遺伝子解析ソフト教えて
1 ：名無しゲノムのクローンさん：
良い解析ソフトはどれですか？
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2 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 19:23
良い＝安い
BioEdit これ最強
BioEdit これ最強
3 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 20:00
Gene Works for Mac
4 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 20:22
windowsでいけてるのはどれですか？
5 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 00:03
いけてるかどうかはともかく、BioEdit は windows 用のフリーのソフトウェア。
動作環境と大体の値段も書いて行きましょう。
むしろ Macintosh でフリーのものはありますか？
動作環境と大体の値段も書いて行きましょう。
むしろ Macintosh でフリーのものはありますか？
6 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 00:56
geneticsってどう？誰か使ってるひとおすえて。
7 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 01:04
8 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 02:17
>>7
ありがとう。
ありがとう。
9 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 04:25
10 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 13:02
ジェネティクス？べつに～なソフト。
でも使いこなしてる人は「重宝する」とも。
でも使いこなしてる人は「重宝する」とも。
11 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/23 17:20
Genetyx ですよね？
ドングルだのプロテクトだのが一切ついていないすがすがしいパッケージ。
アップデートもけっこう頻回に出ている。
Mac版の古いのしか使ったことないが、使い勝手もまあいいと思う。
シークエンスの波形表示などはできなかったが。
ラボで買ってよい解析ソフトを推薦できる機会があったら推したい。
ドングルだのプロテクトだのが一切ついていないすがすがしいパッケージ。
アップデートもけっこう頻回に出ている。
Mac版の古いのしか使ったことないが、使い勝手もまあいいと思う。
シークエンスの波形表示などはできなかったが。
ラボで買ってよい解析ソフトを推薦できる機会があったら推したい。
12 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/24 00:24
BioEdit について その１
ABI310などの波形データは、ﾞ.abiﾞ（またはﾞ.ab1ﾞ）という拡張子をつけてやることで、
BioEditに関連付けされてダブルクリックで開くことができるようになる。
（3100のようにwindows制御のシークエンサーのデータは最初からﾞ.ab1ﾞが付いている）
ただし、すでにBioEditが起動している場合でも別のプロセスで起動してしまうので、
BioEditが起動している状態ではFileメニューから開いた方がよい。
ABI310などの波形データは、ﾞ.abiﾞ（またはﾞ.ab1ﾞ）という拡張子をつけてやることで、
BioEditに関連付けされてダブルクリックで開くことができるようになる。
（3100のようにwindows制御のシークエンサーのデータは最初からﾞ.ab1ﾞが付いている）
ただし、すでにBioEditが起動している場合でも別のプロセスで起動してしまうので、
BioEditが起動している状態ではFileメニューから開いた方がよい。
13 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/25 00:57
BioEdit について その２
FASTA形式のテキストファイルは、ﾞ.fasﾞ, ﾞ.fstﾞ, ﾞ.fsaﾞなどの拡張子をつけることでBioEditに関連付けされる。
FASTA形式は、１行目先頭に ﾞ>ﾞ に続いて配列の名称があり、２行目以降には一文字表記の塩基配列またはアミノ酸配列が存在する形式。
ﾞ>ﾞ で始まる行が現れたところからまた新しい名称・配列の対が始まると解釈されるので、複数の配列を一つのテキストファイルに納めることができる。
FASTA形式のテキストファイルは、ﾞ.fasﾞ, ﾞ.fstﾞ, ﾞ.fsaﾞなどの拡張子をつけることでBioEditに関連付けされる。
FASTA形式は、１行目先頭に ﾞ>ﾞ に続いて配列の名称があり、２行目以降には一文字表記の塩基配列またはアミノ酸配列が存在する形式。
ﾞ>ﾞ で始まる行が現れたところからまた新しい名称・配列の対が始まると解釈されるので、複数の配列を一つのテキストファイルに納めることができる。
14 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/26 00:52
BioEdit について その３
GenBankのflat file形式のテキストファイルも、ﾞ.gbﾞ, ﾞ.gbkﾞ, ﾞ.gnkﾞなどの拡張子でBioEditに関連付けされ、付加情報とともに配列を取り込むことができる。
NCBIのサイトでまとめてダウンロードしてきたような、複数のエントリーが一つに収まったファイルでも開くことができる。
flat file形式のサンプルファイルは、BioEditのアプリケーションのあるフォルダにもインストール時に収められている。
GenBankのflat file形式のテキストファイルも、ﾞ.gbﾞ, ﾞ.gbkﾞ, ﾞ.gnkﾞなどの拡張子でBioEditに関連付けされ、付加情報とともに配列を取り込むことができる。
NCBIのサイトでまとめてダウンロードしてきたような、複数のエントリーが一つに収まったファイルでも開くことができる。
flat file形式のサンプルファイルは、BioEditのアプリケーションのあるフォルダにもインストール時に収められている。
15 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/26 22:57
Genetyx,バージョンアップするってんで買ったけど予定の１２月
をすぎてもまだ新しいのが届かない。どーなってるんだ？
をすぎてもまだ新しいのが届かない。どーなってるんだ？
16 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/26 23:00
Genetyxいくらするの？
17 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/26 23:08
今時ウェブで何でもできるのに、いったいソフトなんて買って何に使うんだ？
18 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/26 23:09
よんじゅ～まん
19 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 01:14
BioEdit について その４
波形データ、FASTA形式の配列、GenBank flat file形式のファイルなど、BioEditが対応した形式のファイルであれば、拡張子を変更しなくても自動判定して開くことができる。
SendToフォルダにBioEditのショートカットを作り、「送る」メニューから開けるようにしておくと便利。
波形データ、FASTA形式の配列、GenBank flat file形式のファイルなど、BioEditが対応した形式のファイルであれば、拡張子を変更しなくても自動判定して開くことができる。
SendToフォルダにBioEditのショートカットを作り、「送る」メニューから開けるようにしておくと便利。
20 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 19:33
・回線の品質に問題があるとき
・そもそもネット接続されていないとき
・packet moniteringされたくないとき
・そもそもネット接続されていないとき
・packet moniteringされたくないとき
21 ： ：03/01/27 19:51
22 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/27 22:45
アミノ酸配列をアラインメントしたフィグをプレゼンで使いたいんですけど、
なんかいいソフトないですか？
ジェネマックのPICTファイルじゃ、ホモロジーのある所に赤い囲い線が入ってしまいます。
アスタリスクあたりがいいんですが、なんか方法ないですか？
なんかいいソフトないですか？
ジェネマックのPICTファイルじゃ、ホモロジーのある所に赤い囲い線が入ってしまいます。
アスタリスクあたりがいいんですが、なんか方法ないですか？
23 ：未熟者：03/01/27 23:34
私なら，clustalxでアライメントをかけ，その結果ファイルを使います．
もしくは，GeneDocというソフトでアライメントファイルをインポートして，形成するという方法もありますね．
こんなぐらいでしょうか．．ClustalXも，GenoDocも共にFreeのソフトですので，おためしあれ．．
もしくは，GeneDocというソフトでアライメントファイルをインポートして，形成するという方法もありますね．
こんなぐらいでしょうか．．ClustalXも，GenoDocも共にFreeのソフトですので，おためしあれ．．
24 ：>>2：03/01/28 00:29
GENETYXでもアスタリスクで出来るよ
Make TEXT Documentしる
Make TEXT Documentしる
25 ：24：03/01/28 00:30
26 ：22：03/01/28 02:51
27 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/28 15:34
>22
Mac なら YooEdit を使って等幅フォントで表示。
あと GeneDoc は windows 用ではないでしょうか。
clustalx は MacPPC 版もあります。
Mac なら YooEdit を使って等幅フォントで表示。
あと GeneDoc は windows 用ではないでしょうか。
clustalx は MacPPC 版もあります。
28 ：vvv：03/01/28 16:07
http://jsweb.muvc.net/index.html
★お気に入りに追加してしまったアドレス★
★お気に入りに追加してしまったアドレス★
29 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/28 23:48
BioEdit について その５
メニュー項目には、キーボードショートカットを自由に割り当てることができる。
ﾞView (左から5番目)ﾞ - ﾞCustomize Menu Sortcuts (下から2番目)ﾞ で設定を行う。
ただし開いているウインドウによってはメニューの順番が変わっているので注意。
ﾞReverse Complementﾞ, ﾞRestriction Mapﾞ などはよく使う項目であるにも関わらず
メニュー階層が深く見つかりにくい位置にあるので、それぞれ Ctrl-R, Ctrl-M で
実行できるようにしている。
メニュー項目には、キーボードショートカットを自由に割り当てることができる。
ﾞView (左から5番目)ﾞ - ﾞCustomize Menu Sortcuts (下から2番目)ﾞ で設定を行う。
ただし開いているウインドウによってはメニューの順番が変わっているので注意。
ﾞReverse Complementﾞ, ﾞRestriction Mapﾞ などはよく使う項目であるにも関わらず
メニュー階層が深く見つかりにくい位置にあるので、それぞれ Ctrl-R, Ctrl-M で
実行できるようにしている。
30 ：24：03/01/28 23:51
31 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/29 02:48
GneDocもwindows用のフリーウェアですね。
MacならMacBoxShadeがとてもよい。
windows用のBoxShadeはコマンドライン操作なので面倒。
MacならMacBoxShadeがとてもよい。
windows用のBoxShadeはコマンドライン操作なので面倒。
32 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/30 01:50
BioEdit について その６
現在の最新のものは、2001年に出たver.5.0.9。
C:\BioEdit\ 以下にインストールされる。
clustalw, TreeView なども同梱されており、BioEditから呼び出して実行できる。
ただしTreeViewはZIPアーカイブの形で収められており、別途インストールが必要。
C:\Program Files\Rod Page\TreeView\ 以下にインストールされるので、BioEditの
Accesory Applicationのメニューから追加の設定を行う。
現在の最新のものは、2001年に出たver.5.0.9。
C:\BioEdit\ 以下にインストールされる。
clustalw, TreeView なども同梱されており、BioEditから呼び出して実行できる。
ただしTreeViewはZIPアーカイブの形で収められており、別途インストールが必要。
C:\Program Files\Rod Page\TreeView\ 以下にインストールされるので、BioEditの
Accesory Applicationのメニューから追加の設定を行う。
33 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/01 00:20
BioEdit について その７
制限酵素マップの作成に使う酵素の一覧は、C:\BioEdit\tables\enzyme.tab というファイルから読み込まれる。
http://rebase.neb.com/ からダウンロードしてきた最新のファイルを使うこともできる。
（GCG, SEQTools, GeneDoc, BioEdit 対応のもの）
テキストエディタで開いて、同じような形式のファイルであることを確認し、上記のファイル名に移動して使う。
制限酵素マップの作成に使う酵素の一覧は、C:\BioEdit\tables\enzyme.tab というファイルから読み込まれる。
http://rebase.neb.com/ からダウンロードしてきた最新のファイルを使うこともできる。
（GCG, SEQTools, GeneDoc, BioEdit 対応のもの）
テキストエディタで開いて、同じような形式のファイルであることを確認し、上記のファイル名に移動して使う。
34 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/06 00:30
もう終わり・・・？
もっと知りたいです！
もっと知りたいです！
35 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/06 03:26
>>29
Ctrl-R は最初の設定で Revert to saved か何かに割り当てられているのを先に解除しないといけないね。
ScionImage の沈んでいるスレでも誰かこういうの解説してほしい。
Ctrl-R は最初の設定で Revert to saved か何かに割り当てられているのを先に解除しないといけないね。
ScionImage の沈んでいるスレでも誰かこういうの解説してほしい。
36 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/07 00:31
BioEdit について その８
