【Phylogenetics】系統学・分類学【Taxonomy】

語ってください。

分類学なんて、やってる人いるのかな？

生命の樹age

この本ってどうなんでしょう？

三中信宏、『生物系統学』（東京大学出版会、1997年）
http://www.utp.or.jp/booksearch/cgi/jump.cgi?id=060172

__|￣|○　人がいねぇ…

>2
見たいなこと書く奴がいっぱいいるところには、分類やってる人は書き込みたくないだろうさ。

系統学と分類学って、どういう関係にあるんでしょう？

分類に一般的な方法論なんてあるのか？

>1
まずあなたが語りなさい。
>2
自分の知らないものは無いことにしてしまえば楽ですよね。
>3
http://tolweb.org/tree/
>4
必読文献ですが。
>7
別の学問です。
>8
自分の知らないものは無いことにしてしまえば楽ですよね。

分類学メーリングリスト「TAXA」が発足するみたいですね。

ttp://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/ml/taxa-top.html

M中氏の日録に登場age

「洞穴学事始め」「洞穴から生物学へ」を読みなさい。

TAXA、盛況みたいですね。

ですねですねって

ですね

あぼーん

あげ

phylogeneticsって,語感が嫌い
単独ではどうにもならない分野、s　つけてもねー

phylogeneticsって,語感が嫌い
単独ではどうにもならない分野、s　つけてもねー

自分が研究してた生物はは１６ＳｒＲＮＡでの分類で
最も初期に分類してた種類だった。

>>20
言っていることがよくわからないのだが…

だからおまいら、馬渡嫁って言ってるだろ。

三中

馬渡は偏ってる

素人な質問です。ヒトの完模式標本てどなた？
昔なんかで見た記憶があるんだけどさっぱり思い出せないや。

おぉ気が付かなかったが、いるはずだな。
記載された文献を見れば形態学的特徴が分かるはずだよな。
チンポのサイズとかも。
誰か教えてｷﾎﾞﾝ

age

だれかＭＬの情報教えてよ

三中は馬渡を馬鹿にしてる

そりは韓国料理でつか？

オレは生物学以外の者で、系統学に興味があるのだが
生物をやってるやつは系統学（や分類学）には興味ないのか？
終わってる学問分野なのか？

奇形児を見たことはありますか？ これは北海道の網走市であった話です。
古塚美枝さん（当時２３） は、いわゆる売春婦でしたが夫がいました。
しかしその夫は働こうとせず、酒に溺れる毎日、そして酔うと必ず美枝さんに
暴力を振るいました。８３年の夏、美枝さんは体調を崩し病院へ行きました。
原因は妊娠によるつわりなどでした。売春婦であった美枝さんは、
まず誰の子なのか考えましたが夫の子である事を確信し、
早く報告しようと急いで帰りました。しかし夫は自分の子とは信じず、
中絶を命じました。 それから５ケ月。結局美枝さんは中絶を拒み、
生むことを決意しましたが、夫は従わなかった事を不満に思い、
さらに暴力を振っていました。 そしてその日夫は美枝さんの腹部に
膝蹴りをしました。する と、美枝さんの股間からは溢れる様に血が流れてきました。
そして美枝さんは崩れ落ち、声にもならない 様なうめき声で唸りながら
........流産でした。夫は慌てて家を飛び出して行きました。何故？
それは生まれてきた子供が余りにも醜かったからです。目はあべこべに付き、
片方の目は眉毛の上に付いていました。鼻はだらしなく直角に曲がり、
口なんぞは縦向きに、しかも耳のつけねから裂け目の 様に付いていました。
動きもせず、ただこちらを眺めていました。 それからどうなったかは分かりません。
ただ、この話を聞いた人は最低３日間気を付けてください。
うしろで何か気を感じても振り向いて いけません。
それはあの子があなたを眺めているから。 10分以内にこれを
掲示板の5箇所に貼らなければそのままあの子は離れて行きません。
お気を付けて。　

>>19 >>20

>phylogeneticsって,語感が嫌い
単独ではどうにもならない分野、s　つけてもねー

ちゃんとphylogenyって言葉もあるでよ。

>>32
なんで、コピペをすれば奇形児にとりつかれないのか、理屈がわからん。
こういうのを本気で怖がるヤシもいるのか？

((((((((9,34),33),27),((((18,19),((2,20),29)),(((1,21),14),28)),15),(((5,24),3),7)),((8,10),((21,23),((17,23),(30,4))))),(((6,31),22),((9,26),25)))),16,32);

