Ｘ線のタンパク結晶化ってどうよ？

大変すぎるんだけど・・・
コツとかってある？

生体内では，ほとんどが非晶質です。
結晶化なんてすべきではないのです。

いままでに4種類、9つの異なる結晶系でたよ。コツは
ともかく蛋白質の純度だよ。1に純度、２に純度、３に
純度だ。ボスにやめとけっていわれたのを、徹夜して
１ｍのゲルろ過カラム作って、低温室で精製したて、
それもピークの中央のフラクションだけ使ったら、一
発で出たことがあったよ。感動したな。

高純度のタンパク精製は難しい。

非晶質でもピークが出る分光法を使わないのですか。
手間のかかりそうな仕事ですね。

もしかして蛋白質の鮮度も重要なのですか？

<1 M川？

もしや、W先生でありますか？

>>3
それは，いままで出なかったタンパクを高純度に精製したら，その出なかった条件でも結晶が出るようになったという意味ですか？

結晶になるかどうかは神様だけが知っています。
合掌

結晶をくしゃみで吹き飛ばしたことあります（w

ご愁傷様です。。。

15N標識してHSQCを測ってもらう。HSQCのきれいな蛋白質は大抵結晶化する、という恐るべき罠。

>>13
じゃNMRで解きなさい

非晶質でもピークが出る分光法を使わないのですか。
手間のかかりそうな仕事ですね。

>>14
違うって。15N標識の蛋白質を結晶化する、これ最強。
NMRサンプルチューブの中で結晶が出た例も聞いたことがあるぞ。
磁場配向を利用して、めざせ高分解能!

>>16
マジっすか？
それは、今まで結晶化しなかったタンパクが
標識したら結晶化したってことですか？

磁場存在下で結晶化させたのですか？

>>16
14だけど。磁場配向がポイントなの？磁場をかけるとよい結晶ができる
という話がある（それほど顕著な影響じゃない）けど、15N置換されてる
と効き目抜群なのかな？それとも15N置換だと非磁場下でも違いがあると？
教えてくん。

磁場存在下の結晶化の実用化計画はまじに検討されているんじゃ
なかったっけ?

みなさん、どれくらいの頻度でシンクロトロンに通ってます？

タンパク3000に参加していないグループはシンクロトロンのマシンタイム
削られるんだってさ

FoF1ATPaseとかもタンパク3000に入っているの？

蛋白５００（大学）では、構造解析をろくにやらん（っというよりできない、それまでもやったことがない）
グループが年間１０００万以上の研究費を５年もらっているらしい
（配っれている）、、ただ単に自分の研究室にあるタンパクの発現
系をあげるだけで、、、しかもこれはコネできまる。なんかおかしいぞ、

サンプル供給もとを確保しないとどうにもならないので、
構造屋さん以外にお金が流れることはおかしくないし、ほ
とんどの場合、それまでの共同研究関係（コネ）を踏襲す
るのも自然かな。
　このタンパク３Ｋで漏れが一番怖いなと感じてるのは、
国内の構造解析研究がものすごい勢いで系列化されてって
ることだ。（表面上）喜々として下請けに入ってる人たち
てどういう気分なんだろうね。

イネゲノムプロジェクトの構造解析バージョンよりもましでは？
サンプルは配らないけど，とりあえず，お金だけ配ってるらしい。

質問です。
タンパク構造解析のベンチャー企業ってもうかってるの？

うちのボスが某所に共同研究を申し込んだら、すでに別のタンパク500に
入っているから共同研究はできない、とはねられた。

>>27 そういう話はよく聞きます。そのうち「負け組」「勝ち組」がはっきりしていきたら、「負け組」に組み入れられてしまったほうは可哀想

＞28
「負け組」「勝ち組」について詳細きぼーぬ。

DynaPro での DNS測定について
タンパク濃度0.1〜0.5 mg/mL でDNSを測定するように説明書に書かれているのですが、それ以上に高濃度の状態で測定しても問題ないでしょうか？
また、測定したら、みかけの分子量が実際の値の半分の大きさで出てしまったのですが、これってよくあることですか？

>>30
分散度測定しても結晶化への情報は得られない（結晶化不可能という情報なら得られるが）。
そのサンプル使って新たなスクリーニングする方がまし。

タンパクの結晶化って，創薬めーかーはどこでもやっているの？

>>32
やっていないところのほうが多い。
やっている企業のリストがほしければ、Spring8とPFの「企業ライン」と呼ばれ
ているところに加盟している企業のリスト（これは多分WWWで探せばすぐに
出てくる）をあたるべし。放射光のビームタイムを持っていない企業研究所の
結晶化Gで創薬をめざすことの辛さは、容易に想像できよう。

結晶化Gで創薬をめざすことの辛さは、容易に想像できよう。

↑決まった．．．

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なにもSpring8を使わなくてもX線解析の装置を導入すればいいんじゃ?
ブラック散乱とかで見えるんでしょ？

学生がメインで結晶化ってやってますか？

>>37
はあ？

>>39
何でつか？

やってみたい実験だ罠

こんな夜更けにすみません。
結晶化に成功しました。
この喜びを誰かに伝えたくて。
では。

オメデ１０！！！
詳しいこと知んないけど、使える結晶（なんていっていいの？）だとイイね！

使えない結晶って何よ？

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>>44
ごめん。
構造解析に向かない結晶もあるって聞いたことがって、しったかぶって見たんだけど…
…ダメ？…
一滴升

>>46
>>構造解析に向かない結晶もあるって聞いたことがって、しったかぶって見たんだけど…
>>…ダメ？…
　いいんじゃないの？見た目結晶だけど、X線当てても何にも出ないのなんてよくある。
　そういう意味で、使える結晶使えない結晶というのはあり

　ま、普通、タンパクの場合は「結晶化に成功した」って言うのは、回折点が出てから言うんだけどね。
　そうではなく、「ドロップの中に結晶が出ました」だけだとこれからがもっとつらいかもしれない。
　X線当てるとすぐ死ぬとか、分解能ぜんぜんでないとか、重原子はいらないとか。。。
　Nativeで結晶でても、Se誘導体にしたら同じ条件では出ませんなんてのもよくある話。
　最近は、いきなりSe誘導体でやるか。。。。

>>42
　読み直したら>>47は意地悪だったかな?
　すまん。
　まずは、「おめでとう」をと書くべきだったね。

　ただ、ここ「2ch」だし。。。
　すいません、逝ってきます

>>47=48
いい人認定。

50

皆んなは一連の構造解析で貢献度はどうだと思う？
１）精製法を確立した人
２）結晶化条件を見つけた人
３）モデリング・精密化した人
俺は２＞１≧３と思ってるんだけど。

４）なにを結晶化するかを決めるひと
を付け加えて
４＞１≒２＞３　だな。
なぜならダメダメなテーマをボスが選ぶと、１も２も３も全員討ち死に
泣かず飛ばず論文なし就職なしになるからだ。
ただし１，２もデータ取りの徹夜に付き合ってもバチはあたらない。

52は激しく正しい

が、正しくはサンプルの選別を本気でやってるボスは
いないに等しい（くるもの拒まず）ので、

５　いい結晶のでるサンプルを引き当てた学生

いれて、５＞４＞１≒２＞３　

54は激しく正しい

実際、世の中でどのくらいうまく逝ってるの？
年に何個とか。

>>56
＞が、正しくはサンプルの選別を本気でやってるボスはいない
56は激しく正しい

タンパク3000に入っているボスたち　→サンプルの選別を真剣にやることを半ば放棄（一部例外あり）
製薬会社に働くボスたち　　　　　　→会社のいいなり

つまりそれ以外のＸ線関連のボスたちが偉いということ。森皮と箱死魔は本当に偉いと思う。

>>56
高熱菌由来とかだとタンパクの性質が良いから、グループで年10個以上構造が決まる場合もザラ。
ただ、機能が未知だと論文を書きようが無いから外からは良く分からないが。
それ以外だとラボで年２、３個決まればかなり凄い。

>>57
サンプルを選ぶラボだと討死にする人が続出するのが普通だが、奈良の方はいまだＯＤを
出していないらしい。

>>58
ふーん。なるほど。
予想よりは健闘してるなあ。
年に1個くらいかとおもた。

そうだね

森皮せんせーはおもしろ人です。でもスゴイ。

そのせんせーは何を血書にしますたか？

＞622
最近はジャーナルのエディターとかされてますよ。

>>62
昔はリボヌクレアーゼHIとか...　それからリゾルバーゼ, Ter-結合タンパク質,
グルタミン酸レセプター, etc...　いっぱい。 PubMedでKosuke Morikawa検索
してみ。文句有るかこのやろうって感じ(?)　だから。でも日本のＸ戦では主流
じゃないんだなあ。飯台角度系統じゃないから。

>>47=48
いい人のふり（つまり偽善者）ﾊｹｰﾝ。

>>64
なにをもって主流とするかによるな。十分主流だと思うぞ。
角度系統凋落著しいな。

>>66
今、２代目から３代目への襲名が進行中なのかな？まあ、
３代目はちょっとね。

日本人Newest Nature article age

今日やっと結晶が出ますた！

X線あててみたか？何Ａでたんだ？ん？

>>69
ライあー

>>70 その口調，うちのボス？

>>72
晒せよ

X線あてて見ますた。Ａは．．．わかりません。

でもこの４月から数えると２０個目です。

その中に膜たんぱくはありまつか？

見ちゃいや〜ん。　きつぅぅ

http://www.dream-express-web.com/space-trust.htm

>>73
うちのラボ，助手+PD+DC の8割が2ch'erだからなあｗ
その中の誰かかもねぇ．あるいはラボ出身者かな．

まさかボス本人だったら…嫌すぎる(;´Д`)

>>72
安心しる。絶対違うから。俺(70)は教授じゃない。
>>75
４月から２０個！？リケンのラボかな？
で、そのうち何個SeMet結晶できたんだ？ん？

エックス線でたんぱく結晶化できる？

たんぱく壊すことはできるよ

＞エックス線

磁場つかって結晶化すれ

ということは・・・スレタイって・・・

>>79
すいません。嘘ついていました。



先週，21個目が出ますた。
>>83
>>1に出て来て貰いましょうか?

