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荻原:
6両編成(C1 - 14編成)14本、3両編成(N1 - 14・16・21 - 33編成)28本、2両編成(N51 - 54・56 - 58編成)7本、訓練車の3両編成(N15編成)1本が配置されている。塗装は長野色、訓練車のみ湘南色。
中央本線(立川 - 塩尻 - 中津川・岡谷 - 辰野 - 塩尻)、大糸線(松本 - 信濃大町)、篠ノ井線、信越本線(篠ノ井 - 柿崎)、飯田線(飯田 - 辰野)、およびしなの鉄道(篠ノ井 - 小諸)の普通列車、快速列車で運用されている。
C編成は、主に中央東線で運用でされる。また、通常は豊田車両センターM40編成が担当している快速「むさしの号」運用にM40編成検査時などに投入されることがある。
N1 - 14・16編成は、東海旅客鉄道(JR東海)管内・しなの鉄道線を含む運用区間全線に入線可能で、JR東海所有の115系全廃後も引き続きJR東海区間の運用にも入る。N21 - 33・51 - 54・56 - 58編成は、JR東日本管内の運用範囲に入線可能である。
一部、内装などの更新を施工したリニューアル車両もある。