【αﾍﾘｯｸｽ】生体分子グラフィックスどうよ【βｼｰﾄ】
1 ：名無しゲノムのクローンさん：
X線屋さん、NMR屋さん、電顕屋さんなどなど。構造を扱うすべての
人に、グラフィックスで感動を。そんなスレでお願いします。
分子グラフィックスHow To、自作グラフィックうｐなどなど、情報
交換していきましょう。
人に、グラフィックスで感動を。そんなスレでお願いします。
分子グラフィックスHow To、自作グラフィックうｐなどなど、情報
交換していきましょう。
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2 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 14:30
＼ えっ…と、ｸｿｽﾚはここかな…、と ／
￣￣￣￣Ｖ￣￣￣￣￣￣￣￣￣
∧∧ ∧∧._＿._
∩ﾟДﾟ,≡,ﾟДﾟ) |.|
｀ヽ |）＝＝＝=
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U U
∧∧ ミ ＿ ドスッ
( ,,)┌─┴┴─┐
/ つ.. 終了 │
～′ /´ └─┬┬─┘
∪ ∪ ││ _ε３
゛゛'゛'゛
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3 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 14:47
おまえら、沢山グラフィックス作ってうpしろよ。
4 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 14:49
軽くていい画像うｐロダないかな？お勧め貼ってくれれば、今までの
いくつかうｐするよ。
いくつかうｐするよ。
5 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 20:36
アップローダーはどこだ？9【半額板】
http://sakura01.bbspink.com/test/read.cgi/ascii/1092864943/l50
1rk
http://members.jcom.home.ne.jp/1rk/
このへんからどうぞw
http://sakura01.bbspink.com/test/read.cgi/ascii/1092864943/l50
1rk
http://members.jcom.home.ne.jp/1rk/
このへんからどうぞw
6 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 09:42
左右に二つ並んだ画像を３次元で見れるそうなんだけど、ttp://www.usm.maine.edu/~rhodes/0Help/StereoView.html
これって、やっている人いる？
Tutorialで右目で左の絵をみて、左目で右の絵を見ましょう だって。
無理だ、ｺﾞﾗｧ！。 作者は1969年からこれをやっていてもうどうやって
これができるかわからないというのだけど。
少し先に書いてある指を１５ｃｍくらい目の前に持っていく
やりかたはなんとかできる気がするけど、目が悪いからできるかどうか。。。
これが出来る人の話きぼん。
これって、やっている人いる？
Tutorialで右目で左の絵をみて、左目で右の絵を見ましょう だって。
無理だ、ｺﾞﾗｧ！。 作者は1969年からこれをやっていてもうどうやって
これができるかわからないというのだけど。
少し先に書いてある指を１５ｃｍくらい目の前に持っていく
やりかたはなんとかできる気がするけど、目が悪いからできるかどうか。。。
これが出来る人の話きぼん。
7 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 09:53
立体に見るテクニック
・裸眼でみる方法
・道具を使う方法
立体写真としてアナグリフ（ANAGLYPH)というのがあります。
これは右目に青、左目に赤のフィルターを付けたメガネを用いて観賞する方法です。
ttp://pureweb.jp/~takeken/stereo/viewmethod.html
これを遊びに取り入れたサイトもあるようです。
ttp://nagoya.cool.ne.jp/lafa12/
みんなこれが出来るのか？
・裸眼でみる方法
・道具を使う方法
立体写真としてアナグリフ（ANAGLYPH)というのがあります。
これは右目に青、左目に赤のフィルターを付けたメガネを用いて観賞する方法です。
ttp://pureweb.jp/~takeken/stereo/viewmethod.html
これを遊びに取り入れたサイトもあるようです。
ttp://nagoya.cool.ne.jp/lafa12/
みんなこれが出来るのか？
8 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 10:08
9 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 16:54
どんどん話がずれていくようだが、１はまだいるのか？
10 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/05 17:00
らすもる、どうすか？ もっといいのある？
11 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 00:56
別にずれてないじゃん。
12 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 02:01
1です。できるよ、要は寄り目ができるかどうか。
生体分子に関してもそう。Swiss PDB → PovRayで描くと
ステレオ図を出すこともできるぞ。寂れてきたから明日、あさってあたりに
うｐするよ。Povで描いたやつだけどね。
生体分子に関してもそう。Swiss PDB → PovRayで描くと
ステレオ図を出すこともできるぞ。寂れてきたから明日、あさってあたりに
うｐするよ。Povで描いたやつだけどね。
13 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 02:53