>84
がんがれ
目標何個でつか？ｗ

何か用？

>>84とか
Ｘ戦に当てたんなら分解能分かったろう？何Ａなんだ？ん？
それとも完全分業制のラボなのか？ん？ん？

クソついてますた…

完全分業制のラボのほうが、どうかんがえても効率いいよね。
精製とかウェットとか苦手な奴もいれば、コンピュータがだめの
やつもいれば、徹夜とか長時間労働とか長距離の移動とか
上司（先輩?)とふたりきりで電車に乗るのが嫌いな奴もいる(w

×線での蛋白質構造決定ってどうよ、だね。

>完全分業制のラボのほうが、どうかんがえても効率いいよね。
残念ながら当たっとるね。

漏れは1人が通しでやる派ではあるのだが、
ウェットとか苦手→といってテクニシャンにやらせる。
コンピュータ→得意な振りしてるが，人のノウハウもらって
　　　　　　　別の人にそのまんま教えて偉そうにしている。
長距離の移動→車の免許が無いし取ろうともしない。
　　　　　　　漏れらはおまいの運転手か( ﾟДﾟ)ｺﾞﾙｱ!!
こういう学生いるんすけど、どう思われますか、うちの教授！

>>87
ん？そんなに教えて欲しいのか？ん？ん？

>>92
べつにぃ〜、ん？ん？

マジで何に金を使っていいのかわからんらしい。
政府に発言権のある経済学者が見てるぞ！

【経済】バイオ研究に２兆円投資−政府
http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1034554434/

政府はバイオ産業を自動車や情報産業に次ぐ中核産業に育成する「バイオ産業立国」の国家戦略の
概要を固めた。2006年度までに研究投資を現在の５倍の約2兆円に増額、日本が弱いバイオの基盤
技術と人材育成などに重点投資する。新薬審査などの規制緩和も進め国際競争力を持つ企業を育てる。
国内企業主導で2010年に25兆円と試算されるバイオ市場を育成、関連産業を含め新たに100万人の
雇用創出を目指す。引用元
http://www.nikkei.co.jp/news/main/20021014AT2GI002213102002.html
275 名前：名無しさん＠３周年 投稿日：02/10/16 22:28 ID:rXeA5GOc 　　　　
いまさら遅いと言ってる人に質問。
それでは今、何に金をつぎこむのが良いでしょうか？
278 名前：名無しさん＠３周年 投稿日：02/10/16 22:33 ID:Y+SPKaPE
>>275
彼らは批判するしか能の無い口だけ人間なのでまともな答えは返ってきません（ｗ

このコピペうざいね〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜

で結局何Aなの？

4A

↑MW 300KDa over なら許そう。

許して貰いますた。

↓
100ゲット

ひゃく！

↑↑でかっ！（今時あたりまえ？）

　　　　　　　　　　　　 ＼　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 /
　　　　　　　　　　　　　∠　　　　>>出ますた！　　　　　＞
　　　　　　　　　　　　　／＿　　　　　　　　　　　　　　　　＿＼
　　　　　　　　　　　　　￣　/　／∨|　/Ｗ＼　　/＼|＼　|　￣
　　　　　　　　　　　　　　　/／　　　|/　　 　 ＼/　　 　 ＼|
　　 　 ∧＿∧∩　　　　　 　　 　 ∧＿∧∩　　　　　　　 　 ∧＿∧∩
　　　 （　´∀｀）/　　　　　　 　　 （　´∀｀）/　　　　　　　　　（　´∀｀）/
　＿ / /　　 /　　　　　　　　＿ / /　　 /　　　　　　　　＿ / /　　 /
＼⊂ノ￣￣￣￣＼　　　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼　　　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼
　||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩
　||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/ ||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/.||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/
　||　 ||　　　 ＿ / /　　 / 　 ||　 ||　　　 ＿ / /　　 /　 .||　 ||　　　 ＿ / /　　 /
　 　 .|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼　|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼ .|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼
　　　　　 　　||＼　　　　　　　　＼　　　 .||＼　　　　　　　　＼ 　 　 ||＼　　　　　　　　＼
　　　　　 　　||＼||￣￣￣￣￣||　　　　 ||＼||￣￣￣￣￣||　　　　||＼||￣￣￣￣￣||
　　　　　 　　||　 ||￣￣￣￣￣||　　 　　||　 ||￣￣￣￣￣||　　　　||　 ||￣￣￣￣￣||
　　　　　 　　 　 .||　 　 　 　 　 ||　　 　　 　 .||　 　 　 　 　 ||　　　　 　 .||　 　 　 　 　 ||

スレタイなんとかしる！

>>103

激しく意味不明なのに誰もつっこまないから
漏れが理解力無いのかと思ってたよ
ありがとう

どういたしましてw

お前じゃねーよ

利剣のヒトいる？ぶっちゃけ、これまで何個決めたの？
あと４年半で2500いけそう？

>>107
2500は厳しいんだろうな〜。利剣も頑張ってくらさい。

楽勝だよ

↑楽勝らしいよ。

500のほうこそ楽勝、でしょうなぁ。利剣も頑張ってくらさい。

>>109
頼もしいことです。頑張ってくらさい。

そうだ！がんがれ！！

３０００の話？

そうだよ

>>111
５００って？

>>116
3000のうち大学（正確には非利権）分担分だよん。

なるほど。ありがとうございます。

休廷なら設備あるの？＞X線構造解析用

>>119

現在では個別のラボ程度がもてる装置では
まともな構造解析できんと思うが
SPring-8のような第三世代とは言わないまでも
第2世代くらいは必須だと思われ

とゆーことは構造解析をテーマにしてるラボは
設備のあるところと常にコラボしてるってことか。

SPring-8もPFも共用ビームラインを一般ユーザに開放してるよ。
だから課題を申請して採択されれば誰でも使える。
ほとんどの構造解析のラボはそこを使ってる。

あと阪大蛋白研と理研は専用ＢＬをSPring-8に持っている。
東大は柏に放射光施設を作る計画がある。

PF-ARってどうなん？
あそこが使えたら田舎のS8までいかんですむ

PFも十分田舎だと思わんか？SP8が上回ってるのは認めるが。

同じ田舎なら、宿のきれいなSP8　これ常識

>>120　最新式のビーム増幅装置（名前忘れた）とCCDだったら実験室系でも
2.5Aくらいはいくよ。2.2いく、っていってる人もいる。

2.5 アンペア?

127は中卒

Å

　　　　　　　　　　　　 ＼　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 /
　　　　　　　　　　　　　∠　　　　>>久しぶりに出ますた（土曜日も実験して良かった）！　　　　　＞
　　　　　　　　　　　　　／＿　　　　　　　　　　　　　　　　＿＼
　　　　　　　　　　　　　￣　/　／∨|　/Ｗ＼　　/＼|＼　|　￣
　　　　　　　　　　　　　　　/／　　　|/　　 　 ＼/　　 　 ＼|
　　 　 ∧＿∧∩　　　　　 　　 　 ∧＿∧∩　　　　　　　 　 ∧＿∧∩
　　　 （　´∀｀）/　　　　　　 　　 （　´∀｀）/　　　　　　　　　（　´∀｀）/
　＿ / /　　 /　　　　　　　　＿ / /　　 /　　　　　　　　＿ / /　　 /
＼⊂ノ￣￣￣￣＼　　　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼　　　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼
　||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩||＼ ＿＿＿＿_ ∧＿∧∩
　||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/ ||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/.||＼||＿＿＿＿（　´∀｀）/
　||　 ||　　　 ＿ / /　　 / 　 ||　 ||　　　 ＿ / /　　 /　 .||　 ||　　　 ＿ / /　　 /
　 　 .|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼　|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼ .|| 　　＼⊂ノ￣￣￣￣＼
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　　　　　 　　 　 .||　 　 　 　 　 ||　　 　　 　 .||　 　 　 　 　 ||　　　　 　 .||　 　 　 　 　 ||

いや、
>最新式のビーム増幅装置（名前忘れた）とCCDだったら実験室系でも 2.5Å
>くらいはいくよ。2.2いく、っていってる人もいる。
って126が言ってたのが、意味がよく分からんかったもので、
ちょっとボケてみたんだが。

タンパク質の結晶の反射の最大分解能のことを言ってるんだったら、
それは結晶の性質によるものであって、
機器の性能で2.5Åいくって言われてもなぁ。
120と126の間ではどの結晶について話し合ってるのか分かってんのか？

愛媛大の先生がベンチャーをつくったらしいのですが，どなたか
ご存知ですか？タンパク合成らしい。

>>132
コムギ胚芽を使ったin vitro合成系のやつ？
Tatsuya Sawasaki, Tomio Ogasawara, Ryo Morishita, and Yaeta Endo
A cell-free protein synthesis system for high-throughput proteomics
PNAS published October 30, 2002, 10.1073/pnas.232580399

>>131

同じ結晶でも強いビーム使えば高分解能の
反射が得られます

127
ていうか、実験室系ではビームの弱さ、太さ、観測系の感度のわるさの問題で
なかなか2.2Aまではでないっしょ　それが最近は結構よくなったんだよって話
ですけど

>>134氏
ええ、それくらいは知ってるんですが、
>>135氏
ふむふむ。まあ、確かにそうですね。
大体、言いたいことは分かりましたです。

ちょっと喧嘩売ったような書き方をしてたみたいだ。
大体、ここ見てる人間ならその程度分かってるのにね。スマン。

お前らなあ、放射光とか使う前のデータ見たことねえのか？
全く、最近の奴らは何でもかんでも放射光使えばいいと思ってるからまいるぜ。
昔から実験室系でも2.0A切るものはあるんだよ。

>>137氏
まあまあ。
分かってる人でも自分の知識をいちいち書き込まないですから。

135氏(=126氏?)の書き込みを読んで私は
「お前らホントにワカッテンノカ？」とばかりにイヤミな書き込みを
しちまいましたが、それは私の勘違いだったみたいだし、
私も134氏にあまりに初歩的なツッコミを入れられてしまってるわけだし。

このアホっぽいスレタイトルのおかげで、つい
「お前らホントにワカッテンノカ？」
になりがちなんだと思います。

>>138
結局、お前が一番分かってない

SP8って、一般の人が申請して使えるビームラインが少なすぎる気がする。
理研とか、蛋白研が専用のビームラインをがめ過ぎ！

>140
じゃあ、2500のほうを手伝ってください。

そもそも結晶化についてのスレだよね

>>140
作ったの理研(と原研)だし

それはさておきぼちぼち結晶学会だ

作ったのは理研かもしれんが、その金は国民が出しているんだから、
もっと広くいろいろな人にアクセスする機会を与えるべきじゃないかね？
ま、A[PL]S使うからいいけどさ。

結晶できた−−−！

でも、膜だけに分解能はあがらんだろうが･･･
水溶性蛋白やってみて−！

なんで膜だと分解能あがらないの？

＞１４６
脊髄反射で書き込む前に勉強しる

結晶学会って、ポスター会場に潜り込める？
分子生物学会に行くからお金無いんだけど．．。

>>145
一度も水溶性タンパクの結晶を作ったことがないということかい？
リゾチーム結晶でも作ってみたら？きれいだよ。

>>148
東大の食堂みたいなとこでやるらしい。
受け付けの人間と目を合わさなければ多分大丈夫…かもしれない。

>>148,149

オモロイ！俺受付やるよ！
じーっくりと見てやるからなっ！

＞150
おし、勝負だ！
俺の手口は、昼すぎに朝からいた先輩と一緒に話しながら入る！
みつけてくれよ！

結晶学会前日アゲ。

山上会館見取り図見ると、受付は３階のオーラル会場前だから、
入ってそのまま下に降りればポスター会場へは楽勝、と思われ。

今年行かないので気にしてなかったけど、分生にぶつけるのね。
自信あるのか、あきらめてるのか、近いからかけもちしてね、なのか？

2A以下の分解能の構造でも“解けた”って言っていいの？
そんな分解能で何が分かるの？？

最近EMが調子乗ってきてるから、そのうちX線なくなっちゃうかもね、
10〜5Aが定番で、3Aくらいも時々行くらしいよ。

>>154
それをそのままEMやってる人たちに言ってみてください。
きっと彼らはキレますよ。

>>155
はぁ？　その3Åの論文どこよ？
見たこと無いぜ！　情報キボン。

Review paper: acta crystallographica 2000 D56 1259-1269
にのっちょったぞい。俺は授業でやっただけだから、
紙の上でしか知らないけど。

ちなみに3Aじゃなくて、3Aくらいね。

>>157
サンクス。
って言ってもこれは2次元結晶構造解析でしょ、膜蛋白とかで
3次元結晶できないけど2次元結晶できたので
電子線で結晶構造解析しました、っていうどちらかというと
後ろ向きな解析法でしょう。もし3次元結晶が得られてたら
X線で結晶構造解析するよ。2次元結晶も3次元結晶と変わらないくらい
作るのは手探り状態だし、検出器（例えばCCD)の分解能があとフタ桁
くらいあがらないと2次元結晶を使わないでEMで3Åなんて当分無理だよ。

ご説明どうもありがとう。>>158
俺やっとことないから分からなくてさ。
ほら、授業も今学期取ったのが初めてだからさ。
でも原理はEMと一緒なんでしょ?????
見えないものが見えるようになってることに感動スえる今日この頃です。
ところで、質問なんだけど、X線でリフレクションとらないで、
X線を収束させて、プロジェクションてできるものなの？
誰もしないよね、できないのかな？？？
X線とEMって似てるから、少し疑問に思ったりしてます。
教えてください。

>>156
ほい、これ。
The structure of bacteriorhodopsin at 3.0 A resolution based on
electron crystallography: implication of the charge distribution.

