マススペクトロメトリー

マススペの原理はもちろん、実際の手技についてさっぱりわかりません。
最近は特定のタンパク質でＩＰして、クマシーで染めてマススペして
結合蛋白を同定したり、一気にリン酸化など修飾されているサイトを同定したり。エキスパートの方、詳しく教えてくれませんか？

マス＊ー＊＊＊*ンならエキスパートが大勢いるのになあ。（おしい）

掲示板で詳しくは無理だろう。
自分で文献当たる方がいいでしょう。
実際の手技も、ということであれば、ちゃんと参考文献を入手した方がよいのでは。
Mannとかの原著論文でもいいけど、今は日本語の解説がいっぱいある。
細胞工学とかにも載っていたと思う。

マスをかくのは得意です。
何でも聞いてね。

ところが今は在米中で、いろいろ文献もあたったのですが
英語しかないというのと、いったいどれが自分にとって重要な
方法なのかというので挫折しています。
マススペそのものは業者がやってくれるのですが、そこまでの処理と
指示の出し方がさっぱり。

化学屋に聞いてみよう！

うだうだ言うなら共同研究しなさい。

ＰＡＧＥサンプルのシークエンスはＰＶＤＦ膜に転写してからプロテインシー
クエンサーでえどまん分解するのが従来の同定法ですが，ＭＳを使うのが最近
のはやりで高感度です。ＰＡＧＥ上のたんぱくバンドをかみそりで切り出して
からトリプシン，Ｖ８などのプロテアーゼで消化して，オリゴペプチドにし，
それのMASSスペクトルをとります。そうするとそのオリゴペプチドの正確な分
子量がでます。ＭＳ/ＭＳのスペクトルをとる，つまり最初のＭＳのイオンに，
さらに電圧をかけるとペプチド結合が部分的にランダムに開裂するので，それ
の分子量を測定するとアミノ酸配列までわかるのです。データベースでその配
列を検索するとアミノ酸配列既知のタンパクなら，ペプチドがどのタンパクの
どの部分なのかまで同定できます。

>4
一番気持ちよくなれる技を教えて下さい。

>>8
なるほど・・原理はよくわかりました。具体的なプロトコールが載っている
文献があれば教えて下さい。

教えてクンうざい
礼くらい言ったらどうだ

お、これは忘れていました。
>>8
どうもありがとうございます。よくわかりました。

トリプシンの加え方や、ペプタイドの濃縮、精製などできれば横に座ってエキスパートの
操作を見るべきだと思います。
たんなる実験手法に過ぎないので、ヒトに教わったほうが早い。

Jensen ON, Wilm M, Shevchenko A, Mann M.
Methods Mol Biol. 1999;112:513-30.

http://depts.washington.edu/~ruedilab/aebersold.html

>>9 シャブってトリップしてさすってするのがいいのでは？

一般的にPAGEしてクマジー染色が多いと思うのですが、銀染色でも可能なのでしょうか？

>>16可能です。
修飾しないように改変したプロトコールがあります。
MSは感度的にはfmolあればできるらしい・・・。

＞１７
fmolはうそです！
まあ装置メーカーの営業や、マスが広まると利益をうける
専門家先生方はよく風呂敷をひらげますけど。
実際にfmolで依頼分析やってるところなんてないでしょう？
大体素人がいきなりF１マシンのったって３００ｋｍ／ｈなんて
出せないでしょう？それと同じ。

迷わず外注。これが実は一番安上がり。

あ、久々の回答ありがとうございます。
要はテクニックの問題と言うことですね。

>>19
マスの外注でアミノ酸配列の分析までやってくれる企業って
あるんですか？
あるんだとすれば、安いとこ教えてもらえないでしょうか？

なんでマスは「飛ばす」っていうの？

>>22
分子がイオンになって飛んでゆくからです。
なんで電気泳動は「流す」っていうの？
と似た質問かもしれません。

マスの感度って実際のところいくらくらい？

MALDIとかESIとかFABとかあるけどどれが一番使える？

>24
敏感です。

>23
マジレスかよ。どう見ても２２はネタふりだろ。
俺に任せろ。
>22
だいたい平均で１ｍは飛びます。
1週間ぐらい我慢して、角度もうまいことしたら２ｍは越えるよ。自信あるよ。

Zip Tip のうまい使い方教えてください。
とくに洗いと溶出。

って吸って吐くだけじゃん。
何をそんなに困るのだ？
あ、そうそう「ゆっくりやること」かな。

>29
やり方が悪いのでしょうか？
いつもフィルターから完全に溶出してないような気がします。
（ちゅーか、完全に出てなかった！）
一発濃縮溶出結晶化法はないですか？

>>30
微量ならZipTipが一番マシっぽいが、当然ロスはあるでしょ

で、「溶出してない」つーのはEluteしてない、っつー事なのか
単に液がチップに残ってるっつー意味なのかをまずは教えれ

　銀染は回収率が悪すぎんか？
　しぷろるびーの方が使いやすい様な

　でも結局くましーの感度とＭＳの感度ってなんとなく似てるので
くましーを使ってる
　もしかして俺がヘタクソなだけ？

＞23
　２ｍ？もっと飛ぶが？
　高い機械なんだし、もうちょっとちゃんと考えてあるだろ
　角度とか

どんなおとがでますか

きーん

きーんでございまーす

どぴゅ

>>30師匠
エリュートです。
一度エリュートして、同じチップで再度エリュートして、
それぞれを別々にマスにかけると、
２度めのエリュートにもピークが出るんです。
ペプチドの濃度を薄めず一気に出せないもんですかね。
現在フェムト目指して（あと少し）、日々精進中です。

それとチューブとか黄チップ青チップは特別なの使ってますか？

＞32
銀染の回収率が悪いって、
ペプチドがクマシーとかよりもゲルから出てきにくいってことですか？
ペプチドがゲルにくっついてしまうんですか？

>>37
それは・・・しょうがないかも
２回溶出するか、溶出物を２・３回ピペッティングしてやるくらいしかないっしょ
MALDIならプレート上で乾燥させれば２回分程度の溶出液なら濃縮できるけど・・・

チューブやチップも重要ですが、液が触れている時間が長いとすぐ吸着するので注意の事

銀染だと回収率が悪いのはなんでだろうね
銀杏反応のせいだとかも聞くけど
酵素で切れにくいのが問題なんだと思う

CBBだと脱染の時に色が見えてわかりやすいというのも利点かも

今月号の細胞工学に銀染キットとお手製銀染での比較が出ていたけど、やっぱりキットだとピークが低いみたい
銀染キットよりもサイプロルビーの方がきれいにピークが出るようだ

==2==C==H======================================================

　　　　　　　　　２ちゃんねるのお勧めな話題と
　　　　　ネットでの面白い出来事を配送したいと思ってます。。。
===============================読者数：102115人　発行日：2002/03/12
どもども、人格障害者のひろゆきですー。
今日は重大なお知らせがありますですー。
これまで２chでは、企業に対する真偽の曖昧な書き込みは削除しませんでしたが、これからは削除依頼が出たら一旦全て削除して、その真偽をおいらが責任を持って調査し、真実であると確信した時点で改めて復帰させ公開することにしましたですー。。。
これまでは企業に対して、書き込みの内容が嘘であることを「証明してみろ」という傲慢な態度を示してきましたが、これからはおいらが書き込みの内容が真実であることを証明してから大衆の目に触れさせることにしますですー、、、
いやぁ、よく考えると始めからこうするのが当然だったのかも知れませんねー。。。

ちなみに最近はDHCの裁判の模様をお伝えしてますが、それも話半分で聞いていてくださいー、、、
おいらは相手側の主張の極一部を抜き取って、自分の都合の良いように歪曲して報告してますが、その前後の話も含めれば本当は全く違う状況なんですよー、、、えぇえぇ、、、
おいらってば本当に卑劣な人間なんですよー。。。
向こうの弁護士さんも相当に怒っていると思いますですー。。。

ついでに言っておきますが、DHCの件もこれまでと同様に旗色が悪くなったら報告するのを止めますので予めご了承くださいですー、、、
本当は結果まで全て真実を報告して、もし削除するよう決定がくだれば、相手側の企業に対する謝罪のひとつでも掲載するべきなんですよねー。。。
おいらってば人格障害者なもんで許して欲しいですー。。。

んじゃ！

生物系へのMSについての情報はプロテオーム関連の本をごらんになるのがもっともいいと思います。
MALDIは一般的には混合物は苦手。でも1つのタンパク質をトリプシン消化した
混合物は既にデータベースで登録されている可能性があります。定量には
オススメではありません。定性が主。

ESIやFABは分離手段であるHPLC(LC)のディテクタとして付けていると思われるほうがいいと思います。
ESIは多価イオンが出ますので高分子のタンパクも限られたマスレンジでできますが
FABは一般に多価イオンは出ません。LC/MSは定量・定性ができますが、ある程度の
熟練が必要です。

MSについての板は化学にもあります。ここでは環境関係について幾らか出ていた
と思います。

ついでに

MSは
・導入部(直接サンプルを何かに塗って入れるかガスクロや液クロで分けて入れるか)と
・分析部（二重収束や、四重極（Qマスといわれる）かイオントラップなど）と
・データ処理から成ります。

イオン化は試料を分析部に入れる前に行ないます。分析部は高真空です。
そこには磁場や電場がかかっています。そのためイオン化しているもののみが
理想的には正しく決められた挙動で動き（語弊があるけど）、検出部に
到達して、そのイオン情報（見かけの分子量/電荷＝m/z)を与えます。

これがスペクトルです。分析部を飛行することから飛ばすという言葉が
あると思います。

うわっ、なんだか参考になる書き込みだなぁ。

　ＭＳメーカーはぷりておーむとちょい距離があるトコが多い様な
別に>>42>>43氏に関して言ってるワケではありませんが

　ＤＮＡ配列をたんぱく質のアミノ酸配列データベースとして利用
できる場合(つーか普通そうだが)、ＤＮＡの全配列が決定されてい
るイキモノのたんぱく質は実質上全てデータベースに載っている事
になります。いや、イントロンとかあるから実際はちがうんだけど
さ。

　一般的には、ヒトのＤＮＡも配列自体は決定されているので(ア
ノテーションはまだまだだけど)、ヒト由来のたんぱく質もデータ
ベース化されている、と考えて解析している事が多いと思います。


　ちなみに酵素消化物の場合、ペプチドマスフィンガープリンティ
ングだけでの解析よりもＭＳＭＳによるフラグメンテーション解析
の方が最近は主になりつつある様な気がしますね。ハイブリッドマ
ス(ＱｑＴＯＦやＴＯＦＴＯＦ)もうちょっと安くならないかなぁ。

