悪い意味だけではないにせよ）に
ある、というのはちょっと違うと思う。
「生物屋、情報屋からの流入」というイメージが強すぎるのでは。

完全に余談で、あまり関係のない話だが、福井謙一がノーベル賞とるまで
化学の世界では量子化学がだいたいそんな扱いだったよね。

あと、345, 347あたりを見ると生物屋が情報屋に偏見を持っているように
思うのだが。生物屋が「生物学的」を大事にするのは当然だし、そうで
なければ困るが、それが他の分野（たとえ「生物学的データ」を使用して
いようとも、だ）に通用するというのは生物屋の傲りではないかな。そのへんが
「保守的」なのでは。
ああ、なんか煽り臭くなってごめん。345, 347は真面目に議論してくれて
いるので、決して煽るつもりはない。

350 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 12:01

情報の分野から新しい発見があるのなら良いよ。
でもそれを本気でやっているように見えないから批判が生まれる。
訳わからないほど高度なことをやっているのなら批判もでにくいだろう。

351 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 12:32

生物屋のお手伝いプログラムを書くのであれば、情報屋は修士で卒業
して企業でプログラム書けばいい。実際のところ情報系の大半がそう
いう類の仕事みたいだ。

しかしそこから一歩踏み込んで、情報屋らしい成果を出そうともがい
ているのが現在のバイオインフォの情報系でしょう。その意味で、バ
イオインフォは、早くもネタ切れの厳しい局面に立たされているとい
うのが現状の理解だと思うけどね。それではどうすればいいのか。

それを匿名でタダで教えるほどお人よしじゃねえよ。

352 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 17:40

>>349
言いたいことはわからなくもないが、>>350の言うとおりだよ。
それに「情報物理学」や「情報化学」という言葉は聞かないし、存在し得ないものだろう。

>>351は何かいいネタもってるフリをしているが、多分なにもないのだろう。
実際、情報屋らしい解は今のところない、というのが世界のコンセンサスになっている。
（Bioinformatics, July Issue Review)

どうやってカラーを出すかというところで、世界中のBioinformaticianが
もがいているのに、そんなに飛びぬけてうまい解があるとは到底思えない。

もちろん、有望でないという気はサラサラないが、犬のロボット作ったり、
シミュレータ作ってるだけのところに、信じられないような大予算をつけて
「バイオインフォマティクス」予算と証するのはなんか間違ってる気がする。
やるなら「バイオ」の冠を外してやってください、って感じ。

353 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 17:56

やっぱりどっちも意地になっている感じかなあ。
随分上に誰かの書いた「計算ｖｓ実験」てのがこういうことなのかね。
真面目な議論（E-cell厨同士の煽りあいじゃなく）をしてても、両方ともかたくなになっているような・・・。
どっちもむちゃなことはいってないと思うけど、やっぱり予算の取り合いもからんでるしね・・・。
新規な分野が立ち上がる、ってのはこういうことかね。俺は349のほうに近い感想を持ってるけど、350や352みたいな意見がこの分野を育てるんじゃないか、という気もする。

ちなみに揚げ足をとるわけではないが、情報化学はある。学会まであるよ。

354 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 21:23

>>353
chemoinformaticsっていうの？ chemical informaticsかな？内容は？

355 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/29 23:13

>>353,354
化合物の物性などのデータベースを創薬に生かしたりするという意味での
情報化学の延長上でbioinformaticsをとらえてはいけない（もちろん
そうした一面もあるんだけどさ）のではないでしょうか。情報化学は現在、
量子化学、計算化学などの人と、CAS-ONLINEなんかの人が入り混じって
いる学会の気がします。もちろん化学の本流からは大幅に外れています。

一方、bioinformaticsが扱っているのは遺伝情報、遺伝子情報など
そもそも膨大な量の「コードされた情報」が存在していて、そこからそ
れを暗号解読する、といった意味合いの強い「情報学」という分野の比
重が結構高いわけですよね。だから本当に必要なのは暗号解読の専門家
みたいな学問だと思うのです。それ以外の分野（たとえばシミュレータ
とかデータベース作りとかインターフェースとか）が予算を大量にとっ
てしまっている現状はまずいんじゃないか、と思うんです。

356 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 00:05

そういえばComputational Chemistryという分野もある

357 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 01:13

chemistryは新規発見の研究という意味ではもう終わってるでしょ？

358 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 08:34

しかしみんなシミュレータ嫌いだね。やっぱりそのへんの分野に関しては生物学は遅れているのかも。シミュレータに金をかけるのは工学的には全然おかしくないと思う。

359 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 08:49

>>358

スタイルからだけ結論を出してもね。

現実の実験をやる方が遥かに安上がりな場合、
わざわざ金を掛けてシミュレーションやると思う？

パラメータが限られている場合ならともかく、
パラメータ推定問題まで含む複雑な系で明らかに
CPUパワーが足りないのに、それでもシミュレーションに魅力がある？

360 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 09:21

>>358
シミュレータが嫌いなわけじゃないよ。
過剰宣伝し過ぎだし、金もかけ方のバランスもわるいし、
実データとのフィッティング検証の努力も足りないと思うだけ。
システムなんちゃらに関しては、今までの研究との違いがまったくわからないが。

361 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 10:22

だいぶ前に書き込んだ「他分野研究者」っす。

> 現実の実験をやる方が遥かに安上がりな場合、
> わざわざ金を掛けてシミュレーションやると思う？
が、まさしく「計算 vs 実験」ではないかと。
煽るわけではないが、実験で全てがわかるわけではない以上、そういう試みを
捨てるのはどうかと思うぞ。

> 実データとのフィッティング検証の努力も足りないと思うだけ。
久しぶりに来てみたが、E-cell（のことだよね？）を学術的に批判したのは>>360が
初めてではないか。
できれば、もう少し詳しく教えてほしい。そういう話はぜひききたい。

批判的なことを書いたが、>>359みたいな意見ももちろんアリだと思う。予算配分
にいい加減なところがあるのはどの分野も同じだしね。
俺的には実は生物学全体に予算が行き過ぎてると思っているけど、そんなことを
書くとこの板全体を敵にまわすな。

362 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 15:02

simulator が嫌いなのではなくて、simulator はinformatics
ではないから、informatics の予算以外の予算でやるべきでは?
と言っているのです。
工学的にはsimulator にお金をかけるのはＯＫかもしれません
けど、bioinformaticsとして、明らかに取り組まなければなら
ない優先的な課題が他にあって、しかもその分野では日本が
圧倒的に欧米に遅れているのに。
配列解析、二次構造予測、立体構造予測、遺伝子予測、リガンド
予測などの方が俺的には大事。そのつぎがデータベースかな。

生物屋がsimulatorが嫌いだとしたら、それは工学や化学にくらべて
新しい因子や相互作用や現象が発見されるスピードがずっと速い
分野だからだと思います。simulatorが完成する頃には、境界条件そのもの
が大幅にかわっているからです。実際に自分で論文を書こうとしていて、
半年前の論文のイントロがもう古くて使えないということは多くあり
ませんか?

363 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 16:38

まさに分子生物学恐るべしですな。
これが発展する前は、生物学なんて理系の中で一番デキの悪い
奴の行くところだった。今や花形ですからね。

シミュレータの嫌いな奴は工学の中にも多いよ。そういうの作
っている奴って、さも最新の仕事をしている風に見えてしまう
のだけど、既存の技術でホイホイと作っていけるから、現実は
仏作って魂入れず。それは神経回路の分野でもたくさんあった。
苦々しく見ている良心的な工学者も多いことは解ってもらいたい。

364 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 16:48

これこれ、シミュレータを嫌いなことが良心的であるかのように見えるぞ。
最後の一行は「仏作って魂入れず」にかかってるのだと思うが。

でないとまたE-cell厨が来るぞ。

365 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 17:27

お互いがお互いを排他的に思ってる限り、仕事は進まんよねー。
まさか一人で何でも出来るとは思っていないよね？
これからの時代、研究枠を越えた間での共同作業が行えない奴は
どんどんと取り残されるのやでー。

366 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 20:24

それって生物系のシミュレータ関連の仕事が進まないのは
実験屋から排他的に思われていてフィードバックがないからだ、
といういいわけなのか?
シミュレータがなくても、実験屋の仕事は進むし、新しい
パラダイムを１つ発見してしまえば、それまでのシミュレータ
は即座に古くなってしまうわけだから、「どんどん取り残さ
れる」のはシミュレータの人たちのような気がするが。
頭使わないで人海戦術肉体労働でも結果が出るのが、生物系
実験屋のよいところで、そういう世界と協調して共同作業
するにはシミュレータ屋さんたちは繊細過ぎるんだと思う。
*モリヘオカエリ*

367 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:39

トランスクリプトームのデータだけからネットワークを
推定している輩達に、本当に生物勉強しているのかと
小一時間問い詰めたい。

368 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:42

実験で世界の全てがわかると思い上がっている度
数学＜＜＜＜＜＜＜＜＜＜物理＜化学＜＜＜＜生物

369 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:53

おいおい、また煽りかよ。
なんかこのスレ多いな。

しかし、確かに計算に対するこの不信感はなんだ、というくらい「反計算派」もすごいな。これは保守的と言われても仕方ないと思うぞ。ちょっとは心を開こう。

そして計算屋もこの（ほとんど煽り寸前の）非難を見て改めるべきを改めろ。

予算のことはお偉いさんの責任なので許してやれ。それが一番許せないことなのはわかっているが。

370 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:53

>>368 生物屋です。
世界の全てなんてわかろうとおもってないよ。だって生物
は窮極の各論の世界だから。実験したら実験したことにつ
いてのみ、少しわかる、という程度で、依然として世界は
混沌のままなのです。

世界を統一的な原理で記述するといいことがあると思いこ
んでいる度
数学＞＞物理＞＞＞化学＞＞＞工学＞＞＞生物

371 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:54

誰をターゲットにした煽りか意味不明>>368

372 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 21:59

>>369-371
きみら煽りに乗るの早すぎ。
特に370、煽りにつられて「仲間誉め」みたいなことを書くな。

373 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/30 22:08

生物の実験屋が全員各論をやっていると思われたらめちゃくちゃ心外なんだが……。

なんだか、>>369の「両方悪い」説に同意し始めた。

374 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 00:47

興味深い議論だとは思うけど、この辺でやめようよ。
なんか堂々めぐりっぽい。

というわけで厨房質問をしてみる。
RNAの二次構造予測とかタンパク質の立体構造予測はよくきくけど、RNAの立体構造予測ってどのくらいされてるの？

375 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 01:29

ribosomeの結晶解析のおかげで、RNAの構造分類学がかなり進んだ。
確かどこかにサイトがあったとおもうけれども。
その先「ホモロジーモデリング」ができるようになったのかは知らない。

376 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 15:12

NMRで構造解析ってなかったっけ？

377 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 15:28

>>376
ああ、もちろん実験的な構造解析はたくさんある。

しかしタンパク質と同じアルゴリズムでの「ホモロジーモデリング」は無理だよねえ。
>>375がホモロジーモデリングをカギ括弧付きで書いているのはそういうことだと思うけど。

378 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 16:18

>>377
タンパクとRNAのどちらもNMRで解析できるんですか？

379 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 21:35

RNAは結晶化が難しいから、リボソームなどの特殊なもの以外は
NMRのほうが有望なり

380 ：360：02/09/01 08:08

>>362
彼らがやろうとしているのは、ある代謝系について実験データをつかって
パラメータを一応きめて、未知の部分について「適当に」数字を入れることのみ。

これのどこが悪いかというと、特定のモデルを持っているわけではないので、
ケースバイケースには使えるだろうが、汎用性がなく、
既知の反応経路には使えるものの、新しく生み出されるものがないこと。

やってみたら意外ないことが起こったということがあるというが
（グルコースを与えたら一過的にATP濃度が下がるなど）
それ以上の発見にはつながっていないし、たったそれだけのことさえ、
実際に確かめる努力はしていない。確かめてみても、複数の要因がかかわるので
実際の系ではこのようなことは、おそらく起こらないだろう。

また、解糖系以外の系での代謝について網羅することは可能かもしれないが、
現在の計算機能力からすると10年以上はシミュレーションは不可能にちがいない。
しかも、できるとしても「すべての経路がわかっていれば」という前提のもの。
わかっているものを調べることが無意味とはいわないが、
内容そのものを調べること以上に模倣することが大切、という感覚は
研究者の意識とは相容れないものだろうと思う。

システムバイオロジーにしてもそうだけれど、基礎研究というより、
工学的要素が非常に色濃くて、真理を探求するかわりに表面だけなぞって、
華やかに見せようとしているのではないかとという感想を持たざるを得ない。

いかが？

381 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 08:18

>>380
っていうかあれは単に反応式の集まりを数値積分してるだけ。
で、誤差をどうするかとか、反応式の記述方法とかを「研究」してる。
生物学と関係あるとすれば、「材料」として酵素反応を使ってることだけ。

382 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 12:05

実験者の批判は当然だと思うし、改めるべきも多いと思うけど、過剰な叩き方（自分で自分を「良心的」と表現するような人もいたな）を見るとファラデーの逸話を思い出さざるを得ない。

電磁気学の理論を立ててすぐ、「電気など何の役に立つのか」ときかれて。

「生まれたばかりの赤ん坊が将来どう活躍するかなど、いったい誰が分かるでしょうか？]

煽りみたいなこと書いといてなんだが、もうちょっと「新しい試み」に寛容であってはどうかな、と思うのだが。
>>380の批判のうち、検証に関する部分はT田さんも真摯に受け止めて欲しいと思うけどね。

ただ、私としてはそろそろこの議論をやめたいので、ROMに戻ります。言い逃げみたいで悪いが。
RNAの話とか続けてください。

383 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 12:07

解っているものを計算機の上に乗せているだけといえばそういう
見方もできるけど、やっている人の狙いは、個々の小さな要因を
集めると、系全体としてそれが破綻せずに合理的に動くのかとか、
もっとシステム論的に考えたいのではないかな。

マルチエージェントシステム的なアプローチをしたいんだと思う。
それが研究として価値のあるものになるかどうかは、もう少し様子
を見てあげてもいいのではないか。かなり難しい気はするが。
ここ数十年の情報屋や計算機屋の発展の流れに沿った研究方向だと
は思うよ。ただ、その結果が問題だ。

384 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 14:22

現状のe-cellがまともに評価できるかというと難しいとおもうけど、
将来、シミュレータが議論に値するものになるためには、まず、
シミュレーションに必要な反応のデータをきちんと集めないといけないと思う。
で、厨房質問なんだが、現実の生物（仮想の細胞とかでなくて）のデータで
e-cellなんかに食わせられるようなpathwayのデータがそろった
データベースとかってどこかにないかな？
各々の反応のミカエリスメンテン定数とかそれぞれの酵素に
アロステリックがどれくらい効くとかいうデータまできちんと検索できるような。

385 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 15:21

>>384
T田のとこの山形で自前で取ってるそうな

386 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 15:29

>>385
公開データベースにはなってないの？
e-cellなんぞより、そっちのほうが有用だと思われ。

387 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 15:45

ただ、その前にさ。お前らミカエリスメンテンの係数を自分で求めた
ことあるのか？と小一時間問い詰めたいわけです。
エクストラクトと、粗精製の酵素と、高度精製品の酵素と、レコンビナント
の酵素と、でミカエリスメンテン係数きちんと測定して、そのうちどの値を
E-Cellに食わせるのが妥当だと考えているのか、そのあたり問い詰めたいわけ
です。

更にですね、最近は細胞内では特に微量の代謝産物は「自由拡散ではない」と
いう考えられ方が主流なんで、個々の酵素のミカエリスメンテン係数が
定まったところで、それをシミュレータにくわせていいの？という問題点も
あります。

"channeling" "macromolecular crowding"をキーワードに
PubMed検索してみそ。ここ2年くらいで急速に論文が増えた分野
です。
E-Cellやってる人たちは、現状のコンセプトの問題点を大至急
洗い出して、現状の精度をあげつつ、上記のような概念を積極的に
とりこめるようなシステム改良も行うべきだと思いますね。

388 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 15:48

気軽に遺伝子をノックアウトできて、（Lethal遺伝子もガイシュツ）
マイクロアレー等のデータもそれなりにDBで見られる
出芽酵母こそが最強のシミュレータ。

計算機よりも得られる情報は遥かに多いし、何より安価。

389 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 16:03

なんか一時期の製薬会社の「ドラッグデザイン嫌い」と状況が似てるな。
あれも、結局ご大層な大ボラかまして、予算突っ込んで、全く成果が出なかった
ために、大企業の製薬会社数社を除いては、部門すら残っていないという
状況を招いた、シミュレータ屋さんにとっては悲劇的な出来事であった。
同じことを「ゲノム創薬」で繰り返すんだろうな。

390 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 17:05

ちょっと質問
立体構造解析ソフトといったら、どんなものがあるんでしょうか？
例えば、アクセルリスInsight2とか、GCCのMOEとかかな。
そういうソフトってどの程度のシェアとか精度があるんだろうか。
知っている人いたらよろしくおねがいスマッシュ。m(_ _)m

391 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 18:39

>>389
いや、ドラッグデザインは成果が出たものもあるんだけど
・計算屋は（根拠もなく）それを全て計算の手柄にしようとする
・実験屋は「計算がなくてもできた」と（根拠もなく）言い張る
で関係が悪くなった、って感じだな。

研究者に必要なのは何よりも協調性なんだろうね。少なくとも凡人の場合は。

392 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 18:44

>>388
俺も実験屋だけどさ、そういう「俺のテーマ世界一、他人の研究全部クソ」みたいな書き方やめてくれよ。このスレそういうの多すぎるよ。

と書こうと思ったら、>>391がいいこと言っていた。

393 ：388：02/09/01 19:18

>>392
まあそう言わずに。

ずっと哺乳類の細胞を使ってたのよ。いままで。
そんで、ちょっとワケありで酵母をいじるようになったのね。
で、使い始めた感想が、株の種類は豊富にあるは、
2~3日ほったらかしにしても全然問題なしでお気楽なんだわ。

なんかね、電池がいらない人工細胞に見えるんだわ。酵母って。

ここ一年NatureGeneticsに毎月酵母ネタが出てるでしょ。
酵母使い始めて分かったんだけど、NGに出てるほとんどのデータって、
大量なだけ。ちょっとつっこんだ事をするとCELLネタになるのにほったらかし。

ウチのラボはCELLに無縁だったけど、
なんか狙えそうな気がしてきたよ。

プライマリカルチャーをやる技術があるラボなら、
ちょっと酵母いじろうよ。いい子だよ酵母って。

394 ：380：02/09/01 19:48

>>382-383
シミュレーションが重要になるであろうことはまったく疑ってないよ｡
ただ今のやりかたはまずいしバランスも非常に悪いというだけ｡
それと生物をシミューションで解こうとする試みはまったく新しいものではないよ｡
つまり現状では基礎研究としての体をなしてないわけ｡
もっといい研究や将来性のある研究をしてる人はいるわけだから
過剰に期待されていることに対する嫉妬が生じるのはしかたない｡
体裁だけじゃなく少なくとも地に足のついた結果を示してから拡大してほしい｡
知識も実力も努力も不足してるからむずかしいだろうが

395 ：380：02/09/01 19:56

>>383
小部品から全体が正しく動いているかどうかを確かめるという議論は
生物学ではなりたたない｡
動くものが進化の過程を通じて選択されたものだし､現にうごいているのだから｡
貧血症の例に至っては､シミュレーションに頼るあまりまったく見当ちがいの結論を導いてしまっている｡
(しかも恥ずかしげもなく総説にかいてしまった)
もっともっと生物学勉強してください｡

396 ：k：02/09/01 20:02

どういう方向に一般化できるか、あるいは応用できるか、のビジョン
をもっと意識することが必要なのだと思います。　
シミュレーションということにとどまらず、
いろんな細胞、生物間の比較から、そして情報科学、複雑系
の視点から進化のなぞを解くというように、、、

397 ：384=386：02/09/01 20:10

>>387
いや、俺は、387の言い方は分かるけど、ちょっとどうかとも思う。
そもそも、細胞内のある物質が自由拡散かどうかという問題と、
当面、俺や387が考えている生物学上の問題で、e-cellのモデルの近似が
使えるかというのは、まったく別の問題だと思う。たとえばe-cell１では、細胞内の膜で
覆われた構造物内では、物質の濃度は一定になるという、恐ろしく乱暴な近似
をしていて、これはよく批判の的になったのだけれど（e-cell３では、個々の
物質の細胞質内部での移動についてもさまざまなモデルを導入できる様になっている）
こういう荒い近似が現在、僕の関心のある問題（ある有名な遺伝病で原因遺伝子から特有の症状
がどのような機序で生まれてくるかという問題なんだけれど）をシミュレーション
するときに問題になるか、それとも捨象してよい問題となるかというと、現時点では
なんともいえないのだ。で、それ以前に、e-cellやA-cell,Gepasiなどの細胞
シミュレータの現状の問題は、１、そもそも、シミュレーションに入力するための
データが足りない。２、だから、足りないところにいい加減なデータを入れて、
お茶を濁してしまう。３、さらに、シミュレーションの結果を検証しようにも、
検証するために比較対照するべき実験で得られたデータが足りない。
ということなんだと思う。
あと、どこかで、他分野の研究者の人が生物分野で計算屋が認められない
事に関して、書いてたけれども、上に書いたように、生物分野での計算は、
現時点では結果的に、他分野ほどのメリットを提供できていないんだ。
あ、俺は実験もするけどどっちかって言うと計算屋ね。一応。

