バイオインフォマティクスを教えて下さい 7

いつのまにか消えていたので立ててみました。

1 名前：みなしごEST 投稿日：2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

669 名前：名無しゲノムのクローンさん ﾒｪﾙ：sage 投稿日：03/06/23 22:38
（前略）
それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。

関連スレは>>2以降

前スレ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1060124095/l50

とりあえず質問。
海外の、bioinformaticsとかsystems biologyの有名ラボってどこがあるでしょうか？
情報きぼん。

ホシュage

バイオインフォを一から学ぶには？
バイオインフォ系のベンチャーの行方は？
今後大きく発展するのか？？

などについてのご意見お願いします。

>>5
自分も初心者だから詳しくはわからんけど、
やっぱり大学行ったほうがいいと思うんだよね。
というわけで、アメリカの良いラボ等の情報教えてください。

英国だったらMRCとかSanger CentreとかCambridgeとかじゃない？

Harvardにsystem biologyのファカルティがあった。

http://sysbio.med.harvard.edu/phd/
Systems Biology Ph.D. Program at Harvard University

Program Overview

We are delighted to announce that the Harvard Ph.D. program in Systems Biology is
now accepting applications for entry in September 2005. We aim to recruit students
from a variety of different backgrounds, who will work together to forge a new
approach to biology that combines theoretical and experimental approaches. Our
focus is to explain how the higher level properties of complex systems materialize
from the interactions among their parts. Because both the field and the program are
new, this program will require unusual levels of independence and creativity from its
participants.

bioinf(ry.orgのjobsに、よくポスドク募集とかあるよ。
どこでやってるかはそういうのでも分かるんじゃない？

CASP6の上位入賞者のラボっていうので間違いないだろう

何気に昨日のセミナーはおもしろかったよ

>11
どんなの？
ひといないし、そのネタで雑談でも。

CBRCってどうなの？

復活記念ｶｷｺ

CASP上位の若手が最新レポみたいなのをしてくれて楽しかった

>>13
今年のCASPでは登壇発表するらしいよ

CBRCすごいよね　みんな若いのに

>>17
確かにCBRC若手の凄い人多いイメージあるけど、この分野みんな
若くないか？

具体的に何が凄いの？

雑談失礼。
>>10
CASP6でググった。ちゃんと広告が出てくるのに笑った。

>>19
CASP6で入賞しただけでじゃすごくないのか？

CASP6ってまだ始まってないよね。
CASP5の上位入賞の情報きぼんぬ。
homepageに載ってないんだよね。

>>22
12月の始めだね。
過去のCASPについてはProteinsを読むのが一番早いと思うよ。

CASP6の上位入賞者は、CASP6で口頭発表の
栄誉に浴するので、プログラムみたらわかるよ。

2ちゃん有志で参加できない？

何組中何組が入賞？

>>25
CASPに？CASPはSETIやfolding@homeのように機械的に出来る部分は少ないんだよね。
人よりも良いアルゴリズムを考え、そこに生物学的な知見をのせる。
アルゴリズムやプログラムが完成しても、計算パワーはfolding@homeほど
必要ではない。入り口のアルゴリズム、出口の構造の評価、これを多数の
ターゲットに対して粘り強く行っていく。参加者は5月くらいなら秋口まで
休み無く参加をする。おそらく、かつての西川研や今回のCBRCもそうだったんじゃ
ないかと推測する。>>25は、計算機の仕事だからってボタンを出すと誰にでも出来ると
思っていない？folding@homeなどは計算機が仕事をするがシステムの開発なんて
自分たちではしていないでしょ？本来研究として意味を持つのは、アルゴリズムを
含めたシステムの開発や出口までの方法論の確立で、これらを簡単に出来ると
思うのは、ちょいと勉強をした方が良いと思うよ。>>23にも出ている過去の
Proteinsを読んで見れば？

>>26
http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2004/pr20041202_2/pr20041202_2.html

>>28
Template based modeling部門で何組中何位？

ください

Proteinsって、雑誌？それとも本？

>>31
雑誌。
http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/jhome/36176

雑誌って、そういう読み方するものなのかな？

>>33
そういうの意味がわからないけど、ProteinsのCASP特集号はちょいと独特。

でもってProteinsはProtein系4誌のなかでもっとも
IFが高い
Proteins > Prot Sci > P.Eng.Des.Sel > Prot Exp Pur

特集号があるのか
それで疑問は氷解

でもこの分野はIFあんまり関係ないしな。

分子生物学会とGIWって時期をわざと合わせてるんだよな？
あれって逆効果じゃないの？　一週間連続で職場を空けられる人ってそんなにいるの？

>>37
雇う側が適当に換算してくれるといいよね

>>３８
なら一緒の場所で一週間連続でやれば、交通費も会費も広告費もうく
のに、なぜそうしない？利権ばっか考えるな！！

>>37
みんなに使ってもらえるデータベースやプログラムを作るのは
とても大事。が、現実世界の話としてはIFもとても大事。
よっぽど有名なDBやプログラムなら、話は別だと思うけど、
文科省がCOEにしろ何にしろ、業績評価をIFの足し算でやったり
するものだから凡百のDBやプログラムよりはIFの高い論文を
書ける研究者のほうが評価される。

>>40は空気読めない万年テクニシャン

>>42
じゃなくて学生だろ？

そうそう。
所詮この世界は、実体のない虚構の作られた世界。
その世界を形づくるクリスマスツリーの粉飾のために
アクセサリーを飾り付けたり、その前でお遊技の一つもできない奴は、
この世界には縁のない使えない人間。

>44
誤爆か？それとも>>42の言うように空気が読めないやつが
混じっているのか？

ところで、現在CASP6開催中。

>>44
空気はある意味読めすぎ。

業界を蛙には、力が必要。
「誰かなんとかしてくれないかな？自分が損をしない方向で、、」
なんてウジ虫はだれも相手にしない。

>>47
どのスレに書いても同じなつまらないゴミのような書き込みだな。
>>44=>>47じゃないのか？
抽象的な用語ばかりで具体的なことは何も書けずに何か偉そうな
ことを言った気になっている。学生か？お前は

フリーター（専門卒）だ。相手にするな。

誰か、開催中のＣＡＳＰに関しての情報持っている人いない？

俺としてはこのスレの力を結集してGIWの時期を変えて欲しいね。
いっそ9月くらいに。

問題は、このスレには結集するほど人がいないことと、このスレでは基本的にみんないがみ合っているということだ。

仮に首尾良くいったとしても
「2ちゃんねらー」が、って言われない気がする・・・

>>41
「評価サレル」っていう言葉が既に空しい響きを漂わせるのはナゼか？

次ぎの人が仕事をするにあたって役にたつか？同じ仕事をしてる人を
インスパイアできるかどーかを考えれば、凡百の論文と凡百のプログラム
のどちらが大事かなんて、おのずと明らかだと思うが、、、

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　出前！
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　チャーハン！
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 |￣￣| 　　┌──┐　　　デマエ！
　　　　　　　　　　　　−＝≡　　|.______| 　ｏ│ 　　 │　　　　チャーハン！
　　　　　　　　　　　−＝≡　　 ( # ﾟ∀ﾟ)彡 └─彡┘
　　　　　　　　　　−＝≡　　　⊂　　 ﾉ┌.ｏ.┐丿　
　　　　　　　　　　　−＝≡　　 （　⌒).│ 　彡　ノ
　　　　　　　　　　　　−＝≡　　c し'. │ 　│　　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　└─┘　

　　　　　　　　　　　　　　　┌─┐　　　　 　　∧＿∧
　　　　　　　　|￣￣|　　┌┤　 │　　　　　　(´Д｀　)
　　　　　　　　|._____.|　　│┌─┤　 　　　　　（　　　　）
　　　　　　　（ ´・ω・）　││･｡･ ﾟ･｡　　　　　　|　|　　|
　　　　　　c(,＿Ｕ_Ｕ　　└┴ﾟ･･ ﾟ･｡･｡　　　　 (　(　　 )

>>51, >>52
マジレスすれば、お前ら柏のロンダが集まっても塵ほどの価値がない。

柏ってバイオ関係の研究所あった？

>>53
たぶん漏れが大学院を出てから"生活"や"キャリア"を考えるように
なったから自然にこんな言葉が出るようになったんだろうね。
サイエンスを考えるとき、何が大事かっていうことはみんな知ってる。
でも、大学を出てポス毒の後どうする？評価される側として
どうする？霞食べて生きていけるのか？理想と現実を見つけながら
少しでも自分の楽しい研究をやっていくか？これが大事なんだと思う。
自分の信じるサイエンスの価値に殉じるのもまた一興とも思う。
自分の人生だしね。だが、誰かから金もらって生きるんだろ？それだけは
覚えておいたほうがいいよ。

>>55
>ロンダ
柏の教員だったりして。
*田氏なんかは2channelerを公言してるし。
>51
煽り叩きは2(ryとはいうけどさ、どうにかなんないもんかね、ほんと。

>>55
マジレスすれば、学生さんは学会の時期が重なってたって困らないと思うわけだが。
その妙な過剰反応はGIWの中の人だから？

>>57
科学者なら、科学者ならばこそ、そんな世俗にまみれた
意見を恥ずかし気もなく吐露する前に、より大局にたった
意見を展開すべきではないか？そもそも、科学者のコミュニティ
というものが形成されてからどの程度の時間がたってる？しかも
この国において、、、一般の国民が国の科学政策に目をむけるように
なってからどの位の時間が経ってる？見方によればまだ目をむけられて
ないとも言える、投入される金額や今後の国際的な影響を考慮すると、、、
　それを踏まえた上で話しを戻すと、論文偏重の評価が始まったのは
いつからなんだ？すくなくとも論文で補助金の配分が事実上決まるように
なったのなんてつい最近だろ？IFなんて一昔前は陰も形も無かった。
評価の基準なんて時代時代で変わっていくもの、はやり廃りといえばそれまでか。
ただ、国策に関わる問題である以上、その基準は単なる流行で決まるものでは
なく、誰にでも明白な形でわかるような実効性を伴うものである必要があるだろう。
ま、ここまで言えば結論は明らかだ罠。

長い

>>60
空虚な一般論でサルでも書けそう。
国策の決定過程を知らない柏の助手か？Ｗ（←ぱくりｗ）

国策って、一億円が野口夏目の感覚な世界だろ
背伸びするなよ

>>60
そんな理想論をいわれてもね。上にも書いてあったけど、
評価される研究者は、それでは、やっていけないわけ。
IFは流行り廃りというけど、これは必ず残る。だって、
政治力にも左右されず、研究の質を計る客観的な尺度って、
これぐらいしかないのよ。アルゴリズムやDBがどうやって
評価されるの？
お上が、IFで評価するっていうんだから、そのレールに
乗りつつ、その中でうまくやりくりするってのが、現実的だろ。

なんかやたらとageてる香具師が着いてるな・・・。
>>41 - 64
>現実的
現実的すぎて、漏れならひねくれたくなるなあ。
他の尺度・・・bioinfoでどれだけあるかと思うが、パテントとか。
DBならアクセス数とか(PubMedなんて凄そうだよな)、ライセンス数とか。

IFが消えないと言うのは同意。が、分子生物学の内輪の指標、とまで
割り切った方がイイカモ知れない。

評価ってものはたしかに非常に難しいものだが。
だからといって、IF以外で評価できないのなら、
評　価　に　使　っ　た　時　間　分　の　給　料　返　せ
だな＞担当者。そんな分かり切った事、評価とは言わん。

ＣＡＳＰ：CBRC３位、北里４位。
日本勢大健闘！

DBのアクセス数や、ソフトウェアのライセンス数は簡単にいじる
ことができるのは知ってるよな？
パテントは確かに大事だけど、そして実際評価の対象になってる
けど、実際に出されているパテントは、論文の焼き直しとかで、
全然使い物にならないのばっかりだよな。「数」が大事っていうの
だから、そんなクズのパテントがいっぱい生産されてしまうのも
仕方のないことかもしれない。
あと、パテントは、評価の対象になっても、研究者の資質を
計る物差しには、少なくとも日本では、なってないわけよね。
研究者は、アカデミックなことをするのが仕事なのだから。

上手くいってるのかいってないのか？ってのが重要。
IFの評価で「何か」がうまくいくならそれでいい。
上手くいってないなら、それを変えていくってのは当たり前。

女将がIFで評価する（こんなこと一言もいってないと思うけど、、）
っていうなら、IF評価をやめるのも女将。今の問題は、IFしか売りの
ない使えない研究者が、本質と関係ないとこでIF教を蔓延させていること。
このスレみたいに。

>女将がIFで評価する（こんなこと一言もいってないと思うけど、、）
言わなくてもやってるよ

IFしか高くない椰子もいるが、IFが低い椰子がそれを見て自分を
慰めたってしょうがない。低いほうは得てして実力不足が多い。
バイオインフォに限定するならば、ほどほどのIFの雑誌があるから
IF=1以下なんかに出していたら実力不足を指摘されても仕方ない

柏ってそんな評価低いの？
たとえば、アメリカのワシントン大学や、テキサス大学と比べるとどっちが評価高いのかな？
医科研の評価は？
情報きぼん

柏の誰か、あるいは医科研の誰か、を書かないとまともな評価は返ってこないと思う。

そうだな、例えば柏なら、これらの人々。
ttp://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/cb/labs.html

あと医科研なら、これらの人々かな。
ttp://www.bic.kyoto-u.ac.jp/egis/member_J.html

age

>>72
そうだね。
人材育成も期待できそうだし。
灯台内にも他に幾つかの零細バイオインフォ研究グループがあるが、
研究的にもビジネス的にも中途半端なところばかり。
データを作ってＤＢを管理しているだけで、傍らで分析らしいこと
をやっているところとか・・・

>>68 それで何か公平に評価できる具体例ってあるの？
IFが全てじゃないなんて誰だって分かってる。でも大学の偏差値みたいな
もので、何らかの尺度は必要だろ。

>>72
医科研ってこんなに人いたの！！知らなかった．
情報系ってこれで全部？

>>75
大学の偏差値ってネタか？？？？
最近の　Nature見てて何も感じないってなら鈍感すぎるだろ。

あ、じゃあ柏もそんなに捨てたもんじゃないのかな？
なんか柏ってよく叩かれてるから、どうなのかなーと。
アメリカの２、３流大と比べてどうなんでしょうか？
スレの上のほうにHarvardとか書いてあるけど、さすがにレベルが違うよね。
というか、まず入学むりぽ…

NCBIのdbESTからOryza sativaだけをＤＢ化したいんだけど
どうすればよろしいのでしょうか？

>>77
最近のNatureのHarvardキャンペーンはひどすぎ
無理矢理載せたという感じかな

零細バイオインフォ研究の嫉みでつか？

>>78
柏の問題で教官の問題が言われたことなんてないじゃない。

>>78
まだネタになるだけ柏はいいと思われ。
教員も悪くないし・・
それ以外で怪しくショボイところに気をつけた方がいいと思われ。

>>79
seqertあたりを呼び出すスクリプトの出力をひたすら一つのファイルに追記させる。
・・・ってか、なんでそんな事すんの？いろいろあるやん、
ftp://ftp.gramene.org/pub/gramene/CURRENT_RELEASE/data/blast_databases/
とか。

なるほどねー。
2ちゃんやってるとどうもネガティブな意見ばっかりで不安になるけど、
叩かれるって事は活気があるってことかな。

>>85
柏が叩かれるのは教官は東大並でも学生が日大並だという点。
千葉にある日大か東京理科大の院みたいだ。

>>84
いったんマルチＦＡＳＴＡにしてまたそこから再度欲しいＥＳＴを
何通りかにわけて抽出したいんですよ。
でまずは種ごとにＥＳＴを分けてＤＢ化したいなと思っています。

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbEST_summary.html
ここにあるようにＤＢ化されてたりしないのですかね？？

Refseqのrna　NM_; NR_; XM_; XR_　の説明ってどこかに
ないですか？？教えてください

>> 88

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.table.691

NM_ は mRNA、NR_ は RNA、XM_ は mRNA、XR_ は RNA です。
NM_ と XM_ のちがいは？っていう質問はリンク先に回答があるから禁止。

普通DBの管理だけで教授なんか雇うのかねえ？
研究室のテーマが「バイオインフォマティックス」だって。
しかも教授自身が過去にデータの分析で業績があるかと思えば、それもなし。
人を使ってデータをソフトにぶち込んで結果を出させているだけ。
そういう人材を連れてきたことを自慢げに話すマネージャー気どりの教授もいたな。

>>90
大学とか企業の研究所で情報系研究をやっていた香具師で
業績不振とか、研究に行き詰まって立場的にやばくなった
のかもな。救済的採用とか・・・
そんな程度だと研究の下請けが関の山だろうな。

周囲に似たような享受がいるが、
「バイオ系だと未開拓部分が多いから新しい結果が出し易い」
とか言っているのがいたが、なんだか嘗めているな。

stand aloneでPSI-BLASTはできるんだけど
PHI-BLASTの検索をしてくれないんだけどなぜですか？

下請けの方が、研究者よりもレベルが高いのがこの世界の特徴。
未開拓だけど、縄張り争いは激しいな。月の土地を売買してる感覚か？ww

皆さん GIW の準備はどうですか？

>>93
ところが、下請けを脱却して独立的に新しいことをやりたいと
図々しいことを言っているから困るんだけどねｗ
漏れもお手伝いに徹していればいいと思うのだが、
そうせ雇い主が獲得した予算で飯を食っているんだし。
まあ食い付き野郎が多い分野みたいだね、今のところは。

評判よりも、業績をきちんと調べろ。

自分の研究業績でなくて、研究者を抱きこんで
結果を出して誤魔化しているところは駄目だ。

研究業績を出してくれる人材を連れてきたこと
を自慢するマネージメント享受も駄目だ。

産学連携とかを名目に都合のいいようなことを
言っているところも駄目だな。

灯台にもこんな零細なところがあるんだよな。
残念！

>>87
unigene使えばいいのに。

>>98
unigeとはＥＳＴをクラスタリングしたものでしたっけ？？

>>99
そうです。

そうせ、下請けでも自分で科研費とれるようになったから、
これからは雇い主ってだけで威張ってる能無は負け犬ですね。www

GIW どうですか？
だれかレポート書いて！！

そうせ、いつもと同じGIWでしょ。

GIWは、第一回から行っていたが、最近は行ってないなぁ。
第一回は、むちゃくちゃおもしろかったが、、。
ICOTとの共催だったので、人工知能研究者と実験生物学の研究者
が、互いに全く通じない話をして、一方で、「顕微鏡ののぞき方」
という発表があれば、もう一方で、「生成文法の理論について」
みたいな話がある。ICOTでは、「囲碁のアルゴリズムは」とか
いうし、「いやあ、情報科学には期待しますよ」なんていう識者の
コメントもあった。
あ、一回目は１９９０年の１２月だった。
二度目は、一回目のとき、「こりゃだめだ」と引いてしまった人
以外が参加したので、言葉は通じないが、互いに相手の研究を
知ろうとする人たちが多かった。
考えてみれば、日本でGIWが始まったのは1990年で、アメリカの
NIHを会場にして、ISMBが最初に開かれたのは、1993年。日本の
バイオインフォマティクス（もちろん、当時はゲノム情報とか
言っていたが）は、欧米に２年から３年は先行していたのだ。
ISMBも、第一回は発表とかして、その後もしばらく毎年のように
行っていたし、日食もみたし、だけど、最近はもうなんか分野が
膨れ上がってしまったので、２年に一回のCASPしかでてないや。

>>104
日本からのCASP参加者で、ICOTを知っている人ってもはや少ないような。
Ｍ下電器の方かしら？そうでなければCBRCのA山さん？

ICOTねぇ・・・第五世代コンピュータに推論マシンか。
ITゼネコンに食い物にされただけだな。

推論マシンはタダの広告塔だったような気が。
どこかで、目指していた方向性は間違ってない、という評価記事を
読んだ記憶がある。
##ひょっとしてLoopあたりか？

>>105
にしても、CASP6は、日本勢は大健闘で、入賞２チームで、
おしくも入賞を逃したチームがあったほか、まあ、そこそこ
ってところが多かった。平均的なレベルとしては日本の
チームは、かなり高いし、突出したチームもあった。
参加チーム数も米国の次に二位で、これまたすごいが、
やっぱり、日本チームの中での上位は、過去から参加して
いるチームだね。産総研チームは入賞を果たしたわけだが、
これは、センター長がCASP2から参加（といってもこのとき
は聞きにいっただけだったが）しているっていう伝統がある。

バイオインフォマティクスの中でも、タンパク質立体構造
予測はまさに古典的領域になっているが、いろいろな総合力
が必要で、そういう意味で、今回は十分な実用性もある
レベルで構造予測が可能になったということと、そのトップ
クラスに日本のチームが２チームも入ったということは、
日本のバイオインフォマティクスもかなりいいところにきて
いるということだろう。まあ、来月お祝いシンポジウムをやる
から、暇な人間は集まれ。105さんは誰だかわからないが、
来月２１日のことを聞く立場にはあるだろう。

ははははー(^^;;
まだ表に出ていない話ではないですか？>21日
CASP6のイタリア風のロゴはスキャニングではダメ？と
思った今日この頃であります。

>CASP6のイタリア風のロゴはスキャニングではダメ？
CASPのページにありまする．どこにあるかは想像つくだろう．．
例のやつは21日ですね．だれかTシャツもっていないのかなぁ．．

>>110
実は、Ｔシャツ、帰りの飛行機で着たんです。
そうして、帰ってきて洗ったら、すっかりがらがおちちゃった。
え？どこにあるの？目をさらだにして探したけどないっち。

>>109-110
２１日の研は、公開の予定で、金曜日の段階で、
公開になったはずだけど、会場が狭いから、事前登録ありね。
一応、日本から出場のチームの主立ったところは、全部来る
予定。どこそのウェブページでも紹介が来週中にはアップ
される予定。
＃２ちゃんで宣伝してどんくらい来るものだろう？
＃入場制限しないとだめかしらん。

>>112
今のところ、会員企業にしか紹介回っていないのでは？
会員企業優先で（座席にも優先席作ります？）、それ以外の席を
一般に開放するというイメージかと思っていました。面白い話は
多くの人と共有したいけど、お金を支払っている会員にメリットが
ないと・・・。

>>111
これはなんだろう．
なんかCASPでよかったって言っているし，例のロゴも入っていますよ．
http://www.proteinsilico.org/rokky/

Robettaの次みたいけど，Robettaってなに？
CASP素人にはよくわからない．．なにが面白いのだろうか．

>>111
それ、CASP自身のサイトではなくて神戸の高田研（最近は、エリート
クラブメムバーｗｗｗ入り）のサーバーでは？
サイエンティフィックには高田研などの（オリジナルはベーカーだが）
フラグメントアセンンブリ法はサイエンティフィックには面白いけど、
時流としてはCBRCや梅山研のようなものの方が現実には役に立ちそうな。

>>115
現実？
配列みてタンパク質のなにがどこまでわかるっておしゃるのやら．
この場合の現実とは目先の利益ってことになります．

構造決定も不確定性を排除しきれないのが現状なんだから
もう少し謙虚になりなよ

>>116
目先の利益っていう意味で、ようするにゲノム科学の
一貫として、ゲノム中のタンパク質配列解読のための構造予測
っていう意味では、BLASTが普及した段階で、おおむね完成した
といってよい。現状構造不明のタンパク質アミノ酸残基配列
に対して、６割くらいは十分に構造が決定できる。今回の、
CASP6では、その種のCMターゲットについては、GDT_TSが、
９０を越える場合が多かったから、予測精度は１Åってところ
だろう。そうじゃないFRについてもかなりいけるようになった
というのが、CASP6で明確になった。CBRCや、梅山研の
やり方は、基本的にCMの方法だが、FRにも適応できている。
もちろん、エリートクラスになったRokky,Rokkoにしても、
CMでできるところはそれでやる、っていう方法。
じゃあ、NFはどうかっていうと、こればっかりはまだ多くの
場合、ってか、たとえ Rosetta だろうが、GDT_TSが20とか
30の場合がある。GDT_TSは、まあ５０を越えないと当たった
とは云えないから、まだ、こういう「新規の構造、あるいは、
難しいFRターゲット」については、予測システムはできてい
ないということだ。

簡単にいえば、構造構築原理そのものは、よくわかっていない。
ということになる。
>>113
だからここで、紹介しているじゃん。
ってのはおいといて、シンポジウムの参加者にはメールしています。
会員にメリットがあるのは当然。だけど、今回はどっちかっつうと、
お祭りの要素がでかいっていうか。
ま、そういうわけだから、２１日はオフ会になるってことで。

>>118
まったく．構造予測するのが目的かよ．目標と目的を履き違っていますね．
目標が予測でも目的はタンパク質の理解ですよ．
だから目先の利益なんですよ．PDBを完全に信じきってCMやらFRやらが解ければ
現実的に役に立ちそうなんて，普通の人は騙されても（特に企業の人は！）
先を見る目がある人はがっかりします．
そんなスナップショットでなにがわかるんだ！
機械学習がトレーニングセットに依存することよりひどい話ですよ．
PDBに依存するホモロジモデリングなんて，それで作った薬を誰が使うんだ！
なんでそうなるか理由もわからずデータがそういっているから作ったなんてひどい話では．

