自動改札と精算機とフェアスルーシステムを語る

京王電鉄新宿駅で意味の分からない0円精算券が発行されました。

(1) JRの定期乗車券(御茶ノ水〜西荻窪)で区間内の駅から入場し、東西線直通西船橋行きに乗車。
(2) 東西線九段下で下車し、のりつぎ精算機で都営新宿線新宿駅を選択し、
　　「区間変更券　中野→都営連絡290円」を発行し、出場。
(3) 武道館でモーニング娘。のコンサート観覧、神保町でヲタ友達と会食。
(4) 先ほどの区間変更券で都営新宿線神保町から入場し、急行橋本行きに乗車。
(5) 新宿で下車し、京王JR中間改札の黄色い改札機(中央東口下車用)に
　　区間変更券のみを投入するも、「のりこし」と出て閉まる。
(6) 黄色くない改札機に区間変更券と(1)の定期乗車券を重ねて投入したが
　　やはり「のりこし」と出て閉まる。
(7) 区間変更券を京王新宿ののりこしのりつぎ精算機に入れ、当駅下車のボタンを選択したら
　　0円精算券が発行され、当該0円精算券のみで黄色い改札機を通過。

以前は、都営からのきっぷでは(5)のようにそれ単独では改札通過できなかったが
(6)のようにJRに有効な乗車券があれば改札通過できた。
今はいずれも精算機で0円精算券に交換しないと通れないってこと?
それとも(6)が通れなかったのは、(2)→(4)の辺りが関係あるんでしょうか。