分子動力学

のSimをPCで出来ますか？

シミュレーションも並列の時代だよ。

>1

できる。河村先生のプログラムをどこかから貰うか、
自分でつくったら？　めんどい部分はいっぱいあるけど、
公開されているサブルーチンもいっぱいあるしね。

河村先生が出てくるという事は，
本職ですね．

＞4

実は.......いや、やめときます。

MDで公開されているサブルーチンは Allen のものが有名ですね
（書くの忘れていた）

最近はMD（分子動力学）は長期中断でＭＯでクラスター計算
やってます。遷移元素について、X-alpha とHF（BASIS TZV)で
安定な解を見ておいてＣＩ法で解くなんて極道な事をやっていたり
する。

MDについて教えて下さい。興味はあるのですがいまいち資料がありません。
まずは、MDのできた背景と、主にどんな材料を対象としているかです。
ほんとに初心者で申し訳ありません。できたらで結構です。

＞６
ここに書くことは海文堂から出ているいくつかの本を読めば自ずと
わかる事ですが、何も知らないということなので少し書いておきます。
詳細は「パソコン分子シミュレーション」（河村雄行）
「計算物理学と計算化学」（山本良一　他）　分子シミュレーション入門
（岡田勲　他）等を読んでください（上田先生の本の名前がわからない。
誰かフォローしといてね）


ＭＤのはじまりは今をさかのぼる事半世紀ほど前、ロスアラモス研究所
で Alder らが軍用のコンピュータ　MANIAC (ENIAC の親戚）を用いて
行ったのが最初です。目的は温度変化に伴なう構造相転移を計算上で
再現することでした。

その後の発展によって熱学的な諸現象を取り扱うのが現在の主目的となって
います。（界面の安定構造、溶融塩の構造、半導体プロセスへの応用等々）
少なくとも、材料開発をする上で合成を行なう前の予測に役立てられる
レベルまでにしたいのが本音。

対象にできる材料は多ければ多いほど良いのですが、遷移金属などはできません。
なぜかというと電子間の相互作用を２体ポテンシャルの和として解けないからです。
この原理的な限界を超える試みとして密度汎関数法を取り入れる試みがなされていますが、
さまざまな問題（電子―電子相互作用をどうするか、Ｋ空間上で解いている内にずれてくる
境界条件をどうするか）などがあり、まだまだ実用には時間がかかると見られています。

後は自分で調べてね（なんせ、俺、うらぎって分子軌道法やってるもんだからさ
最近のトレンドにちょっとうといのよ）

上田顕先生の本は，
“コンピュータシミュレーション”という題です．

また，フーバーも“分子動力学法入門”という本を書いています．
日本語です．

“Re7”中に出てくる遷移金属に対する有効な方法として，
近年発達した第一原理分子動力学法がありますが，
これに関する本を上田顕先生が書いているので，
近日中に発売されると思います．

こんな本気なレスって有りなの？

聞くだけ聞いていなくなっちゃたね。ちゃんと答えたのが
バカみたい。(＾＾；)

age

MDのプログラムはCで自分でつくれる。扱う系によってはパソコンで
十分に動く。たんぱく質のような大きな分子の内部運動まで扱ったら
できないかもしれないけど。MDなんて簡単、素朴じゃないの？

分子シミュレーションの世界で、甲賀という人知ってる？京大で博士取った
はずなんだけど？今３４くらいかな？化学系だけど。どうしているかな？
同期だったんだよねえ。

海文堂の「計算物理学と計算化学」は絶版です・・・

名無しさんとかゆーやつ一人で何レスしまくってんの？

>>14
そのネタはもう飽きた．

>>11
私はFORTRANです。

つーか、FORTRANでいくらでもソースが転がっているよねー

上田顕先生のコンピュータシミュレーションのP95の図5.15の点線で囲まれた領域の意味を教えてください．

GULPってしってますか？ポテンシャル求めるソフト。
知ってる人いたら、カキコください。

>>19
ありゃポテンシャル求めるソフトというよか汎用の格子力学パッケージ
↓公式サイトはココな
http://www.ch.ic.ac.uk/gale/Research/gulp.html

また聞き逃げ（−−；）

>>18
本持ってるけど、見るの面倒だから、どういう図か教えてくれたら回答する

自作していたころ、この本と同じにEwald法を表で求めようとしてたんだけど
まあ、表にするのとは関係無いだろうけどEwald法のところがいちばんひっかかった
あまりにできないから一次元バージョンから徐々に作ったけれど結局補誤差関数
をキッチリ計算したら完成した
というか今でもどう違っていたのかわからない

図5.15は２次元のソフトコア系をMD法でシミュレートして
固相と流動相が混在した状態における粒子の軌跡を示した図だそうで，
点線内の領域は「固相の秩序をもって動く粒子の領域」か，
「乱れた流動的動きを示す粒子の群」のどちらかのようです．
どちらでしょう？>>22さん

やっと書き込めるようになりました。ほんとうにごめんね。
学校のサーバーが調子悪くって・・・。怒ってないようなら
またＧＵＬＰについていろいろおしえていただけますか？