C:\BioEdit\tables\enzyme.tab を編集することで、あるセットの制限酵素（例えば現在ラボで使用しているもの）をプルダウンメニューから一度に選択できる。
（ただし間違った形式で保存すると、Restriction Map をメニューから選んでもエラーで開けなくなるので、enzyme.tab.bak などの別名でコピーを取って置く）
ファイルの始めの方に
REBASE codes for commercial sources of enzymes
とある行以下から、アルファベット1文字とメーカー名が一行ごとに並んでいる。
そのうちの最後の行を複製して、アルファベットを Z に、メーカー名のところには User defined など適当な説明を書く。
その下には、一つの制限酵素について一行ごとに情報が記された部分があり、行の最後は
>AEGIKMNOR
などのようになっているので、選択したい制限酵素の行の最後に、先程の Z の文字を追加していく。
このファイルを上記の enzyme.tab として保存した状態で、メニューから ﾞSequenceﾞ - ﾞNucleic Acidﾞ - ﾞRestriction Mapﾞ を選ぶ。
ﾞManufacturerﾞ というプルダウンメニューから、先程選んだ制限酵素のセットを選択できるはず。
C:\BioEdit\tables\enzyme.tab を編集することで、あるセットの制限酵素（例えば現在ラボで使用しているもの）をプルダウンメニューから一度に選択できる。
（ただし間違った形式で保存すると、Restriction Map をメニューから選んでもエラーで開けなくなるので、enzyme.tab.bak などの別名でコピーを取って置く）
ファイルの始めの方に
REBASE codes for commercial sources of enzymes
とある行以下から、アルファベット1文字とメーカー名が一行ごとに並んでいる。
そのうちの最後の行を複製して、アルファベットを Z に、メーカー名のところには User defined など適当な説明を書く。
その下には、一つの制限酵素について一行ごとに情報が記された部分があり、行の最後は
>AEGIKMNOR
などのようになっているので、選択したい制限酵素の行の最後に、先程の Z の文字を追加していく。
このファイルを上記の enzyme.tab として保存した状態で、メニューから ﾞSequenceﾞ - ﾞNucleic Acidﾞ - ﾞRestriction Mapﾞ を選ぶ。
ﾞManufacturerﾞ というプルダウンメニューから、先程選んだ制限酵素のセットを選択できるはず。
37 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 23:52
というか、BioEditって基本的な使い方すらわからない・・・
何個かのシークエンスのデータを並べて比較するのってどうやるの？
何個かのシークエンスのデータを並べて比較するのってどうやるの？
38 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 05:11
FASTA 形式で保存したテキストファイルを、BioEdit のメニューから開いて見るのが手っ取り早いと思うよ。
BioEdit を使おうとしてるってことは当然 Windows だと思うけれど、テキストエディタは何か使ってる？
BioEdit を使おうとしてるってことは当然 Windows だと思うけれど、テキストエディタは何か使ってる？
39 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 07:29
Mac版のDNASISを使ってるんだが
アホすぎて困ってます
feature tableと配列本体がリンクしてないので
部分配列の切り出しは手でやらないといけない
特定のサイトへのジャンプも番号を手で入力しないといけない
ここで話題のBioEditって
feature keyをクリックすると配列本体から自動で部分配列を切り出してくれたり
そこへ自動でジャンプしてくれるような機能はあるんですか？
アホすぎて困ってます
feature tableと配列本体がリンクしてないので
部分配列の切り出しは手でやらないといけない
特定のサイトへのジャンプも番号を手で入力しないといけない
ここで話題のBioEditって
feature keyをクリックすると配列本体から自動で部分配列を切り出してくれたり
そこへ自動でジャンプしてくれるような機能はあるんですか？
40 ：39：03/02/10 07:47
ついでにもうひとつ
配列本体をエディットしてfeatureの位置がずれたら
feature keyも自動でずれてくれるような機能は付いてるんでしょうか
配列本体をエディットしてfeatureの位置がずれたら
feature keyも自動でずれてくれるような機能は付いてるんでしょうか
41 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 09:26
>39,40
残念ながら、GenBank/GenPept 形式のファイルの入出力は備えているものの、配列以外の情報は単なるテキストとして閲覧できるだけだと思います。
無料というのが最大の長所です。
clustalw の GUI 版に、配列の変換や制限酵素地図などの機能が追加されたぐらいのソフトです。
（自分の使い道はその程度ということで、使いこなせばまだいろいろあるとは思うのですが）
残念ながら、GenBank/GenPept 形式のファイルの入出力は備えているものの、配列以外の情報は単なるテキストとして閲覧できるだけだと思います。
無料というのが最大の長所です。
clustalw の GUI 版に、配列の変換や制限酵素地図などの機能が追加されたぐらいのソフトです。
（自分の使い道はその程度ということで、使いこなせばまだいろいろあるとは思うのですが）
>>38
秀丸を使っています。
秀丸を使っています。
43 ：39：03/02/13 06:52
すいません
あらためておたづねします
基本編集機能が優れているソフト
教えて下さい
feature key と配列本体がばっちりリンクしてるやつ
あらためておたづねします
基本編集機能が優れているソフト
教えて下さい
feature key と配列本体がばっちりリンクしてるやつ
44 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/14 18:43
それほど feature key に基づいた Edit が必要な用途って、例えばどういうのでしょうか。
mRNA のエントリーに dbSNP へのリンクがある場合に、SNP の位置を配列上で一覧にしてくれるようなのは便利かなと自分では思うのですが。
mRNA のエントリーに dbSNP へのリンクがある場合に、SNP の位置を配列上で一覧にしてくれるようなのは便利かなと自分では思うのですが。
45 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/14 22:00
46 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 10:25
↑ デモ版とかありますか？
47 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 13:08
BioEditでClustalWしようとしても、
エラーがでてAlignmentできないんだけど、
なんで？
エラーがでてAlignmentできないんだけど、
なんで？
48 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 13:22
BioEditの中の人が疲れてるんじゃないの。少し休ませてやれ。
49 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 15:31
50 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 16:12
俺、遺伝子関係の仕事してんだけど、仕事上必要なものは全てＮＡＳＡから買ってるよ
51 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 17:31
BioEditってどこでＤＬすればいいんですか？
知っていたら是非！
あほな質問でスマソ
知っていたら是非！
あほな質問でスマソ
52 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 19:24
>51
BioEdit PaperWorks でググってみれ
BioEdit PaperWorks でググってみれ
53 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 22:27
>>48
休ませたけどダメでした。
ClustalWを動かすと、
There was an error runnning Clustal
Apparently, not all of the output sequences were created
とでます。
同じような症状の人いませんか？
休ませたけどダメでした。
ClustalWを動かすと、
There was an error runnning Clustal
Apparently, not all of the output sequences were created
とでます。
同じような症状の人いませんか？
54 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 22:40
フォーマットエラー
55 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/15 23:59
>53
BioEdit のインストールし直しはどう？
それでもだめなら Windows から再インストール。
というのは現実的でないにしても、clustal だけ使いたいなら clustalx for win32 でも結構いいんでは。
あと DDBJ とかの web 版でも。
BioEdit のインストールし直しはどう？
それでもだめなら Windows から再インストール。
というのは現実的でないにしても、clustal だけ使いたいなら clustalx for win32 でも結構いいんでは。
あと DDBJ とかの web 版でも。
56 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 23:58
なるほど、DDBJのWebでアライメントした後に、
.alnファイルで落としてBioEditで読めますね。
この方針でいこうかと思います。
.alnファイルで落としてBioEditで読めますね。
この方針でいこうかと思います。
57 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/18 03:14
もうWebクライアントに方針を切り替えてしまったかもしれないけど、コマンドプロンプトからclustalw動かしてもだめ？
58 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/18 20:41
↑ん、どゆこと？
BioEditとは別に、ということ？
BioEditとは別に、ということ？
59 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/18 20:57
>>53
WinXPでBioEditからClustalWをうごかすと、この症状の出る場合があります
ClustalW本家のサイトから、最新版のWin用ClustalWをダウンロードして
BioEditフォルダ内部のClustalWの実行形式ファイルと差し替えて下さい。
また、そのフォルダからじかにClustalWをダブルクリックして
起動したときに、エラーが出ないかどうか確認して下さい。
これで無事に動くようならば問題無くBioEditからでも起動できます
が、DOSアプリケーション終了時にウィンドウをひらいたままにするか
どうか、メモリを解放するかどうかなどといった設定を
プロパティーの詳細のところで微調整する必要があるかもしれません。
選択肢の組み合わせが何通りもあるわけではないので、試行錯誤で
挑んでください。
WinXPでBioEditからClustalWをうごかすと、この症状の出る場合があります
ClustalW本家のサイトから、最新版のWin用ClustalWをダウンロードして
BioEditフォルダ内部のClustalWの実行形式ファイルと差し替えて下さい。
また、そのフォルダからじかにClustalWをダブルクリックして
起動したときに、エラーが出ないかどうか確認して下さい。
これで無事に動くようならば問題無くBioEditからでも起動できます
が、DOSアプリケーション終了時にウィンドウをひらいたままにするか
どうか、メモリを解放するかどうかなどといった設定を
プロパティーの詳細のところで微調整する必要があるかもしれません。
選択肢の組み合わせが何通りもあるわけではないので、試行錯誤で
挑んでください。
60 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/19 00:50
うちのラボでは大半がBioEditを使ってます。
で、今度、GENETYXを買う予定なんだけど、
BioEditと比べてGENETYXが優れている点ってどんなところ？
また逆に、BioEditの方が使い勝手がいい点ってある？
で、今度、GENETYXを買う予定なんだけど、
BioEditと比べてGENETYXが優れている点ってどんなところ？
また逆に、BioEditの方が使い勝手がいい点ってある？
61 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/19 02:44
＞ うちのラボでは大半がBioEdit
ということはWindows版？
ということはWindows版？
62 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/19 22:29
63 ：PCRをはじめたい：03/02/20 13:19
初歩的な質問でごめんなさい。
GenBank上で目的の遺伝子を探し出せて保存したい場合、単純にhtml形式で
保存するしか方法をしらないのですが、この方法ではそれをtxt形式にしても
BioEditは塩基配列として読み込んでくれません。どうしたら、BioEditが
気に入るような形式で保存できますか？
GenBank上で目的の遺伝子を探し出せて保存したい場合、単純にhtml形式で
保存するしか方法をしらないのですが、この方法ではそれをtxt形式にしても
BioEditは塩基配列として読み込んでくれません。どうしたら、BioEditが
気に入るような形式で保存できますか？
64 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/20 20:58
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
のGenBank検索ページの場合、ﾞSend toﾞ（ボタン）ﾞFileﾞ（プルダウンメニュー）にしてファイルを保存。
ﾞなんとか.cgiﾞ というファイル名の最後のところを、ﾞ.gnkﾞ とかに変える。
のGenBank検索ページの場合、ﾞSend toﾞ（ボタン）ﾞFileﾞ（プルダウンメニュー）にしてファイルを保存。
ﾞなんとか.cgiﾞ というファイル名の最後のところを、ﾞ.gnkﾞ とかに変える。
65 ：PCRをはじめたい：03/02/21 08:27
>ﾞSend toﾞ（ボタン）ﾞFileﾞ（プルダウンメニュー）にしてファイルを保存。
ﾞなんとか.cgiﾞ というファイル名の最後のところを、ﾞ.gnkﾞ とかに変える。
...send toを押せばいいんですね。IE６のfileの保存のところばかり押して
ました。ありがとうございました。
ﾞなんとか.cgiﾞ というファイル名の最後のところを、ﾞ.gnkﾞ とかに変える。
...send toを押せばいいんですね。IE６のfileの保存のところばかり押して
ました。ありがとうございました。
66 ：PCRをはじめたい：03/02/21 19:29
ここではスレ違いかもしれませんが、教えていただいたので...