14 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 08:07
寄り目の仕方→ ttp://joram.agz.jp/flash/flash.html 銘菓あいぼん饅頭
15 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 22:53:44
>>10
rasmolは全然軽いほうだよ。Swiss PDBで、リボソームのsurface計算させたら
一撃でPC死んだぞ。そのくらい重いのやるとなるとオンボードのグラフィックカード
じゃダメみたいな。orz
代りにもっと軽いのでsurface描いてる。いまレンダリング中なので、出来次第
うｐしようかな。
rasmolは全然軽いほうだよ。Swiss PDBで、リボソームのsurface計算させたら
一撃でPC死んだぞ。そのくらい重いのやるとなるとオンボードのグラフィックカード
じゃダメみたいな。orz
代りにもっと軽いのでsurface描いてる。いまレンダリング中なので、出来次第
うｐしようかな。
16 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/17 18:59:56
17 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/18 17:11:26
なんだかホルマリン漬けの死体標本思い出したよ。
18 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/19 00:52:30
そんなイメージで描いた。
PDBID = １GAI
GLUCOAMYLASE-471 COMPLEXED WITH D-GLUCO-DIHYDROACARBOSE
これが構造のソース。ガラス内部を中空にしてPhoton Mappingした。
レンダリング時間 約28時間 これが限界か.......orz
PDBID = １GAI
GLUCOAMYLASE-471 COMPLEXED WITH D-GLUCO-DIHYDROACARBOSE
これが構造のソース。ガラス内部を中空にしてPhoton Mappingした。
レンダリング時間 約28時間 これが限界か.......orz
19 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/01 01:53:23
見れませんよ>>16
20 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/01 02:05:39
rasmolは、驚きのソフトとしかいいようがない。
かれこれ１５年くらい使っているけれど、当時のＰＣでも、
今と同じ速度で分子が、ぶんぶん回った。たぶん、100MHz ぐらいの
ペンティアム以前の時代だ。しかも、デプスが８しかない256色の
Xウィンドウ上でもびんびんに回った。リボン表示にすると、いまでも
ちいと変なのは、しょうがないが、まあ、驚きだ。
かれこれ１５年くらい使っているけれど、当時のＰＣでも、
今と同じ速度で分子が、ぶんぶん回った。たぶん、100MHz ぐらいの
ペンティアム以前の時代だ。しかも、デプスが８しかない256色の
Xウィンドウ上でもびんびんに回った。リボン表示にすると、いまでも
ちいと変なのは、しょうがないが、まあ、驚きだ。
21 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/06 21:06:57
22 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/06 21:08:01
povray でレンダリング。大体1時間弱かかりましたね。
23 ：マ・クベ：05/03/09 04:04:38
おまえらいいからもっと書き込めや！
かぁ きぃ こぉ めぇ ぃやぁ！
かぁ きぃ こぉ めぇ ぃやぁ！
24 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/09 12:00:18
立体視放題という、立体視用の道具を買ったことがある。
でかい画面でも立体視できる。1000円くらいだし。
立体視は苦手だが、構造が専門ではないのでこんなので十分だと思った。
ただ、Rasmolだと視野角の加減かきれいに見えなかった。酔う感じ。
これが残念。VMDではきれいに見えた。
でかい画面でも立体視できる。1000円くらいだし。
立体視は苦手だが、構造が専門ではないのでこんなので十分だと思った。
ただ、Rasmolだと視野角の加減かきれいに見えなかった。酔う感じ。
これが残念。VMDではきれいに見えた。
25 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/10 00:09:02
Rasmolはデフォルトが交差法になってるのでCommand Lineで
stereo -3
とか入力してくださいね。
マ・クベさんも結晶出たのなら人にも幸せを分けてあげましょうね。
stereo -3
とか入力してくださいね。
マ・クベさんも結晶出たのなら人にも幸せを分けてあげましょうね。
26 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/10 00:15:00
パソでタンパク質の重ね合わせ（自分でアライメントする必要なし）
できるフリーソフトってある？
できるフリーソフトってある？
27 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/10 00:25:10
Swiss PDB Viewerはできるよ。
28 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/10 21:28:47
>>27
Thx.
Thx.
29 ：25=27：05/03/10 21:40:35
>>28
My pleasure
My pleasure
30 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/10 22:20:36
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＼ ... ＼ .
... ） ... ）
. ／ . ／ ..
