【ニコニコ動画】FLV/MP4エンコードスレ 50【質問】

>>468
Aviutlで動画を読み込んだ際に発生する音声キャッシュ周りの不具合（と言っていいかは別として）だと思う。

Aviutlに動画を読み込んだ後にフィルタなどの設定後、シークを冒頭まで戻して1コマ送り、1コマ戻しなどを行い、
下の音声波形表示部に不要な波形が無くなったのを確認後にエンコードを開始する。
これで冒頭ノイズや音声ブツ切れが改善する可能性がある。

上記を試してもダメだった場合は、元動画から音声のみ抽出。それを音声読み込みで読み込んでエンコード。
音声抽出をAviutlで行う際は上記の1コマ送り1コマ戻しを行ってから。抽出音声に異常がないことを確認する。
あるいは>>221のバッチファイルで元動画の音声をwav変換した物を読み込む方が手っ取り早いかもしれない。

これでダメなら依頼スレにでも頼んでください。