398 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 20:26

>>395
> 小部品から全体が正しく動いているかどうかを確かめるという議論は
> 生物学ではなりたたない｡
実験屋としての実感ではまったくそのとおりで、批判する気には到底なれないんだけど、あえていうと「本当にそれでいいのかな」という気持ちは持っている。
これは実験・計算というより化学・生物の話のような気もするけど、「小部品から全体」という視点を追求できないかな、とは思うな。もちろん手段は実験でも計算でもいいけど。

E-cellネタのくせに良スレっぽくなってきてビックリ。

399 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 20:33

>>394
主張の内容はともかく、
> 知識も実力も努力も不足してる
みたいなことなんで書くの？　そういう攻撃性がE-cell厨を呼んでるんだ、って気付よ。お前もE-cell厨と同レベル。
というか、これこそ「嫉妬」か？

400 ：380：02/09/01 20:36

小部品から全体という視点はもちろん大切なこと。
ただね、E-cellは答えのわからない問題を解いたつもりになって、
いいっぱなしにしてしまうのがもうひとつの問題。

たとえば、物理学ならある一般側を導き出して「予測」を行う。
E-cellは、仮に予測しても物理学の予測とは似て非なるもの。
いってみれば月とすっぽん。
しかしながら共通しているところもあって、どちらも検証が可能であるということ。
「理論物理」と「実験物理」のようなわけかたもあるわけだけど、
残念ながら、そこまで「理論生物」が成熟してるとも思えないし、
E-cellが向かっている方向は、そういう方向ではないと思われる。
いかが？

401 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 21:35

>400
生体現象を（実用的なレベルで）うまく模倣できる、と「思っていない」ので、検証をするつもりがないのでは？
研究者のモチベーションは、生体現象を実用的なレベルで模倣すること（例えば新たな生物学的所見を得る）ではなく、
シミュレーションの技法及び理論を研究することなんじゃない？

>380 も、生物学の立場からはいい指摘だと思うけれど、彼らが追及しようとしている「真理」は生体現象についての真理ではなく、
例えば「こういう微分方程式で記述された系の不安定性は、時間の何乗のオーダーで減衰するか？」なのでは。

俺は完全に門外漢だけど、当事者の方が周囲よりも複雑な系のシミュレーションに限界があることを良く承知していると思うよ。

402 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 21:35

>>380はE-cellプロジェクトに深く関わってるのか？　そうでないかぎり、そこまで断定的にいろいろ言えないと思うのだが。
そもそも小部品から全体を推測することについて>>395と>>400で論調が違うし。否定のための否定になってないか？
>>399が指摘していることとか>>400の「月とスッポン」など、妙に感情的な記述も多い。

E-cellに問題がたくさんあるとは俺も思っているし、どちらかというと懐疑的に見ているのだが、「とにかくE-cellを否定しよう」から議論をスタートするのはどうかと思う。

403 ：380：02/09/01 22:58

>>399 ハイ、嫉妬です。
>>401 調べたいのは「生物」じゃなくて「複雑系」ということですか？　だとしたら無価値だけど･･･

>>402
感情的なのは認めますが、E-cellを否定しようという気はありません。
多分、将来は役に立つようになるでしょう。
ただ今の方向性はあまり正しくないし、宣伝の割に不勉強過ぎる。
そしてその割に予算がつきすぎていることが問題だといっているのです。
ま、私企業「慶応大学」がやってる分にはかまわないんですけどね。

みててください、近いうちあなたもそれに同意することになります。

それと、すっかり論外になってしまいましたが、システムバイオロジーにいたっては、いったいなんでしょうかね？

404 ：380：02/09/01 22:59

あ、それ＝問題　ね。

405 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 23:27

くだらん戯言には付き合ってられんよ┓(´～`)┏ ﾔﾚﾔﾚ

406 ：402：02/09/02 00:01

それ＝問題＝予算が付きすぎること、なら、実は最初から同意している。
というよりも、403（およびそれ以前）の意見のうち、感情的なもの（方向性はあまり正しくないと切って捨てていたり、宣伝の割に不勉強とかまた挑発的なことを書いていたりする部分）以外については、それほど間違ったことを書いているとは思わない。

おそらく403 (=380)は優秀な大学教官クラスなのだろうと思うのだが、それだけにその嫉妬心が問題になるのではないかと思う。優秀な人ほど自分をコントロールしないとならないのでは。

ちなみに俺は405ではない。

407 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 00:16

>>390
あまりに390がほったらかしになっているので答えてみるが、SYBYLとか使ってない？　でもあれは立体構造解析ソフトではないか。
というか、「立体構造解析ソフト」は何を指しているの？　あの手のプログラムは結構いろんな機能／いろんなソフトがあるので、用途をいってくれないとわからない。

408 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 08:16

>>388
ブラックボックスだという罠。
うまく（いっている｜いく）かどうかはともかく、
それを解明するためにシミュレータが必要と考えられているのでは？

409 ：380：02/09/02 09:53

>>406
おっしゃるとおりです。
ただ彼らはあれだけの予算を取ってしまったのだから、
そのことに満足しないで、もっともっときちんとがんばってほしいのです。
まあ、彼ら自身実力不足を痛感していて、もがいているところだろうとは思うけれど。
で、赤血球シミュレータの貧血症シミューレーションから、
正しい結論が導けるようになったかな？

410 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 10:28

だが一部のシミュレータ屋さんがおおぼら吹いてこけると、
そのあとのまっとうなシミュレータ屋さんにまで「冬の時代」
の余波が襲って来ると言うことを、もっとみんな真剣に考えようよ。

411 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 10:36

予算投下したらちゃんと業績評価してればなんの問題もない。
無反省に予算ばらまくのが問題。

412 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 12:09

システムバイオロジーについては、誰も言うことはないですか？

413 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 14:12

下手に成果主義にすると大御所だけに予算がいく罠

昔のI*M商法
ウチの製品を選んでおけば安心です｡万が一うまく動作しなくても
天下のI*Mでさえうまく動かせないないなら他社ではうまくいったはずがない
と上層部も納得してご担当者の責任が問われることはありませんから

414 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 14:23

ModelInspectorを使ったことある人っている？
使い方を教えてほしいです。

415 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 22:13

バイオマンコフォマティスクってなに？
チーちゃんにも教えて！１

416 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 22:28

>>412
実権伊賀区がバイオインフォマティクス特集だったが
システムバイオロジーでcircadian clockをやってる人がいた。
今までのシステムバイオロジーとは一線を画している。

でもこの研究って３桁のチップと４桁のマウスを使ってるね。

417 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 22:30

>>416
いつの実験医学？
教えて君でｽﾏｿ

418 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 22:59

>>４１６
natureだかscienceに乗ったやつじゃないの？
”システムバイオロジーでやった”っていうのはどういうつもりで
言ってるのでしょうか？かなり誤解を招く表現だと思うけど。
俺にはよくわからんかった。

419 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 23:47

>>416
そんなに使ってないだろ。

>>418
禿同。チップでスクリーニングしてWetで検証という
オーソドックスな手法だと思うが。

420 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 23:52

>>416
灯台医出身で、現在D3に在籍していて製薬会社の社員もやってる人でしょ？

421 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 23:52

>>419
ようするにチップでもなんでもいいけど「網羅的に解析」して、
羅列する以上に何らかの踏み込んだ議論ができるような工夫を
ちょっとでもすれば、
「システムバイオロジー」を自称してよい、というルールができた
みたいだよ。Authophagyを網羅的にやってるO隅先生や、モーター
タンパクを網羅的にやってるH川先生のところも、システムバイオ
ロジーを標榜するに十分ふさわしいと思うな。

422 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 00:26

今までのシステムバイオロジーって?これからはなにかちがうのか?

423 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 00:28

というか、システムバイオロジーの定義ってなんなんだ。

どっちかというと情報学の人よりも生物学方面の人が好んで使っている、という印象があるのだが。ま、でも情報の人も使ってるか。

424 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 00:29

ごめん、>>423は「システムバイオロジー」という言葉の話ね。
言葉の定義がそもそもなんなんだろうか、と言いたかっただけ。

425 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 00:35

>>413

何でそれで「下手に成果主義にすると大御所だけに予算がいく」
ことになるんだ？？そのどこが成果主義なんだ？？わけわからん。

成果主義とは成果の出なかったところへの予算を配分を減らすか無くす、
というものではないのか。ここで言う成果とは、予算獲得の際に申請者
自らが提示した成果だ。その成果を期待して予算が割り当てられるんだろ？

426 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 00:37

次はシステムバイオロジーか……。

ただ、「E-cell」という全くの他人の研究に比べると、「システムバイオロジー」は実験屋にとっても他人事じゃない、という気はするな。E-cellは気楽に叩けるけど（叩かないけど）システムバイオロジーを叩くのは自分を叩くことになりかねない、という感覚はある。

というあたりを考えれば、このテーマなら荒れないかも。せっかく良スレっぽくなってるし。

427 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 01:32

生物学を「システムレベルで理解する」っていうんだが、システムレベルって
なんだ？チョムスキーでも勉強すればいいんだろうか？

428 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 08:18

>>425
予算を割りふる役人の責任が問われるから、
確実に成果の出そうな大御所にしか予算を回さなくなる罠。

>>426
多量のデータを使って総合的に考えようってことでしょ。
今までの研究もその線でなされてきたはず。
この分野ではポット出のXXXが表面だけさらってえらそうなこと言ってるが、
実際に手を動かすことはできるんだろうか。

429 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 12:02

文系が予算配分決めるのはそろそろやめたほうがいいのかも

430 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 12:22

>>428
ポット出の研究者が偉そうに言うのも別にいいし、実際に手を動かせなくても
問題ないとは思うけど、とにかく予算配分は問題だ、という気がするぞ。
正直、漏れはそんなふうに計算屋にいいたいことはないけど、役人にはもう・・・。

431 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 13:08

はごしく同意

432 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 13:09

はごしく同意

433 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 14:25

「システムバイオロジー」をいう言葉を使っているのは
北野先生一派だけなのだろうか?
この用語を使うと、むしろ他の分野の人からは胡散臭く
思われるので、学振とか科研費とかの申請には使わない
ほうが無難というのは、ホントなのだろうか?
ちなみに海外サイトを"system biology"で検索しても
Caltech Kitano Projectのみしかヒットしないのはなぜ?
やっぱり一般的な概念/用語ではないのだろうか?

434 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 14:47

"systems biology"をGoogleで検索したら
たくさんHITしたYO!

435 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 19:41

>>416

某T研でもそのテーマは扱っています｡（E-cellで）

436 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 20:10

サーカディアンリズムは、昔からシミュレーションの格好のターゲットだよね。
E-cellではなにか新規で独特なことをしてるの？

437 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 20:34

"systems"なわけね

438 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/03 22:48

なんだかシステムバイオロジーとome心理教（byM田氏）が
ごっちゃになってきているようだが。

439 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 02:02

>>391
>いや、ドラッグデザインは成果が出たものもあるんだけど
>・計算屋は（根拠もなく）それを全て計算の手柄にしようとする
>・実験屋は「計算がなくてもできた」と（根拠もなく）言い張る
>で関係が悪くなった、って感じだな。
外資や、海外メーカーがドラッグデザインしたものをぱくったものならともかく、国内では
ドラッグデザインの成功例として、いまだ上市されたものはないと思うんだけど・・・
後学のために実例をおしえてけろ。

440 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 10:12

>>439
確かに上市となるとどうだろうね。10年以上前にそこまで持っていけるほどできたの
だろうか。
臨床・前臨床はたまにきくけど。ドラッグデザインはよく知らないのだが。

ただ、391の書いている通りだとすれば「計算屋は臨床・前臨床くらいで大威張り」
「実験屋は『臨床・前臨床までくらいなら誰でもできる』と極論をいう」とか、
なってるのかな。
ま、計算と実験は本来役割分担されるべきもので、争うようなものではないと思うが。

ちなみに俺は391ではない。

441 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 12:04

>>438
区別があるなら教えてけろ

442 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 12:37

コンピュータをつかってネットワーク推定とかするのがシステムバイオロジー
コンピュータをただのデータ管理やデータベースサーバとしてしか使わなければ
心理教こんなところでよろしいか?? >>438

443 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 15:29

>>442
手計算でネットワーク推定するのは何？

444 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 16:27

なんか目の前の本棚に、システムバイオロジーってタイトルの本がある。

445 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 19:33

>>442 中間はないのけ？

446 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 22:27

>>390
InsightIIとか、Sybylとかは昔から使われてて、それなりの検証がなされている物が多いけど
MOEは新参物なんで、そういうのがないんじゃないかな。
そんな時は自分でSVL書くと良いカモカモ。
使い勝手は悪くないし、どんどんバージョンアップしてるんで今後に期待しとります。

447 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/04 23:35

>>438
M田氏って誰よ？

448 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 22:05

>>443
単なる「考察」とか"Discussion"とかいうものでは？

449 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 23:24

いままでの生物学の基準では手計算で「推定するだけ」では論文に
ならなかったし結果としても認められなかった。だから、「手計算で推定
するよりも、もっと客観的かつ数学的にネットワーク推定ができる（から
手計算より確からしい）」という論法を使おうとしているのがコンピューターを
利用した、システムバイオロジーという学問の主なしゅほうなのではないだろうか？
まちがっていたらスマソ・・・・・とゆーよりだれかフォローしてください（・＿・）

450 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 23:40

マックスプランク研究所の人とかは昔から（手計算ではないだろうけど)モデルを
作って計算して論文を書いてたよ。で、結局ほとんど否定されてしまったと。
まあ手に入るデータが増えてきてそろそろいけるんじゃないか？といったところかね。
無責任だけど。

451 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/06 03:14

手計算＝解析的に解けるかなりシンプルなシステム。初期のしょ
ぼいコンピュータ＋貧弱な実験データに依存するものを含む。

システムバイオロジー＝解析的に手におえない規模のシステムを
コンピュータパワーを利して解く、パラメータをヒューリスティ
ックに求める。ゲノム解析＋アレイ等の技術革新を踏まえて、理
想的には全要素を取り込んだシミュレーション/実験的解析。

パラダイムの変化ではなく、スケールの躍進に応じて出てきた言
葉のような...衒学的印象はあるものの、便利な言葉だと思ふ。
自分のやってること、以前は説明が面倒だったけど、最近は「バ
イオインフォマティクスです」ですんで便利になったのと同じ。

452 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/06 20:20

そういうこと！？
ヒューリスティックでやるってことは、内容をよく理解してるひとがやらないと
とんでもない結論が導かれるということだ罠。
つ、ことは、計算きやさんが生物の勉強を十分にしないでやってる場合、
批難されても返す言葉はないんじゃ？

453 ：だよね～：02/09/07 15:52

がんがってくださりや

454 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/07 21:02

BLASTとかだってヒューリスティックなんだから、生物屋も使うときは、アルゴリズムを理解してつかわなくちゃね。
じゃないと非難されても返す言葉がない。

455 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/07 23:57

また変な煽りあいになりそうなので先回りしておくが、結局
生物を知らない計算屋も、計算を知らない実験屋も問題だろ。
それどころか、本来専門に近いはずの数学を知らない計算屋
や物理・化学を知らない生物屋だっている。

「相手が悪い」という前に、本当に自分が十分なスキルを
持っているかどうかを反省すべき。バイオインフォマティクスの
分野ではなかったが、積分の式展開を追えない計算屋とか
量子化学を理解していない生物屋なんかにはいっぱい会ったよ。

もちろん優秀な人も大勢いるけどね。

456 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/08 14:01

スキル･知識共もってるよ。自分の使ってる手法を理解してないなんて論外だろ？

457 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/08 18:22

>>446
構造シミュレーション(ドッキングとか)ソフトに関する回答
ありがとうございます。
SVLというのは、ちょっと知らないですけど調べてみます。
いろいろあってわけわかんないっす

458 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/08 22:11

>>454
実験屋はalignment見て自分で判断するんじゃないの？
BLASTもFASTAもSSEARCHも単なるツール。
アルゴリズムがヒューリスティックだろうがDPだろうが関係ない。

459 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/08 22:41

>>458
454は、DPで全サーチかければアライメントが最良であることが
保証されるが、FASTAやBLASTでは最良でない可能性があるので、
注意するよろし、といっているのでは？

460 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/08 22:41

>>458
もし計算屋が「生物学的データも単なる数値。どんな実験で求めていようと関係ない」と言ったら、そいつの良識を疑わないか？　俺は疑うぞ。

確かに実験をしていると「生物学的な常識」から結果の良否を計れると思ってしまうし、実際そうであることが多いけど、それだけに頼るのはどうかな。むしろ「常識から外れた場合」を発見するほうが研究として面白いわけだし。
計算の専門家ほどの能力はなくとも、やはりアルゴリズムくらいは知っておくべきではないかな。まあ、記述を見ると>>458はちゃんと知ってそうだけどね。

461 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 00:07

E-cellってなんであんなに評価が低いんだ
文科省も通産省でも、生物屋からの評価はボロボロだ
その上、まともなペーパーすらない
生物屋を説得するようなインパクトも無い
代謝マップや血液、神経を作っても
生物屋の言い分だと
あたりまえのデーターを並べただけで
何の Newなデーターもない
e-cellで CNSは取れんだろう
というのは世界的見解
さらに新たな因子の推定も出来ない
そのうえ使っているの人が限られているのも問題だ
むしろ誰も使ってくれないのじゃないか

関係省庁では評価は最低という噂だ

462 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 00:21

>>459 だから計算機やは・・・
>>461 E-cell高く評価されてるよ、某省庁から。評価の結果はいずれ・・

463 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 00:34

>>459
DPでも目視で修正するのは基本。

464 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 00:38

ＤＰで保証されてるのはアラインメントそのものじゃないことを知らない罠
本当の計算機やなら知ってるはずなんだが･･･
バイオインフォに乗り込んでるようなやつにはろくに勉強しないマガイモノが多いんだよな。

465 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 01:26

「アライメントが最良」という言葉の取り方によるな。
純粋な最適化問題として捕らえている、という意味なら「最良」という
表現自体は間違いではない。ただ、「生物的な意味」を考えてくれよ、
という批判が出るのは当然で、不用意な言葉を使うな、と言われても仕
方ないだろう。結果が意味するものが何か、という視点が欠落している。

一方で生物屋も「最適化問題」の数学的あるいは計算機的な位置づけを
よく知らないのでは。
「最良」といわれたら常に生物学的な意味しか思い付かず、「数学的な
ことが知りたいわけじゃないんだ」とだけわめき散らすのが共同研究者
として、あるいはソフトウェアのユーザーとして賢明なやり方という
わけではないだろう。

計算機屋は計算機屋の言葉で、実験屋は実験屋の言葉で語ろうとする
からすれ違うのではないか。相手の立場を理解しようとしない人間が
優れた研究者になれるとは思えないのだが。

466 ：459：02/09/09 01:32

えらく叩かれてるけど...
最良アライメントという言い方がまずいのかな？得点系を信頼
するとして、その得点系の元で最高得点をマークするアライメ
ント、といえば合ってるのかな？それが正しいアライメントか
どうかは分からないが。

467 ：459：02/09/09 01:43

途中でサブミットしちゃった。

で、「正しいアライメント」といった場合、活性部位とか
立体構造とかを勘案して修正を加える場合が多いけど、そ
の場合、純客観的な基準が無いので、水かけ論を呼び込み
やすいのではないかと思う。そこから（ＤＰから）先が生
物学の領域というのは同意だけど、数字的に最適、という
価値は存在すると思います。

＃ちなみに計算機やさんじゃない。

468 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 15:36

>>466 正しいのはその言い方です。
>>467 要は得点系に対する評価がなされてないのが問題です。

469 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 17:07

ある評価系に対し
「この評価系ではダメだと思うけどそれを採用する理由は？」といってる生物や。
「この評価系の範囲ではこれは最適だ」と主張する計算機や。
話は平行線・・・・

470 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 17:20

お互い、別学問としてそれぞれの殻に閉じこもればＯＫ。
喧嘩無しヽ（´ー｀）ﾉ

471 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 20:36

なら、計算やの方は「バイオ」の冠外してください。

472 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 20:40

イヤです

473 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 20:52

全然殻に閉じこもってないじゃん。
喧嘩不可避

474 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 20:53

ワラタ

475 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 21:47

>>462
なにを戯けた事を言っているのだ。
e-cellは評価が低い
それは、Tが出席している某通産省の会議に於いて
解糖系のシステムは既存のデータの蓄積に過ぎないく
ゲノムワイドに網羅的に出来ない細胞シミュレーションは必要ない
と生物系の研究者から総攻撃をかけられ
一言も反論できなかった事実が物語っている
同じ事が文か省でも言われている
100年先の細胞シミュレーションを作っていると言われている事実がある