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31 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/12 15:27:39
誰も見てないスレで勝手に「３次元」分子ＡＡグラフィクス・第２弾
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32 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/16 09:07:32
33 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/16 23:14:19
どういたしまして。
34 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 02:40:03
PDBから座標とってきて、らずもるで形見てるのはいいんだけど、表面電化ポテンシャルを石膏で作ったみたいな白地に赤や青の色で表示してる図ってどうやったら作れるの？
35 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 03:08:36
代表的なソフトはGRASPです。$500かかりますけど。SGIマシン用です。
GRASP2はWindows用です。β版はフリーです。マニュアルなし。こっちは使ったことありません。
表面電荷ではなくて、静電ポテンシャルです。電荷を置いた時のエネルギーです。
GRASP2はWindows用です。β版はフリーです。マニュアルなし。こっちは使ったことありません。
表面電荷ではなくて、静電ポテンシャルです。電荷を置いた時のエネルギーです。
36 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 12:20:42
>>35
早速のレス大感謝です。
確かにこのGraspって論文とかで見てました。でも、そのサイトに行っても有料だってみて＿/￣|○il||liしてました。
β版フリーは魅力的ですが、マニュアルなしですか、、、。素人には厳しいですね。周りに誰もやってるひとがいないものですから。
>表面電荷ではなくて、、、
ご指摘有り難う御座います。お恥ずかしい、、、。
早速のレス大感謝です。
確かにこのGraspって論文とかで見てました。でも、そのサイトに行っても有料だってみて＿/￣|○il||liしてました。
β版フリーは魅力的ですが、マニュアルなしですか、、、。素人には厳しいですね。周りに誰もやってるひとがいないものですから。
>表面電荷ではなくて、、、
ご指摘有り難う御座います。お恥ずかしい、、、。
37 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 22:02:05
Linuxを使われているのなら、PyMOLとAPBSの組み合わせでもできるそうです。
Linux以外でもできるはずなんですが、APBSの扱いに面倒があるようです。
表面電荷だと思われてる方が多数派なので、どうか気になさらずに。
静電ポテンシャルの計算はPoisson-Boltzmann方程式を解くので、できる
ソフトが限られてきます。分子表面を作らせて電荷で色づけするのは
他のソフトでもできますが、たぶんお望みの絵と違うモノになります。
Linux以外でもできるはずなんですが、APBSの扱いに面倒があるようです。
表面電荷だと思われてる方が多数派なので、どうか気になさらずに。
静電ポテンシャルの計算はPoisson-Boltzmann方程式を解くので、できる
ソフトが限られてきます。分子表面を作らせて電荷で色づけするのは
他のソフトでもできますが、たぶんお望みの絵と違うモノになります。
38 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 22:10:23
なかなかマトモなスレだ
こういうのだと役にたつし学術板らしい雰囲気だよね
こういうのだと役にたつし学術板らしい雰囲気だよね
39 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/18 23:40:32
MOLMOLを忘れてました。分子表面に静電ポテンシャルをマップできます。
無料です。癖のあるソフトですが。サイトのTutorialの例４を見て下さい。
無料です。癖のあるソフトですが。サイトのTutorialの例４を見て下さい。
40 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/19 01:31:51
Swiss PDB viewっていうフリーのソフトでできるよ。Windows版で。
ただしでかいタンパクだと静電ポテンシャル計算してレンダリング
すると時間かかる。。。
ただしでかいタンパクだと静電ポテンシャル計算してレンダリング
すると時間かかる。。。
41 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/19 01:57:32
ほんとだ、Swiss PDB-Viewerもできますね。
42 ：36：05/03/21 01:51:47
そうすると、GRASPやPDB viewerで示される体積は何を意味してるんでしょう？
電子雲じゃないんですよねえ。
電子雲じゃないんですよねえ。
43 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/21 02:09:51
どっちのソフトもあまり使わないのでわからんが、VDW体積か、溶媒接触可能表面積内部の体積かだろうね。
そういえば、静電ポテンシャルについてはPoisson式じゃなくてシンプルなCoulomb式で出してるのもよくあるよ。
ちなみに量子化学系のviewerの場合静電ポテンシャルは波動関数から出してくる。
そういえば、静電ポテンシャルについてはPoisson式じゃなくてシンプルなCoulomb式で出してるのもよくあるよ。
ちなみに量子化学系のviewerの場合静電ポテンシャルは波動関数から出してくる。
44 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/21 02:11:03
表面積内部の → 表面内部の
面積の内部って言い方はないな。
面積の内部って言い方はないな。
45 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/21(月) 03:57:35
>>42
ご質問は、雲のように示されるあの「面」は何かということですね。
まず、電子雲ではありません。
GRASPでの定義については下記を１段落読んでいただけますでしょうか。
http://honiglab.cpmc.columbia.edu/grasp/grasp_contents.html#surfaces
つまり生体分子を固い空間充填模型で表現して、その周りに半径1.4オング
ストロームとかの球（プローブと呼びます。水分子の代わり）を転がします。
その球の中心が描く面がAccessible Surfaceで、その球の生体分子寄りの
球面が描く面がMolecular Surfaceです。後者は空間充填模型のあちこちの
谷間に詰め物をしたような感じで、前者はそれを一回り大きくした感じ。
でも実際は表面を描く際の分解能が粗いので、あんな感じになります。
目的が「分子表面のどこに結合しそう？」を考察することであれば、
荷電した原子の位置を示唆する前者の方がいいのではないかと思います。
>>43
Coulombというのは分子内外の誘電率を等しいと置いているので、お馴染み
クーロンの法則でいきなり計算できちゃうわけですが、あれで目的を
果たせるのかどうか・・・。GRASPの計算も簡便法ではあるわけですが。
