>>992 どういう風にpicoを呼び出しているか分からないが、
そこに出ているソース以外には、SE.pico();SE.pico();しかないのなら、
二度目のpicoの呼び出しの時にはaudioInputStreamにはデータが残ってないから。
lineはpicoの呼び出しのたびに開いているのに、
audioInputStreamをSEのコンストラクタでしか開いていないのなら当然1回しか鳴らない。
>>994 if文で条件が成立したときに実行されるのは一つの単文か{}のブロックに囲まれた一つの複文。
どこまでがifの下についているか紛らわしいので、単文一つしかない時でも{}で囲めという規範の人もいる。
そのあたりはコーディング規約に従うか、無ければ個人の趣味に従うかすればいいと思う。