((((((((9,34),33),27),((((18,19),((2,20),29)),(((1,21),14),28)),15),(((5,24),3),7)),((8,10),((21,23),((17,23),(30,4))))),(((6,31),22),((9,26),25)))),(16,32),35,36);

>31
とんでもない、ここにいる奴らがそんなのばっかりなだけだよ。
系統学は今、とても派手に動いているよ。

近隣結合法と最尤法どっちがメジャーな方法なんですか？
それとも他にも系統樹を作成する方法あるんですか？

うちのラボの教授は系統学やってると「もう終わりだなコイツ」って思われる
のが嫌なそうなので、他の研究をしながら系統学やってます。

>>25
＞素人な質問です。ヒトの完模式標本てどなた？

リンネの原記載にタイプ標本の記載はありませんのでヒトの完模式標本はありません
しかし，Marshと恐竜発掘競争をやったので有名なEdward Drinker Cope(1840-1897)を
恐竜研究者のRobert Bakkerが1993年に後模式標本（lectotype）として指定しています
＞In 1993, Bakker wrote a description of Cope as the type specimen ? the example
＞by which the species is measured ? for Homo sapiens.
http://www.strangescience.net/cope.htm

>>38
いいデータには詳しい方法でやる
いい加減なデータにはいい加減な方法でやる

>>41さん
回答ありがとうございます。
どっちがメジャーなんでしょうか？

べーず

41
そのココロは
http://workshop.molecularevolution.org/resources/lrt.php

これからは系統学、分類学の時代に入るかもしれませんね。

工ｴｴｪｪ(´д｀)ｪｪｴｴ工

８解説についてだれか詳しい方いらっしゃいませんか？
高校で課題がでて、８解説を調べて来いっていわれたのですが、
ネットにいいものがなくて・・・・
おねがいします。助けてください

>>47
ちゃんと調べたのか？ググればいっぱい出てくるじゃんか。
もうこれでおしまい。



もっとも、最近では、5界説はもう古い、例えば8界説
　モネラドメイン　　真性細菌
　古細菌ドメイン　　古細菌
　真核生物ドメイン　アーケオゾア
　　　　　　　　　　プロトゾア
　　　　　　　　　　クロミスタ
　　　　　　　　　　植物
　　　　　　　　　　菌
　　　　　　　　　　動物
だとか（界<kingdom>の上位分類群としてドメイン<domain>
（あるいはエンパイア<empire>や上界<superkingdom>を設置）、
いや、同じ8界でも別な分けかたが合理的だとか、無形生物ドメイン
ウィルスを入れて9界説だ、ウィルスは生物じゃなく、化学物質や
機械みたいなもんだろうから、それじゃめちゃくちゃだ、とか、
動物、植物、菌を分けるだけのレベルでプロティスタを分けるなら、
少なくとも12や13には分かれるとか、諸説紛紛なのが現状です。

その、アーケゾアやプロトゾア・クロミスタは
５界説では原生生物界にはいるのですか？
分類の名前はネットでも載っているのですが、
どうもその先のことが書いてなくて。。。
お願いします

盛り上がってるねい！

>>49
5界説と8界説の関係はネットで調べられるよ。
それはさておき、どっちもDQN説だからどうでもいい。
ちゃんと分子データ調べろと声高にいいたい。

>47→48
のつながり、とても変。
４７が８界説は何？と聞いてるのに、４８は５界説はもう古い、たとえば８…
ときたもんだ。
ちなみに、キャバリエ・スミスはアーケゾアを引っ込めたんだよね？

三中さん、こんな時間にメール送ってくんなよ〜
…って思ったらパリからかよ！

>47には、これが入り口か？
http://mtlab.biol.tsukuba.ac.jp/WWW/evolution/index.html
>48が言うとおり、議論は広がって、どれを取ればいいやらではあるが。

系統樹とかおもしろそうなんですけどねぇ･･･
傍から見ると難しそうで、手もつけられないっす。
遺伝子関連やってるから、そんなデータを作り出せるようになりたい
って気持ちもあるんですけど