だからRosettaかなんだかわからんが，そんなのに金を使いましょうよ．
個別研究ではなく（タンパク質一つの構築原理）広く理解しましょうよ．

>>119
何考えてんだか。
ゲノム科学の一貫としてのタンパク質配列理解のための構造予測
と言っているだろうが。
ようするにそれが限界なのが構造予測の現状だと言っている。
実際には、FRやNFのターゲットで、GDT_TSが90を越えるような状況
になってくると、構造構築原理が理解できるようになる。
もちろん、タンパク質は一つ一つ非常に特殊だ。しかも、折り畳みの
条件もそれぞれのタンパク質で異なる。ものによっては、別のタンパク
質なりが誘導体にならないと構造を形成しないものもある。
あるいは、特殊な酵素が存在しないとcis trans の制御ができず、
最終的な形にならないものもある。また、PDBのデータが欠陥だらけ
なのは、十分承知している。それで１０年以上やってきているからな。
ただし、一方で、タンパク質一つ一つに研究者が張り付いて実験やって
解剖学やっているだけでは、その一つ一つについてだけしかわから
ないから、全体として生命現象をつかむことにはならない。
まあ、所詮、生物学は理論じゃあだめで、観察と実験による博物学だ、
という思想の持ち主が多いのだが、しかし、それでも、本当の意味で、
タンパク質の機能、たとえば、構造が変化するとかで実現されている
機能とか、さらにリガンド結合時の構造の変化とか、そういうことを
理解するには、タンパク質全体でどういうふうになっているかの理解
が必要だ。
CMは、博物学的には非常に正しい方法だ。ただし、これで構造が予測
できても、折り畳み原理の構造構築原理の解明にはまだまだ距離があ
る。Rosettaがやっていることも、結局は統計ベースの構造探索であり
その統計は、PDBからとっているわけだ。統計の物理的意味となると、
これは非常に難しい。

>>119
学生の意見かな？
私はCASPコンテストに出たことないけれども、少なくともCASPコンテストの
意義というのは方法はともかくブラインドで構造決定できていない構造を
過去の知見や理論で予測するということでしょ？Rosettaに金を投じれば
フォールディングメカニズムを理解できると思うの？ホモロジーモデリング
だけでデザインした薬を誰が使うって言ってる？前提を違えた議論をしては
いけませんな（計算機によるドラッグデザインの先には実験や臨床の
フェイズがあるに決まってる）。ついでに、企業の人間を馬鹿にしてはいけない。
学生程度の見通しなんて当然のように出来ている。そもそも会ったことある？

>>121
ようは，CMやFRが現実的（115）→NFがこの先重要（116）→CMやFRは配列理解に役立つ．NFはお手上げ（118）→CMやFRは現実的でない（企業馬鹿）（119）→116と118の繰り返し（120）→中身なし（学生馬鹿）（121）

Rosetta（のようなもの）に金を投じればフォールディングメカニズムを理解できると思います．
というのは言い過ぎでしょうが，私の知っている限り，CASPでの200チームの半分以上は
様々は方法を試していると思います．その回での入賞はともあれ，意味のあることをたくさんやっています．
それをすばやく取り入れ，新しい解決方法を模索しているのがBakerです．ちなみにアブストを見る限り，BakerはRobettaやRosettaを作ってません．

いいたいのは，CMやFRで入賞したからといって今はいいかも知れません．企業の利益に還元できるでしょう（創薬，クラスター，ベンチャーなどなど）．

しかし，今回のCASPのNFを見る限り（WEBからみれますよ），この先真っ暗．．まさにNFというべきNFがたくさんあります．

構造決定ができないタンパク質がたくさんあるわけで，そんなのはPDBにはいってないし，構造決定にミスったPDB構造の修正もしないわけだし，
そのうち，変なタンパク質の構造決定にNFで頑張っている人の方法が必要となるわけだし，
そうなると，いままでの6割に対して有効だったCMやFRは何になる？
とりあえず，今あるものでやってみようというのがCMやFRに対する方法で（>>119 そいう意味で目先でしょ？）
>>115
サイエンティフィックより現実を重視する意見には，特にこの分野に関しては，違和感を感じる．

つまり，いいかえると，
CMやFRで入賞したってどうせCASPの意義においての入賞であって
大したものではない．．
（バイオインフォマティクスにおける動的計画法みたいなもんだ．有って当然という．）

>>121
言いたいことが言える学生の意見は尊重すべきです．実験や臨床フェイズがあるのは常識でしょう．だからホモロジーモデリングだけで薬を創ってみるという発想がいかにも企業人．
膜タンパク質が実に創薬のターゲットでは．

私は企業の人間（特に時流れに群がる企業の）はあえて馬鹿にしたい．

>>122
バイオイフォはサイエンスを志向しているよりはエンジニアリングを
志向している、役に立ってナンボのものだと思うが？領域の成り立ちも
そうだよね。

>>123
勘違いです．
役に立ってナンボのものだっていうのはバイオインフォでない！
決して日本のバイオインフォは発展しない．いや，もはや見込みなし

>>123
今時，領域の成り立ちがうんぬんかんぬん．．米に遅れるのも当然かなぁ．
重要なところを抑えてないと結局は遅れるんだよなぁ．科学・工学だけではなく
全てがそうなんだよなぁ．
いまホットな話題より，この先来そうなものの見分けができないのが日本の悲しいとこでしょう．

もしもタンパク質のフォールディング原理を明らかにしたいなら
それは、バイオインフォマティックスというよりは生物物理の仕事だね。
いずれにしても>>124,>>125のような物言いしか出来ないような人間では
ダメです。フォールディング原理について話をしたいなら、郷さんの
昔の仕事とかをまず見てみれば？お前はフォールディング原意の解明が
これからホットだと思っているのか？それは、生物物理から伝統的に
ホットな分野だ。そこらへんの研究は参照してる？

118だけど、
まず、目先の利益っていうのが誤解されたのかな。
短期的効果からすれば、構造未知のタンパク質でも、配列
から、その６０％くらいは、構造がおおむね判定できるし、
また、CM/FRの方法がうまくいく場合は、1Åの精度で予測が
可能になる(GDT_TSが90を越える）。1Åの精度はＸ線結晶解析
でもとまる限界精度を超えているのだから、まあ、すべて
はそうじゃないにしても、今後構造を知りたいと思うタンパク質の
およそ20％か30％については、機能解明に必要な十分な精度が獲得
できたといえる。この程度の精度までいくと、あとは分子軌道計算
などを併用して、リガンドバインディングの詳細な計算をすること
も可能で、こういう知見は、創薬にも生かすことが可能なレベルだ
と思う。CASPが始まる前（１９９０年代前半）当時にここまでの
レベルが１０年以内に実現されるとはとても思われていなかったの
で、CASP4以降のBLASTの本格普及と、CASP5からのサーバーによる
エントリーでの結果などが、ここまでのレベルを導いたように思う。
あと、CM的な方法（つまり配列だけを注目する）とその発展が、
FRのターゲットにも有効だというなら、これぞバイオ・インフォマ
ティクスっていうか、計算機科学の勝利だね。
>>126　のいうように、たしかに、折り畳み構造の構築原理をしる
仕事は、生物物理の範囲かもしれないが、細胞内がどろどろのスープ
の中である以上、いわゆる物理的な純粋性のある理論は無理で、
それよりは「配列がにていれば構造もにている。たぶん、にている
タンパク質はにた条件で生成され、にた機能でにた利用がなされて
いる」ということから、配列解析だけで構造まで考えるというほうが
はるかに「実用的」意味がある。で、これぞ、生物物理屋がやらない
「情報科学的」手法であり、これが十分な効果を及ぼしたということ
だろう。

>>127
まさにそのとおり！
拍手，拍手！

>>128
127だけど、、、。
ただし、>>126がいうのも事実で、タンパク質を自然界のもの
として博物学的にとらえる範囲では、CM/FRの方法での構造予測
は十分だが、実際に、タンパク質の機能改変とか、スクラッチ
から配列を設計する人工タンパク質合成なんていうところに話が
くると、現在の構造予測で培われた議論は、ほとんど使えない。
生物物理の問題でもあるし、また、ここにバイオインフォマティクス
的な要素を入れるなら、統計ベースのエネルギー解析などをしっかり
解釈しなおして、実験データと対照できるようなものにしないと
いけない。っていう意味で、FR/NFのターゲットでさんざんな状況
であった今回のCASP6は、まだまだこのレベルはそうとう大変だわな
と思わせるものであった、、というもの。
ただしもう一つ加えるなら、まじでスクラッチから人工タンパク質
作ったりするか、って問題。酵素の活性を上げるなんてときは、
案外活性部位とは無関係なところを１つかふたつ残基変えるのが
よいとか、理論的には予測不可能で、まさに進化論のみぞ知る、って
ところがある。そこは微妙。また生物がもっていない酵素を最初
から作る、とかいうのは、もしかしたら、既存の酵素のリガンド
バインディング部分をほかのと入れ替えるとかいうドメインレベル
での組み替えタンパク質を合成する程度でよいかもしれないから、
そうなれば、これは現状のCM/FR的な方法での構造設計とか
タンパク質設計が十分に使える領域でもある。
ってことで、生物物理的意味での構造構築原理の解明は、もしできたら
うれしい技術として利用されるが、できなくても、それに代替する
技術は、CM/FRの方法からとってこれるので、まあ趣味があったら
やりなさい、という程度の話かもしれない。

あいかわらず、長いレスが多いな、このスレは。
もっと簡潔に書けないのか？
それとも、どっかを縦読みしなきゃならないのか？

横読み

リガンドバインディングは膨大な分子数の溶媒を考慮する必要があるので、量子化学計算はまだちょっと実用的ではないよ。
そして生物物理屋は純粋物理以外もやってる。
まあ、力をあわせてやっていこうや兄弟。

>>132
たしかにそうなのだが、分子動力学との組み合わせなどで
だんだんとできそうな状況にはなっているからな。
まあ、今後、いろいろな方法の組み合わせで、だんだんと
計算可能な方法が現れてくることに期待しよう。

ところで、CASP6では、ドメイン予測と、ディスオーダー予測
があったわけだが、こちらは、ディスオーダー予測は、正直
初期の二次構造予測などよりはずっと当たっている。
ドメイン予測もかなりいい線いっている。
こんなことと組合わさると、タンパク質の中のぶらぶらした
領域とか、タンパク質自体の動きなどについても予測の立場
からいろいろできるかもしれない。
ま、アクチン、ミオシンによる筋肉運動などに代表される、
動くタンパク質、それもATPバインディングで動いたりする
タンパク質などの機能予測も、ほかのすでに解明されている
ものとの組み合わせで、いろいろわかるようになるだろう。
まあ、昨今NMRも、X線解析も１０年前と比べるとずいぶんと
手軽になってきたようだ。ようするに、全部あわせて、
タンパク質全体の理解が深まったということで、ひとまず、
この話は終結できると思う。

>>126
だれもフォールディング原理の解明がこれからホットだはいっていない．
そんな古典の古典をいうのは本当に馬鹿にしているとしか思えない．
それに，>>133 この話はそんなんで終結できません．
がしかし，「全体的によくなってきた」というのには賛成で，
要するに，CM・FRが現実的で，バイオインフォはエンジニアリング志向で，
これから先をみようっていったら古典を持ち出し，
という方々がこの分野にいては非常に困ります，ってことです．
ICOT譲りの根性は捨ててほしいです．
GIWがISMBより先に始まって日本のゲノムプロジェクトは先駆的だとかいう，
負け犬根性は捨ててほしいです．
しかし，ICOT時代の人がいまや某センター長やら灯台なんとかやらなんだからしようがない．
決して，私はドメイン予測とかNF予測とかという個別論が言いたいわけではない．
全体（日本）の進む方向がこれでいいのかという疑問と失望なのです！

あいかわらず、長いレスが多いな、このスレは。
もっと簡潔に書けないのか？
それとも、どっかを縦読みしなきゃならないのか？

横読み

原理っていうからいかんのじゃないか？
それとそれぞれの方法論はともかく、
初発のアイデアに対するオリジナルな日本発の
仕事が少ないから閉塞感がたかまるんじゃないか？
やってもやっても、猿真似だっていうことだろ。

>>137
同感

現在の日本の構造予測に興味（面白そうだな、とか意味ねーとかでも）
ある人は、下記の講演会に行ってみるのがイイかも。
http://www.ipab.org/images/CASP6.pdf

>>139
お〜
愛PUB

あけおめ。
今年この分野で話題になりそうなネタを書き込んでみて下さい。

今年この分野で話題になりそうなネタ
＝捏造データの見分け方

それに対するマスゴミの予定調和的能無コメント
＝いたちごっこはこれからも続きそうです。

捏造データをバイオインフォマティクス的に判別できるようになったら
世界から大注目だね。多くの重鎮の首がとび、教科書が大規模に書き換えられる
かもしれない。やる価値大だ。

北が提出した遺骨の鑑定について、なんでマスゴミは
専門家の意見を電波に載せようとしないのか疑問。いつも
はしつこいくらい専門家のコメントを垂れ流すのに、、、
もともとうさん臭いとマスゴミ自信判断してるからか？
生物の専門家がキチンだから逃げ回ってるのか？どっちだ？

関係ないスレに書き込むな。以上。

バイオインフォなんてゲノム計画であふれかえった配列データ
をどうまとめるかっていう極々狭い視点に立脚した要件から、
出てきた分野。そんなので、今までいろんな視点に基づいて出て
きた結果の真贋を見極められるわけがない

よし、では私がやろう。
まず学習データが必要になる。
真贋それぞれのサンプルデータを募集する。
特に贋作のサンプルを広く募集したい。
PIDでOK。

ゲノム配列データ、遺伝子配列データの贋作についての情報も、あれば大歓迎。

できれば、BPでなく教師なしの競合学習でお願いします。
勝ち誇って出したねたをつぶしてごめん。

まあまあ、>>148みたいな痛いのがいるから、この業界で
捏造がなくならないっていうことが判明しただけでも一歩
全身としようや

ニューラルネット=BPみたいな知識のみでバイオインフォを
語ろうとした人間が出没した摺れってここでつか？www

誰がニューラルネットワークを使うと言った？
学習データと言うとニューラルネットワークしか思いつかない？

まじめに議論する気のないやつは、どんな扱い受けても文句いうなよ。

>>152
とはいうが、バイオインフォマティクスの人って、基本的に、
学習理論っていうと、ニューラルネットしか思いつかない人
が多いように思うぞ。過去１５年関わっているが。
ちなみに、私はニューラルネットは嫌いだから、やっていない
が。とにかく、理論もよくわからなくて、なんだかわかんない
ときには、ニューラルネットでどれくらいできるか試すと、
それが結構いけるときが多い。タンパク質の構造系でも、
いろいろなところで、ニューラルネットが登場する。さらに、
いったんは、HMMとかでやろうとしても、その先の学習に
ニューラルネットがからんだものが登場する。いずれ、SVMにも
ニューラルネットがからむだろうしね。

意味不明。ニューラルネットの限界が示されたから、他の
解析方法に目が向けられた経緯がある。

馬鹿丸出し。
「ニューラルネット」ってひとつしかないと思ってるだろｗｗｗ
いまだ発展中で限界が見えてないのに「示された」だって。ﾌﾟﾌﾟ

限界が示されようが、発展の可能性があろうが関係なく、
バイオインフォマティクスは新しい分野（まだ名前がつい
て１０年くらい）だから、とりあえず応用できる部分は
多い。で、とりあえず、というときに、ニューラルネット
は理論的に「理解する必要がない」し、パラメータを調整
するとかについて、対象となる現象の深い理解も必要ない。
そこが安易であるが、それなりの結果が出るのがよいという
ことだ。
逆にいえば、どんな理論も、安直なニューラルネット以上
の性能を出さない場合は、しょーもないということ。

>ニューラルネットは理論的に「理解する必要がない」

そんなこと言うから馬鹿にされるんだろ。

事実、あんまり理解されていない。
BPが基本だが、とにかくBPの専門家からしたらとんでもない
数のニューロンとか、中間層とかつくっている。まあ過学習
だろうがなんでもいいから、やったれーみたいなところがある。
BPの伝搬のところも本来、結構面倒な理論だけど、そこを
理解せずとも、式みれば、実装可能。で、やってみると、
そこそこの結果がでる。そんで、１０年前だと、新しい応用
考えれば、そこそこの論文誌に論文が出たんだよね、これが。
基本的には、生物屋全般の数学のレベルの低さが根底にある
とは思うけどさ。ま、それでもお手軽なのが、ニューラルネット。
まあ、いまじゃあさすがにこんなので論文にはなるまい。

あるタンパク質があります。このタンパク質とAssociation
すると知られている別のタンパク質をデーターベースから
調べたい場合には何を使っている？

>>160
Associationって Interaction と同義として質問しているの？

それがわからないから、答えようがなかった。
PDBでも、結構わかるときあるけどね。

interactionの場合にはgeneticalなinteractionやgenomicな
interactionも含まれるでしょ
association = "physical" interactionのことだよね？

＞＞１５４
それはインチキバイオインフォ屋ばかり見てきたからなのでは？
『統計科学のフロンティア９　生物配列の統計　核酸・タンパクから情報を読む 統計科学のフロンティア 9
』
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4000068490/qid=1104841839/sr=1-1/ref=sr_1_10_1/249-4399447-9197130
あたりの研究者とあったことないのかいな？ここでバイオインフォ屋と言っているのは
単なるBLASTをかけている人間をバイオインフォ屋と同じに見えるぞ。
SVMを使うにしろ何にしろ、その原理をちゃんと理解していてこそバイオインフォの
研究者だろう。

バイオインフォの研究者には
１．原理を研究する人
２．アプリを実装する人、プログラマ
３．DBを作る人・メンテする人
４．ただのヘビーユーザ
がそれぞれのレベルで相当数入り混じってるから。
オリジナリティがない猿まね原理研究者よりも、応用センスの
すぐれたヘビーユーザのほうが(一時的にせよ)もてはやされることも
あるわけだし。

>>164
SVMをやるにしても統計、数学のバックグランドがないまま
他の論文を引用して何とかの一つ覚えのように使っている
グループとか多いよ。
胡散臭いバイオインフォ屋は壁にぶち当たっているのかも。

http://kentriri.value-net.net/29/dsi/　最近、この子に萌え。


　　　　　まじヤバイ・・

　　　　　　　　　　　　　　　　リリカぁ、俺とも頼む・・・

>>165
入り混じっているといっても、どれかに大きく偏っている場合が多い。
文献検索とかＤＢ構築管理だけでもバイオインフォの研究とか言っているくらいだから。

>>166
そうだね。>>164の本は、持っているけれど、まだちゃんと読んでいない。
ま、著者から贈られたものなのだが、内容はすごく濃いので、これを
真剣に理解するとなると、大変だ。SVMは、概論しか理解できてないし、
当面私の仕事には無関係だからやっていないけれど、でもさ、簡単な
統計の話だって、実は深いのだよね。確率一つとっても、その伝搬とか
いろいろ考えると、そう簡単じゃないことばっかり。そういうのを
どれくらい理解しているのか、ってことで、自分の研究分野の関連
論文をよむと、ほとんどが最初の人の論文を引っ張ってそのまま利用。
でも、最初の人の論文がどこまで正しいか、検証すると、案外
結構やばいことも多い。結局本質つついていないことも多いしね。

で、バイオインフォのかなりの部分は、実はWEBページを作ることだ
ったりした時期があったが、最近はどうなのかな。
>>168
ＤＢ構築っていってもね、内容わかっていないとＤＢが簡単には
構築できないのだよね。ＰＤＢの整理と、利用のための独自ＤＢを
作ることを、過去３回か４回やってきたけれど、なかなか深いのよ。
ＰＤＢをマトモに読めるようにするだけで、かなりのプログラミング
が必要。まあ、ＰＤＢは例外かもしれないけれどさ。
うーんと、まあ、本当は、バイオインフォって、根本的なところで、
すごい難しいことがたくさんあるように思うよ。
なんか、めいってきたぞ。

いちばん難しいのは、行程管理。
これができる人間が不足してる。

>>164-166,168-170
だから何だよ。

>>169
書籍的には
「バイオインフォマティクス」Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Greame Mitchison著（阿久津達也、浅井潔、矢田哲士　邦訳）
もイイかもね。>>165の例えは正しくなくて、ほとんど1.だけの人など
いない（日本人では思い浮かばない）。ちょい1.っぽいものの上にある2.でありたいかな。
3.も意外に難しい。オリジナルのDBを持っているからこそ出来る研究もあり、馬鹿にするものではないな。

>>161-163 説明不足ですた。物理的に結合しているタンパク質って
いうことでおながいします。

この分野で博士持ってる人って就職できるの？

>>172
っていうか、タンパク質構造なんかだと、結局、つい最近までは、
ＤＢから作って、いろいろ解析技術も開発し、さらにその結果で
ＤＢの見直しをし、なんていうことを繰り返しつつ、やっていか
ないといけない。で、実際に、他の研究者が作ったツールでやれば
どうしても、オリジナルの研究をするのには、限界がでてしまう
ので、結局、かなり自分で作り込む必要が出てくる。
自分は、１でありたいと思っているし、かなりやっているつもりだが、
それだと、世界標準のパワーをもつ理論も原理もなかなかつかめない
ってことで、必死。もちろん、２，３もやっているか大変よ。

実際に分子をいじってて、必要がでてきあたからバイオインフォ
やりたいってなったときに、日本では本人が直接その仕事にタッチ
する道がない。バイオインフォはバイオインフォ屋がやるものと
決めすぎで、使えないプログラマーや口だけSEをすぐに押し付けら
れる。これではオリジナリティのある仕事がでないのは当たり前。

>>173

PDBで調べるしかないんじゃない？
複合体の状態で取られた電顕データから3次元上の距離を求めるとか。

>>176
そんなこともないと思うよ。他分野にタッチするのは別にバイオインフォに
かかわらずそうだとは思うけれど、乗り越えられないものではないと思う。
ただ、他の研究者の知見にただ乗りしようというのは、例えば計算機だから
簡単でしょ？みたいなタッチの仕方なら出来合いのプログラマーやSEを
押し付けられても仕方ないかも。そうでないなら、うまくやっていけると
思うのだけど？

ところで文献検索はどういう立場になるの？
これを事業化することも可能なのか？
十把一絡げと思うのだが。

まじで？
普通に PDBでSearch and Archiveを入れて、
出てきたPDBの結果でComplexのものを見つけて、
（UnitA、B、、、となっているもの）
分子量もわかるのですか？

それと、私のプロテインの場合、
PDBでは2件しか見つかりません。構造解析で取られているもの２件。
一方で、論文には数種類のプロテインと結合することが
明らかになっているんだけど、それらはX線なんかでとかれていないので
PDBでは出てこないYo!
別のデータベースがあるに違いないと思っています。

>>179
研究ではなくて研究支援の程度だろ。
バイオに飛びつけば何か美味しい事があると思っている浅はかな情報屋がやっていることだろ。

確かに、バイオインフォはバイオインフォ屋がやるものと決めてかかっている人がいるようだな。
実例をわざわざありがとう。

>>179
よく競争が激しい分野とかいわれているけど、
違った見方をすれば誰でも参入できるということかもな。
結局自分達の使い勝手がいいものを提供したら終わり。
それ以上のものに期待ができない。
新しい分析、解析法を導くならいいが、引用でデータの
入れ換えの程度のデータマイニングで事業化は無理だろ。

一つには、バイオインフォマティクスをやるには、情報科学の
分野の一通りを知っている必要があると思う。生物物理系の人で
物理の基本とか基礎数学について一応のトレーニングをした人
は別にして、純粋生物学の実験などを中心にやってきた人の場合、
なかなかバイオインフォマティクスに手をだすときのハードルは
高いと思う。また、情報科学屋として言わせてもらえば、情報科学
の分野で、一仕事した人の多くは、自身でプログラミングもこな
せる。それができないと、オリジナルな解析法などはできないだ
ろう。で、これまた生物屋さんという人たちにとっては、若ければ
別だが、ちょっと年くった場合は不可能に近い。プログラミングは
若くないとなかなかモノに成らない。３０歳くらいまでにそうとう
なことができないと、その後のオリジナル研究なんて難しいだろう。
では、情報科学屋ならできるかというと、こういう人たちが生物の
基本的なところを理解するにはやっぱり時間がかかる。すぐになにか
理論を適用すれば、研究成果がでそうにみえて、実際には細かいこと
を考慮しないとてんではずれた研究しかできない事が多い。
＃私の若いときの反省でもある。
結局、一番よいのは、両者（情報屋と生物屋）が協力してやること
だと思うけれど、その場合も、両者の忍耐力が必要だ。互いに相手の
いうことが、まず、言語からして違うので難しい。
両者の間にうまく立って仕事ができるのは、計算化学などの経験が
ある、生物物理屋だと思う。それと、情報科学の中でも記号処理的
なことしかしらない場合は、構造生物学にはむかない。本当は、画像
処理の研究者などをいれるとよいが、彼らはいまひっぱりだこで、
忙しいのでバイオにはこない。

煽りと思われちゃったかな。
マジな質問なんだけど。
ここにいるのってみんな学生？
将来とか不安ない？働いてる人景気どお？

バイオインフォマティクスに限らず、バイオ系全体が、
なかなか儲かる構造にならないってのが実状だからね。
いろいろなベンチャーもあるけれど、本気で儲かるとこ
ろってどれくらいだろう、みたいな話があるし。
学生とかそういう人にいうとすれば、ふつうの生物学科
の学生のできるやつくらい生物学を勉強し、かつ、
ふつうの情報学科の学生のできるやつくらい情報科学
を勉強し、かつ、実験法の基本をしっかり学び、そして
プログラミングもしっかりこなし、まあ、ふつうの学生の
４倍くらい努力すれば、結構ものになるんじゃないかと
思うがね。そうじゃないなら、情報のプロパーか、生物
のプロパーのほうが、職もあるし、専門家としてやって
いける可能性も高いと思うけど。