おかげさまで少しづつbioEditを使えるようになりましたが、また、困って
います。たくさんの遺伝子が入っているシーケンスがあり、その中の遺伝子を
pick upしたいのです。今はCDSでタグをつけてfeature editでCDSをえっちら
選んで何が入っているかみて、目的の遺伝子があったら番号をノートに書き写
して、それから目的の遺伝子の塩基配列を抜き出しています。質問は
１．目的の遺伝子がはいっているCDSを検索するには、もしくは目的の遺伝子
が何番のCDSか、簡単に分かる方法はないでしょうか？
２．何番のCDSか分かったとして、番号をいちいちノートに書き写さないで
その遺伝子の塩基配列をとりだせないでしょうか？
対象のシーケンスはgenBankからのデータなんですが..
おかげさまで少しづつbioEditを使えるようになりましたが、また、困って
います。たくさんの遺伝子が入っているシーケンスがあり、その中の遺伝子を
pick upしたいのです。今はCDSでタグをつけてfeature editでCDSをえっちら
選んで何が入っているかみて、目的の遺伝子があったら番号をノートに書き写
して、それから目的の遺伝子の塩基配列を抜き出しています。質問は
１．目的の遺伝子がはいっているCDSを検索するには、もしくは目的の遺伝子
が何番のCDSか、簡単に分かる方法はないでしょうか？
２．何番のCDSか分かったとして、番号をいちいちノートに書き写さないで
その遺伝子の塩基配列をとりだせないでしょうか？
対象のシーケンスはgenBankからのデータなんですが..
67 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/23 03:56
>66
たとえばYEASTのCOSMIDクローン配列なんかダウンロードすると
そういうふうになりますね、確かに。
俺も似たような方法でえっちらえっちらやっております。
でもCDSを手作業で探すのはめんどくさいので、
遺伝子配列そのものを、NCBIのtranslated blastにいきなり投げ
てしまって、ORFが何残基かのおおよその値をつかんでおいて、
もっと短い複数ファイルにCDSに対応付けて保存しなおしてます。
たとえばYEASTのCOSMIDクローン配列なんかダウンロードすると
そういうふうになりますね、確かに。
俺も似たような方法でえっちらえっちらやっております。
でもCDSを手作業で探すのはめんどくさいので、
遺伝子配列そのものを、NCBIのtranslated blastにいきなり投げ
てしまって、ORFが何残基かのおおよその値をつかんでおいて、
もっと短い複数ファイルにCDSに対応付けて保存しなおしてます。
68 ：PCRをはじめたい：03/02/23 10:10
お返事ありがとうございます。
BioEditだけでは難しいという事ですね。私の場合は、GREP＋EXCELで
geneの名前と何番目かのCDSかを対応させる表を毎回作っていて、面倒
だなぁと思っていました。教えていただいた方法も試してみます。
ありがとうございました。
BioEditだけでは難しいという事ですね。私の場合は、GREP＋EXCELで
geneの名前と何番目かのCDSかを対応させる表を毎回作っていて、面倒
だなぁと思っていました。教えていただいた方法も試してみます。
ありがとうございました。
69 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/23 10:17
70 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/27 03:18
ある部分配列が、全長の配列の中で何番から何番までの位置に相当するか調べたいとき、みなさんどうしてます？
71 ：PCRをはじめたい：03/02/27 08:22
>70
例えば、primerがどの辺の部分とくっつくかとかですか？
BioEditで分かりますが．．．質問の意味が違うのかしらん．．
例えば、primerがどの辺の部分とくっつくかとかですか？
BioEditで分かりますが．．．質問の意味が違うのかしらん．．
72 ：bloom：03/02/27 08:38
73 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/27 20:56
Macvectorなんかもいいソフトだよね。
まあオレが一番好きなのはGeneWorksなんだけど。
まあオレが一番好きなのはGeneWorksなんだけど。
74 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/28 03:03
>71
いやそんな感じ。
例えば5'ncsからの番号が振ってある配列で、coding sequenceの何番目にあたるか知りたい時など、
その配列を開く→部分配列を検索→番号を見る→ATGの位置を引き算
とかみんなやってる？
いやそんな感じ。
例えば5'ncsからの番号が振ってある配列で、coding sequenceの何番目にあたるか知りたい時など、
その配列を開く→部分配列を検索→番号を見る→ATGの位置を引き算
とかみんなやってる？
厨房質問で申し訳ないのだが、multiplex条件でprimerを検索する
良いソフトの情報キボンヌです。
やりたい事は80mer程度のロングオリゴを貼り付けたマイクロアレイ
制作なのだが、primer3は36merまでしか対応していないらしい。
またPREMIER のArrayDesignerは25merまでの対応らしく（demo版の
感触）終了。。。仕方なくOligoで12本ずつMultiplex条件でシコシコ
やってますが我ながらドキュソだなぁと感じてますです。
情報キボンヌ！！！
良いソフトの情報キボンヌです。
やりたい事は80mer程度のロングオリゴを貼り付けたマイクロアレイ
制作なのだが、primer3は36merまでしか対応していないらしい。
またPREMIER のArrayDesignerは25merまでの対応らしく（demo版の
感触）終了。。。仕方なくOligoで12本ずつMultiplex条件でシコシコ
やってますが我ながらドキュソだなぁと感じてますです。
情報キボンヌ！！！
76 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/03 13:44
教えて下さい
キャピラリー電気泳動にABI300を使っています
付属PCはマッキントッシュです
当方はWinXPを使っています
シークエンス解析にはBioEditを使い始めました
これはこれで問題なく出来ています
そこで質問です
GeneScanのように、いわゆる核酸の電気泳動を行って
バンドのピークを見るようにするにはBioEditでどのようにすればよいか、
あるいは他のツールが必要なのか、教えて下さい
出来ればフリーウェアのものがあると良いのですが
キャピラリー電気泳動にABI300を使っています
付属PCはマッキントッシュです
当方はWinXPを使っています
シークエンス解析にはBioEditを使い始めました
これはこれで問題なく出来ています
そこで質問です
GeneScanのように、いわゆる核酸の電気泳動を行って
バンドのピークを見るようにするにはBioEditでどのようにすればよいか、
あるいは他のツールが必要なのか、教えて下さい
出来ればフリーウェアのものがあると良いのですが
77 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/03 19:03
ABIのソフトってやっぱり個別に買おうとすると高いんでしょうか？
78 ：PCRをはじめたい：03/03/04 08:18
>核酸の電気泳動を行ってバンドのピークを見るようにする
例えば、制限酵素で切ったりPCRをかけたりしてどこの位置にバンドが
くるのかを知りたいという事なのでしょうか？？．．．全然違います？？
例えば、制限酵素で切ったりPCRをかけたりしてどこの位置にバンドが
くるのかを知りたいという事なのでしょうか？？．．．全然違います？？
79 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/04 10:41
> 例えば、制限酵素で切ったりPCRをかけたりしてどこの位置にバンドが
> くるのかを知りたいという事なのでしょうか？？．．．全然違います？？
まさにそんな感じです。
> くるのかを知りたいという事なのでしょうか？？．．．全然違います？？
まさにそんな感じです。
80 ：PCRをはじめたい：03/03/04 12:35
>まさにそんな感じです
そしたら、bioEditで大丈夫です。もっともsearchで検索して番号を控えて引き算
する方法しか知りませんが．．。PCRの時は、reverseのprimerはsequence→New
sequenceでprimerの配列を入力してsequence→nucleic acid→reverse
complemetで変化した配列をsarchすればいいかと．．．間違っていたらごめん
なさい。
そしたら、bioEditで大丈夫です。もっともsearchで検索して番号を控えて引き算
する方法しか知りませんが．．。PCRの時は、reverseのprimerはsequence→New
sequenceでprimerの配列を入力してsequence→nucleic acid→reverse
complemetで変化した配列をsarchすればいいかと．．．間違っていたらごめん
なさい。
（＾＾）
（＾＾）
83 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/16 23:53
MacPerlでなんとかしたい
（＾＾）
85 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 01:28
誰かblast executableのMacintosh版の使い方を教えてください。
＿＿＿＿_＿
／＿ |
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||| (5 > |
| | | ┏━┓| ／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
| | | | ┃─┃| ＜ こんなサイトを見つけた
|| | | | ＼ ┃ ┃/ ＼ 正直、スマンカッタ
| || | | ￣ ＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿
http://freeweb2.kakiko.com/mona/
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87 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/19 02:57
>>85
お、おれも知りたい。ダウンロードしたのは良いのだけど。。。
お、おれも知りたい。ダウンロードしたのは良いのだけど。。。
88 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/19 07:10
bl2seqだけは使えている。
formatdbが分かれば後のも使えると思うのだけれど・・・
formatdbが分かれば後のも使えると思うのだけれど・・・
∧＿∧
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
90 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 21:24
>85
Macintoshの改行コードにしましたか？
Macintoshの改行コードにしましたか？
∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
＝ ◎――◎ 山崎渉
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
＝ ◎――◎ 山崎渉
92 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/05 15:04
ながーい塩基配列から、トランスポゾン特有の繰り返し配列
とかを探すソフトってありまふか？
とかを探すソフトってありまふか？
93 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 23:40
http://www.asahi.com/science/update/0616/003.html
ライオンが毛胞細胞発現に関わる因子とその効果薬剤発見したと。
薬剤の効果はvivoで確認したのかなあ？
なんて思ったりした。毛○力売れてなさそうだし
ライオンが毛胞細胞発現に関わる因子とその効果薬剤発見したと。
薬剤の効果はvivoで確認したのかなあ？
なんて思ったりした。毛○力売れてなさそうだし
94 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/17 00:36
__∧＿∧_
|（ ＾＾ ）| ＜寝るぽ（＾＾）
|＼⌒⌒⌒＼
＼ |⌒⌒⌒~| 山崎渉
~￣￣￣￣
96 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 08:59
>>94
MacOSXでblast使えるようになりました！
MacOSXでblast使えるようになりました！
97 ：なまえをいれてください：03/07/24 16:20
ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
98 ：ぼるじょあ ◆yBEncckFOU ：03/08/02 03:21
∧＿∧ ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
(⌒V⌒)
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
100 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/12 19:21
100getヽ(´∀`)ﾉ
101 ：ミステリー板からきますた：03/12/21 20:54
Holmes, this is the gene.