それにしても、このスレッドはよく残ってるなぁって思えるくらい
レスが少ないですねｗ

系統樹を作成する場合は使用するのは16S rRNAのデータで良いんですよね？　

誰かメーリングリストでどんな話題が出てるのか教えてよ。

『だから系統樹』っていつ出るんだろ？

分岐分類学とか言ってるﾔｼらアホばっか。
サメも金魚も魚だろ。
ゴリラもﾁｿﾊﾟｿもオランも類人猿だろ。
古最近も申請最近もバイキンだろ。
常識を持て。

　

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.......****..........
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.............****...*
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.......**.*..........
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('A`)

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□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□■

キャヴァリエ=スミスって、論文書く度にProtozoaの分類を変えてるよな。
別に新しいデータが出る度に分類をUpdateするのは構わないが、
他人の分類を批判するほどには自分の分類体系も整っていない。
そしてやたらと新しいtaxaを乱発する。

ちなみにキャヴァリエスミスの最新の6界説に基づく分類
ttp://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf

結局のところ生物の分類法は、分類学者の数だけあるような気がする。
いい加減リンネの分類体系で科より上の命名法を考え直した方がいいのではないか？
どうせ皆好き勝手に分類するのだから、全部"Group"でいいよな？

>>56
今では普通にDNAのデータを使っている。
16S rRNAだけで作った系統樹は偏りがあった。

>>58
出るのは来年みたい。

ttp://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/DAKARA.html

ｳﾎｯ、いいスレ発見。
系統樹でよく出てくるブートストラップ法、ジャックナイフ法とかの確率ってのが何を表しているのか
文系の漏れには説明読んでもよく分かりません。どなたかわかりやすーく語ってくださらぬか

勝率

>>67
過去の出来事を文字配列（DNAやタンパク質の配列）に基づいて
その関係図を推定する方法が分子系統樹で、その方法論
作成された樹形の確からしさを何かで評価できないか？
と言うことで考え出されたのが、ブートストラップなどの
方法、もともとブートストラップとは靴ひもでそれを引っ張って
自分自身を持ち上げようとする様な事を意味している。
データは、１セットしかないので、それを色々使って
信憑性のチェックをしようとしている。

自分の足を喰うタコ

>>69
なんとなく分かってきますた。ありが�d

【訃報】エルンスト・マイヤー氏＝米国の生物学者
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1107787541/

院生講師　人気です
京大総合博物 土・日の観察教室

子どもたちに化石や鉱物について解説する大学院生たち（京都市左京区・京大総合博物館）
　京都大総合博物館（京都市左京区）の一階ロビーで土、日曜日に、京大の大学院生たちが、化石や鉱物標本などの観察教室をボランティアで開催している。来館者が実際に標本を手にとって感じた疑問に答えるなど、「分かりやすくて、面白い」と好評だ。
　■化石、鉱物　楽しく解説
　「京大の中で研究者がどんなことをしているのか知ってもらおう」と、大学院理学研究科の院生を中心に昨年九月から約２０人がボランティアで講師になって開催している。当初は日曜だけだったが、評判が良いことから今年一月からは土曜日も実施している。
　アンモナイトやサメの歯など中生代の化石や動物の骨格標本、珍しい鉱物標本などを並べ、来館者に手にとってもらいながら院生が解説する。顕微鏡で小さな化石を探してもらったり、化石と骨格標本を比べながら進化について学ぶなど、子どもだけでなく親も一緒に楽しめる。
　リーダーの大学院理学研究科博士課程の小出雅文さん（29）は「研究の楽しさを実感してもらいたい。自分たちにとっても、一般の人たちが自然科学をどうとらえているのかがよく分かって、研究を進める上で役に立ちます」と話している。
http://www.kyoto-np.co.jp/article.php?mid=P2005020200056&genre=G1&area=K1D

ttp://www5d.biglobe.ne.jp/~hasumi/doc2/mono1.html

確固たる収入もなく、授業料を支払ってまで自腹で研究を続け、なおか
つ学術論文を書いている研究生の立場から見れば、給料を貰っている大
学の研究者が学術論文を書かないのは、大きな罪である。

学術論文を書かない人は、授業や実験・実習などの全般的な教育はでき
るのかもしれないが、研究指導などの学生一人一人への教育ができると
は、とても思えない。何も知らない学生が、可哀想である。

↑このシトはかな〜りエライ、熱意ある優秀なサンショウウオ研究者だと思う。
でも、N大にいても道は開けないと思う。

京大の動物系統学の疋田先生ってどお？

あげ

s.str. ってどういう意味でしょうか？

きょーぎ

ttp://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/DAKARA.html
ようやくでるな

北海道で植物分類やってるのってどこ大？

北大といえば藻類

藻有

藻無し

馬が、牛豚より、コウモリやネコに近いという結果がでたそうだけど、他の奇蹄類（だっったか）はどうなの？

クヂラはカバに近いんだっけ？

藻無し（・Ａ・）ｲｸﾅｲ!!

