シーケンス解析ソフト

だれかいいの紹介して。
バカ高いのだめね。
タンパクもDNAも処理できるのがいいな。
今、BioEditっていうFreeの使ってるんだけど、今ひとつ使い勝手わるい。
なんとかしちくり〜

Macならこんなスレが。

Macで学術系ソフト&研究室のMac(過去ログ落ち)
http://pc.2ch.net/mac/kako/999/999450983.html
Macで学術系ソフト&研究室のMac・2
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/mac/1018789103/l50

どんな解析がやりたいのかぐらい書かんと…

winユーザだす。
とりあえずは末端配列や内部配列数十〜数百残基程度の情報を効率よく既知配列と
比較したいっす。

当方一ヶ月前に初めてPCRやったほどのど厨房です。
今使っているのは多機能そうなんだけど英語版でわかりづらい・・・ナサケナ
周りにも使用経験者皆無にてお話になりませぬ。
基本的なのキボンヌであります。へるぷみ〜

便乗。
だれかMacOSXでEMBOSS使ってるひとー。
いたらききたいことが。

>>5
macユーザーだが、英語版以外のソフトなんて見たこと無い。
つーか日本語版のソフトがあるんじゃないかなんて事は考えたこともない。
winでも似たような状況なんじゃない？

EMBOSSってX wondow立ち上げないと駄目なんだっけ？

>>8
じつは動かせてないんすよ。てへ。
で、できたひといるかなあと思って。
terminal上で、環境変数とか設定して、
wossnameでいろいろappliが出るまではいけるんだけど、
databeseの設定ができてないようで。
このへんはたぶんXいらないんではなかろうかと思うんすけどね。

>>7
英語版でぜんぜんかまわないっす。
みんなが使っているwin用のソフトを知りたいっす。

GENETYXはだめ？
お試し版があったよ
コピペが使えなかったけど

相同性検索はした？

>>11
つかいやすい？Yahooで検索してみます。

>>12
一応、blastかけた。
あれって細かいとこ見づらいよね？
使い方がよくわかってないってのもあるんだけど。

GENETYXの落としてインストールしてみた。
ヘルプがJapaneseだからめちゃうれしい！
製品版は高いのかな？
画面キャプチャしちゃうぞ（ｗ

GENETYXイイ！
だれか値段しらない？
まぢ欲しい、これ。

20万くらいかな

>>9
ここ↓はもう見た？build directionが配られている。
http://homepage.mac.com/wjvanetten/FileSharing2.html

ただ、X11R6の立ち上げ方から書いてあるので>>9の目的にはそぐわないかも。
（私は全然試してないです）

>>16
なんじゃ、それは！
そんなもん買えるわけないじゃん（ｗ＆泣
２０万分努力したらフリーかチープなシェアウエアで同じことできるんでないのけ？

全部そろえるとだから、
これいらない、あれいらないとかにしたら
１０万くらいにはなるかなー？
一番良いのは、誰かに・・・。
それ以上は、書けない。

数千円いないキボンヌ。

なぜに学術系のソフトは値段がボッタクリなのか？
需要と供給の関係か？

>>1
学術系のソフトは学生に買えるもんじゃない。
20万だって安い方。
研究室によさを広めて、学校で買ってもらえるように持っていき。

とりあえずwin userが一般的になにを使っているのか知りたいデス

1が言ってるのは「シーケンス解析ソフト」っていうのは「マルチプルアライメントエディタ」のことだろ？
それならBioEditやClustalXで十分。それ以上のことをやる奴はPerlなりＣで自分でプログラムを書けばよい。

BioEditが十分なのはなんとなくわかるんだけど、使いこなせない・・・（ｗ
これってメジャーだったんだね。

ClustalXっての落としてきたんだけどインストールの仕方すらわからん。
なんて無能なの・・・

展開して実行するだけだと思われ。
ちゃんと拡張子が.zipになってるのを落とした？

>>17
サンキュー。そこはみたよ。でも
ttp://mail.ahc.umn.edu/pipermail/bioinf-general/2002-February/000111.html
にもっと新しい情報があって、そこのcompile済のを落としてやってます。

こっから落としたんだけど、圧縮ファイルがイパーイでなにがないやらわからず・・・(^^;

ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/

スンマソ。重複してまった。にぶいんかい＜−おれ
もっかいサイトをこぴぺします。
ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/

ん？ftpサイトはダイレクトには飛べないらしい。
みたい方はアドレスコピペしてくださいませ。

WINDOWSユーザでBioEditやClustalXT使っている人いますか？
使い心地はどうですか。
どっちがいいですか。
ほかのソフトもあったら教えてください。

>>30
clustalx1.81.msw.zipだよ

>>32
マルチプルアライメントが目的ならどちらも内部でclustalWを呼び出してるので同じ。
使い勝手はどちらも良いといえないがBioEditの方が多機能。
ttp://pbil.univ-lyon1.fr/alignment.html
にいろいろ紹介されてるよ。

比べる既知の配列っていうのは自前の配列じゃなかったらblastでいいんでないかい？

>>33
ありがとうございますぅ！
使えました。clustalx。
BioEditよりシンプルそうで、私のレベルではこちらの方が良さそうです。
blastでマルチプルアライメントできるんすか？
無知でスンマソ。

blastはペアワイズアライメントだけど、

>とりあえずは末端配列や内部配列数十〜数百残基程度の情報を効率よく既知配列と
比較したいっす。

上のように局所的に類似性がある部位を探すのに向いている。
、、というよりそのためのツール。

age

２０万円出すことを考えたら
BioEditのほうが絶対いいよ〜
ちなみにABIのシーケンサーの生データファイル、
BioEditで開けるってみんな知ってた？

>>37
ほんとだ、開ける。
結構使い勝手もイイみたい。
わたしゃChromasつかってたよ。　

GENETYXは30万円。ソフトはCD-Rに焼かれたものという安っぽさ。
きっとあの分厚い説明書に金がかかっているに違いない、と思われ。

さ、３０万・・・
なにがそんなに優れているの？
系統樹とか簡単に書けるからかな。
一応デモ板でも一通りはできるんだよねえ。

金持ちもしくは金の使い方がわからないラボで、なおかつ英語ができないボスがいないと
手に入らない貴重なソフトですね。
どんなところが使用しているのかおせーてくさい。