>>158
検出器の分解能も感度も問題じゃない。その証拠に、有機分子なら
もっと高い解像度でも解けている。問題なのはタンパクがちゃんと
きれいに並んでくれないことと、電子線でタンパクが焼けてしまうこと。

でも、「後ろ向きな解析法」っていわれてもなあ。電顕を
やっている人たちは前を向いているんだけどね。ただ、
後ろからあっというまに、抜き去るX線には驚異を感じてるかも
知れないけど。

>>159
X線と電子線の大きな違いは、レンズがあるかないか。
X線を収束させるようなレンズがあれば、誰も苦労しないよ。
X線の場合には仕方がないので、結晶を作って diffraction
を取り、レンズの役割をコンピュータにやらせている。

>>154
まあ、2A以下の分解能でも アミノ酸がどういう風に配列しているかは
ほぼ間違いなく assign できるし、それを使って mutation をどこに
入れるか位はわかるから、要は何を知りたいかってことじゃないか？

逆に 1A の分解能で解いたからって、その分子の仕組みが
全部わかるわけじゃないし。

>>160
サンクス。ずっと考えてた謎が解けた。
レンズがないというのは簡潔明快ですわ。
俺も、実はEMでベンセン環のタンソ6っコ
きれいに並んでるの見たことあるよ。

で、も一つ二つ教えてくださいません？

なんでEMって波長が短くてエワルド球のでかいのに、
それくらいの分解能しかないんでしょうか？？
X線の100倍くらい見えそうな気がするのに、
電子線で物が壊れるからなんですか？？？？？？？
低速で電子飛ばしてみるやつがあるって聞いたんですけど、
なんかその場合バックスキャッタリングになるんでしょ？
これは何でいんですか？物を傷つけないから？
なんでなんでしょ？

あと、

へリックスをEMで見るときHelix ruleに従って解析しますよね、、
Bessel Functionっていったいなんなんでしょ？？？
この時、Delta Functionって関係あるんですか？？？
う〜ん。明日テストなんですよ。
教えてください。

電顕で分解能があがらないのは、SN比の問題です。
X線の結晶解析とは、平均している分子の数が圧倒的に違うからです。

電顕からは位相情報も直接も得られるので、
X線でいうところの分解能とは、多少意味が違います。

もうすぐ、結晶がなくても、ものによっては電顕で構造が解ける時代がやってきます。

電顕で有名な先生って誰がいる？

Eisaku Katayama

Y Fujiyoshi

>>162
テストは終わったか？

質問1への答え

エワルド球は大きいけれど、レンズの球面収差が非常に大きいのと、
開口数が極端に小さいので、波長に比べると分解能は悪いですね。
でも、やはり生物試料の場合には、試料が焼けてしまうのと、
三次元に比べると、二次元の試料は moleculeの数を稼ぐのが
大変なので、S/N比をあげるのが難しく、こちらの
原因の方が主な理由。(163にあるとうり。）

質問2への答え

直交座標系の sin,cosに相当するのが 円筒座標系の bessel関数です。
関数同士の直交性から導かれるもので、電顕に特有のものではありません。

>>163
「構造」は結晶が無くても解けているけどね。Atomic Structureが
解けるかと言われると、そんな時代が来るかも知れないけど、その前に
X線がほとんどの構造を解いてしまうんじゃないかという気もする。

今朝受けてまいりました。
少し、もう少し早ければ、、、、、
Bessel Function出てきてたかもしれない。
そこの問題は思わずスキップしちゃったよ。
あの、座標系のやつがそうだったのかぁ〜、
おそらく電顕のとこほぼ惨敗だな(笑)。
その38Aのところになんちゃらスポットがあって、
ｌ＝２ｎ＋７ｍであらわされるreciprocal spaceで、
そのなんちゃらスポットは何番目のｌにあるの？

バックスキャッタリングのやつはどうなのかな？

>>165,166
その二人は「有名」の意味が違うような....

>>165,166
その二人はこないだの学会でバトルしてたぞ。

>>170
詳細を宜しくお願い致します。

結晶が出来たよ！ヽ(´ー｀)ﾉ
構造が既知のタンパクのミュータントだけど僕にとっては初めての結晶なのさ〜ヽ(´ー｀)ﾉ

おめでとう↑

年末に成功か。羨ましいな

結晶を眺めながら正月に酒を飲む

これどうよ？誰か出る奴いる？
　↓
　　　　　回折構造生物国際シンポジウム（ISDSB2003）


　日　時： 2003年5月28日（水）〜6月2日（月）
　会　場：5月31日まで，つくば国際会議場（EPOCHAL TSUKUBA）
　　　　　　茨城県つくば市竹園2-20-3，TEL 0298-61-0001
　　　　　　（つくばセンターバス停より徒歩10分）
　　　　　　6月1日〜2日，見学ツアー
　　　　　　　　PF(KEK)，JRR-3M(JAERI)，SPring-8(JASRI)
　主　催： 日本学術振興会「回折構造生物」第169委員会
　参加費（事前登録要）：
　　　　　　　　　2003年2月1日まで　　2003年2月2日以降
　　　　一般　　　　　20,000円　　　　　　25,000円
　　　　学生　　　　　10,000円　　　　　　12,500円


　シンポジウムWebページ：http://www.sbsp.jp/ISDSB2003/

もちろん

>>176
自分も参加しようとおもってます。
正直、英語の発表についていけそうもない院厨なんですが

>>178
俺もついていけない自信があるのだが

age

ageましておめでど

結晶できたけど薄いのばっか。
どうしたら厚くできるの？

とりあえずadditiveってのはどう？

（＾＾）

>>183
ハンプトンのadditive screenですか？
たっかいですね。買ってくれないかも（泣

>>185
自分で作るんだ(´∀`)

>>186
がむばります

　　技術的には２０年前と基本的に同じだし、よくやってるよこんなこと
　　とりあえず、サイエンスではないことを自覚したほうが良い

protein3Kはその自覚の現れかもよ

なら一つの手段として使いこなせばいいだけの話。

ところで、「Ｘ線のタンパク結晶化」っておかしくね？

↑激しくｶﾞｲｼｭﾂ！

>>188

「サイエンス」だけをやっていれば、サイエンスが進むわけじゃない。
目指す先にサイエンスがあるなら、単純作業でも技術屋と言われようと
やらなきゃいけないことがある。

Molecular Biologyはサイエンスじゃないからって、避けて通ってたら
何もできないっしょ？

むしろ金はサイエンスじゃなく、成果の出るとこに
つっこむべきだわな。

カミオカンデより先に金がきてよかったもんじゃなかったのか

サイエンスってなに？(´∀`)

>>193
それはごもっともだけど、そういうことを言ってるのではないよ。
要するに、もうちょっと昔に比べて進歩しててもいいんじゃないの？ってこと。
頭使って、ブレークスルーしてください。
予算だけが、ゲノム解析のおかげでブレークっていうのはちょっと悲しい。

進歩しようと努力はしてるんだけど、
思い通りに行かないのが世の中ですがな。

でも、最近は、以前ほどブレークスルーに向かってしゃかりきになってない
という印象はありますね。

ま、幸いにして解くべきターゲットはまだまだあるんで、
それを片付けつつ、考えて行きましょー。

（＾＾）

結晶学会長は月原先生でいいですか？

Ｘ線の位相測定ができると、タンパクの測定も迅速化すると思うのですが。

>>199
同じ分野の人はだいたい投票するんかな。
でも現会長がこの分野だからなあ。連続することはあるのだろうか。
まあ、とりあえず投票しとくか。

結晶学会の長じゃ、名誉じゃなくて雑用。他分野に押し付けるのが妥当でしょう。
俺らは結晶学会がなくなっても問題ないが、結晶学会は高分子がぬけるといたいので、
パワーバランスに変化はないかと。変化しても大したことないという意見も許可。

結晶、回折像、分子構造、、、美しい・・・

全てが美しい・・・

あぁ美しい・・・

意味がわかるともっと面白いよ。
というか、オタと研究者の区別つけようよ。

Oの使い方って難しいですね。サパーリわからん。
いい解説ページありませんか？

あとLINUXマシーンやMAC OSXで安定して動きますか？

質問ばかりですみません。

LINUX版ではゲーム用のステレオメガネで立体視することができました。
OSX版はpowerbookのみ試しましたが一応動いています。使いやすさはDEC>LINUX>SGI>MACでした。
ただ、dec, sgiのようにダイアルボックスが使えるかどうかはわかりません。
難しいけれど、がんばってください。

>>206
こんなに試してるのはN川さん？S本さん？

（＾＾）

（＾＾）

>>206
Win版が抜けてます。Oはゲーム感覚で望むべし。

だから結晶学会から高分子が大量に抜けて、旧構造生物学会
（蛋白質科学会）を占拠すればよかったのに。

地味だ

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

>>211
旧構造生物学会？？？
そんな学会（あるいは討論会）あったか？

日本蛋白質科学会は日本蛋白工学会、蛋白質構造討論会
および蛋白質立体構造構築原理研究会が母体となって出来た学会です。

＞蛋白質立体構造構築原理研究会
そういうのあったな。いわゆる「原理主義者」ってやつらだろ。
ドメインとかモチーフとか進化が好きな連中だよな？

和良た

http://homepage.mac.com/hitomi18/

結晶化テーマになったやついる？

共同研究者が同じ大学のNMRのラボにも同じサンプルを渡していたので
競争になりますた !
でも、師匠は、どうせNMRで決定されても、その後からX線で解いても
論文には絶対になるし、その後NMR構造よりも多く引用されるから、気に
するな、とおっしゃってまつ

>>220
同じタンパクのNMRの構造とX線の構造が同じラボから出て、
NSBの同じ号に載ったってことがある。

NMRのほうが先に解けた場合は、頼んで待っててもらったらいいかも。

>>220
漏れもむかし二股かけられそうになったことがあるけど
両方に保険をかけようって根性の共同研究者は嫌だな

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

　　　 　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

横○研の新しい助教授って候補者だれ？

注目の人事ですね

X線の回折フィルムパターンは位相情報が抜けているのだけど、
これの位相割り当て問題って困難だと聞いているけど、
解決したのかね？

してない

隠す意味もないと思うわけだが

http://www.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/2003/koubo03-1.html

http://homepage.mac.com/maki170001/

http://www.hptouroku.com/cgi-bin/affiliates/clickthru.cgi?id=000000000000000

＞２２７
どうなれば解決したと言えるの？
低分子の直接法や、ＭＩＲ、ＭＲ、ＭＡＤなどじゃ
解決したとは言えない？

Ｘ線を集光してＸ線顕微鏡とかを開発しないとだめ？

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

平成15年7月現在の生物化学講座の各研究分野のスタッフは以下のとおりです。
教授：西郷 薫、山本 正幸、横山 茂之、坂野 仁、深田 吉孝
助教授・講師：室伏 擴、榎森 康文、渡邊 嘉典、名川 文清、岡野 俊行
助手：小嶋 徹也、善野 修平、辛島 健、田仲 加代子、坂本 健作、坪井 昭夫、西住 裕文