∧＿∧
∧＿∧ （´<_｀ ） Ok. Watson. Click !
（ ´_ゝ`） / ⌒i
／ ＼ | |
/ /￣￣￣￣/ |
＿_(__ﾆつ/ DNA ./ | .|＿＿＿＿
＼/＿＿＿＿/ （u ⊃
It's, Crick, isn't it?
∧＿∧
∧＿∧ （<_｀ ; ） …That't it.…
（ ´_ゝ） / ⌒i
／ ＼ | |
/ /￣￣￣￣/ |
＿_(__ﾆつ/ DNA ./ | .|＿＿＿＿
＼/＿＿＿＿/ （u ⊃
102 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/12 21:36
ォッヶォッヶ♪(*￣∇￣)/
103 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 12:28
どこに書いたらいいのかわからないのでこちらで。
未知の遺伝子をクローニングした後にシークエンスしてみたのですが
BLASTｎにかけるとなんだかいーーぱい引っかかってきてよくわかりません。
電気泳動で大体の大きさが７００ｂｐというのはわかったのですが
これでさらに絞り込むことはできるのでしょうか？
未知の遺伝子をクローニングした後にシークエンスしてみたのですが
BLASTｎにかけるとなんだかいーーぱい引っかかってきてよくわかりません。
電気泳動で大体の大きさが７００ｂｐというのはわかったのですが
これでさらに絞り込むことはできるのでしょうか？
104 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 13:01
>>103
その未知の遺伝子は、遺伝子っていうくらいだからｃDNAですよね。
きちんと蛋白質をコードしていますか？
コードしていないならジャンクかまたはRNAレベルで機能する遺伝子
と思われます。これを解析するのはまるきり無駄か、逆にノーベル賞
ものの研究となるでしょう。（あなたが修士、博士課程で卒業を第一
に考えるなら、私は絶対にオススメしません。ギャンブルをかけるか
否かはあなたの自由ですけど…。）
コードしていて、且ついっぱい引っかかって、且つよくわからない
というのはあまり考えられません。
その未知の遺伝子は、遺伝子っていうくらいだからｃDNAですよね。
きちんと蛋白質をコードしていますか？
コードしていないならジャンクかまたはRNAレベルで機能する遺伝子
と思われます。これを解析するのはまるきり無駄か、逆にノーベル賞
ものの研究となるでしょう。（あなたが修士、博士課程で卒業を第一
に考えるなら、私は絶対にオススメしません。ギャンブルをかけるか
否かはあなたの自由ですけど…。）
コードしていて、且ついっぱい引っかかって、且つよくわからない
というのはあまり考えられません。
105 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 14:02
>104
ありがとうございます。ｃDNA です。蛋白をコードしていないと釣れてこないような系です。
いっぱいかかってくるというのは語弊があります。ある種の蛋白（４０００ｂｐ）がBLASTｎで引
っかかってきたのですが、７００ｂｐというものはかかってきません。結局全部見てみましたが
酵素が入った事はないので途中で切れるということも考えにくく未知なのかどうかも・・・。な
んでその蛋白の一部と相同性があるのかなど、もう少し調べてみます。
ありがとうございます。ｃDNA です。蛋白をコードしていないと釣れてこないような系です。
いっぱいかかってくるというのは語弊があります。ある種の蛋白（４０００ｂｐ）がBLASTｎで引
っかかってきたのですが、７００ｂｐというものはかかってきません。結局全部見てみましたが
酵素が入った事はないので途中で切れるということも考えにくく未知なのかどうかも・・・。な
んでその蛋白の一部と相同性があるのかなど、もう少し調べてみます。
106 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 16:02
そのcDNAが全長だと言う根拠を知りたい
107 ：１０５：04/07/14 17:23
途中で切れるような操作をしていないとおもったので。でもそういわれると
１）ｃDNA合成
２）リンカーライゲーション
３）レトロウイルスベクターへのライゲーション
４）哺乳類細胞への導入、クローニング
５）ゲノムDNA抽出
６）ベクタープライマーでPCR
７）シークエンス
以上がおよその概要ですが
途中の操作で切れるのでしょうか？
だんだんスレ違いに。スマソ
１）ｃDNA合成
２）リンカーライゲーション
３）レトロウイルスベクターへのライゲーション
４）哺乳類細胞への導入、クローニング
５）ゲノムDNA抽出
６）ベクタープライマーでPCR
７）シークエンス
以上がおよその概要ですが
途中の操作で切れるのでしょうか？
だんだんスレ違いに。スマソ
108 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 17:27
cDNA合成の段階で、へたくそがやると短いクローンばっかの
ライブラリになる。
ライブラリになる。
109 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 17:32
まあ結論としては、君の取ってきたcDNAは既知タンパクのファミリーの
一部分だと思われ。
ブラストでヒットした遺伝子の機能を調べて、興味外だったら捨てるのが
時間の無駄にならなくて良いんじゃない？
そこらへんは人によるけど、「よーし機能未知だからやるぞー！」とか言ってる
香具師の99％は時間を無駄にするな。
一部分だと思われ。
ブラストでヒットした遺伝子の機能を調べて、興味外だったら捨てるのが
時間の無駄にならなくて良いんじゃない？
そこらへんは人によるけど、「よーし機能未知だからやるぞー！」とか言ってる
香具師の99％は時間を無駄にするな。
110 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/14 17:51
＞１０８さん、１０９さん
そういえば結構４００～７００程度のものが半分ぐらい混じってます。
ｃDNAで失敗したのかぁ。
とりあえず既知として次に進みます。
ありがとうございました。
そういえば結構４００～７００程度のものが半分ぐらい混じってます。
ｃDNAで失敗したのかぁ。
とりあえず既知として次に進みます。
ありがとうございました。
111 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/15 16:41:14
clustalX で配列をロードしてアラインメントを取ろうとすると
"Error:Cannot open output file"
となってしまいます。何がいけないのでしょうか？
ちなみに配列はちゃんと読み込めています。
"Error:Cannot open output file"
となってしまいます。何がいけないのでしょうか？
ちなみに配列はちゃんと読み込めています。
112 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/19 04:17:28
113 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/24 17:32:12
なぜかまだ出てこないEMBOSS。
ttp://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/
ttp://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/
114 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/24 22:22:38
教えて
115 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/09 23:35:57
116 ：シャブリミナル効果：05/01/29 00:17:57
しゃぶりたくなるそうだ
117 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/29 00:55:28
じゃあオレその効果を発散してるってことかな？な？
118 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/30 03:14:49
119 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/30 03:25:00
有料の解析ソフトは何使ってる？
120 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/31 21:42:58
>>119
ゼブ島
ゼブ島
121 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/31 23:49:21
DNA spaceってどうよ
122 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/03 23:58:55
123 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/07 01:03:31
genotyper for macどなたか売って下さいませんか？
124 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/14 13:57:04
>>123
本体だけならあげるよ
本体だけならあげるよ
125 ：名無しゲノムのクローンさん：皇紀2665/04/01(金) 04:19:39
Macの古いDNAsisのファイルが読めるWindowsソフトって無いかな？
DNAsis現行版じゃないとだめかねぇ？
DNAsis現行版じゃないとだめかねぇ？
126 ：名無しゲノムのクローンさん：皇紀2665/04/01(金) 17:19:26
127 ：名無しゲノムのクローンさん：皇紀2665/04/01(金) 17:20:34
>>125
えっ、あのファイルはwin版のGenetixでもひらけるよんよん。
えっ、あのファイルはwin版のGenetixでもひらけるよんよん。
128 ：名無しゲノムのクローンさん：皇紀2665/04/01(金) 19:25:03
ｼｬｷｰﾝ
129 ：名無しゲノムのクローンさん：皇紀2665/04/01(金) 21:50:42
>>125
DNAsisなんて使ったことないけど…
WinのABI系ソフトで作られたデータをMacで扱ったり、
Winに戻して再度解析するときは
Sample File Mac to Win/Win to Mac が必要になる。
ttp://www.elimbio.com/Forms/ConvProg.sit
ただしこれは、Mac用のソフト。
これで解決するかどーかも、すまんがシラネ。
DNAsisなんて使ったことないけど…
WinのABI系ソフトで作られたデータをMacで扱ったり、
Winに戻して再度解析するときは
Sample File Mac to Win/Win to Mac が必要になる。
ttp://www.elimbio.com/Forms/ConvProg.sit
ただしこれは、Mac用のソフト。
これで解決するかどーかも、すまんがシラネ。
130 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/04/09(土) 20:39:51
ｼｬｷｰﾝ age
131 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/04/17(日) 05:03:21
phred phrap 使いたいんだけどどうＬｉｎｕｘにインストールすればいいか教えてください。
132 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/04/17(日) 20:10:49
その前にPhil Greenにおてまみ書きまつたか？
133 ：wind：2005/05/10(火) 18:36:06
ABIが、シークエンサーをWindowsベースにしたため、買おうとして色々と問題が発生。
今まではマックでした。
最近問題になっているのは、OSX環境下でsequence navigatorが使えないこと。
クラッシック環境でないと使えない。
そこで質問なのですが、マックOSX環境で、裏表で読んだ結果をアラインして、その配列を波形を
見ながら修正していきたい場合、みなさんはどのようなソフトを使われているのでしょうか？
要するに、OSXで使えるシークエンス ナビゲーターが欲しいと。
フリーソフトだと助かるのですが。
あと、ABIシークエンサー（ウインドウズ）を購入して、マックで解析する時にあった方が良い
ソフトがあったら教えて下さい。上のSample File Mac to Win/Win to Macは必要になりそうですね。
今まではマックでした。
最近問題になっているのは、OSX環境下でsequence navigatorが使えないこと。
クラッシック環境でないと使えない。
そこで質問なのですが、マックOSX環境で、裏表で読んだ結果をアラインして、その配列を波形を
見ながら修正していきたい場合、みなさんはどのようなソフトを使われているのでしょうか？
要するに、OSXで使えるシークエンス ナビゲーターが欲しいと。
フリーソフトだと助かるのですが。
あと、ABIシークエンサー（ウインドウズ）を購入して、マックで解析する時にあった方が良い