事実e-cellでのペーパーは皆無に等しい
業績も無い状況で今後どうするつもりだ
だれに聞いてもe-cellは使えない
としか聞かない
事実
細胞シミュレーションとして使っているところは皆無に等しい

476 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 22:01

喧嘩上等。
殻に閉じこもるよりはるかにマシ。

近い将来、「生物や」「計算機や」という言葉は
両方理解している新しい世代から、「時代遅れの人間」を
意味する蔑称として使われているハズだ。

今だって「僕○○やだから、、」なんて言い訳は
DQNのすることだろ？

お互い「○○や」から脱却するためにも、喧嘩でもいいから
相手の言い分は聞いておいたほうがいい。

477 ：どうでもいいので：02/09/09 22:13

>>475
100年先の細胞シミュレーションを作っていると言われている事実がある

これはけなし言葉なのかなぁ？
確かにお役人達や、ぼくらのような業績至上主義の貧乏放浪研究者にとってはけなしかもしれないが。

478 ：何を寝ぼけているのやら：02/09/09 22:37

XXXX＠ Hinxton Hall (Sanger Institute と EBIのある Wellcome Trust
Genome Campus )です。GO User Meeting (http://www.geneontology.org/)の
昼休みです。

MacOSX でも compile できる Wise2 が出ました。ただし、alpha 版です。
これは単に Ewan Birney も Mac user になったからでしょう。
＃ Tim Hubbard から勧められて iBook を使うようになったそうな。
やはりこれからは Mac でしょう、Bioinformatics には。

XXXX＠PowerBook 歴５年

479 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 22:41

>>475 こんなところで吠えてもねえ。もう決まっちゃったんだよ。いずれ･･
>>476 既に蔑称なんですけど。つうか、計算機や（蔑称）が的外れなことし過ぎなんだよ。
それもこれも勉強不足が原因。生物やは結構勉強してるよ。コンピュータ関係は
所詮人間が作り上げたことだから簡単に情報が入るし、勉強だって簡単だから。

480 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 22:46

>>476に同意だな。
この手の話題になると>>471のような意見が出ることがあるけど、それって生物屋のプライドが無意味に高いことを表しているだけのような気がする。
相手には「バイオと名乗るな」と言っているけど、一方の生物屋がアルゴリズムをわかっていないことも多いし。

一応言っておくと俺は「生物屋」だが、仲間誉めは嫌いだ。

E-cellの話題はもういいだろう。くどいよ。

481 ：480：02/09/09 22:55

>>479
さっそく仲間誉めか…。

いいかげん、そういうセンスやめようよ。
「製薬企業」スレでも「修士 vs 博士」でその手のネタが出てるけど、「自分の所属集団こそ最高」みたいなこというやつ多すぎ。
謙虚に自分を見つめ直そうよ。
少なくとも、最適化問題を含めた計算上の問題を
> 所詮人間が作り上げたことだから簡単に情報が入るし、勉強だって簡単
と述べる人間が勉強しているとは思えないのだが。たとえ自分の専門と違っていようと、学問に対してそこまで不遜な台詞を書くということに疑問を持って欲しい。

まあ、議論に熱中してつい筆が滑ったのかな、とも思うけどね。

482 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 22:59

両方の分野の人間を良く知っているけれど
ハッタリが多いのは情報系だよ。
生物系には必要以上に自信過小の人が多い。

私はどっちでもハッタリかましてるけど。（ｗ

483 ：480：02/09/09 23:13

>>482
失敬。もちろん情報系の人にハッタリがない、というつもりはなかった。
ただ俺自身が生物系なので、どうしてもそっちの方が気に障るんだよね、ということで。正直、「生物系には必要以上に自信過小の人が多い」といわれても、にわかには信じがたいくらいには…。

484 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/09 23:54

あ、計算機に関してね。＜自信過小

485 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 01:48

>>479
そうだ

もう決まっちゃたのだよ
通算の会議ではe-cellを使うことで決まってしまっているのでもうウゴカセンしな
良く知っているな
カネは稼げたかも知れないが
これからが大変だぜ
あんた
T本人かい！！

486 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 01:56

>466 >467 >468 >469
すごく面白い話をしているね。

スコアの最小化（最大化）を達成する「最適」解がスコアの構造を変えたときに
「最適」解で有り続けるかどうか、というのは、典型的な応用数学の問題。
「スコアの構造をこの範囲に制限すれば、最適解と言える」といったような
（当然すべき）話を計算機屋さんがきちんとしていないのかな？

487 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 09:52

>>486

特にアミノ酸配列のalignmentの場合に用いられる「スコア」計算用の
マトリクスについて、その背景となっている(はずの)物理化学的パラメータ
と、その物理化学的パラメータの生物学的重要性、意味がいまだに完全には
解明されていないのが最大の問題点だと思います。
そして、それが解明されていないのは、途中に「蛋白質のfolding,構築原理」
というプロセスを介しているからなのではないでしょうか。
「物理学的には意味がよくわかっていないスコア計算用マトリクスを使うと
その範囲内では最適解であることが保証されるが、物理的な意味付けはで
きない、生物学的にはますますよくわからない」のだと生物屋さんを納得さ
せられないのです。ただ大抵の生物屋さんには未だ蛋白質の構造というのが
ブラックボックスだというのも問題ではあります。
それを少しでも改良しようというのがPSSMであり隠れマルコフなのだと思うの
ですが、結局のところ現状では統計的手法の導入を優先させて、アミノ酸の
物性パラメータに起因するはずの「意味付け」からはむしろ遠ざかっている
ように思います。

488 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 10:16

>>487
今主に使われているのは物理化学的パラメータというより、単なる統計
値だからねえ。

ただ物理化学屋の視点から見ると、タンパク質中の相互作用の入り組み
方は非常に複雑で、物理化学的意味から構造を解くのはいわゆる「NP問
題」以外の何者でもなくなってしまう、という問題がある。
ab initio foldingがうまくいかないのも、エネルギー関数の不備以上に
計算量爆発のせいだからねえ。

その意味では、スコア関数に触れないという情報科学者のスタンスも理
解はできる。一方で普通の自然科学者として「物理的意味合い」を無視
するわけにはいかない、という生物学者の言い分も当然だと思う。
部外者から見ると、その辺の意見をちゃんとすり合わせてはどうか、と思うのだが。

489 ：T木人：02/09/10 10:27

>>485
まさか。人の口に戸は立てられんのよ（ｗ
ちなみに彼のキャラは嫌いじゃないし、悪い人でもない。
予算の取り方が上手なだけ。うらやましいな、もって生まれたもののある人は。

>>486-487
その話は、ほとんどされてないよ。
スコア計算用マトリクスが物理化学的パラメータで決まってると思ってるのは
大変おめでたい話でございます。>>487が計算機やだとしたら、まさにここに勉強不足が現れてる。
PSSMとかHMMとか手法を優先するのは計算機やの得意とするところだけど、
モデル自身の評価をきちんと示さず、「こういったモデルに従って方法を開発しました」
ってのはモデルがなかった時代はよかったかもしれないけど（どっかのスレで誰かが
いってた「丸太橋をかけるようなもの」だから）、すでにいくつかのモデルが提出されて
いる時代に、そのモデルがどういう根拠に基づいているのかすら理解しないで、
ごにょごにょいじりまわしてるだけなのは、丸太橋を鉄橋にするどころか、
レンガやベニヤ板で葺き替えるようなものなのだよ。表面にはきれいな塗装がして
あるかもしれないがね。

490 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 10:36

良い意見だ。＞T木人

491 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 10:40

なげえ文だな。途中で切れよ＞T木人。
あ、おれか。

492 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 10:43

よけいなコメントだ＞T木人

493 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 13:59

>>489
そりゃその通りなんだが、きみの記述を見るとやっぱり「生物屋も
ちゃんと勉強していない」と思わせられるよ。ひょっとして計算の
こと知らずに計算屋を批判しているのではないか、と。
相手のことばかりいうな、って。

494 ：T木人：02/09/10 14:23

う？勉強しまくりだよん。
ま、それはどうでもいいんだが、材料を生物に合わせている以上、
それを無視した取り扱いってのは、いかがなものなのかな？

>スコア計算用マトリクスが物理化学的パラメータで決まってると思ってるのは
>大変おめでたい話でございます。

もしかして、ココが気に入らないのかい？それとも

>モデル自身の評価をきちんと示さず

ここかな？

ああ、>>478を見落としていたよ。単なる統計値だと思っているのか。
デイホフ嘆いているだろうな･･･

495 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 15:42

>>494
いや、だからその「勉強しまくり」を自称するとことかが…。

例えば、
> ああ、>>478を見落としていたよ。単なる統計値だと思っているのか。
> デイホフ嘆いているだろうな･･･
（たぶん>>478は>>488のことだと思うが）を見ると、あまり統計や化
学のことがわかってないんじゃないかな、と思うのだ。
計算を軽視しているわりには実験を過大に評価しすぎではないか、と。デイホフのような形で統計をとってしまえば、元が実験値だとしても化
学的な議論には耐えられない、というのは>>494自身が述べていたので
はないか。
それに、アルゴリズムの話をしていてもすぐに話をそらすのも、生物を
重視しているからというより計算の話がわからないからじゃないかな、
と。実際、批判ばかりで具体的な提案がないよね。

いや、こうやって煽るようなことを書いたけど、>>494は生物学面にお
いては十分な能力を持っているんだろうな、とは思うし、そこら辺の学
生なんかよりは情報学の話も詳しそうだ、と思わせる記述は多いのだ。
その辺には敬意を表しているのだが、残念ながら「俺たち最高！　他のやつ最低！」と主張できるほどに勉強しているとは思えない。
プライドを捨てろとは言わないが（というか、研究にはプライドだって
必要だ）、他者を貶めることによってそれを得ようというのは安易では
ないか？　
前に誰かも書いていたが、優秀な人だからこそ残念だと思う。

496 ：495：02/09/10 15:49

ごめん、改行がむちゃくちゃだった。

あと、>>493に「ちゃんと勉強しない」と書いたのは、新しいモデルを
提案するための計算機的困難について全く述べていなかったから。ま
あ、>>488を見落としていたのなら悪かったが、「NP問題」や「計算爆
発」を本当にわかっているのかな、と思ったのでね。

ちなみに俺は488ではなく480。仲間誉め（＆他分野貶し）が嫌いなだ
けで、>>494の書いていること自体がそれほど間違っているとは思って
ないよ。

497 ：T木人：02/09/10 16:38

>>495-496
お褒めいただき、ありがとう。
ま、「勉強しまくり」ってのが気に障ったみたいだけど、当然みんな勉強はしてるでしょ？
「一応」専門家なんだから、他人に知識の面で劣るのは恥ずかしいことだからね。
専門にしていながら、恥ずかしげもなく「知りません」で通しちゃうのもいるけどさ。

デイホフは単純な統計を取ったわけではないんだよ。
あの本は絶版になってるから、読んだことはないのかもね。
その後のマトリクス（BLOSUMやJTT)は、デイホフに比べたら改良はされているけど
データが増えたからフィッティングが良くなっただけで、肝心の哲学はあまり受け継がれているといえないんだよね･･･

NP問題・計算爆発の話しについてへは、計算機学の初歩じゃないですか。
もちろんそれをいかに解くかというのが困難で大きな問題だということもわかるが、
とりあえず、現状では解けないことがわかっているわけだし、
”バイオ”に流れたひとが解く努力をしているとも思えないから
それを出来ない理由に使うんだとしたらちょっとねえ。

だからこそ、ヒューリスティクスを使うわけだけど、
ヒューリスティクスを上手に使うためにはどうしなければいけないかは、
計算きやが一番良く知っているはずじゃないのかな？

まあ、それが大変でだから一番手をつけたくなくて、
より簡単な問題でお茶濁そうってのがちらほらと見えちゃうんだよねえ。
まあ、そうでないのかもしれないが、そのように見えてしまうのが現状。
それが批判の的になっている以上、あきらめてセルを一から勉強するか、
さもなくば生物やをうならせるような新しいパラダイムでも提示すべきじゃなのかな。

それがe-cellだというのなら、ちょっと時期尚早に過ぎるとの批判はかわせないと思うんだな。

498 ：495：02/09/10 17:55

>>497
ううん、いいこと言っているんだけどなあ。
これまでのイメージのせいか、どうも素直に読めないところが。いや、
これは俺の先入観のせいか。

実際のところ、計算屋さんが手を抜いていたり実力不足だったり、とい
う事実はないと思うんだよね。アルゴリズム的に見て、バイオインフォ
マティクスで使われているものが他の用途のプログラムに比べて劣って
いるわけではないし。

だからといってそれで良しとするわけではなく、生物屋からの提案を受
け入れて欲しいという気持ちはある。ただ、生物屋の「批判」にも問
題があるのではないだろうか。
「計算屋は生物の勉強をしていない」みたいなことを言ったきり、どう
改善すべきかを提案していないのではないか、と。それは結局生物屋も
提案できるほど情報科学を勉強していないからではないだろうか。

なんとなく>>497を読むと「生物屋は生物屋で、計算屋は計算屋でがん
ばりましょう」という主張に見えるのだが、バイオインフォマティクス
はそうじゃないだろう、と思う。計算屋に欠けているところがあると思
えば、ただ批判するだけではなく協力して改善したほうがいいのではな
いか？
そもそも、他人の研究に欠けている部分を発見すれば、それは批判の対
象ではなく、むしろチャンスだと思うのだが。せっかく能力があるのだし。

499 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 18:09

age

500 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 18:10

どうしてこうすぐに哲学の話になるのかね。
普通にツールの話がしたいんだが。
バイオインフォそのものに関する賛否両論とか情報と生物の対立なんかは別スレでも立ててそこでやってくれよ。ここは「教えてください」スレだよ。

RNAの立体構造予測の話はどうなったんだよ。期待してROMってたのに。

501 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 18:13

議論の為の議論ですな。オナニーと一緒。いやマジで。

502 ：bloom：02/09/10 18:17

http://www.leverage.jp/bloom/start22/

503 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 18:22

>>498
それが私の飯のタネになるから、ココで書かないだけのことですよ。

>>500
哲学がないからだめなツールになってるといいたいんだけど。
ナゼダメかって？まあ、答えだけ聞きたい人は知らなくていいです。

504 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 19:52

> あの本は絶版になってるから、読んだことはないのかもね。
ピンク本？

505 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 21:00

>>503
「哲学」を良い意味に取るな。
君らのやってたのはそういう議論じゃないだろ。漠然とした話を長々と続けて哲学ぶってるだけで、スレの浪費じゃん。
いざ具体的な話になったら「ココで書かない」なら、有意義な議論だったとはいえないだろ。
だからそんな話がしたいんだったら新スレ立てろって。具体的な話が完全に埋もれてるじゃん。
そういうことで。

>>504
誤爆か？

506 ：505：02/09/10 21:04

>>504
ああ、>>497に本の話があったか。完全に読み飛ばしてたよ。悪かった。

507 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 21:23

>>505
ミイラ取りがミイラになりかけてるぞ、おい。

508 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/10 23:22

>>504

ピンク本という表現は一般的なのか？それとも同じ研究室の人間なのか？
ちなみにどちらの大学の方ですか？

509 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:13

ピンク本って江口至洋の本のことか？

510 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:19

まあ、ここにいるやつに限らないんだが…
方法論だけに帰着させようとして物事の本質を自ら捉えようとしないのは研究者としてどうなのかな？
応用のみが目的ならそれでもいいのかも知らんが、それを研究と呼ぶのはあんまりだと思う。

511 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:30

>>510
だから「物事の本質」という言葉の指しているものがそれぞれの立場で
違うということを510みたいに偉そうに語ってる奴こそが理解しろよ、
って話になってるだろ。

俺まで505に怒られるのは嫌だからこれだけ。
確かに似たような議論はいい加減飽きた。>>510はここまでの経緯を
読んでないのか。

512 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:32

これが日本のバイオインフォマティクスの実態なのかい？
さすがは日本だね。いやマジで（ｗ

513 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:36

よんでますよ。
で、本質が違うって主張が本質からずれてるっていってんの。

514 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:44

>>513
きみずっと2chやってるの？
いや、純粋にすごいな、と。

515 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 00:54

>>500
RNAの３Ｄ予測はいい発想だと思う。現状では、擬似エネルギー評価
を使ってダブルへリックス形成領域の予測（つまり２次構造予測）が
あるくらいじゃないかな。RNAホモロジーモデリングソフトなんか面
白いんじゃない？実験的に解明された構造が少ないので、経験則を利
用するような手法は採り難い。その代わり、ユニットが基本的には４
つしかないのと、分子量あたりのロ－タマーバリエーションがタンパ
クと比べて少ない（多分）のが有利かも。

516 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 01:23

えっ？Ｅ-cellって単なるバブルだったんですか？
僕、大学一年のときにE-Cellの話を聞いて、感動して、ＭではＫＯ院に行こうと思っていたんですけれど、
辞めた方がいいんですか？
今3年なのでそろそろ進路を決めなくてはいけないので、誰か教えてください｡

517 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 01:28

>>516
別に、世の中には君みたいな子も居ていいと思う。
安心して逝ってください。

518 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 03:02

バブル木番はこれから。

519 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 12:52

E-cellの将来性について騙って下さい

520 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 14:26

>>515
「実験的に解明された構造が少ないので」
いやribosomeの解析で、おそらくほとんどの構造モチーフは
結晶構造の中に現れていると俺は思ってる。
ホモロジーモデリング、結構いけるとおもうぞ。

521 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 15:29

SFCのバイオインフォの修士を受けたら落ちたよ～

522 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 17:08

お～ば～か～♪

523 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 21:40

>>516
バブルっつうより
相手にされたのは最初だけ
e-cellでペーパーないでしょ
今は生物屋にも
その正体がばれてしまったっつうのがほんとのところ
誰も使っていない
誰も認めてくれない
カネだけ在る

そんなんじゃおさきまっくらだよ

524 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 21:43

あとは金をつけてくれる官僚やお年寄りの生物屋が気付いたら終了だな。

525 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 22:11

そう思ってるんだったらさっさとE-cellネタ終了しろ、粘着。

526 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 23:21

でも、その官僚やお年より生物屋（つまり、その世界のオーソリティー）が
認めているんでしょ？
あんたらがうだうだ言っても、彼らの方が偉いんだから、彼らの言っていることが
正しいんじゃないの？

527 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/11 23:45

彼らが正しいかどうかはともかく、将来性があるのは認めよう。
しかし今のままじゃだめだし、金つけすぎ。

528 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 00:12

>>527
本当に将来性あるの？
e-cellじゃだめだよ
細胞シミュレーションのための新しいツールを開発しなきゃ
e-cellより有用なものをね

529 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 00:16

またツールかい。そこに哲学はあるのか？

530 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 00:31

また哲学かい。そこに実用性はあるのか？

531 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 00:42

もちろん。哲学のないツールに実用性はない。

532 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 00:51

インフォマティクスやってるやつぁ、Ph.D.持ってないのか？
Ph.D.の意味わかってるか？

533 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 01:19

e-cellやってるのはSFCの学部の学生だからPh.D.持ってないだろ。

534 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 01:21

失礼。

535 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 08:51

ここに来ているやつはひょっとしてみんなバイオインフォマティクス
やってねえんじゃねえの？
バイオインフォマティクスといえばE-cellしか知らないようなやつらが
知ったかぶりして議論しているんだろ？
何回E-cellの話してるんだ、お前ら。

536 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 11:38

>>535
いい指摘だ。
ただ、シミュレーションの話をするだけで何時の間にか e-cell の話に
すり替わってしまうのだ。オレ的には e-cell はむしろシステムバイオ
ロジーに入るので(Computer Today誌等での分類でもそうなっている)、
そもそも e-cell なんて話題にもしたくないのだが。

537 ：じゃあ：02/09/12 13:42

システムバイオロジーを教えてください。

538 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 13:48

別スレ立て菜。

539 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 13:48

>>537
広義な内容は自分で調べろ。煽りにもならんよ。

540 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 15:17

>>537
だからなんでE-cellにこだわるの。過去スレ見れば満足するだろ。

541 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/12 23:38

まぁ、あそこには、百何十人もの学生がいるわけで、しかも学生は社会人より２ｃｈ率が高いことを考慮すると、
E-cellの話しかできない厨房がたくさんこのスレを読んでる、という推測が容易に成り立つな。

542 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 00:20

そこに哲学はあるのか？
　

543 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 00:39

　　　＿＿＿ﾉ　　, ' ￣
　 (￣　＿＿＿ノ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　＼　(.　　　　　　　　　＿＿＿　　　　　　　　　　　　　　　　　　 .／
　＿＿)　）. 　　　　　／　　　　＼　　　　　　　　　　　　　　　 |
（( .￣￣　　　　　　　 /　　 ∧　∧　＼　　　　　　＿.　　　　　　 |　　バ～カ、厨房と呼ばれるのが怖くて
　　ξﾉヾ､　　　　　γ-､~`ヽ　・　・　　 |　　　　　／＿＼.　　　　　 |
　　`ヽ､　 `=.,　　,ｲ |　| 　　i ）●（　　|　　　　　| 　／　|　　　　 | 　E-cell開発できるかってんだ
　　　　~ヽ､_　`-< 　!_ﾉ　　　|　ー　　ﾉ　　　＜　┃　|　　―＝ニ
　　　　　　　~ｯ､_ `ヾ､._＿,,ノ.＿＿_／　　　　　　|　ｯ　|　　　　　 |　　速やかに氏ねよ>>541
　　　　　.,;;,ﾍ　,,＞-‐-　､ｰ､,,..:（　　　　＼　　＼＿／　　　　　　|
　　　　;il|||!ﾆ/ '　;　　ｆ"i　　ヽ. ~`く"￣`ヽ　＼､　　　　　　　 | 　
　　　ｉ|||||!‐ﾍ　,, 　　|　|　　　i>､._ﾉ　 ....::::!　　ヾ　`ヽー､　　　　　　＼　　　　　　　
　　　 l|||||;ﾆ/　　`＼ｰ'　　ノ::､::::::::::::::;ノ;.　　　　ｰ､_,　　⌒Z .　　　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
　　　ｌ|||||i-ﾍ　　　　`､ー‐´:::::::;;=-tT´!|||i　　　　　　(　　　　　ヽ　,　.~

544 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 01:01

AAに頼るバカ発見。
まあ、社会的に無力なセーガクじゃ仕方ないわな（ｗ

545 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 01:07

>>520
ribosomeか...確かに重要なRNA構造モチーフはすべてそこにあるかも。
構造モチーフ、ドメイン予測、３Ｄ予測、etc..これまでタンパクにつ
いてやられてきたことが、RNAについてはほとんどオープンのままだ。
チャンスかもね...