GENETYXくれっ

おれにもくれ！

そんなにいうほどつかいやすいわけでもないじょ

じゃあなんであんなに高い？

金持ちもしくは金の使い方がわからないラボで、なおかつ英語ができないボスがけっこういて、そいつらに売れるからだろ。

winでいいソフト他に無いの？

フリーでいろいろないいソフトがたくさんあるぞ。

たとえば？

樹系図かくソフトなんかありますか？

系統樹の事？

njplotじゃだめかね。

日本語できなくてごめん。
マルチアラインメントから全部やってくれるようなのきぼんぬ。
むり？

>>53
CLustalX
BioEdit+TreeView

ググッてみ

thank you!

そそお。

結局BioEditで落ち着いたみたいだな。

日立ソフト

藤通九州…DQN

Gene Construction Kit　20万くらい

MEGA2はどうですか？＞系統寿

BioEditの日本語マニュアル、どこかにころがっていないか？

GENETYXあげるよ。

僕はlasergeneてのをアメリカで買ったので　使ってます。　遺伝けんやフランすのClustal やWatermanのサイトをつかうのもいいよ。

BoxShadeのWindows ＧＵＩ版ってないでしょうか？
マルチプルアラインメントのフィギュアって何で作ってる？

（＾＾）

（＾＾）

age

（＾＾）

（＾＾）

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

　　　 　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

シーケンスアセンブルには何を使ってますか？

ＡＢＩ３７３から３１００に更新するのにともなって
プラットフォームをＭａｃからＷｉｎに変えたいのです

今は
EditView（波形ファイルのエディット）
AutoAsembler（アセンブルとコンセンサス配列のエディットと出力）
MacDNASIS（配列の編集とアノテーション）
Seqin（登録用のアノテーション）
をＭａｃ上で動かしてますが
同等のソフトはＷｉｎ上にありますか？

ログを見るとBioEdit=EditVew+MacDNASISのように見受けられますが
Phred/PhrapはAutoAssemblerの代わりになりますか？

教えて君ですみません

画像集！
http://www.sexpixbox.com/pleasant/dx/index.html

75 に便乗ですが、MacOSX に乗り換えたいので EditView に相当するネイティブアプリを教えてください。

>>75
ChromasというのはEditViewの代わりになるらしい。
http://www.technelysium.com.au/chromas.html

OS Xは知らね。
細かいアプリが出揃う前にプラットホームが消えそうで怖い。

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

>>75
>EditView（波形ファイルのエディット）
どうかなあ

>AutoAsembler（アセンブルとコンセンサス配列のエディットと出力）
オートアセンブラなかったっけ？

>MacDNASIS（配列の編集とアノテーション）
DNASIS

>Seqin（登録用のアノテーション）
Win用あります。

>ログを見るとBioEdit=EditVew+MacDNASISのように見受けられますが
そんなとこですかねえ。

>Phred/PhrapはAutoAssemblerの代わりになりますか？
機能的にはね。

BioEdit最強！

↓ここに詳しくのっていたよ（＾＾
http://osusume.zero-yen.com/%7E/news05.htm

　　　　 　 ,　-―-　、
　　,r'⌒l_〕　　 　 　 ｢i＾ヽ　 　 　 ＿＿＿＿＿＿＿
.　 l　 ∩U　ﾉﾉﾉ ）)）)∩ .l　　 ／
　 |　｜ l　(l| ( |　|　||　|　!　　|同人のＳＥＸですよ！
　 {川i　 Wﾊ　 (ﾌ／ﾘ　川　＜　http://pink.sakura.ne.jp/~erotan/
　　　 　 (ヨﾘ§ニ§ヨ） 　 　 |　　アニメで動いて、凄くエロいですよ！，
　　　 　 |ト‐!､MILK）./　　　　＼　見に来て下さいね！
　　　　　ヽ_ﾉ　 　 ﾉノ　　　　　　　￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　 Σ０二二0《
　　　　　/　--‐- ヽ
　　　 　,-iｒ−ヽｒ〜'＼
　　　 └-＼.　　＼　　ヽ.
　 　 　 　 　 ヽ､__ノヽ､_ノ

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

　　　 　∧＿∧　 ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

日立のシークエンサのデータファイルなり泳動像から
配列を算出できるソフトウェアってないかな？

windowsで使えるやつ。

買え

Windows用のphred、tracetuner、SeqScape、どれも売り物っぽいし。

Bioeditで複数のABIのシーケンスファイルから、consensus sequenceを出力するにはどうすればいいの?

あげ

OSXで autoassembler みたいなのないすかね？
classic でやってるんですが面倒で・・・

phred+phrap+consed
もともとUNIX用なので，OSXのUNIXモードで動かないか？

日々の実験に使える程度のfreewareかshareware、Winでありませんか？

↑追加です。第一化学のMIKENORAは便利なんですけど、２つの配列から新しいfileを作れないのが難。

GeneWorks復活きぼん

>>95
BioEdit最強
前スレよめよ

phredPhrap
はやーい
80本ぐらいのシーケンスデータのベースコールとアセンブルが３秒ぐらい
（Celeron 1Gぐらいの）

LaserGeneのSeqmanが私のおすすめ
phredPhrapより使いやすいと思います
て言うかphredPhrapて使いずらいと思いませんか
ほとんどどっちか使ってると思うけど
日本の研究所でGenetixとDnasisとどっちがはやってるんですかね
今のところに来て初めてLaserGene使ったけど１番使いやすかった。