　そーいえばＭＡＬＤＩは他のマスに比べれば混合物に強く、塩な
どに関しても他のマスから見ればキツい量でも測定できる、と思う
んだけど、>>42氏は違うご意見の様で。混合物に強いマスって何で
しょうか。ＬＣ−ＭＳで、ＬＣ分離すれば混合物もＯＫとかだった
りして。

　ＭＡＬＤＩが定量に向いていないというのはその通りだと思いま
す。スポット全域をたたいて積算すればあるいは・・・という気も
するけれど、実用的じゃないしね。


　つーか、ＩＣＡＴはどうよ？

>>45-46＆MSにご興味のある皆様

混合物に強いというのはLCで分けてという意味です。すみません。
(誘導体化してGC/MSってのもアリか・・・）
フローインジョクションで突っ込んだらどうか？？って言われますと
たしかにデータベースの関連上消化物ならMALDIでいいとのこと。

ICATって、安定同位体を利用したアプライドさんの試薬のことですよね。
8マスの差で定量するとのこと。あれは分解能がないと使えないそうです。
つまりアプライドさんのMSでもAPI4000ではダメ。QSTAR（QQQTOF）でないと
使えない。それにしてもハイブリッドはアプライド、マイクロマス、ブルッカ
共に高いね。(定価で1億近い・・・・）

あと分解能を絞ることができるイオントラップでもICAT使えると
某研究所の先生からお伺いしました。実際に小生が使った訳ではないですが。

定量にはやはりスポットを当てるタイプのMALDIはオススメではないそうです。

>>47
マジメだねぇ
なんで２ちゃんにきてんの？

情報どうもです。イオントラップでＩＣＡＴか・・・
ちょい盲点だったかも。イオントラップならあんまり高くないしな
試薬が高いけど(涙

ども。実は前社（MSメーカーというよりは電気大手）の裏事情覗いたついで・・。
ここに来てしまいました。

それは置いといて、アプライドのMSを買ったときに限り（QSTAR)試薬も
おまけで付けてくれる約束はしたのだが、試薬だけでも売ってくれる。高っ！だね。

それよりサイファージョンの相互作用→MSってやったヒトいるの？
意見結果希望です。

これから買います。どこのがいいのでしょうか？

>>50
この板ならプロテオームに使用するんでしょうか
サーチエンジン用の予算も取りましたか？

ＰＭＦだけなら各メーカーの差は小さいですが、ハイブリッドは結構違うと思います。
具体的に何を条件に検討してるんですか？

>>50
>>51さんのおっしゃるように何に使うかが問題です。
それと何処に置くか、また共通機器として使うかも案外重要。

共通機器なら誰か代表(責任者）として置かないとMSは難しい。
MALDIなら比較的楽ですが、責任者ナシで共通機器としてLC/MSを置くのは
今までお付き合いしたユーザーさんからの話でも凶・・・。

また薬物動態や環境分析が主用途ならESIやMALDIよりもLC/APCI-MSのほうが吉。

>51,52
ありがとうございます。サーチエンジンとは？データベースソフトのようなものでしょうか？
プロテオームに使用するため、MALDIを購入するようです。標準的なスペックだと、いくらくらいかかるのでしょうか？？

>>53
　マスのデータとたんぱく質の配列データを比較して、たんぱく質を同定するエンジンが
サーチエンジン。MASCOTやProteinProspectorが有名。これがないと、ただの質量分析しか出来ん。

　MALDIでPMFするだけなら(MALDI-TOFなら)４千万から５千万もあれば大丈夫かな。
MSMS解析するハイブリッドのMALDI-TOF/TOFなら８千万くらい？もうちょい？

　サーチエンジンはインターネット経由でよければタダ。買うと・・・ピンキリ。
ソフトだけで５０万程度、からサーバー構築込みで数千万まで・・・。

とりあえず上げとくか

ageます。

TOFTOFってどうよ？どうなのよ？

現在、マスを使った生体試料中の蛋白定量って、
役に立つくらいになってるの？

>>58
絶対定量はツラいと思われ
比較定量は・・・どうだろう・・・

>>59
では、メーカーの説明資料にあった、
血清中のインシュリン定量もあやしいのかな？

確かに、検量線とかの詳しいデータは一切なかったが。

教えて君で、スマソ。
明日にでもちょっと調べてみる。

勝手な意見、高いカネはらってICAT使うんだったらCBBとかローリーとかBCA使うわね。
昔(メーカー時代）、タンパク質をESIで測定して、多価イオンの強度、足して定量
できるか凝ったコトあったけど、玉砕しました。

あっTOFではICATの定量は難しいよ。
それとタダのQMSでも分解能が悪いのでICATの定量は難しいよ。

>>60
んあ。どこの資料かな？つーかどのタイプのＭＳか教えて
定量性はイオン化法に大きく依存するからなぁ・・・

そーゆー定量はほとんど前処理で決まる気もするけど

>>57 TOFTOFってどうよ？どうなのよ？

こりゃ、ウチはお手上げ。TOF持ってなかったもんね。
先日きたABIさんはTOFはポストソースディケイ（PSD)を衝突（MS/MS)のように使うと
言っていましたが、これをもっとシッカリさせたものか？ゴメンナサイ〜。

どなたかhelp！

メーカーは Waters。
今日は担当者不在のため、だめだって。
MS の種類は不明で、標識して定量するので、61 さんの方法かな。

抗体が市販されていないので、ELISA や SPR バイオセンサーに頼れず、
MS はどうかなーっと思っている所です。

え、精製してポリクロ作れって？
作れるかな？？？

うちはMicromassのQ-TOFあるけど、結構いいぞ。
MS/MSでばっちりペプチドのシークエンスまで読める。
既知タンパクであればDigestion => LC/MS/MSで全シークエンス
確認可能。
できればTOF-TOF欲しかったが、当時は出てなかった（泣）


MALDIのPSDは正確にはMS/MSではないから、あんまり
使いもんにならん。(ABI Voyager使用）
あと、VoyageのPSDは測定が面倒。

>>65　さんは詳しそうですね〜。助かります。
>>60-64さん、もしかしてWatersといってもmicromassの製品ではないでしょうか？
（たしか提携していたと思いましたが）
そこのK井さん、澤○さんは優秀なアプリケーションエンジニアです。

抗体がない場合のタンパクの定量は「S35でラベルして、SDS-PAGEかける」のって
ダメかなあ？細胞刺激の差による発現の差はそれでみれそうですが、分子量の
似たタンパクや膜タンパクならまだ難しいです。

ねーねー銀染って回収率悪いの？
なんで？

エンジニア時代はここまでMSが生物に使われていなかったので、実感としてまだ分からない。
同僚の元NAISTにいた人からそれとなく聞いたところ、銀染色は回収が悪いのではなく
(実際感度はクーマシーよりも1桁近くいい）MSにかけるときにイオン化効率が悪いらしい。
ESIでの感度の低下→きっとイオン性の夾雑物が多いと思われる。グアニジン系の
モノが悪さをするとその人はおっしゃっていたが、文献はまだ調べていない。
スミマセン。

通常の銀染はグルタルアルデヒドで架橋をするのですが、これがイオン化効率を下げるらしい。
グルタルアルデヒドで架橋しないと感度が下がる。
マス用にグルタルアルデヒドをつかわない銀染キットもあるね。

グルタルアルデヒド使うとペプチドのマスが変わってしまうかと
チオ硫酸ナトリウム使わなきゃ・・・
確かに染色法としての感度は下がるけどね

>>68
ESIで夾雑物・・・シリンジポンプで分離せずにイオン化させてるんでしょうか
ケミカルバックグランドが高いとかの話かなー

あ、sage進行でもないのに下げてしまった

個人的にはサイプロルビーが総合的には優れている様な気がする
バンドを回収する時に自然光下肉眼で見えないのがツラいけど

あと、高いｗ

グアニジン→グルタルアルデヒドの間違いです。スミマセン。ESIの夾雑というのは
シリンジポンプで入れるのでなく、インジェクト法であっても、溶いてるBuffer
によってイオン化効率に差が出るということです。

約10年近く前の話ですが、酵素消化ではUreaを使わないで、炭酸アンモニウム
使ったこともあります。

>>70氏のおっしゃる通り、実地で慣れている人はルビーがいいと言っていました。
そのため現在こちらでは「上手く分けられるか」、当りをつけるまでの実験は銀、
本番の回収にはルビーを使おうとしています。

液マスの場合、ＬＣで分離してるならサンプル由来の夾雑物は除ける･･･はず
インフュージョン(シリンジポンプっつーのはこの事か？)はさにあらず

･･･というハナシだと思われ

MALDI TOF-MSのユーザーですが、質問。
文献にサンプルは何ピコモルから何ピコモルのサンプルを飛ばしてください
と書いているのですが、これはどうやって調べているの？
　ＭＳは定量性がないと個人的に思っているのですが、実際限界量を測定する
ように言われて困ってます。

この前ESI FT-MSMSの話を聞いたんですけど、すごい分解能で笑ってしまいました。
話では思ったよりお安く手に入るみたいですけど実際どうなんですか？

>>74
　ん？これくらいの量があれば測定できる、つー目安の量の事でしょ？
確かにMALDIはイマイチ定量性ないと思うけど、前後の話のつながりが理解できん
ｽﾏｿ

教授から、ＭＡＬＤＩの限界必要サンプル量を単に測定し、定義付けしろと
言われました。
考えているのは、
１．できるだけ少量体積をＭＡＬＤＩプレートの中心にスポットし、段階的に
サンプル量を減らしていく。
２．積算回数を増やす
ですが、こんなんで本当に良いのかな？っという話です。
無理難題で困っているのですが、参考文献かアドバイス希望です。
もうしわけありません。

>>77
あー、限界より下の量ではいくら積算しても出ないものは出ないと思われ
つかさ、何を持って「測定できた」とするのか(SN比いくら以上とか？)考えとかないとドツボにはまるかも

あと、スポット法(ThinLayer法やスプレー法)を検討するとかマトリクス濃度を検討するとかいろいろやらないとねー
マトリクスはCHCAでOKすか？＞All

>>78　返答ありがとうございます。
同じことを考えてました。やっぱり、ＳＮ比で判断しないと、客観的な定義付け
はできないですよね。マトリクスはＣＨＣＡです。
　どなたか、一つでも良いので参考文献とか紹介していただけたら幸いです。
PUBMEDでマスの定量性についての論文がひっかかりません。

MALDIは前逝た会社で作ってなかったからわかりませんが、先週アプライドのMさんの
Voyagerの講習会に混ぜてもらったので報告。

まずマトリックスよりも試料精製に気遣うべし（これは何時の世？どのMSでも同じ）
ureaダメ、界面活性剤ダメetc
あと「これならわかるマススペクトロメトリー」化学同人のとろに載っているのですが、
どの試料がどのマトリックスをつかえばよいかが一覧で書いています。これは経験則です。