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

Ｘ線やってるポスドクの人って・・・・・






なんかクライ人が多い。

>236
Ｘ線しか売りがなかったら、先行きないも同然だもんな
ＣＣＰ４iなら、猿でも解析可能

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

NMRやってるポスドクの人って・・・・・・






運古

7回膜貫通型受容体の結晶構造を大先生のところがだしてる
みたいですけれども何かコツってあるんでしょうか

ウシかブタをつかうこと。

ちなみに7回膜貫通型受容体の結晶化は地獄です。
つーか、膜の結晶化は人生をかけた戦いに・・・
特にRhoはしんどい。

俺も水溶性の蛋白やってみたかったねぇ。。。

大ヒット飛ばせる可能性があるんだから。
つーか、いまどき水溶性やってもねえ。
重要じゃないとはイワンが・・

>>244
実家が金持ちだったら、それもいいかもな。
企業はGPCR結晶化なんか、できるとははなから信じてないから、製薬会社への
就職もないと思われ。

どうして出来ないと思ってﾝのかなあ?
やりようはあるのに。

どんなことでもリスクとの兼ね合いで判断されるべきだから

じゃ、出来たらひっぱりだこだな。

汎用性があるなら、もちろん

問題は、薬のターゲットに実際になってるGPCRと滓GPCRの
落差が激しいことさ。
「結晶化に使えるくらい高品質なGPCR」がわんさかとれたら、
普通のセンスでは、「HTSにまわすから試料をよこせ」と
なるような気がする。
あ、ウシ、ブタだったらなんぼでもどーぞって感じかな。

agemasu

結晶化条件って、物理化学的なシミュレーションで決定できないの？
構造がわかる前のプロセスだから無理なのかな。

今んとこ無理。

でしょうな。

私もその手の理論的研究に興味はありますが、まぁおそらくあと十年
以上は試行錯誤が続くでしょ。構造予測と結晶化理論、どっちが早く
日の目を見るか楽しみなもんです。

>>252
タンパク質の構造が既知であっても、その溶液中でのふるまいが
シミュレーションできないのだから、ましてや未知のものなんて
むりむり

構造予測がどの程度まで精度を上げられるかにかかっているのかな？
ま、いままで数々の生命の神秘が解かれてきたがこればっかりは難攻不落の砦
な気がする。

結晶が出ないならNMR屋さんにもがんばってほしいところだが。

はい、ＮＭＲ屋でございます。
結晶屋さんは、きれいに精製したあと水溶性で、しかも結晶化できないタンパク質を教えてくれますでしょうか。

>>257
で、NMRでは解けない大きさの奴、あったら教えてください。
あ、俺、電顕屋です。

電顕＞ＮＭＲ＞Ｘ線

>>259
大小の基準は何？

論文になりにくさ？
学位のとりにくさ？

いまどき水溶性単体の結晶化してますが何か？

しかも他の種で既に構造解かれてますが何か？？

CNS どころか論文にするのさえ難しそうですが何か？？？

>>262
「明日があるさ」のメロディーで
Actaがある、Actaがある、Actaがあーるーさ〜♪

いつものキットでいつも出る
六方晶系のクリスタル
もう出る頃もう出る頃
今日も待ちぼうけ
Actaがある、Actaがある、Actaがあーるーさ〜♪

まだ見ぬ結晶ハリマまで
もっていこうと待っている
実験しろよ実験しろよ
だまって見てる僕
Actaがある、Actaがある、Actaがあーるーさ〜♪

おれ〜のタンパクは機能未知
結合相手もわからない
何もできず何もできず
文献あさるだけ
Actaがある、Actaがある、Actaがあーるーさ〜♪

Actaがあるさ、明日がある
若い僕には　夢がある
いつかきっと　いつかきっと
CNSに出せるだろう
Actaがある、Actaがある、Actaがあーるーさ〜♪

>>262
>しかも他の種で既に構造解かれてますが何か？？

別にいいと思うよ。他の種ぐらいなら別に気にせず自分とこのやれ
ばいいじゃん。変異体でさえPDBに出るし。

まぁ反射データ取ったあと、位相決めるのに分子置換でやれるかも
知れないんだったらもうけもんじゃない？と気楽に考えるのもあり。

>>263
Actaはあっても、明日は無いな。

X線->NMR -> 電顕、とならんだラボが最強か？

256以降の話の流れ（結晶できなきゃＮＭＲ 、ＮＭＲでできなきゃ電顕）で、質問なのですが、
Ｘ線による解析用の３次元結晶ができない場合でも、電顕による解析のための２次元結晶は出来るということですか？

X線屋だけど、電顕って超巨大タンパクの概像つかむものというイメージが
強いんだが実際はどうなのかな？

GloELが分子細胞生物学の新版の表紙だった気がするが。

>>267
X線の解析に耐えうるような(巨大な)3次元結晶ができない場合でも
電子線結晶学での解析に耐えうる2次元結晶はできることも。
電顕でみえるくらい（光学顕微鏡では見えないくらい）の
サイズの二次元結晶をたくさんつかって解析することができる。
二次元結晶状にモザイシティがあっても、実像と回折像両方を
とりこんでいるので、補正してデータの質をよくすることができる。

>269
そうでつか。解説をドーモありがと。

電顕＞X線

いや〜、自分はＮＭＲ屋で良かったとオモタ。
結晶ができるかできないか賭けをする必要ないし、大きければ切っちゃえばいいし、
構造だけが目的じゃないから構造解けなくてもいいし。

でも、タンパク質だけがいいな。核酸のＮＭＲははまりそうだ。

核酸のＮＭＲは横山研の専売特許ですよ。

>>263　めちゃワロタ

>>268
多くの電鍵の仕事はその辺で終わっていますね。何しろ最高で
解像度が2.8A位ですから。

もっとも、alpha-helixが見えるというレベルであれば、
結構いろいろな蛋白で観察されていますけど。（たとえば GroELとかね）

>>269
2次元結晶は3次元結晶よりも難しいといううわさもあるけど...
やっぱり良い結晶をつくることは重要です。

>>263
今時Actaも無理じゃないか？

クリ・ノートじゃろう？Actaなら載るじゃる。つかActaDしか載らん。
ほんの十年前ならJMBでも行けなくは無かったんじゃがのう。歳はと
りたくないものじゃ。

いかん、耳について離れない・・・
まじめに研究する気がどんどんうせる・・・

というか機能未知タンパクなんかなんでやってんの？

ああ、それはねタンパク3000（ry

あとづけで説明してもおもろない、というボスのポリシーです

まあ、alanine scanすれば判ることを、わざわざ構造を解かなくても
よいだろう、というボスの意見もわからないでもないが

機能未知と解いていいジャーナル載るならそれもいいが・・・

機能未知のままではいいジャーナル載らんだろ、さすがに

あくた【芥】
ごみ。ちり。くず。転じて、つまらないもの。
「最愛(いとおし)みし人は―の如く我を悪(にく)めるよ/金色夜叉（紅葉）」

>>277
最近はActaも難しいですが？
解いて論文にならなくても仕事で解かなくてはいけないこのつらさ…

>>286
Cryst. Noteでrejectされたってこと？初耳！俺が無知なだけ。

クリノートで1報解いて1報でｳﾏｰ(ﾟдﾟ)

Actaのくりのーと、レフリー３人もついた。しんじられん。

サービスサービスゥ

>>286
3Kのひとかい？播磨理研のひとかな？マジ、内部ではその点(論文かきが滞る)
どうしょうとしてるの？興味あるんだけど・・・

タイミングっていうもんがあってさ。
その波に乗りそびれてしまうともう、日の目を見ないんだよ。
日の目をみるようにするためには、自腹で新幹線の隣り合った
座席を二枚買って、相生→東京間ののぞみの時間を利用するし
かない、って話だよ？

あげ

>>292
よく分からんが、ボスの許可がないと出せんということかな？
で、ボスがなかなか捕まらんと。ホンとに？もしポス毒相手に
そんな体制だったらちょっとヒドイネ。

なるほど、これが噂の２ちゃんねる生物板ってやつか。

そだよ

>>292
自分で仕上げて出しちゃば？なにか恐ろしいことが起こるのかな？

起こります

そうか起こるのか・・・それも変な話だねえ

>>292
そこまでしてActaだと泣けてくるな

最近Actaそんなにむずいのか...

構造について全然知らないトーシロなのですが、
立体構造を決めるってどのくらい大変なんですか？

複合体とかの構造まで決めちゃう事もできるんですか？
例えば転写コンプレックスって複雑ですけど、
ああいうのも、まとめて結晶にして決めちゃう事ってできるのでしょうか？

あれこれ質問多くてすいません。

>立体構造を決めるってどのくらい大変なんですか？

決めること自体は面倒くさいだけで、大変ではないです。
10000-100000塩基くらいのシーケンスと同じくらいの手間？

>複合体とかの構造まで決めちゃう事もできるんですか？

できます。

>例えば転写コンプレックスって複雑ですけど、
ああいうのも、まとめて結晶にして決めちゃう事っ
てできるのでしょうか？
多分できません。実態のない複合体（たとえばイーストツーハイ
みたいなもので相互作用する分子同士を、ひとくくりに
した仮想複合体）は結晶化しないので、構造解析できません。
世の中で複雑といわれているコンプレックスの多くは
分子生物学者の脳内だけに存在している概念上の複合体なので、
実体がありません。実体のないものの構造は決められませんし、
きまったとしてもアーティファクトです。

GroELとかproteasomeなんかも脳内なのかな？

すでにPDBにあがっているが。

303は構造解いたことあるのかな？

結晶さえ出てしまえば解析できるよ。ただ核酸・タンパクの複合体
は核酸がまずふらふらしていて立体的に安定でないので結晶化が
非常に難しいだけです。

漏れはそんな馬鹿でかい構造といたことないが、かなり大きなものを見る感じでは
電顕の像を参考に全体の構造を決めてるように見える。

GroELは先に電顕が出てたしね。多分、ほんとに多分だけど全部一気に結晶化
してるとは思えない。パーツごとに結晶とって、コンピュータ上でくみ上げて
いくんでないの？
それ以外に方法は考えつかないのだが、浅学非才のたわごと。

トーシロの質問に答えていただいてありがとうございます。

脳内複合体じゃなければ、結晶さえできれば構造がわかるという事ですか。
結晶作るのって純度の高いタンパクが沢山必要なんでしょうね。
複合体なら、大腸菌で合成精製したものを混ぜて結晶にするという
イメージでいいのでしょうか？

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Ｘ線のタンパク結晶化

よく見るとスレタイもしかしてヘン？！
それともオレが間違ってる？
蛋白質の構造解析スレかと思ってたけど。

X線のタンパク結晶化ってどうよ。
X線回折による結晶解析において、タンパク質の結晶化という時間のかかるステップ
が在るけども、それはどうなんですか？
ってゆうことじゃないかな？

転写因子、20Sプロテアソーム、Arp2/3、GroEL/ES、チトクロムbc、リボソーム
みんな結晶作って構造解いてます。
このような超分子複合体（特に哺乳類のタンパク）の場合ひとつひとつ大腸菌で発現・精製するのは無理なので、
生体から複合体ごと精製している。

>311
レス感謝です。
生体から精製ってのは凄いですね。
それだけの量集めて結晶にするのって
並の努力ではなさそうですね。

だれか25日に大阪であった結晶化シンポジウムのレビューしてください！

「脳内複合体は結晶しない」　う〜ん、名言だなあ

そんだけでかきゃたいへんだわな。
結晶作ったとしても、モデリング＆精密化がめんどくさそうだ。

やっぱでかい研究機関じゃないとむりだな。あの手のびっくり分子は。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Ｘ線のタンパク結晶化

複合体を結晶化してさ。構造といてさ。
レフェリーからそんな複雑な複合体、ストイキオメトリート
合ってるのか？って突っ込まれて、あわてて電顕に泣きつ
いてる人が最近多いんですけれども。