>>98 BioEditってどこで手に入るの？

LaserGeneのSeqmanが私のおすすめ
phredPhrapより使いやすいと思います
て言うかphredPhrapて使いずらいと思いませんか
ほとんどどっちか使ってると思うけど
日本の研究所でGenetixとDnasisとどっちがはやってるんですかね
今のところに来て初めてLaserGene使ったけど１番使いやすかった。

ほんとにね
せっかくGUI使ってるのに
肝心の所でターミナル立ち上げて
> phredPhrap
て打ち込むの何とかならんか？

phredでコールしたシーケンスサンプルを
スコアの良し悪しで振り分けてくれるスクリプトって知りませんか？

>>75
便乗ですが、、、。
もし、もう373や377をご使用になってないラボの方で、未だゲル板や、本体を
お持ちの方、お譲りくださいませんか？
ご存じの通り既にゲル板やらは売られてないのです。
当方極貧地方大学でつ。

ヤフオクに出したらいくらぐらいつくかな？

>>105
http://www.gelcompany.com/5c08f947f51b9206a85fb8777b29c7a2?yvod_client_id=gelcompany&product_line_id=373&type=plates&type_idx=7

日本の代理店は確かコスモバイオ

>>107
有り難う御座います。
感謝感激でつ＾−＾

ttp://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/GelCompany.html

安くて光学的にきれいという評価があるな
イニシャルで適当にごまかしてるが，ファイル名を見れば（ｒｙ

スレ違いだし
別スレ立てたら？

BioEditが更新されてますね。
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

ちなみにphred、phrapはソースを手に入れればMingWでコンパイルできますのでWindowsでも無償で利用できますよ。

consedがコンパイルできなきゃ実用性なし
よって現時点では評価は保留

dat落ち回避

BeckmanのCEQ8800を使い始めようとしています。
fragment analysisを使って解析を試みても，サイズスタンダード
をうまく認識せず，認識されなかったり、ずれているサイズスタンダードを
手動で訂正する機能もありません（電話して聞いた）。

　フリーでもシェアでもいいのだけど，他のソフトで解析させることは出来ませんか？
raw data(クロマトグラフのまま）でも、サイズコールがずれている解析済みデータの
どちらもExportは出来ます。

読んでわかってもらえたと思うけど，シーケンスでなくて，フラグメント解析です。
他に適当なスレなかったから。生態学者でPCR-RFLPしてます。

自分でプログラム書いたら？

http://www.vgl.ucdavis.edu/STRand/
このソフトなんかどうでしょう？
わたしは310を使っているんですけどgenescan買うお金がないので
これを使ってます

>>118
ありがとう。
キャピラリーにも使えるとしらず，スルーしてました。
今試しましたが，ABIFというファイル形式でないとだめなようです。
CEQ8800は.scf形式でならexport出来るのですが、さすがにライバル社のは無理でしょう。

　他にも情報求む。>>115

そういうことが出来ないからべっくまんはうれない。

CEQ8000ってABIで出せなかったっけ？

出せるんじゃないのか！もう一度マニュアルしらべろ＞１１５

>>121,122

無理。
Exportの形式は，
SCF ver.3
SCF ver.2.1
tab
ESD
CEQ
以上。

ESD形式とは？ググッテもわからんかった。。マニュアルにも載ってない。
CEQ8000に関しては知らないよぅ。

拡張子をscfからabiに変えるだけでいいんじゃないかな？
だめだったら　chromasもしくはchromas proをつかってみてけろ

>>121

うーん。いろいろうまくいかない。とりあえず，お礼を言います。
問題点は，
1.まず、scfでbeckmanからexportしたファイルの拡張子が変えられない。
　 Tool>Folder Option>View>Hide extension...のチェックボックスを
　外すと，.txtなどは見れるようになるけど，.scfの部分は隠れたまま。
　（しょぼいかもしれんけど，マカーなのでよくわかりません）

2..scf形式のファイルをchromasで.abiまたは.ab1に"batch conversion"すると
80KBくらいあったファイルが4KBになってしまってるし、その後STrandでも開かない。

3.ベックマンから，.esd, .ceqでexportしてchromasで.abiまたは.ab1に
　"batch conversion"させようとするとエラーがでる。

Chromas Proは使ってません。multiple alignmnetしたいなら使えと書いてあるので。。
もう少しつきあってくれるとうれしいです。

拡張子scfはbioeditに関連付けられているとおもわれます　ダブルクリックしても
ソフトが立ち上がらないのでは？　でも問題は無いと思います

＞2..scf形式のファイルをchromasで.abiまたは.ab1に"batch conversion"すると
80KBくらいあったファイルが4KBになってしまってるし、その後STrandでも開かない。

chromas(pro)->batch conversionではなく　save as でファイル形式をabi file選択してからください
chromas proじゃないとできないみたい

126だけど
125はうまくいったのかね？

ベースコールのPhredとＫＢってどう違うの？

OSX用のseaquence softなら
4PEAKS
ttp://www.mekentosj.com/programs/
FINCH TV
ttp://www.geospiza.com/
っちゅうEditViewの代わりになるようなんあるれしよ

>>126,129

　ありがとう。明日試します。

あの，一応伝えておきますが，ベックマンには遺憾の意を表明してあります。
サイズコールの間違いは，商品の欠陥ということでよいですよね。
具体的には，
サイズコールが出来ないファイルはメールで送るから解析してくれ。
ベックマンのアプリの問題だから，代替ソフトや他のラボの運用状況を教えろ。
と木曜深夜にメールしました。
返事はまだありません。

>>126
bioeditは多分PCに入っていないと思いました。CEQ8800に付属のIBM-PCは
ほとんど使われておらず，ネットにも繋がっていないです。

　金曜日に他のラボで3100の話を聞いてきましたが，ベックマンよりもずっと
runnningcostが安いですね。時間も早い。

>>126
chromas proではscfファイルver. 3でもver.2.1でも
save as >ab1ファイルにすると，ファイルサイズは４kbになり，
STRandでも開きません。
.esdは開くときにエラーがおき、.cqは認識しません。

