【生物情報学】ＤＮＡの３次元構造が生物進化に影響する
1 ： ◆NASA.emcN. ＠びらぼんρ ★：
ＪＳＴバイオインフォマティクス推進事業の一環として、東京大学大学院
新領域創成科学研究科の森下 真一 教授は、スタンフォード大学の
アンドリュー・ファイヤー教授らとの共同研究で、ＤＮＡの３次元構造
（ヌクレオソーム構造）がＤＮＡの変異に相関するという性質を、メダカの
ＤＮＡ全体の情報を分析することによって明らかにしました。
これはＤＮＡ進化の新たな原理を示す基本的な成果です。
本研究の対象となったメダカは、日本の研究者により２００７年にＤＮＡ
塩基配列が解読され、南日本由来系統と北日本由来系統の２系統の
ＤＮＡ塩基配列の間には１塩基多型(ＳＮＰ)と呼ばれるＤＮＡ変異が
ＤＮＡ配列全体の３．４％を占める約１６００万個も存在することが分かりました。
今回の研究では、超高速ＤＮＡ解読装置を活用し、メダカのヌクレオソーム
構造をＤＮＡ全体にわたって網羅的に分析しました。その結果、遺伝子の
転写開始点の下流におけるヌクレオソーム構造がＤＮＡ変異の周期性を
引き起こす要因となっていることを突き止めました。
ＤＮＡの高次構造や遺伝子の転写メカニズムは多くの生物種にわたって
共通する基本的なものであることから、本研究は生命の遺伝的多様性が
生まれる過程の一端を明らかにしたものと言えます。
超高速ＤＮＡ解読装置が急速に普及する中で、本研究で開発した大量の
データを解析するためのクラスター型並列計算機上で動作する新たな
ソフトウエア群は、今後も利用され、新たな生物学的発見へ寄与するものと
期待されます。
本研究成果は、ＪＳＴ バイオインフォマティクス推進事業、文部科学省特定
領域研究ゲノム４領域、米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）の研究助成によって
得られたもので、２００８年１２月１１日（米国東部時間）に米国科学誌「Science」の
オンライン速報版で公開されます。
（長文の為抜粋致しました。詳細は以下のソースをご覧下さい）
ソース：http://www.jst.go.jp/pr/announce/20081212/index.html
画像：http://www.jst.go.jp/pr/announce/20081212/icons/zu1_1.gif
科学技術振興機構プレスリリース2008年12月12日
【参考】
■Science
Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of
Transcriptional Start Sites
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1163183
新領域創成科学研究科の森下 真一 教授は、スタンフォード大学の
アンドリュー・ファイヤー教授らとの共同研究で、ＤＮＡの３次元構造
（ヌクレオソーム構造）がＤＮＡの変異に相関するという性質を、メダカの
ＤＮＡ全体の情報を分析することによって明らかにしました。
これはＤＮＡ進化の新たな原理を示す基本的な成果です。
本研究の対象となったメダカは、日本の研究者により２００７年にＤＮＡ
塩基配列が解読され、南日本由来系統と北日本由来系統の２系統の
ＤＮＡ塩基配列の間には１塩基多型(ＳＮＰ)と呼ばれるＤＮＡ変異が
ＤＮＡ配列全体の３．４％を占める約１６００万個も存在することが分かりました。
今回の研究では、超高速ＤＮＡ解読装置を活用し、メダカのヌクレオソーム
構造をＤＮＡ全体にわたって網羅的に分析しました。その結果、遺伝子の
転写開始点の下流におけるヌクレオソーム構造がＤＮＡ変異の周期性を
引き起こす要因となっていることを突き止めました。
ＤＮＡの高次構造や遺伝子の転写メカニズムは多くの生物種にわたって
共通する基本的なものであることから、本研究は生命の遺伝的多様性が
生まれる過程の一端を明らかにしたものと言えます。
超高速ＤＮＡ解読装置が急速に普及する中で、本研究で開発した大量の
データを解析するためのクラスター型並列計算機上で動作する新たな
ソフトウエア群は、今後も利用され、新たな生物学的発見へ寄与するものと
期待されます。
本研究成果は、ＪＳＴ バイオインフォマティクス推進事業、文部科学省特定
領域研究ゲノム４領域、米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）の研究助成によって
得られたもので、２００８年１２月１１日（米国東部時間）に米国科学誌「Science」の
オンライン速報版で公開されます。
（長文の為抜粋致しました。詳細は以下のソースをご覧下さい）
ソース：http://www.jst.go.jp/pr/announce/20081212/index.html
画像：http://www.jst.go.jp/pr/announce/20081212/icons/zu1_1.gif
科学技術振興機構プレスリリース2008年12月12日
【参考】
■Science
Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of
Transcriptional Start Sites
