miRNAってどうよ

どんなもんでしょう？

2ゲットだﾌﾗｧ!!
　　　　 ∧∧,..,､､.,､,､､..,_　　　　　 　／i
　　　;'ﾟДﾟ、､:、.:、:,　:,.: ::｀ﾞ:.:ﾞ:｀''':,'.´ -‐i
　　　'､;: ...: ,:. :.､.:',.: .:: _;.;;..; :..‐'ﾞ ￣ ￣ 　　　　
　　　　｀"∪∪''`ﾞ ∪∪´´

２

どうよってどうよ？

意味があるのはごく一部で、ほとんどがゴミなんじゃないの？

KOマウスの文献出るの遅いな

ヒトで200くらいあるんだよな
ターゲットが遺伝子の3'UTRにつくものだけではなく
外部ウイルス(ＲＮＡ)にくっつくものがあるっていうのを
読んだけどまじ？？

>>6
今、CNSクラスにそれぞれ複数報submit中。にちがいない。

>>7 外部ウイルス(ＲＮＡ)にくっつくものがある

あの論文うさんくさいよ。

>>9
それ以前にmiRNAの論文で胡散くさくないものを一つでもいいので
揚げてくれよ

>10
そんなmiRNAってうさんくさいの？

>>11
どの実験も微妙すぎて、追試する気も起きないぞ。
もちろん、現象面だけならば、追試は可能だ。だが
その現象が、いま考えられているmiRNAの機構でおきて
いるのかどうか、どうやって実証すればいいのか、自信
ない。
ところで、だれかdicerのTS変異細胞についてなんか知らないか？

>10

H. Kawasaki, K. Taira: Nature, Vol. 423, 838-842 (2003).

大腸菌で完全長が発現されたdicerについてならば、情報があるらしいよ

>>13
>>14
なにもよりによって、一番胡散臭い情報をあげなくても・・・

で、本当のところどうなの？

microRNAの権威です。楽しいよ。

myRNAを購入しました

楽しいだけじゃだめでしょ〜？？

ホントに楽しいだけじゃ駄目？

miRNAがホントに楽しいかは別問題として。

種によってどのくらい数違うの？

次はmiRNAでもやってくれ！！

265 ：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 14:28:32
167 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 14:11:57
K先のsiRNAによるDNAメチル化に対する否定論文がでたぞ。
同じ遺伝子、同じ細胞、DNMTのダブルノックアウト細胞まで
使って徹底的に否定している。

Nat Genet 37: 906-10, 2005
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=16025112&query_hl=6


ヒトではほとんど見られないCpNpG型のメチル化がK先論文で起きるのはなぜ？と。
キミのbisulfite conversionsは不十分なんじゃない？と。
キミのPCRプライマーにCpGが入っているのはいかんじゃないか、と。
5' CpGアイランドのすぐ上流にあるAlu配列（普通どんなときもメチル化されている）
が、どうしてデフォルトで非メチル化なの？と。

さてK先どう出る？

170 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 14:21:35
>>167
>さてK先どう出る？

もちろん適当な捏造データで反論をNat Genetに送ってIF稼ぐデスよ。
笑いがとまらん。


266 ：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 14:53:42
またリトラクション？ｗｗｗ

We observed promoter silencing by dsRNAs in the absence of DNA methylation,
whereas others observed both events for the same gene in some of the same human
cancer cell types4. What accounts for these opposing results? We believe the answer
may lie in the types of DNA methylation assays done and how they were done.

(1) First, the DNA methylation observed previously4 included CpNpG methylation as
a consequence of dsRNA targeting to the CDH1 promoter in MCF-7 cells.
CpNpG methylation is rare and has no documented functional implications for gene
silencing in humans. We found no CpNpG methylation in our bisulfite-sequenced
region, which overlaps the region examined previously4.
Unconverted cytosines in non-CpG contexts are often indicative of incomplete bisulfite
conversions, allowing unmethylated cytosine residues in both CpG and non-CpG contexts
to remain as cytosines. Such nonconversions may explain part of the differences in the
bisulfite sequencing results between our study and the previous study4.