なんでバイオが儲からないのか？
答えは簡単さ。
医薬品しかアウトプットを重いつかないからさ。
医薬品がアウトプットってことは、
その収入源はめぐりめぐって健保さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年数％減さ。
少子高齢化で、保険料収入はがた落ちさ。

医薬品以外のバイオで成功すれば、それはいけるかもしれない。
中国に進出してGMO穀物で大儲けっていうのが
一番確率が高いんじゃないかな？

ここの住人氏ね。
偉そうな御託並べてるやつやいい加減なこと言うやつがいたけど
自分で見つけたよ、自力でな。
結局頭でっかちなことばかり言って、実践力なんてないんじゃないか。
それがバイオインフォやるやつの本質だな。氏ね。

>>173
当たってるから反論しない（苦笑）＝【バイオインフォやるやつの本質】

ここは、つぶやきの場、評論の場、本の売り込みの場。

>>188
言いかたを変えると、市場規模が小さい、ってことな。

医薬品以外のバイオ関連市場はむちゃくちゃ小さいよ。
バイオベンチャーはどこも下方修正の赤字だらけ。

ITなみに色々な産業と融合できりゃいいんだか、
なにぶん扱うのが生き物なんで消費者側の抵抗が激しい。

正月に「バイオやってます」って言うと「神の領域に手をつけるな」と
言う親戚が最低一人はいるだろ。
この状態が続くかぎりダメね。

正月に　バイオやっています　って言うと神の領域に手をつけるな
という親戚は一人もいません。面白い人のためになるようなことやっているんだね。
と言われるよ。

正月に　２ｃｈやっています　と192が正直に親戚にいったのかどうか、
関心はその一点のみだ。

ワラタｗ．
この時期に妙に具体的な例えが出るのも怪しい．
というわけで >>192 詳細報告ヨロ．

なんでバイオで食えないのか？
答えは簡単さ。
公務員しかバイオで仕事はないからさ。
公務員ってことは、
その収入源はめぐりめぐって税金＆年金＆郵貯さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年十数％減さ。
少子高齢化&もろもろで、保険料収入はがた落ちさ。

は？健保のどこが頭打ちだって？
馬鹿も休み休み言え。
頭打ちになってくれればそんないいことは
ないが、実際は爆発的に伸びていて
今後も伸びることが間違いないから
政府もこまっとるんじゃないか。
ちなみに、GDP当たりの医療費は現在
欧米に比べて日本は圧倒的に低いが、
そのうち先進国並みになると試算されている。

もともとバイオ業界なんて存在しなかったんだから
成長率は無限大だわな。
医薬品業界の急拡大はすさまじいから
バイオもそのおこぼれをもらってるんだよ。
ちょうどいま、高齢化で伸びている医薬ビジネスを
テレビ東京でやってるからミロ。

うーん、意見がわれるなー。
ソースは忘れたけど、アメリカではバイオテロ対策とかで
景気がいいって書いてあったような…
あと、日本？だったかな、市場規模が350億とか…
多いのか少ないのかよくわからん。ITってどれくらいなんだろ。

市場規模３５０億は産業としてはめちゃめちゃ小さい。

しかし、つい１５年まえにはゼロだったのだから
それと比べると大きいよねってこと。
ここ数年、バイオの創業者で文字どおりの
億万長者がわんさか出ている。
直接知ってる人だけで
IPOで数億ー１０億稼いだ人が数人いるよ。
本当に稼ぐのは、市場がまだないか小さいときに
めをつける人だよ。成長してしまったらうまみはないよ。

若い人たちはしらないかもしれないが、
ちょうど１５年前、ITバブル直前の、
IT業界が同じような感じだった。
そのころはソフトバンクとかライブドアとか
まだないか、新興の怪しい会社だった。
いまでは東証一部TOPIX銘柄だもんなあ。

ITは、即効性があって、作ったものは、ヒットすれば
すぐに売れるとか、そういうのがあるし、いろいろな
アイデアの出るところでもある。
ところが、医療は、命が関わるだけに、認可の問題も
ふくめて、かなり長期的なものが多い。
いまのところ、創薬への応用が中心的になっている、
バイオ系産業というのは、いくら、バイオインフォマティクス
などの応用で、開発が早くなっても、投資回収までには、
時間がかかるっていうのがある。もちろん、これは、ＧＭ作物
などもそうだ。人の口に入る（まあ、動物の飼料なら間接的だ
けど）ものだからなぁ。かといって、バイオのほかの産業
利用というのも、なかなか難しい。
だから、ベンチャーのような形で、創業から数年ですぐに、
市場開拓からなにから、っていう形にはどうしてもならない
わけだ。

＞２０１
産業について何もわかってないなあ。

ソフトバンクが何か即効性のあるものを
作ったと思ってるのか？
ライブドアがすぐに売れる何かを
作ったと思ってるのか？
オンコセラピーサイエンスが以下ｒｙ

即効性のあるものができて、それが普及したところで、
上にのっかる技術なし軍団みたいなのがいてもいいじゃない。
それが、ソフトバンクとか、楽天とか、ライブドアだろ。
バイオ系は、まず、そこのベースすら、普及にすごい時間が
かかっているってことだ。

ノイマンやらが活躍してコンピュータの基本原理が確立してから
ITがバブルになるまでの時間、５０年。いまでは一大産業に。
ITがすぐに産業になったと思ってたら大間違い。

ワトソンらが活躍して遺伝子の基本原理が確立してから
いまでちょうど５０年くらい。結構たった。
時まさにバイオバブル。さて産業に根付くかな。

なんでバイオで食えないのか？
答えは簡単さ。
公務員しかバイオで仕事はないからさ。
公務員ってことは、
その収入源はめぐりめぐって税金＆年金＆郵貯さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年十数％減さ。
少子高齢化&もろもろで、保険料収入はがた落ちさ。

税金が毎年１０数％減ったら、５年で三分の一、
すげーうれしいんですけど、そんなことはありません。
逆です。間違いなく増税が待っています。

少子高齢化で医療費が減ったら
すげーうれしいんですけど、そんなことはありません。
逆です。間違いなく医療費は伸びます。
子供よりも老人の方が医療費がかかるのです。

あんた、こんな社会の基本がわかってないようじゃ
バイオだろうがなんだろうが、食えませんよ。

>>201
あなたの内容が現在のバイオベンチャーの姿を一番的確に表現してますね。
IT企業はアパート一部屋からあまり資本金を必要とせずにはじめられるわけ。
それでヒットすれば大もうけだな。

でもバイオベンチャーってのは膨大な資本金が必要。
数10億円とかザラだよ。
IPO時もめちゃくちゃ高い価格でふっかけてくる。

にもかかわらず、当分商売になる製品が出てこない。
一発あたれば資本金くらい返せるんだろうが、実際のところ、
日本のバイオベンチャーで一発当てて資本金以上の利益を出したところは皆無だよ。

日本のバイオベンチャーは、ぜーんぶ、資金を食いつぶしてるだけ、って言うのが現状。
資本金がなくなるか、それまでに何とか一発当てられるか、っていう時間の競争が続いてる。
でも、あまりにも投資家の期待を裏切ってきたので、株式市場はバイオベンチャーに対して覚めた目でみ始めてるよ。

>>199が言ってるような億万長者の話も、資本金食いつぶして会社が倒産したら一文無しだから。
バイオベンチャーはITベンチャーと違って資本金が大きい分、たてりゃ良いってもんじゃないんだよな。
きちんと継続的に利益が出せるビジネスモデルを持ってるかどうか、が重要なんだよ。

201だけど、だいたい、現状で、米国のバイオベンチャーは、
２０年たっても、回収できていないのが現状。ベンチャー
キャピタルにとって、最も気長にやらないといけないところ
だっていうのは、ちょっと調査すればすぐわかる。
で、実際に、米国のバイオベンチャーとかって、働いている
人の収入もとんでもなく水準が低い。日本の大企業の水準
って、売り上げを社員数で割ると１億円とか、あるいは、
少なくとも２千万円以上くらいにはならないと回らないのだが、
アメリカのバイオベンチャーなどは、１千万円（１０万ドルとか）。
ってことは、働いている人のほとんどが、年収が５万ドル以下
くらいだ。たぶん、学位もっている連中もその中には含まれる
だろうが。これは、IT系のベンチャーの同様の人たちとくらべる
とたぶん、トンデモなく安い。

>>204
半導体サイクルとかわかっている？
まじで、１０年で、プロセス加工が1/10になるのよね。
いま、50nm とかそんくらいまできている。1995 年ごろ
は、500nmよりちょっとよいくらいだったのに。
そのスピードと、バイオ系での進歩の速度はえらい違いだよ。

俺が思うに、今年は
「大学教授が研究費欲しさに立ち上げて、投資家たちから金をだましとっていた、なんちゃってバイオベンチャーが次々と潰れる年」
のような気がしてるんですが。

要は、キャピタルが見限って資金を引っ込めたら潰れる会社ばっかりなわけよ。
そろそろ化けの皮がはげてきてボロがでて、資金引っ込められるぞ。

ちなみに来月ヘラクレスに上場予定のこのアメリカのベンチャー企業は
資金がそこをつきだして、とうとう日本にまで金集めにきた。
http://www.medicinova.com/jp/index.html

公開株数3000万枚って、日本人をなめてるとしか思えんよ。

　バイオ部門に配置され、その後すぐにその部門がなくなった知り合い
が、会社上層部が見切り発車で、評価もそこそこにすぐに打ち切るから
たちが悪いとぼやいていました。薬会社がドラッグデザインするのと
違って、ソフトウェアを販売するってのは需給に関する
マーケティングをちゃんとしないとだめなわけですね。
　有用そうな配列を決定するだけで特許で一儲けなんてのを
考えているような人もいたんだろうけど、仮に特許になったとしても
機能がわからんと誰が使うのよと言う話だし、結局　
ソフトウェア作るなら、分析機器と一体化して売るとか
ハードが大事になる。データベース管理やらそういうのは当然
儲からんわけだから、公の仕事ですね。
金儲けするなら、最終目的をハード（薬とか品種）に絞ったほうが
断然賢いでしょう。もっとも、それらは大企業が当然シフトしている路線
ですから戦うのも容易ではないでしょう。
　そうなるとバイオインフォベンチャーに残された道は、結局大企業の下請け
ですかね。それも、ややこしいソフトウェア開発なんてのはやめて、
既存のデータベースとソフトウェアのヘビーユージングぐらいが
いいところでしょうね。そうすれば、さらに人件費を落とせますね。
バイオがあってのインフォマティクですから、
インフォマティクを中心にやるなら文系企業相手にしてたほうがよっぽど
儲かるんじゃないのかな。

>207
本当にいちもんなしになるとオモットルとしたら
ちみはなんもわかっとらんなあ。

文献検索はビジネスになるのか？

すでに各所で売られてるよ。残念でした！

うちは年間２０００万払ってる。
高いけど、パブメドよりはるかに
使いやすくておれは好きだな。

>>213
すでに大きな規模でやっているところがある。
それを知らないっていうことはよっぽど小さな会社にいるのだろうか。
大学にだったらあるし。

>>215
大学内部で文献検索をテーマに研究または研究支援
の見込みはどうよ？

>>216
検索のための「文献検索」の時代は終わりました．
情報抽出のための「文献検索」は非常に重要です．
例えば，ある文献に書かれているタンパク質構造と活性の関係を
自動的に判読してデータベース化することは，研究テーマだけではなく
ビジネスとしても非常に楽しいテーマだと思います．
反論はあるか？

>>217
どこがやっているの？
楽しいということは、学内ベンチャーとしても
動きがあるということか？

>209
ゲノムの解読速度とか、結晶の解けた数とか、
ムーアの法則同様に対数グラフに載るって
知らんのか？
自分のやってることだけ特別だと思いたい
気持ちはわかるが、技術革新の形式は
それほどかわるもんでもない。

>>218
自分で調べてください．カネ関係は慎重に．

>>217 は宣伝か？ｗ
ちょっと回し者臭いが

たとえば、一つの文献に、二つのタンパク質の名前がある
場合は、その二つのタンパク質は「なんらかの関係がある」
と推定できる。これだけで、かなりおもしろい情報が抽出
できる。もちろん、文章理解などができるなら、さらによいが
これは、まだまだ難しい分野だからな。

俺が使っているDBでは論文情報に基づいて、個別のタンパク質の
情報が書かれているんだけど、これって手作業なの？

>>219
あのね、コンピュータのムーアの法則なんていうのは、
実際の商品の部分の性能向上そのものなわけ。直接
商品の性能や価格、製造コストに関わる部分でたとえば、
１０年で１０００倍とかになるわけ。
バイオ系は、とくにバイオインフォマティクスなんてものは、
研究の効率化には使えるが、実際は、ウェットやらないと
いけないわけで、化学反応の速度は、１０年たっても１０００倍
なんてなるわけないの。だから、動物実験でも臨床実験でも、
時代が変わっても、多少の効率化ぐらいしかできない。それは、
１０年で１０００倍になるものではあり得ない。
バイオインフォマティクスがやれることは、ただ、本来なら、
１００万回の実験をしないと突き止められないことを、１００回
の実験でよいようにするとか、そういう意味での効率化でしか
ないのだよ。最終的なアウトプットの部分での高性能化は
できないの。だから、バイオ系では、いくら学問が進んだところ
で最後のほうで、とくに創薬の場合は、臨床試験などの部分や
実際の薬の製造の部分で、徹底的な高速化もできないから、
その進展が望めないのだよ。

マイニングは確率論を飛び越えるからなあ。
一発大当たりというのもありうるかもしれん。
かつて、遺伝子、免疫、電顕あたりのテクの組み合わせで
ノーベル賞級の研究が多かったが、そのうちバイオインフォが
必須になるような気はする。ただ、採掘したいものがよっぽど
面白い場合に限るけど。

この分野をやるには東大京大ではどこがいいの？

また自慰(示威)行為か？

東大は医科研かな。
京大も繋がりがある（あった？）。
しかし何らかの交流はあるだろう。
GIW2004も上記と関連するところが
殆ど発表していたと思う。
それ以外は零細なところもあるが、
業績内容は？？？である。
もしかするとビジネス絡みだと東大
以外の方がいいかも。

>>228
東大でこの分野の教授をNさんとするならば、それは京都のK久さんの
助手だった。ちなみにNさんの研究室の助教授は新任のKさんでこれは
Gさんの学生だった。が、彼らの所属はもはや医科研ではなく新領域なのだ。
かつて生物物理学会でG vs Kの結果できたGIWの経緯などを思い出すと
GとKの10年余の曲折を経た融合は感慨深いものである。

うん。結構意外な人事だったね

バイオインフォの昔話

語っている方々ならご存じだと思いますが（年寄りの昔話ウザイ）

nrとntは何の略ですか？

yahooで検索しても出てきません。マジレス希望。

nr: non-redundant protein sequence database
nt: Not non-redundant nucleotide sequence database

nrは、GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB, NCBI RefSeqの
データを使って、配列が完全に一致するものを１つの配列エントリーとして
登録したもの。

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/blastdb.txt

に説明あり。

昔話を語って何が楽しい？　バイオインフォヲタのおっｆ会でやれ

各論の話をキボンヌ

>>232

スマソ

勉強になりマスタ

「漢」の称号をあげまう

昔話が昔話だけなら幸せなんだけどね（笑
ここ数年のバイオインフォ関係の予算と人事に影響を与え続けてるからね。
なんだかんだ言って、人事では流派が効いている
>>231の内容をyahooで聞くっていうのは馬鹿か？自分でNCBIの
web siteを調べないさいよ学部生。>>232は優しいね。

漏れは昔話がうざいとは思わないけど、政治っぽい話をしたがる奴はうざいね。どんな分野にでもいるけどね。
大物の噂話をすることで、自分が大物になったような気がする奴。
あるいは、予算とか人事とかの話をすればその分野に通じているように見えると思ってる奴。

仲間に入れて欲しいか？

業界ゴロの仲間には入りたくないなあ。

ごもっとも

>>234
ここは、「バイオインフォマティクスを教えて下さい」だからね。

バイオインフォで伸びそうな企業、ベンチャーは？

大きな利益は得られそう？

トランスジェニック、そーせい、タカラバイオ、プレシジョンシステムサイエンスがおすすめかな。
トランスジェニックは\230で全力買いしたら、今は\140だってよ。さっすが、バイオベンチャー。
そーせいは、新規上場直後に社長が売り浴びせて急落したって掲示板が騒がしかったな
タカラバイオ、ようしらんが宝酒造はホクホク。昨年末までずっとイタイ相場だったのになんとか持ったな
PSSは機械作っているだけの会社でとてもバイオ系とはいえんな。そろそろ退場してもらおうか。
いずれにしろ、IPOで資金調達したらベンチャーキャピタル共の利確の応酬で、個人はババ引くだけ。
引き時は早くだな。
何がいいたいというと、バイオインフォでも、バイオでも、糞でも、公募で当てて
初値で売り逃げろってんだ。
今年は、資金は全額トランスジェニックに持ってかれてるから、
貴様、俺様の分まで稼げ。分かったな。

>>236
まあ、よかったら仲間に入れてやる
ttp://messages.yahoo.co.jp/bbs?.mm=FN&action=m&board=1007707&tid=7707&sid=1007707&mid=7544

なんかベンチャーとか話が大きすぎてピンとこないな。
もうちょっと身近な話が聞きたい。
たとえば会社の研究部門の人数が減少しているとか、
博士号とったけど仕事が見つからないとか。
いや、そんなことは無い、という明るい話もあればいいけど。

>>217
関係者様、ご苦労様です。
ビジネスを前提に産学連携で採用された方なら、
きちんとそれで結果を出して下さいね。
自己満足な研究レベルじゃ駄目ですよｗ

ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究で
終わっている所は再考する必要があるな。
うだつがあがらない情報屋さんが人集めして一攫千金を狙って
いるようなアホレベルなグループは避けよ。

ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究（補助）で
終わっているところは逝ってよし。
思い上がった分子生物学屋さんが人集めしてなあなあで済まして
いるようなアホグループは氏んでよし

当方、駅弁生物系学科修士了。c/s,DBプログラマ暦5年。
インフォマティクス転職できますか？
求人全然ありませんな。

↑
同じようなこと考えてる、同類項は全国に80万人くらいいます。
で、国研では何もキャリアのないボクチャンをその手の職に採用してます。

国研にいくには、適当なルートが必要だから、ルート
確保が最初だろうな。

理研以外はかわりつつあるけどね。

>>247
安くてもいいなら、幾らでも。
>>247-249
同類項がそんなにいるなら見てみたい・・・。
だいたい、C/S, DB暦5年ならBioでもInfoでもいくらでも仕事があるような。

>>246
＞ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究（補助）で
＞終わっているところは逝ってよし。

文献検索もその類か？

>>251

247じゃないけど。
どんな仕事？詳細きぼんぬ

>>253
アファーマティブで入ってきたパートのおばちゃんのために
perlやらシェルスクリプトを書いてLinux上の処理を自動化
してあげる。または、何の知識も持たない野生動物の操作する
端末なかりがぶらさがってるネットワーク管理。で、論文を書いたり
名前がのるなんてことは一生ない。あ、これ理研の話ね。

...

.....

「理研」「女」などのキーワードの入っているレスがあれば、それはいつもの私怨くん登場のしるし。
しかしきみもよく飽きないね。

求人はやっぱりネットで探すのが一番ですかね。
皆さんどこの転職サイト利用してますか？

>>253
仕事・・・、漏れが聞いた範囲とか実際にやった事を挙げてみるなら、
・pathwayのxml化、DTD作成
・配列解析結果のWeb+DB化、DB移行
・配列解析、発現解析、ネットワーク解析
位かね。今居てるところでは、論文に名前が乗らんと決まってるわけではない。
ネットワーク管理って仕事もあったが、あれは別にバイオインフォの求人じゃなかった。
狸研でも部屋によるんでないかい？
>>258
漏れなぜか、向こうから連絡してくる事が多い・・・ショボイヤシナノニ。
バンクネットはうっとおしいが、向こうから連絡暮れるのである意味楽。

派遣はできれば避けたい…
研究職として論文書くために雇ってくれるとこってないんかな。
ITは結局雑用しかないのだろうか？

>>260
DB移行の仕事は派遣じゃあないよ。STS。Bioに関係するSIerってとこか。
メディビックあたりは些細な仕事から大掛かりな仕事まであるって話だし。
あなたにとって大きいのは修士？それともプログラマ？
まあInfo転職って書いてるからそっち系なんだろうけど、論文になるような
アルゴリズム作れるならCBRCなりSys-Bio-NPOなりセレスターなり
行ってみりゃあいいし、
そこまで行かないにしてもSIerとしての仕事はある。
##なんせ、SIerがクリスタルグループに外注する位だ。
林崎研の内状は知っているが、あそこなんかだと「頼まれてやる事」には
雑用が多いんだが、突っ込んでいくネタは多分ごろごろ転がってから、Info系
としてもSIerより面白いんじゃないかと思うぞ。
研究職っていうなら言われた事だけやってる様じゃあダメだろうし、修士
持ってるなら、ただのプログラマより絶対面白く損な事はないと思うんだが。

スコアマトリックス
スコア行列
置換テーブル
置換行列
の違いについて教えてください
アラインメントとアライメントの違いも謎です。

Ｈ崎研の内状は知っている？
それで薦めるの？？

>261
260じゃないですが、詳しい話をありがとうございます。

>>262
そういうのの導入当時からバイオインフォマティクスやっている
けどさ。こういう思想的な問題、主義主張の問題は政治的なもの
もあるので、むやみに疑問を口にするものではないよ。
だれもが、ふかーい理由をもって、それぞれの言葉を使っているのだ。
これが、人間社会というものだ。

これが朝日新聞の報道

日経新聞　
>在日韓国人が両替した現金のうち、420枚の1万円札が偽札
　http://www.nikkei.co.jp/news/main/20050114STXKF061214012005.html
読売新聞
>カジノで在日韓国人の男性が１５４０万円を両替しようと
　http://www.yomiuri.co.jp/world/news/20050114it12.htm
毎日新聞
>偽１万円札４２０枚を使おうとした不動産業の在日韓国人の男
　http://www.mainichi-msn.co.jp/shakai/jiken/news/20050115k0000m040064000c.html
産経新聞
>カジノで在日韓国人が両替した
　http://www.sankei.co.jp/news/050114/kok071.htm

朝日新聞
>偽札はすべて、日本から来た男性観光客１人が
　http://www.asahi.com/national/update/0114/027.html

ＮＨＫ慰安婦番組　強制連行、事実扱い　「結論ありき」の模擬裁判
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15iti001.htm
ＮＨＫ「朝日の報道　事実歪曲」謝罪と訂正要求
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15iti002.htm
ＮＨＫ慰安婦番組　推測と伝聞「政治介入」
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol001.htm
反日一色　賛同者だけ傍聴許可
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol002.htm
裁判の形なさぬ“お笑い番組”　秦郁彦氏（現代史家）
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol003.htm

今朝の産経はがんばってるな

>>263
確かに薦めた様に見えるな・・・書き方が悪かったか。>>247氏に生物の
バックグラウンドがあるから、wetラボのInfoな仕事を
−自分のとこじゃ難だし−書いてみたのさ。

>>265
産ｲ木
腹一杯納得シマスタ

東京女

都市部にカス女は集中してる
これには理由があって、都市には働き盛りの若い男が集まってくるよな学生とか
当然、都市部には男ばっかりになる。
都市は慢性的な女不足なんだ
そこに住んでる男は女がいなくて大変。女はウハウハ
そういうところですごした女はタカビー女・カス女となる
でも、男で東京に住んでるからって悲観することはない
東京に住んでるってことは毎日ゲス女に鍛えられてるってことだからだ
俺自身生涯で一番もてたのは東京を離れてすぐの頃だった
東京ゲス女に鍛えられてたからな。 地方の女は女神に見えた
だから東京カス女に関わるなと、ちょっと地方に行けばいくらでもいい女はいる
東京で鍛えられてる男なら、モテモテだよと
「都会風吹かせて気取らないこと」
それさえ、気をつければ女なんていくらでも寄ってくる

この考えに賛同する人はこのスレを色んなとこに貼り付けてくれ
そんで、これ以上女日照りの東京に無謀な男が行くことを防ごうじゃないか！！
もしかしたら、コレを見て上京してくる女の子が増えるかもしれないぞ
協力頼むぜ！

確かにいえとるはな

blastはメモリ搭載量でかなり速度が変わりますが、
AMD64 VS Intel EM64T だとどんな感じでしょう？
どちらもSingleCPUだと手に届く値段で買えるようになってきてますしね。
速度比較した事のある香具師いましたら、いろいろ御教授願います。

毎年恒例のプログラミングコンテストまだー？

CUSPの話は大分前に終わったような。。。

What is CUSP? I think he means BIP.

CUSPの話はOH板前に終わったような。。。

http://contest.hgc.jp/

s/CUSP/CASP/g

>>272
おまち。
http://contest.hgc.jp/2005/index.html

ttp://www.jsbi.org/society/pharma_info.html

>>279
リマインダーさんくすこ

今回のCUSPはむづいな
http://www.muvluv.com/Muvluv/characters.htm
おまいらどうする？

最近放置が多いなあ・・・
誰も書かんので。
>>281
漏れはアルゴリズムごりごり実装する人ではないので・・・。

ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ？進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。

CASP参加の講師陣によるセミナーは、盛況のうちに終了いたしました。
ご報告遅れました。
いずれ、講師陣によるセミナーでの資料も部分的には公開されますので、
ごらんください。次のCASP7は、また、安代間だろうけれど、その次
くらいは、日本に呼びたいね！みたいな話もあったりして。

>>284
GIWの時のやつみたいにがんがん公開してくれる事、キボンヌ。
// クレクレ廚？＞漏

>>284
確かに、しかしそれではおもしろくないのでは？
http://www.muvluv.com/Muvluv/characters.htm
これならいいと思われる。

NMR後　ソフトウェアでどこまで分かるの？
素人でも立体構造つくれますか？

>>287
ムリ

そんなに簡単なら、ギュンターいらんでしょ？

BIPの問題見たけどむずっ！でもがんばってみようかな。
これってプログラミング言語って何か規則あるの？
Cだけとか？Javaダメ？

>>289
質問のメールを送ってみたら?去年は問題の注意書きが大量に更新されてたので、たぶん答えてくれると思うよ。
コンパイラが有料じゃない限りLinuxで動けば対応してくれるんじゃない?

