「STAP細胞の懐疑点」に関するテンプレ・スレッド

「STAP細胞の懐疑点」スレッドが蓄積した膨大なテンプレをまとめたスレです。

現行の暫定テンプレは、>>2-18の通り。

□主要文献
小保方Nature論文（オープンアクセス）
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html

Nature News記事：Acid-bath stem-cell study under investigation
http://www.nature.com/news/acid-bath-stem-cell-study-under-investigation-1.14738

上記Nature News翻訳版： 理化学研究所、STAP細胞論文の調査に着手
http://www.natureasia.com/ja-jp/nature/specials/contents/stem-cells/id/news-news-140217

体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見−細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導−
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/

理化学研究所：60秒でわかるプレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/digest/
研究論文（STAP細胞）に関する情報等について
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140327_1/

Essential technical tips for STAP cell conversion culture from somatic cells
http://www.nature.com/protocolexchange/protocols/3013

Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells.
https://research.bwhanesthesia.org/research-groups/cterm/stap-cell-protocol

京都大学iPS細胞研究所： iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察
http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/other/140212-194926.html

□参考リンク
11jigenまとめ　http://stapcells.blogspot.jp
Knoepfler Lab Stem Cell Blog　http://www.ipscell.com/
kahoの日記: STAP細胞の非実在について＃1-5　http://slashdot.jp/~kaho/journal

◯小保方論文コピペ疑惑画像詰め合わせ◯
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/13
最後にもう一度TCR、慶應大学吉村研究室
http://new.immunoreg.jp/uploads/fckeditor/uid000001_20140402123124dc82d952.jpg
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
分子生物学会理事長声明 、『STAP細胞論文等への対応について』『再要望』
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140303_seimei.pdf
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140311_seimei.pdf

日本学術会議会長談話　STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-d6.pdf
理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿
http://www.wiley.co.jp/blog/pse/?p=14657

STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント(目次)
http://blog.fujioizumi.verse.jp/?eid=247
小保方他(2014a)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20313842/
小保方他(2014b)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20326345/
□兄弟スレ
STAP細胞（未来技術板：ID表示）　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394192207/
STAP細胞の懐疑点 出張所　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/
STAP細胞質問スレ PART3　http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397222947/
□謎の予言：ムーミン谷のオホホポエム(時系列・暫定版・4.19修正版)
http://www.poverty.jeez.jp/ura/img/kenmou01318.txt

★STAP細胞の懐疑点の議論まとめ・資料集リスト
(疑惑が多岐に渡るので原文は以下を参照)

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397608621/2-14

・理研会見とオボ会見動画URL
・STAP論文疑義調査最終報告まとめ
・キメラマウスの二重のトリック
・キメラマウスの不正実験疑惑・ネイチャー論文 LETTER 【Fig.1 】
・オボと若山先生のマウスに関する考察
・笹井氏の主張予想
・ネイチャー質疑応答　Contributions
・STAP=死亡細胞を食べたマクロファージ説
・自家蛍光してる細胞をマクロファージが食べてる動画紹介
・マクロファージ動画の再生速度遅くする見方説明

[理研 & CDBが調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)]

　・緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験
　・FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
　・CD45+細胞でGLが見えない大発見
　・バイサルファイトの図にパワーポイントか何かでわざわざ上書きする努力家の小保方氏
　・数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
　・テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕
　・細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
　・ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象
　・露光時間を変えても胎盤の輝度が全く変化しない不可思議カメラ
　・大気下にて塩酸で調整した緩衝液（重曹系）をCO2インキュベーターに放り込む画期的pH調整法
　・胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC
　・細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS
　・死んで破裂した細胞がマクロファージに喰われていく様を脱分化と言い張る偏屈さ
　・トランスクリプトーム解析するごとに発現量が大きく変わるのになぜか一つの解析内では安定している謎細胞STAP
　・CNV解析するとES細胞そっくり、というかES細胞とほぼ完全に一致する仮面細胞 STAP-SC

上記↑に指摘もれがあったらどんどん追加しよう!
疑惑が多すぎて分けわかんなくなってきたからね!