ご質問は、雲のように示されるあの「面」は何かということですね。
まず、電子雲ではありません。
GRASPでの定義については下記を１段落読んでいただけますでしょうか。
http://honiglab.cpmc.columbia.edu/grasp/grasp_contents.html#surfaces
つまり生体分子を固い空間充填模型で表現して、その周りに半径1.4オング
ストロームとかの球（プローブと呼びます。水分子の代わり）を転がします。
その球の中心が描く面がAccessible Surfaceで、その球の生体分子寄りの
球面が描く面がMolecular Surfaceです。後者は空間充填模型のあちこちの
谷間に詰め物をしたような感じで、前者はそれを一回り大きくした感じ。
でも実際は表面を描く際の分解能が粗いので、あんな感じになります。
目的が「分子表面のどこに結合しそう？」を考察することであれば、
荷電した原子の位置を示唆する前者の方がいいのではないかと思います。
>>43
Coulombというのは分子内外の誘電率を等しいと置いているので、お馴染み
クーロンの法則でいきなり計算できちゃうわけですが、あれで目的を
果たせるのかどうか・・・。GRASPの計算も簡便法ではあるわけですが。
46 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/21(月) 04:44:22
ちょっと訂正：やっぱり前者（Accessible）より後者（Molecular）の方が
いいかな。論文に載ってるほとんどの図はMolecularの方だそうです。その
方が実感に近いからでしょうね。すみません。
いいかな。論文に載ってるほとんどの図はMolecularの方だそうです。その
方が実感に近いからでしょうね。すみません。
47 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/21(月) 05:07:14
追伸：Swiss-PDBViewerのPDF版マニュアルのポイント80（32頁）に分かり
やすい図と説明が載っています。
やすい図と説明が載っています。
48 ：42：2005/03/22(火) 02:00:25
>つまり生体分子を固い空間充填模型で表現して、
この空間充填模型は原子をvan der Waals半径の球とした、球の集まりで近似した代表的な空間充填模型と考えてよろしいのでしょうか？
（今回は一寸自信ありｗ）
この空間充填模型は原子をvan der Waals半径の球とした、球の集まりで近似した代表的な空間充填模型と考えてよろしいのでしょうか？
（今回は一寸自信ありｗ）
49 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/22(火) 02:15:17
>>48
はい。
はい。
ぉお!!(ﾟﾛﾟ屮)屮 これで、積年の問題が一通り解決しました。
もりもり図つくって、ぐりぐり動かしてみるっす。
稚拙な質問に長々とおつき合い下さいまして有り難う御座いました。
今後とも宜しくお願いします。
もりもり図つくって、ぐりぐり動かしてみるっす。
稚拙な質問に長々とおつき合い下さいまして有り難う御座いました。
今後とも宜しくお願いします。
51 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/22(火) 23:59:22
どういたしまして。稚拙なんてことないですよ。私も>>40さんに感謝。
52 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/24(木) 10:03:17
構造素人ですが質問があります。
私の扱っているタンパク質はHomologyモデリングするに十分な
ホモロジーが他のタンパク質とありません。こんなタンパク質ですが、
立体構造を予測してくれるソフトはありませんでしょうか。
私の扱っているタンパク質はHomologyモデリングするに十分な
ホモロジーが他のタンパク質とありません。こんなタンパク質ですが、
立体構造を予測してくれるソフトはありませんでしょうか。
53 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/24(木) 20:09:14
予測なんかしねーで決定すればいいんじゃないの？X線とかで。
54 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/25(金) 02:12:21
>>52
ここはグラフィクスのスレなので、バイオインフォマティクスのスレの方が
より正確に説明してもらえると思います。
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1101069123/l50
>>53さんは正しいと思いますが、それでも予測でやりたい場合について、
例えばRobettaサーバを試してみてはいかがでしょうか。私は試したことが
ないので、とても責任は持てないのですが、Bakerグループの評価が高い
のは間違いありません。
PSI-BLASTがうんたらとか、自分なりに書けることはもっとあるのですが、
かえって混乱させるだけにも思うので、止めておきます。
ここはグラフィクスのスレなので、バイオインフォマティクスのスレの方が
より正確に説明してもらえると思います。
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1101069123/l50
>>53さんは正しいと思いますが、それでも予測でやりたい場合について、
例えばRobettaサーバを試してみてはいかがでしょうか。私は試したことが
ないので、とても責任は持てないのですが、Bakerグループの評価が高い
のは間違いありません。
PSI-BLASTがうんたらとか、自分なりに書けることはもっとあるのですが、
かえって混乱させるだけにも思うので、止めておきます。
55 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/03/25(金) 02:38:37
追伸：Robettaサーバを使う際、結果の公開など、使用条件について確認して
下さい。Rosettaの方を自分でインストールして使うという手もあるかも
しれません。最近のバージョンは簡単にできるのかな？
下さい。Rosettaの方を自分でインストールして使うという手もあるかも
しれません。最近のバージョンは簡単にできるのかな？
56 ： ：2005/05/23(月) 04:18:49
>>39
しかし、Molx2のTutorialの4番 ちょっと動かないような気がする
しかし、Molx2のTutorialの4番 ちょっと動かないような気がする
57 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/24(火) 19:55:51
>>56
いまPCでやってみましたが問題なく動きました。どこが動かないですか？
いまPCでやってみましたが問題なく動きました。どこが動かないですか？
58 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/24(火) 21:29:31
動かないのは俺の手だった。
59 ：51：2005/05/25(水) 09:29:33
60 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/25(水) 20:31:20
そうですか。何はともあれ、良かったですね。
61 ：51：2005/05/26(木) 10:28:21
62 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/27(金) 03:40:42
自分は古い人間なので、RasmolとMolScript+Raster3Dが好きです。
