My Lordは、「領主」に対する敬称になります。言い換えれば「わが王、主」。ただし、コードギアスでは「荘園領主ではない」ので、単純に貴族階級の人に対する敬称だと考えればいいでしょう。 ですから"Yes, My Lord."を訳すと、「はい、閣下」とか、「承知いたしました、閣下」などということになります。
Your Highnessは「領主の息子、娘(王位、皇位継承権所有者)」に対する敬称です。言い換えれば「殿下」。 ですから"Yes, Your Highness"で、「はい、殿下(男性でも女性でも)」となります。
Majestyとは、支配権、王権のことです。敬称では王位や皇位継承者(継承権所有者ではなく、実際に継承している相手のこと)に対して用います。 ですから"Yes, Your Majesty."で、「はい、陛下」となります。