また試料濃度が分からない場合はマトリックスと試料の濃度を希釈率を変えて
アプライするのがいいらしい。試料とマトリックスの濃度(モル比）は1対3万から4万
がベストだそうな。

MALDIに関してはこちらの初心者なので、耳年増的情報のみでスミマセン。ただ
上に述べたマス・・・の本は専門家でも引用しやすくていいそうです。

MALDIに定量性はないと思われ

薄いサンプルではあれこれ手をつくさないと測定できない
・・・が、濃いサンプルならいい加減にやっても出たりする

薄いサンプルと濃いサンプルを同じ条件のまま測定すると、「感度が悪い」事に・・・

>>80
おや、鶴見の方ですか？

>>81　はい、鶴見です。

ちなみにウチの研究室にMSが入ってきた。超喜んでいたら、なんと以前小生がMS屋として働いていた
会社の営業が偶然にも来た。バツが悪かった。

ところでMALDIでICAT使って定量…されているってことはないですよね？
MALDIにおけるICATのアプリケーションって定性以外にどういうのがあるのでしょうか？

マスって外注したらワンサンプル幾らぐらい？

>>83
ただスペクトルを取るだけなら数万円だったと思うが、data-baseにかけたり、
定量したりMS/MSしたら10万円くらいかかる可能性もあります。

サンプルのきれいさにも関係します。

>>84
　どこが請け負ってくれるの？

>>85
MS売っている会社なら原則的にはどこでもと思います。ABIさんを始めとして。
ちなみに小生がエンジニアをしておりましたH製作所でもプロテオーム関係分野を
特化して、受注分析を請け負っています。そのパンフにはHでなくサ○モさんの
MS(LCQ)が写っていました（苦笑）。
おそらく国産メーカーなら日本○子さんや、島○さんもやってくれるでしょう。


一方、MSの購入を予定している場合は（機種の選定の参考資料としているため）
無償のこともあります。

>>85
　アプロサイエンスとか東レリサーチセンターとかだっけかな？

>>86
　えー、ＭＳ機器メーカーってあんまり受託測定やってなくない？
やってるトコもあるのかー。

揚げとくか

age

無意味なageは市警！！

針毬剣のプロテオミクスサマースクール参加した人いる？
どうだった？

いま、LC/MS/MSて
幾らぐらいで買えるんだ？
オイラの小遣いで買えますか？

んでＰＭＦで同定できる限界ってどのくらいですか？

>>92
ＱＱＱ？ＱＴＯＦ？何に使うの？値段はいろいろ
とりあえずは数千万って事で(参考にならんな)
お小遣いで買えるかどうかは微妙な所・・・か？(笑)

>>93
濃いのを溶液で消化して、希釈して、っつーのなら数ａｍｏｌか数十ａｍｏｌだろうけど・・・
ゲル内消化だと１ｆｍｏｌくらいが実質の限界じゃない？

あ、量の限界の話だよね？質量精度とか配列カバー率とかの話？

ねーねー、ＭＡＬＤＩって何が利点なの？
結局みんなＬＣ−ＭＳ使ってんじゃんよ？

>>ねーねー、ＭＡＬＤＩって何が利点なの？

分解能がイイ＆使いやすいということでしょう。(感度もいいかも）
でもなんで某研究室のMALDI故障が多いんだろ？

LC/MSの方がMS/MSによるデータ多い。MALDIはPSDでしか構造情報が出せなかった。
ということで、TOF/TOFなんぞがでてきたそうです。使った人いる？

>>豆腐豆腐
海老のはｹﾞﾛ速かった
Bull_Carのはどうよ？

結局のところ、
クマシー染色で何とか見えるタンパクのシングルバンドを同定する
には、いくらかかるのだ？

30万ｶﾞﾊﾞｽくらい？

最近MALDIとTOFを使いまわしてペプチドのリン酸化部位を決定した論文を見ました。
自分トコにもMALDIが欲しくなりました。

>99　某業者さんが15万といっていたような気が・・・・・。
それよりも最近アマシャムさんがMALDI売り出したので、こういうときに
「実試料でのチェックを是非」といってタダでさせるのもいいかも。

MALDI-TOFだとプロダクトイオンスキャンができん

リン酸化ペプチドを探すのにＱＱＱとかＱｑＴＯＦを使うのが普通では
さらにＱｑＴＯＦならそのまま部位決定まで持っていけると思われ

>MALDI-TOFだとプロダクトイオンスキャンができん
PSDが使えるタイプならなんとか、島○のAXIMAはまぁまぁだった

> リン酸化ペプチドを探すのにＱＱＱとかＱｑＴＯＦを使うのが普通では
高いので買えない罠、IT(LCQとか)でも出来るから値段を抑えたいならこっちかな

プロダクトイオンスキャンの定義がちょっと違うと思われ
まぁ、全部のピークをＭＳＭＳして、そのＭＳＭＳチャートとにらめっこする気があれば・・・

ＬＣＱは確かにプロテオームでも良く使用されていますね
イオントラップは確かに安くて便利ですな

>プロダクトイオンスキャンの定義がちょっと違うと思われ
理解、プレカーサーイオンスキャンと勘違いが入っていますた

>>102
> リン酸化ペプチドを探すのにＱＱＱとかＱｑＴＯＦを使うのが普通では

MALDI TOF →　MALDI QTOFです。すみません。

＞MALDI TOF →　MALDI QTOFです。すみません。
MALDI QTOFってQSTARのo-MALDIの事でしょうか？

http://tigers-fan.com/~pppnn

女子中高生とHな出会い
　　ロリロリ児童とHな？
　　2チャンネルで超有名

>>106
>MALDI QTOFってQSTARのo-MALDIの事でしょうか？

イオン源はnano-ES(NanoSprayを指す）です。

#ESIのイオン源開発に自分は携わった経験があるのだが、
#従来のESIと比較してNanoSprayは目がさめるほど感度がいいです。

＞108
＞＞MALDI QTOFってQSTARのo-MALDIの事でしょうか？
＞イオン源はnano-ES(NanoSprayを指す）です。

？じゃ、イオン化法はESIでMALDIじゃないのでは？

　マスばかりしていると、廃人になるよ。

>>109
言葉足らずで修正。
かの論文はESI装着QTOFでリン酸化ペプチドハケーン（同時に分集している）
→残った分画をMALDIのPSDで本当にリン酸が外れるかを確認
→さらに残った分画をESIQTOFのMS/MSでシーケンス確認
です。

>>110
すでになっている。鬱

プロダクトイオンスキャンとプレカーサーイオンスキャンは用語的に逆の方が判りやすいよねー
原理的にはその通りなのだが

>>110
マスのテクニシャン・・・

>>111
あ、ついに「ハケーン」とか２ｃｈ用語が使用可になりましたか
でも半角じゃないトコがまだまだマジメ(笑

かの論文、教えてもらえませんか？

http://wqll.jpn.ch

http://sakayasan.net/zjjj1/

女子中高生とHな出会い
　　ロリロリ児童とHな？
　　2チャンネルで超有名

>>113
リン酸化ペプチド同定の論文でいいのでしたら、これです。
Anal. Chem. (2002) 74, 3221-3231
Zappacosta F. et al.

1stのヒトよりもCarr S.でPubMEDかけたら類似の仕事沢山(イパーイ）でてきます。
Scienceにもこの方法で証明している事例があります。

またMann M.で検索したら別(チロシンリン酸化に限ってm/z216.043でリン酸
ハケーン）の同定方法も出てきます。

先ほどの論文に戻りますが、SDS-PAGEをするとトータルで5pmole、Wetで処理するなら
100-200fmoleくらいのリン酸化ペプチドが必要だそうです。

使用したMSは詳しくはAPI3、TOF(microMass社）とQTOF(MicroMass社）
とゴージャスです。この論文、今日ユニットで紹介しても全然手ごたえなかった。
鬱だ、寝ます。

見よう見真似でやってるトーシロです。リン酸化部位を決めようとしたら、結構カバー率が良かった（７割弱）なのにリン酸化されそうなペプチドだけ検出できません。リン酸化されたペプチドはMALDIで飛びにくいような事情ってあるんですか？

↑説明不足でした。そのペプチドがリン酸化されているとした場合の分子量にも、されていないとした場合の分子量にも検出されなかったってことです。

↑アンラッキーなだけのような気が・・・・
蛋白質同定ならどこかしらが得られればOKなのですが
リン酸化部位の特定の場合、目的のペプチドが検出出来ないと
いけませんから格段に難しいと思います。

とりあえず酵素を変えるのはだめでしょうか？

配列に依存するけど、リン酸化ペプチドはちょっぴりイオン化しにくいと思う
・・・とはいえ、この場合はリン酸化以外の修飾が入っている可能性も考えてみるのも吉かと
酵素を変えるとかリン酸化ペプチドだけ釣ってくるとか、手を動かすのはその後でも良いと思われ

>>119と同じですがリン酸基は負の電荷をもちやすいので正イオン化モードでは
イオン化を邪魔するように（邪魔こそしなくても促進はしない）働く可能性が
大です。当方MALDIの開発経験は持っていないのですが、原理的には負に電荷しやすい
化合物はESIと同様の理由で正イオン化ではイオン化しにくいと思ったほうがいいかと思います。

MALDIの場合は消化物を一斉に測定するわけですから、イオン化効率がA>>>>Bの
場合はAのみがイオン化することもありえます。LCで分けるとAとBが同時に
イオン源に辿り着かない限りはAもBもイオン化されることが多いです。

前紹介した論文はリン酸化ペプチドは正イオン化ではイオン化しにくいということを
念頭においてと思いますが、「それならいっそのこと負イオン化モードで採れば」
ということを上手く利用しています。でも本当に上手く行くのだろうかギモンです。

記念であげておきます

田中耕一博士は、質量分析で広く用いられているMALDIというイオン化法を発見しました。
MALDIやESIというイオン化法が発見されたことにより、蛋白質やペプチドなど、生体高分子
の質量分析が可能になりました。このような質量分析法は、現在、プロテオーム解析において
なくてはならない手段となっており、ポストゲノム時代にますますその応用が広がると考えら
れます。田中博士は、現在のプロテオーム解析技術に必須とされる分析法を、世界に先がけて発見
したのです。

日本分析化学会の会誌「ぶんせき」の１９９６年度版に
田中耕一氏が書いた解説があります。とても参考になります。

田中耕一：マトリックス支援によるレーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析法
ぶんせき、p.253〜261 (1996).

http://wwwsoc.nii.ac.jp/jsac/bunseki/199604.html

ノーベル賞の対象となった論文（多分）
K. Tanaka, H. Waki, Y. Ido, S. Akita, Y. Yoshida, T. Yoshida:
Rapid Commun. Mass Spectrome., 2, 151 (1988).

