【ﾏｼﾞﾚｽ】超初心者の質問に答えるスレ49【ｴｽﾊﾟｰ】

非常に困っています、お願いします。

HDDは二台構成で、片方をNTFS(E:\)、EXT2のふたつのパーティションにわけてXPとFedoraCoreをインストールしようとしました。

一応今までの経緯を書いておきます。
しかしFedoraCore6をインストールする際、失敗してしまいそれから「error loading operation system」と表示されてWindowsが起動しなくなってしまいました。
検索してみたところFedoraCoreのインストーラーが悪さをするらしく、KNOPPIXからQTpartedを使いNTFS領域のアクティブ化
FDISKでMBRの変更をしてNTFSとして認識させるようにしたところWindowsが起動したのですが、
今度はログオン画面直前で「autochk program not found. skipping autocheck」というエラーが表示され起動しません。

KNOPPIXから見るかぎりファイルはすべて正常な状態で残っており、autochk.exeなどももちろん残っているようです。
そこでXPの回復コンソールを試みたところ、どうやらXPが入っていたドライブのドライブレターがE:\からC:\になっているようです。
ドライブレターの変更はWindowsの管理ツールから変更する方法しか知りません。
BartPEも試みましたが論理ディスクマネージャに接続できないので変更できませんでした。

おそらくドライブレターさえ変更できれば起動できると思うのですが、PartitionMagicを使う方法以外で何か案はありませんでしょうか?
よろしくお願いします。