GULPってソフトの使い方を知ってる方いらっしゃったら教えてくださいな。

あぼーん

臨時別冊・数理科学 SGCライブラリ 10
　　　計算物理入門

　　　本体価格1381円　上田　顯著

http://www.saiensu.co.jp/magazine-htm/spsk-200109.htm

フリーの第一原理パッケージを教えろ

CAMP-ATAMI。
フリーじゃねえけど。そして電子状態理論の観点からは「第一原理」じゃないけど。
あれをなぜab initio MDと呼ぶのか謎。

保全

ご主人様、奥様が暴れていますよ。

学者の奥様いらっしゃいますか?
http://caramel.2ch.net/test/read.cgi/ms/1010708827/l50

ttp://www.esbooks.co.jp/bks.svl?start&CID=BKS503&shop_cd=1&qty=1&product_cd=30715988&pg_from=srh
これ程使い物にならない本はない。
参考文献写しただけのＤＱＮな内容。

http://www.aist.go.jp/RIODB/db033/index.html

ポテンシャル関数データベース
ちょっと感動した。
でも結局文献を紹介してくれるだけなのね。

あぼーん

保守。

凝集系の密度汎関数計算ですが、
少なくとも、結晶性高分子に適用した場合、Van der Waals力
がきちんと考慮されていないために計算結果が曖昧になるとききました。
以前、ポリエチレンの結晶中での分子鎖がMD計算では過剰であり、
密度汎関数計算のような分子軌道法を用いるべきであると
主張する発表があり、この考え方はある程度、受け入れられて
いるようですが、始めに書いたように曖昧な密度汎関数計算は
MD計算を批判できる立場なんでしょうか？疑問です。

>>36
ごめん、よくわからないんだけど
> ポリエチレンの結晶中での分子鎖がMD計算では過剰であり、
って、何が過剰？　van der Waals力？

あと、DFTには明示的なvan der Waals項みたいなものはないんだけど、
効果としてそういう力の考慮が足りない、ってこと？（それはいかにもありそうだが）

なお、密度汎関数法は分子軌道法ではない、というのと、そもそも
密度汎関数計算とMD計算は対立する概念ではない（DFTでかつMDという
計算もある）、というのは一応指摘しておこう。

↑ながながと内容のない書きこみだね。マジで頭悪そう

>>38
いや、>>36の主旨がつかみきれなかったので質問しただけなのだが。
気を悪くしたのなら失礼。

>>37,39
私は38ではありません。
36で書き込みしたことは説明不足でした。
MDの過剰評価というのは分子鎖の運動性が過剰評価しているということです。
密度汎関数計算（DFT）のように量子計算をちゃんとするとそこまで運動性はないということです。
たしかに分子軌道法とDFTは違うとは思いますが、同じ量子計算という意味で文章を書いてしましました。
でも、MDは古典力学の手法であり、DFTは量子計算であることを考えると、全くアプローチがことなり、
ある意味、対立している概念ではないでしょうか？

ある原子配置近傍のポテンシャル面(この評価はDFTでもよし、
実測値でも良い)を、適当な解析関数を用い、パラメータを選んで
再現するようにしたものが古典ＭＤ。
パラメータを決めた安定配置の近傍から外れると、
古典ＭＤの信頼性は、大きく落ちる可能性が大。

分子動力学スレで、どうして教科書にも書いてあることを語るの？

>>42
DFTの原理は数式で長々とかいているけど実際に使って
計算等、行ったことがないので質問している。
教科書に書いていることを知っているひとは42みたいなこと言うけど
別にいいじゃん。わかんないこと手軽にかきこんでも。
だいたい、専門外やし、ちょっと質問したって問題ないやろ。

いやあ、こんな板のこんなスレに煽りが2つも付くなんてすごいなあ。
みんな煽りに耐性が無いから相手をしてしまう、というのもシム板らしい
真面目さが伝わってよろしいですな。

一般的には煽りは放置ね。
とレスしている段階で俺も同類か。

優れて学際的な分野で，スタンダードな教科書を知ることすらある意味
難しいのですから，あんまり喧嘩しないでﾏﾀｰﾘ行きませうよ

（＾＾）

昔話だが・・・

Tersoffポテンシャル使ってSi結晶の(100)面構成できたﾔｼいる？

衝撃による大規模な塑性破壊挙動を調べるためにどうしても
(100)面側の周期的境界条件オフらざるを得なかったんだけど、
アニーリング（初期緩和）の段階でメロメロと表面から崩壊
していったんだよねぇ。150フェムト秒ぐらいで。