ｽﾄｲｷｵﾒﾄﾘート

そんな複雑な複合体、脳内複合体のストイキオメトリーと合っているのか？

ストロベリーストリート

だいたい脳内複合体ってストイキオメトリー調べた奴いるのか？

>>317
多いか？

X線→電顕　なんか発想ならんだろ。
X線で出たストイキオメトリはそれを信じるべき。
結果間違ってたってストイキオメトリを「より信頼性を持たせて」調べる方法は他にない。

>>323
>X線で出たストイキオメトリはそれを信じるべき。
ぷぷっ・・・・あんた研究むいてないぞ
ていうか自分で解いた構造で論文通したことないだろ？

Ｘ線しかやってない論文は多いが？

>>324
そういうお前も、あまり電顕詳しそうには見えんな

>>324
事実、X線解析のみの構造解析ﾍﾟｰﾊﾟｰはいっぱい出ているが

X線で出たストイキオメトリはそれを信じるべき。
はぁ？
ﾅﾆﾈｺﾞﾄｲｯﾃﾝﾉ?そんなこといってるから構造系の論文のIFがどんどん下がって
いくんだろ？

それは構造やってるお前らの責任だから寝言はお前のほう。他人のせいにするな。
しかもX線回折のみの論文なんぞいくらでもある。その事実もお前らの責任。

>>328
アホか？
んなもん構造解析に携わってる奴の責任だろ。

ま、そもそも蛋白質を結晶にしてしまった時点で
アーティファクトてんこ盛りなわけだが。
それを「論文がいっぱい出ているからいいんだ」だってさ。
科学に対する真摯な批判能力をかいてるやつばっかり
なんだよ、所詮、結晶屋はさ。

>ま、そもそも蛋白質を結晶にしてしまった時点で
アーティファクトてんこ盛りなわけだが。

これってやっぱり本質なんだろうか。
どの実験系も問題多いね。

結晶にしてもなお活性の出るタンパク質。
それでも構造はアーティファクトか？

活性があるものがあるからといって全てがそうだとは・・・

結晶は出たが、このご時世
裏づけ実験、アッセイかなにかやらなきゃいかんよなあ
苦手だ頭が痛い

そこで共同研究ですよ

構造から得られる全ての結果がアーティファクトなわけでもないし、アーティファクトが全然ないわけじゃない。
ケースバイケースだ。みんな、そのぐらい知ってるとおもうけど。

「結晶にしてしまった時点でアーティファクトてんこ盛り」という表現は挑戦的に聞こえるけど、見たい現象によっはそうだぁね。大きなドメインモーションを伴う場合とか。
>>331は、そういう場合に限定して言っているつもりなんだろうか。
その後の、「科学に対する真摯な批判能力をかいてるやつばっかり なんだよ、所詮、結晶屋はさ」
という発現から考えるに、
１）一部を見て全てを判断してしまう阿呆
２）煽り
のどちらかですな。阿呆にせよ、煽りにせよ、付き合うのが悪いのは分かってるんだけどねぇ。

>>337
いや、俺はストイキオメトリに限定していっているのだ。
その前後の議論の流れからね。もちろんドメインモーション
なんかもその範疇にはいるけどね。クリスタルパッキングは
どうかんがえても、曲者だとおもうな。
まあ、それでも正しいことをいうことはできるんだけど。
ケースバイケースという点では同意。だがだからこそ、
そこで問われるのが結晶学者の見識だとおもうんだけど。
そういうときに「結晶といただけの論文もたくさんでてる」
（から結晶中のストイキオメトリを信じる？）という答えに
カチンときたわけですよ。科学に対する真摯な批判能力を
欠いてると思いませんか？でもって、大多数がそうだとしたら
分野全体が今後長期低落傾向になるんじゃないのか？

分野全体が今後長期低落傾向　(ﾌﾟ
ﾊﾞｶｼﾞｬﾈｴﾉﾓﾏｴﾗ

構造系のジャーナルのIFをみれば結論は明らか

うん、ひくいよねえ。NSMBはねいちゃんシリーズの中では
一番低い。構造専門誌では一番だがな...

構造を引用してたくても出来ないもれきゅらー馬鹿が多いだけだろう

研究者人口の分布が反映されてるだけだろ。いちいち僻むな。
しかしＩＦもそろそろ分野研究者数分布を使った正規化した
指標も併記されるべき時期だろうな。

実況スレ

赤い衝撃 ◆ ４１
http://live8.2ch.net/test/read.cgi/livetbs/1089297930/

>>342　　>>343
いや、ちがうだろ。構造が（または構造生物学者が）
きちんとした実験しないで嘘ばっかりついてるのが
いいかげんバレたんだよ。
モレキュラー馬鹿にすら引用してもらえない
構造の論文＝クズ論文　ってことだろ。
NSMBはあと2年以内に廃刊だな。

そもそもIFは分野によって違うんだから、そんなことで議論してどうする。
化学や物理と関係のある分野は一般的にIFが低くなる傾向があるからだろ。

構造は多くの場合解析の最終段階だからだろう。
機能の分かってるタンパクの構造解いたって、その後論文が山のように出て
引いてくれるはずも無し。その上構造屋は次々に違うタンパクを手がける
わけで、お互いにあんまり引かねぇだろ？

博物学の時代なんですね

つまり機能未知タンパクを解けばいいのか？

>>349
機能未知タンパクを解いて論文になればな。

>>348
生物の本質の一つは多様性なんだよ。多様性から本質的な原理を
抽出する為には、博物学的に事象を集めることも必要さね。

数学、物理のような厳密さ、美しさを実現するにはまだまだだね

>>351
そもそも生物を相手にしてる以上、決して数学や物理学のようにはならない。

それは生物学者が頭が悪いからｗｗｗ

>>353
違うだろ。もともと各論だからだ。
「各論」という言葉を嫌がる人も多いが、それはそれで捨てられるもんでもない。
「原理」と「各論」を繋ぐ道が不完全なら、それは両方の責任だな。その意味で言えば、
我々科学者はまだまだ頭が悪いのだろう。

wを三つもつけるような頭の悪い人にレスつけなくてもいいのに。

ある意味で生物学は他のどの学問よりシンプルで美しいかも知れないけどね。
これだけ多種多様な生物、生命という物が、本質的に核酸という物質の
デジタルな並びで規定されるんだから。そして、生命を維持する中心的
分子装置は、さまざまな修飾はあるにせよ、本質的にわずか20個の化学物質
により構成されるんだから。

大腸菌から人まで、その本質が変わっていないというのは驚異的ですらある。
100年前に、大腸菌と人の遺伝情報伝達原理は同じだなどと主張したら
狂人扱い去れたんじゃないか？

シンプルで美しい→物理学的センス　
たとえばa-helixだけのタンパクとか。繰り返し構造とか。

複雑だから面白い→生物学的センス　
巨大な分子複合体

原理と各論をつなぐことが学問の本質だ、とか
宇宙には統一原理があるんだ、とか
妄想だと思う。不完全性定理を提出したゲーデルはえらい。

宇宙の統一原理と不完全性定理に何の関係が？
これだから生物屋は・・・

知りもしないことを振り回して何かを論じた気分を振り撒く知的怠け者を見破るリトマス紙の一つが「ゲーデル」の名前だとはよく言われることではあるが。

>>357
散々突っ込まれてるところに追い討ちをかけて悪いが、たぶんきみは「不完全性」の
意味を誤解している。誤解していないんだとしたら、文章が乱れすぎている。

「原理と各論をつなぐことが学問の本質だ」というのは>>354に対する反論なのかも
しれないが、これもまたそういう意味ではないよ。そんなことが本質だと言っている
のではなく、「明らかに誰にもできていないことがあるのに、どの学問が優れているとか
劣っているとか論じるのは無意味だ」と言ってるだけ。

物理屋は物理と数学が得意だ、という理由だけでＸ線結晶学は
じめてもたぶん伸び悩むだろうなと漠然と思うだけ。
各論と博物学を面白いと感じられなければ、生物学なんかやらない
ほうが生産的だと思うよ。
どの学問が優れているか、という問題には一言も言及していない。
ある特定の学問で有効だった考え方が生物学にもあてはまるという
のは妄想だといいたいだけ。

>>361
あてはまらない、というのも「妄想」だと認めるのなら、きみの意見は正しい。
あてはまるかあてはまらないか、誰も分かってないんだから。

というか、学問に関する議論で「妄想」などという言葉を使っている段階で、優劣を
論じているに等しいと思うが。

基本的な質問ですが、
結晶化に必要なタンパク質の濃度、量はどれくらい必要ですか？

・・・に必要な・・・の濃度、量はどれくらい必要ですか？
まずは正しい日本語を話し、また書くことから始めましょう。

20mg/ml (NMRじゃふつう)
1g (くらい精製するだけの気合で)

1gの蛋白を精製指せるのは、ちょっと可愛そうだが、だいたい2-3mg位とれないと
大変ですな。

もっとも最近は nl 単位の溶液でも結晶化スクリーニングしてくれる会社があるとか。

物によってはもっとだな。
漏れは3mg/mlぐらいで出したよ。

うらやましい・・・

>368
367の濃度はかなり高め。苦労したということが言いたいのだと思われ。
あまりうらやましくはないぞ。スクリーニングのときは若干タンパク濃
度を上げたいもの。後で、条件はOKだけど、タンパク濃度がたらんかっ
たか？などと悩みたくないので。でもすくりにんぐで3mg/mlをトライす
るのは、特にもらいもんのサンプルではかなりの決心を要す。だろ？

結晶化の標準的濃度は8-10mg/mlでしょ？
分子量にもよるけど

>>370
あ、一桁まちごうた。はずかし、この事はみんなには内緒な？

だよなぁ。3mg/mlって結構薄いぞ。

20mg/mlサンプルをCS1,2、GridPEG、Grid硫安で計150バッチ。
1バッチあたり1ulでしこむと4mgくらいは欲しいところかな。

初期スクリーニングは
10mg/mLでCS1,Lite、Index、SaltRX、WizardI,II、CryoI,IIで約500条件。
2μLでやってます。最近は30分ほどでかけられるようになりました。

CS2をやらない意図は？

ヒット率が低いから

誰か天才さんさ、結晶化条件を数式で表せるようにしてくれ。
偏微分方程式もりもり解いてさ。

結晶化できないもの、ってのはいくつか数式で表されてるよね。
実験的なものだけどさ。

数式がいくらあったからって、
マニュアルどおりの純度にタンパ
クが精製できるわけじゃないっしょ？

そりゃそうだ。
蛋白質がCSI/CSIIで結晶化しなかった、または微結晶から成長しなかったときの、
理由についての統計っていうのがあって、
１．組換え蛋白質のコンストラクトが悪かった
２．蛋白質の純度が低かった
３．複合体のストイキオメトリが間違っていた
４．精製に使っている試薬・水の純度が低かった
５．結晶化用定温庫の精度が低かった
の順位になっていて、しかも1+2で全体の7割を占めている

水が変わると結果も変わるのは常識

ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20040831-00000158-kyodo-soci

【台風16号】スプリング８の屋根が飛ぶ
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1093949719/l50

春八、応答せよ、応答せよ

もうだめぽ

なにが？

【生化学】マウス白血病ウイルスの6量体キャプシドタンパク質の1.9Å構造決定　抗HIV薬等への応用の可能性
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1096234481/l50

> 理由についての統計っていうのがあって、
> １．組換え蛋白質のコンストラクトが悪かった
> ２．蛋白質の純度が低かった
> ３．複合体のストイキオメトリが間違っていた
> ４．精製に使っている試薬・水の純度が低かった
> ５．結晶化用定温庫の精度が低かった
> の順位になっていて、しかも1+2で全体の7割を占めている
>
ソースおしえて。

nagaokaut.ac.jp
サーバーが落ちてる・・・
やはり被害が大きいのだろうか。

>>389
復旧してる。

寂れてるな。おまいら年明けからどうするよ？

>391
自殺

>>392
選択肢の一つではある

X-HARPってすごいな

ＳＰ８休みあげ

>>394
どうすごいのか教えてちょ。

結晶化はMicrobatchかVapor diffusionか
特にスクリーニングの際どっちがよろし？

Screeningはsitting drop vapor diffusion。
Optimizationはまずはsitting drop
→条件が定まってきたらhanging dropとmicrobatchも試す。

