続報です。
OmniWeb 4.2.1、Cocomonar 1.0.9(手元に古いバージョンしかありませんでした)
でも同様の問題が起きました。
それから、機種依存文字が空白で表示されますね。
Safari&Omni:winの機種依存文字は文字化け(Safariでは漢字、Omniでは半角?)しますが、
文字参照で書かれたものは空白で表示されます。
Cocomonar:これは機種依存文字を正常に表示させる機能がありますが、
そのままのも文字参照のも空白で表示されます。
以上、ご参考になれば幸いです。