Java低速GUI Swing 5

オプションといってもVMのオプションね。
システムプロパティを指定する-Dや、
VMの種類を選択する-clientや-serverとか、
メモリ割当プールの最大最小サイズを指定する-Xmxや-Xmsなど。
今のところ、実行可能Jarをダブルクリックでは、
これを個別指定することはできない。

まあただ、-clientや-serverはCPUやアーキテクチャによって
自動選択されるし（おおよそではあるけど）
-Xmxと-Xmsも、Java6からは規定値が64MB/2MBではなくなり、
物理メモリに応じた値に変わるようになった。
ttp://java.sun.com/javase/ja/6/docs/ja/technotes/guides/vm/gc-ergonomics.html

-Dやその他のVMオプションは無理としても、
実行可能Jarの手軽さを全否定するほど、使えないってことは無いと思う。