【遺伝子】RNA二次構造を予測する最高精度のソフトウェアを開発
1 ： ◆NASA.emcN. ＠びらぼんρ ★：
独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センターRNA情報
工学チーム 光山 統泰 研究チーム長、木立 尚孝 産総研特別研究員、
みずほ情報総研 株式会社浜田 道昭、社団法人 バイオ産業情報化コンソーシアム
佐藤 健吾 研究員、国立大学法人 東京大学浅井 潔教授らによる共同
研究チームは、遺伝子の発現制御で重要な役割をしているRNAの二次構造を
予測するソフトウェア「CentroidFold」を開発した。
RNAは遺伝子DNAからタンパク質が合成される際の中継ぎとしての役割が
古くから知られているが、近年そのような役割をしないRNAが遺伝子の
発現制御や細胞のガン化などで重要な役割を果たしていることが分かってきた。
このようなRNAを機能性RNAというが、機能を発現するには長い1本鎖である
RNA分子が部分的に2本鎖を形成して二次構造と呼ばれる特異的な構造をつくる。
今回、開発したRNA二次構造予測手法は予測精度の期待値が最大になる
ことを理論的に証明し、ベンチマークテストでも世界最高の精度で二次構造を
予測できることを実証した。今後、機能性RNAの発見や、機能解明に貢献する
ことが期待される。「CentroidFold」はフリーソフトウェアとして無償で提供される。
なお、本研究は、近くイギリスの論文誌Bioinformatics誌に掲載される予定。
（長文の為抜粋しました。詳細は以下のソースをご覧下さい）
ソース：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/pr20081218.html
画像：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/fig1.png
【参考】
■ncRNA.org
http://www.ncrna.org/
工学チーム 光山 統泰 研究チーム長、木立 尚孝 産総研特別研究員、
みずほ情報総研 株式会社浜田 道昭、社団法人 バイオ産業情報化コンソーシアム
佐藤 健吾 研究員、国立大学法人 東京大学浅井 潔教授らによる共同
研究チームは、遺伝子の発現制御で重要な役割をしているRNAの二次構造を
予測するソフトウェア「CentroidFold」を開発した。
RNAは遺伝子DNAからタンパク質が合成される際の中継ぎとしての役割が
古くから知られているが、近年そのような役割をしないRNAが遺伝子の
発現制御や細胞のガン化などで重要な役割を果たしていることが分かってきた。
このようなRNAを機能性RNAというが、機能を発現するには長い1本鎖である
RNA分子が部分的に2本鎖を形成して二次構造と呼ばれる特異的な構造をつくる。
今回、開発したRNA二次構造予測手法は予測精度の期待値が最大になる
ことを理論的に証明し、ベンチマークテストでも世界最高の精度で二次構造を
予測できることを実証した。今後、機能性RNAの発見や、機能解明に貢献する
ことが期待される。「CentroidFold」はフリーソフトウェアとして無償で提供される。
なお、本研究は、近くイギリスの論文誌Bioinformatics誌に掲載される予定。
（長文の為抜粋しました。詳細は以下のソースをご覧下さい）
ソース：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/pr20081218.html
画像：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/fig1.png
【参考】
■ncRNA.org
http://www.ncrna.org/
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2 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 16:41:12 ID:0HaCIbIr
あはは何のことかまるきりわからんｗ
3 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 16:46:02 ID:VU8jdL5k
おれも同じことを考えていたよ。
4 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 16:53:17 ID:3oLRg84a
一本の針金を曲げてヘアピンの形にして家の鍵を開けるのにも予測が必要だよな？
5 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 17:08:30 ID:yduWokjW
派遣にはこういう仕事は無理だな〜
6 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 17:33:01 ID:DuPHYehr
つまり、野球は中継ぎが重要ってことか。
このソフトでノックアウトされるのを予測できるようになったわけだ。
このソフトでノックアウトされるのを予測できるようになったわけだ。
二次構造というのは一本の話なのかそれとも二本必要なのか？
8 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 17:47:52 ID:3LZqyfSY
mfoldよりもつおいの?