割と文献ではよくみるスタンダードなモデルだったのに。
アニーリング手法にワザでもあったんだろか。

シミュレーティッドアニーリングの方法について、詳しく説明された
教科書、参考書を推薦してください。エネルギーの複雑な関数の
最小化をしなければならないんです。

＞衝撃による大規模な塑性破壊挙動

時間スケールがちがいすぎるから、徒労に終わるような気が・・・

タンパク質の立体構造を計算するのってむずかしいんすか？学部でできますか？

あぼーん

>>50
立体構造の何を計算するかによるなあ。
このスレに書いてあるということは動的性質か？

どちらにせよ、操作するだけなら学部でもできるよ。

>52
立体構造予測とやらをやりたいんですけど。

あぼーん

あぼーん

あぼーん

あぼーん

んなんがけー

あぼーん

>>53
分子運動に興味がないなら分子軌道法。

というより、単なる構造予測ならMDは必須ではない。

分子軌道法でタンパク質の構造予測は難しいと思うぞ。挑戦的なテーマではあるが。

あぼーん

あぼーん

カーパリネロ法が入っている市販のソフト何かないでしょうか？

あぼーん

分子動力学法のプログラミングって、そんなに難しくはないのでは？
公開されてるソースコード参考にして、自作するのが一番安上がり。

あぼーん

>>49
おおおお。レスがついてる。

確かにそうなんだけど、座標スケールもオングストロームなわけだから、
粘れば（ぶつかるほうの速度を落とせば）秒速50m/secぐらいまでは
落とせるんだよね。

何とか音速以下ちうことで大目に見てた。

あぼーん

あぼーん

座標スケールがオングストロームって、、
STMの針みたいなので衝撃破壊を与えるのか。。

生かせる職業はあるかね？

土方業

あぼーん

（＾＾）

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

実際に分子動力学シミュレーションを使った結果で利益を生み出してる会社とかってある？

あぼーん

某MD計算ソフトウェアで温度計算が狂うバグを発見しますた！
おかげで前やった仕事のデータが無意味になっちゃったよ・・・。･ﾟ･(ﾉД`)･ﾟ･｡

>>80
まさか、CeriusとかInsightとかじゃないだろうね？

>80
損害賠償すべし．

>>81
>まさか、CeriusとかInsightとかじゃないだろうね？

それじゃないから安心してくだしゃい

保守

大阪でやってた材料学会のＭＤ講座逝ってみたYO
阪大の澁谷先生の話はなかなかわかりやすかった。
どっちかというと、「ＭＤの布教活動」って感じだったかな。

ｃ言語で二体分布関数のプログラムを動径分布関数にするにはどうしたらいいのでしょうか？

最近は粒子数どのくらいが普通なの？

１００万円くらいのシステムなら水分子４−６０００個くらいか？タンパクのns以上の挙動みるならもっと速いシステム必要？

炭素数20くらいのパラフィン油をMDシミュレーションするのは初心者の修士レベルでは難しいですか？

HyperChemで終了。

http://jbbs.shitaraba.com/computer/9813/hilite.html

linuxに慣れていればいろいろ。。クラスタもできるし。　Amber,Gromacs..も

Amberなんて本気で使ってるのかｗ

>>1
スパコン使っても、追いつかないんじゃないかなぁ

え？　Amberってだめなの？　論文にでてくるじゃーん

Timker

質問：
ＭＤって何をやってるの。何がわかるの？化学反応じゃないの？

ダイイチゲンリ分子動力学でDNAのシミュレーションしますた。
５００ｍｓで複製のプロセスを再現できますた。

>>97
今話題に挙がっているのは古典なので、反応はわからず。
動的挙動を見たり自由エネルギーを出したり構造の精密化に使ったり。

>>98
突っ込んで欲しいのか。
しかし俺としては>>96の綴りのほうに突っ込みたい。

たしか、Thimkerだったな。

デスクトップ広告って知ってます？
特にパソコンを長時間使用する方は必見です。
http://k.excite.co.jp/hp/u/mufufu-21/?yid=mufufu-21&ssl=4YI7OA10OHTCC7N2PM30

どうやって５００ｍｓもやるの？　　　　しろうとのぎもん

>>103
ボケてるんだよ。
「第一原理分子動力学でDNA」もそう。
「できるか！」ってツッコんで欲しいんだよ。

すごい助かりました　別分野にいたので語彙が。。

>>98
いわゆる「１０年早い」ってヤツだな。

このスレすすまねぇなぁ。

誰か単体AsとかSbとかBiといった�X族の原子間ポテンシャル
に使えそうな関数形知らない？

やけにあぼーんが多いスレだな。

産総研の古明地さんが作った国産MD　Peach　を忘れるでないぞよ。
FMO-MDも出来るすぐれものぞよ。並列計算機がたぷーりあるとこじゃないと意味ない
けど。

開発メインの人にとって、
ソースのいじりやすさではTinkerとPeachだと思う。フリーだしね。

力場が充実している点とかはやはりTinkerに軍配。

速度考えたらでも、Gromacsかな？

つか、CP-MDが入っているのって、フリーではないのかな？

生体膜ならGromacs....

CP-MDがカーパリネロのMDという意味だったら、
ハイフン取っただけの、CPMDってフリーであるでしょ。
登録はしないといけないみたいだけど。

>>112
そうなんすね。情報提供どもっす。

生体膜のCP-MDって、パソコンでできるの？

>>114
ボケてるのかマジなのかわからん。

いや、ボケだろう。生体膜なんて、古典MDでさえはふはふなのに、
力場使わんで、第一原理でやっちゃうんだからとマジなレスをする。

>>116
いや、つっこんで欲しくて書いたのか、マジでわかってないのかが
わからんなあ、と思って。
>>98で似たようなボケがあるのに、もしボケてるんだとしたら寒いなあ、と。

AM1とかをベースにした半経験的MOMDのソフトはないですかねぇ？

第一原理には劣るけどTight-Bindingを実装したプログラムでフリー（できればオープンソース）ないのかな？
アメリカ軍のTBプログラムは登録すれば使わせてもらえるのかもしれない。
日本の原子力系でTBはO(n^3)だけどMPIで並列計算させると十分にプロセッサ数が多ければO(n^2)ですむんだ
とかいうホワイトペーパーを読んだ事あるけど、多分公開してないんだろうなぁ

第一原理はうちの計算機だと能力不足なんだよ
科研費が受かってクラスタ買えますように(´Д｀;)
いざとなったら私費でクラスタ構築しないと学位取れないかも・・・

Tight-Bindingってヒュッケルベースでしたっけ？
CPはDFTだし、半経験的なMO-MDってなかなかないよね。

そういえば、こういうのって、FMMなんかの二電子積分
近似法ってデフォで入っているのかな？近似あると
単体マシンでも結構計算速度が速くなるが。並列かませる
ともっと向上！

量子化学計算用のgaussianにはデフォで入ってますがねぇ。
Peachにはツリー法が。

>>120
純粋な半経験ではないけど、QM/MDならAM1があったような。

現在、灯台や鏡台や岡崎生理研などの大型計算機ｾﾝﾀｰというのはどのような混み具合なのでしょうか？
順番待ちでなかなか使えないのでしょうか？
（なぜこんなことを訊くかというと、
貧乏な私としては自作ｸﾗｽﾀに頼るしかないのですが、
金持ちの研究室では専ら大型機で研究しているのか、
研究室もちのｸﾗｽﾀでの計算が主体なのかが参考までに知りたいです。）

量子化学計算の研究室などでは、
研究室のクラスターでの計算主体のようですよ。

ﾚｽ助かりました
自分のしていることが無意味ではないとﾜｶﾀ。

>124
FYI.
ttp://www.hpc.co.jp/

半導体の強度解析したいんですが、なにかお勧めの方法やソフトありますか？
なにぶん初心者なもので

>126
SiやGe単体ならStillinger-Weaver（場合によりTersoff）で古典MDで対応できるけど
InGaとかTiOとか2種類以上だと量子力学MDの必要があるかな。

タイトバインディングってどういう意味?