[笹井氏の会見に対する反応]

2ch 生物板での反応:
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397706278/28
　「昨日の笹井氏の会見は全くまともな反論になっていない。ただのこけおどし。 」

岸輝雄・ 東京大名誉教授・理研「研究不正再発防止のための改革委員会」委員長の反応:
http://www.nikkei.com/article/DGXNASDG1803S_Y4A410C1CR8000/
　　笹井芳樹氏の責任について「（理研の小保方晴子氏と）同等の責任を持つべきだ」
　　と批判した。改革委は理研に対し、共著者の責任を明確にするよう求めていく方針。
　　…
　　実験ノートを見ていないと発言したことに関し「一緒に出したことが大事で、ある
　　部分は知ってるが、ある部分は知らないということは普通はあり得ないだろうと思
　　う」と苦言を呈した。

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長のコメント:
http://nosumi.exblog.jp/20586616/
　「以上のような可能性を総合的に判断すると、
　　「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。」

吉村昭彦・慶応義塾大学教授のコメント:
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
　「現在のところキメラや幹細胞でTCR再構成もBCR再構成も見つかっていないので
　　STAP現象があるという積極的な根拠はなく、むしろ『ない』と考えたほう常識的である。」

著者らの公表したゲノムデータを解析し、疑義を指摘した kaho 氏のコメント:
http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602
　「作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
　　そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．
　　「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．」

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長に寄せられたメールの一部:
http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/

「ESキメラとSTAPキメラは作製法が異なっていたことがそのまま答えになる」と思うに至りました。
つまり
（１）ES細胞をsingle cellにばらしてblastcystにinjectionすると胎児のみに寄与する
　　　（注：胎盤中央部は胎児由来なのでGFP陽性になります。ここで「胎児のみに寄与する」とは
　　　「胎盤全体がGFP陽性にはなるわけではない」という意味です）、
（２）ES細胞塊を小塊に切り分けてblastcystにinjectionすると胎児と胎盤の両方に寄与する、
ということではないかと考えてみました。残念ながら（２）に相当する実験を行った文献は見つかり
ませんでしたが、「8-cell embryoとES細胞塊とを融合させる」という形でのキメラマウス作製
を行っている文献が見つかりました（添付）。これは、ES細胞を「細胞塊として取り扱う」（single
cellにしない）という意味においては（２）に限りなく近い状況を再現していると考えられると思
います。驚くことに、Fig. 2J, 2KではTrophectodermにES細胞が取り込まれています。これ
は「invivoで作製されたiPS細胞はtotipotentである」というHannaらの論文（Nature 502
340-345, 2013）のFig. 4f によく似ています。なお添付文献のtext中には「積極的にtrophectoderm
に寄与したのではないかもしれない」という遠慮深い表現もありますが、Fig. 5Hでは胎盤（しか
も胎盤外縁部まで）が明らかにGFP陽性となっており、textにもそのように記載されています（黄
色でハイライトしました。なおここでFig. 5Gと書かれているのはFig. 5Hの誤りと思われます）。

つまり、ES細胞を「塊のまま」使ってキメラマウスを作製すれば胎児と胎盤の両方にコミットする、
と考えられるのではないかと思いました。そして、笹井氏の「胎児と胎盤に寄与できる既知の多能性
細胞はない」という主張は誤りであると思いました。即ち「STAP細胞の存在を仮定しなければ説明
ができない現象がある」のではなく、kahoさんの解析を基づいて考察すれば「ES細胞であったとし
なければ説明ができない現象がある」と言うべきと思われます。

大隅ブログhttp://nosumi.exblog.jp/20586616/ コメント欄より
Commented by LiveCell at 2014-04-18 08:41