546 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 01:20

>>545
このへん、実はこっそり研究してたほうが良いネタだったかも。
誰が言いだしたんだっけ？ >>374か。といってもプライオリティーを
主張するわけにもいかないだろうが。

547 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 01:32

いままで誰も気づかなかったと思ってるの?
やってみると、思ってるほど簡単じゃないから投げられてるんだよ

548 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 09:18

>>547
ああごめん、「誰も気付かなかった」とまでは思ってなかったよ。
「プライオリティ」という表現は悪かったね。
ところで、どういう試みがあったのか知ってたら教えてくれない？　
「やってみたけど投げ出した」研究だと、あまり情報も入ってこないので。

549 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 11:10

ちなみにE-cellネタは
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50
ここね。もう来るなよ。

550 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 11:20

E-cellてシステムバイオロジーの一環なんですか？

551 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 11:27

>>550両方のスレに書くな、バカ。
というか過去の書き込みを読めよ…。

552 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 11:56

ごめんなさい。ばかなんです。
過去の書き込みってどこみればいいんですか？

553 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 12:00

>>552
全部読んでください。

554 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 12:34

>>552
このスレッドの一番下のところに、
「全部読む最新50 1-100 板のトップリロード」
ってあるから、その「全部読む」を押すの。で、それを一番上から
一番下まで読んでいくの。わかった？
時間帯によっては「全部読む」を押したのに全部読めないことがある
から、気をつけてね。

555 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/13 19:18

要するにどういうことなんですか？

556 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 01:02

>>546, 547
うん。意表をつくアイデアだとは思っていない。同じこと考えてる
人はいっぱいいると思う。
うまくいかないから放りだしてるって、具体的にどういう部分か知っ
てたら教えてちょ。タンパク質よりむずいのかな？

557 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 01:58

>>549
いくらSFCが文系バカだからって隔離スレにするのはやりすぎですよ。

558 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 02:46

>>556
タンパクよりむずいかどうかはわからないけれども、それだけの手間を
かける価値がないんじゃないだろうか＜RNAの構造

559 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 03:27

制限要因がいろいろあるから、熱エネルギー計算が簡単にできてしまう罠。
しかも分子シャペロンを仮定する必要もない

560 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 10:22

>>557

いいんですよ(^^)

そこでE-CELL最高！国立の馬鹿どもめ！と叫んでいて下さい

561 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 11:28

>>559
熱エネルギー計算って自由エネルギー計算のこと？そんなに簡単
かなあ。それとRNAに分子シャペロンが不要というのは証明され
てるの？タンパク質もアンフィンゼン以来、１０数年前まですべ
て自力で折りたたむと信じられてたわけだし。
>>558
未同定の小RNA成分って結構多いらしいし、tmRNAみたいなのは
こらからも出てくるかも。意外に重要なのがまだ埋もれてる可能
性はあって、RNA学の重要性がアップすることもありうるかも。
あくまでも鴨。

562 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 13:15

>>561
たしか"cold shock protein"はRNAのfoldingに関係していたんだと思われ。
低温だと塩基対形成水素結合が強すぎて、正しいfoldingに逝くまでのバリアが
超えられないんだよね、確か。

563 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 13:26

トレハロースが酵素の耐熱性を上げる理由は？

564 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/14 18:02

酵素がトレハロースに結合して、立体構造が変化する。

565 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 00:02

スレの流れと関係ないので恐縮ですが､Perlってバイオインフォやるなら
必要ですか？あるいは､プログラミングの技術って必要ですか？

566 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 01:57

BioPerlを勉強すれ。E-CellよりもG-languageよりも役に立つとおもわれ。

567 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 02:31

それはsouda

だいたいe-cellみたいなガキの玩具と比較するのはちょっと･･･。

568 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 02:50

>>565
バイオインフォに限って言うならPerlの基本テクニックだけでは不十分。
それを用いたCGIやDBとの連携方法、及びDBそのもののノウハウも
必要不可欠となる。
まあ、あなたの立場が研究者なのか情報系かによってその比重は
カナーリ変るけどね。

569 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 04:34

でも、バイオインフォマティクスっていうのは
まだ机上の空論なんじゃないのかぃ？

BioPerlもE-CellもG-languageもイマイチ説得力に欠ける・・・。

もっと大衆を納得させられる証明が無いと・・・

570 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 04:48

机上の空論とは言いきれない
ちゃんと根拠もある

571 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 04:54

>>569
それでも解明しようとしてる学者がいるんだから・・・

572 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 04:57

>>498の言うとおりだと思う

573 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 12:38

>>569
バイオインフォマティクスって、計算とは言ってもかなり実験寄りだよね？　
証明も何も、ほとんど実験じゃん、と思うことはある。
むしろその意味で私は情報屋さんにがんばってもらいたい、と
思っているくらいなんだが。

それこそ>>569が例示したBioPerlやE-Cellなどくらいだよね。バリバリの「計算」て。
E-Cellですら他分野から見れば実験に近い、といわれるかも。
どちらにしろE-Cellの話はスレ違いなのでsage。

574 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 12:46

>>573 http://sports2.2ch.net/test/read.cgi/entrance2/1025274188/486-

575 ：573：02/09/15 12:59

>>574
めちゃめちゃﾜﾗﾀ。まんまと騙されたよ。

576 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 13:46

BioPerlなんてくだらねえぜ！
これからはBioRuby。これサイキョウ。
え？Ruby知らないって？

577 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 19:23

BioPerlもBioRubyもただツール作っただけじゃないの？
情報屋さん的にはどうなの？

578 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/15 22:51

哲学があるからいいのです(w
って、ありきたりの展開だな

579 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/16 15:28

>>577
まったくそのとおり。
まぁ、労力分の評価、ってところで頭は使わない仕事っしょ。

580 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/16 16:57

>>579
ツールは重要だ。
皆に使ってもらうツールを設計するのは
下手な研究よりはるかに頭を使う。

581 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 09:38

>>579
何かこういう評価からして、既に差別意識が見え隠れしてるよな。
そんなに自分がエライと思ってるんかい？(w

582 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 22:05

バイオインフォマティクスを大学院で学びたいと思ってるんですけど、
SFCはどうなんですか？１０月に受けようと思っているんでおしえて
頂きたいです。

583 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 22:31

>>582

最早何も言うまい｡玉と砕けろ｡健闘を祈る｡

584 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 22:57

＞＞５８３
どういう意味ですか？もしSFC以外でいい院あったら
おしえてほしいんですが。

585 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 23:52

>>584
バイオインフォは、最近どこの大学でもやり始めただろ。
東なら東大でも、西なら京大阪大、奈良先端大。

586 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 23:54

>>585

東大、横市でだめなら、最終手段でＳＦＣにした方がいいと思いますが・・・

587 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 00:48

>>585
ここだけのはなしだが。横市は２次募集をするようだ。
試験は１２月だ。SFCうかっても落ちても、まだ選択の
余地があるだろう。１１月には情報関連の国際シンポ
ジウムを横浜で開くようなので情報をゲットするのも
よいだろう。MDや計算化学をバイオインフォと呼ぶの
なら、北里や東京薬科大を忘れてはならない。

588 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 01:21

大学名で選ぶのでなく指導教官の名前で選ぶべき。
それくらいの覚悟してよ。
へたれが流れきても迷惑なんだよねぇ。
この業界面倒見のいいところはナイトおもったほうがいいよ。
手取り足取り指導する人は寡聞にして知りませんな。

ま、がんばってや。

589 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 03:46

SFCはバイオインフォというよりシステム生物学。
ウェットとドライを両方本格的にやれるのはおそらくSFCだけ。
それにオリジナルな研究をバリバリやりたい人には
SFCの研究環境はかなりうらやましい。

590 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 05:05

確かに。
ただ、問題なのはSFCの学生自体がアホだから宝の持ち腐れということだな。

591 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 08:58

>>590
アホ？　それを言ったらどこの大学だって同じだろ。
国立の大学院はどこも定員割れでほぼ全入状態。
それに、何をやりたいのかロクに分からずに
国立大卒の肩書き欲しさに受けるやつが多い。
それに比べたら、SFCは本当にやる気のあるやつしか
とらないから倍率は高い。私立なのにずいぶん頑張
ってると思うよ、KOは。

592 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 09:13

>>591
高校レベルの理科も分からないような奴ばっかりじゃん。
SFCなんかに行っている時点で能力が疑われると思うが。

593 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 09:23

東大医科研でもやってるよ。
大御所センセの所ね（ｗ

594 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 10:30

KOネタも
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50
こっちだ。 SFCについての議論が長くなるんだったら移動しろ。

595 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 15:21

みなさんいろいろな意見ありがとうございました。
ウェットとドライ両方やりたいと思ってるんですが、
ほんとにSFCだけなんですか？もし分かったらおしえて下さい。

596 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 22:07

確かに、ハード面の「環境」はかなーり魅力的かも知れんが、
　　　　ソフト面の「環境」は・・・？
有意義なディスカッションとか刺激を受けるような同僚がいるのか・・・？

まあ、ある程度優秀な奴が５、６人一気に入っていって、乗っ取るという手もある。

597 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 22:14

SFCでウェットが「本格的にできる」ってどんなウェットなのか、まじに知りたい。

598 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 22:54

>>597
「ゲノムシーケンシング実習」なんてのもあるぞ。
http://www.ttck.keio.ac.jp/Bioinformatics-program/
http://www.ttck.keio.ac.jp/IAB/faculty.html　

599 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 23:15

まぁ、しょせんKOだから、しょうがないだろ。

600 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 23:20

ゲノムシーケンシング実習って、ただキャピラリー電気泳動でDNAの配列
見るだけじゃないの？もっとウエットな、細胞培養やアッセーなどの実験
はやらないの？

601 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 23:39

598とか600とかの実験とか実習とかいうのは、「バイオ専門学校」とかいけばふつうに教えてくれるぞ。
そのためだけにKOにいくこともなかろ。それよりもなにかちゃんとテーマのある生物学的研究をウェットで本格
的にできるのかどうか?ってことが知りたいのdeath。どうよ?

602 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/19 02:48

>>600
生物実験基礎 Fundamentals of biol. experiments
遺伝子工学実験A Genetic engineering laboratory A
遺伝子工学実験B Genetic engineering laboratory B
このあたりがそれか？内容はよくわからんが。

>>601
てか、本格的にウェットの研究をしたいなら生物学科に行けば良い。
バイオインフォのプログラムでここまで揃ってるのって、なかなかないよ。
ﾁｮﾄﾐﾅｵｼﾀ｡
コンピュータ実習科目もかなり充実してるし。

603 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/19 23:34

SFCネタにもそろそろ飽きたので・・・すこし別の話ですが
蛋白質分子まるごとの分子軌道計算(ab initioなど）について、
最近のトレンドや現状での問題点、今後の動向などについて
教えてください、、、、

604 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/19 23:39

まだまだ終わらせないよ！

605 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/19 23:45

>>603
FMOやProteinDFのこと？
ただし後者は分子軌道計算じゃないけどね（密度汎関数法）。
しかも柏木先生が退官されて、今はどうなっているんだろう。
FMO（フラグメントMO。タンパク質をいくつかのフラグメントに分けて
計算する方法）はあちこちで発表を聞く。ソフトウェアもフリー。
ただし今のところ基底関数はSTO-3Gしか使えないけどね。

この分野の場合、
・現在の計算手法のままスケールアップ
・新たな近似法の開発
の両方が並走しているので、「トレンド」というのは難しい。
小分子の実用レベルでは、密度汎関数法が流行っていると
言えなくもないが。

とか偉そうに書いたが、俺もあまりよく知らない。FMOとか、使った人
いないのだろうか。近い将来基底関数のレベルもあげるつもりらしいが。

606 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/20 00:58

603 >>605
レスありがとう。なんとなく密度汎関数法のほうが今後は伸びそうな気がします。
CPUパワーの改善だけで、今後（たとえば3年後くらい）にはなんとかなりそうな
のか、それとも新たな近似法の開発が必須なのか、あたりを勉強してみようと
思います。

607 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/20 01:38

富士通の鮫ちゃんとかが詳しいかもね

608 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/22 19:23

バイオインフォの就職に関しておしえてください。
どういった職につけるんですか？

609 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/22 19:28

>>608

ＳＥ、スレイブ

610 ：qq：02/09/22 19:37

http://muvc.net/jsweb/profiles.html

611 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/24 19:28

バイオインフォ学んでSEになるくらいなら、最初からSEの
エキスパート教育をうけて、高級SEになたほうがマシ

612 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/25 01:03

CBI 学会どうでした？そういえば。

613 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/25 01:19

ポスタ、２人で発表してる香具師らがいました。

614 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/25 01:55

漫才形式ですか？

615 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/27 18:34

もう終りですね

616 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/27 21:52

実りのないスレでしたね。
バイオインフォ自体に中身がないんだから仕方ないか・・・

617 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/27 23:02

>>616
4まで進んだスレにその言葉を書く勇気は漏れにはないが、
確かにこのスレの役割は終わってるだろうね。
E-cellしか語れないやつが多すぎた。

618 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 01:40

日本でバイオインフォとはなんぞや？という質問にちゃんと答えられるヤシが一人も居ないって事でしょ。
で「悟りとは何ぞや？」という問いに色んな宗派ヤシが一方的かつ勝手にぶつけあってるのと同じ事。
まあ、これが日本のバイオインフォの現状という事やね。結論として（ｗ

619 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 02:12

GIWのポスターの締め切り（１０／１）が近づいてきました。
皆さん、進んでいますか。

620 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 02:56

GIWもそろそろ恵比寿から脱出して欲しいな。

621 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 10:02

マックぐらいしかコンピューターをいじった事のない実験系の人間（PD）がいきなりバイオインフォマティクスを始めるのは無理ですか？
バイオインフォマティクスの分野で実験の事も分かる人は余り居ないから、いまからコンピューターができるようになれば就職先は幾らでもあると聞いたのですが、真意のほどは？

622 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 10:45

ＳＥ、スレイブで良ければいくらでも

623 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 11:20

>>621

実験の知識は大事だとは思う。そして、実験が分かる人間は
必要だが、実験しか分からない人間の場合は、その実験に
関する知識が採用側に認められるものの場合のみ
生きると思われ。そうでないならば、おそらく書類審査すら
通らないと思われ。実験と理論を齧った人間だってすでに
いることはいるので単に実験しか知らない人間は不要かもね。

624 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 11:33

>>623
教授のコネでお台場か横浜辺に押し込んでもらう事は出来そうなんです。
でも、コンピューターやるのにクローニングができるとか培養細胞を扱った事があるとかって直接的にはあんまり関係ない訳ですよね。
どういった生物学的バックグランドが役立つんでしょうか？
プログラミングって教えてもらえるもんなんですか？

625 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 11:36

おれは最近この分野をワッチするようになったが、意外なほど
実験屋が軽い立場というのを感じた。必要があれば業者に丸投
げできる実験が結構多いということ。もはやルーチンワーク。
ノックアウトマウスも、凝った複合的な実験結果には否定的な
見解がされてるから、ますます実験屋は軽い。今は本当に両
刀使いな人材が必要と思う。これはあらゆる分野にいえる事か
もしれないけど。一計算機屋から見ると、もっと現場をよく見
ていれば、ネタはまだまだ出てくると見ているのだが。

626 ：625：02/09/28 11:46

>>624
今からプログラミングを憶えていると論文書くまでに間に合わない
から、情報屋と組むことをお勧め。脇から勉強していくしかない。
それに今までやったことがないということは興味がなかった証拠で
もあり、結構スタートで出遅れそうだ。
それより、数学(式)等で生物を見る世界観を育てることが重要と思う。

627 ：622, 624：02/09/28 11:59

>>626
論文書けるぐらいのレベルまでプログラミングを覚えるのってどれぐらいかかるもんなんですか？
実験しながらプログラミングの勉強するのってやっぱり難しいですよね。

628 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:18

>>627
これまでの素養とセンスによるよ。

>>625
ネタにもならない計算機仕事が多いから、そこからネタを拾い出すのが大変だよね。

629 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:28

>数学(式)等で生物を見る世界観を育てることが

昔そういう時代があってもう流行がすっかり過ぎてしまった
ことをしらないのかな。こうして歴史は繰り返すのかな。
木村資くらいは超えろよな。

630 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:33

理論屋や計算機屋が考える実験系は単純なものばかりで、
trivialでやる価値すら首を傾げるようなものが多いのでは？
だから事件が軽いとか、丸投げできるとか平気で言えるんだろう。

所詮そういうレベルことしか考えつかないって言うことだね。

631 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:37

バイオインフォの真の問題は、研究の出発点になる
問題設定が根本的に腐っていることなんじゃないの？

頭使ってるつもりの連中が考え出す実験系がほぼ全て
力ずくの仕事ばかりだって言うのが笑えるね。

で、これまでにバイオインフォが何を解決したの（ｗ

632 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:49

「実験をよく知っている」と自負して止まない計算機屋と実験の論文の話をすると、
「私は実験手法がどういうものかを知っている」以上ではないことがすぐにわかる。
ＫＯがどうのこうのと言うヤシはその典型だね。

それは、計算機が半導体でできていて電力を消費して動いていることを知っている、
と自慢しているのとほぼ同じレベル。わあ、恥ずかしい。

633 ：625：02/09/28 12:51

全部丸投げできるなんて言っちゃいないよ。その辺は注意して
書いたんだから。思っていたより多いということ。
現場から学ぶことがネタの大半であり、計算機は単なる Tool
という側面は昔から強い。ただし、Tool も使えないのでは話
にならないし、Mac で既存のソフトが使えればそれで良いほど
甘くはない。数式見ただけで逃げ出すようでも不可。
という見解だし、発言もそれに沿って書いてないかい？
>>630
言いたいことは把握しているつもりだけど、文章は明らかに
煽っているところ不快だな。
まあ、結果で見せるしか説明しようがないけど、匿名板
だしね。

634 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 12:57

>>625
うん、煽っている。なぜなら、この手の批判はいつも現場では聞いているはずだし、
自分自身でも認識しているはずだから。

なぜこんなに煽るのかといえば理由はただ一つ、実験屋は実験をツールとは見ていないということ。
計算機には実験はツールとしか見えないらしい。

ここまで言えば、なぜ「生物屋」が計算機屋をツールとしてしか見れないのかが理解できないか？
そういう反論をしてくれ。情報学がツールではないということをはっきり示す必要がある。
それが何よりも今必要なことだ。違うか？

635 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:08

情報学を標榜するなら、
同じゲノムサイズの生物の真の情報量の推定比較くらいはやってくれ。
いますぐできるだろ。ネーチャーだって軽い軽い。

・・・何が真の情報量なのかにすべてがかかってるけどな。

636 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:10

630 や 632 のように、自分の周りの経験だけからしか
他人を推し量れないというのも悲しいものだね。まあ、
KO の連中は指摘されたような面はあると思うが :-)