(2)Furthermore, the PCR primers used previously4 to obtain the initial bisulfite sequencing
template contain CpG sites that may bias the amplification step and produce problematic
bisulfite sequencing results that are difficult to interpret4.

(3)A third problem in the sequencing data for CDH1 concerns the methylation status for
two Alu repeats upstream of the 5' CpG island in the CDH1 promoter region. These
sequences were found to be completely unmethylated4, whereas previous characterization
of this region in MCF-7 cells showed, as is true for most Alu repeats, dense methylation
even though the adjacent CDH1 proximal promoter region is unmethylated12.

(4)Finally, in the work with the silencing of the EF1 promoter in human fibroblasts, t
he DNA methylation data remain to be verified because the DNA methylation analyses
were not as extensive and the indirect evidence for 5'-aza-deoxycytidine and trichostatin A
coadministration alleviating the silencing was difficult to interpret. Trichostatin A is a
histone-deacetylase inhibitor, and 5'-aza-deoxycytidine, though a DNMT inhibitor, can
reactivate promoters that contain little or no DNA methylation24.

REF:4:Kawasaki, H. & Taira, K. Induction of DNA methylation and gene silencing by
short interfering RNAs in human cells. Nature 431, 211–217 (2004).

もっと大事なのはこっちじゃないか？

Taken together, our data strongly suggest that dsRNA species can induce
effective transcriptional gene silencing in human colon and breast cancer cell lines
and that this silencing does not involve DNA methylation changes in the acute time frame
in which our experiments were done.

268 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 16:54:09
馬鹿業者だが簡単にすると

K&Tが出したヒストンメチル化の論文への否定論文がでて

内容は、同じ実験したらメチル化されねーってことでFA?

その原因として
不十分なbisulfite conversionsにりメチル化
PCRプライマーにCpGが入ってるのでは？（←意図的？）

ってことだよね？

271 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 17:18:43
ほとんど、全部、否定されてしまっているじゃないの？
一部、この板で批判されていた内容もあるね。
これで、この二人は絶対絶命だろう。
だれか、Ｋ氏にわかるように、日本語で説明してやってくれＷ

しかし、これだけ檜舞台に立って、大チョンボしでかして
総攻撃食らって、灯台では問題になっていないのか？
ちゃんと、批判できる学者がいないのか、
それともＴを筑波から呼んできたボスの威光が強いのか？

プロモーター領域に対するsiRNAで遺伝子発現抑制がおきることを
初めて報告したのはK & T。
原因がメチル化だろうがなんだろうがたいしたことじゃない。
ノーベル賞は確実だね。

おっ、ご本人こっちにも降臨？
急がしいね。

276 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2005/08/10(水) 20:17:10
メカニズム無視で発表しても証明にはならないのでノーベル賞は無理。
それが捏造を疑わせるものならさらに困難。
ノーベル賞委員会は後でケチがつくことを異様に恐れるので分野全体が対象から外れるだけ。
残念だったねＴ君。

すごいね。本気だったんだねK&T。
ノーベル賞って何かの冗談かと思ってたよ。

ノーベル賞ちゅうか、このままでいけば二人ともクビでしょ！！

そしたら母校で教員します。

その前に、公開実験キボンヌ！

プロモーター領域に対するsiRNAで転写抑制がおこることを
発見したのはホントにすごいよ！！
一流の先端サイエンティストにはミスもありがちなこと。
K & Tのノーベル賞受賞はかなり固いと思うよ。
今回の報告はK & Tの受賞を妨害しようとする欧米の悪質な工作だね。
日本の頭脳K & Tを守れ！！