有料コンパイラでもソースとバイナリ送ればいいだけじゃない？

>>287
>>288
ていうかギュンタートさんのソフト(CYANA)
最強っす。
だからCYANAのライセンスさえあれば
素人でも立体構造作れまつよ。
でも、うちの大学院の実習は古典的にCNSでつ

FA大御所のBaker研のソフトで、
Rosetta系でNMRデータを一部つかいながら
モデリング？する方法なかったでしたか？

誘導されて参りました。
どなたかお力添えお願い致します。

ぐぐってもよく分からなくて困っております。
ゲノムライブラリーとcDNAライブラリーから得られる配列情報の大きな違い、とはなんでしょうか。
根拠も含めて教えていただきたいのです。
よろしくお願いします。

すみません、解決致しました。
お騒がせしてすみませんでした。

ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ？進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。

>>296
一言いいか。

しね。

>>297
本人が降臨。ハァハァハァ。

っていうか、アフォは放置が基本だろ。

>>293
そういえば、Ying Xu と Dong Xu だかもそんなことやっていたな。
Baker なら間違いなくやっているだろ。

Bakerすげえな

http://www.cbrc.jp/cbrc/recruit/postdoc.html

研究内容：バイオインフォマティクスに関する研究
応募資格：博士号を既に取得された方で、採用時において博士号取得後７年以内であること
生命情報科学（バイオインフォマティクス）研究の経験があり、将来当分野の研究リーダーと
なるために必要な素養を身に付けることを目的としながら、当研究センターで研究を行う方
または、生命情報科学（バイオインフォマティクス）研究の経験は問いませんが、他の分野で
優れた研究経験がある方で、分野を転向して生命情報科学の研究に従事する熱意のある方
募集人員：１５名程度

チーム新設とかするのかな？

一から勉強するにはどの本がお勧めですか？

>>303
0からじゃないなら、バックグランドを書いてくれ。

>304
0からに近いです。Blastを使うくらいですかね・・・

学士でもいいですか？

★東大生が娼婦を殺人未遂

東京都新宿区の特殊飲食店(表向き飲食店の風俗店)で
東京大学教養学部理科一類2年生が売春婦の首を絞めて殺そうとして逮捕され、
サービスの悪さに怒り殺害しようとしたと自供した。

少年犯罪データベース
kangaeru.s59.xrea.com/19.htm

●東大法女子トイレで盗撮騒動
http://www.jca.apc.org/toudai-shokuren/dekigoto/001020sa.html


●東大生、今度はのぞき ハレンチ事件続発
http://www.jca.apc.org/toudai-shokuren/dekigoto/001023yf.html


●東大卒、元東大助手が女子トイレで盗撮、逮捕
http://saigospel.chu.jp/gospel1.htm

>>305
ホントにそれだけなら、webサイトだけで良いかも。

>309
今はその程度しか使用しませんが、できればプログラミングを
用いての解析を行いたいのです。独学可能な本などありますでしょうか。

>>310
解析ありきじゃあないって事は、生物系か・・・。
それでももうちょっと書いてくれた方がやりやすいな。
1冊で可能な本はないですな・・・漏れの私見だけど。以下、独断と偏見。

1a.wet系にとっての全体像の把握、って事で「できる本」、「線虫本」、「実習本」。
1b.解析を必要とするような実験等をイメージできるようにオーミックスの本とか・・・新しいので挙げてみる「ゲノムネットワーク」
2a.コマンドラインのマトモな使い方って事で「SuperText(上)」
2b.コード書く練習って事で、あえてJavaで麻奈タソ萌え萌え。
2c.Graph位は分かっててほしいので「情報工学本」
2d.ちょこっと書くのに便利なPerl「すぐわかる」、「国へようこそ」
3a.シスアド的な事とか基本情処的な事は、知らないと損する。技評がお勧め。
3b.RDBはしっかりやった方が良い。「12のレッスン」。ついでに「赤マンモス(PDF無料)」でweb+dbまで行ってしまおう。
4.あって損しないのは数学・・・統計とグラフ理論。漏れも弱いので本は数学スレででも聞いてきてくれ。
各セクションから1冊づつぐらいか。読んでない本も挙げてるので、評判は別に調べてくれ。

Mount本と言えども、これだけ全部網羅してるわけではない筈。
生物系と言う事で、「セル」「ゲノム」的な内容の学習は前提で、情報系の高度な話は省いてある。
ここまで書けば、どこから手を着けるか自分で分かるようになってるだろうと思うけど、どうよ？

長文失礼。

http://life7.2ch.net/test/read.cgi/body/1102254267/
＞科学的な根拠を疑問視されている方もいらっしゃるようですが、
＞ゲルマニウムは摂氏32度以上のものに触れると
＞微弱な負電荷を放出しはじめるのです。
＞このために体内にたまった正電荷が動きだし、
＞血流やリンパの流れが良くなるのです。
＞この力は、高純度なものほど高いのです。
＞99.999％と99.9999％では、天と地ほども違います。
＞オカルトだったら瞬時に良くなるでしょうが、
＞99.9999のゲルマニウムは細胞の１つ１つから少しづつ効いていきます。

↑これって本当でしょうか？
ゲルマニウムから電子が出るのは本当だと思うのですが、それと血流がよくなることの
因果関係がよく分かりません。

>311
詳しいアドバイスありがとうございます。
現在実験屋なのですが、バイオインフォ系の大学院に進みたく、
その前に自分なりに勉強しようと思っています。
いろいろ調べてみます。本当にありがとうございました。

>>313
零細はやめとけよ

でもバイオインフォやったあとのことも考えた方がエエYO
製薬狙いなら、大規模解析系・タンパク相互作用系。
アカデミックなら、１０年先を考えた分野をねらえ。
中途半端にメジャーどころ狙うと、あっという間に賞味期限切れやで

>１０年先を考えた分野

たとえば？システムバイオロジー？とかｗ

それこそあっというまに賞味期限切れのような気がする。
非破壊生体計測じゃないかな？

バイオインフォをやるつもりで入った研究室・・
単なるデータ分析作業をやるところだった・・
もうダメポ

>>318
自分でがんばってバイオインフォにすれ

>>318みたいなところよくあるよ。
研究内容で大袈裟な事が書いているのだけれど、
ふたを開ければ・・・
というところ。

>>318
何のデータ分析してんの？

>>321
誘導尋問？ｗ

分析作業も研究のうちだと思うが
>>318は頭が悪いので作業しかやらせてもらえないんだろう

>>323
バイオインフォ系のグループのボスでありながら、データの
分析をやったことがないところもあるぞ。
「先生自身はデータを使って分析したことあるんですか？」
と尋ねたら
「ないが、いま関連した統計分野を勉強し始めたところだ」
とか言っている香具師もいた。
学生や所属の研究者に指導することも出来ず、逆に助手や
ポスドクに質問しているという・・・
「バイオなら一発当たる可能性があるんだ」
と評論家の如く言われたときには興ざめだったが・・・

産学連携で外部から色んな人を大学に入れているケースが多いみたいだ。

採用した方にも思惑があって、研究費欲しさとか研究者の派遣とかが仕事
で殆ど研究らしいことはやっていないとか。

だから怪しい人物がいても違和感がないとかｗ

アルゴリズムにしろ統計にしろ半端者ができるほど甘い分野でもないっしょ

半端でも引き出しがものすごく広い人ならオーケー。

引き出しがものすごく広い人
そんな香具師がどこにいるんだ？（藁）
是非紹介をしてもらいたいな

陰でコソコソとアレコレやって、自分で満足しているような
香具師も引き出しが多いのか？

いやだから半端なやつじゃ務まらないってことだろ

前にも登場しましたが、バイオインフォマティクスという言葉が
なかった１５年前から関わっているものです。ゲノム情報などと
呼ばれていた時期からです。
さて、生物学者ってのは、実験系であれ、野外観測系であれ、
あるいは、理論系であれ、基本的には、博物学者であって、ようするに
現象を記述するのが命である人たちです。
で、そこに情報系のデータベース屋とかが入り込んできて、さらに
当時冬の時代で食いっぱぐれた人工知能屋が、「おれたちの学習理論
なら、あんたがたの集めたデータをすべて説明する理論をつくって
やろう」みたいなことをいったわけじゃないけれど、逆にいえば、
当時のＫ久先生などもそういうことを期待して、情報屋さんにおちか
づきになったと。

331の続きだけど、
ところが、人工知能屋でも、マトモな人はそれなりの技術があったら
なにも、生物系に流れてくる必要はなかったわけだし、もちろん、
データベース屋もそうだった。ビジネスシーンもたくさんあったわけ
で、結局は食いっぱぐれ系が多かったわけね。初回、二回目のISMBだ
って、ふつうの情報屋からみても、「不良の集団」みたいなところが
あって。とくにアメリカの場合かな。
１５年もやっているから、当時、バイオのバの字もしらなかった３０
代くらいの若手研究者が、いまじゃあ、アメリカを代表する、とか
ドイツを代表する、みたいな大先生になっている例もよくしっている。
ってなわけで、基本的にバイオインフォマティクスってなに？って
いうと、よくわからないわけで、そのための大学院なんてできても、
教えられる人ってばほとんど居ないのだね。
本来は、生物学も、情報科学も両方しっかりしらないといけないのだ
が、この二つはかなり性質が違う。そこで、登場するのが、計算化学
とか、生物物理の人たちで、結局、こういう人たちがちゃんと入り
込んだ分野は、マトモな研究がされているが、そうでないところは、
かなりあやしげなものがそのまま横行している現象はあると思う。
本来、半端なやつじゃつとまらない。両方しっていないといけないし、
その両方を、合理的につなぐための、化学、物理をしらないと、結局
たんに、人の考えたアルゴリズムをちょこっと改良してお仕事しま
した、で終わるのがほとんど。

どこを縦読みするの？

縦読みじゃない。裏読みだ。

お得意の語りだよ。一言で済むことでもたくさんの言葉を使ってしまう。
研究費の申請や分厚い報告書を作る時には役に立つのかもしれない。

結局、「半端だけど引き出しが広い人」or「凄いけど引き出しの少ない人」共、
使いこなしでどっちもOK、って認識でよかですかいのう。

そもそも分子生物学という分野が中途半端な境界領域だからねえ。
「まともな」研究をしているのは有機化学や物理の土台がしっかりしたところだろ。

残りの人は他人がやった研究を掘り下げたりするだけで一生を終える。

バイオインフォを看板にしているところは糞が多いということだな

皆さん自虐がお好きで

331-332
この板に神が降臨した。
バイオインフォ歴１５年のつわものぞ。

そもそもバイオインフォは数学の領域だからねぇ。
実験やってみないと分かりませんからという想像力皆無の人には不向きなんですよ。
数学センスの無い人は朝から晩まで実験室でしこしこデータこしらえていて下さいな。
我々はそのデータで遊びますから。

日本に、「自分はバイオインフォ屋です」と言っている人はいるのだろうか。

>>342
数学のセンスっていうか、結局、物理的現象と数学とをむすびつける
技術だろ。なんか、情報処理的な部分で明るい人でも、バイオにはいって
きたときに、DNAやタンパク質を配列としてしか見られないでいると、それ
以上にはなれないしね。逆に、構造にこだわる物理屋、化学屋ってのは、
第一原理でなんでもいきそう、みたいなことで、そればっかりやって、
そこにうまいこと情報的な手法での学習を組み込んで面白い方向へ、
とかいうのにならない。
生物は、進化論が関係しているので、たいがいの場合母集団となる
サンプルが、異常なまでにバイアスかかっている。そこでも物理屋は
そこで、バイアスのない母集団を仮定した理論を作る。一方情報屋は
今度は、バイアスのベースとなる物理や化学や進化論がよーわからん。
生物屋はなにもしらないで、実験だけする、みたいで、互いの意志疎通
が難しいね。生物、情報科学、化学、物理、数学、そういうのが全部
わかった上で、臨機応変な態度がとれるかどうか、ってところだろう
ね。なかなか難しいのよ。
ただ、論文稼ぐとかはやろうと思えば簡単だから、多数の論文とか
出している先生のところで、しこしこやれば、実績だけは稼げると
おもうぞ。私はそういうのいやだから、たった一人で戦っているが、
結論からいえば、成果でない。まあ、ここんところ、一つ発見があった
ので、ゴキゲンなんだが。

>>344
> 結局、物理的現象と数学とをむすびつける技術
現状では統計学的手法に偏っているがそれ以外でも表現可能かもしれない(誰もやっていない)

> DNAやタンパク質を配列としてしか見られない
THECELLぐらいはデフォで知っているだろう。その上で膨大なデータを弄んでいる。

> 生物は、進化論が関係している
それも既知である。特に遺伝学の分野のデータに関してはね。

> たった一人で戦っているが、結論からいえば、成果でない。
因果関係が逆だろ？妄想に耐え兼ねて孤立したと察っする。

>>345
進化論的な部分が絡む話として、まず、生態分子の状態を考えると、
それぞれの分子が、たとえば、タンパク質でもDNAでも、RNAでもいい
が、どういう状態が平均的な状態か、とかいうと、実際には、タンパク質
ごとに、置かれている状況がまるで違うわけね。
たとえば、タンパク質の構造と配列とを見比べると、どうみても、わざ
わざ不安定なアミノ酸を選んでいるような状況があって、平均的に
みればもっとマシなアミノ酸を選んだ配列のほうが、安定で機能も
高そうだ、と思うが、そうしていないのは、そのタンパク質がおかれ
いる状況が絡んでいるはず。たとえば、そのアミノ酸をもっと安定な
ものにしてしまうと、他の周囲のタンパク質と結合しちゃって
問題があるとか、いろいろな複雑な理由。ようするに、生物ってのは、
そういう進化的な形で、必ずしも物理的安定とか定常とかをもとめて
いるのではなくて、臨機応変に、「うまくいったやつが生き残るさ」
でうまいことなっているわけだ。だから、ある意味、面倒なことを
考えない統計がかなりうまくあたったりして、第一原理計算なんかで
は太刀打ちできない問題が多数ある。かといって、統計からのずれが
顕著な現象を理解するには、第一原理的なところが必要で、そこは、
物理化学の話になる。だから理解するには、両者が必要ってことだが
一般に、どっちかに偏っている人が多い。そこが問題。

話変わって成果が出てないのは事実だが、どうも自分的には、５年に
一回、「これぞ！」という成果がでるかなーってところだね。まあ、
気長にやるしかない、と思う。
人に指導されたくないし、人を指導するのも簡単ではない。先端を
追いかけるよりは、地道にしっかりやろうとすると、結構ものごと、
理解されていないことが多いものだ、ってことに気がつくから、
そこを攻めているけれど。

>>346
> 平均的にみればもっとマシなアミノ酸を選んだ配列のほうが
> いろいろな複雑な理由。
なぜ君は意図的に共役反応の概念を無視するのかね？

>>346
表現型のレベルで、全然徳にならないから、って理由もなかったっけ？
進化って言うならその手の話も欲しいが。

>>346
第一原理計算がうまく行かない理由はそれではない。「物理的に安定」は、生体内でも成立しているよ。
わかってて書いてるとは思うが、よく誤解を招く話なのでね。
純粋物理や純粋化学の論調で生物が語れない場合があるのは、生物が特殊な系だから、と主張する人とか。

本当は物理も化学も成立する（と思われる）けど、あまりにも要素が多すぎて人間の手に負えないだけ。
もちろんそれこそが生物の面白いところなのだが、だからといって
物理法則が成立しないかのような表現はフェアではないんじゃないかと。

生物も物理も化学も情報も必要なのに、みんな他人の話を聞かない、って
のには反論はない。このスレがどれだけ荒らされたかを考えるとね。

だから既存の全てのPATHWAYを概括するような新しいドグマが欲しいんだよ。

>>348
荒れてるならまだ救いがある。

リアルワールドは救いようがない状態。

>>349, 351
>生物も物理も化学も情報も必要なのに、みんな他人の話を聞かない、ってのには反論はない。
反論はないが、聞いて理解して、相手の立場で自分がどういう問題設定するか、というとこ
まで自分を持って行くのは大変。漏れはショボイ香具師だなんて問題じゃあない。
高等教育で総合性そのものが足りないんじゃあないかと言う気がする。
君なら後輩(学生かもしれん)をどう育てる？そこをなんとかせんと、リアルワールドは良く
ならない。科学全般は救い様がないかもしれんが、bioinfoはまだこれからだし、必要に迫
られてるからね。

> 逆にPC＋？と考えた時に、本業が遠いほど価値があるんでしょう。
> PC＋物理とか、PC＋電気、とか考えると確かにありきたりな気がするが、
> PC＋土木作業とか、PC＋ボランティア、と考えると貴重な気がする。
> もちろん、生物は後者・・・・悲しい話だが・・・

こういう思考停止の脳死状態の人間がリアルワールドに研究者
としてわんさか存在してる事実からなんとかしないとまずい。
全ての話はそれからだと思う。順序が非常に大事。

>生物も物理も化学も情報も必要なのに
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4022574097/249-0464625-1900323
こんなのとかですか？

>>354
いや、もっと卑近なレベルの話。
つまり、「未知の統一理論！」みたいなもんじゃなく、既存の生物や物理や化学や情報でさえ扱い切れてない、ってこと。
たとえば、「水素結合って何？」みたいなレベル。

>>355
そのとおりです！
っていうか、実際に、化学、物理の分野でも、液体論なんて完成されて
いないわけで、そこに、さらにどろどろのものがつまっていて、さらに
それが、場所ごとにいろいろコントロールされているらしい細胞質の
中の物質のあーだこーだとかを理論的に扱うっていうのに、無理とは
いわんが、純粋物理屋の第一原理ではうまいこといかないし、かといって
それがわからんと情報的に扱うのも簡単じゃない。どっちもしった上で
バランスとって、化学もしってて、って状況じゃないと、マトモに研究
できる状態にならない場合が多いのが、すくなくとも構造生物学関連
の研究だろうね。そこまで至る人ってそうはいないです。

>>356
しかしそう書くと、「じゃあ構造生物学以外ならそんな分野知らなくてもいいんだ」とか
言い出す奴が出てきそうだな。そのくらいこの手の問題はやばいわけだが。

>>357
っつうか、およそ、バイオインフォマティクスが関わっているような
バイオの領域で、完璧に構造生物学の内容を無視して、すすめてうまく
いくようなのって、なにがあるか、と逆に思ってしまうわけだが。
まあ、バイオ向け論文検索ツール作成とか、そういうのはあるのかな。
たんなる実験屋のデータ解析にしたって、扱っているのは生体分子
だったり、生体反応だったりするわけだろうから、そこにはかならず、
微視的には、あるいはマクロ的にも構造生物学がからんでいて、そう
いうことにかんする知見がたっぷりないと、マトモなデータ解析なんぞ
できんぞ、とおふ。たとえ、PCRつかったシーケンサで出てきた配列
の信頼性がどうのとかいうときだって、TM値がどうだから、実験条件
がこうで、だから、この結果はこんくらいのミスがありそうだとか
そういうことがわかるわけで、ちがうか？

>317
非破壊生体計測って今後製薬がらみで流行しそうですか？

317ではないが・・・
良い計測法は、製薬絡みでなくても流行るだろうと重割

バイオインフォマティックスじゃないけど、VectorNTIのことについて質問するにはどこが適切ですか？
知りたいのは買うときはどういうライセンスで買うことが多いのか、ということと、単品はどうやってIDをプロテクトしているのか、ということなんですが・・・

ttp://www.google.co.jp/search?q=VectorNTI&hl=ja&as_qdr=all&lr=lang_ja&sa=X&oi=lrtip8

>>358
文献検索について、この前の方でも該当者が主張していたが、
この分野に未来はあるの？

>>363
やっている人は、その意義を主張しているが・・
しかし文献から情報抽出というのは十把一絡げ的な扱いかな。

どんな分野も未来はつねに薄曇だろうから、比較しても意味はないだろ。

逆にどんな分野であっても一流・超一流は必ず生き残ることができる。

試しに新聞記事検索させればおそらく落胆されるでしょうな。
文献からでは牽制や妄想は判断し難い。

>>364
文献検索の研究者っていうのは、情報屋のなかにもかなりいると
思うのだが、ようするに、文章やら文脈やらの理解もしたうえで、
っていうのが、目標になっているわけだけど、ところが、最近は、
キーワード検索が基本になってくると、逆にそれに合わせて文章
を書く側も考えるっていうのがあるから、案外、そんなに難しい
ことをしなくても、意外と簡単な方法で面白い結果が出てくる
のかもしれない。
どうってことないこと、たとえば、論文に出てくる試薬の名前の
共起確率みたいなので、どうってことないことがわかるかもしれ
ないし、タンパク質とリガンドの名前も同じ論文にでてくるなら、
なんか相互作用しているかもしれないし、そんなことでも、大量の
論文に対してやったら、面白いかもしれない、っていう程度のこと
が、案外重要ではないかな。意味をとって、どうこうなんていう
のは、まだまだ先の話、っていうか永久にないかも。

これだけ世の中に捏造論文があふれてしまっていると、
文献検索のはじきだした結果なんていうのは、補助金
をとりやすいように考えに考えぬかれた科学屋さんの
妄想の結晶になってしまって、そんなものが何の役に
立つの？って感じでは。申請書のテンプレくらい？

上手にマイニングすれば、どれが捏造だか分かったりして

最終的には人力判断するためのエクストラクティングと
ウェブエージェントみたいなことができればいいんじ
ゃないの？別ファイルになっているElectric supplement
の内容も本論に併せて、でも情報には重み付けして
ランク付けしてくれるとうれしいな。

ところで14-3-3とかBand3.2とかIkappaBとか
俺的には鬼門なんですけど。

重み付け≡捏造

重み付けと捏造が同義？
意味わかんねー

例の基地外だから放っとけ

おー、資格スレより下がってるよ

Biophytonって基地概になって翻訳してる香具師がいるが、そんなに便利なのかね。
Bioperlで我慢しれ。
本人は時代の最先端逝ってると思ってるんだろうな。
配列解析、賞味期限切れだってば。
国民の税金で研究しているんだったら、もっとマシなことに時間費やせ。

翻訳して悦に入るな。ボケ共が。
ってカキコするテスト。

ＤＱ〜Ｎ

基地外がストレス発散するスレですか？

>>377
しばしばそうなる・・・。
♪良スレも久しからず、ただ春の夜の夢のごとし。
これ2chの理なり・・・。♪

ともかく、みんなバイオインフォマティクス事典が出たら買うのだ。
個人モチが原則だ。

ついに出る。のか？BI辞典。

とりあえず・・・2月末が原稿最終締め切りだそうだ

誰が参加しているの？

純粋数学も計算機科学もよう分かっとらん奴に何ができるんだ？

「2月末が原稿最終締め切り」...なんだそりゃ？

ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ？進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。

「先端」を強調している所は塩っぱいのが多い。
ボスが元？情報屋というのが殆どだね。

パフォーマンスばっかだったり・・・

アイちゃんって誰？

AIだろ。

人工知能やってるとこって具体的にどこだ？
既に死語じゃないか？

>>389
愛っつたら・・・愛

biorubyっていうのもでてきたけど、
先生方、そんなことに時間費やさないで、もっとましなことに時間使えよ。
ほっとに税金の無駄遣い。
NHKとか道路公団とか社会保険庁とか見習え！！ボケ

あーアイねー

そういうお前はなにやってんだ？？

アルゴリズムやら文献検索やら半端者が図々しく
バイオインフォの看板を出しやがって・・・
お小遣いを貰って陰でコソコソ人集めしても顕著
な結果も出せず、所詮パシリの研究者もどき達が
オナニーをしている印象しかない。

その通りですがなにか？

「アルゴリズムやら」はあまりにも範囲が広すぎるぞｗ
文献検索に突っかかるのは私怨？

つーか文献検索も一言で言うには範囲が広すぎるしなあ
まったく情報科学を分かっていないやつだと思われ

ラブたんやらオープンバイオを称する連中は単にLinuxやオープンソースの
まねごとをしたいんでしょう。ラブたんは違うが、この人たちの周辺は
MLやったりと政治的なことが本当に好きだね。Ｋ久研の伝統か？

バイオインフォとは名ばかりで
バイオ特有のアルゴリズム等が生まれることはなく
情報系のそれを生物分野の方にそのまま流用しているだけ。
只の肉体労働だなｗ

>バイオ特有のアルゴリズム等

ﾜﾛﾀ

>バイオ特有のアルゴリズム等

なんかすごそうだなｗ

>>398
うーん、そうかもね。バイオインフォマティクスがマジで有効だったのは、
BLASTと、Shotgun 法のアセンブリアルゴリズムぐらいだと思うわけだが、
両者ともに、まあ、情報論的に出てきたものではあるわな。
バイオ特有の、ってことになると、難しいね。
うーん、そういう意味では、たとえば、物理学は初期段階では数学を
大きく進展させるようなすごい理論と方法論を打ち出したといえるし、
化学はどうかな。
まあ、バイオってば、もともと博物学だから、そういう意味では、
データベース関係（最近では、ダイタバイスというのがはやりか）で
なんか、って思うけど、これももとからある技術の流用か。