>398
sittingから始める理由は？
自分の場合は逆だなあ。hanging dropとmicrobatchで条件決めて大き目の結晶
を作りたい時にsittingにするけどね。

結晶グループに入ることになりました。
なにぶん初心者かつ無知なもので、皆さんヨロシク

今日蛋白精製しおわった〜
明日から頑張ろう

X線でも小角散乱なら、溶液で大丈夫だぜ

はじめから中性子でやればいいのに。

まだあったのかこのスレ

設問１：構造解析のリファインメントと捏造の関係について述べよ
設問２：結晶化およびタンパク抽出の出来ない構造屋の今後の使い道について述べよ
設問３：精密化プログラムを独自のアイディアで改良もしくは開発できる構造屋の存在確率について
　　　　あなたの考えを述べよ

回答１：捏造とはまったく実験データがないところに
著者が都合のいいようにデータを加えることをいう。
何らかの科学的根拠があり、すでに実験データがある
場合に、計算機を用いて実データの情報量を超える
データを再構成したとしても、それは捏造ではない。

回答２：今後更に分業の傾向は進むと思われる。

回答３：８０％　構造屋の定義が最近かわったらし
いが、あたらしい構造屋の定義での存在確率は知らない。
実験室系のX線装置のビームのアラインメントができない
人は構造屋に含まれるのか？

あははは　釣れたw

解答１：客観的な根拠があれば捏造ではない　しかし感性に基づく場合は捏造である
解答２：ベンチャーに出向するしか使い道はない
解答３：１０％（単なるエンドユーザーはカウントされない）

ビームアラインメントが出来なきゃ構造屋じゃないだろ（オマケ）
真面目な解答ありがとうございますw

スクリーニング疲れたYO
ヽ（ﾟ∀ﾟ）メ（ﾟ∀ﾟ）メ（ﾟ∀ﾟ）ノ

みなさん、ご協力お願いいたします。
http://bbs.enjoykorea.naver.co.jp/jaction/read.php?id=enjoyjapan_16&nid=1440591&work=list&st=&sw=&cp=1

よし。
今日も4枚スクリーニングするぞ（・∀・）
あとOptimize1枚ぶん！

誰か応援してくれないかなぁ

京大Natureおめ！
なんといってもM先生でもK先生でもないラボから出たのがすごいっす

NMR屋から結晶屋への流出が進んでいるな

昨日は予定通り5枚つくったぞ
今日はラボ新記録の1日8枚に挑戦

8枚なら１時間ちょいで終わるぞ

48穴のプレート8枚だお

え、96じゃなくて48？

>>411
流出した人のほうが昔から結晶やってる人よりもいい仕事すること多いよな

んなこたーない

ロボット使うとやっぱすごいの？

いってきま〜す

SPring-8爆発あげ

>>417
兄弟に関しては真実だろ？M先生って正直どうよ？P3Kどうなってんの？

>>410
詳細よろん。

>>421
M先生？んと、助教授を喧嘩で追い出した人かにゃ？
公募で後任助教授を募っても応募する人がいなかったとか。

P3Kってのはしらん。

P3Kはやはり今年度で終わりか

ああ、P3Kって、ルーチンワーク３０００のことか。やっとわかった。

>>420
京大の新任教授が横浜市大の時の仕事でNatureに載っただけ。京大無関与。

「できる若手」を登用するという意味で健全かつ戦略的に正しい人事だろ・・

>>423
くわしく？

425だが、アンカー間違えた　>>422だったよ・・・orz

ここにいるひとってみんな構造屋さんなの？

>>422
あなたはかなり中の人でつね

位相が決まりません

>>422
詳しく・・・・
そういえばN木さんの後任のY先生のところの人って？

>>421
否定されたら条件絞るかw
そうまでしてNMR屋ﾏﾝｾｰしたいかw

>>411,416
手段を選ばず構造を解きたい、それだけのこと。
選択されなかった手法はその目的を達成する上では適切ではないというだけのこと。


解けた後の評価は着手した段階でだいたい決まっている。
何（タンパク）を手がけるかが違うだけ。
構造屋さんはお仲間に恵まれないとね。
共同研究者に良い思いをして頂かないとね。

>>423
本当に4年で打ちきりなら数値目標はうやむやになるのかw
で、理研は次のビッグプロジェクトも仕切ると。。

実際、３０００とうたって、ナンボができたの？
数字は？

去年10月末までで1650。
裏技によって3000は容易。

>>434
結晶解析における「裏技」ってどんなもんなんですか？
（例えばシミュレーションなんかで構造を作って）データ捏造？

>>435
リゾチームの全ての残基について20通りの変異体を作れば3000どころか（ｒｙ

さすがに構造は捏造しません。そこまで腐ってない。
某スレの見すぎ。

オレに言わせると、「捏造」は無いけど、「間違い」と「いい加減」は有る。

必要とされるレベルまでの精度で構造決定しないとか。
クローニングアーティファクトが構造にまで影響を及ぼしちゃってるとか。

＞Ｐ３Ｋ
いつからミュータント３０００プロジェクトになったのです？
３０００フォールディングがんばれ。

最近、国内でなにか構造生物学的なトピックスってないの？
次の日本発CNSは、何かな？膜蛋白質？

毎週雑誌に目を通せ。それとも一月前を最近とは呼ばないってことか？

>>439
当分はでない。

>>435
好熱性細菌の代謝酵素とか、常に細胞で動いてるやつは大体安定で
精製もしやすく結晶もでやすいから、それで数稼げるんじゃない？

捏造は、むり。

結晶出た！

・・・Ｘ線解析の結果、バッファーの構造が見事に見えました　oTL

いや、ありえねえから。

>>443
リザーバーの塩じゃないの？


あーソーキングめんどう

>>443
バッファーの構造って、ありえんでしょ？

ミセルが会合体でもつくったもんがみえたんちゃうの？

初心者なのですが、先輩方お教え下さい。結晶化の条件は何通りくらいすれば、目処がでるにでしょうか？ちなみにハンプトンので300通りくらいしました。4年間でです。複合体のタンパクで分子量も600ｋDa位です。ご意見お願いいたします。

>>447
だいたい３０００通りくらいすれば目処がたつと思うよ。それでだめならあきらめたほうがいい。

>>447
私も初心者なんですが

蛋白の濃度かえる
温度かえる
基質と共結晶化してみる
方法かえる

とか？

>>448
3000通りはひたすら、手作業ですか？タンパクも精製が難しいので先は長いっすね

>>447
(448は釣りだとおもう　うちは500くらいでドロップアウト）

まあ、結晶化の理論が明らかじゃない以上

結晶化は運で「科学」ではないからしかたないだろw

それもちょっと後ろ向きすぎる
「科学じゃない」んじゃなくて、
ボスの試料選びのセンスが悪いっ
ていうべきなんじゃないか？

他の分野だって、同じ実験系でも
うまくいく細胞とハマる細胞とある。

科学じゃないからロボットスクリーニングやるんじゃねえのかなあ

いわゆる場当たり的発想w

ロボット使うのは分注量が機械のほうが少ないからと思う。
場当たり的にロボットかけなきゃ、結晶条件がわからんっていうのは・・・
誰かのセンスが悪いんだとおもう・・・一度スタッフを問い詰めてみること
をおすすめするよ

初心者なのでわからないのですが、「あるタンパクが
『絶対に結晶化しない』ということが科学的に説明出来る」
ことはあるのでしょうか？

先輩の実験４年目で結晶がでるふいんき無いんですけど。

説明はできても証明はほぼできんわな

４年目くらいはごく普通だと思うけど

4年間で300の条件だけ？逝って下さい。精製が難しくても、酷すぎる。

よくわからないんだが4年前からストーリィが変わっていないタンパクとかあるのか？

>>459
ある。

それって苦労してといてもインパクトなさすぎなんじゃない？

いや、逆に、
構造を解く以外に、既存の手法でそのタンパク質の機能メカニズムを解明できない、でも構造が解けない、ってタンパク質かも。
結構、そういうの無い？
重要なタンパク質なのに解明が進まずにストーリーが４年も止まっているやつ
当たればでかいぞ〜




多分、沢山のソルジャーが玉砕したと思われるが、、、、

いくらでもある。

そうそう

>>462
４年どころか十数年とまってるのもあるよ。

２成分混合系（平衡系）になってるようなやつは原理的に無理だよね。わりと低めのエネルギーバリアがあって、
２状態間をいったりきたりしてるようなやつ。

勃起が収まらないので釈放・・・・チェコ
http://x51.org/x/05/03/2507.php

【Ananova】チェコにて、窃盗によって逮捕された男性が、刑務所の中で全く勃起が収まらないために釈放されたとのこと。
地元新聞のデイリー・プラヴォ紙が伝えるところによれば、37歳の男はチェコ南西部のプルゼニ刑務所に6ヶ月の服役を言い渡されたが、
毎日早朝になると管理人を起こし、勃起が一向に収まる気配がなく、激しい痛みを感じることを主張したという。
その後刑務所の医師が男を診断したが、男の著しい勃起に対して成すすべはなく、最終的に男はプラハの専門医のところに運ばれ、
そこで手術を受けたとしている。
　医師らによれば、男はペニスに継続的に血がうっ血する持続勃起症と呼ばれる稀な症状に苦しんでいたと話している。
またその後、医師の勧めにより、男は刑務所よりも妻のもとへ帰って静養したほうがいいとされ、男は釈放されたとのこと。

つうか何故このスレに貼る？？

>>465
十数年あれば、構造なしの変異実験で、生物学的な疑問にはほとんど
決着がついちゃっていないか？そういう状態でせっかく苦労して構造を解いて、
nothing newとかいわれるとへこむぞ〜

最近、分子生物の人たちが知りたいようなことについては、原子レベルで構造が分かることには
あまり意味がないようなきがしてきたよ。。。
IFの高い雑誌に載っているようなのも「原子レベルで解明」とか言われても分子生物の連中のポ
ンチ絵以上のことが新たに分かることは少ないわけだし。タンパク質分子の動きなんて、うちら
だけの喜びで、分子生物の連中にはさして重要視されていないのかな。

ああ構造生物学〜Part I

グライナージャパンがメンブラン・プロテイン結晶化プレート、
CrystalQuick PLUSのお試しキャンぺーンを開始。先着１００教
室限定だって。
http://www.greiner-bio-one.co.jp

構造生物学は分子生物学・生化学の答え合わせなんかじゃない！！ってか。

いやいや。
いろんな生物学的過程を幾何学的・物理的に見るから意味があるわけで
、生化学的・遺伝学的に機能が解析されていようがなんだろうが
構造から分かった知見っていうのは十分意味があるぞ。
無論、先にやられてた実験と同じようなことを意味することが
多いかもしれんが。

分子生物の人たちとは手法と考え方が違うんだから、どっちが優れている
とかじゃないと思う。相補的なんじゃなか？

そう思いたい。

ttp://www.uploda.org/file/uporg177463.jpg
（´・ω・） ｶﾜｲｿｽ

IUCr age

>>456
>「あるタンパクが 『絶対に結晶化しない』ということが科学的に説明出来る」
>ことはあるのでしょうか？
>先輩の実験４年目で結晶がでるふいんき無いんですけど。

物理化学をしっかり勉強すると、結晶の生成のしやすさって
普通に見えてくるんじゃない?
「分子の振動」ってあるじゃん。
ちょっと化学をかじった高校生でも、
固体と液体と気体の違いくらいわかるっしょ?