ライブセルイメージングの開発を行っている者です。
話題になっているので、イメージを見てみました。
セティングはx１０オブジェクティブ、DICイメージの質が悪いのでおそらくプラスティックボトルかディッシュ、自動焦点機能を使用、といったところでしょう。
興味深いのは蛍光非発現の細胞が減っていること。
細胞死によるのであれば、死んだ細胞のカスが残りますが（DICでは白く光って見える）、きれいに無くなっているので何かによって処理されていると考えられます。
この系ではおそらくマクロフェージの類だと思います。

では、マクロフェージであればイメージ中に見えているはずですが、最初の方のイメージ中にはありません。
これは自動焦点機能によるマジックでしょう。
たぶん、輪郭抽出による自動焦点機能が使われていると思いますが、この場合、焦点はディシュ表面ではなく、丈のある物体（イメージでは球形の細胞）の方に当たります。
マクロフェージのようなディシュ表面にべたっと付くタイプの細胞はこの条件では見にくいはずです。
後半に行くに従い、激しく動く細胞が見えだしますが、これは球形の細胞が減ったため、自動焦点がディシュ表面に移動し、見え始めたと思われます。
もし、この激しく動く細胞がSTAP細胞であれば、蛍光発現細胞に由来するはずですが、このイメージング条件ではディシュ表面に居る細胞が分からないので何とも言えません。
が、マクロフェージに補食されたと考えた方が合理的なように思います。

焦点をディシュ表面に固定化するかz−スタックを取ってイメージングすれば答えは簡単にでます。
おそらく、蛍光発現細胞がマクロフェージに補食されたイメージが取れると思います。
また、理研のhttps://www.youtube.com/watch?v=lVNbwzM2dI0&feature=youtu.be&app=desktopを見てみましたが、細胞がクシュとなるきれいな細胞死の一つのパターンのように見えます。
個人的にはこのような細胞（おそらく死細胞）からマウスが発生するとは思えません。

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1398499213/347

347 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/04/26(土) 22:25:59.35
>>182>>200
おいらも日経サイエンス6月号買ってきた。結構よくまとまってるから皆も買うと良いと思う。
http://www.nikkei-science.com/page/magazine/201406.html

記事の内容を自分なりにまとめると、
(1) STAP幹細胞はES細胞だとすれば辻褄が合う。
(2)『胎児と胎盤が同時に光った』が事実だと、STAP細胞=ES細胞だと説明がつかない。
(3) でも本当に『胎児と胎盤が同時に光った』か疑問

(2) についてはノスミンブログのコメント (>>16 http://jump.2ch.net/?nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/)
にもあるので実は「STAP細胞=ES細胞」でも説明が付く可能性もある。
(3) についてはいよいよ怪しくて、以下の様に書かれている (以下一部引用):

> 若山氏は，胎児と胎盤が両方とも緑色に光るのを見たとしている。
> ただ胎児の血管や血液細胞は胎盤にも入り込む。こうした血管や
> 血液細胞が光っていたのであれば，「胎盤が光った」とはいえな
> い。「私は胎盤に関しては専門外なので，この問題を小保方さん
> に指摘した」と若山氏は言う。小保方氏は切片の標本を作り，胎
> 盤にしかない組織であることを確認したと若山氏に説明したとい
> う。「それで納得してしまった」。

ちなみに丹羽氏は切片標本しか見ていないっぽい。
胎児と胎盤が同時に光るのを直接は確認してなさそう。

「同時に光った」がウソであれば (2) を考える必要もなく、
実験ごとに細胞を使い分けるだけで容易に捏造可能なはず
(同様のことが記事でも指摘されている)。

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397978711/677
[STAP細胞が胎盤にも胎児にもなるという実験は笹井氏主導?]