いまバイオインフォマティクスやってる人って
情報出身者と生物出身者のどっちが主流なの？

>>401
ゲノムアノテーションでデータマイニングの全く新しい手法の導入が
不可欠なのに今のところ誰もその重要性を理解していないし
またそれを実現するために必要な予備知識を有していない。
漏れが常々言っていることの一つには
この分野に純粋数学者や理論暗号学者との提携なしには駄目だろうという構想がある。

研究テーマをバイオインフォマティックスとしている所は胡散臭いのが多いね

>>402 >>404
>情報出身者と生物出身者

上のどちらでもない香具師がボスになっているグループもある。
一攫千金を狙っているのかもしれないが、確かに何か裏がありそうで
胡散臭いのもチラホラといるな。

＞一攫千金を狙っているのかもしれないが
一攫千金どころか、研究費もまともに取れないところがあるとか？ｗ

自分は純粋数学出身だが、何が出来るのかな。
雇ってくれ。

理論暗号学者ってことば、聞いたことないけど、
きっと暗号理論が何かスゴイことをしてくれると
思ってるのかな。１冊でも入門的な本を読んで
みるべし。

つーか、>>403も>>401も、その前の人たちも
そうなんだが、バイオインフォマティクスの分野には
分かってない人間が多いっていいながら、
書いてる本人が全然分かってないことが多いな。
突っ込みどころが大杉。

もちろん自分も分かってないんだが、そんな議論
しても意味ないよな。でも２ｃｈだから別にいいか。

お前のカキコがもっとも突っ込みどころが多いよ

>>408
どこが？

なにがBio informaticsだよ。人のプログラム使ってるだけじゃねーかよ。猿真似馬鹿。

まあ「バイオインフォマティックス」を独立した研究グループで成立させて
研究費もきっちりと取って、さらにゲノム関連のグループと連携して研究を
しているところは片手で数えられるくらいだろう。

殆どがゲノム関連の研究グループの一部分のような扱いで、幾らかの研究費
を配分してもらって細々と下請け作業をこなすのが関の山みたいだ。
それでボスがバイオ出身でなくて単なるお調子者だと、そのグループの将来
は見えているし・・・
バイオインフォに将来性があっても、研究グループとして死に体のところへ
配属されたらちょっと痛いかも？と思っているのだが・・・

>>411
それは「バイオインフォマティクス」をその上位概念である「分子生物学」と置き換えて、
「ゲノム関連のグループ」を「他分野の研究グループ」と置き換えても成立しそうな気がするな。

＞研究グループとして死に体のところへ

使いパシリみたいな教授もいる。
その目的で採用しているのだろうが・・
研究しないで金と人を調達するのが仕事なんだが、
それで表向き研究グループを受け持っているように
なってたりとかね。

常に生物現象を解明しているという意識がない奴はラボのボスになる失格はない。

>>414
意識はしているだろうが・・
やはり門外漢には限界があるからな。

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20050217-00000516-yom-pol

バイオインフォ業界は今後大きくなるのでしょうか？
製薬はまだ伸びると思うのですか。。

さあ

＞417
日経・・では横ばいだったような

見られてる気がするんだが

>>420
んん？
そうだとして何がまずいの？

何の話？？

あってもなくてもいいような研究グループは常に監視されています。
違った意味で注目の的だったり。

人を連れてくるだけが仕事の使いパシリ教授も監視してください。
陰で何をやっているかわからないので・・・

落ち過ぎage

>>424
んで、おまえは同じこと出来るの？委員会の立ち上げや委員就任は
多くの人がやりたがらないので、人間関係が広くまともな人間じゃ
なきゃ出来ないことだぞ。
そして、ある程度の年齢になった人間がマネージャ業務やるのは普通だが。

むしろ、自分がボスになってるのに、自分の仕事が研究で手を動かすことだと
思ってる奴のほうが怖いがな。

>>427
過去に自分で手を動かした業績があればそれでもいいだろうが・・・
バイオインフォって俄か研究者が多いからな

まあ新規参入で研究室としての実績がないから研究者が集まらないので、
末端階層の研究者を集めているのでは？BIとかだったらありそうだな。
>>426が述べているような次元の話しではなかったりして。

院時代の友人がPDで自称バイオの研究者（バイオなんてほとんどやって
いない）を主張するボスの所へ雇われていたんだけど、研究基盤がない
もんだから研究者の求人を出しても応募者がいなくて、挙句のはてに
「君の院時代の知り合いの研究者を紹介してくれ」と言われたり、研究
の指導もしてもらってないないのに「論文を書いたときには僕の名前も
入れておいてね」と言われているとかで困っていたよ。
雇用条件がバイトみたいなもんだから、他に誰も興味を示さなかったし。

崖っぷち状態だったのかもね。
「紹介してくれ作戦」は、ちょっとした鼠講か？とおもた（藁

> 「君の院時代の知り合いの研究者を紹介してくれ」と言われたり、研究
> の指導もしてもらってないないのに「論文を書いたときには僕の名前も
> 入れておいてね」と言われているとかで困っていたよ。

他は同意だが、この部分に関してだけはPDなら仕方のないことだ。
文句があれば、早く自分がPIになるしかない。

とするとやはり京大化研の人材養成ユニットちゅうところは
かなりまともというか、すごく質が高いな。
私大系バイオインフォのナンチャって度の高さと好対照だあなあ

まあ、ネット上で名指しで叩かれるようなところは逆にレベルが高いものだ。
本当にシャレにならない研究室を名指しで叩ける奴はいないし、そもそも話題にも上がらない。

もちろんオライリーのバイオインフォの本は持っているよね？

>>432
....ちなみにどの仕事に関してそう思うのかね？いや、煽り
じゃなくて興味あるんだが...

>>435
いや、おれは単純にTOH先生のファンなだけなのだが。あの人は偉い。

>>436
どう偉い？まさか、本人じゃないよね？

>>436
そうか、分かった。鏡台生かい？残念だったな。

残念って、何が？

>>430
余程の零細か、ボスがお調子者かだな
まさに紹介してクレクレ詐欺だｗ

強大のバイオインフォのなかで一番輝いているとおもうぞ

つか、兄弟と東大医科研くらいしか思いつかん
他にやってるところあんの？

つか、日本のバイオインフォの問題の一つに、「あのヒト
のファンだ」、「あの人はすごい」てな話はでてくるのに、
じゃ、その人の"どの仕事がすごいの？"と聞くと沈黙して
しまうというのが有ると思うのさ。

つか、世界的にみて評価されてるバイオインフォマティクスの
仕事って最近ある？おれはFASTAやBLASTの辺りで停まっちゃってると思う

日本のバイオインフォは東大医科研と京大化学研と慶大先端研ぐらいじゃない？

以下権 M 化学研 K 先端研 T

東大医科研：ヒトゲノム系
京大化学研：パスウェイ系
慶大先端研：E-CELL系

遺伝研も入れてやれよ

遺伝研：DB系

evo-dev系ってないのかな？いま個人的に趣味でやっているんだけど。
端的にいうと脳シミュレータをゲノムデータでエビデンス付けていくような手法なんだけど。
まぁモデル構築できたらそのうち無償で公開するかも。

>>443けだし名言。成果も出てないのに、評価前倒ししすぎ。

神戸・北里・産総研　モデリング系三羽烏
444が言ってるのは全スレでさんざんいわれてきた
「狭義の」バイオインフォマティクスの話だろ？

バイオｲﾝﾌｫﾏﾃｼｬﾝ目指してる大学院生です。
最近ようやくbiorubyの使い方マスターしますた！
次はどんなソフト極めたらいいですか？？

頭の使い方を極めろよ。テクニシャン志望か？ｗ

>>443
その著名人の所以外で「これは面白い」と思うような仕事をしている所はあるの？

何か中途半端な教えて君が頻出するようになったな。
やはりスレタイの「教えて下さい」は良くなかったか。

>>454
頭の使い方ですかあ。。よし、極めてみます！
ところで、ﾃｸﾆｼｬﾝって何ですか？ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｼｬﾝの仲間ですか！？

頑張って盛り上げろｗ

教えてスレということで。
「基礎と実習 バイオインフォマティクス」を買った香具師いますか。
感想キボンヌ。

ホモログとか見つけんのアホらしいなｗ
正規表現で速攻お終いｗ
曖昧検索というかSNP考慮するのは正規表現の匙加減ひとつでお終いｗ
バイオインフォの人間ってアホでしょ？ｗ

さらしあげじゃ

>>460
ボケてるんだとは思うが、突っ込むヒマがない。すまんな。

$seq =~ /ホモログ/g;

「正規表現でひっかかってきた配列はみんなホモログ」
とか言ってるボケがおるから、生物系の奴からは
「情報系って使えねえ〜」って思われてるんじゃないか。
いや、ほんと情報系の連中って使えね〜。
生物的なホモログじゃなきゃ、探しても意味ねえってこと
これだけ叩かれててもわからんわけね。昔よくいたSFC厨再来か？

「生物的ホモログ」...またまたさらしあげー

>>464ってネタと思いきやマジっぽいな

落ちまくってるのはレベルの低さにあきれたから、で桶？

>>467
人は分かり合えない...という証明

意味のない野次馬が多い分野

生物的ホモログって何？表現型のことか？

「生物的○○」ってどーゆー意味だ？
定義のはっきりしない言葉を使う馬鹿が生物学者を名乗るから
生物学者一般のイメージが悪くなるんだ

>>471
そもそも生物の話自体に定義のはっきりしない言葉が
多いように思うぞ。この言葉はこのコンテキストで使えば
こういう意味となるみたいなものが多くない？
今でこそ、そういうのに慣れたけど。

ぼくらのあいちゃんがまたやってくれました、ハァハァ
KNOB・・・なにそれ

さすが僕らのあいちゃん、意・味・不・明

ていうか、論文まとめなきゃ就職危うい

>>472
「遺伝子」なんてえらい意味が・・・。
漏れはイヤだし慣れたくないが、まだまだ分からない事が多い以上仕方ないと納得もしている。
>>473
RHEL3、もうヤダ!!ってことで、漏れがx86-64版があれば試してみたいと思ってるのは内緒だ。
/* ゼッテーにテスター/ドキュメント書きするハメになるからな。 */
/* しかし藻前の勘違い/妄想、すざましい・・・。正直ソンケー。 */
// それともopen-bioにDQNが混ざってるって事か？それはそれで鬱。

>>472
たとえば何？

ちがうよ
生物の話のなかではちゃんと定義もあるし、はっきりも
しているよ。生化学辞典と生物学辞典とThe Cellをみれば
ちゃんとわかるはずだよ。
ただみんなめんどくさがって、部外者にわかりやすい
定義書やマニュアルを書かないんだよ。
でもさあ、自分が不勉強だからって
「あいまいだ」「意味不明」って逆切れするのｶｺﾜﾙｲよ

じゃあ生物的ホモログの意味を教えてもらおうかw

意味ではなく定義なww

坊農秀雅さんってブログ書いてた気がするけど最近見かけない。
URL何でしたっけ？

>>479
このスレ見てる人を集めるためのトラップですか？

>>480
すいません検索して見つけました。忘れてください。

>>476
476は言葉に対して、あんまりセンシティブでないだろ。

上にも書いてあったけど「遺伝子」なんて、それを
使っている人によって、全然違うだろ。
そりゃ、前後から何を指しているのかは、なんとなく分かるよ。
でも、皆が皆、Cellの定義の上で話してないだろ。

時代時代で意味の取り方が変わってきたからなんだと思うけどな。
ただ門外漢の人たちは、毎回戸惑うのよ。自分が覚えた
遺伝子と違うような気がするって。
学問ごとに、それなりのカルチャーがあるから、どうこう
いうつもりはないけど、ちょっとは意識して欲しいってなもんだ！

>>482
で、生物的ホモログの定義は？

>>483
それを>>482に聞くのは違うだろ

>>477
で、生物的ホモログの意味わかった？
誰かまわりの人に教えてもらえないの？

>>485
お前知ってるのかよ。エリートだな

>>486
話が違うかもしれないけれどもホモログのことを
あえて遺伝的ホモログとか相同ホモログとかいう
けど、遺伝的には関係ないホモログや相同でない
ホモログもあるからそういう風に用語を限定する
のかな？遺伝的には関係ないホモログって誰が
決めるのか知ってる？

相同でないホモログなどない。ホモログ・ホモロジーはどこまで
いっても仮定の域はでない。誰かが決定するものではない。でも、
ＸＸ％ホモロジーだの、一次配列だの、誤用がまかり通るのがこ
の業界...

>>488
"functional homologue"でPubMed検索してください。
または"機能ホモログ"でググってください。
「この用語は誤用だから自分には意味がわからない」
おっしゃる通りかもしれません。
でも
「ことばに厳密でなければサイエンスできない」

というわけではないとおもいますよ。むしろ
誤用でも既成事実化してしまっていたら、自分が適合する
戦略をとらなければこの業界で生存できないのではないかと。

なお私の前の指導教官は「それくらい直感でわからない
ようなら科学者なんてやめちまえ」が口癖でした。

>>489
> なお私の前の指導教官は「それくらい直感でわからない
> ようなら科学者なんてやめちまえ」が口癖でした。
科学者ではない教官から言われても説得力ありませんね。

バイオの仕事を始めて余り期間が経ってないですが、
会誌「情報処理」 Vol.46 No.2 目次
http://fw8.bookpark.ne.jp/cm/ipsj/mokuji.asp?category1=Magazine&vol=46&no=2
読んで、たんぱく質に大量の表記・同義語・方言があると知り
雑然とした世界だなと・・・まあ、色々仕事にはなりそうだけど。

自然言語処理関連の仕事は生物と直接的に関わるものではないので
（DNAなど自体の解析ではない）、避けたい仕事だな。

情報系の大学生でこの分野に興味があるんですが、生物の知識からきしでも
やっていけますかね?

http://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/cb/nyushi/
http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html
この辺の過去問が解けて入学できれば十分やっていけると思われる。

英語の試験だけとか推薦書だけで入れるところはどうでつか？

そんなのあるの？
http://www.iab.keio.ac.jp/ja/courses.html
これ？リンク切れてるけど。

>>493
生物の知識がいっさいなくても、生物の知識を本気でこれから勉強
することをいとわない、っていうなら、可能性はあるな。
生物勉強する気なくて、なんとなく面白そうな情報処理の方法とか、
プログラムとかアルゴリズムとかそういうのを生物でもちょちょいと
使えば、なんかおもしろげな研究のできるおいしい分野かな、って
いう時代は終わったしな。１２、３年前はそうだったけれど。

今はデータベースを自在に操れる人が有望。
既にアルゴリズム一本でやってけるフェーズは終わったよ。

データベースのスキルでいいの？
データベースといっても、オブジェクトデータベースとか？
機械学習とかの理論を自分で学んで応用できるとか言う方が重要ではないの？

AL系はバッチファイル書けば一次凌ぎ的にはできる。
要はゲノムデータ管理がしっかりできるかどうかが重要。
データ量が膨大すぎて把握できないという嘆きは今後は通用しない。

フム・・・どっちにしろ、bioperl使えますレベルではどうしようも無い訳だな

そもそもBioPerlが使えない件について

「春の学校」はどうですか？

>>498
いや・・・データマイニングとかはとてもとても
有望とは思えないな。ウェットやってる人たちの
『便利屋』じゃ予算もポストも確保できないよ。
しょぼくても独自のアルゴリズムにこだわらないと
生き残れないような気がする。

社会人だが大学院博士課程受けてみようかと思わないでもない。
ただ働きすることになりかねないし、転職したくなりそうだが。

データマイニング関連は将来性は？だね。
この前の方で文献検索が吊るされていたけど、あれも正直なところ
自己満足な領域から脱しない程度なんだろうね。
分析方法で勝負するなら、既存の方法以外で何らかの新しいものを
導かないと、この先闇に埋もれて行くだけだし・・

実際マイニング関連の研究グループは、使いパシリで生き延びている
ところが殆どなんだよな。
自分達の研究開発で勝負できるところは希少だよ。

それで予算も取れない、研究者も集まらないとなれば
救いようがないし・・・

バイオインフォマティクスは、数大学・研究機関で殆ど尽きているので、
研究テーマ的にも市場的にも狭いなと思う。
通常のバイオ研究者に広げていくことを考えないといけないんだろうな。
いろんな意味で。
もしくはバイオインフォで得た技術を一般的なデータマイニングソフトに
適用していくとか。

ほ＝

マイクロアレイとか、遺伝子ネットワーク等と言うのは、
バイオ研究者や製薬企業では当たり前のものになってるのでしょうか？

民間から大学研究機関へ産学連携とか研究事業化プロジェクトなどで
マイニング関連の研究者を採用している場合がよくあるが、あれは裏
がありそうだよな。
情報系で仕事に行き詰まった人を採用してあげたりとか・・
もともと将来的な業績なんか期待してなかったりして。

>>511
マイクロアレイはあたりまえ。
ネットワーク解析はまだまだ。

ネットワーク解析がまだという理由は、
バイオインフォの問題というよりは、
ウェットの手法がまだ確立していないことによる。
Y2Hを超える手法がこれからたくさん出てくるぞ。

ちょっと聞きたいんだけどさ、
ネットワーク解析のネットワーク（転写）ってそもそも概念として
正しいのかな？最近、ごく個人的に思ってるんだけどさ、
転写ネットワークってホントに存在してるの？
そんな考え方でアプローチして、ものがわかるのかなって
悩んでんのよ。当方Wetの転写ネットワーク実験屋なんだけどさ、
情報系の人の意見聞きたいです。

>>513
そうでしたか、次の辺り（マイクロアレイからの遺伝子ネットワークの推定）
がツール化されれば役立ちそうですね（難しそうですが）。
ttp://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~imoto/imoto_biometrics2003.pdf

ゲノムデータを云々するとは言ったがマイニングとは言っていないのだが・・・
マイニングするには全然データが足りない。*全ての*データが必要。この意味分かる人居ないだろうな・・

>>514
化学屋としては、転写のネットワークはおろか、たとえばシグナル伝達「経路」なども
似たような危うさを含んでいることは指摘しておきたい（もちろん危うさの度合いは全然違う）。
とはいえ、生体内で起こっていること全部を追跡できるわけはないので、「ネットワーク」や
「経路」として把握するのはそれなりの意味がある。
「ものがわかるのかな」という質問には、「ものがわかるレベルの描像を君自身が作るのだ」
というしかない。「正しい・正しくない」という世界じゃないからね。

パスウェイに疑いを持つ人は初歩的な酵素反応実験をしましょうね♪

>>518が>>517に対するツッコミだとすると、>>517の意図が伝わっていない気がするな。
同時にいろんなことが起こっている（というよりも、それを全部まとめて「一つの系」として
扱う必要がある）状態を、たとえば二体間や三体間や四体間や…の関係として説明する
ことが「描像」だと言いたいのだが。
極端な話、「1分子」という考え方からして近似なわけで。

というか、言語化して記述して描像すること自体がサイエンスでしょう。
パスウェイ云々について言えば、それがある現象をうまく説明できれば、
その文脈においては、その「経路」は正しいんです。
同じ現象について違う見方をした時に、違う概念を持ってこないといけない
かどうかは、それとは別問題。

>>520
「風が吹けば桶屋が儲かる」もサイエンスなのか？
「部屋の北側（鬼門）に金色の猫の置物をおけば、
運勢が好転しますよ」ってか？
素反応の因果関係、対応関係がはっきりしてなくっても
ネットワークとしてひとまとめにしちまって、統計的に
有意だったら何でもありなんか？言語化して記述して描像するのは、サイエンスの基本だが
万人の・・・すくなくとも大多数のクリティシズムに耐え
なければ疑似科学と区別できんよ

一般的にバイオインフォやる人たちって情報上がりなの？
それとも生物上がり？
最初からバイオインフォ一本っていうのもあるのかな？

>>521
はあ？
客観性を有して批判に耐える事と、描写する事とは全く違うお話だろうが。
Aを批判するのにBを持ち出すような論理性のない人間がサイエンスなんて
語れるのか？

>>517
>ものがわかるレベルの描像を君自身が作るのだ
って言うところが問題だと思うんですよ。
結局、具体的に俺は何を知りたいんだということに帰着するんです。
例えば遺伝子Aが遺伝子Bによって正に制御されていて、BはCによって
正に制御されているとする。するとC→B→Aなんだけど、
Cの変異が実はAに影響ないなんてことは結構ある話だし、
ある条件下ではD→E→Aだったりした上に、それぞれの矢印が
どの程度信頼できるかにも依存したり、他にいくらでも、
それこそ風が吹けば形式で考えちゃったらホントにきりがないし、
これは俺の知りたいことなのか？アプローチが間違って
いるんじゃないか？って思うんです。
サイエンスが何なのかとかはあんまり興味ないんだけど
どうしたら俺が幸せになるのかが知りたい。

>>524
転写ネットワークと一言にいってもいろいろモデルが
存在するわけじゃん。納得できない部分あったら自分で
その領域に踏み込んでみては？

パスウェイには定量的な情報は無いですね。

>>520-523で急にヒートアップしてるけど、517=519としては別にそんなアツイ話を
しているわけではない（漏れはその議論には加わる気はない）。
各種のアプローチにはそれぞれ限界があるので、気をつけましょう、ってだけ。
実際、524を見ると別にそんなアツイ議論がしたいわけでもないみたいだし。

というか、興味のある現象があるのなら、それに適したアプローチを探ってみては？
524に出てきた、「制御されていて」「影響ない」という用語も、突き詰める気になれば
どこまでも突き詰めなきゃいけない可能性がある。そういう状況に直面してしまったら
「ネットワーク」的なアプローチでは限界があるだろうね。

>>523
描写「だけ」じゃだめだってことがわかってるんならそれでいいけどさ。

>>527
> どこまでも突き詰めなきゃいけない可能性がある。そういう状況に直面してしまったら
>「ネットワーク」的なアプローチでは限界があるだろうね。
限界がある、という以前の問題だろ？科学と疑似科学の瀬戸際にいると
思うぞ。

ネットワークは任意に定義された相互作用の関係を
・影響あり
・影響なし
・方向
・強さ
の文法を用いて「可視化」のための一つの方法であって
それ自体に科学も疑似科学もないだろ。

まあ、「疑似科学」という言葉を使いたいだけちゃうんかと。

>>522
大学とか産総研辺りは、情報系出身者が多いようですね。
企業でやってる人は、理学部出身者が開発職から転向した感じ。
全体に学位有りはストレートに来てて無しは色々な経歴。
今後はバイオインフォ出身者が増えてくるでしょう。

>>525、527
ありがとう、こんな抽象的でくそみたいな質問に答えてくれて。
でも、そのとおりなんだけど、既存の網羅的な解析とかって
ウェットな人から見れば単なるスクリーニングじゃん。
俺も実際そう思ってるんだけど、いい加減巨視的に見て
少なくとも一つ一つの事象を丁寧に見ただけじゃわからない
ゲノミックな仕事がしたいのよ。
そうするとネットワークを書いてみて、
今まで知らなかったリレーションとか
個別研究に落としたらそこそこのジャーナルに
のりそうなこととかも当然あるわけだけど、
そこに突っ込んでっても今までと一緒じゃん。
でもそれをしても俺は幸せじゃないのは前の仕事でわかったのよ。
やっぱりイースト２とかマイクロアレイとかって全然信用できないし、
最終的にはきちっとした実験系組んでものを言わなきゃいけないんだけど、
縦割り的なテーマじゃなくて横でつながるようなそういうテーマを
見つけたいと思ってるんですよ。
こういうこと考えてる人いない？どんな感じでテーマ設定してるか
意見を聞きたいです。

こんなもん見せられても、何がなんだか分かりませんから！残念！！

全体が見れてかつ精度もよくやりたいとなったら、そりゃ新しい解析法を開発するしかないのでは。

>>532
無理・・・と言うか量子重力理論を作るような構想だな。

パスウェイって詳しくは分からんけど、あれの気持ちって
疑似科学でもなんでもいいから、とにかく、全体像が
おおまかでいいから知りたいってことなんじゃないの？
風が吹けば、、でもいいんだよ、とにかく一つ一つを
調べてたらきりがないし、だから複雑な現象を、大局的な
レベルでみたいって話じゃないのかな。
あれで出てきた結果は、パスウェイをやってる人でさえ
懐疑的でしょ。でもさ、ある実験をするときに、どの遺伝子を
つぶしたら、効率よく実験できるとかさ、逆に遺伝子をつぶした
結果、おもしろいことがわかったとき、それがどういう仕組みで
おこってるとかを理解するための助けにはなるよね。
その程度なんじゃないのかな。

>>522
ウエットから･･･ってのは少ないんじゃない？
バイオインフォってコンピュータだけだし

>>533
まさにそのとおりなんですよ。
自分でやっててむなしくなりました。
>>534
それもそうなんですけど、俺が言いたいのは>>536の
言うようなことの発展版みたいなことなのよ。
つまりね、例えば、普遍性がある転写のメカニズムで実は
結構重要なんだけどまだその存在自体知られていないことが
あるとします。それを知るのにはやっぱり従来のように
一つ一つの事象から説明のつかない部分を突き詰めて
わかるんじゃなくて、大まかなことからわかるような
仕事がしたいんですよ。究極的に言えば、大まかなことから
見ないとわからないようなことです。
その時の考える手立てとして転写ネットワークなるものを
書いてるんですが、まさに>>533みたいなことになるんよ。
>>535のように無理ってゆーんじゃなく、何とかしたいんですよ。
なんか俺の幸せってその辺にあるような気がするんです。
単なるスクリーニング系だけじゃ今後のゲノム研究（？）は
駄目になると思うんですよ。
するとね、>>529の可視化を工夫すれば見えてくるのかとかそもそも
ネットワーク書いてから考えること自体が間違いで、
別のこと見なきゃいけないのか、
>>534や>>535のように既存の実験系じゃ無理なのかとか
考えちゃうのよ。

