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警察が捜査を行った事故
2007年 5月24日：山手線神田駅でベビーカーが挟まれたまま発車、3人負傷
警視庁万世橋署から業務上過失致傷で捜査を受ける
同様のベビーカー事故は2002年秋にも2回発生している

2009年 9月 3日：埼京線・湘南新宿ライン渋谷−恵比寿間で列車が保線機材と接触、新宿−大崎間が１時間20分間も、山手線が20分間不通
警視庁から過失往来危険で捜査を受ける

整備不良と考えられる新幹線２時間以上不通
2001年11月13日：上野−大宮間で変電所故障とみられる停電、５時間にもわたり東北上越新幹線不通、上野−大宮間で動けなかった電車は長時間缶詰
2006年 1月 1日：浦佐駅架線切断から停電、越後湯沢−長岡間が３時間不通
2006年 1月 7日：越後湯沢駅で除雪作業車が車両故障、東京−新潟間が初電から8:30まで不通、越後湯沢−ガーラ湯沢間は初電から終電まで全列車運休
2006年 7月28日：上毛高原駅で信号故障、高崎−新潟間が２時間も不通
2007年 5月 3日：上野−大宮間で停電、２時間缶詰
2007年 6月14日：浦佐駅で保線作業車が車両故障、越後湯沢−新潟間が初電から8:05まで不通
2008年12月28日：長野新幹線で車両故障、長野−上田間が３時間も不通

整備不良と考えられる在来線２時間以上不通その１
2004年 7月10日：横須賀線で架線切断、４時間も不通
2005年 3月23日：京浜東北線で蒲田−大森間で車両故障、故障列車の乗客は約２時間も閉じ込められ、救急車も大量に出動し16人が病院へ搬送される
2005年 4月27日：横浜線鴨居駅で車両故障、東神奈川−八王子間全区間が２時間も不通
2005年 5月25日：東海道線横須賀線横浜駅で信号故障、初電直後から朝ラッシュまで約４時間も不通
2005年 5月30日：武蔵野線西船橋駅で信号故障、西船橋−南越谷間が朝ラッシュ約２時間半も不通
2005年 6月15日：青梅線中神駅で信号故障、立川−青梅間が約２時間も不通
2005年 7月27日：根岸線桜木町駅で信号故障、蒲田−大船間が１時間50分も不通
2005年 8月 4日：総武線千葉−西千葉間で架線切断、駅間停車の乗客は約１時間も閉じ込められた後、徒歩で西千葉駅へ。快速東京−千葉間と各停津田沼−千葉間は２時間20分も不通
2005年 9月25日：大網変電所で火災、外房線千葉−茂原間は４時間以上も不通、駅間停車の乗客は２時間以上閉じ込められた後、バスで駅へ
2005年10月23日：横須賀線横浜駅で車両故障、東京−逗子間が４時間も不通
2005年10月26日：横須賀線東京−新橋間で信号故障、東京−品川間が７時間も不通、総武線も間引き運転
2005年11月 7日：山手線東京付近で内回りの架線部品が落下、５時間も不通。外回りと京浜東北線も復旧作業中は不通
2005年11月15日：青梅線立川−西立川間で架線切断、立川−拝島間が２時間50分も不通

整備不良と考えられる在来線２時間以上不通その２
2006年 1月 6日：川越線川越−南古谷間でレール破断、川越−大宮間が２時間半も不通
2006年 1月13日：高崎線宮原駅で信号故障、４時間も不通
2006年 1月19日：横須賀線戸塚駅で車両故障、東京−久里浜間全区間が２時間半も不通
2006年 1月25日：外房線茂原駅で架線切断、千葉−安房鴨川間全区間が２時間半も不通
2006年 2月19日：横須賀線品川−新橋間で車両故障、品川−東京間が２時間も不通
2006年 2月20日：山手線新橋−浜松町間でレール変形、外回りが３時間も不通
2006年 7月 2日：高崎線駅鴻巣−北鴻巣間で信号故障、上野−籠原間が２時間も不通
2006年11月24日：東京モノレールで保線作業車が車両故障、浜松町−羽田空港間全区間が初電から８時間も不通
2007年 1月26日：総武線快速稲毛‐津田沼間で信号故障、津田沼‐千葉間が２時間も不通
2007年 2月26日：東北線小山駅で信号故障、上野‐宇都宮間が４時間も不通
2007年 3月26日：根岸線磯子‐根岸駅間で架線切断、鶴見‐大船間が２時間50分も不通。大宮‐鶴見間が１時間も不通、運転再開後も間引き運転。動けなくなった電車３本の乗客は、40分も閉じ込められる
2007年 6月16日：京葉線市川塩浜駅で信号故障、東京‐蘇我間全区間が２時間も不通
2007年 7月30日：東海道線小田原駅で信号故障、東京‐熱海間が２時間も不通
2007年 7月31日：総武線で信号故障、佐倉‐成東間が２時間20分も不通
2007年 8月30日：千代田線柏駅で車両故障、松戸‐取手間が２時間も不通、綾瀬‐松戸間が１時間も不通
2007年 9月 1日：相模線門沢橋駅で車両故障、茅ヶ崎‐厚木間が４時間半も不通
2007年 9月 7日：外房線大網−土気間で車両故障、故障列車の乗客は２時間半も閉じ込められる
2007年 9月21日：常磐線藤代−取手間で車両故障、上野−土浦間が６時間も不通、故障列車の乗客は真っ暗で空調の止まった電車に２時間も閉じ込められた後、取手駅まで１キロも歩かされる　１人が病院に搬送される

