【KL】ＫＬＭオランダ航空 ２便【SkyTeam】

すんませんどなたか教えてください

このまえKLMオランダ航空を使ってプラハを旅行してきたんですが

その帰りにプラハの空港でチェックインするとき、自動でやってくれるタッチパネルの機械を使って、表示される日本語の指示通りに手続きを進めていたら
最後でいつもエラーになる。お客様はチェックインできません。記録がありません、カウンターへ行ってください、みたいな表示が出る。
で、指示通りにＫＬＭのカウンターに行ってチケットを見せると、「あの機械でやれ！」と追い返されてしまう。
で、もう一回やってみるんだけどやっぱり出来ない。これ、どういうことなんでしょうか？

最終的には近くにいたチェコエアライン？だか空港だかの係員にやってもらったんだけど、俺らのチケットをみるなりなぜかＫＬＭオランダ航空じゃなくて、チェコエアラインってところをタッチしてるわけです。
おかしいですよね？電光掲示板で予定を確認しても確かにＫＬＭってなってるし、ＥチケットにもＫＬＭって書いてある。チェコエアラインに乗る予定などないし、どこにもそんな文字はない。
そりゃエラーが出るわけだ。俺はＫＬＭオランダ航空に乗るつもりだからずーっとＫＬＭオランダ航空、アムステルダム経由、と機械に向かってタッチしてたから。

いまだに分からないんですが、どういうカラクリだか誰か分かる方いますか？教えてください！このもやもやしたものをすっきりさせたいです。今後のためにも。
なぜ、行きも帰りも乗り継ぎ便までもＫＬＭで予約したはずなのに、いつのまにやらチェコエアラインの飛行機に乗ることになってるんでしょうか？

ちなみに、手続きがぜんぶ終わっていよいよプラハから飛行機に乗ってみたら、その飛行機はＫＬＭじゃなくてやっぱりチェコエアラインでした。なぜ？変更ですか？そういうのはどこで知ればいいのですか？

お願いです教えてくださいまし。