タンパクも柔らかになって、あちこちフラフラして見えないor結晶化しない

PF-ARがトラブってるもよりです （ ﾟдﾟ)
http://pfwww.kek.jp/whats_new/announce051005.html

先週末聞いた話では、上記内容よりまだ時間がかかるらしい

１２日朝より再開のもよりです。 （ ﾟдﾟ)
http://pfwww.kek.jp/whats_new/announce051005.html

間違って6000Gで遠心してセントリコン破いた漏れが来ましたよ。
いつになったらバッファー交換終わるのやら…

蛋白結晶の偏光ポラリゼーション・スクリーニングが脚光を浴びてたけど、
バッファ由来の塩結晶と標的蛋白結晶を判別できるＵＶスクリーニング法
がドイツで開発されたね。グライナージャパンのホームページに可視光と
ＵＶの対比画像が公開されてるよ。

話自体は前からあったし・・・

＞４８３
ドイツＰＬＳ−ＤＥＳＩＧＮ社のＵＶスクリーニング機器は特許番号が
公開されてますよ。

結晶がちいさすぎてクライオループですくえません｡･ﾟ･(ﾉД`)･ﾟ･｡

＞４８５
マイクロフルイディック・スライド法がフランスで始まってる
よ。結晶ハーベストをどうするのかと思ってたら、結晶化スラ
イドをそのままＸ線解析にかけるとのこと。蛋白結晶はザクザ
ク出たそうです。

>>484
まじで数年前から学会などで知ってた。
特許番号があるからといって最近開発されたことにはならんでしょ。
製品になるまでにはそれなりに時間がかかるものではないのか？常識的に。

チロシン、トリプトファンの蛍光でタンパクの結晶を判別するのも、マイクロ流路も、
結晶をすくわないで容器に直接X線を当てるのも、原理だけじゃなくて実機が既に動い
てる。改良を経て一般向けの製品になっただけなんじゃない？特許だってピンキリだし。

＞４８８
そうなんですか。先週ドイツでフランス人から聞いたところなんですが。
勉強になりました。ありがとう。

ループじゃないと春八にもっていけないのよ(´･ω･`)

＞４９０
そうなんですか。スプリング８で受け入れてくれないんですか。
これも大変勉強になりました。ありがとうございます。

>>491
少なくともうちが使わせてもらうとこはね

スプリング８
ばねエイト

ここの技官、
研究者を真夜中に呼び出して
ビームラインを
使わせるってホント？
こんなところ逝きたくネーヨ

なんか勘違いしてない？
真夜中に呼び出されるのは技官のほう。
測定トラブルの対処とか。

なんか、気の毒になってくる。

>494
まぁ実際ライン担当者がブチ切れることもあるしなｗ

初めてなの…やさしくしてね

ひまだよー　だれかかまってよー

最近、イタい新人数名が書き込むようになったな。

＞４９７
六本木の外人おっぱいパブへでも行ってきたら？ＮＺとかＯＧの学生が
ぞぞろいるよ。世界旅行中のバックパッカー。入場料は７０００円ぐらい。
超ボインのトップレスダンス。

やっぱ、おっぱいだよな。結晶出来ないって悩みどうでも良くなるよな。

真理に到達した
結晶化しこまなければ結晶は出ない
ところがうちのエムイチには
このことがどうしてもわからない香具師がいる

＞５０１
結晶化はまだ科学になってないから、数だよ。カリフォルニアの製薬ラボ
だと年間４０００万ぐらいスクリーニングしてるね。日本の製薬はこれから
自動化に入るみたいだね。

＞５００
まぶくて、うぶい学生が多いよ。ラップトップ・ダンス７０００円。

今日、初めて結晶化してた。
顕微鏡見ながらうぉ！って叫んでしまった。

酒石酸でした

ＣαＨとＮＨについて優しくご教授いただけますか？
ぐぐっても難しすぎてわかりません。

結晶化に半年以上かかる香具師は死ね

自動化が鍵ですな　蛋白質巻き戻しも自動化したいですな

ハンギング、シッティング、マイクロバッチなどが一般的だと思うけど、
結晶化できる効率？ではどれがいいんでしょうか？数年前にスプリング８
の主任研究員で「マイクロバッチが速い」と主張されてた方がおられたの
を記憶してるんですが。米国の製薬はシッティングが主流ですよね。

自分は基本的にハンギング。マイクロバッチはIMPAXで初期
スクリーニングする時に使って、大きな結晶を作りたい時は
シッティングという感じ。
ハンギング、シッティング、マイクロバッチの利点・欠点は
知っていると思うけど自分はどれが早いとか無いと思うけどね。
その主任研究員が何を元に「マイクロバッチがはやい」と言って
いるのかしないけどもし経験的なものなら単にIMPAXなんかを
使って一度にたくさんの条件を仕込めるから結晶が出来る
可能性が高いだけかもしれないからね。どれが効率的かは結晶化
の理論が確立されるまで比べられないのでは。

いくつかの条件で沈殿傾向をみてからスクリーニングの範囲を決めるキットってどうですか？

おっぱいよりイイとは思えない。

NovageneのpETシステムのメリットは発現制御が厳密ってことらしいけど、
デメリットは何なの？
タンパクの収量が落ちそうな気はするが

pET漏れるよ。

placよかましなんちゃう？
pET+BL21(DE3)pLyzSは「鬼金」らしいじゃん。

実際つかってみるとわかる。
漏れたら困るような蛋白質は結局pETではとれないし、
たいして収量もあがらないよ。

plac+GFPを大腸菌に入れたら、誘導かけなくてもタンパク精製できてやんの。
意味ねー

>>516
アニキお勧めの「漏れない発現系」はいかなるモンでしょう？

新春あげ

要因解析ってどうしてる？　Fractional design.

この分野で活きのいい日本人ＰＩを３人挙げるとしたら誰？

タンパク結晶「化」なんてちっちゃな分野でか？ｗ

確かになあ　結晶「化」と限るとそもそも人数が限られてくるなあ
岩田さん（膜蛋白の結晶）
創晶プロジェクトのひと
理研の菅原さん（結晶化自動化）の三人でどうよ？

そもそも結晶なんか作らなくても計れるような分析法が発展すれば、
このスレの連中はみんなあぼーんされる。

>>523
「このスレの連中」って・・・
ここのレスのほとんどは素人が書いてるとしか思えんのだが？
大体スレタイからしてドシロウト丸出しｗ

>>520

結晶化だけではなくてもう少し広い意味にすると
おもしろいのでは？ たとえば、
1. 結晶関係の技術
2. 解いたたんぱく構造の重要性とおもしろさ
3. 構造を含めて、総合的な生物的な理解

1. 以外はX線結晶以外の解析も重要だから、
いわゆる生物の研究をしていて、たまたま結晶も
やりましたという人が含まれて来ると思いますけど。

岩田さんは 2,3の意味でも重要な貢献をしている思います。
膜蛋白という点では豊島近さん、藤吉好則さんなどもあげて
良いのではないでしょうか？

>>525
「Ｘ線結晶」って何だよｗ　「結晶関係の技術」？　「生物的」？
用語をちゃんと扱えない奴に「おもしろいのでは？」とか言われてもなー

あとな、藤吉さんはＸ線じゃなくて電顕だｗ

>>526
2chで用語をちゃんと扱えないと言われましても...
あ、2ch用語ならちゃんと使えるかもしれません。

ハア？何おまえ？
Ｘ線結晶　って、この文脈だったら、タンパク質の構造を知るために、
タンパク質を結晶化して、�]線解析で構造を取るって意味だろ？
わかっているくせにＷ。

それよりも、２，３は、タンパク質の構造モデルによる分子レベルの機能の解明、解釈
ということでいいのか。タンパク質だったら必然的に生物やし。

＞５２９
いや、５２６の言うとおりだよ。スレタイは日本語になってないよ。

スレタイに問題あると思うが、言葉尻をとらえて何が楽しいんだか

誰も楽しんでなんていないと思うけど。

良スレアゲ

へんに正確な言葉を使おうと意気込むからいかんのよ
「Ｘ線屋」「電顕屋」「ＮＭＲ屋」「ものとり奴隷」
でいいじゃねーの。

http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1065960303/
こっちとかなりかぶってるしな

>>530=526
529はスレタイについては触れてないだろうが！このボケッ！

>>533
四段オチかよｗ

　　　　ﾊ_ﾊ　　
　　　('(ﾟ∀ﾟ∩　ぼくは　ものとり奴隷ちゃん！
　　　　ヽ　　〈　
　　　　　ヽヽ_)

たくさんの結晶　が　出　ま　す　た　！　！　！　

＞５３５
別にスレタイにクレームつけてるんじゃないんだよ。５２９が書かれてる
とおりだけど、スレタイを初めて見た時は何か新しい技術が生まれたかと
思ってこのスレを見るようになったんだ。機器メーカーの人みたいだけど
もっと冷静に対応したら？

ＮＭＲ屋は、ものとり奴隷を開放すべく、超複雑なシークエンスを開発中だ。
ただしピークが出るかどうかは運任せだが。

電顕屋は、自身が奴隷だ・・・

>>539
ハァ？俺は米国の大学にいるんだが、覗きに来ましたよ。
ほとんど有用な情報はなかったけどな。
何か新しい技術が生まれたって、学生さんかな？高校生？

某米国の教授です、テニュアです。

>>524,>>525-526を書いたことをすっかり忘れてて久々にこのスレ見たら荒れてて驚いたよ。
>>530は俺と同一視されて申し訳なかったね。すまん。

俺は別に言葉尻を捕らえて遊んでた訳じゃなくて、>>523みたいに無知な奴が
他人を貶したり、>>525みたいに電顕とＸ線の区別もつかん素人が構造屋の
評価をしたりするのが気に食わなかっただけ。

まぁ俺ももう少し大人の対応をすれば良かったかもしれん。
まず、>>525は電顕を含めるなら>>534当たりに誘導すべきだった。
それでも敢えて答えると、構造生物学分野で活きのいいPIという質問なら、
岩田さん、豊島さん、藤吉さんを挙げるのは正当だと思う。
他、難波啓一さんとか、長井潔さんとか、まだまだ挙がると思う。

「Ｘ線屋」「結晶屋」「電顕屋」「ＮＭＲ屋」「構造屋」とかなら普通に言う。

>>544
中村屋〜

磁力線の蛋白結晶成長に与える影響について実験された方、おられますか？

>546
え、そんなのあるの？

＞５４７
昨日、別件で磁石のウエブを見てて突然思いついたんですが。樹脂とか
だと引っ張れば分子配行を整列させられるでしょ。磁力線で水の分子状態
が変わるとか一般に言われてるので、結晶成長にプラスの影響が出るのか
なと思ったんですよ。誰か、実験された方、おられませんか？重力方向へ
磁力線を照射（結晶作製ウエルの下から）したり、磁力線で結晶作製ウエル
を囲んだり、色々おもしろそうだなと思ったんですが。

>548
磁場 タンパク質 結晶化 でぐぐれ。
もうやってるとこはある。

＞５４９
ありがとう！

磁場、電場、無重力・・・いろいろやってるところあるな。

染色液で染まらないタンパク質の結晶ってある？
さわった感じの脆さは蛋白結晶なんだけど染まらなくて。

これからＸ線当てれば良いんだけどさ。

ウチは結晶が出るお札を開発中

http://jrecin.jst.go.jp/html/kyujin/main/D106020492.html
公募人員：　助手　１名
所属：　東京工業大学　大学院生命理工学研究科　生命情報専攻　高次生命情報講
座　知能情報分野
任期：　なし
専門分野：　X線結晶構造解析の経験が豊富で、かつ分子動力学法等による計算機
シミュレーションを行える方
博士号を有し、コンピューターに習熟し、２００６年２月１日現在３３歳未満
で、大学の学部教育の経験のある方
　当該分野の研究を主導し、学部・大学院の研究教育指導を担当できる方。
http://www.x-ray.bio.titech.ac.jp/job0420_2005.html

