結局、恐竜って何科なんだろうね

＞ということは、「恐竜」というくくりも人為分類に過ぎない、ということでしょうか？

まさにその通りですね。というか、ハリー・シーリーの唱えた竜盤目・鳥盤目という二分類法の時代からそうなんですが。
単系統を唱えた学者って、記載化石がまだ少数で骨盤の形状を見て二分することができなかった初期の頃と、鳥を含めた「恐竜鋼」を唱えたバッカー一派（正確にはオストロム一派かな）、他極く少数の人間にしか支持されてないのが現状です。

ただ、「恐竜鋼」はよっぽど魅力ある説なのか、かたくなに主張する熱狂的な支持者がいるんですね。G・ポールなんかはその代表的研究者です。この辺、「資料を元に分類する」ではなく、「仮説を元に資料を使って分類してる」といった本末転倒のような感じがするので、なんだかな〜と思いますが。


＞主竜上目という分類単位も見直されてるということでしょうか？
＞その上の主竜形下綱も？

おそらく、そういうことになるのでしょう。
主竜上目の槽歯目から恐竜達が分岐というのは矛盾が生じますから、その前段階から派生したことになる、もしくは槽歯目の分類自体が違うのだと思います。
というか、槽歯目自体分類がかなりアヤシイしろもの（笑）ですので、今後の研究発表を待つことになりそうです。
単なる思いつきレベルの発言になりますが、恐らく槽歯目自体、ワニ等主竜上目とは違う祖先から派生したのではないかと・・・。そうなると上目以上、つまり「亜綱」、「下綱」のレベルで分類し直しになるのかな？　それともハイポオーダーやテタヌラのように分子系統学的な名称がいくつも付くようになるのかもしれませんね。


＞そういえば、亀類の分類もこっち（双弓亜綱・主竜形下綱）に移ったのでしょうか。

そのようです。無弓亜綱という分類自体が消滅したと聞いています。
なんでも双弓亜綱の頭窓が二次的に閉鎖されたものが無弓亜綱だったとか・・・。カメについてはそんなに詳しくないのでマタ聞きですが、そんな方向に進んでいるらしいです。
主竜形下綱でくくられるかどうかは不明です。

でも、カメって現在確認されている限り、最古の化石からいきなり「カメ」として完成された構造を持っていて、祖形動物がまだ分からないものですので、そんな簡単に亜綱なんてデカい分類単位なくしていいものか、ちょっと不安がありますね。
事実、無弓亜綱支持者からは反論も出ているみたいです。


＞つまり、現在「恐竜」とよばれている動物達は
＞槽歯類の系統のいくつかから、おそらく独立に進化したと思われる
＞直立歩行をする（おそらく）爬虫類のグループで中生代に繁栄したものたちを
＞ひとまとめにしたもの、と、そう考えれば良いのでしょうか？

うまくまとめていただき、ありがとうございます。
現代のジャングルにいると言われるモケーレ・ムベンベが恐竜でない限り、ドンズバその通りだと思われます（笑）。


PS　２ちゃんでこんなにまともな書き込み出来るって信じられません。
　　これって夢？（笑）