ベックマンからも連絡無しMon 12:00.

chromas pro で表示まではできるんですか？
ベックマン機器からデータ取り込むときに違う形式で取り込まれているとか。
ベックマンのソフトってwindows用ですか？

追加ですけど　ceq8800を使うとき　フラグメント解析モードでなくて
DNA配列決定モードでやることできる？
ceq8800サイトを見たけどソフトは使いよさそうな気がするんだけどな

STRandの前に見つけたソフトです
http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/
ceq2000も対応とのことです　私は使ったことが無いので何とも言えませんが
javaソフトなので起動はすると思います

>>130
Chromas Proで読み込んだ時も，windowの中は空白です。
CEQ8800に付属のパソコンはIBMでwindows2000英語版です。それを使ってます。

>>131
　試したことないですね。.scfファイルはraw dataをベックマン付属ソフトのうち
シーケンス用ソフトでexportしたものです。フラグメント解析用ソフトでは，export
出来ないので。CEQ8800はrunの時にはフラグメントかシーケンスか設定はしません。
（両方とも同じ設定で出来るのが売りらしい）
　シーケンスソフトは使ってませんが，フラグメント解析ソフトはABIのGenescanより
劣ります。data収集用のソフト（runのときに動いているもの）はわかりやすかった。

Genographerはダウンロードしたけど，マックではアプリファイルがどれかわからない。
あとでwinで試します。

とにかくありがとう。

ここのレス見てると
ほんとに危なかったとｵﾓﾀよ

値段に釣られてベックマン買いそうになったもの
3100にしといてﾖｶﾀよ

>>130
Genograph1.6
　JREをインスコしたwinでgenograph.cfgを起動しようとしたけど，Symantecのソフトに
　関連づけられていて，エラーがでるだけ。genograph.classもjawaw, ieどちらでも起動せず。
　この辺、winのことよくわからないので，困ります。チョロですみません。

MacOSX10.3.6だと、genograph.classが起動。
　rawdataのscf ver.3, ver2保存ともimportはerror。openも不可(out of memoryだが、
　レーンを読もうとしてのエラーらしい）。
ベックマンソフトのFragment analysisでresult dataを.cquでexportして，genograph
　import(CEQ traceで)しても、CEQ traceファイルでないと言われて×。
　Openしても上記と同じく不可。

>>133
　うちも安さに釣られて買ったらしいです。
　もっとも，ここで文句言ってるのは，私115だけなので、擁護する人の意見を聞きたい。

ベックマンからは返事ありません（営業日二日経過）>>131

Genograph1.6は起動させるまでが大変ですからねえ　私も設定であきらめました

はじめまして。
phred/phrap/consed以外にアセンブルに使えるフリーのソフトがあれば教えてください。
プライマーウォーキングでcDNAのフィニッシングが目的です。
なにぶん素人なのでよろしくお願いします。

ベックマンから返事が来ました。
催促したら，水曜日にメールを出したと言われましたが，いくら探しても届いてませんでした。
再送してもらった内容は，

私：サイズコールが出来ないファイルはメールで送るから解析してくれ。
Beckman:今のバージョンでは解析できないから，ソフトウエアのアップデートを待て。
　(文面からは，遠くない将来のアップデートを示唆しているように思えました。)

私：ベックマンのアプリの問題だから，代替ソフトや他のラボの運用状況を教えろ。
B:(回答無し)ソフトのアップデートを待て。

私：標準のsizestandardは薄すぎないか。
B：プロトコールを変更したから，試せ。Formamid:Size Standard=320:1->220:1

私：exportしたscfファイルの拡張子が表示されない。
B：ベックマンのexportのscfファイル例えば，sample1.A01.scfの拡張子は.A01と
　認識されてるから，.scfを拡張子として登録せよ。
　　私はwinは二つピリオドがあった場合，最後のピリオドの後半を拡張子と
　　して認識していると聞いた覚えがありますが，違うのでしょうか？特殊な
　　ファイルだから、と書かれていましたが。
　　　これで、他のソフトで読めない問題が解決できるとうれしい。

今後ソフトウエア担当者から直接連絡があるそうです。

>139
ガタガタ言わないで
さっさとハウツー本買って
うにｘおぼえて
phredPhrap/consedやった方がいいと思うよ

>140
>B：ベックマンのexportのscfファイル例えば，sample1.A01.scfの拡張子は.A01と
　認識されてるから，.scfを拡張子として登録せよ。
　　私はwinは二つピリオドがあった場合，最後のピリオドの後半を拡張子と
　　して認識していると聞いた覚えがありますが，違うのでしょうか？特殊な
　　ファイルだから、と書かれていましたが。

確かにscfと認識するはず　でも拡張子違ってもダブルクリックでソフトが起動しないだけで
ソフトからopen fileで読んでくれるはず
どこかの無料アップローダーにscfファイルをアップしてみんなに見てもらえば？
ベックマンより早く結果が帰ってくるはず

>>141
今Linuxでphred/phrap/consedを利用していますが、
プライマーの設計がいまいちなので、何か他にあればと思いましてカキコしました。
レスありがとうございました。phred/phrap/consedでガマンします。

>>143
contig上のプライマーを作りたい位置へ移動して右クリック
2つあるTop Strand Primerメニューのどちらか
（from Subclone Templateまたはfrom Clone Template）をクリック
Primersウィンドウのプライマー候補の1つをダブルクリック
すると
Aligned Readsウィンドウ上のそのオリゴの位置へジャンプする
Accept Primerをクリック
コメントをエディットするボックスがポップアップ
コメントを入力し，OKをクリック
コンセンサス配列上に黄色いオリゴのタグができる

プライマー設計そのものをちゃんとしたいなら
どこかのwebサービスでも使ったら
primer3とか

>>144 ,>>145

レスありがとうございました。
それぞれ試していきたいと思います。

ベックマンがソフトを改訂したので，アップグレードにわざわざくるそうです。
言ってみるものですね。
昨日またベックマン使ってみたけど，フラグメントアナリシスはかなり難しい。