CentroidFoldを使ってRNA構造を予測しろと言うことか！！高校で生物取らなかったので中学レベルの生物知識だとそうなる
ソフトウェアの開発そのものは原著論文にはならない。
ソフトウェアに盛り込まれた原理やアルゴリズムなどが
新しくて重要なものであれば論文になるけど。
この記事には、何がこの研究の核であるかが全く記されていないので、
議論の対象にできない。ただの広告。
ソフトウェアに盛り込まれた原理やアルゴリズムなどが
新しくて重要なものであれば論文になるけど。
この記事には、何がこの研究の核であるかが全く記されていないので、
議論の対象にできない。ただの広告。
11 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 18:53:35 ID:fFkBidOs
これで効率良くsiRNAを合成でき、knock downの効率が高まる訳だな？
ってことはxxxの株が上昇する可能性がある。
明日、打診買いだな。
ってことはxxxの株が上昇する可能性がある。
明日、打診買いだな。
13 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 20:05:01 ID:NknH66XL
>>11
RNAじゃないがPCRプライマーがヘアピン構造を作る可能性がないかの確認にも応用できるかもな。
RNAじゃないがPCRプライマーがヘアピン構造を作る可能性がないかの確認にも応用できるかもな。
Ribozymeでも作るのに使うわけか？
まあ生体内において分解も早いし、材料もeasily availableだから
遺伝子治療でウイルス退治みたいのには使えるのかも知れん。
まあ生体内において分解も早いし、材料もeasily availableだから
遺伝子治療でウイルス退治みたいのには使えるのかも知れん。
この二次構造が、どんな形だとどんな役割を持つって研究はもう進んでるの？
16 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 21:57:25 ID:3LZqyfSY
>>13
そんなのプライマー設計ソフトつかえ
そんなのプライマー設計ソフトつかえ
よくこんなダサいタイトルでプレスリリース出せるな・・・
18 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 22:07:44 ID:pK2EqQuc
どんくらいの計算機が必要なの？？
19 ：名無しのひみつ：2008/12/21(日) 22:14:41 ID:f4KVHGb6
また産総研か
20 ：名無しさん＠お腹いっぱい。 ：2008/12/21(日) 23:15:50 ID:npK9qm9v
産総研と理研ってどうちがって
どっちが格上なん
どっちが格上なん
利権は戦前にコンツェルン作ってたくらいの老舗だなあ。
わかめとかリコー、科研も源流は同じだろ？
産総研は10年くらい前まではそこらの公立の工業試験場と変わりなかったから。
昼間から新聞広げてる人ばっかりだったと聞いた。
改革で目玉研究員入れたのは最近の話だ。
わかめとかリコー、科研も源流は同じだろ？
産総研は10年くらい前まではそこらの公立の工業試験場と変わりなかったから。
昼間から新聞広げてる人ばっかりだったと聞いた。
改革で目玉研究員入れたのは最近の話だ。
そだね
ゆえにどちらの方がしがらみが多いかは自明だな
にしてもこのニュースは・・・RNAだから出来たってコトなんだろうな
蛋白質はいろいろ面倒そうだし
ゆえにどちらの方がしがらみが多いかは自明だな
にしてもこのニュースは・・・RNAだから出来たってコトなんだろうな
蛋白質はいろいろ面倒そうだし
23 ：名無しのひみつ：2008/12/22(月) 03:10:02 ID:IwdkHS/h
Bioinformatics誌に載った程度の成果でプレスリリースを出す厚かましさがすばらしいね
片っ端からＳ１アッセイでもしたほうが早くね？
>>23 必死なんだから生暖かく見守ってあげましょう。
RNAって環状で壊れやすいんじゃなかったっけ？
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry
タンパク質って鎖状で壊れやすいんじゃなかったっけ？
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry
29 ：モテ神小林：
27
出来れば時間経過での構造変化も予測もできたらHAPPY HAPPY だな
てかできてほしいな
あとこれは外系の種類対応とかできんのかな？生体系ではタンパク質やらカチオンやらかなり混雑してるからな･･･
多分無理かな仮にできるようならスパコンがいるな
出来れば時間経過での構造変化も予測もできたらHAPPY HAPPY だな
てかできてほしいな
あとこれは外系の種類対応とかできんのかな？生体系ではタンパク質やらカチオンやらかなり混雑してるからな･･･
多分無理かな仮にできるようならスパコンがいるな