BIONC知らないとか新参だろ　　　　　　　　　　がん解析【newsVIP】

　　　　　　《　　　分散コンピューティングプロジェクト　　　.》
　　　　　　《　 　"Grid Computing Project Team 2ch"　 　》

医学系分散コンピューティングプロジェクト Team 2ch　http://team2ch.info/
　　　　　　　　　　　　　　　　　　〜CPUの時間、ちょっとだけ貸してください〜

コンピュータ使用時の余剰処理能力を利用する分散コンピューティングを用いて、
難病の治療法研究・解析等の作業を行うプロジェクトです。

■ まとめ
　　http://team2ch.info/
■ @newsVIP日報
　　http://ud-newsvip.cool.coocan.jp/
■ 避難所
　　http://jbbs.livedoor.jp/bbs/read.cgi/sports/5954/1113058492/
■ @newsVIPテンプレ
　　http://ud-newsvip.cool.coocan.jp/template.html

■ WCGにっぽつ！−WCGチーム「Team 2ch」日報支援サイト(WCGの板別集計)@404氏
　　http://wcg.nippotsu.org/

■ BOINCstats - BOINC 統計表示
　　http://jp.boincstats.com/

過去ログ：http://www3.ocn.ne.jp/~houryo/kako/kako_f.htm
前スレ　：http://hayabusa.2ch.net/test/read.cgi/news4vip/1345184622/

■分散計算処理とは
　世界中のパソコンの普段使っていないパワーを集め、
　高価なスーパーコンピューター以上のシステムを作る取り組み

■BOINCとは
　BOINCは現在参加人数世界最大の分散クライアント

　[BOINCの動作の流れ]
　計算すべきデータが送られる
　　　　　　↓
　各個人のPC上のクライアントソフトBOINCで計算しアップロード
　　　　　　↓
　サーバーで集計
　結果を Web などで公開

★BOINCの始め方　（【Windows】、【MacOS X】、【Linux】で参加可能）★

（１）ここでメンバー登録し、次のページでBOINCクライアントをDLしてインストール
登録の時には名前の後に @newsVIP をつければ
これであなたもチーム@newsVIP
http://www.worldcommunitygrid.org/reg/viewRegister.do

（２）ここでTeam2chに「参加」する
http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=H15RSMBR9N1

■他のチームに移籍する場合
ログインしてマイプロファイルを開いたら、メンバー名の後についてる「@○○○」を変更するだけ
https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyProfile.do

　参考になる解説のリンク
　画像と日本語で丁寧に説明してある：　ttp://team2ch.info/WorldCommunityGrid/
　世界史板さん作成：　ttp://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/boinctop.html

まだやってたのか
ランキング1位とかで表彰されなかったっけ

Q&A
Q：具体的に何をすればいいの？
A：BOINC というソフトをインストールして起動　後はいつも通りパソコンを使ってください。
　 BOINC は宿題データのダウンロード・解析・提出を全自動で行います。

Q：英語読めない
A：BOINCは最初のインストールが英語なだけでセットアップや日常での表示は日本語です。
　　以下のページで日本語と画像で解説されてます。
　　http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/
　　http://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/dounyuu/boincdounyuu2.html

Q：MacやLinuxでは参加できないんでしょ？
A：BOINCやWCGはMacやLinuxでも参戦できます。

Q：パソコンの動作が遅くなったりしない？
A：いいえ、解析作業の優先度は最低に設定されているので他の作業にはほとんど影響しません。
　 重く感じる場合も、解析作業のCPU使用率を制限することができます。

Q：俺のCPU古いからダメだろ？
A：非力なCPUの力をネットワークで集めて大きな解析をしようというのが分散コンピューティングの目的です。
　 中にはPentium3など10年前のCPUで参加している人もいます。

Q：電気代かかるんだろ？
A：1日数時間、いつも通りPC使ってる間に裏で動かす程度ならそれほど気になる金額にはならないはず
　 2chや動画見ながらBOINCして、消費電力200WのPCを1kW18円で1日8時間、30日使うと870円ほどです。
　 24時間365日CPU100%でフル稼働させ続けるとなるとそれなりの電気代はかかりますので自己判断で

Q：利権や利益はどう扱われるの？
A：World Community Grid では、すべての結果がパブリック・ドメインに置かれ、世界中に公開されます。
　 http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewAboutUs.do