2012/04/24　米国に仮特許出願US 61/637,631（以下「出願A」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227005.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022851022.pdf
2012/12-01　★ここで笹井氏がプロジェクトに参加
2013/03/13　米国に仮特許出願US 61/779,533（以下「出願B」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227009.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022881386.pdf

　↑ここまで「STAP細胞が胎児にも胎盤にもなる」という記述はなく、
　↓ではじめて登場する(パラグラフ[0040]など)。さらに、笹井氏が発明者として追加されている。

2013/04/24　出願A,Bを優先権の基礎として、国際特許出願PCT/US2013/037996（以下「出願C」という）を行う。
　　　　　　　　http://www.google.co.jp/patents/WO2013163296A1
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022883817.pdf
2013/10/31　出願Cが、公開番号WO2013163296として公開される

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1399735731/11
[特許出願書類中の記載事項の比較]

「胎児にも胎盤にもなる」 …… 出願C以降
「光る胎児と胎盤の画像」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Letter が初出?)
「STAP幹細胞120日実験」 …… 出願C以降
「メスのSTAP幹細胞」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Article が初出?)
「TCR再構成の確認」 …… 出願B以降 (Science 投稿論文が初出?)
「EpiSCとの比較実験」 …… 出願B以降
「博論からの画像流用」 …… 出願Aのみ (B・Cには含まれず、Article で復活。出願Aの時点で既に弱酸刺激処理の結果として不正流用)

出願A = 米国仮特許出願 US 61/637,631（2012/04/24)
出願B = 米国仮特許出願 US 61/779,533（2013/03/13)
出願C = 国際特許出願 PCT/US2013/037996 (2013/04/24)

現時点ではマスコミの追求が及んでいない部分【１】

(１)小保方研究室の研究費の使途
(２)調査委員会押収のノート２冊と残りのノートの公開(内容と使用済み分量とノート規格)
(３)小保方研究室に残っていたサンプルの詳細(一部追求済み)
(４)小保方の私物ＰＣに残っている記録
(５)小保方の受入プロセスとＰＩ採用時の審査プロセスと採用理由
(６)小保方の杜撰なデータ管理を野放しにした理研のチェック体制
(７)ポートピアホテルの宿泊費用を本当にハーバードが負担していたのか(ハーバードに要確認)
(８)ハーバード大研究員兼理研客員研究員時代、理化学研究所に来訪し実験したのは１年未満なのか(理研に要確認)
(９)特許出願に係る理研内審査の記録
(10)Ｎ論文と行使価額修正条項付新株予約権大量行使における利益相反関係の有無
(11)３月５日に理研が成功を発表したＳＴＡＰ細胞の再現実験のデータと報告プロセス
(12)生データを公開しない理由
(13)顕微鏡のハードディスクに残されている画像データの詳細
(14)調査委員会が小保方に対して私物ＰＣの提出を求めたにも関わらず小保方が断った事実
(15)J. Guo他(2005)論文不当転載部分の実験ノートの内容
(16)2014年2月20日ヒアリングの数日前に取り直したはずの画像データが2012年4月特許出願書類に掲載されている事実
(17)部外者が小保方研究室に侵入してＥＳ細胞を混入させることが可能か否か
(18)丹羽氏の確認した「ＳＴＡＰ細胞ができていく過程」で細胞をすり替えることができる等の隙はなかったか
(19)特許明細書が小保方論文骨子のコピペである理由
(20)本当にライブセルイメージングは改ざんできないのか

