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5.1chのmp4の動画を2chに変換しようとしたらエラーが出てしまったので、
libavcodec/resample.cにパッチを当ててみました。

■エラー
Resampling with input channels greater than 2 unsupported.
Can not resample 6 channels @ 48000 Hz to 2 channels @ 48000 Hz

■パッチ
http://svn.xiph.org/trunk/ffmpeg2theora/patches/6to2channel-resample.patch

なかなか一筋縄ではいかないですね。