Q：宿題が完了してるのに送信してくれない？報告待機って？
A：宿題の送信は完了したらすぐに行ってます。送信していないように見える「報告待機」の状態は
　 完了した宿題に関する成績の情報を送信するのを待っている状態。自動的に報告されるので放置でOKです。

Q：いつまでたっても自分のポイントがWCGのサイトで表示されない
A：サイトが更新されるまで最低24時間かかります。宿題の検証でさらに時間がかかることがあります。
　 マターリ待ちましょう

宿題データってなんだよ

■ 分散コンピューティングプロジェクト一覧(医療系メイン)
　　　 　 　 　 　 　 　 ┏━━Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 (筋ジストロフィー治療支援 フェｰズ2)
　　　 　 　 　 　 　 　 ┃　 ┏FightAIDS@Home (HIVの新薬開発)
　　WCG Aｇent━━┻━╋Human Proteome Folding - Phase 2 (ヒトたんぱく質解析 フェｰズ2)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Help Conquer Cancer (がん撲滅支援)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Help Fight Childhood Cancer (ファイト!小児がんプロジェクト)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 (デング熱、C型肝炎、西ナイル熱、および黄熱の新薬開発 フェｰズ2)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣The Clean Energy Project - Phase 2 (次世代太陽電池用新素材探索 フェｰズ2)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Computing for Clean Water (低コストで効率的な水フィルターで世界に安全な水を)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Drug Search for Leishmaniasis (リーシュマニア症の治療薬候補探索)
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Say No to Schistosoma（住血吸虫症治療薬候補特定プロジェクト）
　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ┣Computing for Sustainable Water（チェサピーク湾流域の水資源の回復と持続可能性への環境シミュレーションプロジェクト）
　　　　 　 .┏WCG━━━┻GO Fight Against Malaria (多剤耐性マラリア原虫に対する薬剤候補探索)
　　BOINC╋Rosetta@home （たんぱく質構造の予測)
　　　　 　 .┣SIMAP （たんぱく質の類似性データベースの構築)
　　　　 　 .┣proteins@home （たんぱく質構造の予測)
　　　　 　 .┣RALPH@home （Rosetta@home次期バージョンのαテスト)等
　　　　 　 .┗非医療系━┳QMC@home （モンテカルロ法を用いて量子化学方程式を解く)
　　　　　　　　　　　　　 　 ┗SETI@Home （地球外の知的生命を検出)
　　Folding@Home━Folding@Home （たんぱく質構造の予測・アルツハイマー解析)

　　各プロジェクトについてはこちら　（　移行先まとめ　http://lists.team2ch.info/　）

※準備中※
　　WCG Aｇent━━Influenza Antiviral Drug Search - Phase 2 (インフルエンザ抗ウイルス薬の探索 フェｰズ2)

■ 各プロジェクト参加の目安
　各プロジェクトごとに推奨マシンスペックが違います。PCや解析ソフトの起動時間が短いと
　不利なプロジェクトもあるので、参加する際は以下の表を参考にしてください。
　CPU性能・メモリ使用量・解析時間が多く必要とされるプロジェクトほど上に、
　UDと同じ感覚でできるものや短い時間で終わるプロジェクトは下に配置しています。
　　高性能...|　・Climateprediction.net project
　　PC向け |　・BBC Climate Change Experiment
　.　　　　 　 |　・FightAIDS@Home（WCG)
　.　　　　 　 |　・Human Proteome Folding - Phase 2（WCG)
　.　　　　 　 |　
　.　　　　 　 |　・SETI@home
　　低性能...|　・Rosetta@home
　　PC向け |　・Genome Comparison Overview（WCG)

　今後改訂予定? 古いかも

>>8
解析するのに時間のかかる問題を世界中のパソコンの普段使っていないパワーを集め、
高価なスーパーコンピューター以上のシステムを作り解析する

宿題はその分散されて各PCに送られてきた解析すべきデータ

>>11
へー。

■ WCG結果状況
　https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewBoincResults.do
　宿題の提出状況を確認できる。導入したら確認してちゃんと提出できてるか確認。
　妥当性検査処理中は他の人が同じ宿題を提出し、規定数揃うまで続くので数日かかる。
　規定数は結果状況ページの宿題名をクリックで出るページのMinimum Quorum。