ちなみにRapid Commun. Mass SpectromeのIFは、1999年のデータで 2.437 です。

IFじゃないな　ヤッパ

生化学会で講演予定ですね＜田中氏

ttp://edpex104.bcasj.or.jp/jbs2002/bioin.htm

ＱＩＴ−ＴＯＦか・・・あんまり期待してないけど、せっかくだし聞きに行こうかな

田中先生本当に良かったです。ライバル会社だったのですが、とても紳士でした。
（ワークショップの関係で前にいた会社に電話してくれたことがあったです）
他の受賞者のFenn博士はESIの開発で、ノーベル化学賞。
もっともESIは原型はDoleの静電噴霧(1966)にあったと思われます。

いずれにしてもMSのイオン源の開発が学術的に認められる世の中になって
とても嬉しい気分になりました。

受賞記念age。

>>122
厳密にはレーザーディソープションが受賞理由では？
MALDIはLDの１手法ですよね。

しっかし、昨日の各ＴＶの解説、めちゃくちゃだったなあ。
ｲｵﾝ化できれば構造解析がすべてできるわけではなかろうに。

>>122 言い忘れ。

田中氏はＤは取られていないのでは？　（外国で取られたのかな？）
学会での知名度がなくても実績があれば賞が取れたという
点で、今回の選考に好感が持てます。

モノづくり日本に光明が見えた観もあります。

>>129

受賞理由はMALDIの発見です。LD自体は従来からあったイオン化法なのですが、
このLDを生体高分子にも適用できるようにしたことが発見なのです。現在の
MALDIやESIの普及を見れば、これらのイオン化法の発見がいかに広い分野に
大きなインパクトを与えたかは、明らかでしょう。プロテオミクスとからん
でいるところも見逃せません。

日本語の解説としては、以下をご参照下さい。
田中耕一：マトリックス支援によるレーザー脱離イオン化（MALDI）質量分析法
ぶんせき、p.253〜261 (1996).
http://wwwsoc.nii.ac.jp/jsac/bunseki/199604.html

http://mona.2ch.net/546/qwertyuiop.html

http://jumper.jp/yyyu/ 携帯用

中高生とHな出会い
　 即アポ即H出来る
　 超最高なH＆Hが・・　

MALDI-TOF/MSおよびESI-MSが開発されたことにより、微量の蛋白質
ペプチドを迅速に分析できるようになった。これらの質量分析法は
プロテオミクスには必須のアイテムとなっている。MALDIイオン化法
は、蛋白質・ペプチドだけでなく、有機化学物質や糖質、核酸、天然物
など、あらゆる物質の質量分析に応用されている。田中氏による
MALDIイオン化法の発見は、革命をもたらすほどのインパクトを後生
に与えた。例え論文数が少なかろうとも、この画期的発見の価値を
損なうものではない。

MALDI-TOF/MS: matrix assisted laser desorption/ionization time-of-flight MS
ESI-MS: electrospray ionization mass spectrometry

MALDI-TOF/MSやりたいっす。都内で、オープンなトフマスの在り処を教えてチョ。灯台学内ならなおうれし。

>>134

日本質量分析学会のページを探せばあるよ。

日本質量分析学会
http://www.mssj.jp/
http://www.mssj.jp/Japanese/topics/20021010.html

先日島津にMALDI-TOF/MS頼みました。
すとれぷとあビじんですた。･ﾟ･(ﾉД`)･ﾟ･｡。

これらの機械を買えば、田中さん会える！かもよ。
http://www.an.shimadzu.co.jp/bio/product/kompact.htm
http://www.an.shimadzu.co.jp/bio/product/axima.htm

MALDIイオン化法の原理。
http://www.an.shimadzu.co.jp/bio/product/tech.htm

今日は島津製作所、余り株上がってないね

とてもシツレイなんですが、島津サン、MSではそれほど大手じゃないよ。
イオン源開発しても、アナライザやソフトがしょぼかったら買ってもらえない。
とても微妙なお立場もご経験なさったかとお察しいたします。

>>137
田中氏は90年代前半では質量分析連合討論会とか医用MS学会で、
ワークショップに出していました。MSをこよなく愛されている方なので
最低でも質量分析連合討論会には来られると思います。

かつての医用MSの学会要旨見直すと、自分の後が田中氏の公演だったこともあった。若気の至りというか
サインもらっとくんだったよ。

> とてもシツレイなんですが、島津サン、MSではそれほど大手じゃないよ

確かに・・・、MALDI-TOF/MS何でも買っていいと言われれば
Voyager買うだろうなぁ

でもAximaは良い装置だと思います、一度秦野のラボで使わせて
もらいましたが満足な結果でした。

つか、島津がプロテオーム関係に強いとは思えん
タンパクの取り扱いも、インフォマティックスも・・・

ＭＳそのものより、サンプル調製や得られた膨大な結果をどう扱うかが鍵
ユーザーとしてはそのへんのサポートを期待したい所だ

>141
同感。
島津はこの際、プロテオーム解析関連に人員とお金をさき、会社の
目玉とするような事業展開をはかるべきだと思われる。

ほらよ。
http://www.shimadzu.co.jp/aboutus/nobel/index.html

>142
えーと、プロテオミクスに力を入れるのはリスキーだと思われ
数年後に果たしてどの程度の市場が残っているやら・・・

今のままの路線で良いんじゃないかな、島津は

>144
まあ、それはともかく新製品TOF/MSの発売に合わせるような
ノーベル賞受賞つうのはこれ以上ない宣伝効果だよな。
生化のセミナーも満員確実、営業マンもノーベル賞受賞のAximaで
話切り出せるしなー（ｗ

生化学会行った人レポートｷﾎﾞﾝﾇ

>117 リン酸化されているのがセリンの場合、脱リン酸化・デヒドロアラニン生成が容易なため、
飛びにくいのではなく陽イオン検出モードでリン酸化ピークが見えないってことはないのでしょうか？

別にセリンリン酸化ペプチドでもポジティブモードで問題なく測定できてますが何か？
ネガだと検出器(ＭＣＰ)の感度が下がるのでかえって測定感度が下がるっぽい

どっちにしろペプチド混合物そのままだと難しいけどね


ＭＡＬＤＩでも一旦ＬＣ分離してから(しながら)スポットするＬＣ−ＭＡＬＤＩがオススメ
ナノスプレーより良い結果が得られる事もある・・・かもしれない気がする

> ＭＡＬＤＩでも一旦ＬＣ分離してから(しながら)スポットするＬＣ−ＭＡＬＤＩがオススメ
LCPackingsのProbotってやつ？　誰か使った人いる？

???

＞LCPackingsのProbotってやつ？

ﾅﾆｿｰﾚ?詳細ｷﾎﾞﾝﾇ

>>141
>ＭＳそのものより、サンプル調製や得られた膨大な結果をどう扱うかが鍵
>ユーザーとしてはそのへんのサポートを期待したい所だ

メーカーというところは設計とアプリケエンジニア（依頼分析もすること多し）
と営業から成る事が多く、3者は情報交換というより結構対立します。エンジニアは
シグマとかの標品しか触っていないことも多いのが現状です。
このご時世、メーカーの人間に「標品以外の実サンプルを触れて勉強しる！」というのも酷と思います。
（それがイヤでメーカー辞めて他に行く変人もいるが稀です）

つまり、メーカーのサポートなんぞに期待してもしょうがないです。

ところで島津さんの営業さんの話に拠れば全科展で田中さんが中日に来られるそうですよ。どうよ。
（全科展・・・全国科学機器展の略です。理化学機器メーカーにとっては一大イベントです）
ちなみに最近島津さん、MSの引き合い増えているとのこと。いいですねえ。

ＱＩＴ−ＦＯＦなぁ・・・何に使えば良いのかな？

ＭＳのｎ乗とか、ＭＳ屋には使い道があるんだろうけど、ソフトがないと漏れには厳しいし
ＭＳＭＳもＱｑＴＯＦやＴＯＦＴＯＦより優れている点があるのかどうかわからん

なんぞ新しい使い方(アプリケーション)を提供してくれんと予算申請する気にならんぞ

↑あまり自分ばかりカキコむのは気が引けますが、もと糞メーカ出身ということで
一言。（といっても長い・・・すみません）

イオントラップタイプはまず感度がいいです（トリプルQ/TOFと比べて）。しかしイオントラップ単体は分解能が悪い。
（整数でのMSしか保証しない）しかしeasy to useです。ということで感度＋分解能
ということでQIT-TOF.

MSのｎ乗は例えば10残基のペプチドを例にとりませう。
普通のMSでは10残基のペプチドそのままのm/zか2価か3価のイオンが出てきます。
これの最も強いものを叩くとMS/MSとしておおよそY9,Y8,Y7が見えてきます。この情報では
N末端から1,2,3番目のアミノ酸しか分からないので、さらにこれらのYのうちどれかを叩くと
Y6,Y5などもだんだん見えてきます。もちろん感度は下がると思いますが。

この方法は他に糖鎖にも適応できると思います。

また余談ですが分解能の良いTOFについて。
ご存知の方も多いとして・・・。
TOFというのは小数点以下3桁くらいまで制度が保証されます。上手く行くと元素の
組成までばっちりです。ちなみに慶応のe-cellやってるグループの某先生は
代謝物分析で「まだ分かっていない成分」はTOF/TOFで絞込み-同定を考えているそうです。
（先日のCBIのミーティングでのお言葉）

自分も興味あるので、メーカーの方が出入りしているならば是非、書き込み希望したい
です。

小数点以下３桁まで精度が・・・ってミリマスかいっ！そりゃ無理でしょ
内部標準法で良くても誤差５ｐｐｍくらいなので、分子量１０００で０．００５くらいの誤差の筈
分子量が大きくなれば誤差ももっと大きくなるし、ピークの形やマトリクスの結晶の平坦さなんかも影響するし・・・
島津のＴＯＦのフライトチューブ長ではもう一桁くらい悪くなりそうな？

ｙシリーズも別に端から切れるワケじゃないし、ＭＳのｎ乗をとって全配列の解析っちゅうのもなぁ
その程度ならコリジョンエナジーのコントロールで解決しそうだけど？
漏れ、勘違いしてる？ｙシリーズじゃなくてＹシリーズと表記してあるので漏れの勉強不足かも・・・ｽﾏｿ

>>小数点以下３桁まで精度が・・・ってミリマスかいっ！そりゃ無理でしょ
分解能それくらいいいって、某業者いってたよ。デモでもm/z2,000くらいのモノ
小数点以下3桁まで出していました。
（元逝たメーカーにはMALDI-TOFなかったので、鵜呑み・・・スマソ）
慶応の先生の代謝物の組成は低分子量に限っているとのことでしょう。

>ｙシリーズじゃなくてＹシリーズと表記してあるので漏れの勉強不足かも・・・ｽﾏｿ
ちなみにめんどうなので当方Y,ｙ小文字大文字の区別していない、こちらの
勉強不足っぽい・・・職場にはでっかいポスタ張っているので確認できるん
ですが、まさか職場から2chできないんで堪忍して。


