消えちゃったファイルを書き直し終わりました。
コマンドラインオプションを一応少しだけ付けてみました。
Janeを既に起動している状態で
Jane2ch.exeの後に -a を付けて2重起動しようとすると
Jane本体がアクティブになります。
Jane2ch.exeの後に -b
http://pc2.2ch.net〜等の2chのURLを付けて起動すると
今見ているタブを保持しながらURLのスレを非アクティブ状態で開きます。
また、鯖マデオツカイ用にdwData = 1でも非アクティブで開く様に
しています。