ソフトがあったら教えて下さい。上のSample File Mac to Win/Win to Macは必要になりそうですね。
134 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/10(火) 21:54:08
135 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/10(火) 23:22:01
市販の解析ソフトだったら、最新版ならOS X対応してるし
大抵ABIファイルから波形読み込んで、つなげる機能があるが…
ｴﾌﾟﾀﾞｲでWindows のノーパソ買うのが、
一番安上がりだったりするのは秘密だ。
大抵ABIファイルから波形読み込んで、つなげる機能があるが…
ｴﾌﾟﾀﾞｲでWindows のノーパソ買うのが、
一番安上がりだったりするのは秘密だ。
136 ：wind：2005/05/11(水) 19:19:14
thanks > 134
phred/phrap/consedにチャレンジ中
Phil Greenからメールが来ました。phrap/cross_match/swat packageをゲット。
あとDr.David Gordonからconsed、Dr.Brent Ewingからphredがくるはずなのだが、
まだ返事が来ない！
動かすまでが大変そうですね。
また、わからなくなったら書き込みますのでよろしく。
phred/phrap/consedにチャレンジ中
Phil Greenからメールが来ました。phrap/cross_match/swat packageをゲット。
あとDr.David Gordonからconsed、Dr.Brent Ewingからphredがくるはずなのだが、
まだ返事が来ない！
動かすまでが大変そうですね。
また、わからなくなったら書き込みますのでよろしく。
137 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/11(水) 22:15:47
138 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/12(木) 08:30:15
スニッパライズってヴァージョンアップ高すぎません？
新規購入とほとんど変わらないし。
ver1からver4まで買い続けたら５００万円越えるソフトになってしまった。
新規購入とほとんど変わらないし。
ver1からver4まで買い続けたら５００万円越えるソフトになってしまった。
139 ：wind：2005/05/13(金) 19:17:54
academic user agreementをコピペした送ったから、主語がyouのままだった。
全部
You agree to －－－. だ。
誰がアグリーしたのやら！
全部
You agree to －－－. だ。
誰がアグリーしたのやら！
140 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/18(水) 00:16:45
paracelってどうなったの？つぶれた？
141 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/07/26(火) 02:24:57
教えて
142 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/27(土) 13:01:28
アラインメントをしたいのですが、よく分かりません。。。
ある配列が別の配列のどの部分と似ているかってどうやって調べればよいの？？
ちなみにBioEditを使っています。どなたか教えてください。
ある配列が別の配列のどの部分と似ているかってどうやって調べればよいの？？
ちなみにBioEditを使っています。どなたか教えてください。
143 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/27(土) 15:18:23
>>141
clustalw とか clustalx って知ってる?
BioEdit のアライメントは内部で clustalx 使ってる。
塩基配列を FASTA 形式で列記したテキストファイルを作って読み込んで、Accesorry Application から ClustalX Multiple Alignment を選べばできる。
clustalw とか clustalx って知ってる?
BioEdit のアライメントは内部で clustalx 使ってる。
塩基配列を FASTA 形式で列記したテキストファイルを作って読み込んで、Accesorry Application から ClustalX Multiple Alignment を選べばできる。
144 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/28(日) 22:06:26
BioEditでローカルBLASTかけられます？
145 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/28(日) 22:07:22
FASTAでもいい
146 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/29(月) 01:27:28
>>144
余裕。
余裕。
147 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/29(月) 07:52:11
148 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/30(火) 03:36:59
>>147
fasta形式のデータを用意して拡張子を「.fas」とかにして「Accessory Application」あたりからデータベースとして登録しておけば「local BLAST」できる。
fasta形式のデータを用意して拡張子を「.fas」とかにして「Accessory Application」あたりからデータベースとして登録しておけば「local BLAST」できる。
149 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/30(火) 05:27:04
㌧ｸｽ
150 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/30(火) 19:49:06
>>148
全然詳しくないじゃないかゴラァ
代わりに私めが，，
データベースの名前＝fastaファイルの名前
fasta型式のデータにはそのデータベースに入れるすべての配列データを入れておく
つまり，配列ごとに別々のファイルとしてセーブしてフォルダをデータベースにする
なんて事はできないわけだ
あとからデータベースに配列を追加するのが面倒だな
あとは>>148のとおり
とｵﾓﾀﾗ
よくわからないが１つのfasta配列データと次のfasta配列データとの間に
空の行（２回リターン）がないとうまく登録できない
全然詳しくないじゃないかゴラァ
代わりに私めが，，
データベースの名前＝fastaファイルの名前
fasta型式のデータにはそのデータベースに入れるすべての配列データを入れておく
つまり，配列ごとに別々のファイルとしてセーブしてフォルダをデータベースにする
なんて事はできないわけだ
あとからデータベースに配列を追加するのが面倒だな
あとは>>148のとおり
とｵﾓﾀﾗ
よくわからないが１つのfasta配列データと次のfasta配列データとの間に
空の行（２回リターン）がないとうまく登録できない
151 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/08/31(水) 01:26:47
152 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：2005/09/11(日) 20:54:17
環状DNAのアセンブル最終段階には
consedのCompare Cont機能が便利
consedのCompare Cont機能が便利
153 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/13(火) 07:09:09
BioEditでNBCIフォーマットのアノテーション付けるのって
ややこしいねえ
ややこしいねえ
154 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/14(水) 16:35:03
データベースを使って塩基配列の似た生物を探していろいろ調べてレポート出せって言われました。
私英語とか読めないし、ぜんぜんわからないんですよぉ～。。。
誰か手取り足取り教えてください。
私英語とか読めないし、ぜんぜんわからないんですよぉ～。。。
誰か手取り足取り教えてください。
155 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/14(水) 18:28:34
股取りでもいいですか
156 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/14(水) 23:45:09
>>155
男でよければ。
男でよければ。
157 ：155：2005/09/15(木) 04:55:26
Λ＿Λ ／‾‾‾‾‾
（ ´Д｀） ＜ よっしゃ >>154！何も言わず飛び込んでこい！
） （ ＼＿＿＿＿＿
／⌒ ⌒ヽ
／／| |ヽ ＼
／／ | | ＼＼
｜| | | ｜｜
（＿）‾‾ ‾‾（＿）
／ ／‾‾‾‾‾‾‾ヽ ヽ
｜｜ ｜｜
⊂＿＿） （＿つ
（ ´Д｀） ＜ よっしゃ >>154！何も言わず飛び込んでこい！
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158 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/18(火) 12:34:06
>>153
NCBIっぽい。つか、NCBIフォーマット…？？
>>154
ttp://spiral.genes.nig.ac.jp/
配列短ければ、BLASTってのを。
設定はデフォでもいいけど、培養に成功してない
バクテリアなら「ENV」にもチェック。
…と一ヶ月ディレイしてレス。
NCBIっぽい。つか、NCBIフォーマット…？？
>>154
ttp://spiral.genes.nig.ac.jp/
配列短ければ、BLASTってのを。
設定はデフォでもいいけど、培養に成功してない
バクテリアなら「ENV」にもチェック。
…と一ヶ月ディレイしてレス。
159 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/20(木) 05:08:27
FASTAとBLASTってどうちがうの？
160 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/20(木) 18:49:57
consedの日本語マニュアルどこかに落ちてない？
161 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/21(金) 02:07:32
162 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/22(土) 00:30:44
163 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/23(日) 18:12:33
そうなんだよな
配列の中からtRNAをさがそうとして
tRNA配列のデータベースに
BioEditのlocal Blastをかけると
両端がそろわないというか
両端を切り落としてそろえてくれちゃうので
あとで手作業で両端を確定せにゃならん
配列の中からtRNAをさがそうとして
tRNA配列のデータベースに
BioEditのlocal Blastをかけると
両端がそろわないというか
両端を切り落としてそろえてくれちゃうので
あとで手作業で両端を確定せにゃならん
164 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/23(日) 20:16:10
切り落としって・・・。伸ばさないんでしょう。
165 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/24(月) 09:51:54
>>159
FASTAってのはMatrix Plotを想像するとわかりやすいけど、第一段階では
それの長くマッチしてる部分を探す。ハッシュを使ってるので読み込みと
同時に処理できる。これをデータベースをなめながらスコア順に蓄積して
いく。これが終わったら第二段階でスコアの高いものからマッチしている
領域を中心にsmith-watermanでアライメントさせる。
Blastはソースを読んだことないからわからん。
感度はアタリがつけばFASTAの方がいいけど、やはりスピードでは問題に
ならない。FASTAはテキストを全部なめていくから遅くなっちゃうんだよね。
Blastが出現するまではそれまでのものと比べて格段に速かったんだけどさ。
k-tupleを固定してデータベースを最初からハッシュ化すれば数倍は速く
なると思うけど。第一段階だけの話ね。
FASTAってのはMatrix Plotを想像するとわかりやすいけど、第一段階では
それの長くマッチしてる部分を探す。ハッシュを使ってるので読み込みと
同時に処理できる。これをデータベースをなめながらスコア順に蓄積して