ｙの切れ方は端から切れるものからいろいろ出るので、その差を持って
アミノ酸の組成としている・・・。SALSAアルゴリズムがそれを利用
しています。MSはF社のイオントラップです。切れるアミノ酸は確率の問題
だと思います。
イオントラップの経験ではあまり途中同士切れたものは見当たりませでした。

ちなみに>>155さんのミリマスって言葉、セクター（二重収束）っぽく
懐かしく感じました。もう2重収束の出番ってないのだろうか。

>>156
　ＹシリーズはRoepstorffによる命名で、ｙシリーズはBiemannに
よる命名。前者は切れる所だけを考えた命名で、後者は実際にＭＳ
で観測されるフラグメントを考慮した命名。

　実際にはｙシリーズはＹシリーズ＋２(Ｈ２個分)の質量になる。
フラグメンテーション後、Ｎ末側の中性フラグメントからＨをぶっ
こ抜く分(ＮＨがＮＨ２になる)と、プロトンアダクトの分。

＞切れるアミノ酸は確率の問題だと思います。
　確率？まぁ、切れた後のイオンが安定(俗に「切れやすい」)＝生
成する(観測される)確率が高いという意味では確率の問題ですが。

＞イオントラップの経験ではあまり途中同士切れたものは見当たりませでした。
　ＭＡＳＣＯＴでもイオントラップではインターナルフラグメント
イオンを検索対象にしていませんね。対象にしているのはハイエナ
ジーコリジョンのと・・・ＭＡＬＤＩ−ＱＴＯＦ。ん？ＭＡＬＤＩ
のＱＴＯＦでインターナルフラグメント出るのか。ｼﾗﾅｶﾀｰﾖ

↑助かりました。とても勉強になりました。どうも有難うございました。

漏れと田中耕一の共通点

「マスが大好き。」

田中耕一
「マス・・・えぇ、毎日やってますよ。病み付きですよ。」

漏れ
「マス・・・えぇ、毎日やってますよ。病み付きですよ。」

>>156
最近はTOFの分解能そんなにすごいの？小数点以下3桁までってピークをその精度で読めるってだけで
10000と10001のピークを分離できるとか、そういう意味とは違うんですよね？え？そういう意味？
#うちのは分解能0.1%ぐらいだったような．．．

>>161
分解能２万程度。実際には分子量１万でもアイソトープ分離は難し
いと思われ。６０００から７０００くらいが分離できる限界か？

分解能自体は質量(つーかｍ／ｚ)に対してプロットすると山型っぽ
くなるので、頂点での分解能が２万くらいっつー事です。えーと、
分子量６０００で半値幅０．３マスとかそんなの。

質量精度は校正のズレとピーク幅(ピーク重心の計算時の誤差)に左
右されると思うんだけど、ＴＯＦは正確な質量校正が難しいので、
ミリマスとるのは至難の技。・・・だよなぁ＞all(弱気)

>>159>>160
ネタ的には>>110から>>112で激しくｶﾞｲｼｭﾂです、が、
田中耕一氏とのカラみを演じたのでよしとする

＞162
うちのはInsulinくらいならアイソトープ分離（完全ではないけど）する
たぶん6000-7000が限界くらいで正解でしょう

自分はQTofで組成確定を行うけどセクターより精度が楽に出る気がする
校正も２点で良いのでセクターみたいに電場でスキャンしたりしなくて
良いし真にミリマスとは言えないかもしれないけど組成を特定する分に
は充分使えると思う

良スレと思うのですがあんまり人いないみたい。
で、リン酸化ペプチドをLC/MSで見るときはナノカラム使うってことで
決まりなのかな？

↑リン酸化ペプチドの解析でIMACとかいう方法つかうっての、
先日の某業者のユーザースフォーラムでやってました。

IMACって、親切な先生に聞くところによると、メタルカラムを使った手法です。
リン酸化ペプチドは金属カラムにトラップされやすいので（自分はやっていないので
実際のところは分からない）、これを使ってリン酸化ペプチドを優先的に回収して
分析するのだそうです。

その先生の原著、これから探します。職場に要旨集も置いてきてしまった。
ここに来ている人で水曜（東京）もしくは先日（大阪）のフォーラム出た方居られたら
フォロー、キボウします。

良スレだがやってるヤシが少ないからカキコも

今日からは違うぞ！

良スレだから見てる人は多くても書き込みは少なくていいんだよ。
>168　金属、何使ってるんでしょうね？Zn?
googleでちょっとIMAC調べてみたら某社のパソコンが山のように引っかかって
笑いました。

IMACでリン酸化ペプチドを引っ掛けるのは難しいと思われ
金属は３価鉄とか言われてるけど、どーかなー
金属によってアフィニティーがずいぶんと違う様な・・・

ちなみにZipTipのIMACでやったネタは

ttp://www.millipore.com/publications.nsf/docs/TN228

でもなー、昔クロマトでIMAC使ってたけど、メーカーやロットによって吸着能が違うんだよなー

個人的には化学的にリン酸基を違う官能基に変換してやる方法が一番マシだと思う
某ＡザイのＯ田さんが発表してたヤツ

ガリウムでリン酸化ペプチド精製するカラムがあったはずだけど
その類では?

保守

一気に下がったな
カラageもなんなので聞いてみるか

データベースサーチエンジンって商売的にはマスコットの独壇場なの？
プロスペクターやプロファウンドもＰＭＦサーチには特色あって良く使うんだけど

こちらも唐揚だと悪いので経験レス

>>172
>データベースサーチエンジンって商売的にはマスコットの独壇場なの？
>プロスペクターやプロファウンドもＰＭＦサーチには特色あって良く使うんだけど

生化学会＆CBIで自分の興味ある先生（プロテオミクスで成果出しているトコ）
に複数聞いたところ、やはりMASCOTでした。

その後の某フォーラムでは付属のソフトで上手く行くとも聞いたが確かではない。
現在自分も某メーカーのMSの付属サーチBIOW**KSとシークエストをこき使い中・・。
既知試料はきれいに出ます。これらのデータベースは比較的早いです。

プロスペクタ遅いと聞いたんですが実際はどうでしょうか？

>>173
Prospectorは遅いけど、バッチでなければなんとか使える
他の計算ツールとか便利なので使用頻度は低くない

でもバッチ処理ならレポート形式も含めてMascotしかないカンジ
ＭＳＭＳデータ百本以上一気に投げると速度の差が歴然

>>161
分解能と質量精度を少々混同されてると思われ。
分解能はざっくばらんに言えばピークがどれだけ細いか。
質量精度は文字どおり検出表示される質量数がどれだけ動かないか。

質量精度は悪いけど分解能はイイとかその逆とか存在し得ます。
前者は電圧がふらついてるとか、後者は飛ばし方がまずいとか、原因も違います。

「分解能ｎ」とは「分子量nとn+1のピークを分離できるという意味」だという伝説が
いまだに語り継がれていて、漏れは磁場型世代じゃないんだけど先輩いわく
昔は磁場型がだいたいこの２つの数字が一致していたそうで、
誰にでもわかりやすいこととあいまって異常に普及してしまってるらしい。
今は>>162さんのおっしゃるような分子量(つーかm/z)÷半値幅であらわすのが一般的。

＞「分解能ｎ」とは「分子量nとn+1のピークを分離できるという意味」だという伝説が
＞いまだに語り継がれていて、漏れは磁場型世代じゃないんだけど先輩いわく
＞昔は磁場型がだいたいこの２つの数字が一致していたそうで、

だいたい一致していたのではなく、磁場型の分解能の定義がnとn+1を（10%valleyで）分離できるだったのよ

本題からはちとずれますが
質量精度には「真値からのズレ」と「繰り返し誤差」の２種類が含まれますよね

前者はキャリブレーションの問題など、後者が>>175氏の言う電圧のゆらぎなどによる問題ですかね
一枚のデータからでは真値からのズレだけしか読み取れない(事も無いけど)ので注意の事

>>176
そうでしたか。いいかげんな聞き伝えの知識すみませんでした。

>>177
自分で電圧のふらつきとか書きましたけど、実際に現場レベルでよく起きるのは
そういったハードの問題よりも、プレート上で結晶をつくるときに厚くしてしまったとか
そっちの方が多いような。
何スキャンかアキュームレートして表示するタイプのMSの場合は繰り返し誤差が
そのまま分解能悪化として出てきますので、そうすると分解能と質量精度を
明確に区別する意味が希薄になってくる？

喜多━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!!

「ＥＴＶスペシャル」
　田中耕一さんノーベル賞を決めた新発見
　タンパク質研究
　医療現場が変わる

ＮＨＫ教育テレビにて
11月23日午後８時から１時間

とりあえずキャプれ！

>>1こと子豚よ・・・いい加減にしたらどうだ（ＷＷＷＷ
お前は今までずっとそうやって生きてきたな（ＷＷＷ自分にとって都合のいい話しか聞かない豚野郎（ＷＷ
不快になる､反論される話は全く聞く耳を持たないんだろ（ＷＷ豚きわめりだな（ＷＷ
なぜ自分の卑小さを省みず､常にそんな傲慢な態度をふるえるんだ（ＷＷ
お前のような豚は､常に自分の精神状態を気持ちよくする事しか考えてないからだろ（ＷＷ
この世を自分中心…豚中心（ＷＷ豚世界（ＷＷお前が人間と会話する時は､論議するとか､
意味のある話をしようとか、そういうのがまったくない。ただアフォ豚が気持ちよくなれればそれでいい
自己豚満足しか頭に無い､典型的オナニー豚（ＷＷＷ
まさに幼児豚がする会話。幼稚豚の典型（Ｗお前の話は､ゴミだよ豚ちゃん（ＷＷＷ
イカレ豚のオナニーその最もたるは､お前が書いてきたレスだよ。そして自演ことバレ豚芝居（ＷＷＷ
なぜあんなレスをしかできない？あんなサトラレ豚芝居をする？自分ではわからないだろうな（Ｗ
それは､ただ自分が気持ち良くなりたいという豚望の結果ですよ（ＷＷＷ
真正面から否定する文は､ｵﾅﾆー豚には通用しまい（Ｗお前は誰にも論破できない（ＷＷ
論破できないというよりは、議論自体できない訳ですが（ＷＷＷ
豚は豚を不快にする文を受け入れられるような理論的人間じゃないからだ。
つまりｵﾏｴが豚だからだよ豚野郎（ＷＷＷ話の通じない狂豚。狂気豚見参（ＷＷＷ
ハナから戯言と決めつけることによって､どんなことをいわれても豚の精神状態を
安定させようとする。豚に都合の悪い事は見えません、豚目、豚耳、豚口（ＷＷＷ
豚のお前にしてみれば、豚が不快になる文は､「バカじゃん」「ただのキチガイ」「で？」で済まされてしまうだろう（ＷＷＷそんな事をしていては、他人と論ずる事などできる訳がない（ＷＷＷ論ずる事など元からｱﾌｫ豚にはできませんが（ＷＷできる事はｺﾋﾟﾍﾟと豚芝居（ＷＷＷ
とどのつまり、豚ちゃんはハナから他人と論ずるだけの脳味噌を持っていないってこと。
そして、そのレスはすべて何の価値も持たないゴミだということだ。
ｵﾏｴには何にもできないよ豚ちゃん。ﾈﾀ職人などと都合の良い冠が欲しいのか？（ＷＷＷ

http://www.freewebz.com/kotish/cgi-bin/img20021012165534.jpg

今、ラボでマススペックの外注をしようとしています。
標的の蛋白質は、糖鎖修飾を受けているものと考えられるのですが、
通常、糖蛋白質のシークエンスは、マススペックでどのように決定できるのでしょうか？
はじめに糖鎖を取り除いたりしないといけないのでしょうか？
なにぶん浅学でして的を得ない質問かもわかりませんが、
どなたお答えくださるようお願いします。