>>631
おおむね賛成。そもそも今までの結果というのは、音声
認識屋や Web プログラマがちょろちょろっとでっち上げ
たものが必要以上に祭り上げられちゃったバブル現象な
ので、仕方ない。本物のバイオインフォはまだ始まった
ばかりだし、力づくの仕事もまだ多いしこれからも多い
と思う。ブームが終わり始めた面はあるけど、これから
本物が出てくるのではと期待はしている。

637 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:15

>>636
＞630 や 632 のように、自分の周りの経験だけからしか
＞他人を推し量れないというのも悲しいものだね。

では、具体的に反論を望む。
どの研究者のどの論文が反例にあたる？
一例を挙げればそれで良し。

638 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:18

生物学とは何かを熟知し、その着眼点は古典的生物学者を唸らせ、
斬新な理論と計算シュミレーションを駆使して生物学の古典的命題を
見事証明した研究者が、６３６の周辺にはいるらしいな。

639 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:39

>>634
情報系の人と話をしていて出てきたことなのだが、生物屋は驚く
ほど計算機をツールとして使いこなしている。ゲノムのデータベース
周辺の進歩は、情報系からすると「こんな使い方があったんだ、使っ
てくれてありがとう」の一言に尽きるようだ。高級サーバーもじゃん
じゃん売れて大喜び。

ちなみにオレは情報屋の方に入ると思うけど、実験をツールとしては
見ていない。そういわれても困る。ウチのチンピラが迷惑かけてすま
んス、ってところか。

情報学がツールでないところを示すという意味では、複雑な Network
がよくもここまで動いているということを誉めて欲しい。多分あなた
が裏で知らないうちに動かしたことのある JavaScript にしても、簡
単にはウイルスを仕掛けられない言語仕様になっている。ちょっと話
の方向が違うか。

640 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:44

>>639

>実験をツールとしては見ていない。

のなら、何と見ている？そこに全てがかかっている。

＞情報学がツールでないところを示すという意味では、複雑な Network
＞がよくもここまで動いているということを誉めて欲しい。

機械も使わず一定の染色体標本が作れる職人芸を褒めて欲しい。
というのとかわらん様な気がするが。それってエンジニアリングで
あって学問が究極の目的とするところではないでしょ。

641 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:59

>>634

話を戻すが、ゲノムの配列を読み出すだけなら実験はツールでしか
ないと解釈されても仕方ないですね。しかし立体構造推定 etc...
では、結局多くの実験に頼らざるを得ない面が存在するのは確かで
すね。相互作用とかいろいろあるし。

要するに、まともに考える人にとっては、実験がツールには見えな
いというだけで、計算機屋全員が実験をツールとして見ているとい
う話ではない。その辺を混同して「実験屋」「情報屋」とレッテル
貼りするところに、あなたの心的コンプレックスを感じるのですよ。

計算機屋の発言がある意味強いところがあるのは、会社で営業畑が
発言力があるのと同じで、科学技術の経済効果が高いとみなされて
いるところにあるのでしょうか。わかりませんが。

642 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:04

>>635

>情報学を標榜するなら、
>同じゲノムサイズの生物の真の情報量の推定比較くらいはやってくれ。
>いますぐできるだろ。ネーチャーだって軽い軽い。
>
>・・・何が真の情報量なのかにすべてがかかってるけどな。

情報量を定義すればすぐにできると思う。定義にすべてがかかっている
のはご承知の通り。しかし、これは情報工学の人間の仕事ではないです
ね。がんばってください。コンプレックスに負けるな。

643 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:21

>計算機屋の発言がある意味強いところがあるのは

本気でそう思っているのかい？コンプレックス？
やっぱりダメダメだったね。ただのアホだったわ。ちょっと期待しただけバカだった。

＞情報工学の人間の仕事ではないですね。

情報学の人間の仕事だよ。自分でscientistでないと言い切るんだから大したものだ。

そうではないかと思っていたが、これほどのバカだったとは。
おじさんは呆れてもう物が言えません。

644 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:21

>>637,638
現在は、論文数が出世にきわめて重要な時代になってきているから、
とりあえず自分のスキルのあるところで何でも言いから数を出さな
くてはならない時代。物事の本質を突き詰めた良い議論はしたくて
も、とりあえず論文がでなければ数年後の自分のポストは無い。
理想を高らかに謳いあげるのは、何も知らない学生か、パーマネン
トの教授だけにして欲しい。

急に研究を取り巻く事態が変化しているので、近視眼的な変な論文
ばかり出さざるを得ない。あと10年もすれば収まるかもしれないが、
今のところは科学技術行政に文句を言うほかはないのでは。

645 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:25

質問には一つもまともに答えていなしな。

646 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:25

>>643
予算獲得関連の話だよ、発言力というのは。

細かい揚げ足取りを始めたということは、さては逃げる気だな。

647 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:29

＞644
いいアイデアがないだけでしょ。何とも見苦しい言い訳だね。

648 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:32

>>646

逃げる？当たり前だ、机上の空論しかできない奴の相手はもう結構。
中学生の壁新聞レベルの議論はもう止め止め。

649 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:33

情報学って何だ？？？
情報工学って言葉を出した人はサイエンティストじゃない？？？

内容についてはコメントすらしていない。
こういうのを頭が悪いバカっていうんだよ。反省しなよ。

650 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:36

知　ら　な　い　こ　と　は　幸　せ　な　こ　と　な　の　で　す

651 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:40

＞６４９
いくら言葉を選んだつもりでも、文章から臭い立つ子供臭は消えませんね

652 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:47

651 の発言を見てください。
内容については無視。
文体など関係の無いところから攻撃を仕掛ける。

こういう人は科学者としては失格です。

653 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:51

>>652
「センセ～！○○クンがこんな事逝ってます～」みたいなカキコは恥ずかしいぞよ。
お子様丸出し（ｗ

654 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 15:43

いつから子供のけんかスレになったの？
最初からか。。。（ｗ

655 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 19:20

というか、こんな議論はこのスレ中でさんざんされているし、
他分野を知っている人間から見れば、古典的な「理論・計算」と
「実験」の対立以外の何者でもない。
今さら口から泡を吹いて議論できる若さに脱帽する。

メンデルが定量的な生物学を語って無視されていたころから、生物学者
の本質は変わっていないのではないか。理論や計算に対する嫌悪感は、
他のどんな分野よりも強い。
生物学者の端くれとしては、それが必ずしも悪いことだとも思って
いないし、この感覚が生物学の独自性を支えてもいるのだろうとも思う。
しかし、例えば「実験屋は実験をツールとは見ていない」という
自然科学者らしからぬ発言に生物学の全てが表れているのでは。
良くも悪くも、生物学はそういうところがある、と理解しておいたほうが
軋轢は減ると思う。

繰り返しになるが、その理論や計算に対する嫌悪感が逆に良い結果を
出すこともあるのがややこしいところでは。
とはいえ、このスレでさんざん語られているように、新参者を罵倒する
ばかり、というのもあまり実りのある行為とは思えないが。寛容になろうや。

656 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 19:27

この議論飽きたよ～
ちゃんと過去スレ見てから書き込めよ～
「１」の時代からずっと、実験のやつは「計算しょぼい」、計算のやつは「実験どうでもいい」みたいなことばっかり言ってるじゃねえかよ～
お前ら飽きないのか～

657 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 20:50

ところでバイオインフォやってる奴らはどうすれば自分たちが社会の役に
立てると思っているのか？ゲノム創薬で薬でもつくるのか？（藁

658 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 21:00

実験しかしたことのないポスドク崩れですが、バイオいんフォマティクスなら食べていけると聞きましたが、やっぱり大変そうですね。

659 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 22:59

>>657
バイオインフォマティクスのこと知らなくて興味もないんなら、書き込まなきゃいいじゃん。
お前、バイオインフォマティクスいいたいだけちゃうんかと。

660 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 21:10

エリック・ランダー。
ミレニアム・ファーマスーティカルの共同創業者にして、MITのホワイトヘッド研究所所長。
ゲノム科学のリーダー。

661 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 21:27

論文をあげろよ。

662 ：コギャルとＨ：02/09/29 21:27

http://www.tigers-fan.com/~jko

http://www.tigers-fan.com/~tyk

ヌキヌキ部屋に直行
　　コギャルとヌキヌキ
　　全国地域別出会い

663 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 23:12

らんだー　の講演は面白かったけど、もう政治家だよな。さすがに。

664 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 00:17

>>663

ＳＦＣ厨がランダー氏をコメントできるなど、いいご身分になったものだな。

665 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 01:19

ランダーって研究は一流だけど、講演はふつーというかつまらなくない？

666 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 01:21

なんかここのスレ頭の変な奴がいるな。

667 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 07:39

↑
それはお前だ！
このｹﾀﾞﾓﾉめ！

668 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 15:56

>>659
俺がいいたいのはツールだシステムバイオロジーだとくだらんこといってないで
もっと社会の役に立つバイオインフォマティクスをやれということだよ。
「ゲノム創薬」なんていう有名無実のお題目を唱えていて、朝日新聞の読者は
だませるかもしれないけど、産業関係者や学識経験者や現場のウェット屋はだ
ませねえんだってことだよ。

669 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 16:25

さては DQN は 668 だな。
バイオインフォマティクスはゲノム創薬だけがターゲットじゃない。
目指す方向に役に立つと明確に解っているからやってるわけじゃない。
そもそもウェットだなんだと区別しづらい人材が出てくることを期待
している面もある。ヤバい連中は確かにいるが、それはバイオインフォ
に限った話ではなく、どの分野にもいる。

いるんだよ、あんたみたいに一見正論っぽいこと垂れて威張る奴って。

670 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 16:35

文理統合を掲げた「総合系」や「情報系」が失敗してる状況見ると
ウェットとドライの折衷もどうなるか微妙なトコだよね。

671 ：670：02/10/01 16:37

あぁ、文理統合の欠点は
「文系にとっても理系にとっても簡単な事しかやならない」
ってことね。

バイオインフォマティクスも、
「情報系にとっても生物系にとっても簡単な事しかやらない」
ようにしか見えないし、今のところ。

672 ：669：02/10/01 16:42

いろいろ言ったけど、オレは、ウェット出身の中で情報に興味がある
人だけが生き残るか(それをウェットと呼ぶかどうか不明)、あるいは
バイオインフォが全滅するかのどちらかだと思うんですけどね。

全滅の可能性は既に高いけど、それを今ここで声高に叫んでもしょう
がないんでは。行き着く所まで逝かないと方向転換も難しいよ。
行政側としてはおそらく。

673 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 21:02

ITバブルと同じ道をたどることは間違いない

674 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 21:30

>668
>「ゲノム創薬」なんていう有名無実のお題目を唱えていて、朝日新聞の読者は
> だませるかもしれないけど、産業関係者や学識経験者や現場のウェット屋はだ
> ませねえんだってことだよ。

ゲノム創薬を広い意味で捉え、分子標的薬の創薬をゲノム創薬と考えるならば、
すでに成功例があります（イレッサなど）。
うちの会社（製薬）でも、分子標的薬はいくつか開発パイプラインに乗っています。

他に生物学と計算機（及び統計学）の力を合わせた研究としては、抗ガン剤投与後の
生存時間を組織のマイクロアレイデータ解析で推定する試みが成功しています。
http://llmpp.nih.gov/DLBCL/
この研究結果は、医師の処方判断に直接的な影響を与えるものであり、近い将来の
オーダーメード医療に直結しています。この手の研究では、臨床医と統計専門家が
チームの中心になり、狭い意味での生物学者が出る幕はあまりなかったりしますが。

675 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 22:01

>>673
IT バブルでひとつ指摘しておきたいことは、IT バブルは投資
あるいは投機の世界で起きたことであり、IT 革命は今も少しづ
つ世の中を変えつつあるということ。ソフトバンク株が最高値
をつけた 2000年前半に比べたら、驚くほど IT 革命が進んで
いることについては、「例をあげよ」などとタコなことを言う
人すらいないだろう。

676 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 22:40

ドライ側もウェット側もバイオインフォマティクスが学問の一分野だと
いうことを忘れているような気がする。

いろんな企業が関わってきているので仕方ないかもしれないが、「何の
役に立つのか」を研究者自身が連呼するのはある意味諸刃の剣では。
バイオインフォ攻撃／擁護では成功を収めても、他の場面で自分の
行動範囲を狭める結果になりかねない。
「敵」憎しで行動しすぎて、理系共倒れにつながるような感じ。

677 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 22:50

CADDはゲノム創薬と関係ないでしょ。成功例があるんだったら、漠然とした「ゲノム創薬」なんて
用語をつかわないで、「分子標的薬を目的としたCADD」といえばよいのでは？
なんか、お前ら単に「ゲノム創薬」っていいたいだけなんとちゃうんか？と小一時間
薬剤投与後の疫学はようするに単なる統計学なわけで、これまたバイオインフォマティクスにも
ゲノム創薬にも関係ないんとちゃうんか？と小一時間

678 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 23:04

>>677
煽るわけではないが、バイオインフォマティクスやゲノム創薬の定義を
意図的に狭くしてないか？

いや、>>677が悪いわけではなく、「バイオインフォマティクス」や
「ゲノム創薬」の定義が人によって違いすぎることに原因があるわけだが。
「単なる統計学」を「バイオインフォマティクス」に入れてはいけない
理由が俺には思い付かん。

定義があいまいなせいで、バイオインフォマティクス自体に対する議論
は不毛な気がする。単なる「ツールの使い方」とかの話でも
していたほうが、スレの有効利用となるのではないか？

679 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/02 02:20

http://www.kuba.co.jp/frontiers/
これどうすか？

っていうか、みんな集合だ。ポスターの前に立って小一時間問い詰めるのだ。

680 ：sage：02/10/02 03:06

>>679
前見たときは9/30だったような気が。＞ポスター発表の締切

681 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/02 17:04

>>678
定義があいまいなのをよいことに、無理矢理領域を拡げたり学問に新しい名
前をつけたりして、学生や素人をだますのはいかがなものか?という意見なん
です。
たとえば農学部がやってることが変わらないのに「先端生命科学」とか名前を
変えて、一見はなばなしくなったのも束の間、みるみる陳腐化してDQN化したり
とか、官僚的なやりかたは学問そのものを荒廃させるんではないですか?
CADDも、医療統計学も、それらはそれぞれが充分貢献しているし成果もだせる
学問ですが、それを「バイオインフォマティクス」とか「ゲノム創薬」とかに
統合することで何か新しいパラダイムシフトをともなうのですか?
あるいは学際領域を統合することで新たな学問がうまれるのでしょうか?
「狭義の」バイオインフォマティクスは、少なくとも新しいパラダイムと新しい
学問領域であるべきだし、新に新しいもののみ新しい名前を用いるべきだと
思います。なぜならそれは情報の陳腐化をともなうからです。この原則に鈍感
な人に「インフォマティクス（情報学)」が本当にできるのかすごく疑問です。

682 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/02 18:17

熱いなあ。
必ずしも陳腐化＝悪とは限らないのでは、と言ってみる。

というか、いくらなんでも狭義すぎる気がするぞ。いくら新規な分野と言っても、
過去からの蓄積の上に生まれているわけだし。（その「蓄積」を軽視する生物屋・
情報屋が多い、という議論がここまでさんざんされているわけだが）

>>681はわかって書いているのようなのでもちろん軽視しているのとは違うが、
先鋭的にすぎるかな、と。
ただ、新しい分野を進めるにはそういう研究者も必要なことは間違いないが。

683 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/02 23:07

「狭義の」バイオインフォマティクスって例えばどんなの？
計量経済学、数理生態学、分子遺伝学・・・は、それぞれ統計学の手法を用いた経済学、
応用数学を用いた生態学、遺伝子レベルで考えた遺伝学、と言い換えられそうだが、
近年の計算機の性能向上（あるいは情報理論の発展）によって開けた生物学の新しい分野を
情報生物学（バイオインフォマティクス）と呼ぶ、というのではだめ？
Computational biology だと、明らかにバイオインフォマティクスより狭いし。

684 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/03 21:30

わたし「このアルゴリズムでスピードが3倍になりますた」
なまものや「そんなの3倍の速度のマシン買えばいいじゃん」

もう、計算機のスピード向上はやめてほしいな。＞インテルさま

685 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/03 22:46

この分野、COEにすら入って無いじゃん＜ｐ

686 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 00:53

「配列情報解析」原理主義バンザイ

687 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 03:16

>>685
入ってたら入ってたで文句いうくせに。

688 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 09:09

で、結局バイオインフォマティクスって何よ？
誰も分かってない理解していない中での論議って滑稽だよね（ｗ

689 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 10:32

>>688
だから無理に議論しなくていいんじゃないの？
このスレをそういう議論に使わなきゃいけないわけじゃないし。

690 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 17:06

バイオインフォマティクスの定義もいいけど，「ゲノム」の定義もちゃんとしてくれ。
ホームページ検索したってまともな定義が見あたらん。そのへんの教科書
見たっていろんな書き方してあるし。
時代とともに意味が広がったり概念的になってるみたいだが，単にゲノムと
いいたいだけでゲノムという言葉を使っている輩が多すぎのような気がする。

さんざん議論されてがいしゅつなのかもしれんが。

691 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 17:38

そもそもgene+chromosomeでゲノム。
となれば自ずから意味も明確でしょ。

692 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 18:11

>>691
geneはとchromosomeにもともと載ってるんだから足すのは意味が
ないと思うが。

693 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 19:00

>>692
おまえさん歴史を知らなさすぎ。
ゲノムの仕事の黎明期を考えてご覧よ。
全ては遺伝子のクローニングとそのマッピングから始まったのだ。

694 ：６９２：02/10/04 21:03

>>693
歴史をいうなら，遺伝子はもともと実体が不明で概念的なものだったはず。
染色体もたんなる核酸からなる染色される物質。

遺伝子の実体がＤＮＡで，染色体に遺伝子が乗っていることが分かってから
の話はおっしゃるとおり。

わからないのはゲノムの定義。遺伝子や染色体のことをいうのであれば
ゲノムなんて言葉はいらないはず。もっと何か概念を思い浮かべているはず。

たとえばヒトゲノムの解読，という場合は，染色体の半数のことなのか，
それプラス性染色体の片割れなのか，さらにプラスミトコンドリアゲノムの
ことなのか。ともあれある程度実体と関連させられる。

しかしより一般的にゲノムを使う場合は，どういう概念で使っているのか。

695 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/04 23:44

>>692
ゲノムの実体は核にある染色体のハプロタイプ（＋性染色体？）です。
ミトコンドリアのDNAは含まれません。これは定義です。

でも、概念としては個体たらしめられる遺伝子情報全体です。
分子生物学では遺伝子というとコード領域だけを想定するはず
なので、なんとなくきもちわるいです。

そんなに知りたければここに来る前にTHE CELLなり読むむべし。

でも、数年前にゲノムという言葉が６通りの意味で使われていると
いうレビューを見たようなきがするので、わからんという気持ちはわ
からんでもない。

696 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 00:12

ゲノム＝非コード領域も含めた全部の配列。という感じかな。

ゲノムという言葉を日本で布教したのは、中村桂子氏だったような。
その何も言っていない全体主義観は、うざかったが。
ほんの数年前までは、積極的に使う人はほとんどいなかったかと。
みんな、こんなに早く決まるとは思ってなかったのねん。

697 ：６９２：02/10/05 00:18

>>695

まっとうなお返事ありがとうございます。

私も頭ではそういうことだと分かっていても，同じような気持ち
悪さを感じておりますので，こんなことをわざわざ書いております。

染色体，というモノの名前と，遺伝子，という意味の広い言葉
とが混ざると，非常に曖昧模糊とした印象を受けてしまいます。
「個体たらしめられる遺伝子情報全体」　という概念からすると
染色体以外の遺伝因子があればそれも(たとえばミトコンドリア)
含むはずだし。

遺伝的アルゴリズムなんかだと，余計に変な意味で使ってます
けどね。あれは本質的に，遺伝子とはまったく関係ないと思うけど。

698 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 00:26

>柳川　弘志教授理工学研究科基礎理工学専攻　慶應義塾大学システム生物学による生命機能の理解と制御

ＳＦＣはついに見捨てられたか・・・いや、バイオインフォの拠点だから今回は
辞退したのか？

699 ：691=693：02/10/05 00:30

>「個体たらしめられる遺伝子情報全体」

という意味は本来はなくて、　

>非常に曖昧模糊

というのが本来の立脚点からして当然だよ、というコメントをしたのだが、
まっとうじゃないと言われたね。

ゲノムという言葉を作った本人が講演でそういっていたのだがね。
そういう歴史を知らずして空虚な議論のための議論をするつもり？

>>695の言うとおり、教科書ぐらいきちんと読んでから議論を展開せよ。
全く気分の悪いヤシだ

700 ：691=693：02/10/05 00:36

ところで６９７は、ハプロイドゲノムが生物を構成するのに
十分な情報でないことくらいは知っているのかい？
もちろん性染色体はこの場合除外して考える。

701 ：６９２：02/10/05 00:51

だから，

「ゲノムとは・・・のことである」っていうのを教えてほしいんですが。
自明だとか教科書読めとか言ってないで。分かってたら書けるはず。

歴史がどうとか，定義はかわるのだとか，そんな話はどうでもいい。
確固とした定義がないのなら，学術用語ではなくて，バイオインフォ
マティクスって言葉もそうだけど，ゲノムもなんとなく凄そうだって
イメージを与えてるだけってことでいいのかな。

別分野の類似の言葉にソリューションとかデリバティブってのも
あるよね。

702 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 01:03

>>692
相当頭悪い。子供は帰って寝ろ。以上。

703 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 01:12

６９２は、生物学の素養がない、といわれる典型的なパターンだと思われ。

704 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 01:17

そのうち生物はきちんと定義されていないので
研究する価値がないとか言い出すのに３０００ゲノム

705 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 01:31

>>692
いや、術語は学問分野で使われる意味がかわるから、言葉だけ
とりだして意味を問うのはナンセンスとおもわれ。
あと、時代時代でもかわるな。

ゲノムという言葉が作られたのは１９３０年代らしい。
その後に、いろいろ解釈されていったのだろう。

ゲノムの概念は偉大ですよ。それがわからないならわからなくて
もいいじゃないか。そのうちわかるかもしれないし、知らなくても人
生かわらんよ。

ひとつの辞書的な定義↓
http://www.dictionary.com/cgi-bin/dict.pl?term=genome

706 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 02:29

An organism's genetic material.

