30話:エリクソン死亡。ウルトラザウルス大破。トビー失踪。共和国首都、もぬけの空に。
31話:ヘリック大統領、シールドライガーにしんがりを任せた後、そのままトンネルの出口へ進路をとる。
32話:クック基地襲撃。帝国北洋艦隊は共和国軍の逃れた氷山地帯へ。(フランツも同行、教え子と再会)
33話:サラマンダーとウルトラザウルス、将軍たちの計らいによりデスザウラー捕獲作戦。失敗。
34話: フロレシオ海海戦。フランツ、手持ちミサイルでレッドホーン撃破後に共和国軍へ。デスザウラー捕獲。
35話:デスザウラー、秘密基地到着。フランツとローザが接近戦。(メガトプロス顔見せ)
36話:陽動作戦後ゲルマンジーへ向かう。デスザウラーが海へと沈む。このころアロザウラー量産化。
37話:少年達が中央山脈の村で帝国軍撃退。そこでゴジュラスMK−2がハリボテだと知らされる。
38話:包囲作戦始動。秘密裏にウルトラザウルスが運び込まれ山脈を駆け下りる。(厳冬期、長期戦)
39話:レッドリバー包囲陣突破作戦。ケンタウロス出撃。謎の大型ゾイドに共和国司令部が破壊される。
40話:デスドッグとケンタウロスが戦闘。しかしフランツは逃亡。
41話:チェスター教授が共和国軍により救出。下水道より市街へ。
42話:帝国軍補給ルートが襲われる。シールドライガー・ベアファイター部隊が出撃して撃退される。(新サーベル出撃)
43話:「かまどとツバメ」作戦。大規模な研究基地を極秘に建設。帝国軍、小島に大部隊集結。
44話:ルイス・マーチンがデスザウラーと初対決。ディバイソンも参戦し乱戦状態。巨竜、たおれる。
45話:共和国軍の新型ゾイド研究所はデスバードにより炎上。迎撃のプテラス撃墜される。ステラス、デスバード基地発見へ。
46話:ガブリエーレ、再度の爆撃阻止のため参戦。ロバット死亡。サラマンダー撃墜。アロザウラー逃亡失敗。
47話:帝国と共和国の総力戦開始。ゴーレムとウルトラザウルス交戦、ウルトラ死亡。
48話:ゴーレムが新型ゾイド開発研究所に潜入。(研究所はフェイク)爆撃を受け、おとりの研究所崩壊。
49話:大統領、首都奪還を宣言。マッドサンダー完成。
50話:帝国軍の中央山脈山岳基地守備隊がマッドサンダーに対し特殊徹甲弾も使った十字砲火を開始。
51話:決戦。マッドサンダーの勝利で共和国首都が奪還され、戦いを一時止める。
52話:チェスター教授、マイケルに義手を託す。帝国領を飛ぶヘリコプター。後半はエピローグ