的は射るもの、というお約束の突っ込みはさておき、せっかく外注するんだからその外注先に問い合わせるのが一番じゃないか？

＞182
で、MSで標的蛋白質の何を知りたいの？

蛋白質の同定がしたいのなら多少の修飾なんて気にする必要ない
どうせ酵素でばらすんだからね

糖鎖修飾部位を決定するのであれば多少難易度は上がるかもしれない
けれどいくらでも方法はある

とりあえず、具体的に知りたい内容が判らないことにはコメントしようがない

>>184
基本的には蛋白質の同定したいのです。
トリプシンなどで処理した場合、できてくるぺプチドには、
糖鎖はまだくっついていると思うのですが、
マッピングするときに、それがどの程度影響するのか、
糖鎖の分のmassはどう考慮するのか、というのが疑問でして。
いまいち原理など分かっておりませんので、勉強不足ですが、
お教えください。
＞蛋白質の同定がしたいのなら多少の修飾なんて気にする必要ない
＞どうせ酵素でばらすんだからね
この件に関しても、何故気にする必要がないのか教えていただけると幸いです。

182よ、も一度言っとく。的は射るもの、当は得るもの、外注は任せるものだ。

あ、183さん。
日本語弱くてｽﾏｿ。
実は僕は担当ではなく、
ただ疑問に思ったので質問させていただきました。
ｺｿ-ﾘ外注先に聞いてみます。
お騒がせしましたー。

>>185
どの程度の同定情報が欲しいかによる。

タンパクをＭＳで同定する場合、DNAみたいな
全部のシークエンス決定はしない場合がほとんど。

Trypsinで切って、適当にLC/MS掛けて、「同定できた」
断片のシークエンスをもとにＤＢで検索掛けてホモロジー
でタンパクの種類を同定（といっても推定の域を出んが）
してるのが多いと思う。

糖鎖がついてる断片は、全体中で、それほど多くないでしょ。
ですから、「多少の修飾は気にしない」＝その断片はあきらめ、
他の断片で同定する。ってことと思われ。

５〜10断片、シークエンスが分かれば、まずＤＢで引っかかって
くるでしょう。それで引っかからない様なら、まったくの新規
タンパクの可能性も有るので（ほとんどないが）それはそれで
喜びましょう。

全アミノ酸１次配列をタンパク側から同定しようとおもうと、
それはいわゆるむかーしからの「タンパク質化学」の手法を
用いた法が早道だと思う。（要はEdman分解）
それが面倒なのでゲノム解析がまず進んだわけで。

アミノ酸１次構造でなく、糖鎖の構造が機能に大きく関与しているなら、
糖鎖の詳細な構造解析をやる必要は有る（これはＭＳで可能）
が、必要はあるのか？　と逆に聞きたい。

>188
わかりやすい説明ありがとうございます。
勉強になりました。
いくつかレビューペーパーにあたってみましたので、
前よりは理解できたと思います。
Annu. Rev. Biochem 2001. 70:437-73 が、
わかりやすくて良かったです。ＭＳって何？という僕のような人にはいいかもしれません。

言い忘れましたが、
上にあげたレビューのMALDIのところで、
開発者は、Karas & Hillenkampとなってます。

>>190
　正直、MALDI-TOFの歴史に田中さんの名前はあんまり出てこないねぇ

　一番有名なのは誰だろう？Vestelじーさんか？

分子生物学会＠パシフィコ横浜の
MSのセミナー出る人いる？

うちMSMSあるからシーケンスもできるよ。
2Dゲルからガンガン打ち込んでます。

>>192
はいは〜い、行きます。
ポスターも仕上がったし、爽快です。

>>193
何処のMSよ？
こちらはサ○モさんのMSです。

IMACの論文で気分転換、Nature　Biotech.2002年の20巻301〜
カラムにリン酸化ペプチドを優先してつけるため消化物をメチルエステル化している
そうです。イーストの系でホスホペプチドームをしています。目新しいけど、まだまだ
実用化には厳しそう。

新スレ立ちました。こちらにもご意見お願いします。
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1016116176/l50
タンパク質の精製２

分子生物学会のセミナーどでした？
リポート希望

>>196
当方MSの誉れ高いブルッカーさんのセミナー行きました。
（島津さんはMSでは田中さんがいて何ぼ？なトコだから行かなかったよ）

笠間先生がガングリオシドのスペクトルをSIMS,FAB,ESI、MALDI-TOF,
分析部はイオントラップ、トリプルQ、二重収束で比較して公開。迫力あった。
イオン源やアナライザが異なるとスペクトル情報ががらっと変わります。
こういうの見るとMS屋さんに戻りなくなるよ。
今のプロテオミクス一色のブームを嘆いておられるご様子。昔からMSやっている
人にはこのブームは異様だろうね。

サンプルの中にUreaってどれくらい入っててもMALDI測れますか？

>197 その前に環境ブームがあったんですよね

>>198
サンプルはなに？

尿素はなぜか結構な高濃度(１Ｍくらい)でも、たんぱく質のピークを検出できた記憶がある
低分子でイオン化しやすそうだから、サンプルのイオン化を抑制しそうなもんだが

>>199 1Mは大丈夫そうですか。どうもありがとうございます。
以前の議論に尿素が邪魔、みたいなのが書いてあったので質問しました。

ものは60kDぐらいのポリペプチドで8M尿素、0.5M NaCl、100mMイミダゾールで
Niカラムから溶出したものを水に透析したものです。
それよりも塩の方が問題ですよね。M+23出まくりかな。
とりあえず､測ってもらってみます。

それくらいのタンパク質だと、塩が入ってるとイオン化はキツいと思われ
低分子量でイオン化しやすい塩なんかが優先的にイオン化されて、タンパク質のイオン化が抑制されてみたり

ヒスタグかな？・・・なんか良いデータが出にくい気がする
んー、ヒスタグの長さが揃ってないのかなー？

先日はじめてMSやった。感動した。

TOFかわいいよね

??↑

マス・スペルマ・トロメトリー

若いってすごいよね。
何でもエロと結びつけるから。

Time Of F・・

ふらーい

MS学会出すヒトいますか？もとMS屋の自分は行きたいです。
来週金曜日がエントリー締め切り(ただしWEBの場合）。

なんとランチョンセミナー毎日あるんですよ。2つのメーカーずつ、3日間とも。
(合計6社）あんな小さい学会だのに。

（＾＾）

（＾＾）

保守AGEと情報
まだ第51回質量分析連合討論会の演題募集しています。
（ポスターに限ってだけど）如何でしょうか？

さらに事務局から（発表申し込んだので＞自分）「筑波界隈の宿泊を早期に手配することをリコメンド
する」、との旨のメールがきました。聞きにだけでも行く人、本当に早い目の予約が
要ると思いますよ。

保守あげとドッキング
以下のスレッド立てた人宜しくね。

MALDI-TOF MS

1 ：名無しゲノムのクローンさん ：03/02/11 05:22
MALDI-TOF MSのスレがないじゃん！
MALDI-TOF MSについて語ろうじゃないか。

もうすぐ買います。
納期まで３ヶ月。
何を勉強すればいいかな。

2 ：1 ：03/02/11 05:25
付け足し。
プロテオミクス関連でね。

しばしば「田中さん見てるかな？」という意見を見ますが、メーカーで
本当にMSが好きな方なら田中さんに限らず見ている可能性は大きいと思います。

現在は田中さんの場合は受賞以降は超忙しいので見ておられるかは分かりません。

て事は>>214氏もメーカーの方ですね。お世話になっております

田中さん年収数千万を蹴ったらしいな

（＾＾）

保守アゲ
皆さんMS学会行こうよ〜

>218
ごめん、いつだったっけ？

>>219
5月13-15だったと思う。とにかく、この週の水曜日から金曜日まで。
(演題出したくせに忘れてる・・・鬱だ、逝ってきます）

やっぱもぐれないかなー

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

田中さんはどうして小柴みたいに勲章もらえないの？

若いから

non-RIでタンパク質リン酸化の検出ができるそうですが、普通の分子生物学的手法のラボに一台TOF-MASが入ればそれでいいのでしょうか？

大きな湖の見える新設大学なんでつが、RIがまったく使えないので困っているのですが、、、

Na蛾hammmaバイオですな？

MS学会で田中さんが現役復帰宣言？してた。
今後のご活躍もますます（MS/MS?!)楽しみです。

いいことだ。若くして才能ある人が政治に進むのはもったいない。

変人が政治に進みとろくなことがない（ｗ

>226
やっぱTOF−MSじゃ厳しいんじゃ無いかと思う今日この頃。
LCで分けてからならまだしも、ゲル消化から一発でシグナル見つけるのは
難しいんじゃないのかなあ。
どうなんですかね？＞エキスパートの方々

超微量硫安沈澱

>>226
long beach universityか？

long beach vaio univercity?

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

ビンゴ！

田中さーん！

何か用？何？

田中さん、LC/MSよりかMALDI-TOFの方が将来性あるようなこと言っていた。
それはちょっと言い過ぎではないかと・・・・

大気圧MALDIの利点を知っている人いたら教えてくれませんか？
大気圧MALDIではイオン化室は空気で満たされているんでしょうか？
もしそうならイオン化したあとTOFまでイオンを引っ張る時に空気
分子との衝突でイオンの分解は起きないのかと疑問で一杯でス。

http://homepage.mac.com/hiroyuki43/hankaku_b01.html

今朝の日経
◆バイオなど最先端の研究機器・「弱い日本勢」に警鐘(野依教授・田中耕一さんら)
Fig.国内における国内メーカシェア(2001年度・金額ベース)
NMR：43%
DNA Sequencer:3%
高分子量用MS:0%(!)