最近はPyMOLとかSwiss-PDBViewerとか良いソフトが多くていいですね。
用途別でしかもレビューとなるとさすがに大変ですのでご容赦下さい。
リンク集でよろしければあちこちのラボでオープンにされているようです。
私自身は http://www.rcsb.org/pdb/software-list.html を見るくらいですが。
あとは論文で気に入った絵があったらlegendを見ておくとか。
ところで56さんですよね（51は私です（笑））。
なお私は1さんではありません。むしろ1さんのお薦めを聞いてみたいな。
>>16の絵も見てみたいですし。
最近はPyMOLとかSwiss-PDBViewerとか良いソフトが多くていいですね。
用途別でしかもレビューとなるとさすがに大変ですのでご容赦下さい。
リンク集でよろしければあちこちのラボでオープンにされているようです。
私自身は http://www.rcsb.org/pdb/software-list.html を見るくらいですが。
あとは論文で気に入った絵があったらlegendを見ておくとか。
ところで56さんですよね（51は私です（笑））。
なお私は1さんではありません。むしろ1さんのお薦めを聞いてみたいな。
>>16の絵も見てみたいですし。
私は51氏ではありませんが、ここまでのレスをみて62さんは素晴らしいと思いますです。
貴方のような方がリアルで知り合えたらきっとお互いに切磋琢磨出来るのではと思っています。
影ながら応援させて頂きますヽ(´▽｀)ノ
貴方のような方がリアルで知り合えたらきっとお互いに切磋琢磨出来るのではと思っています。
影ながら応援させて頂きますヽ(´▽｀)ノ
64 ：56：2005/05/27(金) 11:41:25
ああ番号、間違えてしまいますた。
私も最初にPDBでデータを落としてSwissPDBViewerで構造を見たときは
非常に新鮮な驚きがありました。ProteinScienceも計算屋さんや数学者、
プログラマー、情報科学の人などの努力の上に成り立っていますよね。
質問や色んな細かいことも含めて色々と盛り上がれるような気がします。
私も最初にPDBでデータを落としてSwissPDBViewerで構造を見たときは
非常に新鮮な驚きがありました。ProteinScienceも計算屋さんや数学者、
プログラマー、情報科学の人などの努力の上に成り立っていますよね。
質問や色んな細かいことも含めて色々と盛り上がれるような気がします。
65 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/27(金) 16:17:41
66 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/28(土) 02:52:03
67 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/28(土) 08:54:39
68 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/28(土) 09:51:36
そんなに狭くない！
69 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/06(日) 00:54:15
SwissPDBViewerを先ほど落としてきたのですが
http://us.expasy.org/spdbv/text/gallery.htm
のようにαヘリックスをリボンで表示する方法が分からないのですがどうすれば良いのでしょう？
http://us.expasy.org/spdbv/text/gallery.htm
のようにαヘリックスをリボンで表示する方法が分からないのですがどうすれば良いのでしょう？
70 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/06(日) 00:58:13
ageます
71 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/06(日) 01:07:33
72 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/07(月) 23:05:12
>>69
蛋白質の構造（PDBファイル）を読み込めているのでしたら、Control Panelという
ウィンドウが表示されていると思いますが、そこのribnと書かれた列のどこかに
カーソルを置いて、Shiftキーを押したままクリックしてみて下さい。
蛋白質の構造（PDBファイル）を読み込めているのでしたら、Control Panelという
ウィンドウが表示されていると思いますが、そこのribnと書かれた列のどこかに
カーソルを置いて、Shiftキーを押したままクリックしてみて下さい。
73 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/07(月) 23:13:52
少し書き忘れましたので追加します。
ダウンロードしたばかりの方だと、上の操作の結果、リボンがスケスケになっていると思います。
その場合は、メニューバーのDisplayから、Use OpenGL Renderingや、Render in solid 3Dを
試してみてください。
遅レスになってしまってすみません。69さんはもうご覧になってないかもしれませんね。
ダウンロードしたばかりの方だと、上の操作の結果、リボンがスケスケになっていると思います。
その場合は、メニューバーのDisplayから、Use OpenGL Renderingや、Render in solid 3Dを
試してみてください。
遅レスになってしまってすみません。69さんはもうご覧になってないかもしれませんね。
74 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/10(木) 03:13:21
スケスケってかワイヤフレーム表示なｗ
Use OpenGL Renderingや、Render in solid 3Dを使う前にひとつやることが
あるよ。
まず何もファイルを読み込んでいない状態で、
Preferences → Loading protein から「Ribbon」のチェックをOnにする。
こう設定した上で、PDBファイルを読み込むとhelixなどが表示できると思う。
もしそのときにスケスケなへリックスが出てきたら、Use OpenGL Renderingや、
Render in solid 3Dを使えばいいと思う。
Use OpenGL Renderingや、Render in solid 3Dを使う前にひとつやることが
あるよ。
まず何もファイルを読み込んでいない状態で、
Preferences → Loading protein から「Ribbon」のチェックをOnにする。
こう設定した上で、PDBファイルを読み込むとhelixなどが表示できると思う。
もしそのときにスケスケなへリックスが出てきたら、Use OpenGL Renderingや、
Render in solid 3Dを使えばいいと思う。
75 ：72-73：2005/11/10(木) 23:12:57
>>74さん、補足をありがとうございました。
76 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/10(土) 02:15:47
私事で恐縮ですが、最近、PyMOLの使い方を勉強しています。
Linux版に比べてWin版では、結構バグが多いですね。
しかし、PyMOLはplugin が充実しているので、
最近はこちらをグラフィック解析ツールとして使っていますが、
NMRによる立体構造表示で、重ね書き構造が表示できないようですね。
この辺はやっぱりX線結晶構造解析向きのソフトなんでしょうか?