いく。これが終わったら第二段階でスコアの高いものからマッチしている
領域を中心にsmith-watermanでアライメントさせる。
Blastはソースを読んだことないからわからん。
感度はアタリがつけばFASTAの方がいいけど、やはりスピードでは問題に
ならない。FASTAはテキストを全部なめていくから遅くなっちゃうんだよね。
Blastが出現するまではそれまでのものと比べて格段に速かったんだけどさ。
k-tupleを固定してデータベースを最初からハッシュ化すれば数倍は速く
なると思うけど。第一段階だけの話ね。
166 ：163：2005/10/24(月) 22:55:23
BioEditにFASTAをインプリメントして
local FASTAかけられたらいいのに
local FASTAかけられたらいいのに
167 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/10/27(木) 19:29:56
BioEditに読み込んだGenBank型式の配列の
アノテーションを見たり編集したりするにはどうやったらいいですか？
アノテーションを見たり編集したりするにはどうやったらいいですか？
168 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/05(土) 17:26:32
出てくる単語が難しすぎて分からん。
BioEdit日本語化パッチとか解説ＨＰ作ってくれるような人いねーかな。
BioEdit日本語化パッチとか解説ＨＰ作ってくれるような人いねーかな。
169 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/05(土) 22:00:34
>>168
日本語に直すと、さらにわからなくなる悪寒。
日本語に直すと、さらにわからなくなる悪寒。
170 ：167：2005/11/08(火) 22:25:31
自己解決しますた
シーケンスのタイトルをダブルクリック
配列をエディットするウィンドウが開く
（このウィンドウをビローンと広げることはできんのかorz）
ビローンと広げるor右下の矢印をクリックすると
配列は広がらずにアノテーションのリストが出てくる
definitionやfeaturesをクリックするとそのエディットウィンドウが開く
シーケンスのタイトルをダブルクリック
配列をエディットするウィンドウが開く
（このウィンドウをビローンと広げることはできんのかorz）
ビローンと広げるor右下の矢印をクリックすると
配列は広がらずにアノテーションのリストが出てくる
definitionやfeaturesをクリックするとそのエディットウィンドウが開く
171 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 00:32:14
古いコンピュータでBioEdit使っていたんですが新しいコンピュータでは
うまく動きません（時にアライメント）。古いコンピュータのＯＳは
Ｗｉｎ９５、新しいのはＸＰ。ここはヨーロッパなんでＯＳは英語で
はない外国語版です。同じような経験ある方いません？
うまく動きません（時にアライメント）。古いコンピュータのＯＳは
Ｗｉｎ９５、新しいのはＸＰ。ここはヨーロッパなんでＯＳは英語で
はない外国語版です。同じような経験ある方いません？
172 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 00:44:23
ソース読むなんて無駄なことはやめれ。
そんなの学部４年生にやらせろ。
そういおまいは、はやくペーパー書け。
そんなの学部４年生にやらせろ。
そういおまいは、はやくペーパー書け。
173 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 00:47:18
アルゴリズムの改良でBLASTを超えるサイテーションをゲットする企みらしい。
174 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 01:32:55
>>171
エラーは何にも出てないの？
エラーは何にも出てないの？
175 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 10:46:59
シーケンシングではないけど、プラスミド描画で使い勝手がいいのってありますか？
176 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/13(日) 13:00:49
>>175
pDRAW32とかは？
pDRAW32とかは？
177 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/16(水) 04:54:18
>>174
エラーメッセージ確認してみたんですが以下の通りです。
There was an error running Clustal.
Apparently, not all of the output sequences were created.
古いコンピュータで同じファイルをアライメントしても普通に
出来るんですけどね。
エラーメッセージ確認してみたんですが以下の通りです。
There was an error running Clustal.
Apparently, not all of the output sequences were created.
古いコンピュータで同じファイルをアライメントしても普通に
出来るんですけどね。
179 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/11/18(金) 02:57:27
>>178
出力ファイルの作成に失敗してるみたいですねぇ。
xpとの事なので、パーミッションの問題とかないでしょうか？
つまり、出力ファイルを作成するためのフォルダに対する｢ファイル作成権限｣が無いとか？
出力ファイルの作成に失敗してるみたいですねぇ。
xpとの事なので、パーミッションの問題とかないでしょうか？
つまり、出力ファイルを作成するためのフォルダに対する｢ファイル作成権限｣が無いとか？
>>179
ご意見有難うございます。
自分のアカウントで「BioEdit」自体をインストールしたんでおそらく
「ファイル作成権限」の問題ではないように思います。インストール後
何らかの理由で自分のアカウントの権限が変更されている可能性も考え
られるのでその辺りの管理者に再確認してみます。
ご意見有難うございます。
自分のアカウントで「BioEdit」自体をインストールしたんでおそらく
「ファイル作成権限」の問題ではないように思います。インストール後
何らかの理由で自分のアカウントの権限が変更されている可能性も考え
られるのでその辺りの管理者に再確認してみます。
181 ：wind：2006/03/22(水) 20:49:51
phred phrap consed やっと画面が立ち上がった。
しかし，動かし方が？マニュアル読むのが面倒くさい。
Finkでインストールできればよいのに。
現在，EMBOSSに挑戦中。
しかし，ランナーとリンクしていないような。
よくわからん。
しかし，動かし方が？マニュアル読むのが面倒くさい。
Finkでインストールできればよいのに。
現在，EMBOSSに挑戦中。
しかし，ランナーとリンクしていないような。
よくわからん。
182 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/23(木) 10:55:07
めんどくさがるくらいならEMBOSSなんかやめとけ。
PHYLIPなんかもっとめんどくさいけど。
Fink使ってるってことはMacだろ。ApEとか使えばいいじゃん。
PHYLIPなんかもっとめんどくさいけど。
Fink使ってるってことはMacだろ。ApEとか使えばいいじゃん。
183 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/23(木) 12:48:10
Invitrogenのvector nti使ってる人いる？？
どうやら、フリーでずっと使えるらしいけど。
（毎年ライセンスの更新必要）
どうやら、フリーでずっと使えるらしいけど。
（毎年ライセンスの更新必要）
184 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/23(木) 14:14:04
結局、DNA striderがベスト
185 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/23(木) 18:11:56
186 ：wind：2006/03/23(木) 18:33:27
DNA strider ttp://www.pitt.edu/～mcs2/teaching/biocomp/soft.html
で見つけたがダウンロードするんじゃなかった。
vector ntiは ttp://www.w-fusion.co.jp/vnti.html
Vector NTI Suite ver7.1 for Mac OSX: Mac OS10.2.6のみ対応。
俺のはOS 10.3.9だが，チャレンジしてみよう。
で見つけたがダウンロードするんじゃなかった。
vector ntiは ttp://www.w-fusion.co.jp/vnti.html
Vector NTI Suite ver7.1 for Mac OSX: Mac OS10.2.6のみ対応。
俺のはOS 10.3.9だが，チャレンジしてみよう。
187 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/03/24(金) 09:12:32
そのDNA Striderって68kの古いバージョンじゃないの。
使ったことないけど、もっと新しいのがあったはず。
使ったことないけど、もっと新しいのがあったはず。
188 ：wind：2006/03/24(金) 10:21:11
＞１８４
186のは，古いバージョンの様子。
DNA Striderは，Marckさんにメールを出さなければ手に入らないみたいですね。
でも，これフリーソフト？
version 1.0.1はフリーソフトだったようだが，1.2以後は有料なのでは。
DNA Strider is a software program designed to automate and simplify analysis of DNA
sequences. Version1.3 is available for purchase directly from its author.
186のは，古いバージョンの様子。
DNA Striderは，Marckさんにメールを出さなければ手に入らないみたいですね。
でも，これフリーソフト？
version 1.0.1はフリーソフトだったようだが，1.2以後は有料なのでは。
DNA Strider is a software program designed to automate and simplify analysis of DNA
sequences. Version1.3 is available for purchase directly from its author.
189 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/04/24(月) 12:40:16
DNA Strider for MacOS.X
ヒト柱キボンヌ
ttp://www.bio.net/hypermail/methods/2004-March/097922.html
DNA Strider 1.4 for OSX is now available from:
Christian Marck
Laboratoire de Transcription des Genes
Service de Biochimie et de Genetique Moleculaire
Bat 144, CEA/Saclay
91191 Gif-sur-Yvette CEDEX
FRANCE
marck at jonas.saclay.cea.fr
--
Dr Alan J. Cann, Department of Microbiology & Immunology,
University of Leicester, P.O. Box 138, Medical Sciences Building,
University Road, Leicester LE1 9HN, UK.
ヒト柱キボンヌ
ttp://www.bio.net/hypermail/methods/2004-March/097922.html
DNA Strider 1.4 for OSX is now available from:
Christian Marck
Laboratoire de Transcription des Genes
Service de Biochimie et de Genetique Moleculaire
Bat 144, CEA/Saclay
91191 Gif-sur-Yvette CEDEX
FRANCE
marck at jonas.saclay.cea.fr
--
Dr Alan J. Cann, Department of Microbiology & Immunology,
University of Leicester, P.O. Box 138, Medical Sciences Building,
University Road, Leicester LE1 9HN, UK.