藻無し（・∀・）ｲｲ!!

三中さんの本読んだ？

「生物系統学」をわかりやすく書き直した感じ？
高校生の系統樹がオモシロカタ

脳内世界地図みたいで

新書読んだ。
タイトルはてっきり『だから、系統樹！』になるのかと思ってたら違ってたのね。
俺みたいな文系素人からしてみると、やはり3章の系統推定の話が一番おもしろかった。
哲学用語の使い方がかなりルーズというかいいかげんなところが気になったけど、
全体的には楽しめました。

>>89
高校生のやつ、面白かったね。
２０人もいて誰もミミズとかヒトデとか思いつかなかったのか、
というのもびっくりだけど、俺が高校の時の脳内もあんなもん
だったかもしれない。

亜種と品種について。
例えば馬はエクウス属キャバルス種ですが
サラブレッドとアラブの違いは
亜種の違いなのですか？それとも品種の違いなのでしょうか？
また亜種、品種の分類学上の区別について
教えて下さい。

４年間ODやっていたのか＞三中さん

それがいまや東大教授か

38 名前：結果は？ 投稿日：2006/08/10(木) 14:53:21
906 ：名無しゲノムのクローンさん ：2006/03/01(水) 20:45:48
http://jrecin.jst.go.jp/html/kyujin/main/D105120517.html
金沢大学大学院自然科学研究科生命科学専攻（理学部生物学科）教員公募
採用人員：助教授または講師１名
公募分野：植物系統分類学（陸上植物を研究対象とし，幅広い関心を持つ方）
４０才以下の方が望ましい
植物標本庫の維持管理に積極的に関与していただきます。
本学自然計測センター附属植物園には圃場，温室および
水草プール等が整備されています。

39 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2006/08/10(木) 18:21:38
もう系統分類なんか補充せずにつぶせよ。マジで。

40 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2006/08/10(木) 21:10:23
>>39
そんなこと言ってたらお前の研究分野も今に潰されるよ

41 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2006/08/10(木) 22:48:17
>>39
Scienceの去年のBreakthrough of the YearがEvolutionだったように、系統分類は、本当は今とても熱い分野。

だが、
>>38
の公募は、そんなこと全然知らないヤシらが出しているんだろうね。
> 植物標本庫の維持管理に積極的に関与していただきます。
だって、ワラ
出来だろ、出来。

42 名前：進化で職をget! 投稿日：2006/08/11(金) 13:31:23
http://jrecin.jst.go.jp/html/kyujin/main/D106080605.html
山形大学理学部　生物学科
生物多様性講座の教授または准教授を１名募集します。分類・系統学で、植物あるいは原生生物を対象とし
た種分化・進化のプロセス解明の研究に従事している方を対象とします。
学部専門科目として生物多様性論および植物分類学実習など

43 名前：名無しゲノムのクローンさん ﾒｪﾙ：sage 投稿日：2006/08/13(日) 11:15:48
>>41
Evolution＝系統分類？ﾊｱ？一緒にせんでくれ。

44 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2006/08/14(月) 08:43:38
コケで決まりでつ

45 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2006/08/14(月) 09:16:50
未だに見た目や機能だけに頼って分類してるのもこっけいな話だよね。

>43
41のいうEvolutionと系統分類の関係は遺伝学的なアプローチで
再分類しなおしたお話のことを言ってるんでないの？

The Journal of Japanese Botany とMakinoaという雑誌の評価を教えてください。

表形分類法について詳しく書かれたサイトなどをどなたか教えて下さい･･。

表形分類の数値的技法でしたら，多変量解析のクラスター分析そのもの
ですから，国内外の統計学関連サイトを見るのがもっとも効率的でしょ
うね．検索すればたくさんヒットすると思います．