重ね書き構造については、仕方がないのでMolMolを使用しています。
どなたかこの問題を解決できる方はいらっしゃらないでしょうか?
Linux版に比べてWin版では、結構バグが多いですね。
しかし、PyMOLはplugin が充実しているので、
最近はこちらをグラフィック解析ツールとして使っていますが、
NMRによる立体構造表示で、重ね書き構造が表示できないようですね。
この辺はやっぱりX線結晶構造解析向きのソフトなんでしょうか?
重ね書き構造については、仕方がないのでMolMolを使用しています。
どなたかこの問題を解決できる方はいらっしゃらないでしょうか?
77 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/10(土) 21:03:24
>>76
Movie → Show All States にチェックを入れればいけると思います。
Movie → Show All States にチェックを入れればいけると思います。
78 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/10(土) 21:58:14
NMRの立体構造表示ならPymolよりmolmolのがいいと思うよ。
たしかコマンド一発で全部最適化して重ねがきしてくれます。
たしかコマンド一発で全部最適化して重ねがきしてくれます。
79 ：76です。：2005/12/14(水) 03:22:19
>>77さん
問題が解決しました!本当にありがとうございました!
PyMOLでもNMRでの立体構造表示で、重ね書き構造を表示できますね!
最近困っていることは、Win版でPluginでのAPBS toolがうまく動かないことです。
がんばって動くように奮闘中です。
>>78さん
MOLMOLでのNMRの立体構造の重ね書きと、静電ポテンシャル表示も試してみました。
MOLMOLとPyMOLの使い勝手が微妙に違いますが、
私のPyMOLでのPluginの使い方がうまくいかないみたいですね。
もう少しがんばります!
問題が解決しました!本当にありがとうございました!
PyMOLでもNMRでの立体構造表示で、重ね書き構造を表示できますね!
最近困っていることは、Win版でPluginでのAPBS toolがうまく動かないことです。
がんばって動くように奮闘中です。
>>78さん
MOLMOLでのNMRの立体構造の重ね書きと、静電ポテンシャル表示も試してみました。
MOLMOLとPyMOLの使い勝手が微妙に違いますが、
私のPyMOLでのPluginの使い方がうまくいかないみたいですね。
もう少しがんばります!
80 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/01/18(水) 16:35:39
すいません。windows用のRasmolで
コマンドライン用のwindowが出てこないのです。
出し方を知っている方、教えていただけませんか？
コマンドライン用のwindowが出てこないのです。
出し方を知っている方、教えていただけませんか？
81 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/01/18(水) 21:04:54
タスクバーにはあるはずだよ。
82 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/01/19(木) 10:37:20
ありました。どうもありがとう。
83 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/01/19(木) 22:30:44
VOKEが。
84 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/27(月) 18:12:41
すいません、WebLabViewerlite3.7を使っているのですが、分子の表示Style
のポップアップを表示しようとすると、プロセスが凍ってしまい
困っております。
何度かソフトを再インストールしてもダメでした。
以上が起きた前日に複数ディスプレイで表示させて、
WebLabViewerと一緒にOS自体も落としています。
OSの再インストール以外の解決方法をご存じの方、教えていただけないでしょうか？
よろしくお願いいたします。
のポップアップを表示しようとすると、プロセスが凍ってしまい
困っております。
何度かソフトを再インストールしてもダメでした。
以上が起きた前日に複数ディスプレイで表示させて、
WebLabViewerと一緒にOS自体も落としています。
OSの再インストール以外の解決方法をご存じの方、教えていただけないでしょうか？
よろしくお願いいたします。
85 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 00:23:31
WebLab ViewerLiteは昔使ったことがあるのですが、昔のソフトのためかなかなか見つかりません。
（作った会社MSIは今Accelrysという名前になりましたが、WebLab Viewerの類はもう配っていなさそうです）
ダウンロードできるところがあれば試してみますが・・・お役に立てるとは限らないので心苦しいですが。
Accelrysは今DS Visualizerというソフトを配っていますが、それでは代わりにならないでしょうか？
（作った会社MSIは今Accelrysという名前になりましたが、WebLab Viewerの類はもう配っていなさそうです）
ダウンロードできるところがあれば試してみますが・・・お役に立てるとは限らないので心苦しいですが。
Accelrysは今DS Visualizerというソフトを配っていますが、それでは代わりにならないでしょうか？
86 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 00:25:08
なお今DS Visualizerを入手してみましたが、Display Style...のポップアップは問題なく使えます。
87 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 00:38:49
あぁ、ご質問は今日じゃなくて月曜日だったんですね・・・最近２ちゃんねるをあまり見なくなったもので。
遅レスで申し訳ないです。質問された方は既に諦められたでしょうね。残念。
