【生態】土壌1グラム中に100万種の微生物が存在する可能性――有毒金属により多様性のおよそ99％が失われる

様々な珍しい微生物で満ちあふれた土壌

　新しい方法を使って種の多様性を計算したところ、汚染されていない土壌にはこれまで
考えられていた数の100倍もの微生物種が存在すること、およびこれらの種の大半では、
個体数がかなり少ないことが明らかになった。さらに、有毒金属によって個体数の少ない
種が減少し、劇的な多様性の低下に至ることも明らかになった。

　種の多様性を測定することは汚染、異常気象、外来種の侵入などの影響評価のみならず、
環境的ダイナミクスを理解する上で極めて重要である。しかし、微生物のコミュニティは
あまりに複雑であるため、従来の計算法では膨大な量のサンプルサイズが必要となり、実
用的ではない。

　Jason Gansらは、DNA再結合キネティクス（DNA reassociation kinetics）（DNA二重らせん
構造が分離された後、塩基配列が混合されたものの中で互いを再び発見するのに要する
時間を測定）の過去の研究データを再解析し、土壌中の微生物の多様性を評価した。

　これまで土壌1グラム中に約1万種の微生物が存在するとされてきた。一方、今回の研究
では、1グラム中に100万種の微生物が存在する可能性が示唆された。著者らは正常な土壌
および汚染された土壌それぞれのデータを比較した。その結果、有毒金属により、多様性の
およそ99％が失われることが示された。

　関連するPerspectiveによると、土壌1トン中には、我々の銀河系に存在する星の数より
多い原核生物が存在しているという。

Science Highlight 2005年 8月26日（金）
http://www.sciencemag.jp/highlights/20050826/index.html#1

Computational Improvements Reveal Great Bacterial Diversity and High Metal Toxicity in Soil
Jason Gans, Murray Wolinsky, and John Dunbar
Science 26 August 2005: 1387-1390.
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/309/5739/1387

Perspectives MICROBIOLOGY: Exploring Microbial Diversity--A Vast Below
T. P. Curtis and W. T. Sloan
Science 26 August 2005: 1331-1333.
http://www.sciencemag.org/cgi/content/summary/309/5739/1331

関連スレ：
【生態】保護すべきは種数が最多の地域か、それとも絶滅危惧種数が最多の地域か、固有種が最多の地域か、それが問題だ
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1124934976/ (05/08/25)
【微生物】海底の楽園――原核生物、海底下で大繁栄中
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1122043659/ (05/07/22)
【生態】水たまり中の微生物の多様性
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1119879998/ (05/06/27)
【生態】バクテリアの自然個体群に見られる遺伝子型多様性の大半は適応度差につながらない
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1109499109/ (05/02/27)
【生態】ミジンコだって良き隣人が必要
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1107072757/ (05/01/30)
【生態】微生物の分布パターンには法則性がある
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1102745157/ (04/12/11)

残りの１％が地球の未来を拓くんだ。

複数でもいい。って候補者ではなくガードマン付きって言う意味じゃなかったの？
ガードマンっていうよりきちんと事情を説明してくれる方。　でしょ。

どこかの国には望み無し

推定値につく誤差の幅はどれくらいよ

そんなんどうでもいいから早く石油を作る微生物を作り出せ。

探せば居るのでは……

探せばいるっていうか、既に見つかってる

必要ない、そんなに

ブスを美人に変える菌とかいないか？　誰か発見してくれよ

だから？
日本人ってあまり意味無いこと研究しすぎ

>>11意味はあるのさ
そこだけを見て判断して駄目だよ！
このデータをもとにいろんな分野に活用されていくんだよ！
これ、試験に出ないけど。

先が読めちゃって意味があることばかり研究しても、
むしろ成果がないのでは？

俺に美人の彼女を作ってくれる菌の発見ﾏﾀﾞｧ-? （･ω･` ）っ/凵⌒☆ﾁﾝﾁﾝ

>>11
発表しているのは米ロスアラモス国立研究所の人だよ。

漏れの体にいるビセイビツが気色悪い。
かゆいよー、かゆいよー

20年前の学研ひみつシリーズで得た知識：
スプーン一杯の土には約一億個のバクテリアが含まれていて
これが野菜の成長を助けている
だからこれらのバクテリアはとってもとっても大切

この中から、抗生物質作ってくれたり
植物の根に効率よく窒素リン酸カリを運んだりしてくれる
菌や細菌がどれくらい出てくるか？

記載する端からどんどん絶滅していそうだ

堀江菌は

1�dの土の微生物数と銀河系の星の数を比較されても､よく分からん｡

20年間無駄に放出してきた俺の精子との比較なら身に染みてわかるけどなぁ

100倍の擬陽性？

土壌からDNAを抽出して、塩基配列を解析すれば、たいてい３分の１ぐらいは
NCBIにも載っていない新種の微生物が見つかる。

しかし新種の微生物は、たいてい培養して増やすことができないので、
新種が見つかったのか、非特異的な反応や塩基配列解析の間違いなのか
区別することが難しい。

環境問題はこれから死活的。
その問題にダイレクトに拘
わる研究じゃないの？

土壌中の微生物細胞数は、10^6〜10^9個ぐらい。
微生物種が100万種あるとすれば、個々の種の細胞数は平均して1〜1000個ぐらい。

原核生物の細胞１個の重さは、おおよそ数ピコグラム。
よって、1グラムの土壌の中で特定の種の微生物の量は、数ピコグラム〜数ナノグラム。
その種から抽出される全DNA量は、数十フェムトグラム〜数十ピコグラム。

特定の種の配列を解析するためのターゲット遺伝子量は、
原核生物では全DNA量の1万分の1程度なので、
特定の種から得られる特定部位の遺伝子DNA量は、数アトグラム〜数フェムトグラム。

特定の種を識別するための塩基配列の多型（変異）を正確に再現するためには、
おおよそ100万倍以下の増幅率に抑える必要がある。
数アトグラム〜数フェムトグラムの遺伝子を100万倍に増幅しても、
数ピコグラム〜数ナノグラムにしかならない。

数ピコグラムのDNAは、通常の電気泳動と銀染色の組み合わせでも検出困難だし、
DNAチップのような微細加工技術を使って検出できたとしても
シークエンスに用いることができない。

すなわち、100万種の微生物が居るという仮説を立てることができても、
それらの種をシークエンスによって同定することはできないし、
reassociationにかかる時間がDNAの配列以外の要因に左右されている
可能性を否定できない。

同じ生物なのに、半数は藻を食べて動物のように暮らし、残り半数は植物のように光合成で
生きる海洋微生物を、筑波大の研究グループが発見した。このような生物の発見報告はなく、
研究グループは「謎の」という意味で「ハテナ」と呼んでいる。海洋微生物から植物への
進化を解き明かす可能性があり、１４日付の米科学誌サイエンスに発表される。
￣￣￣￣￣￣∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　彡ミ　 　 ＿＿＿　　＿_　　　　植物は眼も脳もないのに虫の存在を知っている。一般に
　　|ヽ　　/|　　,,,,,,,,l /　 / 繁殖に利用するが、中には捕らえて食べるのもいるんだね。
　　|ヽ 　 | |　ﾐ ･д･ﾐ/＿/旦~~　
　 ⊥　　 |　￣|￣||￣￣￣￣￣|　つまり動物と植物の境目って
　 凵 　 　`TT |￣l￣￣￣￣￣l 実際は結構あいまいなんですね。 (･∀･ )

05.10.14 Yahoo「＜謎の微生物ハテナ＞筑波大の研究グループ、砂浜で発見」
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20051014-00000026-mai-soci