表形分類の哲学とか生物分類への寄与という話題に関心があるのでした
ら，むしろそれなりの本を読んだ方がいいでしょう．

個人的には，P.H.A. Sneath & R. R. Sokal『Numerical Taxonomy』
(1973, Freeman)が30年経った今でも最適なテキストだと思います．
この本には邦訳書もありますが，訳文がサイアクですから“買って
はいけない”．

どうもありがとうございます。
やはりHP等だと物足りないので、大学の書店で探してきます。

>>92
あえて言うならアラブ馬とその他の馬違いは品種レベルだけど、
動物分類学上は、「品種」は定義されていない。
定義されているのは「亜種」まで。
植物では「変種」「品種」という下位分類が認められている。

そもそもサラブレッドは、3頭のアラブ馬の血筋を完全に伝え、繁殖させた(thoroughbred)
というだけで、「品種」のレベルであることすら怪しいんだが、
まあ「品種」は動物分類上の学術用語ではないので「品種」という認識でいいと思う。

「種」なんてのは、かなりいい加減なもので、分類学者が十分違うと判断されれば
勝手に新種認定されてしまう。種の違いとするには気が引ければ「亜種」となる。
外見上地域固有のものと認められれば、どんどん新種記載されてしまう。
だから異なる種同士の交配で普通に子孫を残せる交雑固体が生まれることもありえるし、
同種同士て交配不能なこともありえる。
ただ一般的に種に関しては、子孫を残す交配が可能な集団という定義が浸透している。
この定義には何ら規約による束縛はない。

種とは・・・

ttp://www.ya.sakura.ne.jp/~yu_yu/yu/kinen/rurispecies.gif

学会の懇親会では、出席者中で一番偉い人に乾杯の音頭とか〆の挨拶をお願いするものだが、
ここまで偉い人が出席すると、そういうわけにもいかないんだろうな？
誰か、この学会に出た人、リポートしておくれ。


>天皇陛下、魚類学会年会に出席
>天皇陛下は8日午後、静岡県コンベンションアーツセンター（静岡市）で開かれた「2006年度日本魚類学会年会」に出席された。
>陛下は同学会会員で、ハゼ科魚類の分類が専門。年会に出席するのは6年ぶり12回目で、この日は学生らが研究成果をまとめたポスターを他の参加者とともに見学した後、研究発表会に参加。ボウズハゼの歯の構造変化についての発表などに熱心に耳を傾けた。
>陛下はその後、東海大学海洋科学博物館で開かれた同学会の懇親会に参加した。　
>（時事通信） - 10月8日20時1分更新
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20061008-00000076-jij-soci

すみませんが、The Journal of Japanese Botany とMakinoaという雑誌の評価を教えてください。

>103
誰も知らないんですか？

保守

conselは(･∀･)ｲｲ!

セントバーナードの雄とチワワの雌は交配可能だけど、子供はちゃんと生まれるんだろうか

>>107
子宮破裂で母親が死んでしまうんじゃなかったっけ。
ということがわかっているということは、
そういう鬼畜な交配をやってみたヤシがいるということで、、、

分類学者って発生学のセンス０で変な形質ばっかり着目してて
これからのエボデボの時代に１００害あって一利なしだな

まあまあ
おさえておさえて...

とにかく識別形質を見つけなきゃっていう分類と
系統はちがうから

合意法 consensus methodってどういうものですか？
教えてください！

ttp://www.biol.s.u-tokyo.ac.jp/tab_data/evoopenlab2008.jpg
進化多様性生物学大講座オープンラボの通知をアップしました。

>>111
分子系統推定の話ですよね?
最節約法で同スコアの系統樹が複数得られた場合やブートストラップ解析で
各レプリケートのベストな系統樹の樹形が異なっている場合(異ならない場合
は滅多にない)に用います。

たとえば以下の二つの系統樹があったとします。

Tree A
( OTU1 , ( OTU2 , ( OTU3 , OTU4 ) ) )

Tree B
( OTU1 , ( OTU3 , ( OTU2 , OTU4 ) ) )

この二つの系統樹から得られる厳密合意樹(Strict Consensus Tree)は以下の
ようになります。

Consensus Tree
( OTU1 , ( OTU2 , OTU3 , OTU4 ) )