>>526
あるよ。ターゲット物質の濃度やホットスポット分子の構造変化等々・・

>>529
まぁ単純に有向グラフで記述できるが個々の相互関係のエビデンスは「今まで
明らかになった実験結果」だけですからそれが常に真であるかどうかの保証が
あるとは言えないところにネットワーク系を懐疑する人は指摘したいのでしょ
うね。

>>532
基本的には還元論的手法ですから。それらの事実を統合して全体図を構築して
もいつまでも不完全なままですので誰もやらないという訳ですわ。

>>536
そもそもパスウェイというのはモデリングにすぎませんからね。で、そもモデ
リングが飛躍的展開に見えるのは実は論文上に無いデータも用いているからと
いうのが実情です。通常は論文に載せるデータの少なくとも3倍のデータ量を
持っていますのでその事実を知らない人にはそう感じるのかもしれませんね。

>>538
ちょっと分かりかねますがその大まかなことは何に基づいて構築するのでしょ
うか？今後のおもしろそうな事実の発見をその全体図の観察から見出したいと
主張しているようですが、まずその全体図自体の信頼性がどの程度保証できる
のかの手法を確立してください。ちなみに従来の実験系を多少非難されている
ようですが全く新しいテクノロジー開発には時間を要すると言っておきましょう

>>536
どうも君は疑似科学っていうのが好きみたいだけど、パスウェイ云々
っていうのも論文があって誰でも読める場所で発表してあって議論の対象であって
批判したけりゃすればいい代物なんだから、疑似科学とは根本的に
異なるでしょう。もしかしたらそのパスウェイって言うのは間違ってるかも
しれないけどさ。

疑似科学って言うのはそういうものじゃない。マイナスイオンとかEM菌とか
神々の指紋とか、ああいうものを語るべき言葉だよ・・・。

>>540
536です。確かに言葉の使い方が間違ってました。
仰るとおりです。

>>539
論文上にないデータを使ってるのですか。。。
それは実験で確かめられた事実で、既存のパスウェイ上に
ないものという意味？それともパスウェイ上の矢印の
大きさとかの情報？

>>541
論文上に一応はあるデータについても
「あのデータは○○の部分は嘘だ」とか
「あのデータ、○○の部分はノイズだ」とか
のアンダーグラウンド追試情報もあったりするからな。

あえてage保守

単にいままでと違った見方を提供するだけ、という考え方でいいんじゃねえの？
データが莫大になったおかげで、誰にも正しい見方がわからなくなったんだから。

バイオインフォでncRNA予測ってあるがあれはどうなの？
miRNAみたいな短いのもあれば、mRNAみたいにより長いのもあると思うんだけど

こんなとこでゴチャゴチャ言ってないで、ジャーナルでも漁れば？

バイオインフォってお金になるの？
研究としては面白いのかもしれんが・・・

何を含めるかによると思いますが、インフォマティクス的部分に絞れば、
数理的研究やシステムやツール開発に絞れば数十億円程の規模じゃないですかね。
人数で言えば、たったの数百人ほど。BLASTとかは大勢使うだろうし、
どんどんバイオ一般との境界が消えていくかもしれないですけど。

>>548
アドバイスどうもです。
ウエット系の学生ですが、バイオインフォマティクス業界に行こうかと・・・
でもお金にはなかなかならないみたいですねえ・・・

>>549
業界入りはやめとけ。
ウェット系だとたぶん後悔することになる。
どうしてもやりたきゃアカにしといたほうがいい。

>550
アカはあまりにも分野が異なりすぎて受け入れてくれる講座があるかどうか。
業界入りはダメですかねえ？
たとえば仕事の内容がサービス系のバイオインフォで
研究とは異なるからですか？
それとも扱うのはパソのみで結局情報系に負けるからですか？

例えば、ナトリウムチャンネルの構造をぶっ込んで
阻害物質候補としてＴＴＸを導き出すほど利口であれば、
良いんだが・・・
創薬inシリコって怪しすぎー。

バイオインフォは独学し易いから、普段はウェットの研究をして
独学してチャンスを伺うとか言うのもいいかも知れませんね。
日本での企業の給料は、多分
バイオ系＞情報系
だと思うし。海外では逆らしい。

だからアカでも怪しい香具師がいるのか・・

>>553
だけど、職を得るチャンスは
情報系＞＞バイオ系　だと思うよ

バイオインフォって独学できんだろ？
プログラミングくらいまでじゃない？
それと日本の企業でバイオインフォで採用しますって
ところ多くないような気が。

漏れは自鯖たててやっている。
データベースは非公開。
というか漏洩が恐いからネットに繋いでいない。
ネットはそれとはまた別の鯖で。

過去スレでは話題になってたと思いますが、読んでないので質問。

インフォコムやインテックＷ＆ＧやNEC・日立・富士通辺りは
オリジナル製品と言うものはどの程度開発しているでしょうか？

他に、バイオインフォの日本企業はどういうのがありますか？

アカで行っていい研究室は？
特に駄目な研究室は？

>>558
それぞれの会社のホームページをみればいいんじゃないのか？
ここで聞かないでも。

バイオインフォに限れば、純粋なオリジナルってのはないんじゃない
のかね。実験や評価システムの構築とか、配列解析やチップ解析を
パッケージ化したものが多いと思う（ソフトやアルゴリズムは巷の
ものを組み合わせて）。

世間では無料のものが出回ってるし、Wetな研究者は有名なソフト
しか使いたがらない。だから、新しいアルゴリズムを作って、
それがいくら性能が良くても、売れないからやらないの。
企業はお客さんに数十万〜数百万の買い物をしてくれないと、
元が取れないんだよ。

>>556
分子生物・細胞生物・微生物学などで採用するってところは
もっと致命的に少ない。ラボの数や出身者の数から考えれば
バイオインフォ圧倒的有利。
しかもバイオインフォは資格がとれる。ウェットの生物屋は
資格がとれないので、修士就職のばあいは８割が営業・開発
・知財などの「事実上の文系就職」になる。

>ウェットの生物屋は修士就職は８割が「事実上の文系就職」
ちなみに残り２割のほとんどは派遣会社登録→実験補助（テク）

ひょえ〜知らなかったよ

>561
バイオインフォの資格って他のスレにあるアレくらいでは？
それとも情報系の資格取れるから有利ってこと？

>>556
パスウェイデータベースを個人で作ったりするのは無理だと思いますが、
BioXXXとかDPのプログラミングで十分な気がしますし、
数理的手法の勉強と応用を考えるとか言うのはできると思います。

>>562
たまたま見つけた
http://www.assort.co.jp/kenkyu/
うむむ・・・

今年も、仲良し同士でヤバイとか言ってるな・・・。
つまんないし、笑えない。

「きゃっとしたデータをそうとうユニークなバイオにする」

いたすぎる。

ごめん、つい感情的になって書いてしまった。
当事者の人（たち）、すまん。

ただ内輪で盛り上がるのなら、内輪同士でやってほしい。

笑えないのは事実ですが、個人的には気になりません。
別の話だが、関係ない話題を無理やり科学のテーマに関係させようとする
mixiとかの連中はうっとうしいなと思わないではない。
私は時間を無駄にしたくないので、mixiとは関わらないようにしている。
また、今回の話とは無関係ですが、
情報関連の人間は基礎科学の人より全体に能力が低いような気がするので、
カリキュラムを組みなおして、何年か後に総シャッフルしたらいいと思う。
技術を新しく作る能力が無くて、技術を無理やり社会科学に応用するとか
それ以上できそうに無い人たちが明らかに多いなと。

>>555
>だけど、職を得るチャンスは
>情報系＞＞バイオ系　だと思うよ
ハァ？求人情報をサーチしてしゃべくってんのかテメーは
おまいも
「きゃっとしたデータをそうとうユニークなバイオにする」
の仲間か
こんなとこくんな、ボケ

　 　　||
　ノ⌒||^ヽ
彡/‖￣ ヽ　　　　　>>555
　|　|`====′
　|　|＿＿｜
　凵 ＃＃ヽ
　∪＃＃＃ゝ
　　^Ｔ TT´
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　　　し'し'

　 　 　 　 　 　　 　 　　‖
　 　 　 　 　　　＿__　　‖
　　　　　　 ／　　　 ｀ヽ‖
　　　　　 ,:'　　　　　　､ゑ
　　　　　,'　　 　;　　i　 八､
　　　　　|,! 、 ,! | 　,' ,〃ヽ!;､
　　 　 　|!| ｌ川 l ﾘへ'==二二ト､
　　　　　ﾘ川 !| i′　 ﾞ､　　　　', ',　　　　>>555
　　　　　lﾙl ||,ﾚ′　　 ヽ　　　,ﾉ ,〉
　　　　 　 |川'、　 ,,.,.r'"　 　 ,,ンﾞ
　　　　　　　　｀T"　 ! ,/ '.ﾉ,/｜
　　　　　　　　 / 　 ,!´　!ﾞヾ{　|
　 　 　 　 　　/ 　 ,' 　 i　ﾞ　! ,lﾞ
　　　　　　,r‐'ヽ-､!　　 ',　　l｜
　　　　　 {　　　 ｀ヽ　　 !　 ｢ﾞﾌ
　 　　　　,>┬―／　　 ;　 i,｀{
　　　　　/ /ﾘ川'　 　 　 　 ', ﾞ､
　　　 ／ ,/　　　 　 　 　 　 ﾞ､ ﾞ、
　　 ノ 　/　　　　　　　　　　　', ｀､
　　 ＼_/　　 ;　　　　　　　　　 ﾞ、ヽ、
　　　　l__　　 !　　　　　　　 _＿_〕 ,､l
　　　　　 ￣｀‐┬―r┬‐r'´　｀'‐'′
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　　　　　　　 　 '、　/ｰ'
　 　 　 　 　 　　｀''"

ウェットの生物屋は修士就職は８割が「事実上の文系就職」
ちなみに残り２割のほとんどは派遣会社登録→実験補助（テク）
　↓
関連スレ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1019404285/l50

それでもバイオインフォが将来暗いと思うんだったら
ウェットに転向して博士課程までGOGO!!
いまからでも遅くない。


でも自己責任でね。

皆さん、はじめまして。私は>>573お兄ちゃんの妹です。
お兄ちゃん・・・どうして、こんなに他の人たちに迷惑を掛けるの？
なんで、そんなに変わっちゃったの？
昔のお兄ちゃんは、もっと・・・うん、今よりずっと優しかったよ？
誰よりも一杯他人を気遣っていたし、誰よりも先に困っている人たちを助けてあげた。
確かに、目立つような事はしていなかったかもしれない。だけど、私はそんな直向き
で、小さな親切心を決して忘れなかったお兄ちゃんが大好きだった。
昔ね、お兄ちゃんはこんなこと言ったの。覚えてる？
「人は、常に変わっていくものなんだよ。でも、それを怖がっちゃいけないんだ。む
しろ人はその変化を受け入れて、自らの喜びとすべきなんだよ」
でも、今のお兄ちゃんの変化は全然喜べないの。・・・喜べないよ・・・
もし、人が今のお兄ちゃんみたいに変わってしまうものなら、それって凄く寂しいこ
とだと思う。そんなの、喜んで受け入れることなんて出来ないよ・・・。
お願いです、お兄ちゃん。どうか、今一度考えを改めてください。昔のお兄ちゃんが、
そう、私が大好きだった頃のお兄ちゃんが戻ってきてくれることを祈っています。

>>570-572の必死さのほうが不可解だが。
学術板でAAやコピペまで持ち出して暴れるような内容ではあるまい。
生物系の就職が厳しいのは事実なんだし。情報系がどうかは知らんが。

とにかく、バイオインフォは有望な訳ね
そうなると、大学院の枠が少ないのが問題だな

定員割れで大変なんですけど。

数学と生物学の両方の素養のある奴が不足している。
一般的に生物専攻の奴は数学ができない。
一般的に数学専攻の奴は実験ができない。

>>578
転向を促して、現役に頑張ってもらうしかないか。

バイオインフォの講義ノートとかプレゼンテーション資料を見ると、
公式を並べただけみたいのが多いけど、DP辺りはそれなりに分かるけど
概要は伝えるから詳細は独学してくださいってことなんでしょうね。
それだと、生物出身の人がマスターするのは難しいと思います。
（ギャップがありすぎて理解を諦めると思います。）
本当に一通り理解するには、２年はみっちり勉強が必要だろうと思います。

生物出身の人に数学を理解させることは工学部の連中にルベーグ積分を教え込ませることよりも難しい。
数学出身の人に実験を強要せせることはラボの教授にピペットマンを持たせることよりも難しい。

>>569
同意。ネタにしてはつまらん、というのはあるが、別に関係「しなきゃいけない」訳でもないしな。
>>580
両方やろうとしたら、どっちもいまいちな中途半端な奴の出来上がり(漏れ　orz)
とかくこの世は生きがたし。
現実的には、学部時代に情報系は2部ででも専門教育受けてもらう、という辺りか。
#生物系の2部って、情報系の２部より少ないという印象がある。

573 >>576
なにをいうか。
「大学院の枠が少ない」(人材供給源が少ない）から
就職が売り手市場なのではないか。

>>581
一部の奴が普通に終夜営業で実験したりするからな。
二部で生物系しても、結局昼間も実験しなきゃ格差がう
まらん。（そこまでして就職ないんだから、ウェットなんて）

両方の知識が云々って言ってもそんなに大した話じゃない。今のところはシステム構築のときにSEとして業務知識が要求されるっていうだけ。他の分野と何も変わらない。

ようするに「二足の鞋」なわけだろ？
文系にはそんなやついっぱいいるぞ
会計士と宅建もってる香具師とか
簿記と司法書士持ってる香具師とか

生物と情報科学の能力に下限を決めるのに資格は良いかも知れないですね。
上限はそもそもないですけど。
現時点では、
生物の能力は生物学者とほぼ同等、情報科学の能力はSEとほぼ同等
と言う人が多いようですね。
それで十分と言う意見と、情報科学者並の能力が必要と言う意見があると。
たまに、生物の知識が全く無い人も居ますが。

生物学の最低知識をTHECELL全章理解として
情報学の最低知識を何とするか？

カリキュラムと無関係な人が、2chに書いてもしょうがないか…

> 生物学の最低知識をTHECELL全章理解
見聞きした感じ、必ずしも"マスター"はしてないようです。
もちろん研究領域の論文は一杯読まれて研究されていますが。

既出ですが、
バイオインフォマティクス教育カリキュラム
http://www.jsbi.org/society/curriculum.pdf
基礎部分の書籍
http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/japanese/schedule/16/files/Hagiya_2004_4_28b.pdf
これを見ると殆ど情報のことしか書かれていませんね。
生物の学部卒を前提にしているみたいですね。

最低知識としては上記書籍同等のマスターで妥当な気がします。
MPIは不要だと思いますが。

>>585

下限もないし、設定する必要もないけどね。

要はjust in timeに色んな分野の知識を扱えればいいだけ。

>>588
同感。

あと、何かあったときに、そういえばこんな話があったなぁとか、
あの人に聞けば分かりそうだとか、あの本に載ってそうだとか、
そういうリンク先だけ知ってればいいと思う。

セルとか、マスターする必要はないだろ。
生物って積み上げ型の学問じゃないんだから。

>>1-589
要するに、
バイオインフォは
クズの掃き溜め
分かった？

ちょっと疑問なんだが
The Cell 全理解とかいってるけど、
The Cellってしょせん「分子生物学」の教科書だろ？
そりゃ大学院入試には出るけどさ、別に神聖視するほどの
本でもないだろ？ダーウィンとラマルクとドーキンスと木村とか　読んだほうがいいんじゃ
ないか？あとジャック・モノーと。

>>584
二足のワラジにも、いろいろあるだろ。
いわゆる生物学者の中でも、物理をベースにした生物物理や
化学をベースにした分子化学系からの分子生物学の人間はさて
おいて、本来の生物学ってば、理系ってよりは、小さい頃から
ペットをかったり虫めでる姫君だったりした人たちがなるもの
であって、一方の計算機屋系ってのは、ちっさいころから、
ラジオだのマイコンだのっていってた人間で、まるっきし
違うわけよ。文系の複数の資格もってどうのこうのとは違う。
やっぱし、生物プロパーな人ってば、虫めでる姫君系な人が
多いんじゃないの？
そういう人に、微分方程式もからめて、バックプロパゲーションの
どうのこうのとか、って無理な話っていう気がするね。
逆に計算機屋が実験やるっていうのもかなり無謀なときが多いのだろう
けれどさ。だから、両方やるのは、大変よ。おれは、っつうと、実験
器具にはいっさいふれないっていうのを鉄則にしているね。壊したら
悪いしさ。

>>592
いや、592が言ってるのはステレオタイプの極論だと思う。
もっと柔軟にしなやかにやっていける人間だけが
二足のわらじを履けるんだとおもう。
もちろん難しいだろうけど、生き残るためには必要なのでは？
極論に固執してても生産的な議論はできんだろ。

まあ、単にコード書けるってだけででかい面するのは今時みっともないからやめとけ。

へ　ﾉ　 y /ｿ ／
ヽ v|ﾄ ﾚ／_/ヘ_ヘ
ヽiiヾi;ii//ヾﾞ
　|;i:;.|:;|
　|:;i;.|i;|
　|::.;.|.;| 　　∧ ∧　　　 ／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　|;;i;:|::| 　 （ ﾟДﾟ）　　＜　逝ってよし　そう言うお前が　逝ってよし
　|::,.i|;i| 　　|σ[]　∬　 ＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
　|;:;.:|.:| 　 ι⊃⊃旦
""" '"""""'""""""'""""''""""'"""

　　 ∧＿∧　　／￣￣￣￣￣
　　（　´∀｀）＜　オマエモナー
　　（　　　　） 　＼＿＿＿＿＿
　　｜ ｜　|
　　（_＿）＿）

極論に固執して「新たな潮流」を頑なに否定するのは、自分の能力の限界が見えてて保身に走った人の行動様式。

Cellに未確定のことは沢山書かれているよ。

同意。
痛加、境界領域なんだから、新しいことやらなきゃ損だとおもうんだけど。
エスタブリッシュした領域とはちがって、新しくなければすぐ淘汰されるんだと

自分は、目の前の仕事と、年単位の計画立てて毎日少しずつ勉強をしてる。

| 私たちって生物屋なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
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>>591
セルは生物学の基本事項ポータルですのでこの程度のことを
理解できないようでは話にならないのですよ。
> ダーウィンとラマルクとドーキンスと木村とか　読んだほうがいいんじゃないか？あとジャック・モノーと。
そのような教養書は暇な時間に読めばよろしい

| 私たちって情報屋なのかしら？
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>>602
ヒマを_作って_読んだ方がいい、と思うと言ってみる。

| じゃあ、私たちって一体何なのかしら？
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バイオインフォマティしゃん
哀れ

>>602は
> そのような教養書は暇な時間に読めばよろしい

「決まったぜ、俺」とか思ってるんだろうなあ。

でもって自分の口臭に気付かない歯槽膿漏患者とおなじように
自分のDQN臭には永久に気付かないんだろうなあ。

>>591
今更の古典だし、読んでて楽しい人が読んだら良いんだと思うけど。
教養なんて今どきの人に求めてもしょうがないでしょうよ。

個人的には読んでて楽しいから、その辺は読んでるけどね。
シュレーディンガー、メンデルから、グールド、カウフマン、アトキンスなど、
まぁ、興味あるなら本屋さんに行けばいくらでも見つかるよね。

実際に研究するならセルくらいは読んどけって意見は納得だし、
そんなにむきになるような問題かな？

| 私たちって生物屋なのかしら？
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| 私たちって情報屋なのかしら？
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| じゃあ、私たちって一体何なのかしら？
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名スレの悪寒

＞612　オマエ誰？

ただの誤爆では。

なっちゃんの時みたいな？

| ねえ、ここって粘着おおくない？
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6

荒しも粘着も多いよ。7までずっと。

仕事に恵まれてないんだろうね

放置しとけばいいんじゃない

他人のやってることにいちいち文句いいたくなってきたら、メンヘルのはじまりだよな

>>620
なにぉーボクチンは客観的に見てオスだし、自分もそう思っているぞぉ！

>>620
>なにぉーボクチンは客観的に見てオスだけど、廻りはメスモドキだと思っているぞぉ！

アイチャンって何ですか？業界の有名人ですか？
だれか教えて

愛ちゃんの写真
itoshi.tv/d/images/20050218_1.jpg

>>624
（・∀・）ｲｲ
ｱｲﾁｬﾝ ｼｮﾀ系 ﾊｧﾊｧﾊｧ
ｻｯｿｸ ｶﾍﾞｶﾞﾐﾆｼﾏｽﾀ

実物見てがっかりしないで下さいね。

ほしゅ

一般的な話ですが、論文や学歴が無い状態で、
独学で得た自分の技能を示すのに良い方法は何でしょうか？
例えば、自然言語処理一般やHMMやベイジアンネットワークを極めているとか。

>>628
たしかバイオインフォの資格があったはずだが？

そう言えばそうですね。一般的な知識の証明にもなりますし。
一級ができればありがたいです。

>>628
知識を駆使したオープンソースソフトウェアの開発

分子生物学を知っている方、時間のある方教えて下さい。

VNTRやマイクロサテライトは未知遺伝子のゲノム上での
位置を推定するために利用されてきましたが、これらのマーカー
（SNPsも）自体はどのようにゲノム上にマッピングされたの
でしょうか？制限酵素による制限地図は異なる酵素による
断片の重複部位からゲノム上にマッピングできることは分かり
ますが、それ以降の詳細な地図に用いられたマーカーについて
教えて下さい。

単にsequencingの結果からじゃない？
それが多型性があるかどうかは別だけど。

Genomic DNAをBamHIで切って流してみればわかるってさw

おいおい、ホントにバイオインフォ板か。
ホントに低脳共が集う板だな。
632はネタかもシレンが633と634中途半端なレス返すな。
低脳ッぷりをアピールするだけ。

アイチャンに代わってお仕置きしますた。

また口だけ野郎か・・・

>>636
すみませんでした
でも、脳なし野郎に言われたくないね
およそ、貴様のような低脳が嬉々としてカキコするんでこの板終わってるよ。

こっちの板に逝ってくれ
http://www.globetown.net/~hataboubou/tvtop.htm

>>633
レスありがとうございます。
私も単にシーケンスしたのかと思っていました。
ただ、これらのマーカー(特に初期のVNTRなど)はゲノム配列
の詳細が不明の生物、あるいは現在は配列決定されたが当時は
不明であった生物にも用いられてきたように思います。
ですから、既知のタンパク質から塩基を推定し、その塩基を
プローブとしてゲノム中の遺伝子位置を調べ、その前後領域の
マーカー情報を長年蓄積してきた、ということでしょうか？

分子生物学よりの質問で申し訳ないのですが、
インフォマティクスにとっても本質的な事項だと思います。
遺伝子探査に関わってきた方、あるいは参考になるサイトを
示してくれる方、助言お願いします。

ゲノムをBamHIで切ると４kb付近に比較的濃いバンドが出るつうことだよね〜
これが「中程度反復配列」なんだっけかw　ほかにもあるけどな

自然言語処理による文献検索なんて現状としてどうよ？

>640
面白そうだね。
どこがやってるの？

>>641
どこに面白さを感じているの？

情報処理学会の会誌に特集があったね。
新領域のＴさんとＫさんに業績が載っていた。
あの人達が主流なのでは？
他はカスなのか？

そんな事より１よ、ちょいと聞いてくれよ。スレとあんま関係ないけどさ。
このあいだ、火星行ったんです。Mars。
そしたらなんか人がめちゃくちゃいっぱいで住めないんです。
で、よく見たらなんか旗たってて、アパート分譲中、とか書いてあるんです。
もうね、アホかと。馬鹿かと。
お前らな、分譲如きで普段来てない火星に来てんじゃねーよ、ボケが。
分譲だよ、分譲。
なんか親子連れとかもいるし。一家４人で火星移住か。おめでてーな。
よーしパパ マンション買っちゃうぞー、とか言ってるの。もう見てらんない。
お前らな、マンションやるからその土地 空けろと。
火星ってのはな、もっと殺伐としてるべきなんだよ。
隣に住む奴といつ布団たたき合戦が始まってもおかしくない、
刺すか刺されるか、そんな雰囲気がいいんじゃねーか。女子供は、すっこんでろ。
で、やっと住めたかと思ったら、隣の奴が、やっぱり地球がいい、とか言ってるんです。
そこでまたぶち切れですよ。
あのな、地球なんてきょうび流行んねーんだよ。ボケが。
得意げな顔して何が、地球、だ。
お前は本当にあそこが良いのかと問いたい。問い詰めたい。小１時間問い詰めたい。
お前、地球温暖化がなつかしいだけちゃうんかと。
まぁ、太陽系通の俺から言わせてもらえば今、太陽系通の間での最新流行はやっぱり、
月、これだね。
月でニート生活。これが通の住み方。
月ってのは地球に近い。そん代わりあんまり帰れない。これ。
で、それに地球と戦争（ガンダム）。これ最強。
しかしここに住むと一生地球に帰れないという危険も伴う、諸刃の剣。
素人にはお薦め出来ない。
まあお前、１は、タイタンでも観光してなさいってこった。