グライナージャパンです。蛋白結晶化関連研究室の院生で２００７年
卒業予定者を１名募集しています。院卒２名（４月から３名）でテク
ニカル・サポート兼任の営業担当。みんな分野が違うので、今回は蛋白
結晶化の知識のある方の採用を願ってます。年報３３０万、予算達成率
に応じて青天井？で昇給。１００％達成すると５０万の昇給。会社の雰
囲気は家庭的でアットホーム。面接のみ。

×年報
○年俸

>会社の雰囲気は家庭的でアットホーム。

個人商店の丁稚小僧か・・・
しかも外資。逃げ足が速い。

>>553
おおっ　N木先生，なぜに分子動力学？？？
それともすでに具体的な人物がいての出来酵母か？？？

公募情報スレになる予感

ごちゃごちゃ具体的なことが書いてあるときは出来レース

どっちでもいいじゃん

よくない！出来ってことを知らされずに当て馬で
応募して、落ちて・・・ってきつすぎる

グライナージャパンです。早速２００７年卒業予定の院生から応募が
入りました。このスレの住人のみなさんへ感謝！感謝！

あげ
タンパク３０００の次期プロジェクトもどき
どうなった？
理研大丈夫そう？
方法論開発とかどうよ？

知り合いに聞けばいいのに

>>557 出来レースだろ。
計算機科学のなかでもMDは本当に一部分に過ぎん。

日本の助手のレベルはこれだからたかが知れている

どうせ雑魚ラボだろ
いい仕事したいなら気にスンナ

倉猪名はほんとにろくでもないね。インセンティブなんて今時怪しくて誰も謡わないよ。

でタンパク３０００どうですか？？

>>566
おいおい、N木さんが雑魚だったら、
一体誰が一流なんだよ？

バジり工フさん

>>596　釣りだろ

この分野には日本人を含めても上はいくらでもいるよな

といったものの名前を挙げることができない>>571

571ではないが
月原、長井、森川、豊島、岩田といったところか（敬称略）

濡木さんはザコじゃないと思うが、おおざっぱ。

>>569=572 そこまでN木さんの熱烈なファンなのはなぜ

身内やら出身者ならなら支持するのは当たり前

>>574
オレは572じゃないし、
N木さんの熱烈ファンでもない。
それに身内や出身者でもない。
ただ良い仕事をした人だと思ってるだけの事なんだがな。
まだ若いし独立したてで、ちゃんと成果出てるんだから、
よくやってると思うがなあ。
評価し過ぎ？

尊敬できるのだから評価していい
雑魚には当然はいらんよ

ただし５７３のいう方々とは差があるきガス

自分としてはN木先生良いと思うよ。うちの教授がN木先生をどう思ってるかはしらんけどｗ
学会で制限時間無視してこれでもかこれでもかと次々とリボン図が出てくるのは笑えた。
座長は笑えない様子だったが。

学会でお会いしたが、普通に面白いおっちゃんやったなぁ。

そう、そんなレベルでここは平和なのだよ

そうだな。
構造生物学自体もうすごい学問だとは思わないし。
ネイチャーに載る人も載らない人も大した差はない。

役に立つし必須の分野だがつまるところテクニシャンだ

「一将功成って万骨枯る」を地で行っているような
人のことをなぜそんなに賞賛するのか理解に苦しむ
>>573
その５人の中で部下に恨まれていないのは長井センセ
だけのような気がする
結晶学残酷物語

>>583
豊島先生は自分でファーストとるくらいだからアレだが、、
他の人もそうなのか？
よかったら詳しく教えてくれ。

うちのラボ（有名、ただしその5人の中じゃない）は、
どう考えても研究に向いていない人も結晶学で博士号をとれてるぞ。

>>583　岩田先生は違うのか？

>>584 名前の挙がってる５人のところだって、博士号は皆取ってるよ。

大学院生ポスドク使い捨てってこと？

そういえば維綿先生、ここ２年間でラボのスタッフのほとんどが入れ替わったとかなんとか、セミナーで話してたような・・・理由想像すると・・・ｶﾞｸｶﾞｸﾌﾞﾙﾌﾞﾙ

それはみんな良い仕事をして、PIになってラボを卒業していった
ということですね。ボスとしてはうれしいような悲しいような。

ｷｬﾊﾊ!!

やっぱり俺は使い捨てか・・・・　orz

結晶はほんとにひどい業界ですね。

>>591
あまり思い詰め過ぎないよう、お気をつけ下さい…

岩田さんのように海外に行くのはリフレッシュして研究を続けるのによいよ

連休中も実験してますか？

いまも研究室で無無無

俺は論文カキ
Natureいくぜ！

５月病age

もうすぐ６月だぞ

PFはまだ肌寒いけど春八は暑いのかなー

全く結晶がでません。もう疲れました。

何年くらいやってるの？

5年です・・・

理研の結晶化マシーンってどんぐらいタンパク結晶出してんだ？

3000個だよ

>>603
誰のこと？ｗ＞結晶化マシーン

播磨の装置のほうだろ？あれはすごいぞ！！

>600
結晶解析を選んだ眼力の無さを嘆くしかないな

ひとつくらい「必ず結晶がでて、かならず論文になるけど
しょぼい安全策テーマ」を一緒にやっておくべし
代謝系酵素とか酵素とか酵素とか
転写とかシグナリングとか生物学的に話題のネタは
たいていはまるし

>>608
なんか文章の書き方が特徴的だなｗ

酵素解いてJBCあたりにねじ込めたとしても全く評価されませんが何か？

Protein Exp & Purifに精製できますた論文書いて終わりというのよりも５倍くらいマシということで

だが同じ結晶学者としてN木先生のCNS連発を見習いたいモノデス

CNS書いてアカポスげっとできない限り全て無駄。

CNS「だけ」がアカポスげっとの要因なわけではないことに注意、注意。
共著者に大御所を入れておくとか(ry

ちょいと質問。
PEGって結晶化しないんじゃないかと思うんだけど
これはPEGの結晶です！っていう論文とかある？
論文じゃなくてwebページとかでもいいですけど。
調べてるけど見つけ出せなくて。

うってるPEGはフレーク状だがあれは結晶じゃなくてアモルファスなのか？
結晶化しているがmozaicityが高いとかそういうレベルなんじゃまいか？

>>615
なんだ、PEGで結晶出たのか？
だったらそんなんもん調べるよりIsit使うか、再現性があるならたくさん作って
一個つぶしてSDS-PAGE流せ。
結晶かどうか調べるなんて1時間もあれば終わること。

>>616
あれはやっぱ結晶じゃないのか。

>>617
SDS流したいんだけど結晶が微小すぎてループですくえなくて。。。
洗いができないからＳＤＳで判別できないorz
Isitってなに？どこの製品か教えてください＞＜

>>614
kwsk!


Izit?

>>619
HamptonのIzitってやつなら発見。
これってどのくらい染まるんだろ。Izitかはわからないけど
タンパク結晶を染める試薬でたまに染まらないのもあるって聞いたことがあるけど。。。

ふつうにＳＤＳ＋銀染　サイキョウ　そまったりそまらなかったりする試薬で
もし、たまたま染まらなかったとして、
藻前はその結晶やそのプロジェクトをすっかりあきらめる覚悟はできてるのか？
「これで染まらなかったらこれはもうやめる」って思い切れるならIzitしたら
いいんじゃねえの？そうでないならとことん喰らいつけよ。
つうかそんなことでいちいち悩むなんて藻前結晶屋にはむいてねえよ。

>>621　構造生物学がしたい人はたくさんいるけど、そういう人がみんな結晶屋にむいてるわけじゃないよ

結晶屋なんて道具じゃん

>>623
と甘く見てると大怪我するぜ。一時配列とは少し手前が違うからね。

>>623
おまいが何屋か知らないが、「○○屋」にこだわる奴はサイエンスに向いてないよ。

俺はやりたいことのために必要があればなんでも身につける。
分子生物学（当初の意味とことなる使い方をされているが）に比べれば大変だったけどそれだけの価値はあったね。

創晶さんですべて解決でしょ。

まあ全部外注に出せばポスドクも学生もいらんがな。

創晶にまかせてうまくいけば苦労はせん罠。

ところで、タンパク3000の期間中一度もサンプルを送ってこなかった共同研究者ってどうよ。

fluidigmとかに出してみるとかね。
外注でもいくつかあるから金に困ってないなら出してみるといいかも。
たださ、やっぱ結晶を自分で出したいじゃん。

>>621
なんであきらめるわけ？
ちっちゃすぎて・・・てのを読めばX線当てれない、
当てずらいってことくらい容易に判断つくよね？
それくらい読んだだけで判断できるっしょ。

お前研究者に向いてないよ。
読解力・思考力が足りません。

>>629　だったらつべこべいわずにX線あてればいいだろ？
向いてないっていわれて切れてるのか？女々しい奴だな！
どうせ発現のときも精製のときもうじうじうじうじ、
あーでもないこーでもないってやりながら実験してい
るんだろうな・・・そんな藻前が出した結晶が3A切る反射を
出すことはまずないだろうな・・・とりあえぜリゾチーム
の結晶化あたりで練習したらいいんじゃねぇの(w
ビームあてれないんだったらあきらめて別の条件探す以外に
なんか手あるんか？あるんだったらとっととやればいいじゃねぇ
か・・・

仲良くしろよ、ヒヨッコ共

>タンパク3000の期間中一度もサンプルを送ってこなかった共同研究者ってどうよ。

ひょっとしてＮ川チームの某共同研究者じゃありませんか？
予算配分を受けながら一度も試料を送ってこなかったんだったら、匿名で評価委員あてに
怪文書FAXで告発すればいいですよ。

そういう話は各拠点にいくらでもあるわけだがｗ

この分野、就活では不利なの？

>>634
結局、公務員とか調剤薬剤師になる人が少なくないなあ。

有機合成とか薬理なら
企業に就職しても似たような仕事の口がありそうだが、
構造解析の口は狭い。

解析どころか、結晶が出ないまま1年が過ぎた・・・

最近タンパク３０００の話題が２ちゃんねるからも消えたねｗ

＜バブル並み新卒採用なのに、正社員になれないフリーター＞
http://eureka-i.jp/news/2007/05/0705012640.html
来春の新卒採用数は5年連続増加で過去最多、求人倍率もバブル時代並みとなる見通しだ
が、その一方でフリーターから正社員になった人の割合は5年前に比べて大幅に減っている
のが現実だ。

２種の蛋白質を混ぜて結晶化して、出来た結晶が複合体によるものかどうか、ってどうやって調べてます？

X線を当てて構造解析する。
結晶出たなら当ててみなよ。
一方の構造がわかっているなら、分子置換でなんとかなるっしょ。

>>639
漏れの所も似たような実験やってるけど>>640が一番手っ取り早い。
うち結晶でてないけどorz

手っ取り早い、って言葉が違わない？
それは確実だけど、ものすごく時間と労力がかかるぞ。

普通に結晶を良く洗って、SDSとMASSじゃないか？

それにしても今回のターゲットタンパクほど
「結晶化」の難しいサンプルばかり集めたもんだなあ

タンパク３０００と比べると、極端から極端に振れた観があるな

>>643
ターゲットタンパクの審査結果って、
どこかで公開されてるの？

ネ申大医のアカハラ構造土方教授

それ、どこでの話し？

つーか、誤爆じゃないか？ひょっとして結晶やってる人のことか？

そういえばこのスレ結晶化のスレだな・・・・

誤爆もなにも...。アカハラかどうかはしらん。