　進行中→妥当性 （宿題を提出したが他の人が同じ宿題を出すまで答え合わせ待ち）
　　　　　　 検査処理中.┬→有効 （宿題の結果が正常。この場合のみ成績になる）
　　　　　　　　　　　　　　├→エラー (クライアント側でエラーが発生。または宿題を捨てた)
　　　　　　　　　　　　　　├→遅すぎる (提出期限に間に合わなかった)
　　　　　　　　　　　　　　├→無応答 (提出したが答え合わせが期限に間に合わなかった)
　　　　　　　　　　　　　　├→不確定┬→有効 （答え合わせの結果が違ってたので確認中
　　　　　　　　　　　　　　│　　　　　...│　　　　　確認できたら有効。駄目なら無効)
　　　　　　　　　　　　　　├→無効←┘ (宿題の結果が他の人と違ってた)
　　　　　　　　　　　　　　└→その他 (何れにも当てはまらない状態)
　詳しくはWikiを参照　http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/MyGrid/#t4392865

■ WCGメンテ時間について
　毎日 09:06 から1時間程度. 　　　統計更新 (チーム統計の更新も含む)
　毎日 10:00 から30分程度 　　　　BOINCの宿題採点停止
　毎日 21:06 から35〜45分程度 　統計更新 (全体と個人統計だけ)
　毎日 22:00 から30分程度 　　　　BOINCの宿題採点停止
　日曜 17:00 から1時間程度. 　　　UDとWebサイトのデータベースのバックアップ
　日曜 18:00 から3時間程度. 　　　BOINCのメンテナンス
　つながらない時はﾏﾀｰﾘと待っていてください。

■ クライアントソフトBOINCの設定について

　[メモリ消費を抑えたい場合]
　 WCGならWCGのHPのマイグリッド→デバイスマネージャー→装置プロファイルの
　 次のスペース以内を使用: % (全メモリーに対する比率) をいじって調節
　 但し減らしすぎるとBOINCがこのPCじゃ処理能力が足りないと判断して宿題が来なくなります。
　
　 あとはメモリをあまり使わないプロジェクトのみ参加するのも効果ありです。

　[CPUの使用率変更したい場合]
　 シンプルビュー画面でPreferencesをクリック→Use no more than〜を変更→SAVEをクリック！

　※ BOINCでCPU使用率を90%以下に設定すると、使用率が数%〜数十%まで大きく変動します。

　　 一定にしたい場合BOINC側は100%に設定して
　　 Battle Encoder Shirase ttp://mion.faireal.net/BES/
　　 を使って使用率を絞ると安定する

　[Windows98・MEで日本語表示されない場合]

　http://boinc.baldanders.info/

　BOINC Manager.mo の代わりに BOINC Manager.win98.moを使用すると
（locale\ja フォルダにコピーする場合は BOINC Manager.mo に名前を変更してください）
　症状が改善する場合がある

　または
　もともとlocale\ja フォルダにあったBOINC Manager.moを削除して
　BOINC Manager.win98.moを突っ込んでBOINC Manager.moに名前を変更すると直るかもしれません。

プロジェクトの成果

【Help Fight Childhood Cancer ： ファイト!小児がんプロジェクト】

WCGメンバーによって８種類の標的分子に対するドッキング計算が終了しました。
現在、１番目の標的分子の計算結果の解析と実際の細胞を用いた実験により神経芽腫細胞に対して
極めて低濃度で効果を発揮する(IC50=1.0μM程度)治療薬候補化合物７個が同定されています。
また、その内の２個の化合物について、マウスの毒性試験を行い毒性が無いことが確認されました。
さらに神経芽腫にアポトーシス（細胞死）を誘導する際の分子機構を解明すべく研究が行われています。

http://www.m.chiba-u.ac.jp/class/bioinfor/wcg/hfcc/news.html
http://www.pref.chiba.lg.jp/seisaku/hyouka/shiken/hyouka/documents/07ganken_2.pdf

【Generalized Fermat Prime Search】

Team 2chメンバーが、2012年6月20日にGeneralized Fermat素数としては世界第1位、素数全体でも世界第11位（ともに発見当時）の素数を発見しました。356926^524288+1

