【DNA】メタゲノムについて語るスレ【過疎】

メタゲノムシーケンスのシュミレーション方法考えたのだが。
おまいらの意見を聞きたい。

まずは、調べるDNAの数を一種類とおき、
シーケンスするサンプルDNAは400万塩基配列。
ショットガンで切る長さをｍを250と仮定し、本数をｎとおく。
調べ方はZアルゴリズムによってO（ｍ）となる。

方法
塩基配列400万文字列を数列に直し。（つまり数字が400万までということ）
それが乱数でｎ本に切ら、その切られたものをシーケンスしていく。（つまりｎは乱数で出た数字+250ということになる。これをXと置く）
もし、XとX2が重ならない場合はその両方を記憶しておき、新たな変数X3にて乱数を発生させ重ってコネクションするまで繰り返す。
一番の理想はXにすべての数字が入る（つまりXが1〜400万になる）と終了にしたいが、それの近似値でよしとする。
そして、ショットガンで切った本数ｎに対して、コネクション率がどのように変化していくかをシュミレートしたい。

と、以上にすげぇ〜大まかさに説明しました。
わからないことは質問するがいいさ。私が答えよう。
しかしながら私も熟考中にて意見を求むる。

EYE　HAVE　YOU

メタで調べるDNA１種類とか
「シュミ」レートとか
ショットガンで切る長さ固定長とか
大丈夫か>>1

メタ世界を漂っているらしい >>1

メタボリックゲノム

学校の課題は自分でやりましょう

過疎すぐる