なるほどね。

707 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 02:49

まあ６９２がいわんとするところは
>>706 >>705のハプロイドでない方の意味、の曖昧さだろう。
確かに多くの分野で、geneticsのかわりに安易にgenomeが使われているような気がするね。

例：これからはゲノムもできる研究者でないとだめだね

・・・なんだろう、ゲノムができるって？
この場合genetics＋sequence analysisの意味に近いよね。

708 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 08:00

>>698
>柳川　弘志教授理工学研究科基礎理工学専攻　慶應義塾大学システム生物学による生命機能の理解と制御

ＫＯは理工/ＳＦＣ/山形/医の全慶応合同チームで申請したと聞いてる。
書類上の代表は理工だが、ヒアリングで中心的な役割をはたしていたのは富田先生だったと。柳川先生もＳＦＣの兼任教授だし。

709 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 10:54

遺伝子やゲノムの配列という時は
相補鎖のどっち側のことなんですか？
mRNAになるのはどちら側ですか？

710 ：:：02/10/05 12:29

＞707など
genetics と　genomicsは　しかし　英語圏ではまったく意味が違うぞ。
とくに、geneticsは集団、SNP、多型、QTL、形質の継承といった概念がが背景にある。
genomicsは情報の集大成というイメージがありgenomeの意味に近い。

711 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 12:44

>>710
その通り。というか日本でもきちんと使い分けるべきだと思うが。

712 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 16:50

Michael S. Waterman.
計算生物学分野の創始者。統計学者から、バイオインフォマティクスへ。
全米科学アカデミー会員。
セレーラ社非常勤客員研究教授。
日本人全部の仕事のインパクト＜Watermanの今までの仕事全部。

713 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 19:08

>>708
それは冨田が自分で言ってるんだろｗ

714 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 21:02

>>707
＞・・・なんだろう、ゲノムができるって？
＞この場合genetics＋sequence analysisの意味に近いよね。
いやあそのていどじゃゲノムが出来るとはいわないんじゃないかなぁ
contig構築＋ショットガン＋ハイスループットコロニーピッキングロボットの
調整＆メンテ　＋96連シーケンサのキャピラリーメンテ　くらいまでできないと
ゲノムやってるとはいえないんじゃないのかな
（ちなみにGSCにはそういうひとがごろごろいるよ！）

715 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 21:02

しかもそれ以外のことができない・・

716 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/05 23:10

生物屋のSEみたいなもんすか？

717 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 01:48

>>714
そんな人は普通のところには無用です。

718 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 01:58

学術的な能力を問題にせずテクニックだけを自慢げに語るところがｲﾀｲね・・・
研究者としてゲノムができるということは、「ゲノムの観点から生物現象を見据える」ことでしょう。
コロニーピッキングロボットの管理ができることではない。

719 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:10

それは日本語の使い方まちがってませんか？
「あなたはバイオインフォマティクスができますか？」
「はいわたしはコンピュータの観点から生物学を語れます（blastもfastaもGAも
つかえないけど）」
「あなたは分子生物学ができますか？」
「はいわたしは分子の観点から生物現象を見据えることができます(遺伝子構築は
できないけど）」
ハァってかんじ。痛いよ。イタすぎるよ。
公募情報の文言をかってに勘違いして、面接でおもいっきり恥ずかしい思いをした
ことない？

ただし　>>717　そんな人は普通のところには無用です。
それはその通り。

720 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:12

逆に学術的な所で頭も行動も固まっちまってるヤシが多過ぎるのも大問題だけどな（ｗ
純粋に研究だけやってられる（やってればいい）時代は確実に終わりを迎えつつあるのだ。

721 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:15

コロニーピッキングロボットの管理すらやったことのない奴にゲノムができるなんて
言わせねえ！ていうか、そりゃ本読んでお勉強したいかにも官僚的発想で研究者の
いうことじゃないっす。お前たんにゲノムってことば使いたいだけちゃうか？と
小一時間、、、、

722 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:18

>>719 >>720

若いね。テクニシャンとＰＩの素質には天と地ほどの開きがあるのよ。

723 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:18

>>719
普通のところってどこだよ。地方大の理学部生物とかには、そりゃ無用かもしれないけど。
でもどこかの地方自治体がその地区の名産品をローカルに強化するために
ネギのゲノムとか雪国まいたけのゲノムとかをはじめるともかぎらないよ？（ｗ

724 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:20

>>721
そういうあなたにこそ、ゲノムって何よ？と問いたい。
あなたのいっているのは配列決定以外の何者でもないのでは？

725 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:21

>>722
座学や作文能力やプレゼンだけでPIになんかなれないよ。
「ゲノムがわかる」ということは研究の中にfactory automationを
いかに実現するかという技術的実際と研究思想が密接に関わっている。
PCのまえでぐだぐだごたくならべてないで、現場に出ろよ。研究は
現場で進んでるんだよ（笑　

726 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:22

いまさら大規模配列決定技術だけでまともなＰＩにはなれないよ。
今シーケンシングセンターで働くスタッフのうち、どれだけが
ＰＩになれると思ってる？

まあ、そういうことが身に染みてわかっているだけにここで不満をぶちまけているんだろうが。

727 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:24

生物学屋にとって、現場とはフィールドや生データと接する体験等と思うが。
シーケンシング工場で何がわかるのか興味あるな。

728 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:24

>>721
ゲノムは配列決定にはじまり、配列解析に終わると思ってますが、何か？
すくなくとも他人のきめたゲノムの配列が公開されるのをまっているだけじゃ
「ゲノム」にはならないでしょう。これからはゲノムサイズの中程度のモデル
生物以外の生物の、小規模重点的比較ゲノムを自分のところで生データとること
じゃないのかな？あとポストゲノムにつながるけれども網羅的機能解析。

729 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:28

＞配列解析

実際のところ何をやっているの？
その目的が大事だと思うのだけれども。

730 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:30

>>726,727
本当にシーケンシングセンターの現場をみてそういうこといってるの？（ｗ
研究室にあるシーケンサーが単に大規模にあるだけ、という程度の認識しか
ないんだったら、その時点でもう21世紀の生物学からは落ちこぼれてるんじゃ
ない？
大規模配列決定技術「だけ」ではPIになれないかもしれないけれども、他人の
決めた配列にあとのりして、何ができるの？現場だってばかじゃないから、お
いしいところは全部なかまうちで分け合ってから情報公開するのさ。
特にちょっとマイナーな動物や植物ゲノム(産業的にはこちらもけっこうバカに
ならないし、欧米ベンチャーが狙ってる）
なんかこの板見てると、「現場はばか」「ウェットはテクニシャン」って頭から
決め付けてるけど、全然現実とあっていないよ？

731 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:33

あとゲノムワイドのメチル化ね（ｗ

732 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:35

>>722
時代の変革を見据えられない奴はそうしたセリフを吐くものです（ｗ

733 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:55

>>730

何か被害妄想があるようで。

大抵の研究者は、配列（および解析）だけで論文が出るとは思ってないのよ。
それを土台にして、自分のフィールドの研究を有利に進めようと思っているだけ。

それから、ウェット＝テクニシャン、という言い方を見て初めて気がついたんだけれども、
バイオインフォのスレでも頻出の「ウェット」のラボってシーケンシングセンターのことだったんですね。
私はてっきり細胞生物学や発生学のラボのことを行っていると思っていたので、やっと謎が解けました。

734 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 02:57

＞本当にシーケンシングセンターの現場をみてそういうこといってるの？

今まで見た中ではWhiteheadが一番印象的でしたね。
国内は・・・。

735 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 03:01

>>731
ヒストンのアセチル化・メチル化はゲノムからわかるの？

736 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 03:07

ところで、現状の機械の使用法に熟達したところで、
１０年後の機械を使うときには気持ちほどの役にも立たないことは覚悟している？

次にシーケンスする生物種が決まらない限りは仕事が無くなることも認識している？

なぜその生物のゲノムをシーケンスする必要があるのか、他分野の審査委員
を説得できない限り、予算は降りてこないのだよ。

それともＳＮＰを永遠に続ける？

737 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 03:10

ま、いっか。頑張ってね。（マジで）期待はしてるんだから。

738 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 10:47

バイオインフォマティクスと直接関係のない話題でスレを消費するな。

739 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 10:50

だからバイオインフォって何よ？
誰かちゃんと説明すれ（ｗ

740 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 10:52

>>739
だからその話題はもういいじゃん。しつこいよ。
それとも過去の書き込みも読めない新参者？

741 ：:：02/10/06 11:12

配列解読・解析関係。。だいぶ雰囲気が悪いみたいだから、若い人は気をつけたほうがいいよ。
機械に依存しつつあると思う人は、確率論や物理数学を勉強して幅広く論文を読んだ方がいいよ。
DNAや細胞操作が普及した今、１０年後役に立つのって　結局　数学　物理　化学の素養でしょう。　僕はそう思うけど。。

742 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 11:21

確率というか統計だよね｡
それと物理化学､数学｡
おいしいとこどりしてから公開といっても
数学的な頭のない人達ばかりだから
まだまだ栄養は残ってるんだよね｡
それをどうおいしく調理できるかがバイオインフォマなんじゃないの。

743 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 12:15

て言うか、もう完全にポストゲノムのフェーズに入っているわけだから
配列解析云々で議論してもあんまり意味無いと思うけど。
レベル低すぎ。　　　でも、2chだから仕方ないか。

それにしても、
>>741
>DNAや細胞操作が普及した今、
痛いなあ、痛すぎる。この言い方、表面的なことだけをなめている
情報系の学生の典型みたいな言い方だな。
「DNA」が「普及」・・・
まあ、言いたいことは遺伝子操作がルーチンとして確立していると言うことなんだろうけど、
「DNA」が「普及」じゃあ、何が言いたいのか全然分からないよ。

数学、物理、化学はもちろん必要だけど、
君の言い方ではあまりにも漠然としているから、
何故必要と思うか、具体的に言ってみたらどうかな。

ちなみに、確率論と物理数学という並列の仕方もピンと来ないんだけどね。
物理数学って、物理学科でよくある「現代物理学を議論するのに必須な
基本的手法としての数学の講義」のこと？
それで、なんで確率論と並列なのか、よく分からない。
違う意味で使っているのであれば、もっと適切な言葉を使った方がいいでしょう。

744 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 12:51

遺伝子の実体が何かわかってない時代に，遺伝子という概念が提唱されたことは画期的
なことだったと思うし，研究の進み方も変わったはず。じゃあ，それと同じく，ゲノムの概念
が提唱されたことで，何かが画期的に変わったのか，というところが実際には重要だと思う。
ゲノムゲノムと騒ぐのはいいけれども，全ＤＮＡ配列のことをゲノムといってるだけでは当然，
ゲノムのことは理解できないと思われ。

事典によれば，最初は一対の染色体の片方の一組をゲノムと呼んで，その後，生存に
必須の組をゲノムと呼んで倍数体の解析やゲノム分析の手法が発展したと書いてある。
木原のゲノム説というのが有名らしいが，これもまた1930年頃の話だから，ＤＮＡが遺伝
子の本体であることがわかる前の話。そういう時代の研究の進め方は今では考えられな
いけれども，逆に，ＤＮＡ配列がわかればなんでもわかるんだ，って思っている人には
勉強になるはず。

今，生物を勉強している人たちは，そういう遺伝学の歴史に関する素養がないし，遺伝子
操作なんてできてあたりまえって時代なので，そんなことまじめに考えてないから，ゲノム
というとすぐ，ＤＮＡ配列の話になったりしがちなのがすごく変。シャルガフの「ヘラクレイト
スの火」くらいは読め。（ＤＮＡさわってる人なら当然シャルガフは知ってるよね）

バイオインフォマティクスの話も同じ。そういう学問分野ができたことで何かものすごく
画期的なパラダイムの転換が起こったのかどうか。このスレを読んでると，生物と情報を
ひっつけたら何かいいことあるんじゃないかっていうだけの話のような気がする。

ゲノムもバイオインフォマティクスもまともに定義できないようなら，単に予算を取るための
方便じゃないか。そうはっきり言えばいい。

745 ：:：02/10/06 12:56

>743 面倒くさいからちゃんと書く気はしないが（w
というか、743にちゃんと説明しても分かってもらえないでしょうね。
確率論と物理数学という言葉を用いた理由は　それだけ物理の本質から現象を見ようとしているからです。（多変量解析などにはもう興味がないです。）
まあ論文のrefereeの評判はいいようだから、２ｃｈでどう思われようが構いませんが。　
また漠然としている方が良い場合もあります。　たとえば経路積分を知っていると
DNAの配列の進化の研究で役立ったりします。　これは例ですが、いつもこんなようなことを考えています。　僕はこれでもMDです。

746 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:01

>>745
某研究所の助手の方ですか？

747 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:04

>743
741じゃないけど、「普及」っていうのは誰でもできるようになったという意味だろ。
ここは２ちゃんなんだからわざわざ揚げ足とるのはｶｺﾜﾙｲﾖ。

748 ：747：02/10/06 13:06

>>745
＞たとえば経路積分を知っていると
＞DNAの配列の進化の研究で役立ったりします。

詳しい説明キボンヌ

749 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:09

＞機械に依存しつつあると思う人は、確率論や物理数学を勉強して幅広く論文を読んだ方がいいよ。
＞DNAや細胞操作が普及した今、１０年後役に立つのって　結局　数学　物理　化学の素養でしょう。　僕はそう思うけど。。

理論系をかじるならその通りだと思うけど、
現実には爆発的に増加する知識を以下にうまく取り込むかにかかっているんじゃないかな？
この先１０年２０年ではそういう傾向に変わりはないし、生物の体内で実際何が起こっているのかを
記述しないことには、その先の理解も進まないが現実だと思う。

要は、現象の発見が先にあってそれにレトロフィットさせるやり方は当分変わらないだろうということ。
そうでない方が望ましいとは思っているが現実は・・・

750 ：:：02/10/06 13:12

>746 違います　　としか言えない。。
>747 同感。省略して書いてあることを補って読んでほしい。　あと言葉使いが不自然なのは分かるが、僕はいつも分かりにくいことを言うらしい。（笑）

751 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:17

B農氏のMLで医者であることを実は嬉しそうに書いている
阿○氏か蒔○氏かなあ。前者の匂いがしないでもない（W

752 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:20

＞B農氏のML

なんでしょうか、それは。面白そうなので、できたら教えて下さいな。

753 ：:：02/10/06 13:21

>749 ほぼ同意。　情報をうまくとりこむには、しかし、解像度の向上による、
中立的な（どうでもよい）情報の爆発的増大に対抗する必要があり、システムの階層性を考慮したモデル　という　ある意味での先入観が必要ですので、僕としてはモデルをいろいろ考えようと思っているのです。

754 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:23

＞ある意味での先入観

良いことを言うね。最近これこそが研究者の命であってこれに尽きるのではないかとも思う・・・

755 ：:：02/10/06 13:40

>748 数理科学の６月号に　Kや氏・I村氏らの総説があり、また２ヶ月以内くらいに
私どもの論文もJMEに出ると思いますので。。　要はDNA配列の中立的変化は　近傍のDNA組成・配列などの影響下にあるということです。

756 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:46

それは従来の理解に対してどのようなインパクトがあることなのでしょうか？
良かったら簡単に解説して下さい。

757 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:50

>>745
>まあ論文のrefereeの評判はいいようだから、
どんな雑誌に投稿するんですか？

758 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 13:54

その系統でrefereeの質がある程度一定して良いと思われるのはＭＢＥかな？
ＪＭＥ、Geneticsは時々とんでもないはずれがある（怒
PNASは政治的だし。

759 ：７５８：02/10/06 13:57

いや、運ということもあるしこの発言はやっぱり撤回しておくよ。

760 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 14:13

>>758
ごめんなさい、MBEって知りません（Molecular Biology and Evolutionですか）。
JMEとかGeneticsは業界誌というイメージですね。
PNASは確かにレビューシステムが非常に政治的で
掲載論文も玉石混淆が甚だしい雑誌ではあります。

いきなりNature Geneticsとか行かなくも、
もっと中程度の一般誌でどのように評価されているのか、
知りたいところです。

761 ：:：02/10/06 14:43

僕もMBEのrefereeやることがありますが、JMEと少し守備範囲が違う感じもあります。
MBEは方法論でも、実際の進化の例での有用性を示す必要があります。JMEは方法だけでも良いですが方法の数学手法がかなり洗練されており　やはり最前線は大変です。
＞756 DNA配列がどのような方向で変化しやすいかを調べるため　点突然変異、挿入、欠失、DNA鎖slippage
など広く考慮した　数学的扱いに取り組んできました。　挿入などは　マイクロサテライトのように反復性があると
起こりやすくなりますが、進化の速いDNA配列には局所的反復性というクセがあるため、あるていど挿入がおこりやすい。こうしたことが、
急速な（初期の）遺伝子進化（免疫系など）で役立っているようです。

762 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 15:00

VNTRなどによる遺伝子構造の大幅な変化はトリプレットリピート爆発などの遺伝病で
良く知られていますね。こういう変化が進化に役だったという推論は９０年代にはいって
数多くなされていますが、これが実際に進化上役だったという例はあるのでしょうか。

763 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 15:18

進化ですか。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

764 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 15:49

ここから荒らしが行くこともないと思いますので、
どなたか配列解析・理論系の良いディスカッションができる
ＢＢＳ等ご存じありませんか？

765 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 15:50

無料掲示板http://gooo.jp

766 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 15:58

自分で立てろと。。

767 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 16:05

>>766
いや、これあちこちの板に同時に投げられた広告だよ。
しかし何という見事なタイミング（ｗ

768 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 17:53

OMICS Table
ttp://bioinfo.mbb.yale.edu/what-is-it/omes/omes.html

いかにも Gerstein らしい

769 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 21:30

荒れたかと思うと良スレっぽくなったりする辺りが、このスレが「4」
まで続いている理由だろうか。

>>764
ここでやろうよ。まあ、確かにDQN実験屋・DQN計算屋の両方が襲って
くることもあるけど…。

770 ：生物研究の基本：02/10/06 22:39

生物研究の基本って、データをとにかく集めまくってそこから法則を見出すことじゃないか？
とすれば、論理プログラムで流行りの帰納的方法（多くの特殊事例から一般法則を見出す）がいいと思う。
とすれば、その手段は多変量解析（特に数量化Ⅳ類）じゃないか。
固有値分解、特異値分解の計算プログラムさえあってそれを理解していればなんとかなる。
結構有用。

771 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/06 23:36

やってみたらわかるけど、多くの生物系データが計算機に
載らないようなものばかり。他人任せにすると、顕微鏡像
でも倍率がころころ変わったり回転してたり。定量性がな
いものばかり。
結局全部きっちり自分で作り出さなければならない。

遺伝子配列が出てきてようやくホッとした人は多かったに
違いない。でもまだ一筋縄ではいかないよね。

772 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 15:30

MBE, JME, Geneticsなどの2002のIF教えてください

773 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 16:31

2002なんて、まだ出る分けないだろ。
でも大体４－５くらいと思うけど。

774 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 17:47

２００１で
大体６弱、５弱、４強くらいだったような気がする

でもこの分野のＩＦを他分野と直接比較するのは難しいよ。
わかってると思うけど。

775 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 18:22

京大のMimitsukaさんは、能力あるの？

776 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 18:31

だれそれ？

777 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 18:38

”線虫”が医学生理学賞として評価されたわけで、画期的な決定かな。

778 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 18:39

ゴメン誤爆。でもまあここでも良いか。今年のノーベル賞ね。

779 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 19:02

萩谷とか森下とか、3流の学者が予算取るために、権威的にやっているようでは、東大の理学部なんぞ、ものにならんということですね。

780 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 19:05

だれそれ？

781 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 23:39

進化って、オタクな研究領域だよね。
実験的にはまずほとんど証明できないし、純粋思弁論的な学問のようなので
まあ業界内だけで引用しあっていればという感じです。

782 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 23:46

進化と分子進化は違う。分子進化は試験管内で実験的に実証できる。

783 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/07 23:55

藁藁

784 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/08 00:01

>>781以外
煽りは放置願います。

785 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/09 23:21

教えてあげてください、いろいろと。
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1034136443/l50