公式発表PDF
http://www.primegrid.com/download/GFN-356926_524288.pdf

　|￣￣￣￣￣￣￣￣￣|　 CPUの空き時間を、医療など科学の発展に貸してください
　| 　　参加者募集中 　 |　　　　　　　　Grid Computing Project Team 2ch
　|＿＿＿＿＿＿＿＿＿| 　　　　　　　　　　　http://team2ch.info/
. 　 　 ∧∧ ||　　　 　　　　　　　　　　　〜まだ見ぬ誰かの笑顔のために〜
　　　 ( ﾟдﾟ)||
　　　 /　づΦ

2012/09/25〜2012/09/26の板別提出率Team 2chのチーム 452 チーム中、提出 200 チームです。提出率は 44.2% です。

2012/09/25〜2012/09/26の推移

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃@newsvip. 　 　 　　　　　合計　　　　　 　 .増分　順位
┠──────────────────────
┃...member　　　　　 　 　 1,010　　　　　 　 　 　 .　 　 .-
┃　　.result　　　　 　 3,284,795　　　　 　 .+1,548　 　 .2
┃　　 .point　　　 1,715,974,546　　　 .+1,022,167　 　 .3
┃　　....time　1832:016:08:58:39　+0:268:02:16:32　 　 .2
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

2012/09/25〜2012/09/26のランキング
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃◎【板】ポイント(・∀・)ランキング【@newsVIP】　　date 20120925 - 20120926. 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
┠───────────────────────────────────────────────────
┃◎1 @jisaku. 　 　 　 1,092(　 )人　5,243,128,930(+4,430,803)Pt.→　9,613,454(+6,311)Res.　4923:309:07:59:02(+2:336:21:53:45)
┃◎2 @mmo . 　 　 　 　408(　 )人　1,737,139,670(+1,052,292)Pt.→　3,232,567(+1,713)Res.　1719:171:19:11:32(+0:282:03:06:44)
┃◎3 @newsVIP.　　　1,010(　 )人　1,715,974,546(+1,022,167)Pt.→　3,284,795(+1,548)Res.　1832:016:08:58:39(+0:268:02:16:32)
┃◎4 @poverty. 　　　　694(+2)人　1,480,451,687(+4,578,606)Pt.→　2,835,224(+7,138)Res.　1184:126:10:39:50(+3:037:06:24:15)
┃◎5 @LeafKey 　 　 　124(　 )人　　984,529,657(　+892,369)Pt.→　1,881,736(+1,481)Res.　 .913:079:08:15:24(+0:203:06:27:34)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

jisaku=自作PC板
mmo＝大規模MMO
newsVIP=この板

2012/09/25〜2012/09/26の達成(項目別)
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃@jisaku 　　　　　　　　　　　　　　4923年10ヶ月解析時間達成
┃@newsVIP. 　 　 　　　　　　　　　　　　　1832年解析時間達成
┃@mmo. 　 　 　　　　　　　　　　　　1719年5ヶ月解析時間達成
┃@poverty 　 　 　 　　　　　　　　　1184年4ヶ月解析時間達成
┃@LeafKey. 　 　　　　　　　　　　　　913年2ヶ月解析時間達成
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

2012/09/25〜2012/09/26の達成(名前別)
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃@jisaku...　　　4923年10ヶ月解析時間達成
┃@newsVIP　　1832年解析時間達成
┃@mmo.　　　　1719年5ヶ月解析時間達成
┃@poverty 　　1184年4ヶ月解析時間達成
┃@LeafKey....　913年2ヶ月解析時間達成
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

葉鍵が意外だな
このスレっていつも立ってるの？

VIPだけ全然立ってなかったから立ててみた
今のVIP知らない人多そうだし

http://d.hatena.ne.jp/images/diary/k/koasa/2008-06-03.png
http://img2.blogs.yahoo.co.jp/ybi/1/50/12/zahappyokojo/folder/28937/img_28937_299034_0?1239064108

