>>659 新品のHDDを1つだけ装着してインストールすればOK。装着位置はOSから記憶されるので、
できれば増設位置ではなく、元のHDDと交換したほうがいいです。
(機種が書いてないので想像で書きますが)
なお、両方取り付けたままインストールを試みると、最もまずいケースではローダーが別なドライブに
行ってしまい、2つペアにしない限り全く動かなくなるなどということもありますので注意してください。
なお、一時的にOSが2つある状態が起こるのはトラブルシュートとしては認められているので、
そのへんはあまり気にしなくていいです。
うまく行ったら新HDDに必要なデータをコピーして、移行が終わったらフォーマットすれば使い回せます。