ABI 377のgel image をトラッキングして波形データに変換できるWindows の
フリーソフトってありますか？
流れとしては、研究室には、シーケンサー制御しているMacしかないもんで、
Gel imageだけをwindowsマシンまで持ってきて、そこでトラッキング＆波形
データに変換出来れば、後はBioEditかGenescanViewで波形データを扱える
という状況です。
どなたかご存知でしたらよろしくお願いします。

CEQ8800の情報と質問です。

●CEQ8800のソフトは８にアップしました。シーケンサー自体のPCカードみたいなものも
交換して、ファームウエアもアップしました。

●フラグメント解析で、サイズスタンダードと同じ位置に他色のシグナルが現れることが
たまにあるので質問したら、年初にシーケンサー自体のチェックすることになりました。

>他の日本のユーザにも同様な現象も現れている所もあり、

とのことですが、どなたか該当者の方見てますか？見てたら 情 報 交 換 したいです。
ちなみにうちのラボでシーケンシングをしている人には不具合はありません。多分フラグメント
アナリシスを行う時のみの、問題です。

●internal label法でPCRしたいのですが、ベックマン用の色素D2-D4のついたdNTPって
売ってるんでしょうか？　手元資料で見つけられなかったです。蛍光ddNTPではなくて、です。
大手のプライマー合成メーカーはdNTPに蛍光をつけるサービスはしてないようなんです。

>>148
sage質問には答えない

>>150
sage推奨スレと勘違いしてました。
すいませんでした。

きにするな。sageでいいよ。
１５０は答えられないだけ。ﾌﾟﾌﾟﾌﾟ

>>151
スレ頭に書いていない以上、150の脳内ルール。まったく問題ない。
まあ、ageれば回答つきやすくなるかもしんないけどそうすればしたで
「くだらない質問でageんな」とかいう奴出てくるしな。

くだらないレスageんな

ベックマンのフラグメントアナリシス日本語マニュアルには重大な間違いがあります。

AEver.2と書いてあるところ（多分一カ所です）はPA1の間違いです。
自分の使っているプライマーを確認した方がいいですが、プロリゴで買った人は、
ほとんどがPA1になるはずです。

ベックマンの対応はやっぱりちょっと問題あって、私は不信感を持っています。
CEQ8000とか8800でフラグメント解析をしている人でかつ私が質問メールを送ってもいい
という方がいましたらeestai@日本のヤフー　にメールをいただけませんか。

ageてすまん。

困っているので、教えてください。
今日になって、ベックマンの人に私が使っていたDye Mobility Parameter(蛍光色素間の分子量の差に
起因するPCRプロダクトの泳動度の差を補正するもの;ABIではStandard Matrixか？）が間違って
いる、と言われました。説明書も間違っている上に、いままで何度もベックマンの人に
確認してもらっていたのに、です。

　これによって、目的のフラグメントサイズが４bpくらいずれることがあることわかりました。
私は、いままで600サンプル×３蛍光色素分のフラグメントを目で見て確認してきたので、これを
やり直すのはしんどいです。そこで、エクセルに入力してあるフラグメントサイズのみを記した
ものを何らかの式で変換して、正確なサイズを出したいと思うのですが、可能なんでしょうか？

(続き）
たぶん、ピークの出現時間をサイズスタンダードにあてはめて、Dye間の分子量差の補正無しの
サイズを計算して、そのあと、Dye Mobilityの補正をすると思うのですけど。
以下にタブ区切りで、Dye Mobility parameterを記しておきます。
PAが使うべきもので、AEがいままで間違って使っていたものです。
D1がサイズスタンダードに使われていたる色素の名前です。

各項目が、どのような式のどの定数になるのか、わかる人がいれば教えてください。
ピークの形なども計算されてるとなるとピンチです。。

PA ver.1
D1 D2 D3 D4
Coef.1 0 36.51 70.15 41.87
Coef.2 0 1.346 1.711 1.278
Coef.3 0 0 0 0
Coef.4 0 0 0 0

AE ver.2
D1 D2 D3 D4
Coef.1 0 -120.7 -152.6 -157.5
Coef.2 0 -1.79 -1.38 -1.6
Coef.3 0 0 0 0
Coef.4 0 0 0 0

ちなみにベックマンには、「式をつくれ」と言ってあります。

しつこくって悪いんですけど、べっくまんCEQ8800のフラグメント解析では、
たまにDye Spectra Matrixも狂うようです。私のところでは、D2とD３を取り
違えて、PC上で表示していることがありました。D1とD４も取り違えているこ
とがあります。ベックマンジャパンの話では、シグナルが弱い時に取り違える
こともあるけどしょうがない、みたいなことを言っていました。確かに、D１
とD４の取り違えはシグナルが弱い時だったけど、D２、D３は強いシグナルで
もなります(ただしキャピラリーライフエクシードだったのだけど）。
　ソフトウエア的な問題だと思います。ベックマンのデフォルトは、サンプル
ごとにDye Spectra Matrixを計算するようになっているのですが、なぜ、一つ
のサンプルの中で、Dye Spectra Matrixを計算してそのサンプル自体に適用す
ることが可能なのでしょうか？サイズスタンダードに基準となるようなシグナ
ルが入ってるんでしょうか。 ABI373Aは固定値だったような気がするのですが。
　ほとんど、レスつかなくてあきらめ気味だけど、誰か教えてください。

phred/phrap/consedを日本の業者から買いたいんだけど
どこで扱っているんでしょう。アカデミックユーザーではないです。

いつもの出入りの業者を通じて「買う」のをお勧めする
ワシントン大のPhil Greenとのコンタクトや価格交渉までは自分でやって
支払いだけその業者を通じてやる
１割ぐらいコミッションやればやってくれるだろ