つーか、Amberって使い方なれるまで時間かかるなー
マニュアル読むの疲れてきたよ・・・
だれかAmber使ってる人いませんか？
いたらAmberスレたてんぞ！

使い方ではTinkerが一番簡単だと思う。
ふつーなMDだったら、別にdynamic.xだけで
済むし。
ただだし、プログラム改造も容易。

GUIないし遅いけどね。

AMBERってGUIとか以外特徴あるの？

AMBERはメインがCUIだよ。
まあXleapとか使うならGUIともいえるけど。
おれ使ってるときはALLコマンド。
特徴は・・・なんだろうなぁ　他の使ったことないからわからん。
勉強不足。。。

Tinkerって、信頼性は高いんですか？
学会とかでよく使われてるんだろうか？

Winmasphys、Chem3D、Hyperchem、Tinkerの中で
一番オススメはソフトを教えてください。

hyperchem つかってるけど同時に一台のｐｃでしか動かせない。でも便利
他はしらない

>>131
AMBERはプログラム自体よりは力場が有名だねえ。
プログラムはさすがにTINKERあたりよりは高性能だとは思うけど
（というかTINKERにどんな機能があるか把握していない）、正直
NAMDで十分かも、という気もする。

漏れとしてはAMBERスレよりもTINKERスレのほうが欲しいよ。
マニュアルの分かりにくさはTINKERの方が上だと思う。
無料だから仕方ないとはいえ、TINKER関連の日本語文書でもあれば
いいんだけどね。本にちょろっと書いてあるようなのしか見たことないし。

Hyperchemだと、
計算法メニュー（MM、半経験的（基底関数選択）、ab initio、DFT）・・・と、
計算目的メニュー（構造最適化、分子動力学、モンテカルロ・・・）とが分割されています。

これって両者の組み合わせで、
MM-MD, 半経験的MO-MD、ab initio-MD、DFT-MD、DFT-モンテカルロとかが任意にできる
ということなのですか？

T市ねＴ市ねＴ死ね

>136
どうした 学生か?

チンコの中の精子の流れはポアズイユ流れだから、
出る具合は精子の粘性によるだろう。

分子動力学で解く問題なのか？

健康な男子だとN=3億匹だから、現在の計算機の性能では計算無理だろ

格子ボルツマンなら大丈夫だ。

流体の方程式でとけよ。粘性とかは。ナビエストークスとかで。

＜＜　【緊急】避難しつつ東海原発浜岡の停止に参加・友人に広めデモ参加お願いします　＞＞
チェルノブイリと同様に偏西風に乗って、七月頃中部地区関東地区に核の雨が拡散、風向き次第では関西地区に拡散、何千万人が癌に侵されてしまいます。

●陳情詳細は２チャンネル臨時地震板のトップ・・【東海】原発浜岡なんとかスレ【地震】・・参照して下さい。
　トップリンクには・・とめよう裁判の会（訴訟団募集のお知らせ）で訴訟団加入申しこみお願いします
Ｎ０.　８８には・・メ−ルで国内・外のマスコミにメ−ル攻勢
　ＮＯ．１０３には・・メディア偏向報道への怒りメ−ル攻勢
　ＮＯ．１３４には・・デモ参加（至急募集）

原告団・メ−ル攻勢・デモにならないと国会も動きません。原告団は３００名余、メ−ル数も不足、デモ予定もない
●中国ＯＤＡよりも地方へ企業誘致の税源移譲、全国の津波防波堤や原発、石油コンビナ−トも危険整備すべき問題点でメ−ル等に入れてください。
●七月東南海地震、５月か９月関東大震災（火災旋風で首都消滅）ＮＯ，３５参照、安全圏に避難しつつ攻勢もかけてください。　
詳細は世界の地震学者・各新聞社共同制作本　ニュ−トン「せまりくる巨大地震」ご一読を
●ニュ−トンで全国の活断層・過去の２次被害状況把握できます
★日本人の平和・安全・人権・財産・領土を脅かし、他国援助重視の日本政府に断固反対！！
　韓国＞＞＞日本亡国！　２チャン廃止追い込む日本政府に反対！！

MD専用機ってどうなの？

>144
個別が48bit精度でまとめるのが64bit精度で精度が全然足らない
ボードの値段がやたら高い上に対応してるポテンシャルの数が少ないので汎用性が無い
一部のプログラムしか使えないorプログラムの書き直しの手間がかかる
そんなのにまわす金があったらクラスタのノード足した方がいいと思う。

でも、それほど精度が必要なかったり、ボードに対応したプログラムを使うというのであれば
（生体分子用第一原理でアミノ酸の構造解析とかか？）
計算速度が大幅にアップ→原子数多くても大丈夫or短時間に計算完了
なので導入する価値はあると思う。

そのボードに対応してるプログラムで何ができるか、やりたいことができるのかが重要な要素かと

>144
そういえば理研が６４ノードのMDボード（ボード数は合計20)付けたP4クラスタ導入したよな？
（処理能力は1.2Tflopsらしい）
ぜひとも使い勝手はどうよ　と聞いてみたい
現実的な時間で扱える原子数とか気になるんだが・・・

共同研究じゃないと使わせてもらえないんだろうなと思いつつalphaでシコシコやっとります。
今回こそ科研費を(´Д｀;)