遅レスで申し訳ないです。質問された方は既に諦められたでしょうね。残念。
88 ：84：2006/03/02(木) 08:46:10
>>85-87
ありがとうございます．まだ諦めていないｗので
DS Visualiserを試してみます．
WebLabViewerLiteは，"download"と一緒にgoogle検索すると，いくつかサイト
がヒットして，そこから入手しました．例えばここ
http://genamics.com/cgi-bin/genamics/software/db.cgi?db=software&uid=default&Classification=Molecular%20Modeling&view_records=Search&nh=6
ありがとうございます．まだ諦めていないｗので
DS Visualiserを試してみます．
WebLabViewerLiteは，"download"と一緒にgoogle検索すると，いくつかサイト
がヒットして，そこから入手しました．例えばここ
http://genamics.com/cgi-bin/genamics/software/db.cgi?db=software&uid=default&Classification=Molecular%20Modeling&view_records=Search&nh=6
ポップアップ異常→フリーズ現象が起きたのは，
その前日にWebLab ViewerLiteと一緒に
OS(WinXP)を多分メモリ不足で異常終了
させてしまったあとです．
その後，何度もWebLab ViewerLiteを再インストールし，
OS再起動してもポップアップ異常→フリーズが直らないので
質問した次第です．
OSのどこか（レジストリ？）がおかしくなっているのかなぁ
と当てずっぽうですが考えています．
その前日にWebLab ViewerLiteと一緒に
OS(WinXP)を多分メモリ不足で異常終了
させてしまったあとです．
その後，何度もWebLab ViewerLiteを再インストールし，
OS再起動してもポップアップ異常→フリーズが直らないので
質問した次第です．
OSのどこか（レジストリ？）がおかしくなっているのかなぁ
と当てずっぽうですが考えています．
90 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 09:10:46
cootどうですか？
91 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 18:55:52
>>88
すみませんそのURLで見つかるファイル(ver. 3.2)は壊れているようです。
（Setup時にZip damaged file:というエラーが出て止まります）
仰せの方法でぐぐって見つかる他のサイトのリンクを頑張ってチェックして
みましたが、どれもリンク切れなどで取ってダウンロードできませんでした。
それに仰せのver.3.7でないと状況を確認できない可能性がありますし。
（確認できたとしてもお役に立てるかは怪しいですが、状況を確認できなければ
何もお手伝いできませんし・・・）
DS Visualizerはいかがでしたでしょうか。
正直申し上げて、WebLabViewerLiteは昔あまり良い印象がありませんでした。
必要とされる機能がはっきりしていらっしゃるのでしたら、他のソフトで
その機能を探されることをお勧めします。
>>89
異常が生じる前は表示Styleのポップアップは正常であることを確認されたのでしょうか。
そうでなければ、先にＯＳ側を疑うのは得策でないような印象を受けます。
すみませんそのURLで見つかるファイル(ver. 3.2)は壊れているようです。
（Setup時にZip damaged file:というエラーが出て止まります）
仰せの方法でぐぐって見つかる他のサイトのリンクを頑張ってチェックして
みましたが、どれもリンク切れなどで取ってダウンロードできませんでした。
それに仰せのver.3.7でないと状況を確認できない可能性がありますし。
（確認できたとしてもお役に立てるかは怪しいですが、状況を確認できなければ
何もお手伝いできませんし・・・）
DS Visualizerはいかがでしたでしょうか。
正直申し上げて、WebLabViewerLiteは昔あまり良い印象がありませんでした。
必要とされる機能がはっきりしていらっしゃるのでしたら、他のソフトで
その機能を探されることをお勧めします。
>>89
異常が生じる前は表示Styleのポップアップは正常であることを確認されたのでしょうか。
そうでなければ、先にＯＳ側を疑うのは得策でないような印象を受けます。
92 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 19:28:27
>>90
悪くないと思います。
悪くないと思います。
93 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/02(木) 21:42:45
そうですね
>>91
>異常が生じる前は表示Styleのポップアップは正常であることを確認されたのでしょうか。
はい，正常に使えたことを確認しております．
その後，他のWindowsPC（２号機）にインストールしたところ，正常動作も確認していることから
1号機に（何度も）再インストールしたWebLabViewerLite以外の箇所での異常
すなわち高い蓋然性でOSでの何らかの異常ではないかと推察しています．
>異常が生じる前は表示Styleのポップアップは正常であることを確認されたのでしょうか。
はい，正常に使えたことを確認しております．
その後，他のWindowsPC（２号機）にインストールしたところ，正常動作も確認していることから
1号機に（何度も）再インストールしたWebLabViewerLite以外の箇所での異常
すなわち高い蓋然性でOSでの何らかの異常ではないかと推察しています．
95 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/03(金) 16:59:05
なるほどそうですか。失礼な質問をしてしまいすみませんでした。
そういうことでしたら私がダウンロードできたとしても症状を確認できそうに
ないですね。でしゃばったまねをしながらお役に立てずすみませんでした。
問題が近いうちに解決すると良いですね。
そういうことでしたら私がダウンロードできたとしても症状を確認できそうに