ハード性能がいいのにユーザ・インターフェース極悪な機器を作ってるのは
どちらの会社でしたっけ？

>>243
今朝の日経の19面ですね。バブルのころBuyアメリカとか言って、海外の装置を
公的機関に買わせていた(そう仕向けていた）のに、今となっては逆。当時国産メーカーに居たので
めっちゃ悔しかった。医療機器なども以前は取扱説明書が日本語であることが条件
だった（とおもた）が、そのころ英語でも解禁されたんだよね。当時島津はサーモスプレイ
とTOF、横河さんはパーティカルビーム、日立は大気圧イオン化が優れていたのにね。

それまではMSは正直なところ国産は日本電子さんが強かった。環境研などでも未だに
大型の装置が活躍しているらしい。しかし今となっては大型よりも分解能欲しかったら
FT-ICRに流れる。この装置はブルッカーさんだね。
もっと前では月に行ったアポロ（だったとおもう）の石の
分析は日立のMSで成分分析したそうな。何度上司に聞かされたことか。

そういう自分も今研究機関でサー○エレクトロンさんのMSを使っている。
すみません・・・・逝って来ます。

田中さん、完全に踊らされているな。

>>244
まあ国産だ舶来だといってもしょーがない。
それを使いこなして素晴らしい研究成果をだせば、それは日本人の手柄になる。
韓国の半導体なんか日本の製造装置ばっかり。
それと同じ。

>>243
私、派遣技術者で製薬メーカー中心にあちこちいってます。
おっしゃるように、「日本澱子や志摩津のＭＳ使ったことあります」では
なかなか採用されません。
行く会社全て海老愛、サー藻、マイクロ増すばかりです。
ハードも含め国内メーカーより数年進んでいる、と感じる。

おおあこがれのハイブリッドＭＳ
アプライド、マイクロマス、ブルッカー。
一度触ってみたいな。
うちみたいな大学にいたら無理だな。

田中さんも本当の研究者ならブルッカーやマイクロマス行ったら
好きな人生をまっとうできるのにな。
漏れら現場を知っている人間は、裏切り者なんて言わせないよ。

　　　 　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

249に禿げ同
下のスレ見たら解るが、田中さんがあそこにいる理由もない。
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1035263899/

結局、容量のいい奴には金が集まる。悪い奴はそれなり。
それが資本主義原理。

>>243
へぇー、この前来た島津さんが「うちは日本一の分析装置メーカー
だけでなく、日本一のＭＳメーカーです。日立なんて足元にもおよび
ません」と私たちの前で豪語してらしたけど。
国内で１％も市場占有してないんだったら、世界じゃカスみたいな
ものじゃないですか。
日頃島津さんの言うこと、鵜呑みで聞いていたのに
ちょっとショックでした。
じゃあ「もうＭＡＬＤＩが国内で２百台売れた」なんて、眉唾ね。

http://homepage.mac.com/hiroyuki43/moe/hankaku07.html

>>253
最近のS社さんをみてると（現場のエンジニアが頑張っていることは認めるが）、奢れるもの久しからずと思うこと多し。
あそこはかつて機器分析講習会でLC/MSが実地で動かせなく恥かいたんだよ。TOFはそこそこいけてるが
実際はKRATOSの技術。
嘘も方便か。S社さんの営業もなかなかやるね。

ところで最近SやHが(イオン源はESIなどLCと付く）イオントラップ-TOFのハイブリッドを開発中。
（MS学会、逝った人はご存知と思います）近々出ると思います。これで巻き返して欲しいと思いませんか？>国産応援組

>>255
>S社さんの営業もなかなかやるね。

昔っからＳ社の営業は凄腕ですが、何か？　（激藁）

http://homepage.mac.com/ayaya16/

GC/MSは売れまくっているみたいよ。生産が追いつかないらしいとＳの営業が言っていた。
製薬メーカーが生き残りをかけて研究開発に投資しはじめたのが原因らしいが。
分析機器メーカーももっと投資しないと生き残れないよ。

（　ﾟДﾟ）あーヨーグルトの話で盛り上がってるところ悪いけど、
　　　　ちょっと話を聞いてくれ。
　
人間の脳っていうのは、スーパーコンピュータの容量や、情報処理力
どれをとっても、人間の脳のほうがはるかもまさっているのだ。
ではなぜ、人間はコンピューターに頼るのか？
それは人間が普段５％以下程度しか脳を使っていないからである。
では残りの９５％というのは、重力計算に使われている。重力計算というのは
それほどに容量を費やさなければならないほど、複雑なものなのだ。
コンピューターに重力計算をやらせたら、すぐにフリーズしてしまうだろう。
そこで私は思う。もし、地球が無重力な星だったら、重力計算を必要としない星だったら
人類の文明は今のそれとは、比較にならないほど、発展していただろう。と

今度大学の論文で提出しようと思うのだが、どうだろう？
もちろんこれは思いっきり要約したものだが、だいたい言いたい事はこんなものだ。
どーですか？

http://homepage.mac.com/hiroyuki43/hankaku10.html

>>259
いいじゃないの。提出する前にちゃんと名前かけよ。よく先生に注意されただろ。

http://homepage.mac.com/ayaya16/

いいよ、これ。
http://zoetakami.fc2web.com/

ここは和みのスレだったのに島津虐めになってきた
258のような明らかに身内からの援護射撃はやめろ
かえってエスカレートするぜ
アンチＳだけでなく仮に競合会社がカキコしても、我々研究員が見ると
うなずける面が多いので、静かに自己反省してなさい
実際に面談している時はお客は本音なかなか言わないから

>>255
私も国粋主義でS社やH社の台頭を望んでます。
しかし、半分諦めなのも事実です。
この前英国人エンジニアが当大学に来て漏らしましたが
「なぜこんな高価な装置を買ったのに、もっと質問しないんだ」
バテレンに言われたかないが、英語は話せても質問できる知識を
まだ皆もってないんだよ。
民間企業でMSが馬鹿売れしていても、単なる道具でしかないし。
S社やH社が国内中心でやっている限り、何を改良したら売れる装置
が出来るかなんて、わからないとおもうよ。
このS社のシェア０%がたとえ10%になっても、レベル低い安物買い
大学で売れるだけで、真のニーズは捉えきらんよ。
みなさん京都や那珂から飛び出してイギリスに行きたまえ。

日本の企業がダメなのは、やはり営業側が技術陣と比べて発言力が
強いというとこから来ている気がする。

特に某社あたりだと、まず価格設定ありきで技術側にかなり無理な
コスト削減を迫っている気がする。（もちろん、想像でしかないが）
決して技術屋は悪いものを作ろうとしてるんじゃないけど、この程度の
予算（原料費）だとここまでしか出来ないというレベルのものが多い
気がする。

購入者側も同じ理屈で、たとえばお役所なんかでサイエンスのサの字も
わからん連中が取り仕切ると、機能面（使い勝手の良さなど）は仕様に
できないから結局価格で決まってしまうことになる。
結局困るのはユーザー側の技術者＆メーカーの技術者って感じがする。

文系天国ニッポンの縮図ですな。

大学が分析化学なんで、集まりがあると酔ったＯＢから本音がちらり。
例えば某社だとまずコストありきで、大体定価の20%以下に設定され
そのコストで他社仕様に迫られるそうだ。
だから皆さんが某社が半額まで頑張ってくれたと喜んでも
コストを考えるとけして得をしたわけではない。
某社はここ数年赤字になったので、さらにコスト削減と工場の中国移転を
薦めているが、私はその話聞いてひいたよ。これ以上詳しくいえない。

>266−267
ある毒砲に勤務してますが、コスト面の話、うなりました。
確かに先日わが研究所にいるその筋ではチョー有名な方がＭＳを
導入する話が持ち上がりました。どこのメーカーとしても
入れないとＰＲにならないので価格頑張りました。
しかし結局、国内某社の価格だけが突出して安くなり、
現在事務屋と入れたくない現場で大喧嘩です。
自動車会社にいた兄が言ってましたが、日本の自動車業界が
世界を席巻した大きな理由に、最高の原料を使用して
販売コストを下げたこと、だそーです。
某社も低落傾向なのですから、そこのとこから
考え直してほしいものです。
確か某社のトップはずっと文系と聞きましたね。

>>268
>どこのメーカーとしても入れないとＰＲにならないので価格頑張りました。

と言う時点で事務屋の勝ち（というより現場の負け）かと。
どこのメーカーでも入れるようにしない仕様書書きが
大事なわけで。

大御所の先生が使われる機器なら、高度なものなのでしょ？
ルーチンのGC/MSとはわけが違うんでしょうから、仕様書で
どうにかならなかったのかと問いたい。

類似スレ・レス多いですな。
おんなじ人間がｶｷｺしてるのか？

http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1039318754/94-98

価格設定ありきは企業として当然だよ。

掛かった原価＋欲しい利益＝結果としての売価

では企業として甘い。

市場での売価−欲しい利益＝要求される原価

これ正しい。ただこれ文系の発想だけど。

価格設定を行うのは当たり前なんでそれ自体は構わない。
その設定価格（ターゲットの絞込み）が間違ってるってこと。

大学なんかでは多少値が張っても高機能のものを購入する
わけだから、多少設定が高め＆高性能なコンセプトのものが
ほしい。

一方、環境分析など分析系が定められている試験場などでは
台数が多いほうが仕事ははかどるから価格設定低め＆基本
性能の機種で十分。すみわけのはず。

ところが、うまく仕様書書かないと両者がごっちゃになって
入札となってしまう。結果はご承知のとおり。

クルマで考えれば分かりやすい。
「普通自動車１台」と書けばたとえベンツがほしくってもカローラや
ビッツが納入される可能性は極めて高い。両者は大きくコンセプト
が違うのにもかかわらず、「自動車」には違いないからね。

普通は仕様書というか総合評価で、欲しいメーカーの特徴に重点的に加点するよな。

原価とか某社なんてどうでもいいから
ＭＳの話にもどれよ

>>270
類似スレに出入りしてることは認める。そりゃ、元の会社に潤って欲しいって
普通なら思うでしょ。大体20スレに1回以下の頻度で出没。
ところで
国産S,Hが狙う次世代のイオントラップとTOFのハイブリッド、ソフトはMascotかな？
データアノテーションに関わる身には重大な？関心です。ここにSONAR使っている人って居ますか？

極微量のＬＣってどこのがおすすめ？
ＭＳにつなぐ場合、ＭＳよりも重要な意味な気がする

きみねぇ、ＭＳの話してんだよ
ＬＣなんてダメなら交換すればいいの
それにＭＳ導入の際はＭＳ屋としか話しないので
ＬＣを単独で選ぶなんてナンセンス
某研究員さんのMascotのような質問しなさいよ

