cvs が notepad を開く場合、
notepad /tmp/cvs012345 みたいな感じで開くので、
c:\tmp\cvs012345 を編集しようとしてしまうってことでしょ。
notepad `cygpath -w /tmp/cvs012345` みたいにしないといかんのだけどね。
こんな感じのシェルスクリプトでもつかってみたら。
#!/bin/sh
FILES=
for ARG; do
FILES="$FILES '"`cygpath -w "$ARG"`"'"
done
eval notepad $FILES