DefaultMutableTreeNodeを継承したクラスを作成し、
toString()をオーバーライドしてください。
このメソッドによる出力が、JTreeのビューにおける
ノードの表示内容になります。
FileインスタンスをuserObjectに格納しているのでしたら
例えばこんな感じでよいでしょう。
public class FileNode extends DefaultMutableTreeNode{
public FileNode(File file){
super(file);
}
public File getFile(){return (File)getUserObject();}
public String toString(){
((File)getUserObject()).getName();
}
}