現時点ではマスコミの追求が及んでいない部分【２】

(21)なぜ小保方は再現実験に成功した独立した研究者氏名を公表しないのか
(22)STAP細胞の作製を200回以上行ったにも関わらず実験ノートが4〜5冊に止まる理由
(23)なぜ理研は次世代シークエンサーでサンプルを分析しないのか(あるいは既に分析したのではないか)
(24)少なくとも200回に渡って同様の実験に公金を使用し続けた合理的な理由とその正当性
(25)「夜寝る前に明日失敗したらもうこの実験を止めてやろう今日一日だけは頑張ろうと思ってる間に５年経った」のはずが200回も成功していた
(26)研究に関わったテクニカルスタッフを含む全員の氏名
(27)小保方がB6系統マウスあるいはES細胞を入手した可能性と入手経路
(28)9日に「マウス実験は若山先生と話してないので分からない」と発言したにも関わらず
なぜ14日に「長期培養も保存も全て若山先生が行った」と言えたのか

https://twitter.com/JuuichiJigen/status/462240468261023744
論文捏造＆研究不正 ?@JuuichiJigen

　これが、理研調査委員に対して検討違い（言いがかり）の指摘をした不当な告発文書の一部です。
　告発は悪意を持ってなされた可能性もあります。
　http://4.bp.blogspot.com/-R5habHlRKsA/U2OtIn9ypjI/AAAAAAAABVY/f0mNUCtjeZQ/s1600/1.png

https://twitter.com/satoshimihira/status/462289242777858050
理系弁護士三平聡史（みずほ中央代表）@satoshimihira

　意図的なら悪質！理研は一応民間なので，虚偽告訴罪（懲戒目的）は非該当。
　偽計業務妨害罪に該当です。

[小保方氏代理人が公開した小保方氏の実験ノートの一部]

┌──────────┐
｜テラトーマ解析について.｜
└──────────┘

http://www.asahi.com/articles/photo/AS20140507005258.html

6がつ２８にち「陽性かくにん! よかった。」
http://www.asahi.com/articles/photo/AS20140507005625.html

12がつ２７にち「移植 ?」
http://www.asahi.com/articles/photo/AS20140508000026.html

2がつ２７にち「」
http://www.asahi.com/articles/photo/AS20140508000032.html

■再実験担当の丹羽氏にも切り貼り疑惑？検証■[sage] 2014/04/06(日) 15:07:17.26

STAP細胞の懐疑点 PART226
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396681629/944 　2014/04/05(土) 23:49:42.62
11次元様
今回の論文の共著者でもある丹羽氏がSTAP検証実験の責任者でもあるが 丹羽氏が責任著者の2011年のDevelopment誌の論文
（Development 2011 138:197-202、若山氏も共著者）のFig.3やSuppの図に不適切なバンドの切り貼りが存在しています
（ネガティブコントロールレーンの切り貼り、小保方氏と同じです）。

こんなことを許す研究者が検証実験と称して多額の税金を使うのはいかがなものかと。
ぜひ、この話題を取り上げてください。よろしくお願いします。
=================================================
丹羽論文Fig3：小保方さんよりチョーわかりやすい貼り付け画像がいっぱい（44枚全部、白線入れるなら100本以上）。よく査読通った（CDBの機関誌みたいなものだから？）。　

http://dev.biologists.org/content/138/2/197/F3.large.jpg
=================================================
Choice of random rather than imprinted X inactivation in female embryonic stem cell-derived extra-embryonic cells
Kazuhiro Murakami, Kimi Araki, Satoshi Ohtsuka, Teruhiko Wakayama and Hitoshi Niwa1

Development 138, 197-202 (2011) doi:10.1242/dev.056606
http://dev.biologists.org/content/138/2/197.full.pdf
（丹羽さんがコレスポ＆ラスト）

[STAP細胞論文の動物実験計画書についての質問書]
http://animals-peace.net/animalexperiments/stap

以下要約:
理研から開示された小保方研究員が関わった動物実験計画書は計4件で、
そのうちSTAP細胞関連の動物実験計画書が2件。この2件の期間はそれぞれ
2011年10月1日〜2013年3月31日と2013年12月9日〜2015年3月31日となっている。
これは、遅くとも2011年3月には実験が行われていたとし、
また2013年3月以降も笹井研で実験を行っていたとする小保方氏の主張と齟齬がある。

理研において動物実験が機関として適正に管理されているか疑問である。