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また、同年10月10日には最後まで優勝を争ったヤクルトとの直接対決（甲子園）に敗れ、
ヤクルトの優勝が決まると、野村克也監督の胴上げや優勝インタビューの際に阪神ファンから
一斉に「帰れコール」が発生し、さらに引き揚げるヤクルトの選手や監督に対し
大量のメガホンを投げつけた。
これにはサンテレビの野球中継のゲストのダンカンが苦言を呈していた。
2001年、開幕戦の巨人戦（東京ドーム）で3-17と記録的な大敗を喫した試合、
最後の打者がレフトにフライを打ちあげると捕球態勢に入った清水隆行に対し、
レフトスタンドの阪神ファンからメガホンが投げ込まれた。
2003年、それまで16連勝と好調だった横浜戦で敗戦した際、9回裏藤本敦士の放った
3アウト目となるレフトファウルフライを周囲への注意が散漫になりやすい
スライディングキャッチをした多村仁めがけて一部の阪神ファンがメガホンを投げつける
という行為を働いた。
多村は「本当に危ない。怪我するかと思った」とコメントしており、
横浜ファンのみならず阪神ファンからも糾弾の声が上がった。
当時の星野仙一監督も「こんな事やったら甲子園で胴上げはやらん」と激怒した。
同年6月11日、岐阜長良川球場の中日−阪神戦において阪神が7−2で勝利した後に
阪神ファンがグランドに乱入し中日ファンを挑発、中日ファンもグランドに乱入し乱闘となった。
その際に防犯用トウガラシ系催涙スプレーの様のモノが噴射され
観客53人が目やのどの痛みで治療を受け、内31人が病院搬送、7人が入院する事態となり、
警察も捜査をした（結局事件は未解決のまま、うやうむやになったままである）。
この一件に関し（当時の）山田久志中日監督、星野仙一阪神監督、片岡篤史、桧山進次郎、
赤星憲広などが暴挙を非難するコメントを出した。（詳細は長良川球場#主なエピソードを参照）