Grape系とMD-Engine系があるみたいですが、やたらとマイナーな領域ですね。

　　　　　　　　　　　　　　　　..ilili,
　　　　　　　　　　　　　　　　.illllllli,
　　　　　　　　　　　　　　　.illllllllllllli
　　　　　　　　　　　　　　.illllllllllllllllllli,
　　　　　　　　　　　　　..illllllllllllllllllllllli,
　　　　　　　　　　　　　.illlllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　　　　　　.illllllllllllllllllllllllllllllli,
　　　　　　　　　　　.lllllllllllllllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　　　　　lllllllllllllllllllllllllllllllllllllllli,
　　　　　　　　　　.llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　　　　.illlllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　　　..,llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllli,
　　　　　　　　..,illllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　　.lllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllli,
　　　　　　　　llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll
　　　　　　　.,illllllllllllllllllllllllllllllll!!!!llllllllllllllllllllllll
　　　　　　..,illllllllllllll!!!!!!!!!i丶.○.丶!!!!!!!!lllllllll
　　　　　　,illllllllllllll..　　,,,,,,,,,..~.||~　,,,,,,,_　.lllllll
　　　　　..,illllllllllllll...lﾞ!!llllllllllll!!ﾞﾞll｀ﾞ!!!lllllllll!ﾞlllllllll
　　　　　.,illlllllllllllllli　（　(ﾞ”　　.l　　ﾞﾞ（.ヾ.illlllllll
　　　　..,illllllllllllllllllllli丿丿　　　|　　　ゝヾilllllllllll
　　　　.,illllllllllllllllllllllllii　）　　　.|　　　(　iilllllllllllli,　　　　　ｱﾋｬ
　　　.,illllllllllllllllllllllllllllllllii　　_.=≡=._　..llllllllllllllllll
　　　.llllllllllllllllllllllllllllllllllllii,~　　　　　~iiilllllllllllllllllli,
　　　.llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllliii,,,,,,,,,,,,,,iillllllllllllllllllllllllli,
　　　.llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll

分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/molcaltop.shtml

質問なんですが、１０億個の原子の相互作用を10TFlopsの計算機で計算すると、何時間かかりますか？

Ｎ個の粒子の粒子間相互作用は、（１／２）Ｎ（Ｎ−１）個
個々の相互作用をab initioで計算すると、１億時間ぐらいじゃないっすか？

>>150
クーロン力のような単純な長距離力だと仮定し、孤立系だとすると
１ペア間の力の計算には距離の計算と1/rの計算の２つの浮動小数点演算が含まれる。
N粒子ある場合のペア数は>>151の通りだから全相互作用の計算量は

N*(N-1)

になるなので、N=10**9だと10TFlopsマシンによる全計算時間は

t=10**18/10**13 [sec] = 10**5 [sec]

で大体２7.7時間になる。しかし、10億個の3次元座標を倍制度で記憶すると
22Gbyteくらいになるから、当然キャッシュには入りきらず計算時間はもっとかかる。
さらに重要なのは、これが１ステップにかかる時間だということだ。

間違ってたらｽﾏｿ

１６億円の税金を投入したOCTAってどうなんですか？使えます？

http://ocja.jp

リンク間違ってた。正しくは

http://octa.jp

ところで温度制御は何でおこなってる？やはりNose-Hoover？

>>155
昔ながらの速度スケーリングだよぉ

>>155
同じく速度スケーリング
今作ってるプログラムは速度スケーリング、ガウスの最小束縛原理、ノセ-フーバーの三種を実装予定。
とりあえず速度スケーリングを最初に実装して残り二つは予定は未定になりそうｗ
NVTよりも数百万step実行するとNVEが成り立たなくなってくるのをなんとかしたい。
Velocity-VerletではなくGearみたいな高精度時間積分にすれば対応できるのだろうか？
それとも強制的にエネルギーを一定にする方法（例えばトータルエネルギーが減少してきたら温度を上げてトータルは一定にするとか）はあるの？
基本的にＮＶＥは温度制御を行わなければ保証されてるんだけど演算の誤差の積み重ねとかの影響があるようなので誰かヒントください。

>>156>>157
なるほど、速度スケーリングですか。ありがとうございます。
ところで能勢の場合、系の温度のムラが出来るときがあるが
速度スケーリングだとでなかったりするのかな？

でも、速度スケーリングだと、他の束縛条件がある場合、同時に使えなくない？

>>159
他の束縛条件ってどんなの？
部分ごとに別の温度という制御も可能なので速度スケーリングは一番扱いやすい方法だと思うけど。
（逆を言えば一番うそ臭い方法ｗ）

>>158
速度スケーリングも基本的にその系にある原子の運動エネルギーの総和が
目標の温度の場合の運動エネルギーの総和と一致するように各原子の速度を
かけて調節してるだけなので原子ごとに速度のむらはでますよ。
それぞれの方法に長所と欠点があるので使い分けるのが一番なんでしょうけどね。

>>160
速度が入ってくるような拘束法（日立の人がやってるようなの）を一緒に使うと
両方とも速度を変更するので、どっちかが成り立たなくなるんじゃないかと

分子動力学を学ぶのにお勧めの本ってどれでしょうか？

http://www.altulster.co.uk/841-930-824-0.html
俺はこれで育ったかな。新しい物も出てるらしいが。

リンクおかしかった
コンピュータシミュレーション 上田 顕
でぐぐってくれ

GRAPEを使えば、分子動力学はもうゲーム感覚ですよ。
計算機もPC程度で充分だし。

>>166
でもGレイプに投資した金を回収できるほどの結果は出ない罠。Gレイプは高いおもちゃ or 嗜好品 or ｳﾞｧｶの道楽。

>>159
今レスしてもしょうがないかも知れないけど、例えばAndersenの方法と組み合わせるとしたら、
束縛法の方で目標値に来たらその次にしばらく速度スケーリングをかけるというのを繰り返して
最終目標温度、圧力にするしかないのでは。
速度スケーリングを使っているので一定温度、圧力になるまでの過程は理論的基盤が無いと言うか
ここから動的過程を解釈するときには慎重に考察しなければ駄目だよね。