整備不良と考えられる在来線２時間以上不通その３
2008年 2月 4日：八高線小宮−拝島間で車両故障、八王子−拝島間が３時間半も不通
2008年 4月 5日：総武中央線御茶ノ水駅でポイント故障、快速東京−高尾間と各停三鷹−千葉間全区間が２時間も不通。
運転再開後も再修理のため快速東京−新宿間と各停中野−御茶ノ水間が１時間も不通
2008年 6月10日：武蔵野線武蔵浦和駅で信号故障、府中本町−西船橋間全区間が２時間も不通
2008年 8月 5日：総武中央線阿佐ヶ谷−荻窪間で架線故障、快速東京−高尾間が２時間半も不通。各停三鷹−千葉間全区間が30分間不通、さらに三鷹−御茶ノ水間は23時から終電まで運休
2008年 8月28日：東北線栗橋駅で信号故障、上野−宇都宮間が２時間も不通
2008年 8月29日：横浜線町田−古淵間で車両故障、町田−八王子間が２時間半も不通
2008年12月 3日：拝島駅で夜間工事終了遅れ、青梅線立川−青梅間、五日市線拝島−武蔵五日市間が初電から７時半まで３時間も不通
2008年12月23日：中央線東京駅で夜間工事終了遅れ、快速三鷹−東京間と各停三鷹−御茶ノ水間が初電から６時半まで２時間も不通
2008年12月30日：横須賀線久里浜−衣笠間で信号故障、久里浜−横須賀間が４時間も不通

整備不良と考えられる在来線２時間以上不通その４
2009年 1月 3日：常磐線上野駅で信号故障、上野−土浦間が２時間50分間も不通
2009年 1月29日：横浜線菊名駅で車両故障、東神奈川−八王子間全区間が３時間も不通
2009年 3月 4日：京葉線葛西臨海公園駅付近でレール破断、東京−蘇我間が２時間40分間も不通。
葛西臨海公園駅通過線で動けなくなった快速電車の乗客は、１時間も閉じ込められる
2009年 3月17日：相模湖変電所で火災、中央線高尾−大月間が２時間40分間も不通
2009年 5月 7日：横須賀線横浜−新川崎間で車両故障、東京−逗子間が３時間半も不通。後続列車の乗客は駅間で２時間半も閉じ込められた後、鶴見駅まで歩く。
横須賀線乗客救出作業のため、京浜東北線蒲田−大船間も不通。
2009年 6月13日：総武線快速千葉駅でポイント故障、津田沼−千葉間が４時間半も不通
2009年 7月 9日：中央線各停四ツ谷駅で信号故障、三鷹−千葉間全区間が２時間半も不通

整備不良と考えられる在来線２時間以上不通その５
2009年11月 9日：新宿駅で信号故障、埼京線湘南新宿ライン大崎−大宮間が３時間も不通。埼京線乗客は超満員の車内に15分間閉じ込められ、15人が病院へ搬送される。
埼京線乗客が車外に脱出したため、山手線も40分間不通。
2009年11月11日：橋本駅で信号故障、横浜線橋本−八王子間が１時間20分間も、相模線海老名−橋本間が４時間半も不通。
2010年 1月28日：南浦和駅で信号故障、京浜東北線大宮−赤羽間が初電から２時間も不通
2010年 2月12日：東北線蓮田−東大宮間で車両故障、上野−宇都宮間が４時間20分間も不通。故障列車の乗客は１時間40分間も閉じ込められる。
2010年 3月23日：山手線と埼京線で架線切断、３時間も不通になり長時間閉じ込められた客5人が病院に搬送

不適切な旅客案内・誘導
2002年 5月30日：山手線代々木駅付近で沿線火災が発生、原宿−代々木間で約１時間半足止めの外回り車掌は線路に降りるなを連発するも、火災を知った乗客は続々と原宿駅まで歩く
2003年10月12日：東北線蓮田−白岡間で列車と自動車が衝突、間もなく運転再開の放送が繰り返されるが、実際は約５時間も上野−宇都宮間が不通
2004年11月19日：総武線市川駅で人身事故、秋葉原駅員が東京から快速に乗るよう放送するも、実際は各駅停車が先に運転再開、東京駅地下ホームは人であふれ、ガラス破損
2005年 7月11日：中央線新宿駅で駅員に突き出された痴漢容疑者が線路に下り、線路を横切って埼京線ホームに上り逃走。
広報のコメント 「捕まりたくない一心だったのだろうが、線路に降りるのは危険極まりない」に、痴漢行為への憤りと容疑者を取り逃がしたお詫びが感じられない
2005年 9月24〜25日、2009年 1月10〜11日：中央線工事で立川−西国分寺間が不通、西国分寺−国分寺間が単線になるが、路線図で西武線、多摩モノレール線、京王線の振替輸送の告知をしていない
2005年10月12日：東海道線京浜東北線蒲田‐大森間の踏切が正常なのに「こしょう」と表示。故障と判断した人が踏切を渡り、京浜東北線北行にはねられる　１人死亡、１人重傷

人身事故では、中央線（快速東京−高尾、各停三鷹−千葉）、京浜東北線（大宮−大船）、東海道線（東京−小田原）、武蔵野線（府中本町−西船橋）、東北線（上野−宇都宮）、常磐線（上野−土浦）の如く、途中駅で折返し運転せずに、必要以上の長区間にわたり不通