要は、複数の異なる樹形から、出現頻度の高い分岐以外は多分岐にして
「丸める」方法のことです。
ただし、合意樹はあくまで出現頻度≒信頼性の低い分岐を表示していないだけ
であって、その多分岐が真実であるということを示しているわけではないことに
注意が必要です。

上に示したのは厳密合意樹の場合ですが、多数決合意樹などを使う場合もあり
ます(ブートストラップ解析結果を示す場合に多い)。
多数決合意樹を得る際には全レプリケートにおける出現頻度が50%未満の分岐
は使わないことが多いですね。
厳密合意樹は出現率100%未満の分岐を丸めて多分岐にする方法です。

細胞生物
│
├真正細菌
│
├アーキア（古細菌）
│　 コルアーキオータ
│　 クレンアーキオータ
│　 ユリアーキオータ
│
└真核生物
　 ├アメーボゾア
　 ├オピストコンタ
　 │　 真菌
　 │　 メソミセトゾア、 襟鞭毛虫、 動物
　 └バイコンタ
　 　 　 エクスカバータ
　 　 　 リザリア
　 　 　 緑色植物 （緑藻植物、 ストレプト植物）
　 　 　 紅藻
　 　 　 灰色藻
　 　 　 アルベオラータ、 ストラメノパイル
　 　 　 クリプト藻
　 　 　 ハプト藻

メソポタミア？

つまり、アーケゾアとか言ってたのは、
エクスカバータあたりのまとまりが、精度悪いながらも系統樹に現れていたのを見て、
原始的真核生物と解釈したんだな。

遺伝子を全部調べて比較すればできるんだから
分類学はもう終わったのでは

つ[化石種]

形態の比較が不要になることはありえない

1. 分子系統樹が間違う原因として考えられるのはいわゆるlong branch attraction
の他に何かあるんでしょうか？
2. タクソン数を増やして行けばいつかは真の系統樹が得られるという事になりますか？
3. 二つの分岐点が近接していてブートストラップ値もそれほど良くない場合
それらの分岐はほぼ同時に起こったと考えてよいのでしょうか？

>>119
1. ゲノムサイズが有限である限り確率的誤差がある。
2. なりません。タクソン数は系統樹推定の精度にほとんど関係ない。
3. ブートストラップ値に関係なく分岐時間が近接していることを示す。　

>>120
回答どうも。さらに２つほど。
１、では実際に確率的誤差のせいで大きな誤りを犯してしまったという例はありますか？
２、結局LBAをなくすために適切にサンプリングする事と、確率的誤差を減らすために
多数の遺伝子を用いる事に気をつければ良いという事ですか？

>>121
1. シミュレーションをやってみればいくらでもありえることがわかる。
2. そう単純ではない。系統解析にこうすれば良いという決定的方法は無い。
　 まあ、多数の遺伝子で決を取るのが、取り合えず一番いいとは思うが。

>>122
どうもどうもありが�d

動物界の起源は襟鞭毛虫らしいなんて話があるけど、菌界の起源はどうなのでしょう？

物理学と分類学に興味有るけど、どんな学科に進めばいいんでしょう
生物物理の研究室がある大学？

実験が嫌いならバイオインフォ。
実験が好きなら地学系とかの方が良いのでは。

>>124
年金

原生生物の分類やるなら、どこの大学がいいんですか？
やっぱり筑波ですか。

ピロ島大理学部ホソヤ今日中

AFLPのデータをつかってPAUPでNJ系統樹を描こうとしてるんですが、いまいちやり方がよくわかりません。
とりあえず制限断片の有/無を1/0で表してOTUごとにtxt形式で記録してるんですが、これをどうやってNEXUS形式にして、PAUPによみこませたらいいのか・・・・
教えてエロイ人！

>>130
clustalxでNEXUS形式のファイルを出力できますが、1/0だとclustalxが配列として
認識できないと思うので、1->A、0->Tあたりに置換して読み込ませて出力すれば
よいのではないでしょうか。
clustalxの入力ファイルはFASTA形式なので、