名無し子さん＠アテネ ：04/08/28 02:22 ID:3rm7DYpC
　 　/ー'i　iｰ-'i　　　　　 /ｰ─----─t　 ;ｰ-'7 ;ｰ-'7
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＞136 ：名無しさん＠３周年 ：04/03/04 22:05
＞T市ねＴ市ねＴ死ね
＞137 ：名無しさん＠３周年 ：04/03/05 16:09
＞>136
＞どうした 学生か?
これでおもいだすＴって
隆文？

カーパリネロってオープンソースだと聞いたんですが、どこのサイトに行けばＤＬできます？

>>171
熱海か？
まだダウンロードできるのかなあ。

ABINITの第一原理MDってどうよ？
ものすごい勢いで更新されてるしGNUだし
ABINITにはちょっと期待してるんだが

やっぱりまだ使い物になるレベルじゃないんかなぁ・・・

誰かamber8について詳しい人いますか？

>>172
SCCJのJCPE 登録プログラム（No.089)からまだいけると思うが。
ttp://www.sccj.net/index.htm

でも古くないか？
もう開発もされてないみたいだし。

どうやら開発者が皆それぞれ異なる
組織・企業に所属していたらしいので、
開発を進めるのが難しかったのかもしれない。

面白いプロジェクトだっただけに残念。

うんこ

MDやってる奴って少ないんだなぁ・・・(´･ω・`)ｼｮﾎﾞｰﾝ

>>177
10年前にやってた。まだ MDORTO と XDORTO が統合される前の話だ。いわゆる
古臭い FORMAT 文法や COMMON で引っかかって、NeXT 上の absoft FORTRAN
でコンパイルするだけでも泣きながらやってたな。ソースいじってて、B2O3
に関する某アメリカ人のポテンシャル導入したら構造以外をまともに再現して
くれなくて、あーこいつペテン師だな、とか……懐しい話ですわ。

でも今、また MD やろうとしてるんだよな。いつ、どんな過去の経験は役立つ
か、なんて、本当に分かりませんよ。

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●●●●●●●●●●●●●●●●不合格●●●●●●●●●●●●●●●●●
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これを見た人は確実に【不合格】です。これをコピペでどこかに３回貼れば回避できます。
これは本当です。やらないと一年無駄になります.

昔はパラメータのマシン(CPUの演算精度)依存性もひどくて、
長時間やるとDECなら構造保つのに、SGIで崩壊していったりとか。
文献どおりにやってもうまくいかないなんてこともありましたね。

シム版でなくて生物ｊか化学板にたてたら
生化学系の議論で活発化しそう。

>>180
たててみた。

生体分子の分子動力学シミュレーション
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1104077613/

ν速から来たお
記念カキコ！

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ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
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　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

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|　記念　.＞　（::(,,ﾟДﾟ)(ﾟーﾟ*)::)　＜　ﾊﾟﾋﾟｺ　.|
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ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
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　　　　　　　　　/ ／　　　　　　 　 , 　 　｀ヽ,ヽ
　　　　　　　　 /／ /　　　 ,　ﾊ.ハ ',　　　 ､ ', ',
　　　　　　　　 / l　/ /　 ﾉ| /｀`｀ | l　　' ,　',､ 'l
　　　　　　　　ヽ |　ｌ l　 /_/|ｌ　　　 |ﾊ ',､ l ﾘｌ ｌ }
　　　　　　　　　 ヽﾊ| /ｦｒ fj-,､ ｒ_, t;ﾏ､ヽ|/}ﾉｌ/
　　　　　　　　 　 ハ､ｲ ヽ--'^ゝ ヽ-- '　} ノ ',
　　　　　　　　　 /／::::',r-,　　(| ,　 　　 /:::　 ',
　　　　　　　　-'´/ /,､┴┴､ｔ--‐ュ 　 /::l　ハ
　　　　　　　　　　|, '　, --..､ ヽ　　　,.ｲﾚ' ベ
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　　　　　　　　,‐'´',　l;::::::::::::::ﾉ　ｌ､_｣ l　　>､||
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　　　　　　　ｌ　 /￣ヽトー‐イｌ{＿ r,i　┐　　ト､
　　　　　　　ｌ　（　　 └i--i┘　ｒ｀ ）|`_ヽ |　|　iヽ、
　　　　　　　ヽノ `ヽ___」　 |＿_:::ｋ_ノ__｀`ヽ |　ｌ　 ヽ
　　　　　　　　ヽ,　　　└ ┘:::::::ﾉ　　, --､ヾ、ｌ　　 }
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　　　　　　　　　　 └､_＿＿_ノ　　　　　　　/| 　 ',
　　　　　　　　　　　　　}　　 ヽ　 　　　 　 ／ {　　l

>>181　書き込んでみた

どちらにせよ人は集まらなかったか・・・　
適当なこと言ってスマン．

しかしもっと人がいないねぇここは．

>>180　レスしてみた

寂れてますね。
学会などの規模からして結構需要はある気がするんですがね…。

量子化学の板にはあんなに人がいるのにね・・・

残念なことに，彼らはMMやMDにあまり興味を
持っていないみたいですね・・・
QMMMやFMO, ONIOMさえも否定される傾向にある．
複雑系の解明に挑んでいる人が少ないからだろうか？

どっちもコンピュータを使って物理・化学的研究をしている、という意味で
量子化学とMMやMDは一緒くたにされることが多いけど、本質的には
かなり違うものだからねえ。そのへんは仕方ないかと。

研究者人口はMM系もそれなりにいるんだけど、2chでいえばどの板なのか
定かじゃないところがあるので、人が集中しないんじゃないかと。
この分野の人が見ているのは実はスレの立っていない化学板かもしれない。

ちなみに量子化学者でQM/MMやFMOやONIOMを否定しているのは
ごく一部の人だけなので、ご安心を。
そのあたりの分野の研究者も今はずいぶん多くなったよ。

理論はあっても計算できない。
絵に描いた餅。

>>191
それは少なくともこのスレに対しては適切ではないな。この手法の持つ問題は他にある。
知らないんなら出てくるなよ、と言いたいところだが、ここまで過疎板だとそんなんでも受け入れてしまうかも。

