シーケンス解析ソフト

BioEditは超糞ソフト！
多機能でも意味ねーじゃん。
あんなん使うぐらいだったらApEの方がまだマシ。

素朴な疑問なんだけど、みんななんで自分で解析ソフト作らないの？
研究によって微妙にほしい機能が違ったりすることがあるし、好きにいじれるし。
なによりタダなんだし。フリーの生物系ライブラリとフリーのGUIライブラリ使えば
簡単にできそうだけど。。。。。

マルチスケールブートストラップ法でクラスタリングしようとしたら、
思いのほか面倒で途中で諦めかけた。

>>230　は使い方を間違えていることに気づいていない・・・
つうか　ApEかよ・・・（汗

>231
煽りじゃなく、マジで作ってくれ！
俺の欲しい機能は、DNAsis3.4に付いてた機能ほぼ全部！
５０００円ぐらいならリアルに出してもいいと思ってる。
じゃ、よろしく＾＾

んだなゃ
Bioeditの機能限定版でいい（こちゃこちゃ表示機能つけても意味ない）
あとアノテーションとデータとのリンク機能だけは付けてくれ
SRSにはアノテーションからデータへのリンクはあるけど遅いし
逆（選択位置をアノテーションに自動入力）はない

>>232
マルチスケールブートストラップ法で
信頼性の比較をするのは楽だけど
クラスタリングって
その概念がわかりません
教えてくらさい

ハイハイ、信頼性比較の話ですよ。
クラスタリングのね。
クラスタリング方法じたいは、群平均法でやってるよ。

>>234, 235
俺も前はMacでラボの古いDNAsis使ってたんだけど、winXPにうつってから使えなくなって
困ってたんよ。で、winXPでもフリーで同じようなのあるだろ、とたかをくくってたらBioEditみたいな
よくわからんのしかないし、まあまあ使えそうなDynamo(?)はJavaでおてがるにつくったぽい
くせに何千円もとるし。で腹が立ったから最近作り始めた。DNAseqから6frame表示してcoding
AA seqを選んだり、DigestiveEnzymeサイト調べたり、プライマー設計補助したり。あくまで簡単なの。
あとは自分の専門分野用に便利機能つけたりして、まあまあ使える。こいつさえ起動しときゃ
DNA関連のちょっとした仕事がさくっと済ませれるようなの。
>あとアノテーションとデータとのリンク機能だけは付けてくれ
こういうのはおれは良くわからないんだけど、自分が解析してる配列のゲノム上の位置に関して
データベースとのリンクをつけるってこと？　こういうのはやっぱり各自が自分の分野に応じて
つくるといーと思うんだよな。

>>238
長い配列を扱ったことがないね

たとえば
いくつかの領域に分けられる１０Ｋの配列がある

１．領域のfeatureキーをクリックすると別窓が開いてその配列が切り出される
ＳＲＳにこの機能あるけど当然のことに自分でシーケンスした配列には使えない
２．配列の一部を選択状態にすればfeatureキーに位置情報が自動入力される

この程度のことがなぜできない？

>>239
この程度って言うなら自分で作れよ。簡単なんだろ？

でも自分でプログラムして、そういうソフト作れるって正直羨ましい・・・。
俺はプログラム出来ないから、誰かがより良いソフトを作ってくれるのを待つだけの受身人間。

>>240
わかってるよ
１はperlで自作したよ
で，何か？

>>242
GUIにはなにをつかったの？　Tk? bioperl/Tk?

perlスクリプトなら
コマンドラインでいいよ
簡単が一番

featureキーって何だ？自分でシーケンスしてannotetionするの面倒じゃない？

seqinとか使えばいいじゃん。

feature keyも知らんのか？EMBL, GenBank, DDBJで共通のフォーマットだぞ。
feature table definitionでも嫁。

>246 すまそ，新参なもんで．

ncbiやddbjのはどこにあるか知らんが、ebiにfeature table definitionの
ドキュメントがあるよ。確か、ftpサイトに。後は自分で検索するなどして
探してくれ。

たしかにfeature入れるにはsequinが一番使いやすい
とかいっても結局
ほかのソフトであらかじめ位置確定してから
手打ちで入れるという面倒くささだ

しかもDDBJにはsequin使わんといてって怒られるし

ごめんsequinてNCBIとか公共データベースにデータサブミットするものじゃないの？
自分のローカルなデータベースにも使えるの？　quickガイド読んだけどよくわからん。

DDBJ形式でエクスポートすればおＫ

readseqて以外と使いにくいのね

僕はPythonちゃん！！

EMBLフォーマットってマイナーになっちゃったね

フラグメント解析を受託でやってくれるところありませんか？

シーケンサーが故障してちょっとピンチなんですが。

>>255
参考までに教えて
例えば96サンプルいくら迄だったら出せるの？

MacVector最高じゃね？

>>255
知り合いのラボに流すだけなら流してくれそうなところあるんじゃマイカ
何ならうちが１サンプル１ドルで（ｒ

fastaとblastのちがいって
実用レベルではどんなん?

スピードが違う。どちらも粗くある程度対象を絞り込むのが目的ってとこ。
blastは知らんけど、fastaはその絞り込まれた対象をアライメントする時は
smith-watermanでアライメントする。

どっちが速い？

blast

MSSのparserのぎこちないGUIに萌え

シークエンチャー
そんな高いもん使わんでも...

cgi化されて
あっちのサーバでやってくれる解析ソフト
裏でこっそりデータのぞき見られていないかな

収集されてるだろう。タダで提供してんだから当然の見返りだろうな。

Makefileで
cc=icc
これ最強

うちの「金をドブ」の見本

seqscape
よほどきれいな波形でないと結局目で確認するんだから
無料のpolyphredとconsedでオK

追加で購入したgenescan
無料で高機能のpeakscannerが出たorz

追加で購入したsequence analysis
もう何も言うまい...

てｓｔ

Sequencher最高だよ
コピーや印刷しないならデモ版で十分
使用期限もナシ

phrapでヘテロを検出したいんですが
PCR産物のクローンを複数読んでつなぐと
リードが汚いときや
対立遺伝子のクローンが１個しかないとき（５：１とか）には
１本のコンティグにしてくれるんですが
リードがきれいで両方の対立遺伝子がそこそこあるときには
コンティグを別々にしてくれてしまいます
余計なお世話です
対立遺伝子の配列を決めたいんじゃなくて
SNPをとりたいんで
１本のコンティグにしてほしいんです
設定の仕方ご存知ありませんか？

おれにphrapの使い方教えてくれたら教えてあげるよ

Geneiousっていうのをちょっと使ってみたけどけっこうよさげ
ttp://www.geneious.com/default,387,home.sm

データベース化して
みんなで協力しあうべき

2chといえどもせめてこれくらいの情報をやりとりしている
掲示板がもっとあってほしいと思ってしまうのだが

contigにproseq使っている人いますか

Stadenなら

BioEditの大元のサイトなくなってる？

http://www.youtube.com/user/0u8i4u7485dddf