税金使ってわざわざ無駄金を業者にあげるのは引っかかるが
そうでもしないともっと「ドブに金」

ちょっとした電気製品を電撃倉庫で買ってきてもらうとか
小物を100円ショップで買ってきてもらうとか
うちではよくやってます

うーん、なるほどやっぱり自分で手続きするべきですかね。
アドバイスありがとうございました。でも・・・価格交渉なんて効くんですか？

eppen

大量(200くらい）の配列をblastしたいんだけど、なんかいいソフトないですか？
GENETYX使ってるけど、いっこいっこめんどくさい。

EMBOSSいれたくて、　
http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/emboss.html
の通りにやってるんだけど、よくわかりませんn
$ /usr/local/bin/wossname -auto
をいれてもリストが出てこない。

　だいたい/usr/local/bin/
というパスがどこにあるのか。finderでは見えないのですか？

>>164
一瞬ウチのらぼの人間が書いたのかと思った
漏れもまったく同じ状態に陥って困ってます
おかげで今日一日つぶれてしまった
明日はOSの再ｲﾝｽｺから試してみるか･･･(´･ω･`)

>>164
MacOSXならFinderメニューの移動＞フォルダへ移動
で、/usr/local/bin/wossname -autoへ行けます。

まあ、そのサイトの通りで駄目なら、EMBOSSのインストールパッケージが
あるのでそれでインスートールも出来るはずだが。

これで分からなかったら、また質問してくだされ。

Genetyxの一連のアプリは、
MacOSX Tigerでもうごいてる？

>>167
動いてる。

>>164
finkでインストールして、X11で動かした方が楽だと思う。
使い易いとは言い難いが。

thx
待ってました。

>>163
blastall

age

BioEditでアラインメントしたいんですけど、使い方がわかりません。どうすれば？？

基本的な質問ですいません
シーケンスっていうのは、具体的にどういう仕事なんでしょうか？
よろしくです。

>>173
「シーケンス」という作業は存在しない。
あとはググれ。

>>173
英和辞典で：<核酸の塩基などの>配列を決定する。
間違ってないですよ。

BioEditは今は使えないみたいで残念。
Mac嫌いだからボスに黙ってWinのソフト探してたんだけど。。

ジェネティクスの日本語解説はないいですか？

consedの日本語チュートリアルとかマニュアルはないですか？

BioEditの日本語チュートリアルはないですか？

「〜はないですか？」とか、「〜ってどうしたらいいんですか？」
ってﾚｽばっかりだな…

じゃあ
どうしたらいいんですか？
ｗ

consed　日本語
で
ぐぐれ

http://www2.mgrc.gifu-u.ac.jp/~search/fswiki/wiki.cgi?page=FrontPage

こりゃなかなか

>>182
ｇｊ

hoshuage

なにはなくとも
BioEdit

DNA配列の編集（基本編集，裏返し，仮想翻訳など）
と
ホモロジーサーチ，アライメント
ができて

featureの入力と部分配列の切り分けが楽にできる
（ホモロジーサーチで見つかったところの自動入力，locationと配列データのリンク）

フリーソフトありませんか？

　　 　 ∧＿∧∩　　／‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾
　　　 （　´∀｀）/　＜　　先生！こんなのがありました！
　＿ / /　　 /　　　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
＼⊂ノ‾‾‾‾＼
　||＼　　　　　　　　＼
　||＼||‾‾‾‾‾||
　||　 ||‾‾‾‾‾||
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿　　
http://misshie.jp/iowa/index.php?BioEdit
‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾

ロシアのサイト
http://molbiol.edu.ru/eng/index.html
結構便利なので
お持ち帰りサイトからダウンロードして
スタンドアローンで使おうとしたら
勝手にネットにつなぎに逝く
spylogなんてよくわからないサイトを参照してる

なんかいろいろこっちの情報を吸いとられてるんだろか

>>188
とりあえずスパイウェア除去ソフトでも入れときナヨ。
ttp://www.higaitaisaku.com/menu5.html

ＢｉｏＥｄｉｔ使いはじめた

編集機能がめちゃくちゃだ
クソだ
と思ってたらやっぱり
コピペ関係にバグがいっぱいあるみたいですね
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/BioEditTutorial.html
配列のタイトルフィールドが編集状態のときは削除により繰り上がった配列の上に編集中のタイトルを上書き
っておいっ

配列ファイルをFASTA形式で作ってくれて、
multiple alignmentができて、
GC含量、ハープロット、Inverted repeat検索、Direct repeat検索あたりができて、
ホモロジーサーチが、DNASISでいう、maximum matching, simple homologyみたいなのができて、
ORFサーチができて、
（できればローカルBLASTができて、シーケンス情報も簡単操作でできて）
っていう感じのソフトだったらいいのだろうか？
俺はそんくらいしか使わないなぁ

DNASISつかえばいいやん

フリーのbioeditよりも低機能で
んー十万のソフトを使えと？

なら、ぐたぐた言わないでbioedit使えばいいだろ。ばっかじゃねぇ。

多分、馬鹿なんだろｗ

consed

使いはじめたらもう離せません

consedいいよね
なんたってタダ

ＭａｃでFASTA形式のファイルを扱えるフリーのシークエンスエディタ
ありませんか

>>198
Javaだが…つCLC Free Workbench
たしかエディタとして使えたはず。
ClustalXってMac版無かったっけ？

>>198
>>199

ttp://www.embl.de/~chenna/clustal/darwin/index.html

ClustalX MAC版
たまに勝手に終了するけど，まあ使える。

>>198

欲しいのはエディタか。
ClustalXじゃだめだな，ごめんorz

�d
でもｏｌｄ　ｍａｃ用はない(･ω･`)

