結構面倒 :p
1.バックアップを取る
tar cvzf pukiwikibk.tar.gz /hoge/pukiwiki
2.オリジナルとの差分を取る
diff -ru /hoge/pukiwiki pukiwiki-1.4.5_1_notb > oresama.diff
3.新しいのにパッチ当てる
tar xvzf pukiwiki-1.4.6.tar.gz
cd pukiwiki-1.4.6
patch -p2 < oresama.diff
4.パッチ当て失敗箇所(*.rej)をちまちま修正
5.画像やらプラグインやら追加したファイルを移植(上記パッチを見つつ)
6.データを移植
cp -f /hoge/pukiwiki/attach/* attach/
cp -f /hoge/pukiwiki/backup/* backup/
cp -f /hoge/pukiwiki/counter/* counter/
cp -f /hoge/pukiwiki/diff/* diff/
cp -f /hoge/pukiwiki/trackback/* trackback/
cp -f /hoge/pukiwiki/wiki/* wiki/
7.テスト
8.既存のと入れ替え