95 ：名無しゲノムのクローンさん ：03/06/15 08:53
そんなことより、ちょいと聞いてくれよ。あんまり関係ないけど。
以前さ研究所でMS/MS導入したんですよ。うちみたいな弱小会社としては
清水の舞台からバンジー状態、所長も社長に泣き倒して。
そしたらなんかめちゃくちゃABI社員がいっぱいいるのに、なかなか検収
上がらない。
所長も「合格」が出せないんです。もうね、アホかと。バカかと。
お前ら、客先で検収作業の研修やってんじゃねーよ、ボケが。
なんかQﾎﾟｰﾙってここですか？聞いている若い奴いるし。
お前らそれでプロですか、サービスマンすか。
次に来たおっさんも「よーし、私が来たから大丈夫です」とか挨拶してる
いるのに玉砕。もう見てらんない。
装置検収っていうのは、もっと殺伐としているべきなんだよ。
最前列に陣取った古株研究員連中から、
いつやり直しを命じられてもおかしくない、そんな雰囲気がいい。
新人ですなんてやつはすっこんでろ。
で、最終的には６人も来たんです。そこでまたブチ切れですよ。
営業責任者もお菓子もって来るなんざ、きょうび流行らねーんだよ。
♪ABI〜、情けない〜♪って、大合唱したかった。
学生時代MSを経験したオレから言わせてもらえば、
装置の検収なんてMS室出入りの学生に激飲させてバイトで十分。
そんで結局、他社MSサービスに言ったらどこかの歪みってすぐ発見した。
ま、ABIの真骨頂見たり、ってこった。

http://www.cell.com/content/article/abstract?uid=PIIS0092867498249495
この論文で、ペプチドのシーケンスをMSでやってるんだけど、意味がさっぱりわかりません。
だれか、わかりやすく解説してくれませんか？
マテメソのとこです。

↑
こういう勘違いｳﾞｧｶは消えて無くなればいいのにな。
ネットを質問すれば答えの返ってくる人工無能とでも思っているんじゃないか？
書籍もあるし文献もある。たとえまわりに人がいなくてもどうとでもなろうに。
勉強する気無いんだったらサイエンスなんかやめちゃえよｗ

>>276
ある真実の一つ、LC/MSの場合はLC側の性能、またMSに導入するまでの処理方法も重要になると
思います。（それが国産メーカーはおろそかなので大成しない）微量のLCはサー○さんの場合
はMA○ICを推奨されているようです。
サンプラーロボット（P○L）と一緒のシステムだと濃縮もかかりオススメ。しかしMA○IC
自体は流速は20ul/minくらいが下限のようですのでスプリットして使います。

何処かの業者さんがスプリット無しで数ul/minで流せるHPLCも紹介していましたので
聞いてみては如何でしょうか？またそれミクロの流速の場合はカラムなどのシステムも
検討しないといけません。2-3ul/minの流速では0.1-0.2mmの系のカラムでOKですが
それ以下になりますと「菜のチップ」の先に充填材をつめたものを使用されるのが良さそうです。
(私は使ったことがありませんが）これはサー○さんが発売しています。この方法は
産○研のN先生も紹介しています。

LC/TOFTOFってオンラインなのか？
MDLCで分離したあとどうやってMALDI/TOFTOFへ持っていくのか
スループットがあがっても検索処理に時間がかかりそうだし
実用化できるのか？

ﾏｼﾞｯｸはｻﾎﾟｰﾄ会社と以前会ったけどﾚﾍﾞﾙどうか｡｡
ｻｰﾓがちゃんとやってくれるならいいが
ﾌﾞﾙｯｶｰ､ｱﾌﾟﾗｲﾄﾞ､ﾏｲｸﾛﾏｽ､ｻｰﾓｸｴｽﾄで自社製もしくは
他社でも推薦品あれば
情報ｷﾎﾞﾝ、うちもﾅﾉLCに変えたいな
2ch＝3流研究員の数少ない昼の楽しみ

ワンベンダーでＬＣとＭＳをやってるとこってアジレントぐらいじゃないの
たぶん、修理とかエンジニアは２人くるだろけど　ｗ
ワンベンダーでもＬＣとＭＳエンジニアが違えば同じだもんな

以前に漏れんとこで買ったＭＳは液クロがＡＧさん、ＭＳがＡＢさん
トラブル時にお互い責任なすりあいでマイッタ
液クロサービスはＭＳなんて解らんし、反対もしかり
同じメーカーでやってるなら、それに越したことはない
これは経験した者しかわからんが

>>283、280は自分のｶｷｺなので責任もって？回答(気の毒。まだ彼ら若いようだし。
一人だけ元メーカーの中堅の人がいて、その人はそこそこ切れると思う。あくまでもツール
として必要なノウハウだけもらっている。それに徹した方がいいかもしれない。
自分はこのプロテオームブーム以前からMSやっていない業者には正直？と思うこともある。

>2ch＝3流研究員の数少ない昼の楽しみ
ﾜﾛﾀです。自分に限ってはエンジニア上がりなんで該当する罠。

ちなみに>>285のご意見はSやHを買えば自社で両方とも持っているので解決するかも。
SやHの内部ではLCとMSエンジニアが仲悪いかも知らんが、そういうことはここでは伏せる。

すみません。最初の一行は
PAL扱っているエンジニアさんたちのことです。

文字が飛んでしまいました。壊れているのは自分のｱﾀﾏのようです。逝ってきます。

あ〜、ＬＣなぁ。マジックかＬＣパッキングかなぁ
どっちもどっちだけど、マスの知識はマジックの業者の方があるっぽ

どうでもいいけど、２ｃｈでも普通にカキコするとIPアドレス記録するようになったので、
会社から書き込んでるﾔｼは名前欄にfusianasan、E-mail欄にsageって入れといた方がいいよ
バレると困るだろ？

LC-MALDIは一旦LCから溶出してきたのをターゲットにスポットするわけよ
マトリクス液をシリンジポンプで一緒にスポットするんだっけか

ABのは測定が早いのでスループット「だけ」はすごいらしいぞｗ

サーモで
ＦＴＩＣＲタイプのＬＣ／ＭＳをだすらしいね
値段が手頃なら買うんだけどねえ

>>288
マジックの業者ってエーエムアーるだろ？
1年前だけど「知識のち」もない奴らが3人も来て大変だった罠
あんな小さな会社で程度の低い香具師連中って感じで
時間の無駄じゃないかな。
大手ＭＳメーカーとはレベルが桁違い。

>>292
その会社のホムペをさがしてるんだけど、みつからないんですけど・・・
なんでだろう？
もしかして、作ってないとか？

292でつ
ないと思うよ、だって10人もいないって聞いたし・・
あくまで輸入会社で製造はしてない。

ナノＬＣのスレがほしくなってきたな
情報交換したいよ

マジックの業者だめなのか・・・
ＬＣパッキングは大元はスゴイＬＣメーカーだけど、ナノＬＣ担当はダメぽ

誰かＡＳＭＳ行ってきた人いる？

●●●マスコミの 「盗聴／盗撮」 は許されるの？その２●●●http://natto.2ch.net/mass/kako/988/988402795.html
864 名前： 文責：名無しさん 投稿日： 2001/05/25(金) 02:10
>>860
856じゃないけど、盗聴／盗撮は、トイレの音や、自分の過去、
今日その日思いついた事、買ったもの、自分の体までネタですよ、気持ち悪いですよ、
本当に大変だから、気軽にそう書かない方がいいですよ。（マジレス）
（笑）って冗談のように書く時あるけど、別に気楽な気持ちで書いているんじゃ
なくて、悲しい事を楽しく表現する事で、重い気持ちを無くしたいんです。じゃないと、体にくるから・・・

710 名前： 文責：名無しさん 投稿日： 2001/05/21(月) 19:44
>>709
だから、気が付かなきゃ良かったのに。
気が付いたから、メディア総出でお前らを精神病者か自殺に追い込もうとしてたんだ。
ゴミとか野良犬とか言ってやったろ。それでも生きてるお前らはよほど神経が図太いんだな。
演技もいい加減疲れたらしな？。仕方ないよ自分達が悪いんだから。

だとよ。

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

300はとらせん！

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

　　　 　∧＿∧　 ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

最近盛り上がらんな〜
結構いいスレだったのに

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

サーモのIT-FTICRMSって1億くらいだって

QITとLTQとQTRAP4000
どれがいいの？

サーモのFT-MSは１億を超えます。
それでもってまだ国内には入ってません。
営業に聞いたところ、今年の末に国内にデモ用のFTがはいるので
今週末の分析展でも説明はあるけど実物はないとのこと。
質量分析で小数点以下３桁まで再現性があり、
amolのペプチドを同定できる感度があるということだそうですごくほしいのだが。。。
ちなみに上のスレでMagic(AMR)はだめだと書いてあるが、中間に入っている業者
（中○化学）の営業はぜんぜんだめだったが、AMRはそんなに悪くないと思うが。
かえってサーモのメンテをやっている女の人のほうが。。。。
ちなみに現在、magic(LC)-LCQ(MS)でタンパクの同定をしているがかなり調子いいよ。
クマシー染色後のタンパクをin-gel digestionしてMSにかけているが、大体６割くらい
同定できているし。以前TOF-MSでやってたときなんか全然同定できなかったけど。

◆世直し掲示板◆
http://jbbs.shitaraba.com/music/6029/

生化学会行く人いる？

すみません、ＭＳがm/zをどうやって測定しているかの原理がさっぱり解らないので
みなさまに是非教えていただきたいのですが…

43さんが
>イオン化は試料を分析部に入れる前に行ないます。分析部は高真空です。
>そこには磁場や電場がかかっています。そのためイオン化しているもののみが
>理想的には正しく決められた挙動で動き（語弊があるけど）、検出部に
>到達して、そのイオン情報（見かけの分子量/電荷＝m/z)を与えます。

と、おっしゃられているのですが
例えば分子量2000Daの多価イオンを測定したとして
分析部に磁場や電場をかけm/zをが1から2000くらいまでのm/zを磁場や電場を変化させながら
走査すればm/zが1000、500、200、100といったイオン情報が得られる。
というような事なのでしょうか？

みなさま是非教えていただけないでしょうか？お願いいたします。
スレ汚し、申し訳ありません。

自分の書く訳わからない文章よりも他に頼る方が良いような気がしましたので
とりあえず、このリンク先の「質量分析の原理」のところをご覧ください。
ttp://cent-scorpio.asahikawa-med.ac.jp/akutsu/mass/
（直リンクは避けていますよ）

基本は二重収束型質量分析計です。電場と磁場の運動の関連は高校物理の電磁気
のところのレベルの理解ができれば十分と思います。

こことっくに無くなってたと思ってたよ
某研究員さん、久々だね
また大いに発言してくださいよ

>>310
さっそくのレスありがとうございます。
やっとm/zについて解ったような気がします。
今後も修行を積んで議論に参加できるようにがんばります。
ありがとうございました

あぼーん