遺伝子解析ソフト教えて
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1043228478/

　　　　〜　2006 年　〜　　　　　　 　 　 ☆
┏━━━━━━━━━━━┓　 　 　 人
┃　12月　December　師走　┃　　　 ノ::oゝ　　　　　　　　　　　　 +.
┠───────────┨　　　ノ;;;;　ゝ　　　　　　　　　　 + cγ ~''~~⌒'ゝ､ ,.*.
┃ 　　　　　　　　　　 　 1　 2 .┃　　　ﾉ(,,ﾟДﾟ)　　 Merry Xmas　.γ''○ ｡☆｡:;,＆ゝ
┃　 3　 4　 5　 6　 7　 8　 9 .┃　　.ノ(ﾉ; ◎;つ　　　　　　　　　　 ( ゜｡（(ﾟーﾟ*)) ;:*:ゝ
┃ .10 .11 .12 .13 .14 .15 .16 .┃　　ノ..＆, ,......ゝ　　　　　　　　　　入○[>O<]　｡,ｿ　.,
┃ .17 .18 .19 .20 .21 .22 .23 .┃　　 ﾍﾆﾆﾆﾆ7　　　　　　　　　　　 *'ゝ､<人>.,ノ'　.+
┃ .24 .25 .26 .27 .28 .29 .30 .┃　　　 ∪~∪　　　　 　 　 　 　 　 　 　 '∪∪
┃ .31 　 　 　 　　　 　　　　　 ┃
┗━━━━━━━━━━━┛

違う種の同じ遺伝子の５’領域（あるいは３’領域）数１０ｋｂ同士を比較して、
ホモロジーの高そうな領域を見つけるときって、どんなソフトウェア使っていやがりますか？
教えてくだちい。

BioEdit使っていやがります
どっかのボタンを押すと
レファレンスと同じ配列が反転したり点々になったりして
わかりやすくなりやがります

Arlequin
MrBayes
PAML
PHYLIP
PAUP
MOLPHY

系統樹でホモロジーの高そうな領域がわかるのか？

そら反対やろ
ホモロジーがしっかりしてるのが系統解析の前提

単にホモロジーサーチしたらいいだけ

blast

【海外】ビル・ゲイツ、米ハーバード大学をようやく卒業
1 ：ＢａａａａａａａａＱφ ★：2007/06/08(金) 11:43:05 ID:???0
米ハーバード大は７日の卒業式で、同大を１９７５年に中退した米ソフトウエア最大手
マイクロソフトのビル・ゲイツ会長に名誉学位を授与した。中退から３２年での「卒業」となった。

　ロイター通信によると、ゲイツ会長は「３０年以上待っていた。父さん、大学に戻って
卒業すると言い続けてきたね」と、会場を訪れた父親に話し掛けるようにスピーチした。

　ゲイツ氏は７３年に入学。在学中に立ち上げたマイクロソフトの事業に専念するため中退し、
ソフト開発を進めて大成功した。来年には経営の一線から退き、慈善活動に専念する方針。

http://www.sponichi.co.jp/society/flash/KFullFlash20070608017.html

とりあえずブックオフへ逝って
Linuxのポケットマニュアル１００円で買ってこい
話はそれからだ

>>200
たとえばdynasis で保存した配列を解析するにはどのように変換すれば良いんだ？

日立に聞けよ。多分、DNASIS PRO買えと言われるだろうがな。

>>200
そういう感じで，box shadeで塗り分けられる奴キボンヌ

ＤＮＡレベルのアライメントから１発で
ＤＮＡ＆アミノ酸両方が並んだアライメントに変換してくれる機能があるソフトってありませんか？

しかたないからマニュアルでやっているよ
アミノ酸翻訳（１レター）
アミノ酸の間に"~"を２文字挿入（perlスクリプト書いた）
手作業でならべる

３レターコードでやれば２文字挿入ってやらないでもいいだろう
というやつがいるかも知れないが
３レターコードを使うのはアマチュア

DNASISのホモロジープロットみたいなのが出来るOSX対応のフリーソフトきぼんぬ

ホモロジープロット？マトリクスプロットのこと？

3Letterがアマチュアってことはないと思うけど、あんなの英語で言えばアルファ
ベットのようなもんだから、1Letterくらい憶えとけと思うけど頑固に3Letter
じゃないとイヤだという人はいるね。

3 letterではファイルサイズが３倍になる

8bit時代の話？

アミノ酸なんてサイズが小さいから、3倍になったところで屁みたいなもんだろ。

PCの容量が大きくなったってったって
データの方がそれ以上にでかくなった

BioEdit薦めてる奴って池沼なの？
あんなクソ使いにくいソフト初めて体験した。

タダだから文句は言えない
でもバグだらけだよね

DNADynamo
ttp://www.bluetractorsoftware.co.uk/index.htm
安いしいいと思う

使いにくいと思うんだが・・・

BioEdit　使いにくいというより誰か日本語マニュアルつくってくれってかんじ
ただだしいいんじゃね〜の？
外部データベースとの連携は充実

使いにくいと言ったのはDNADymoなんだが・・・javaにしてはサクサク動くけどな。

BioEditは超糞ソフト！
多機能でも意味ねーじゃん。
あんなん使うぐらいだったらApEの方がまだマシ。

素朴な疑問なんだけど、みんななんで自分で解析ソフト作らないの？
研究によって微妙にほしい機能が違ったりすることがあるし、好きにいじれるし。
なによりタダなんだし。フリーの生物系ライブラリとフリーのGUIライブラリ使えば
簡単にできそうだけど。。。。。

マルチスケールブートストラップ法でクラスタリングしようとしたら、
思いのほか面倒で途中で諦めかけた。

>>230　は使い方を間違えていることに気づいていない・・・
つうか　ApEかよ・・・（汗

>231
煽りじゃなく、マジで作ってくれ！
俺の欲しい機能は、DNAsis3.4に付いてた機能ほぼ全部！
５０００円ぐらいならリアルに出してもいいと思ってる。
じゃ、よろしく＾＾

んだなゃ
Bioeditの機能限定版でいい（こちゃこちゃ表示機能つけても意味ない）
あとアノテーションとデータとのリンク機能だけは付けてくれ
SRSにはアノテーションからデータへのリンクはあるけど遅いし
逆（選択位置をアノテーションに自動入力）はない