786 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/09 23:55

しかし、バイオインフォ関連なんかをのぞくと、HもＭも世界的に有名だけどな。
>>779は、きっと、SIGMODとか聞いたこともないんだろうな

787 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 03:00

業界内だけで評価が高くてもなぁ・・・

788 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 03:01

>>787
白川さんや田中さんも同じことを言われてたんだろうね。

789 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 09:06

この世界は井の中の蛙集団。
ま、ノーベル賞なんて夢また夢だね（ｗ

790 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 21:05

この分野はノーベル賞なぞ取れないから三流．

791 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 21:44

数学は三流らしい。

792 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 22:48

>>788
馬鹿言っちゃいけない。
白川さんや田中さんの名前を知らなくても、その応用技術の恩恵を受けている人は非常に多くいるのだ。

ところで、787は何のことを言っているんだ？

793 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 23:27

IFとかCNSとかノーベル賞とかしか基準にできないところが、逆に
日本人の生物学者の限界ではないかな、と。
田中さんの受賞が決まってすぐ、「その人CNS何報あるの？」とか書いてたバカもいたな。

>>791も書いてるけど、そんな基準を採用するのなら数学は「三流学問」
だし、環境工学とか情報工学なんかも非常に難しい。
日本人が強い分野なんだけどね。

794 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/10 23:37

正直、「業界内で評価が高い」というだけで十分ではないかと。
他分野の最先端の仕事を厳格に評価できる人なんてそういないんだから。

最先端どころか、カーボンナノチューブみたいな古い技術さえ
厳格に評価できない人の方が多いんじゃないかと思うが（もちろん他分野の専門家で）。

それとも、ただ有名になりたいだけ？

795 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 00:52

煽りにマジレスするのも何だが、本当にこの分野からノーベル賞が
出ないのだろうか、と考えてみた。
たぶん化学賞だって、設立当初はまさか計算化学で受賞するやつが出る
とは思われてなかっただろう。なのに「受賞者が出た」どころか、何人もが受賞している。

生物学が物理や化学のように「成熟（別に良い意味だけではない）」して、
結果の普遍化が今より重要になってきたら、「まさかの受賞」も
あるかもしれないのでは。まあ、それが何十年後か百年以上後かはわからないけど。
とりあえず目先の数年では難しい、というのはわかるが。

796 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 02:23

＞正直、「業界内で評価が高い」というだけで十分ではないかと。
それは説明責任を果たしていない。
とくに恩恵をこうむる技術を生み出したのならともかく、
学問のための学問、分野内だけでの評価のみをよりどころに
して自己満足に浸るのは、研究者の陥りやすい危険な兆候かと。

797 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 05:52

>>796
ﾉｰﾍﾞﾙ賞受賞前に白川さんや田中さんの成果の恩恵をどこでむけているか知っていましたか？

798 ：；：02/10/11 07:14

僕は田中の名前はしらなかったが、　質量分析のだれかがとるに違いないと
思っていた。何しろ、精製もしないで各タンパクの量がわかる！

799 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 07:28

>>796
どうかな。
じゃあ、素人に受けるE-cellみたいなのが理想的だと思う？
分野外での人気を追求するほうが危険だと思うよ。特に基礎研究では。
「何の役に立つのか」を追求するのなら、今度は木村さんみたいな仕事
が評価されないことになるしね。

あと、バイオインフォを「業界内だけ」というのもどうかな。
そういうこと言う人はBLASTとか使わないのだろうか。俺は使うんだが。

800 ：800？：02/10/11 07:35

800？

801 ：；：02/10/11 07:41

数年後　BLAST FASTA Needleman で化学賞というのは　ありうるぞ。

802 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 09:58

>798
???

803 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 10:03

３０年後、細胞シミュレーションがふつうに使われるようになったら、E-cellだってありうるぞ。

804 ：796：02/10/11 10:14

>>799 >>803
BLAST / FASTA のようにウェットのテクニシャンでも恩恵をこうむるような「技術」であれば
ノーベル賞受賞はありうるかもしれない、とマジにおもいます。
逆に言うとかりに素人にうけてもウェットのテクニシャンのひとが恩恵をこうむらないうちは
ノーベル賞受賞にはならないとおもいます。
30年後に細砲シミュレーションを「誰が」ふつうに使うような状況になっていると
想定しているのでしょうか?

805 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 12:33

>>803
荒れるからやめれ

806 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 16:10

>>796
プッ、２ちゃんで説明責任だって・・・(w

807 ：sage：02/10/11 17:05

BLAST､FASTA､needlemanでノーベル賞かぁ。
生物屋さんが仕組みを全く理解していないことがよく分かる意見だなぁ。

808 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 18:25

>>807
それはノーベル賞を過大評価しすぎでは？
極端な斬新さを追求する賞じゃないよ。BLASTみたいなタイプの技術が
受賞することのほうがむしろ多い。
そのぶん、バリバリの基礎研究は受賞しにくいね。

809 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 18:30

>>804
その論旨で行くと、ドライの研究者が恩恵を被らないようなウェットの
実験はクソ、ってことになるよ。
そんなこと公言するドライの研究者なんているかな？

810 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 18:30

結論として、仕組みを理解していないのは>>807の方って事だな（ｗ

811 ：796：02/10/11 19:48

>>809
くそかどうかはともかく、ドライのひとたちは自分が恩恵を被らない
ウェットの論文なんてそもそも読まないのではありませんか?
たとえばNature /Cell /Scienceあたりは読んでてあたりまえとして、EMBO,JBC,
MCBあたりのindexを毎号目を通していますか?
そのあたりのほとんどは、ウェットの人にとっても自分の分野には関
係の無い論文が毎号毎号ごろごろしてますし、読んでてももくそじゃないかと
思うことがあります。そういうなかで実際に恩恵をこうむるような論文が
あれば、当然評判になるでしょう。

812 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 21:09

>>809
なるほどね、非常に面白い視点ですね。
情報科学として研究するのであれば、それに貢献しないウェットの実験は意味がないと・・・
おれはウェット屋だけど、それ自体はいいんじゃないでしょうか
でもだったら、情報板とかでやって欲しいですな。
勿論、逆も真だけど。
要はどういう立場で研究しているかを明確にすれば、問題ないでしょう。

問題が起きるのは、ドライでもウェットでも例えばゲノム研究を創薬に活かすとか何とかいう
ミッションを掲げて予算を取っておきながら、その目的を忘れて自己満足に陥っている場合などかな。

813 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 22:20

なんとなく、結論としては「ドライもウェットも同じ」のような気がするぞ。
生物学関係者は（ドライの人もウェットの人も）境界線を引きたがりすぎなんじゃないかな？
物理や化学でも計算と実験の間にはそれなりにいろいろあるけど、
それでも生物に比べると障壁が小さいような気がする。まあ、それだけ
生物学が若い学問だ、ということだろうけど。

正直な感想として、「クソ（この表現はどうかと思うが）」な研究を
やってる人間の割合なんて、ドライもウェットも同じだと思うよ。
分けて考えるほうがどうかしてる。

814 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 22:43

>>809
ところでバイオインフォマティクスの研究に役に立たない(情報を提供しない)
ウェットの実験ってどういう実験なのでしょうか?
よほどの糞実験以外はなんらかのデータがでるはずなのですがね。
たかが配列決定ですら・・・

815 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 22:49

例えば、緑茶の成分が細胞の増殖やアポトーシスにどのくらい作用があるか？
という実験はどのように役立つかな？

816 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 23:45

アポトーシスをおこしている最中の細砲のシミュレーションを
検証するのにつかえないか?
緑茶の成分のうち生理活性物質が何種類、何mg入っているか
くらいの論文又はデータは既に公表されていると思われ。
いまは使えなくても将来使えるようにならないか?
あるいは緑茶の成分によってmRNA量のかわる細砲のデータが複数種類
DNAチップなどで得られていたとして、それとアポトーシスにおける
表現系の記述から、なんらかのデータマイニングはできないか?

ただしこの程度のことはバイオインフォと言うのもおこがましい、ただの
統計学だ、という意見には心から同意する。ウェット実験のデータを
まったく必要としないバイオインフォってなに?と小一時間問いたい。

あるいが「そのていどのことなら、細砲シミュレーションで実験するま
でもなく正確に予測できる」という時代になったら、確かに意味がな
くなるかもしれないな。

817 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 00:05

まだドライだのウェットだの言っているのか。
片方しか出来ない奴らが淘汰される時代はすぐそこだ。

何故、気付かない？

818 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 00:19

>>817
そう言うお前さんは両方出来るのかい？

819 ：817：02/10/12 00:47

>>818
最初の一歩は踏み出した。
perlってすごく便利だ。

820 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 01:15

Perl でやってる限り、情報科学には一歩も近づけない罠

821 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 01:18

そうだね。Rubyじゃなきゃね。あとJAVAかな。

822 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 01:47

言語の違いにとらわれて、何もできないワナ。
なんでもいいし、一個やれば、他のもOKよ。

823 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 01:50

Perl , c > JAVA > ............................ Ruby

824 ：生物の情報屋：02/10/12 02:01

実際、Perlが出来ればかなり潰しは効くよ。これはマジメな話。

825 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 02:03

どうしたら覚えられるの？
本屋には初心者には敷居の高いのばっかりで・・・

826 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 02:11

http://www.mahorex.com/cd-rom/programing/index.html

気になるんだけど、Webから申し込まなきゃいけないのがウザい。
Windows版とMac/Linux版という分け方も謎だ。

827 ：生物の情報屋：02/10/12 02:17

黄色い本の「独習Perl」は比較的敷居が低いと思う。
それを見ながらパソコン上で実際に動かしながら覚えるのが一番かな。
Win環境しか無くても、その上で動作するActivePerl（フリー）があるから、
インストールして動きを試す事が出来るよ。

828 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 02:29

つかっているのはMacです。
情報ありがとう。本屋で探してみます。

OSXのterminalとかを使えばいいですか？

829 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 03:05

>>826
いいんじゃないのかな。安いし。

830 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 09:40

>>828
いいんじゃないのかな。黒いし。

831 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 10:31

しかし、はじめて覚える言語がPerlなんてのは、本気でプログラミングやる気があるなら、絶対すすめられないけどね。
まぁ、便利な言語だから、使えるにこしたことはないし、けど、単なるシェルスクリプトが偉くなったようなだけの言語だからね。

832 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 10:49

>>832
いいんだよ、perlで。
どうせテキストデータ処理するだけだし。

Cなんかから始めていたら、やりたいことやる前に
力尽きるだろ。

833 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 11:01

>>831
そんなもんでしょ。俺みたいな年寄りはBASICから入っているやつが大半だし。

834 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 11:39

「何を覚えるか」じゃなくて「それを使って何をすべきか」なんだよね。
言語うんぬんで語ってる様ではまだまだだなと思う今日この頃。

835 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 12:20

言語の話は不毛になるだけだからやめれ

836 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 14:48

このスレの流れ
（１）バイオインフォマティクスとはなにか？　結論出ず
（２）ウェット対ドライの対決　水掛け論
（３）情報学ｖｓシミュレータ対決　E-CellとKO厨出て荒れる
（４）言語論争　不毛
（５）理研叩き　最近下火
こんなところでいいですか？

837 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 17:02

ｲｲ!

838 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 17:38

MDのまとはずれな自慢とかイイ!

839 ：；：02/10/12 17:49

MDって漏れのことだね（藁）

840 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 17:52

>>836
非常に的確だが、「理研叩き」とは懐かしい話題だな。
「4」になってからもあったっけ？

やっぱ、普通に各論の話をするのが一番有効なのはみんなわかってるんだよな。
なのにこういう流れになるのは、むしろこのスレに真面目な奴が多いということなのか。

841 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 20:34

理研叩き
やっぱおぼえている人がいるんだぁ。根強いファンがおおいんだよねこの板。

842 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 22:38

ところで、理研の給料ってどのくらい？

843 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 00:15

ウェットvsドライ論争もE-cellねたも飽きたよねえ。
やっぱ、そろそろ別個のねたで話したいよねえ。
なんかいいの無いかな。

844 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 00:44

>842
研究系としてはふつうくらいかも。
企業と比べたら 3～4割減くらいか。
一年契約でそんな給料では、まともな人が
集まるはずもなし。

845 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 02:30

システムバイオロジーは同ですか？

846 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 02:37

銀です

847 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 02:39

ギン？って？？

848 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 03:00

システムバイオロジーって具体的になにをするん？

849 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 03:02

生物をシステムとして捉える・・

850 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 03:04

だから銀？

851 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 03:52

>>849
まさにその通り。

システムバイオロジー＝生物をシステムとして捉える学問
こう聞いて、すぐさま二つの疑問がわくと思います。
Q1.「生物をシステムとして(矛盾なく)捉えることが可能なのか？」
Q2.「そもそもシステムとはなんなのか？」
現在のシステムバイオロジーは、きわめて巧妙な戦略でこの二つの疑問を
同時に回避しています、すなわち、
「生物を矛盾なくシステムとして捉えることが出来るように、あえて
システムとは何かの厳密な定義を設けず、動的に変化させながらパラダ
イムそのものの拡張をはかる」です。
ようするに、「自分は生物を捉えている」と思っている人が
「俺の捉えかたが俺的システムだ」と宣言すればそれでよいらしいのです。
なかなか危ない橋を渡っているような気がするのは私だけでしょうか？

852 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 10:52

システムバイオロジーについては別スレがたってたんじゃなかった？

853 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 11:09

>>853
一応、システム工学的な捉え方ってことじゃないの？
つまり、これまでの分子生物学は、単一分子、もしくは比較的少数の
分子についての挙動を解析しようとするものだったけれど、
システム工学的な捉え方では、多数因子が関わったとき、
全体としてどういう挙動を示すのかを知ろうとするもの。
その上でシミュレーションは非常に有効な手段になりうる。
もちろん、設計が悪ければまったく役に立たないが。

E-cellはシステム工学的観点からは、よく出来たシミュレータだと思う。
が、生物学的解析に向いているかどうかは疑問。
少なくとも生物やに使いやすい仕様じゃないし、試行の仮定やその結果は
生物学的な知識がないと解釈出来ない。知識とは無関係に問題点を指摘
できることが望ましいと思うんだがね。

北野本は、バイオインフォマティクスをもシステムバイオロジーの道具の
ひとつという位置付けにしているけれども、バイオインフォマティクスに
ついての定義的記述はほとんどしてない。「システム」という言葉によって、
関連する全てのものが全て配下にあるようなイメージを与えようとしてる
感じで、むしろハッタリかましすぎの印象を与える。

本人は、新しいパラダイム、のつもりかもしれないけれど、まったくそんな
ことはなくって、単に言葉を作っただけのこと。ま、役人騙すのには最適の
手法だね。いかにもICU卒ってかんじ。
ま、ほかの研究者もウマイ言葉で飾ることをもっと覚えなきゃ成らんという
ことかな。

854 ：；（MD）：02/10/13 12:07

おーいみんな！　漏れはE-Cellも好きだしスゴイと思うけど、もっともっと生物の問題に向かっていかないとｵﾓｼﾛｸﾅｲﾖｰ！
神経や免疫や進化や発生という問題に。。。　一発屋で終わらないように　みんなｶﾞﾝﾊﾞﾛう

855 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 16:45

煽りでなく教えて欲しいのだが､｢システム工学的にはよくできている」という判断はどの辺りを見るとなっとくできるのでしょうか？
なんて聞くと煽りと思われ荒らし厨扱いされるからどうでもいいや。

856 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 17:51

>>855

ﾊｹｰﾝ!

http://computer.org/intelligent/ex2002/x5064abs.htm

Computational Challenges in Cell Simulation: A Software Engineering Approach
Kouichi Takahashi, Katsuyuki Yugi, Kenta Hashimoto, Yohei Yamada, Christopher J.F. Pickett, Masaru Tomita
IEEE Intelligent Systems 17:5 pp. 64-71 (2002)

857 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 21:10

システムバイオロジーのスレ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

ちょっと話題に出る程度ならいいと思うけど、議論するなら専用スレを活用してくだされ。

858 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 23:49

それは「システムバイオロジー」と「バイオインフォマティクス」は別物、という
見識にもとづいてのことか？
しかし、システムバイオロジーに含まれている学問分野のほとんどは、バイオイ
ンフォマティクスの分野であるような気がするのだが、にもかかわらず専門スレに
隔離するのはなぜか？

859 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 23:54

E-Cell 厨房を隔離するため。

860 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 23:54

俺は現在３つの派閥があると思っている。
（１）システムバイオロジーはバイオインフォマティクスの部分集合に単に
洒落た名前をつけたに過ぎない、と考えている派
（２）バイオインフォマティクスこそシステムバイオロジーの素因をなす
部分集合であり、バイオインフォの大部分の技術はシステムバイオロジー
のために開発されているのであり、したがってシステムバイオロジースレで
もっと統合的な議論をすべき、と考えている派
（３）そもそもシステムバイオロジーは実体が無くことばの遊びなので、
専門のスレをたてるまでもない、と思っている派

俺は（３）であり隔離スレの意義をあまり感じない

861 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 23:55

>>858
system bioloyを隔離したいんじゃなくてE-Cellを隔離
したいわけだね。多分。

862 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 00:26

>>859
当のE-Cellの連中は、2ch禁止令が出てるからカキコんでないYO
でもあれだけ煽られても、一切反論しないところはある意味ｴﾗｲ

863 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 02:03

>>858, >>860はここまでの流れを読んでくれ。
賛成派E-cell厨（本当のKO生かどうかは不明。というか、たぶん違う）と
反対派E-cell厨（学があるように見えるだけに余計うざい）とが、隙あらば
E-cellの話ばかりしていたせい。それこそ、どんな話題が進んでいようとも。

なんとなく>>860には後者の匂いを感じなくもないので、もしその主張を
語り続けるつもりならシステムバイオロジーのスレに行ってくれ。

864 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 02:10

どの意見もしょぼい、ウェットvsドライだぁほんとになにいってんだ。
現在のウェットというには、手当たり次第の実験をショッカーのごとくやる。
ドライな人間は、生物を意識しないで勝手に文字遊び。

両方やろうとすれば、難しいよといって腰がひけてる研究者ばかり。
間をつなぐインフォマティクスをまずかんがえろつーの。

バイオインフォマティクスなんてなばかりだよー。

865 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 02:16

>>864
その台詞聞き飽きた。ちゃんとスレ全部嫁。

866 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 02:18

>>865
おまえくらい暇なら読んでる

867 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 10:14

↑ヒマだからココにカキコしてんじゃねーのか？
　アホをさらすな（ｗ

868 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 11:11

>>858

事実上E-CLL関連の話題をこのスレから隔離するため
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50
アンチもマンセーの議論もしたかったらこっちへ逝ってやってくれ

>>862
だが卒業生は嬉しそうに見ていたりするという罠

869 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 12:59

>>867
ばかかあほしかみないしな

870 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 00:10

分生の発表のタイトルでましたね
横浜で会いましょう

871 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 08:31

ﾏﾝﾁﾝﾛｳdeｲｲ!???

872 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 19:36

>871
ｵ､ﾓｴﾃﾏｽﾅｧ!!!