何かというとLISP、LISPとうるさい言語オタの助手がいるのですがどう思われますか。
どの言語を使ったって書けるものは書けるんだし、自己満足以上の意味はないと思う
反面、レベルの低い言語しか使えない奴には分からないとか言われると、そうかも
しれないという気もするし。

なんでもいいんでないの。
ただ、今時アセンブラみたいな低レベル言語ははやらんわな。

僕もそう思うんですけど。極端なこと言えば、あらゆる言語はチューリング等価なはずですもんね。
だからライブラリが充実してる言語、つまりメジャーな言語の方が強力なはずだと言ったんですけど、
低レベルの言語しか使えない奴にはこの境地は分からないだろな、とか言われちゃって。

どんな言語で書いたかではなく、どんなコードを書いたかを誇りなさい

ドライ系出身の人間がコードを書きつらねて満足している、
独りよがりのバイオインフォに憂いている。
そういう道具を、
研究者に使ってもらえるものこそ
評価される。
研究費をもらっている以上、
国民の利益になるような研究をしてほしい。

独りよがりの研究者に使ってもらえれば、それで良いのでしょうか？

>>649
>国民の利益になるような研究をしてほしい。

別にバイオインフォのみに当てはまる話じゃないんだが。

>>649
お前は自分の研究がいかに無価値か自覚がないんだろうな
エラい人はそんな発言しない

>>652
煽ってみただけ。
実際、研究の片手間(勤務時間内)に、口だけで「バイオインフォ」「バイオインフォ」と
騒いでいる奴を見るにつけ、本業の仕事を進めろよって思う。
>自分の研究
スマソ、自分は研究者のようで、研究者ではない。テクニシャンではないけど微妙な立場。

>>653
うんうん。微妙な立場じゃないとそんな偉そうな発言できん罠。

バイオインフォマティクスは、メタボローム解析にも使う。
例えば、生物から抽出したサンプルをGC/MSで分析すると
何千、何万という化合物が検出される。
そのようなサンプルが何百個もあったとすれば、見るべき化合物の
延べ数は途方も無い数になってしまう。
実際、
病気の人から取った血液１００人分と、正常な人から取った血液１００人分
を質量分析にかけて、５０００種類の化合物についてそれらの量を統計学的に
解析し、どのような化合物種について違いが見られるかを 知ろうとする時に
有用。それにより、さまざまな病気について、病気と化合物の検出パターンを
関連付けておけば、病気の診断が格段に短縮できる。
検査結果がでるのに１週間かかる所が１時間で終わるとか。

これなら文句はないでしょうか

目論見書に虚偽の記載

>>656
おれは655を信じる。

>>655
その事業構想に投資したい。

>>655
アメリカでその手の嘘研究があったな

>>658
統計的に有意な結果が出せなかっただけなのでは。
金かけりゃ、それなりにデータは出ると思うよ。
ただ、その金額が問題だが。
自分の全財産(\4マソ)で賄えるかどうか。

ところで、自称「ウェット系だけどバイオインフォマティクスできる研究者」は、
MacOSXの使い手が多いのだけど、これはユーザの年齢のせいでしょうか。
Macintosh = 高齢研究者が好んで使うパソコン
値段からして、合理性に欠けるのですが。
彼らはわざわざ高額なパソコンを購入することで、
年度末の予算を消化しているのでしょうか。
国民に是非周知徹底したいものですな。

>>659
つか、金かけりゃデータは増えるが、意味のないものは
いくら集めても意味ないよ。測定機器そのものに問題アリ
だからこっちを先ずどうにかしないと。

>Macintosh = 高齢研究者が好んで使うパソコン

パソコンに関してはそうだな。
でも、アップルはサーバーにも力入れてるし、
こっちはそこそこリーズナブルなプライスだけど。
PCクラスタの代わりに検討する価値はあるよ。

>>659
自分が前に聞いた話では、昔はMacはウェットで主流だったのだと。
だから、いくらWinやLinuxがどうであれ、使い馴れた分、乗り換える
気にならないのだと。新入生も、そういう研究室に入ったら、Macを
使わなければ仕事にならないから、結局はMac使いになると。

で、そもそも、その昔Macが人気があった理由は、
・ドロー系のソフトがMacが断然よかった
・（以前は）Mac向けDNA解析ソフトがいろいろあった
ということらしい。

MacOSXは、Officeが使えて、UNIXのツールも使えますからね。
Windows上で複数OSを使うのも（速度より利便性重視の）開発者的には良い。

WindowsでMATLABやJavaやら使って、MS分析結果をこねくり回してますが
今の所、別に困ってない。
この分野やってて一番困るのが、データ多過ぎて ノートパソコンのHDに
入りきらないことかなぁ。

>>663
・2.5inchHDDってそんなに容量すくなかったっけ？
・MS結果ってテキストだけなら、コンパクトだと思われ
・どこのメーカのMS？ MSからのデータを吸い上げるだけなら、MS付属のソフトがあるはずだが。(MATLAB知らない人より)
・今どき、USB外付けのHDD安いよ。教授も渋るような値段でないし。お勧めだが。

>>660
アップルのサーバーについて詳しくおしえてください。
クラスタ組んでもミリネットとの相性がイマイチだという
うわさきいたのですけど

>>659
> 値段からして、合理性に欠けるのですが。
状況によるかと。
個人用WSに、メモリがたっぷり欲しいから64bit/dualマシンでGoGo、なんて話なら、PC/ATマシンも安くないし難しい。
ウチのラボでは、MacG5はなんとか仕事できてるけど、Dellのx86-64の人(ってか、漏れ)はRHELに苦しんでる。
オプテロン+suseならすんなり行くという話をよく聞くが、あれはそう安くない。
Winな人でも、実験系の人の「感染シマスタ」は後を断たん(いや、よその話・・・のハズ)

ケースバイケースでいいんじゃないの？

いくら何でも落ち過ぎage

助手公募だってさ
http://dna.c.u-tokyo.ac.jp/

> 個人用WSに、メモリがたっぷり欲しいから64bit/dualマシンでGoGo、なんて話なら、PC/ATマシンも安くないし難しい。

G5とIA64に要求してるものの中身が違いすぎるのに単純比較しても仕方ないと思うが？
G5と比較するならPen4-3G程度がいいとこでしょう。Opteronだってそう。
Macのいいとこは静かなところとデザイン。
PC-OSの操作性・利便性とUn*xの両方が使えるという人もいるが、
そういう人ってUn*xの方は学習用にしか使ってないから。

G5ってIA64なみに速いわけじゃないの？
IA64だってクラスター組んだらうるさいしなかなかに不安定だし

G5がIA64なみに早いと思ってるってことは、林檎社の宣伝にのせられてるってことですな。
ま、今一番はやいのはAMD64です。

2004.10.26
AMD から Athlon64 FX-55 (2.6GHz) のスコアが公開される。
SPECint2000 が 1,854 となり、 Petnium4 w/HT EE 3.4GHzを越えて全アーキテクチャー最速に踊りです。

板ニウムのほうがはやいでしょ・・・・AMD64だめぽ

板ニウムは将来性ないでしょ。SPECintはAMD64にかなわないし。

SPECintで、しかもデータサイズが小さいときにだけ、ハイスペックがでるのがAMDだって
いうのがもっぱらの評判だね。
データ数が多いbioinformaticsにおいては、Xeonが圧勝ってかんじです。
ところで、そこで、G5っていう選択肢はあるのかしら？

AMDも独自の高速コンパイラ発表すればいいのに
ifc / ifortはやっぱり速いよ！

先々月辺りの日経LinuxでMacMiniにLinuxをインストールしたら、
確か、2割位DBの速度が向上したって記事があったよ

何に対してどう二割なのかビミョウなかきかただなあ・・・
林檎社の宣伝っていつもそうだよね。直接対決をさけてるみたいな。
AMDみたくSPECInt一点豪華主義、見たいなほうがまだわかりやすい


ところでペンチアム４EEどうよ？
キャッシュでかっ！　FSBはやっ！　でも値段ありえねー

デュアルコアまでは、AMDでメニーコアコアからIntel推しの予定。
10年後には、100倍パソコン早くなる予定だから、
システムバイオロジ系（の技術）が重要になる予感。
少なくてもプログラミング言語を作れる技術は付けて置かないとって思ってる。

ウエットからバイオインフォに移った方いますか？（企業含）
プログラミングなどを一から自力で勉強するのって可能でしょうか？

>>680　完全独学はやめておいたほうがいい。
夜間に受けられる専門学校か通信教育さがしたら？

>>675
＞ いうのがもっぱらの評判だね。
＞データ数が多いbioinformaticsにおいては、Xeonが圧勝ってかんじです。
　>>677


>>680
可

既出だけどbioperlに未来はないよ。
クラスタリングにも未来はない。シミュレータにも未来はない。
では一体なにが来るのか。
それは教えない。

ヒントをくれたまえ

ヒント：
文系就職

<681
専門学校や通信教育ってあるのですか？
今年はバイオインフォをされている企業は軒並み赤字のような・・・
果たしてバイオインフォに未来はあるのか？？

プログラミングは十分独学できるよ。
コンピュータサイエンスは難しいが必要度は低い。
（企業では、バイオ＋プログラミングが中心と思う。）
と言っても、毎日2時間程勉強に時間を取るのも難しいだろうけど。
実際のところは、就職してからやれば十分。

<687
どうもです。
うーん、プログラム学び始めて二ヶ月ですが
中々できるようになりません・・　
独学でまなんだ方、企業でバイオインフォやってる
ウエット出身の方いましたらアドバイスお願いします。

就活してバイオインフォやってる企業はいったら？
バイオインフォやってる部署に配属されるかは知らんがｗｗ

> 既出だけどbioperlに未来はないよ。
biorubyはもっとないよな〜

>クラスタリングにも未来はない。シミュレータにも未来はない。
へー

>それは教えない。
（知らないのに教えないってなに？ﾋｿ）

>>688
何をどうやりたいのか、簡単なアウトラインだけでもかいてみれば？
プログラム学び始めて・・・なかなかできるようになりませんといわれても
個人の目的や向上心、習熟度はまったくちがうのだから、なんとも言いようがないよ。

私の場合はプログラム学び始めてひと月で一応簡単なのは出来るようになったよ。
時には朝8時から夜12時までやってたけど、苦になるどころか時の経つのが速いことに驚いたもの。

>>687
＞ （企業では、バイオ＋プログラミングが中心と思う。）
いまやバイオインフォ専業のラボが巷にあふれているので、
企業もそんなに甘くないのでは？

もしくはﾜｼのようにﾌﾟﾛｸﾞﾗﾐﾝｸﾞやってくれる奥さんと
ｹｺﾝすればＯＫ．もっとも良い奥さんもらうためにはチ○コ鍛えておく必要があるが。

プログラムに関してはまだまだ修行がたりません。
もっと精進します。
参考にしている本などありましたらお願いします。
プログラムやバイオインフォなどなんでも。

貴方自身は、どんなことならできて、何が出来ずにいるの？　言語はなに使ってる？
せめてその辺をかかないと。

私が参考にしたのは man perltutとかman perlfuncとかperldoc IPCとか

本気でプログラミングをするなら、基本アルゴリズムは全て勉強する必要がある。
基本アルゴリズムは・・・まあいっか。どの教科書にも書いてあるよ。

今現在ＪＡＶＡの勉強をしています。
今後一番用いられそうな気がするので。

<何が出来ずにいるの？
すいません、一から勉強しているだけです。
将来的にはシミュレーションしたいです。
企業では難しそうですが・・

>>694
とりあえずオライリー(英語)のやつ全部とCSHLからリリースされてるやつを嫁

>>695
> 本気でプログラミングをするなら、基本アルゴリズムは全て勉強する必要がある。
否。データ構造への深い理解の方が必要。

>>696
Javaは仕様的に演算系処理が腐ってるので捨てが賢明。

Javaのこの本は結構良かった。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4777510069
Javaはアルゴリズム的なのより、Webシステムに使われたりはしてる。
シミュレーションは何か良い本があるかね？

どう考えてもwebシステムはPHPだろ。

システムバイオロジーの本なら日本語で2冊あった。英語はもう少しある。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431709169
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4879622400
後は、著者のWebとかシミュレーションとかゲーム開発の本とか・・・
俺も面白そうなので少しずつ勉強してみる。言語は何でもいいな。

シミュレーション系ってe-cellとパスウェイアプリだけだろ？ｗ

後は、DNAコンピュータ辺りですかね。追加
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431708154
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4563015490
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4627850212
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4521610315
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/0306479931
まあ、趣味で読もうかと・・・

>>698
詳しく。

シミュレーションといえばfoldingとdockingとMDとFMOじゃないわけ？
一応広義のbioinformaticsなわけですが。
docking simulationに関しては、今後の製薬企業において一番需要があると思うのですが。

>>692
> ＞ （企業では、バイオ＋プログラミングが中心と思う。）
>いまやバイオインフォ専業のラボが巷にあふれているので、

　値段が高いしなかなか融通が利きませんよ。データ処理とかなら
何をやりたいか延々と説明して疲れ果てるよりも、自分で少しずつ
組んでしまった方が全然楽だと思います。

シミュレーションもいろいろだなあ。
いずれにせよ、演算速度系だからJAVAという選択肢はないだろうな。

上の方でアルゴリズムよりデータ構造とのたまったヌケサクがいるが、
受け売りでシッタカはよくない。

というか、アルゴリズムとデータ構造はセットで考えるべき。
お前らウンコプログラムしか組んだこと無いだろ。

>>707
君はOOPを知らないのかね。御愁傷様。

>>708
もちろん一蓮托生だが主従関係でいえばデータ構造が主になる訳ね。

で、将来お金になるのかね？ｗ

所詮ポストゲノムなんて単なるコジツケだよなぁ〜ｗ

バイオインフォマティシャンとかとってつけたような名前止めて欲しい。

名前がついてるだけまし、だろ

職業：バイオインフォマティシャン

m9(^∀^)ﾌﾟｷﾞｬ――ｯwwwwwwwwwwwww

バイオインフォマテクニシャン

バイオインポ

幹細胞でティムポ補強

m9(^∀^)ﾌﾟｷﾞｬ――ｯwwwwwwwwwwwww

| 私たちって生物屋なのかしら？
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たしかにバイオインフォマティックスグループのボスって素性
が怪しい人が多いな。
そのグループの教授なのに過去にバイオに関連するデータ分析
の業績が全くないとか・・
単純に人を集めれば結果が出ると思っている道楽オヤジとか・・・

>>721
多いって何人？

つーか、バイオインフォマティクスって１９９０年代半ばに
確立して、まだ１０年たったかどうかってところ、当時若手
で、研究やっていた人って、いま、４０代半ばぐらい。
それよりも、年齢いった、５０代とかの教授だと、自分の弟子
としての、助手や助教授に仕事やらせていた程度で、プロパーが、
バイオインフォマティクスってことはあり得ない。

そもそもバイオインフォの業績というものがないよ。
アーキテクキャのインフラ(含むクラスタリング)と
既存アルゴリズムの流用と博物学的なデータベース管理ぐらいだね。
あぁシステムバイオロジーなんてAIやALのパクりなんだよね。
これらは業績にならない。遊び場の構築・提供にすぎない。
「インフォ」の名に恥じない何かを生み出せよな

「バイオ」の名に恥じない何かを生み出せよな。

クラスタリングネタばかりとかね。
「SVMしかネタがないのか？」みたいなグループとか・・

文句言ってるヒトに聞きたいんだけど、どういうことをしたら業績になるのかな？
分子生物学の研究って、枚挙的・後追い的なものが圧倒的に多いと思うのだけど、
そちらは良くてバイオインフォだとダメな理由もつけてもらえると問題点がクリアで
建設的なのじゃないかな。

>>727
だからCNS以外は業績にならないと何度いえば分かるんだ？
これまでの重要な業績は例外なくCNSに掲載された論文だけだろ。
バイオインフォでCNSはあるのかな？w

>>728
ひどい釣りだなぁ。
絶対数は少ないけど、そこそこあると思うけど。
君が無知なだけでしょｗ

>>727
＞そちらは良くて
誰もそちらが良いとは言っていない。
どちらも目糞鼻糞。

>>どういうことをしたら業績になるのかな？

あなた冴えないバイオインフォ屋さん？
ネタくらい自分らで考えなよ。

>>726
たしかに毎年データだけ変えてSVMでクラスタリングという香具師を見かける

バイオインフォといえばコレだ！という代表的な論文をPMIDで３つ上げなさい。

>>732
SVM使ってクラスタリングなんて初耳です。

>>734
勉強不足

>>735
え、釣りｗ？

From a medical or biological point of view, Bioinformatics can be regarded as a tool, which can make researches more interesting. Such an idea, however, should not be interpreted as an insult to Bioinformatics.
Technology forms the framework of our life. So does Bioinformatics.

SVMはsupervised learningの方法であって、unsupervised
learningに属するクラスタリングとは別概念だから、引っかかる人は
そこが気になるんだと思う。もっとも、SVMを使って
クラスタリングをする方法もなくはないようだが。
>>732がいってるのはたんぱく質の分類の話かな？

>>737
どっかからの引用だと思うけど、至極まっとうな意見ですね。

ところでE-cellってどんな成果あがってんの？
やたら金と人をつぎ込んでるらしいことは知ってるが。

>>726
結局何の研究基盤もない香具師らが集まって"Bioinformatics"を
やっているふりをするからだよ。
「これが流行っている」となれば、何とかの一つ憶えのように
そればかり使ったりとか・・
実際にそんな深く考えていないんだよな。

このスレって4人くらいしかいないでしょ。

>>741
　 　　,一-、
　　　　 /￣　l 　 ／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　■■-っ　＜　そんなわきゃあない！
　　　　´∀｀/ 　　 ＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
　　 ＿_／|Ｙ/＼. 　
　Ё|＿_　| /　　|
　 　　　| У..　|

>>740
方法について言及しないで分類できたことだけを喜んでいるとか？

ググりさえすれば容易に得られる知識群をそのまま研究成果にしていたりとか？

アノテーションのエビデンスのためのデータがアノテーションのオブジェクトデータとかねｗ
純粋数学の証明で証明内では証明すべき命題を使うことは禁則という事実を知らないアホマティシャンがいないとかねｗ

| 私たちって生物屋なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　SEくずれよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

| 私たちって情報屋なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　研究者くずれよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

| じゃあ、私たちって一体何なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　人間のクズよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

別に自虐的になる必要は無かろうて

いつもの粘着君だろ。
そんなにバイオインフォが嫌いなら来なければいいのに。

databaseくらいだね

ageてる奴が同一人物にしか見えない件について

>>750
しかしながら痛いところをつかれている

>>753
残念ながら君の指摘は的はずれだけどね。
外野からのヤジには説得力がないよ。

>>754
必死だなｗ
関係者か？

>>754
君はどんな業績を出しているの？

あのさあ、煽りたいだけだったら余所でやってくれないかな。。

>>757
質問に答えろ！莫迦
シーケンス解析、DB運営、蛋白立体構造解析
それって、サイエンス(科学)？
コンピュータ厨はお家へ帰れ！

>>757
所詮、おまいらはウェットの人間の使いっ走り。わかった？
是非、Nature, Scienceに載るような・・・特にいきがっている君の研究をお聞かせ願いたい揉ダ

なんか荒んでますねえ。。

なんか面白いネタを提供してくださいよ。
バイオインフォの世界で今ほっとな研究って何なんですかねー。
いや、ほんとに知りたい。理解できないかもしれないけど。

一次配列からの機能予測の精度をいかにあげるか、これに尽きるんじゃないかな？
ホットもクソもないっしょ

手法にコンピュータを使うからバイオインフォマティクスをやっている、って
人と、何か知りたいことがあるからバイオインフォマティクスをやっているって人
と、両方のタイプがあってもいいと思うんです。

こんな煽りがpart 7で初出だと本気で思っているのだろうか。
「素人は来るな」とは思わないが（むしろ素人さんも呼び込んでこそ
専門スレだとは思うが）、今さらこんな煽りをして「こんなこと語ったのは
俺が最初だろ！どうだ！」みたいな顔されてもなあ。

げ、顔を見られた。

>>764
古参発見。ジジィは、はよしね(byホリエ)

765はちょっと面白い。

>>761
また冴えないバイオインフォ屋かよ・・
自分で業績を残せよ＜ぶ

>>764
というか煽ってるやつはpart 1の頃から粘着していると思われ。
ところで，最近は某MLも盛り上がってませんなあ。
独特の面白い日本語書く奴のファンなんだけど。

しっかし煽りが無いと全然スレすすまねえなあ。ネタ切れだな。

今度北野先生のとこの人の結果がNatureに出るみたいよ

ちょっと見せてもらったけど、結構面白い
あとは実証だな

あぁあのソニーのキモい奴か。
進化論に抵触してないデータなんて全然インパクト無しだ。

陰で北野、冨田と呼捨てをする香具師ほど胡散臭い。

北野さんってなんかセクシー

>>773
呼捨てをして優越感を味わっているのか？ｗ
知名度と業績が及ばない自称バイオインフォ研究者とか・・・

任意のDNA配列から、二本鎖DNAの立体構造を３Dで描いてくれるソフトありませんか？

ttp://www.insilicobiology.co.jp/IMC_Main.htm
↑なんかうちのボスが今日これ持ってきてすばらしい最高だとか絶賛するわけですよ
とりあえず、おまいらどう思うよこれ。

>>777
世界の最先端を行く大学が作っているんだぜ！
なにーーーーーーーーーーーーーーーーーーー！
なんと
×○△円!
安かバイ！
プレステ売ってかおっと！
愛車のマークII売ってかおっと!
ここでかなわきゃ、男がすたるぜ
ここでかなわきゃ、女がすたるぜ(フェミスト対策)

>>777
その教授は視野狭窄。

>>779
関西のほうてっか？
それなら、市屋京作先生のラボでしょ。

EMBLE って何だよ。

>>781
ねぇねぇ、お前ってアホですか？カスですか？教養全くないね。
お前の存在意義って何？価値ないでしょ？まあ、あえていうなら堆肥製造マシーンかねぇ。

webで用語調べてみたら？
ttp://home.hiroshima-u.ac.jp/chubo/phylo/3search.html
ttp://www.hitachi-hitec.com/jyouhou/lifescience/

まあ、貴様の釣りだとは思うが、クマァー

>>771
北野さん、どんなネタでnature出すのでしょうか？酵母？


ちなみに北野さんとか理研神戸の上ださんとこは、個人的には
狭義にはバイオインフォ系ではないと思ってます。アルゴリズム
作りとか仕事にしてないし。

ちなみにシステムバイオで思ったが、生物板を見てる人でMCAとか
FBAと聞いて分かる人ってどれくらいいるんだろう。
日本のバイオインフォってひたすらDBとかアルゴリズム、Perl
で話が回ってるけど、物取り実験の結果と結びつけたって話を
ほとんど聞かない。この前のnatureバイテクに出てたような
新領域情報生命のKさんの論文なんかは、日本ではどう評価
されてるんだろ？

>>783
某メルマガの八尾さんの記事より

２．Nature誌がシステムバイオロジーについてまた動いています。
　１）Molecular Systems Biology が先月から発刊されました。
　　　分子ネットワークレベルからのシステムバイオロジーの興隆を示すもの
　　　でしょう。今後の論文発表が楽しみです。
　２）Nature Review で、Systems Biology特集が出されました(2005.5.3付)。
　　　これはシステムバイオロジーについての論文・展望などのコレクションで
　　　H.Kitano、D.Sabatini、A.Balabasi、B.Palsson、M.Vidalなど著名な研究
　　　者によるゲノムワイドな遺伝子機能解析・シグナル伝達システム・ネット
　　　ワーク解析による細胞機能解明・ガンのロバスト性など最先端研究が紹介
　　　されています。大変参考になります。
　３）2006年10月に日本で開催されることになった第7回システムバイオロジー
　　　国際シンポジウム（パシフィコ横浜 2006.10.8-12)を、Nature誌が出版支
　　　援することが決まりました。これから１年半あります。日本勢の活躍を期
　　　待します。

>>782
まじめに言っているのだろうか？
http://www.embl.org/

たまのミスタイプぐらい、笑って許そうよ・・・>>781
と、思わずにやりとした漏れ。
>>782
笑わせていただきました。イイリンク先だYo!!
Linux Magazineだっけ、「アタック」を「アッタク」とミスタイプしてるのを
googleでいっぱい見つけたとかいうネタを思い出した。
>>785
と言うわけで、>>782は真面目にふざけてるトミタ。

>>721
実際、この人は生物学者というより情報科学者だなって人は大抵、
学部レベルの生物知識もありません。この辺は正直失望しました。

製薬企業所属の研究者には医学知識が全く無いのと同じことかな？

学部程度の物理・化学の知識もない分子生物学者と同じだね。

情報工学 >>>>>>>>>>>>> 分子生物学
は間違いない。だって、言葉覚えるだけの文系科目。
今後のバイオで生き残っていけるのは、数学が強い分子生物学屋のみ。
旧来の分子生物学に囚われているようでは、
分子生物学の発展によって、昔ながらの生物学が廃れたように、
アンタらもまた置いてきぼりをくらうだろう。
こういう意味で、まだ情報工学or物理出身の人間の方が救いがあるなぁぁぁぁぁ。

多分、ワシは生物学、分子生物学分野の人間が大っきらいなんだな。

>>790
確かに生物学自体は暗記科目だけどな。

でも、生き残っている研究者の人達は、
実験計画のスペシャリストだったり、
頭の中で様々な要因の因果関係を捉えることに長けているんで、
論理思考が強くて頭の回転が早い人が多いという印象がある。
数式はからっきしだめという人は結構いるが。。