190 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/04/28(金) 19:45:53
Vector NTI Suite ver7.1 for Mac OSXを日本で使うのは電話かけるしかないみたいだ。
日本からは，アクセスできない様子。
電話かけて，ダウンロードしました。
＞182
面倒くさいのではない。よくわからんのだ。
ついでにApEって何？
日本からは，アクセスできない様子。
電話かけて，ダウンロードしました。
＞182
面倒くさいのではない。よくわからんのだ。
ついでにApEって何？
191 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/06(土) 11:15:44
>>190
EMBOSSを三年ぐらいトライし続け、
二年ぐらい前にとりあえずなんとなく動いた状態にした者より。
あくまで何となく。
現状はembossRUNNERで必要な機能だけをチマチマやるだけ、
バッチ処理などは考えてない状況。
そんななか182も紹介するApeを一年くらい前にみつけ、
ウェットな研究者にはこれで十分と思っている。
この板でもどっかに書き込んだかもしれない。
ドライな系の人には何の役にも立たないApeだけど。
最近はgenbankフォーマットも扱えるようになり、
プラスミドの切った張ったにはかなりいい感じ。
最近でたenzymeX ver.3は期待していたけど、
Apeと比較したら機能的に見劣りする事は否めない。
>>190はどういった仕事をしているのかよくわからないが、
大量のシークエンスデータを扱うのではなく、
あくまで自分で生のDNAと向き合うというスタイルなら、
embossは向いてないのではないかというのが俺の感想。
EMBOSSを三年ぐらいトライし続け、
二年ぐらい前にとりあえずなんとなく動いた状態にした者より。
あくまで何となく。
現状はembossRUNNERで必要な機能だけをチマチマやるだけ、
バッチ処理などは考えてない状況。
そんななか182も紹介するApeを一年くらい前にみつけ、
ウェットな研究者にはこれで十分と思っている。
この板でもどっかに書き込んだかもしれない。
ドライな系の人には何の役にも立たないApeだけど。
最近はgenbankフォーマットも扱えるようになり、
プラスミドの切った張ったにはかなりいい感じ。
最近でたenzymeX ver.3は期待していたけど、
Apeと比較したら機能的に見劣りする事は否めない。
>>190はどういった仕事をしているのかよくわからないが、
大量のシークエンスデータを扱うのではなく、
あくまで自分で生のDNAと向き合うというスタイルなら、
embossは向いてないのではないかというのが俺の感想。
192 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 21:15:32
Apeを試しに使おうと入れたら
ApplicationEnhancerのアイコンが変っちゃう。
拡張子というかがダブってるらしい。それさえ無ければいいんだが。
EnzymeXはどうしても酵素リスト（タブ表示）の一覧をDNAMacと同じようにして
切断数でsortできるようにしてほしくて要望送った。
が二回目くらいにメールの不調で今やり取りが止まってる。
ApplicationEnhancerのアイコンが変っちゃう。
拡張子というかがダブってるらしい。それさえ無ければいいんだが。
EnzymeXはどうしても酵素リスト（タブ表示）の一覧をDNAMacと同じようにして
切断数でsortできるようにしてほしくて要望送った。
が二回目くらいにメールの不調で今やり取りが止まってる。
193 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 21:43:11
DNASISってどうなん？
実際使ってる人居ますか?
実際使ってる人居ますか?
194 ：独立したてで金欠さん：2006/05/08(月) 22:12:19
フリーかシェアウェアでお勧めの遺伝子解析ソフトってありますか？
195 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 22:19:43
AiOはどう？
ttp://134.99.88.55/aio/
ttp://134.99.88.55/aio/
196 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 22:31:36
MacMolly(R) Tetra Lite
197 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 22:32:48
>>195 それってウンドウズだよね？
198 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/08(月) 22:53:55
>>197 そうですよ。
199 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/09(火) 01:05:15
>>194
プラットフォームはなに？
プラットフォームはなに？
200 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/09(火) 02:04:36
Macでつ。今のヤツがボロなので、Intel Macを買おうと思ってまつ。
201 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/09(火) 02:09:52
MacMolly(R) Tetra はMacで動くがIntel Macは知らぬ
202 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/09(火) 08:20:04
Javaだが…つCLC Free Workbench
203 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/05/30(火) 23:59:00
EMBOSS3をIntel Mac mini DualにXCode2.3でコンパイルしたら、
Jembossの立ち上がりが早いです。G5の1.8G-Dualよりも早い。
Jembossの立ち上がりが早いです。G5の1.8G-Dualよりも早い。
204 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/06/03(土) 00:36:56
私もNCBI wwwblastをIntel Mac mini Dual (1GB)で
使っていますが、G5の2G-Dualとそんなに変わらない。
超小型Blast serverとしておすすめです。
コンパイルの仕方が分からなくてちょっと苦労したけど。
使っていますが、G5の2G-Dualとそんなに変わらない。
超小型Blast serverとしておすすめです。
コンパイルの仕方が分からなくてちょっと苦労したけど。
205 ：Wind：2006/06/06(火) 19:24:30
使い込んでみないとわからないがApeいいかも。
Thanks！
Thanks！
206 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/06/09(金) 21:42:35
ちょっと前に（171ぐらい）
BioEditが動かんとかトラブって他みたいだけど
あれってＸＰじゃ動かんかったようですぜ
最新バージョン7.0.5ではfixされたらしいけど
BioEditが動かんとかトラブって他みたいだけど
あれってＸＰじゃ動かんかったようですぜ
最新バージョン7.0.5ではfixされたらしいけど
207 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/07/07(金) 01:52:53
もう自分で作っちゃおうかな。
と言ってみるだけのテスト
と言ってみるだけのテスト
208 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/07/10(月) 16:39:47
bio editでプラスミドのフローチャート書くのムリポ
209 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/17(木) 01:10:25
ApEがいいね
210 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/17(木) 11:17:46
Apeいいでしょ！！
と言いつつ今日bioinfomanというのを見つけた。
webbaseのもの。
使ってはいないが、なかなかいいらしい。
日本語リソースどころか英語もあまり聞かないようなので、
誰か使って報告してくれ。
と言いつつ今日bioinfomanというのを見つけた。
webbaseのもの。
使ってはいないが、なかなかいいらしい。
日本語リソースどころか英語もあまり聞かないようなので、
誰か使って報告してくれ。
211 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/23(水) 12:55:57
結局bioeditとapeとどっちがいいわけ？
212 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/23(水) 14:21:17
213 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/27(日) 02:41:39
重すぎ
214 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/09/02(土) 21:30:12
CLC free Workbench
良いねコレ
良いねコレ
215 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/09/23(土) 19:17:32
遺伝子解析とはちょっと違うんですが、
agtc以外の語句(スペースや数字など)を消してくれるソフトはないでしょうか？
agtc以外の語句(スペースや数字など)を消してくれるソフトはないでしょうか？
216 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/09/23(土) 20:13:32
217 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/09/25(月) 16:36:03
テキストからbio editとかにドラッグアンドドロップすれば
普通にatcgだけ抽出してくれるよ。
それにDDBJとかでデータ引用する時数字とかが入っても問題茄子。
普通にatcgだけ抽出してくれるよ。
それにDDBJとかでデータ引用する時数字とかが入っても問題茄子。
218 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/27(金) 14:38:39
219 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/03(水) 17:41:57
ARLEQUIN
と
GenePOP
だったらどっちがお勧め？
と
GenePOP
だったらどっちがお勧め？
220 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/04/07(土) 04:28:44
あんげ
221 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/24(日) 17:15:58
222 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/24(日) 18:10:59
223 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/26(火) 12:18:49
む～～～ん・・・金を取るには中途半端な気がする。
224 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/27(水) 12:02:35
>>223
聞くところだと結構大幅にupdateするみたいだよ。
このソフト、元はポスドクが書いたらしいんだけど、そういう事情もあって
ラボヘッドは有料化に乗り気じゃないみたいね。けどDepartmentのchairが
金取れってうるさいらしいよ。値段はまだ決まってないみたいだけど結構
安めで考えてるみたい。落とす人は今のうちに落としたほうがいいよ。
聞くところだと結構大幅にupdateするみたいだよ。
このソフト、元はポスドクが書いたらしいんだけど、そういう事情もあって
ラボヘッドは有料化に乗り気じゃないみたいね。けどDepartmentのchairが
金取れってうるさいらしいよ。値段はまだ決まってないみたいだけど結構
安めで考えてるみたい。落とす人は今のうちに落としたほうがいいよ。
225 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/27(水) 12:48:30
DNAStriderみたいになるのか。
226 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/13(金) 04:52:41
Finch TVって
アセンブルできるの？
アセンブルできるの？
227 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/13(金) 14:57:48
>>226
私が使っていたときにはアセンブル機能は無かったと思います。
私が使っていたときにはアセンブル機能は無かったと思います。
228 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/14(土) 21:39:56
MEGAってどうなん？近所の助手が結構使い勝手がいいと言っていたのだけど。
229 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/14(土) 22:05:05
Windows使っているならインストール必須のソフトなんじゃないかな。
Ver. 4になってVer. 3以前の不具合もいくつか解決されている。
もっとも、多重配列エディタとしてはBioEditの方が機能豊富で優れているし、
系統樹描画はNEXUSに対応していないなどの問題も残っているが。
インストール時に関連付けが勝手にいじられるのもイヤなので、BioEdit
よりも先にインストールするようにしている。
Ver. 4になってVer. 3以前の不具合もいくつか解決されている。
もっとも、多重配列エディタとしてはBioEditの方が機能豊富で優れているし、
系統樹描画はNEXUSに対応していないなどの問題も残っているが。
インストール時に関連付けが勝手にいじられるのもイヤなので、BioEdit
よりも先にインストールするようにしている。
230 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/15(日) 20:38:23
231 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/16(月) 05:45:27
Sequence ScannerはWindows専用でABIフォーマットしか読めない。
そのかわり高機能。Rawデータも表示できたりする。
FinchTVはWindows以外でも使えるしSCFフォーマットも読める。
でもMacOS Xでは4Peaksがあるから、Linuxユーザー以外には不要かも。
そのかわり高機能。Rawデータも表示できたりする。
FinchTVはWindows以外でも使えるしSCFフォーマットも読める。
でもMacOS Xでは4Peaksがあるから、Linuxユーザー以外には不要かも。
232 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/18(水) 19:47:31