どっちがかわいい？

右

久しぶりにボインのスレ発見！

お久しぶり

【板内チーム】ポイント(・∀・)ランキング【@newsVIP】
　 ..　 　 Team　 　 　 　　　　　　　Points　 　　.(Δ)　 Results　.(Δ)　　...CPU Runtime　 　 　 　　　...(Δ)　.Member..(Δ)
. 1..(→)..@OINARI　　　　　　130,661,560　.(74,484)　.221,059　.(84)　.113:239:02:15:46　.(0:018:12:16:44)　 　　　　6　.(0)
. 2..(→)..@socho　 　 　　　　114,545,153　.(53,434)　.219,095　.(70)　.126:081:08:43:46　.(0:015:05:44:04)　 　　　　9　.(0)
. 3..(→)..@pettan　 　 　 　　...92,739,655　.(34,225)　.174,747　.(45)　　91:184:12:48:11　.(0:006:17:14:24)　 　　　.26　.(0)
. 4..(→)..@click　　　　　　　　..48,842,887　.(28,660)　　90,902　.(52)　　56:318:14:49:30　.(0:007:05:22:06)　 　　　.10　.(0)
. 5..(→)..@naoki　　　　　　　....47,494,636　　(8,619)　　79,230　.(11)　　47:286:13:36:39　.(0:002:03:49:29)　 　　　　2　.(0)
. 6..(→)..@tyokoani　　　　　....34,769,213　 　　　(0)　　63,321　　(0)　　43:115:23:04:41　.(0:000:00:00:00)　 　　　　9　.(0)
. 7..(→)..@sneg　 　　　　　　　20,408,788　　(2,144)　　37,816　　(4)　　22:145:21:53:37　.(0:000:23:28:00)　 　　　　1　.(0)
. 8..(→)..@jks　　　　　　　　　..17,898,280　.(13,500)　　31,760　.(16)　　22:071:06:44:30　.(0:003:05:23:28)　 　　　　2　.(0)
. 9..(→)..@boon　　　　　　　　.14,368,272　　　(211)　　26,516　　(1)　　14:298:05:38:16　.(0:000:00:59:37)　 　　　　3　.(0)
10..(→)..@lolicon　 　 　 　　　...4,602,598　　(7,511)　 　.8,419　.(11)　 　.4:102:06:19:34　.(0:002:21:38:48)　 　　　　2　.(0)
11..(→)..@burage　　　　　　　...3,918,647　.(11,388)　 　.6,233　.(12)　 　.2:057:06:53:31　.(0:001:14:36:35)　 　　　　3　.(0)
12..(→)..@cat　 　 　　　　　　　1,890,874　 　　　(0)　 　.4,088　　(0)　 　.5:082:04:36:26　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
13..(→)..@KOTEHAN　 　 　 　.1,539,320　 　　　(0)　 　.4,137　　(0)　 　.1:129:11:47:44　.(0:000:00:00:00)　 　　　　3　.(0)
14..(→)..@　 　 　　　　　　　　　　548,913　 　　　(0)　 　.1,157　　(0)　 　.0:193:22:41:09　.(0:000:00:00:00)　 　　　　3　.(0)
15..(→)..@cc　 　　　　　　　　　　357,921　 　　　(0)　 　.1,131　　(0)　 　.1:222:18:26:41　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
16..(→)..@Nerine　　　　　　　　　199,065　 　　　(0)　 　　.342　　(0)　 　.0:120:13:00:38　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
17..(→)..@boin　 　　　　　　　　　188,351　 　　　(0)　 　　.477　　(0)　 　.0:121:10:39:39　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
18..(→)..@POLICE　　　　　　　　123,390　 　　　(0)　 　　.285　　(0)　 　.0:077:22:16:32　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
19..(→)..@hkdzk　　　　　　　　　..114,944　 　　　(0)　 　　.284　　(0)　 　.0:092:13:27:17　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
20..(→)..@tech　 　 　　　　　　　　54,088　 　　　(0)　 　　.123　　(0)　 　.0:036:06:54:48　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
21..(→)..@Yukirin　 　 　 　　　　　.41,710　 　　　(0)　 　　　95　　(0)　 　.0:046:14:18:45　.(0:000:00:00:00)　 　　　　2　.(0)
22..(→)..@ichigomashiamro　 　　　8,483　 　　　(0)　 　　　19　　(0)　 　.0:005:00:36:26　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)
23..(→)..@W_ET　 　 　 　　　　　　...1,394　 　　　(0)　 　 　 ...3　　(0)　 　.0:000:17:17:15　.(0:000:00:00:00)　 　　　　1　.(0)

@OINARIチーム　.130,600,000点達成，221,000回達成
@sochoチーム. . . 114,500,000点達成
@pettanチーム　 .91年6ヶ月達成
@clickチーム　　....90,900回達成
@naokiチーム　 . ..47,490,000点達成
@loliconチーム　　4,600,000点達成