少なくともうちの環境では実現できない
＞第一原理MD

第一原理MDの場合は、そもそも「理論はある」と言えるレベルじゃないような気が。

ひょっとして、カー・パリネロ以降の発展を知らない？

>>195
いや、知ってるけど、そもそも量子化学計算自体の抱えている問題があるんじゃないかと。
ましてや時間の取り扱いだの核の取り扱いだのがあるわけで。

Transcorrelated法　やってみたい

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
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ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
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　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

電子状態計算を中心にやってきた研究室で、
最近ab initio MDもはじめようとオリジナルのプログラムを作成し
テスト計算を行っています。
forceの計算にはGaussian03というab initio計算パッケージを用いています。

今、角運動量ゼロの条件で孤立系のシミュレーション
(具体的には原子数25個あたりまでのクラスター)を行いたいのですが、
初期条件で角運動量をゼロに設定しても、ステップ数が進むと
角運動量がある程度の値を持つようになってしまっており、
おまけに「ある程度の値」がab initioの計算レベルによって異なっており、
困っています。具体的にはHFやMP2は許せるぐらいの「ある程度の値」なのですが、
B3LYPの場合には許せない値になってしまいます。
(許せないというか、回転量子状態がJ=1以上になっていそうなのです)

ab initio MDに詳しい方、あるいは
このようになる原因をご存じの方はいらっしゃいませんか?
(MD関係の知合いがいない素人なもので……)

「ab initio MD」という言葉だけでは何をやっているかがわからない、それが量子MD。
いや、マジで。

あ、すみません。
私が書いたab initio MDは
量子MD(波束の時間発展とかやってるやつのことですよね?)ではなく
電子状態計算で求めたポテンシャルを使っているというだけの
結局は古典MDのことです。

>>199
系全体の角運動量はゼロにはできないでしょ。
でも、ゼロじゃなくても問題ないでしょ。

>系全体の角運動量はゼロにはできないでしょ。
完全にはゼロにはできずすごく小さな値が残るということですか?

無視できるくらい小さな値なら良いのですが、
B3LYPという方法のポテンシャルを使うと
妙に値がでかくなるのです……
そんならその方法使わなければいいじゃんとも思うのですが、
「電子相関」をお安く取り入れるには
B3LYPはまあまあ良い方法なものですから…。

ちなみに角運動量って、hbar(プランク定数にバーがついたやつ)単位で
表すのが一般的なのでしょうか?
その場合角運動量がどのくらいの値だったらほぼゼロと
みなせるのでしょうか。

勉強不足ですみません。うるさかったらスルーして下さい。
今日はもう帰って明日出直します。

Jay Cabilarですか？
ってか俺のアメ公の友達でsimilarをsimularとか綴る香具師がいるんだが・・

>>203
こういうスレもアルよ

量子化学の話題はこのスレで CCSDTQ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/bake/1104533051/

>>205
そうですね、どっちかっつと量子化学計算専門のスレで
聞いた方が良さそうっすね。
どもです。

>>205

レベルが低い。

>>207
このスレもどっこいどっこい

表面スパッタリングのMDって100万原子程度が常識ってほんとですか？

>>209
100万て言っても100の３乗でしかないから、そんなもんじゃないかな？

いろいろ調べた結果、

amber って遷移金属蛋白質の計算できないんですね・・・・。

分子力学法で金属蛋白質扱うのにいい方法ありますか？

>>211
QM/MMという手がありますよ．
解きたい問題と系の大きさにもよるけど．

金属だろうが何だろうが、AMBERで自分でパラメーター作っちゃえば、できますよね？

結局アミノ酸以外のパラメーターが入ってないから計算できないだけとかっすよね？

>211
質問のマルチポストは回答者に対して失礼なのでやめましょう。

>213
新しいポテンシャル関数が必要でコーディングする羽目に陥るかも知れないが、
精度確保できず成果が出ないまま半年を棒に振ることもあるかも知れないが、
是非とも頑張ってポテンシャルを決めてくれ。応援している。

( ﾟДﾟ) ＜MDでシャボン玉の生成消滅過程のダイナミクスをシミュレートできますか？

>>214

アドバイスありがとうございます！頑張ります！

ジャン　「…何か、言葉が彫ってあるよ

ナディア「………
　　　　　　火の龍と、南面ﾝｺﾞﾝﾄﾞの月日は
　　　　　　　　　 　15回目の復活
　　　　　　　今日　目出度き日に授かりし
　　　　　　　　　我が娘　ナディアに
　　　　　　　　　　　　百の喜び
　　　　　　　　　　　　千の幸せ
　　　　　　　　　万の慈愛を願いて
　　　　ここに その生命コードを収めんとす

ｸﾞﾗﾝﾃﾞｽ「我が娘……ナディア……？
ハンソン「これは……！？
ナディア「…私が生まれたときの、
　　　　　私のための碑文だわ……
ジャン　「…その、ﾅﾝﾄｶの月っていうのは、
　　　　　いつなの？
ナディア「西暦で言うと…1875年5月31日……！？
サンソン「それってもしかして…
　　　　　　　　　　　　　　　…今日のことじゃねェのか？
ハンソン「じ、じゃあ今日は！
ｸﾞﾗﾝﾃﾞｽ「ひょっとするってェと……
ジャン　「ナディアの、 誕 生 日 だｯ！！