>>790
で、君は生物学に対して何をした？

またいつもの流れになりそうな悪寒

>>790
で、君は情報工学に対して何をした？

情報工学屋は猿真似屋と同義語ではないのか？

結局そういうことなんだよね。
どっちも応用科学、応用工学に過ぎない。
仲良くやろうよ。

若いアゲ

| じゃあ、私たちって一体何なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　人間のクズよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

学問としての生物学と教科としての生物学をごっちゃにしてるやつがいるような。

大体「科目」って何だよ（萎

東証マザーズ上場で居酒屋「とりあえず吾平」を展開するゼクー〈2758〉は
20日、前渡金の一部について、取締役会の承認を経ないなどの不明朗な支出が
あったとして、内部調査を開始したと発表した。結果によっては、2005年3月期の
業績に大きな影響を及ぼす可能性があるため、24日に予定していた同3月期の
決算発表を31日に延期する

出会いたい？
http://www.happymail.co.jp/?af1430082

624
ﾏﾀﾞﾘﾝｸﾂﾅｶﾞｯﾃｲﾀﾖ
ｱｲﾁｬﾝﾉｺﾝｺﾞﾉｶﾂﾔｸﾆｷﾀｲ

業界を蛙には、力が必要。
「誰かなんとかしてくれないかな？自分が損をしない方向で、、」
なんてウジ虫はだれも相手にしない。

777 ：名無しゲノムのクローンさん ：2005/05/12(木) 18:41:39
ttp://www.insilicobiology.co.jp/IMC_Main.htm
↑なんかうちのボスが今日これ持ってきてすばらしい最高だとか絶賛するわけですよ
とりあえず、おまいらどう思うよこれ。



778 ：名無しゲノムのクローンさん ：2005/05/12(木) 21:50:58
>>777
世界の最先端を行く大学が作っているんだぜ！
なにーーーーーーーーーーーーーーーーーーー！
なんと
×○△円!
安かバイ！
プレステ売ってかおっと！
愛車のマークII売ってかおっと!
ここでかなわきゃ、男がすたるぜ
ここでかなわきゃ、女がすたるぜ(フェミスト対策)

科学者なら、科学者ならばこそ、そんな世俗にまみれた
意見を恥ずかし気もなく吐露する前に、より大局にたった
意見を展開すべきではないか？そもそも、科学者のコミュニティ
というものが形成されてからどの程度の時間がたってる？しかも
この国において、、、一般の国民が国の科学政策に目をむけるように
なってからどの位の時間が経ってる？見方によればまだ目をむけられて
ないとも言える、投入される金額や今後の国際的な影響を考慮すると、、、
　それを踏まえた上で話しを戻すと、論文偏重の評価が始まったのは
いつからなんだ？すくなくとも論文で補助金の配分が事実上決まるように
なったのなんてつい最近だろ？IFなんて一昔前は陰も形も無かった。
評価の基準なんて時代時代で変わっていくもの、はやり廃りといえばそれまでか。
ただ、国策に関わる問題である以上、その基準は単なる流行で決まるものでは
なく、誰にでも明白な形でわかるような実効性を伴うものである必要があるだろう。
ま、ここまで言えば結論は明らかだ罠。

>>804
ようするにCASP6上位になった北里と産総研と神戸大にたくさん予算を配分すべきってことだね？
K都大とか三島とか烏賊研とかにはご遠慮ねがって。

とりあえずそうしてみればいいじゃない、試しに。

>>806
そーゆあーんた、K都大ね。

CASP6のかかわった人員は何人？

CASP6は構造生物学のある一分野のcontestに過ぎないのだから、
それを持って全部の力を推し量るべきものではない。
もちろん、この分野に限れば世界レベルであるのは確かだから、
それなりの評価はすべきだと思う。

狭い世界ですね

<1分子>生物学買ったよ♥

♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥
♥ はあと　　　　　　　　♥
♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥

情報系の学部生はこの分野にすんなり入っていけるのですか？
それともやはり生物系の学部生でなければハードル高いんでしょうか?

一年間、放送大学の生物の講義を全部見て、平行して、
セルとゲノムとバイオインフォマティクスを読む。
だいたい、一日三時間の勉強が必要。

>>813
電話帳のような教科書を読み込む根性と、未知の事象を未知のものとして受け入れられる感性があれば大丈夫。
通常、情報系の学生は、この辺が気持ち悪くて逃げに回るが。

CSHLのbioinformaticsはどうよ？

>>815
> 未知の事象を未知のものとして受け入れられる感性があれば大丈夫。
これには激しく賛同．でも
> 電話帳のような教科書を読み込む根性
は必ずしも必要ないと思う．もっと上手く知識を吸収できるでしょ．

いや。それは生物学を甘く見すぎ。
結局はいろいろ知らないと何も解けないのだよ。

分厚いのを何冊も完璧に読みこなす必要は無いけど、
広く浅く知っといた方が何かと勘が働くと思う。

そうですか。
何からはじめていいのかさっぱりでして、うちの大学バイオインフォマティクスやってる
研究室がひとつもなくて。
でも自分としてはこの分野に興味があるのですよ。
どうしたものか・・・

大学院で受験しなおせば良い
学生ウェルカムなラボを二つほどしってるぞ

ここはウェットの下働きになりたがるバカが多いな。

>>820
学部で無関係なことやっててもウェルカムなんですか？
それってなにかあまりにも危険な香りがするんですが・・・
>>822
ウェット??

>>823
数学とプログラミングは今のうちに鍛えといたほうがいいよ。

>>822
荒らし目的の煽りは関心できん。

>>823
多分、修士だったら入試問題できて理系なら大丈夫だとおもうよ。
物理化学系と有機化学を勉強して入試点数とれるようになって、あとは事前に担当教授に
会いに行って、熱意を伝えればOK

おれも詳しくはわからないけど、
ウェット＝実験系
ドライ＝理論系
で大体いいと思うよ。
俺も物理からこれに近い業界に入りました、がんばって。

>>823
いや、そういう幅広いバックグラウンドから
人を募集するってのが趣旨の大学院らすいぃから。
修士だったら入試問題できて理系なら大丈夫だよ
それより熱意だよ。
研究室配属までの実習で、適性を見極める。

ウェットの下働き・・という気持ちはわからなくもない。
しかし、知識がないとデータの解釈が出来ず、ますます下働きにならざるを得ない。
自分が扱っているデータが意味することを理解するためにも生物学の知識は絶対に必要。
できれば、主要な実験方法やデータの見方も学んでおくといい。
物理とか数学とかいろいろなことを言う人がいるけれど、バイオインフォマティクスの
どの分野を選ぶかで必要な道具（分野）は変わってくる。
しかし、どの分野（数学、物理、情報科学、その他）を選んでも分子生物学の知識がいらなくなることはない。
分子生物の知識を詰め込むことを拒否した人は、大した活躍が出来ていない。
大御所の中にもそういう人は何人もいるのだが・・・

知識は絶対的に必要だ。生き物なんて、例外ばっかで動いてるんだ。
知識も無く、センスだけで何か出来ると思ってる人が何かし遂げたのを見た事は無い。

ちなみに自分は情報工なので化学、生物は高校レベルで、現在学部三年
なのですが、>>827さんのおっしゃるその大学院はどのような入試をしている
んでしょうか？

>>827
奈良線なんて辞めとけ。あそこは博士崩れ予備校だ。
宇治に逝けよ。

賛成　ってかあたりまえ

>>831
奈良線ってバイオインフォやってるの？

蛆なんt(ｒｙ

？？？

>>813
出身は関係なく、ハードルはそれなりの高さがあるんじゃないか？
だからこそ、学部時代からの教育の重要性が言われてる訳であって。
そしてあなたが何やりたいか/どうなりたいかにも依るよ、ハードルの高さ。

ここで出すと荒れかねないが…
KOのT田教授は元情報系。KOで研究室持ってから、「学部に入学」した。
彼自身にとってそのハードルを越す事が大事だったんだろ。

あなた自身にとってクリアすべきハードルが見当付かないなら…そだな…
例えば春の学校のテキスト何とかしてコピーさせてもらうとか、夏の学校
出てみるとか、参考図書片っ端から読んでみるとか、資格スレの関連ページ
辿ってみるとか。

奈良線が氏がどうこうってのは、ハードルの見当が付いてからでいいと思う。
ってか、813氏が楽しむために越しておきたいハードルと違うハードルの院
だと、どこ逝っても崩れるのは間違い無し。
某研究センターに奈良線の院生が数人、1人は昨年D取って今年ぐらい
アルゴリズムで特許降りるはず。蛆で担当教員と喧嘩したっぽい*人は、
今年某所で助教授就任。優秀なやつは優秀。

…漏れは違うが(T_T)

>>831
宇治か。トーさんが京都に移ってしまったので魅力がなくなったな。
配列情報解析だったらやっぱりトーさんかN井さんじゃないかな？
それ以外だったら、俺はTK大がイチオシだね。才能があってしかも
若いボスっていうのは魅力的だな。

>>836
どうもご丁寧にありがとうございます。
ネット上で少し調べてみたのですが、この分野自体あまり浸透していないのか
書籍も研究自体も他の分野に比べて少なく情報収集も当方田舎の公立大学ゆえ
なかなか難しく、皆様のおっしゃる奈良線や宇治の意味がわからないのですが
とりあえず、春の学校に来年いってみようと思います。できれば今年中に結論
を出したいのですが、夏の学校は初心者お断りみたいなので当面はネット上の
情報収集を続けていきたいと思います。

宇治＝京大化研、奈良線は奈良先端大でしょう、多分。

蛆で担当教員と喧嘩したっぽい人は広報はうまいが、実力はどうなんだろう
と疑問視する声がないわけじゃない。まあ分野が新しいのでいろいろ大変。
教員の偉さと実力がかみ合ってない世界、と思う。
疑問を言い出すと疑問だらけになってしまうので、体当たりでがんばれ。

>>838
>書籍も研究自体も他の分野に比べて少なく
もっと昔からあってもっと少ない分野もあるような。ここのところの
増え方は凄いしね。
あと、"しすてむばいお"/"ふくざつ"/"ぽすとげのむ"/"はいれつ"との
キーワードにかえてみたらもう少し幸せになれるかも。
>できれば今年中に結論を出したいのですが、
オープンキャンパスをやってるところに突撃してみるとか*1、入試説明会*2
でざっくりした内容聞いてくるとか。
好奇心の強いところとか、今の陰性に見せといてもイイかもYo!!
*1 今日、狸研がやってますな。奈良線6/11。
*2 TKは大阪で今日やるんだっけ。

>>839
>>840
ありがとうございます。
なるべくなら国公立の大学がベストなのでそれで調べてみたら
東大がでてきました。
そんなとこはいれねーよ orz

>>841
バイオインフォマティクスやるなら、大学行かなくてもイイじゃん
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi
ここにアクセスするだけで、
あなたは今日からバイオインフォマティシャンに昇格。
よかったね

>>840
その文章・・・特徴的ですね。
あなたが誰かわかってしまったような。

>>841
研究分野で活躍している人のうち東大出身者の割合がどのくらいかを知れば
東大に入るのが実は一番の早道だということが簡単に分かるはずです。
かなりの知識量と思考力を問われる分野なので、
東大は無理と簡単にあきらめてしまうくらいだと、あとあと大変ですよ。

大学に逝かなくてもバイオインフォの研究は可能な訳で・・・
ハイエンドPC20台ぐらいをクラスター組んで常時稼働させれば良いよ。
リソースも無料で公開されているし。あとはどういう風に加工するかでしょう。

というわけで、俺はSEになりました。

>>843
そうですね、まだ一年以上受験までに時間があるのでがんばってみます。
とりあえず、うちの大学の研究室で一番生命に近いことをやっている研究室に
入ってバイオインフォマティクスを独自に研究して、東大院のための受験勉強
してみます。

当面、アーサー・M. レスクさんのバイオインフォマティクス基礎講義でも読ん
でます。

独学と言うとこのスレではすぐにクラスターが出てくるが、
（生物から入ってツールを使う観点からはそうかもしれないが）先ずは、
ttp://www.igaku.co.jp/Bioinformatics/BioInfo1.htm
あたりを読んだほうが良いのでは？
情報で言えば、自然言語処理とか情報検索とか人工知能とか・・・
東大が良いかどうかは良く分からんが、大学院はいくつでも受けれたと思うから
片っ端から受験すれば良いんじゃない？
でも博士進学はよっぽど就職に確信がある場合だけにしておいた方が良いよ。

>>847
ありがとうございます。
でも、正直今の自分がまずやるべきは生物の知識を吸収することな
のではないかと思うのですよ。アルゴリズムやコンピュータ全般の
包括的な知識はうちの大学でだいぶやらされてるので。というかも
はや自分の趣味なのですが。>>847さんのお勧めしてくださった本は
コンピュータサイエンスの立場から見たバイオインフォマティクスと
言う位置付けっぽいので、勿論それも必須なのですが自分はまだそれ
以前の段階で、まずはもっと生物よりのほうから全体を眺めてみたい
と思っております。それでもどの本を読めばいいのか途方にくれてい
るのですけど。
博士は、まだ修士にもなっていない段階なのでまだ考慮の外ですね。

バイオインフォマティクス？
そんな無駄なことに人生投資するのですか？
今、バイオインフォマティクスで需要があるのは、薬学系。
サイエンスとしてのバイオインフォマティクスは不要。
必要なのはウェットバリバリでバイオインフォマティクスとやらができる人
路頭に迷いたい方はどうぞ。

>>843
え、えええ！？漏れをオフラインで知ってるbioinfoな人は少ないと思うんだが。
/* いや、過去に同じ文体のカキコした事はあるが、漏れ自身は無名のはず。 */
それが分かる>>843って(一体)どちら様…？

>>841
>>311 に生物系向けの書籍リスト(つまりinfo系寄りのリスト)があるっぽい。
少し違うけど一見されたし。

製薬会社でバイオインフォの研究やってるところはかなり限られてると言う話。
マジで、SEの方が機会は多いのでは。

>>849
そんなハンドル名の奴にいわれてもなあ。

>>850
世界は案外狭いよｗ　自分が思ってる以上に有名かも知らんし、いろんな意味で。

学歴ロンダするのに、バイオインフォっていいよなと、最近思う。

>>852
…意趣返しっすか？(w
offlineな漏れを知ってる事といい、突っ込み方といい、マサカ!!
どんな意味で有名なのか非常に恐いものがあって(((( ;ﾟДﾟ)))カクガクブルブル
よろしければメール入れて頂けると安心できるのですが。

株式会社未来創薬研究所ってどうよ？

タイムマシンに乗って、未来の創薬について研究しに行く会社

イカガワしい名前だな。シラフで付けたんだろうか。

http://www.yakuji.co.jp/contents/headlinenews/hln2005042002.html
東大も絡んでいるんだ。
これって将来性どうなの？

>>853
アカデミックで生きたいのなら、結局ペーパー書けないと生きて
いけないからあまり大学名は関係ない。しっかり研究せいよ。

バイオインフォって分野を作るような大ごとなの？

たんに塩基配列とかアミノ酸配列とかを検索したりするだけじゃないの？

タンパク質のMDとかは、もともと物理化学の理論に基づいているから
バイオインフォとわざわざ呼ぶ必要はないし。

最近のPubmedみてると既存アルゴリズム組み合わせて数式こねくり回すだけのクソ研究ばっかりだな。。

そもそもPubmedで情報系の論文を探すのが間違い。

んじゃどこで探すん？
分子生物学屋だけど、最近興味が出てきたのでその辺の論文を読みたいんで
教えてくれるとありがたいです。

IEEE

ﾃﾗﾜﾛｽ･････ｺﾚｶﾞﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫｽﾚｸｵﾘﾃｨ　てか？

>>863
そもそも情報系では論文が、そんなに重要視されてない、なんて聞く。
ってことで、"May the source be with you"な世界なんだなと思うんだが。
>>865
>スレクオリティ
正解。

>>863
論文の前に本で勉強した方がよくない？

>>859
いや、アカデミックで逝きたいわけではなく、バイオが面白くて、研究者にはなる気がない人は、
いいんじゃないかなって思った。あんなそんなに難しくない入学試験で、研究もそこそこできれば、
履歴書に灯台って書けるんだよ。入学試験ってのは修士のね。

>865 スレのレベルを下げてしまってすまん。

最近、Bioinfomaticsの学生と仕事をするようになった。梅を印フォマティ楠って？？みたいな人間だったので、Bioinfomaticianの仕事に単純に感心してたんだ。
感心するだけじゃあなくて、ある程度自分でいじれるようになろうと思って、CとPerlを勉強して単純な解析遊びができるようにはなった。
んで、気がついたんだけれど、その学生がやっていることはすごい単純なこと（正規表現使うだけとか）であって、それだけかい！と思ってしまったんだよ。
多分他にはもっと面白いことをやっている連中がいるだろうと思ったんだが、探し方がわからんかったのよね。とりあえず＞867の言う通りに本を読みますわ。ありがとう。

ちょいとお願い。本だけでは最新の情報を得られないので、どこぞの誰かさんが面白い解析手法をしているなんてのをスレで話してくれるととっても参考になります。

でも今のところそういう話題が無いところをみると、やはりBioinfomaticsとはその程度なのかね




と軽く煽ってみる。

つ　ttp://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
つ　ttp://meme.biology.tohoku.ac.jp/SHINKA/USE.html
つ　ttp://mcb.harvard.edu/BioLinks.html

配列解析は、DPとかHMMとか色々有ると思いますよ。
後、パスウェイとかシステム生物学とか論文の検索とかｗ
http://www.natureasia.com/campaign/computationalbiology/index.php

この子は人と付き合えないよ・・・

スーフリを彩った女たち　
　　　　　●・・スーフリキャンペーンガール　○・・・幹部スタッフ　▲・・・ミスキャンパスパークに掲載
●塚 原 綾 香（学習院大学法学部三年）　アナウンサーだったっけ？
●小 湟 祐 子（学習院大学法学部三年）芸名吉 岡 ゆ う こ　元デジドルネットに登録グラビア女。現在色物アイドルとして半裸商売。
●東 紗 千 子（慶応義塾大学四年）・・・ＳＦＣ（湘南藤沢）総合政策？環境情報？(Cancam読者モデル)　本来なら今春卒業済のはず
●藤 村 伊 勢（慶應義塾大学四年）・・・文学部、ＲＣＣ広島テレビ女子アナ内定（０５年にブラウン管登場）
●亀 井 京 子（聖心女子大学四年）・・・文学部、ＴＶ東京女子アナ内定（０５年にブラウン管登場）　▲
●浅 見 理 沙（フェリス女学院大学）・・・音楽部（千葉テレビに出演。タレントしてる模様）　元千葉テレビなりギャル
●蜂 矢 真 代（恵泉女子大学三年）・・・学部どこ？（芸名はちや真代　スパイス所属。湘南ミルキーズ一員。タレントしてる模様）
●稲 井 志保美（青山学院女子短期大学家政科）今春卒業　CanCam読者モデル　▲
●竹 村 優 香（立教大学文学部三年）・・・テレビ金沢内定
△荒 舘 順 子（東京女子大学　現代文化？）…03年3/18卒業　公判で実名が挙がった唯一の女性スタッフ　なくとも4年間ギャルズ

| 私たちって生物屋なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　SEくずれよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

| 私たちって情報屋なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　研究者くずれよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

| じゃあ、私たちって一体何なのかしら？
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　 ヾ |;;::iii|/ 　　　　　　　　　ヾ.|;;;i::ii|//"ﾞ
　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ や〜ね〜。
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　人間のクズよ〜。
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
　　　!::〔〕________ゝ 　 〔〕______ゝ w〃　 　 ￣￣￣￣￣￣￣￣
￣ （（　（_人´ﾉ　 === （_人´ﾉ =====

だが猫も杓子もSVMつうのもどうかと思うぞ。
やはり時代はベイズ統計だろ。
てかあんましかんけいないが、、、、

age

＞時代はベイズ統計

・・・

ばか？

覚えたてなんだろ。騙らせてやれよ。

>>876
俺と思われたら恥ずかしいから止めれ

今月号のBYTEの言葉を理解するコンピュータって記事は、
バイオインフォの人も少しだけ読む価値あるよ。

ﾍﾞｲｽﾞ統計ってどういうことよ？

>>882
使えないよ。生物進化は前の事象と無関係になるときが多々あるからね

なんだそれ。米図統計をわかってるのか？
無関係なら無関係なりの答えがでるだけ。
というか、なんでベイズが進化の話限定なんだ？
他にもたくさん応用はあるだろう。

たとえば？
>>884
これからはベイズの時代じゃゴルァってかんじの応用法を教えてください。
うちのラボのSVM信者をギャフンといわせてやりたい・・・・

平仮名の文から漢字を推定するとかできるんでは？

それは生命現象の解明にとっても役立ちそうだ。

ベイズってSVMと並列で議論するもんでもないでしょ。
同じことが出来る別の手法というわけではないのだから。

ひらがなから漢字を推定って、むしろSVMのほうが得意な気がシマツ

確かに、ベイズ統計とSVMを比べるのは何かおかしいような気が。
そもそも、どっちも得意不得意があるかと思うので、どっちが優れているというもんでもないんじゃないかと思うぞ。

覚えたてボクちゃんが知ったかぶりしたかっただけなのだから、
そんなに叩いたらかわいそう。

ベイズ統計ったって万能じゃないからな…
実験もっとやったほうが簡単に結果出せる気がするけど
数字をいじりまわしたい日もある今日この頃

情報処理学会の研究会らしい
http://www.ipsj.or.jp/09sig/kaikoku/2005/BIO1.html

土日にやって欲しい

企業の人はむしろ平日が良かったり

>>894
なぜ？
・wetな人の場合
　・土日だからって、出れるとは限らないでしょ？サンプルが死なない方が大事なんだし。
　・その日に学校/職場に行かないとサンプルが死ぬなら、仕方ないね。
　・どうしても外せないイベント(中間発表とか納品物の検品とか)なら、ひょっとして仕方ないかも。
　　ただし、漏れならサボる。
　・それ以外で興味があるなら行け。まわりに何言われようと、あなたの知的好奇心が優先度1だ。
　　土日に、学校/職場に行けばモーマンタイ。指導教員？どうでもイイダロそんな香具師。
・dryの人の場合
　・どうしても外せないミーティング等なら仕方ないね。ほんとにどうしてもなら。
　・それ以外なら行け。
　・どうしても行かしてくれないような職場/研究室？
　　そんなところでいい仕事ができると思うか?辞めるが吉。

まあ平日開催の場合の参加は、基本的に自己責任で。

>>896
自分は、バイオと一般的なソフト開発両方やってるので・・・
って理由にならないな。
今回のテーマは無理するほどの興味は無かったと言うところです。

つーか、実際のところ平日開催なのは企業の人のためって聞いたぞ。>学会
休日だと休日出勤になるけど、それが申請できないor申請しにくい会社が多い
ということで文句が出る、と。


家庭持っちゃうと休日はちょっと･･･という人も増えるだろうし。

http://itoshi.tv/d/?date=20050609#p03
ハァハァ

>>898
家庭と科学は両立できない。
九州大学N山先生の「教授からのメッセージ」を嫁！！

例えば、どんな人（テーマ）なら聞いてみたい？
次は10月初旬に京大のバイオインフォマティックスセンターで開催なので
7月〜8月くらいに演題募集かけるからこちらから発表依頼の営業かける
場合に考慮可能ですよ〜。
>>898 氏は両方やっているということなのでその意見は大事だと思う。
大学にしろ、独立行政法人にしろ、休日に利用するのはこれから先は
今までに比べるとなかなか大変です・・・たぶん。今回は、そういう
理由ではなかったとも思うけど。
最近は学会もカンファレンス場を借りることが多いよねー。

実験にﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫをうまく使っている人をたくさん呼んだらいいんじゃないか？
クライアントの存在は結構重いぞ・・・

>>901
会社は東京ですから京都は・・・一応書くと、
仕事では、オントロジー・アニメーション・自然言語処理関係と言う非バイオ的なので、
趣味なら、DNAコンピュータとか、E-CELLみたいなの。

>>902
そういう場を作るのはとても大事だと思うけど、学会の趣旨から
すると研究発表者にはお願い出来ないかなぁ・・・。
特別講演とか言いながら、そういう人を入れてみると面白いかも。
僕の中ではニュートリゲノミクスが最近のマイブームなんだけど
例えば東大農学部の阿部けーこ先生を呼んで話をして頂くとか
面白いかな、と思う。
>>903
12月のGIWの頃に再び東京か横浜でやるです。その時にお願いします。
オントロジーの話はバイオでもあるので出来るかも。
DNAコンピュータとかだと"はぎえもん"とか？！
システムズバイオロジーも面白いと思うので、いずれ研究会を
やるとその中に一つはあるようになるんじゃないかと思います。

若手ポスター賞をもうけるってどうよ？

>>899
誘導3X 早速オカズにしますた

>>900-905
久しぶりに楽しげな議論！！

9月にオーストリアでProtein Domain Linguisticsという
国際ワークショップがあるんだけど、いくひといる？
バイオインフォマティクスもついに言語学者たちが本格参入？

>>899, >>905
もまいら、呆れるを通り越しておもろすぎ。bioinfoスレでなく吉本逝ってこい(w
>>904
無駄知識を進呈しよう。
Systematic Biologyという、分類学の雑誌がある。
…北野センセ命名のセンスがイマイチかも。
>>907
行けるような立場ではないが、詳細キボン。
##ググってもヤフってもクラスタってもでてこない(w
どの系統の言語学者か興味ありあり。
そう言えば、昔間違って買った数理科学に、土井先生が
配列の文法、なんて書いてたのを思い出した。