ないですね。でしゃばったまねをしながらお役に立てずすみませんでした。
問題が近いうちに解決すると良いですね。
96 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/29(水) 08:18:10
やはりrasmolだろ
おれはCNSの図もこれで作ったがなかなかなものだ
rasmolで作った、というと信じられんといわれるが
おれはCNSの図もこれで作ったがなかなかなものだ
rasmolで作った、というと信じられんといわれるが
97 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/31(金) 21:33:36
フリーとコンプレックスの蛋白質を重心を中心として一つのPDBファイルにして
二本のチェインフリーはグレー、コンプレックスは温度因子で着色するには
どうしたらいいでしょうか？ ラスモルでやったら重なっている部分が汚くて
使えませんでした。Pymolを今試していますが、チェインを別々に色づけ
できません
二本のチェインフリーはグレー、コンプレックスは温度因子で着色するには
どうしたらいいでしょうか？ ラスモルでやったら重なっている部分が汚くて
使えませんでした。Pymolを今試していますが、チェインを別々に色づけ
できません
98 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/32(土) 03:44:58
>>97
PyMOLについては、例えばMouseメニューからSelection ModeをChainsにして、
CtrlキーとShiftキーを押したままいずれかのチェインをクリックすると
１本のチェインが選択でき、パネルに(sel01)などが現れますので、これを
用いるとチェインを別々に（例えばグレーと温度因子）色づけできます。
その他の部分はご質問の意味がわかりませんでした。すみません。
PyMOLについては、例えばMouseメニューからSelection ModeをChainsにして、
CtrlキーとShiftキーを押したままいずれかのチェインをクリックすると
１本のチェインが選択でき、パネルに(sel01)などが現れますので、これを
用いるとチェインを別々に（例えばグレーと温度因子）色づけできます。
その他の部分はご質問の意味がわかりませんでした。すみません。
99 ：【占有屋】 ◆zGQNHDP.Wk ：2007/04/22(日) 13:36:47
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／ ＼
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／ 占有屋 /＼
＼ ／ ＼
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＼／ ＼
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（ ´／） ））ヽ∧
／ ／ / ´∀） ∧∧
○( ｲ○ （ ,つ,,ﾟДﾟ)
／ヽ )） ヽ )ヽ )と , ｲ
（_／（_/(_／（_/ﾉ（_/⊂ﾉ> )Ｊ
／￣Y￣｀|/￣＾Y￣ヽ/￣￣Y ｀´￣＼
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100 ：【占有屋】 ◆zGQNHDP.Wk ：2007/04/22(日) 13:37:48
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101 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/28(土) 18:47:38
102 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/28(土) 18:48:48
103 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：2007/07/29(日) 09:52:57
保守アゲ・・・まあなんとなく
104 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/10/17(水) 14:49:57
まだ見ている方はいるのでしょうか？
最近、ちょっとした用事でPDB viewerを探しています。
なかなか条件に合うものがなくて困っているのですが、
どなたかこんなソフトをご存知ないでしょうか？
条件①Windows XPで動作可能
条件②インストール無し、バイナリのみで動作
条件③1つのPDBファイル内に複数のモデルがある場合、それらを動画で再生可能
以上の条件が必要となります。
アドバイス宜しくお願いします。
最近、ちょっとした用事でPDB viewerを探しています。
なかなか条件に合うものがなくて困っているのですが、
どなたかこんなソフトをご存知ないでしょうか？
条件①Windows XPで動作可能
条件②インストール無し、バイナリのみで動作
条件③1つのPDBファイル内に複数のモデルがある場合、それらを動画で再生可能
以上の条件が必要となります。
アドバイス宜しくお願いします。
105 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/05/19(月) 13:55:43
PyMOLだと条件２にあてはまらないなあ
106 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/24(土) 18:55:22
このスレッドって、俺が立てたんだよな.忘れてたよ.
つまり、>>1ですが、何か？
つまり、>>1ですが、何か？
107 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/24(土) 19:09:37
途中からは私が対応してることが多かったですねｗ
108 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/24(土) 20:58:16
>>107
どうぞ宜しくw
どうぞ宜しくw
109 ：名無しゲノムのクローンさん：
>>108
こちらこそ（と言いつつ長いことこのスレチェックしてなかったのですが）
こちらこそ（と言いつつ長いことこのスレチェックしてなかったのですが）