センスのない釣りばっかで、読んでて情けなくなるな。
アンチも大したことないヤツばっかりだってことか。

>一流の先端サイエンティストにはミスもありがちなこと。

捏造ペーパーって、全く奇想天外な誰も予想しなかった内容ではなくて、
ほとんどのケースは、「誰もが予想しながら、実験上の問題で証明できな
かったものを、美しいデータで証明して見せた」というものばかり。
サイレンシングがプロモーター領域で起きるんじゃないか、というのは
Plantの分野で予測されていたことで、それを動物細胞で初めてやれば
Natureに到達するのは当たり前で、K&Tの論文って、みーんなこんな
流行の最先端で、誰よりもきれいなデータをいち早く出して、そうだと思わせる
ものばかり。Dicerの全長大腸菌合成、Nature ArticleのHES1騒動に
続いて、Letterも否定されれば、もう絶体絶命だろう。

K＆Tって誰？

>>37

このスレの>>23に書かれてるREF4の二人だよ。

>>38
ありがと。チュ。

またK弟子の暴走かよ

>>27
うろ覚えだが、もう一人のK（元タイラーズ、駒沢ではない）がセルかなにかにそういうの出してなかったか？

K女史の実験も再現性がないことで有名です。
インチキリボ財務のせいで１年丸々ムダになった・・・orz

>>37
Ｋ崎とＴ比良？

T研出身のKK砲は両方とも捏造ってことかい？>>42

BioJapanがTの一番最近の講演じゃね？

聞きにいくどー

>>44
RNA業界では常識ですよｗ

11/10 生命科学研究科 山元教授の研究が科学雑誌Natureに掲載

東北大学大学院生命科学研究科 山元教授の研究が科学雑誌Natureに掲載され、表紙を飾りました。

記者発表：　ニューロンに刻印された性−雄の求愛を引き起こす神経回路
http://www.tohoku.ac.jp/japanese/pub/pdf/20051111.pdf
　　
生命科学研究科 山元教授の紹介
http://www.lifesci.tohoku.ac.jp/teacher/neuro/t_yamamoto.html

あほか。
ノーベル賞はMicroRNAを発見した研究者のみ。
K/Tごときのことでノーベル賞出してたら、きりがない。

イグノーベル賞ならいいかもｗ

microRNAと葉の形態形成の関係ってどうなっているんですか？、詳しく教えてください

microRNAなんて重要な活性のあるやつなんてほとんどないっ！

>50
おまい、知ってて聞いてるだろ。
いぢわるはいかんよ。

良スレ保守

次のﾀｲﾗｰｽﾞによる荒らし会場はここか？

いや、徳嶋のS負債とその関係者による荒れたスレになるだろう。
関連スレのRNAiスレのようにね。メオトラボは、最悪だね。

保守

新設される岩医大の薬学部でmiRNAやるらしいがどうよ？

まったくの素人なんですが神経細胞にはRNAiの機構が無いってホントですか？
ソースは素人学生同士の会話です。
あまり知識が無いので確かめようがありません。

うそです

何が正しかった可能性があるのか？

１．CJDが核酸感染症であり、プリオン説が誤りである可能性が高い事。
２．RNA干渉は「一本鎖DNAのコンタミ」が原因であると推察でき、
一本鎖核酸によるRNA分解能はDNAポリメラーゼの
ヌクレアーゼ活性によるものであると推察した事。
３．レトロトランスポゾンでｐ５３等の細胞内発現が可能であると推察した事。

何が間違っていた可能性があるのか？

１．細胞内でRNA干渉能を用いて特定のRNAの分解が可能であると推察したした事
（DNAによるRNA干渉能は、単一のRNAを純化したインビトロでないと動かない可能性がある）

以上を通して考えれば、昨日の書類の７割はやはり問題がない。
ノーベル医学生理学賞（プリオン説、RNA干渉、ピロリ菌の３つ）はやはりおかしい。

>>58 >>59 線虫ではRNAiは神経系に効きが悪いそうです

淫靡吐露ジェンのsiRNA用PolIIベクターって使い物になるでしょうか？
マウスに打ち込むつもりです。

タイラーズＫ２以上のゴッドハンドロンダ君が旧帝テニュトラ助教授に就任！！！！！！
背後には白い巨塔ばりの恐怖の鏡台教授戦！！！！！
やばいやばすぎる！！！！！！
http://science5.2ch.net/test/read.cgi/life/1094584332/l50