Linuxにだってconsedがあるよ
もともとアセンブラだけど
どこかのblogにアセンブルしないで波形を表示させるスクリプトがあった
もともとアセンブラだけど
どこかのblogにアセンブルしないで波形を表示させるスクリプトがあった
233 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/19(木) 21:03:27
Consedはアセンブラではない。
アセンブラはPhrapですよ。
波形ビューワではある。
StadenのGap4やTrevというのもある。
これらもLinuxで動作する。
アセンブラはPhrapですよ。
波形ビューワではある。
StadenのGap4やTrevというのもある。
これらもLinuxで動作する。
234 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/31(火) 23:14:24
perlをおぼえなさい
235 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/02(木) 17:18:27
今時Perlなのか？
236 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/09(木) 02:49:58
237 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/09(木) 19:00:32
238 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/17(金) 06:44:12
bioeditが密かにバージョンアップしてた
239 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/02(金) 01:58:39
bioeditにアライメントを分けたり結合したりする機能ってついてますか？
240 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/03(土) 13:18:15
241 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/03(土) 22:23:04
分けるほうはマニュアルでできる
（ファイルをコピーして前半（後半）を消す）
けど
結合はできない
アライメントエディタとしてこれは致命的
シーケンスタイトルが重複してもよい（チェックしてない？）という仕様と関係あるのか
シーケンスタイトルがちゃんとそろっていれば
ｐｈｙ形式でセーブして
phy2mol.plで変換
molcat.plで結合
その後mol2phy.plで戻しても
これは読み込んでくれない
phy形式はすごく柔軟というかタイトルの字数以外の制限は緩い
そのすべてのパターンには対応できていない
mol2seq.plで変換した形式（phy形式の１つのパターン）は読み込める
ということで
phy -> phy2mol -> molcat -> mol2seq
でおＫ
（ファイルをコピーして前半（後半）を消す）
けど
結合はできない
アライメントエディタとしてこれは致命的
シーケンスタイトルが重複してもよい（チェックしてない？）という仕様と関係あるのか
シーケンスタイトルがちゃんとそろっていれば
ｐｈｙ形式でセーブして
phy2mol.plで変換
molcat.plで結合
その後mol2phy.plで戻しても
これは読み込んでくれない
phy形式はすごく柔軟というかタイトルの字数以外の制限は緩い
そのすべてのパターンには対応できていない
mol2seq.plで変換した形式（phy形式の１つのパターン）は読み込める
ということで
phy -> phy2mol -> molcat -> mol2seq
でおＫ
242 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/06(火) 01:23:04
厳密なPHYLIP形式は配列名の文字数は10文字以内で使える文字も限られています。
制限が緩いのは色々なソフトが独自拡張しているだけです。
手作業で構わなければ、NEXUS形式にして配列部分だけコピペしてNCHARを総和にすればいいと思う。
FORMATのオプションにINTERLEAVEも必要ですが。
この程度ならスクリプトも簡単に書けるでしょう。
制限が緩いのは色々なソフトが独自拡張しているだけです。
手作業で構わなければ、NEXUS形式にして配列部分だけコピペしてNCHARを総和にすればいいと思う。
FORMATのオプションにINTERLEAVEも必要ですが。
この程度ならスクリプトも簡単に書けるでしょう。
243 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/16(日) 21:36:31
まずはよいテキストエディタをインストールするところから
遺伝子解析が始まる
遺伝子解析が始まる
244 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/16(日) 21:39:41
ApEひとすじ
245 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/17(月) 18:16:48
>243 edでいいでしょうか？
246 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/18(火) 00:14:55
完全な等幅フォントで表示できること
ＭＳワード使うアホばっかりで困るわほんま
コントロールキャラとスペースを表示できること
おまえそれ全角スペースちゃうんかい
扱えるファイルサイズに制限がないこと
ちまちまやっとったら競争に負けるで
検索置換機能が充実していること
トロトロやっとったらいてまうで
ＭＳワード使うアホばっかりで困るわほんま
コントロールキャラとスペースを表示できること
おまえそれ全角スペースちゃうんかい
扱えるファイルサイズに制限がないこと
ちまちまやっとったら競争に負けるで
検索置換機能が充実していること
トロトロやっとったらいてまうで
247 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/11(月) 17:30:35
248 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/15(金) 04:44:26
peakscanner
249 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/16(土) 17:57:40
BioEditの開発者が同じページで配布していたPDFファイル管理プログラム
のリンクが辿れなくなっちゃったんだけど誰か現在のリンク知らない？
のリンクが辿れなくなっちゃったんだけど誰か現在のリンク知らない？
250 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/21(木) 02:23:51
bioeditの開発者って代わったんじゃなかったっけ
251 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/21(木) 21:36:11
DNASIS
AutoAssembler
これと同じ機能のOSX対応ソフトがなぜでないのだ
ドレもこれも使い物にならん
AutoAssembler
これと同じ機能のOSX対応ソフトがなぜでないのだ
ドレもこれも使い物にならん
252 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/22(金) 03:56:14
チミはOSＸがUNIXだということを知らんのかね
253 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/22(金) 05:39:22
MacVectorでFA
254 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/01(火) 00:43:44
bioeditで塩基のあいまい検索のやり方
やっとわかった
わかりにくいところにコマンド組込みやがって
やっとわかった
わかりにくいところにコマンド組込みやがって
255 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/13(日) 18:22:58
最近のソフト
ソースが特定のＣＰＵに特化してて
コンパイルがとおらん
ソースが特定のＣＰＵに特化してて
コンパイルがとおらん
256 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/13(日) 18:35:18
ＡｐＥ最強
257 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/19(土) 18:30:21
ApEて
アライメント扱えたっけか？
アライメント扱えたっけか？
258 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/24(木) 06:14:54
荒いメント
259 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/24(木) 22:32:06
>>257
アライメントなんてClustalWでいいんじゃないのか？
アライメントなんてClustalWでいいんじゃないのか？
260 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/25(金) 06:47:05
ちゃいますちゃいます
アライメントを手で編集すんの
アライメントを手で編集すんの
261 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/09(金) 20:36:09
Vector NTIが動かなくなった･･･
有料化？...orz
有料化？...orz
262 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/10(土) 02:07:12
VectorNTIは昨年末から有料になりましたね。
しかも年間ライセンス500ドルくらいからだっけ・・・
しかも年間ライセンス500ドルくらいからだっけ・・・
263 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/13(火) 14:36:01
えげつないことをするものだな。
264 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 02:33:39
ApEの日本語化パッチとかないん？
265 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 06:55:46
あんな簡単なソフト
日本語化してどうするｗ
日本語化してどうするｗ
266 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 21:42:54
英語嫌いなんだよ･･･
267 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 23:08:40
OSX, leopard。
.abiのシークエンスファイル開くとき、FinchTVがフォルトで立ち上がるようにしたいのだが、
全てこのアプリケーションで開くに設定しても、なぜかApEに戻ってしまう。
これって俺のところだけなのだろうか。
.abiのシークエンスファイル開くとき、FinchTVがフォルトで立ち上がるようにしたいのだが、
全てこのアプリケーションで開くに設定しても、なぜかApEに戻ってしまう。
これって俺のところだけなのだろうか。
268 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/31(土) 00:04:17
IdentityX---私のやりたいことは何でもできます。Mac専用のフリーソフトです。
http://home.hiroshima-u.ac.jp/kei/IdentityX/index.html
http://home.hiroshima-u.ac.jp/kei/IdentityX/index.html
269 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/31(土) 03:33:40
>>268
フリーでは波形が読めないじゃん
フリーでは波形が読めないじゃん
270 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/02/02(月) 11:03:46
波形表示だけのライセンス料金が50,000円で、しかもMAC Address固定なんて
あり得ねぇ～。買う奴いるのかね？
あり得ねぇ～。買う奴いるのかね？
271 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/03/14(土) 04:21:49
WinならBioeditがあるけど
OSXではEditViewが動かないからな
足下みられてますな
てか
consed入れたらいいんだろうけど
あれはあれで波形だけ見たいってときに
結構面倒なんだよな
ということで
ace_modoki.pl
を利用しています
OSXではEditViewが動かないからな
足下みられてますな
てか
consed入れたらいいんだろうけど
あれはあれで波形だけ見たいってときに
結構面倒なんだよな
ということで
ace_modoki.pl
を利用しています
272 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/04/08(水) 06:57:57
273 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/05(日) 08:50:42
解析ってどうやりゃいいの？
274 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/28(火) 08:49:14
Geneiousて、安くて、使い勝手いいらしいよ.
www.geneious.comから、フリーでダウンロードできるらしい。
www.geneious.comから、フリーでダウンロードできるらしい。
275 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/08/13(木) 23:25:44
「ぐるっぱ検索」すごすぎますぅ～～～！！
276 ：名無しゲノムのクローンさん：
bioeditの使い方を教えていただけないでしょうか。
２本鎖のDNAのある領域の配列を調べたく、フォワードとリバースの
プライマーでそれぞれPCRをして、それぞれのデータ（塩基配列）を
テキストファイルで頂きました。この配列を比較して、どちらでも増幅
された部分の配列を見たいのですが、どの機能を使ったらよいので
しょうか。
agggacgttgctNggca'caNNactgtgtgggacacat'・・・・・・・・・・・(フォワードで読んだ配列)
'caggacactgtgtgggacacat'cacatgtcagtcattt（リバースで読んだ配列を逆転したもの）
↑こんな感じで比較したいのですが（’’の間の部分がFでもRでも増えた部分です）
２本鎖のDNAのある領域の配列を調べたく、フォワードとリバースの
プライマーでそれぞれPCRをして、それぞれのデータ（塩基配列）を
テキストファイルで頂きました。この配列を比較して、どちらでも増幅
された部分の配列を見たいのですが、どの機能を使ったらよいので
しょうか。
agggacgttgctNggca'caNNactgtgtgggacacat'・・・・・・・・・・・(フォワードで読んだ配列)
'caggacactgtgtgggacacat'cacatgtcagtcattt（リバースで読んだ配列を逆転したもの）
↑こんな感じで比較したいのですが（’’の間の部分がFでもRでも増えた部分です）