パソコンゲーのHalf Life2の物理エンジンの方がまじめに計算してるMDよりインパクトあるし、役に立つよな

分子シミュレーション研究会の会誌アンサンブルのバックナンバーが
見れないと思ったら、リンクまで切られちゃった。
どないするん？

オワタ

オワルわけねーだろ。
夏の学校あるみてえだぞ。

ｼﾐｭ板ってすげえな。5年かかって200スレって言うのにびっくりだが、削除されないということで2度びっくり。

時日

おいおまいらMSDやらRDFやらコンフォメーション
解析ばかりしてないでたまにはなんか書きこもうぜ

今のお金持ちの人はこの国がどうなってもいいのだろう。自分達の財産さえ残せれば。
構造改革とは国民に「他人を妬む心を植え付けること」 そして「他人を陥れることを推奨すること」 です。
経団連の奥田会長は「お金持ちの税金を安くし、消費税を１８％にすればいい」などと発言している。
本来なら革命でも起こすべきですが、一般大衆は無知ですし、牙を抜かれてしまい
何の気力もない。豚に餌を与えるが如くか。政府認定御用学者はマスコミでヘチョなことばか言って
私どもアホな国民を誘導する始末。新生銀行の社外取締役にデヴィッドロックフェラー�V世の名前が．．この人こそ親玉ですかね。
少子高齢化はそれほど問題でないとの認識である。それより若者の能力の質が落ちてる方がよほど大問題なのだ。
昔の社長は自分の手取りを少なくして、社員の給料を上げてたそのため一般の人達は裕福になり、
中流階級が生まれました。上・下流の二極化が進んでいる、そして中流階級は崩壊し
金持ちは海外の高級ブランドを貧乏人は中国などの安い製品を買う。中流崩壊は自国の製品の客をなくすのだ。
アメリカがいい例だ。ゼネラルエレクトリックは金融業でなんとかもってる。かくして日本には中流階級がいなくなり、
少数のお金持ちはガツガツと強欲にお金を稼ぎ、大多数の国民は保険には入れず病気や怪我などした時の生活は相当きついはずである。
ニューオリンズ市を見よ。まともな教育も受けれず、避難することもできずに苦しむアメリカ市民を、あれが日本の１０年後の姿かなぁ。

MDって、どんどん取り残されていくな。

時代に？

よく普通に自由エネルギーと書いてあるのですが
ポテンシャルエネルギーは位置エネルギーのことと分かるんですけど
自由エネルギーって具体的にどんなエネルギーですか？

ヒント：熱学
第二ヒント：ヘルムホルツ
第三ヒント：ギブズ
第四ヒント：M.P. ALLEN著 Computer Simulation of Liquids

( ﾟДﾟ)

X線構造のｐｄｂファイルの初めの抜けているアミノ酸を
加えたいのですがどのような方法で
つくることができるでしょうか？

そんなことして意味あるのか？

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4320034376/249-7519424-5165144
本を見た

2004年に書かれた本なのに、C言語の関数が
プロトタイプ宣言無し、()と{}の間に引数詳細が書かれる
古いタイプなのは何故かｗ

ＡＮＳＩ規格以前からのＣユーザーには
K&Rの書き方でなきゃ満足できない人が結構多いよ．

コロイド粒子を高分子に規則配列させるような
シミュレーションってMDでできる？

コロイドぐらいの巨大な粒子には表面荷電があるかも知れないし、
高分子との相互作用では共有結合の形成もありうる。
それに粒子の荷電にpH依存性があるとMDでもMOでもお手上げ。

234実際のところprotonationの具合を変えていろいろやってみるか。。
規則的配列を形成するのが無理な場合、逆に配列させておいて
崩壊を見ることもある。

　　　　　　　　　　 /.／.／,,-,,_
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　　　　　　 '''---,,i.|／ ''--,,　　　.'--, ヽ
　　　　　　_,--'',.ｲ　　　　　 .＼　.--,, .ヽ
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　　　./／/.'/ ,ｨ ﾊ ＼ ＼　＼　　　　` - .、-__
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　　　　　./ノ|.|（.ノ　　 ,---,,,_　＼i　.|）.`./　./
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　　　　　　　　　　　.>.＼）　　　ヽ　` ,　　　＜ ~
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　　　　　　　／／ y- ,ヽ)).ノ　ｲ .i.>､　　　ノ .~ ''''''''
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　　.＼__　　　_ ノ　.ﾉﾉ　　　　　ｲヽ
　　　　　` ７　ヽ　// ／　　ノ ﾉ 人
　　　　　　）　　 　＞>　　　　　./　!
【佐倉広夢】
「んもう・・・>>1さんまた駄スレ？駄スレ控えめにね」
「>>2さん、２日間だけ僕の恋人になって」
「>>3さん、デートしよ、ね！いいでしょ。デート、デート♪」
「>>4さん、あま〜いアイスクリーム食べに行こ♪」
「>>5さん、やっぱり女の子がいいの？男の子の僕は嫌いなの？」

この業界からしばらく離れてたので、能勢先生他界されたって今知ったよｗ

能勢フォーエバー

能勢フォーエバーの温度制御法だっけ？

能勢フーバー法だろ、馬鹿チンが。

ナイスつっこみ！

盛り上がってまいりました〜

埋めるな

みなさん始めまして。coaと申します。私、レナードジョーンズポテンシャルを
用いまして、計算しようとしているのですが、式の中にでてくるσやεの決定法
が分かりません。今、知りたいのは、H2O間,CH2間,CH3間のσやεなんですけど、
計算方法があれば教えていただけないでしょうか？

AmberやCharmmの力場の論文みてみたら

はい！ありがとうございます！！発見いたしました！しかし
si-si間のσやεを探しているのですが、手元の資料には記載
されておりません。知っている方、または載っている参考書
等ございましたら教えていただければ、幸いです。よろしく
お願いいたします。

Siは有名なポテンシャルがあったような。
無いとこはab initioとかやって作ってください。

>>261
>>262
普通にML Kleinなんかがポテンシャル作っているでしょ、Charmmは精度悪いからこういった単純分子で使うべきではないと思うが。
Siって表面かなにか？ならPRBの1995年にあたりにあったような。
Web of Scienceか何かで捜してごらんよ。

MDやっててどういうところに就職できますか？

分子動力学

分子動力学

分子動力学

分子動力学

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？？？？