873 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 08:17

京大の化研の女子トイレで、SEXした。

874 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 00:27

誤爆？

875 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 00:41

>>874
にしても、すごい誤爆だが。
詳細ｷﾎﾞｰﾝ、とか言ってみるテスト。

876 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 19:56

DNAのハイブリダイゼーションのエネルギーを求める方法をご存知でしたら
教えてください。

877 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 22:48

Ｚｕｋｅｒに聞け

878 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 22:49

>>876
MDなんかはよく見るな。
Zukerって何？

879 ：878：02/10/18 22:55

ごめん、人名のZukerか。
寝ぼけてた。

880 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 23:12

rnafoldか

881 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 23:36

マジで何に金を使っていいのかわからんらしい。
政府に発言権のある経済学者が見てるぞ！

【経済】バイオ研究に２兆円投資－政府
http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1034554434/

政府はバイオ産業を自動車や情報産業に次ぐ中核産業に育成する「バイオ産業立国」の国家戦略の
概要を固めた。2006年度までに研究投資を現在の５倍の約2兆円に増額、日本が弱いバイオの基盤
技術と人材育成などに重点投資する。新薬審査などの規制緩和も進め国際競争力を持つ企業を育てる。
国内企業主導で2010年に25兆円と試算されるバイオ市場を育成、関連産業を含め新たに100万人の
雇用創出を目指す。引用元
http://www.nikkei.co.jp/news/main/20021014AT2GI002213102002.html
275 名前：名無しさん＠３周年投稿日：02/10/16 22:28 ID:rXeA5GOc
いまさら遅いと言ってる人に質問。
それでは今、何に金をつぎこむのが良いでしょうか？
278 名前：名無しさん＠３周年投稿日：02/10/16 22:33 ID:Y+SPKaPE
>>275
彼らは批判するしか能の無い口だけ人間なのでまともな答えは返ってきません（ｗ

882 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 23:59

これでユースケの所にまた金が転がり込むな。しめしめ（ｗ

883 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 07:48

またどれだけの金がムダになるのか・・・

884 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 10:01

脳のシミュレーションとか最近どうですか。

885 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 13:20

どうにもなってないよ

886 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 23:13

>>884

ああ、ＫＯＳＦＣＴ田研のE-Neuronが有名ですよね｡
この分野でもＴ研は権威です｡

887 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 21:07

シミュレーションネタはつまらんから、すべてシステムバイオロジーのスレでやって欲しい
特に分子動力学とか、すこしは物理学的バックグラウンドと信憑性がある分野ならともかく
「モデル立てました」ってだけのやつ（つまりシステムバイオロジーくずれ）はあっちいけ

888 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 21:25

脳の方がずっとまともだと思うが。
それに、E-Neuronが権威ってのはおおうそでしょ。

889 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 22:23

脳シミュってバイオ予算の中に入るのかな。
もうあの分野終了だったりして。

890 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 23:17

あのなあ、脳研究にいくらかねぶちこんでも
１０年後に飯が食えるようなネタなんてでてこないっつうの。
ましてやシュミレーションなんて、ただのオナニーだっつうの。
無駄、無駄。どぶに金すてるようなもんよ。
再生医学のほうが、まだましや。

891 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 00:21

「シミュレーション」という言葉が出た途端に過敏に反応するやつが
しつこく残っているな。
どうしても話したいのなら隔離スレに行ってくれ。

「シミュレーション」に過敏に反応するやつは（賛成・反対両方とも）
もう少しいろいろ勉強してくれ。このスレでもうんざりするほど
指摘されているが、特別話題にしたくなるほど奇抜な手法じゃないんだ。
>「モデル立てました」ってだけ
とか
> この分野でもＴ研は権威です。
とか、どっちも間違ってるよ。

892 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 00:23

>１０年後に飯が食えるようなネタ

それを言ってしまったら、生物学関係全滅だったりして…。

893 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 02:20

ttp://contenst.genome.ad.jp/
はどうすか？

894 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 13:39

というかひとつのネタで10年食おうとしている時点で、生物系としてはもう失格というかセンスのなさを露呈してるでしょ。進みの遅い分野でもやれば？って感じですね。植物とか？植生とか？ハゼの分類学とか？

895 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 02:36

もうおわりかな？このすれ。

896 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 07:26

>>894
他人と同じことやってるようじゃいつまでたってもソルジャー。
パラダイム作ろうYo!

897 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 11:58

結局、宮野さんはどうなのよ？

898 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 14:03

>>897
(・∀・) ｲｲ!

899 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/26 12:11

10年後食えるねたも考える必要があるし、一年後食えるねたも必要。
役にもたたない研究もしないと面白くないから必要だし、役にたつ研究も必要。
両方やってると、精神衛生上いいよ、やっぱり。
ただ、もちろんその分たいへんだけど。

900 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/26 12:18

１０年後食えるネタって･･･そりゃ、役人にハッタリかます、じゃなかった
国民に夢を与えるアイデアのことか？

901 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/26 14:25

>>900
実際そのとおり。
だってそういうのがないとでかい研究費とれないよ。
＠書類かきかき

902 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 00:37

このスレそろそろ話題つきてきたな

903 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 06:10

よく頑張ったとおもふ

904 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 09:11

結局どこへ逝けばバイオインフォができるんだ？

905 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 12:11

理研でも産総研でも東大でも慶應でもどこでも出来るでしょ？
そこに>>904がもぐりこめるかは知らんけど？

906 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 13:21

ウチにおいで。
分子生物の主要部分から情報科学、システム管理、プログラミングまで教えるよ。
ただし、実験はやらない。

907 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 13:33

どこ？

908 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 13:34

ココじゃちょっといえないｗ

909 ：主婦のサークルです。：02/10/27 13:46

ほんの少し刺激を求めてる主婦のサークルを作りました！
私たち主婦が楽しめる安全でちょっとトキメキのある出会を求めて
只今男性会員を募集中です!!　女性会員も募集(^○^)/"
http://f-cc.com/~tokimail/

910 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 14:57

>>906

KOSFCか・・・

911 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 15:36

>>906
横浜市大か？

912 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 16:01

いやkubic（京大化研）でしょう。

913 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 16:10

実験屋と共同してできるところはありませんか？

914 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 16:13

>>913

どこでも出来るでしょ？機関というよりはボスの判断によることが
多いけどね。

915 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/27 23:49

ここ逝ってヤレ

http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1034136443/l50

916 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/28 00:13

共同してくれる実験屋をまず探すのがいいよ。
分子生物にでかけて、ポスターで話すのがいいよ。

917 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/28 11:55

なんかシステム(ズ)･バイオロジーってここではほぼイコールで
シミュレーションに結び付けられてるみたいだけど、ちょっと違うような。

最近出たマイクロアレイのデータ解析の本読んでたら、まるごと一章システム
バイオロジーに割いてあったんで驚いた。かなり日本ローカルなもんだと
思っていたので･･･

曰く、システムバイオロジーは、生命を各レベルにおいてシステムとして
説明しようとする試みで、通常以下のようなプロセスを経る：

１．システム内のコンポーネントの列挙
２．その各コンポーネントに対し、一連の遺伝的操作や、環境の変化
を与え、マイクロアレイなどのハイスループットな手法を使い、全体としての
反応を見る。
３．それに基づいてモデルを構築し、検証可能な仮説を組み立てる。
で、２番に戻る。(そのシステム内に）新たなコンポーネントが発見された
場合は、１に戻る。

・・・と言う感じ。こうやって書いてみると、至極当たり前の地道な作業で、
｢シミュレーションだ！新しい世界だ！｣というのをここで聞くと、違和感を覚える
んですけど、皆さんはいかが･･･？

ちなみにこの本です：
http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0521800226/qid%3D1035773621/sr%3D11-1/ref%3Dsr%5F11%5F1/104-3523269-0070348

918 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/28 12:42

1.のコンポーネントの列挙の段階で組み合わせ爆発が起こるわけです。
今現在普通の常識を持ち合わせていれば意味があるとは思えないでしょう。

もし、「モデル」がブラックボックス的に入出力だけつじつまが合って
いればいいとするのなら、それは生物学実験（ウェット）と何ら変わりません。

・・・という点をきちんと論破したらやっと最初の一歩だね。

919 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/28 13:27

>>918
>1.のコンポーネントの列挙の段階で組み合わせ爆発が起こるわけです。
> 今現在普通の常識を持ち合わせていれば意味があるとは思えないでしょう。

これはごもっとも。
ただし、対象とするシステムは、物凄く小さなものから大きなものまでを
想定している様だから、必ずしもintractableだ、と言うことにはならない気もする。
しかしながら、現状では極めて限定的にしか用いることが出来ないのはその通り
だと思います。

あと、「コンポーネント列挙」自体は｢コンポーネントの組み合わせ論的手法による解析」
とイコールで結ばれるものではないから、ここでの入力数(＝コンポーネント数)
が問題全体の扱いやすさを絶対的に決定するファクターとも言い切れ無い気がする･･･

> もし、「モデル」がブラックボックス的に入出力だけつじつまが合って
> いればいいとするのなら、それは生物学実験（ウェット）と何ら変わりません。

というか、筆者はあくまでシステムバイオロジーはまず｢ウェットなもの｣ありきで、
現状のデータセットでなんかやろう、と言うのとは全く違ったスタンスのように読めます。
ウェットな実験から出たデータ解釈の新しいパラダイム(と言うか見方の転換？)、
と言う意味で捉えてる感じ。Regulatory networkのモデル化に結構ページ数割いてるけど、
きちんと最初に「複雑な分子間ネットワークを完全にモデル化するのは無理だし、
あくまでネットワーク全体の大まかな状態を知るため」であると断っているし。

つーか、最後の方に、
"We need many more good detaied models of modules, and entire databases of modules,
- both lengthy and painstaking tasks - in order to pierce through the evolutionary tinkering fog."
みたいな事書いてます。

実は著者に会ったことあるけど、物凄い切れる感じの人だった…

920 ：:(MD)：02/10/28 18:42

Baldiに会ったの？　HMMで有名だけど、neural network全般でも有名な人。　ところで
僕は素人だけど。。いろんなモデル、パラメーターが可能なとき、ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝで尤度求めたりしますか？

921 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/02 17:42

いいなー｡俺もBaldiタンとお話したい｡

922 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/04 10:35

名前から来るイメージで、Baldiは禿だと思っているわ・た・し

923 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/05 20:09

>もし、「モデル」がブラックボックス的に入出力だけつじつまが合って
>いればいいとするのなら、それは生物学実験（ウェット）と何ら変わりません。

今どきそんないいかげんなウェット実験じゃ、IF4以上の論文には通らんさ。

924 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/08 17:54

>>923 IF4と限定するあたりが泣けるなせめて10くらい言えよ

925 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/08 19:08

でも、バイオインフォじゃ、むりだよ。ＰＮＡＳじゃ、4ページしかないから書きたいこともかけないし。

926 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/08 23:39

だって、PNASは書きたいことを書く雑誌じゃないよ。
同じ分野のアメリカ人が書いているのを読むと普通ならもっと長く1ページくらい
書くべきところが3～4行だったりするからね。

927 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 04:47

第16回「日本IBM科学賞」受賞者決定

＜コンピューターサイエンス分野＞
・『細胞シミュレーションのパイオニア的研究』
　　冨田　勝（とみた　まさる）　　　　44歳
　　慶應義塾大学先端生命科学研究所　所長／環境情報学部　教授

928 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 09:39

ちなみに、はぎゃせんせい、つじいせんせい、等が昔もらってるぞ。＞ＩＢＭ科学賞
それはともかく４５歳以下だから、ぎりぎりだな。。

929 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 12:13

バイオインフォマティクスのジャーナルってＮＡＲ，ＪＭＢ，はそこそこＩＦ高いけど
Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｊ.Comput.Biol，Ｊ．Math. Biol, あたりになってくると、目も当てられない。
CNSなんて政治力ないとのらへんし、ＩＦで測るのは間違っているな。

生物系の論文書く人は、まだ、そちらの分野のに出せばいいから、ＩＦかせげるけど、
情報系に近い人は、ジャーナルよりカンファレンス重視（もともと、権威ある査読付カンファレンスで
extended abstractを出して、数年後、ゆっくりどこでもいいからfull paperを出す、というのが情報分野で
の論文の流れなわけで）だから、ＩＦを求められても、ハァ？とかしかいいようがないんだよねー

このあたりの評価方法もこの分野では考え直さなきゃならないんだよな。

930 ：:（MD）：02/11/10 15:42

全く同感です。物理化学、高分子化学系も　IF低いです。（分子細胞生物学に劣らず　研究が大変なのに）

931 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 16:10

IBM科学賞＝宴会の余興。
萩谷、富田程度の2流の大学教授が、学者面するな。
MITの教授にでもなってから、えらそうにしろ。

932 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 16:30

９３１は嫉妬しているだけなので放置しましょう。

933 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 17:11

しかし、賞金300万貰えるのはいいね。
あ、でも、某ビールＣＭの方がたくさん貰えただろうけど（ｗ

934 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 17:43

身内で賞をたらいまわしにしているだけだから、仮にも海外の日本人がすぐれた成果をあげても、それは受賞できない。
文学の芥川賞とかも、結局おなじこと。
日本でMITの教授とかになれるような情報系の学者っているの？

935 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 19:12

おいおい、上で名前が出てる、つじい先生がどこの先生だったか知っていってるのかよ>>934

936 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 19:15

しかし、ＭＩＴの教授だって、ぴんきりだよ。
俺の共同研究者はＭＩＴのいちおう教授だけどさぁ。
ＭＩＴにこだわってるけど、>>934とか>931が一人でもＭＩＴの先生と知り合いなんていないことに100ドイツマルク。

937 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/10 20:30

>>935

だから基本的には冴えない連中のねたみや嫉みなんだから
そういう人たちの不満の捌け口を無くしてはダメダメダメ

938 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/11 04:22

>>933
漏れはテレビを縦にしないとプレイできないスキーゲームの方が儲けたと思う。
NHKスぺシャルでは粘りの交渉を見せてましたから。

939 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/12 22:02

>>938

KO厨はまだここをのぞいていたのか｡

940 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/12 22:16

日本経済新聞：2002/11/12

慶大・日立など産学連携で仮想細胞研究

　情報技術（ＩＴ）と生命科学を融合、人間などの
細胞内で起きているさまざまな現象をまるごとコンピューター上で
再現して「バーチャル細胞」を生み出そうという産学連携プロジェクトが
今月スタートする。本物の細胞を詳しく調べる代わりに、バーチャル細胞を
使って生命現象やがんなどの病気の解明を目指す。日本のバイオ産業力強化に
つなげる狙いだ。
　慶応義塾大学先端生命科学研究所（山形県鶴岡市）の冨田勝所長が中心で、
日立製作所、日本ＩＢＭ、ＮＴＴデータ、三井情報開発などＩＴ、バイオ関連の
8社がメンバー。今後は製薬や食品会社などの参加も見込む。　細胞内では
アミノ酸や脂質、糖質など十数万以上の物質が絶えず増減し、反応などを繰り返している。
バーチャル細胞では生体内の反応をプログラム化し、コンピューターを動かして仮想的に
「生きている細胞」を作り出す。創薬や生命現象を解明する新しい手法として、日米欧で研究が盛んになっている。

941 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/12 22:32

冨田勲アゲ

942 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/15 21:35

くだらんな。

943 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/16 00:18

冨田さん、やり手だねえ。
いまでもアシでアレできるんだろうか

944 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/17 00:13

>>940
会社側は、単に大型機を売りたいだけorソフト開発代が欲しいだけ

945 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/17 00:22

みんな、公共データベースの管理どうしてる？
ミラーしてるでしょ？デイリーアップデートはやはりcronつかう？
2バージョンの交代制？
ディレクトリ構造の変化にはどうやって対応してる？

946 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/19 00:10

ぜんぶSEさんにお・ま・か・せ

947 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/19 12:46

優秀なSEがいていいなあ。いくら払ってんの？

948 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/19 16:33

とりあえず読んどけ
http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bigperlbio/

949 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/21 09:09

これに書いてある？？　気づかなかった、ありがとう。

950 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/21 14:08

北野プロジェクトって・・・

＞この一連の研究は、分子生物学の研究に、理論予測という側面を
強く加えることとなり、生命現象に対するより精密な理解を推進する
可能性を含んでいる。
また、この生命をシステムとして捉えるアプローチはシステム・デザインに
新たな道を拓くものと期待される。

経済理論に進化や遺伝の概念を取り入れて予測を可能にしよう、
という類のぶち上げとほとんど同じレベルに感じますが、こんなんで
本当に数年で結果が出るのですか？しかもどういう成果を上げるのか
全く明記されていない。
こんないい加減なプロジェクトに金を落とすなんて・・・

951 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/21 14:26

だから、夢を与えるのが彼の仕事なんだって。
実現可能性は問題じゃないんだよ。

ま、できたところで愛慕くらいなもんだ。

952 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/21 20:46

GD.pmのインストールがうまくいかないんですが、
うまくいった人、教えていただけませんか？

953 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 15:31

北野や富田は、萩谷、横山などの守旧派の牙城たる安田講堂の裏の住人よりも、数段感覚がまとも。
アメリカ人とも、前者は普通にコミュニケートできる。
後者は、講座制の伝統から抜けきれない、19世紀の産物で、税金の無駄使い。
フレンドリーな学科を作って、つまらない人生送るサラリーマン技術者養成して、おわり。
北野、富田の方が、まだ夢がある。

954 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 17:06

夢がある分け隔てなく付き合う、それは素晴らしい、
だけれども目標として見つめる場所が違いすぎないかい？

955 ：横○茂○：02/11/22 17:32

僕の一体どこが守旧派だと言い張るのですか？
僕のアイデアは革新的なものに満ち溢れているのですよ。

956 ：:MD：02/11/22 18:39

953は横山先生のことをよく知らないのでしょう。つねに時代に先行し新分野を開拓してきたことを。

957 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 19:02

しかし、富田、北野と比べられるとは、萩谷先生もかわいそうに。

958 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 21:07

富田さんはえらいと思うよ。
慶応のトップ騙して、いや説得してちゃんとキャンパス作って
実験系もいれ、情報系もいれ、とやるべきことをすすめてる。

悪口いうつもりはないけど、北野さんって何かやってる?

萩谷さんのことはよく知らん。

横山さんは、確かに金を取りすぎな面はあるけれど、
それなりに進んでいるような気がするんだけどなあ。
NMRパークをアメリカも遅れて真似してるっていうじゃん。
アメリカに真似をさせられるような日本人って、まだまだ少ないと思う。

959 ：:：02/11/22 21:16

北野さんはnatureにreview書いてます

960 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 22:25

システムバイオロジーについてでしょ？
あれって、中身があるようにおもえないのは、
才能のないものの僻みのせいだろうか?

961 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 22:38

研究の中身　　萩谷＞富田＞北野　　（ただし、分野はバイオインフォマティクスに限らない）
政治力　　富田＞＞北野＞＝萩谷
ファンの数　　北野＞富田＞萩谷

横山さんは知らない。しゃべったことはあるけど。。。

962 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 22:43

学会のたびに、学生つれて、観光ばっかりして、レセプションにしか顔を出さないDQNなKO大学教授はだめだろ。

963 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 23:15

学生、自腹らしいよ。　KOらしいね。

964 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/22 23:46

あまり話が続くようなら隔離スレへ。
頼むよ。

システムバイオロジーを教えてください
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1031844104/l50

965 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 08:22

>>962
富田先生をだめだというなら、日本にだめじゃない教授なんているのか。

昔、富田研の学生に混じって飲みに連れて行ってもらったことがあるけど、カルチャーショックをうけました。富田先生は全然威張らなくて、おもしろくて、他大学の学生にもとても優しくて、初対面でも友達みたいな人でした。
政治力はあるけど、でも決してお偉いさんに媚びたりせずに、大御所先生が相手であろうと、言いたいことはズバズバ言う。そんじょそこらの学生より気が若くて、柔軟で、行動力があって、夢がある。

うちにも一人でもいいからあんな先生がいてくれたらなあ、と思います。

966 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 09:37

ぷ、さすがＫＯ、先生の評価基準がサエてますネ。

967 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 09:44

ホント、有名な教授ってのは、いろいろ妬まれて大変だねえ。
本人達はまったく気にしてないだろうけど。

このスレで叩かれてる教授達はみんな全然まし。
ほんとにDQNな教授は話題にすら出てこない。
叩かれる頻度はその先生の偉さを表している。

オレもいつかは、嫉妬されて叩かれる人間になりたいﾃﾞｽ。

968 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 10:09

ここで叩かれているのは嫉まれているからではなくて、
ＫＯのＤＱＮ学生が前スレで暴れたからだろ

969 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 10:13

>>966
ちなみにわたし（965）は国立の人間です。

970 ：:MD：02/11/23 10:53

皆さんには、異分野間の比較が難しいことも知ってほしい。　僕は本スレで度々カキコしたものだが昔RNAやっていた。
とくに横山さんは、実際にモノを扱う生化での貢献が大きく（今でも）、その詳細を本スレの人は知らないようだ。

971 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 11:01

tRNAの塩基の修飾決めることは悪い仕事だとは言わないけど、同じ位の貢献をしている同世代の研究者は日本に100人はいるでしょ。

972 ：:MD：02/11/23 11:05

100人はいないでしょ。（笑）

973 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 11:10

じゃあ、30人
残りの29人と彼との違いはどこにあったのだろうか。

974 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/23 11:15

結局精力でしょう。その差がお金を引っ張ってこれるかどうかの違いです。

975 ：:MD：02/11/23 12:28

それから、若くして灯台生化の教授になるような人は学問の幅や相当の人望・気配りがあるということ。（それが想像できない人がいるとは。。驚き）

976 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/24 11:59

昔話題になり、文部省の役人が不機嫌になった、萩谷教官の女性問題は？

977 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/24 12:41

>>975
そういうことなの？
M澤さんの秘蔵っ子だったと云ふうわさも・・

978 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/24 13:06

M澤先生の強力なバックアップのたまものですよ。

979 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/25 23:18

次スレ

バイオインフォマティクスを教えてください 5
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1038233814/

980 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/29 00:06

>>956
おいおい、笑わせるなよ。
ディスタンスジオメトリーで構造を決める仕事が十分確立してから
研究ではなく作業として構造決定をしているだけだろ。

981 ：だからさ・・・：02/11/29 01:31

要は線形代数だよ。
対角化の意味だけよお～くつかんでればおっけー。
やる気あればだけどね