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1163183
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これ興味深いな
２次オタは進化しないわけですねｗ
ゲームの2.5次元が人間の進化に影響してるな
5 ：名無しのひみつ：2008/12/12(金) 21:41:15 ID:9P5zxItB
め〜だ〜か〜の〜学校〜は〜♪
6 ：名無しのひみつ：2008/12/12(金) 22:47:38 ID:geqbY23w
皮の〜なか〜♪
7 ：名無しのひみつ：2008/12/12(金) 23:01:42 ID:Rs3gc+LY
>>1
>メダカは、日本の研究者により２００７年にＤＮＡ
>塩基配列が解読され、南日本由来系統と北日本由来系統の２系統の
>ＤＮＡ塩基配列の間には１塩基多型(ＳＮＰ)と呼ばれるＤＮＡ変異が
>ＤＮＡ配列全体の３．４％を占める約１６００万個も存在することが分かりました。
これに驚いた。
>メダカは、日本の研究者により２００７年にＤＮＡ
>塩基配列が解読され、南日本由来系統と北日本由来系統の２系統の
>ＤＮＡ塩基配列の間には１塩基多型(ＳＮＰ)と呼ばれるＤＮＡ変異が
>ＤＮＡ配列全体の３．４％を占める約１６００万個も存在することが分かりました。
これに驚いた。
マウスやハエやイカをミキサーするより精神衛生上いいな。
9 ：名無しのひみつ：2008/12/13(土) 02:33:07 ID:9bmYVUsj
相変わらず灯台の研究は力業でつまらないね
やればできる研究
やればできる研究
10 ：名無しのひみつ：2008/12/13(土) 03:00:58 ID:d8akkCAS
やることが大事
ファイヤー！
その3次元構造を制御することができれば、俺にも嫁が。
13 ：名無しのひみつ：2008/12/13(土) 04:33:28 ID:5cUzU5uH
また多くのピペドが犠牲に
次世代シーケンサ使えばそこそこ良い雑誌に載るのなんて今だけなんだからな！
16 ：名無しのひみつ：2008/12/17(水) 19:58:33 ID:fNQNhJ53
ぴろぴ〜ろ
どうでもいいけど普通は生物情報学じゃなくて生命情報学
「ヌクレオソーム構造が転写開始点の下流にある場合、
ＳＮＰが起こりやすいようだ」ってことでしょ。
確かに興味深いけど、それだけじゃあね。
ＳＮＰが起こりやすいようだ」ってことでしょ。
確かに興味深いけど、それだけじゃあね。
19 ：モテ神小林：2009/01/18(日) 03:53:04 ID:dwxoPG3i
３、４％ってかなり凄いんですけど、てかそんなに違ったらタンパク質の発現が大きく変わってメダカでは無いような気がするなぁー
おそらくNon Coding ＤＮＡのスニップが大きく違ったのかな？？
エキソン部分のスニップがどれくらい違うかも知りたいな、それが3、2％も違うならかなりスゲーな
おそらくNon Coding ＤＮＡのスニップが大きく違ったのかな？？
エキソン部分のスニップがどれくらい違うかも知りたいな、それが3、2％も違うならかなりスゲーな
20 ：名無しのひみつ：2009/01/18(日) 06:01:12 ID:IkSeDCYv
塩基配列上の差異の大小と、生体としての差異の大小は、まるで連動しないものなんだろうなあ。
A と a が形はまるで違うが意味は同じように。タンパク質の発現が違っても、同機能を果たすけれど配列は
全然違うタンパク質をそこに発現させたのならば、生体としては同じ意味、ということだろうし。
生命体を表現する文学作品というのがあったとしたら、
塩基配列が線や点、タンパク質で文字、というぐらいのものじゃないかなあ。
A と a が形はまるで違うが意味は同じように。タンパク質の発現が違っても、同機能を果たすけれど配列は
全然違うタンパク質をそこに発現させたのならば、生体としては同じ意味、ということだろうし。
生命体を表現する文学作品というのがあったとしたら、
塩基配列が線や点、タンパク質で文字、というぐらいのものじゃないかなあ。
21 ：名無しのひみつ：2009/01/19(月) 23:57:15 ID:ONZ4Zc2N
>19
2007年のメダカのゲノムの論文に書いてあるんだろ。＞exon領域での多型
ナメクジウオとかホヤとかだと、多型率１割とか２割とかいってると思う。
2007年のメダカのゲノムの論文に書いてあるんだろ。＞exon領域での多型
ナメクジウオとかホヤとかだと、多型率１割とか２割とかいってると思う。
IAサーバ256台のクラスタでできる手ごろな解析。
実際の表現形に影響を与えない部分で違いがあって、
その違い全体で多様性の確保のための機能をもたらしてるってことだろ。
ハードディスクだって使えない領域が何パーセントねある。
まぁそんなのはすげぇ抽象的な話で実際はＤＮＡが１個変わったら螺旋の捻じれが変わったりして
３次元構造がガラッと変わって全然違うものになるんじゃないかって気がするんだけど。
その違い全体で多様性の確保のための機能をもたらしてるってことだろ。
ハードディスクだって使えない領域が何パーセントねある。
まぁそんなのはすげぇ抽象的な話で実際はＤＮＡが１個変わったら螺旋の捻じれが変わったりして
３次元構造がガラッと変わって全然違うものになるんじゃないかって気がするんだけど。