>data1
data1の配列データ
>data2
data2の配列データ
>data3
data3の配列データ

になります。data1, data2, data3は配列の名前になります。好きな名前を付けてく
ださい。

>>131
ご丁寧にありがとうございます。
無事解析できました。

共立出版の分子進化―解析の技法とその応用

分かりやすいですか？

物足りなければ、分子進化と分子系統学をやろうと思いますが？

>>133
わかりにくいことはないけど、ちょっと古い

>>133
基本的なところを押さえるには良い本じゃないかと思う。

神出誠一郎君、ガキを前線で(ry

conselについて質問。
treeassを実行するとcpu使用率がmaxになって、
数時間経っても完了しません。
誰か原因等わかる方いらっしゃいませんか？
Windows XPで、ｺﾏﾝﾄﾞconselまでは問題なく進みます。

レスないので一度上げさせてもらいます

treeasてそもそも何するもん？

http://wpedia.goo.ne.jp/wiki/%E3%83%9E%E3%83%AB%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%83%BB%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%83%E3%82%AC%E3%83%BC/?from=websearch

>>136
別館と本館、本館は脱落傾向

>>136
悪質性が際立つ

LTD

avenger

分子系統解析のハイパー初心者です。申し訳ありませんが、
どなたかコメントお願いします。

取り合えずNJ、Juke-Kanton(?スペル間違ってるかもしれません）で16S
rRNA遺伝子の系統樹を書きたいのです。現在、以下の方法でやってます。

1. 自分のOTUにOut Groupを加えてFASTAでセーブし、GreengenesのAligner
で近縁種とアライメントしてもらって、その結果ファイルをMEGAで開いて
アライメントをマニュアルで修正した後、同じくMEGAで系統樹を書いてい
ます。

2.同じくFASTAのファイルを、SILVAのAlignerで近縁種とアライメントして
もらって、その結果ファイルをARBで開いてアライメントをマニュアルで
修正した後、同じくARBで系統樹を書いています。ただ、ARBは色々とエラー
なりも出るし、まったく使いこなせている自信がありません。Macにインス
トールするのにも四苦八苦でした。

で、本当に馬鹿な質問で申し訳ないのですが、アライメントを修正したら
Boot strapの値が良くなってもっともらしい系統樹が描けるのですが、どう
しても上手くアライメント出来てくれないOTUもあります。自分のOTUの数は
58とアホな私にはちょっと多すぎる（皆様にとっては余裕と思うのですが）
ような気がするのですが、皆さんはこのような場合どうされるのですか。

本当にど素人で申し訳ありません。

アラインメントがうまくいかないということはそのサイトの相同性が怪しいということなので、無理に手を加えて信頼性を上げるのはよくないと思います。
むしろそういうサイトは使わずに解析から削ってしまうのが一般的ではないでしょうか。
相同性の怪しいサイトを削れば塩基対数は少なくなって、系統的に有用な情報が減るのでブートストラップ値は下がります。
各ブランチの信頼性がより高い系統樹を得ようとする場合は、解析に使う領域を増やすしかありません。

>146
レス有難うございます。おっしゃられた通りにやってみます。

分類って面白かった。
アフリカ調査がさいこうに楽しかった。
もっとフィールドに行きたかったよ。
自分の時代は分子系統樹のハシリで、実験に時間をとられたなあ。
実験なんかより、外に出て、もっと植物みてたら、いまも研究者でいられたとおもう。
まあ、分子生物学の知識とフィールドで培った英会話力は、転職先で役にたってるけど。。
老後は、アフリカで分類やろうっかなー

分類こそが本来生物学の本流だとおもう

ホモ・サピエンスは魚類ですよね？

脊索動物門 脊椎動物亜門 顎口上網 肉鰭網 肺魚亜網 四肢動物下網
哺乳上目 霊長目 真猿亜目 狭鼻下目 ヒト上科 ヒト科 ヒト亜科
ヒト属 ホモ・サピエンス

>>150
あなたが系統学を学問としてではなくてトリビア的に楽しむならそういう言い方も問題ないと思う。
でも「ヒトは魚類」は間違い。
「一部の魚（シーラカンスや肺魚等の肉鰭類）は他の魚類よりヒトと系統的に近縁」が正しいれす。

>>150
　　　　　　「　網（あみ）　」　　　って

　　　書　い　て　い　る　の　は　　　釣り　　　かよ＾＾

魚だしな

>>149
賛成

mega使っているモノです。。。
MP法のbootstrap検定つきで系統樹作ると、original treeとBootstrap consensus treeのふたつができると思うのですが、このoriginal treeって何ですか？
consensus treeとはどう違うのでしょうか？