>>232
マルチスケールブートストラップ法で
信頼性の比較をするのは楽だけど
クラスタリングって
その概念がわかりません
教えてくらさい

ハイハイ、信頼性比較の話ですよ。
クラスタリングのね。
クラスタリング方法じたいは、群平均法でやってるよ。

>>234, 235
俺も前はMacでラボの古いDNAsis使ってたんだけど、winXPにうつってから使えなくなって
困ってたんよ。で、winXPでもフリーで同じようなのあるだろ、とたかをくくってたらBioEditみたいな
よくわからんのしかないし、まあまあ使えそうなDynamo(?)はJavaでおてがるにつくったぽい
くせに何千円もとるし。で腹が立ったから最近作り始めた。DNAseqから6frame表示してcoding
AA seqを選んだり、DigestiveEnzymeサイト調べたり、プライマー設計補助したり。あくまで簡単なの。
あとは自分の専門分野用に便利機能つけたりして、まあまあ使える。こいつさえ起動しときゃ
DNA関連のちょっとした仕事がさくっと済ませれるようなの。
>あとアノテーションとデータとのリンク機能だけは付けてくれ
こういうのはおれは良くわからないんだけど、自分が解析してる配列のゲノム上の位置に関して
データベースとのリンクをつけるってこと？　こういうのはやっぱり各自が自分の分野に応じて
つくるといーと思うんだよな。

>>238
長い配列を扱ったことがないね

たとえば
いくつかの領域に分けられる１０Ｋの配列がある

１．領域のfeatureキーをクリックすると別窓が開いてその配列が切り出される
ＳＲＳにこの機能あるけど当然のことに自分でシーケンスした配列には使えない
２．配列の一部を選択状態にすればfeatureキーに位置情報が自動入力される

この程度のことがなぜできない？

>>239
この程度って言うなら自分で作れよ。簡単なんだろ？

でも自分でプログラムして、そういうソフト作れるって正直羨ましい・・・。
俺はプログラム出来ないから、誰かがより良いソフトを作ってくれるのを待つだけの受身人間。

>>240
わかってるよ
１はperlで自作したよ
で，何か？

>>242
GUIにはなにをつかったの？　Tk? bioperl/Tk?

perlスクリプトなら
コマンドラインでいいよ
簡単が一番

featureキーって何だ？自分でシーケンスしてannotetionするの面倒じゃない？

seqinとか使えばいいじゃん。

feature keyも知らんのか？EMBL, GenBank, DDBJで共通のフォーマットだぞ。
feature table definitionでも嫁。

>246 すまそ，新参なもんで．

ncbiやddbjのはどこにあるか知らんが、ebiにfeature table definitionの
ドキュメントがあるよ。確か、ftpサイトに。後は自分で検索するなどして
探してくれ。

たしかにfeature入れるにはsequinが一番使いやすい
とかいっても結局
ほかのソフトであらかじめ位置確定してから
手打ちで入れるという面倒くささだ

しかもDDBJにはsequin使わんといてって怒られるし

ごめんsequinてNCBIとか公共データベースにデータサブミットするものじゃないの？
自分のローカルなデータベースにも使えるの？　quickガイド読んだけどよくわからん。

DDBJ形式でエクスポートすればおＫ

readseqて以外と使いにくいのね

僕はPythonちゃん！！

EMBLフォーマットってマイナーになっちゃったね

フラグメント解析を受託でやってくれるところありませんか？

シーケンサーが故障してちょっとピンチなんですが。

>>255
参考までに教えて
例えば96サンプルいくら迄だったら出せるの？

MacVector最高じゃね？

>>255
知り合いのラボに流すだけなら流してくれそうなところあるんじゃマイカ
何ならうちが１サンプル１ドルで（ｒ

fastaとblastのちがいって
実用レベルではどんなん?

スピードが違う。どちらも粗くある程度対象を絞り込むのが目的ってとこ。
blastは知らんけど、fastaはその絞り込まれた対象をアライメントする時は
smith-watermanでアライメントする。

どっちが速い？

blast

MSSのparserのぎこちないGUIに萌え

シークエンチャー
そんな高いもん使わんでも...

cgi化されて
あっちのサーバでやってくれる解析ソフト
裏でこっそりデータのぞき見られていないかな

収集されてるだろう。タダで提供してんだから当然の見返りだろうな。

Makefileで
cc=icc
これ最強

うちの「金をドブ」の見本

seqscape
よほどきれいな波形でないと結局目で確認するんだから
無料のpolyphredとconsedでオK

追加で購入したgenescan
無料で高機能のpeakscannerが出たorz

追加で購入したsequence analysis
もう何も言うまい...

てｓｔ

Sequencher最高だよ
コピーや印刷しないならデモ版で十分
使用期限もナシ

phrapでヘテロを検出したいんですが
PCR産物のクローンを複数読んでつなぐと
リードが汚いときや
対立遺伝子のクローンが１個しかないとき（５：１とか）には
１本のコンティグにしてくれるんですが
リードがきれいで両方の対立遺伝子がそこそこあるときには
コンティグを別々にしてくれてしまいます
余計なお世話です
対立遺伝子の配列を決めたいんじゃなくて
SNPをとりたいんで
１本のコンティグにしてほしいんです
設定の仕方ご存知ありませんか？

おれにphrapの使い方教えてくれたら教えてあげるよ

Geneiousっていうのをちょっと使ってみたけどけっこうよさげ
ttp://www.geneious.com/default,387,home.sm

データベース化して
みんなで協力しあうべき

2chといえどもせめてこれくらいの情報をやりとりしている
掲示板がもっとあってほしいと思ってしまうのだが

contigにproseq使っている人いますか

Stadenなら

BioEditの大元のサイトなくなってる？

http://www.youtube.com/user/0u8i4u7485dddf