質問です。
p-bodyってありますよね。
PUBMEDで検索するときにはどうされています？
論文によっては、P body, P bodies, P-body, P-bodiesとなっていて。。。
どれが、正式な（一般的な？）名称なのでしょうか。お教えください。

あっ下げてしまった。

どれでもいいじゃん

いまだに分解代謝のごみに振り回されてるの？

>63
ロンダではないという話では？

>>55
>いや、徳嶋のS負債とその関係者による荒れたスレになるだろう。
>関連スレのRNAiスレのようにね。メオトラボは、最悪だね。

負債でＫＯ大学移籍オメアゲ！
敵を倒して大東京に進出だ！
がんばれロンダの星！

>>69
敵って？

>>70
そりゃタイラーズだろｗ
すごい業界だよ、まったくｗ

RNAiが効きづらい場合どしたらいいの？
臓器への直接投与なんだが．．．
コントロールと変わらない

>>72
データを捏造する

必殺ワンレーンずらし

真面目に答えてくれよ
vivoは始めてなんがこんなものなのか，最初は

>>75
K1にメールで問い合わせる

>>75

対象の臓器なんよ
そのmiRNAは臓器特異的なんか？

>>71
タイラーズはじめ、汐民負債、ヨシカーズもろもろのいんちき仕事のせいで最近RNA関係の予算が外され始めてるね。

塩Pが捏造だなんて聞いたことないぞ
どうせタイラーズやヨシカーズが妬んでるんだろ

配偶者の人格の方が問題という噂もある

じゃあ元部下が書いてるのか？
仮にボスの嫁が人格破綻してて被害をうけても、そんなの夫婦ラボに行くやつの自己責任です。
夫婦ラボには行くべきでないのはラボ選びの常識だよな。

>>80
いや檀那の方もかなりキテル。
見た目と物腰に騙されないこと。
学会の時に、誰もいないと思ったお二人がしている会話は・・
今思い出しても寒気が・・

潮ミーズ？

http://www.nikkei.co.jp/news/shakai/20071212AT1G1102D11122007.html

ジャンクじゃないことが明らかにされました
金投下の恩恵くるか？

本体が熱でポシャら無ければね

>>82
ロンダだから無理してんだろ。
西の捏造のメッカでも教授選の過程で噂を聞き付けて
塩Pを落としたのは当然。
京王のプライド高いMD院生とうまくやれるのか？

潮美さんここ見てんじゃねｗ
ﾀｲﾗｰｽﾞ擦れのおすすめ２ちゃんねるに
徳島のラーメン屋スレとか出てたお

飯台、無駄に慎重だな・・・少し前なら当確だったのに。何があったんだ？
これじゃ、とうほぐに勝てないよ

京王のMDは基礎には行かないので影響なし。

塩Pラボはボスもピペドもロンダだからタイラーズまであと少しだお

>>86
何の噂を聞きつけたんだろ？

アカハラ裁判とか

>>91
えっ、マジ！！！そんなもんあったの？？？

何はともあれ潮ミーズの仕事はよくワカランしツマラン。
オリジナリティーが感じられん。

嫉妬乙

本人乙ｗ

KTのときも初期のころは何かカキコがあるたびに「嫉妬乙」とかばっかだった件

あのラボは妬まれても仕方ないほど地方大学にしては生産性が高いからな。

>>84
山中さんってRNAの研究もしてたんじゃなかったかな。
昔RNA学会で見掛けたことがある。
焦点をピッタリ合わせて来る研究スタイルに加えて、これはと思う分野も上手に絡めて来るなぁ…

>>97
無理して出したＳ以外はＧＤしか無いわけだが・・・
何を妬めと・・・

シオミーズはRNA屋の希望の星
保護すべき

んで付け上がると
ﾔﾚﾔﾚ

ま、日本ではﾏﾄﾓな科学は無理だってことだ
つか特アかｗｗ

つかさ、RNAとかが盛り上がり始めたときに、そのなけなしのシオミーズとやら中心に
もう少し投資してりゃよかったんだよな。
いまからじゃ手遅れだけどさw。なんでRNAとかついているプロジェクトってくだら
ない便乗研究ばっかなのよ。さきがけとか、クレストとかもさ。
JSTとかの戦略もひどすぎね？

