root 権限が要求されるコマンドを実行しようとしたときに表示される「root で実行 - KDE su」ダイアログに対して、 root の正しいパスワードを入力しても「パスワードが違います。再入力して下さい。」として、はじかれてしまいます。
なお、問題の環境では whell グループに所属するユーザーにのみ su や sudo を制限しています。
Konsole からは su や sudo の実行ができていたこともあり、長いこと気が付きませんでしたが、これらの設定をすることで、「KDE su」に悪い影響を与えてしまうということでしょうか?
/etc/group
> wheel:x:10:root,hogefuga
/etc/pam.d/su
> auth required pam_wheel.so use_uid
/etc/login.defs
> SU_WHEEL_ONLY yes
/etc/sudoers
> %wheel ALL(ALL)=ALL ALL