宇宙戦艦ヤーマート

>>103

RNAと名前がついているので便乗研究と呼べるのは
利権とNED○のの機能性○○○プロジェクトだろ。

CRESTは立ち上がっていないし、さきがけはこれま
でRNAを研究していた人間がやっている。まぁ元々
機能性RNA以外の研究も対象になっているので、普
通のRNA屋さんもいるけど。まぁ額も少ないから、
どうでもいいことかもしれないが。

NED○の中にもちゃんと研究している人はいる。上
であがっていたメオトラボの奥さんの方とか。ただ
し便乗組は多い。タイラーズが捏造で抜けた分を便
乗組が埋めたって感じかな。潮実さんだけでは埋め
られないほど派手にやってたからなぁ。

利権はハナからやる気なし。cDNAプロジェクトが
一段落ついたので、単なるお題目に利用しただけ。
実際、「何にも」していないらしい。困ったもんだ。
もっとも、ゲノムアノーテーション関係の方でそれ
なりにいいところには論文を出して、格好はつける
だろう。

>>105
メオトで相互に業績ダブルカウントだからなぁｗ

dsRNAで処理すると
dsRNAの領域だけ発現量が増えているんですがこんなことあるんでしょうか？
脊索動物なんですが
ちなみにdTプライマーで逆転写してるのでdsRNAが増幅するはずはないです
未知のメカニズム？

dsRNA内部の配列で調べたことはないが何故か増幅する時はある

739 ：名無しゲノムのクローンさん [] ：2008/01/22(火) 10:09:35
あの酷い捏造事件から復活されてたんですね。
真摯な先生だったのでうれしいですね。

Akashi H, Taira K.
RNAi and epigenetics: Pol IV is a matchmaker of small RNAs meeting with chromatin.
Heredity. 2007 Mar;98(3):125-7. Epub 2007 Jan 10. No abstract available.
PMID: 17213867 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Sano M, Taira K.
Hammerhead ribozyme-based target discovery.
Methods Mol Biol. 2007;360:143-53.
PMID: 17172729 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Matsumoto S, Miyagishi M, Taira K.
Genome-wide sreening by using small-interfering RNA expression libraries.
Methods Mol Biol. 2007;360:131-42.
PMID: 17172728 [PubMed - indexed for MEDLINE]

740 ：名無しゲノムのクローンさん [] ：2008/01/22(火) 10:25:29
K負債はアサシマンのグループに配属になってるね。平研究員で。
論文出版はさっぱりみたいだ。
ＣＮＳかっとばしまくりがここ数年論文なしってのもすごい。
どういう扱いを受けているかは大体わかるな。

そういえばＫもアサシマンも横国つながりだったな。
関係ないけど。

大好きな潮美負債がＫＯ行くからそっちにでも逃げるかな？ｗｗ

>>109
どこの所属として論文出してるの？

>>110
>そういえばＫもアサシマンも横国つながりだったな。
>関係ないけど。
その横国の出身ラボ、今年いっぱいで教授が退官
ラボは解体再編成

よこはめくにたちだいがく

>>112
そうか！後釜狙いか！

>>111
見に行けよｗ
もとの所属のままだったぞ

地位保全の裁判やってるし、可能なわけか？

KTとGageのCellは結局どうだったんだろ？
当時はいろいろウワサされていたわけだが・・

でもアサシマンも人がイイとこあるからなｗ
あっという間にＫ１に操られるんじゃないか？

Ｋ「先生の言うとおりやったらすごいデータが出ました！ＣＮＳですね！ノーベル賞ですね！」
Ａ「ウホっ！」

毛玉警報発令中！　毛玉警報発令中！　毛玉警報発令中！

いいとこあるよｗ

アサシマンて誰？

アイジーンの取締役やってたすずきって今何やってるの？